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Fabrication and use of new solid state phosphate ion selective electrodes for monitoring phosphorylation and dephosphorylation reactions

Enemchukwu, Emeka Martin 06 1900 (has links)
Highly selective and sensitive phosphate sensors have been fabricated by constructing a solid membrane disk consisting of variable mixtures of aluminium powder (Al), aluminium phosphate (AlPO4) and powdered copper (Cu). Both binary and ternary electrode systems are produced depending on their composition. The ternary membranes exhibit greater selectivity over a wide range of concentrations. The ternary electrode with the composition 25% AlPO4, 25% Cu and 50% Al was selected as our preferred electrode. The newly fabricated ternary membrane phosphate selective electrodes exhibited linear potential response in the concentration range of 1.0 × 10−6 to 1.0 × 10−1 mol L−1. The electrodes also exhibit a fast response time of <60 s. Their detection limit is 1.0 × 10−6 mol L−1. The unique feature of the described electrodes is their ability to maintain a steady and reproducible response in the absence of an ionic strength control. The electrodes have a long lifetime and can be stored in air when not in use. The selectivity of the new phosphate selective electrodes with respect to other common ions is excellent. The results obtained provide further insight into the working principles of the newly fabricated phosphate selective electrodes. Dephosphorylation and phosphorylation reactions were monitored using the preferred phosphate selective electrode. The following reactions were studied and inferences drawn; (a) the reactions between *[{CoN4(OH)(OH2)}]2+ and *[OH(PO2O)]2- for 1:1, 2:1 and 3:1 *[{CoN4(OH)(OH2)}]2+ to *[OH(PO2O)]2- ratios.(b) the reactions between *[{CoN4(OH)(OH2)}]2+ and *[O2NC6H4PO2(O)(OH)]- for 1:1, 2:1 and 3:1 *[{CoN4(OH)(OH2)}]2+ to *[O2NC6H4PO2(O)(OH)]- ratios. (c) the reactions between *[{CoN4(OH)(OH2)}]2+ and *[(OH)2(PO2)2O]2- for 1:1, 2:1 and 3:1 [{CoN4(OH)(OH2)}]2+ to *[(OH)2(PO2)2O]2- ratios, and (d) the reactions between *[{CoN4(OH)(OH2)}]2+ and *[(OH)2(PO2)3O2]3- for the 1:1, 2:1 and 3:1 [{CoN4(OH)(OH2)}]2+ to *[(OH)2(PO2)3O2]3- ratios. Further insight into dephosphorylation and phosphorylation reactions is unravelled by the novel phosphate selective electrode monitoring. *For clarity of the complexes utilized, see chapter 4, table 4.1. KEY WORDS; Dephosphorylation, phosphorylation, ion selective electrodes, phosphate ion selective electrode, decontamination, electromotive force, potential difference, activity, concentration, selectivity coefficient, calibration, ionic strength, hydrolysis, inorganic phosphates, nitrophenylphosphate, pyrophosphate, tripolyphosphate, organophosphate esters. / Chemistry / D.Phil (Chemistry)
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Reference frames for planning reach movement in the parietal and premotor cortices

Taghizadeh, Bahareh 17 February 2015 (has links)
No description available.
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The biasing of the 5-HT4 receptor as an antidepressant target

Trottier, Giacomo 04 1900 (has links)
La dépression majeure peut être très dommageable pour le 8% des Nord-Américains qui en souffriront au moins une fois durant leur vie. Les traitements actuels de la dépression ont été créés grâce à la compréhension de l'hypothèse de la monoamine; où les transporteurs de la sérotonine ou les enzymes sont bloqués ou inhibés afin de maintenir le neurotransmetteur (NT) dans la fente synaptique. Sur une période de plusieurs semaines, cette augmentation de NT encourage la plasticité synaptique, ce qui augmente la sensibilité de réponse de 5-HT dans la fente synaptique. Cette forme de traitement est efficace chez 40% des patients, tandis que les 60% restants ont une réponse partielle ou nulle. Dans les modèles de dépression chez la souris des changements dans les niveaux de phosphorylation de CREB sont corrélés aux effets antidépresseurs (AD). Dans le cas RS67333, des effets AD apparaissent après 2 à 3 jours de traitement. Les effets anti-anhédoniques sont démontrés par la réponse au traitement. RS67333 est un agoniste spécifique du récepteur 5-HT4, un récepteur couplé à la protéine G (GPCR) qui est généralement situé, après synapses, dans les régions du système limbique. Il existe d'autres ligands qui sont également spécifiques au récepteur 5-HT4: 5-HT, Zacopride, Prucalopride et ML10302, mais les mêmes effets anti-anhédoniques constatés lors de RS67333 n’ont pas été observés. Comment RS67333 est-il différent des autres en termes de signalisation? Nous avons utilisé le transfert d’énergie par résonnance de bioluminescence (BRET) pour étudier les interactions 5-HT4R avec les sous-unités, α β γ de la protéine G et nous avons comparé ces associations avec d'autres agonistes connus de 5-HT4. Nous avons constaté que RS67333 est un agoniste partiel et qu’il active un changement conformationnel de la protéine Gαs, mais n’active pas un changement conformationnel de la protéine Gαo. Prucaloride, 5-HT et Zacopride induisent aussi un changement de conformation du complexe Gαs, mais pas ML10302. Pour la formation de Gαo, Prucalopride, ML10302 et 5-HT agissent comme des agonistes, mais pas zacopride ni RS67333. Nous avons utilisé un test de dosage immuno-enzymatique sur support solide (ELISA) pour mesurer l’intériorisation induite par les ligands pour étudier la régulation des récepteurs. Nous avons constaté que RS67333 et ML10302 n’induisent pas l'internalisation du récepteur, tandis que zacopride, prucalopride et 5-HT sont très efficaces. L'efficacité sous-optimale des ADs actuels met l’accent sur la nécessité de développer des médicaments avec d'autres mécanismes d'action. RS67333 a des effets persistants anti-anhédoniques après une courte période de temps, et d'autres études de ses propriétés de signalisation pourraient donner lieu à une nouvelle génération d’antidépresseurs rapides de longue durée d’action. / Major Depression can be very damaging on the 8% of North Americans that will have it at least once within their lifetime. Current treatments of depression have been developed through the understanding of the monoamine hypothesis; whereby serotonin (5-HT) transporters or enzymes are blocked or inhibited in order to maintain the neurotransmitter in the synaptic cleft. Over a period of several weeks this increase in NT induces synaptic plasticity which increases the response sensitivity of 5-HT in the synaptic cleft. This form of treatment is effective on 40% of patients, while the remaining 60% have partial or no response. In mouse models of depression, changes in phosphorylation levels of CREB correlated to antidepressants (AD) effects. In the case of RS67333 AD effects appear within 2-3 days of treatment. The response can be evidenced as anti- anhedonic. RS67333 is specific agonist for 5-HT4 receptor, a G protein coupled receptor (GPCR) that is typically located post synaptically, in limbic regions. There are other ligands that are also specific to receptor 5-HT4: 5-HT, Zacopride, prucalopride and ML10302, but have not been observed to have the same anti-anhedonia effects of RS67333. How does RS67333 differ from the others in terms of signaling? We used bioluminescence resonance energy transfer (BRET) to study the interactions of 5-HT4R with the α β γ subunits of the G protein and we compared these associations with other known 5-HT4 agonists. We found that RS67333 was a partial agonist and activated a conformational change of the Gαs protein but did not activate a conformational change of Gαo protein. Prucaloride, 5-HT and Zacopride also induced a conformational change of the Gαs complex but not ML10302. For the formation of Gαo, Prucalorpide, ML10302 and 5-HT acted as agonists, but not Zacopride. We used an ELISA assay to measure ligand induced internalization to study receptor regulation. We found that RS67333 and ML10302 did not induce receptor internalization, while Zacopride, Prucalopride and 5-HT were very effective. The suboptimal efficacy of current ADs stresses the need to develop drugs with other mechanisms of action. RS67333 has persistent anti-anhedonia effects after a short period of time and further studies of its signalling properties may open up a new generation of fast and long acting antidepressants.
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Le financement public de l’enseignement supérieur et ses impacts au Pérou : une analyse longitudinale (1993 – 2003)

Gorritti, Luis Eduardo 09 1900 (has links)
Cette recherche porte sur le financement public de l’enseignement supérieur au Pérou et ses impacts dans une perspective longitudinale couvant la période 1993-2003. Cette période est importante parce qu’elle a été témoin, dans ce pays, de changements majeurs aux plans du financement public et de la configuration du système d’enseignement supérieur. La recherche consiste principalement dans des analyses secondaires de données pertinentes publiées par des organismes nationaux et internationaux. Les analyses sont structurées à partir d’un schéma d’inputs et outputs. On considère comme inputs les ressources financières et les ressources humaines, lesquelles comprennent les professeurs et les étudiants, et comme outputs les taux de diplomation (efficacité interne) et la demande de diplômés par le marché du travail (efficacité externe). La théorie de la dépendance de ressources sert de cadre pour interpréter les rapports entre le financement public et ses incidences sur les réponses institutionnels et ses conséquences. Dans la période retenue, le financement du secteur public a décru de 32% en raison d’un désengagement progressif de l’État. Une conséquence majeure de la diminution du financement public a été la croissance rapide du secteur privé de l’enseignement supérieur. En effet, alors qu’en 1993 il y avait 24 institutions privées d’enseignement supérieur, il y en avait, en 2003, 46 institutions. La baisse du financement public et la croissance du secteur privé d’enseignement supérieur ont eu des incidences sur la sélectivité des étudiants, sur le statut des professeurs, sur l’implication des universités en recherche et sur les taux de diplomation. Le taux de sélectivité dans le secteur public a augmenté entre 1993 et 2003, alors que ce taux a diminué, dans la même période, dans le secteur privé. Ainsi, le secteur public répond à la diminution du financement en restreignant l’accès à l’enseignement supérieur. Le secteur privé, par contre, diminue sa sélectivité compensant ainsi l’augmentation de la sélectivité dans le secteur public et, par le fait même, augmente sa part de marché. Également, tant dans le secteur public que dans le secteur privé, les professeurs sont engagés principalement sur une base temporaire, ce qui se traduit, particulièrement dans le secteur privé, dans un moindre engagement institutionnel. Enfin, les universités publiques et privées du Pérou font peu de recherche, car elles favorisent, pour balancer leurs budgets, la consultation et les contrats au détriment de la recherche fondamentale. Paradoxalement, alors que, dans le secteur privé, les taux de sélectivité des étudiants diminuent, leurs taux de diplomation augmentent plus que dans le secteur public. Enfin, les formations avec plus d’étudiants inscrits, tant dans le secteur public que privé, sont les moins coûteuses en infrastructure et équipements. Dès lors, la pertinence de la production universitaire devient problématique. Cette recherche révèle que les organisations universitaires, face à un environnement où les ressources financières deviennent de plus en plus rares, développent des stratégies de survie qui peuvent avoir des incidences sur la qualité et la pertinence de l’enseignement supérieur. / This research deals with public financing of higher education in Peru and its impacts in a longitudinal perspective. It covers a ten-year period from 1993 to 2003. This period is important since this country witnessed major changes in public financing of higher education and in the configuration of its higher education system. The research is based mainly in secondary analyses of relevant data published by national as well as international agencies. Analyses are conducted within an input-output scheme. Financial and human resources (professors and students) are considered inputs, and graduation rates (internal effectiveness) and market labour demands as outputs (external effectiveness). Dependency theory is used as framework for the interpretation of the relationships between public financing and institutional responses and its consequences. In the period considered, public financing diminished by 32% resulting from a progressive disengagement of the State. A major consequence of this disengagement was the rapid growth of the private sector of higher education. While in 1993 there were 24 private institutions of higher education, ten years later there were 46 institutions. The decline in public financing and the growth of the private sector of higher education had measurable consequences on selectivity rates, professorial status, research involvement, and graduation rates. Selectivity rates in the period considered increased in public institutions but decreased in the private ones. Thus the public sector reacted to the decline in financing by becoming more selective; the private sector responded to the increase in selectivity in the public sector by decreasing its rates which translates into a higher student market share. Also, in both sectors, professors are hired on a part-time basis which impacts on participation to academic life and on research production. Moreover, universities, both public and private, favoured applied contractual research as a means of gaining alternative funding to compensate for scarce financial resources. Paradoxically, whereas in the private sector selectivity rates diminished in the decade considered, graduation rates increased and so more than in the public sector. Finally, training programs with higher enrolments in both public and private sectors are those which require less investment in infrastructure and equipments without consideration of societal relevancy. This research reveals that higher education organisations which face an environment with diminishing financial resources devise survival strategies which might have a negative impact on the quality and relevance of higher education.
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Use of cellular impedance to characterize ligand functional selectivity at G protein-coupled receptors

Stallaert, Wayne 12 1900 (has links)
Les récepteurs couplés aux protéines G (RCPGs) représentent la plus grande famille de cibles thérapeutiques pour le traitement d’une panoplie de pathologies humaines. Bien que plusieurs décennies de recherche aient permis de façonner nos connaissances sur ces protéines membranaires, notre compréhension des déterminants moléculaires de leur activité signalétique reste encore limitée. De ces domaines de recherche, une avancée récente a mis à jour un nouveau phénomène, appelé sélectivité fonctionnelle des ligands, qui a bouleversé les paradigmes décrivant leu fonctionnement de ces récepteurs. Ce concept émane d’observations montrant que l’activité pharmacologique de certains ligands n’est pas nécessairement conservée sur tout le répertoire signalétiques connu du récepteur et peu se restreindre à l'activation sélective d’un sous-groupe de voies de signalisation.Ce nouveau modèle pharmacologique de l'activation des RCPG ouvre de nouvelles possibilités pour la découverte de médicaments plus efficace et sûr, ciblant les RCPGs. En effet, il permet la conception de molécules modulant spécifiquement les voies signalétiques d’intérêt thérapeutique, sans engager les autres voies qui pourraient mener à des effets secondaires indésirables ou de la tolérance. Cette thèse décrit l'utilisation d'une nouvelle approche sans marquage, basée sur la mesure du changement l'impédance cellulaire. Par la mesure des changements cellulaires, comme la morphologie, l’adhésion et/ou la redistribution des macromolécules, cette approche permet de mesurer de façon simultanée l'activité de plusieurs voies de signalisation impliqués dans ces réponses. Utilisant le récepteur β2-adrénergique (β2AR) comme modèle, nous avons démontré que les variations dans l’impédance cellulaire étaient directement liées à l’activation de multiples voies de signalisation suite à la stimulation du récepteur par son ligand. L’agoniste type du β2AR, l’isoprotérénol, s’est avéré induire une réponse d’impédance dose-dépendante constituée, dans le temps, de plusieurs caractéristiques distinctes pouvant être bloquées de façon compétitive par l’antagoniste ICI118,551 Par l’utilisation d’inhibiteurs sélectifs, nous avons été en mesure de déterminer la contribution de plusieurs voies signalétiques canoniques, comme les voies dépendantes de Gs et Gi, la production d’AMPc et l’activation de ERK1/2, sur ces changements. De plus, la dissection de la réponse d’impédance a permis d’identifier une nouvelle voie de mobilisation du Ca2+ contribuant à la réponse globale des changements initiés par la stimulation du β2AR. Dans une autre étude, nous avons rapporté que la réponse calcique induite par le β2AR serait attribuable à une transactivation Gs-dépendant du récepteur purinergique P2Y11, lui-même couplé à la protéine Gq. La mesure d’impédance permettant de distinguer et de décrire une pléiade d’activités signalétiques, nous avons émis l’hypothèse que des ligands arborant des profils signalétiques différents généreraient des réponses d’impédance distinctes. Le criblage d’une librairie de ligands spécifiques au β2AR a révélé une grande variété de signatures d’impédance. Grâce au développement d’une approche computationnelle innovatrice, nous avons été en mesure de regrouper ces signatures en cinq classes de composés, un regroupement qui s’est avéré hautement corrélé avec le profil signalétique des différents ligands. Nous avons ensuite combiné le criblage de composés par impédance avec l’utilisation d’inhibiteurs sélectifs de voies signalétiques afin d’augmenter la résolution du regroupement. En évaluant l’impact d’une voie signalétique donnée sur la signature d’impédance, nous avons été en mesure de révéler une plus grande variété de textures parmi les ligands. De plus, cette méthode s’est avérée efficace pour prédire le profil signalétique d’une librairie de composés non caractérisés, ciblant le β2AR. Ces travaux ont mené à l’élaboration d’une méthode permettant d’exprimer visuellement la sélectivité fonctionnelle de ligands et ont révélé de nouvelles classes de composés pour ce récepteur. Ces nouvelles classes de composés ont ensuite été testées sur des cardiomyocytes humains, confirmant que les composés regroupés dans différentes classes produisent des effets distincts sur la contractilité de ces cellules. Globalement, ces travaux démontrent la pertinence de l’utilisation de l’impédance cellulaire pour une évaluation précise des différences fonctionnelles parmi les composés ciblant les RCPGs. En fournissant une représentation pluridimensionnelle de la signalisation émanant des RCPGs à l’aide d’un seul essai ne requérant pas de marquage, les signatures d’impédance représentent une stratégie simple et innovante pour l’évaluation de la fonctionnalité sélective des ligands. Cette méthode pourrait être d’une grande utilité dans le processus de découverte de nouveaux médicaments. / G protein-coupled receptors (GPCRs) represent the largest family of therapeutic targets for the treatment of a wide variety of human pathologies. Decades of research have provided an extensive base of knowledge about these fascinating membrane proteins, yet significant advancements in the understanding of the structural and functional details of these important drug targets continue to accumulate to this day. One such area of research in particular that has caused a paradigm shift in the way we conceptualize receptor function is a recently identified phenomenon known as ligand functional selectivity. This concept refers to the numerous observations that the pharmacological activity of a ligand at a given receptor is not always conserved over all possible signalling events engaged by the receptor, often resulting in the selectivity of a ligand to modulate only a subset of the receptor’s signalling repertoire. This model of receptor activity reveals exciting new possibilities for the discovery of safer and more efficacious drugs targeting GPCRs; through the design of drugs specifically targeting the pathway of therapeutic interest without modulating other, uninvolved pathways which could lead to tolerance or adverse effects. This thesis will describe the use of a novel, label-free technique based on cellular impedance to further characterize ligand functional selectivity at GPCRs. By measuring changes in higher-order cellular responses, such as changes in morphology, adhesion and redistribution of macromolecules, this approach provides a means to simultaneously measure the activity of multiple signalling pathways converging on these responses. Using the β2-adrenergic receptor (β2AR) as a model system, we have demonstrated that changes in cellular impedance reflect the activity of multiple signalling events elicited following ligand stimulation of the receptor. Isoproterenol, the prototypical agonist of the β2AR, was found to elicit a dose-dependent impedance response consisting of multiple, discrete features over time, which could be blocked in a competitive manner by the antagonist ICI118,551. Using pathway-selective inhibitors, we were able to dissect the contribution of many of the canonical pathways activated by the β2AR, including Gs- and Gi-dependent signalling, as well as cAMP production and ERK1/2 activation. Furthermore, through the pharmacological dissection of this impedance response, we identified a novel Ca2+ mobilization pathway that contributes to the overall cellular response to β2AR stimulation. In a separate study of the mechanism generating this β2AR-promoted Ca2+ response, we revealed a Gs-dependent transactivation mechanism of the Gq-coupled P2Y11 purinergic receptor. Given the ability of impedance measurements to capture this pleiotropic signalling activity, we then reasoned that ligands exhibiting different signalling profiles should generate distinct impedance signatures. In screening a library of functionally selective compounds targeting the β2AR, we obtained a wide variety of impedance signatures. Through the development of a novel computational approach, we were able to cluster these signatures into five distinct compounds classes, which were highly correlated with signalling profiles of the ligands. In an extension of this approach, we then combined impedance screening with the use of pathway-selective inhibitors to determine if this would provide greater resolution in distinguishing among functionally distinct compounds. By assessing if and how a given signalling pathway contributes to a ligand’s impedance signature, we were able to reveal even more texture among ligands targeting the β2AR. Furthermore, this approach was found to be predictive of the signalling profiles of a library of uncharacterized compounds for the β2AR. This work led to the development of a visualization method to express ligand functional selectivity and revealed potentially novel classes of compounds for the receptor. These compound classes were then validated in human cardiomyocytes, confirming that compounds clustering into different classes produced distinct effects on cardiomyocyte contractility. Altogether, this work demonstrates the ability of cellular impedance to accurately measure functional differences among compounds targeting GPCRs. In providing a representation of the pluridimensionality of GPCR signalling using a single, label-free assay, impedance profiling represents an innovative strategy to assess ligand functional selectivity and may be a valuable addition to future drug discovery campaigns.
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Academic Lineage and Student Performance in Medical School

Wright, James Scott 08 1900 (has links)
This research investigated the association between academic lineage and student performance in medical school. The purposes of the study were to: (1) determine whether the Carnegie classifications of medical school applicants' institutions of origin are associated with academic performance in medical school; (2) consider the relationship between the admission selectivity of the schools of origin and the academic performance of medical school students; (3) compare the performance of medical students from institutions under public governing control with students from privately controlled institutions; and (4) establish a model by which the relative academic strengths of applicants from a variety of undergraduate institutions can be understood more clearly based on the previous performance of medical students from schools with similar institutional characteristics. A review of the literature on medical school admissions was completed and used to develop this research. Medical students from the University of Texas Southwestern Medical Center at Dallas who enrolled between the years 1990 and 1994 and graduated or were dismissed between the years 1994 and 1998 were selected as the sample for the study (n=933). The undergraduate institution of origin for each student was coded based on its Carnegie classification, admissions selectivity group, and whether its governing control was public or private. Because the sample was not randomly selected and the data likely would not meet the assumptions of equal means and variance with the population, nonparametric analyses of variance and multiple comparison tests were completed to compare the groups of the independent variables over each dependent variable. The analyses revealed that for the sample of medical students selected for this study there was an association between academic lineage and student performance in medical school. Differences were found among Carnegie classifications on the dependent variables of cumulative medical school grade point average, class rank, failure rate, and score on Step 1 of the United States Medical Licensure Examination. Further, it was found that admission selectivity was also associated with student performance in medical school for each dependent variable except failure rate. Finally, the study results indicated no association between public or private governing control and student performance in medical school.
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Pattern formation in neural circuits by the interaction of travelling waves with spike-timing dependent plasticity

Bennett, James Edward Matthew January 2014 (has links)
Spontaneous travelling waves of neuronal activity are a prominent feature throughout the developing brain and have been shown to be essential for achieving normal function, but the mechanism of their action on post-synaptic connections remains unknown. A well-known and widespread mechanism for altering synaptic strengths is spike-timing dependent plasticity (STDP), whereby the temporal relationship between the pre- and post-synaptic spikes determines whether a synapse is strengthened or weakened. Here, I answer the theoretical question of how these two phenomenon interact: what types of connectivity patterns can emerge when travelling waves drive a downstream area that implements STDP, and what are the critical features of the waves and the plasticity rules that shape these patterns? I then demonstrate how the theory can be applied to the development of the visual system, where retinal waves are hypothesised to play a role in the refinement of downstream connections. My major findings are as follows. (1) Mathematically, STDP translates the correlated activity of travelling waves into coherent patterns of synaptic connectivity; it maps the spatiotemporal structure in waves into a spatial pattern of synaptic strengths, building periodic structures into feedforward circuits. This is analogous to pattern formation in reaction diffusion systems. The theory reveals a role for the wave speed and time scale of the STDP rule in determining the spatial frequency of the connectivity pattern. (2) Simulations verify the theory and extend it from one-dimensional to two-dimensional cases, and from simplified linear wavefronts to more complex realistic and noisy wave patterns. (3) With appropriate constraints, these pattern formation abilities can be harnessed to explain a wide range of developmental phenomena, including how receptive fields (RFs) in the visual system are refined in size and topography and how simple-cell and direction selective RFs can develop. The theory is applied to the visual system here but generalises across different brain areas and STDP rules. The theory makes several predictions that are testable using existing experimental paradigms.
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Interakční preference v komplexech protein - DNA. / Interaction preferences in protein - DNA complexes

Jakubec, Dávid January 2015 (has links)
Interaction preferences in protein - DNA complexes Dávid Jakubec Abstract Interactions of proteins with DNA lie at the basis of many fundamental bio- logical processes. Despite ongoing efforts, the rules governing the recognition of specific nucleic acid sequences have still not been universally elucidated. In this work, I attempt to explore the recognition process by splitting the intricate network of contacts at the protein - DNA interface into contribu- tions of individual amino acid - nucleotide pairs. These pairs are extracted from existing high-resolution structures of protein - DNA complexes and in- vestigated by bioinformatics and computational-chemistry based methods. Criteria of specificity based on the coupling of observed geometrical prefer- ences and the respective interaction energies are introduced. The application of these criteria is used to expand the library of amino acid - nucleotide pairs potentially significant for direct sequence recognition. Electrostatic poten- tial maps are calculated for individual nucleotides as well as for selected complexes to investigate the physical basis of the observed specificity. 1
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Etude de l'acylation sélective de composés multifonctionnels par voie enzymatique : Application à la synthèse de pseudo-céramides / Study of the selective enzymatic acylation of multifunctional compounds : Application to pseudo-ceramide synthesis

Le Joubioux, Florian 20 April 2012 (has links)
Les céramides sont des lipides de la classe des sphingolipides issus de la N-acylation d’une base sphingoide par un acide gras. Ces lipides et leurs analogues suscitent un grand intérêt comme composants actifs dans les industries pharmaceutique et cosmétique. Parmi les biocatalyseurs capables de réaliser la synthèse de ce type de lipide, la lipase B de Candida antarctica semble être l’enzyme la plus adaptée à la production de « pseudo-céramides » à partir d’amino-polyols. Dans ce contexte, nous avons abordé l’étude de l’acylation de composés de type « amino-alcool »catalysée par la lipase B de Candida antarctica, en gardant à l'esprit une approche fondamentale afin d’élargir les connaissances actuelles sur ce sujet. La première partie de notre travail a ainsi traité de l’étude cinétique de l’acylation de composés monofonctionnels afin de déterminer les mécanismes réactionnels et l’énantio sélectivité de la lipase B de Candida antarctica pour les réactions de N-acylation et de O-acylation. Les parties suivantes de notre travail ont porté sur une étude structure-réactivité du substrat accepteur d’acyle et sur l’étude de l’influence du solvant utilisé (solvant organique ou liquide ionique) afin de déterminer les facteurs clés influençant la chimio sélectivité et la régio sélectivité de la lipase B de Candida antarctica lors de l’acylation de composés multifonctionnels de type « amino-alcool ». Finalement, à partir des connaissances acquises dans les différentes parties, nous avons développé et optimisé un procédé de synthèse enzymatique de « pseudo-céramides » (O,N-diacyl aminopropanediols) mis en oeuvre en réacteur continu à « lit fixe ». / Ceramides are lipids from the sphingolipide class derived from the N-acylation of a sphingoid base from a fatty acid. These lipids and their analogs are compounds of interest used as active components in pharmaceutical and cosmetic industries. Among biocatalysts able to synthesize this type of lipids, Candida antarctica lipase B appears to be the most appropriate enzyme for the production of "pseudo-ceramides" derived from amino-polyols. In this context, we have studied the acylation of amino-alcohol-like compounds catalyzed by Candida antarctica lipase B, keeping inmind a fundamental approach to expand the current knowledge on this subject. The first part of our work aimed to determine the reaction mechanisms and the enantio selectivity exhibited by Candida antarctica lipase B during O-acylation and N-acylation reactions, by conducting a kinetic study of mono functional compound acylation. In the following parts of our work, we performed a structurere activity study of the acyl acceptor substrate and evaluated the effect of the solvent used (organic solvent or ionic liquid) to determine the key factors influencing the chemo selectivity and the regio selectivity of the Candida antarctica lipase B-catalyzed acylation of polyfunctional amino alcohol compounds. Finally, starting from the knowledge acquired in the previous parts, we have developed and optimized an enzymatic process of “pseudo-ceramide” (O,N-diacylaminopropanediol) synthesis performed in a continuous packed-bed reactor.
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Influence de la morphologie 2D de la phase active sur la sélectivité des catalyseurs sulfures en HDS des essences / Influence of 2D morphology of active phase on selectivity of sulfide catalysts in HDS of gasoline

Baubet, Bertrand 24 April 2013 (has links)
Ce travail de thèse étudie l’influence de la morphologie des feuillets de sulfure de molybdène sur la sélectivité des catalyseurs d’hydrotraitement. Les feuillets de phase active présentent en effet deux types de bords appelés « M-edge » et « S-edge » susceptibles de conduire à des réactivités différentes. Le changement de la morphologie 2D des feuillets pourrait modifier les proportions de bords M et S exposés et ainsi les propriétés catalytiques des catalyseurs sulfures. Pour cela, des catalyseurs non promus (Mo) et promus (CoMo), supportés sur alumine ont été préparés par imprégnation à sec puis sulfurés dans des conditions variées (gaz et température). Des tests catalytiques en hydrodésulfuration (HDS) sélective des essences de FCC (sélectivité HDS/HYD) ont ensuite permis d’évaluer l’impact de la morphologie en s’appuyant sur des modèles géométriques construits à partir de calculs DFT et de caractérisations expérimentales (TEM, IR (CO), TPR, XPS). Les résultats obtenus pour les catalyseurs de type Mo semblent ainsi confirmer l’influence de la morphologie 2D sur la sélectivité HDS/HYD, le bord M paraissant être le plus sélectif pour les catalyseurs non promus. Ils mettent également en évidence l’importance de la réductibilité plus ou moins marquée des bords sur les propriétés catalytiques, notamment sur le bord M. Le changement des conditions de sulfuration semble donc affecter la morphologie des particules mais également les propriétés chimiques propres à chaque bord. En ce qui concerne les catalyseurs promus, la variation des conditions de sulfuration semble agir essentiellement au niveau de la répartition du promoteur entre les bords M et S. Cependant, les interactions avec le support paraissent constituer un frein aux effets de promotion. Dans ce contexte, les sulfurations à haute température sous H2S pur permettent d’obtenir des gains significatifs en activité et sélectivité. Ces résultats semblent dus à de faibles interactions avec le support et une décoration privilégiée du bord S qui pourrait favoriser la réaction d’HDS et limiter la réaction d’HYD. Au final, les interprétations effectuées en terme de morphologie 2D tendent à confirmer que ce paramètre peut constituer un axe de développement intéressant pour les catalyseurs d’hydrotraitement. L'optimisation des conditions de sulfuration permettraient bien de faire varier la morphologie et le taux de décoration du promoteur des catalyseurs, améliorant ainsi significativement l'activité et la sélectivité / This thesis examines the influence of the morphology of particles of molybdenum sulfide on selectivity of hydrotreating catalysts. Nanoparticles of active phase present two types of edges called “M-edge” and “S-edge” which may lead to different reactivities. The change in morphology of the 2D sheets could change the proportions of M and S edges exposed and thus the catalytic properties of sulfide catalysts. For this, non-promoted (Mo) and promoted (CoMo) catalysts, supported on alumina were prepared by dry impregnation and sulfide in various conditions (gas and temperature). Catalytic tests in selective hydrodesulfurization (HDS) of FCC gasoline (selectivity HDS /HYD) were then used to assess the impact of the morphology based on geometrical models which were constructed with DFT calculations and experimental characterizations (TEM, IR (CO), TPR, XPS). The results for Mo catalysts seem to confirm the influence of the 2D morphology selectivity HDS / HYD, M-edge appearing to be the most selective for non-promoted catalysts. They also highlight the importance of the reducibility more or less pronounced of the edges on the catalytic properties, especially on the M-edge. The different conditions of sulfidation seem to affect the morphology of the particles but also the specific chemical properties at each edge. Regarding to the promoted catalysts, the different conditions of sulfidation appear to act primarily at the distribution of the promoter between the M and S edges. However, interactions with the carrier appear to constitute an obstacle to promoting effects. In this context, sulfidations at high temperature in pure H2S lead to obtain significant gains in activity and selectivity. These results appear to be due to weak interactions with the carrier and to the presence of the promoter on the S-edge which could promote the HDS reaction and limit the HYD reaction. Finally, the interpretations made in terms of 2D morphology tend to confirm that this parameter can be an interesting line of development for hydrotreating catalysts. Optimization of the sulfidation conditions could effectively allow to vary the morphology and the rate of decoration of promoted catalysts which significantly improve the activity and selectivity

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