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Variabilidade genética em populações de Utetheisa ornatrix (Lepidoptera: Arctiidae) / Genetic variability in populations of Utetheisa ornatrix (Lepidoptera: Arctiidae)

Rocha, Renê Alvarez 02 February 2011 (has links)
Orientador: Vera Nisaka Solferini / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-17T13:24:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rocha_ReneAlvarez_M.pdf: 1173301 bytes, checksum: 5aba68a3572ed5b79a802c158affd58a (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: A estrutura genética de uma espécie é determinada pelo balanço entre deriva genética, fluxo gênico e seleção natural, que são processos fortemente influenciados pela demografia e distribuição espacial das populações. Utetheisa ornatrix é uma mariposa da família Arctiidae muito conhecida por seus mecanismos de defesa e sistema de acasalamento, mas a estrutura genética de suas populações é pouco estudada. Este trabalho investigou a estrutura genética de Utetheisa ornatrix de populações coletadas no Estado de São Paulo com base em três locos de DNA de microssatélite. Foram analisados os genótipos de 203 indivíduos de 10 populações. Os resultados encontrados mostram populações com grande deficiência de heterozigotos, baixa estruturação genética e ausência de correlação entre distância geográfica e diferenças genéticas. Tais resultados indicam que mesmo sendo uma espécie cuja fêmea apresenta comportamento promíscuo, essa promiscuidade não reflete em diminuição da endogamia. Possivelmente a deficiência de heterozigotos se deve ao fato da fêmea não evitar acasalamento com machos aparentados, ser fecundada pelo esperma de poucos machos e haver forte seleção sexual na espécie, o que pode formar subgrupos dentro de uma população. A deficiência de heterozigotos também pode ser devido à dinâmica populacional da espécie: populações estão sujeitas à constantes diminuições de populações e fluxo gênico, o que pode resultar em populações formadas por subgrupos de indivíduos oriundos de diferentes manchas de plantas-hospedeiras, logo a freqüência de heterozigotos não corresponde as freqüências alélicas encontradas. A baixa estruturação genética e ausência de correlação entre distância geográfica e diferenças genéticas indicam que U. ornatrix é uma espécie com alta capacidade de dispersão, o que é conflitante com a elevada endogamia encontrada. Os resultados revelam questões que podem ser respondidas em 2 trabalhos posteriores que estudem a dinâmica populacional e a variabilidade genética de cada população ao longo do tempo. Outra questão levantada é se a espécie hospedeira de Crotalaria em que o indivíduo nasce influencia na escolha de parceiros para acasalamento, visto que duas das três populações que mais contribuíram para o nível de estrutura genética encontrado estavam em locais onde haviam espécies diferentes de planta hospedeira. / Abstract: The genetic structure of a species is determined by the balance between genetic drift, gene flow and natural selection processes that are strongly influenced by demography and spatial distribution of population. Utetheisa ornatrix is a moth of the Arctiidae family well known for their defense mechanisms and mating system, but the genetic structure of their populations is little studied. This study investigated the genetic structure of Utetheisa ornatrix populations collected in the State of São Paulo, Brazil, based on three microsatellite loci. We analyzed the genotypes of 203 individuals from 10 populations. The results show populations with high inbreeding, low genetic structure and no correlation between geographic distance and genetic differences. These results indicate that even as a species whose female has promiscuous behavior, promiscuity does not reduce inbreeding. Possibly the heterozygote deficiency is due to the fact that females did not avoid mating with related males, are fertilized by sperm from few males, and sexual selection is very strong in this species, which can form subgroups within a population. The heterozygote deficiency may also be due to its population dynamics: populations are subject to constant reductions and gene flow, which can result in populations composed of subgroups of individuals from different patches of host plants, so the frequency of heterozygotes does not match the allele frequencies found. The low genetic structure and lack of correlation between geographic distance and genetic differences indicate that U. ornatrix is a species with high dispersal ability, which is conflicting with the high inbreeding found. The results show questions that can be answered in further studies to examine the population dynamics and genetic variability of each population over time. Another question is if the host species of Crotalaria in which the individual was born influences the choice of mating partners, because two of the three 4 populations that most contributed to the level of genetic structure were found in locals with presence of different species of host plant. / Mestrado / Ecologia / Mestre em Ecologia
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Estrutura genética e sistema de cruzamento em Eugenia dysenterica DC. (Mvrtaceae) / Genetic structure and mating system in Eugenia dysenterica DC. (Myrtaceae)

Barbosa, Ana Clara de Oliveira Ferraz 28 March 2014 (has links)
Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-01-16T13:27:44Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Tese - Ana Clara de Oliveira Ferraz Barbosa - 2014.pdf: 7503883 bytes, checksum: 4ba2274e8cf2c886f8484854e4224c41 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-01-16T13:37:29Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Tese - Ana Clara de Oliveira Ferraz Barbosa - 2014.pdf: 7503883 bytes, checksum: 4ba2274e8cf2c886f8484854e4224c41 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-01-16T13:37:29Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Tese - Ana Clara de Oliveira Ferraz Barbosa - 2014.pdf: 7503883 bytes, checksum: 4ba2274e8cf2c886f8484854e4224c41 (MD5) Previous issue date: 2014-03-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / The genetic structure of a species corresponds to the amount of genetic variability and its distribution within and among local populations and individuals. The patterns of variability among individuals in a local population are highly dependent of mating system. The goal of this study was to evaluate the mating system, the diversity and genetic structure in populations of E. dysenterica in local and regional scale. The assessment of the mating system and the analysis of genetic structure at the local scale were performed in a population of Mimoso – GO and for the analysis of genetic structure at the regional scale were analyzed 23 natural populations of E. dysenterica derived from six Brazilian states (Goiás, Minas Gerais, Bahia, Mato Grosso, Tocantins and Piauí). For all studies seven polymorphic microsatellite loci were used. Considering the 20 families analyzed, the multilocus outcrossing rates (tm = 0.918) and single locus (ts = 0.797) were high and significant. From a total of 399 seeds evaluated, it was possible to determine the pollen donor to 218 seeds (55%) with confidence level of 90%, 174 seeds (44%) with confidence level of 95% and 65 seeds (16%) with confidence level of 99%. In 15 families evaluated were possible to verify the occurrence of multiple paternity, with the number of pollen donor per fruit ranged from one to three. The results presented show that the species E. dysenterica presents mixed mating system and that there is multiple paternity in this species. The intrapopulational spatial genetic structure was positive (R2 = 0.01646, p < 0.001), which was expected since species generally have spatial restriction to disperse. The spatial genetic structure was significant (Sp = 0.0143) and genetic neighborhood (Nb) was equal to 69.93 km. On average, about 30 individuals were analyzed by subpopulation for all loci. The average number of alleles per locus was equal to 9, the genetic diversity was high (0.725) and the observed frequency of heterozygotes (Ho) was 0.610. Were found 18 private alleles in 10 subpopulations. The results for the fixation index ((f) in the subpopulations ranged between -0.058 and 0.338, with an overall value of 0.162, indicating excess of homozygotes in relation to the expected under HWE. The genetic differentiation between subpopulations can be considered relatively high (FST = 0.161). The Mantel test indicates that the genetic divergence of 24 subpopulations evaluated is structured in geographic space (r = 0.427, p < 0.001), suggesting that the model of isolation by distance or stepping-stone are adequate to explain the spatial pattern of genetic divergence among subpopulations of E. dysenterica evaluated. / A estrutura genética de uma espécie corresponde à quantidade da variabilidade genética e sua distribuição dentro e entre populações locais e indivíduos. Os padrões de variabilidade entre indivíduos em uma população local são altamente dependentes do sistema de cruzamento. O objetivo geral do trabalho foi avaliar o sistema de cruzamento, a diversidade e a estrutura genética em populações de E. dysenterica, em escala local e regional. A avaliação do sistema de cruzamento e a análise da estrutura genética intrapopulacional foram realizadas em uma população do município de Mimoso – GO e para a estrutura genética interpopulacional foram analisadas 23 subpopulações naturais de E. dysenterica oriundas de seis estados brasileiros. Para todos os estudos foram utilizados sete locos microssatélites polimórficos. Considerando as 20 famílias analisadas, as taxas de fecundação cruzada multiloco (tm = 0,918) e uniloco (ts = 0,797) foram altas. De um total de 399 sementes avaliadas, foi possível determinar o doador de pólen para 218 sementes (55%) com confiança de 90%, 174 sementes (44%) com confiança de 95% e 65 sementes (16%) com confiança de 99%. Em 15 famílias avaliadas foi possível verificar a ocorrência de paternidade múltipla, sendo que o número de doador de pólen por fruto variou de um a três. Os resultados apresentados revelam que a espécie E. dysenterica apresenta sistema de cruzamento misto e que existe paternidade múltipla nessa espécie. A estrutura genética espacial intrapopulacional foi positiva (R2 = 0,01646, p < 0,001), o que era esperado, uma vez que espécies vegetais geralmente possuem restrição espacial para se dispersarem. A estrutura genética espacial foi significativa (Sp = 0,0143) e a vizinhança genética (Nb) foi igual a 69,93 km. Em média, foram analisados aproximadamente 30 indivíduos por subpopulação para todos os locos. O número médio de alelos por loco foi igual a 9, a diversidade genética foi alta (0,725) e a frequência observada de heterozigotos (Ho) foi 0,610. Foram encontrados 18 alelos privados em 10 subpopulações. Os resultados obtidos para o índice de fixação (f) variaram nas subpopulações entre -0,058 e 0,338, com valor global igual a 0,162, indicando excesso de homozigotos em relação às frequências esperadas sob EHW. A diferenciação genética entre as subpopulações pode ser considerada relativamente alta ( P = 0,161). O teste de Mantel indica que a divergência genética das 23 subpopulações avaliadas está estruturada no espaço geográfico (r = 0,427; p < 0,001), sugerindo que o modelo de isolamento-por-distância ou stepping-stone são adequados para explicar o padrão espacial de divergência genética entre as subpopulações de E. dysenterica avaliadas.
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Estrutura genética intrapopulacional e dispersão de pólen em Hancornia speciosa Gomes (Apocynaceae) / Intrapopulation genetic structure and pollen dispersal in Hancornia speciosa Gomes (Apocynaceae)

Costa, Camila Fernanda 23 March 2013 (has links)
Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2016-06-02T17:26:11Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Camila Fernanda Costa - 2013.pdf: 2572672 bytes, checksum: 54a6e93e72c746e4888a6f3583d4f3ac (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2016-06-02T17:49:46Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Camila Fernanda Costa - 2013.pdf: 2572672 bytes, checksum: 54a6e93e72c746e4888a6f3583d4f3ac (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-02T17:49:46Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Camila Fernanda Costa - 2013.pdf: 2572672 bytes, checksum: 54a6e93e72c746e4888a6f3583d4f3ac (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2013-03-23 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / Hancornia speciosa (Apocynaceae) is a fruit species which has a wide distribution in areas of Cerrado vegetation type restricted sense. Its flowers have a complex pollination mechanism and unique, co-adapted to pollination by moths and butterflies and their fruits are dispersed by mammals large and medium-sized. It has high economic potential and its use has been conducted in an exploratory way. To implement conservation programs, breeding and enabling the commercial use of species, knowledge about the genetic variability, the spatial genetic structure, the reproductive system and gene flow in natural populations are needed. In this context, in the present study was performed the molecular characterization of the genetic variability in three stages of individuals (adults, juveniles and seedlings) and the assessment of genetic structure spatial (adults and juveniles), of the system of crossing and of the gene flow via pollen in a subpopulation of Hancornia speciosa located in the State Park of Serra de Jaragua, Jaragua-GO. To this end, 113 adults and 100 juveniles were sampled and georeferenced in an area of approximately 2.5ha. Of the total number of adults, 20 trees were selected matrices to obtain seedlings and formation of families of open pollination. Genomic DNA was obtained from the leaves of all individuals (adults, juveniles and seedlings) and was amplified with the use of seven microsatellite loci for obtaining of genotypes. The analyzes of genetic diversity, of spatial structure, rates of cross-fertilization and distance of dispersal of pollen were obtained from these genotypes. The total number of alleles at seven loci evaluated was 125, with an average of 17.8 alleles per locus. For adults the mean allele was 15.8, for the juveniles was 13.5and the seedlings were 11alleles. The average total values of heterozigosidade expected (He) and observed (Ho) were equal to 0.750 and 0.698, respectively. In adults He = 0.750 and Ho =0.714, in juveniles He =0.744 and Ho =0.679 and in seedlings He = 0. 712 and Ho =0. 763. These values indicate that the subpopulation evaluated presents high levels of genetic diversity. The fixation index(f) waspositive and significantforthe generations ofadults(0.052, p <0.05)andjuvenile(0.087, p <0.05), indicating the existence of inbreeding in this subpopulation. The analysis of spatial autocorrelation evidenced that kinship is weakly related to the geographical distance in in bothstagesof lifeevaluated (adults: b= -0.00223, R2 = 0. 000514, p < 0.05 and juveniles: b: - 0.00440, R2 = 0.00148489; p < 0.001).Concomitantly the values of Sp were low and the size of neighborhoods (Nb) were high for the two generations. This result shows that there is no restriction of gene flow via seed and corroborates the hypothesis that the dispersal by animals have high potential to disperse the seeds over long distances.The rates of crossfertilization multilocus (tm= 1.000) and single locus (ts = 0.972 a 1.29) were high and significantly different from zero in all families. The difference in the rate of the crossfertilization multilocus and single locus combined for all families analyzed (tm-ts = 0. 077) was also positive and significant, suggesting that 7% of crossings that occur in this population are between related individuals. The correlation of selfing negative(rs=-0.999), indicates absence of selfing and the correlation of paternity(rp=0.107) not significantly different from zero (SD = 0.135) shows that this subpopulation no full siblings. Every subpopulation resulting outcrossing and individuals are evaluated relatives at least to the 15 level of half-brothers. The paternity analysis assigned pollen donors to 75.2% (64) seedlings, and 24 (37.5%) assignments at a confidence level of 85%, 30 (46.8%) assignments at 95% probability assignments and 10(15.6%) at a confidence level of 99%.This low assignment can be explained by sampling: due to the size of the total area of the population and distribution in aggregate, many individuals may not have been sampled. Moreover, the loci battery used in this analysis could not demonstrated the optimal values for the combined exclusion. Although the maximum distance of pollination has been of 292m and covers the entire area evaluated, most events of pollination (77%) occurred at distances less than 200m. The flowering in mass, the distribution in aggregate and the floral structure are the main responsible for predominance of events of cross-pollination at short distances. / Hancornia speciosa (Apocynaceae) é uma espécie frutífera que apresenta distribuição ampla em áreas de fitofisionomia de Cerrado sentido restrito. Suas flores possuem um mecanismo de polinização complexo e único, adaptado á polinização por mariposas e borboletas. Seus frutos são dispersos por mamíferos de grande e médio porte. Possui alto potencial econômico e sua utilização tem sido realizada de forma exploratória. Para implementar programas de conservação e melhoramento, conhecimentos a cerca da variabilidade genética, da estrutura genética espacial, do sistema reprodutivo e do fluxo gênico nas populações naturais são necessários. Nesse contexto, no presente estudo foi realizada a caracterização molecular da variabilidade genética em três estágios de indivíduos (adultos, juvenis e plântulas) e a avaliação da estrutura genética espacial (adultos e juvenis), do sistema de cruzamento e do fluxo gênico via pólen em uma subpopulação de Hancornia speciosa localizada na região do Parque Estadual da Serra de Jaraguá, Jaraguá-GO. Para tanto, 113 indivíduos adultos e 100 juvenis foram amostrados e georeferenciados em uma área de aproximadamente 2,5 ha. Do total de adultos, 20 árvores matrizes foram selecionadas para obtenção de plântulas e formação das famílias de polinização aberta. O DNA genômico foi obtido a partir das folhas de todos os indivíduos (adultos, juvenis e plântulas) e foi amplificado com o uso de sete locos microssatélites para obtenção dos genótipos. As análises de diversidade genética, de estrutura espacial, taxas de fecundação cruzada e distância de dispersão de pólen foram obtidas a partir desses genótipos. O número total de alelos nos sete locos avaliados foi de 125, com média de 17,8 alelos por loco. Para os indivíduos adultos a média de alelos foi de 15,8, para os juvenis foi de 13,5 e nas plântulas foi de 11 alelos. Os valores totais médios de heterozigosidade esperada (He) e observada (Ho) foram iguais a 0, 750 e 0, 698. Nos adultos He = 0, 750 e Ho =0, 714, nos juvenis He =0, 744 e Ho =0, 679 e nas plântulas He = 0, 712 e Ho =0, 763. Esses valores indicam que a subpopulação avaliada apresenta altos níveis de diversidade genética. O índice de fixação (f) foi positivo e significativo para as gerações de indivíduos adultos (0, 052; p < 0, 05) e juvenis (0, 087; p < 0, 05), indicando a existência de endogamia nessa subpopulação. A análise de autocorrelação espacial evidenciou que o parentesco está fracamente relacionado com a distância geográfica em ambas as gerações de indivíduos avaliadas (adultos: b= -0, 00223, R2 = 0, 000514, p < 0,05 e juvenis: b: - 0, 00440, R2 = 0, 00148489; p < 0, 001). Concomitantemente os valores de Sp foram baixos e o tamanho das vizinhanças (Nb) foram altos para as duas gerações. Esse resultado mostra que não existe restrição ao fluxo gênico via semente e corrobora com a hipótese de que a dispersão por animais tem alto potencial para dispersar as sementes a longas distâncias. As taxas de cruzamento multiloco (tm = 1, 000) e uniloco (ts =0, 972 a 1, 29) foram altas e significativamente diferentes de zero em todas as famílias. A diferença da taxa de fecundação cruzada multiloco e uniloco combinada para todas as famílias analisadas (tm-ts = 0, 077) também foi positiva e significativa, sugerindo que 7% dos cruzamentos que ocorrem nessa população são entre indivíduos aparentados. A correlação de autofecundação negativa (rs = -0,999) indica ausência de autofecundação e a correlação de paternidade (rp= 0,107) não significativamente diferente de zero (SD = 0,135) mostra que 13 nessa subpopulação não existem irmãos completos. Toda a subpopulação é resultante de fecundação cruzada e os indivíduos avaliados são parentes no mínimo ao nível de meiosirmãos. A análise de paternidade atribuiu doadores de pólen para 75,2 % (64) plântulas, sendo 24 (37,5 %) atribuições ao nível de confiança de 85%, 30 (46,8%) atribuições ao nível de 95% de probabilidade e 10 atribuições, 15,6% ao nível de confiança de 99%. Essa baixa atribuição pode ser explicada pela amostragem: devido ao tamanho da área total da população e a distribuição em agregado, muitos indivíduos podem não ter sido amostrados. Além disso, a bateria de locos usada nessa análise não apresentou os valores considerados ótimos de probabilidade de exclusão combinada. Embora a distância máxima de polinização tenha sido de 292m e abrange toda a área avaliada, a maior parte dos eventos de polinização (77%) ocorreu a distâncias inferiores a 200m. A floração em massa, a distribuição em agregado e a estrutura floral são os principais responsáveis pelo predomínio de eventos de polinização cruzada a curtas distâncias.
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Desenvolvimento de um sistema multiplex de loci STRs autossômicos polimórficos para a identificação humana / Development of a polymorphic STR locus multiplex system for eficiente human identification

Rodovalho, Ricardo Goulart 05 September 2017 (has links)
Submitted by Franciele Moreira (francielemoreyra@gmail.com) on 2017-10-26T13:06:49Z No. of bitstreams: 2 Tese - Ricardo Goulart Rodovalho - 2017.pdf: 4249347 bytes, checksum: b731c79e9585351e61ca0e415749d4b1 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-10-26T14:48:15Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Ricardo Goulart Rodovalho - 2017.pdf: 4249347 bytes, checksum: b731c79e9585351e61ca0e415749d4b1 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-26T14:48:15Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Ricardo Goulart Rodovalho - 2017.pdf: 4249347 bytes, checksum: b731c79e9585351e61ca0e415749d4b1 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-09-05 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / The main scope of the current study was to develop a short tandem repeat (STR) multiplex system, made up of 22 highly informative loci, for application in forensic genetics. The system comprised of 21 polymorphic autosomal short tandem repeat loci, namely D3S1358, TH01, D21S11, D18S51, Penta E, D5S818, D13S317, D7S820, D16S539, CSF1PO, Penta D, vWA, D8S1179, TPOX, FGA, D2S441, D17S1301, D19S433, D18S853, D20S482 and D14S1434, and the amelogenin gene locus. Strategies were developed to overcome the challenges involved in creating a multiplex system. Based on the literature and available databases, STR loci were selected to obtain discriminatory markers, and followed specific criteria for this purpose. Primers were designed using the Primer3 software and the AutoDimer was used to evaluate potential interactions between them. The 21 selected STR loci were validated individually and jointly, both to assess their sensitivity and to test the efficiency of the multiplex system. Statistical analyses were based on the genetic data of 450 unrelated individuals living in the State of Goiás, thus allowing the establishment of the parameters necessary to use this system. A total of 239 alleles were detected for the 21 loci in the set, allowing for a probability of identity of 4.23 x 10-25 to be obtained. The combined power of discrimination was 0.999999999999999999999999 and the combined power of exclusion was 0.99999. Upon complete validation of the entire system, this multiplex assay was considered to be a powerful tool for application in human identification by DNA analysis. / O escopo principal do atual estudo foi o desenvolvimento de um sistema multiplex de loci STR, composto por 22 loci altamente informativos para aplicação em genética forense. O sistema compreendeu 21 loci STRs polimórficos autossômicos, a seguir D3S1358, TH01, D21S11, D18S51, Penta E, D5S818, D13S317, D7S820, D16S539, CSF1PO, Penta D, vWA, D8S1179, TPOX, FGA, D2S441, D17S1301, D19S433, D18S853, D20S482 e D14S1434, e o locus do gene da amelogenina. As estratégias foram desenvolvidas para superar os desafios envolvidos na criação de um sistema multiplex. Com base na literatura e nas bases de dados disponíveis, os loci STRs foram selecionados para obter marcadores discriminatórios e seguiram critérios específicos para esse fim. Os primers foram projetados usando o software Primer3, e o AutoDimer foi usado para avaliar potenciais interações entre eles. Os 22 loci selecionados foram validados individualmente e em conjunto, tanto para avaliar sua sensibilidade quanto para testar a eficiência do sistema multiplex. As análises estatísticas foram baseadas nos dados genéticos de 450 indivíduos não relacionados e residentes no estado de Goiás, permitindo assim estabelecer os parâmetros necessários para a utilização do sistema. Um total de 239 alelos foram detectados para os 21 loci do conjunto, permitindo obter uma probabilidade de identidade de 4,23 x 10-25. O poder combinado de discriminação foi 0,999999999999999999999999 e o poder combinado de exclusão foi 0,99999. Após a validação completa de todo o sistema, este ensaio de multiplex foi considerado uma ferramenta poderosa para aplicação na identificação humana pela análise do DNA.
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Estruturação genealógica para propostas de acasalamentos em rebanhos das raças Curraleiro Pé-Duro e Pantaneiro / Genealogical structure for mating proposals in herds of the Curraleiro Pé-Duro and Pantaneiro breeds

Silva, Bruna Paula Alves da 29 March 2017 (has links)
Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2017-04-25T20:03:15Z No. of bitstreams: 2 Tese - Bruna Paula Alves da Silva - 2017.pdf: 1772056 bytes, checksum: 70764419b45a8c2ff0d3f4e7ed3fd5b4 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-04-26T12:54:20Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Bruna Paula Alves da Silva - 2017.pdf: 1772056 bytes, checksum: 70764419b45a8c2ff0d3f4e7ed3fd5b4 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-26T12:54:20Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Bruna Paula Alves da Silva - 2017.pdf: 1772056 bytes, checksum: 70764419b45a8c2ff0d3f4e7ed3fd5b4 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-03-29 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / The brazilian bovine breeds Curraleiro Pé-Duro and Pantaneiro, inhabitants of Cerrado, Semi-árido and Pantanal are in the process of extinction, at risk of disappearing before their characteristics are adequately studied. The objective was perform the genealogical structure of breeds Curraleiro Pé-Duro and Pantaneiro, with a view to the conservation of animal genetic resources, in order to maintain the genetic variability within breeds, avoiding inbreeding, through proposals from matings based on genealogy. Samples of hair bulb from 1073 Curraleiro Pé-Duro cattle from nineteen herds and 290 Pantaneiros from four herds were analyzed. Amplification of 27 DNA microsatellites was performed by PCR. The average number of alleles per locus, allele frequency, heterozygosity expected and observed and polymorphic information content were calculated. For each animal an opinion of the affiliation control was issued. Large allelic variability was observed for the breeds, where the Curraleiro Pé-Duro presented an average of 8,70 alleles per loco and the Pantaneiro 6,70. The values of expected and observed heterozygosity were 0,713 and 0,653, respectively, for the Curraleiro Pé-Duro and 0,701 and 0,672 for Pantaneiro. The average value of polymorphic information content for the Curraleiro Pé-Duro was 0,671 and for the Pantaneiro 0,655. The probability of combined exclusion for the breeds was 0,99992. The mating lots were set at the minimum male:female ratio of 1:13 to the maximum of 1:26 for the Curraleiro Pé-Duro and 1:13 to 1:21 for the Pantaneiro, depending on the size of the herd. The paternity tests enabled the elaboration of reproductive programs for the herds, aiming to improve the genetic management of these populations, avoiding inbreeding. Both breeds showed great genetic variability inside of breeds, demonstrating that although they are in extinction have herds with a lot of genetic diversity. / As raças bovinas locais brasileiras Curraleiro Pé-Duro e Pantaneiro, habitantes do Cerrado, Semi-árido e do Pantanal encontram-se em processo de extinção, correndo o risco de desaparecerem antes que suas características sejam adequadamente estudadas. Objetivou-se realizar a estruturação genealógica de rebanhos das raças Curraleiro Pé-Duro e Pantaneiro, com vistas à conservação de recursos genéticos animais, visando manter a variabilidade genética dentro das raças, evitando-se a endogamia, por meio de propostas de acasalamentos baseadas na genealogia. Foram analisadas amostras de pelos de 1073 bovinos Curraleiro Pé-Duro de dezenove rebanhos e 290 Pantaneiros de quatro rebanhos. Realizou-se a amplificação de 27 microssatélites de DNA por PCR. Foi calculado o número médio de alelos por loco, frequência alélica, heterozigosidade esperada e observada e conteúdo de informação polimórfica. Para cada animal foi emitido parecer do controle de filiação. Observou-se grande variabilidade alélica para as raças, onde o Curraleiro Pé-Duro apresentou média de 8,70 alelos por loco e o Pantaneiro 6,70. Os valores médios de heterozigosidade esperada e observada foram 0,713 e 0,653, respectivamente, para o Curraleiro Pé-Duro e 0,701 e 0,672, para o Pantaneiro. O valor médio de conteúdo de informação polimórfica para o Curraleiro Pé-Duro foi 0,671 e para o Pantaneiro 0,655. A probabilidade de exclusão combinada para as raças foi 0,99992. Os lotes de acasalamentos foram montados na proporção macho:fêmea mínima de 1:13 à máxima de 1:26 para o Curraleiro Pé-Duro e de 1:13 à 1:21 para o Pantaneiro, dependendo do tamanho do rebanho. Os testes de paternidade possibilitaram a elaboração de programas reprodutivos para os rebanhos, com vistas a melhorar a gestão genética destas populações, evitando-se a endogamia. Ambas as raças apresentaram grande variabilidade genética intra-racial, demonstrando que apesar de estarem em extinção possuem rebanhos com muita diversidade genética.
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Biologia reprodutiva de rainhas e machos de Tetragonisca angustula (Hymenoptera: Meliponini) / Reproductive biology of the queens and males of Tetragonisca angustula (Hymenoptera: Meliponini)

Charles Fernando dos Santos 15 August 2012 (has links)
As abelhas sem ferrão (Hymenoptera: Meliponini) possuem um sistema sexual haplodiplóide com determinação sexual complementar em um único lócus. Tal sistema é uma grande carga genética para o grupo e, assim, a diversidade genética de machos que se agregam nas proximidades dos ninhos é essencial para minimizar as chances de endogamia. As interações entre os indivíduos da colônia nas abelhas sem ferrão são diversas e grande parte delas é mediada por compostos químicos. A comunicação química é maior entre as rainhas e suas operárias, mas compostos químicos também são importantes para o acasalamento das rainhas. Como muitos machos se agregam nos eventos reprodutivos, é possível coletar e obter uma boa representatividade local de indivíduos e assim analisar certos caracteres que estruturam essas populações. Desse modo, o presente estudo teve como objetivos: (1) analisar quimicamente rainhas virgens e fisogástricas de Tetragonisca angustula; (2) analisar o perfil químico de machos dentro e fora dos ninhos; (3) analisar a diversidade genética das agregações de machos, quantas colônias contribuem com machos para formar essas agregações e avaliar qual o parentesco entre agregações de machos e rainhas dos ninhos onde havia agregações; (4) avaliar o potencial de dispersão dos machos de seus ninhos de origem até as agregações; (5) analisar morfometricamente machos compondo agregações de diferentes localidades. Técnicas de criação in vitro de rainhas virgens e instalação de ninhos-armadilha foram utilizadas a fim de otimizar a coleta de indivíduos. Nossos resultados indicam que rainhas virgens e rainhas fisogástricas são quimicamente distintas. Embora ambas possuam compostos voláteis atrativos sexualmente para os machos, as rainhas virgens possuem exclusivamente octadecenoato de octadecila e nerol em suas glândulas de Dufour e extratos cefálicos, respectivamente. Os machos que vivem dentro e os que vivem fora dos ninhos são semelhantes quimicamente, possuindo diversos ácidos carboxílicos em seus extratos cefálicos. Cinco agregações, contando com 376 machos, foram analisadas geneticamente sendo os machos provenientes de 83 colônias. Em média, eles se deslocaram ± 612 metros de seus ninhos de origem até as agregações. Essas agregações são muito semelhantes geneticamente entre si, não formando unidades distintas. Somente 3.45% dos machos das agregações eram aparentados às rainhas, o que diminui a probabilidade de inbreeding. Por fim, populações de machos de três localidades distintas puderam ser separadas com boa acuidade de acordo os dados morfométricos. Concluímos que existe comunicação química mediando a interação macho-rainha. A quantidade de colônias em uma determinada área contribui para a grande quantidade de indivíduos e para a diversidade genética das agregações. Os indivíduos nessas agregações são pouco aparentados e podem vir de colônias geograficamente muito distantes. A morfometria é útil em agrupar os machos de diferentes localidades / The stingless bees (Hymenoptera: Meliponini)present a haplodiploid sex determination system with complementary sex determination in a single locus. Such a system is a large genetic load for the group and thus the genetic diversity of male\'s aggregations near the nests is essential to minimize the chances of inbreeding. The interactions among the stingless bees nestmates are diverse and chemical compounds mediate most. The chemical communication is higher among the queens and their workers, but chemicals are also important for mating of queens. As the amount of males that aggregate near the nests with gynes is very large, these events allow us to collect and evaluate a local representation of males and thus to analyze certain characters that structure these populations. Thus, this study aimed to: (1) chemically analyzing virgin and physogastric queens of Tetragonisca angustula, (2) analyze the chemical profile of males inside and outside their nests, (3) analyze the genetic diversity of the aggregations of males, how many colonies contribute with males to these aggregations and to assess the relatedness between queens and males, (4) evaluate the potential dispersion of males from their nests to aggregations, (5) analyze morphometrically males composing aggregates of different locations. Techniques for rearing virgin queens in vitro and installation of trap-nests were used to optimize the sampling of individuals. Our results indicate that virgin queens and physogastric queens are chemically distinct. Although both present volatile compounds sexually attractive to males, virgin queens have exclusively nerol and ethyl octadecenoate in their cephalic extracts and Dufour\'s glands, respectively. Males from both types(living inside and outside their nests) are chemically similar, possessing several carboxylic acids in their cephalic extracts. About 83 colonies contributed for five aggregations with 376 males. On average, they moved ± 612 meters from their nest of origin to aggregations. These aggregations are genetically very similar to each other, without forming discrete units. Only 3.45% of the males are related to queens. Finally, populations of males of three different locations could be morphometrically separated with good accuracy. We conclude that there is chemical communication mediating the interaction male-queen. The number of colonies in one area contributes to the large number of individuals and the genetic diversity of the aggregations. Individuals in these aggregations are not related and can originate from distant colonies. The morphometry is useful to group the males from different localities
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Diversidade genética, sistema reprodutivo e fluxo de pólen em duas populações de Tabebuia roseo-alba (Ridl.) Sand.: implicações para a conservação / Genetic diversity, mating system and pollen flow in two populations of Tabebuia roseo-alba (Ridl.) Sand.: Implications for conservation

Juliana Massimino Feres 20 March 2009 (has links)
Tabebuia roseo-alba (Ridl.) Sand. (ipê branco) é uma árvore semidecídua que floresce abundantemente entre os meses de Agosto e Setembro. Valiosa pela qualidade de sua madeira, bem como por sua capacidade de ornamentação, esta espécie tem sido largamente utilizada em reflorestamentos e arborização urbana. A fragmentação florestal reduz o tamanho da população reprodutiva, a densidade populacional e pode isolar populações e indivíduos em campos e pastagens. Dessa forma, entender seus efeitos é fundamental para providenciar recomendações para conservação in situ e ex situ de espécies florestais. Assim, os objetivos desse trabalho foram: transferir, padronizar e caracterizar marcadores moleculares microssatélites previamente desenvolvidos em Tabebuia aurea para Tabebuia roseo-alba; avaliar a diversidade e divergência genética, o sistema reprodutivo e o fluxo de pólen em duas populações de T. roseo-alba submetidas a diferentes condições de preservação localizadas em área urbana no município de Ribeirão Preto- SP e ambiente natural em Selvíria-MS. Para isso, sementes de polinização aberta derivadas de árvores matrizes procedentes das duas populações em estudo foram coletadas. Todas as amostras tiveram seu DNA extraído e amplificado com oito pares de microssatélites heterólogos. As análises mostraram que todos os locos avaliados apresentaram herança mendeliana simples e segregam independentes, sendo, portanto, adequados para estudos de sistema de cruzamento, estrutura genética de populações e análise de paternidade. Também foi constatado que as duas populações têm elevada diversidade genética (He variando de 0,743 a 0,835) sendo as amostras de Selvíria mais diversas. Os níveis de divergência genética entre as populações foram altos e com tendência a aumentar quando comparadas as gerações de progênies. A análise do sistema de cruzamento, permitiu afirmar que as populações estudadas são mistas ( m t Ribeirão Preto = 0,840 e m t Selvíria = 0,963) com maior probabilidade de aumento na autofecundação nas árvores isoladas da população urbana. Significantes desvios do cruzamento aleatório foram observados através do cruzamento entre parentes e cruzamentos correlacionados entre e dentro de frutos, indicando endogamia nas populações. O número efetivo de doadores de pólen foi muito baixo para um mesmo fruto (1,21 em Ribeirão Preto e 1,50 em Selvíria) e mais alto entre frutos de uma mesma árvore (8,20 em Ribeirão Preto e 9,8 em Selvíria). A distância média do fluxo de pólen acessada pela análise TWOGENER foi baixa nas duas populações tanto para o modelo normal (35,4m em Ribeirão Preto e 57,3m em Selvíria) quanto para o exponencial (39,9m em Ribeirão Preto e 64,6m em Selvíria). Como o conhecimento da endogamia, cruzamentos correlacionados, autofecundação e estrutura genética espacial são fatores chave na tomada de decisões para a coleta de sementes e o plantio das mudas, estes resultados podem auxiliar programas de restauração florestal e conservação da espécie. / Tabebuia roseo-alba (Ridl.) Sand (Guayacan blanco) is one semideciduous tree that blossoms massively between August and September. Valuable for the quality of its wood, as well as its ability to ornamentation, this species has been used in urban afforestation and reforestation. The forest fragmentation reduces the size of the reproductive population, population density and can isolate populations and individuals in fields and pastures. Thus, the knowledge of the fragmentation effects may be indispensable for successful tree species conservation, breeding and regeneration. So, the aims of this study were: transfer, standardize and characterize molecular markers microsatellites developed for Tabebuia aurea; assess the diversity and genetic divergence, the mating system and the flow of pollen in two populations of T. roseoalba in different preservation conditions in an urban area located in Ribeirao Preto- SP and in a natural environment from Selvíria-MS. Therefore, open-pollinated seeds derived from seed-trees coming from the two populations above were collected. All samples had their DNA extracted and amplified with eight pairs of heterologous microsatellites. The analysis showed that all assessed loci have simple Mendelian inheritance and independent segregation, and are, therefore, suitable for studies of mating system, genetic structure of populations and paternity analysis. It was also noted that the two populations have high genetic diversity (He ranging from 0.743 to 0.835) being Selvíria samples more diversified. The levels of genetic divergence among populations were high and with a tendency to increase when the generations of offspring were compared. The analysis of the mating system showed that the populations have a mixed-mating system ( m t Ribeirão Preto = 0.840 e m t Selvíria = 0.963) with an increasing of self-fertilization in isolated trees from the urban population. Significant deviations from random mating were observed through of mating among relatives and correlated matings among and within fruits, indicating inbreeding in the populations. The effective number of pollen donors was very low for the same fruit (1.21 in Ribeirão Preto and 1.50 in Selvíria) and higher among fruits of the same tree (8.20 in Ribeirão Preto and 9.8 in Selvíria ). The average distance of the pollen flow accessed by TWOGENER analysis was low in the two populations in both normal (35.4 m in Ribeirão Preto and 57.3 m in Selvíria) and exponential models (39.9 m in Ribeirão Preto and 64.6 m in Selvíria). As the knowledge of inbreeding, correlated matings, self-fertilization and spatial genetic structure are key factors to making decisions for the collection of seeds and planting seedlings, these results may help forest restoration programs and conservation of this species.
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Estudos genético-moleculares em Panicum maximum = mapeamento genético-molecular e análise de transcriptoma via RNA-seq = Genetic and molecular studies in Panicum maximum: genetic and molecular mapping and transcriptome analysis via RNA-seq / Genetic and molecular studies in Panicum maximum : genetic and molecular mapping and transcriptome analysis via RNA-seq

Toledo-Silva, Guilherme, 1983- 25 August 2018 (has links)
Orientadores: Anete Pereira de Souza, Liana Jank / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-25T03:40:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Toledo-Silva_Guilherme_D.pdf: 25638879 bytes, checksum: 40fca686426836cea01016a242b64c84 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: No Brasil, a pecuária bovina é baseada principalmente na utilização de pastagens cultivadas para alimentação animal. A espécie Panicum maximum Jacq., popularmente conhecida no Brasil como capim colonião, encontra-se entre as espécies mais utilizadas na alimentação do gado de corte. Grande parte das áreas destinadas a pastagens encontra-se estabelecida com cultivares exóticas e de reprodução clonal. O monocultivo representa sério risco para todos os sistemas de produção baseados no uso de pastagens. Nesse sentido, o melhoramento genético de forrageiras e o lançamento de novas cultivares de P. maximum surgem como alternativa para a diversificação das pastagens. O presente trabalho teve como objetivo principal contribuir para o conhecimento básico sobre a genética e a biologia molecular de P. maximum. Primeiramente, foi realizada a montagem de novo e análise do transcriptoma da espécie utilizando a metodologia de sequenciamento massivo paralelo de cDNA (RNA-seq), resultando em 38.192 unigenes, os quais foram anotados em diferentes bancos de dados. A maioria dos genes relacionados as vias de fixação de carbono C4 e de síntese de lignocelulose foram identificados. Ainda, foram identificados 5.035 marcadores microssatélites (SSR) e 346.456 marcadores do tipo single nucleotide polymorphism (SNP) em todo o transcriptoma. Na segunda parte deste trabalho, foram desenvolvidos 131 novos marcadores moleculares do tipo microssatélite para P. maximum. Estes marcadores foram utilizados juntamente a 43 marcadores SSR obtidos da literatura, para construção de mapas genético-moleculares, através da genotipagem dos híbridos F1 resultantes de cruzamento intraespecífico. Os mapas de ligação cobriram 672,2 cM e 802,2 cM dos genomas dos genitores S10 e Mombaça. Estes resultados contribuem para a pesquisa associada a P. maximum e forrageiras tropicais, assim como para os programas de melhoramento genético / Abstract: In Brazil, livestock feeding is mainly based on cultivated pastures. Panicum maximum Jacq., also known as capim-colonião, figures among the most cultivated tropical forage plants in brazilian pastures, which are established with exotic cultivars of clonal reproduction, leading to monoculture, and consequently offering serious risks to associated production systems. One possible solution to monoculture falls on new cultivars releases, throught breeding programs, diversificating livestock pastures in Brazil. The work presented here had an objective of elucidate some basic aspects regarding the genetics and molecular biology of P. maximum. First, we conducted a de novo assembly and analysis of leaf transcriptome, throught massive parallel cDNA sequencing (RNA-seq), resulting in 38.192 unigenes, which were annotated in different databases. Genes related to C4 metabolism and lignocellulose synthesis are valuable resource to breeding programs and were identified among assembled transcripts. Thus, several putative molecular markers were located in unigenes: 5.035 microsatellites (SSR) motifs and 346.456 single nucleotide polymorphism (SNP) positions. Also, we developed 131 new genomic and expressed SSR markers for P. maximum. These markers were used with 43 published SSR markers to develop a genetic map. A segregating F1 population were used for such, hybrids of S10 (sexual genotype) and Mombaça (apomictic genotype) crossing. Linkage maps covered 672,2 cM and 802,2 cM of parentals genomes respectively, using 88 and 96 markers each. Results presented in this work contributes to P. maximum and tropical grasses related research and breeding programs / Doutorado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Doutor em Genetica e Biologia Molecular
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Diversidade genética molecular e reação a doenças de acessos silvestres e comerciais de maracujazeiro (Passiflora spp.) presentes em bancos de germoplasma = Molecular genetic diversity and disease reaction of commercial and wild access of passion fruit (Passiflora spp.) present in germplasm banks / Molecular genetic diversity and disease reaction of commercial and wild access of passion fruit (Passiflora spp.) present in germplasm banks

Cerqueira Silva, Carlos Bernard Moreno, 1983- 07 July 2014 (has links)
Orientadores: Anete Pereira de Souza, Ronan Xavier Corrêa / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-25T14:19:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 CerqueiraSilva_CarlosBernardMoreno_D.pdf: 123175108 bytes, checksum: 668158b424ffa91922546922a5837ce2 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: O gênero Passiflora, cujas espécies são popularmente conhecidas como maracujazeiros, destaca-se na família Passifloraceae tanto pelo número de espécies (aproximadamente 520) quanto pela importância econômica associada à parte destas espécies. Os maracujazeiros ocorrem em diferentes países, sendo sua diversidade amplamente representada nas Américas, onde a Colômbia e o Brasil se destacam com aproximadamente 170 e 150 espécies de Passiflora, respectivamente. Economicamente os maracujazeiros despertam interesse pela beleza de suas flores, presença de princípios ativos medicinais, extração de óleos essenciais para indústria de cosméticos, produção de frutos para consumo in natura ou produção de derivados. O Brasil se destaca como maior produtor de maracujá, embora a produtividade nacional seja baixa (média de 14 T/ha-1 ano-1), quando comparada ao potencial da passicultura (± 50 T/ha -1 ano-1). Em parte essa baixa produtividade é ocasionada pela ausência de cultivares adaptadas às diferentes regiões produtoras e pela suscetibilidade das cultivares às principais enfermidades que acometem a cultura. Embora crescente, os programas de melhoramento genético do maracujazeiro apresentam resultados modestos frente às demandas existentes. Entre os obstáculos enfrentados pelos melhoristas, está a reduzida representatividade do gênero Passiflora em bancos de germoplasma, bem como a escassez de informações biológicas e agronômicas para maioria dos acessos. Assim, foi objetivo desta tese gerar informações genéticas e moleculares que contribuam para o melhoramento do maracujazeiro. Inicialmente foram construídas revisões críticas relacionadas aos avanços obtidos no melhoramento e na conservação das Passiflora com o uso de marcadores moleculares, bem como a cerca da principal doença que acomete a passicultura (virose do endurecimento dos frutos). Posteriormente foram obtidos, a partir de bibliotecas genômicas enriquecidas de microssatélites, 25, 17 e 52 novos pares de primers para P. cincinnata, P. edulis e P. setacea respectivamente, sendo observado um percentual de locos polimórficos inferior a 30% e um número médio de cinco alelos por loco. Testes de amplificação cruzada foram realizados para 14 espécies de maracujazeiros, sendo observada uma média de 70% de amplificação cruzada. De posse destes marcadores, foi estimada a distância e quantificada a estrutura genética entre 116 acessos (representados por 364 plantas distribuídas em três espécies). A partir dos dados de genotipagem e das análises estatísticas (descritivas, frequentistas e Bayesianas) foi observado baixa diversidade entre os acessos, e níveis moderado a alto de estruturação (com 0,08 ? Gst ? 0,38) e percentuais de alelos privados variando entre 20 e 40% entre os grupos sugeridos pelas estimativas Bayesianas (K=2 para P. cincinnata; K=3 ou 5, para P. edulis, e; K=2 ou 3 para P. setacea). Coleções nucleares representativas para até 100% da diversidade alélica amostrada foram sugeridas. Com base na caracterização de locos microssatélites e na avaliação de sintomas associadas à virose do endurecimento, verrugose e antracnose, observados em 36 acessos de P. edulis (amarelo e roxo), foi possível identificar grupos de acessos a serem priorizados em programas de (pré) melhoramento dedicados ao incremento de resistência em variedades cultivadas. Os resultados obtidos contribuem para o desenvolvimento dos programas de pré-melhoramento e melhoramento genético do maracujazeiro, além de auxiliarem no manejo e na conservação da variabilidade genética do gênero / Abstract: The genus Passiflora, whose species are popularly known as passion fruits, stands out in the family Passifloraceae both by the number of species (about 520) as well as the associated economic importance of some of these species. Passion fruits occur in different countries, with their diversity widely represented in the Americas, where Colombia and Brazil stand out with approximately 170 and 150 species of Passiflora, respectively. Economic interest in passion fruit emerged from the beauty of their flowers, presence of active medicinal principles, extraction of essential oils for cosmetics industry, fruits production for fresh consumption or derivatives production. Brazil is considered the largest producer of passion fruit, although national productivity is low (average 14 T/ha-1 year-1) when compared to passion fruit culture potential (± 50 T/ha -1 year-1). This low productivity is caused in part by the lack of adapted cultivars to the different production regions and due cultivars susceptibility to passion fruit major diseases. Despite an increasing rate, passion fruit breeding programs shows modest results versus existing demands. Among the obstacles faced by breeders, stand out the genus Passiflora reduced representation in germplasm banks, as well as the scarcity of biological and agronomic information for most accessions. Thus, the aim of this thesis was to generate information genetics and molecular that contributes to the passion fruit genetic breeding. Initially, critical reviews related to advances in Passiflora breeding and conservation using molecular markers, as along with information about the main disease affecting the passiculture (passion fruit woodiness disease) were presented. Novel primer pairs for P. cincinnata, P. edulis and P. setacea, in number of 25, 17 and 52 respectively, were subsequently obtained from microsatellite enriched genomic libraries, being observed a less than 30% polymorphic loci and an average number of five alleles per locus. Cross-amplification tests were performed for 14 species of passion fruit and an average of 70% cross-amplification was observed. Using these markers, genetic distance and structure were estimated among 116 accessions (represented by 364 plants distributed among three species). From genotyping and statistical analyzes data (descriptive, frequentist and Bayesian), low genetic diversity among accessions was observed. Also, Bayesian estimated suggested groups (K=2 for P. cincinnata, K=3 or 5 for P. edulis, and, K=2 or 3 for P. setacea) showed moderate to high levels of structuring (0.08 ? Gst ? 0.38) along with private alleles percentage ranging from 20 to 40%. Representative core collections ensuring up to 100% of the sampled allelic diversity were suggested. Based on microsatellite loci characterization and symptoms evaluation of associated woodiness virus, scab and anthracnose, observed in 36 accessions of P. edulis (yellow and purple), it was possible to identify groups of accessions to be prioritized in (pre) breeding programs dedicated to resistance improving in cultivars. These results contribute to the passion fruit pre-breeding and breeding programs development, and assist the genus genetic variability management and conservation / Doutorado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Doutor em Genetica e Biologia Molecular
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Alterações na variabilidade genetica de Euterpe edulis Mart (Arecaceae) / Genetic diversity variation in Euterpe edulis Mart

Dias Filho, Claudemir Rodrigues 17 May 2006 (has links)
Orientadores: Vera Nisaka Solferini, Fernando Roberto / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-07T23:58:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DiasFilho_ClaudemirRodrigues_M.pdf: 558956 bytes, checksum: 66a246482fad979ca72a590d4371a593 (MD5) Previous issue date: 2006 / Não informado / Not informed / Mestrado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Mestre em Genética e Biologia Molecular

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