Made available in DSpace on 2014-06-12T15:53:32Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo4861_1.pdf: 3079056 bytes, checksum: e6c0431e41c9fcff4b8d65311e598f25 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2005 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Lectinas são proteínas que se ligam especificamente aos carboidratos sobre a superfície celular. Eugenia uniflora L. é uma planta Myrtaceae nativa do sul da América, Sudeste da Ásia e África. Triticum vulgaris é uma aglutinina (36 kDa) constituída por duas subunidades. Proteínas antimicrobianas têm sido isoladas de uma variedade de espécies de plantas. O objetivo deste estudo foi purificar uma lectina de sementes de Eugenia uniflora e avaliar o comportamento interfacial da lectina EuniLS através de medidas da pressão de superfície P e potencial de superfície DV em diferentes valores de pH do volume, detectar atividade e caracterizar a lectina de sementes de E. uniflora, EuniLS, bem como avaliar o efeito da lectina sobre as bactérias Gram-negativas e Gram-positivas. EuniLS foi purificada de um extrato de sementes (E) em tampão fosfato de sódio (pH 7,0) em cromatografia de DEAE-Sephadex. EuniLS (67 kDa) permaneceu estável na faixa de pH 2 a 9 e mostrou especificidade para açúcares complexos, assim como oligossacarídeos. Além do mais, EuniLS tem uma atividade hemaglutinante específica de 85,3. As isotermas de pressão de superfície (P) × área molecular (A) evidenciaram que o comportamento interfacial foi fortemente dependente do pH do volume. EuniLS apresentou uma alta atividade superficial (Pc=40 mN/m e DV=440 mV) que a lectina WGA (Pc=34 mN/m e DV =340 mV) no pH 2. O momento dipolar de EuniLS (μ^) aumentou em 1,3 vezes com o incremento de pH de 2 a 9, enquanto que WGA o (μ^) aumentou 3,8 vezes para a mesma variação de pH. Ambas as lectinas apresentaram uma contribuição negativa da dupla camada elétrica Y0=-68 mV a -64 mV para EuniLS e Y0=-117 mV -144 mV para WGA. Uma relação linear para Y0 e pH (faixa de 2 6) foi observada para EuniLS. Um ponto de quebra foi detectado em pH 6,0 e um platô foi observado até o pH 7,0, que corresponde ao ponto isoelétrico da EuniLS. Um comportamento similar foi observado para valores de z −7,5 a −30 mV. As variações ocorridas em DV ocorreram devido a contribuição da orientação da molécula de lectina na superfície (μ^), e a dupla camada elétrica (Y0). A eluição da proteína adsorvida foi realizada com TFS (pH 2,0) e sua atividade foi avaliada através de eritrócitos (coelho e humano), carboidratos e estabilidade em diferentes valores de pH (3,5-9,0). Uma eletroforese de EuniLS foi realizada através de gel de poliacrilamida (SDS-PAGE) para definir o peso molecular. A atividade antimicrobiana do extrato e EuniLS foram investigados utilizando o teste de disco. O meio de cultura (100mL, 43º C) e 0,5 mL de inoculo foram adicionados e a solução foi distribuída em placas de Petri estéril em porções de 10 mL. Discos de 6 mm de diâmetro foram impregnados com 15 μL de solução de lectina estéril e E em TFS (pH 7,0). A atividade de EuniLS foi parcialmente inibida pelas glicoproteínas (caseína e soro de coelho) e aglutinada por eritrócitos de coelho e humano (tipos A, B, AB e O). Eletroforeses das preparações de E. uniflora mostraram uma lectina de peso molecular de 67 kDa. A atividade de EuniLS foi aumentada no pH 6,5. EuniLS inibiu a maioria dos microrganismos testados: Klebsiella sp. (halo de 19,6 mm ± 2,5), Pseudomonas aeruginosa (halo de 18,6 mm ± 0,6), Staphylococcus aureus (20,0 mm ± 0,5) e Corinebacterium sp. (8,0 mm ± 0,1), com mínima concentração inibitória (MIC) de 1,5 e mínima concentração bactericida (MBC) de 16,5 μg/mL. Extrato de sementes não mostrou atividade antibacteriana contra os microrganismos testados. Estes resultados indicam uma purificação de uma nova lectina e sua atividade antibacteriana; EuniLS pode ser utilizada como um adjuvante em terapia antibacteriana

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:53:51Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo4870_1.pdf: 3345694 bytes, checksum: 11a747aa1978117329875c264c0dfa0d (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2006 / Além do de interesse acadêmico, o conhecimento acerca do enovelamento de proteínas é empregado em muitas aplicações biotecnológicas com importância industrial. Lectinas são proteínas capazes reconhecer com especificidade diferentes sacarídeos, estando envolvidas em uma variedade processos biológicos. Diversos modelos de associações quaternárias levam as lectinas de leguminosas a apresentarem peculiaridades no reconhecimento de carboidratos. Cramoll 1 é a principal isolectina encontrada em sementes de Cratylia mollis. Essa lectina glucose/manose específica pode apresentar-se como dímeros ou tetrâmeros. Resultados expressivos como caracterização de células transformadas, atividade mitogênica e inibição tumoral estimulou a realização do presente estudo. Utilizando espectroscopia de fluorescência e dicroísmo circular, características do processo de desenovelamento de Cramoll 1 induzido por uréia e altas pressões hidrostáticas (HHP) foram obtidas. Em pH 7,0, o centro de massa de triptofano não apresentou qualquer alteração significativa até 3 M de uréia sugerindo que a proteína ainda está na sua forma nativa. Como esperado, uma vez que a lectina é um dímero naquele pH, o processo foi dependente de concentração. Bis-ANS é uma sonda fluorescente usada para detectar intermediários de enovelamento de proteínas. Interessantemente, a lectina mostrou um aumento na capacidade de ligação a bis-ANS, principalmente na faixa de 3-5 M de uréia. Na presença de 3 M de uréia, existiram pouquíssimas mudanças no espectro de dicroísmo circular, mostrando que a estrutura secundária de Cramoll 1 está quase intacta sob esta condição. Reunidos, esses resultados sugerem que o desenovelamento de Cramoll 1 é um processo que ocorre em mais de dois estágios, com acumulação de uma espécie intermediária (I3M) na presença de 3 M de uréia. 3,1 kbar a 37 e 1 oC não foi capaz de deslocar o centro de massa de triptofano, apontando que a lectina é pressão-resistente. A única condição em que o dímero de Cramoll 1 foi efetivamente dissociado foi quando 3 M de uréia foi adicionado ao tampão. Ao avaliar a ligação da proteína a bis-ANS sob pressão na presença de 3 M de uréia, observou-se que mesmo depois de 100 min, quando os triptofanos já foram expostos ao solvente, a lectina aumentou sua capacidade de ligar essa sonda. Essa observação implica que Cramoll 1 não está totalmente desenovelada sob HHP, exibindo mais uma espécie intermediária (IP). No entanto, é necessário salientar que IP é diferente de I3M uma vez que o último mantém seus triptofanos em seu ambiente nativo. Em conjunto, os dados descritos aqui sugerem que o processo de desenovelamento de Cramoll 1 pode ser esquematizado como: N 􀃆I3M 􀃆IP 􀃆U

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:54:00Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo4873_1.pdf: 3996693 bytes, checksum: b26ec56a231e7d6b58bbc72af43dbf44 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2006 / Lectinas são proteínas ou glicoproteínas de origem não imune cuja ligação reversível a carboidratos resulta em aglutinação celular. A Eugenia malaccensis L. pertence à família Mirtaceae. Uma lectina de sementes de E. malaccencis, EmaL, foi purificada usando fracionamento com sulfato de amônio (F 0-80), seguida por cromatografia de afinidade em Sephadex G-50. A atividade hemaglutinante (AH) de EmaL foi avaliada em presença de soluções de íons (Ca2+ e Mg2+), de soluções de carboidratos e glicoproteínas, diferentes valores de pH (2 12) e tratamento com diferentes temperaturas. As massas moleculares da proteína nativa e de suas subunidades foram determinadas pelo sistema ÄKTAFPLC em coluna Sephacryl S-300 e por SDS-PAGE, respectivamente. A atividade antimicrobiana de EmaL foi avaliada com amostras de bactéria Gram-positivas e Gram-negativas pela metodologia de difusão em disco. A cromatografia em Sephadex G-50 apresentou um único pico (EmaL) após eluição com glicose, resolvido em três picos protéicos de 112, 28 e 14 kDa pela cromatografia em Sephacryl S-300 e uma banda de 14 kDa por SDS-PAGE. A AH de EmaL é totalmente inibida por glicose, caseína, ovoalbumina e fetuína, não é dependente de íons, é dependente de pH e é totalmente perdida após aquecimento a 30 °C. EmaL inibe o crescimento de bactérias Gram positivas e negativas; o melhor resultado (26.5 mm ± 1.2 halo) foi obtido com Staphylococcus aureus, apresentando uma concentração mínima inibitória (CMI) de 1,5 μg/ml e uma concentração mínima bactericida (CMB) de 15 μg/ml. Um nova lectina (EmaL) glicose específica foi obtida, com potencial uso como agente antimicrobiano e de amplo espectro de ação

Submitted by Isaac Francisco de Souza Dias (isaac.souzadias@ufpe.br) on 2016-07-11T17:03:55Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertação Aurenice PPGBAS UFPE.pdf: 4016432 bytes, checksum: bd06ba7277fb3d10f4a5c7495f4cfd65 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-11T17:03:55Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertação Aurenice PPGBAS UFPE.pdf: 4016432 bytes, checksum: bd06ba7277fb3d10f4a5c7495f4cfd65 (MD5) Previous issue date: 2016-02-22 / CAPES / CNPQ / Heparina imobilizada em suportes sólidos tem sido utilizada como ligante de afinidade em processos de identificação e purificação de diversas proteínas. No presente estudo, foram sintetizados e caracterizados dois diferentes suportes magnéticos: Dacron (polietilenotereftalato) magnético (mDAC) e magnetita revestida com polianilina (MAG-PANI). Esses materiais foram utilizados como suporte para imobilização covalente de heparina e os compósitos magnéticos obtidos foram usados no fracionamento, depleção e purificação de proteínas do plasma humano. Para produzir o suporte mDAC, o Dacron foi tratado com hidrato de hidrazina, formando Dacron-hidrazida, e, em seguida, foi utilizado para formar um compósito com a magnetita, produzida por co-precipitação de sais de ferro II e III. O suporte MAG-PANI foi obtido a partir do revestimento da magnetita (obtida por coprecipitação) com polianilina através da oxidação da anilina pelo permanganato de potássio. Para imobilizar a heparina aos suportes foi necessária a ativação dos seus grupos carboxílicos com carbodiimida (EDAC) e N-hidroxissuccinimida (NHS). Análise por microscopia eletrônica mostrou que mDAC possui um tamanho de 1,5 ± 0,5 μm e 14,4 ± 0,9 nm para MAG-PANI. Difratograma de raio-X indicou a presença do Dacron nas partículas de mDAC e da polianilina em MAG-PANI e em ambos a formação do cristal de magnetita. Além disso, medidas de magnetização demonstraram um comportamento superparamagnético para as duas partículas e uma saturação magnética de 23 e 66 emu/g para mDAC e MAG-PANI, respectivamente, nas temperaturas de 293 K, 300 K e 313 K. A quantidade de heparina imobilizada foi de 51 ± 0,1 e 26,4 ± 0,09 μg de heparina por mg de mDAC e MAG-PANI, respectivamente. Plasma humano foi incubado nos compósitos com heparina imobilizada covalentemente (mDAC-HEP e MAG-PANI-HEP) e posteriormente foram lavados com tampão fosfato com concentrações crescentes de NaCl (0,25; 0,5; 1,0 M). Após esse processo, os eluatos obtidos foram submetidos à eletroforese SDS/PAGE de proteínas. Foram observadas muitas proteínas nas primeiras frações que foram depletadas do plasma (albumina, por exemplo) e as frações obtidas com NaCl 1,0 M demonstraram bandas com peso molecular de 58 kDa que correspondem à antitrombina. Além disso, ao realizar a incubação com a provável antitrombina purificada com o plasma normal, o valor do teste de tromboplastina parcial ativado (TTPa) se mostrou prolongado. Isso ocorreu devido à ação anticoagulante da antitrombina que inibiu a formação da trombina e assim o plasma não coagulou. Sendo assim, o método aqui proposto se mostrou útil como ferramenta de depleção de proteínas plasmáticas e purificação da antitrombina humana apresentando as seguintes vantagens: fácil síntese e separação por afinidade magnética. / Heparin immobilized on solid supports has been used as a ligand in affinity purification processes and identification of several proteins. In the present study, two different magnetic supports were synthesized and characterized: Dacron (polyethylene terephthalate) magnetic (mDAC) and magnetite coated with polyaniline (MAG-PANI). These materials were used as supports for covalent immobilization of heparin and these magnetic obtained composites were used for the fractionation, depletion and purification of human plasma protein. To produce the support mDAC, Dacron was treated with hydrazine hydrate forming Dacron hydrazide, and then was used to form a composite with magnetite produced by co-precipitation of salts iron II and III. MAG-PANI support was obtained from the coating magnetite (obtained by co-precipitation) with polyaniline by oxidation of aniline with potassium permanganate. To immobilize the heparin on the supports it was necessary to activate its carboxyl groups with carbodiimide (EDC) and N-hydroxysuccinimide (NHS). Electron microscopy analysis showed that mDAC has a size of 1.5 ± 0.5 μm and 14.4 ± 0.9 nm for MAG-PANI. X-ray diffraction indicated the presence of Dacron in mDAC particles and polyaniline in PANI-MAG and formation of magnetite crystal in both preparations. Furthermore, magnetization measurements demonstrated a superparamagnetic behavior for the two particles and a magnetic saturation of 23 and 66 emu/g to mDAC and MAG-PANI, respectively, at temperatures of 293 K, 300 K and 313 K. The amount of heparin immobilized was 51 ± 0.1 g and 26.4 ± 0.09 g heparin per mg of mDAC and MAG-PANI, respectively. Human plasma was incubated with the magnetic composites of heparin (mDAC-HEP and MAG-PANI-HEP) that were subsequently washed with phosphate buffer containing increasing concentrations of NaCl (0.25; 0.5; 1.0 M). After this process, the obtained eluates were subjected to electrophoresis SDS/PAGE of proteins. Many proteins were observed in the early fractions that were depleted of the plasma (albumin, for example) and the fractions obtained from 1.0 M NaCl showed bands with a molecular weight of 58 kDa corresponding to antithrombin. Furthermore, by performing incubation with this purified antithrombin from the plasma the value of the activated partial thromboplastin time test (APTT) showed prolonged. Therefore, the proposed method has proven useful as a tool depletion of plasma proteins and purification of human antithrombin having the following advantages: facile synthesis and magnetic affinity separation.

Submitted by Rafael Santana (rafael.silvasantana@ufpe.br) on 2018-01-23T19:32:16Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Dissertacao_Crhisllane_Genetica.pdf: 1853232 bytes, checksum: 496b497eae0c5059051f87124fbccc04 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-23T19:32:16Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Dissertacao_Crhisllane_Genetica.pdf: 1853232 bytes, checksum: 496b497eae0c5059051f87124fbccc04 (MD5) Previous issue date: 2016-03-11 / De acordo com a Organização Mundial de Saúde, 1-2 milhões de novos casos de leishmaniose ocorrem a cada ano. As drogas disponíveis para tratamento têm sérias desvantagens e nenhuma vacina eficaz foi desenvolvida. Assim, são necessárias aplicações utilizando abordagens sistêmicas para descoberta de novos alvos para drogas/vacinas. Uma destas abordagens é o estudo de redes de interação proteica. Portanto, o objetivo principal deste trabalho é modelar redes de interação de proteínas para Leishmania braziliensis e Leishmania infantum a partir de seus proteomas preditos com base em informações estruturais. Para isso, as sequências das proteínas dos organismos alvos foram obtidas do TritrypDB e suas estruturas preditas através dos pacotes de programas MODELLER e Modpipe e dos servidores MHOLline e Phyre2. Posteriormente, essas estruturas passaram por processos de refinamento e foram então avaliadas. Um total de 480 e 463 proteínas de Leishmania braziliensis e Leishmania infantum, respectivamente, tiveram suas estruturas preditas dentro dos parâmetros estereoquímicos e energéticos aceitáveis. Estas foram divididas em subgrupos de acordo com sua localização subcelular, e a predição de interação foi realizada através do consenso entre o método de acoplamento de corpo rígido e acoplamento baseado em modelo. As redes resultantes se apresentaram biologicamente consistentes com diferença significativa quando comparado às redes aleatórias, e a partir destas, foi possível obter informações sobre estrutura, localização subcelular, interações entre proteínas e selecionar proteínas importantes para a estabilidade da rede de interação proteica. / According to the World Health Organization, 1-2 million new cases of leishmaniasis occur each year. Available drugs for treatment have serious disadvantages, and no effective vaccine has been developed. Thus, applications using systemic approaches to discover new targets for drugs/vaccines are needed. One such approach is the study of protein interaction networks. Therefore, the main objective of this work is to model protein interaction networks for Leishmania braziliensis and Leishmania infantum from their predicted proteomes, based on structural information. In order to accomplish this, the protein sequences from the target organisms were obtained from TritrypDB, and their structures predicted through the MODELLER and Modpipe program packages and MHOLline and Phyre2 servers. Subsequently, these structures had undergone refining processes, and were evaluated. A total of 480 and 463 proteins of Leishmania braziliensis and Leishmania infantum, respectively, had their structures predicted within the acceptable stereoisomers and energy parameters. These were divided into subgroups according to their subcellular localization, and the prediction of interaction was carried out through consensus between the rigid body docking and docking based on model. The resulting networks were found to be biologically consistent with significant differences when compared against random networks, and from them, it was possible to obtain information on structure, subcellular localization, interactions between proteins in each proteome and select proteins important for the stability of the protein-protein network.

Submitted by Pedro Barros (pedro.silvabarros@ufpe.br) on 2018-07-31T22:22:37Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Nathália Gabrielle de Araújo Leite.pdf: 3449771 bytes, checksum: 57f0c1d013d2764d2dd9167e7a5ed56c (MD5) / Approved for entry into archive by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2018-08-02T17:30:22Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Nathália Gabrielle de Araújo Leite.pdf: 3449771 bytes, checksum: 57f0c1d013d2764d2dd9167e7a5ed56c (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-02T17:30:22Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Nathália Gabrielle de Araújo Leite.pdf: 3449771 bytes, checksum: 57f0c1d013d2764d2dd9167e7a5ed56c (MD5) Previous issue date: 2017-02-22 / FACEPE / feijão-caupi é amplamente cultivado em regiões áridas e semiáridas, locais onde a salinização dos solos constitui-se em um dos principais estresses à cultura. Dentre os métodos que visam reduzir os danos causados pela salinidade, a utilização de genótipos menos sensíveis se constitui como o melhor método para a solução do problema. Diante do exposto, o presente trabalho objetivou identificar as proteínas diferencialmente abundantes em genótipos de feijão-caupi durante o estresse salino, como ponto de partida para a identificação dos genes associados aos mecanismos de tolerância ao estresse, visando à obtenção de genótipos que associem características desejáveis com a menor sensibilidade à salinidade. Nesse sentido, sementes de cinquenta genótipos de feijão-caupi foram submetidas a tratamentos com diferentes concentrações de NaCl (0, 25, 50, 100 e 200 mM). Foram observadas alterações na taxa de germinação em função do aumento das concentrações de NaCl (sal). Dentre os genótipos avaliados, Maravilha, Paulistinha, Sempre Verde Baiano, e Sempre Verde Salgueiro demonstraram menor sensibilidade ao sal, enquanto BRS Pajeú, Mosqueado 383, Mut 300 gy, Mut 50 gy, e Pele de Moça foram os genótipos mais sensíveis ao sal. Esses genótipos, juntamente com o genótipo Pitiúba, foram novamente submetidos ao estresse salino nas cinco concentrações supracitadas, para realização da contagem de folhas, medição do comprimento caulinar, determinação da matéria seca e conteúdo iônico, assim como mensuração da condutividade elétrica do substrato, capacidade de troca catiônica e saturação de sódio. Os resultados indicam que o incremento na concentração de sal reduziu a quantidade de matéria seca, comprimento do caule e número de folhas em todos os genótipos avaliados, causando aumento no teor de íons, justificado pelos valores de condutividade elétrica do substrato, capacidade de troca catiônica e saturação de sódio. Sempre Verde Salgueiro foi o genótipo que demonstrou menor sensibilidade frente aos demais, enquanto que Mosqueado 383 foi selecionado como o genótipo de maior sensibilidade ao sal. Posteriormente, esses dois genótipos foram estressados com 100 mM de NaCl, para coleta das folhas, extração de proteínas totais, quantificação e identificação das proteínas diferencialmente abundantes, por cromatografia líquida acoplada ao espectrômetro de massas, seguido por comparação com o banco de dados disponível no NCBI (National Center for Biotechnology Information). A partir dessa avaliação, foi possível identificar 251 proteínas diferencialmente abundantes entre os tratamentos (0 mM - controle, e 100 mM de NaCl) e entre os genótipos avaliados. Dessa forma, é possível inferir sobre a participação direta de algumas dessas proteínas em vias metabólicas que possam estar relacionadas com os mecanismos de tolerância ao estresse salino em feijão-caupi. / Cowpea is widely cultivated in arid and semi-arid regions, places where salinization of soils is one of the major stresses for this culture. Among the methods utilized to reduce the damage caused by salinity, the use of less sensitive genotypes constitutes the best method to solve the problem. By the way, the present work aimed to identify differentially abundant proteins in cowpea genotypes during saline stress, as a starting point for the identification of genes associated with stress tolerance mechanisms, in order to obtain genotypes associating desirable traits with lowest sensitivity to salinity. In this sense, seeds of fifty cowpea genotypes were submitted to treatments with different concentrations of NaCl (0, 25, 50, 100 and 200 mM). Alterations in germination rates were observed due to the increasing of NaCl (salt) concentrations. Among the evaluated genotypes, Maravilha, Paulistinha, Sempre Verde Baiano, and Sempre Verde Salgueiro showed lower salt sensitivity, while BRS Pajeú, Mosqueado 383, Mut 300 gy, Mut 50 gy, and Pele de Moça were the most salt sensitive genotypes. Those genotypes, including Pitiúba genotype, were submitted again to saline stress using the five NaCl concentrations mentioned above, for leaf counting, measurement of stem length, determination of dry matter and ion content, as well as measurement of electrical conductivity of the substrate, cation exchange capacity and sodium saturation. The results indicate that the increase in salt concentration reduced the amount of dry matter, stem length and number of leaves in all evaluated genotypes, causing an increase in ion content, justified by the values of electrical conductivity of the substrate, cation exchange capacity and sodium saturation. Sempre Verde Salgueiro was the genotype that showed less sensitivity in relation to the others, while Mosqueado 383 was selected as the genotype of greater salt sensitivity. After, these two genotypes were stressed with 100 mM NaCl, to collect leaves, total protein extraction, quantification of proteins, and identification of differentially abundant proteins, by liquid chromatography coupled to the mass spectrometer, followed by comparison with the available database on NCBI (National Center for Biotechnology Information). Through this evaluation, it was possible to identify 251 differentially abundant proteins between the treatments (0 mM - control, and 100 mM NaCl) and among the evaluated genotypes. Thus, it is possible to infer about the direct participation of some of these proteins in metabolic pathways that may be related to the mechanisms of tolerance to saline stress in cowpea.

Submitted by Pedro Barros (pedro.silvabarros@ufpe.br) on 2018-09-04T22:13:49Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Weber Melo Nascimento.pdf: 1350626 bytes, checksum: 2338c11667e3856768d8435e4ffcfcd8 (MD5) / Approved for entry into archive by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2018-09-17T22:43:14Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Weber Melo Nascimento.pdf: 1350626 bytes, checksum: 2338c11667e3856768d8435e4ffcfcd8 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-09-17T22:43:14Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Weber Melo Nascimento.pdf: 1350626 bytes, checksum: 2338c11667e3856768d8435e4ffcfcd8 (MD5) Previous issue date: 2014-08-25 / CNPq / Plantas são importantes fontes de moléculas bioativas com potencial antioxidante. Indigofera suffruticosa é uma leguminosa encontrada na região do Semi-Árido e Agreste Pernambucano, sendo utilizada popularmente como antiespasmódico, sedativo e diurético. O objetivo deste estudo foi avaliar o efeito antioxidante do extrato e de proteína de folhas de I. suffruticosa. O extrato aquoso foi obtido a partir da homogeneização constante do pó de folhas secas com água destilada, o qual foi liofilizado. Alíquotas do liofilizado foram submetidas à cromatografia de afinidade para isolamento de material proteico ligado a matriz cromatográfica. A massa molecular aparente bem como o ponto isoelétrico da proteína foi avaliada por eletroforese bidimensional. A análise fitoquímica do extrato e da proteína foi realizada utilizando cromatografia em camada delgada. A atividade antioxidante in vitro do extrato e da proteína foi avaliada pelo método do 2,2-difenil-1-picrilhidrazil (DPPH), bem como foi investigado o conteúdo fenólico total tanto no extrato quanto na proteína. Os resultados demonstraram que a proteína isolada possui massas molecular aparente de 31,7 KDa e ponto isoelétrico 8,13. A triagem fitoquímica da proteína demonstrou ausência em metabolitos secundários e do extrato revelou a presença de flavanóides e ácido gálico. Tanto o extrato quanto a proteína exibiram a presença de conteúdo fenólico, o qual foi considerado moderado. Extrato e proteína (1 mg/mL) exibiram potencial antioxidante. A proteína mostrou maior atividade (52,52 %) que o extrato (35,21 %) e foi moderada em relação ao padrão antioxidante (71,48 %). A atividade antioxidante contra o DPPH pela proteína obtida de extrato aquoso de folhas de I. suffruticosa é de interesse, pois se trata de um produto de origem vegetal com promissora aplicacação biotecnológica. / Plants are important sources of bioactive molecules with antioxidant potential. Indigofera suffruticosa is a legume found in the semiarid region and Agreste Pernambucano, is popularly used as an antispasmodic, sedative and diuretic. The aim of this study was to evaluate the antioxidant potential of the extract and protein leaves of I. suffruticosa. The aqueous extract was obtained from the homogenization contained in dried powder with distilled water, which was lyophilized. Lyophilized aliquots were subjected to affinity chromatography for isolation of proteins material bound to the chromatographic matrix. The apparent molecular weight as well as the isoelectric point of the protein was assessed by two-dimensional electrophoresis. The phytochemical analysis of the extract and the protein was performed using thin layer chromatography. Antioxidant activity in vitro of the extract and the protein was evaluated by the methods of 2, 2-diphenyl-1-picrylhydrazyl (DPPH) as well as was investigated the total phenolic content both in the extract and in the protein. The results showed that the isolated protein has apparent molecular mass of 31.7 KDa and isoelectric point 8.13. Phytochemical screening of the protein showed absence of secondary metabolites and the extract showed the presence of flavonoids and gallic acid. Both the extract and the protein showed the presence of phenolic content, which was considered moderate. Extract and protein (1 mg/mL) exhibited antioxidant potential. The protein showed higher activity (52.52%) than the extract (35.21%) and was moderate in relation to the antioxidant standard (71.48%). The antioxidant activity against DPPH from protein obtained of the aqueous extract of I. suffruticosa leaves is of interest because it is a product of plant origin , with promising biotechnological application.

Workflows científicos são projetados para realizar experimentos in silico com o intuito de processar e analisar uma grande quantidade de dados usando simulação computacional. Os experimentos são organizados como uma sequência de etapas que caracterizam um fluxo de execução, onde em cada etapa utilizam-se diferentes softwares. Estes softwares não possuem um modelo de representação de dados comum. Por isto, quando um workflow científico é construído com o objetivo de integrar e processar dados, cada etapa precisa analisar a estrutura dos dados, processá-los e preparar os mesmos de acordo com a estrutura necessária para a execução da próxima etapa do workflow. Desta maneira, os workflows científicos usam diferentes algoritmos provenientes das áreas da matemática e da ciência da computação, os quais são capazes de processar, armazenar e transformar os dados utilizados em informação útil para diferentes análises de pesquisadores de biologia. Adicionalmente, a biologia de sistemas é uma subárea da bioinformática que ajuda a compreender as interações observadas entre populações de moléculas, células e organismos resultantes do aumento da complexidade biológica. Assim, nesta tese de doutorado, buscou-se desenvolver workflows científicos utilizando-se ferramentas de bioinformática e biologia de sistemas para comparar processos biológicos através da geração de redes de interação proteínaproteína. Para tanto, o programa Dis2PPI foi gerado por meio de um workflow científico que possibilitou integrar os bancos de dados de doenças monogênicas OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man) com o programa de metabuscas STRING (Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins). O objetivo desta integração foi gerar uma rede de interação proteína-proteína associada com doenças de natureza monogênica. Como prova de conceito, o programa Dis2PPI foi utilizado para a obtenção de redes de interação para as síndromes xeroderma pigmentosa e de Cockayne, duas doenças monogênicas raras e cujos fenótipos estão associados com acúmulos de danos de DNA, câncer, progeria e neurodegeneração. Uma vez geradas, estas redes foram avaliadas com o uso ferramentas de biologia de sistemas para análise de ontologia gênica e de centralidade no programa Cytoscape. Da mesma forma, o programa Net2Homology foi gerado através de um desenho de um workflow científico que possibilitasse integrar o resultado de um alinhamento de sequências de proteínas, usando o programa NCBI PSI-BLAST, com o programa de metabuscas STRING. Neste sentido, o programa Net2Homology possibilitou recuperar duas redes de interação proteína-proteína associada a dois organismos diferentes. Este mesmo programa foi utilizado para a obtenção de redes de interação para a doença xeroderma pigmentosa e para a enzima ciclo-oxigenase-1 cruzando as informações dos organismos Homo sapiens e Mus musculus. As redes de interação obtidas foram comparadas visando obter os processos biológicos evolutivamente conservados. / Scientific workflows can be used to design in silico experiments to process and analyse a great amount of data using computational simulation. In this sense, all in silico experiments are organized as a sequence of steps that characterize an execution flow, where each steps employ different softwares. It is important to note that these softwares do not employ a common structure or model to represent data. Thus, taking into account the diversity of softwares and data representation, a scientific workflow should be built to integrate and process data, where each step must be able to analyse the data structure, to process these data and finally generate a new data structure that provide the requirements needed to execute the next step of the workflow. It is important to note that scientific workflows use mathematics and computer sciences methods capable to process, storage, and transform these data into useful information. In addition, a subarea of Bioinformatics termed Systems biology helps to understand the interactions observed between populations of molecules, cells and organisms as the result of the increase of biological complexity. Thus, the purpose of this work was to develop scientific workflows using bioinformatics and system biology softwares with the purpose to compare different biological processes from the generation of proteinprotein interaction (PPI) networks. In this sense, the Dis2PPI software was design as a scientific workflow to integrate OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man) database with metasearch program STRING (Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins) in order to retrieve protein-protein interaction networks associated to monogenic diseases. The Dis2PPI was used to generate PPI networks for xeroderma pigmentosum and cockayne syndromes, two rare monogenic diseases associated with DNA damage, cancer, progeria, and neurodegeneration. The PPI networks generated were analyzed with Cytoscape program and specific plugins that evaluate gene ontologies and centrality analysis. By its turn, Net2Homology program was designed as a scientific workflow to integrate NCBI PSI-BLAST sequence alignments with STRING metasearch program to recovery PPI networks associate with two different species. In this sense, Net2Homology was used to obtain PPI network for xeroderma pigmentosum disease and cyclooxigenase-1 enzyme by crossing Homo sapiens and Mus musculus information. A comparison between these networks was realized to verify the major evolutively conserved biological process.

Made available in DSpace on 2018-08-01T21:59:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_11961_Dissertação Lucas Carvalho Trindade - PPGFis (2).pdf: 9990680 bytes, checksum: a02add814af0828b765718f180e67605 (MD5) Previous issue date: 2018-02-23 / Este trabalho descreve o desenvolvimento de uma simulação computacional, desenvolvida através do programa GROMACS. Mais especificamente, estudamos os resultados da simulação computacional referente a evolução do raio de giro da proteína Pectina Metilesterase (PME) do tomate em função da pressão aplicada, mantendo a temperatura fixa. Foi realizada uma descrição sobre os modelos físicos utilizados pelo programa. Também foi descrito, de forma suscinta, características sobre sistemas e estruturas dos aminoácidos e proteínas. As simulações computacionais consideraram uma temperatura de 26, 85oC e pressões aplicadas de 1 bar, 1 kbar, 3 kbar, 5 kbar, 7 kbar, 9 kbar e 10 kbar. As simulações trabalharam com um tempo de ação da pressão de até 100 pico segundos. Os resultados da simulação computacional indicaram uma redução não linear do raio de giro da enzima Pectina Metilesterase (PME) do tomate de acordo com o aumento da pressão aplicada, mantendo temperatura fixa.

Orientador: Jose Butori Lopes de Faria / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-07-21T16:11:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Simon_AdolfoHenriqueRodrigues_M.pdf: 3304219 bytes, checksum: b256590bed53ffabb5f2992575d1f76f (MD5) Previous issue date: 1996 / Resumo: Em situações onde há perda do número de néfrons (ablações de tecido renal ou doenças renais crônicas) e no diabetes mellitus, tem sido sugerido que a hiperfiltração e o aumento da pressão intraglomerular desempenham papel importante na evolução para insuficiência renal. É provável que a dieta restrita em proteínas reduza a velocidade da perda da função renal nestas situações. Entretanto, os problemas inerentes a esta restrição têm motivado a busca de fontes protéicas que não provoquem hiperfiltração, em vez das grandes restrições alimentares de proteínas. Em diabéticos tipo I (insulino-dependentes), foi sugerido que a substituição dietética da carne bovina pela de frango é tão efetiva quanto a restrição protéica para reduzir o elevado ritmo de filtração glomerular (RFG). Todavia, os efeitos renais da sobrecarga protéica aguda, com a carne de frango, são ainda desconhecidos. Nosso objetivo foi comparar a resposta renal, provocada por esta sobrecarga, com a obtida após a mesma quantidade de proteínas fornecida como carne bovina. Em oito voluntários normais (6 M e 2 F; idade = 31:t7 anos), medimos o RFG (depuração de insulina) e o fluxo plasmático renal (FPR) (depuração de PAH) nos períodos basal e. uma, duas e três horas após uma refeição de carne (400g de carne de frango ou bovina, cerca de 90g de proteínas). A ordem dos experimentos foi aleatória, com intervalo de uma semana entre os estudos com uma ou outra fonte protéica. Tanto o RFG como o FPR aumentaram de forma significativa, atingindo os valores máximos 2 h após as refeições com as duas carnes (carne de frango: 98:t13 vs 119:t18* e 476:t123 vs 569:t99* mI/min/l,73 m2; carne bovina: 107:t14 vs 122:t16* e 501:t118 vs 560:t97* mI/min/l,73 m2; para o RFG e o FPR, e basal e 2h, respectivamente; * p<0,05). Entretanto, não houve diferença entre as respostas dos RFG e FPR, quando comparamos as medianas das áreas sob a curva (AVC), obtidas dos experimentos com cada uma das carnes (RFG = 110,7 vs 111,0 mI/min/l,73 m2, p = 0,57 e FPR = 488 vs 542 mI/min/l,73 m2, p = 0,95, respectivamente para as carnes de frango e bovina). As alterações induzi das pelas duas fontes protéicas, na glucagonemia e nos aminoácidos séricos, também foram semelhantes. Os dados obtidos neste estudo demonstraram que, em indivíduos normais, a carne de frango e a bovina induzem graus semelhantes de hiperfiltração. É improvável que a simples substituição da carne bovina pela de frango, na dieta, possa beneficiar os pacientes com doença renal crônica / Abstract: In diabetic patients it has been suggested that the substitution in the diet of the red meat for chicken meal is as effective as low protein diet to correct the elevated glomerular filtration rate (GFR), though to be deleterious for the evolution of the renal disease in this population. However the renal effects of an acute protein load in the form of chicken meal is unknown. To compare the renal hemodynamic response to red meat with chicken meal we studied 8 (6 males and 2 females; age: 31 :t 7 years) normal individuaIs. GFR (by inulin clearance) and renal plasma flow (by PAR clearance) were determined at baseline and 1, 2 and 3h after a protein load (400g of red meat or chicken, corresponding to approximately 90g of protein). The order of the experiments was randomized with one week interval between each study. Glomerular filtration rate and RPF increased significantly 2h after both red meat or chicken meal (red meat: 107:t14 vs. 122:t16* and 501:t118 vs. 560:t97* ml/min./1.73 m2; chicken: 98:t13 vs. 119:t18* and 483:t123 vs. 570:1:99* ml/min./1.73 m2, for GFR and RPF, and basal vs. 2h, respectively, * p < 0.05). However, there were no significant differences on GFR and RPF responses following red meat or chicken meal, calculated as area under the curve (GFR ~edians = 110,8 vs. 111,0 ml/min./1.73 m2, p=0.57 and RPF medians = 488 vs. 542 ml/min./1.73 m2, p=0.95; for red meat and chicken meal, respectively). The plasma glucagon and total serum amino acids also increased significantly but the changes induced by the meat meals were not different with the two protein sources. We conclude that, in normal subjects, red meat or chicken meal induced similar degree of glomerular hyperfiltration. It is unlike that the substitution of red meat for chicken in the diet will benefit patients with chronic renal disease / Mestrado / Clinica Medica / Mestre em Clinica Medica