En réponse à une infection, un signal de danger, ou de cytokines inflammatoires, les cellules dendritiques subissent un programme de maturation augmentant leur capacité à activer les lymphocytes T CD4+ et CD8+. Au cours de ce travail nous avons cherché à caractériser la reprogrammation transcriptomique des DC lors de l'infection par le cytomégalovirus murin (MCMV). Nous avons identifié un programme commun de maturation entre les différentes sous-populations de DC spléniques. Nous avons mis en évidence qu'il existe un programme transcriptomique de maturation commun à toutes les sous-populations de DC, induit par tous les stimuli examinés et évolutivement conservé au sein des mammifères. Nous avons également identifié les interférons (IFN) de type I comme des cytokines majeures promouvant la maturation des DC in vivo. La perte spécifique par les DC de la capacité à répondre aux IFN de type I entraine une diminution de la survie des souris lors de l'infection par le MCMV, révélant pour la première fois l'importance des effets intrinsèques cellulaires des IFN de type I sur les DC pour la résistance à une infection virale.Le développement puis l'utilisation d'un nouveau modèle de souris mutante ciblant la sous-population de DC XCR1+ nous a permis de mettre mis en évidence pour la première fois un rôle de ces cellules pour l'activation des lymphocytes T CD8 mémoires (Tm CD8+) dans l'infection par Listeria monocytogenes, et d'identifier les mécanismes sous-jacents. Les DC XCR1+ interagissent in situ avec les Tm CD8+. La synthèse de la chimiokine CXCL9 et la production d'interleukine-12 par les DC XCR1+ attirent et activent de façon optimale les Tm CD8+ qui produisent de l'IFN-γ. / Dendritic cells (DC) sense danger, microbial and cytokine signals that drive DC maturation which in turn allows proper activation of T lymphocytes. We characterized the gene expression program of splenic DC in vivo during murine cytomegalovirus (MCMV) infection. We identified a core set of genes commonly regulated in all subsets of mouse spleen DC. This set of genes was regulated upon DC maturation irrespective of the stimuli used and of the responding DC subsets and it was conserved between mouse and human. We identified type I interferon (IFN) as a major cytokine driving the expression of this core gene set in DC subsets. The loss of type I IFN responsiveness selectively in DC resulted in an increased mortality of mice after MCMV infection, unraveling a crucial role of cell-intrinsic responses to type I IFN in DC during a viral infection in vivo.We also developed and studied a new mouse model to target the XCR1+ DC subset in vivo. We found for the first time that XCR1+ DC promote recall of memory CD8 T cells upon secondary Listeria monocytogenes infection in vivo, and we identified the underlying mechanism. XCR1+ DC attract memory CD8 T cells through the secretion of the chemokine CXCL9. This attraction leads to an increase in the IFN-γ production by memory CD8 T cells. XCR1+ DC also induce the proliferation of memory CD8 T cells. This work significantly advanced our understanding of the in vivo functions of DC during infections.

L'objectif de ce travail de thèse est de mettre au point un dispositif dédié à la mesure de spectres bêta avec une précision métrologique. Le dispositif conçu autour d'un semi-conducteur silicium tient compte des phénomènes physiques et de détection à l'origine de déformations dans le spectre mesuré, afin de les limiter et de les réduire au maximum. Des simulations Monte-Carlo de la chambre de détection ont permis de déterminer la géométrie et les matériaux à utiliser. La qualité des sources radioactives est également déterminante pour obtenir des spectres de qualité. Après la mesure, les spectres sont traiter afin de les corriger des déformations restantes. Une fonction de réponse doit donc être déterminée pour chaque géométrie de mesure. Cette détermination se fait à l'aide des simulations MC. Nos premiers résultats montrent qu'une déconvolution du spectre mesuré avec la réponse du système de détection permet d'obtenir la forme réelle du spectre bêta avec une grande précision. / The goal of this PhD work is to build an experimental device dedicated to measuring beta spectra with a precision relevant to modern metrology requirements. The device, which is based on a silicon semi-conductor detector, must take into account certain physical phenomena and detector characteristics which could lead to deformation of the measured spectra. These must be understood and minimized. Monte-Carlo simulations have allowed the geometry and construction materials to be optimized. The quality of the radioactive sources is paramount in obtaining spectra of high-quality. Nonetheless, the measured spectra must be corrected for any remaining distortion. A response function must therefore be determined for each measurement geometry. This can be achieved via Monte-Carlo simulations. The first results show that de-convolution of the measured spectra with the response function allows the accurate determination of the true form of the beta spectra.

Les systèmes de question-réponse renvoient une réponse précise à une question formulée en langue naturelle. Les systèmes de question-réponse actuels, ainsi que les campagnes d'évaluation les évaluant, font en général l'hypothèse qu'une seule réponse est attendue pour une question. Or nous avons constaté que, souvent, ce n'était pas le cas, surtout quand on cherche les réponses sur le Web et non dans une collection finie de documents.Nous nous sommes donc intéressés au traitement des questions attendant plusieurs réponses à travers un système de question-réponse sur le Web en français. Pour cela, nous avons développé le système Citron capable d'extraire des réponses multiples différentes à des questions factuelles en domaine ouvert, ainsi que de repérer et d'extraire le critère variant (date, lieu) source de la multiplicité des réponses. Nous avons montré grâce à notre étude de différents corpus que les réponses à de telles questions se trouvaient souvent dans des tableaux ou des listes mais que ces structures sont difficilement analysables automatiquement sans prétraitement. C'est pourquoi, nous avons également développé l'outil Kitten qui permet d'extraire le contenu des documents HTML sous forme de texte et aussi de repérer, analyser et formater ces structures. Enfin, nous avons réalisé deux expériences avec des utilisateurs. La première expérience évaluait Citron et les êtres humains sur la tâche d'extraction de réponse multiples : les résultats ont montré que Citron était plus rapide que les êtres humains et que l'écart entre la qualité des réponses de Citron et celle des utilisateurs était raisonnable. La seconde expérience a évalué la satisfaction des utilisateurs concernant la présentation de réponses multiples : les résultats ont montré que les utilisateurs préféraient la présentation de Citron agrégeant les réponses et y ajoutant un critère variant (lorsqu'il existe) par rapport à la présentation utilisée lors des campagnes d'évaluation. / Question answering systems find and extract a precise answer to a question in natural language. Both current question-answering systems and evaluation campaigns often assume that only one single answeris expected for a question. Our corpus studies show that this is rarely the case, specially when answers are extracted from the Web instead of a frozen collection of documents.We therefore focus on questions expecting multiple correct answers fromthe Web by developping the question-answering system Citron. Citron is dedicated to extracting multiple answers in open domain and identifying theshifting criteria (date, location) which is often the reason of this answer multiplicity Our corpus studies show that the answers of this kind of questions are often located in structures such as tables and lists which cannot be analysed without a suitable preprocessing. Consequently we developed the Kitten software which aims at extracting text information from HTML documents and also both identifying and formatting these structures.We finally evaluate Citron through two experiments involving users. Thefirst experiment evaluates both Citron and human beings on a multipleanswer extraction task: results show that Citron was faster than humans andthat the quality difference between answers extracted by Citron andhumans was reasonable. The second experiment evaluates user satisfaction regarding the presentation of multiple answers: results show that user shave a preference for Citron presentation aggregating answers and adding the shifting criteria (if it exists) over the presentation used by evaluation campaigns.

Quatre études épidémiologiques menées en Afrique ont montré que les enfants issus de mères ayant un placenta infecté par Plasmodium falciparum lors de l’accouchement font des infections palustres plus précocement que les autres enfants. Le fœtus serait sensibilisé in utero par les parasites infectants et développerait par la suite une tolérance aux infections palustres. Cette hypothèse nous conduit à supposer que i) la réponse anticorps spécifique de P. falciparum est différente chez les enfants en fonction du statut infectieux du placenta des mères à l’accouchement et ii) que cette sensibilité ne pourrait être induite que par les antigènes parasitaires porteurs des mêmes polymorphismes que ceux rencontrés in utero. Un troisième projet a consisté au développement d’une méthodologie permettant de distinguer les anticorps maternels de ceux néo-synthétisés par l’enfant dans le but de mesurer précisément l’acquisition de la réponse anticorps élaborée par l’enfant dès son plus jeune âge. Nous avons mis en place le suivi régulier et rapproché d’une cohorte de 620 nouveau-nés de la naissance à 18 mois au Bénin. Nous avons mesuré leurs réponses anticorps dirigées contre sept antigènes de P. falciparum candidats vaccins et constaté que le processus de maturation immunitaire commence à être mis en place à l’âge de 18 mois. L’infection palustre placentaire ne semble pas influer sur l’acquisition de la réponse anticorps spécifique jusqu’à 18 mois de vie. La méthodologie de distinction des anticorps maternels et néo-synthétisés a été validée. La caractérisation des polymorphismes des antigènes parasitaires présents à l’accouchement et pendant le suivi des enfants, mis en relation avec les données environnementales, a permis de valider en partie l’hypothèse de tolérance immunitaire. / Four epidemiological studies showed that infants born from mothers with Plasmodium falciparum placental malaria at delivery present a higher susceptibility to plasmodial infections than others. In connection with this observation, we hypothesized that i) the infants’ P. falciparum specific antibody responses are different according to presence or absence of placental malaria at delivery in their mothers and ii) susceptibility could only be induced by antigens that bring the same polymorphisms as those found in infected mothers. Another project consisted to develop a new methodology to distinguish maternal and neonatal antibodies in order to measure accurately neo-synthesized antibodies in the first months of life. A birth cohort of 620 newborns was established in an area endemic for malaria. Infants were followed-up until 18 months of age and their antibody responses specific for 7 P. falciparum antigens were quarterly measured. The emergence of the immune maturation process was observed in 18-months-infants. The acquisition of specific antibody responses was not impacted by placental malaria. The new methodological approach leading to distinguish maternal and neonatal antibodies was validated. The genetic characterization of the parasite antigen polymorphisms in mothers at delivery and their infants during the follow-up, in link to environmental data, led partially to the validation of the immune tolerance hypothesis.

La réponse immunitaire innée est induite par des infections microbiennes ou des lésions tissulaires. L’étude de sa régulation est l'un des aspects les plus étudiés actuellement en immunologie, et porte notamment sur divers aspects du contrôle des agents pathogènes, du développement de vaccins et de la thérapie contre les maladies inflammatoires chroniques. L’ADN peut jouer le rôle de ligand endogène et induire une réaction immunitaire forte chez les animaux. Des souris déficientes pour la DNaseII lysosomiale accumulent de l’ADN dans leurs macrophages, notamment celui provenant des noyaux expulsés des érythroblastes lors de leur maturation en érythrocytes. Elles n’arrivent pas à les dégrader. Elles produisent en réponse de grandes quantités d’interférons de type I. Les souris meurent d'anémie au stade embryonnaire. Ce phénomène m’a amenée à poser une question importante: Comment les cellules reconnaissentelles l'ADN et comment y répondentelles? Pour savoir comment les cellules reconnaissent et répondent à l'ADN, nous avons visé trois objectifs spécifiques: I. Mise au point un modèle in vivo de drosophile pour étudier la réponse immunitaire innée contre l'ADN II. Dissection génétique de la réponse immunitaire induite par l'ADN III. Trouver des récepteurs de l’AND A l’issu de mon travail de thèse, je peux proposer que (i) la réponse immunitaire induite par l’ADN repose sur la voie IMD chez la drosophile, (ii) IK2 (TBK1), CG1667 (TMEM173), et EYA (EYA4) sont des molécules clés dans la cascade de signalisation en aval de la détection de l'ADN chez la drosophile, (iii) EYA est liée à la voie IMD au niveau de RELISH ou IKKβ, (iv) Orthologue drosophile LRRFIP1 de l'ADN des mammifères capteur est responsable de la détection de l'ADN dans le modèle DNaseII mouche déficiente (v) chez la drosophile CG3800 (CNBP) est un candidat pour la détection d'AND dans les insectes et les mammifères. / Innate immune responses are initiated during infections and tissue damage, and largely impact on various human diseases. DNA has been shown to be a strong innate immune stimulator in animals. For example, DNaseII deficient mice accumulate undigested DNA in macrophages from the expelled nuclei of erythroid progenitor cells, produce large amounts of type I Interferons in DNA-accumulated cells, and die from anemia at the embryonic stage. This phenomenon brought us an important question: How does cells recognize DNA and respond to it? To answer the question, we took three approaches: (1) Establishing in vivo model to study the innate immune response against DNA (2) Genetic dissection of the DNA-mediated immune response (3) Finding DNA sensors In my thesis project, we provide (1) DNA-mediated immune responses relies on the IMD pathway in Drosophila, (2) IK2(TBK1), CG1667(TMEM173, STING), and EYA(EYA4) are key molecules in the downstream signaling cascade of DNA sensing in Drosophila, (3) EYA is linked to the IMD pathway at the level of RELISH or IKKβ, (4) Drosophila orthologue of mammalian DNA sensor LRRFIP1 is responsible for DNA sensing in DNaseII deficient fly model, (5) Drosophila CG3800(CNBP) is a candidate for DNA sensing in both insects and mammals.

Avec une prévalence mondiale de 0,7%, l’infection in utero à cytomégalovirus (CMV) représente la première cause de handicap neurologique congénital d’origine infectieuse. Les modalités de prise en charge de cette infection restent débattues notamment en raison de l’absence de marqueurs pronostics fiables et d’inconnus sur sa physiopathologie notamment celle de l’atteinte du cerveau fœtal. Le premier objectif de notre travail était de décrire et valider des marqueurs immuno-virologiques prédictifs de la transmission verticale et de séquelles néonatales. Le deuxième objectif était d’étudier les corrélats immuno-virologiques in situ de la sévérité de l’atteinte du cerveau fœtal. Nous avons pu établir à partir du bilan virologique maternel (avidité des IgG et ADN CMV sanguin) un score de risque de transmission verticale du virus en cas de primo-infection maternelle. Nous avons montré que le niveau du réservoir viral fœtal, reflété par la charge virale dans le liquide amniotique et dans le sang fœtal, était un marqueur prédictif des séquelles néonatales. Ainsi, la combinaison de la mesure du réservoir viral fœtal avec l’imagerie fœtale a permis d’établir des scores pronostics avec des valeurs prédictives positives et négatives de 80 à 100% respectivement. Nous avons mis en évidence par immuno-histochimie couplée à une analyse quantitative d’images que la multiplication virale ainsi que la réponse immunitaire innée (cellules NK) et adaptative (CD8+ et plasmocytes) étaient significativement plus élevées dans les cerveaux fœtaux les plus sévèrement atteints. Ce résultat paradoxal nous a incité à quantifier la présence du marqueur PD-1 et celle de son récepteur PD-L1. PD-1 était significativement plus exprimé dans les cerveaux sévèrement atteints. L’analyse par cytométrie de flux montrait que PD-1 était exprimé par 96% des CD8+ mais aussi par plus de 70% des lymphocytes B et des cellules NK. Ces résultats témoignent de l’existence dans les cerveaux fœtaux infectés d’un épuisement immunitaire touchant la réponse adaptative mais aussi innée. Enfin, l’analyse par cytométrie de flux montrait la présence d’une réplication virale dans les différents types de cellules neuronales (cellules souches, neurones, astrocytes). En conclusion, les résultats de notre travail ont permis d’améliorer les algorithmes de prise en charge de l’infection à CMV in utero grâce à la validation de marqueurs prédictifs immuno-virologiques. Par ailleurs, le fait qu’un épuisement immunitaire et une forte multiplication virale soient associés à la sévérité de l’atteinte cérébrale est important pour l’élaboration de stratégies thérapeutiques in utero. / CMV congenital infection has a worldwide incidence estimated at about 0.7% of all life births and represents the major cause of neurological handicap of infectious origin. The management of this infection remains highly debated. Several factors contribute to this and among them are the absence of recognized prognostic markers and gaps in the knowledge of its pathogenicity particularly that of the fetal brain. The first objective of this work was to describe and validate immune and virological predictive markers of vertical transmission and of neonatal sequelae. The second objective was to study in situ immune and virological correlates of the severity of fetal brain infection. We first validated a model of materno-fetal transmission based on maternal virological results (IgG avidity and blood CMV DNA). We then showed that the viral reservoir level, estimated by the viral load in the amniotic fluid and the fetal blood, was a predictive marker of neonatal sequelae. Prognosis models combining quantification of the viral reservoir to fetal imaging allow to reach positive and negative predictive values up to 80% and 100% respectively. We showed using immunohistochemistry and quantitative image analysis that viral multiplication as well as both innate immune responses (NK cells) and adaptive immune responses (CD8+ and plasma cells) were significantly higher in the most severely infected fetal brains. This paradox drove us to quantify PD-1 and its receptor PD-L1, PD-1expression was significantly higher in severely affected fetal brains. Cytometry flow analysis evidenced that PD-1 was expressed in 95% of CD8+ cells but also in at least 70% of NK cells and of B cells. These results demonstrate immune exhaustion of both adaptive and innate responses in fetal infected brains. Finally, viral replication was evidenced in stem cells, neurons and mature astrocytes after separation by flow cytometry of these neuronal cell types. In conclusion, the validation of immune-virological markers obtained within this work has usefully improved the algorithms for the clinical management of in utero CMV infection. Moreover, the demonstration that immune exhaustion and high viral multiplication are responsible of severe fetal brain affection is important to elaborate in utero treatment strategies.

La voie des kynurénines est l’une des trois voies de biosynthèse du NAD, qu’elle produit à partir de la dégradation du plus rare des acides aminés essentiels, le tryptophane. Cette voie catabolique est initiée par trois enzymes distinctes, dont l’indoléamine 2,3-dioxygénase 1 (IDO-1). L’IDO-1 est la seule des trois enzymes dont l’expression est induite par des stimuli pro-inflammatoires tels que l’IFN-γ, le TNF-α ainsi que des produits bactériens et viraux. De plus, son expression est induite de manière particulièrement importante au cours de la maturation des cellules dendritiques (DC) qui jouent un rôle clé, tant dans les réponses immunes innées qu’adaptatives. Par conséquent, outre la production d’un cofacteur essentiel du métabolisme cellulaire, le catabolisme du tryptophane participe également à la régulation de la réponse immune. <p><p>En effet, la fonction d’agent antimicrobien fut la première attribuée à l’IDO-1 parce qu’en réponse aux stimuli inflammatoires, celle-ci dégrade le tryptophane et limite la prolifération d’organismes pathogènes auxotrophes pour cet acide aminé. Ensuite, l’inhibition de l’activité catalytique de l’IDO-1 par une approche pharmacologique permit de mettre en évidence la contribution de cette enzyme au phénomène de tolérance maternelle pour les fœtus semi-allogéniques qu’elle porte. Enfin, sa participation à la tolérance périphérique fut proposée étant donné sa capacité à induire le développement de Treg ou à leur servir de mécanisme effecteur. Cependant, ces deux dernières fonctions ne sont pas très claires puisque les souris invalidées pour le gène de l’IDO-1 (IDO-1-/-) ne présentent ni défaut reproducteur, ni signe d’auto-immunité spontanée.<p><p>Comme deux publications récentes suggéraient que l’inhibition pharmacologique de l’IDO-1 affecte la maturation des moDC humaines, nous avons effectué une analyse détaillée du compartiment immunitaire des souris IDO-1-/-, avec une attention toute particulière pour les DC. Au début, nous avons également constaté un important défaut de la maturation des BMDC IDO-1-/- générées in vitro en présence de GM-CSF. Cependant, le défaut se révéla extrêmement dépendant des conditions de culture, puisqu’un changement de substrat de culture ou de facteur de croissance suffit à restaurer une maturation normale de ces cellules. De même, l’analyse de la maturation des DC spléniques démontra de manière claire que l’IDO-1 n’est certainement pas essentielle à la maturation des DC in vivo.<p> <p>Nous avons ensuite montré que l’expression fonctionnelle d’IDO-1 protège les cellules et potentiellement les souris qui l’expriment lorsqu’elles sont soumises à des stress oxydatifs, suggérant que l’IDO-1 puisse consommer les anions O2- afin d’assurer son activité catalytique. Contre toute attente, nous avons ensuite constaté que les souris IDO-1-/- survivent plus longtemps aux infections par la forme pléiomorphe du parasite Trypanosoma brucei brucei. Bien que la levée de l’inhibition de la lymphoprolifération chez les souris IDO-1-/- soit l’explication la plus évidente de l’augmentation de leur survie, nous suggérons plutôt que c’est la perte de la fonction antioxydante de l’IDO-1-/- qui leur confère cette résistance. <p><p>En conclusion, l’IDO-1 ne semble pas jouer un rôle important dans la différenciation et maturation des cellules dendritiques. Nos observations préliminiares indiquent cependant que cette enzyme pourrait jouer un rôle anti-oxydant, et protége donc les cellules dendritiques d’un stress oxydant potentiellement causé lors des réponses innées anti-microbiennes.<p> / Doctorat en sciences, Spécialisation biologie moléculaire / info:eu-repo/semantics/nonPublished

L'objectif de cette thèse est l'investigation de nouvelles méthodes de surface de réponse afin de réaliser l'analyse de sensibilité de modèles numériques complexes et coûteux en temps de calcul. Pour ce faire, nous nous sommes intéressés aux méthodes basées sur la décomposition ANOVA. Nous avons proposé l'utilisation d'une méthode basée sur les splines de lissage de type ANOVA, alliant procédures d'estimation et de sélection de variables. L'étape de sélection de variable peut devenir très coûteuse en temps de calcul, particulièrement dans le cas d'un grand nombre de paramètre d'entrée. Pour cela nous avons développé un algorithme de seuillage itératif dont l'originalité réside dans sa simplicité d'implémentation et son efficacité. Nous avons ensuite proposé une méthode directe pour estimer les indices de sensibilité. En s'inspirant de cette méthode de surface de réponse, nous avons développé par la suite une méthode adaptée à l'approximation de modèles très irréguliers et discontinus, qui utilise une base d'ondelettes. Ce type de méthode a pour propriété une approche multi-résolution permettant ainsi une meilleure approximation des fonctions à forte irrégularité ou ayant des discontinuités. Enfin, nous nous sommes penchés sur le cas où les sorties du simulateur sont des séries temporelles. Pour ce faire, nous avons développé une méthodologie alliant la méthode de surface de réponse à base de spline de lissage avec une décomposition en ondelettes. Afin d'apprécier l'efficacité des méthodes proposées, des résultats sur des fonctions analytiques ainsi que sur des cas d'ingénierie de réservoir sont présentées. / The purpose of this thesis is to investigate innovative response surface methods to address the problem of sensitivity analysis of complex and computationally demanding computer codes. To this end, we have focused our research work on methods based on ANOVA decomposition. We proposed to use a smoothing spline nonparametric regression method, which is an ANOVA based method that is performed using an iterative algorithm, combining an estimation procedure and a variable selection procedure. The latter can become computationally demanding when dealing with high dimensional problems. To deal with this, we developed a new iterative shrinkage algorithm, which is conceptually simple and efficient. Using the fact that this method is an ANOVA based method, it allows us to introduce a new method for computing sensitivity indices. Inspiring by this response surface method, we developed a new method to approximate the model for which the response involves more complex outputs. This method is based on a multiresolution analysis with wavelet decompositions, which is well known to produce very good approximations on highly nonlinear or discontinuous models. Finally we considered the problem of approximating the computer code when the outputs are times series. We proposed an original method for performing this task, combining the smoothing spline response surface method and wavelet decomposition. To assess the efficiency of the developed methods, numerical experiments on analytical functions and reservoir engineering test cases are presented.

Les nématodes à galles du genre Meloidogyne peuvent provoquer des pertes de récolte importantes chez de nombreuses plantes d’intérêt agronomique, comme le caféier (Coffea arabica). Dans ce travail, une variété de C. arabica (UFV 408-28) résistante à M. incognita a été identifiée et les réponses de résistance de la plante ont été caractérisées aux plans histologique et moléculaire. La résistance du génotype UFV 408-28 s’exprime par une réaction de type hypersensibilité (RH), avec mort cellulaire au site d’infection. L’infection par M. incognita est stoppée avant la formation des sites nourriciers. Chez la plante sensible (IAC15), le développement du nématode se poursuit jusqu’à la production d’oeufs dans les galles, le cycle complet durant environ 45 jours. L’étude comparative des réponses moléculaires des deux génotypes entre 4 et 6 jai montre une spécificité de l’expression des gènes associée à la RH ou à la sensibilité. Dans le génotype résistant, l’expression de gènes liés à la voie de résistance dépendante du acide salicylique, ou à la voie des composés phénylpropanoides, est particulièrement modifiée. L’identification de gènes impliqués dans l'expression de la résistance, et pouvant être utilisés comme marqueurs de sélection offre de nouvelles perspectives pour améliorer les variétés commerciales de café. En parallèle, la transformation génétique de C. arabica a été développée à l’aide du gène rapporteur uidA (GUS), permettant désormais d’envisager le transfert de gènes d’intérêt pour étudier leur rôle dans la résistance aux nématodes. / Os nematoides da galha do gênero Meloidogyne provocam perdas importantes na produção de numerosas plantas de interesse agronômico, como o cafeeiro (Coffea arabica). Neste trabalho foi identificado o acesso UFV 408-28 de C. arabica resistente à M. incognita e foram caracterizadas as respostas de resistência da planta nos níveis histológico e molecular. A resistência do genótipo UFV 408-28 se exprime por uma reação do tipo hipersensível (RH), com morte celular no local da infecção. A infecção por M. incognita é bloqueada antes de haver a formação de sítios de alimentação. Na planta suscetível (IAC15), o desenvolvimento do nematoide prossegue até a produção de ovos nas galhas, sendo que o ciclo se completa em aproximadamente 45 dias. O estudo comparativo das respostas moleculares dos dois genótipos entre 4 e 6 dias após infecção mostraram uma especificidade da expressão dos genes associados à RH ou à suscetibilidade. No genótipo resistente, a expressão de genes ligados à via de resistência dependente do ácido salicílico, ou à via dos compostos fenilpropanoides, é particularmente modificada. A identificação dos genes implicados na expressão da resistência pode ser utilizada no desenvolvimento de marcadores de seleção para o melhoramento de variedades comerciais de cafeeiro. Em paralelo, a transformação genética de C. arabica foi desenvolvida com o auxílio do gene repórter uidA (GUS), permitindo assim a possibilidade de transferência de genes para o estudo do seu respectivo envolvimento na resistência aos nematoides.

Les évolutions récentes des prix des actifs (actions, immobilier) enregistrées au cours de la dernière décennie ont ravivé le débat sur l'origine de certains dés ajustements (bulles) et sur leur impact dans l'économie réelle. En effet les prix des actifs réagissent à l'excès de création monétaire (la base monétaire mondiale croissant plus vite que la production mondiale) dans un régime de basse inflation. Cette thèse cherche à éclaircir le lien entre les conditions de liquidité et les prix contribuant à rendre les économies plus sensibles aux chocs financiers (par exemple à la suite de l'éclatement d'une bulle des prix des actifs). Nous avons vu ensuite, dans quelle mesure la politique monétaire doit réagir face à cette menace par une analyse des implications de l'existence de l'excès de liquidité monétaire sur la politique d' « inflation targeting » de la banque centrale. Pour résorber l'excès de liquidité et assurer la stabilité financière, les banques centrales doivent-elles tenir compte des prix d'actifs dans la formulation de la politique monétaire? / Recent developments in asset prices (stocks, real estate) during the last decade have revived the debate on the origin of some unbalances (bubbles) and their impact on the real economy. Indeed asset prices respond to liquidity glut (the global monetary base growing faster than world production) in a low inflation regime. In this thesis, we try to clarify the relationship between liquidity conditions and prices which may render economies more vulnerable to financial shocks (e.g. as a result of the bursting of asset prices bubble). Thereafter, we examine how monetary policy should respond to this threat by analyzing the implications of the existence of liquidity glut on the "inflation targeting" policy. To deal with liquidity glut and ensure financial stability, should central banks have to consider asset prices in their design of monetary policy?