Alors même que les grandes priorités de la question du logement (loger, construire et habiter différemment, habiterl’existant, crises et contraintes) tendent à converger et à s’agréger à la charnière du changement de siècle, de nouvellesproblématiques, regroupées sous celle plus globale du développement durable, émergent et (ré)interrogent la productionde la ville. Les promoteurs immobiliers privés sont alors interpellés et mobilisés afin de répondre à cette nouvelleproblématique qui devient même prescription à la suite du Grenelle de l’environnement (2007). Les problématiquesde la durabilité proposent dès lors aux acteurs privés de la fabrique urbaine de se projeter sur une ligne de déclinaisonlogement-bâtiment-quartier-ville et à y opérer des allers-retours afin de répondre à la transversalité des composantes dela durabilité. D’un premier temps consacré au traitement énergétique du bâtiment et de son enveloppe, des promoteursse positionnent peu à peu à l’échelle du quartier durable et de la ville durable. Deux terrains d’études, l’écoquartierbordelais Ginko et la reconversion de l’entrepôt Macdonald, proposent d’éclaircir un pan encore peu approprié parla bibliographie : le portage privé d’opérations de quartiers durables. L’éclosion de l’urbanisme durable ouvre unedeuxième vie à ces deux opérations. Elle ouvre également de nouvelles opportunités aux acteurs privés pouvant opérerun balancement entre les échelles de la durabilité et en mesure de se projeter à l’échelle du quartier. Ce point derencontre, établi par une convergence d’intérêts communs entre acteurs publics et privés, permet alors aux promoteursaménageursde se poser comme force de proposition dans l’édification de quartiers durables. / At the turn of the century, as the great housing issues – finding homes, building, living differently, reusing thealready built, dealing with crises and constraints – are becoming more acute, new problems have emerged, under thebroader question of sustainable development, and thus questioning the way cities are organised. Therefore, privatereal estate developers are approached over this question, which has become urgent in the wake of the 2007 GrenelleEnvironment conference. From then on, faced with the issues of sustainable development, private contributors tourban construction need to take several scales into account at the same time – housing lot, building, neighbourhood,city – in order to address the many components of sustainability. Private developers first dealt with buildings’energetic treatments and outer structure, but are gradually considering whole sustainable neighbourhoods andcities. This study has focused on fieldwork in two areas : the Ginko eco-neighbourhood in Bordeaux and theconverted Macdonald warehouse. These have enabled us to analyze an understudied area of reasearch, i.e. privatefunding of sustainable neighbourhoods. The birth of sustainable urbanism gives a second life to those two places.It is also an opportunity for private developers to work both in terms of sustainable development, and on the scaleof entire neighbourhoods. This dual aspect, resulting from interests common to public and private actors, enablesreal estate developers to take a truly active part in the rise of sustainable neighbourhoods.

Ces travaux de thèse d’imagerie moléculaire et translationnelle proposent, sur des modèles murins, deux approches innovantes pour les thérapies géniques. La plupart des cancers sont associés à des dérégulations de l’expression génique et certains gènes sont surexprimés. L’utilisation de microARN (miARN) permet d’envisager une réduction de l’expression d’un gène spécifique mais il est nécessaire de limiter cette inhibition au tissu pathologique. L’utilisation des promoteurs thermo-inductibles couplés à un dépôt local de chaleur autorise un contrôle spatial et temporel de l’expression génique in vivo. Notre projet a été de coupler le contrôle spatio-temporel et l’inhibition d’un gène cible. A cette fin, un miARN synthétique a été placé sous contrôle du promoteur thermo-inductible Hsp70B pour induire l’inhibition d’un gène d’imagerie (luciférase firefly) surexprimé dans une tumeur. L’étude a été menée in vitro sur des lignées cellulaires génétiquement modifiées puis in vivo sur un modèle de xénogreffes chez la souris grâce au suivi en imagerie optique de bioluminescence (BLI). Nos résultats montrent la faisabilité d’induire transitoirement l’inhibition génique au sein d’une tumeur. L’induction est modulable par la température. Cette stratégie peut être couplée à des méthodes couramment utilisées en clinique et ouvre des perspectives thérapeutiques intéressantes. Notre travail de thèse s’intéresse également à l’utilisation d’ARN comme molécule thérapeutique pour la thérapie génique. L’électroporation intra-dermique d’ARN codant pour la luciférase permet de suivre et de quantifier in vivo par BLI l’expression génique. Plusieurs types d’ARN ont été utilisés pour comparer les efficacités respectives des différentes voies traductionnelles. Notre travail démontre que les ARN permettent l’expression transitoire, sans risque d’insertion génomique, d’un gène in vivo. Nous montrons ainsi tout le potentiel de l’utilisation des ARN en thérapie génique. / The present thesis work in molecular and translational imaging establishes two innovative approaches for gene therapy in mouse models. Abnormal regulation of gene expression is the hallmark of cancer, and some of them are overexpressed. MicroRNA (miRNA) can be used as tools to reduce specific gene expression but requires inhibition to be limited to the pathological tissue. Thermo-inducibles promoters associated with local hyperthermia allow for spatial and temporal control of gene expression in vivo. The goal of the present study was to achieve gene inhibition with spatio-temporal control of miRNA expression to inhibit a target gene. In our strategy, a synthetic miRNA was placed under transcriptional control of the heat-inducible promoter Hsp70B to induce inhibition of the imaging reporter gene firefly luciferase overexpressed in a tumor. The study was conducted both in vitro using genetically modified cells lines and in vivo using a xenograft model in mice monitored by optical bioluminescence imaging (BLI). Our data show the feasibility of transient induction and heat-modulation of gene inhibition within a tumor. This strategy can be performed with currently clinically available methods and thus, offers interesting therapeutics prospects. Our work also includes a study on RNA as therapeutic vector for gene therapy. The intradermic electroporation of RNA encoding the imaging reporter gene firefly luciferase allows to monitor and quantify gene expression by BLI in vivo. Several types of RNA have been used to investigate efficiency of the different translational mechanisms. Our data clearly demonstrate that RNA allows for transient gene expression in vivo without any risk of insertion into the target cell’s genome. Altogether, our data highlight the potential use of RNA in gene therapy.

Abidjan, capitale économique de la Côte d’Ivoire, connaît une forte pression démographique. Elle abrite aujourd’hui environ 4,5 millions d’habitants, soit 20% de la population nationale et 50% de la population urbaine. Cette situation induit une demande régulièrement en hausse de logements et de terrains urbains à bâtir. Pour faire face à cette demande, l'Etat est lancé dès les indépendances, dans une politique volontariste de production de logements et de terrains urbains, dont la mise en œuvre a nécessité la création de plusieurs structures publiques. Dans ce dispositif, l'Etat intervenait depuis la programmation jusqu’à la commercialisation des logements et la gestion des ensembles immobiliers réalisés. Il assurait par ailleurs la mise en place des infrastructures et des équipements socio collectifs. Mais suite à la crise économique des années 1980 il passe le relai au secteur privé et se cantonne à stimuler l'initiative privée et à moderniser les mécanismes de financement du secteur de l’habitat. Dès lors, le marché immobilier connaît l’apparition de plusieurs promoteurs qui interviennent presqu’exclusivement à Abidjan. Ce travail contribue à établir une meilleure connaissance des activités du secteur privé formel de promotion immobilière dans l’agglomération Abidjanaise depuis les années 1980 et leur impact sur l’espace urbain. Il met en lumière les opérations immobilières en insistant sur leurs dimensions spatiale, qualitative et quantitative. / Abidjan, the economic capital of Cote d'Ivoire, is undergoing a strong demographic pressure. It currently has a population of 4.5 million, which represents about 20% of the national population and 50% of the urban population. This situation induces a continuously rising demand for housing and building land. To address this rising demand after its independence, the state voluntarily engaged in a series of policies to promote housing and building land by creating a number of public sector organizations. In this plan, the state intervened from programming to marketing of the housing and the management of the residential projects. It also ensured the implementation of infrastructure and public social facilities. However, due to the economic crisis of the 1980s, the state relayed those tasks to the private sector and focused its efforts on the promotion of private initiatives by modernizing the financing mechanisms in the housing sector. Since then, the real estate market is witnessing the emergence of several real estate developers exclusively operating in the district of Abidjan. This study helps to establish a better understanding of the formal real estate development private sector’s activities in the agglomeration of Abidjan since the 1980s and their impact on the urban space. It highlights the real estate developments with an emphasis on their spatial, qualitative and quantitative aspects.

L’infection par le virus de l’hépatite B (VHB) reste un problème de santé publique avec plus de 880 000 décès chaque année dans le monde. Au stade chronique de l’infection virale B, des complications peuvent survenir comme la fibrose, la cirrhose et le carcinome hépatocellulaire. L'implication du VHB, de ses protéines ou de sa variabilité génétique dans la fibrose hépatique reste à élucider. Toutefois, des méta-analyses semblent montrer un lien statistiquement significatif entre la présence de la double mutation A1762T/G1764A dans le promoteur basal du core (PBC) du VHB et la fibrose sévère. C’est pourquoi nous avons orienté nos travaux de recherche selon deux axes : l’implication des mutations du PBC et de la région précore (PC) dans la sévérité des lésions hépatiques ainsi que le rôle des protéines HBc et HBe du VHB dans l’induction de la fibrogénèse. Dans un premier temps, deux études cliniques ont permis de confirmer l’association significative du double mutant PBC avec la fibrose sévère indépendamment du génotype viral. Nous avons également démontré un effet antagoniste de la mutation G1899A située dans la région PC vis-à-vis du double mutant PBC dans la sévérité de la fibrose. La deuxième partie de nos travaux a consisté à développer une technique innovante de production de protéines en utilisant la transduction de la lignée HepaRG par des vecteurs lentiviraux contenant la séquence de la protéine GFP (green fluorescent protein). En parallèle, nous avons synthétisé des particules lentivirales contenant les séquences sauvages et mutées du PBC et de la région PC, avec pour objectif de produire les protéines HBc et HBe dans les HepaRG. / The hepatitis B virus (HBV) infection remains a significant public health problem with more than 880 000 deaths every year worldwide. At the stage of chronic HBV infection, complications can occur such as fibrosis, cirrhosis and hepatocellular carcinoma. The role of HBV, its protein and its genomic variability in fibrosis are still unclear. Meta-analysis seems to indicate a strong link between the double mutation A1762T/G1764A detection in the basal core promotor (BCP) of HBV and the development of fibrosis. In this context, our work aimed to explore: i. the implication of BCP or precore (PC) regions mutations on the severity of fibrosis, and ii. the role of HBc and HBe proteins in fibrosis induction. For the first approach, our studies confirmed the association between the presence of the BCP double mutation and severe fibrosis, independently of the viral genotype. We also showed that the G1899A mutation in the PC region presents an antagonist effect regarding the double BCP mutant for fibrosis severity. In the second part of our work, we developed an innovative technology to produce protein via the transduction of HepaRG cells using lentiviral technology with a plasmid vector containing GFP (greenfluorescent protein) sequence. We also obtained lentiviral particles containing the wild and mutated sequences for the BCP and PC regions, in order to produce HBc and HBeprotein in HepaRG cells and to explore of the pathogenic role of BCP and PC mutants.

Chez les eucaryotes, l’ARN polymérase (RNAP) III transcrit les ARN de transferts, l’ARN ribosomique 5S, et plusieurs douzaines d’autres ARNs non traduits. Le génome des mammifères contient plusieurs milliers d’éléments répétés, les SINEs. In vitro, leur transcription dépend de la RNAP III. Le taux de transcription de la RNAP III détermine la croissance et la prolifération cellulaires, sa dérégulation a été associée à de nombreux cancers. Afin de caractériser la distribution sur l’ensemble du génome de la RNAP III et de ses facteurs de transcription TFIIIB et TFIIIC, nous avons développé un protocole très spécifique de ChIP-seq en tandem. Nous avons déterminé l’ensemble des gènes liés par la RNAP III dans les cellules souches embryonnaires de souris. Cet ensemble est bien inférieur au nombre de gènes prédits dans le génome. Nous avons également observé la RNAP III et ses facteurs de transcription liés à 30 régions non annotées, seule une d’entre elles est conservée chez l’humain. Un très faible nombre de SINEs sur un demi-million prédits est associé à la RNAP III. Notre étude révèle de nombreux sites liés uniquement par TFIIIC, nommés « extra-TFIIIC loci », ETC chez la levure. Ces sites sont associés à la protéine CTCF, et à la cohésine. La cohésine occupe les sites liés par CTCF, et contribue à la formation de boucles ADN, associées à la répression ou à l’activation de l’expression des gènes. Ces données suggèrent que TFIIIC peut jouer un rôle dans l’organisation de l’architecture chromosomique chez les souris. Nous avons également démontré que TCEA1, l’isoforme ubiquitaire de TFIIS, le facteur d’élongation de la RNAP II, est associée aux gènes actifs de classe III. Ceci suggére que TFIIS est un facteur de transcription de classe III. Finalement, la distribution de TFIIS aux gènes de classe II indique que le recrutement de TFIIS n’est pas suffisant pour contrôler la transition de la RNAP II pausée en 5’ des gènes en élongation. / In eukaryotes, RNA polymerase (RNAP) III transcribes the tRNAs, the 5S ribosomal RNA and a half a dozen known untranslated RNA. Mammalian genome contains several thousand of repeated elements, the Short interspersed repetitive elements (SINE). In vitro, they are transcribed by RNAP III. RNAP III transcription levels determine cell growth and proliferation and, importantly, its deregulation is associated with cancer. Looking at the genome-wide distribution of RNAP III and its transcription factors, TFIIIB and TFIIIC, we develop a highly specific tandem ChIP-sequencing method. We have determined the set of genes that are transcribed by RNAP III in mouse embryonic stem cells. We discovered that not all known class III genes were transcribed in ES cells. We also observed that RNAP III and its transcription factors were present at thirty unannotated sites on the mouse genome, only one of which was conserved in human. Only a couple of hundreds of SINEs out of more than half a million are associated with RNAP III in mouse ES cells. Our study reveals numerous ‘TFIIIC-only’ sites, called ETC for extra-TFIIIC loci in yeast. These sites are correlated with association of CTCF and the cohesin. Cohesin has been shown to occupy sites bound by CTCF and to contribute to DNA loop formation associated with gene repression or activation. This observation suggests that TFIIIC may play a role in chromosome organization in mouse. We also demonstrated that TCEA1, the ubiquitous isoform of TFIIS RNAP II elongation factor, is associated with active class III genes suggesting that TFIIS is a RNAP III transcription factor in mammals. Finally, the distribution of TFIIS on RNAP II-transcribed genes indicated that its recruitment does not control the transition of RNAP II paused at genes 5’ end into elongation.

La protéine SOCS-1 (Suppressor Of Cytokine Signalling 1) a été historiquement caractérisée comme un régulateur négatif de la voie de signalisation JAK/STAT. Cette dernière, activée en réponse à de nombreuses cytokines, hormones et facteurs de croissance, aboutit à l'expression de nombreux gènes cibles, dont le gène codant pour la protéine SOCS-1. Dans un premier travail, nous avons étudié la régulation du gène Socs-1 après une stimulation par l'interféron-gamma. Nous avons ainsi mis en évidence l'implication des facteurs de transcription IRF-1 et Sp2 dans la régulation transcriptionnelle du gène Socs-1. Dans de nombreuses tumeurs humaines, l'expression du gène Socs-1 est inhibée par méthylation aberrante de l'ADN. Dans la lignée cellulaire métastatique colique, SW620, la réexpression de la protéine SOCS-1 provoque une inhibition des caractères invasifs. Cette transformation du phénotype cellulaire s'accompagne d'une réexpression de la E-cadherine à la membrane.

La nature stochastique de l'expression génique est maintenant clairement établie expérimentalement et apparaît comme une composante à part entière de la dynamique cellulaire. Une source importante de cette variabilité est liée au caractère dynamique des diverses structures multiprotéiques impliquées dans le processus d'expression génique. Nous étudions ici, par la modélisation, comment les interactions entre des molécules au comportement individuel probabiliste sont susceptibles de faire naître des dynamiques globales pouvant influencer l'expression génique. Nous nous concentrons plus particulièrement sur deux aspects du processus d'expression : d'une part, son caractère spatialisé au sein d'un noyau cellulaire structuré et dynamique et, d'autre part, la combinatoire des événements moléculaires stochastiques au niveau du promoteur d'un gène. Pour l'étude des phénomènes d'organisation mésoscopique au sein du noyau cellulaire, nous proposons un modèle de simulation "4D" (intégrant l'espace et le temps). Il emprunte différentes techniques aux formalismes des échelles inférieures (moléculaires) et supérieures (cellulaires), en gardant les aspects essentiels à notre étude (individualité de certaines molécules, exclusion stérique, interactions électromagnétiques, réactions chimiques . . .). Afin d'étudier spécifiquement la dynamique stochastique de la régulation transcriptionnelle, nous proposons un second modèle décrivant les événements d'association/dissociation et de modification de la chromatine en se basant sur l'affinité coopérative/compétitive des molécules et leur potentielle activité enzymatique ou de remodelage. Par des techniques analytiques et computationnelles, nous caractérisons alors l'activité du promoteur à l'aide d'outils de théorie du signal, mais aussi en reproduisant les mesures obtenues par diverses techniques expérimentales (cinétique de ChIP, FRAP, FRET, cytométrie de flux . . .). L'analyse de ce modèle démontre que l'activité spontanée du promoteur peut être complexe et structurée, présentant en particulier des dynamiques multi-échelles similaires à celles observées expérimentalement (turnover rapide des molécules, comportements cycliques lents, hétérogénéités transcriptionnelles . . .). Nous montrons enfin comment la confrontation de mesures expérimentales de diverses natures peut renseigner sur la structure du système sous-jacent. Ce modèle apparaît alors comme un cadre théorique général pour l'étude de la dynamique des promoteurs et pour l'interprétation intégrée de données expérimentales.

Alors même que les grandes priorités de la question du logement (loger, construire et habiter différemment, habiterl'existant, crises et contraintes) tendent à converger et à s'agréger à la charnière du changement de siècle, de nouvellesproblématiques, regroupées sous celle plus globale du développement durable, émergent et (ré)interrogent la productionde la ville. Les promoteurs immobiliers privés sont alors interpellés et mobilisés afin de répondre à cette nouvelleproblématique qui devient même prescription à la suite du Grenelle de l'environnement (2007). Les problématiquesde la durabilité proposent dès lors aux acteurs privés de la fabrique urbaine de se projeter sur une ligne de déclinaisonlogement-bâtiment-quartier-ville et à y opérer des allers-retours afin de répondre à la transversalité des composantes dela durabilité. D'un premier temps consacré au traitement énergétique du bâtiment et de son enveloppe, des promoteursse positionnent peu à peu à l'échelle du quartier durable et de la ville durable. Deux terrains d'études, l'écoquartierbordelais Ginko et la reconversion de l'entrepôt Macdonald, proposent d'éclaircir un pan encore peu approprié parla bibliographie : le portage privé d'opérations de quartiers durables. L'éclosion de l'urbanisme durable ouvre unedeuxième vie à ces deux opérations. Elle ouvre également de nouvelles opportunités aux acteurs privés pouvant opérerun balancement entre les échelles de la durabilité et en mesure de se projeter à l'échelle du quartier. Ce point derencontre, établi par une convergence d'intérêts communs entre acteurs publics et privés, permet alors aux promoteursaménageursde se poser comme force de proposition dans l'édification de quartiers durables.

Le concept d’Hôpital Promoteur de Santé (HPS) a pris beaucoup d’importance depuis son élaboration vers la fin des années quatre-vingt. Dans le contexte de la dernière réforme, le réseau montréalais des HPS et CSSS a été créé. Le Centre Universitaire de Santé McGill (CUSM) fait partie de ce réseau depuis 2007. Cette étude vise la création d’un milieu hospitalier promoteur de la santé pour les patients et s’adresse à l’expérience d’un repas pour les personnes âgées nécessitant une diète purée. Une étude de cas qualitative a été utilisée pour explorer la perception de patients vis-à-vis les aspects relatifs à leur cabaret, l’assistance qu’ils recevaient et le contexte social de leur repas. Les impressions des professionnels de la santé quant à l’expérience des patients ont aussi été obtenues. Les résultats indiquent que l’identification difficile des aliments en purée, la saveur, l’apparence et la variété sont tous des éléments qui affectent négativement leur expérience repas. Des sentiments d’impuissance ont aussi été rapportés par les patients et les professionnels de la santé. Le contexte social du repas a été souligné comme étant un aspect à cibler pour améliorer l’expérience des patients. Un programme utilisant des purées formées pourrait contrecarrer les effets négatifs de la prescription d’une diète purée. Des changements dans les pratiques infirmières, à savoir la création d’une ambiance sociale agréable au moment des repas, semble être une option peu couteuse qui pourrait améliorer l’expérience repas des patients et diminuer les sentiments d’impuissance relevés par les professionnels de la santé à l’égard de cet aspect de soin. / The Health Promoting Hospital (HPH) concept has gained much momentum since its development in Europe in the late nineteen eighties. The Montreal network of HPH was created in 2005, within the context of the last reform. The McGill University Health Center (MUHC) is a part of this network since 2007. This study focuses on the creation of a health promoting hospital setting for patients and addresses the mealtime experience of older hospitalized patients requiring a puree diet. A qualitative case study design was used to explore patients’ perceptions of aspects of their puree meal tray, assistance provided by staff and the social context in which the meal was taken. Health professionals’ view of the patients’ experience were also obtained. Results indicate that the difficult identification of food items, flavour, appearance and variety were all important factors negatively affecting the mealtime experience. Feelings of loss of control were also reported by patients and staff. The social context in which the meal was taken was highlighted as an area which could be targeted to improve mealtimes. A program using formed puree food items could help lessen the negative impact of the prescription of a puree diet. Changes in nursing practices regarding the creation of a pleasant social atmosphere were identified as an inexpensive option to improve the mealtime experience for patients and decrease feelings of lack of control for staff in this aspect of care.

Chez les eucaryotes, l'ARN polymérase (RNAP) III transcrit les ARN de transferts, l'ARN ribosomique 5S, et plusieurs douzaines d'autres ARNs non traduits. Le génome des mammifères contient plusieurs milliers d'éléments répétés, les SINEs. In vitro, leur transcription dépend de la RNAP III. Le taux de transcription de la RNAP III détermine la croissance et la prolifération cellulaires, sa dérégulation a été associée à de nombreux cancers. Afin de caractériser la distribution sur l'ensemble du génome de la RNAP III et de ses facteurs de transcription TFIIIB et TFIIIC, nous avons développé un protocole très spécifique de ChIP-seq en tandem. Nous avons déterminé l'ensemble des gènes liés par la RNAP III dans les cellules souches embryonnaires de souris. Cet ensemble est bien inférieur au nombre de gènes prédits dans le génome. Nous avons également observé la RNAP III et ses facteurs de transcription liés à 30 régions non annotées, seule une d'entre elles est conservée chez l'humain. Un très faible nombre de SINEs sur un demi-million prédits est associé à la RNAP III. Notre étude révèle de nombreux sites liés uniquement par TFIIIC, nommés " extra-TFIIIC loci ", ETC chez la levure. Ces sites sont associés à la protéine CTCF, et à la cohésine. La cohésine occupe les sites liés par CTCF, et contribue à la formation de boucles ADN, associées à la répression ou à l'activation de l'expression des gènes. Ces données suggèrent que TFIIIC peut jouer un rôle dans l'organisation de l'architecture chromosomique chez les souris. Nous avons également démontré que TCEA1, l'isoforme ubiquitaire de TFIIS, le facteur d'élongation de la RNAP II, est associée aux gènes actifs de classe III. Ceci suggére que TFIIS est un facteur de transcription de classe III. Finalement, la distribution de TFIIS aux gènes de classe II indique que le recrutement de TFIIS n'est pas suffisant pour contrôler la transition de la RNAP II pausée en 5' des gènes en élongation.