Fundamento e objetivo: Mudanças na ingestão de fibra e água podem influenciar a fisiologia intestinal. Este conceito simplista fundamenta a recomendação médica popular de aumentar o consumo de fibras e ingerir 2 litros de água por dia para o tratamento da constipação intestinal. O nosso objetivo foi avaliar o que há de verdadeiro nesta recomendação, primeiramente em indivíduos saudáveis. Métodos: Neste ensaio clínico randomizado, não cego, de grupos paralelos, 20 voluntários sadios tiveram suas variáveis basais determinadas (dieta, hábito intestinal, qualidade de vida e microbiota intestinal), seguido de randomização para tratamentos de 14 dias com aumento na ingestão de fibras (grupo F) ou aumento de fibras acompanhado da ingestão de 2 litros de água por dia (grupo FA), repetindo-se a aferição das variáveis ao final. Resultados: Dezenove participantes foram analisados, sendo 10 no grupo F e 9 no grupo FA. A maioria dos participantes (68,4%) desenvolveu um ou mais sintomas abdominais, particularmente os do grupo F, em comparação ao FA (90% vs. 44%; P = 0,034). Participantes de ambos os grupos aumentaram significativamente o número de evacuações/semana (grupo F: 6,8 antes vs. 8,8 depois; grupo FA: 8,4 antes vs. 9,9 depois; P < 0,05), enquanto que apenas os participantes do grupo FA apresentaram aumento no peso bruto fecal (71,5 g vs. 126 g; P = 0,020) e no percentual de água nas fezes (74,5% vs. 78,4%; P = 0,038). A qualidade de vida mensurada pelo WHOQOL-Bref não diferiu em nenhuma intervenção. O tratamento com FA aumentou significativamente a população de bactérias do gênero Bacteroides e Prevotella, Faecalibacterium prausnitzii e Bifidobacteriums sp, enquanto que ambos FA e F reduziram a contagem das bactérias do gênero Desulfofibrio. Conclusões: Em voluntários sadios, o aumento no consumo de fibras e água melhorou o hábito intestinal, mas foi acompanhado de sintomas abdominais, particularmente quando o aumento na ingestão de fibras não foi acompanhado por aumento no consumo de água. O efeito na microbiota também foi superior no grupo tratado com fibra e água. / Background and aims: Intestinal physiology can be influenced by changes in fiber and water intake. This simple concept supports the recommendation of increasing fiber and water ingestion for treatment of bowel constipation. The aim of our study was to test whether such recommendation is true in healthy volunteers. Methods: In this open label clinical trial, 20 healthy participants had their basal characteristics determined (diet, bowel function, quality of life and intestinal microbiota), followed by randomization for 14 days treatment with increased fiber consumption (group F) or increased fiber and water intake (group FW), with reassessment of the variables at the end. Results: Nineteen participants were analyzed (10 F and 9 FW). The majority of them (68.4%) developed one or more abdominal symptoms during the treatments, particularly the group F as compared to FW (90% vs. 44%; P = 0.034). Both groups showed increased number of evacuations per week (group F: 6.8 before vs. 8.8 after; group FA: 8.4 vs. 9.9; P < 0.05), whereas group FW presented an increase in both fecal weight (71.5 g vs. 126 g; P = 0.020) and water percentage in feces (74.5% vs. 78.4%; P = 0.038). Quality of life measured by WHOQOL-Bref did not differ in any intervention. Participants receiving FW had a significant increase in bacteria from the Bacteroides and Prevotella genus, Faecalibacterium prausnitzii and Bifidobacterium, whereas both FW and F had a reduced number of Desulfofibrio. Conclusions: In healthy volunteers, a higher intake of fiber and water improved the bowel function but was accompanied by abdominal symptoms, particularly when the dietary fiber was introduced without changes in water intake. The effect on fecal microbiota was superior in participants treated with fiber and water.

As populações de aves antárticas têm sido estudadas e consideradas indicadoras da qualidade do ecossistema marinho, especialmente dos oceanos do sul, ao longo dos últimos 50 anos. Existem cerca de 40 espécies de aves marinhas que se reproduzem em áreas descobertas de gelo. Dentre as aves marinhas antárticas, os pinguins são os que têm a maior representatividade ecológica e são considerados espécies sentinelas para o estudo das mudanças ambientais nesse continente. Esses animais representam 90% da biomassa de aves nos oceanos do sul, e suas colônias estão distribuídas nas ilhas antárticas e subantárticas bem como sobre o Continente Antártico. Há três espécies de pigoscelídeos mais representativos desta biomassa, são eles: Pygoscelis papua (Pinguim gentoo), Pygoscelis adeliae (Pinguim-de-adélia) e Pygoscelis antarcticus (Pinguim-de-barbicha). Os pinguins antárticos estão entre as aves de menor contato com humanos, o que os torna possíveis indicadores da presença natural de genes de resistência a antimicrobianos na microbiota intestinal de aves e no ambiente. O objetivo desta dissertação foi avaliar a presença de resistência a antimicrobianos na microbiota intestinal de P. antarcticus e de P. papua, e compará-las à microbiota de Spheniscus magellanicus (pinguins-de-magalhães). Os S. magellanicus habitam a Argentina, Chile e Ilhas Malvinas, locais em que há variadas atividades humanas. Foram coletadas amostras de fezes aparentemente frescas de 46 pinguins P.antarcticus e de 12 pinguins P. papua, nas suas respectivas colônias na Ilha Elefante, em dezembro de 2014. De S. magellanicus foram coletadas, com auxílio de suabes cloacais, amostras de 19 indivíduos, encontrados na costa norte do Rio Grande do Sul, de Quintão a Torres, durante os meses de inverno de 2015 e de 2016. As amostras de microbiota dos pinguins foram cultivadas em ágar LB e os isolados bacterianos foram triados para os seguintes antimicrobianos: eritromicina (≥ 8μg/mL), estreptomicina (≥ 2.000 μg/mL), tetraciclina (≥ 16 μg/mL) e vancomicina (≥ 32 μg/mL). Em 10 amostras de P. antarcticus e em 15 amostras de S. magellanicus foram identificadas bactérias resistentes a pelo menos um dos antimicrobianos testados. Todas as amostras de P. papua foram sensíveis a esses antimicrobianos. As espécies dos isolados resistentes foram identificadas pelo sequenciamento do rRNA 16S, que revelou sete gêneros, sendo os mais recorrentes Enterococcus sp. e Staphylococcus sp. Esses isolados resistentes também foram triados para a presença de genes de resistência aos antimicrobianos. O tet(M) foi mais abundante em S. magellanicus (5) do que em P. antarcticus (3), ao passo que o int e van(B) foram identificados somente em P. antarcticus (três e um, respectivamente). O gene erm(B) não foi encontrado em nenhum dos isolados. Uma vez que a fração não cultivável das fezes também pode apresentar genes de resistência, foi realizada a extração do DNA das fezes de pinguins antárticos para obtermos DNA de todos os micro-organismos presentes. Os genes mais recorrentes nas amostras de DNA total das fezes de P. antarcticus e P. papua foram, respectivamente, int (5 e 7), seguido de tet(M) (1 e 5). O van(B) foi encontrado em amostras das duas espécies de pinguins, enquanto que o erm(B) foi encontrado somente nas amostras de P. papua. De acordo com esses resultados, houve mais resistência a antimicrobianos na fração cultivável da microbiota de pinguins-de-magalhães do que em pinguins antárticos. Na fração não-cultivável, foram encontrados mais genes de resistência nas amostras de P. papua do que de P. antarcticus. / Antarctic seabird populations have been studied as bioindicators of the nature variability in the Southern Ocean marine ecosystems over the last 50 years. Among the Antarctic seabirds, the most representative species are penguins; they represent 90% of total biomass of birds in the Southern Ocean, and are considered sentinels for environmental changes in the Antarctic region. Pygoscelis antarcticus and P. papua are the most prevalent species in Antarctida. Because they remain among the wild birds with least contact with humans, their microbiota may serve as indicators of antimicrobial resistance in the environment. The aim of this work was to evaluate the antimicrobial resistance present in the microbiota of P. antarcticus and P. papua, and compare it with the microbiota of Spheniscus magellanicus (Magellanicus penguins). Magellanicus penguins inhabit Argentina, Chile and Falkland Islands, and therefore have more contact with humans. We have collected samples of apparently fresh feces from P. antarcticus (n = 46) and from P. papua (n = 12) in their respective colonies located in the Elephant Island in December 2014. From S. magellanicus, we have collected cloacal swabs (n = 19) from specimens found in the northern coast of Rio Grande do Sul, from Quintão to Torres, during the winter months of 2015 and 2016. All samples were evaluated for the presence of resistant bacteria to the following antimicrobials: erythromycin (≥ 8μg/mL), streptomycin (≥ 2.000 μg/mL), tetracycline ( ≥ 16 μg/mL) and vancomycin (32 μg/mL). We have isolated resistant bacteria from 10 samples of P. antarcticus and from 15 samples of S. magellanicus; there was no bacterial growth in the presence of any of these antimicrobials from samples of P. papua feces. The species of resistant bacteria were identified by 16S rRNA sequencing: among the 7 genera identified, the most frequent were Enterococcus sp. and Staphylococcus sp. Resistant bacteria were screened for the resistance genes ermB, tet(M), int and van(B). tet(M) was more frequent in S. magellanicus (5) than in P. antarcticus (3), while int and van(B) were identified only in P. antarcticus (3 and 1, respectively). The erm(B) gene was not identified in any isolate. Considering that the non-cultivable fraction from feces can also harbor resistance genes, we extracted DNA from feces of the Antarctic penguins in a attempt to obtain DNA from all micro-organisms of their microbiota. The most abundant genes present in the microbiota of P. antarcticus and P. papua were, respectively: int (5 and 7) and tet (M) (1 and 5). The van(B) gene was found in one sample of each species, while erm(B) was found in only one sample of P. papua. According to our results, antimicrobial resistance is more frequent in the cultivable microbiota of S. magellanicus than of P. antarcticus. In the non-cultivable fraction, resistance genes were more frequent in samples from P. papua than from P. antarcticus.

Orientador: Telma Teresinha Berchielli / Resumo: Objetivou-se a caracterização da comunidade bacteriana ruminal em novilhos Nelore alimentados com diferentes teores e fontes proteicas em dietas de alto concentrado, e a identificação de possíveis associações entre o perfil microbiano ruminal e as variações na eficiência de utilização de nitrogênio animal. Foram utilizados seis novilhos Nelore, castrados, canulados no rúmen e duodeno, distribuídos em um modelo de blocos incompletos, com seis dietas e quatro períodos experimentais. O volumoso usado foi à cana de açúcar e os concentrados possuíam xdois teores de inclusão de proteína bruta 10 e 13 % e três fontes proteicas: farelo de soja+ureia (FS), glúten de milho 60 (GLU) e grãos secos por destilação oriundo do processamento do milho (DDG). A fonte proteica DDG foi significativa na avalição dos índices de diversidade Shannon Wiener e Simpson (P<0,010). Avaliou-se a riqueza pelo índice Chao1 e os resultados demonstram um ambiente ruminal mais rico com o teor de 10% (P<0,010) e a fonte FS (P<0,010). Animais alimentados com 13% de PB apresentaram maior abundância dos filos Elusimicrobia e Spirochaetes (P>0,01) e menor abundância de Bacteriodetes e Synergistetes (P>0,01). A retenção de nitrogênio não foi influenciada pelo teor e a fonte utilizada, assim, os dados de retenção de nitrogênio foram distribuídos em três clusters: alta, média e baixa utilizando o NbClust package versão 2.0. Endomicrobium_Other_other (P =0,043) e Eubacterium (P=0,023) estiveram associados com a alta ret... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The objective of this study was to characterize the ruminal bacterial community in Nellore steers fed different levels and protein sources in high concentrate diets and to identify possible associations between the ruminal microbial profile and the variations in the efficiency of animal nitrogen utilization. Six Nellore steers were used, cannulated in the rumen and duodenum, distributed in a model of incomplete blocks, with six diets and four experimental periods. The soybean meal + urea (FS), corn gluten 60 (GLU) and dry grains were obtained by distillation from the sugar cane and the concentrates had two inclusion levels of crude protein 10 and 13% and three protein sources: of corn processing (DDG). The DDG protein source was significant in the evaluation of diversity indexes Shannon Wiener and Simpson (P <0.010). The richness was evaluated by the Chao1 index and the results showed a richer ruminal environment with 10% content (P <0.010) and FS source (P <0.010). Animals fed with 13% CP showed greater abundance of Elusimicrobia and Spirochaetes (P> 0.01) and lower abundance of Bacteriodetes and Synergistetes (P> 0.01). Nitrogen retention was not influenced by the content and the source used, so the nitrogen retention data were distributed in three clusters: high, medium and low using the NbClust package version 2.0. The low N retention was associated with Prevotella (P = 0.029), Weissella (P = 0.024), and Mogibacterium (P = .089) and Eubacterium. (P = 0.043). When we corre... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Apesar do sucesso do transplante na clínica, os importantes efeitos adversos dos imunossupressores, usados para prevenir e tratar a rejeição, apontam para a necessidade de novas terapias imunorreguladoras. A via oral tem sido efetiva na indução de imunorregulação, em diversos modelos experimentais, principalmente de doenças autoimunes. A Hsp60/65 é uma molécula com grande potencial imunoterapêutico, por sua capacidade de induzir respostas imunes pró-inflamatória e imunorreguladora. Testamos se a terapia oral com o probiótico Lactococcus lactis que expressa a Hsp65, combinada à administração de aloantígenos do doador (AloAg-doador), atua sinergicamente na indução de tolerância ao enxerto de pele semialogeneico murino, ou no aumento de sua sobrevida. Testamos diferentes combinações de terapia oral, assim como a influência da utilização de um anti-inflamatório, inibidor seletivo de COX-2 (celecoxibe). O transplante de pele foi realizado 10 dias após a última administração oral dos probióticos e aloantígenos do doador. Não observamos efeitos benéficos na sobrevida do enxerto no grupo de animais que receberam L.lactis que produz Hsp65, sozinho ou em combinação com AloAg-doador e/ou o anti-inflamatório. Em contraste, a terapia oral combinada com o probiótico L.lactis selvagem e AloAg-doador aumentou significativamente a sobrevida do enxerto (p=0,01), em comparação com o grupo não tratado. Nesse grupo que teve maior sobrevida do aloenxerto (L,lactis selvagem e AloAg-doador), também observamos maior quantidade de epitélio preservado (p=0,02) e maior expressão de TGF-beta (p=0,04), no enxerto, em comparação com o grupo sem tratamento. Não observamos diferenças significativas na expressão, in situ, de FOXP3 e IL-17, que foi baixa em todos os grupos experimentais. Concluímos que a Hsp65 não induziu efeito imunorregulador capaz de prolongar a sobrevida do enxerto. No entanto, a manipulação da microbiota com a terapia combinada com o L.lactis selvagem e a exposição a antígenos do doador, previamente, ao transplante, induz mecanismos imunorreguladores capazes de controlar, mesmo que parcialmente, as respostas inflamatórias dirigidas ao aloenxerto de pele, provavelmente, com a participação de TGF-beta / Despite the success of clinical transplantation, the significant side effects induced by immunosupressants used to prevent and treat rejection, indicate the need for novel immunoregulatory therapies. The oral route has been effective in inducing immunoregulation in several experimental models, mostly in pathological autoimmunity. Heat Shock protein 60/65 (Hsp) displays great immunotherapeutic potential due to its capacity to induce both pro-inflammatory and immunregulatory responses. We tested whether oral therapy with the probiotic Lactococcus lactis that expresses Hsp65, in combination with donor alloantigens (Donor-Allo-Ag), acted synergically, inducing immunotolerance or increasing graft survival, in a murine model of semiallogeneic skin transplantation. We tested different oral therapy combinations, as well as the association with a COX-2 selective nonsteroidal anti-inflammatory drug (celecoxib). Skin transplantation was performed 10 days after the last oral administration of probiotics and Donor-Allo-Ag. We observed no beneficial effect on graft survival in the group that received L.lactis that produce Hsp65, alone or in combination with Donor-Allo-Ag/and/or the anti-inflammatory drug. In contrast, combined oral therapy with wild type L.lactis and Donor-Allo-Ag significantly prolonged graft survival (p=0.01), in comparison to non-treated animals. In this prolonged-survival group (L.lactis and Donor-Allo-Ag), we also found higher extension of preserved epithelium (p=0.02) and higher expression of TGF-beta (p=0.04), within the graft, in comparison to non-treated animals. We found no significant differences in the intragraft expression of FOXP3 and IL-17, which was essentially absent or very low. We conclude that Hsp65 did not induce immunoregulatory effects capable of prolonging graft survival. However, the microbiota manipulation with the combined oral therapy with wild type L.lactis and Donor-Allo-Ag, prior to transplantation, induce immunoregulatory mechanisms capable of partially controlling the inflammatory responses to the graft, most likely involving the participation of TGF-beta

O objetivo do presente estudo foi comparar a expressão de IL-1&#946;, IL-4, IL-8, interferon-&#947;, atividade de elastase e a composição do perfil microbiano subgengival antes e depois do tratamento periodontal não cirúrgico em pacientes com doença peridontal crônica generalizada (PC) e agressiva generalizada (PA). Vinte pacientes com PC e quatorze com PA foram avaliados. Dados clínicos, fluido gengival e biofilme subgengival foram analisados na visita inicial (VI) e 3 meses (3M) após o tratamento periodontal não cirúrgico. Amostras de fluido gengival (FG) foram coletadas com tiras de papel e os níveis de: IL-1&#946;, IL-4, IL-8 e INF-&#947; foram medidos, utilizando um tipo de imunoensaio multiplexado (Luminex). Atividade da elastase foi avaliada por um ensaio enzimático. Amostras de placa subgengival foram analisadas através do checkerboard DNA-DNA hybridization. Na avaliação de 3 meses após terapia periodontal foi encontrado melhora significativa para todos os parâmetros clínicos em ambos os grupos. Foram encontradas reduções significativas na atividade de elastase nos sítios rasos e profundos dos pacientes do grupo PA e nos sítios profundos do grupo PC, também foi achado um aumento significativo de INF-&#947; nos sítios rasos do grupo PA. Os dados microbiológicos, mostraram reduções significativas para os níveis dos membros do complexo vermelho (P. gingivalis, T. forsythia, T.denticola), e para as espécies E.nodatum e P.micra no grupo PC. No grupo PA, ocorreram reduções significativas no níveis de P. gingivalis, T. forsythia, Fusobacterium nucleatum ss polymorphum e Fusobacterium periodonticum. Quando as respostas clínica e imunológica 3M após terapia foram comparadas entre os grupos, apenas diferenças sutis foram observadas. Nenhuma diferença microbiológica foi encontrada entre os grupos após a terapia. Em conclusão, os achados suportam nossa hipótese de que as periodontites cronica e agressiva respondem de forma semelhante ao tratamento periodontal nao cirúrgico. / Our aim was to compare the expression of IL1&#946;, IL-4, IL-8, INF-&#947;, elastase activity and the composition of the subgingival microbiota profile before and after non-surgical periodontal treatment in patients with untreated generalized chronic (GCP) and aggressive periodontitis (GAgP). Twenty patients with GCP and 14 with GAgP were evaluated. Clinical data, GCF and plaque were analyzed at baseline and 3 months after non-surgical periodontal treatment. IL-1&#946;, IL-4, IL-8 and INF&#947; were analyzed in a luminex assay. Elastase activity was assessed by an enzymatic assay. Subgingival plaque samples were analyzed using checkerboard DNA-DNA hybridization. Three months after periodontal therapy significant improvement for all clinical parameters in both groups were found. We have found significant reductions in the elastase activity in shallow and deep sites from GAgP and in deep sites from GCP group. A significant increase in INF-&#947; in the shallow sites from GAgP group were also found. Microbiological data showed significant reductions in the levels of members of the red complex (P. gingivalis, T. forsythia, T. denticola), and for the species E.nodatum and P.micra on GCP group. In the GAgP group, there were significant reductions in levels of P. gingivalis, T. forsythia, Fusobacterium nucleatum and Fusobacterium polymorphum ss periodonticum. When the clinical and immunological responses after therapy were compared between groups, only slight differences were found. No microbiological difference was found between groups after therapy. In conclusion, the findings support our hypothesis that the chronic and aggressive periodontitis respond equally well to non-surgical periodontal treatment.

No Brasil, o papagaio-verdadeiro (Amazona aestiva) é uma das aves mais procuradas como animal de estimação e comercializadas ilegalmente. Na literatura pouco é descrito sobre a microbiota intestinal de aves silvestres. O trato intestinal das aves é composto por inúmeras e diferentes espécies bacterianas. A grande maioria são bactérias gram-positivas pertencentes ao grupo de bactérias ácido-láticas. Este estudo teve como objetivo isolar e identificar a presença de bactérias dos gêneros Lactobacillus, Bifidobacterium, Enterococcus, Pediococcus e Lactococcus na microbiota entérica de papagaios Amazona aestiva de vida livre e de cativeiro. Para isto foram coletadas amostras de 26 aves de vida livre e de 26 aves procedentes de dois criadouros comerciais. O Enterococcus foi o gênero que apresentou maior freqüência de isolamentos (100%), seguido dos gêneros Pediococcus (63,46%), Lactobacillus (28,84%), Lactococcus e Bifidobacterium (15,38%). Foram isoladas 12 espécies de Enterococcus, sendo o E. faecium a espécie que apresentou maior ocorrência de isolamento, presente em 63,46% das aves, seguido por E. faecalis isolado em 57,69% das aves, Enterococcus sp. identificado em 46,15% das aves, E. hirae em 30,76% e E. raffinosus em 19,23%. Seis espécies de Pediococcus foram isoladas, sendo que P. pentosaceus foi a mais freqüente e esteve presente em 57,69% das aves. Foram isoladas cinco (5) espécies de Lactococcus, sendo L. lactis subsp. cremoris isolados em 3,84% das aves e Lactococcus sp. em 9,61%. Lactobacillus apresentou uma maior diversidade, com 14 espécies identificadas, sendo as mais freqüentes L. coryniformis subsp. torquens e L. sanfrancisco com 7,69% de aves positivas para cada espécie. Três (3) espécies de Bifidobacterium foram isoladas, sendo B. bifidum identificado em 9,61% das aves. Estudos complementares precisam ser conduzidos para uma melhor compreensão da microbiota intestinal das aves silvestres, assim como analisar as similaridades e diferenças com as aves domésticas, o que permitirá um manejo apropriado e menos empírico desta espécie em cativeiro. / In Brazil, Blue-fronted Parrot (Amazona aestiva) has been widely owned as a pet bird and, therefore, one of the Brazilians birds most frequently traded illegally in the Black Market. There are few reports in the current literature regarding to the microbiota of wild birds. The gastrointestinal tract of these birds has a wide variety of bacterial species; most of them are Gram positive bacteria and belongs to the lactic acid group. The present study has isolated and identified Lactobacillus, Bifidobacterium, Enterococcus, Pediococcus, and Lactococcus bacterias present in fecal samples of wild and captive Amazona aestiva parrots. Fifty two fecal samples were collected from 26 wild parrots and 26 parrots from commercial breeders. Enterococcus genus was the most frequently isolated (100%), followed by Pediococcus (63.46%), Lactobacillus (28.84%), Lactococcus and Bifidobacterium (15.38%). Twelve species of Enterococcus were identified. E. faecium was the most frequently isolated from the birds representing 63.46%, followed by E. faecalis (57.69%), Enterococcus sp. (46.15%), E. hirae (30.76%), and E. raffinosus (19.23%). P. pentosaceus was identified from 57.69% of the parrots. This specie was the most frequently isolated. Five different species of Lactococcus were found out. Lactococcus sp. was identified from 9.61% of the birds, while L. lactis subsp. lactis represented 3.84%. Fourteen different species of Lactobacillus were isolated, showing the biggest diversity among all the studied genera. L. coryniformis subsp. torquens and L. sanfrancisco were isolated from 7.69% of the birds. Three different species of Bifidobacterium were isolated, and B. bifidum was identified in 9.61% of the birds, being the most frequently isolated. Further studies are needed to a better comprehension of the microbiota in wild birds. Besides comparing differences and similarities between wildlife parrots and pet birds will allow appropriate and less empiric management of those birds in captivity.

A microbiota intestinal é um ecossistema complexo que geralmente vive em harmonia com seu hospedeiro. É essencial para o desenvolvimento e funcionamento adequado do sistema imunológico da mucosa durante o início da vida, um processo que atualmente é conhecido por ser importante para a imunidade de adultos. A microbiota intestinal compreende aproximadamente 1000 espécies, das quais 80% não são cultiváveis. Tendo em vista a importância de se conhecer a microbiota humana e a utilização da ferramenta da construção da biblioteca genômica RNAr 16S ser relativamente recente, esse estudo tem como objetivo analisar diferentes protocolos para avaliar o uso desta ferramenta para o estudo da microbiota intestinal humana. Para a realização dos ensaios experimentais, o DNA extraído de fezes de seis crianças, em diferentes faixas etárias, foi utilizado para a criação de um pool, o qual foi utilizado nos ensaios de PCR. As bibliotecas RNAr 16S foram construídas utilizando 2 pares de iniciadores bactéria-específicos 27F-1492R e 63F-1387R, variando o tempo de desnaturação inicial de cada reação de amplificação do gene RNAr 16S entre 5 e 10 minutos, e 1 par de iniciadores 341F-518R. Os clones foram selecionados aleatoriamente, parcialmente sequenciados e analisados com base em banco de dados do gene RNAr 16S. A diversidade da microbiota foi menor quando os iniciadores 63F-1387R foram utilizados, em comparação aos resultados dos iniciadores 27F-1492R, no entanto, apenas o par de iniciadores 63F-1387R identificou Bifidobacterium sp., gênero importante para o desenvolvimento da microbiota intestinal humana. Não houve diferenças significativas na diversidade quando o tempo de desnaturação inicial da reação de PCR foi estendido para 10 minutos. Com o uso do par de iniciadores 341F-518R mostrou uma diversidade satisfatória, uma maior riqueza, quando comparada com os outros pares de iniciadores e detectou a presença de Bifidobacterium sp. Os dados obtidos sugerem que mais de um par de iniciadores deve ser empregado para o estudo da microbiota fecal quando se utilizar a biblioteca de RNAr 16S como ferramenta. / The intestinal microbiota is a complex ecosystem that usually lives in harmony with its host. It is essential for the development and proper functioning of the mucosal immune system during beginning of the life, a process that is currently known to be important for overall immunity of adults. The intestinal microbiota comprises about 1000 species, 80% of which are not cultivable. Given the importance of understanding the human microbiota and that the use of the tool library construction genomic 16S rRNA is relatively recent, this study aims to analyze different protocols to evaluate the use of this tool to study of the human intestinal microbiota. To perform the experimental tests, the DNA extracted from feces of six children, in different age groups, was used for the creation of a pool, which was used in the PCR assays. The 16S rRNA libraries were constructed using 2 pairs of primers specific-bacterium 27F-1492R and 63F-1387R, varying the denaturation time of each initial amplification reaction between 5 and 10 minutes, and the pair of primers 341F - 518R.The clones were randomly selected, partially sequenced and analyzed based on database 16S rRNA gene. The diversity of the microbiota was lower when the primers 63F - 1387R were used when compared with the results of the primers 27F - 1492R. However, only the pair 63F - 1387R was able to identified Bifidobacterium spp., important genus for the development of the microbiota from human gut. No significant differences in diversity were observed when the time of initial denaturation of the PCR reaction was extended to 10 minutes. By using the pair of primers 341F - 518R a satisfactory diversity, with detection of Bifidobacterium spp., and greater richness were observed, compared with the other pairs of primer. The data suggests that more than one pair of primers should be used for the study of fecal microbiota when using the library of 16S rRNA as a tool.

A ativação de receptores da imunidade inata nas células do sistema imune, no tecido adiposo e as alterações na microbiota intestinal foram relacionadas aos fenótipos inflamatórios e metabólicos na obesidade. Aqui, nós formulamos a hipótese de que a via MyD88 em determinados tecidos é crítica e determinante nas alterações secundárias a obesidade experimental. Verificamos que camundongos MyD88 nocaute (KO) desenvolvem severa síndrome metabólica e diminuição de IL-1&beta;, TNF-&alpha; e IL-6 no tecido adiposo apesar do predomínio de macrófagos de perfil M1. No intestino, observamos menor inflamação e aumento da permeabilidade. A microbiota dos camundongos MyD88 KO induziu resistência à insulina nos camundongos WT. A depleção de MyD88 no tecido adiposo não alterou o perfil metabólico, porém, a depleção de MyD88 nos macrófagos, protegeu os camundongos da síndrome metabólica. No tecido adiposo dos camundongos MyD88 KO obesos, observamos um aumento da expressão de Dectina-1 e IFN-&beta;. Assim, MyD88 desempenha um papel importante no desenvolvimento da obesidade modulando a microbiota e o perfil inflamatório. / Activation of innate immune receptors in immune cells, adipose tissue, and changes in intestinal microbiota were related to inflammatory and metabolic phenotypes during obesity. Here, we hypothesize that MyD88 signaling in certain tissue are critical to those phenotypes observed in obese mice. We observed that MyD88 knockout (KO) mice develop severe metabolic syndrome and decreased IL-1&beta;, TNF-&alpha; and IL-6 in adipose tissue despite the predominance of M1 macrophage. In the intestine, we observed decreased inflammation and increased permeability. The microbiota of MyD88 KO mice induced insulin resistance in WT mice. Depletion of MyD88 in adipose tissue did not alter the metabolic profile. However, depletion of MyD88 in macrophages protected mice from metabolic syndrome. In adipose tissue of MyD88 KO obese mice, we observed an increased expression of Dectin-1 and IFN-&beta;. Thus, MyD88 plays an important role in the development of obesity modulating gut microbiota and the inflammatory profile.

A sequência de eventos bacterianos que ocorre durante a colonização do trato gastrointestinal pode afetar o futuro da saúde do hospedeiro, particularmente no que diz respeito à regulação do sistema imunológico. Um entendimento claro do processo de colonização do intestino humano neonatal nos países em desenvolvimento está faltando, porque os poucos estudos disponíveis foram, em sua maioria, realizados utilizando técnicas de cultura. O objetivo deste estudo foi detectar e quantificar as bactérias dos gêneros Bifidobacterium, Lactobacillus, Eubacterium e Lactococcus, importantes componentes anaeróbios da microbiota intestinal usando PCR em tempo real. O grupo de estudo foi composto por 10 crianças, acompanhadas durante o primeiro ano de vida, vivendo em baixas condições sócio-econômicas em São Paulo, Brasil. Amostras de fezes foram avaliadas em períodos de 24 horas, 7 dias, 30 dias, 3 meses, 6 meses e 1 ano. Durante o primeiro ano de vida, há um aumento da quantidade de Bifidobacterium spp., quando comparada com as outras bactérias anaeróbias estudadas, com médias variando de 8,27x1010 a 2,51x1012 número de cópias de DNA/g de fezes. Lactobacillus spp. também foi encontrado em todos os pontos de tempo estudado, com médias variando de 4,03x108 a 1,46x1010 número de cópias de DNA/g de fezes. Lactococcus spp. foi o gênero bacteriano encontrado em quantidades menores. As contagens máximas desses gêneros foram encontradas entre o terceiro e sexto mês de vida. Embora o gênero Eubacterium seja descrito como um dos principais membros da microbiota intestinal, este foi encontrado em amostras de apenas duas crianças. A inclusão de dieta sólida e a mudança do tipo de amamentação influenciam a composição da microbiota. No entanto, não se pode estabelecer um padrão para a presença destes micro-organismos ao longo dos meses, mostrando que a microbiota é única e está sujeita a interferências ambientais. / The sequence of bacterial events that occurs during the colonization of the gastrointestinal tract may affect the future health of the host, particularly with respect to the regulation of the naive immune system. A clear understanding of the colonization process of the human neonatal gut in developing countries is lacking because the few available studies were mostly performed using culture techniques. The aim of this study was to detect and quantify the bacterial genera Bifidobacterium, Eubacterium, Lactobacillus and Lactococcus, important anaerobic components of the intestinal microbiota using real-time PCR. The study group comprised 10 children followed during the first year of life, living in low socio-economic conditions in São Paulo, Brazil. Fecal samples were evaluated at times of 24 hours, 7 days, 30 days, 3 months, 6 months and 1 year. During the first year of life, there is an increased amount of Bifidobacterium spp. compared to others studied anaerobic bacteria, with averages ranging from 8,27x1010 to 2,51x1012 DNA copy number/g of feces. Lacotbacillus was also found in all studied time point, with averages ranging from 4,03x108 to 1,46x1010 DNA copy number/g of feces. Bacterial genus Lactococcus is found in smaller quantities. The maximum counts of these genera were found between the third to sixth month of life. Although the genus Eubacterium is described as one of the leading members of the intestinal microbiota, this was found in samples of only 2 children. The inclusion of solid diet and change of type of feeding influences the composition of the microbiota, however, could not set a standard for the presence of these micro-organisms over the months, showing that the microbiota is unique and is subject to environmental interference.

L’étude du microbiote digestif a connu un regain d’intérêt au début des années 2000, avec l’avènement des techniques moléculaires. La culturomics a démontré sa complémentarité depuis 2010 en réduisant une partie des biais des méthodes moléculaires. Une revue sur les techniques d’étude du microbiote digestif et l’analyse du microbiote des sujets africains. Les études de métagénomique en Afrique ont révélé une augmentation de la biodiversité, en particulier des Spirochaetes et des Prevotella chez les africains par rapport aux occidentaux. Sur les 1162 bactéries isolées par culturomics, 476 n'étaient pas africaines, 445 étaient communes et 241 étaient d’origine africaine dont 68 nouvelles espèces. Pour ma participation au travail de culturomics, 102750 colonies testées par MALDI-TOF,ont permis d'identifier 377 espèces incluant 40 nouvelles espèces,17 nouveaux genres et 2 nouvelles familles.Ces nouvelles espèces ont été décrites par taxonogenomics ou new species announcement.Les archaea méthanogènes ont une prévalence de 97,4% pour M. smithii et associés à des pathologies comme l’abcès du cerveau,les parodontites etc. La culture est fastidieuse et nécessitait une source extérieure d’hydrogène. Sous enceinte anaérobie, nous avons cultivé avec succès M. smithii à partir d’un milieu de culture liquide inoculé d’échantillon de selle. L’isolement en culture pure a été un succès sur milieu gélosé en réalisant une coculture avec Bacteroides thetaiotaomicron. Nous avons aussi testé avec succès la coculture de M. smithii avec d’autres bactéries productrices d’hydrogène connues. Les tests de chromatographie en phase gazeuse montraient que ces souches produisaient de l’hydrogène. / The study of the digestive microbiota was a renewed interest in the early 2000s, with the advent of molecular techniques. The culturomics has demonstrated its complementarity since 2010 by reducing some of the biases of molecular methods. A review on the techniques of studying the digestive microbiota and the analysis of the microbiota of African subjects. Metagenomic studies in Africa have revealed an increase in biodiversity, especially Spirochaetes and Prevotella among Africans compared to Westerners. Of the 1162 bacteria isolated by culturomics, 476 were non-African, 445 were common, and 241 were of African origin, including 68 new species. For my participation in the work of culturomics, 102750 colonies tested by MALDI-TOF, identified 377 species including 40 new species, 17 new genera and 2 new families. These new species have been described by taxonogenomics or new species announcement.Methanogenic archaea have a prevalence of 97.4% for M. smithii and associated with pathologies such as brain abscess, periodontitis and so on. The cultivation is tedious and required an external source of hydrogen. Under anaerobic enclosure, we successfully cultivated M. smithii from a liquid culture medium inoculated with a stool sample. The isolation in pure culture was a success on agar medium by performing a coculture with Bacteroides thetaiotaomicron. We have also successfully tested the co-culture of M. smithii with other known hydrogen-producing bacteria. Gas chromatographic tests showed that these strains produced hydrogen.