Submitted by Luciane Willcox (luwillcox@gmail.com) on 2016-09-12T17:18:24Z No. of bitstreams: 1 Tese_Doutorado_ICC.pdf: 40560568 bytes, checksum: 1e1c7efcf21605b84ddacb307516a772 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciane Willcox (luwillcox@gmail.com) on 2016-09-12T18:02:31Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese_Doutorado_ICC.pdf: 40560568 bytes, checksum: 1e1c7efcf21605b84ddacb307516a772 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-12T18:02:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese_Doutorado_ICC.pdf: 40560568 bytes, checksum: 1e1c7efcf21605b84ddacb307516a772 (MD5) Previous issue date: 2016-01 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES); Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), Programa de Apoio à Pesquisa Estratégica em Saúde (Papes) da Fiocruz, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP), Microsoft Research. / Instituto Carlos Chagas, Fiocruz-PR, Curitiba, PR, Brasil / O estudo de estruturas e interações proteicas é uma importante área de pesquisa para se entender as funções das proteínas. No entanto, essa é também uma das áreas de grandes desafios experimentais, devido à inerente complexidade atômica de proteínas e peptídeos. Os métodos de elucidação estrutural de alta resolução (e.g. difração de raios-X e RMN) são hoje os considerados “padrões-ouro” para esses tipos de estudos. No entanto, uma grande parte das proteínas e seus respectivos complexos não são passíveis de serem resolvidos por esses métodos, motivando o desenvolvimento de novas técnicas para a caracterização estrutural de proteínas e seus complexos. Neste sentido, a espectrometria de massas acoplada à técnica de crosslinking (XL-MS) é uma grande promessa, devido às suas características intrínsecas, tais como alta sensibilidade e ampla aplicabilidade. Neste trabalho, desenvolveu-se um software com aplicações pioneiras, denominado SIM-XL, capaz de identificar peptídeos covalentemente ligados e analisados por espectrometria de massas, a fim de caracterizar estruturas de proteínas, bem como de complexos proteínas-proteínas e proteína-peptídeo. Esse software faz uso de técnicas de reconhecimento de padrões para resolver um gargalo na modelagem proteica e interação proteína-proteína. Portanto, o algoritmo aqui apresentado, traz benefícios imediatos nas áreas de biologia e biotecnologia e indiretamente, em diversas outras áreas, como por exemplo, no desenvolvimento de novos fármacos. / The study of protein structures and interactions is an important area of development for understanding the function of proteins. However, this is also an area of great experimental challenge, due to the inherent atomic complexity of proteins and peptides. The methods of structural elucidation of high-resolution (e.g. X-ray diffraction and NMR) are currently considered the “gold standard” for these types of studies. However, many proteins are not amendable to being solved by these methods; thus motivating the development of new techniques for structural characterization of proteins and their complexes. In this regard, mass spectrometry coupled by crosslinking technique (XL-MS) poses as a promise to overcome these limitations as it provides a high sensitivity and wide applicability. Here we present SIM-XL, a software pioneer in many ways, capable of identifying cross-linked peptides analyzed by mass spectrometry and thus ultimately aiding in structural characterization and in determining protein-protein interactions. Our software uses pattern recognition strategies to address a bottleneck in protein modeling and protein-protein interaction. As such, various fields related to biology and biotechnology suffer an immediate benefit from this work, and other areas, say, the development of new drugs, are indirectly benefited as well.

NOGUEIRA, F. C. S. Análise Proteômica da Deposição de Proteínas em Sementes em Desenvolvimento e Suspensões Celulares Embriogênicas de Feijão-de-Corda [Vigna unguiculata (L.) Walp.]. 2007. 115 f. Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Centro de Ciências, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2007. / Submitted by Francisco Lacerda (lacerda@ufc.br) on 2015-01-20T17:44:07Z No. of bitstreams: 1 2007_dis_fcsnogueira.pdf: 6829018 bytes, checksum: 30255479dbcd955131fd948802974d2e (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa(jairo@ufc.br) on 2015-02-27T19:30:17Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2007_dis_fcsnogueira.pdf: 6829018 bytes, checksum: 30255479dbcd955131fd948802974d2e (MD5) / Made available in DSpace on 2015-02-27T19:30:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2007_dis_fcsnogueira.pdf: 6829018 bytes, checksum: 30255479dbcd955131fd948802974d2e (MD5) Previous issue date: 2007 / Cowpea (Vigna unguiculata) is a leguminous plant highly utilized by low-income earners of Northeastern Brazil. However, proteins found in the crop are highly deficient in sulfur-containing amino acids. In line with this, improvement of nutritional quality of cowpea seeds has been one of the major goals of breeding programs of the crop. A starting point in this respect is a concerted effort to study the basic biochemical and physiological aspects of the development of cowpea seed. Besides determining the protein deposition pattern during the development of zygotic embryos and somatic embryos of the species, we set out to identify genes with specific pattern of expression during the two processes which will be of immense importance in cowpea breeding. Using the technique of two-dimensional electrophoresis (2D-PAGE), we compared the protein deposition pattern of developing cowpea seeds with 10 days after anthesis (DAA) and mature seeds and embryogenic cell suspension (ECS). From each developmental stage and for ECS, we obtained proteomic reference maps that were highly reproducible within the pH of 3-10 and 4-7. Various spots were selected based on quantity or relative volume and rate of expression. About 800 (for seeds development) and 130 (for ECS) proteins spots up- or down-regulated, remained constantly expressed and were specific for each developmental stage. The spots were removed from the 2-D gels, processed, and subjected to mass spectrometry. Some strategies like peptide mass fingerprinting (PMF) and non-processed data search (MS/MS ion search) were employed for protein identification. Over 400 proteins in seeds and over 70 proteins in ECS were identified. A large number of these proteins were found to be primary metabolism proteins, energy, protein destination and storage and defense proteins and others related to stress. / O feijão-de-corda (Vigna unguiculata) é uma leguminosa bastante utilizada na alimentação de famílias de baixa renda da região nordeste do Brasil. Embora suas sementes sejam ricas em proteínas, estas são deficientes em aminoácidos sulfurados na sua composição. Dessa forma, um aumento na qualidade nutricional dessas sementes tem sido um dos principais objetivos dos programas de melhoramento genético para essa espécie. Além de determinar o padrão de deposição de proteínas durante o desenvolvimento de embriões zigóticos e somáticos, nós pretendemos identificar genes com padrões específicos de expressão durante a embriogênese com a finalidade de utilizá-los em programas de melhoramento genético. Utilizando a técnica de eletroforese bidimensional (2D-PAGE) foi comparado o padrão protéico de sementes em desenvolvimento com 10 dias após a antese (DAA), sementes maduras e de suspensões celulares embriogênicas (SCE) obtidas de calos embriogênicos friáveis (CEF) de feijão-de-corda. Para cada estágio de desenvolvimento da semente e para as SCE foram obtidos mapas de referência proteômicos altamente reprodutíveis numa faixa de pH de 3-10 e 4-7. Vários “spots” foram selecionados baseando-se na quantidade ou volume relativo de cada “spot” e na taxa de expressão. Cerca de 800 (para sementes em desenvolvimento) e 130 (para SCE) “spots” protéicos regulados para cima, para baixo, que se mantêm constantes ou que são específicos durante o desenvolvimento foram retirados dos géis 2D para análise por espectrometria de massa. Algumas estratégias foram utilizadas para a identificação das proteínas, como: PMF (peptide mass fingerprinting) e busca através de dados não processados (MS/MS ion search). Dessa forma, cerca de 400 proteínas foram identificadas em sementes e cerca de 70 proteínas foram identificadas para SCE. A maioria das proteínas fram classificadas como proteínas do metabolismo primário, energético, proteínas de destinação/proteínas de reserva e proteínas de defesa ou relacionadas a algum tipo de estresse.

ARAÚJO FILHO, J. H. Análise proteômica de raízes de feijão-de-corda (Vigna unguiculata), CV. CE-31, inoculadas com o nematóide das galhas (Meloydogine incognita). 2011. 131 f. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Centro de Ciências, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2011. / Submitted by Daniel Eduardo Alencar da Silva (dealencar.silva@gmail.com) on 2015-01-22T18:54:37Z No. of bitstreams: 1 2011_tese_jhafilho.pdf: 1794574 bytes, checksum: 567b646c33bcba77f1cf1ff55eec1829 (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa(jairo@ufc.br) on 2015-12-08T21:46:12Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_tese_jhafilho.pdf: 1794574 bytes, checksum: 567b646c33bcba77f1cf1ff55eec1829 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-08T21:46:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_tese_jhafilho.pdf: 1794574 bytes, checksum: 567b646c33bcba77f1cf1ff55eec1829 (MD5) Previous issue date: 2011 / The cowpea [Vigna unguiculata (L.) Walp.] is an important leguminous used as food, being cultivated, mostly in arid African savannas , Asia and south of America, covering more over 12 millions of hectares, with annual production about 3 millions of tons. The cowpea it’s a culture greatly important in tropics zones characterized by low pluviometric precipitation, high temperature , gravely soils and poor fertility. Among the pathogenic organism that cause plant disease, the nematode, mainly Meloydogine sp. generate annual losses about several billions of dollars all over the world and the Meloidogyne incognita and Meloidogyne javanica species be the most damagers. One of the main cultures attacked by nematodes is the cowpea. Regard it, there is always needs to improve the knowledge about the relationship between host and pathogens aimed develop novels strategies to diminish eventual losses. The present work aimed identify the differential expression of proteins in Meloidogyne incognita resistant cowpea total roots and mitochondria roots cv Pitiúba (CE-31), inoculated and mock inoculated, using 2D electrophoresis assay associated with MS identification and gene expression analyses by semi-quantitative PCR. The results obtained showed at least 22 altered proteins in inoculated total roots and more 22 proteins of mitochondria roots, when compared with their respective controls and the top of alterations occurred next to 6° day after inoculation with pathogen. Mitochondria proteins cannot be identified reliability. Among the total roots proteins we can emphasize PR-1, 2 and 3, recognized as defense proteins, ascorbate peroxidase and superoxide dismutase (anti-oxidative brush enzymes) and a leghemoglobin, which can be the first report about this protein in this pathosystem. The gene expression analyses coincided with proteomics finds. / O feijão-de-corda [Vigna unguiculata (L.) Walp.] é uma importante leguminosa usada como alimento, sendo cultivada, primariamente, nas savanas secas do Continente Africano, na Ásia e na América do Sul, cobrindo mais de 12 milhões de hectares, com produção anual de cerca de 3 milhões de toneladas. O feijão-de-corda se constitui numa cultura de extrema importância em zonas semi-áridas dos trópicos, caracterizadas por baixa precipitação pluviométrica, altas temperaturas, solos arenosos e de baixa fertilidade. Dentre os organismos que causam doenças nos vegetais, os nematóides geram prejuízos anuais de, aproximadamente, vários bilhões de dólares na agricultura mundial e as espécies Meloidogyne incognita e Meloidogyne javanica são as mais danosas. Uma das principais culturas atacadas pelos nematóides é o feijão-de-corda. Em função disso, existe sempre demanda para se buscar melhorar a compreensão dessa relação entre hospedeiros e patógenos objetivando criar novas estratégias para minimizar eventuais perdas. O presente trabalho teve como objetivo identificar as proteínas que têm sua expressão diferenciada em raízes de feijão-de-corda resistente ao Meloidogyne incognita (inoculadas e não inoculadas) usando eletroforese bidimensional (2D) associada à espectrometria de massas de proteínas extraídas da raiz total e de mitocôndrias de raiz do cv Pitiúba (CE-31), resistente ao nematóide, inoculada com este patógeno, em comparação com plantas não-inoculadas (controle) em conjunto com análise de expressão gênica semi-quantitativa (PCR semi-quantitativa). Os resultados aqui obtidos demonstraram que houve alteração de pelo menos 22 proteínas nas amostras de raízes inoculadas e mais 22 proteínas de mitocôndrias de raízes, quando comparados com seus respectivos controles e que o ápice das suas alterações ocorriam por volta do 6° dia após a inoculação do patógeno. As proteínas de mitocôndrias não puderam ser identificadas com confiabilidade. Dentre as proteínas de raízes totais identificadas podemos destacar as PR-1, 2 e 3, que são reconhecidamente proteínas de defesa, ascorbato peroxidase e superóxido dismutase (enzimas anti-estresse oxidativo) e uma leghemoglobina, que pode ser o primeiro relato dessa proteína nesse patossistema. As análises de expressão gênica concordaram perfeitamente com os achados proteômicos.

CADAVID, Verônica Gonzalez. Parâmetros espermáticos e proteínas do plasma seminal de cachaços e parâmetros reprodutivos de marrãs e porcas suplementados com minerais e vitaminas. 2014. 241 f. Tese (doutorado em zootecnia)- Universidade Federal do Ceará, Fortaleza-CE, 2014. / Submitted by Elineudson Ribeiro (elineudsonr@gmail.com) on 2016-04-26T17:20:42Z No. of bitstreams: 1 2014_tese_vgcadavid.pdf: 3289695 bytes, checksum: 3d4ccd01b841180e33fa7aa94e66bbd2 (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa (jairo@ufc.br) on 2016-05-27T19:14:11Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_tese_vgcadavid.pdf: 3289695 bytes, checksum: 3d4ccd01b841180e33fa7aa94e66bbd2 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-27T19:14:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_tese_vgcadavid.pdf: 3289695 bytes, checksum: 3d4ccd01b841180e33fa7aa94e66bbd2 (MD5) Previous issue date: 2014 / The present study was conducted to identify the major seminal plasma protein profile of boars and its associations with semen criteria. Semen samples were collected from 12 adult boars and subjected to evaluation of sperm parameters (motility, morphology, vitality and percent of cells with intact acrosome). Seminal plasma was obtained by centrifugation, analyzed by 2-D SDS-PAGE and proteins identified by mass spectrometry (electrospray ionization quadrupole-time-of-flight). We tested regression models using spot intensities related to the same proteins as independent variables and semen parameters as dependent variables (p < 0,05). One hundred and twelve spots were indentified in the boar seminal plasma gels, equivalent to 39 different proteins. Spermadhesins PSP-I, PSP-II, AQN1, AQN3 and AWN1 represented 45,2 ± 8 % of the total intensity of all spots. Other proteins expressed in the boar seminal plasma include albumin, complement proteins (complement factor H precursor, complement C3 precursor and adipsin/complement factor D), immunoglobulins (IgG heavy chain precursor, immunoglobulin delta heavy chain membrane bound form, immunoglobulin gamma-chain, Ig lambda chain V-C region PLC3 and CH4 and secreted domain of swine IgM), IgG-binding proteins, epididymal specific lipocalin-5, epididymal secretory protein E1 precursor, epididymal secretory glutathione peroxidase precursor, transferrin, lactotransferrin and fibronectin type 1 (FN1). Based on regression analysis, the percentage of sperm with midpiece defects was related to the amount of CH4 and secreted domains of swine IgM and FN1 (R² = 0,58), IgG-binding protein (R² = 0,61), complement factor H precursor (R² = 0,61) and lactadherin (R² = 0.45). The percentage of sperm with tail defects was also related to CH4 and secreted domains of swine IgM and FN1 (R² = 0,40), IgG-binding protein (R² = 0,34) and lactadherin (R² = 0,74). Sperm motility, in turn, had association with the intensities of spots identified as lactadherin (R² = 0,48). In conclusion, we presently describe the major proteome of boar seminal plasma and significant associations between specific seminal plasma proteins and semen parameters. Such relationships will serve as the basis for determination of molecular markers of sperm function in the swine species. / O presente estudo foi realizado com o objetivo de identificar o perfil das principais proteínas do plasma seminal suíno e suas associações com parâmetros seminais. Amostras de sêmen foram coletadas de 12 cachaços adultos e submetidas à avaliação dos parâmetros seminais (motilidade total, morfologia, vitalidade e porcentagem de células com acrossoma intacto). O plasma seminal foi obtido por centrifugação e as proteínas seminais foram analisadas por eletroforese 2-D e espectrometria de massa. Foram testados modelos de regressão usando a soma das intensidades dos spots referentes às mesmas proteínas como variáveis independentes e parâmetros seminais como variáveis dependentes (p < 0,05). Cento e doze spots foram identificados nos géis do plasma seminal, equivalentes a 39 proteínas diferentes. As espermadesinas PSP-I, PSP-II, AQN1, AQN3 e AWN1 representaram 45,2 ± 8 % do total da intensidade de todos os spots detectados nos geis. Outras proteínas expressas no plasma seminal suíno incluem a albumina, proteínas do complemento (complement factor H precursor, complement C3 precursor e adipsin/complement factor D), imunoglobulinas (IgG heavy chain precursor, imunoglobulina delta heavy chain membrane bound form, imunoglobulina gamma-chain, Ig lambda chain V-C region PLC3 e CH4 and secreted domain of swine IgM), IgG-binding proteins, epididymal specific lipocalin-5, epididymal secretory protein E1 precursor, epididymal glutathione peroxidase precursor, transferrin, lactotransferrin e fibronectin tipo 1 (FN1). Em função das análises de regressão, o percentual de espermatozoides com defeito na peça intermediária foi relacionado com a quantidade de “CH4 and secreted domain of swine IgM” e FN1 (R2 = 0,58), a proteína IgG-binding (R2 = 0,61), o fator H do complemento (R2 = 0,61) e lactaderina (R2 = 0,45). Porcentagem percentual de defeitos de cauda também foi relacionado com “CH4 and secreted domain of swine IgM” e FN1 (R2 =0,40), a proteína IgG-binding (R2 = 0,34), e lactaderina (R2 = 0,74). A motilidade espermática, por sua vez, teve associação com a intensidade dos spots identificados como lactaderina (R2 = 0,48). Em conclusão, descreve-se, neste trabalho, o proteoma do plasma seminal suíno e associações significativas entre proteínas específicas do plasma seminal e parâmetros seminais. Tais relações servirão como base para a determinação de marcadores moleculares da função espermática na espécie suína.

Acanthamoeba spp. são patógenos protistas de vida livre, capazes de causar ceratite grave e encefalite granulomatosa fatal. Trofozoíto é a forma infectiva de Acanthamoeba spp. e pode provocar infecções em uma variedade de hospedeiros mamíferos e seres humanos, como resultado da complexa interação patógeno-hospedeiro. O dano causado por trofozoítos em infecções da córnea ou do cérebro é o resultado de vários mecanismos patogênicos diferentes não elucidados a nível molecular até agora. Neste trabalho, descrevemos os resultados da caracterização genotípica de isolados ambientais de Acanthamoeba spp. e a identificão por análises proteômicas do repertório de proteínas expressas por trofozoítos de Acanthamoeba polyphaga. Nossos resultados permitiram a caracterização de 13 isolados ambientais de Acanthamoeba spp. obtidos da água de piscinas, que foram classificados em nível de genótipo com base na análise da sequência do gene da subunidade menor do rDNA. Nove dos 13 isolados foram identificados como pertencentes ao genótipo T5, três ao genótipo T4 e um ao genótipo T3. Vários genótipos têm sido relatados em todo o mundo como agentes causadores de ceratite amebiana, incluindo os genótipos T3, T4 e T5. O presente estudo indica que o genótipo T5 é um contaminante comum na água de piscinas. Este trabalho também estabeleceu uma ampla análise do repertório de proteínas expressas por trofozoítos de A. polyphaga, baseado no conjunto de estratégias por 2-DE MS/MS e LC-MS/MS. Foram identificadas 192 proteínas não redundantes. Um mapa proteômico de referência de A. polyphaga na faixa de pH 3-10 foi produzido e de 370 spots resolvidos, 136 proteínas foram identificadas. A classificação funcional das proteínas revelou diversas proteínas com relevância potencial para a sobrevivência do parasita e infecção de hospedeiros mamíferos, incluindo proteínas de superfície e proteínas relacionadas aos mecanismos de defesa. Este estudo descreveu a primeira análise proteômica abrangente do estágio de trofozoíto de Acanthamoeba spp. e fornece bases para estudos prospectivos, comparativos e funcionais de proteínas envolvidas nos mecanismos moleculares de sobrevivência, desenvolvimento e patogenicidade de Acanthamoeba spp. / Acanthamoeba spp. are free-living protist pathogen, capable of causing a blinding keratitis and fatal granulomatous encephalitis. Trophozoite is the form infective of Acanthamoeba spp. and can provoke infections in a variety of mammalian hosts and humans, as result of complex interaction host-pathogen. The damage caused by trophozoites in human corneal or brain infections is the result of several different pathogenic mechanisms not elucidated at the molecular level so far. Here, we describe the results of the characterization genotypic of environment isolates of Acanthamoeba spp. and we performed proteomic analysis to identify the repertoire of proteins expressed by trophozoites of an environmental strain of Acanthamoeba polyphaga. Our results allowed the characterization of 13 Acanthamoeba isolates from swimming pools water that were classified at the genotype level based on the sequence analysis of the small-subunit rDNA gene. Nine of the 13 isolates were genotype T5, three were genotype T4, and one was T3. Several genotypes have been reported worldwide as causative agents of keratitis, including genotypes T3, T4, and T5. The present study indicates that genotype T5 is a common contaminant in swimming-pool water. This work also established a comprehensive analysis of the proteins expressed by A. polyphaga trophozoites based on complementary 2-DE MS/MS and gel-free LC-MS/MS approaches. Overall, 192 nonredundant proteins were identified. An A. polyphaga proteomic map in pH range 3-10 was produced, with protein identification for 136 out of 370 resolved spots. Functional classification of identified proteins revealed several proteins with potential relevance for parasite survival and infection of mammal hosts, including surface proteins and proteins related to defense mechanisms. This study describes the first comprehensive proteomic survey of the trophozoite infective stage of an Acanthamoeba species, and provides foundations to prospective, comparative and functional studies of Acanthamoeba proteins involved in molecular mechanisms of survival, development, and pathogenicity.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Bioquímica, Florianópolis, 2012 / Made available in DSpace on 2013-06-25T22:45:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 314279.pdf: 11745512 bytes, checksum: 18a0405fd67d8464d2ca8a3e522e5fd4 (MD5) / A presente tese de doutorado trata de estudos feitos através de uma abordagem proteômica em duas distintas áreas de ciência aplicada, a identificação de proeínas produzidas pela bactéria patogênica de frangos e perus Mycoplasma synoviae detectadas no ambiente extracelular e estudos das interações entre Fungos Micorrízicos Arbusculares (MA) e plantas. M. synoviae é uma bactéria pertencente à classe Mollycutes, formada por organismos procariontes desprovidos de parede celular, que causa sinovite infecciosa em aves de criação. Esse patógeno encontra-se distribuído por plantéis de aves do mundo inteiro e causa perdas econômicas por diminuir a taxa de crescimento, desvalorizar as carcaças no corte e aumentar os custos de produção. Sua prevenção se dá essencialmente através de cuidados no manejo, higiene nas instalações e uso de antibióticos. Em muitos microorganismos patogênicos, a virulência está associada a proteínas produzidas e secretadas por esses organismos, permitindo que o invasor instale-se no organismo hospedeiro, explore recursos necessários à sua sobrevivência e seja capaz de escapar dos mecanismos de defesa. Neste trabalho, proteínas presentes na fração extracelular de culturas de M. synoviae foram identificadas e comparadas com dados da literatura para verificar sua implicação com virulência de outros microorganismos. Com respeito a micorrização de raízes de plantas, foram feitas tentativas de se isolar proteínas membranares de células raízes de plantas micorrizadas e resolver essas proteínas através de eletroforese bidimensional (2DE), para posterior identificação por espectrometria de massa. Em seguida, discute-se avanços científicos no entendimento dos mecanismos bioquímicos desse tipo de interações promovidos por estudos sob uma abordagem proteômica na forma de revisão sobre o assunto. Fungos MA são microorganismos presentes no solo capazes de colonizar as raízes das plantas e penetrar nas células corticais mais internas deste órgão, onde se ramificam para gerar estruturas conhecidas como arbúsculos. Uma vez produzidos os arbúsculos, uma simbiose mutualística se estabelece, na qual a planta provê formas orgânicas de carbono derivadas da fotossíntese para o fungo, enquanto este auxilia a planta a absorver água e nutrientes minerais presentes no solo aumentando a área de absorção e a zona de exploração para um raio que excede amplamente a rizosfera. Relatos indicam que além de melhorar o status nutricional da planta, os fungos MA conferem ao vegetal proteção contra ataque de patógenos e alivia estresse causado por seca, salinidade ou presença de metais pesados no solo. Desse modo, há interesse no estudo desse tipo de interação para manejo sustentável para se diminuir a utilização de pesticidas e fertilizantes químicos.<br> / Abstract : The present doctoral thesis deals with studies carried out on two distinct areas of applied science having in common the use of a proteomic approach. These are the identification of proteins that are produces by the chicken pathogen Mycoplasma synoviae detected in the extracellular enivironment and studies of the interactions of Arbuscular Mycorrhizal Fungi (AMF). M. synoviae is a bacteria that belongs to the class Mollycutes, comprising procariont organisms which lack cell wall, that cause infectious synovitis in poultry. This pathogen is found worldwide in bird flocks and causes economic losses because they retard growth, downgrade carcasses at slaughter and increases production costs. Prevention strategies relay mainly on poultry and housing management, and the usage of antibiotics. Many pathogenic microorganisms have their virulence associated to proteins that are produced and secreted by these organisms, allowing them to install into their hosts, explore host resources, and evade its defense mechanisms. In this work, proteins present in the extra-cellular fraction of M. synoviae cultures were identified and compared to literature data as to verify their implication in virulence in other microorganisms. Regarding the mycorrhization of plant roots, attempts to isolate root membrane proteins were made in order to resolve these proteins by two dimentional-electrophoresis (2DE) for later identification by mass spectrometry. Next we discuss scientific advances provided by proteomic studies in a review format on the subject. AM fungi are soil borne microorganisms able to colonize plant roots and penetrate into the inner cortical cells of these organs, where they branch to form structures known as arbuscules. Once the arbuscules are produced, a mutualistic symbiosis takes place, where the plant provides the fungi with organic forms of carbon derived from photosynthesis, while the fungus helps the plant to absorb water and mineral nutrients from the soil by increasing the depletion zone to a radius that by far exceeds the rhizosphere. Reports indicate that in addition to improve the plant nutritional status, AM fungi protects the plants against pathogen attacks and alleviates stress caused by drought, salt, or the presence of heavy metals in the soil. For these reasons, there is interest in the study of this kind of interaction for the development as agricultural inputs usage can be minimized.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais, Florianópolis, 2013. / Made available in DSpace on 2013-12-05T22:43:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 317842.pdf: 1874621 bytes, checksum: 1625556e3bf30951e00ec4f3cd4b2d07 (MD5) Previous issue date: 2013 / O cacaueiro (Theobroma cacao L.) é uma espécie tropical com tem um elevado valor económico, é o principal elemento na produção de chocolate o alto conteúdo de polifenóis o há posicionado como um produto antioxidante. O cacaueiro a além de ser um dos principais componentes econômicos nas regiões onde é cultivado exerce também um importante papel na preservação ambiental. No entanto, às características botânicas que esta espécie apresenta, associadas a um alto grau de auto-incompatibilidade, os plantios comerciais apresentam alta heterozigosidade genética, afetando diretamente a produtividade do seu cultivo, gerando assim a necessidade dos melhores genótipos serem propagados assexuadamente. Por estão razão, a embriogênese somática se configura como alternativa eficiente para a propagação de genótipos elite, permitindo a captura e fixação de ganhos genéticos. A técnica de cultura de tecidos, como a embriogênese somática tem sido rotineiramente usada tanto como uma técnica de propagação clonal de plantas, bem como um modelo válido para investigar eventos estruturais, fisiológicos e moleculares que ocorrem durante o desenvolvimento embrionário. No presente trabalho buscou-se avaliar a resposta embriogênica e capacidade de formar embriões somáticos dos genótipos do grupo genético Nacional, visando estabelecer um protocolo de propagação baseado na embriogênese somática. Assim, também integraram-se duas técnicas como a quantificação do padrão de metilação do DNA de embriões e das plântulas obtidas durante a embriogênese somática, assim como também a elaboração de um perfil proteômico dos embriões somáticos formados durante a embriogênese somática de Theobroma cacao L. Propondo-se identificar a relação da metilação DNA e a capacidade conversão dos embriões somáticos, visto que a metilação do DNA é um dos mediadores chave no mecanismo epigenético associado ao desenvolvimento embrionário. Neste contexto, o presente trabalho foi estruturado em capítulos, para facilitar a compreensão dos resultados obtidos. O primeiro capítulo consiste no estado da arte e situação do problema, no qual a traves de uma revisão bibliográfica se trata de mostrar aspectos relevantes de Theobroma cacao L., da embriogênese somática, da metilação do DNA e da proteômica em plantas. O segundo capítulo consiste na avaliação da resposta dos genótipos de grupo Nacional à embriogênese somática. O terceiro capítulo relaciona aos níveis de metilação do DNA global em embriões somáticos formados durante a embriogênese somática secundaria e as plântulas obtidas durante a conversão e o quarto aborda a proteômica comparativa como uma ferramenta para identificar proteínas relacionadas com a capacidade de conversão dos embriões somáticos de Theobroma cacao L.<br>

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Ciência dos Alimentos, Florianópolis, 2016. / Made available in DSpace on 2016-10-18T03:05:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 341958.pdf: 2212678 bytes, checksum: 6c1d80fbabb7329a2f6b28745066a1da (MD5) Previous issue date: 2016 / Análises amplas de perfil podem complementar a avalição de culturas vegetais alimentares. A proteômica comparativa permite observar diferenças entre o perfil de proteínas entre duas culturas equivalentes, que diferem apenas pela expressão de uma característica. Neste contexto, as técnicas de eletrophorese bidimensional (2-DE) seguida de espectrometria de massa (MS) foram utilizadas para avaliar variedades de feijão geneticamente modificado (GM) Embrapa 5.1 e genótipos de milhos mutantes com diferentes teores de flobafenos. No primeiro trabalho, o perfil de proteínas dos grãos de duas variedades de feijão, Pérola e Pontal, derivadas do evento Embrapa 5.1, foram comparadas com suas contrapartes não-GM. Foram detectados 23 spots diferencialmente acumulados entre Pérola GM e Pérola não-GM e 21 spots diferencialmente acumulados entre Pontal GM e Pontal não-GM. Entre os spots detectados como diferencialmente acumulados, oito proteínas foram identificadas em Pérola e quatro proteínas em Pontal. A função das proteínas identificadas nas variedades Pérola e Pontal não foram as mesmas, indicando que a variabilidade observada não está relacionada a transformação genética. Além disso, aplicamos análise de componentes principais (PCA) aos dados obtidos por 2-DE e a variação entre as variedades foi explicada nos dois primeiros componentes. No segundo trabalho, comparou-se os proteomas dos grãos de dois genótipos de milho não comerciais, P1-rr (R) e P1-ww (W) que apresentam alto e baixo conteúdo de flobafenos, respectivamente. A comparação por ANOVA resultou em 55 spots diferencialmente expressos. Após análise de MS, oito proteínas foram identificadas. Aplicou-se PCA a porcentagem de volume de 135 spots combinados em todos os seis géis analisados, e foi observada a separação dos perfis de proteína dos dois genótipos de milho. Os resultados obtidos nos dois estudos demonstram que a técnica 2-DE seguida por MS, acompanhada de PCA, é aplicável para análise de grãos que se diferenciam pela expressão de uma característica, assim como é possível diferenciar cultivares GM e não GM.<br> / Abstract : Profile analyses are complementary for crop food assessment. The comparative proteomics allows observing differences between the protein profiles between two equivalent cultures that differ in a feature. In this context, two-dimensional electrophoresis (2-DE) technique was used followed by mass spectrometry (MS) to evaluate genetically modified (GM) common bean varieties (EMBRAPA 5.1) and maize genotypes with different phlobaphenes contents. In the present work grain proteome profiles of two Embrapa 5.1 common bean varieties, Pérola and Pontal, and their non-GM counterparts were compared by two dimensional gel electrophoresis (2-DE) followed by mass spectrometry (MS). Analyses detected 23 spots differentially accumulated between GM Pérola and non - GM Pérola and 21 spots between GM Pontal and non-GM Pontal. Among them, eight proteins were identified in Perola varieties, and four proteins were identified in Pontal. Although, they were not the same proteins in Perola and Pontal varieties, indicating that the variability observed may not be due the genetic transformation. Moreover, we applied principal component analysis (PCA) on 2-DE data, and variation between varieties was explained in first two principal components. In this study the grain proteomes of the two genotypes of non-commercial maize, P1-rr (R) and P1-ww (W), with high and low flavonoid content, were also compared. ANOVA comparison resulted in 55 spots differentially accumulated. After MS analyses, eight proteins were identified. PCA was applied in the volume percentage of the 135 matched spots in all six gels. The multivariate analysis showed the separation of protein profiles of the two maize genotypes using 2-DE data. The results of both studies show that 2-DE followed by MS, accompanied by PCA, is applicable for profile analysis of grains that differ by one characteristic, and it is possible to differentiate between GM and non-GM varieties.

Made available in DSpace on 2015-12-10T14:22:21Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-26. Added 1 bitstream(s) on 2015-12-10T14:28:25Z : No. of bitstreams: 1 000850009_20170226.pdf: 1029581 bytes, checksum: 69e812dad32c76a53500967a80a8c187 (MD5) Bitstreams deleted on 2017-03-03T11:01:36Z: 000850009_20170226.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2017-03-03T11:02:43Z : No. of bitstreams: 1 000850009.pdf: 2777836 bytes, checksum: 2500fb48a204b51b3ba5201d7d6a82c9 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Desde o advento da nova era da abordagem proteômica, a identificação de assinaturas moleculares individuais em vários sistemas biológicos pela pesquisa básica tem impulsionado a descoberta de biomarcadores diretamente relacionados a aplicações terapêuticas, promovendo desenvolvimento de testes diagnósticos clínicos mais específicos. Neste contexto, a necessidade da aplicação clínica estimula a pesquisa de bancada, sendo que novas tecnologias permitem novas descobertas e podem se transformar em prognósticos efetivos, medicamentos inéditos ou mais eficazes e/ou testes diagnósticos mais específicos. Os bubalinos tem sido alvo de muitas iniciativas econômicas e de pesquisas translacionais. Uma vez que, seu plasma sanguíneo é rico em fibrinogênio, búfalos da espécie Bubalus bubalis raça Murrah, se tornaram doadores primordiais de matéria-prima para o desenvolvimento de insumos biológicos, como por exemplo, o selante de fibrina derivado do veneno de serpentes e do sangue de bubalinos produzido pelo Centro de Estudos de Venenos e Animais Peçonhentos (CEVAP). Para tal, se fez necessário melhor compreender a composição do plasma sanguíneo e do crioprecipitado destes bubalinos, a fim de dar suporte à pesquisas futuras que envolverão a identificação de marcadores moleculares de doenças infecciosas que podem acometer estes animais doadores. Este trabalho foi dividido em duas partes: a primeira destaca-se os achados prévios e significância da bubalinocultura, a utilização do sangue de animais para o desenvolvimento de bioinsumos na saúde animal e humana, a produção e aplicação de diversos selantes de fibrina, o uso da abordagem proteômica como estratégia investigativa para a prospecção de biomarcadores moleculares de doenças infecciosas e uma breve descrição das principais técnicas analíticas empregadas pela abordagem proteômica. A segunda parte deste trabalho, destaca-se a caracterização proteica do... / Since the advent of the new era of proteomics approach, the identification of individual molecular signatures in various biological systems for basic research has driven the discovery of biomarkers directly related to therapeutic applications, promoting the development of more specific clinical diagnostic tests. In this context, the need for clinical application stimulates the bench study, which new technologies and new discoveries can become effective prognostic, or novel drugs more effective and/or more specific diagnostic tests. The bubaline have been targets of several economic initiatives and translational research. Since its plasma is rich in fibrinogen, Bubalus bubalis water buffalos (Murrah) have became main donors of raw material for the development of biological insumes, as example, the fibrin sealant from snake venoms and water buffalos blood produced by The Center for the Studies of Venoms and Venomous Animals (CEVAP) at UNESP. Then, it was necessary to better understand the composition of the blood plasma and cryoprecipitate these buffalo, in order to support future research will involve the identification of molecular markers of infectious diseases that can affect these donor animals. This study was divided into two parts: the first stands up the previous findings and significance of buffalo, the use of animal blood for developing bioinsumes in animal and human health, the production and application of several fibrin sealants, the use proteomics approach as a research strategy for the discovery of molecular biomarkers of infect diseases and a brief description of the analytical methods used by proteomics approach. The second part of this work brings the protein characterization of blood plasma and cryoprecipitate of B. bubalis healthy buffalo, where have evidenced 17 groups of major proteins involved in the signaling pathway of the complement system and the cascade coagulation

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2005-10-07Bitstream added on 2014-06-13T18:43:19Z : No. of bitstreams: 1 marqui_abt_dr_sjrp.pdf: 1283437 bytes, checksum: 0fe3659e1058875d6800b1e4a6048ab1 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A Neurofibromatose Tipo 1 (NF1) é uma doença autossômica dominante causada por mutações no gene NF1, responsável pela síntese da proteína neurofibromina. Muitos estudos publicados sobre NF1 têm focado as alterações desse gene e de seu produto em indivíduos afetados, mas as análises de expressão protéica são escassas. No presente estudo, nós investigamos diferenças quantitativas e qualitativas da expressão de proteínas entre amostras de neurofibroma e pele adjacente histologicamente normal, utilizando abordagem proteômica. As proteínas de neurofibroma e pele normal foram separadas por eletroforese bidimensional (2-DE) e identificadas por peptide mass fingerprinting, utilizando espectrometria de massas por dessorção e ionização a laser auxiliada por matriz com base no tempo de vôo (MALDI-TOF). Cinco proteínas foram identificadas: a caspase 14 e a proteína de choque térmico 27/HSP 27, que exibiram expressão reduzida em neurofibromas; a imunoglobulina, a flavina redutase e a proteína de ligação a fosfatidiletanolamina/PEBP, com expressão elevada em neurofibromas. Do nosso conhecimento, este é o primeiro relato de análise comparativa de neurofibromas e pele normal de pacientes com neurofibromatose tipo 1. Das proteínas identificadas, a HSP27 e a PEBP estão conectadas com as vias de sinalização celular p21ras ou cAMP, também relacionadas com a atuação da neurofibromina. A caspase 14 não exibe um elo conhecido com essas cascatas e tal fato pode abrir novos caminhos para o estudo da neurofibromatose. Estudos adicionais ainda são necessários para elucidar o papel dessas proteínas no desenvolvimento da neurofibromatose. Nosso estudo é um passo inicial na descoberta de mecanismos moleculares desta doença e mostra o valor da utilização da análise proteômica na identificação de novos parceiros da neurofibromina relacionados com o desenvolvimento da NF1. / Neurofibromatosis Type 1 (NF1) is a common autosomal dominant disorder caused by mutations in the NF1 gene. Many of the studies published on NF1 have focused attention on the gene level, but protein expression analyses are scarce. In the present study, we investigated quantitative and qualitative differences in neurofibroma and histologically normal surrounding skin protein expression of NF1 patients, using a proteomic approach. Proteins from neurofibroma and normal skin were separated by two-dimensional electrophoresis (2-DE) and identified by peptide mass fingerprinting, using matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF). Five proteins were identified: caspase 14 and heat shock protein 27 kDa protein/HSP 27 (downregulated in neurofibroma), immunoglobulin, flavin reductase and phosphatidylethanolamine binding protein/PEBP (upregulated in neurofibroma). To our knowledge, this is the first report of a comparative analysis of neurofibromas and normal skin from neurofibromatosis type 1 patients. Of the proteins identified, HSP27 and PEBP have a connection with p21ras or cAMP signaling. Caspase 14 has no known link with these pathways and may open a new avenue for studying neurofibromatosis. Further studies are still needed to elucidate the actual roles of the differentially expressed proteins. Our work is an initial step toward uncovering the molecular mechanism of this disease and shows the value of using proteomic analysis to identify novel partners of neurofibromin related to the development of NF1.