Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 566480 bytes, checksum: ec7963fd634f205e34b49003fe8588c0 (MD5) Previous issue date: 2007-03-06 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The genomic era came to transform science as a whole. The intention of this work was to evaluate different significance levels on the identification of the molecular markers, related with its quantitative characteristics of low, medium and high heritability (h²), aiming genetic improvement. A comparison between the significance levels of 1%, 5%, 10% and 20% was accomplished through a computer system of genetic simulation (Genesys), used for the simulation of three genomes, where each was constituted by only one low, medium or high h² characteristic, respectively. First from each of these genomes, was simulated a base population of 1000 animals (500 males and 500 females). Next, it was obtained an initial population for each one of the base population, totalizing three initial populations of 1000 animals each (10 males, 10 female/males and 10 son/female/males). After obtaining this population, was initiated the evaluation process of the four significance levels considered, using the selection assisted by markers (MAS), where the markers were identified by a linear regression analysis, admitting a minimum significance level for it. A total of four selection processes based on the initial population, according to the significance level adopted, was conducted through 20 consecutive generation, repeating each one 10 times to minimize the genetic oscillation effects. The analysis of the four significance level s differences was performed individually for each of the three characters, through a medium phenotype gain, looking forward to, besides checking the existence of gain distinction, if this difference will also appear simultaneously in the low, medium and high heritability characteristics. To complement and better explain the phenotype results obtained, other genetic parameters were considered, such as the endogamy coefficient, the number of markers used in the selection, the number of set alleles, the favorable and adverse allele setting and the selection s limit. The results obtained, indicated superiority in the significance level of higher magnitude ( 10% and 20%) related to the lower values ones (1% and 5%), and the phenotypic gains obtained after the assisted selection by the molecular marker, besides its benefits on the genetic parameter (lower endogamy coefficient; higher number of markers used, lower markers setting, lower percentage of adverse alleles set, and lower selection limits) for all three characteristics, although in an more expressive way for the low heritability character, and less for the high h². That way, even if the lower levels (1% and 5%) present a higher precision on the markers detection - QTLs ( quantitative trait loci), they are not satisfying enough related to the genetic benefits, resulting in a lower phenotypic and genotypic gain, making the choice of a certain statistic significance acceptable according to its aim and to the interdisciplinary research in question. It is notorious the relevance of statistics association on the identification of markers related to the QTLs and, consequently on the optimization of genomic improvement-programs. / A era genômica veio para transformar a ciência como um todo. Objetivou-se com esse trabalho avaliar diferentes níveis de significância na identificação de marcadores moleculares relacionados com características quantitativas de baixa, média e alta herdabilidade (h2) de interesse no melhoramento genético. Uma comparação entre os níveis de significância de 1%, 5%, 10% e 20% foi realizada por meio de um sistema computacional de simulação genética (Genesys), utilizado para a simulação de três genomas, onde cada qual era constituído de uma única característica de baixa, média ou alta h2, respectivamente. A partir de cada um dos genomas, simulou-se uma população base de 1000 animais (500 machos e 500 fêmeas). Em seguida, foi obtida uma população inicial para cada uma das populações base, totalizando três populações iniciais com 1000 animais cada (10 machos, 10 fêmeas/macho e 10 filhos/fêmea/macho). Após a obtenção desta população, iniciou-se o processo de avaliação dos quatro níveis de significância considerados, utilizando a seleção assistida por marcadores (MAS), onde os marcadores eram identificados por uma análise de regressão linear admitindo-se um nível mínimo de significância para a análise. Um total de quatro processos de seleção a partir da população inicial, de acordo com a significância adotada, foi conduzido por 20 gerações consecutivas, repetindo-se cada qual por 10 vezes para minimizar os efeitos da oscilação genética. A análise da diferença dos quatro níveis de significância foi realizada individualmente para cada um dos três caracteres através do ganho fenotípico médio, buscando, além de verificar a existência de distinção nos ganhos, se esta diferença também se apresenta simultaneamente nas características de baixa, média e alta herdabilidade. Para complementar e melhor esclarecer os resultados fenotípicos obtidos, outros parâmetros genéticos foram considerados, tais como o coeficiente de endogamia, o número de marcadores usados na seleção, o número de marcadores fixados, a fixação de alelos favoráveis e desfavoráveis e o limite da seleção. Os resultados observados indicaram superioridade dos níveis de significância de maior magnitude (10% e 20%) em relação aos de menores valores (1% e 5%), quanto aos ganhos fenotípicos obtidos após a seleção assistida por marcadores moleculares além de benefícios nos parâmetros genéticos (menor coeficiente endogâmico; maior número de marcadores utilizados; menor fixação de marcadores; menor porcentagem de alelos desfavoráveis fixados; e menores limites de seleção) para todas as três características, embora de forma mais expressiva para o caráter de baixa herdabilidade e menos para o de alta h2. Assim, mesmo que os níveis menores (1% e 5%) apresentem uma maior precisão na detecção de marcadores - QTLs (quantitative trait loci), eles deixam a desejar no que diz respeito às melhorias genéticas, resultando em ganhos fenotípicos e genéticos inferiores, fazendo com que a escolha de uma determinada significância estatística seja aceitável de acordo com o objetivo e a interdisciplinaridade da pesquisa em questão. É notório a relevância de associações estatísticas na identificação de marcadores ligados a QTLs e, consequentemente, na otimização de programas de melhoramento genômico.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:55:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 833034 bytes, checksum: c1160b57dd7b16db04bc27109bc4f8f1 (MD5) Previous issue date: 2012-07-23 / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Minas Gerais / From the beginning of the century, advances in genotyping enabled the development of new classes of markers, among which stand out single nucleotide polymorphisms (SNPs). Due to the availability of these markers it has been proposed genomic selection, consisting of simultaneous analysis of large number of markers distributed throughout the genome; its success depends on the method used for prediction of genomic breeding values. The objective of this study was to compare the methods RR-BLUP and Bayesian LASSO to calculate estimated genomic breeding values (GEBVs) and also to determine which method provides more accurate results for genomic selection in pigs. A total of 622 boarswere genotyped for 2,500 SNPs, and phenotyped for the following traits: concentration of androstenone, concentration of skatole, backfat thickness and loin depth. The R software packages rrBLUP and BLR were used respectively for the implementation of the RR-BLUP method and Bayesian LASSO method. Genetic correlations between the traits were calculated by the correlation between the vectors of GEBVs. The Bayesian LASSO method reached higher accuracy values in three traits: concentration of androstenone (0.65), concentration of skatole (0.58) and loin depth (0.33), and RR-BLUP was more accurate (0.61) for backfat thickness. Genetic correlations calculated, show that exists a small genetic correlation (0.03) between backfat thickness and loin depth. Between the concentrations of androstenone and skatole also exists a genetic correlation (0.24)that is consistent with results from other studies. Thus, concerning to the estimates of effects of markers, for all traits the found peaks were in regions where are reported QTLs inPIGQTLdatabase and other studies. / A partir do início do século XXI, avanços na genotipagem permitiram o desenvolvimento de novas classes de marcadores, entre os quais se destacam os polimorfismos de nucleotídeos simples (SNPs). Devido à disponibilidade desses marcadores, foi proposta a Seleção Genômica, que consiste em uma análise simultânea de um grande número de marcadores distribuídos ao longo do genoma, cujo sucesso depende do método utilizado de predição de valores genéticos genômicos. O objetivo deste estudo foi comparar os métodos RR-BLUP e LASSO Bayesiano para cálculo dos valores genéticos genômicos estimados (GEBVs) e determinar qual método apresenta resultados mais acurados para a seleção genômica em suínos. Foram genotipados 622 suínos machos não castrados para 2.500 SNPs, e fenotipados para as seguintes características: concentração de androstenona, concentração de skatol, espessura de gordura subcutânea e profundidade de lombo. Os pacotes rrBLUP e BLR do software R foram utilizados respectivamente para a implementação do método RR-BLUP e LASSO Bayesiano. As correlações genéticas entre as característicasforam calculadas por meio da correlação entre os vetores de GEBVs. O método LASSO Bayesiano apresentou valores mais elevados de acurácia em três características: concentração de androstenona (0,65), concentração deskatol (0,58), e profundidade de lombo (0,33), e o RR-BLUP foi mais acurado para espessura de gordura subcutânea (0,61). As correlações genéticas calculadas, mostram que existe uma pequena correlação genética entre espessura de gordura subcutânea e profundidade de lombo (0,03). Entre as concentrações de androstenona e skatol também existe correlação genética (0,24) que é consistente com os resultados de outros estudos. Assim, com relação às estimativas de efeitos de marcadores, para todas as características os picos encontrados estão em regiões onde se encontram QTLs relatados no PIGQTLdatabase e em outros estudos.

Submitted by Valquíria Barbieri (kikibarbi@hotmail.com) on 2018-04-25T22:37:17Z No. of bitstreams: 1 DISS_2014_Alexandre Ebert.pdf: 1748514 bytes, checksum: d9c571963613083829534e6c841c99ff (MD5) / Approved for entry into archive by Jordan (jordanbiblio@gmail.com) on 2018-05-16T14:25:20Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DISS_2014_Alexandre Ebert.pdf: 1748514 bytes, checksum: d9c571963613083829534e6c841c99ff (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-16T14:25:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISS_2014_Alexandre Ebert.pdf: 1748514 bytes, checksum: d9c571963613083829534e6c841c99ff (MD5) Previous issue date: 2014-02-25 / CAPES / Os distúrbios causados pela antropização de áreas naturais causam fortes alterações na estrutura original da floresta, aumentam o grau de isolamento entre indivíduos afetando o sistema reprodutivo das populações. Diversos processos estão relacionados à distribuição espacial dos indivíduos de uma população, sendo que estes processos refletem na diversidade genética da população. Do ponto de vista genético qualquer alteração no ambiente poderá influenciar nos padrões da estrutura genética, sendo que a extinção de uma espécie é etapa final de um longo processo de declínio ecológico que passa pela perda da diversidade genética. No presente estudo avaliaram-se os padrões espaciais pontuais não homogêneos e a diversidade genética dentro de uma população natural fragmentada de Mezilaurus itauba, buscou-se estabelecer os objetivos de modo que se conclui com a afirmação da hipótese de que as alterações dos padrões de distribuição espacial de indivíduos exercem influência direta na estrutura genética da população. A avaliação dos padrões de distribuição espacial para a espécie foi testada através da função K proposta por Ripley e buscou-se associar a diversidade genética através de análise de agrupamentos estatísticos. Os resultados indicam que a população estudada apresenta padrões de distribuição aleatório com tendência a agregado para as árvores adultas, e de completa aleatoriedade espacial para as árvores jovens. Na análise genética verificou-se uma distribuição da diversidade entre os indivíduos jovens e adultos, porém alelos observados entre as árvores adultas não foram observados entre as árvores jovens, o que indica que na exploração das espécies adultas alelos importantes poderão ser perdidos. O trabalho conclui a afirmação de que estudos da diversidade genética de população são de suma importância para a definição de estratégias de conservação das espécies exploradas economicamente na Amazônia meridional brasileira. / The disturbances caused by human disturbance of natural areas cause strong changes in the original structure of a forest, increase the degree of isolation between individuals affecting the reproductive system of populations. Several processes are related to the spatial distribution of individuals in a population, and that these processes reflect the genetic diversity of the population. From a genetic perspective any changes in the environment may influence the patterns of genetic structure, and the extinction of a species is the final step in a long process of ecological decline that passes through the loss of genetic diversity. In the present study evaluated the inhomogeneous spatial point patterns and genetic diversity within a natural population of fragmented Mezilaurus itauba, we sought to establish the objectives so that concludes with the statement of the hypothesis that changes in the patterns of spatial distribution individuals exert direct influence on the genetic structure of the population . The evaluation of the spatial distribution of the species was tested by K function proposed by Ripley and sought to associate genetic diversity through analysis of statistical groupings. The results indicate that the studied population presents patterns of random distribution with a tendency to aggregate for adult trees, and complete spatial randomness for the young trees. In genetic analysis showed a distribution of diversity among young people and adults, but alleles observed among adult trees were not observed between the young trees, which indicate that the operation of adult species important alleles may be lost. The paper concludes the statement that studies the genetic diversity of the population is of paramount importance for the development of strategies for the conservation of species exploited economically in the southern Brazilian Amazon.

Este estudo constitui parte do Projeto Habitats Heterogeneidade Ambiental da Bacia de Campos coordenado pelo CENPES/Petrobras, um projeto multidisciplinar de caracterização ambiental que considera as diferentes feições e habitats da margem continental do sudeste brasileiro. O objetivo desta tese foi investigar os processos relacionados com a origem, o transporte e o acúmulo de matéria orgânica (MO) em sedimentos da margem continental da Bacia de Campos (RJ). Para isso, foram determinados a composição elementar da matéria orgânica (carbono e nitrogênio) por combustão a seco e os lipídios (esteróis, álcoois e ácidos graxos) por CG-MS e CG-DIC. Foram analisadas 215 amostras de sedimento superficial (0-2 cm de profundidade), coletadas em duas amostragens (períodos seco e chuvoso de 2008/2009), distribuídas sobre 12 isóbatas (de 25 a 3000 m) ao longo de 9 transectos de norte a sul da bacia. Além disto, foram ainda consideradas as isóbatas de 400 a 1900 m em dois cânions submarinos no norte da bacia (Almirante Câmara e Grussaí). Com base nos resultados obtidos, a MO sedimentar na plataforma e talude da bacia revelou-se essencialmente autóctone, derivada de produtores primários e secundários. Com isto, a MO contém uma fração reativa significativa e, portanto, é potencialmente biodisponível para os organismos bentônicos. No entanto, foram observados gradientes espaciais significativos na qualidade e na quantidade da MO sedimentar. Na plataforma continental (25 m a 150 m de profundidade) as concentrações de lipídios foram intermediárias e houve predomínio de MO sedimentar lábil. Exceções foram as áreas influenciadas por ressurgência costeira e/ou intrusão sub-superficial (próximo à Cabo Frio, Cabo de São Tomé e no limite norte da bacia), onde as concentrações foram altas. No talude superior e médio (400 a 1300 m) as concentrações de MO foram notadamente mais elevadas, mas com maior influência de processos bacterianos de alteração de sua composição original. E no talude inferior (1900 a 3000 m) as concentrações de MO estiveram muito baixas e apenas os lipídios mais resistentes à degradação bacteriana foram encontrados em concentrações mensuráveis. Isto sugeriu a exportação de materiais da plataforma ao longo do gradiente batimétrico, possivelmente decorrente da ação de meandros e vórtices da Corrente do Brasil e das correntes de fundo atuantes na região. Além disto, por ser lábil e biodisponível, a MO no sedimento apresenta uma fração biodisponível que pode ter uma influência na ecologia das comunidades bentônicas, particularmente aquelas localizadas no talude superior. Os cânions Grussaí e Almirante Câmara se revelaram regiões de acúmulo de MO e importantes no transporte da MO com valor nutritivo para comunidades bentônicas do talude médio e inferior. / This study is part of the Habitats Project - Campos Basin Environmental Heterogeneity - coordinated by CENPES/PETROBRAS, a multidisciplinary project that considers environmental characterization of the different features and habitats of the Brazilian South-Eastern continental margin. The aim of this thesis was to investigate the processes related to the origin, transport and accumulation of organic matter (OM) in sediments of the continental margin of the Campos Basin (RJ).To this end, the elemental composition of organic matter (carbon and nitrogen) - determined by dry combustion - and lipids (sterols, alcohols and fatty acids) - determined by GCMS and GC-FID - were considered. It was analyzed 215 samples of surface sediment (0-2 cm depth) collected in two samplings (dry and rainy seasons of 2008/2009), distributed over 12 isobaths (25 to 3000 m) along transects distributed from north to south of the basin. Moreover, it was also considered samples from the 400 to 1900 m isobaths in two submarine canyons (Almirante Câmara and Grussaí) in the northern basin. Based on the results, the sedimentary OM continental shelf and slope of Campos Basin was considered to be essentially autochthonous, derived from primary and secondary producers. As a consequence, a significant fraction of OM is reactive and therefore is potentially bioavailable to benthic organisms. However, significant spatial gradients in the quality and quantity of sedimentary OM were observed. In the continental shelf (25 m to 150 m depths), concentrations of lipids were intermediate and there was a predominance of labile sedimentary OM. Exceptions to this general feature were the areas influenced by coastal upwelling and/or sub-surface water intrusion (near Cabo Frio, Cabo de São Tomé and the northern boundary of the basin), where high concentrations of both total organic carbon and lipids were measured. In the upper and middle slope (400 to 1300 m) concentrations of OM were notably higher, but with greater influence of bacterial processes changing their original composition. And in the lower slope (1900 to 3000 m) concentrations of OM were very low and only the lipids more resistant to bacterial degradation were found in measurable concentrations. This suggested the export of materials from the continental shelf along the depth gradient, possibly due to the action of eddies and meanders of the Brazil Current and bottom currents operating in the region. Moreover, for its lability and bioavailability, the OM in the sediment can have a major influence on the ecology of benthic communities, particularly those located on the upper slope. The Almirante Câmara and Grussaí canyons revealed to be regions of OM accumulation and important features on the transport of OM with nutritional value for benthic communities of middle and lower slope.

Investigou-se o desempenho reprodutivo de novilhas e vacas de corte submetidas a protocolos de sincronização de estros para a inseminação artificial e a associação entre marcadores moleculares e desempenho reprodutivo. Exp.1 avaliou-se a antecipação da aplicação da PGF2a em programa de IATF com implante de progesterona em 306 vacas Angus, com cria ao pé. A antecipação da aplicação da PGF2a afetou a taxa de concepção à IATF e prenhez final (P<0,05), respectivamente de 60,9% e 89,1% quando comparados a PGF2a na retirada do dispositivo, respectivamente de 49,3% e 76,7%. Exp.2 avaliaram-se os efeitos do GnRH e da manifestação de estro sobre o desempenho reprodutivo em 197 vacas Angus submetidas à IATF. A manifestação de estro antes da IATF influenciou a taxa de prenhez à IATF (TxPIATF) e prenhez final, respectivamente de 46,6%, 78,6% (C/estro) e 33,0%, 60,6% (S/estro) (P<0,05). O GnRH no momento da IATF resultou em menor taxa de prenhez à IATF, 32,3%, comparado a ausência de GnRH 48,0% (P<0,05), mas não afetou a prenhez final, respectivamente de 69,7% e 70,4%. Houve interação entre estro e GnRH. Vacas C/estro-C/GnRH tiveram 31,4% de prenhez à IATF contra vacas C/estro- S/GnRH com 61,5% (P<0,05). Nas vacas sem estro, o GnRH não apresentou efeito (P>0,05) na TxPIATF (32,6% e 33,3%). O escore de condição corporal (ECC) afetou a taxa de manifestação de estro e a TxPIATF, com superioridade (P<0,05) para vacas > de 3,0. Exp.3 compararam-se os efeitos de diferentes protocolos para a IATF com o acasalamento por touros (Controle) sobre o desempenho reprodutivo de 249 vacas Angus. Formou-se 5 grupos: Controle; Crestar 2º uso; OvSynch; Primer 1ºuso e Primer 2ºuso. A IATF dos animais foi realizada 27 dias e 38 dias após o inicio da estação do grupo controle. Sete dias após a IATF iniciou o repasse com touros. A estação de acasalamento (EA) foi de 91 dias para o grupo controle e 64 e 53 dias para os grupos IATF. A taxa de prenhez ao final da EA não se diferenciou entre os grupos 83,9%. As perdas reprodutivas entre o diagnóstico de gestação e o nascimento foram de 10,5%, sem diferenças entre grupos. O ECC de fêmeas que emprenharam no grupo controle foi diferente do ECC de fêmeas vazias, mas não se diferenciou nos animais da IATF. Exp.4 avaliaram-se protocolos de inseminação sobre o índice reprodutivo em 249 novilhas Britânicas e cruzas, acasaladas aos 14 e 27 meses. Novilhas de 14 e 27 meses foram submetidas aos tratamentos Crestar ou inseminação artificial (IA) por 7 dias, seguida por mais 5 dias após PGF2a (grupo PGF2a) Novilhas de 27 meses também foram submetidas ao OvSynch. Foram avaliados o peso vivo, ECC, escore de trato reprodutivo (ETR) ao início da estação reprodutiva. Os tratamentos OvSynch e Crestar tiveram 100% dos animais inseminados (IATF), enquanto os grupos IA com PGF2a aos 14 e 27 meses tiveram, respectivamente 21,9% e 43,5%. Não houve diferença nas taxas de concepção entre tratamentos e idades (P>0,05), com valores respectivos de 46,5%, 56,3%, 64,7% para Crestar, OvSynch, PGF2a e de 44,4% e 57,1%, para 14 e 27 meses. A taxa de prenhez à IA(TF) foi de 46,5%, 56,3%, 23,4% para Crestar, OvSynch, PGF2a, com superioridade (P<0,05) a favor do Crestar e OvSynch. A taxa de prenhez à IA(TF) foi de 18,6% e 41,3% (P<0,01) para idades 14 e 27 meses. A taxa de prenhez final, após o repasse com touros, foi superior a 90% em todos os grupos (P<0,05). O ETR influenciou a taxa de prenhez após a inseminação. Exp.5 e 6 buscou-se uma associação entre a resposta reprodutiva e marcadores moleculares ligados aos genes do receptor para IGF-1, LH , Leptina, receptores do FSH e LH. Foram utilizados dados de 249 novilhas (Exp4.) e 249 vacas (Exp.3). Nas novilhas a prenhez à inseminação e a prenhez final foram de 41,0% e 91,6%. Nas novilhas não foram encontradas associações entre marcadores e reprodução. No rebanho das vacas a taxa de natalidade no ano subseqüente foi de 75,5%, sem diferenças entre tratamentos, idade e escore ovariano. O ECC influenciou a taxa de natalidade, respectivamente de 55,6%, 75,8% e 82,4% (P<0,05) para os animais com ECC menor que 2,5; 2,5 a 2,9; maior ou igual a 3,0 ao do inicio EA. Vacas homozigóticas no marcador AFZ-1 apresentaram 84,4% de natalidade em comparação as heterozigóticas com 71,5% (P<0,05). A presença do alelo*161 nomarcador HEL5 resultou em 33,3% de natalidade, contra 76,5% em vacas sem esse alelo (P<0,05). Os experimentos evidenciaram que a antecipação da aplicação da PGF2a resultou em aumento da taxa de prenhez à IATF. O ECC mostrou-se como importante preditor do desempenho reprodutivo em vacas de corte. O uso do GnRH concomitante à IATF em vacas com manifestação de estro induzido com benzoato resultou em menor resposta reprodutiva à IATF. A IATF proporcionou aumento nas taxas de inseminação em novilhas, especialmente nas submetidas ao acasalamento 14 meses. O escore de trato reprodutivo ao início da estação de acasalamento influenciou a precocidade de concepção das novilhas. O atraso da realização da IATF após o início da EA não afetou a taxa de prenhez final de vacas de cria quando comparado ao acasalamento por touros. Marcadores moleculares apresentaram associação com o desempenho reprodutivo de bovinos. / Were investigated the reproductive performance of beef heifers and cows submitted to different estrus synchronization protocols for artificial insemination and the association between molecular markers and reproductive performance. Trial.1 The anticipation of the application of PGF2a in TAI program with implantation of progesterone in 306 nursing Angus cows was evaluated. Anticipating the application of PGF2a affected (P <0.05) conception rate to TAI and final pregnancy, respectively 60.9% and 89.1% when compared to PGF2a in the removal of the device, respectively 49.3% and 76.7%. Trial.2 The effects of GnRH and oestrus on reproductive performance in 197 Angus cows subjected to TAI It were evaluated. The expression of oestrus before TAI influenced the pregnancy rate to TAI (TxPTAI) and final pregnancy (P<0.05), respectively 46.6%, 78.6% (oestrus) and 33.0%, 60.6% (No/oestrus). GnRH at the time of TAI resulted in lower pregnancy rate to TAI (32.3%) compared to the absence of GnRH (48.0%) (P<0.05) but did not affect the final pregnancy, respectively 69, 7% and 70.4%. There was interaction between GnRH and oestrus. Cows with oestrus and GnRH had 31.4% pregnancy for TAI cows against with oestrus without GnRH with 61.5% (P <0.05). In cows without oestrus, GnRH had no effect (P> 0.05) TxPTAI (32.6% and 33.3%). The body condition score (BCS) affected the rate of oestrus and TxPTAI, with higher (P <0.05) for cows > than 3.0. Trial.3 The effects of different protocols for TAI with mating by bulls (control) on the reproductive performance of 249 Angus cows were compared. It was formed five groups: Control; Crestar 2nd use; OvSynch; Primer new and Primer 2nd use. The TAI was performed 27 days and 38 days after the start breeding season in the control group. Seven days after TAI was realized the clean-up bulls. The mating season (MS) was 91 days for the control group and 64 and 53 days for TAI groups. Pregnancy rate at the end of MS did not differ between groups (83.9%). Reproductive failure between diagnosis of pregnancy and birth were 10.5%, without differences between groups. The BCS to pregnant cows in the control group differed from open cows, but it was not different in cows submitted to TAI. Trial.4 Different protocols to insemination on reproduction in 249 British and crossbred heifers, bred at 14 and 27 months were evaluated. Heifers to 14 and 27 months were treated Crestar or artificial insemination (AI) for 7 days, followed by more than 5 days after PGF2a (PGF2a group) Heifers 27 months were also submitted to OvSynch. We evaluated body weight, BCS, reproductive tract score (RTS) to the beginning of the breeding season. Treatments OvSynch and Crestar had 100% of the animals inseminated (TAI), while groups with PGF2a IA at 14 and 27 months were respectively 21.9% and 43.5%. There was no difference in conception rates between treatment and age (P>0.05), with respective values of 46.5%, 56.3%, 64.7% for Crestar, OvSynch, PGF2a, and 44.4% and 57.1% for 14 and 27 months. Pregnancy rate to AI (TAI) was 46.5%, 56.3%, 23.4% for Crestar, OvSynch, PGF2a, with higher (P <0.05) in favor of Crestar and OvSynch. Pregnancy rate to AI (TAI) was 18.6% and 41.3% (P <0.01) for ages 14 and 27 months. The final pregnancy rate after clean-up bulls was superior to 90% in all groups (P<0.05). The RTS influenced the pregnancy rate after insemination. Trial.5 and 6 we looking for an association between the reproductive response and molecular markers linked to genes for IGF-1 receptor, LH , Leptin, FSH and LH receptors. We used data from 249 heifers (Trial4.) and 249 cows (Trial.3). Pregnancy in heifers at insemination and final pregnancy were 41.0% and 91.6%. No associations were found between markers and reproduction in heifers. In the cow`s herd the birth rate in subsequent years was 75.5%, with no differences between treatments, age and ovarian score. The BCS has influenced the birth rate, respectively 55.6%, 75.8% and 82.4% (P <0.05) for animals with BCS less than 2.5, 2.5 to 2.9; greater than or equal to 3.0 to the beginning of the MS. Cows in homozygous marker AFZ-1 showed 84.4% of the birth rate compared with 71.5% (P <0.05) in heterozygous cows. The presence of allele*161 to HEL5 marker resulted in 33.3% of birth rate vs. 76.5% in cows without this allele (P<0.05). The experiments showed that the anticipation of the implementation of PGF2a resulted in increased pregnancy rate to TAI. BCS has proven to be an important predictor of reproductive performance in beef cows. The use of GnRH in cows with the oestrus induced with benzoate showed worse reproductive response to TAI. The TAI has provided increased rates of insemination in heifers, especially in heifers submitted to matting by 14 months. The reproductive tract score at the beginning of the breeding season influenced the speed of conception in heifers. The delay of the realization of TAI after the onset of MS did not affect the final pregnancy rate of beef cows when compared to breeding only by bulls. Molecular markers were associated with the reproductive performance of cattle.

Submitted by Franciele Moreira (francielemoreyra@gmail.com) on 2018-10-08T13:14:30Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ludivina Lima Rodrigues - 2018.pdf: 2293271 bytes, checksum: c682aa890844c16d17542816e5049521 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-10-09T10:44:54Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ludivina Lima Rodrigues - 2018.pdf: 2293271 bytes, checksum: c682aa890844c16d17542816e5049521 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-10-09T10:44:54Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ludivina Lima Rodrigues - 2018.pdf: 2293271 bytes, checksum: c682aa890844c16d17542816e5049521 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2018-02-27 / The darkening of bean grains (Phaseolus vulgaris L.) occurs after harvest and leads to loss of commercial value of the product. This trait is controlled by one gene, in which the dominant allele confers the normal grain darkening of the carioca and pinto type. In the pinto type, this gene was denominated Sd (Slow darkening). However, there are no reports that the gene identified in pinto is the same as in the carioca type. Molecular markers linked to the Sd gene have been identified and validated in carioca type populations: Pvsd-1158 (SSR) and PvbHLHp12804 (SNP). Thus, this study aimed to verify if the gene that controls the darkening of the grains in different genotypes is the same; evaluate the efficiency of the markers Pvsd-1158 and PvbHLHp12804 in a group of genotypes with carioca and mulatinho (cream) grains; and estimate the genetic divergence among these genotypes. For this, 17 bean genotypes were used, which were grown in two experiments in greenhouse. The harvested grains were stored for 135 days and phenotypically evaluated for darkening. In parallel, these genotypes were evaluated genotypically with the markers Pvsd-1158 and PvbHLHp12804 and also with a panel of 24 microsatellite markers for estimation of genetic diversity. Crossings were also performed between genotypes 1533-15, AN512666-0 and BRSMG Madrepérola, which present slow darkening of the grains, to confirm if the gene responsible for the slow darkening is the same. For this, progenies F2:3 were evaluated by segregation tests from the data obtained from the phenotypic evaluation of the darkening. Considering the 17 lines,, 13 lines showed slow darkening, three presented normal darkening and one presented no darkening. The Pvsd-1158 and PvbHLHp12804 markers presented the expected alleles according to the phenotypic evaluation in 14 of the 16 genotypes that presented some darkening, representing 87.5% coincidence with the phenotypic data, indicating that the Sd gene is responsible for the darkening the grains in these genotypes. The line CNFM11940, with grains mulatinho (cream) and the cultivar TAA Dama, with carioca grains presented slow darkening and alleles linked to normal darkening for the two markers. This indicates that there were recombination in this genomic region, taunting the separation between the markers and the Sd gene, or that there is another gene conferring the slow darkening in these genotypes. Estimation of genetic divergence among the genotypes provided additional information for comparison of the genotypes. Additionally, all the progenies F2:3 originating from the three populations showed slow darkening and, therefore, there was no segregation. Thus, the gene that controls the darkening of the grains in beans pinto and carioca is the Sd gene. / O escurecimento dos grãos de feijão (Phaseolus vulgaris L.) ocorre após a colheita e gera perda no valor comercial do produto. Esse caráter é controlado por um gene com dominância do alelo que confere o escurecimento normal em feijões do tipo carioca e pinto. Em feijões do tipo pinto esse gene foi denominado Sd (Slow darkening). Entretanto, não existem relatos de que o gene identificado no tipo pinto é o mesmo do tipo carioca. Existem marcadores moleculares identificados como ligados ao gene Sd e validados em populações de feijão carioca: Pvsd-1158 (SSR) e PvbHLHp12804 (SNP). Assim, esse estudo objetivou verificar se o gene que controla o escurecimento dos grãos em diferentes genótipos de feijão com diferentes origens é o mesmo; avaliar a eficiência dos marcadores Pvsd-1158 e PvbHLHp12804 em um grupo de genótipos com grãos carioca e mulatinho; e estimar a divergência genética entre esses genótipos. Para isso, foram utilizados 17 genótipos de feijão, cultivados em dois experimentos em telado. Os grãos colhidos foram armazenados por 135 dias e avaliados fenotipicamente quanto ao escurecimento. Paralelamente, esses genótipos foram avaliados genotipicamente com os marcadores Pvsd-1158 e PvbHLHp12804 e também com um painel de 24 marcadores microssatélites para estimação da diversidade genética. Também foram realizados cruzamentos entre os genótipos 1533-15, AN512666-0 e BRSMG Madrepérola, que apresentam escurecimento lento dos grãos, para confirmar se o gene responsável pelo escurecimento nesses genótipos é o mesmo. Para isso, foram avaliadas progênies F2:3 por meio de testes de segregação a partir dos dados obtidos da avaliação fenotípica do escurecimento. Considerando as 17 linhagens, 13 apresentaram escurecimento lento, três apresentaram escurecimento normal e uma não apresentou escurecimento. Os marcadores Pvsd-1158 e PvbHLHp12804 apresentaram os alelos esperados de acordo com a avaliação fenotípica em 14 dos 16 genótipos que apresentaram algum escurecimento, representando 87,5% de coincidência com os dados fenotípicos e indicando que o gene Sd é o responsável pelo escurecimento dos grãos nesses genótipos. A linhagem CNFM11940, com grãos mulatinho e a cultivar TAA Dama, com grãos carioca apresentaram escurecimento lento e alelos relativos ao escurecimento normal para os dois marcadores. Isso indica que houve recombinação nessa região genômica, provocando a separação entre os marcadores e o gene Sd, ou que existe outro gene conferindo o escurecimento lento nesses genótipos. As estimativas de divergência genética entre os genótipos forneceram informações adicionais para comparação dos genótipos. Adicionalmente, todas as progênies F2:3 oriundas das três populações, apresentaram escurecimento lento e, portanto, não houve segregação. Assim, o gene que controla o escurecimento dos grãos em feijão pinto e carioca é o gene Sd.

O objetivo deste estudo foi caracterizar a diversidade de Metarhizium em um plantio de cana-de-açúcar e monitorar a eficácia e persistência do isolado ESALQ 1604 de M. anisopliae, após aplicação em campo, através de técnicas moleculares. Isolados foram recuperados de amostras de solo, raiz e cigarrinha-das-raízes infectadas de duas áreas de um canavial em Iracemápolis-SP, uma com aplicação do fungo (isolado ESALQ 5310) e colheita mecânica e outra sem aplicação e colheita manual antecedida por queimada. Os isolados de insetos foram recuperados de ninfas e adultos coletados 51, 42 e 1 dia (s) antes da aplicação do fungo e 7, 30, 60 e 90 dias após a aplicação. Isolados de solo e raiz foram obtidos 90 dias pré-aplicação do fungo e 30 e 90 dias pós-aplicação. A aplicação de M. anisopliae foi realizada em 09/01/15 com suspensão de 3,72x106 conídios viáveis/mL numa vazão de 150L/ha. Nas análises moleculares também foram incluídos 22 isolados provenientes das mesmas áreas coletados em 18/12/2012. A diversidade haplotípica de Metarhizium foi obtida pela genotipagem de 10 marcadores microssatélites para 213 isolados provenientes de amostras de solos, 22 de raízes e 73 de cigarrinha-das-raízes. A identificação específica dos fungos foi obtida pelo sequenciamento do gene 5\'-TEF de 57 isolados provenientes de solos, 6 de raízes e 14 de cigarrinha-das-raízes selecionados dentre os diferentes haplótipos gerados pelas análises dos marcadores microssatélites. Dentre os 310 isolados genotipados, foram obtidos 156 haplótipos do fungo, destes, 132 provenientes de isolados de solo, 17 de raízes e 20 de cigarrinha-das-raízes. A maior diversidade haplotípica foi encontrada nos solos h=0,989 e a menor em insetos h=0,779. A divergência genética entre isolados provenientes de insetos, solos e raízes foi significativa (&Phi;ST =0.303), sendo a maior proporção da variação dentro (69,6 %) do que entre (30,3 %) esses grupos. A mortalidade de cigarrinha-das-raízes por M. anisopliae antes da aplicação variou de 0 a 14,8% para ninfas e 7,3-18,1% para adultos. Sete dias após a aplicação, observou-se 50% de mortalidade confirmada de ninfas e 10,7% de adultos. O isolado aplicado em campo foi recuperado somente em cigarrinha-das-raízes e nas coletas 7, 30 e 60 dias pós-aplicação, compreendendo 50%, 50% e 70,5% de todos os insetos mortos por M. anisopliae, respectivamente. A população da praga reduziu após 90 dias e não foram observadas cigarrinhas infectadas nesta amostragem. No solo, foram encontradas as espécies M. robertsii (clados Mrob 1, Mrob 2 e Mrob 4), M. anisopliae (Mani 1 e Mani 2) e M. brunneum. Em raízes foram encontradas as espécies M. brunneum e M. anisopliae (Mani 2). Em adultos e ninfas de cigarrinha-das-raízes foram encontrados somente haplótipos de um único clado (Mani 2) de M. anisopliae, e o isolado ESALQ 5310 aplicado nos anos anteriores na área não foi recuperado. Os resultados obtidos neste trabalho revelam a grande diversidade haplotípica de Metarhizium spp. e o impacto das populações locais de M. anisopliae na regulação de cigarrinhas em cana-de-açúcar. / The aim of this study was to characterize the diversity of Metarhizium in a sugarcane plantation and to monitor the efficacy and persistence of the isolate ESALQ 1604 of M. anisopliae after field application, by molecular techniques. Isolates were recovered from samples of soil, root and infected spittlebugs of two areas in Iracemápolis-SP: one with application of the fungus (isolate ESALQ 5310) and mechanical harvesting and another without fungal application and manual harvest preceded by burning. The isolates from insects were recovered from nymphs and adults collected 51, 42 and 1 day (s) before application of the fungus and 7, 30, 60 and 90 days after application. Isolates of soil and root were obtained 90 days pre-application of the fungus and 30 and 90 days post-application. The application of M. anisopliae was carried out in 9/Jan/15 with suspension of 3,72 x 106 viable conidia/mL at a volume rate of 150 l/ha. In the molecular analyses, 22 isolates from the same areas collected in 18/12/2012 were also included. The haplotype diversity of Metarhizium was obtained by genotyping 10 microsatellite markers of 213 isolates from soil samples, 22 from roots and 73 from spittlebugs. The specific identification of fungi was obtained by sequencing the gene 5\'- TEF of 61 isolated from soil, 6 from root and 13 from spittlebug selected among the different haplotypes generated by analysis of microsatellite markers. Among 310 isolates genotyped, 156 haplotypes of the fungus were obtained, of these, 132 from soil isolates, 17 of root and 20 of spittlebug. The highest haplotype diversity was found in soil h=0.989 and the smallest in spittlebug h = 0.779. The genetic divergence among isolates from insect, soil and root was significant (&Phi;ST = 0.303), being the largest proportion of the variation within (69.6%) than among (30.3%) these groups. The mortality of spittlebugs by M. anisopliae before application ranged from 0 to 14.8% for nymphs and 7.3-18.1% for adults. Seven days after application, 50% of nymph mortality and 10.7% of adult mortality was observed. The isolate applied on the field was recovered only in spittlebugs and only 7, 30 and 60 days, post-application, and accounted for 50%, 50% and 70.5% of all insects killed by M. anisopliae, respectively. The pest population reduced after 90 days and no spittlebug infected was observed in this sample date. The species and clades found in isolates from soil were M. robertsii (clades Mrob 1, Mrob 2 and Mrob 4), M. anisopliae (Mani 1 and Mani 2) and M. brunneum. In roots the species found were M. brunneum and M. anisopliae (Mani 2). In adults and nymphs of spittlebug only haplotypes of a single clade (Mani 2) of M. anisopliae were found. The isolate ESALQ 5310 applied in previous years in the area was never recovered. The results obtained in this work revelead the great diversity of haplotype Metarhizium spp. and the impact of local populations of M. anisopliae on population regulation of spittlebugs in sugarcane.

Investigou-se o desempenho reprodutivo de novilhas e vacas de corte submetidas a protocolos de sincronização de estros para a inseminação artificial e a associação entre marcadores moleculares e desempenho reprodutivo. Exp.1 avaliou-se a antecipação da aplicação da PGF2a em programa de IATF com implante de progesterona em 306 vacas Angus, com cria ao pé. A antecipação da aplicação da PGF2a afetou a taxa de concepção à IATF e prenhez final (P<0,05), respectivamente de 60,9% e 89,1% quando comparados a PGF2a na retirada do dispositivo, respectivamente de 49,3% e 76,7%. Exp.2 avaliaram-se os efeitos do GnRH e da manifestação de estro sobre o desempenho reprodutivo em 197 vacas Angus submetidas à IATF. A manifestação de estro antes da IATF influenciou a taxa de prenhez à IATF (TxPIATF) e prenhez final, respectivamente de 46,6%, 78,6% (C/estro) e 33,0%, 60,6% (S/estro) (P<0,05). O GnRH no momento da IATF resultou em menor taxa de prenhez à IATF, 32,3%, comparado a ausência de GnRH 48,0% (P<0,05), mas não afetou a prenhez final, respectivamente de 69,7% e 70,4%. Houve interação entre estro e GnRH. Vacas C/estro-C/GnRH tiveram 31,4% de prenhez à IATF contra vacas C/estro- S/GnRH com 61,5% (P<0,05). Nas vacas sem estro, o GnRH não apresentou efeito (P>0,05) na TxPIATF (32,6% e 33,3%). O escore de condição corporal (ECC) afetou a taxa de manifestação de estro e a TxPIATF, com superioridade (P<0,05) para vacas > de 3,0. Exp.3 compararam-se os efeitos de diferentes protocolos para a IATF com o acasalamento por touros (Controle) sobre o desempenho reprodutivo de 249 vacas Angus. Formou-se 5 grupos: Controle; Crestar 2º uso; OvSynch; Primer 1ºuso e Primer 2ºuso. A IATF dos animais foi realizada 27 dias e 38 dias após o inicio da estação do grupo controle. Sete dias após a IATF iniciou o repasse com touros. A estação de acasalamento (EA) foi de 91 dias para o grupo controle e 64 e 53 dias para os grupos IATF. A taxa de prenhez ao final da EA não se diferenciou entre os grupos 83,9%. As perdas reprodutivas entre o diagnóstico de gestação e o nascimento foram de 10,5%, sem diferenças entre grupos. O ECC de fêmeas que emprenharam no grupo controle foi diferente do ECC de fêmeas vazias, mas não se diferenciou nos animais da IATF. Exp.4 avaliaram-se protocolos de inseminação sobre o índice reprodutivo em 249 novilhas Britânicas e cruzas, acasaladas aos 14 e 27 meses. Novilhas de 14 e 27 meses foram submetidas aos tratamentos Crestar ou inseminação artificial (IA) por 7 dias, seguida por mais 5 dias após PGF2a (grupo PGF2a) Novilhas de 27 meses também foram submetidas ao OvSynch. Foram avaliados o peso vivo, ECC, escore de trato reprodutivo (ETR) ao início da estação reprodutiva. Os tratamentos OvSynch e Crestar tiveram 100% dos animais inseminados (IATF), enquanto os grupos IA com PGF2a aos 14 e 27 meses tiveram, respectivamente 21,9% e 43,5%. Não houve diferença nas taxas de concepção entre tratamentos e idades (P>0,05), com valores respectivos de 46,5%, 56,3%, 64,7% para Crestar, OvSynch, PGF2a e de 44,4% e 57,1%, para 14 e 27 meses. A taxa de prenhez à IA(TF) foi de 46,5%, 56,3%, 23,4% para Crestar, OvSynch, PGF2a, com superioridade (P<0,05) a favor do Crestar e OvSynch. A taxa de prenhez à IA(TF) foi de 18,6% e 41,3% (P<0,01) para idades 14 e 27 meses. A taxa de prenhez final, após o repasse com touros, foi superior a 90% em todos os grupos (P<0,05). O ETR influenciou a taxa de prenhez após a inseminação. Exp.5 e 6 buscou-se uma associação entre a resposta reprodutiva e marcadores moleculares ligados aos genes do receptor para IGF-1, LH , Leptina, receptores do FSH e LH. Foram utilizados dados de 249 novilhas (Exp4.) e 249 vacas (Exp.3). Nas novilhas a prenhez à inseminação e a prenhez final foram de 41,0% e 91,6%. Nas novilhas não foram encontradas associações entre marcadores e reprodução. No rebanho das vacas a taxa de natalidade no ano subseqüente foi de 75,5%, sem diferenças entre tratamentos, idade e escore ovariano. O ECC influenciou a taxa de natalidade, respectivamente de 55,6%, 75,8% e 82,4% (P<0,05) para os animais com ECC menor que 2,5; 2,5 a 2,9; maior ou igual a 3,0 ao do inicio EA. Vacas homozigóticas no marcador AFZ-1 apresentaram 84,4% de natalidade em comparação as heterozigóticas com 71,5% (P<0,05). A presença do alelo*161 nomarcador HEL5 resultou em 33,3% de natalidade, contra 76,5% em vacas sem esse alelo (P<0,05). Os experimentos evidenciaram que a antecipação da aplicação da PGF2a resultou em aumento da taxa de prenhez à IATF. O ECC mostrou-se como importante preditor do desempenho reprodutivo em vacas de corte. O uso do GnRH concomitante à IATF em vacas com manifestação de estro induzido com benzoato resultou em menor resposta reprodutiva à IATF. A IATF proporcionou aumento nas taxas de inseminação em novilhas, especialmente nas submetidas ao acasalamento 14 meses. O escore de trato reprodutivo ao início da estação de acasalamento influenciou a precocidade de concepção das novilhas. O atraso da realização da IATF após o início da EA não afetou a taxa de prenhez final de vacas de cria quando comparado ao acasalamento por touros. Marcadores moleculares apresentaram associação com o desempenho reprodutivo de bovinos. / Were investigated the reproductive performance of beef heifers and cows submitted to different estrus synchronization protocols for artificial insemination and the association between molecular markers and reproductive performance. Trial.1 The anticipation of the application of PGF2a in TAI program with implantation of progesterone in 306 nursing Angus cows was evaluated. Anticipating the application of PGF2a affected (P <0.05) conception rate to TAI and final pregnancy, respectively 60.9% and 89.1% when compared to PGF2a in the removal of the device, respectively 49.3% and 76.7%. Trial.2 The effects of GnRH and oestrus on reproductive performance in 197 Angus cows subjected to TAI It were evaluated. The expression of oestrus before TAI influenced the pregnancy rate to TAI (TxPTAI) and final pregnancy (P<0.05), respectively 46.6%, 78.6% (oestrus) and 33.0%, 60.6% (No/oestrus). GnRH at the time of TAI resulted in lower pregnancy rate to TAI (32.3%) compared to the absence of GnRH (48.0%) (P<0.05) but did not affect the final pregnancy, respectively 69, 7% and 70.4%. There was interaction between GnRH and oestrus. Cows with oestrus and GnRH had 31.4% pregnancy for TAI cows against with oestrus without GnRH with 61.5% (P <0.05). In cows without oestrus, GnRH had no effect (P> 0.05) TxPTAI (32.6% and 33.3%). The body condition score (BCS) affected the rate of oestrus and TxPTAI, with higher (P <0.05) for cows > than 3.0. Trial.3 The effects of different protocols for TAI with mating by bulls (control) on the reproductive performance of 249 Angus cows were compared. It was formed five groups: Control; Crestar 2nd use; OvSynch; Primer new and Primer 2nd use. The TAI was performed 27 days and 38 days after the start breeding season in the control group. Seven days after TAI was realized the clean-up bulls. The mating season (MS) was 91 days for the control group and 64 and 53 days for TAI groups. Pregnancy rate at the end of MS did not differ between groups (83.9%). Reproductive failure between diagnosis of pregnancy and birth were 10.5%, without differences between groups. The BCS to pregnant cows in the control group differed from open cows, but it was not different in cows submitted to TAI. Trial.4 Different protocols to insemination on reproduction in 249 British and crossbred heifers, bred at 14 and 27 months were evaluated. Heifers to 14 and 27 months were treated Crestar or artificial insemination (AI) for 7 days, followed by more than 5 days after PGF2a (PGF2a group) Heifers 27 months were also submitted to OvSynch. We evaluated body weight, BCS, reproductive tract score (RTS) to the beginning of the breeding season. Treatments OvSynch and Crestar had 100% of the animals inseminated (TAI), while groups with PGF2a IA at 14 and 27 months were respectively 21.9% and 43.5%. There was no difference in conception rates between treatment and age (P>0.05), with respective values of 46.5%, 56.3%, 64.7% for Crestar, OvSynch, PGF2a, and 44.4% and 57.1% for 14 and 27 months. Pregnancy rate to AI (TAI) was 46.5%, 56.3%, 23.4% for Crestar, OvSynch, PGF2a, with higher (P <0.05) in favor of Crestar and OvSynch. Pregnancy rate to AI (TAI) was 18.6% and 41.3% (P <0.01) for ages 14 and 27 months. The final pregnancy rate after clean-up bulls was superior to 90% in all groups (P<0.05). The RTS influenced the pregnancy rate after insemination. Trial.5 and 6 we looking for an association between the reproductive response and molecular markers linked to genes for IGF-1 receptor, LH , Leptin, FSH and LH receptors. We used data from 249 heifers (Trial4.) and 249 cows (Trial.3). Pregnancy in heifers at insemination and final pregnancy were 41.0% and 91.6%. No associations were found between markers and reproduction in heifers. In the cow`s herd the birth rate in subsequent years was 75.5%, with no differences between treatments, age and ovarian score. The BCS has influenced the birth rate, respectively 55.6%, 75.8% and 82.4% (P <0.05) for animals with BCS less than 2.5, 2.5 to 2.9; greater than or equal to 3.0 to the beginning of the MS. Cows in homozygous marker AFZ-1 showed 84.4% of the birth rate compared with 71.5% (P <0.05) in heterozygous cows. The presence of allele*161 to HEL5 marker resulted in 33.3% of birth rate vs. 76.5% in cows without this allele (P<0.05). The experiments showed that the anticipation of the implementation of PGF2a resulted in increased pregnancy rate to TAI. BCS has proven to be an important predictor of reproductive performance in beef cows. The use of GnRH in cows with the oestrus induced with benzoate showed worse reproductive response to TAI. The TAI has provided increased rates of insemination in heifers, especially in heifers submitted to matting by 14 months. The reproductive tract score at the beginning of the breeding season influenced the speed of conception in heifers. The delay of the realization of TAI after the onset of MS did not affect the final pregnancy rate of beef cows when compared to breeding only by bulls. Molecular markers were associated with the reproductive performance of cattle.

Made available in DSpace on 2016-12-23T14:37:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Leandro Pin Dalvi.pdf: 1271308 bytes, checksum: 029f08fb27575fe178e1d7fbfa5e6720 (MD5) Previous issue date: 2008-02-23 / A cafeicultura é a maior geradora de empregos e renda para as famílias do Espírito Santo. Dentre os problemas que esta atividade enfrenta, destaca-se a broca-do-café Hypothenemus hampei, uma praga que causa prejuízos em todos os estágios de maturação dos frutos, assim como no pós-colheita. O objetivo do presente trabalho foi coletar, caracterizar molecularmente e selecionar isolados do fungo entomopatogênico Beauveria bassiana com potencial para utilização em programas de manejo fitossanitário da broca-do-café. O trabalho foi realizado no Setor de Entomologia e Fitopatologia NUDEMAFI, localizado no Centro de Ciências Agrárias da Universidade Federal do Espírito Santo (CCA-UFES), e nos laboratórios de Entomologia e Biotecnologia da Embrapa-Soja localizados em Londrina, Paraná. As coletas resultaram em 28 isolados classificados como B. bassiana, tendo sido um dos isolados descartado dos testes por apresentar baixo crescimento. As amplificações utilizando 12 primers (iniciadores) deram origem a 82 bandas. O coeficiente de similaridade Dice variou de 93 a 51%. Foi evidente, salvo algumas exceções, que o local de coleta foi peça chave na formação de grupos muito relacionados. Ocorreu grande amplitude na virulência. Foram pré-selecionados os isolados CCA-UFES/Bb4, CCA-UFES/Bb11, CCA-UFES/Bb15, CCA-UFES/Bb18 que produziram mortalidade confirmada acima de 60%. Posteriormente, o isolado CCA-UFES/Bb15 apresentou melhor resposta, diferenciando-se do isolado utilizados como padrão - ESALQ-447 - cujos CL50 foram de 4,0 x 104 e 11,85 x 104 conídios/mL, respectivamente. Para todos os isolados selecionados, assim como para o padrão, o aumento na concentração representou aumento na mortalidade. A conidiogênese sobre os cadáveres da broca-do-café foi inversamente proporcional à virulência dos isolados, sendo ambas as características importantes para o sucesso de um programa de Manejo Integrado de Pragas (MIP). Os resultados obtidos são promissores, dando subsídio a novas pesquisas preferencialmente a campo / The coffee plantation is the largest source of jobs and familiar income of the State of Espírito Santo (Brazil). The coffee berry borer, Hypothenemus hampei, is widely considered one of the most important coffee pests because the losses in all stages of coffee grain as well as in post-harvest in this activity. The objective of this study was the collect, molecular characterization and the select of entomopathogenic fungus Beauveria bassiana strains, with potential use in integrated pest management in coffe plantations. The work was carried out at NUDEMAFI, located in the Centro de Ciências Agrárias da Universidade Federal do Espírito Santo, in municipality of Alegre, Brazil and the Biotechnology and Biological laboratories in the Embrapa Soja, in municipality of Londrina, State of Paraná, Brazil. A collection of 28 B. bassiana strains,isolated from different geographic regions were established. Only one Bassiana bassiana strain was discarded for low growth in laboratory. The amplifications using 12 "primers" (initiators) led to 82 bands. Dices coefficient ranged from 51 to. 93% with few exceptions Groups of B. bassiana strains related were forming due to the place colleted and high levels of virulence was observed. The Beauveria bassiana strains CCA-UFES/Bb4, CCA-UFES/Bb11, CCA-UFES/Bb15, CCA-UFES/Bb18 were pre-selected which showed confirmed mortality higher than 60Only The LC50, of the CCA-UFES/Bb15 strains was better response with significant difference between the standard, with 4.0 x 104 in 11.85 x 104 conidia / ml, respectively,. All isolates selected, as well as for the standard, the increase in the concentration resulted an increase of mortality of H. hampei. The conidiogenesis on coffee berry borers cadavers was inversely proportional to the virulence of the B. bassiana strains, and both this characteristics are important to the success of a program of Integrated Pest Management (IPM)

Submitted by Geandra Rodrigues (geandrar@gmail.com) on 2018-01-10T14:27:33Z No. of bitstreams: 1 sirleiaparecidajulião.pdf: 1501615 bytes, checksum: c915a860117fdc2bf5cd1ba90fdab0b9 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2018-01-22T16:11:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 sirleiaparecidajulião.pdf: 1501615 bytes, checksum: c915a860117fdc2bf5cd1ba90fdab0b9 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-22T16:11:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 sirleiaparecidajulião.pdf: 1501615 bytes, checksum: c915a860117fdc2bf5cd1ba90fdab0b9 (MD5) Previous issue date: 2017-08-11 / Lippia alba é uma espécie medicinal com ampla diversidade fenotípica, incluindo a composição do óleo essencial. A variação genética é provavelmente a principal causa dessa variação. A espécie foi descrita como um complexo poliploide com cinco números cromossômicos (2n=30, 38, 45, 60 e 90). Devido à importância econômica e à variação genética natural, essa espécie representa um excelente modelo em estudos sobre estabilidade genômica. Este trabalho teve como objetivo investigar a estabilidade genômica de 22 acessos naturais cultivados in vitro durante sete anos e em acessos poliploides sintéticos obtidos a partir da duplicação cromossômica de um acesso diploide natural usando colchicina. Para analisar a estabilidade do genoma de plantas cultivadas a longo prazo, foram analisadas quatro plantas (três mantidas in vitro e uma no campo) de 22 acessos. O tamanho do genoma foi verificado por citometria de fluxo e oito marcadores ISSR foram utilizados para verificara estabilidade em nível de sequencia de DNA. Para avaliar a estabilidade genômica após a poliploidização, onze plantas poliploides sintéticas, sendo 5 tetraploides (4X) e 6 mixoploides (2X / 4X) foram comparadas com a planta matriz diploide. As comparações foram baseadas no conteúdo de DNA, contagem cromossômica, marcadores moleculares ISSR e SSR e no perfil químico do óleo essencial. A comparação entre as plantas mantidas in vitro e as respectivas plantas mantidas no campo mostrou que 13 dos 22 acessos sofreram uma pequena redução no tamanho do genoma. Os marcadores ISSR detectaram polimorfismos na sequência de DNA variando de 1,61 a 33,87%. Somente três acessos não apresentaram bandas polimórficas. O número de bandas polimórficas entre os outros 19 acessos variou de um a 21. A análise da ploidia das plantas poliploides sintéticas realizada em folhas e raízes confirmou a estabilidade das plantas tetraploides. As plantas mixoploides apresentaram um único pico G1 correspondente a plantas triploides. A análise cromossômica revelou 60 cromossomos com 12 sítios de DNAr 45S nas plantas tetraploides e 9 sítios de DNAr 45S nos 45 cromossomos observados nas plantas triploides. Os marcadores ISSR mostraram polimorfismo entre a planta matriz diploide e as plantas poliploides sintéticas. A taxa de polimorfismo variou de 1,81 a 5,45% nas plantas tetraploides e de 43,63 a 56,36% nas plantas triploides. Alterações no tamanho dos alelos de microssatélites também foram detectadas. A planta matriz diploide apresentou dez alelos, três dos quais foram compartilhados com as plantas triploides e sete com as plantas tetraploides. Todas as plantas triploides apresentaram 13 alelos, sendo dez deles correspondentes a alelos novos. O número de alelos detectados nas plantas tetraploides variou de oito a 11 e o número de alelos novos como consequência da poliploidização variou de dois a quatro. O componente majoritário detectado no óleo essencial da planta matriz diploide e das plantas tetraploides foi o citral e nas plantas triploides foi o linalol. A instabilidade genômica detectada em L. alba após sete anos de cultura in vitro pode ser devido à consequência da instabilidade do genoma natural combinada com a cultura in vitro a longo prazo. Os efeitos da poliploidização que resultam em reorganização genômica e alterações fisiológicas podem explicar a variação observada nas plantas poliploides sintéticas. / Lippia alba is a medicinal species with a broad phenotypic diversity, including the essential oil composition. Genetic variation is probably the main cause of this variation. The species is a polyploid complex with five chromosome numbers (2n = 30, 38, 45, 60 and 90). Due to the economic importance and the natural genetic variation, this species represents an excellent model in studies on the genomic stability. This work aimed to investigate the genomic stability of 22 natural accessions grown in vitro for 7 years and in synthetic polyploid accessions obtained from the chromosome duplication of a natural diploid access using colchicine. To analyze the genome stability of long-term cultivated plants, four replicates (three maintained in vitro and one in the field) of 22 accessions were analyzed. The size of the genome was verified by flow cytometry and eight ISSR markers checked for stability in the DNA sequence. To evaluate the effect of polyploidization, eleven synthetic polyploid plants composed of 5 tetraploids (4X) and 6 mixoploids (2X/4X) were compared with the diploid parent plant. The comparisons were based on DNA content, chromosomal count, molecular markers ISSR and SSR, and chemical profile of the essential oil. The comparison between the plants maintained in vitro and the respective plants maintained in the field showed that 13 of the 22 accessions suffered a small reduction in the size of the genome. ISSR markers detected polymorphisms in the DNA sequence ranging from 1.61 to 33.87%. Only three accessions did not present polymorphic bands. The number of polymorphic bands among the other 19 accesses ranged from 1 to 21. Analysis of the ploidy of the synthetic polyploid plants carried out on leaves and roots confirmed the stability of the tetraploid plants. The mixoploid plants presented a single G1 peak corresponding to triploid plants. The chromosome analysis showed 60 chromosomes with twelve 45S rDNA sites in the synthetic tetraploids and nine 45S rDNA sites over the 45 chromosomes observed in the synthetics triploid plants. ISSR markers showed polymorphism between the diploid parent plant and synthetic polyploid plants. The polymorphism rate varied from 1.81 to 5.45% in the tetraploid plants and from 43.63 to 56.36% in the triploid plants. Changes in the size of the microsatellite alleles were also detected. The diploid parental plant presented 10 alleles, of which 3 were shared with the triploid plants and 7 with the tetraploid plants. All triploid plants had 13 alleles, 10 of which correspond to new alleles. The number of alleles detected in tetraploid plants ranged from 8 to 11 and the number of new alleles as a consequence of polyploidization ranged from 2 to 4. The major component detected in the essential oil of the parental diploid plant and the tetraploid plants was the citral and the triploid plants was the linalool. The genetic instability detected in L. alba after seven years of in vitro culture may be due to the consequence of natural genome instability combined with long-term in vitro culture. The effects of polyploidization that result in genomic reorganization and physiological changes may explain the variation observed in synthetic polyploid plants.