Orientador : Benedito de Oliveira / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-14T17:59:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Marques_MariaRisoletaFreire_M.pdf: 4054803 bytes, checksum: 9fa9e20cea77e9e9e07ab93477bdcd1d (MD5) Previous issue date: 1984 / Resumo: Urina de paciente da Faculdade de Ciências Médicas da UNICAMP, com quadro clínico de gamopatia monoclonal tipo mieloma múltiplo e apresentando proteinúria de Bence Jones caracte-rística, foi purificada através de diálise exaustiva seguida de cromatografia de troca iônica. Seu grau de pureza foi ava-liado através de imunodifusão em gel de agar, imunoeletrofore-se em agarose e eletroforese em gel de poliacrilamida na presença de SDS. Através de anti-soro específico a proteína de Bence Jones JJO foi tipada sorologicamente como pertencente ao tipo antigênico ?. A composição global de aminoácidos da proteína de Bence Jones JJO mostrou: a) a presença de cinco meias cistinas. b)presença de um resíduo de metionina. c) numero total de resíduo (excluindo triptofano) igual a 206, d) um padrão de re-síduos compatível com as proteínas de Bence Jones descritas. O pentapeptideo radioativo Plde seqüência de aminoácidos Pro-Thr-Glu-Cys-Ser, isolado de autoradiografia do di-gesto peptico-tríptico da proteína BJP (JJO) reduzida e alqui-lada, tipifica quimicamente JJO corno uma proteína do isotipo lambda. O isolamento e caracterização do peptídeo Tl de seqüência Thr-Val-Ala-Pro-Thr-Glu-Cys-Ser e que compreende a re-gião C-terminal da cadeia, confirma a tipificação química de BJP (JJO) como uma proteína ?. A evidência obtida de PAGE/SDS de que após redução, a proteína de Bence Jones JJO migra como uma única banda de mes-ma mobilidade de cadeias leves de imunoglobu1inas monoc1onais reduzidas, permite caracterizar seu arranjo como dimêrico. O isolamento e caracterização do tripeptídeo Ser-His--Arg, permite classificar a proteína JJO como Oz(-) em relação a expressão desta variante sorológica (Arg 190).O pentapeptideo denominado T5 (Gln-Ser-Asn-Asn-Lys), Onde está inserida a posição 171 correlacionada com a expressão da variante Mz, permite caracterizar parcialmente JJO como uma proteína Mz(-}.O peptídeo Ala-Ala-Pro-Ser-Val-Thr-Leu-Phe-Pro-Pro-Ser-_Ser-Glu-Glu-Leu-Glu-Ala-Ser-Lys, obtido de mapeamento diagonal, compreende a região delimitada pelos resíduos 111 a 129 do domínio C ?, onde estão localizadas duas das três posições características da variante Mcg. A presença de alanina na po-sição 112 e serina na posição 114 caracterizam parcialmente a proteína JJO como Mcg(-). O peptídeo Ala-Gly-Va1-Glu-Thr-Thr-Thr-Pro-Ser-Lys permite caracterizar a proteína de Bence Jones JJO como uma proteína Way{-), uma vez que alanina foi o resíduo presente na posi-ção 157. Treonina na posição 163 caracteriza a terceira posição envolvida na expressão da variante Mcg e conseqüentemente permite classificar JJO como uma cadeia leve Mcg(-). A sequência de aminoãcidos determinada para o peptídeo Ser-Tyr-Ser-Cys-G1n-Va1-Thr-His-G1u-Gly-Ser-Thr-Va1-Gly-Lys, permite caracterizá-lo como o peptídeo de região constante de cadeia leve do isotipo 1ambda que compreende os resíduos 191 a 205 e que contém um dos resíduos de cisteína da ponte disu1fe-to intradomínio C?. As informações conseguidas através da identificação das variantes não a1élicas de região C ? da proteína JJO poderiam sugerir dois arranjos possíveis dentro dos oito descritos (FETT & DEUTSCH, 1976): Oz(-) Kern(+) (Mcg(-) Weir(-) Ev(-} Way(-) Mz(-) ou Oz(-) Kern(-) Mcg(-) Weir(-) Ev(-) Way(-) (Mz(-). Estes dois arranjos poderiam corresponder à codificação das duas sequências Oz- Kern- é Oz- Kern+ dentre as quatro formas não a1é1icas da região C ? descritas (HIETER et a1., 1981).A presença de tirosina determinada como resíduo-N-termina1 através da técnica de dinitrofenilação, permite c1assificar a proteína BJP (JJO) como pertencente ao subgrupo V?III.. A composição de aminoácidos (Leu, G1y, Asp, Lys) obtida a partir de e1uição do material contido na mancha Tv2 bem como a determinação de 1eucina na posição N-terminal, poderia sugerir relação de homologia com o segmento 28 ? 31 da região de hipervariabi1idade CDR1 da proteína X (MILSTEIN, 1968) per-tencente ao subgrupo de região variável VÀIII (KABAT, 1979).O peptídeo Tv1 de composição Thr, Glx, Pro, G1y, Leu2 Val, Lys não foi localizado por homologia nas regiões CDR e FR de nenhum dos seis subgrupos de região variável descritos(KABAT, 1979), o que indicaria a possibilidade de se tratar de um pép-tideo de região determinante de complementariedade da proteína JJO. De imunização de coelhos com a proteína de Bence Jones JJO purificada, foi obtido anti-soro anti-cadeia ? humana. Este anti-soro não revelou proteínas do isotipo kappa, o que atesta sua especificidade / Abstract: Urine of a patient (J.J.O.) with osteolytic neoplasia characteristic of multiple myeloma was obtained from the School of Medicine. Universidade Estadual de Campinas. Through the qualitative heat test it was detected a Bence Jones proteinuria. Urine JJO was exhaustively dialyzed against deionized water and purified by anion exchange on chromatography. Bence Jones protein JJO was serologically typed as ? and its dimeric configuration shown by SDS polyacrylamide electrophoresis gel The amino acid composition of protein JJO showed: a) 5 moles of half-cystine/mole of protein (which is in agreement with the evidence of dimeric form); b) 1 mole of methionine/ mole of protein; c) total number of residues estimated in 206(not including tryptophane) and d) results similar to the data avaiable for other proteins of this type. Chemical typing was achieved by the isolation of the radioactive C-terminal Pro-Thr-Glu-*CMCys-Ser pentapeptide characteristic of ? type L chains; these data are in agreement with the serological typing. The tryptic Tl octapeptide (Thr-Val-Ala-Pro-Thr-Glu-Cys- Ser) corroborates the chemical typing of JJO as a ? Bence Jones protein. The tryptic T3 peptide (Ser-His-Arg), obtained from peptide mapping, supports the .characterization of JJO as a 190 Arg Oz{-) lambda chain. The iso1ation of the Gln-Ser-Asn-Asn-Lys pentapeptide from peptide mapping allows the partial characterization of JJO as far as position 171 is concerned. The assignement to the Mcg variant was accomplished by the isolation of the peptide Ala-A1a-Pío-S_r-Val-Thr-Leu-Phe- Pro-Pro-Ser-Ser-G1u-Glu-Leu-Glu-Ala-Ser-Lys,' which includes two of the three positions involved in the expression of this variant. The detection of Ala 112 and Ser 114 provides evidence of the partial characterization of JJO as an Mcg (-) L chain. The peptide Ala-Gly-Va1-G1u-Thr-Thr-Thr-Pro-Ser-Lys obtained from the neutral region of diagona1 mapping the presence of alanine tn position 157, allowing the showed classi-fication of JJO as a Way(-) variant. The parcial characteri-zation of BJP (JJO) as Mcg(-) was confirmed by the presence of threonine in position 163 in this peptide. One of the half-cystines involved in the C ? intradomain disulphide bridge was detected through the isolation of the tryptic T2 peptide (Ser-Tyr-Ser-Cys-Gln-Val-Thr-His-Glu-Gly-Ser-Thr-Val-Gly-Lys).Based on the information concerning the study of the C domain of the ? protein JJO and the eight types of C ? Domains proposed by FETT & DEUTSCH (l976), one of the following ar-rangements is suggested: Oz(-) Kern(+) Mcg(-) Weir(-) Ev(-) Way(-) Mz(-) or Oz(-) Kern{-) Mcg(-)Weir(-} Ev(-) Way(-) Mz(-) / Mestrado / Mestre em Biologia

Orientador: Young Kun Park / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-07-14T23:10:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 GarciaRojas_CarmenE_M.pdf: 2310965 bytes, checksum: 72ffdf694f39ba5d5ef926204d6d2b1a (MD5) Previous issue date: 1976 / Resumo: Uma linhagem de Aureobasidium pullulans isolada duma flor foi cultivada no bagaço de cana de açúcar pretratado. 0 bagaço foi aquecido em NaOH 4% a 100°C durante 15 min, lavado com água corrente e secado a 55º>C. Uma solução de sais minerais foi preparada e o bagaço suspendido nela sendo a melhor proporção de bagaço igual a 3%. A levedura cultivada no meio bagaço-sais deu a máxima atividade para Carboximetilcelulose depois de 48h e o número de células por ml igual a 3 A x 106/ml depois de 72h. A digestibilidade do bagaço foi de 23.3% e o nitrogênio (segundo Kjeldahl) das células de levedura igual a 8.16% / Abstract: A Aureobasidium pullulans strain isolated from a flower was cultivated in sugar cane bagasse pretreated. The bagasse was boiled in NaOH 4% at 100ºC x 15 min, washed with tap water and dried at 55°C. A solution of mineral salts was prepared and the bagasse suspended in it being the best proportion 3%. The yeast cultivated in that mixture gave maximum Carboximethylcelullose activity after 3.4x106/ml after 72h. The bagasse digestibility was 23.3% and the yeast cells nitrogen (Kjeldahl) 8.16% / Mestrado / Mestre em Ciências e Tecnologia de Alimentos

Orientador : Benedicto de Campos Vidal / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-15T02:18:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Cortelazzo_AngeloLuiz_M.pdf: 11084362 bytes, checksum: 976751427e8428feabcde94df9c8d120 (MD5) Previous issue date: 1986 / Resumo: Com o objetivo de estudar as diversas alterações no conteúdo protéico em sementes de Glycine Max durante o processo de germinação, foram realizadas no presente trabalho, uma série de técnicas gerais e citoquímicas para a detecção "in situ" dos corpos protéicos dessa leguminosa, constatando-se a presença dos mesmos nas células cotiledonares a partir da coloração pela hematoxilina-eosina, impregnação pela prata e coloração com xylidine Ponceau (XP). A quantificação do conteúdo protéico foi realizada através de medições absorciométricas do material corado pelo XP em diversos tempos e posições, indicando uma mobilização do material de reserva das células distantes do sistema vascular, para o interior dos vasos e destes, para a radícula do embrião. Os corpos proteicos apresentaram-se delimitados por membrana, evidenciada pelo azul de toluidina (AT), devido a presença de material basófilo nesse local. As paredes celulares dos cotilédones e radículas foram coradas pelo AT, apresentando-se metacromáticas. Durante o processo de germinação, houve um aumento no índice metacromatico do material corado, indicando uma liberação de radicais negativos. A nível de organização molecular, foi constatada uma diminuição no estado de cristalinidade e de agregação das paredes durante a germinação e uma variação no conteúdo de glicosaminoglicanas nos diversos locais analisados. As lectinas presentes na semente de soja encontram-se agregadas como material protéico, de forma a perderem seu poder aglutinante no material "in si tu" / Abstract: Seeking to study the various changes in the protein content in seeds of Glycine max during germination, a series of general and cytochemical techniques was performed in order to study the protein bodies of this legume "in situ",verifing the presence of these bodies in the cotyledon cells by hematoxilin-eosin and xylidine-ponceau stains and silver impregnation. The quantification of protein was made by absorption measurements of the specimens stained with XP at various times and positions, indicating a mobilization of the reserve material of the cells far from the vascular system, to the interior of this system and then to the radicle of the embryo. The protein bodies were found to be membrane, evidenced by toluidine blue (TB), surrounded by a dueto the presence of basophilic material in this area. The cell walls of the cotyledon and radicle were stained by the TB,displaying metachromasy. During germination there was an increase in the metachromatic index of the stained substrate, indicating a decrease of negative radicaIs. In relation to the molecular organization there was a decrease in the cristalinity and agregation of the cell alls during germination along with a variation in the alycosaminoglycans content in the various areas analysed. The lectins present in the soybean seed are associated with the proteic material, thus losing their agglutinating properties in the ¿in situ¿ material / Mestrado / Biologia Celular / Mestre em Ciências Biológicas

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Magíster en bioquímica, área de especialización en bioquímica de proteínas y biotecnología / Memoria de título de bioquímico / La autofagia es un proceso fisiológico clave para la sobrevida celular frente a diferentes tipos de estrés. Este proceso degradativo consiste en el reclutamiento de proteínas, lípidos y organelos completos en vesículas de doble membrana para la posterior degradación lisosomal de su contenido. Una de las proteínas más importante en la regulación de la autofagia es Beclin-1/ATG6. En condiciones basales, Beclin-1 se encuentra unido a Bcl-2/Bcl-XL. La disociación de estas proteínas es indispensable para la activación de la autofagia. Tanto Beclin-1 como Bcl-2 son reguladas por modificaciones post-traduccionales que permiten su disociación. Dentro de estas modificaciones la poli-ubiquitinación en Lys63 de Beclin-1 promueve su disociación de Bcl-2 y la activación de la autofagia. Por otra parte, tanto la generación de estrés de retículo endoplasmático (RE) como la acumulación de agregados proteicos inducen autofagia. La respuesta a proteínas mal plegadas (UPR) restablece el normal funcionamiento del RE mediante distintas vías de señalización como la vía de degradación de proteínas del RE (ERAD), la cual elimina las proteínas mal plegadas dentro del RE al ser retrotranslocarlas hacia el citoplasma y poli-ubiquitinarlas para su degradación proteosomal. La acción del ERAD ocurre a través de un complejo formado por diferentes proteínas, entre ellas Herp y la ubiquitina ligasa Hrd-1/Synoviolina. El sistema ubiquitina-proteosoma modifica post-traduccionalmente proteínas, uniéndolas covalentemente a una pequeña proteína denominada ubiquitina. La unión de varias subunidades de ubiquitina unidas por su Lys48 es conocida como poli-ubiquitinación en Lys48 y está generalmente asociada a la degradación proteosomal de la proteína marcada. Por otra parte, otros tipos de cadenas de poli-ubiquitina unidas por su Lys63 tendrían funciones de señalización. Herp es una proteína integral de membrana asociada al RE, la cual aumenta significativamente sus niveles en respuesta al estrés del RE y activarse la vía UPR. Herp posee un dominio análogo a ubiquitina (ULD), el cual lo vincularía al ERAD. El dominio ULD de Herp regula positivamente la poli-ubiquitinación dependiente de Hrd-1 y de esta manera aumenta la degradación de sustratos específicos de esta enzima. Estudios recientes en nuestro laboratorio mostraron que Herp actúa como un regulador negativo de la autofagia y que los niveles de Beclin-1 aumentan significativamente en su ausencia. El objetivo de esta tesis fue establecer el mecanismo a través del cual Herp regula negativamente la autofagia. Con este fin se prepararon células HeLa “knock-down” (KD) para Herp mediante la expresión de un shRNA específico. También se utilizaron siRNA específicos para Herp con el fin de reducir los niveles de esta proteína en células HeLa “wild-type”. Los resultados obtenidos muestran que Herp regula positivamente la poli-ubiquitinación en Lys48 de Beclin-1. Ni la privación de glucosa ni la disminución de Hrd-1 mediante un siRNA específico produjeron diferencias en la poli-ubiquitinación de Beclin-1. La inhibición del proteosoma con MG132 indujo un aumento en la cantidad de Beclin-1 en células controles, mientras que las células Herp KD no presentaron diferencias con respecto al control, sugiriendo que la poli-ubiquitinación por Lys48 de Beclin-1 conduce a su degradación proteosomal. Sin embargo al activar la autofagia por privación de glucosa las células tratadas con el siRNA de Herp o siRNA de Herp y Hrd-1 en conjunto mostraron una tendencia al aumento en la autofagia, mientras que las células transfectadas con el siRNA de Hrd-1 mostraron una disminución de la activación de la autofagia. En conclusión los resultados solo comprueban parcialmente la hipótesis propuesta. Si bien se observó que Herp regula negativamente la autofagia mediante la poli-ubiquitinación en Lys48 de Beclin-1 y su consiguiente degradación proteosomal, la ubiquitin ligasa Hrd-1 no sería la encargada de la poli-ubiquitinación en Lys48 dependiente de Herp. / Autophagy is a key physiological process for cell survival under different types of stress. This process consists in the recruitment of various cytoplasmatic components such as proteins, lipids and organelles into double-membrane vesicles which fuse with lysosomes enabling the degradation of its content. One of the most important regulatory proteins in autophagy is Beclin-1/ATG6. In basal conditions, Beclin-1 interacts with its repressor protein Bcl-2/Bcl-XL. The dissociation of these two proteins is indispensable for autophagy initiation and development. Both Beclin-1 and Bcl-2 are subjected to different post-translational modifications, which regulate their dissociation. Among these modifications, the Lys63 poly-ubiquitination of Beclin-1 promotes dissociation from Bcl-2 and autophagy activation. The generation of endoplasmic reticulum (ER) stress and the subsequent accumulation of misfolded proteins is a well known autophagy activating signal. In order to maintain homeostasis to the ER during stress, the unfolded protein response (UPR) is activated. The UPR accomplishes this task by a series of signaling pathways such as ER-associated protein degradation (ERAD), which degrades misfolded proteins inside the ER by retro-translocation of them to the cytoplasm and poly-ubiquitination for proteosomal degradation. ERAD is controlled by a series of proteins in the ER such as Herp and the ubiquitin-ligase Hrd-1/Synoviolin. The ubiquitin-proteasome system modifies proteins by the attachment of the small protein ubiquitin. Attaching several subunits of ubiquitin to each other by their Lys48 is called Lys48 poly-ubiquitination and is normally recognized as a signal for proteasome degradation. In the other hand, Lys63 poly-ubiquitination of proteins is related to other signaling process. Herp is an integral ER protein, whose levels are significantly increased during ER stress and UPR activation. Herp contains an ubiquitin-like domain (ULD) which has been associated with ERAD. Herp ULD domain controls Hrd-1 dependant poly-ubiquitination, increasing the poly-ubiquitination and proteasomal degradation of specific substrates of Hrd-1. Our recent studies have shown that Herp is a novel negative regulator of autophagy and Beclin-1 levels are up-regulated in the absence of Herp. The aim of the present work was to establish how Herp negatively regulates autophagy. To this end, Herp knock-down (KD) HeLa cells were prepared by expressing a specific shRNA. Specific siRNA were also used to silence Herp expression in HeLa wild-type cells. Our results show Herp positively regulates Beclin-1 Lys48 poly-ubiquitination. Both glucose deprivation and Hrd-1 siRNA treatment did not have any effect in Beclin-1 poly-ubiquitination. Proteasome inhibition with MG132 induces Beclin-1 levels in control cells, while Herp KD cells do not show any differences. These data suggest that Beclin-1 lysine-48 poly-ubiquitination leads to its proteasome degradation. Glucose deprivation showed an increase in autophagy activation cells treated with a Herp siRNA or Hrd-1 and Herp siRNA treated cells. However, Hrd-1 siRNA treatment alone showed impaired autophagy activation. In conclusion, our results only prove the hypothesis partially. The results suggest Herp negatively regulates autophagy through Beclin-1 Lys48 poly-ubiquitination and consequent proteasomal degradation, but the ubiquitin ligase Hrd-1 would not be responsible Herp mediated Beclin-1 Lys48 poly-ubiquitination. / Fondap

Orientador: Debora de Queiroz Tavares / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-08-03T14:53:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Simoes_MarildaGarcia_M.pdf: 18723659 bytes, checksum: ac38886da0e6e6de6b91a5c82b4ecf4c (MD5) Previous issue date: 2003 / Resumo: A avaliação da qualidade das proteínas exige aprimoramento constante dos métodos utilizados para determinar o real aproveitamento das mesmas. Em razão disto, é empregado o Escore de Aminoácidos Corrigido pela Digestibilidade Verdadeira das Proteínas (PDCAAS), mediante estudos com ratos, pois considera o escore químico de aminoácidos e também suas digestibilidades, o que possibilita a determinação do primeiro aminoácido limitante. No presente estudo, avaliou-se produtos contendo proteínas de origem animal e vegetal pelo PDCAAS, em dois segmentos do fluxo digestivo, íJeoe reto, para determinar a quantidade de aminoácidos não absorvidos. A hipótese do trabalho é que possa haver similaridade de biodisponibilidade entre aminoácidos essenciais de origem vegetal e de origem animal. Foram testados dois produtos contendo proteína de soja, onde apenas um (produto PS) era fortificado com 0,3% de metionina e comparados com dietas à base de caseína (comercial, caseinato de sódio, caseinato de cálcio). As dietas foram ministradas a 5 grupos formados por 10 ratos, machos, Wistar, recém-desmamados. Um sexto grupo foi alimentado com dieta aprotéica para estimar as perdas endógenas de nitrogênio. Os-grupos sob dietas à base de caseína e caseinatos apresentaram acentuadas semelhanças: ingesta, ganho ponderal, nitrogênio fecal, fornecendo valores coesos para estimativa de Digestibilidade Verdadeira (Dv) ...Observação: O resumo, na íntegra poderá ser visualizado no texto completo da tese digital. / Abstract: The evaluation of the protein 's quality requires a constant improvement of the used methods for a more accurate determination of their real use. For this reason, the Protein Digestibility-Corrected Amino Acid Score (PDCAAS), through the study with rats is employed for this evaluation, for it counts not only for the chemical score of the amino acid, but also for their digestibility, what makes possible to find the first limiting amino acid. The present study, products containing soy protein was evaluated by the PDCAAS, on two takes of the digestive flow to estimate the amount of nom absorbed amino acid: fecal contents and digested ileal. This evaluation is done by determining the quantity of essential amino acids of the protein being studied, referred to as FAOIWHO hypothetical standard (1990). The hypothesis of the work is that it may be bioavialability similarities between essential amino acids of vegetable and animal sources. The products containing soy protein were tested, where only one (product PS) was fortified with 0,3% of methionine and compared to a diet based on casein (commercial, sodium caseinate, calcium caseinate) the diets were administered to five groups made up of 10 Wistar male Weaning rats. A sixth group was feed with a protein diet to estimate endogenous losses of nitrogen. The group under the casein and caseinates diet presented accented similarities: ingest, pondered gains, fecal nitrogen providing similar values to the true digestibility (Dv) ...Note: The complete abstract is available with the full electronic digital thesis or dissertations. / Mestrado / Mestre em Alimentos e Nutrição

Memoria para optar al título profesional de Bioquímico / El sostenido progreso de la tecnología computacional y el acelerado aumento del volumen de datos de interés científico en línea, han permitido el posicionamiento de la bioinformática como una disciplina de gran utilidad para las ciencias de la vida. En la presente memoria de título, se utilizaron herramientas bioinformáticas para dilucidar la relación existente entre diversas proteínas con un rasgo en común: su parecido a la rusticianina, una proteína indispensable para el proceso vital de oxidación de hierro de la bacteria Acidithiobacillus ferrooxidans. Su secuencia de aminoácidos y pliegues estructurales fueron sometidos a análisis filogenético. Se dio especial atención a los aminoácidos críticos y estructura proteica rodeando su sitio de unión a cobre. Los resultados sugieren un enlace evolutivo entre la rusticianina y otras proteínas coordinadoras de cobre involucradas en variados procesos, pero desarrollando básicamente la misma función, transportar electrones. Finalmente, usando la subunidad II de citocromo c oxidasa de Thermus thermophilus como modelo, se muestra que esta familia de proteínas exhibe características ancestrales compartidas con rusticianina, que sugieren cómo las proteínas evolucionaron a partir de sus funciones en un metabolismo anaeróbico a las de metabolismo aeróbico cuando los niveles de oxígeno aumentaron hace alrededor de 2.400 millones de años. / The continuing progress of computer technology and the rapid increase in the volume of online data of scientific interest have allowed the positioning of bioinformatics as a discipline of great use to the life sciences. In this thesis, various bioinformatics tools were used for the analysis of rusticyanin, an essential protein for the vital process of oxidation of iron, from the bacterium Acidithiobacillus ferrooxidans. Rusticyanin belongs to the family of blue copper proteins. Its amino acid sequence and structural folds were subjected to phylogenetic analysis. Special attention was given to critical amino acids and protein structure surrounding its copper binding site. The results suggest an evolutionary link between rusticyanin and other copper-containing proteins involved in various processes but basically fulfilling the same function, namely electron transport. Finally, using the cytochrome c oxidase of Thermus thermophilus as a model, it is shown that this family of proteins exhibits ancestral characteristics shared with rusticyanin that suggest how proteins could evolve from functions in anaerobic metabolism to those of aerobic metabolism as atmospheric oxygen levels rose about 2.4 billion years ago. / Fondecyt

Los Péptidos de Penetración Celular (o CPPs) poseen la habilidad de transportar moléculas a través de la membrana plasmática, sin pérdida de su integridad. Entre las secuencias más estudiadas se encuentran TAT, Antennapedia (Antp) y oligo-argininas, cuya característica en común es la presencia de grupos de aminoácidos catiónicos. La motivación del estudio de estos péptidos, es su potencial aplicación en el diseño de nuevos fármacos capaces de actuar localmente, ingresando directamente a la célula. El interés en la inmunología innata, radica en la posibilidad de bloquear la señalización rio abajo de receptores TLR, utilizando un segmento de la secuencia de TIRAP, el cual compite por la interacción de la proteína adaptadora TIR con TLR4. Esta secuencia posee ambas características deseables: grupos de aminoácidos catiónicos y efecto biológico. Para desarrollar futuras aplicaciones terapéuticas, es indispensable caracterizar el mecanismo de ingreso, ya que de éste depende la estabilidad y accesibilidad del potencial fármaco al blanco; es por esto que el objetivo principal de este trabajo de tesis fue caracterizar el mecanismo de internalización del péptido TIRAP en células HeLa. Se estudiaron las diferencias y similitudes estructurales que existen entre los péptidos TAT, TIRAP, y TIRAPALA. Se obtuvieron los modelos tridimensionales de las secuencias mencionadas realizando modelación comparativa, y se calculó el potencial electrostático sobre la superficie de los péptidos. Se encontró que los tres péptidos comparten grandes similitudes estructurales (estructura α-hélice ≥ 69%), sin embargo la gran diferencia radica en el campo de potencial electrostático que generan las cadenas laterales de los residuos, sugiriendo que este es el factor clave que le otorga la habilidad de traslocación a través de la membrana plasmática. Además, al estudiar la internalización de TIRAP y TIRAPALA en células HeLa, se encuentra evidencia experimental de la fuerte asociación de TIRAP a la membrana plasmática. Estudios sobre los posibles efectos tóxicos de TIRAP y TIRAPALA, arrojaron una disminución de la sobrevida celular producto de la internalización, por lo que se determina un límite concentración de incubación igual a 40 µM. Se concluye que la diferencia de potencial generada por las interacciones entre TIRAP y moléculas de la superficie celular, proveen la primera etapa del mecanismo de internalización, denominado transducción. La diferencia de potencial inducido sobre la superficie celular es la que finalmente provoca el ingreso de los péptidos al citoplasma. Además, es importante considerar los resultados de viabilidad obtenidos para posibles futuras aplicaciones terapéuticas en el tratamiento de enfermedades inflamatorias crónicas.

Orientador: Maria Luiza Silveira Mello / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-23T19:22:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Beletti_MarceloEmilio_D.pdf: 6862374 bytes, checksum: b0419773edf5bebb1129e89c11705ca9 (MD5) Previous issue date: 1998 / Resumo: A influência da elevação da temperatura testicular sobre o complexo DNA-proteína em espermatozóides e outras características que defmem a qualidade do sêmen foi pesquisada em coelhos submetidos por três dias ao criptorquidismo experimental e acompanhada por diversos períodos, cessado o "stress". Constataram-se com relação aos espermatozóides, decréscimo em vigor, motilidade e concentração, bem como aumentos em patologias de cabeça e cauda e em anomalias nos complexos DNA-proteína, reveladas pelo método de "metacromasia induzi da" e pela reação de F eulgen. F oram encontradas variações individuais de resposta ao tratamento, mas também em controles, embora nestes com menor intensidade. Observações de testículos e epidídimos de parte dos coelhos experimentais com microscópio de luz e microscópio eletrônico de transmissão indicaram uma degeneração testicular intensa, porém reversível, onde aparentemente as zônulas de oc1usão entre células de Sertoli e o compartimento basal dos túbulos seminíferos não foram afetados. Para um tempo de observação de 61 dias cessado o criptorquidismo, os parâmetros seminais à exceção da concentração espermática, retomaram aos seus respectivos valores normais. O aumento de anomalias nos complexos DNA-proteína com o criptorquidismo revelou-se relativamente tardio, cessado o "stress", e não muito intenso, embora tenha atingido até um valor de 20 vezes o normal em caso isolado / Abstract: The effect of increase in testis temperature on spermatozoal DNA-protein complexes and other characteristics was studied in rabbits subjected to three days of experimental cryptorchidism and accompanied along several periods, after ceased the stress. A decrease in strength, motility and concentration as well as an increase in head and tail pathologies and DNA-protein anomalies revealed by "induced metachromasy" and Feulgen reaction were observed in the sperm cells. Individual variation in these parameters as an answer to treatment was observed. This was also found to occur in controls, though with a much lower intensity. Light and transmission electron microscopy of the testis and epididymis of part of the experimentals indicated an intense testicular degeneration, though reversible. Apparently the "zonula occludens" of the Sertoli cells and the basal compartment of the seminiferous tubules were not affected. After 61 days ceased the cryptorchidism the seminal parameters, with the exception of the spermatic concentration, returned to normal values. The increase in DNA-protein anomalies with cryptorchidism occurred relatively late and was not very intense once ceased the stress. However it has reached a value up to 20 times the normal values in one isolated case / Doutorado / Biologia Celular / Doutor em Ciências

Orientador: Yoon Kil Chang / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-07-23T21:38:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ferrari_MariaCristina_M.pdf: 5055440 bytes, checksum: a7fa68b2625566ef45007fbfe6e168fb (MD5) Previous issue date: 1998 / Resumo: A farinha de trigo é o único cereal que, misturado com água em proporção adequada, possui a habilidade de formar massa viscoelástica, capaz de reter gases e apresentar estrutura esponjosa quando aquecida no fomo. Em panificação, a massa de trigo está sujeita à deformação em cada etapa do processo. É geralmente aceito que as propriedades de panificação do trigo são devido à viscoelasticidade do glúten, que consiste na maior fração da proteína presente na farinha de trigo. Vários instrumentos foram desenvolvidos nas últimas décadas para controle de qualidade de massa e para estudar o efeito de reologia no processo. O objetivo do presente estudo foi a avaliação da qualidade da farinha de trigo através de propriedades reológicas de glúten. A nova técnica utilizou o equipamento Analisador de Qualidade de Glúten - AQG, especialmente desenvolvido para avaliar as propriedades reológicas de glúten através das medidas dadas pelos parâmetros: resistência máxima à extensão (Newton), extensibilidade (mm) e energia (J). Os testes realizados com o AQG usaram glútens de trigo isolados. Todas as 59 amostras de trigo foram avaliadas através de seus conteúdos de proteína e de glúten, suas propriedades reológicas de massa pelos métodos do Extensógrafo e Farinógrafo, suas propriedades reológicas de glúten através do método experimental usando o AQG, bem como a performance de panificação. Os resultados obtidos usando a técnica AQG foram comparados com aqueles obtidos usando equipamentos reológicos tradicionais e com os outros métodos citados. O método estatístico de Análise de Componentes Principais (ACP) foi usado para avaliar os resultados. Os resultados mostraram níveis de correlação linear aceitáveis entre os resultados obtidos com o Extensógrafo e o AQG com respeito aos principais parâmetros estudados, resistência máxima à extensão e energia, dando valores entre 0,5397 e 0,6511 (p<0,05). Os gráficos dos resultados da ACP entre AQG e Teste de Panificação demonstraram que farinhas fortes e fracas foram influenciadas por diferentes parâmetros e que foram agrupadas em lugares distintos, mostrando a diferença tecnológica / Abstract: Wheat flour is unique among cereal flours in that, with water in the correct proportions, the protein will form an viscoelastic dough which is capable of holding gas and will set the form of a sponge when heated in the oven. In bread making, the wheat dough undergoes some degree of deformation in each step of the process. It is generally accepted that the baking properties of wheat are mainly due to the viscoelasticity of the gluten protein, that consists in the major fraction of the protein present in wheat flours. Several instruments have been developed in the past decades to control dough quality and to study the effect of rheology on processing. The objective of the present study was the evaluation of the quality of wheat flours through of rheological properties of gluten. The new technique used the apparatus Wheat Gluten Analyser- AQG, specially developed to evaluate the rheological properties of gluten by measuring, the following parameters: maximum resistence to extension (Newton), extensibility (mm) e energy (1). The test performed with the apparatus AQG used isolated wheat gluten. All the 59 samples of wheat were evaluated for their of protein and gluten contents, their rheological dough properties by the Extensograph and Farinograph methods, their rheological gluten properties by experimental method using the AQG, as well as effecting a baking test. Results obtained using AQG technique were compared with those obtained using traditional rheological apparatus and with the other cited methods. The statistical method of Principal Component Analysis (PCA) was used to evaluate the results. The results show an acceptable level of linear correlation between the results obtained with the Extensigraph and AQG with respect to the principal rheological parameter studied maximum resistance to extension and energy, giving values between 0,5397 and 0,6511 (p<0,05). The graph of the PCA results between the AQG and baking test demonstrated that strong and weak wheats were influenced by different parameters which are also grouped in the different places, showing the technological difference / Mestrado / Mestre em Tecnologia de Alimentos