CIPRIANO, A. K. A. L. A interação do cajueiro (Anacardium occidentale L.) com o fungo Lasiodiplodia theobromae reprograma a expressão de proteínas no caule, sítio de infecção do patógeno. 2014. 135 f. Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Centro de Ciências, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2014. / Submitted by Francisco Lacerda (lacerda@ufc.br) on 2014-10-15T20:22:46Z No. of bitstreams: 1 2014_dis_akalcipriano.pdf: 2753055 bytes, checksum: 892bde62cddf05cebf6ae0b3a737c969 (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa(jairo@ufc.br) on 2015-01-20T17:20:24Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_dis_akalcipriano.pdf: 2753055 bytes, checksum: 892bde62cddf05cebf6ae0b3a737c969 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-01-20T17:20:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_dis_akalcipriano.pdf: 2753055 bytes, checksum: 892bde62cddf05cebf6ae0b3a737c969 (MD5) Previous issue date: 2014 / No Brasil, a indústria do caju é uma das principais fontes de renda e trabalho no campo e representa a maior parcela da economia na região nordeste, que concentra 94% da produção, destacando-se os estados do Ceará, Piauí e Rio Grande do Norte, respectivamente. Neste contexto, para otimizar o setor produtivo, estratégias de melhoramento genético de cultivares têm focado na seleção e desenvolvimento de clones anãos. Entretanto, essa prática tem contribuído para diminuição da variabilidade genética e, consequentemente, para maior vulnerabilidade ao ataque de patógenos. A resinose, causada pelo fungo Lasiodiplodia theobromae (Pat.) Griff & Maubl. é considerada a principal doença do cajueiro nas condições semiáridas. Métodos eficientes de controle da doença ainda não foram estabelecidos. Baseado na ausência de dados publicados com relação às respostas bioquímicas e fisiológicas do cajueiro infectado com L. theobromae, associado ao fato de que as plantas, para se defenderem do ataque de patógenos, acionam/alteram vias metabólicas controladas por diversas proteínas, o estudo da identidade dessas proteínas fornecem informações sobre os mecanismos relacionados à interação de compatibilidade/incompatibilidade entre o cajueiro e L. theobromae. Dessa forma, nesse estudo, foi realizada análise proteômica diferencial de caules de cajueiro (Anacardium occidentale), clone BRS 226 (resistente), mantido em condições controladas, em tempos iniciais pós-infecção com o L. theobromae, assim como, de plantas de cajueiro resultantes da polinização aberta do BRS 226, classificadas como resistentes e suscetíveis à resinose, em condições de campo, onde há alta pressão do patógeno. Proteínas diferencialmente expressas foram identificadas por eletroforese bidimensional (2D-PAGE) combinada com espectrometria de massas ESI-Q-TOF MS/MS. Plantas de cajueiro infectadas com L. theobromae acionam respostas fisiológicas associadas à reprogramação da expressão de um total de 73 proteínas, nos cenários investigados. Destas, 36 foram identificadas no clone BRS 226, artificialmente inoculado, e 37 nas plantas de cajueiro, cultivadas em condições de campo. Portanto, um número equivalente de proteínas é responsivo dentro dos cenários analisados e compartilham funções celulares em rotas metabólicas e de produção de energia, estresse/defesa, sinalização celular e enovelamento/metabolismo de proteínas. Proteínas responsivas a hormônios e envolvidas com estrutura celular foram diferencialmente expressas somente em plantas crescidas em condição de campo, enquanto proteínas de transporte foram reprogramadas no clone BRS 226. Plantas de cajueiro, cultivadas em campo, e inoculadas do clone BRS 226 compartilharam a expressão reprogramada de 6 proteínas idênticas, dentre as quais, proteínas 14-3-3 e anexinas, envolvidas com a sinalização celular, foram influenciadas ao mesmo tempo, aparentemente, pelos estresses abiótico e biótico. A reprogramação de funções celulares comuns somado a alteração na expressão de 6 proteínas idênticas, nas condições estudadas, mostrou sobreposição de respostas, que parece ser indicativo da infecção pelo L. theobromae no tecido caulinar. Essas observações revelam proteínas que são alvos dos mecanismos celulares acionados em plantas de cajueiro desafiadas com L. theobromae e constituem uma base inicial de resultados que podem ser, futuramente, integrados a programas de melhoramento genético do cajueiro, visando resistência, particularmente, à resinose.

ROCHA, David Ramos da. Biometria testicular, parâmetros seminais e proteoma do plasma seminal de carneiros Morada Nova, variedade branca, submetidos à insulação escrotal. 2013. 143 f. Tese (doutorado em zootecnia)- Universidade Federal do Ceará, Fortaleza-CE, 2013. / Submitted by Elineudson Ribeiro (elineudsonr@gmail.com) on 2016-04-07T19:27:23Z No. of bitstreams: 1 2013_tese_drrocha.pdf: 3220638 bytes, checksum: e5ebed67a3c0fd5df55c97e3d2ec80e3 (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa (jairo@ufc.br) on 2016-05-25T19:35:10Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_tese_drrocha.pdf: 3220638 bytes, checksum: e5ebed67a3c0fd5df55c97e3d2ec80e3 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-25T19:35:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_tese_drrocha.pdf: 3220638 bytes, checksum: e5ebed67a3c0fd5df55c97e3d2ec80e3 (MD5) Previous issue date: 2013 / The present study was conducted to evaluate the effects of heat stress on testis and semen criteria, and seminal plasma proteome of rams. Scrotal insulation (SI) was in place for eight days, using six rams. Animals were evaluated before (day 0), during and after SI until semen parameters returned to normal. Scrotal circumference, other testis parameters and sperm motility decreased after SI but returned to pre-insulation values on days 71, 85 and 113, respectively. Rams became azoospermic from day 29 to 71. The number of detectable spots per 2D gel decreased from 256 ± 31 to 104 ± 14 between days 0 and 29 (p < 0.05), returning to pre-insulation values on day 134. Several seminal proteins detected before insulation were absent when animals had low sperm motility or azoospermia, including albumin, arylsulfatase A, plasma glutamate carboxypeptidase, cathepsin F, transferrin, alpha-2-macroglobulin, angiotensin-converting enzyme, alpha fucosidase, beta galactosidase, TCP-1 containing chaperonins, heat shock protein 70 kDa, clusterin, palate, lung and nasal epithelium clone, ram seminal vesicle proteins, bodhesin 2, superoxide dismutase, cystatin B, peroxiredoxin 5, tissue inhibitor of metalloproteinase 2. Expression of other 17 proteins were quantitatively changed in the seminal plasma 2-D maps as the result of SI, such as actin, protein DJ-1, HRPE773-like, C-reactive protein precursor and porcine seminal plasma spermadhesins, among others. In conclusion, the expression of seminal plasma proteins was drastically altered by scrotal insulation, coincidental with changes in testis size and semen criteria. Proteins affected by heat stress are potentially involved in several events, from sperm protection and maturation to fertilization. / O presente estudo foi conduzido para avaliar os efeitos do estresse térmico no testículo, parâmetros seminais e proteoma do plasma seminal de carneiros. Seis carneiros da Raça Morada Nova var. branca foram submetidos à insulação escrotal (IE) por oito dias. Os animais foram avaliados antes (dia 0), durante e após a insulação até que os parâmetros seminais tivessem retornado a normalidade. A circunferência escrotal, bem como os demais parâmetros de biometria testicular e a motilidade espermática diminuíram após a IE, mas com retorno aos valores de préinsulação entre os dias 71, 85 e 113, respectivamente. Os carneiros tornaram-se azoospérmicos entre os dias 29 e 71. O número de spots detectáveis/gel diminuiu de 256 ± 31 para 104 ± 14 entre os dias 0 e 29 (p < 0,05), retornando aos valores préinsulação no dia 134. Algumas proteínas detectadas no plasma seminal antes da insulação estavam ausentes quando os animais tiveram menor motilidade espermática ou azoospermia, incluindo albumina, arilsulfatase A, plasma glutamato carboxipeptidase, catepsina F, transferrina, alfa-2-macroglobulina, enzima conversora de angiotensina, alfa fucosidase, beta galactosidase, chaperonina contendo TCP-1, proteína de choque térmico 70 kDa, clusterina, “palate, lung and nasal epithelium clone”, “ram seminal vesicle proteins”, bodesina 2, superóxido dismutase, cistatina B, peroxiredoxina 5, tecido inibidor de metaloproteinase 2. Expressões de outras 17 proteínas foram quantitativamente alteradas nos mapas bidimensionais do plasma seminal como resultado da IE, como a actina, proteína DJ-1, HRPE773, proteína C-reativa, “porcine seminal plasma espermadhesins”, entre outras. Conclui-se, que a expressão de proteínas no plasma seminal foi drasticamente alterada pela insulação escrotal, coincidindo com mudanças no tamanho testicular e parâmetros espermáticos. As proteínas afetadas pelo calor estão potencialmente envolvidas em diversos eventos, como proteção espermática, maturação e fertilização.

MARTINS, Aline Maria Araújo. Proteômica Funcional da Cirrose e do Carcinoma Hepatocelular. 2012. 231 f. : Tese (doutorado) - Universidade Federal do Ceará, Faculdade de Medicina, Departamento de Fisiologia e Farmacologia , Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia - RENORBIO. Fortaleza-CE. 2012. / Submitted by demia Maia (demiamlm@gmail.com) on 2016-05-18T16:48:14Z No. of bitstreams: 1 2012_tese_amamartins.pdf: 7251580 bytes, checksum: 4d2fc400fa8a79065db54dc5369f6fd5 (MD5) / Approved for entry into archive by demia Maia (demiamlm@gmail.com) on 2016-05-18T16:50:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_tese_amamartins.pdf: 7251580 bytes, checksum: 4d2fc400fa8a79065db54dc5369f6fd5 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-18T16:50:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_tese_amamartins.pdf: 7251580 bytes, checksum: 4d2fc400fa8a79065db54dc5369f6fd5 (MD5) Previous issue date: 2012 / Introduction. Cancer is the most common given name to a series of molecular and physiological events which result in genetic instability and biochemical imbalance in cells. Among the seven events that drives cell cancer, the role of chronic inflammation and tumor microenvironment in cancer development were highlighted in this work . To experimentally evaluate some of these events was chosen as an experimental model, cirrhosis resulting from chronic hepatitis (viral and alcoholic) as a progressor of hepatocellular carcinoma (HCC), the most common liver cancer. Goals. To identify and correlate proteins/enzymes involved in chronic inflammatory process of cirrhosis and HCC establishment in cancer progress. Patients and Methods. The profile of soluble proteins in inflammatory tissue and in HCC were analyzed using Functional Proteomics techniques of , such as 2D DIGE, coupled to mass spectrometry. The interaction within the identified proteins signaling pathways´ was performed by using MetaCore® software. Results. In this study, where identified proteins that never been described in the literature, using differential gel electrophoresis within the different biological scenarios analyzed here, such as macrophage metalloelastase - MMP12; Collagenase 3 - MMP13; endoplasmina - HSP90B1; heat shock protein HSP 90β - HSP90AB1; Protein S100 A6; Disintegrin and metalloproteinase with a thrombospondin motifs 9 - ADAMTS9, those playing an important role in carcinogenesis. Discussion Relevant observations due to signaling pathways within the proposed biological scenario were analysed, as well as specific pathways in each etiology. Conclusion. Proteins/enzymes involved in cirrhosis and chronic inflammatory progression and the development of HCC were identified and related by their functionality. The interaction between identified proteins within each biological scenario was evaluated from the perspective of its signaling pathways, and differences between those pathways were demonstrated. Tumor microenvironment plays and undergoes significant influence on the variation of gene expression. / Introdução. O câncer é o nome mais comum dado a uma série de eventos moleculares e fisiológicos que resultam na instabilidade genética e no desequilíbrio bioquímico nas células. Dentro os sete eventos celulares que regem o câncer destaca-se neste trabalho o papel da inflamação crônica e do microambiente tumoral no desenvolvimento dos tumores. Para avaliar experimentalmente alguns destes eventos foi escolhido como modelo experimental, a cirrose resultante da hepatite crônica (viral e alcoólica) como progressora da neoplasia mais comum no fígado, o carcinoma hepatocelular. Objetivo. Identificar e inter-relacionar as proteínas/enzimas envolvidas no processo inflamatório crônico da cirrose e o estabelecimento dos processos neoplásicos no carcinoma hepatocelular. Pacientes e Métodos. Utilizando de técnicas de Proteômica diferencial, 2D DIGE acoplada à espectrometria de massa, foram analisadas, entre vários cenários biológicos, o perfil das proteínas solúveis em tecidos inflamatórios e no próprio carcinoma hepatocelular. Uma abordagem por meio da interação das proteínas anotadas em vias de sinalização foi realizada por meio do programa Metacore®. Resultados. Neste estudo, proteínas que não haviam sido separadas e purificadas por meio de eletroforese em gel diferencial foram anotadas, como Macrófago metaloelastase - MMP12; Colagenase 3 – MMP13; endoplasmina - HSP90B1; Proteína S100 A6; Desintegrina e metaloproteinase com repetição de trombospondina 9 - ADAMTS9, estas desempenhando importante papel na carcinogêneses. Discussão Relevantes observações das vias de sinalização que regem cada cenário biológico proposto, foram realizadas e vias específicas em cada etiologia foram analisadas. Conclusão. As proteínas/enzimas envolvidas no processo inflamatório crônico da cirrose e o surgimento/progressão do carcinoma hepatocelular foram identificadas e caracterizadas quanto à sua funcionalidade e a interação das mesmas, com outras proteínas diferenciais anotadas em cada cenário biológico foi avaliada dentro da perspectiva de suas vias de sinalização correspondentes. O microambiente tumoral exerce e sofre importante influência na variação da expressão gênica.

Fasciola hepatica é o parasito causador da fasciolose, doença transmitida através dos alimentos, que afeta a produção pecuária e a saúde humana. Embora a doença seja tratada com anti-helmínticos, as possibilidades de reinfecção e o desenvolvimento de resistência ao triclabendazol exigem novas estratégias de controle. Os produtos de excreção/secreção liberados pelo parasito durante a infecção auxiliam a sobrevivência do parasito, protegendo-o das respostas do hospedeiro, permitindo sua sobrevivência durante um longo período no hospedeiro vertebrado e a finalização do ciclo larval no hospedeiro intermediário. Este trabalho teve como objetivo gerar uma análise proteômica dos estágios intra-mamífero, adulto e NEJ (juvenil recentemente desencistado), de F. hepatica. Até o momento, os dados gerados representam o maior número de proteínas identificadas para este parasito. A classificação funcional revelou a presença de proteínas envolvidas em diferentes processos biológicos, muitos dos quais representam achados originais para este organismo. Além disso, os padrões de infecção dos parasitos são frequentemente ligados ao comportamento do hospedeiro intermediário, o qual pode desempenhar um papel na distribuição e acumulação dos parasitos. Os dois proteomas analisados neste trabalho possuem diferenças em abundância de proteínas individuais e entre as categorias funcionais. Estas diferenças podem ser causadas pelas características do ciclo biológico do parasito em cada hospedeiro (duração do ciclo de vida, quantidade de cercárias geradas, durabilidade das metacercárias, competição com outros parasitos), aspectos biológicos (como idade ou espécie) ou variações ambientais (temperatura, umidade, estação). A compreensão dos mecanismos moleculares subjacentes à interação com os hospedeiros intermediário e definitivo pode fornecer dados que auxiliem a busca de novos alvos no diagnóstico e controle da fasciolose. / Fasciola hepatica is the agent of fasciolosis, a foodborne zoonosis that affects livestock production and human health. Although flukicidal drugs are available, re-infection and expanding resistance to triclabendazole demand new control strategies. Parasite compounds released during infection, known as excretory/secretory products, mediate parasite survival within the host. ESP are thought to protect parasites from host responses, allowing them to survive for a long period in the vertebrate host and complete their larval cycle in the intermediate host. This work provides in-depth proteomic analysis of F. hepatica intra-mammalian stages, adult and NEJ (newly existed juvenile), and represents the largest number of proteins identified to date for this parasite. Functional classification revealed the presence of proteins involved in different biological processes, many of which represent original findings for this organism and are can be vital for parasite survival within the host. In addition, infection patterns of parasites are often tied to host behavior, and intermediate host behavior can play a role in shaping the distribution and accumulation of parasites. The two proteomes analyzed here have differences in protein abundance, categories and individual proteins. The differences found here could be due to differences in the biological cycle of the parasite in the host (as duration of the life cycle, amount of cercariae generated, durability of metacercariae, competition with other parasites), biological aspects (as age or species) or environmental variabilities (as temperature, humidity, season). Understanding the molecular mechanisms underlying the complex interaction with the intermediate and definitive host could provide relevant clues, aiding the search for novel targets in diagnosis and control of fasciolosis.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia, Florianópolis, 2012 / Made available in DSpace on 2013-06-26T00:58:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 313851.pdf: 12194664 bytes, checksum: a49f2818198bdc12a810d2d30de9730b (MD5) / A distribuição simpátrica e o compartilhamento de hospedeiros e antígenos entre o Trypanosoma rangeli e o Trypanosoma cruzi, agente etiológico da Doença de Chagas podem levar a erros nos diagnósticos e inferências epidemiológicas destes parasitos. Neste sentido, apresentamos o primeiro estudo proteômico comparativo em grande escala das proteínas solúveis e de superfície da forma tripomastigota de T. rangeli e de T. cruzi, objetivando a identificação de proteínas com potencial aplicação no diagnóstico diferencial destes parasitos. Neste estudo foram identificadas 137 distintas proteínas solúveis da forma tripomastigota de T. rangeli resolvidas no perfil 2-D por espectrometria de massas (LC-ESI-MS/MS). Destas, 76% localizadas no citosol ou mitocôndrias e 26% envolvidas no metabolismo energético ou na resposta ao estresse. Além disto, através de ensaios de immunoblotting 1-D com estas proteínas solúveis e antissoros de animais experimentalmente infectados com estes parasitos, foi verificado que a reatividade sorológica cruzada existente entre estes dois parasitos não é recíproca, pois o reconhecimento de proteínas da forma tripomastigota de T. rangeli é menos intensa do que o reconhecimento de proteínas da forma tripomastigota de T. cruzi pelos antissoros heterólogos. Também observamos que proteínas das formas tripomastigotas de T. rangeli e de T. cruzi na faixa de 70-80kDa são reconhecidas exclusivamente pelos antissoros homólogos. Nos ensaios de immunoblotting 2-D foi observado um forte reconhecimento de proteínas da forma tripomastigota de T. rangeli pelo antissoro homólogo na faixa entre 60-100kDa. Apesar disto, não foi possível identificar marcadores específicos destes parasitos com estes ensaios. Porém, a análise proteômica comparativa das proteínas de superfície das formas epimastigota e tripomastigota de T. rangeli e de T. cruzi permitiu a identificação de potenciais marcadores específicos de T. rangeli. Esta análise foi realizada utilizando duas abordagens, sem (LC-MS-MS/MS) e com o uso de gel (GeLC-ESI-MS/MS), além de ensaios de immunoblotting 1-D, que revelaram um padrão de reconhecimento das proteínas de superfície distinto para cada espécie. Com isto foi possível identificar 138 proteínas de T. rangeli e 343 proteínas de T. cruzi, das quais 42 e 157 proteínas exclusivamente nas formas tripomastigotas de T. rangeli e de T. cruzi, respectivamente. Em particular, as análises de MS/MS revelaram pelo menos duas proteínas de T. rangeli, GP63-relacionada (~70kDa) e FCaBP (~25kDa), como potenciais alvos para o diagnóstico diferencial com T. cruzi. Desta forma, esta análise proteômica em larga escala das proteínas de superfície de T. rangeli, revelou diferenças e semelhanças entre as proteínas de superfície destes parasitos, além de permitir a identificação de novas proteínas de T. rangeli com potencial aplicação no diagnóstico diferencial com T. cruzi.<br> / Abstract : Sympatric distribution and sharing of hosts and antigens by Trypanosoma rangeli and Trypanosoma cruzi the etiological agent of Chagas' disease, often incur in misdiagnosis and improper epidemiological inferences. In order to identify differential antigens with potential application in serological diagnosis we performed the first high-throughput proteomic analysis of soluble and surface proteins (SP) of T. rangeli and T. cruzi trypomastigotes. In this work, 137 non-redundant T. rangeli trypomastigote soluble proteins resolved in 2-D profile were identified by mass spectrometry (LC-ESI-MS/MS). Within these 137 non-redundant proteins, 76% are cytosolic or mitochondrial and 26% are involved in energy metabolism or response to stress. Furthermore, 1-D immunoblotting assays with soluble proteins and antisera from animals experimentally infected showed a less intense recognition of T. rangeli trypomastigotes soluble proteins than T. cruzi trypomastigotes proteins by heterologous antisera indicating that serological cross-reactivity between these parasites is not reciprocal. In addition, T. rangeli and T. cruzi trypomastigotes soluble proteins between ~70-80 kDa were exclusively recognized by homologous antisera suggesting specie-specific antigens among the trypomastigote proteins. We also observed a strong recognition of T. rangeli trypomastigotes proteins by homologous antiserum between ~60- 100kDa in 2-D immunoblotting tests. Unfortunately, we were not able to identify specific markers of these parasites through these trials. On the other hand, the comparative proteomic analysis of T. rangeli and T. cruzi epimastigote and trypomastigote SP pointed out potential T. rangeli specific-markers, using gel-free (LC-ESI-MS/MS) and gel-based (GeLC-ESI-MS/MS) proteomic approaches. Besides, immunoblotting revealed distinct recognition profiles of SP for each species. A total of 138 T. rangeli proteins and 343 T. cruzi proteins were identified, of which, 42 and 157 proteins were exclusively identified in T. rangeli or T. cruzi trypomastigotes, respectively. MS/MS analysis of T. rangeli exclusive bands revealed two unique proteins, GP63-related (~70kDa) and flagellar calcium-binding protein (FCaBP) (~25kDa), as potential markers. This highly sensitive proteomic assessment of surface proteins characterized the T. rangeli surfaceome, revealing several differences and similarities between these two parasites and new T. rangeli-specific proteins with promising use in differential diagnosis from T. cruzi.

Made available in DSpace on 2016-02-05T18:29:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-08-28. Added 1 bitstream(s) on 2016-02-05T18:33:59Z : No. of bitstreams: 1 000854060_20160924.pdf: 173359 bytes, checksum: 751c8dda16bb9f3e364df6ed6ec0acfd (MD5) Bitstreams deleted on 2016-09-26T12:32:59Z: 000854060_20160924.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-09-26T12:33:34Z : No. of bitstreams: 1 000854060.pdf: 3213706 bytes, checksum: 918cc12ee2165eed29dfc4857e28e7a9 (MD5) / Histoplasma capsulatum variedade capsulatum é um fungo dimórfico causador da Histoplasmose, uma doença fúngica sistêmica que constitui um importante problema de saúde mundial. A infecção ocorre através da inalação de propágulos infectantes provenientes do meio ambiente. A capacidade de formação de biofilme por esse fungo foi caracterizada recentemente, porém ainda pouco se sabe sobre os mecanismos envolvidos na sua formação. Neste caso, estudos com abordagens proteômicas seriam de fundamental importância para o entendimento da diferença entre a forma planctônica e o biofilme. Os antifúngicos usados na terapia convencional contra biofilmes não são eficientes, além disso, doses elevadas para perfusão destes fármacos nesta forma seriam tóxicas para os pacientes. O presente trabalho teve como objetivo verificar a atividade anti-Histoplasma de 92 compostos derivados de chalcona e do ácido protocatecuico; caracterizar o biofilme do isolado clínico H. capsulatum 317 e pesquisar compostos anti-biofilme buscando um provável mecanismo de ação através da análise proteômica diferencial entre o biofilme tratado e não tratado. Os testes de susceptibilidade foram realizados conforme o documento M27-A3, proposto pelo CLSI (2008). Os biofilmes foram formados em caldo BHI suplementado e a atividade metabólica foi determinada através do ensaio de redução do XTT. Para a caracterização da formação do biofilme e da ação do composto, utilizou-se a microscopia eletrônica de varredura (MEV) e microscopia confocal, enquanto que a massa do biofilme e a matriz extracelular foram quantificadas pelo cristal violeta e safranina. E como etapa final foi realizada a análise do perfil proteico dos biofilmes com e sem tratamento. Os melhores valores de concentração inibitória mínima (CIM) foram obtidos por seis derivados de chalconas (T50, C3, E2A, F2A, T18A e T46A) e... / Histoplasma capsulatum var. capsulatum is a dimorphic fungi that causes Histoplasmosis, a systemical fungal disease that is a major health problem worldwide. Infection occurs by inhalation of infective propagules from the environment. The biofilm formation by this fungi was characterized recently, however little is known about the mechanisms involved in their formation. In this case, studies with proteomic approaches would be of fundamental importance for understanding the difference between the planktonic and biofilm forms. The antifungal agents used in conventional therapy are not effective against biofilms, in addition, high doses of these drugs can be toxic to patients. This study aimed to verify the anti-Histoplasma activity of 93 compounds derived from chalcones and protocatechuic acid; characterize the biofilm formation by the clinical isolate H. capsulatum 317 and discover new anti-biofilm compounds searching for a mechanism of action by differential proteomics analysis, comparing the treated and untreated biofilms. Susceptibility tests were performed according to the document M27- A3, proposed by the CLSI (2008). The biofilms were formed in BHI broth supplemented and metabolic activity was determined by the XTT reduction assay. For the characterization of biofilm formation and action of the compound, was used the scanning electron microscopy (SEM) and confocal microscopy, while the mass of the biofilm and the extracellular matrix were quantified by crystal violet and safranin. Lastly was performed the analysis of the protein profile of biofilms with and without treatment. The best minimum inhibitory concentration values (MIC) were obtained for six derivatives of chalcones (T50, C3, E2A, F2A, T18A and T46A) and nonyl protocatechuate (MIC = 3.9 mg/L). The clinical isolate H. capsulatum EH317 was able to form biofilms in vitro after 96 hours. After 96 hours, the biofilm ...

Submitted by NAYARA RODRIGUES VIEIRA CAVASSAN null (bio.nayaravieira@gmail.com) on 2016-03-29T13:55:34Z No. of bitstreams: 1 DIssertação_Nayara 2016.docx: 3374299 bytes, checksum: 7ef38b394b1f2c3eff5e9be65c3e0a79 (MD5) / Rejected by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: A versão final da dissertação/tese deve ser submetida no formato PDF (Portable Document Format). O arquivo PDF não deve estar protegido e a dissertação/tese deve estar em um único arquivo, inclusive os apêndices e anexos, se houver. Por favor, corrija o formato do arquivo e realize uma nova submissão. Agradecemos a compreensão. on 2016-03-29T17:41:05Z (GMT) / Submitted by NAYARA RODRIGUES VIEIRA CAVASSAN null (bio.nayaravieira@gmail.com) on 2016-03-29T18:18:27Z No. of bitstreams: 3 DIssertação_Nayara 2016.docx: 3374299 bytes, checksum: 7ef38b394b1f2c3eff5e9be65c3e0a79 (MD5) DIssertação_Nayara 2016.pdf: 1292149 bytes, checksum: 7f8306ef45681a053520143b7491ed1e (MD5) DIssertação_Nayara 2016.pdf: 1292149 bytes, checksum: 7f8306ef45681a053520143b7491ed1e (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-03-29T20:10:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 cavassan_nrv_me_bot.pdf: 1292149 bytes, checksum: 7f8306ef45681a053520143b7491ed1e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-29T20:10:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 cavassan_nrv_me_bot.pdf: 1292149 bytes, checksum: 7f8306ef45681a053520143b7491ed1e (MD5) Previous issue date: 2016-02-29 / Introdução: Úlceras venosas crônicas atingem até 4% da população mundial >65 anos, causando impacto socioeconômico, principalmente relacionado à diminuição da mobilidade e autoestima. O exsudato destas lesões, pode ser útil na identificação dos fatores envolvidos na reparação tecidual. Objetivos: Identificar proteínas expressas no exsudato de úlceras venosas, agrupando-as de acordo com suas principais funções, e correlancionando-as com variaveis clínicas e epidemiológicas. Métodos: Estudo clínico do tipo transversal, descritivo e analítico envolvendo trinta e sete úlceras de 28 pacientes. Todos os pacientes foram submetidos à questionário clínico-epidemiológico auto descritivo, análise de área e a coleta de exsudato das úlceras. Fluidos das lesões foram submetidos à digestão tríptica em solução e sequenciados por espectrometria de massas para identificação do perfil proteômico. A análise multivariada entre dados clínicos e expressão proteica do exsudato foi explorada por escalonamento multidimensional, a partir da distância euclidiana entre as variáveis. Resultados: A maioria dos pacientes era do sexo feminino (62%), com idade média de 70(±10.1) anos, relatando adesão à compressão e ao repouso, histórico de varizes primárias e hipertensão arterial sistêmica, apresentando tecido desvitalizado no leito da ferida e tempo de evolução >10 anos. Foram identificadas 74 proteínas no exsudato, agrupadas de acordo com sua principal função na cicatrização. O perfil proteômico evidenciou principalmente moléculas envolvidas em processos imunes. Entretanto, após correlação com dados clínicos se destacam quetro interações: Albumina vs. tempo de evolução; apolipoproteína A-II vs. idade do paciente; complemento C4-B vs. área; e apolipoproteína A-IV vs. colonização. Conclusão: O perfil proteico do exsudato de ulceras venosas foi caracterizado proteomicamente, identificando-se maior prevalência de proteínas do sistema imune e transportadoras. Houve associação entre expressão e características clínicas como: tempo de evolução; idade; área e colonização, evidenciando a interação de elementos clínicos e epidemiológicos no microambiente da ferida.

Made available in DSpace on 2015-07-13T12:10:12Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-04-24. Added 1 bitstream(s) on 2015-07-13T12:25:38Z : No. of bitstreams: 1 000834661_20160424.pdf: 178775 bytes, checksum: e83402273d2039126db47edb4b960cbf (MD5) Bitstreams deleted on 2016-04-25T15:55:55Z: 000834661_20160424.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-04-25T15:56:52Z : No. of bitstreams: 1 000834661.pdf: 6048415 bytes, checksum: fc79f798a7723d0f559f70f990ce533e (MD5) / Com a crescente demanda nacional e internacional de bioetanol combustível a indústria alcooleira carece de mais estudos que possam beneficiar a produtividade sem que haja aumento exacerbado de investimentos. Para tanto, faz-se necessário conhecimento bioquímico e fisiológico dos microrganismos, bem como otimização do meio de cultivo e das condições fermentativas. A análise proteômica, proposta neste trabalho, é uma ferramenta chave na elucidação das alterações sofridas pelo microrganismo quando exposto a adversidades como, por exemplo, dificuldade de aeração, baixa manutenção do pH e variações de teor de sacarose no mosto e no melaço de acordo com cada safra, casos recorrentes nos processos fermentativos industriais. Sendo assim, foi objetivo deste trabalho investigar as alterações bioquímicas sofridas por Saccharomyces cerevisiae linhagem CAT-1 cultivada em 30% (very high gravity fermentation) e 14% (high gravity fermentation) de concentração de sacarose. As análises foram realizadas por eletroforese bidimensional, seguida por espectrometria de massa (MALDI-TOF/TOF). Os resultados demonstram a presença de 22 spots protéicos diferenciais entre as duas condições no que diz respeito às análises quantitativas, qualitativas e estatísticas, dentre os quais quatro foram seqüenciados e correspondem às proteínas GRX1p, Rtc3p, ENO2p e ADH1p. Adicionalmente, a atividade invertásica foi analisada para a compreensão da repressão catabólica, sendo que a atividade enzimática atingiu seu pico de produção no tempo de 10h em cultivos contendo 30% de sacarose (13,68 ± 2,26U.ml-1). As análises de rendimento etanólico e viabilidade celular demonstram que cultivos contendo 30% de sacarose apresentam resultados vantajosos frente aos cultivos contendo 14% de sacarose, uma vez que proporcionaram um rendimento alcoólico de 15,99% e 99,2% de células viáveis ao final de cada... / Bacause of the national and international increasing demand for fuel ethanol, the alcohol industry needs more studies to benefit productivity without exacerbated increased investment. Therefore, it is necessary biochemical and physiological knowledge of the microorganisms and optimization of the medium and fermentation conditions. The proteomic analysis proposed in this work is a key tool in the elucidation of the changes suffered by the microorganism when exposed to adversity as, for example, aeration difficulty, low pH maintenance and sugar content of the mash and variations in molasses according to the harvest, recurrent situations in industrial fermentation processes. So, the aim of this study was to investigate the biochemical changes suffered by Saccharomyces cerevisiae CAT-1 grown by 30% (very high gravity fermentation) and 14% (high gravity fermentation) sucrose concentration. The analysis were performed by two-dimensional electrophoresis followed by mass spectrometry (MALDI-TOF/TOF). The results showed the presence of 22 differential protein spots between the two conditions with regard to quantitative analysis, qualitative and statistics analysis. Four of these spots were sequenced and correspond to GRX1p, Rtc3p, ENO2p and ADH1p. Additionally, the invertase activity was analyzed for understanding the catabolite repression and the enzyme activity reached its peak in 10 h in cultures containing 30% sucrose (13.68 ± 2,26U.ml-1). The ethanol yield and cell viability analysis showed that cultures containing 30% sucrose show advantageous results when compared to cultures containing 14% sucrose, once these cultures provided an ethanol yield of 15.99% and 99.2% viable cells at the end of each fermentation, very close to the theoretical values expected for an industrial process. Biomass and reducing sugars were also quantified.

Mycoplasma hyopneumoniae é um importante patógeno suíno, sendo o agente da pneumonia enzoótica suína. Recentemente, o genoma de três cepas (J, 7448 e 232) de M. hyopneumoniae foi seqüenciado. Inicialmente, realizamos uma análise proteômica baseada em eletroforese bidimensional (2DE), estudos imunológicos e espectrometria de massas para a cepa patogênica 7448 de M. hyopneumoniae. Foram produzidos mapas proteômicos em duas faixas de pH (3-10 e 4-7). Um total de 31 produtos gênicos foram experimentalmente verificados. Em uma análise imunológica foi possível identificar pelo menos cinco proteínas antigênicas de M. hyopneumoniae. Seguindo este primeiro estudo prospectivo da cepa 7448, foi realizada uma análise proteômica comparativa de três cepas de M. hyopneumoniae, uma não-patogênica (J) e duas cepas patogênicas (7448 e 7422). Na comparação por 2DE foi possível identificar diferenças no nível de expressão entre as cepas em pelo menos 67 spots protéicos. Para uma análise mais ampla dos perfis protéicos das três cepas foi utilizada uma estratégia baseada em LC-MS/MS. Nas três cepas, 231 proteínas foram identificadas, correspondendo a cerca de 35% da capacidade codificadora do genoma de M. hyopneumoniae. A classificação funcional das proteínas identificadas sugere diferenças fisiológicas entres as cepas não-patogênicas e patogênicas. A aplicação de uma proteômica quantitativa label-free (o exponentially modified protein abundance index) demonstrou diferenças significativas nos níveis de expressão de pelo menos 64 proteínas. Por fim, uma análise imunológica baseada em 2DE utilizando um anticorpo monoclonal contra a repetição R1 da proteína P97, foi capaz de identificar um padrão de clivagem proteolítica diferencial entre as três cepas de M. hyopneumoniae. / Mycoplasma hyopneumoniae is an important pathogen for pigs, being the causative agent of enzootic pneumonia. Recently, the genome sequences of three strains, J, 7448 and 232 have been reported. Here, we describe the results of a proteomic analysis, based on two-dimensional gel electrophoresis of soluble protein extracts, immunoblot and mass spectrometry from the M. hyopneumoniae pathogenic strain 7448. A preliminary M. hyopneumoniae proteome map in two pH ranges (3 - 10 and 4 - 7) was produced. A total of 31 different coding DNA sequences were experimentally verified. Moreover, at least five highly antigenic proteins of M. hyopneumoniae were identified by immunoblots. Following the previous report of a proteomic survey of the pathogenic 7448 strain, we performed comparative protein profiling of three M. hyopneumoniae strains, namely the non-pathogenic J strain and the pathogenic strains 7448 and 7422. In 2DE comparisons, we were able to identify differences in expression levels between strains for 67 proteins. For more comprehensive protein profiling, an LC-MS/MS strategy was used. Overall, 231 different proteins were identified, corresponding to 35% of the M. hyopneumoniae genome coding capacity. The functional classification of identified proteins was suggestive of physiological differences between the non-pathogenic and the pathogenic strains. Also, application of the exponentially modified protein abundance index demonstrated significant differences in the expression levels of proteins detected in more than one strain, confirming over-expression in one or two of the strains for 64 proteins. 2DE immunoblot analyses allowed the identification of differential proteolytic cleavage patterns of the P97 adhesin in the three strains.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2017. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2017-07-12T16:55:22Z No. of bitstreams: 1 2017_JaquesMirandaFerreiradeSouza.pdf: 2982862 bytes, checksum: 20647199d81a1bad4c017a1e467820df (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-08-10T17:24:53Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_JaquesMirandaFerreiradeSouza.pdf: 2982862 bytes, checksum: 20647199d81a1bad4c017a1e467820df (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-10T17:24:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_JaquesMirandaFerreiradeSouza.pdf: 2982862 bytes, checksum: 20647199d81a1bad4c017a1e467820df (MD5) Previous issue date: 2017-08-10 / O condicionamento operante é uma forma de aprendizagem associativa, através da qual o indivíduo aprende a antecipar eventos futuros em decorrência das consequências de seus atos. Essa forma de aprendizagem encontra-se compartilhada entre o homem e outros animais. O uso de ratos e abelhas no estudo de aprendizagens associativas têm gerado informações a respeito dos mecanismos moleculares envolvidos nessas aprendizagens. No entanto, existem poucos relatos a respeito de alterações proteômicas envolvidas na aprendizagem por condicionamento operante utilizando modelos biológicos como ratos e abelhas. O presente trabalho teve como objetivo identificar proteínas com abundâncias alteradas em indivíduos treinados no paradigma operante utilizando uma abordagem de cromatografia líquida acoplada a espectrometria de massas. Ratos foram submetidos a sessões de treinamento operante em caixa de Skinner e tiveram seus perfis proteicos hipocampais comparados com os seus controles. Seguindo essa abordagem foi possível identificar 6.082 proteínas das quais 39 apresentaram diferenças de abundância entre os grupos. Tais proteínas estão envolvidas em processos de regulação da organização do citoesqueleto, tráfico de vesículas, transdução de sinais e controle pós-transcricional da expressão gênica. Uma segunda vertente da tese utilizou abelhas da espécie Mellipona quadrifasciata submetidas a aprendizagem por condicionamento operante de pressão a barra. Um total de 3.291 proteínas foram identificadas, até então a maior cobertura para o proteoma cerebral dessa espécie. Conseguimos identificar 850 proteínas com diferença de abundância entre os grupos treinados e controle. / Operant conditioning is a form of associative learning in which the subject learns to anticipate future events coming as consequence of its behavior. This learning process occurs in humans and other animals. Rats and bees have been used in behavior and learning research for the generation of molecular information related to such processes. However, little proteomic data related to operant conditioning is available. The present thesis aimed at using LC-MS/MS to identify proteins with differential abundance in subjects trained under the operant paradigm. Rats were submitted to operant conditioning in Skinner boxes, followed by analyses of their hippocampal proteomes. A total of 6,082 proteins were identified, from which 39 were differentially abundant between trained and control rats. Such proteins are involved in regulation of cytoskeleton organization, vesicle traffic, signal transduction and gene expression control. A second work in this thesis used Mellipona quadrifasciata bees submitted to operant conditioning for bar pressing learning. A total of 3,291 brain proteins were identified, the widest coverage for this species to date, from which 850 presented differential abundance between trained and control groups. A third work was the determination of 120 proteins from Apis mellifera brain that interact with MRJP1 (major royal jelly protein 1). Many of them are involved in processes related to synaptic plasticity.