A tuberculose (TB) é um importante problema de saúde pública, portanto, é necessário o desenvolvimento de novas ferramentas para a detecção rápida e confiável do Mycobacterium tuberculosis, prevenindo a transmissão da TB. O objetivo deste estudo foi avaliar dois testes moleculares para detecção de bactérias do Complexo Mycobacterium tuberculosis (MTBC) diretamente de amostras clínicas. Foi realizado um estudo transversal, no qual foram selecionadas 124 amostras respiratórias. As amostras foram avaliadas por dois testes moleculares “in house” para detecção do MTBC: NESTED-PCR (NPCR) e Real Time PCR (RT-PCR) ambos com primers para o IS6110. As amostras também foram avaliadas por um teste direto (pesquisa de BAAR). Os resultados foram comparados com a cultura para M.tuberculosis e também com os resultados da cultura juntamente com dados clínicos. Uma amostra comercial com quantificação de DNA conhecida foi utilizada para determinação do Limite de Detecção (LOD) dos testes moleculares. O LOD foi de 1 cópia/μL para o RT-PCR e de 25 cópias/μL para o NPCR. O BAAR apresentou baixa sensibilidade - SE - (40%) e alta especificidade - SP - (94%). Ambos os ensaios moleculares, apresentaram elevada SE e SP (RT-PCR 98% e 91%, NPCR 86% e 93%, respectivamente) em relação à cultura. Quando comparamos os resultados frente a cultura juntamente com os dados clínicos, a SE e a SP foram de 90% e 97% para a RT-PCR e de 80% e 99% para a NPCR, respectivamente. Houve um pequeno decréscimo da SE dos métodos moleculares, quando comparados com a cultura mais os dados clínicos em relação à cultura isoladamente, no entanto, a SP foi consideravelmente elevada para os três métodos avaliados. Avaliamos o custo dos insumos para os ensaios moleculares: o custo do NPCR foi de $ 17.77/teste enquanto que o custo do RT-PCR foi de $ 15.76/teste. Em relação ao tempo de execução dos testes o RT-PCR foi mais rápido (2 horas) do que o NPCR (4 horas). Este estudo confirma que técnicas de PCRs podem ser muito úteis para o diagnóstico rápido da TB respiratória, com altas taxas de SP. Ele também pode ser muito importante para a exclusão de diagnóstico, considerando o alto VPN encontrados no nosso estudo. Os resultados demonstraram que os ensaios moleculares visando IS6110 do M. tuberculosis podem ajudar a melhorar o diagnóstico da TB pulmonar, com muitos potenciais efeitos positivos para a gestão clínica e de controle da doença. / Tuberculosis (TB) remains as an important public health problem worldwide. Therefore, the rapid detection of M. tuberculosis is of primary importance to effectively reduce transmission among patients. The aims of this study were to evaluate two molecular tests to detect M. tuberculosis complex (MTBC) directly from clinical samples. The study included 124 respiratory samples which were evaluated by two in house molecular assays for MTBC detection: Nested PCR (NPCR) and Real Time PCR (RT-PCR). The respiratory samples were also evaluated by the direct test (AFB assay). The results were compared with the results of culture and also compared with the culture results plus clinical data of patients. We used a commercial DNA sample with known quantification to establish the Limit of Detection (LOD). The LOD was 1 copy/μL for RT-PCR and 25 copies/μL for NPCR. The AFB assay presented low sensitivity – SE - (40%) and a high specificity - SP – (94%). Both molecular assays, RT-PCR and NPCR presented high SE and SP (RT-PCR 98% and 91%, NPCR 86% and 93%, respectively) compared to culture. When the results of the molecular tests were compared to the culture plus clinical data the SE and SP were 90,20% and 97,26% for RT-PCR and 80,39% and 98,63% for the NPCR, respectively. It was possible to observe a slight decrease of SE of the molecular methods in comparison to culture plus clinical data in relation to culture; however, the SP was increased, since many cases of TB could not be confirmed by culture. Furthermore we evaluated the cost of molecular assays: the NPCR cost was $17.77/test while the RT-PCR cost was $15.76/test. The RT-PCR test was faster (2 hours) than the NPCR (4 hours) to be performed. Our study confirms that PCRs may be useful for rapid diagnosis of respiratory TB, with high SP rates. It may also be very important to exclude such diagnosis, considering the high NPV found in our study. In summary, PCRs targeting IS6110 of MTB improve the accuracy of the diagnosis of pulmonary TB, with many potential positive effects for clinical management and control of the disease.

Submitted by Maria Creuza Silva (mariakreuza@yahoo.com.br) on 2018-08-27T12:28:09Z No. of bitstreams: 1 TESE Aída Cristina do N. Silva_2009.pdf: 1362139 bytes, checksum: bcd447aabe7ca3a5fd7567d0fdfb81e2 (MD5) / Approved for entry into archive by Maria Creuza Silva (mariakreuza@yahoo.com.br) on 2018-08-27T12:31:22Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TESE Aída Cristina do N. Silva_2009.pdf: 1362139 bytes, checksum: bcd447aabe7ca3a5fd7567d0fdfb81e2 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-27T12:31:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TESE Aída Cristina do N. Silva_2009.pdf: 1362139 bytes, checksum: bcd447aabe7ca3a5fd7567d0fdfb81e2 (MD5) / Os resíduos de serviços de saúde (RSS) têm se tornado alvo de reflexões sobre os riscos à saúde pública e ao meio ambiente devido à possível periculosidade e patogenicidade concernente as suas frações infectantes, levando a implementação de sistemas de gerenciamento específicos para estes resíduos. O presente estudo tem por objetivos revisar criticamente a legislação e as normas internacionais e nacionais relacionadas ao tratamento obrigatório dos resíduos infectantes de serviços de saúde, avaliar a inativação das cepas de Mycobacterium tuberculosis de isolados clínicos submetidos ao processo de desinfecção química por Hipoclorito de Sódio (NaClO) 2% e caracterizar o perfil molecular do Mycobacterium tuberculosis em isolados clínicos de indivíduos infectados de um hospital de referência para avaliar a sua dinâmica de transmissão.Este trabalho é apresentado sob a forma de coletânea de artigos que se organizam em tornos dos objetivos. No Artigo I, sistematizaram-se os resultados de trabalhos científicos, legislações e documentos técnicos publicados no período de 1986 a 2008 sobre a obrigatoriedade de tratamento dos resíduos infectantes gerados nos serviços de saúde. Do Artigo II verifica-se os resultados da investigação da capacidade de persistência do agente patogênico Mycobacterium tuberculosis nos isolados clínicos de indivíduos com tuberculose submetidos à desinfecção química com Hipoclorito de Sódio (NaClO), comparativamente à esterilização por Autoclave. O Artigo III aborda a importância de identificar propriedades do Mycobacterium tuberculosis relacionadas com material biológico provenientes de pacientes com Tuberculose. Este artigo tem por objetivo a caracterização do perfil de cepas do Mycobacterium tuberculosis em isolados clínicos de pacientes acompanhados em um hospital de referência, na cidade de Salvador, Bahia - Brasil, através da técnica de tipagem molecular (RFLP) baseada na sequência IS6110 e da identificação de fatores associados à infecção por Tuberculose com cepas cluster por meio da análise exploratória de dados.

Made available in DSpace on 2016-12-23T13:56:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao mestrado Fabiola KC Ribeiro.pdf: 2704108 bytes, checksum: a71f965869f400f55bf7070f451c11db (MD5) Previous issue date: 2006-09-15 / For many years, it has been thought that a positive culture of Mycobacterium tuberculosis is a definitive diagnostic evidence of tuberculosis (TB). However, the recent use of molecular tools have resulted in increased recognition of crosscontamination events linked, most of the times, to laboratory procedures. Features of cross-contamination include: culture results not consistent with the clinical course of the patient, isolates with unexpected drug resistance, single culture-positive specimen and low colony count on solid medium. Nonetheless, true-positive cultures of specimens from some groups of patients (with preliminary active pulmonary tuberculosis, HIV infection, or under treatment) can also have some of the characteristics outlined above. The evaluation of low-yield growth cultures as a microbiological marker of cross-contamination would be very helpful in confirming or excluding TB cases. In the present study, we assessed whether or not low-yield growth cultures could be considered a cross-contamination marker, using molecular typing methods (RAPET e RFLP). From January 2003 to January 2005, we evaluated 109 low-yield growth cultures (less than 20 colonies) from 97 patients that were processed in 94 different days. The false-positive rate found in this study was of 1,8% and 2,0% per samples and patients, respectively. These results suggest that low-yield growth cultures do not seem to be a considerable marker for crosscontamination, especially in a clinical trial mycobacteriology laboratory or in laboratories working under the good laboratory and clinical practices (GLCP). It has also been shown that the modified RAPET method is rapid (1 to 2 days), reproducible, and valuable in identifying episodes of possible laboratory crosscontamination. / Apesar da importância do diagnóstico clínico, da baciloscopia, e das técnicas inovadoras de biologia molecular, a cultura positiva em meio sólido e/ou líquido continua sendo o padrão-ouro para o diagnóstico definitivo da tuberculose (TB). Entretanto, nos últimos anos, a utilização de métodos moleculares proporcionou um aumento na detecção de episódios de contaminação cruzada que, na maioria das vezes, estão relacionados a procedimentos laboratoriais. Alguns critérios são considerados indicadores de contaminação cruzada: resultado positivo de apenas uma das culturas do paciente, resultado de cultura não compatível com a história clínica do paciente, observação de um padrão inesperado de resistência a drogas na cepa isolada e o crescimento de poucas colônias de M. tuberculosis em meio sólido. No entanto, culturas de pacientes paucibacilíferos, infectados pelo HIV ou em tratamento, também podem apresentar as mesmas características descritas acima. No presente estudo, avaliamos se o crescimento de poucas colônias em meio de cultura sólido pode ser considerado um indicador de contaminação cruzada, utilizando técnicas de tipagem molecular (RAPET e RFLP). De Janeiro de 2003 a Janeiro de 2005, foram avaliadas 109 cepas isoladas de culturas (UFC < 20) provenientes de 97 pacientes e processadas em 94 diferentes dias. O índice de falso-positividade encontrado neste estudo foi de 1,8% e 2,0% por amostras e por pacientes, respectivamente. Estes resultados sugerem que crescimento de poucas colônias em meio sólido não pode ser considerado um marcador de contaminação cruzada, especialmente em laboratórios de micobacteriologia que realizam ensaios clínicos e/ou desenvolvem suas atividades seguindo as normas de Boas Práticas Clínicas e Laboratoriais. Também foi demonstrado que a técnica RAPET modificada é um método rápido (realizado em 1-2 dias), reprodutível e valioso na identificação de possíveis episódios de contaminação cruzada.

Submitted by Elizabete Silva (elizabete.silva@ufes.br) on 2015-03-30T20:43:52Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Fernanda Mattos de Souza.pdf: 3472551 bytes, checksum: 2895a9a8c269897020faa6fabc695397 (MD5) / Approved for entry into archive by Elizabete Silva (elizabete.silva@ufes.br) on 2015-04-08T18:11:27Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Fernanda Mattos de Souza.pdf: 3472551 bytes, checksum: 2895a9a8c269897020faa6fabc695397 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-08T18:11:27Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Fernanda Mattos de Souza.pdf: 3472551 bytes, checksum: 2895a9a8c269897020faa6fabc695397 (MD5) Previous issue date: 2014-04 / Introdução: Os ensaios de liberação do interferon- γ (ELIG) surgiram como uma alternativa para o diagnóstico de infecção latente pelo Mycobacterium tuberculosis (ILTB). Neste estudo, nós comparamos o desempenho de um dos ELIG, teste Quantiferon TB Gold in tube – QFT, com a prova tuberculínica (PT) em dois pontos de corte (≥ 5 mm e ≥ 10 mm), em profissionais de saúde da atenção básica à saúde (ABS). Métodos: Estudo transversal realizado em profissionais de saúde da ABS de quatro capitais nacionais com alta incidência de TB. O resultado do teste QFT foi comparado com o resultado da PT nos pontos de corte ≥ 5mm e ≥ 10 mm. Resultados: Foram incluídos 632 profissionais de saúde. Ao considerar o ponto de corte ≥ 10 mm para a PT, a concordância entre QFT e a PT foi de 69% (k = 0,31) e para o ponto de corte ≥ 5 mm, a concordância entre os testes foi de 57% (k = 0,22). Devido a baixa concordância entre a PT e o QFT, nós avaliamos os possíveis fatores associados com a discordância entre eles. Ao comparar o grupo PT- / QFT- com o grupo PT+ / QFT-, no ponto de corte ≥ 5 mm, a idade entre 41-45 [OR = 2,70, IC 95%: 1,32-5,51] e 46-64 [OR = 2,04, IC 95%: 1,05-3,93], presença de cicatriz vacinal do BCG [OR = 2,72, IC 95%: 1,40-5,25] e trabalhar apenas na ABS [OR = 2,30, IC 95 %: 1,09-4,86] apresentaram associação estatística significativa. Para o ponto de corte ≥ 10 mm, a presença de cicatriz vacinal do BCG [OR = 2,26, IC 95%: 1,03-4,91], ter tido contato domiciliar com paciente portador de tuberculose ativa [OR = 1,72, IC 95%: 1,01-2,92] e ter feito a PT anteriormente [OR = 1,66, IC 95%: 1,05-2,62] revelaram associação estatística significativa. Curiosamente, a discordância observada no grupo PT- / QFT + não apresentou associação estatistica com nenhuma das variáveis consideradas, independentemente do ponto de corte da PT. Conclusões: Apesar de termos identificado que a vacina BCG contribuiu para a discordância entre os testes, as recomendações brasileiras para o início do tratamento da ILTB não devem ser alteradas devido as limitações do QFT. / Background: A new interferon-γ release assay, QuantiFERON-TB (QFT) test, poses as an alternative test for the diagnosis of latent Mycobacterium tuberculosis infection (LTBI). Here, we compared the performance of QFT with tuberculin skin test (TST) measured at two different cut-off points among primary health care workers (HCW) in Brazil. Methods: A cross-sectional study was carried out among HCWs in four Brazilian cities with a known history of high incidence of TB. Results of the QFT were compared to TST results based on both ≥5mm and ≥10 mm as cut-off points. Results: We enrolled 632 HCWs. When the cut-off value of ≥10 mm was used, agreement between QFT and TST was 69% (k=0.31), and when the cut-off of ≥5 mm was chosen, the agreement was 57% (k=0.22). We investigated possible factors of discordance of TST vs QFT. Compared to the TST-/QFT– group, the risk factors identified for discordance at the TST+/QFT- group when the TST cut-off of ≥5 mm was used were age between 41-45 [OR=2.70; CI 95%: 1.32-5.51] and 46-64 [OR=2.04; CI 95%: 1.05-3.93], BCG scar [OR=2.72; CI 95%: 1.40-5.25], and having worked only in primary health care [OR=2.30; CI 95%: 1.09-4.86]. On the other hand, for the cut-off of ≥10 mm BCG scar [OR=2.26; CI 95%: 1.03-4.91], being a household contact of a TB patient [OR=1.72; CI 95%: 1.01-2.92] and having had a previous TST [OR=1.66; CI 95%: 1.05-2.62], were significant. Interestingly, discordance observed at the TST-/QFT+ group showed no statistically significant association with any of the variables regardless of TST cut-off value used. Conclusions: Although we identified BCG vaccination to contribute to the discordance in spite of TST cut-offs, the current Brazilians recommendation for the initiation of LTBI treatment, based on TST, should not be changed, based on QFT limitations and decreased accuracy of the method.

Made available in DSpace on 2015-10-06T13:03:30Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-07-01. Added 1 bitstream(s) on 2015-10-06T13:18:27Z : No. of bitstreams: 1 000848328.pdf: 656185 bytes, checksum: ba38e54af54213676e5d46fe3f460e40 (MD5) / A tuberculose é uma doença infectocontagiosa de caráter zoonótico de grande importância em saúde pública, sendo seu diagnóstico e o conhecimento de sua epidemiologia, peças fundamentais na sua prevenção e controle. Este trabalho objetivou a comparação entre métodos diagnósticos para tuberculose bovina. Foram realizados diagnósticos pelo cultivo microbiológico, caracterização histopatológica e identificação de bacilos álcool-ácido resistentes (BAAR) e identificação molecular da infecção por Mycobacterium bovis em bovinos adultos abatidos em matadourosfrigoríficos sob Serviço de Inspeção Federal (SIF) no Estado de São Paulo e posteriormente, os municípios de origem destes animais foram geoprocessados. Durante o abate, foram identificadas e coletadas amostras de linfonodos com lesões macroscópicas sugestivas de tuberculose. O diagnóstico pelo cultivo microbiológico foi realizado em meio de cultura sólido, a caracterização histopatológica pela coloração com hematoxilina eosina (HE), a identificação de BAAR pela coloração de Ziehl-Neelsen (ZN) e o diagnóstico pela identificação molecular foi realizado a partir de DNA extraído das lesões sugestivas de tuberculose pela reação em cadeia pela polimerase (PCR, nested PCR e multiplex PCR) e a partir de DNA extraído das colônias isoladas para identificação do M. bovis utilizando-se a PCR e a multiplex PCR. Dentre as lesões sugestivas de tuberculose observadas, 50% (25/50) foram identificadas em linfonodos retrofaríngeos e todas foram caracterizadas como caseosas. Houve crescimento de colônias características de M. bovis em 56% (28/50) das amostras, 64% (32/50) das amostras foram consideradas positivas pela coloração com HE e 52% (26/50) pela coloração confirmatória de ZN (identificação de BAAR). A PCR a partir de DNA extraído das lesões teciduais apresentou 38% (19/50) das amostras positivas e a PCR a partir de DNA extraído das... / Tuberculosis is a contagious infectious zoonotic disease of high importance in public health, which diagnosis and the epidemiology knowledge are essentials in this disease prevention and control. This study aimed to compare the different diagnostic tests for bovine tuberculosis. Microbiological culture, histopathological and molecular M. bovis diagnosis were made in adults bovines slaughtered in slaughterhouses under Inspection Federal Service - SIF in São Paulo State and after, the animals origin municipalities were geoprocessing. Samples of lymph nodes with macroscopic lesions suggestive of tuberculosis were identified and collected during the animals' slaughter. The microbiological diagnosis was made by culture in solid medium, histopathological characterization by staining with hematoxylin eosin (HE), identification of AFB by Ziehl-Neelsen (ZN) and the diagnosis by molecular identification was carried out from DNA extracted from the lesions suggestive of tuberculosis by polymerase chain reaction (PCR, nested PCR and multiplex PCR) and the DNA extracted from the colonies was isolated for M. bovis identification using PCR and multiplex PCR. Most injuries (50% - 25/50) was identified in retropharingeal and all of them were characterized as caseous. M. bovis colonies growth was characteristics in 56% (28/50) of the samples and64% (32/50) of the samples were positive by HE staining and 52% (26/50) for confirmatory ZN staining. The PCR directly from tissue showed 38% (19/50) of positive samples and the PCR from the colonies showed 56% (28/50) of positive samples. The kappa test (95%) between the diagnoses showed higher agreement between the molecular diagnostics of the colonies, followed by histopathological and molecular analysis of tuberculosis suggestive lesions toward the microbiological diagnosis. The highest sensitivity and specificity values were observed in the colonies molecular testing, followed by histopathological and ...

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-18Bitstream added on 2014-06-13T18:30:24Z : No. of bitstreams: 1 faria_cmqg_me_arafcf.pdf: 1839645 bytes, checksum: 622ea7e8a83cf33004224bc20f5561fb (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / A infecção pelo vírus da imunodeficiência humana (HIV) ocorre com aumento dos níveis de anticorpos séricos e com grande quantidade de imunocomplexos circulantes. A associação entre as disfunções da fagocitose mediadas por receptores do tipo FcR, na infecção pelo HIV e, principalmente, na co-infecção com o Mycobacterium tuberculosis, têm sido amplamente descrita na literatura científica. A tuberculose (TB) é a infecção oportunista mais comum entre pacientes infectados pelo HIV e a causa de morte mais frequente entre os pacientes com a síndrome da imunodeficiência adquirida (AIDS). Sabe-se que a infecção pelo HIV torna o paciente susceptível às infecções oportunistas, como a tuberculose, e, essas co-infecções aumentam o potencial de replicação viral. A ineficiência do mecanismo de clearance de imunocomplexo (IC) e de fagocitose pode contribuir para o aumento da suscetibilidade às infecções oportunistas em indivíduos infectados pelo HIV. Sendo assim, a determinação dos genótipos para as variantes polimórficas funcionais dos receptores para a porção Fc da imunoglobulina de classe G (FcR), bem como das combinações dos diferentes genótipos, pode constituir um marcador importante para a patogênese da infecção pelo HIV, na co-infecção pelo M. tuberculosis e em infecções pelo M. tuberculosis isoladamente, ou seja, independente da infecção pelo vírus da AIDS. Desta forma, o objetivo deste estudo foi determinar os genótipos para os polimorfismos dos receptores FcRIIa (CD32; H/R131) e FcRIIIb (CD16; NA1/NA2) em portadores da infecção pelo HIV-1, co-infectados pelo M. tuberculosis e infectados apenas pelo M. tuberculosis, assim como a avaliação da função fagocítica através do burst oxidativo (formação de espécies reativas de oxigênio - EROs) induzido por polissacarídeos... / Infection with human immunodeficiency virus (HIV) occurs along with increased levels of serum antibodies and a large amount of circulating immune complexes. The association between FcR-dependent phagocytosis dysfunction in HIV infection and, especially, when in co-infection with Mycobacterium tuberculosis, has been widely described in scientific literature. Tuberculosis (TB) is the most common opportunistic infection among HIV-infected patients and the most frequent cause of death among patients with acquired immunodeficiency syndrome (AIDS). It is known that HIV infection makes the patient susceptible to opportunistic infections such as tuberculosis, and these co-infections increase the potential for viral replication. The inefficiency of the immune complex (IC) clearance mechanism and phagocytosis may contribute to increased susceptibility to opportunistic infections in HIV-infected individuals. Thus, determination of the functional polymorphic variants‟ genotypes for class G immunoglobulin Fc receptors (FcR) as well as combinations of different genotypes may be an important marker for the pathogenesis of HIV infection, for co- infection with M. tuberculosis and for M. tuberculosis infection alone, i.e. independent of infection with AIDS virus. Thus, the aim of this study was to determine the genotypes for FcRIIa (CD32; H/R131) and FcRIIIb (CD16; NA1/NA2) polymorphisms in patients carrying HIV-1 infection, co-infected with M. tuberculosis and infected with M. tuberculosis alone, as well as evaluating the phagocytic function via oxidative burst (formation of reactive oxygen species - ROS) induced by cell wall polysaccharides from Saccharomyces cerevisiae, known as zymosan, in peripheral blood neutrophils from these patients. Our results demonstrated reduced capacity... (Complete abstract click electronic access below)

O estudo pretendeu abordar a imunidade humoral na Tuberculose. Foi um estudo de teste diagnóstico que avaliou um antígeno específico, constituinte da parede celular da micobactéria, denominado LIPOARABINOMANNAN (LAM), proveniente de Cambridge, MA, USA da Companhia Dyna-Gen. O objetivo principal do estudo foi a detecção de anticorpos IgG anti-LAM em casos de tuberculose pulmonar, extrapulmonar e formas combinadas da doença. A casuística total compreendeu 173 pacientes portadores de tuberculose, sendo a mesma confirmada por métodos bacteriológicos e/ou anatomopatológicos de biópsias de diversos órgãos em 114 casos (65,8%). Em 46 casos (26,5%) a doença se confirmou por rigorosos critérios clínicos, radiológicos e de seguimento após tratamento adequado. Cento e quinze pacientes eram do sexo masculino (66,5%) e 58 do sexo feminino (33,5%). Cento e trinta e um eram brancos (75,7%), 24 negros (13,9%) e 18 mistos (10,4%). O total de formas pulmonares foi de 88 casos (51%), sendo 81 (46,8%) formas bacilíferas e 7 casos (4,0%) não-bacilíferas. Dos casos com baciloscopia direta negativa, 3 apresentaram culturas positivas, 2 culturas negativas e em 2 casos a mesma não foi realizada. Formas extrapulmonares compreenderam 71 casos (41%) com predomínio de forma miliar, ganglionar, pleural e do SNC. A combinação de ambas as formas ocorreu em 14 casos (8,1%). Radiologicamente, houve predomínio de lesões escavadas (30,1%), consolidação (13,9%), padrão miliar (11%) e exame radiológico normal (11%), além de outros achados. Da série, 118 pacientes eram HIV negativos (68,2%) e 55 eram HIV positivos (31,8%). As principais comorbidades associadas foram Diabetes Melittus (DM), Alcoolismo, Cardiopatia e Neoplasia, entre outras. Exames culturais foram realizados em 145 pacientes, sendo que em 72 casos a cultura foi positiva (41,6%) e foi negativa em 10 casos (5,8%). Dos 72 exames culturais positivos, o teste do MycoDot foi positivo em 47 casos (65,2%) e negativo em 25 (34,7%). Em 10 exames culturais negativos, o mesmo foi positivo em 6 casos (60%) e negativo em 4 casos (40%). Em 63 exames culturais não realizados, o teste do MycoDot foi positivo em 46 casos e negativos em 17. Os resultados do teste MycoDot na série total foram: positivos em 120 pacientes (69,4%) e negativos em 53 pacientes (30,6%). As formas pulmonares bacilíferas, não bacilíferas, extrapulmonares e combinadas apresentaram sensibilidade de 74,1%, 85,7%, 63,4% e 64,3% respectivamente. O grupo controle foi de 77 indivíduos assim distribuídos: 41 sadios, 16 portadores de lesões residuais de tuberculose, 6 sadios com BCG prévia, 6 sadios sem BCG prévia e 8 com outras comorbidades. O resultado do teste MycoDot foi negativo em 73 casos (94,8%) e positivo em 4 casos (5,2%). A sensibilidade da casuística total foi de 69,4%, a especificidade foi de 94,8%, o valor preditivo positivo (VPP) foi de 96,8% e o valor preditivo negativo (VPN) foi de 57,9%. Dos pacientes HIV positivos a sensibilidade foi de 61,8% e a especificidade foi de 100%. Nos pacientes HIV negativos a sensibilidade foi de 72,9% e a especificidade foi de 94,7%. Concluiu-se que o Teste MycoDot é de fácil realização, baixo custo, podendo ser útil como uma ferramenta adicional para o diagnóstico da tuberculose. / This study evaluated the humoral immunity in tuberculosis. It was a study of diagnostic test using a specific antigen, designed Lipoarabinomannan (LAM) provenient of Cambridge, MA, USA, Dyna-Gen Company. This antigen is a cell wall component of mycobacteria. The major objective was to study anti-LAM IgG antibodies in cases of pulmonary, extrapulmonary and associated forms of tuberculosis. The casuistic was 173 patients with tuberculosis, confirmed by bacteriologic and/or anatomopathologic methods in 114 cases (68,8%). In the other cases, the tuberculosis was confirmed by clinical, radiological features and follow up of the patients after chemoterapy. The series presented 115 males, 58 females; 131 was caucasian, 24 black and 18 was non-caucasian. The total pulmonary forms was 88 cases (51%), 81 with positive AFB in sputum and 7 with negative AFB in sputum. Three have positive culture, two with negative cultures. Extrapulmonary tuberculosis was found in 71 cases (41%). The predominant forms of X-ray of the thorax was miliar and necrositing lesions. HIV-positive patients were 118 and negative 55. The MycoDot test results were: positive in 120 patients (69,4%) and negative in 53 patients (30,6%). In control group, MycoDot was negative in 73 cases (94,8%) and positive in 4 cases (5,2%). The final results were: sensitivity of 69,4%, specificity of 94,8%, the positive predictive value was 96,8% and the negative predictive value was 57,9%. In HIV-positive patients, the sensibility was 61,8% and the specificity was 100%. The conclusions were the MycoDot test is easy and ideal for use in the diagnosis of active tuberculosis in conjunction with the other methods.

Os métodos convencionais para o diagnóstico da tuberculose (TB) pleural possuem várias limitações, assim métodos mais sensíveis e específicos são necessários. O objetivo deste estudo foi avaliar uma metodologia de hibridização em microplaca e uma técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR) em tempo real para a detecção de DNA de Mycobacterium tuberculosis em amostras de líquido pleural, fragmento de pleura e soro. Adicionalmente, foi avaliada a utilidade da PCR em tempo real em paralelo com a cultura do líquido pleural para o diagnóstico de TB pleural. Foram avaliados 161 pacientes com derrame pleural e submetidos à toracocentese e biópsia pleural. O padrão-ouro para definição de um caso de TB pleural baseou-se na combinação de baciloscopia, cultura, exame histopatológico e critérios clínicos. Cento e sete dos 161 pacientes com derrame pleural receberam diagnóstico de TB pleural. Os resultados da metodologia de hibridização em microplaca não foram satisfatórios, assim foi desenvolvida uma técnica de PCR em tempo real. Nas amostras de líquido pleural, a PCR em tempo real mostrou uma sensibilidade de 46% (IC 95%, 36%-56%) com especificidade de 100%, enquanto a cultura obteve uma sensibilidade de 29% (IC 95%, 20%- 38%). A PCR em tempo real realizada em associação com a cultura no líquido pleural apresentou uma sensibilidade de 60% (IC 95%, 50%-70%). Para as amostras de fragmento pleural, a PCR em tempo real mostrou uma sensibilidade de 42% (IC 95%, 26%-59%) e especificidade de 100%, para este tipo de amostra o exame histopatológico apresentou a maior sensibilidade (90% - IC 95%, 84%- 96%). Nas amostras de soro a PCR em tempo real foi positiva em apenas dois pacientes, os quais também apresentaram resultado positivo nos outros tipos de amostras. Estes resultados indicam que a PCR em tempo real realizada no líquido pleural pode ser uma forma útil para obter um diagnóstico de TB pleural mais rápido, específico e com um procedimento menos invasivo para coleta das amostras. / Conventional tests for pleural tuberculosis (TB) have several limitations and more sensitive and specific methods are needed. The aim of this study was to evaluate microwell hybridization and real-time PCR (polimerase chain reaction) for detection of Mycobacterium tuberculosis DNA in pleural fluid, pleural tissue and serum. Additionally, the utility of real-time PCR in parallel with culture in pleural fluid for the diagnosis of pleural TB was assessed. One hundred sixty one patients with a pleural effusion submitted to a thoracentesis and pleural biopsy were evaluated. The gold-standard for case definition of pleural TB were the combination of acid-fast bacilli, culture, histopathologic examination and clinical parameters. One hundred seven of the 161 patients with pleural effusion received diagnosis of pleural TB. Results of microwell hybridization were not satisfactory, thus we developed a real-time PCR assay. In pleural fluid specimens, real-time PCR showed a sensitivity of 46% (CI 95%, 36%-56%) with specificity of 100%, while the sensitivity of culture was 29% (CI 95%, 20%-38%). The combination of real time PCR and culture in pleural fluid showed a sensitivity of 60% (CI 95%, 50%-70%). For the pleural tissue, real-time PCR showed a sensitivity of 42% (CI 95%, 26%-59%) with specificity of 100%, for this specimen histopathologic examination had the highest sensitivity (90% - CI 95%, 84%-96%). In the serum real-time PCR was positive in only two patients, which also had positive results in other specimens. Our results indicate that the real-time PCR is a useful approach to achieve a more rapid and specific diagnosis for pleural TB with a less invasive procedure for specimen collection.

Entre as doenças causadas por bactérias do gênero Mycobacterium, a tuberculose por M. tuberculosis é a mais conhecida. O diagnóstico da doença é feito utilizando-se um conjunto de exames que possibilitam a identificação da mesma (WATT, 2000). Contudo, sabe-se que o diagnóstico combinado de microscopia direta e com o posterior isolamento em meio de cultivo é o “padrão-ouro”. A principal desvantagem desse método é que tal bactéria possui um crescimento lento (cerca de 8 semanas). Recentemente, a detecção de doenças através da técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR) tem proporcionado avanços significativos no diagnóstico. O uso da amplificação específica de genes, para identificar a M. tuberculosis, tais como rDNA 16S, IS6110 ou a região intergênica senX3-regX3, tem apresentado algumas restrições, ao nível de confiabilidade e sensibilidade, para a aplicação da técnica de PCR. O presente estudo mostra a construção e a aplicação de um novo alvo para a aplicação da PCR no diagnóstico da tuberculose, baseado no ensaio da diferença de organização gênica do operon plcA, B e C diferenciando a M. tuberculosis das demais micobactérias. Neste trabalho, foram examinadas 273 amostras de pacientes com suspeita de tuberculose, sendo estas submetidas ao estudo comparativo da técnica de PCR versus cultivo (padrão ouro). A PCR amplificou fragmentos de 439pb. Os resultados mostram 93,7% de acurácia para PCR/Cultivo (p<000,1), 93,1% de sensibilidade com intervalo de confiança de 88,7-96,0 e especificidade de 96,4% com intervalo de confiança de 96,4-99,4. O valor da estatística Kappa (k) foi de 0,82 com erro padrão de 0,041, demonstrando um alinhamento quase perfeito para a verificação do grau de concordância entre os testes. Desta forma, o uso desta nova região para a amplificação da PCR se mostra uma importante e confiável ferramenta no diagnóstico específico da tuberculose. Outra região que compreende parte dos genes mbaA e inhA foi utilizada para diferenciar o Complexo tuberculosis do Complexo avium. Porém, novos experimentos serão necessários para o emprego desta região como uma ferramenta de diagnóstico.

A distinctive feature of host-pathogen interactions in the case of Mycobacterium tuberculosis is the asymptomatic latent phase of infection. The ability of the bacillus to survive for extended periods of time in the host suggests an adaptive mechanism in M. tuberculosis that can cope with a variety of environmental stresses and other host stimuli. Extensive genomic studies and analysis of knock-out phenotypes revealed elaborate cellular machinery in M. tuberculosis that ensures a rapid cellular response to host stimuli. Prominent amongst these are two-component systems and σ factors that exclusively govern transcription re-engineering in response to environmental stimuli. M. tuberculosis σK is a σ factor that was demonstrated to control the expression of secreted antigenic proteins. The study reported in this thesis was geared to understand the molecular basis for σK activity as well as to explore conditions that would regulate σK activity. Transcription in bacteria is driven by the RNA polymerase enzyme that can associate with multiple σ factors. σ factors confer promoter specificity and thus directly control the expression of genes. The association of different σ factors with the RNA polymerase is essential for the temporal and conditional re-engineering of the expression profile. Environment induced changes in expression rely on a subset of σ factors. This class of σ factors (also referred to as Class IV or Extra-cytoplasmic function (ECF) σ factors) is regulated by a variety of mechanisms. The regulation of an ECF σ factor activity at the transcriptional, translational or posttranslational steps ensures fidelity in the cellular concentration of free, active ECF σ factors. In general, ECF σ factors associate with an inhibitory protein referred to as an anti-σ factor. The release of a free, active σ factor from a σ /anti-σ complex is thus a mechanism that can potentially control the cellular levels of an active σ factor in the cell. M. tuberculosis σK is associated with a membrane bound anti-σK (also referred to as RskA) (Said-Salim et al., Molecular Microbiology 62: 1251-1263: 2006). The extracellular stimulus that is recognized by RskA remains unclear. However, recent studies have suggested the possibility of a regulated proteolytic cascade that can selectively degrade RskA and other membrane associated anti-σ factors. The goal of the study was to understand this regulatory mechanism with a specific focus on the M. tuberculosis σK/RskA complex. The structure of the cytosolic σK/RskA complex and the associated biochemical and biophysical characteristics revealed several features of this /anti-σ complex that were hitherto unclear. In particular, these studies revealed a redox sensitive regulatory mechanism in addition to a regulated proteolytic cascade. These features and an analysis of the M. tuberculosis σK/RskA complex vis-à-vis the other characterized σ/anti σfactor complexes are presented in this thesis. This thesis is organized as follows- Chapter 1 provides an overview of prokaryotic transcription. A brief description of the physiology of M. tuberculosis is presented along with a summary of characterized factors that contribute to the pathogenecity and virulence of this bacillus. The pertinent mechanistic issues of σ/anti-σ factor interactions are placed in the context of environment mediated changes in M. tuberculosis transcription. A summary of studies in this area provides a background of the research leading to this thesis. Chapters 2 and 3 of this thesis describe the structural and mechanistic studies on the σK/RskA complex. The crystal structure of the σK/RskA complex revealed a disulfide bond in domain 4 (σK4). σK4 interacts with the -35 element of the promoter DNA. The disulfide forming cysteines were seen to be conserved in more than 70% of σK homologs, across both gram-positive and gram-negative bacteria. The conservation of the disulfide-forming cysteines led us to further characterize the role of this disulfide in σK/RskA interactions. These were examined by several biochemical and biophysical experiments. The redox potential of these disulfide bond forming cysteine residues were consistent with the proposed role of a sensor. The crystal structure and biochemical studies thus suggest that M. tuberculosis σK is activated under reducing conditions. Chapter 4 of this thesis describes the progress made thus far in the structural and biochemical characterization of an intra-membrane protease, M. tuberculosis Rip1 (Rv2869c). This protein is an essential component of the proteolytic cascade that selectively cleaves RskA. The proteolytic steps that govern the selective degradation of an anti-σ factor were first characterized in the case of E. coli σE (Li, X. et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 106:14837-14842, 2009). This cascade is triggered by the concerted action of a secreted protease (also referred to as a site-1 protease) and a trans-membrane protease (also referred to as a site-2 protease). M. tuberculosis Rip1 was demonstrated to be bona-fide site 2 protease that acts on three anti-σ factors viz., RskA, RslA and RsmA (Sklar et al., Molecular Microbiology 77:605-617; 2010). To further characterize the role of Rip1 in the proteolytic cascade, this intra-membrane protease was cloned, expressed and purified for structural, biochemical and biophysical analysis. The preliminary data on this membrane protein is described in this chapter. The conclusions from the studies reported in this thesis and the scope for future work in this area is described in Chapter 5. Put together, the σK/RskA complex revealed facets of σ/anti-σ factor interactions that were hitherto unrecognized. The most prominent amongst these is the finding that an ECF σfactor can respond to multiple environmental stimuli. Furthermore, as seen in the case of the σK/RskA complex, the σ factor can itself serve as a receptor for redox stimuli. Although speculative, a hypothesis that needs further study is whether these features of the σK/RskA complex contribute to the variable efficacy of the M. bovis BCG vaccine. In this context it is worth noting that σK governs the expression of the prominent secreted antigens- MPT70 and MPT83. The studies reported in this thesis thus suggest several avenues for future research to understand mycobacterial diversity, immunogenicity and features of host-pathogen interactions. The appendix section is divided into two subparts- Appendix 1 of the thesis is a review on peptidase V. This is a chapter in The Handbook of Proteolytic enzymes (Elsevier Press, ISBN:9780123822192). Appendix 2 of the thesis includes technical details and an extended materials and methods section.