A ocorrência de candidemias em pacientes internados em unidades de cuidados intensivos é um grave problema por estar relacionada a elevadas taxas de mortalidade. Sinais e sintomas de infecção hematogênica causada por Candida sp. são inespecíficos, dificultando o diagnóstico e representando um desafio para o desenvolvimento de métodos diagnósticos que identifiquem precocemente o agente em amostras clínicas. As metodologias tradicionais (hemocultura e identificação fenotípica) e sorológicas (detecção de beta-D-glucana, manana e anticorpos anti-manana) apresentam limitações de sensibilidade e especificidade, sendo os métodos moleculares uma alternativa para o diagnóstico dessas infecções. Neste trabalho foi desenvolvida uma técnica de nested PCR multiplex capaz de identificar sete espécies de Candida (C. albicans, C. glabrata, C. parapsilosis, C. tropicalis, C. krusei, C. lusitaniae e C. pelliculosa) diretamente em amostras sanguíneas de pacientes com elevado risco de desenvolver candidemias. Na primeira etapa de amplificação foram utilizados primers universais para fungos (ITS1 e ITS4); e na segunda, os primers espécie-específicos foram distribuídos em dois sistemas de amplificação, a saber: um com primers para C. albicans, C. glabrata, C. tropicalis e C. lusitaniae; e outro com primers para C. parapsilosis, C. krusei e C. pelliculosa. A nested PCR multiplex foi capaz de detectar cerca de 4UFC/mL das espécies envolvidas no estudo, não apresentando reatividade cruzada quando avaliada com amostras de DNA de outros fungos e bactérias envolvidos em episódios de infecção hematogênica. Foram analisadas 55 amostras obtidas de pacientes pediátricos internados em unidades de cuidados intensivos do Instituto da Criança do HC-FMUSP e do Hospital de Base da Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto - UNESP, com idades variando de seis dias a 16 anos, apresentando Síndrome da Resposta Inflamatória Sistêmica e/ou dois ou mais fatores de risco para infecção fúngica. Também foi avaliado no estudo um grupo controle, composto por 28 crianças sem risco de desenvolver fungemias, para verificação da ocorrência de possíveis reações inespecíficas pela técnica molecular. As hemoculturas foram positivas em oito pacientes (14,8%), tendo sido identificadas cinco C. albicans, uma C. tropicalis, uma C. parapsilosis e uma C. krusei. Por outro lado, a técnica de nested PCR multiplex detectou DNA de Candida em 13 pacientes (23,6%), tendo havido concordância na identificação das espécies em 100% dos casos. Entretanto, não foi observada discordância estatisticamente significativa (p=0,063) entre as duas metodologias. Dos cinco pacientes com hemoculturas negativas, a técnica molecular foi capaz de detectar dupla candidemia em três casos, identificando nessas amostras C. tropicalis e C. parapsilosis simultaneamente. Nos cinco casos em que apenas a técnica de PCR foi positiva, as amostras amplificadas foram sequenciadas, apresentando similaridades de 99 a 100%, quando comparadas às sequencias de cepas de Candida depositadas no GenBank. O tempo para execução da técnica e liberação de resultados foi de aproximadamente 24 horas. O custo relativo aos procedimentos realizados para execução da PCR foi calculado e comparado ao custo dos procedimentos executados nas hemoculturas, tendo sido mais baixo. Os resultados demonstram que a nested PCR multiplex é técnica alternativa para a detecção e identificação de espécies de Candida em pacientes com risco de desenvolver candidemias, apresentando limiar de detecção adequado e capacidade de identificar mais de uma espécie de Candida simultaneamente em amostras clínicas. A técnica é ainda capaz de permitir a liberação de resultados em menor tempo, além de apresentar menor custo, quando comparada à metodologia convencional de cultivo / The incidence of candidemia among intensive care unit patients is associated with high mortality rates. The non-specific nature of the signs and symptoms of this infection difficult the diagnosis. Development of methods that allow early identification of the agent in clinical samples still represents a challenge. Classical methodologies (blood cultures and phenotypic identification) and serological tests (beta-D-glucan and mannan detection; anti-mannan antibodies) to diagnose candidemia lack sensitivity and specificity. Molecular methods are an alternative approach to the diagnosis of candidemia. In this work we developed a nested PCR multiplex assay able to identify seven Candida species (C. albicans, C. glabrata, C. parapsilosis, C. tropicalis, C. krusei, C. lusitaniae and C. pelliculosa) directly in blood samples of patients at high risk of candidemia. In the first stage of amplification universal fungal primers (ITS1 and ITS4) were used and in the second stage, the species-specific primers were divided into two amplification systems, one with primers for C. albicans, C. glabrata, C. tropicalis and C. lusitaniae, and another with primers for C. parapsilosis, C. krusei and C. pelliculosa. The multiplex nested PCR was able to detect approximately 4 CFU/mL of the seven Candida species, and showed no cross reactivity when evaluated with samples of DNA from other fungi and bacteria causing hematogenous infection episodes. We analyzed 55 samples obtained from patients admitted to pediatric intensive care units of the Instituto da Criança do HCFMUSP and Hospital de Base of Medical School from São José do Rio Preto - UNESP, with ages ranging from six days to 16 years, presenting the Systemic Inflammatory Response Syndrome and/or two or more risk factors of fungal infection. A control group of 28 children without risk of fungemia, to check for occurrence of nonspecific reactions in the molecular technique, was also evaluated. Blood cultures were positive in eight patients (14.8%), five were identified as C. albicans, and the remaining as C. tropicalis, C. parapsilosis and C. krusei. The nested multiplex PCR assay detected Candida DNA in 13 patients (23.6%), and there was concordance in species identification in 100% of the cases. In five patients with negative blood cultures, the molecular technique was capable of detecting dual candidemia in three patients\' samples, identifying C. tropicalis and C. parapsilosis simultaneously. However, there was no statistically significant disagreement (p = 0.063) between the two methods. In these five cases for whom only the PCR was positive, the amplified samples were sequenced, showing similarities from 99 to 100% when compared with sequences of Candida strains deposited in GenBank. Time for execution of the technique and release of results was about 24 hours. The cost of PCR assay was compared with the cost of the conventional blood culture tests and was lower. In conclusion, we demonstrated that the nested PCR multiplex developed in our laboratory is an alternative technique for the detection and identification of Candida species in patients at risk of candidemia, showing appropriate detection threshold and the ability to identify simultaneously more than one Candida species in clinical samples. The technique is also rapid, giving results in 24 h and exhibiting lower cost when compared with the conventional culture methodology

INTRODUÇÃO: A síndrome de Williams-Beuren (SWB) é uma doença genética causada por uma microdeleção na região 7q11.23 e caracterizada por dismorfismos faciais típicos, deficiência intelectual, comportamento hipersociável, cardiopatia congênita, principalmente a estenose aórtica supravalvar (EASV), e outras malformações variáveis. MÉTODOS: Foram avaliados 65 pacientes (40 do sexo masculino, 25 do sexo feminino), com idades entre 2 e 59 anos (mediana = 14 anos), com características clínicas sugestivas de SWB. Todos os pacientes eram filhos de pais normais. A técnica de Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification® (MLPA®) foi usada com kit específico com sondas da região da SWB (MRC Holland). As sondas foram hibridadas ao DNA e os fragmentos ligados foram amplificados por PCR e analisados com software específico. RESULTADOS: A deleção de todas as sondas da região 7q11.23 testadas foi detectada por MLPA® em 55/65 pacientes. Um caso de deleção atípica, ou seja, menor que 1,5 Mb, foi observada em um paciente com quadro clínico parcial da síndrome. Os nove pacientes sem deleção tinham um diagnóstico clínico duvidoso da SWB. Dois pacientes tiveram MLPA® positivo para SWB embora apresentassem resultados de FISH negativos. Os achados clínicos dos pacientes com deleção típica foram: fácies típica (98,2%), atraso do desenvolvimento neuropsicomotor (98,2%), comportamento hipersociável (94,5%), hiperacusia (94,5%) e cardiopatia (81,8%). Dentre os pacientes com cardiopatia, 42,2% apresentavam EASV (isolada ou associada a outras anomalias cardíacas), 26,7% apresentavam estenose pulmonar e 31,1% apresentavam outras cardiopatias isoladas ou em associação. Outros achados dos pacientes com deleção foram: anormalidades geniturinárias (85,4%), escoliose (56,4%), baixa estatura (43,6%), hérnias inguinais e/ou umbilicais (36,4%), hipertensão arterial (36,4%, com 20% destes apresentando estenose de artérias renais), estrabismo (34,5%), microcefalia (30,9%), sinostose radioulnar (10,9%), hipotireoidismo (14,5%) e hipotireoidismo subclínico (7,3%). Hipercalcemia foi detectada em um paciente apenas. Outros dois pacientes apresentaram nefrocalcinose e um paciente apresentou hipercalciúria, com níveis de cálcio sérico normais. Três pacientes adolescentes foram a óbito por causas cardiovasculares, incluindo um caso de óbito após transplante cardíaco. CONCLUSÕES: A técnica de MLPA® foi eficaz na detecção da microdeleção na região 7q11.23 possibilitando a confirmação diagnóstica da SWB em 84,6% dos pacientes estudados. Além disso, foi possível detectar uma deleção menor atípica em um paciente com fenótipo parcial e confirmar o diagnóstico em dois pacientes com quadro clínico típico de SWB e resultados de FISH negativos. Portanto, o MLPA® constitui-se um método promissor na investigação diagnóstica da SWB. Por ser uma doença multissistêmica, a SWB exige cuidados multidisciplinares e acompanhamento específico a fim de se prevenir complicações / INTRODUCTION: Williams-Beuren syndrome (WBS) is a genetic disorder caused by a microdeletion in 7q11.23 region. It is characterized by typical facial dysmorphisms, mental retardation, hipersociable behavior, congenital heart disease, mainly supravalvular aortic stenosis (SVAS), and other variable congenital malformations. METHODS: 65 patients (40 males, 25 females), aged 2-59 years old (median = 14 years old), with clinical characteristics suggesting WBS, were evaluated. All patients had normal parents. Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification® (MLPA®) was performed with a kit with probes in WBS region (MRC Holland). The probes were hybridized to the DNA and the ligated fragments were amplified by PCR and analyzed with specific software. RESULTS: The deletion for all tested probes in the 7q11.23 region was detected by MLPA® in 55/65 patients. One case of atypical deletion, smaller than 1.5 Mb, was observed in one patient with partial clinical picture of the syndrome. The nine patients without the deletion did not have a definitive clinical diagnosis of WBS. Two patients had positive MLPA® results even though they had negative FISH for WBS. The clinical characteristics of the patients with the typical deletion were: typical facies (98.2%), neuropsicomotor delay (98.2%), hypersociable behavior (94.5%), hyperacusis (94.5%) and congenital heart disease (81.8%). Among the patients with cardiac abnormalities, 42.2% had SVAS (isolated or not), 26.7% had pulmonary valve stenosis and 31.1% had other cardiac anomalies (isolated or grouped). Other findings in patients with deletion comprised: genitourinary abnormalities (85.4%), scoliosis (56.4%), short stature (43.6%), inguinal and/or umbilical hernias (36.4%), arterial hypertension (36.4%, with 20% of these presenting renal arteries stenosis), strabismus (34.5%), microcephaly (30.9%), radioulnar synostosis (10.9%), hypothyroidism (14.5%), and subclinical hypothyroidism (7.3%). Hypercalcaemia was detected in only one patient. Two other patients had nephrocalcinosis and one patient had hypercalciuria, with normal serum calcium levels. Three adolescents died due to cardiovascular problems, including one case that died after a cardiac transplantation. CONCLUSIONS: MLPA® was effective to detect the microdeletion in 7q11.23 region confirming the diagnosis of WBS in 84.6% of the patients. It was also possible to detect a small atypical deletion in one patient with partial phenotype and confirm the diagnosis in two patients with typical clinical characteristics of WBS and negative FISH results. Thus, MLPA® is a promising method in the diagnostic investigation of WBS. WBS is a multisystemic disorder and therefore requires multidisciplinary care and specific follow-up in order to prevent complications

Le diabète de type 1 est une maladie auto-immune caractérisée par la destruction des cellules bêta des îlots de Langerhans du pancréas. Au cours de ce processus auto-immun, des auto-anticorps sont produits contre plusieurs antigènes des cellules bêta, par exemple l'insuline, l'acide glutamique décarboxylase (GAD65), la protéine tyrosine phosphatase (IA-2) et le transporteur de zinc (ZnT8). Au moins un auto-anticorps contre l'un de ces antigènes est présent dans> 95% des personnes atteintes de diabète de type 1 lors de la détection de l'hyperglycémie. Ces auto-anticorps peuvent servir de marqueurs précoces de diabète de type 1, car ils peuvent être présents des années avant l'apparition de la maladie, ce qui permet un diagnostic précoce avant les manifestations cliniques. Dans le cadre de cette thèse, nous avons développé, en partenariat avec une équipe de recherche clinique, une série de tests diagnostiques originaux, basée sur la détection précoce des différents auto-anticorps d’îlots de Langerhans à partir d'échantillons de sérum humain. Ces tests de diagnostic comprennent des tests bridging ELISA pour la détection d'auto-anticorps contre l'insuline, IA-2 et GAD65, qui sont rapides, facile à utiliser et n’utilisent pas de radioactivité. De plus, un test immunochromatographique sur bandelette pour la détection des auto-anticorps contre IA-2 a été développé. Le principal avantage des tests bandelettes est sa convivialité : les résultats peuvent être obtenus en 45 min en utilisant de très petits volumes de sérums et sans l'utilisation d’appareils spécialisés. Tous ces tests développés en interne ont été validés avec des échantillons de sérum de patients atteints de diabète de type 1 et de témoins sains et leurs performances ont été comparées avec celles de tests disponibles sur le marché. En outre, nous avons développé un test multiplex pour la détection simultanée de plusieurs auto-anticorps associés au diabète de type 1, ce qui permet de gagner du temps et d’augmenter la valeur diagnostic et prédictive du test par rapport à la détection d’un seul autoanticorps. Ce test multiplex a été validé pour la détection de deux autoanticorps (IA-2A et GADA) et comparé à nos tests ELISA de IA-2A et GADA. / Type 1 diabetes is an autoimmune disease characterized by the destruction of pancreatic beta cells within the islets of Langerhans. In the course of this autoimmune process, autoantibodies are generated against several beta-cell antigens, e.g. insulin, glutamic acid decarboxylase (GAD65), tyrosine phosphatase-like protein (IA-2) and zinc transporter 8 (ZnT8). At least one autoantibody against one of these antigens is present in >95% of individuals with type 1 diabetes upon hyperglycemia detection. These autoantibodies can serve as early markers of type 1 diabetes, since they can be present years before disease onset, allowing for an early diagnosis before clinical manifestations. In the course of this thesis we have developed, in partnership with a clinical research team, a series of original diagnostic tests, based on the early detection of the different anti-Langerhans islet autoantibodies from human serum samples. These diagnostic tests include bridging ELISAs for the detection of autoantibodies to insulin, IA-2 and GAD65, which are rapid, non-radioactive and easy-to-use. Moreover, a lateral flow immunoassay (dipstick) for detection of autoantibodies to IA-2 was developed. The key advantage of lateral flow immunoassay is its user-friendly format: results can be obtained within 45 min using very small volumes of sera and without the use of any specialized apparatus. All these in-house assays were validated with diabetic and healthy human serum samples and the assay performances were compared to commercially available tests on the market. In addition, we have developed a multiplex assay for simultaneous detection of multiple diabetes-associated autoantibodies, which is time-effective and increases the diagnostic and predictive values of the assay, comparing to single autoantibody detection. This multiplex assay was validated for detection of two autoantibodies i.e. IA-2A and GADA and compared to in-house IA-2A and GADA bridging ELISAs.

La paléoparasitologie est l’étude des restes de parasites préservés dans des échantillons archéologiques et permet de mieux comprendre l’état de santé des populations anciennes et d’obtenir des informations d’ordre anthropologique ou ethnologique, sur les régimes alimentaires ou les conditions d’hygiène au quotidien. Les restes de parasites peuvent être retrouvés sous forme de macro-restes (vers ou larves), d’antigènes, d’ADN ou d’œufs. Cesderniers peuvent être particulièrement bien préservés au cours du temps car ils sont composés en partie de chitine, les rendant résistants aux processus de dégradation. L’observation microscopique de leurs caractéristiques morphologiques et micrométriques permet d’identifier les taxons au niveau du genre ou de la famille. Dans le cadre de cette thèse, plusieurs helminthes gastro-intestinaux, dont les œufs sont fréquemment retrouvés dans des échantillons archéologiques, ont été ciblés par une approche génétique. Il s’agit des vers plats Tæniasaginata, T. solium, T. asiatica, Echinococcus granulosus, E. multilocularis, Diphyllobothriumlatum, D. dendriticum et D. nihonkaiense, des nématodes Trichuris trichiura, Enterobiusvermicularis et Ascaris sp. et des douves Fasciola hepatica, F. gigantica, Dicrocoeliumdendriticum et D. chinensis.La méthode « aMPlex Torrent » permet de détecter, dans un grand nombre d’échantillons archéologiques, une faible quantité d’ADN de parasites. Cette approche combine la spécificité et la sensibilité de la PCR au haut-débit du séquençage de nouvelle génération. Plusieurs vestiges, provenant de périodes et de régions géographiques diverses, ont été analysés. Des résultats génétiques ont été obtenus pour des échantillons aussi anciens que 7200 BP. Nous avons par ailleurs obtenus les premières séquences anciennes de Taenia sp., Diphyllobothriumsp., Echinococcus sp., et les premières séquences européennes d’Enterobius vermicularis. Auvu de ces résultats, notre approche apparait comme étant complémentaire à la microscopie. / Palaeoparasitogy, the study of parasite remains from archaeological samples, is adiscipline that can highlight questions about the health status of the ancient populations. It can give important anthropological or ethnological information such as the diet and the hygiene conditions of past societies. The remains can be preserved as macroremains (worms or larvae),antigens, DNA or eggs. Because they are partially made of chitin, eggs of gastrointestinalhelminths resist well over time to the taphonomic degradation process. It is possible to distinguish between different families or genera of parasites by looking at the morphological features of eggs. However, since several taxa share common features, the determination is rarelypossible at the species level. For this thesis, several parasite species for which eggs arecommonly observed in archeological samples have been studied by a genetic approach. Westudied the tapeworms Tænia saginata, T. solium, T. asiatica, Echinococcus granulosus, E.multilocularis, Diphyllobothrium latum, D. dendriticum, and D. nihonkaiense; the nematodesTrichuris trichiura, Enterobius vermicularis, and Ascaris sp.; and the flukes Fasciola hepatica,F. gigantica, Dicrocoelium dendriticum, and D. chinensis.The “aMPlex Torrent” approach has been set up to detect minute amounts of DNA from parasites in multiple archaeological samples. This approach combines the specificity andsensitivity of PCR to the throughput of Next-Generation sequencing. Several samples have been analyzed by this approach. We obtained genetic results for samples as old as 7200 BP and from various geographical and archeological contexts. We obtained the first ancient DNA sequences for Taenia sp., Diphyllobothrium sp., Echinococcus sp. and the first European sequences forEnterobius vermicularis. Genetic analyses and microscopic observations appear to be complementary. Indeed, at least one taxon per sample was detected by one of the two approaches.

INTRODUÇÃO: A síndrome de Williams-Beuren (SWB) é uma doença genética causada por uma microdeleção na região 7q11.23 e caracterizada por dismorfismos faciais típicos, deficiência intelectual, comportamento hipersociável, cardiopatia congênita, principalmente a estenose aórtica supravalvar (EASV), e outras malformações variáveis. MÉTODOS: Foram avaliados 65 pacientes (40 do sexo masculino, 25 do sexo feminino), com idades entre 2 e 59 anos (mediana = 14 anos), com características clínicas sugestivas de SWB. Todos os pacientes eram filhos de pais normais. A técnica de Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification® (MLPA®) foi usada com kit específico com sondas da região da SWB (MRC Holland). As sondas foram hibridadas ao DNA e os fragmentos ligados foram amplificados por PCR e analisados com software específico. RESULTADOS: A deleção de todas as sondas da região 7q11.23 testadas foi detectada por MLPA® em 55/65 pacientes. Um caso de deleção atípica, ou seja, menor que 1,5 Mb, foi observada em um paciente com quadro clínico parcial da síndrome. Os nove pacientes sem deleção tinham um diagnóstico clínico duvidoso da SWB. Dois pacientes tiveram MLPA® positivo para SWB embora apresentassem resultados de FISH negativos. Os achados clínicos dos pacientes com deleção típica foram: fácies típica (98,2%), atraso do desenvolvimento neuropsicomotor (98,2%), comportamento hipersociável (94,5%), hiperacusia (94,5%) e cardiopatia (81,8%). Dentre os pacientes com cardiopatia, 42,2% apresentavam EASV (isolada ou associada a outras anomalias cardíacas), 26,7% apresentavam estenose pulmonar e 31,1% apresentavam outras cardiopatias isoladas ou em associação. Outros achados dos pacientes com deleção foram: anormalidades geniturinárias (85,4%), escoliose (56,4%), baixa estatura (43,6%), hérnias inguinais e/ou umbilicais (36,4%), hipertensão arterial (36,4%, com 20% destes apresentando estenose de artérias renais), estrabismo (34,5%), microcefalia (30,9%), sinostose radioulnar (10,9%), hipotireoidismo (14,5%) e hipotireoidismo subclínico (7,3%). Hipercalcemia foi detectada em um paciente apenas. Outros dois pacientes apresentaram nefrocalcinose e um paciente apresentou hipercalciúria, com níveis de cálcio sérico normais. Três pacientes adolescentes foram a óbito por causas cardiovasculares, incluindo um caso de óbito após transplante cardíaco. CONCLUSÕES: A técnica de MLPA® foi eficaz na detecção da microdeleção na região 7q11.23 possibilitando a confirmação diagnóstica da SWB em 84,6% dos pacientes estudados. Além disso, foi possível detectar uma deleção menor atípica em um paciente com fenótipo parcial e confirmar o diagnóstico em dois pacientes com quadro clínico típico de SWB e resultados de FISH negativos. Portanto, o MLPA® constitui-se um método promissor na investigação diagnóstica da SWB. Por ser uma doença multissistêmica, a SWB exige cuidados multidisciplinares e acompanhamento específico a fim de se prevenir complicações / INTRODUCTION: Williams-Beuren syndrome (WBS) is a genetic disorder caused by a microdeletion in 7q11.23 region. It is characterized by typical facial dysmorphisms, mental retardation, hipersociable behavior, congenital heart disease, mainly supravalvular aortic stenosis (SVAS), and other variable congenital malformations. METHODS: 65 patients (40 males, 25 females), aged 2-59 years old (median = 14 years old), with clinical characteristics suggesting WBS, were evaluated. All patients had normal parents. Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification® (MLPA®) was performed with a kit with probes in WBS region (MRC Holland). The probes were hybridized to the DNA and the ligated fragments were amplified by PCR and analyzed with specific software. RESULTS: The deletion for all tested probes in the 7q11.23 region was detected by MLPA® in 55/65 patients. One case of atypical deletion, smaller than 1.5 Mb, was observed in one patient with partial clinical picture of the syndrome. The nine patients without the deletion did not have a definitive clinical diagnosis of WBS. Two patients had positive MLPA® results even though they had negative FISH for WBS. The clinical characteristics of the patients with the typical deletion were: typical facies (98.2%), neuropsicomotor delay (98.2%), hypersociable behavior (94.5%), hyperacusis (94.5%) and congenital heart disease (81.8%). Among the patients with cardiac abnormalities, 42.2% had SVAS (isolated or not), 26.7% had pulmonary valve stenosis and 31.1% had other cardiac anomalies (isolated or grouped). Other findings in patients with deletion comprised: genitourinary abnormalities (85.4%), scoliosis (56.4%), short stature (43.6%), inguinal and/or umbilical hernias (36.4%), arterial hypertension (36.4%, with 20% of these presenting renal arteries stenosis), strabismus (34.5%), microcephaly (30.9%), radioulnar synostosis (10.9%), hypothyroidism (14.5%), and subclinical hypothyroidism (7.3%). Hypercalcaemia was detected in only one patient. Two other patients had nephrocalcinosis and one patient had hypercalciuria, with normal serum calcium levels. Three adolescents died due to cardiovascular problems, including one case that died after a cardiac transplantation. CONCLUSIONS: MLPA® was effective to detect the microdeletion in 7q11.23 region confirming the diagnosis of WBS in 84.6% of the patients. It was also possible to detect a small atypical deletion in one patient with partial phenotype and confirm the diagnosis in two patients with typical clinical characteristics of WBS and negative FISH results. Thus, MLPA® is a promising method in the diagnostic investigation of WBS. WBS is a multisystemic disorder and therefore requires multidisciplinary care and specific follow-up in order to prevent complications

As doenças respiratórias são responsáveis, na suinocultura, por grandes perdas econômicas e entre os agentes destacam-se os micoplasmas. Foram coletadas 126 amostras de muco nasal/tonsilar, e fragmentos de 78 pulmões, 2 de traquéia e 2 de tonsila. No isolamento foi utilizado o meio FRIIS modificado, na identificação, a Multiplex-PCR e na tipificação, a PFGE e sequenciamento do gene 16S rRNA. Foram obtidos 59 isolados identificados como M. hyopneumoniae (1,70%), M. flocculare (3,40%) e M. hyorhinis (94,90%). A PFGE dos isolados de M. hyorhinis, resultou em 10 e 9 perfis com a enzima AvaI e XhoI, respectivamente. O sequenciamento do gene 16S rRNA dos isolados M. hyorhinis apresentaram baixo polimorfismo quando comparados entre si e com a cepa de referência. A sequência do gene 16S rRNA do isolado de M. hyopneumoniae, quando comparada a seqüência da cepa J e os isolados 7448 e 232, resultaram em polimorfismo. O M. hyopneumoniae continua sendo o mais difícil de isolar. Os dendrogramas obtidos da PFGE resultaram em grande heterogeneidade entre os isolados de M. hyorhinis. O seqüenciamento do gene 16S rRNA permitiu o estudo de variabilidade interespecífica e intraespecífica dos isolados de micoplasmas. / Economic losses in swine production are common due the respiratory diseases in these animals. M. hyopneumoniae and M. hyorhinis are the most frequent microbial agents. The aim of this study was recover this isolates in FRIIS medium, indentify them by Multiplex PCR and detect their genotypic variations by PFGE and sequencing the 16s rRNA gene. One hundred twenty six swabs from tonsil and nasal mucus of swine with respiratory disturbances were analyzed. It was included 78 lungs, two trachea and two tonsils. It was obtained 59 isolates; 1.70% of M. hyopneumoniae, 3.40% of M. flocculare and 94.90% of M. hyorhinis. The PFGE of M. hyorhinis, allowed obtain 10 profiles with enzyme AvaI and nine profiles with XhoI. A low polymorphism of gene 16sRNS was detected in M. hyorhinis isolates when compared with the type strain at the GenBank. The M. hyopneumoniae isolates resulted in polymorphisms when comparated with strain J, 7448 and 232. M. hyopneumoniae is still the most difficult to isolate. M. hyorhinis isolates of different herds showed a large heterogenicity with enzymes AvaI e XhoI. The sequencing of gene 16S rRNA allowed analyse the interespecífic and intraespecífic variations of mycoplasmas isolated.

Introdução: O gênero Acinetobacter sp apresenta considerável heterogeneidade possuindo inúmeras espécies. Atualmente, 23 espécies já foram nomeadas e nove outras espécies já foram descritas. Quatro destas espécies possuem contextos clínicos e epidemiológicos diferentes, no entanto são agrupadas em um complexo denominado Acinetobacter calcoaceticus-Acinetobacter baumannii (ABC) devido à sua similaridade genética e fenotípica. Diversos testes para diferenciação do complexo já foram descritos, porém a maioria não pode ser realizado na rotina laboratorial, pois são caros e laboriosos. Objetivos: Avaliar um método rápido e viável na rotina laboratorial, capaz de diferenciar as espécies do complexo ABC; Determinar a prevalência das diferentes espécies do complexo ABC; Avaliar o perfil de suscetibilidade aos antimicrobianos nas diferentes espécies. Métodos: Foram analisadas 118 amostras de dois hospitais de Porto Alegre-RS através do método Multiplex PCR para o gene gyrB e posteriormente confirmadas pelo padrão-ouro: sequenciamento do 16S-23S ITS. O perfil de suscetibilidade foi realizado através de microdiluição em caldo. Resultados: Das 118 amostras identificadas inicialmente como Acinetobacter sp., a grande maioria dos isolados (106 -89.9%) foram identificados como A. baumannii; mas doze isolados foram identificados como sendo das demais espécies do complexo ABC: 6 (5.1%) A. nosocomialis, 5 (4.2%) A. pittii, e 1 (0.8%) A. genoespécie 10, através da técnica de Multiplex PCR. Todos os resultados foram confirmados por sequenciamento. A. baumannii apresentou um elevado nível (72,6%) de resistência ao imipenem em comparação com as outras espécies seguido da espécie A. nosocomialis que apresentou metade de seus isolados resistentes. Todas as espécies apresentaram baixos índices (inferior a 7,5%) de resistência à Polimixina B e Tigeciclina. Conclusão: O Multiplex PCR para o gene gyrB apresentou resultados fidedignos quando comparados ao padrão-ouro, demonstrando, assim, ser um método confiável para a identificação das espécies do complexo ABC. Outras espécies, além de A. baumannii, ABC podem apresentar percentuais significativos de resistência ao imipenem. / Background: Introduction: The genus Acinetobacter sp presents considerable heterogeneity possessing numerous species. Currently, 23 species have been named and nine other species have been described. Four of these species have different clinical and epidemiological contexts, but are grouped in a complex called Acinetobacter calcoaceticus-Acinetobacter baumannii (ABC) due to their genetic and phenotypic similarity. Several tests for differentiation of the complex have been described, but most can not be performed routinely in the laboratory, they are expensive and laborious. Objectives: To evaluate a fast and feasible in routine laboratory able to differentiate the species of the complex ABC; determine the prevalence of different species of the complex ABC; evaluate the antimicrobial susceptibility profile of the different species. Methods: We analyzed 118 samples from two hospitals in Porto Alegre-RS by the method of Multiplex PCR for gene gyrB and subsequently confirmed by the gold standard: sequencing the 16S-23S ITS. The susceptibility profile was performed by microdilution. Results: Of the 118 samples initially identified as Acinetobacter sp. The great majority of isolates (106 -89.9%) were identified as A. baumannii, but twelve isolates were identified as being from other species of the complex ABC: 6 (5.1%) A. nosocomialis, 5 (4.2%) A. pittii, and 1 (0.8%) A. genospécie 10 by Multiplex PCR technique. All results were confirmed by sequencing. A. baumannii showed a high level (72.6%) of imipenem resistance in comparison with the other species followed by the species A. nosocomialis showed that half of his resistant isolates. All species showed low levels (less than 7.5%) of resistance to Polymyxin B and Tigecycline. Conclusion: Multiplex PCR for gene gyrB results presented totally reliable when compared to the gold standard, demonstrating thus be a safe method for the laboratory. Other species besides A. baumannii, ABC may have significant percentages of resistance to imipenem.

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Made available in DSpace on 2015-03-26T13:30:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1210474 bytes, checksum: 54a2d68e22373c9be043b1a04f343b11 (MD5) Previous issue date: 2011-02-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Recently, a decline of pollinators, especially the bees Apis mellifera L. (Hymenoptera: Apidae), has affected beekeeping and consequently agricultural harvests in some countries, although the damage to ecosystems has not been effectively accounted. Among the causes listed for this unexplained phenomenon, pathogens are among the possible factors responsible. There are several pathogens that attack the bees A. mellifera around the world, as bacteria Paenibacillus larvae (White) and the fungi Ascosphaera apis (Maassen ex Claussen) Olive & Spiltoir, Nosema apis Zander and Nosema ceranae Fries et al. Their distributions in some parts of the world, such as Brazil, are not exactly known, not only because of the difficulty of collecting samples in such a large country, and also because of the time and cost of diagnoses involved. At this point, it is important to standardize techniques for rapid diagnosis and to facilitate the safe conduct of epidemiological surveys, and therefore assist in controlling the spread of these microorganisms. The aim of this work was standardize a multiplex PCR for simultaneous detection of the spores of A. apis, N. ceranae and P. larvae present in honey and use it in the analysis of honey samples from some regions. The multiplex PCR was standardized using specific primers and DNA was extracted from honey samples positive for each of the pathogens. The recommendations of existing national legislation were used for the preparation of the solutions of honey to be submitted to the technique developed. The standard technique in this study was effective for diagnosing three pathogens to A. mellifera in honey, A. apis, N. ceranae and P. larvae. The detection threshold of monospecific PCR was of 10 CFU/mL of honey, and of 10 and 100 spores/mL of honey for A. apis and N. ceranae, respectively. The detection sensitivity of multiplex PCR was of 10 CFU/mL of honey for P. larvae, and of 100 spores/mL of honey for A. apis and for N. ceranae. Did not match any of those pathogens in 120 honey samples analyzed with standardized multiplex PCR. Thus this method was suitable for simultaneous detection of pathogens to A. mellifera in honey, but can probably be used in other bee products with minor modifications. / Recentemente, o declínio global dos polinizadores, especialmente das abelhas Apis mellifera L. (Hymenoptera: Apidae), tem acometido a atividade apícola e agrícola de alguns países causando prejuízos econômicos e ambientais, notadamente para os ecossistemas, ainda não efetivamente contabilizados. Dentre as causas elencadas para esse inexplicável fenômeno os patógenos estão entre os principais possíveis responsáveis. Vários são os patógenos que acometem as abelhas A. mellifera pelo mundo, entre eles a bactéria Paenibacillus larvae (White), e os fungos Ascosphaera apis (Maassen ex Claussen) Olive e Spiltoir, Nosema apis Zander e Nosema ceranae Fries et al. Suas distribuições em algumas partes do mundo, como o Brasil, são pouco conhecidas, não apenas pela dificuldade de coleta de amostras em um país com tamanha dimensão, mas também em virtude da morosidade e custo dos diagnósticos envolvidos. Diante disso, torna-se importante a padronização de técnicas para o diagnóstico rápido e seguro que facilite a realização de levantamentos epidemiológicos e que, consequentemente, auxilie no controle da disseminação desses micro-organismos. O objetivo desse trabalho foi padronizar uma técnica de PCR multiplex para detecção simultânea da presença de A. apis, N. ceranae e P. larvae em mel, bem como empregá-la na análise de amostras de mel provenientes de algumas regiões brasileiras. A PCR multiplex foi padronizada com primers específicos e DNA dos micro-organismos obtidos de amostras de mel positivas para cada um dos patógenos. Utilizou-se as recomendações da legislação nacional vigente para o preparo das soluções de mel a serem submetidas à técnica desenvolvida. A técnica padronizada neste estudo foi eficiente para diagnosticar simultaneamente três patógenos de A. mellifera em mel: A. apis, N. ceranae e P. larvae. O limiar de detecção da PCR monoespecífica foi 10 UFC/mL de mel para P. larvae e de 10 e 100 esporos/mL de mel para A. apis e N. ceranae, respectivamente. A sensibilidade de detecção da PCR multiplex foi de 10 UFC/mL de mel para P. larvae e 100 esporos/mL de mel para A. apis e N. ceranae. Não foram encontrados nenhum dos referidos patógenos nas 120 amostras de mel que foram analisadas com a PCR multiplex padronizada. A PCR multiplex foi adequada para detecção simultânea de patógenos de A. mellifera em mel, mas, provavelmente, poderá ser utilizada em outros produtos apícolas com pequenas modificações.