Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, Programa de Pós-Graduação em Patologia Molecular, 2014. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2014-04-29T12:50:20Z No. of bitstreams: 1 2014_ThuanydeMouraCordeiro.pdf: 3960809 bytes, checksum: 4b394c3182d7b2be77db6f48e1225c6d (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2014-05-23T12:40:35Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_ThuanydeMouraCordeiro.pdf: 3960809 bytes, checksum: 4b394c3182d7b2be77db6f48e1225c6d (MD5) / Made available in DSpace on 2014-05-23T12:40:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_ThuanydeMouraCordeiro.pdf: 3960809 bytes, checksum: 4b394c3182d7b2be77db6f48e1225c6d (MD5) / A malária é uma doença infecciosa causada por protozoários Plasmodium spp. O P. falciparum é considerado o mais severo por ser o responsável pela maioria dos casos de morte causados pela doença. Devido ao rápido surgimento de cepas de P. falciparum resistentes às drogas antimalariais dá-se a importância de realizar um screening de compostos da biodiversidade, além de elucidar os mecanismos de ação de substâncias com comprovada ação antiplasmodial, como por exemplo, a rottlerin, um inibidor da proteína quinase C. As proteínas quinases desempenham um papel essencial em muitas funções celulares, o que as tornam alvos muito atraentes para o desenvolvimento de novas drogas. A metodologia considerada padrão ouro para avaliar a atividade antimalárica de drogas é o ensaio com incorporação de hipoxantina tritiada. No entanto, o alto custo, a adoção de medidas de segurança e a produção de lixo radioativo limitam a utilização desta técnica. Desta forma, os objetivos deste trabalho foram à implementação do teste de atividade antiplasmodial baseado em fluorescência com SYBR Green I®, avaliação da atividade antimalárica das subfrações cromatográficas de sílica-gel do extrato de acetato de etila de Qualea grandiflora, uma planta típica do Cerrado brasileiro, e avaliação dos efeitos da rottlerin no ciclo intra-eritrocitário do P. falciparum por métodos bioquímicos e citofluorimétricos. Três subfrações de Q. grandiflora apresentaram atividade antiplasmodial moderada, sem atividade citotóxica e hemolítica aparentes. Foi demonstrado o efeito da rottlerin, um potencial efetor da autofagia, sobre o ciclo eritrocitário de P. falciparum por citometria de fluxo. De fato, a análise da população enriquecida de esquizonte de P. falciparum em cultura tratada por rottlerin comparada com a não tratada revelou que houve inibição da diferenciação dos merozoítos, acarretando na morte rápida do parasito. A fim de entender quais eram os alvos proteicos de ação desta molécula, foi realizada uma análise proteômica comparativa preliminar por eletroforese bidimensional. Três proteínas, Heat Shock Protein 90 (HSP90), 3-fosfoglicerato quinase (3-PGK) e lactato desidrogenase (LDH), superexpressas na população de esquizontes não tratada com a rottlerin foram identificadas. Estas proteínas pertencem à classe de proteínas quinases ou possuem um domínio de interação com quinase. A HSP90 está envolvida no processo de enovelamento proteico com um papel fundamental no crescimento e desenvolvimento do parasito e, consequentemente, estudada como potencial alvo de droga antiplasmodial. A LDH e a 3-PGK são enzimas do metabolismo da glicose, e assim, potenciais alvos bem conhecidos para compostos antimaláricos devido à dependência deste parasito à glicólise para produção de energia. O estudo da biodiversidade do Cerrado pode contribuir para a descoberta de compostos antimalariais e a conservação deste bioma ameaçado. A não detecção das proteínas identificadas na presença de rottlerin pode estar relacionada à indução da autofagia na esquizogonia eritrocitária e constituem potenciais alvos de drogas antimaláricas. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Malaria is an infectious disease caused by Plasmodium spp protozoa. The P. falciparum is considered the most severe, since it is responsible for the majority of deaths related to this disease. Due to the rapid emergence of resistant strains of P. falciparum against antimalarial drugs, a great importance can be given to the screening of biodiversity compounds in addition to elucidate the mechanisms of action of substances with demonstrated antiplasmodial action such as rottlerin, an inhibitor of protein kinase C. Protein kinases play a pivotal role in many cellular functions, which make them very attractive targets for the development of new drugs. The methodology considered the gold standard for assessing antimalarial drug activity is the [3H]hypoxanthine incorporation assay. However, the high cost, adoption of safety regulations and the production of radioactive waste limit the application of this technique. Therefore, the objectives of this study were to implement the antiplasmodial activity test based on SYBR® Green I fluorescence, assessment of antimalarial activity of silica gel chromatographic subfractions of Qualea grandiflora ethyl acetate extract, a typical plant of the Brazilian Cerrado, and assessment of the rottlerin‟s effects in erythrocytic cycle of P. falciparum by biochemical and cytofluorimetric methods. Three subfractions of Q.grandiflora showed moderate antiplasmodial activity without apparent cytotoxic and hemolytic activities. It was demonstrated the effect of rottlerin, a potencial autophagy effector, on P. falciparum erythrocytic cycle by flow cytometry. In fact, analysis of the schizont enriched population of P. falciparum in rottlerin-treated culture compared to untreated ones revealed that there was an inhibition of merozoites differentiation, resulting in the rapid death of the parasite. In order to elucidate which proteins were the targets of rottlerin action, a preliminary comparative proteomic analysis by two-dimensional electrophoresis was performed. Three proteins, heat shock protein 90 (HSP90), 3- phosphoglycerate kinase (PGK-3) and lactate dehydrogenase (LDH), upregulated in schizont population non treated with rottlerin were identified. These proteins belong to the class of protein kinases or possess domains that interact with them. The HSP90 is involved in the protein folding process with a critic role in parasite growth and development, thus being studied as a potential target for antiplasmodial drugs. The 3- PGK and LDH are enzymes of glucose metabolism, hence well known potential targets for antimalarial compounds due to parasite dependence on glycolysis to produce energy. The study of Cerrado biodiversity can contribute to the discovery of antimalarial compounds and to the conservation of this threatened biome. The not detection of these proteins identified in the presence of rottlerin may be related to autophagy induction in erythrocytic schizogony and constitute potential targets for antimalarial drugs.

Acidentes com animais venenosos constituem um problema de saúde pública negligenciado em todo o mundo. Estimativas indicam que, considerando-se apenas acidentes com serpentes venenosas, ocorram mundialmente cerca de 2,5 milhões de casos, causando 85.000 óbitos anuais. O desenvolvimento do quadro patológico dos envenenamentos é o resultado conjunto de potentes atividades biológicas exercidas, principalmente, por proteínas e peptídeos que compõem os venenos animais. A proteômica aplicada à caracterização de componentes de venenos animais, denominada venômica, é uma metodologia essencial na identificação não apenas dos componentes tóxicos, mas também valiosa na investigação molecular dos mecanismos patológicos dos envenenamentos. Através de metodologias proteômicas, descrevemos a caracterização protéica dos venenos animais das serpentes Bothrops jararaca e Bothrops lanceolatus e da lagarta Lonomia obliqua. Ainda, avaliamos através da proteômica de tecido experimentalmente envenenado as ações tóxicas de um componente isolado do veneno de Bothrops jararaca. Através de análise comparativa e semi-quantitativa da composição protéica dos venenos de B. jararaca e B. lanceolatus, descrevemos uma diferença qualitativa na distribuição dos componentes tóxicos. Enfatizando o grupo protéico majoritário, metaloproteases (SVMP), descrevemos diferentes abundâncias relativas entre os subtipos destas enzimas. Esta diferença explicaria as repercussões clínicas opostas durante o envenenamento humano, sendo um veneno hemorrágico e o outro prótrombótico. Componentes tóxicos capazes de gerar um quadro hemorrágico também foram avaliados através da análise proteômica das secreções tóxicas de L. obliqua. O estudo comparativo entre hemolinfa e extrato de espículas demonstrou que, diferentemente dos venenos botrópicos, as secreções tóxicas são compostas majoritariamente de inibidores de proteases, predominantemente serpinas. Além disso, descrevemos pela primeira vez a presença de novos componentes potencialmente tóxicos, como metaloproteases. Por fim, a proteômica de tecidos foi aplicada à investigação dos efeitos locais da injeção da metaloprotease do veneno de B. jararaca, jararagina. O efeito direto da ação da metaloprotease foi observado através da identificação de proteínas presentes em maior ou menor abundância, denotando infiltração ou degradação, respectivamente. Hemorragia, edema e estresse oxidativo foram evidenciados por pronunciado aumento em proteínas envolvidas nesses processos, mas, acima de tudo, identificamos degradação de proteínas relacionadas à manutenção da integridade da matriz extracelular e estabilização de coágulos, sugerindo novos mecanismos relacionados à atividade tóxica a serem investigados. De uma maneira geral, o presente trabalho descreve componentes tóxicos de venenos animais causadores de síndromes hemorrágicas e gera novas hipóteses em relação a mecanismos moleculares envolvidos no desenvolvimento da patofisiologia dos envenenamentos. / Accidents with venomous animals are a neglected health issue worldwide. Global estimates points to the occurrence of 2,500,000 envenomation cases, causing 85,000 deaths per year. The pathological envenomation condition is a result of strong biological activities caused mainly by the action of venom's proteins and peptides components. Proteomics applied to the characterization of animal venom active principles, so called venomics, is an essential tool to the identification of toxic molecules as well as to help understanding the molecular mechanisms underlying pathological envenomation conditions. Through a proteomic methodology, here we describe the characterization of venoms from the snakes Bothrops jararaca and Bothrops lanceolatus and the caterpillar Lonomia obliqua. Moreover, from a tissue proteomic perspective we were able to evaluate the toxic effects of a B. jararaca venom component upon experimentally envenomed skin. Using a comparative semi-quantitative proteomic analysis, we described a qualitative difference in toxic components distribution between B. jararaca and B. lanceolatus venoms. Focusing on snake venom metaloproteases (SVMPs) distribution, we observed different relative abundance of these enzymes subgroups. Those differences could explain the opposite clinical envenomation characteristics, since one venom is hemorrhagic and the other induces a prothrombotic profile. Pro-hemorrhagic venom toxins were also characterized through the proteome of L. obliqua venomous secretions. Hemolymph and bristle extract were analyzed showing that, different from bothropic venoms, the toxic secretions composition are mainly protease inhibitors, especially serpins. Moreover, we were able to demonstrate for the first time the presence of new putative toxins, such as metalloproteases. Finally, we applied tissue proteomics to the investigation of local snakebite pathology by jararhagin, a metalloprotease from B. jararaca venom. The metalloprotease direct effect was observed through the increase or decrease in protein identification, indicating infiltration or degradation respectively. Hemorrhage, edema and oxidative stress were characterized by enhance in correlated proteins but, most of all, we identified degradation in proteins important to extracellular matrix integrity and clot stabilization, indicating novel mechanism of toxicity to be further evaluated. In a general perspective, the present work describes toxic components from venomous animals that cause hemorrhagic syndromes and generates new testable hypothesis of the mechanisms of action involved in the development of envenomation pathophysiology.

Mycoplasma hyopneumoniae é um importante patógeno suíno, sendo o agente da pneumonia enzoótica suína. Recentemente, o genoma de três cepas (J, 7448 e 232) de M. hyopneumoniae foi seqüenciado. Inicialmente, realizamos uma análise proteômica baseada em eletroforese bidimensional (2DE), estudos imunológicos e espectrometria de massas para a cepa patogênica 7448 de M. hyopneumoniae. Foram produzidos mapas proteômicos em duas faixas de pH (3-10 e 4-7). Um total de 31 produtos gênicos foram experimentalmente verificados. Em uma análise imunológica foi possível identificar pelo menos cinco proteínas antigênicas de M. hyopneumoniae. Seguindo este primeiro estudo prospectivo da cepa 7448, foi realizada uma análise proteômica comparativa de três cepas de M. hyopneumoniae, uma não-patogênica (J) e duas cepas patogênicas (7448 e 7422). Na comparação por 2DE foi possível identificar diferenças no nível de expressão entre as cepas em pelo menos 67 spots protéicos. Para uma análise mais ampla dos perfis protéicos das três cepas foi utilizada uma estratégia baseada em LC-MS/MS. Nas três cepas, 231 proteínas foram identificadas, correspondendo a cerca de 35% da capacidade codificadora do genoma de M. hyopneumoniae. A classificação funcional das proteínas identificadas sugere diferenças fisiológicas entres as cepas não-patogênicas e patogênicas. A aplicação de uma proteômica quantitativa label-free (o exponentially modified protein abundance index) demonstrou diferenças significativas nos níveis de expressão de pelo menos 64 proteínas. Por fim, uma análise imunológica baseada em 2DE utilizando um anticorpo monoclonal contra a repetição R1 da proteína P97, foi capaz de identificar um padrão de clivagem proteolítica diferencial entre as três cepas de M. hyopneumoniae. / Mycoplasma hyopneumoniae is an important pathogen for pigs, being the causative agent of enzootic pneumonia. Recently, the genome sequences of three strains, J, 7448 and 232 have been reported. Here, we describe the results of a proteomic analysis, based on two-dimensional gel electrophoresis of soluble protein extracts, immunoblot and mass spectrometry from the M. hyopneumoniae pathogenic strain 7448. A preliminary M. hyopneumoniae proteome map in two pH ranges (3 - 10 and 4 - 7) was produced. A total of 31 different coding DNA sequences were experimentally verified. Moreover, at least five highly antigenic proteins of M. hyopneumoniae were identified by immunoblots. Following the previous report of a proteomic survey of the pathogenic 7448 strain, we performed comparative protein profiling of three M. hyopneumoniae strains, namely the non-pathogenic J strain and the pathogenic strains 7448 and 7422. In 2DE comparisons, we were able to identify differences in expression levels between strains for 67 proteins. For more comprehensive protein profiling, an LC-MS/MS strategy was used. Overall, 231 different proteins were identified, corresponding to 35% of the M. hyopneumoniae genome coding capacity. The functional classification of identified proteins was suggestive of physiological differences between the non-pathogenic and the pathogenic strains. Also, application of the exponentially modified protein abundance index demonstrated significant differences in the expression levels of proteins detected in more than one strain, confirming over-expression in one or two of the strains for 64 proteins. 2DE immunoblot analyses allowed the identification of differential proteolytic cleavage patterns of the P97 adhesin in the three strains.

Submitted by Eduardo Barros de Almeida Silva (eduardo.philippe@ufpe.br) on 2015-04-17T13:43:27Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) DISSERTAÇÃO FINAL DANILO SEM ASSINATURA.pdf: 1754718 bytes, checksum: 3290ac0ad20ca51beb6265cf1fa23cbc (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-17T13:43:27Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) DISSERTAÇÃO FINAL DANILO SEM ASSINATURA.pdf: 1754718 bytes, checksum: 3290ac0ad20ca51beb6265cf1fa23cbc (MD5) Previous issue date: 2013-02-25 / CAPES / Levana é um polímero de frutose produzido por Zymomonas mobilis que apresenta propriedades físico-químicas e biológicas que possibilitam seu uso pelas indústrias alimentícia e farmacêutica. Visando-se detectar proteínas diferencialmente expressas durante a produção deste polímero, procedeu-se a análise proteômica por meio de eletroforese bidimensional seguida por espectrometria de massas. Uma vez que as proteínas são os elementos efetores da expressão gênica e que a análise de proteomas pode auxiliar na identificação de pontos de controle do metabolismo determinantes para a biossíntese. Inicialmente, foi realizada a padronização da etapa de extração de proteínas totais solúveis de modo a obter-se uma análise proteômica global reprodutível e de qualidade. Foram testados três métodos de extração de proteínas totais (trizol, Mehta e Rosato e tampão de lise) em cinco linhagens (Ag11, ZAG-12, ZM4, ZAP e Z1-87) de Z. mobilis que apresentam características metabólicas diferenciadas. Dentre esses métodos, o do reagente Trizol possibilitou a obtenção de proteínas totais em quantidade e qualidade para as análises propostas. A linhagem ZAG-12, por se destacar entre as demais em termos quantitativos na produção de levana, foi escolhida para a realização dos estudos proteômicos. Esta bactéria foi crescida em meio de glicose por 24 horas, inoculada em meio de sacarose na concentração de 100 g L-1 por 24 horas e submetida à fermentação em meio de sacarose na concentração de 200 g L-1 por 72 horas. Alíquotas foram colhidas a cada 24 horas para dosagem de carboidratos e etanol por cromatografia líquida de alta eficiência, e dosagem de levana. Para análise das proteínas diferencialmente expressas foram coletadas amostras nos tempos inicial e final da fermentação. Pode-se reconhecer aproximadamente 450 proteínas diferentes em cada gel e 44 proteínas com expressão diferenciada na comparação das duas condições estudadas. Estas proteínas foram analisadas pelo espectrômetro do tipo MALDI TOF/TOF. As proteínas diferencialmente expressas identificadas foram agrupadas de acordo com suas funções no metabolismo, em que 57% estão associadas com o metabolismo de carboidratos, 13% com mecanismos de tradução e os outros 30% com outros metabolismos, biossíntese e transcrição. Este trabalho contribuiu no estabelecimento de metodologias eficientes para obtenção de proteínas totais solúveis, assim como definiu as melhores condições para separação de proteínas por eletroforese bidimensional em Z. mobilis. Além disso, os resultados obtidos servirão como base para o entendimento acerca do metabolismo da Z. mobilis durante a produção de levana e abrirão oportunidades para novos estudos.

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:52:37Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo4547_1.pdf: 1702711 bytes, checksum: 8957e7b4102418b67fc1815c352e9631 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2007 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Melxi® é um fitoterápico confeccionado com o mel de abelha e o extrato de abacaxi (Ananas comosus L.). O mel apresenta ações anti-sépticas e bactericidas, sendo constituído de 78% de carboidratos, 1,5% de proteínas e 0,18% de sais minerais, além de 5,72% de vitaminas e outros elementos. O extrato bruto do abacaxi contém uma mistura complexa de proteinases, denominada de bromelina, além de outras enzimas e inibidores de proteases como também sacarose, frutose e glicose. A eficácia terapêutica da bromelina tem sido relatada em diversas publicações, sendo uma das mais importantes à ação mucolítica e fluidificante sobre secreções de vias aéreas. Este trabalho teve como objetivo estudar o efeito do xarope Melxi® sobre o tecido pulmonar e do lavado broncoalveolar em modelo animal de doença inflamatória do trato respiratório. Ratos machos Wistar foram divididos em quatro grupos, sendo: Grupo I = Controle não sensibilizado; Grupo II = Controle sensibilizado; Grupo III = sensibilizado tratado com salina e Grupo IV = sensibilizado tratado com Melxi®. Os animais dos Grupos II, III e IV foram pré-sensibilizados com 2 injeções intraperitoneais (IP) de 200 μl de solução de ovoalbumina (OVA) a 1% (p/v) em intervalos de 10 dias, seguido de sensibilização com 4 aplicações intranasais de 50 μl da (OVA) obedecendo ao mesmo intervalo de tempo. Após a sensibilização o Grupo IV recebeu 2 ml do xarope Melxi®, por gavagem orogástrica, 3 vezes ao dia, enquanto o Grupo III recebeu 2 ml de NaCl a 0,9% (p/v) nas mesmas condições, durante 7 dias. Todos os animais foram anestesiados com solução de pentobarbital. O pulmão e o lavado bronco-alveolar foram coletados e processados para eletroforese bidimensional (2D). Parte do pulmão foi removido e fixado em formalina a 10%, corados pela hematoxilina/eosina(HE), pelo alcian blue(AB) e pelo ácido periódico de Schiff(PAS), para análise histopatológica. Os tecidos pulmonares do Grupo IV corados pelo PAS apresentaram uma redução nos depósitos intracelulares de glicosaminoglicanos quando comparados com animais do Grupo II. As imagens obtidas dos géis de eletroforese 2-D foram analisadas pelo software 2D Plantinum da Amersham Biociences. Os perfis eletroforéticos das proteínas nos lavados bronco-alveolares dos diferentes grupos estudados demonstraram pequenas alterações, apenas a nível das proteínas de baixo peso molecular na região de pH alcalino da focalização isoelétrica (IEF). Enquanto nos tecidos pulmonares, os quatro grupos apresentaram-se bastante semelhantes. Os resultados obtidos sugerem que tenha havido uma diminuição na produção de muco pelas células do epitélio brônquico nos animais tratados pelo Melxi®, entretanto, estas alterações não parecem ter influenciado o perfil protéico pulmonar dos animais tratados quando comparados com os controles

Made available in DSpace on 2018-08-02T00:16:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_6085_IRANY RODRIGUES PRETTI.pdf: 1820028 bytes, checksum: 206c5b4515936d11e0d571040d9689c8 (MD5) Previous issue date: 2012-02-29 / RESUMO O maracujazeiro é cultivado em quase todo o território brasileiro. O Estado do Espírito Santo atualmente ocupa o quarto lugar em produção no país. A produção capixaba, de Passiflora edulis, está em expansão, tendo em vista que nos últimos anos houve um aumento na área plantada de maracujazeiro de 500 ha, em 1990, para 2.429 ha, em março de 2008, atingindo em dezembro de 2010, 2.800 ha plantados. Contudo, a maior parte da produção capixaba ainda se concentra na região norte do Estado, com destaque para os municípios de Jaguaré e Sooretama. Apesar dos números mostrarem avanços na produção dessa frutífera, o Espírito Santo é caracterizado por solos ácidos e alto teor de alumínio. Dentre as respostas desencadeadas pela exposição ao alumínio estão: inibição do crescimento radicular, inibição da divisão celular, deficiência de nutrientes, além da ativação de rotas de sinalização e alterações em nível de proteínas e transcritos de RNA. Dessa forma, torna-se fundamental o estudo de componentes do sistema de defesa antioxidativo do maracujazeiro cultivado sob exposição ao alumínio. As EROs podem representar grave ameaça à célula, sendo uma das respostas aos estresses ambientais, como a toxidez por alumínio. Contudo, poucos trabalhos têm relatado os efeitos do Al na parte aérea da planta. Por isso, o objetivo deste trabalho foi verificar a resposta o sistema antioxidante de P.edulis sob tais condições. O estudo do estresse oxidativo induzido por alumínio demonstrou que a expressão do gene Cat e Sod foi aumentada nas plantas em solução nutritiva, e somente na cv. FB100 esse aumento foi acompanhado pelo incremento da atividade enzimática de SOD, o que indica maior eficiência desta na remoção de EROs. As plantas cultivadas em campo demonstraram que a expressão das enzimas antioxidantes na lavoura com alto teor de alumínio não estava ativada no momento da coleta, apesar da elevada atividade de SOD e APX. Esta resposta possivelmente foi determinada pelo tempo prolongado ao qual as plantas estavam expostas ao estresse.

Made available in DSpace on 2018-08-01T21:35:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_10024_Tese_Eduardo de Almeida Soares.pdf: 3867541 bytes, checksum: 68dcf6cd58e085e15a6b6526d0da5f27 (MD5) Previous issue date: 2016-06-29 / Mamão (C. papaya L), uma fruteira de grande importância econômica mundial, vem sofrendo acentuados prejuízos na pré colheira, sobretudo pela doença da meleira do mamoeiro, caracterizada pela exsudação espontânea de látex aquoso e fluido que oxida e se acumula como uma substância pegajosa nos órgãos da planta. A meleira é causada por uma infecção sinérgica dos vírus PMeV e PMeV2, cuja sintomatologia manifesta-se apenas após a transição juvenil-adulto (florescimento) das plantas. Para entender os mecanismos de interação planta-vírus e a dependência fenológica da sintomatologia, o proteoma de C. papaya foi acessado, via proteômica quantitativa livre de marcação baseada em LC-MS/MS, para plantas infectadas e não infectadas (controle) em quatro diferentes idades (3, 4, 7 e 9 meses pós germinação). Este estudo possibilitou a identificação de 1.623 e a quantificação de 1.609 proteínas, cuja comparação de abundâncias revelou uma elevação nos níveis de proteínas relacionadas à fotossíntese e redução nos níveis de proteínas relacionadas à atividade de caspase-like, 26S-proteassomo e remodelamento de parede celular no período assintomático e anterior ao florescimento. O surgimento dos sintomas após o florescimento (7 meses pós germinação) foi acompanhado de uma redução no acúmulo de proteínas relacionadas à fotossíntese e elevação no acúmulo de proteínas relacionadas ao metabolismo de carboidratos, lipídeos, aminoácidos, proteínas, nucleotídeos e ácidos nucléicos. Além do acúmulo de proteínas envolvidas em resposta a estresse, sinalização, transporte e parede celular. O somatório destes resultados aponta para a existência de um mecanismo de tolerância incompleto na fase assintomática e anterior ao florescimento, com uma sinalização por ROS via cloroplasto seguido de um sistema ineficiente na contenção da infecção sistêmica pela depleção da atividade caspásica, proteassomal, e de remodelamento de parede. Este mecanismo de tolerância incompleta no pré florescimento ganha novos elementos com a transição juvenil-adulto, que com uma infecção já instalada de forma sistêmica, origina os sintomas de resposta necrótica e clorótica tardios. A inibição nos processos de remodelamento de parede celular anteriores ao florescimento acarreta no enfraquecimento dos laticíferos, que se rompem quando em desequilíbrio osmótico, gerando o aspecto melado do mamoeiro doente.

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-03-21T14:52:05Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_Diogo P. Castro.pdf: 4963073 bytes, checksum: 8291097db7a4b61e3f71e40b4279c977 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-03-21T14:52:21Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_Diogo P. Castro.pdf: 4963073 bytes, checksum: 8291097db7a4b61e3f71e40b4279c977 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-21T14:52:21Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_Diogo P. Castro.pdf: 4963073 bytes, checksum: 8291097db7a4b61e3f71e40b4279c977 (MD5) Previous issue date: 2015-11-30 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / Bioremediation is the use of microorganisms capable of metabolizing contaminants and converts them into less toxic products. In previous studies, we performed bacteria isolation from contaminated area for oil waste in Amazon. Despite its oil degradation potential, the application of bacteria in contaminated sites may interfere with their ecological balance. This study aimed to promote studies of gene characterization and hydrocarbon degradation potential with a selected bacterial strain and identify and define the proteins involved in degradation process. To achieve this objectives degraded substances have been identified by gas chromatography and proteins involved by proteomics; Genome analysis allowed characterization of genes related to xenobiotics degradation. The strain was identified as Pseudomonas putida S16. 51 substances were detected by gas chromatography, of these, 23 were completely degraded, including PAH containing naphthalene (100%), anthracene (11.49%) and phenanthrene (7.41%). We identified 89 genes related to xenobiotic degradation in P. putida S16 AM genome, genes capable of degrading naphthalene, anthracene and phenanthrene (nah, phn, fdx, catA), cytochrome production and chemotaxis. In proteome analysis, proteins were expressed oxidation-reduction, metabolic processes, polyamines, aldehyde dehydrogenase, carbon storage, chemotaxis and amino acid synthesis. 355 proteins were identified with redundancy expressed during 7h contact to P. putida S16 AM (I4) with petroleum, and 268 during 75h contact; For glycerol, 467 were identified in 7h interaction, and 228 in 75h contact. The presence of proteins related to metabolism and oxidationreduction when the strain under study was in contact to the petroleum suggest the use of this as a carbon source for bacterial metabolism. These studies are important because of identification of genes and proteins with potential to become practical application of biotechnology products. / A biorremediação é a utilização de microrganismos capazes de metabolizar contaminantes e transforma-los em produtos menos tóxicos. Em estudos anteriores, foi realizado o isolamento de bactérias provenientes de área contaminada por resíduos de petróleo na Amazônia. Apesar de possuírem o potencial de degradação de petróleo, a aplicação de bactérias em ambientes contaminados pode interferir em seu equilíbrio ecológico. Este estudo propôs-se a seleção de uma linhagem bacteriana para promover estudos de caracterização gênica, identificação do potencial de degradação de hidrocarbonetos e definição das proteínas envolvidas no processo de degradação. Para alcançar os objetivos, foram identificadas substâncias degradadas por cromatografia gasosa e proteínas envolvidas por proteômica; A análise do genoma permitiu a caracterização dos genes relacionados a degradação de compostos xenobióticos através da revisão da literatura. A cepa foi identificada como Pseudomonas putida S16. Foram detectadas 51 substâncias por cromatografia gasosa, destas, 23 foram completamente degradadas, incluindo HPAs contendo naftaleno (100%), antraceno (11,49%) e fenantreno (7,41%). Foram identificados 89 genes relacionados a degradação de xenobíoticos no genoma da P. putida S16 AM, genes capazes de degradar naftaleno, antraceno e fenantreno (nah, phn, fdx, catA), produção de citocromo e quimiotaxia. Na análise proteômica, foram expressas proteínas de óxido-redução, processos metabólicos, poliaminas, aldeído desidrogenase, armazenamento de carbono, quimiotaxia e síntese de aminoácidos. Foram identificadas 355 proteínas com redundância expressas durante o contato de 7h da P. putida S16 AM (I4) com o petróleo, e 268 no contato de 75h; Para o glicerol, foram identificadas 467 na interação de 7h, e 228 no contato de 75h. A presença de proteínas relacionadas ao metabolismo e óxidoredução quando a cepa em estudo esteve em contato com o petróleo evidenciam a utilização deste como fonte de carbono para o metabolismo bacteriano. Estes estudos são importantes devido à identificação de genes e proteínas que possuem o potencial de se tornarem produtos biotecnológicos de aplicação prática.

Orientadores: Iscia Teresinha Lopes Cendes, André Schwambach Vieira / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-28T00:14:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 MoratodoCanto_Amanda_M.pdf: 2477839 bytes, checksum: f2e9db3a96d271cc686d6d66697b0e59 (MD5) Previous issue date: 2015 / Resumo: O uso de modelos animais para estudo de doenças humanas é importante para o entendimento dos mecanismos fisiopatológicos destas doenças. Particularmente, os modelos que reproduzem a Epilepsia do Lobo Temporal (ELT) em roedores, apresentam uma epileptogenicidade similar à encontrada em tecidos "epilépticos" humanos quando estudados ex vivo. A ELT afeta cerca de 40% dos pacientes adultos, e é caracterizada clinicamente por um desenvolvimento progressivo de crises epilépticas com foco no lobo temporal. Pacientes que apresentam ELT normalmente não respondem aos tratamentos. Destas, a Epilepsia do Lobo Temporal Mesial (ELTM) e a mais comum e se caracteriza pelo acometimento das estruturas mesiais do lobo temporal, como o caso da Esclerose Hipocampal. A proteômica dispõe de ferramentas poderosas que nos permitem elucidar mecanismos biológicos complexos, encontrar proteínas alteradas em todo o organismo e descrever padrões de expressões proteicas em diferentes condições fisiológicas e patológicas. Portanto, é relevante analisar esse padrão de expressão no hipocampo de modelos animais de ELTM usando técnicas de proteômica, a fim de gerar informações que nos auxiliem no entendimento dos mecanismos envolvidos na epileptogênese desses modelos. No presente estudo, as proteínas identificadas podem nos indicar novas vias envolvidas com a epileptogênese. Além disso, nossos dados demonstram que uma complexidade molecular adicional pode ser observada quando analisamos as diferentes sub-regiões do hipocampo separadamente. Portanto, acreditamos que a integração dos dados de proteômica com dados obtidos por outras "ômicas" podem gerar dados ainda mais informativos sobre esses processos neuronais / Abstract: Studies about human diseases using animal models are really important to our understanding about the physiopathology mechanisms from those diseases. Particularly, the models that reproduce the Temporal Lobe Epilepsy (TLE) in rodents, presents epileptogenicity similar to that found in ex vivo human tissues. The TLE affects around 40% of the adult patients and it is clinic characterized by a progressive development of seizures with temporal lobe focus, caused by an unbalance between the excitatory and inhibitory neurotransmission. Patients who present that type of epilepsy normally don¿t respond well to the treatments. Of this type of epilepsy, the Mesial Temporal Lobe Epilepsy (MTLE) is the most common one and it is characterized by the commitment of the mesial temporal lobe structures, such as in the Hipocampal Sclerosis. To realize these studies the proteomics has many powerful tools that allow us to elucidate complex biological mechanisms, to find altered proteins in the whole organism and describe protein expression patterns in different physiological and pathological conditions. Therefore, it¿s relevant to study this protein expression pattern in the hippocampus of animal models of MTLE using proteomics techniques, searching for informative data that lead us to the understanding of the involved mechanisms in the epileptogenicity. In this study we identified proteins that can indicate new pathways involved in the epileptogenesis processes. Furthermore, our data demonstrate that additional molecular complexity could be observed as hippocampal subfields were analyzed separately. We believe that the further integration of the proteomic data with other "omics" approaches could generate even more informative data about those neuronal processes / Mestrado / Fisiopatologia Médica / Mestra em Ciências

Fasciola hepatica é o parasito causador da fasciolose, doença transmitida através dos alimentos, que afeta a produção pecuária e a saúde humana. Embora a doença seja tratada com anti-helmínticos, as possibilidades de reinfecção e o desenvolvimento de resistência ao triclabendazol exigem novas estratégias de controle. Os produtos de excreção/secreção liberados pelo parasito durante a infecção auxiliam a sobrevivência do parasito, protegendo-o das respostas do hospedeiro, permitindo sua sobrevivência durante um longo período no hospedeiro vertebrado e a finalização do ciclo larval no hospedeiro intermediário. Este trabalho teve como objetivo gerar uma análise proteômica dos estágios intra-mamífero, adulto e NEJ (juvenil recentemente desencistado), de F. hepatica. Até o momento, os dados gerados representam o maior número de proteínas identificadas para este parasito. A classificação funcional revelou a presença de proteínas envolvidas em diferentes processos biológicos, muitos dos quais representam achados originais para este organismo. Além disso, os padrões de infecção dos parasitos são frequentemente ligados ao comportamento do hospedeiro intermediário, o qual pode desempenhar um papel na distribuição e acumulação dos parasitos. Os dois proteomas analisados neste trabalho possuem diferenças em abundância de proteínas individuais e entre as categorias funcionais. Estas diferenças podem ser causadas pelas características do ciclo biológico do parasito em cada hospedeiro (duração do ciclo de vida, quantidade de cercárias geradas, durabilidade das metacercárias, competição com outros parasitos), aspectos biológicos (como idade ou espécie) ou variações ambientais (temperatura, umidade, estação). A compreensão dos mecanismos moleculares subjacentes à interação com os hospedeiros intermediário e definitivo pode fornecer dados que auxiliem a busca de novos alvos no diagnóstico e controle da fasciolose. / Fasciola hepatica is the agent of fasciolosis, a foodborne zoonosis that affects livestock production and human health. Although flukicidal drugs are available, re-infection and expanding resistance to triclabendazole demand new control strategies. Parasite compounds released during infection, known as excretory/secretory products, mediate parasite survival within the host. ESP are thought to protect parasites from host responses, allowing them to survive for a long period in the vertebrate host and complete their larval cycle in the intermediate host. This work provides in-depth proteomic analysis of F. hepatica intra-mammalian stages, adult and NEJ (newly existed juvenile), and represents the largest number of proteins identified to date for this parasite. Functional classification revealed the presence of proteins involved in different biological processes, many of which represent original findings for this organism and are can be vital for parasite survival within the host. In addition, infection patterns of parasites are often tied to host behavior, and intermediate host behavior can play a role in shaping the distribution and accumulation of parasites. The two proteomes analyzed here have differences in protein abundance, categories and individual proteins. The differences found here could be due to differences in the biological cycle of the parasite in the host (as duration of the life cycle, amount of cercariae generated, durability of metacercariae, competition with other parasites), biological aspects (as age or species) or environmental variabilities (as temperature, humidity, season). Understanding the molecular mechanisms underlying the complex interaction with the intermediate and definitive host could provide relevant clues, aiding the search for novel targets in diagnosis and control of fasciolosis.