Distillers dried grains with solubles (DDGS) is a byproduct of distillation. Its increased availability has led to research into overcoming the nutritional limitations of its high non-starch polysaccharide (NSP) content for use in monogastric animal feed. The purpose of this study was to examine the effects of two factors (the inclusion of DDGS and/or inclusion of a carbohydrase mixture) on the richness and abundance of swine gastrointestinal bacteria. The carbohydrase mixture was expected to aid digestion, leading to increased nutritional availability for the host while simultaneously shifting dominant communities within the gut microbiome. Ileal cannulated pigs (n = 8, BW = 64.3 +/-0.5 kg) were allotted to 4 dietary treatments in a replicated 4 x 4 Latin square design. Treatments resulted in changes to bacterial richness, and diets containing DDGS increased the 16S rDNA abundance of members of Bacteroides (P < 0.0001), Ruminococcus (P < 0.0001), the Clostridium coccoides group (P <0.0001), and the Clostridium leptum subgroup (P = 0.005). Significant interactions between diet and carbohydrases were determined for total bacteria in the ileal digesta (P = 0.01) and feces (P = 0.02), Bacteroides (P = 0.003), and the Clostrdium leptum subgroup (P = 0.03). The DDGS diet with the inclusion of the carbohydrases was able to maintain, or increase the abundance of fiber degrading bacteria while theoretically increasing nutrition for the host. / Master of Science in Life Sciences

This study investigated the microbial colonization and maternal influences on the neonatal calf gut microbiome. Microbiome samples were collected from dams (n = 6) and calves (n = 6) using sterile flocked swabs. The vaginal, oral, and fecal bacterial communities were examined from the dam and the fecal community of calves was examined from birth to 60 d of age. Microbial communities varied by anatomical location and age of the calf. Metagenomic analysis 16s ribosomal DNA revealed ten phyla associated with microbiomes of the dam and the same ten phyla associated with calf feces at various time points: Bacteroidetes, Firmicutes, Proteobacteria, Actinobacteria, Cyanobacteria, Verrucomicrobia, Spirochaetes, Tenericutes, Fibrobacteres, and Lentisphaerae. Overall, the calf meconium and fecal microbiome is influenced by a combination of the maternal vagina, oral, and fecal microbiomes. Further studies will be needed to identify the transference mechanisms of maternal microbes to offspring and the associated host-microbial interactions. / Master of Science in Life Sciences / This study investigated the microbial colonization and maternal influences on the neonatal calf gut microbiome. Microbiome samples were collected from dams (n = 6) and calves (n = 6) using sterile flocked swabs. The vaginal, oral, and fecal bacterial communities were examined from the dam and the fecal community of calves was examined from birth to 60 d of age. Microbial communities varied by anatomical location and age of the calf. Metagenomic analysis 16s ribosomal DNA revealed ten phyla associated with microbiomes of the dam and the same ten phyla associated with calf feces at various time points: Bacteroidetes, Firmicutes, Proteobacteria, Actinobacteria, Cyanobacteria, Verrucomicrobia, Spirochaetes, Tenericutes, Fibrobacteres, and Lentisphaerae. Overall, the calf meconium and fecal microbiome is influenced by a combination of the maternal vagina, oral, and fecal microbiomes. Further studies will be needed to identify the transference mechanisms of maternal microbes to offspring and the associated host-microbial interactions.

Background: Chronic rhinosinusitis (CRS) is a heterogeneous disease characterized by persistent sinonasal inflammation and sinus microbiome dysbiosis. The basis of this heterogeneity is poorly understood. We sought to address the hypothesis that a limited number of compositionally distinct pathogenic bacterial microbiota exist in CRS patients and invoke discrete immune responses and clinical phenotypes in CRS patients. Results: Sinus brushings from patients with CRS (n = 59) and healthy individuals (n = 10) collected during endoscopic sinus surgery were analyzed using 16S rRNA gene sequencing, predicted metagenomics, and RNA profiling of the mucosal immune response. We show that CRS patients cluster into distinct sub-groups (DSI-III), each defined by specific pattern of bacterial co-colonization (permutational multivariate analysis of variance (PERMANOVA); p = 0.001, r(2) = 0.318). Each sub-group was typically dominated by a pathogenic family: Streptococcaceae (DSI), Pseudomonadaceae (DSII), Corynebacteriaceae [DSIII(a)], or Staphylococcaceae [DSIII(b)]. Each pathogenic microbiota was predicted to be functionally distinct (PERMANOVA; p = 0.005, r(2) = 0.217) and encode uniquely enriched gene pathways including ansamycin biosynthesis (DSI), tryptophan metabolism (DSII), two-component response [DSIII(b)], and the PPAR-gamma signaling pathway [DSIII(a)]. Each is also associated with significantly distinct host immune responses; DSI, II, and III(b) invoked a variety of pro-inflammatory, T(H)1 responses, while DSIII(a), which exhibited significantly increased incidence of nasal polyps (Fisher's exact; p = 0.034, relative risk = 2.16), primarily induced IL-5 expression (Kruskal Wallis; q = 0.045). Conclusions: A large proportion of CRS patient heterogeneity may be explained by the composition of their sinus bacterial microbiota and related host immune response-features which may inform strategies for tailored therapy in this patient population.

As células dendriticas (DC) da lamina própria constituem um grupo heterogêneo de células essenciais na homeostase do intestino. Nos últimos anos, estudos vem mostrando participação do complexo mTORC2 na regulação de células da imunidade inata. Desta forma, usando animais deficientes em mTORC2 nas DCs nos investigamos o papel deste complexo sob a funcoes das DCs num modelo de colite ulcerativa. Observamos que a ausência de mTORC2 nas DCs diminui a inflamação intestinal e prejudica a migração dessas células para os linfonodos. Consequentemente, estes animais também apresentam redução no numero de linfócitos Th17, Treg e T CD8&#43IFNg&#43. Estes resultados parecem ser independentes da composição da microbiota intestinal. In vitro, células dendriticas derivadas da medula ossea (BMDCs) deficientes em mTORC2 não mostraram deficiência na regulação positiva de CD80 e MHC-II quando estimuladas, mas mostraram menor produção de TNF-a e IL-6. Estas células também apresentaram menor capacidade na diferenciação de Th17. Nossos resultados indicam que mTORC2 participa na regulação das funções das DCs, especialmente na migração e produção de citocinas pos estímulos lnflamatorios. / Dendritic cells from lamina propria encompass a heterogeneous group of cells which play a key role in intestinal homeostasis. In the past few years, it has been shown the participation of mTORC2 in regulating innate immune cells. In our study, we used mTORC- deficient DCs to investigate the role of this complex in DCs functions in ulcerative colitis model. Absence of mTORC2 in DCs reduces the intestinal inflammation, impairs DCs migration which in turn decreases the number of Th17, Tregs and CD8&#43IFNg&#43 T cells. These results seem to be independent of gut microbiota composition. Our in vitro results showed that bone marrow-derived DCs (BMDCs) deficient in mTORC2 can upregulate CD80 and MHC-II after stimulus but present decreased production of TNF-a and IL-6. Those cells also showed deficiency in Th17 differentiation. Our results suggest that mTORC2 play pivotal role in DCs functions highlighting migration and cytokine production.

A microbiota intestinal (MI) é formada por milhões de microrganismos presentes no trato gastrointestinal, especialmente no cólon. Recentemente, estudos tem sugerido que o treinamento físico aeróbio pode modificar a composição desta MI, por exemplo, aumentando a abundância de bactérias comensais, as quais positivamente influenciam o organismo do hospedeiro. Entretanto, algumas lacunas existem: estudos foram realizados majoritariamente em animais e estes apresentaram associação com outros modelos de dietas e doenças; em humanos, estudos observacionais não apontaram causalidade do treinamento físico e os poucos estudos com intervenção possuíam influência de outras variáveis, as quais estiveram associadas com tais mudanças. Assim, dificulta isolar e compreender o efeito do treinamento físico sobre a MI humana. Portanto, a partir de um delineamento controlado, o objetivo desse estudo foi investigar o efeito do treinamento físico aeróbio realizado em intensidade moderada sobre a composição da microbiota intestinal em humanos. Para isso, foram recrutados homens sedentários, entre 18 a 40 anos, universitários, com padrões alimentares semelhantes, não obesos e com ausência de quaisquer doenças, os quais foram randomizados em grupo controle (GC) e grupo treino (GT). Todos passaram pelas seguintes coletas: aplicação de questionários, coleta de sangue e fezes, avaliação da composição corporal e teste de esforço progressivo máximo, no pré- e pós-intervenção. Os voluntários do GT foram treinados em bicicletas ergométricas por 10 semanas (3x/semana; 50 minutos/dia; 60-65% VO2pico). A análise dos dados referentes à microbiota intestinal foram processados pelo software QIIME 2.0, as análises estatísticas foram realizadas pelo QIIME 2.0 e visualizadas no site do QIIME (https://view.qiime2.org/). Outras análises estatísticas foram realizadas no programa SPSS versão 25 por meio de análise de variância com medidas repetidas, utilizando \"grupo\" e \"tempo\" como fatores ou pelo teste Kruskal-Wallis. O nível de significância foi p<0,05. Após 10 semanas de intervenção houve aumento significante da capacidade aeróbia nos voluntários treinados, a qual promoveu aumento significante da família Lachnospiraceae e das espécies Roseburia sp. e Bacteroides ovatus. Em contrapartida houve redução do gênero Faecalibacterium e das espécies Lachnospira sp e Bilophila sp. Não foram detectadas diferenças nos índices de \'alfa\' e \'beta\' diversidade. Após o treinamento físico, o GT apresentou maior abundância de bactérias comensais em comparação ao GC, tais como, Faecalibacterium, Roseburia, Lachnospira e Akkermansia, enquanto que o GC apresentou aumento de bactérias ligadas à obesidade. A \'alfa\' diversidade, bem como, a abundância relativa da família Lachnospiraceae e do gênero Akkermansia se mostraram positivamente associados ao VO2pico. Deste modo, conclui-se que 10 semanas de treinamento físico foi eficiente em modificar a composição da MI em homens sedentários e minizar possíveis interferências negativas do comportamento sedentário / Gut microbiota (GM) is composed by million of microrganisms present in the gastrointestinal tract, especially in the distal gut. Recently, studies have suggested that aerobic training can modify the GM composition, for instance by increasing the commensal bacteria abundance, which positively influence the host organism. Nevertheless, some gaps exist: studies were conducted mostly in animal models in association with other design of diets and diseases; in humans, cross-sectional studies did not point to causality of training, and the few intervention studies were influenced by other variables, which have been associated with such changes. So, it is difficult to isolate and understand the aerobic training effect on the human GM. Therefore, from a controlled design, the objective of this study was to investigate the effect of aerobic training at moderate intensity on the human GM composition. For this, healthy and sedentary men, between 18 to 40 years old, university students, with similar diet habits and non-obese were recruited, and then were randomized in control group (CG) and training group (TG). The volunteers went through the following sample collections: questionnaires, blood and faeces samples, body composition and maximum progressive test, at pre and post intervention. TG volunteers were trained on stationary bicycles for 10 weeks (3x/week, 50 minutes/day, 60-65% VO2peak). The microbial data were conducted in QIIME 2.0 and statistical analyses were performed in QIIME 2.0 and visualized by QIIME view. Whereas other data was conducted in SPSS software version 25 by repeated measures of variance analysis with \"group\" and \"time\" as factors or Kruskal-Wallis test. The level of significance was p<0.05. After 10 weeks of intervention, there was a significant increasing in aerobic capacity in TG, which promoted a significant increasing in the relative abundance of Lachnospiraceae family and Roseburia sp. and Bacteroides ovatus species. In contrast, there was a reduction of the Faecalibacterium genus and Lachnospira sp. and Bilophila sp. species. No differences were detected in \'alfa\' and \'beta\' diversity. At post-intervention, TG showed a greater abundance of commensal bacteria, such as Faecalibacterium, Roseburia, Lachnospira and Akkermansia in comparison with CG, while CG presented an increase of bacteria related to obesity. The \'alfa\' diversity as well as the relative abundance of the Lachnospiraceae family and Akkermansia genus were positively associated with VO2peak. Thus, it was concluded that 10 weeks of aerobic training was efficient in modifying the GM composition in sedentary men and in minimizing possible negative interferences of the sedentary behavior

Introdução: A Síndrome do Intestino Curto (SIC) é definida como um conjunto de sinais e sintomas conseqüentes de alterações nutricionais e metabólicas secundária a insuficiência intestinal funcional e/ou orgânica, como nos casos de grandes ressecções do intestino delgado. Ressecções intestinais eliminam sítios de colonização, alteram a área de absorção e, o uso freqüente de antibióticos devido a infecções recorrentes, presença de alimentos não digeridos no cólon, trânsito acelerado e diarréia, nestes mesmos pacientes, podem contribuir para a alteração da microbiota intestinal. Objetivo: Caracterizar a microbiota intestinal de pacientes portadores da Síndrome do Intestino Curto atendidos na Unidade Metabólica e do HCFMRP/USP. Casuística e Métodos: Foram recrutados os pacientes portadores de síndrome do intestino curto atendidos na Unidade Metabólica do HCFMRP/USP (uso de terapia nutricional parenteral). Para o grupo controle foram recrutados indivíduos sadios e eutróficos da comunidade e pareados segundo sexo e idade. Foram avaliadas amostras de fezes e exames bioquímicos, estes últimos foram somente dos pacientes. A avaliação do consumo alimentar foi feita por meio do inquérito Diário Alimenta e a avaliação do estado nutricional a partir de medidas antropométricas. Para detecção de cepas patogênicas foram realizados cultivos e testes bioquímicos específicos em meio aeróbio para determinação de espécies da família Enterobacteriaceae. Em cada cepa de E. coli isolada foram aplicados anti-soros para determinação de possível patogenicidade. Metodologia molecular também foi utilizada para determinação do perfil da microbiota intestinal bacteriana: sequenciamento de bibliotecas de DNAr 16S e PCR para detecção de genes característicos de cepas patogênicas de E. coli. Resultados: Verificou-se a presença de subnutrição protéico-calórica no grupo Paciente mesmo com terapia nutricional para recuperação deste estado nutricional. Quanto a microbiota, observou-se maior diversidade de Gram negativas, porém menor quantidade por grama de fezes da família Enterobacteriaceae em pacientes com SIC. Porém a análise molecular mostrou a manutenção na proporção de espécies bacterianas, equivalente a microbiota intestinal saudável. Conclusão: Apesar da subnutrição, retirada maciça do intestino delgado, uso freqüente de antibióticos, depressão do sistema imune, presença de alimentos não digeridos no trato gastrintestinal e transito intestinal acelerado, a relação e proporção entre as espécies bacterianas intestinais permanecem similares à normalidade. / Introduction The short bowel syndrome (SBS) is defined as a set of signs and symptoms resulting from nutritional and metabolic changes after major small bowel resections. Intestinal resections eliminate colonization sites and alter the absorption area. Besides, the frequent use of antibiotics due to recurrent infections, the presence of undigested food remaining in the intestinal tract, rapid transit and diarrhea in these same patients may contribute to the change of intestinal microbiota. Objective: To characterize the intestinal microbiota of patients with short bowel syndrome treated at the Metabolic Unit and HCFMRP / USP. Materials and Methods: We recruited all the patients with short bowel syndrome treated at the Metabolic Unit of HCFMRP / USP (use of parenteral nutrition therapy). The control group was composed by healthy individuals matched by age and sex. Samples of feces and biochemical tests from the patient group were evaluated. The control group had no biochemical tests, only feces samples to be analysed. The nutritional status was evaluated through anthropometric measurements and the assessment of food intake through food diary survey. The pathogenic strains from Enterobacteriaceae were detected by cultivation and specific biochemical tests in aerobic environment. In each strain of isolated E. coli antisera were applied for determination of pathogenicity. PCR analysis was also used to determine the profile of intestinal bacterial microbiota: sequencing libraries of 16S rDNA and PCR for detection of genes characteristic of pathogenic strains of E. coli. Results: Although receiving periodic parenteral nutrition the Patient group had protein-calorie malnutrition. In regards to the microbiota there was greater diversity, but lower concentration of the family Enterobacteriaceae in patients with SBS. However, the molecular analysis showed the a proportion of bacterial species equivalent to the intestinal flora from the control group. Conclusion: Although the protein-calorie malnutrition, massive resection of the small intestine, frequent use of antibiotics, immune system depression, presence of undigested food in the gastrointestinal tract and rapid intestinal transit rate, the ratio and the proportion of the intestinal bacterial species remain similar to normal.

Atualmente muitas espécies nativas de pássaros são consideradas raras no Brasil, pois são capturadas de forma indiscriminada por traficantes de animais e são então comercializadas, fazendo com que sejam encontradas cada vez mais em menor quantidade em seus habitats naturais. Animais confiscados do tráfico têm sido submetidos a programas de soltura ou relocação, atentando-se para que os mesmos não representem risco à população nativa. Passeriformes silvestres, saudáveis ou doentes, podem carrear uma grande diversidade de microorganismos e, portanto, o conhecimento sobre o status sanitário de animais apreendidos do tráfico que serão submetidos a programas de soltura, permite uma avaliação quanto à possibilidade destes animais atuarem como portadores de agentes patogênicos bem como atua como elemento esclarecedor da epidemiologia de doenças transmissíveis, aspecto fundamental para a preservação da saúde animal e também humana. O presente estudo procurou avaliar a ocorrência e frequência de bactérias aeróbias e anaeróbias facultativas bem como de fungos em suabes obtidos de cloacas de passeriformes silvestres apreendidos do tráfico e que serão submetidos a programas de soltura. Foram realizados testes de suscetibilidade in vitro dos isolados de E. coli frente a diferentes antimicrobianos utilizando-se o método de disco difusão, bem como a pesquisa de diversos genes codificadores de fatores de virulência nos mesmos através reação em cadeia da polimerase. A maior parte dos passeriformes (62,5%) avaliados apresentou uma microbiota cloacal constituída por bactérias aeróbias e/ou anaeróbias facultativas e/ou fungos, sendo que os microorganismos mais frequentemente isolados foram Staphylococcus spp. (15,0%), Micrococcus spp. (11,5%), Escherichia coli (10,7%) e Klebsiella spp. (10,7%). Observou-se uma maior ocorrência de bactérias Gram positivas seguidas por bactérias Gram negativas e fungos. A frequência de bactérias Gram negativas (28,4% do total de amostras coletadas) foi bastante representativa. Foram isolados 14 gêneros de bactérias, 03 gêneros de leveduras e 04 de fungos filamentosos. As 27 estirpes de E.coli isoladas apresentaram multirresistência aos antimicrobianos, sendo que ampiclina e amoxicilina+ácido clavulânico foram os antimicrobianos frente os quais observou-se maior índice de resistência (100%) por parte dos isolados, enquanto que cloranfenicol foi o antimicrobiano frente o qual observou-se maior índice de sensibilidade (100%). Somente um dos isolados de E.coli foi positivo para presença do gene codificador de fímbria S (sfa), podendo ser compatível com perfil de E. coli patogênica aviária (APEC) ou E. coli uropatogênica (UPEC). Nenhum dos isolados apresentou características condizentes com E.coli enteropatogênica (EPEC). Considerando-se a reduzida ocorrência dos genes codificadores de fatores de virulência estudados pode-se concluir que os passeriformes apreendidos do tráfico representam baixo risco potencial no tocante à transmissão de estirpes de EPECs, APECs e UPECs para outros animais ou mesmo para o ser humano. Por outro lado deve-se considerar o risco potencial de transmissão intra ou interespécies de E. coli multirresistentes aos antimicrobianos bem como a introdução destes micro-organismos no ambiente. Os riscos de disseminação de Salmonella spp., Cryptococcus spp e Candida spp. são pouco prováveis quando considerados programas de soltura. / Currently, many native bird species are considered rare in Brazil, once they are indiscriminately captured by animal traffickers and then are sold, which makes them increasingly found in smaller quantities in their natural habitats. Confiscated animals have been submitted to relocation programs attempting to ensure that they do not pose a risk to the native population. Wild passerines, healthy or sick, may carry a wide variety of microorganisms and therefore, knowledge on health status of confiscated animals which will be relocated, allows an assessment as to whether these animals act as carriers of pathogens to native populations as well as clarifies the epidemiology of diseases, which is fundamental to the preservation of animal and human health. This study aimed to investigate the occurrence and frequency of aerobic and facultative anaerobic bacteria and fungi in cloacal swabs of wild confiscated passerines which will be submitted to relocation programs. In vitro susceptibility testing of E. coli strains to differet antimicrobials as well as an investigation of the presence of virulence genes in these isolates using the polymerase chain reaction were performed. Most of the animals investigated (62.5%) presented a cloacal microbiota composed by aerobic and/or facultative anaerobic bacteria and/or fungi. The microorganisms most frequently isolated were: Staphylococcus spp. (15.0%), Micrococcus spp. (11.5%), Escherichia coli (10.7%) and Klebsiella spp. (10.7%). The frequencies of isolations of Gram positives bacteria were higher (P <0.05) than those of Gram negatives and also higher (P <0.05) than fungi. The frequencies of isolations of Gram negatives bacteria (28.4% from the total of samples) were very representative. Fourteen genera of bacteria, 03 genera of yeasts and 04 of filamentous fungi were isolated. The occurrence of multidrug resistance was observed for 100% of the E. coli isolates. All ,E. coli strains were resistant to ampicillin and amoxicillin plus clavulanic acid and were sensitive to chloramphenicol. One E.coli isolate was positive for the presence of the gene encoding S fimbriae (sfa), may be a strain profile compatible with UPEC or APEC. None of the E. coli isolates resembled EPEC. Considering the reduced occurrence of genes encoding virulence factors it was concluded that confiscated passerines represent low potential risk regarding the transmission of EPECs, APECs or UPECs strains to other animals or even humans. Furthermore, the potential risk of intra or interspecies transmission of E. coli multiresistant to antimicrobials must be considered as well as the introduction of these micro-organisms in the environment. The risks regarding dissemination of Salmonella spp., Cryptococcus spp and Candida spp. are unlikely when relocation programs are considered.

Os médicos veterinários que trabalham com répteis frequentemente são indagados pelos proprietários sobre os tipos de doenças que estes animais podem transmitir, bem como sobre as medidas profiláticas que devem ser implementadas para prevenir a transmissão de doenças. Desta forma, o conhecimento sobre os patógenos que estes animais albergam passa a ser importante para orientação dos proprietários quanto aos cuidados adequados que devem ser adotados com estes animais. Os microrganismos que compõem a microbiota podem se tornar patogênicos para seus hospedeiros quando os mesmos encontram-se debilitados, bem como a eliminação contínua destes microrganismos (pelas fezes, por exemplo) por répteis aparentemente saudáveis ou mesmo doentes, pode representar um importante problema para pessoas que tenham contato com eles. Crianças, idosos e indivíduos imunossuprimidos ou imunocomprometidos são bastante suscetíveis às infecções após manipulação de répteis criados como pet. Considerando-se que os répteis participam de forma crescente do mercado de animais criados como pet, suas características microbiológicas devem ser pesquisadas, visando evitar que eles adoeçam ou venham a óbito devido à ocorrência de doenças infecciosas e não transmitam zoonoses para aqueles que os manipulam. Este trabalho teve como objetivos o estudo da microbiota bacteriana e fúngica presente na cloaca de jabutis (Geochelone carbonária) criados em domicílio e análise do potencial risco a saúde humana. Foram realizados exames microbiológicos de swabs de cloaca de 100 jabutis-piranga visando a pesquisa de bactérias aeróbias, anaeróbias facultativas e fungos filamentosos e leveduras. Foram isolados 18 gêneros de bactérias, 06 gêneros de leveduras e 03 gêneros de fungos filamentosos. Os gêneros de microrganismos isolados com maior freqüência foram: Escherichia sp. (67%), Klebsiella spp. (54%), Bacillus spp. (42%), Candida spp. (42%), Citrobacter spp. (33%), Staphylococcus spp. (29%), Corynebacterium spp. (15%) e Aeromonas spp. (15%), dentre outros com menor freqüência. A freqüência de isolamentos de E. coli (67%) foi semelhante à de Klebsiella spp. (54%) e maior (P<0,05) do que as frequências de isolamentos de todos os outros microrganismos. Todos os microrganismos isolados podem representar risco para a saúde humana, devendo-se atentar para os cuidados com répteis criados como animais pet, particularmente quanto aos aspectos de higiene relacionados aos mesmos, visando assim a prevenção destes riscos. / Veterinarians who work with reptiles are frequently asked by owners about diseases that these animals can transmit, as well about the preventative measures that should be taken to prevent the transmission of diseases. Therefore, knowledge about pathogens that inhabit these animals and represent a potential zoonotic risk are very important in order to allow veterinarians to give proper recommendations about husbandry and preventative methods. Children, elderly people, and imunocompromised individuals are increasingly susceptible to infections after reptile pet manipulation. The microorganisms which form the microbiota can become pathogenic for their host if the host is debilitated. Transmission of these microorganisms from healthy or sick reptiles can be hazardous for people that have contact with them. Considering that reptiles are increasing obtained as pet, their microbiota should be investigated in order to prevent transmission of disease to people who manipulate them. The purposes of this paper were to evaluate the bacterial and fungal microbiota in the companion tortoise (Geochelone carbonaria) and to analyze the potential public health risk. One hundred samples of feaces from cloaca were obtained from jabutis-piranga and microbiological examinations were made for the presence of aerobic and facultative anaerobic bacteria, filamentous fungi and yeasts. Eighteen genus of bacteria, six genus of yeasts, and three genus of fungi were identified. The most frequently isolated genus were: Escherichia sp. (67%), Klebsiella spp. (54%), Bacillus spp. (42%), Candida spp. (42%), Citrobacter spp. (33%), Staphylococcus spp. (29%), Corynebacterium spp. (15%) and Aeromonas spp. (15%). The number of isolated E. coli (67%) was similar to that of Klebsiella sp. (54%), and was greater than (P<0.05) the total number of other species isolated. All isolated microorganisms present a public health risk. Therefore, care should be taken when obtaining these reptiles as pets, especially with regards to husbandry and proper hygiene in order to prevent the risk of contamination with the microbiota.

Em muitas partes do mundo o aumento na demanda de água tem estimulado pesquisas relacionadas às práticas de reuso sustentáveis. Dentre as atividades humanas, a irrigação agrícola se revela como uma das práticas de maior consumo de recursos hídricos naturais. Uma alternativa para minimizar este problema é o reuso de efluentes gerados por sistemas biológicos de tratamento de esgotos. O objetivo desta pesquisa foi avaliar os efeitos da irrigação com esgoto tratado na dinâmica do carbono (C) e nitrogênio (N) e na atividade microbiana de um solo sob pastagem. O estudo foi conduzido em uma pastagem de capim-Bermuda Tifton 85 (Lins-SP), onde o delineamento experimental foi o de blocos completos com seis tratamentos: SI (sem irrigação e sem fertilização), A100 (água potável + 520 kg de N ha-1 ano-1); E0, E33, E66 e E100 (irrigação com esgoto tratado + 0, 33, 66 e 100% de 520 kg de N ha-1 ano-1). Os tratamentos receberam entre 420 a 1500 mm de esgoto tratado e água por ano, correspondendo a uma entrada pelo esgoto tratado de 640 a 2300 kg ha-1 ano-1 de C e de 135 a 480 kg ha-1 ano-1 de N. Utilizando como referência os estoques de C e N de SI, o menor decréscimo de C ocorreu em E33 (1,2 Mg ha-1) e o maior em A100 (7,9 Mg ha-1). Alterações no estoque de N do solo ocorreram após quatro anos de irrigação, onde A100 apresentou decréscimo de cerca de 450 kg de N ha-1. Os estoques de N dos tratamentos irrigados com esgoto tratado não foram afetados. A entrada de C e N orgânicos pelo esgoto tratado não afetaram a composição isotópica do C (\'delta\' 13C) e do N (\'delta\' 15N) da fração estável da matéria orgânica do solo (MOS) do solo. A alteração de \'delta\' 13C nos solos dos tratamentos irrigados (-0,7 a -1,2%o ), em relação a SI, foi resultante da mineralização do carbono orgânico remanescente do solo (plantas C3). Os valores de \'delta\' 15N do N da MOS (0 a 5 cm) foram significativamente maiores (+2,2%o) nos tratamentos irrigados com esgoto tratado do que em SI e A100, refletindo diferenciadas taxas e processos de ciclagem de N. A abundância natural de 15N nas folhas do capim-Bermuda refletiu a composição isotópica do N do solo, com enriquecimento de +2,5%o e +4,9%o em relação a A100 e SI, respectivamente. As taxas líquidas de mineralização e nitrificação negativas ou nulas nas épocas Seca-04, Chuvas-05 e Seca-05 indicaram predominância de processos de imobilização do N pela microbiota em virtude uma alta relação C:N da MOS. Nas épocas de Chuvas-06 e Seca-06 as taxas tornaramse positivas indicando a diminuição da relação C:N da MOS, término do efeito priming e, portanto, ciclagem interna de N. Os solos dos tratamentos apresentaram baixo consumo (-0,1kg de C ha-1 sem-1) ou pequena emissão média de CH4 (+0,8 kg de C ha-1 sem-1). A disponibilidade de N e a umidade do solo não representaram fatores limitantes nos tratamentos, assim as emissões de CO2 não diferiram entre si na maior parte das datas de coleta (médias de 14,7 e 12,2 Mg de C ha-1 para épocas de chuvas e seca, respectivamente). Os maiores fluxos de CO2 relacionaram-se com os períodos de maior precipitação e/ou irrigação do que com os tratamentos. Os maiores fluxos de N2O foram observados após a aplicação de N mineral nos tratamentos irrigados com esgoto tratado, sendo proporcionais as maiores quantidades de N adicionado. As relações médias entre o C da biomassa microbiana e o C orgânico total (Cmic:COT) dos tratamentos variaram de 2,3 a 3,8% ao longo das épocas, indicando boa resiliência do agroecossistema, onde os microrganismos apresentaram variações temporárias de biomassa. Interferências positivas do manejo (corte do capim e fertilização com N mineral) resultando em aumento de Cmic foram observadas no 1º ano hidrológico e Seca-06, como resultado da maior umidade do solo e com isso condições mais favoráveis para a disponibilização de C. Na Seca-04, com o aumento da atividade metabólica, e Chuvas-05, sem alteração deste parâmetro, ao longo do manejo, o quociente metabólico (qCO2) apresentou um cenário de eficiente conversão de C-CO2 em biomassa microbiana. No 2º ano hidrológico, com a diminuição das lâminas de irrigação os tratamentos irrigados e fertilizados apresentaram decréscimo de Cmic e respiração mantida (Seca-05) ou aumentada (Chuvas-06) após o manejo, os valores de qCO2 indicaram condições desfavoráveis a microbiota. Com a pouca interferência dos tratamentos, os indicadores eco-fisiológicos não foram suficientemente sensíveis para mostrar o manejo com menor impacto na qualidade do solo, revelando apenas cenários do metabolismo microbiano ao longo das práticas agrícolas. A quantidade de C exportada por E33, como biomassa (15,2 Mg de C ha-1 ano-1) não diferiu das maiores produções, a alteração em seu estoque de C foi inferior aos demais tratamentos irrigados, sugerindo ser o manejo mais sustentável, em termos de C, utilizando esgoto tratado como irrigação. Os tratamentos E100 (Seca-04) e E66 (Chuvas-05) representaram os manejos com as maiores exportações de N, respondendo linearmente até 940 ha-1 de N ano-1. De acordo com as variáveis avaliadas, o manejo com maior sustentabilidade produtiva e ambiental foi o tratamento E100, situação onde as saídas de N não superaram as entradas / In many parts of the world, the increasing demand and, especially in arid regions the natural scarcity of water has stimulated researches in terms of sustainable water reuse practices. Within human activities, common agricultural irrigation reveals one of the most consumptive practices of natural water resources. One alternative to minimize this problem represents the reuse of effluent generated by biological sewage treatment systems. The objective of this study was to investigate the impact of treated wastewater application in the dynamic of carbon (C) and nitrogen (N), and microbial metabolism of a soil under pasture. The study was carried out at Lins, São Paulo State, Brazil on a Tifton 85 bermudagrass pasture irrigated with secondary treated sewage effluent using a randomized complete block design with six treatments: SI (control, without irrigation and fertilization), W100 (potable water irrigation + 520 kg of N ha-1 year-1); E0, E33, E66 and E100 (treated wastewater irrigation + 0, 33, 66 and 100% of 520 kg of N ha-1 year-1). Samples of treated effluent/water, soil, plant (litter fall), and gases were taken from January 2004 through October 2007 and the treatments were kept under irrigation management receiving between 420 and 1,500 mm of water and treated sewage corresponding to an input of 640 to 2,300 kg ha-1 yr-1 of C and 135 to 480 kg ha-1 year-1 of N . Soil C stocks decreased slightly in the E33 treatment (-1.3 Mg ha-1) and a larger decrease was observed in W100 (-7.9 Mg ha-1). The inputs of organic C by the treated sewage did not affect the soil carbon isotopic composition (\'delta\' 13C), and in the irrigated treatments measured shifts in the isotopic signature (-0,7 a -1,2%o ) were caused by the mineralization of the remaining soil organic matter (SOC) (C3 plants). After 4 years of irrigation the only significant changes in soil N stocks were found in the W100 treatment (-450 kg de N ha-1). The \'deta\' 15N signature of the soil organic matter (0-5 cm depth) in the treatments irrigated with treated sewage was significantly higher (+2,2%o) than WI and W100, this suggests higher nitrogen cycling. The \'delta\' 15N signature of grass was enriched relative to the soil of W100 and WI +2,5%o and +4,9%o respectively). Negative or null rates of mineralization and nitrification occurred in the dry season of 2004, rainy and dry season of 2005 indicated an immobilization by the microorganisms, as a result of a high C:N ratio in the SOC. In the dry and wet seasons of 2006, mineralization and nitrification rates became positive suggesting a decrease of the C:N ratio, and the end of both priming effect and, thus the beginning of N cycling in the soil organic matter. Soils in the treatments showed low CH4 consumption rates (-0.1 kg de C ha-1 semester-1) and in some cases low emissions (+0.8 kg de C ha-1 emester-1). Nitrogen availability and soil moisture did not appear to be limiting factors for the treatments, thus CO2 emissions did not differ from each other over the collections (averages of 14.7 e 12.2 Mg of C ha-1 for wet and dry season, respectively). The highest CO2 fluxes were more related to periods of high precipitation and/or irrigation than to the applied treatments. The highest emissions of nitrous oxide were observed after the application of mineral N to the treatments irrigated with treated sewage, and the emissions were straightly related to the N addition. Values of Cmic:TOC (microbial C : Total Organic C) in the treatments averaged between 2.3 and 3.8 % through the seasons which means a significant resilience of the ecosystem, indicating that soil microbial community varied seasonally in their Cmic. Addition of mineral nitrogen and grass cutting practices influenced positively resulting in increase of Cmic in the first hydrological year and in the dry season in 2006, as well as an increase of soil moisture resulting in good conditions for C availability. With the increase metabolic activity in the dry season of 2004 and a continuous metabolic activity in the rainy season in 2005, the metabolic quotient (qCO2) resulted in an efficient scenario of conversion of C-CO2 into microbial biomass. In the second year, with a decrease of the irrigation depths and an increase in salts concentration after fertilization, the treatments irrigated with treated sewage and fertilizers presented decrease of Cmic with stable respiration (dry season 2005) or increase respiration (wet season 2006) after the management, and as a result qCO2 indicated inappropriate conditions for the microorganisms. In the dry season (2006) the physiological profile of the soil remained instable with no stress and Cmic increased and soil respiration remained inaltered. According to these results, the microbial indicators were not efficiently sensitive for revealing the more impacting management to the soil. The co-physiological indicators showed only the regular microbial metabolism along the agricultural practices. Carbon biomass exported by the grass in the E33 (15.2 Mg C ha-1 yr-1) did not differ from the biomass produced in the other treatments and the alterations in its C stocks were low compared to the other treatments. As a result, E33 seems to be the more sustainable and efficient practice for treated sewage use. Both the E66 and E100 treatments had high measured rates of N export, responding linearly up to 940 kg of N ha-1 yr-1. Thus, according to the variables studied, the management with highest sustainability was E100 where N outputs did not surpass the inputs

A caquexia é uma síndrome multifatorial marcada pela perda de peso, anorexia e desnutrição. Não há tratamento efetivo, pois a sua etiologia é obscura. A inflamação sistêmica é o papel chave da síndrome. Estudos apontam exercício e microbiota como moduladores da inflamação. Apesar da importância da microbiota e sua ligação com a inflamação e exercício, não há estudos em humanos que abordem esta correlação na caquexia. Este estudo investigou o impacto do treinamento físico (TF) aeróbio e crônico sobre a inflamação, microbiota intestinal e nutrição de pacientes com câncer caquéticos. Pacientes submetidos à cirurgia de câncer intestinal assinaram TCLE. Avaliamos peso, composição corporal, consumo alimentar; coletamos sangue, fezes e fragmento do cólon. Verificamos nos caquéticos: menor consumo proteico, ausência de correlação entre perda de peso e consumo proteico, e presença com IL-6; o TF aumentou massa corporal magra e total; reduziu celularidade, eosinófilos, plasmócitos e fibroblastos no intestino; e melhorou a relação Firmicutes e Bacteroidetes na microbiota fecal. Concluímos que há uma complexa interação entre fatores humorais, metabólicos e imunitários na caquexia, que pode ser favoravelmente modulada pelo treinamento físico aeróbio. / Cachexia is a multifactorial syndrome marked by weight loss, anorexia and malnutrition. There is no effective treatment because its etiology is obscure. Systemic inflammation is the key role of the syndrome. Studies show the exercise and microbiota as modulators of inflammation. Despite the importance of the microbiota and its connection with inflammation and exercise, there are no studies in humans that show this correlation in cachexia. This study investigated the impact of aerobic and chronic training (TF) on inflammation, gut microbiota and nutrition of cachectic cancer (CC) patients. Patients undergoing intestinal cancer surgery signed term of concent. We evaluated weight, body composition, food consumption; we collected blood, feces, and fragment of the colon. We observed in CC: lower protein consumption, none correlation between weight loss and protein consumption, and presence with IL-6; TF increased lean and total body mass; Reduced cellularity, eosinophils, plasma cells and fibroblasts in the gut; And improved the Firmicutes and Bacteroidetes ratio in the fecal microbiota. We conclude that there is a complex interaction between humoral, metabolic and immune factors in cachexia, which can be modulated by aerobic physical training.