A mancha foliar de Phaeosphaeria em milho (Zea mays L.) tornou-se uma preocupação no Brasil, nos últimos anos, por causa de sua ampla disseminação em áreas de cultivo. Estudos de herança da reação de genótipos de milho a essa doença foliar são necessários para dar suporte aos programas de melhoramento. Assim, o objetivo desta pesquisa foi mapear QTLs para estudar a herança e para identificar alelos favoráveis de reação à mancha foliar de Phaeosphaeria em uma população de milho tropical. Linhagens endogâmicas L 14- 04B e L 08-05F, altamente susceptível e altamente resistente à mancha foliar de Phaeosphaeria, respectivamente, foram utilizadas para gerar uma população F2. Duzentas e cinqüenta seis plantas F2 foram genotipadas com 143 marcadores microssatélites, e suas progênies F2:3 foram avaliadas em látices simples, 16 x 16, delineados em três estações experimentais, no ano agrícola de 2002/2003, e em quatro estações experimentais no ano agrícola de 2003/2004. A infecção artificial não foi usada, mas parcelas com o parental susceptível L-14-04B foram alocadas no início e no final de cada repetição, a cada dezesseis progênies, e como bordadura ao redor dos experimentos, para propiciar a disseminação dos esporos de P. maydis. Foram avaliadas dez plantas por parcela, aos 30 dias após o florescimento, por escala de notas de 1 (altamente resistente) a 9 (altamente susceptível). As médias de parcelas foram utilizadas para as análises de variância, e as médias dos ambientes foram usadas para mapear QTLs. A metodologia de mapeamento por múltiplos intervalos (MIM) foi utilizada para mapear QTLs. A análise de variância conjunta mostrou alta significância para as progênies e para a interação progênies x ambientes, mas a estimativa da variância genética foi significativamente maior que a estimativa da interação genética x ambientes, e o coeficiente de herdabilidade, no sentido amplo, foi alto (91,37%). Seis QTLs foram mapeados, um para cada dos seguintes cromossomos: 1 (Ph1), 3 (Ph3), 4 (Ph4), e 6 (Ph6); e dois para o cromossomo 8 (Ph8a e Ph8b). O grau médio de dominância foi de dominância parcial, mas a ação gênica dos QTLs variou de aditiva a dominância parcial, e a epistasia do tipo dominante x dominante foi também detectada entre os QTLs mapeados do cromossomo 8. A variância fenotípica, explicada pelos QTLs ( 2 R ), variou de 2,91% (Ph8b) a 11,86% (Ph8a), e os efeitos conjuntos dos QTLs explicaram 41,62% da variância fenotípica. Todos os alelos favoráveis para a reação à mancha de Phaeosphaeria; por exemplo, alelos de resistência, estavam na linhagem parental resistente L-08-05F. A correlação entre os valores de médias fenotípicas e os valores genotípicos preditos, baseados nos efeitos de QTLs das progênies, foi 70 , 0 = r ; a seleção, baseada em ambos os critérios (médias fenotípicas e valores preditos) para a intensidade de seleção de 10% (26 progênies) mostrou concordância de somente 46,15% (12 progênies). Todavia, os alelos favoráveis dos QTLs, mapeados da linhagem parental resistente L-08-05F, poderão ser transferidos para outras linhagens em programas de melhoramento via retrocruzamentos assistidos por marcadores moleculares, os quais poderão ser úteis para o melhoramento. / Phaeosphaeria leaf spot disease in maize (Zea mays L.) has becoming a concern in Brazil in the last years because of its increase spreading in maize growing areas. Inheritance studies of the reaction of maize genotypes to this foliar disease are necessary to support plant breeding programs. Thus, the objective of this research was to map QTLs to study the inheritance and to identify favorable alleles for reaction to the Phaeosphaeria leaf spot in a tropical maize population. Inbred lines L 14-04B and L 08-05F, highly susceptible and highly resistant to Phaeosphaeria leaf spot, respectively, were used to develop an F2 reference population. Two-hundred and fifty-six F2 plants were genotyped with 143 microsatellites markers, and their F2:3 progenies were evaluated in 16 x 16 simple lattice designs at three locations in the 2002/2003 growing season, and at four locations in the 2003/2004 growing season. Artificial infection was not used, but plots of the highly susceptible parental inbred L 14-04B were allocated at the beginning and at the end of each replication, at each set of sixteen progenies, and as a border all around the experiments, to provide the spread of P. maydis spores. Ten plants were evaluated per plot, 30 days after silk emergence, following a note scale; i.e., from 1 (highly resistant) to 9 (highly susceptible). The plot means were used for the analyses of variance, and the least squares means across environments were used to map QTLs. The multiple intervals mapping (MIM) was used for QTL mapping. The joint analysis of variance showed highly significance for progenies and for progenies by environment interaction, but the estimate of genetic variance was significantly greater than the estimate of the genetic by environment interaction, and the broad sense coefficient of heritability was high (91.37%). Six QTLs were mapped, one at each of the following chromosomes: 1 (Ph1), 3 (Ph3), 4 (Ph4), and 6 (Ph6); and two at chromosome 8 (Ph8a and Ph8b). The average level of dominance was partial dominance, but the gene action of the QTLs ranged from additive to partial dominance, and dominance x dominance epistasis was also detected between the QTLs mapped at chromosome 8. The phenotypic variance explained by the QTLs ( 2 R ) ranged from 2.91% (Ph8b) to 11.86% (Ph8a), and the joint QTLs effects explained 41.62% of the phenotypic variance. All the favorable alleles to reaction to Phaeosphaeria leaf spot; i.e., resistance alleles, were in the resistant parental line L- 08-05F. The correlation between mean phenotypic values and the predicted genotypic values based on QTLs effects of the progenies was 70 , 0 = r ; and the selection based under both criteria (phenotypic means and predicted values) at 10% selection intensity (26 progenies) showed an agreement of only 46.15% (12 progenies). Nonetheless, the favorable alleles of the QTLs mapped in the parental line L 08-05F could be transferred to other inbred lines by marker-assisted backcross breeding programs, which could make them useful for breeding purposes.

O gene DMRT3 tem sido descrito como o principal gene a atuar na determinação da marcha em diversas raças equinas. O alelo A do SNP 23:g.22999655C>A do DMRT3 foi apontado como responsável por essa característica. Na raça brasileira Mangalarga Marchador, a qual apresenta dois padrões de marcha com características bem definidas, os genótipos AA e CA vem sendo associados à marcha picada e o genótipo CC à marcha batida. O objetivo geral do presente prospectar regiões genômicas associadas às marchas batida e picada em equinos Mangalarga Marchador. Foram utilizados 1.230 dados fenotípicos sobre o tipo de andamento (marcha batida N = 1.006; marcha picada N = 227) e, considerando a totalidade da genealogia conhecida para cada animal, 3172 animais no pedigree. Primeiramente foram testadas estratégias de modelagem para esta característica a fim de determinar os efeitos a serem considerados no modelo, bem como a melhor forma de inclusão (efeito fixo ou aleatório). Posteriormente, foi estudada a relação entre as frequências alélicas e genotípicas do gene DMRT3 com os padrões de parentesco e endogamia de acordo com cada tipo de marcha. Um estudo de associação genômica ampla em passo único (considerando informações de animais genotipados e não-genotipados simultaneamente) foi conduzido para verificar regiões genômicas, polimorfismos de nucleotídeo único e genes relacionados com a determinação do tipo de marcha em cavalos Mangalarga Marchador. Vinte e dois polimorfismos de nucleotídeo único localizados nos cromossomos 4(N = 5), 6 (2), 16 (1), 23 (11), 26 (1) e 29 (2), foram responsáveis por 42,43% da variância genética aditiva. Foram associados ao tipo de marcha 69 genes, mas cerca de 39 não estavam anotados em equinos. Foi conduzido um blast a fim de recuperar a função mais provável destes genes. Foram encontradas oito vias metabólicas associadas ao tipo de marcha. Os principais genes envolvidos estavam relacionados à percepção de estímulos externos, metabolismo energético-oxidativo, sistema imune e aprendizado e ritmo da locomoção. Não foi possível identificar a(s) variante(s) causal(ais) do tipo de marcha, contudo este estudo foi o primeiro e verificar que a possível determinação genética do tipo de marcha em cavalos Mangalarga Marchador passa por diferenças em níveis metabólicos que garantem a adaptação dos animais ao tipo de andamento. / The DMRT3 gene has been described as the main gene to act in gait determination in several equine breeds. The allele A of the SNP 23:g.22999655C>A of DMRT3 gene was identified as responsible for this trait. In the Brazilian Mangalarga Marchador breed, which presents two gait patterns with characteristics well defined, the AA and CA genotypes have been associated with marcha picada gait and CC genotype with marcha batida gait. The general aim of this study was to prospect genomic regions associated with marcha batida and marcha picada gaits in Mangalarga Marchador equines. 1,230 phenotypic data were used on the type of gait (marcha batida N = 1.006; marcha picada N = 227) and, considering the totality of known genealogy for each animal, 3,172 animals in the pedigree. Firstly, modelling strategies were tested for this trait in order to determine the effects to be considered in the model, as well as the best form of inclusion (fixed or random effect). Based on the best modelling strategy to be used, the relationship between the allelic and genotypic frequencies of the DMRT3 gene with kinship and inbreeding patterns was studied according to each type of gait. A single-step wide genomic association study (considering information from both genotyped and non-genotyped animals simultaneously) was conducted to verify genomic regions, single nucleotide polymorphisms and genes related to determination of gait type in Mangalarga Marchador horses. Twenty two single nucleotide polymorphisms located on chromosomes 4 (N = 5), 6 (2), 16 (1), 23 (11), 26 (1) and 29 (2) were responsible for 42.43% of the additive genetic variance. 69 genes were associated with gait type, but about 39 were not annotated in horses. A blast was conducted in order to recover the most likely function of these genes. Eight metabolic pathways were found associated with gait type and the main genes involved were related to the perception of external stimuli, energy-oxidative metabolism, immune system and learning and rhythm of locomotion. It was not possible to identify the causal variant(s) of the type of gait; however, this study was the first and to verify that the possible genetic determination of gait type in Mangalarga Marchador horses goes through differences in the metabolic levels that guarantee the adaptation of the animals to the type of gait.

Tabebuia roseo-alba (Ridl.) Sand. (ipê branco) é uma árvore semidecídua que floresce abundantemente entre os meses de Agosto e Setembro. Valiosa pela qualidade de sua madeira, bem como por sua capacidade de ornamentação, esta espécie tem sido largamente utilizada em reflorestamentos e arborização urbana. A fragmentação florestal reduz o tamanho da população reprodutiva, a densidade populacional e pode isolar populações e indivíduos em campos e pastagens. Dessa forma, entender seus efeitos é fundamental para providenciar recomendações para conservação in situ e ex situ de espécies florestais. Assim, os objetivos desse trabalho foram: transferir, padronizar e caracterizar marcadores moleculares microssatélites previamente desenvolvidos em Tabebuia aurea para Tabebuia roseo-alba; avaliar a diversidade e divergência genética, o sistema reprodutivo e o fluxo de pólen em duas populações de T. roseo-alba submetidas a diferentes condições de preservação localizadas em área urbana no município de Ribeirão Preto- SP e ambiente natural em Selvíria-MS. Para isso, sementes de polinização aberta derivadas de árvores matrizes procedentes das duas populações em estudo foram coletadas. Todas as amostras tiveram seu DNA extraído e amplificado com oito pares de microssatélites heterólogos. As análises mostraram que todos os locos avaliados apresentaram herança mendeliana simples e segregam independentes, sendo, portanto, adequados para estudos de sistema de cruzamento, estrutura genética de populações e análise de paternidade. Também foi constatado que as duas populações têm elevada diversidade genética (He variando de 0,743 a 0,835) sendo as amostras de Selvíria mais diversas. Os níveis de divergência genética entre as populações foram altos e com tendência a aumentar quando comparadas as gerações de progênies. A análise do sistema de cruzamento, permitiu afirmar que as populações estudadas são mistas ( m t Ribeirão Preto = 0,840 e m t Selvíria = 0,963) com maior probabilidade de aumento na autofecundação nas árvores isoladas da população urbana. Significantes desvios do cruzamento aleatório foram observados através do cruzamento entre parentes e cruzamentos correlacionados entre e dentro de frutos, indicando endogamia nas populações. O número efetivo de doadores de pólen foi muito baixo para um mesmo fruto (1,21 em Ribeirão Preto e 1,50 em Selvíria) e mais alto entre frutos de uma mesma árvore (8,20 em Ribeirão Preto e 9,8 em Selvíria). A distância média do fluxo de pólen acessada pela análise TWOGENER foi baixa nas duas populações tanto para o modelo normal (35,4m em Ribeirão Preto e 57,3m em Selvíria) quanto para o exponencial (39,9m em Ribeirão Preto e 64,6m em Selvíria). Como o conhecimento da endogamia, cruzamentos correlacionados, autofecundação e estrutura genética espacial são fatores chave na tomada de decisões para a coleta de sementes e o plantio das mudas, estes resultados podem auxiliar programas de restauração florestal e conservação da espécie. / Tabebuia roseo-alba (Ridl.) Sand (Guayacan blanco) is one semideciduous tree that blossoms massively between August and September. Valuable for the quality of its wood, as well as its ability to ornamentation, this species has been used in urban afforestation and reforestation. The forest fragmentation reduces the size of the reproductive population, population density and can isolate populations and individuals in fields and pastures. Thus, the knowledge of the fragmentation effects may be indispensable for successful tree species conservation, breeding and regeneration. So, the aims of this study were: transfer, standardize and characterize molecular markers microsatellites developed for Tabebuia aurea; assess the diversity and genetic divergence, the mating system and the flow of pollen in two populations of T. roseoalba in different preservation conditions in an urban area located in Ribeirao Preto- SP and in a natural environment from Selvíria-MS. Therefore, open-pollinated seeds derived from seed-trees coming from the two populations above were collected. All samples had their DNA extracted and amplified with eight pairs of heterologous microsatellites. The analysis showed that all assessed loci have simple Mendelian inheritance and independent segregation, and are, therefore, suitable for studies of mating system, genetic structure of populations and paternity analysis. It was also noted that the two populations have high genetic diversity (He ranging from 0.743 to 0.835) being Selvíria samples more diversified. The levels of genetic divergence among populations were high and with a tendency to increase when the generations of offspring were compared. The analysis of the mating system showed that the populations have a mixed-mating system ( m t Ribeirão Preto = 0.840 e m t Selvíria = 0.963) with an increasing of self-fertilization in isolated trees from the urban population. Significant deviations from random mating were observed through of mating among relatives and correlated matings among and within fruits, indicating inbreeding in the populations. The effective number of pollen donors was very low for the same fruit (1.21 in Ribeirão Preto and 1.50 in Selvíria) and higher among fruits of the same tree (8.20 in Ribeirão Preto and 9.8 in Selvíria ). The average distance of the pollen flow accessed by TWOGENER analysis was low in the two populations in both normal (35.4 m in Ribeirão Preto and 57.3 m in Selvíria) and exponential models (39.9 m in Ribeirão Preto and 64.6 m in Selvíria). As the knowledge of inbreeding, correlated matings, self-fertilization and spatial genetic structure are key factors to making decisions for the collection of seeds and planting seedlings, these results may help forest restoration programs and conservation of this species.

Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2017-02-06T17:32:23Z No. of bitstreams: 1 Clebia Maria Alves de Almeida.pdf: 885121 bytes, checksum: db5bd5e1c9af576492c6e88c329f0a80 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-06T17:32:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Clebia Maria Alves de Almeida.pdf: 885121 bytes, checksum: db5bd5e1c9af576492c6e88c329f0a80 (MD5) Previous issue date: 2006-06-30 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Habitats fragmentation is the greatest cause of biodiversity erosion in tropical forests among the anthropic action. Due to the high degree of fragmentation and the isolation of the remaining Atlantic forest, many populations are being extinguished locally while others are suffering losses of its genetic variability. The Bromeliaceae family has a great variety of tropical ornamental species. Eleven species of the Aechmea genus occur in the State of Pernambuco, and although it is of great economic and ecological importance, there has been few studies on its genetic diversity. Aechmea fulgens is a native Atlantic forest species, which natural populations may be suffering losses on the genetic variability. Plants genetic diversity may be estimated in many ways. Modern techniques on molecular biology allow observing the polymorphism directly on the organism genic sequence. Molecular markers broaden the horizons on researches for the conservation of species and have been widely used to monitor the genetic variability. Among many molecular markers available, SSR and ISSR are relevant. With the of aim evaluating the degree of genic diversity on Aechmea fulgens populations, providing from three different fragments of Atlantic forest in Pernambuco, SSR and ISSR markers were used. Twelve pairs of microsatellites oligonucleotides developed for Tillandsia, Guzmania and Pictairnia bromeliad genera were tested. From these, only five pairs had polymorphism, showing transference of these primers to the Aechmea gender. Twenty ISSR oligonucleotides were used to amplify Aechmea fulgens sample, from which eight primers that had the most consistent polymorphism. The analysis on variance results revealed greater differences inside populations than among them. The results suggest that both markers may be used for genetic variability evaluation, contributing for the success of future studies and species conservation programs. / A fragmentação de habitats é a maior causa da erosão da biodiversidade nas florestas tropicais junto com a ação antrópica. Devido ao alto grau de fragmentação e ao isolamento dos remanescentes atuais da floresta atlântica, várias populações estão se extinguindo localmente e outras sofrendo perda de sua variabilidade genética. A família Bromeliaceae inclui uma grande variedade de espécies ornamentais tropicais. O gênero Aechmea tem significativa representatividade no Estado de Pernambuco, onde ocorrem onze espécies e, apesar de sua grande importância ecológica e econômica, existem poucos estudos sobre sua diversidade genética. Aechmea fulgens é uma especie nativa da Mata Atlântica, cujas populações naturais podem estar sofrendo perda de sua variabilidade genética. A diversidade genética em plantas pode ser estimada de várias maneiras. As modernas técnicas de biologia molecular permitem a observação de polimorfismo diretamente na seqüência gênica de organismos. Os marcadores moleculares abriram novas perspectivas para pesquisas em conservação de espécies e têm sido amplamente utilizados no monitoramento da variabilidade genética. Dentre os diversos marcadores moleculares disponíveis atualmente, destacam-se as seqüências simples repetidas (SSR) e repetições entre seqüências simples (ISSR). Com o objetivo de avaliar o nível de diversidade genética de populações de Aechmea fulgens (Brongn.) provenientes de três fragmentos distintos da mata atlântica de Pernambuco, foram utilizados marcadores SSR e ISSR. Um total de 12 pares de oligonucleotídeos de microssatélites, desenvolvidos para bromeliáceas dos gêneros Tillandsia, Guzmania e Pitcairnia foram testados. Desse total apenas cinco pares apresentaram polimorfismo demonstrando a transferência desses primers para o gênero Aechmea. Adicionalmente, 20 oligonucleotídeos ISSR foram utilizados para amplificar as amostras de A. fulgens, tendo sido selecionados oito primers por apresentarem polimorfismo mais consistente. Os resultados das análises de variância revelaram que a maior divergência esteve presente dentro das populações do que entre elas. Os resultados sugerem que os dois tipos de marcadores são adequados para a avaliação da variabilidade genética, colaborando para o sucesso de futuros estudos e programas de conservação dessa espécie.

Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-03-10T15:16:59Z No. of bitstreams: 1 Erlen Keila Candido e Silva.pdf: 1861555 bytes, checksum: 78cac91a8beeeaf115c4336a93a9a4bd (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-10T15:16:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Erlen Keila Candido e Silva.pdf: 1861555 bytes, checksum: 78cac91a8beeeaf115c4336a93a9a4bd (MD5) Previous issue date: 2008-02-29 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The cowpea, it plays important economical-social in the agriculture of the areas North and Northeast of Brazil. The Northeast is the largest Brazilian producer, where it is used broadly in the human feeding to the detriment of the common bean. Approximately 60% of thetotal area of bean in the Northeast are cultivated with cowpea. The culture generates 2,4 million direct jobs and it supplies the table of 27,5 million Northeasterners, what accredits theculture to receive support of the fomentation organs to the research.In the Brazilian Northeast, the mosaic,provoked by virus, due to the frequency and severity with that happen, they blunt as the most important diseases, being constituted in factor limitiong of the production. Among the viral illnesses, the severe mosaic of the cowpea, caused by Cowpea severe mosaic virus (CPSMV) it is responsible for losses of the order 60% to 100%. This way, the present study had for objectives determine the inheritance of the resistance and identify associated markers with resistance. The individuals' selection F2 to CPSMV was accomplished through inoculation with extract vegetable and the behavior of the population of the cowpea for observation symptoms and qui-square test. The selection of primers polymorphic was accomplished by the analysis of bulkers segregant (BSA). Primers potentially associated with resistance or susceptibility to CPSMV were evaluated in the population segregant. Of hte 85 primers tested, the primer VM 70 proved to be co-segregating with. This marker primers represents a new tool to assist in obtaining resistant cultivars, faster, accorate and economical in the analysis of the diagnosis of the virus of the severe mosaic it was verified that the technique of RT-PCR, comes as a fast and efficient method / O feijão-caupi, desempenha importante papel econômico-social na agricultura das regiões Norte e Nordeste do Brasil. O Nordeste é o maior produtor brasileiro, onde é largamente utilizado na alimentação humana em detrimento do feijão comum.Aproximadamente 60% da área total de feijão no Nordeste é cultivada com feijão-caupi. A cultura gera 2,4 milhões de empregos diretos e abastece a mesa de 27,5 milhões de nordestinos, o que credencia a cultura para receber apoio dos órgãos de fomento à pesquisa. No Nordeste brasileiro, os mosaicos, provocados por vírus, devido à frequência e severidade com que ocorrem, despontam como as doenças mais importantes, constituindo-se em fator limitante à produção. Dentre as viroses, o mosaico severo do feijão-caupi, causado pelo Cowpea severe mosaic virus (CPSMV) é responsável por perdas da ordem de 60% a 100%.Desta forma, o presente estudo teve por objetivos determinar a herança da resistência e identificar marcadores associados a resistência. A fenotipagem de indivíduos F2 resistentes aoCPSMV foi realizada através de avaliações dos sintomas após inoculação destas com extrato vegetal tamponado contendo vírus e o comportamento da população do feijão-caupi por observações sintomatológicas e teste de X. Nas análises moleculares, a seleção de primers potencialmente associados a resistência ou suscetibilidade ao CPSMV foram avaliados na população segregante. Dos 85 primers VM 70 mostrou-se co-segregando com a resistência. este marcador representa uma nova ferramenta que auxiliará na obtenção de cultivares resistentes de maneira mais rápida e econômica.Na análise diagnóstico do vírus do mosaico severo constatou-se que a técnica de RT-PCR, apresenta-se como um método rápido e eficiente.

A raiva é uma doença aguda, progressiva e infecciosa do sistema nervoso central de mamíferos, causada pelo vírus da raiva (RABV). Embora possa ser prevenida por vacina, continua sendo um grave problema de saúde pública, além de ser responsável pela morte de seres humanos e muitos outros animais, incluindo os de interesse econômico. Este estudo teve como objetivo avaliar a relação entre polimorfismos dos genes que codificam as proteínas P e L de amostras de RABV pertencentes a variantes antigênicas 2 e 3 e períodos de incubação e títulos em camundongos. Para isso, foram selecionadas amostras isoladas de diferentes reservatórios de raiva de mamíferos das Ordens Carnivora e Chiroptera e amostras de bovinos, de áreas endêmicas para o vírus da raiva. As sequências obtidas foram utilizadas para a construção de árvores filogenéticas para procurar os padrões de segregação de linhagens. Os resultados mostraram que não houve marcadores ou polimorfismos que explicam as variações nos períodos de incubação e de letalidade entre cepas pertencentes a variantes antigênicas 2 e 3. Esta informação pode ser usada para discussões sobre a importância de reservatórios de raiva, a dinâmica do vírus da manutenção e evolução das diferentes formas desta zoonose entre os animais infectados, contribuindo para um estudo mais aprofundado sobre a busca de marcadores moleculares para patogênese. / Rabies is an acute, progressive and infectious disease of the central nervous system of mammals, caused by Rabies virus (RABV). Although preventable by vaccine, it remains a serious public health problem, and is responsible for the death of humans and many other animals, including those of economic interest. This study aimed to assess the relationship between polymorphisms in genes encoding the P and L proteins of RABV samples belonging to antigenic variants 2 and 3 and incubation periods and titers in mice. For this, samples isolated from different mammalian rabies reservoirs of the Orders Carnivora and Chiroptera and samples of cattle from endemic areas for rabies virus were selected. The sequences obtained were used to construct phylogenetic trees to search for the segregation patterns of strains. The results showed that there were no markers or polymorphisms that explain variations in incubation periods and lethality amongst strains belonging to antigenic variants 2 and 3. This information might be used for discussions about the importance of rabies reservoirs, the dynamics of the virus maintenance and evolution of the different forms of this zoonotic disease among infected animals, contributing to further study about the search for molecular markers for pathogenesis.

Atualmente, um dos problemas mais importantes da Genética é a identificação de genes associados com doenças complexas. Um delineamento adequado para esta finalidade corresponde à coleta de dados de famílias e plataformas de marcadores moleculares do tipo SNP (do inglês, Single Nucleotide Polimorphism). Estas plataformas representam pontos de referência estrategicamente dispostos ao longo do genoma dos indivíduos e são de alta dimensão. A análise destes dados traz desafios analíticos como o problema de múltiplos testes e a seleção de variáveis preditoras. Nesta tese, propõe-se um critério para discriminar as variáveis preditoras genéticas em efeitos devidos ao componente aleatório poligênico e ao componente residual, sob a estrutura de um modelo linear misto. Também, considerando que o efeito individual das variáveis preditoras é esperado ser pequeno, é sugerido um método para encontrar subconjuntos ordenados destas variáveis e estudar o seu efeito simultâneo sobre a variável resposta em estudo. Neste contexto, utiliza-se a teoria associada ao Gráfico da Variável Adicionada em modelos mistos. As propostas são validadas por meio de um estudo de simulação, o qual é baseado em estruturas de famílias envolvidas no Projeto ``Corações de Baependi\" (InCor/USP), cujo objetivo é identificar genes associados a fatores de risco cardiovascular na população brasileira. Para a implementação dos procedimentos, usa-se o programa R e na geração das variáveis preditoras genéticas adota-se o aplicativo SimPed. / Recently, one of the most important problems in genetics is the identification of genes associated with complex diseases. A useful design for this proposal corresponds to collect data from extended families and molecular markers platforms SNPs (Single Nucleotide polymorphism). These platforms represent points of reference strategically placed along the genome of the individuals and are high dimensional. Analysis of these data brings analytical challenges as the problem of multiple testing and selection of predictive variables. In this thesis, we propose a criterion for discriminating predictors of genetic effects due to random polygenic component and the residual component, under the framework of a linear mixed model. Also, considering that the individual effects of predictor variables is expected to be small, it is suggested a method for finding ordered subsets of these variables and study their simultaneous effect on the response variable under study. In this context, is used the theory of the added variable plot under a mixed model framework. The proposals are validated through a simulation study, which is based on structures of families involved in the Project `` Baependi Heart Study (FAPESP Process 2007/58150-7), whose objective is to identify genes associated with cardiovascular risk factors in the Brazilian population. This proposal is implemented by using the R statistical environment and for the simulation of genetic predictors is adopted the SimPed application.

Submitted by Jorge Silva (jorgelmsilva@ufrrj.br) on 2016-10-04T19:57:29Z No. of bitstreams: 1 2006 - Elisangela Sousa de Araujo.pdf: 1061759 bytes, checksum: 865d0167431190cf5627ccdf21cf91fb (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-04T19:57:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2006 - Elisangela Sousa de Araujo.pdf: 1061759 bytes, checksum: 865d0167431190cf5627ccdf21cf91fb (MD5) Previous issue date: 2006-02-23 / FAPERJ / CAPES / Brazil is the country with the greatest plant genetic diversity in the world with the potential still underestimated what makes it necessary to characterize local genetic material. Genetic resources are studie in several stages and identify traits of agronomic value in hardy varieties is one of the roles of gene banks (BAG's). In rice, because it is a very important crop for the diet of the brazilian population, selecting genotypes with high yield, nutritional value and adapted to the most diverse environmental conditions is a continuous search for improvement programs. In this sense, the present study aimed to adapt methodologies for protein extraction reserve and DNA of rice seeds to be used in routine laboratory for characterization of germplasm banks. After optimization of methodologies, seeds of twenty local varieties of rice grown in the state of Maranh?o different times (Experiment I: Aug-2002 to Mar-2003 and Experiment II: Nov-2002 to Jun-2003) were analyzed for study of diversity genetic (DNA and protein) and seasonality effect on its accumulation of reserves and gross protein. The analysis of variance or protein content and protein fractions was highly significant (P <0.01) between genotypes and experiments. The mean protein fractions albumin+globulin and glutelin were higher in experiment I, whose average temperatures were 330C while the average gross protein (CP) was higher than in Experiment II in which the average temperature was 410C.Varieties analyzed, the Pingo d? ?gua (220019) and Jatob? (220012) showed the highest values for PB (11.32 and 11.13%) and glutelin (83.73 and 92.86 mg flour). The molecular characterization by RAPD was based on 37 polymorphic band sand phylogenetic analysis revealed a genetic diversity at 50% training with four groups and three separate varieties. Groups based on the varieties named Lageado and Zebu branco seems to have been the shape of the grains and reason C/L. / O Brasil ? o pa?s com a maior diversidade gen?tica vegetal do mundo com potencial ainda subestimado o que torna fundamental a caracteriza??o do material gen?tico local. Os recursos gen?ticos s?o estudados em v?rias etapas e identificar caracter?sticas de valor agron?mico em variedades r?sticas ? um dos pap?is dos bancos de germoplasma (BAG?s). Em arroz, por se tratar de uma cultura muito relevante para a dieta da popula??o brasileira, selecionar gen?tipos com alta produtividade, valor nutricional e adaptados ?s mais diversificadas condi??es ambientais ? uma busca cont?nua em programas de melhoramento. Nesse sentido, o presente trabalho teve por objetivos adaptar metodologias para extra??o de prote?na de reserva e de DNA de sementes de arroz a fim de serem empregadas na rotina de laborat?rio para caracteriza??o de bancos de germoplasma. Ap?s otimiza??o das metodologias, sementes de vinte variedades locais de arroz do Estado do Maranh?o cultivadas em ?pocas distintas (Experimento I: Ago-2002 a Mar-2003 e Experimento II: Nov-2002 Jun-2003) foram analisadas para fins de estudo de diversidade gen?tica (DNA e prote?na) e efeito da sazonalidade em seu ac?mulo de prote?na bruta e reserva. A an?lise de vari?ncia para teor de prote?na e fra??es proteicas foi altamente significativa (P<0,01) entre os gen?tipos, e os experimentos. As m?dias das fra??es proteicas albumina+globulina e glutelina foram superiores no experimento I, cujas temperaturas m?dias foram de 330C enquanto que a m?dia da prote?na bruta (PB) foi superior no Experimento II em que a m?dia de temperatura foi de 410C. Das variedades analisadas, a Pingo d??gua (220019) e Jatob? (220012) foram as que apresentaram os maiores valores para PB (11,32 e 11,13%) e glutelina (83,73 e 92,86 mg.g farinha). A caracteriza??o molecular pela RAPD foi baseada em 37 bandas polim?rficas e a an?lise filogen?tica revelou uma diversidade gen?tica em 50% com forma??o de quatro grupos e tr?s variedades isoladas. Os grupos formados pelas variedades de nome Lageado e Zebu branco parecem ter sido pela forma dos gr?os e raz?o C/L.

Submitted by Jorge Silva (jorgelmsilva@ufrrj.br) on 2017-08-22T19:16:20Z No. of bitstreams: 1 2014 - Aur?lio Ludovico de Almeida Martinez.pdf: 2604129 bytes, checksum: d6ebe0ec048ae2a4b877b584b5f65e6f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-22T19:16:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014 - Aur?lio Ludovico de Almeida Martinez.pdf: 2604129 bytes, checksum: d6ebe0ec048ae2a4b877b584b5f65e6f (MD5) Previous issue date: 2014-07-28 / CAPES / Originating from Americas, with Brazil as an important center of diversity, Capsicum occupies an important position among greenery. This study aimed to 1) to assess the genetic similarity and presence of duplicates; 2) to evaluate the resistance to anthracnose disease 3) screening viruses resistance in Capsicum baccatum accessions from Instituto Federal Goiano - Campus Ceres genebank. The genetic similarity was determined by molecular characterization at Embrapa Recursos Gen?ticos e Biotecnologia through RAPD and ISSR markers and morphological descriptors defined for Capsicum spp. According to the molecular and morphological characterization it was confirm the genetic diversity among C. baccatum accessions and the lack of duplicates. The anthracnose resistance was evaluated at 50 and 120 days after the dispersion of pepper powder prepared from infected peppers, considering incidence (presence or absence of lesions in fruits) and disease severity (surface damage percentage to the surface total of fruit) through images processing of diseased fruits. The essay was carried out under field conditions, using augmented randomized complete block design with fifteen plants per plot and three commercial varieties as control. Significant difference was observed especially in disease severity between treatments in both periods observed. The viruses incidence was evaluated in two field experiments in the periods between June-December 2012 and January-June 2013. DAS-ELISA test was performed with absorbance reading at 405 nm on a plate reader, all symptomatic and four asymptomatic plants in all plots was sampled, at 180 days after transplanting in the first experiment, and 160 days after transplanting in second one. The Viruses evaluated were tobamovirus Pepper mild motle virus (PMMoV), the cucumovirus Cucumber mosaic virus (CMV), the tospovirus Groundnut ring spot virus (GRSV), Tomato spot wilt virus (TSWV) and Tomato chlorotic spot virus (TCSV) and potyvirus Potato virus Y (PVY) and Pepper yellow mosaic virus (PepYMV). The percentage of incidence in the first and second period evaluated, were 30% e 7% PMMoV, 6% e 27% CMV, 8% e 12% PVY, 25% e 22% PepYMV, 10% e 2% GRSV, 11% e 0% TCSV, 0% e 11% TSWV. Virus were not detected several accessions studied and are potential sources of virus resistance that should be confirmed on resistance testing under controlled conditions. / Origin?rias das Am?ricas e tendo o Brasil como importante centro de diversidade, as pimentas do g?nero Capsicum ocupam posi??o de destaque entre as hortali?as. O presente trabalho teve como objetivos: 1) verificar a similaridade gen?tica e a presen?a de duplicatas; 2) avaliar a resist?ncia ? Colletotrichum spp.; e 3) avaliar a incid?ncia de viroses em acessos de Capsicum baccatum da cole??o de germoplasma do Instituto Federal Goiano - Campus Ceres. A similaridade gen?tica foi determinada pela caracteriza??o molecular realizada na Embrapa Recursos Gen?ticos e Biotecnologia, por meio de marcadores ISSR e RAPD e descritores morfol?gicos definidos para Capsicum spp. De acordo com a caracteriza??o molecular e morfol?gica p?de-se verificar diversidade gen?tica entre os acessos C. baccatum e a inexist?ncia de duplicatas na cole??o. A resist?ncia ? antracnose foi avaliada aos 50 e 120 dias ap?s a dispers?o de p? de pimenta preparado a partir de frutos infectados, considerando incid?ncia (presen?a e aus?ncia de les?es no fruto) e severidade de doen?a (percentual de superf?cie de les?o em rela??o ? superf?cie total do fruto), a partir do processamento de imagens dos frutos doentes. A avalia??o foi realizada em condi??es de campo, utilizando desenho experimental em blocos completos casualizados aumentados com quinze plantas por parcela e tr?s variedades comerciais como testemunhas. Foi observada diferen?a significativa entre os tratamentos, especialmente na severidade da doen?a, nos dois per?odos observados. A incid?ncia de viroses foi avaliada em dois experimentos conduzidos em campo, nos per?odos entre junho a dezembro 2012 e janeiro a junho de 2013. Foi realizado teste DAS-Elisa, com leitura de absorb?ncia a 405 nm em leitora de placas, em amostras das plantas sintom?ticas e quatro plantas assintom?ticas em todas as parcelas. Os v?rus avaliados foram o tobamovirus Pepper mild motle virus (PMMoV), o cucumovirus Cucumber mosaic virus (CMV), os tospovirus Groundnut ring spot virus (GRSV), Tomato spot wilt virus (TSWV) e Tomato chlorotic spot virus (TCSV) e os potyvirus Potato virus Y (PVY) e Pepper yelow mosaic virus (PepYMV). No per?odo de junho a dezembro de 2012, os v?rus detectados e respectivo percentual de incid?ncia foram PMMoV 30%, CMV 6%, PVY 8%, PepYMV 25%, GRSV 10%, TCSV 11%, TSWV 0%. J? no per?odo de janeiro a junho de 2013, o percentual de incid?ncia dos respectivos v?rus foram: PMMoV 7%, CMV 27%, PVY 12%, PepYMV 22%, GRSV 2%, TCSV 0% e TSWV 11%. Para todos os v?rus estudados, houveram acessos nos quais n?o foi detectada a presen?a do v?rus, com destaque para IFET 64 (n?o detectado PMMoV, CMV, PepYMV e PVY), IFET 273, (n?o detectados PMMoV, PVY, TSWV, TCSV e GRSV, IFET 19 (n?o detectado CMV, PVY, TSWV, TCSV e GRSV).

A utilização de metodologias Bayesianas tem se tornado freqüuente nas aplicações em Genética, em particular em mapeamento de QTLs usando marcadores moleculares. Mapear um QTL implica em identificar sua posição no genoma, bem como seus efeitos genéticos. A abordagem Bayesiana combina, através do Teorema de Bayes, a verossimilhança dos dados fenotípicos com distribuições a priori atribuídas a todos os parâmetros desconhecidos (número, localização e efeito do QTL) induzindo distribuições a posteriori a respeito dessas quantidades. Métodos de mapeamento Bayesiano podem tratar o número desconhecido de QTLs como uma variável aleatória, resultando em complicações na obtençãao da amostra aleatória da distribuição conjunta a posteriori, uma vez que a dimensão do espaço do modelo pode variar. O Método MCMC com Saltos Reversíveis (MCMC-SR), proposto por Green(1995), é excelente para explorar distribuições a posteriori nesse contexto. O método proposto foi avaliado usando dados simulados no WinQTLCart, onde o maior objetivo foi avaliar diferentes prioris atribuídas para o número de QTLs. / The use of Bayesian methodology in genetical applications has grown increasingly popular, in particular in the analysis of quantitative trait loci (QTL) for studies using molecular markers. In such analyses the aim is mapping QTLs, estimating their locations in the genome and their genotypic effects. The Bayesian approach proceeds by setting up a likelihood function for the phenotype and assigning prior distributions to all unknowns in the problem (number of QTL, chromosome, locus, genetics effects). These induce a posterior distribution on the unknown quantities that contains all of the available information for inference of the genetic architecture of the trait. Bayesian mapping methods can treat the unknown number of QTL as a random variable, which has several advantages but results in the complication of varying the dimension of the model space. The reversible jump MCMC algorithm offers a powerful and general approach to exploring posterior distributions in this setting. The method was evaluated by analyzing simulated data, where the major goal was evaluate if different priors distributions on the QTL numbers.