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Identification et caractérisation d'une protéine comme inhibiteur général de la transcription réalisée par l’ARN Polymérase III humainePerreau-Morillon, Pauline 18 December 2009 (has links)
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La régulation de la virulence chez Bordetella pertussis : BvgS, modèle original de capteur de système à deux composants / Virulence regulation in Bordetella pertussis : Bvgs as an original model of sensor from a two- component systemDupré, Elian 27 September 2013 (has links)
La virulence de Bordetella pertussis, agent de la coqueluche, est liée à un arsenal de facteurs de virulence dont l’expression est régulée par le système à deux composants BvgAS. BvgA est le régulateur de réponse et BvgS le capteur du système, qui possède 3 domaines putatifs de perception de signaux. Il s’agit de 2 domaines périplasmiques « Venus FlyTrap » (VFT), reliés par un segment transmembranaire à un domaine PAS (Per-ARNT-Sim) cytoplasmique qui fait la jonction avec l’histidine-kinase. Les signaux perçus par ces domaines capteurs sont inconnus, mais une température de 37°C est suffisante pour maintenir le système actif en laboratoire. Cette activité peut être modulée négativement par des composés chimiques, comme le MgSO4 ou le nicotinate, qui à concentrations suffisantes entraînent le passage de la bactérie en phase avirulente.Nous nous sommes intéressés aux domaines VFT de BvgS. Ces domaines, ubiquitaires, sont composés de 2 lobes reliés par une charnière délimitant une cavité qui permet la fixation d’un ligand spécifique stabilisant le VFT sous une forme fermée.Les domaines VFT de BvgS ont pu être cristallisés et s’organisent en un dimère entrelacé définissant de larges interfaces entre les 4 VFTs. Les VFT2 sont fermés sans ligand et les VFT1 ouverts, et la fermeture artificielle de ces domaines par des ponts disulfure a montré qu’il s’agit de la conformation active de BvgS. L’importance des interfaces entre les domaines VFT pour la fonction de BvgS a été démontrée par mutagenèse dirigée. Un signal positif proviendrait du périplasme pour être transmis à travers la membrane par les interfaces entre les VFT et intégré via un couplage fonctionnel en trans entre ces domaines et les hélices pré-membranaires, dites H19.Ces hélices se prolongeraient à travers la membrane et dans le cytoplasme jusqu’au domaine PAS. Les domaines PAS sont ubiquitaires, avec une structure fortement conservée en feuillet à 5 brins recouvert d’hélices délimitant une cavité. Ils sont impliqués dans diverses fonctions biologiques, selon leur capacité de liaison d’un ligand. Certains domaines PAS fonctionneraient sans ligand et pourraient servir d’adaptateurs ou d’amplificateurs de signal.Nous avons pu mettre en évidence la capacité de dimérisation de PASBvg, confirmant la nature dimérique du capteur BvgS. Des substitutions de résidus de la cavité de PASBvg indiqueraient que l’intégrité de la cavité de PASBvg est nécessaire au passage de signaux positifs et négatifs provenant du périplasme. La fixation de ligand dans la cavité n’a pu être démontrée mais n’est pas exclue. D’autre part, certains résidus sont nécessaires au couplage du domaine PAS avec ses hélices flanquantes pour la transmission de signal. La perte de ces interactions déstabilise significativement PASBvg et rend BvgS inactif.Un message positif proviendrait du périplasme et serait maintenu par le domaine PAS, dans une conformation rigide, permettant aussi la transmission des signaux modulateurs. / Virulence of Bordetella pertussis, the whooping cough agent, is due to a plethora of virulence factors which expression is regulated by the two-component system BvgAS. BvgA is a classical response regulator and BvgS the sensor. BvgS contains 3 putative sensor domains, 2 periplasmic Venus FlyTrap (VFT), linked through a transmembrane segment to a cytoplasmic PAS domain preceding the histidine-kinase. Signals perceived by those sensor domains are still unknown, but a 37°C temperature is sufficient to maintain the system active under laboratory conditions. This activity can be down-modulated by chemical compounds, such as MgSO4 or nicotinate, which at sufficient concentration allows the bacteria to switch to avirulent phase.We investigated the role of BvgS VFT domains. VFTs are ubiquitous domains composed of 2 lobes linked by a hinge hence forming a cleft where a specific ligand can bind and stabilize the VFT in its closed conformation.BvgS VFT domains were crystalized and form an intricate dimer defining large interfaces between the 4 VFTs. VFT2s are closed without a ligand and VFT1s are opened, artificial closure of these domains via a disulfide bond indicates that this is the active conformation of BvgS. The role of the interfaces was probed by site-directed mutagenesis. A positive signal might originate from the periplasm to be transmitted through the membrane by the interfaces and integrated by a functional coupling between the VFT2s and the helices preceding the membrane, H19.These helices should be continued through the membrane and the cytoplasm to the PAS domain. Pas domains are ubiquitous with a highly conserved structure, a 5 stranded sheet surrounded by helices defining a cavity. Pas domains are involved in a wide variety of physiological processes, depending on their ability to bind a ligand. Some PAS might function without a ligand and could then be signal adaptors or amplifiers.We demonstrated PASBvg was dimeric, confirming the dimeric nature of BvgS. Cavity residues were substituted indicating that integrity of the cavity is necessary to maintain activity and modulation capacity coming from the periplasmic moiety. Ligand binding wasn’t demonstrated but couldn’t be excluded. Some residues are needed for the correct coupling of the PAS domain to its flanking helices and hence signal transmission. Loss of these connections generates a strong destabilization of PASBvg and turns BvgS inactive.A positive signal might come from the periplasmic moiety and shoul be maintaines by the PAS domain, which is in a rigid conformation also allowing the transmission of negative signals.
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Aglietta e a teoria da regulação: direito e capitalismo / Aglietta et la théorie de la régulation: droit et capitalismeTisescu, Alessandra Devulsky da Silva 23 May 2014 (has links)
Para compreender a dinâmica pela qual o regime de acumulação e os modos de regulação se articulam, submetidos à luta de classes, Michel Aglietta teve por objetivo primordial dedicar-se aos estudos desse fenômeno. A perspectiva teórica da escola parisiense da regulação de Aglietta inicia-se ela análise da crise dos Estados Unidos, por meio da qual se estabelece o processo de acumulação profundamente ligado à taxa de mais-valia do modelo fordista, o qual chega às práticas do Estado, bem como aos seus limites. Os fundamentos teóricos, estabelecidos nas primeiras três partes desta tese, objetivam apresentar um contexto cujos temas e discussões serão desenvolvidas nos próximos capítulos, que precisam dessa abordagem preliminar de maneira a estabelecer um encadeamento lógico. Por essa razão, efetuar-se-á a análise das raízes marxistas nas proposições teóricas de Aglietta, que surgem do esforço de se conceitualizar ideias que correspondam à representação do movimento histórico real, sob a ótica de uma significação social, vinculada ao materialismo dialético. Assim, considera-se que a regulação do capitalismo tem origem na criação social, na qual o processo antagônico fundamental inerente à relação salarial é a força motriz da acumulação do capital. Daí, pode-se afirmar que o processo de concentração e centralização do capital é mediado pelo Estado. Essa proposição regulacionista sofre forte influência do althusserianismo, uma vez que os conceitos de reprodução e de estruturas são utilizados no desenvolvimento dos, também, conceitos de regulação e de modo de regulação. Na conclusão deste trabalho, analisa-se o papel do Estado, a partir da teoria da regulação, em especial, como instrumento do modo de regulação, a fim de se compreender as mediações realizadas sobre as crises, a relação salarial e a política econômica instâncias estas em profunda articulação com o Direito. / Le besoin de comprendre la dynamique par laquelle le régime d\'accumulation et des modes de régulation s\'articulent, subordonnés à la lutte des classes, est le but de la recherche principale de Michel Aglietta. Le point de vue théorique de l\'école parisienne de la régulation orchestré par Aglietta commence avec l\'analyse de la crise aux Etats-Unis, établi sur les processus d\'accumulation et profondément lié au taux de plus-value du modèle fordiste, arrivant aux pratiques de lÉtat, bien aussi de ses limites. Les fondements théoriques mis en place dans les trois premières parties de cette thèse ont l\'intention de donner un contexte au thème et les discussions menées dans les chapitres postérieurs ont besoin de cette approche préliminaire pour son propre enchainement logique. Pour cette raison, nous effectuerons l\'analyse des racines marxistes présentes dans les propositions théoriques d\'Aglietta, propositions émergentes dans l\'effort de concevoir des concepts capables de correspondre à la représentation du mouvement historique réel, ayant une signification sociale, par le matérialisme dialectique. Considérant que la réglementation du capitalisme est un création social, dans lequel le processus fondamental qui sous-tend la relation salariale antagoniste est la force motrice de l\'accumulation du capital, on peut dire que le processus de concentration et de centralisation du capital est médiée par l\'Etat. Cette proposition régulationniste a une forte influence de lalthussérianisme, puisque les concepts de reproduction et de structures sont utilisées dans le développement des concepts de contrôle et le mode de règlement. En s\'adressant à la partie finale de la thèse, le rôle de l\'État établi par la théorie de la régulation est analisée, en particulier, comme un outil de la mode de régulation afin de comprendre les médiations menées sur la crise, le rapport salarial et de la politique économique - dans ces cas avec une connexion profonde avec le Droit.
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Technologie et régulations dans les organisations : le cas de l'ordre de bourse dans les salles de marché / Technology and regulation in organization : a study of the stock market orderDelorme, François 30 January 2015 (has links)
La question de la règle est d'abord traitée d'une façon très théorique, et pour le moins statique, par les Philosophes et les Pères de la sociologie. Introduire l'acteur dans le raisonnement conduit à lui donner une forme dynamique et à étudier à la fois son origine et ses évolutions, mais aussi sa diversité. Routines, conventions, et régulations sont autant de formes revêtant des implications différentes, notamment en termes de contrôle.La technique intervient ainsi sur ce dernier point. Devenue omniprésente et indiscutable dans nos quotidiens, elle n'est pourtant pas une notion évidente et anodine.C'est surtout le lien entre les trois variables cités, acteur, régulation et technologie qui retient notre attention. Il fait naître une notion de régulation socio matérielle, réintroduisant dans un propos théorique la matière qui pondère une technologie devenue moins visible.Adoptant la méthode de l'étude de cas pour étudier cette problématique, nous nous attacherons, en étudiant le processus de passage d'ordre de Bourse, à mettre en évidence les articulations concrètes des notions et les différents processus réglementaires qu'elles produisent. / The question of the rule is first treated in a very theoretical and static way, for the philosophers and the Fathers of Sociology. Insert the actor in the reasoning leads to give it a dynamic form and study both its origin and evolution, as well as its diversity. Routines, conventions, and regulations are forms coating different implications, particularly in terms of control.The technique and works on this last point. Become ubiquitous in our daily and indisputable, it is nevertheless not an obvious and trivial concept.This is especially the link between the three variables mentioned, actor, regulation and technology that holds our attention. It raises a notion of social control hardware, reintroducing a theoretical matter about which weights become a less visible technology.Adopting the method of case study to examine this issue, we will work by studying the order management process Stock Exchange, to highlight the concrete joints concepts and different regulatory processes they produce.
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Essays in empirical industrial organization : demand and supply in the mobile telecommunications market / Essais empiriques en économie industrielle : demande et offre sur le marché des télécommunications mobilesNicolle, Ambre 12 September 2018 (has links)
Cette thèse a pour objectif de contribuer à la compréhension des marchés de télécommunications mobiles, en offrant un éclairage sur la façon dont la structure de marché, les investissements technologiques des acteurs et la règlementation ont affecté les prix des services, mais également en mesurant l’ampleur de l’inertie et de myopie du consommateur dans un environnement en mutation rapide. Le premier chapitre explore les déterminants de la baisse des prix en France entre 2011 et 2014.Basée sur une régression prix hédoniques, cette étude montre que l’introduction d’une nouvelle technologie et la concurrence sont à l’origine de la majeure partie de cette baisse des prix. Le deuxième chapitre questionne la façon dont la disponibilité croissante des offres sans terminal associé - sim-only - a affecté l’arbitrage intertemporel des consommateurs lors de leurs choix de forfait et de mobile. En estimant un modèle de choix discret basé sur un ensemble de combinaisons de forfaits et de terminaux,il est possible de capturer une mesure de la myopie des consommateurs. Les résultats obtenus suggèrent que le niveau de myopie moyen a fortement diminué avec l’émergence des offres sim-only et converge vers une valeur proche de celles estimées pour des marchés différents, c’est-à-dire un niveau qui témoigne d’une sous-évaluation très modérée du futur. Le troisième chapitre propose une estimation de l’inertie des consommateurs lors de leurs choix de terminaux mobiles. En se basant sur un échantillon de consommateurs sim-only et en observant leurs choix de changement de terminal entre2012 et 2014, un modèle de choix discret permet d’estimer les coûts de changement entre marques de terminaux mais aussi entre systèmes d’exploitation. Un contrefactuel est ensuite réalisé pour simuler les parts de marchés de ces derniers en l’absence d’inertie des consommateurs. Celui-ci indique que la part de marché d'Android et celles des systèmes d'exploitation mineurs augmenteraient aux dépends de la part de marché d'IOS. / This thesis aims to contribute to the understanding of mobile telecommunication markets, in exploring how structure, technological investments of players and regulation have affected prices of services; but also in measuring the magnitude of consumer inertia and myopia in a rapidly evolving environment. The first chapter investigates determinants of mobile services price drop in France between 2011 and 2014.Based on a hedonic price regression, this study provides evidence of introduction of a new technology and competition being responsible for most of the price reduction. The second chapter questions howinter-temporal trade-off of consumers selecting a handset and a tariff has been affected by the increasing availability of sim-only contracts. Estimating a discrete choice model based on choice setswhich combine extensive number of tariffs and handsets, it is possible to capture an average level of consumer’s myopia. Results show myopia decreased along with emergence of sim-only contracts and converge towards a value which is close to what has been estimated in other markets, meaning consumers only exhibit a modest undervaluation of future. The third chapter measures the magnitude inertia in repeated choice of smartphones. Exploiting data of handset switchings between 2012 and 2014 of sim-only consumers, we estimate discrete choice models to estimate switching costs between brandsand operating systems. We then rely on our model to simulate market shares without inertia and showthat the market share of Android and smaller operating systems would increase at the expense of the market share of iOS.
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Elaboration et normalisation d'un test clinique visant à évaluer les troubles émotionnels / Development and standardization of a clinical test to assess emotional disordersGros, Auriane 04 December 2015 (has links)
Les émotions sont toutes différentes et différemment perçues par chacun de nous. A une certaine intensité il est indispensable de les réguler car elles peuvent perturber notre corps, nos pensées, et nos actes. Ainsi, si le ressenti est indispensable à notre équilibre personnel, la régulation de ce dernier l’est également. Mais certaines pathologies peuvent léser ce réseau émotionnel basé sur l’interaction entre ressenti et régulation. Actuellement l’évaluation des émotions repose majoritairement sur nos capacités à les reconnaitre ou à les exprimer. Et, même si les capacités de régulation émotionnelle sont de plus en plus sources d’intérêt, elles sont actuellement mesurées hors contexte émotionnel et par le biais d’échelles auto-rapportées, ce qui comporte un certain nombre de biais. L’objectif de cette thèse est d’élaborer, de standardiser, et d’étalonner un test basé sur une tâche d’estimation temporelle permettant d’évaluer le ressenti émotionnel et la régulation de ce dernier au moment où l’émotion a lieu. Notre but est de fournir au clinicien un outil de mesure des émotions afin de mettre en évidence la présence de certains troubles actuellement non évalués. Nous espérons qu’une mise en évidence de ces troubles permettra par la suite une réflexion sur les possibilités de prise en charge, et par conséquent, une amélioration de la qualité de vie des patients souffrant de troubles de ce type. / Emotions are all different, and the emotional experience varies from one person to another. It is essential to regulate our emotions because, at certain intensities, they can disrupt our body, our thoughts and our actions. Thus, emotion regulation is as essential to our personal balance as emotional experience. But certain diseases can damage the emotional network, and disrupt the interaction between emotional experience and emotion regulation. Currently the assessment of emotions is mainly based on tasks testing our ability to recognize or express them. And, even if emotion regulation capabilities are increasingly a matter of interest, they are currently measured outside any emotional context and through self-report scales, which have a number of biases. The objective of this thesis is to develop, standardize and validate a test based on a time estimation task to assess the emotional experience and emotion regulation when the emotion occurs. Our goal is to provide clinicians with a new tool to measure emotions, in order to ascertain, therefore improving the quality of life of patients suffering from these disorders the presence of certain disorders which are currently not evaluated by existing tests. We hope that highlighting the presence of these disorders will help to work on the possibilities of care and support.
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Etude de la méthylation de l'ADN chez la bactérie pathogène d'insectes Photorhabdus luminescens / DNA methylation role in the insect pathogen bacterium Photorhabdus luminescensPayelleville, Amaury 16 November 2018 (has links)
Photorhabdus luminescens est une entérobactérie retrouvée en symbiose avec les nématodes du genre Heterorhabditis. Dans les sols, ce complexe némato-bactérien est pathogène d’insectes ravageurs et est utilisé en contrôle biologique. Le nématode pénètre dans l’insecte et libère la bactérie dans l’hémolymphe. Photorhabdus va ensuite se multiplier et secréter divers facteurs de virulence comme des toxines. L’insecte meurt de septicémie puis le nématode et la bactérie vont se nourrir du cadavre. Une fois les ressources épuisées, le complexe némato-bactérien va se reformer et sortir du cadavre à la recherche d’une nouvelle cible. Plusieurs exemples d’hétérogénéité phénotypique ont été décrits chez cette bactérie amenant chacun à la présence de sous-populations dans une culture bactérienne. Cette hétérogénéité phénotypique peut-être causée par des mécanismes épigénétiques et plus précisément par la méthylation de l’ADN. Chez les entérobactéries, la méthyltransférase Dam est très conservée. Elle méthyle les adénines des sites GATC et est impliquée dans la réparation des erreurs lors de la réplication de l’ADN, la régulation du cycle cellulaire mais aussi la régulation de divers gènes. Cette méthyltransférase est en compétition avec certain régulateurs transcriptionnel. Selon qui de la méthyltransférase ou du régulateur se fixera en premier, le gène sera ou non exprimé donnant naissance à deux sous-populations. Cette thèse a pour objectif de mettre en évidence les rôles de la méthyltransférase Dam chez Photorhabdus luminescens. Dans un premier temps, j’ai montré que la surexpression de Dam (Dam+) amène une diminution de la mobilité et du pouvoir pathogène de la bactérie mais à l’inverse augmente sa capacité à former des biofilms. Une analyse transcriptomique (RNAseq) a montré des différentiels d’expression de certains gènes impliqués dans les phénotypes observés. En recombinant la souche de Photorhabdus Dam+ avec les nématodes hôtes, l’effet sur la pathogénicité a été augmenté en comparaison des résultats après injection de la bactérie seule. L’établissement de la symbiose némato-bactérienne avec cette souche Dam+ n’est pas significativement impacté par rapport à la souche sauvage. Enfin l’analyse du méthylome (détection de tous les sites méthylés sur le génome grâce à la technique SMRT) de Photorhabdus dans diverses phases de croissance nous a permis de déterminer que la méthylation par Dam semble être stable aux différents temps de la croissance bactérienne testés chez Photorhabdus. Le méthylome de la souche Dam+ a confirmé l’hypothèse que cette surexpression augmentait le taux de méthylation des sites GATC sur le génome. La comparaison combinée entre le RNAseq et les sites GATC différentiellement méthylés entre la souche contrôle et Dam+ a mis en évidence certains gènes candidats ressortant de ces deux analyses. En effet, certains gènes sont différentiellement exprimés dans les deux souches et ont un différentiel de méthylation au niveau de sites GATC dans leur région promotrice, l’étude détaillée de leur régulation par la méthylation fait maintenant partie des perspectives et permettront peut-être d’expliquer une partie des phénotypes observés chez Photorhabdus luminescens. / Photorhabdus luminescens is an Enterobacteriaceae found in soils in symbiosis with a nematode from the genus Heterorhabditis. This nemato-bacterial complex is highly pathogenic against insect pest crops and so used in biocontrol. The nematode enters into the insect and releases Photorhabdus in the hemolymph of the insect. Photorhabdus multiplies and produces diverse virulence factors as toxins. Insect die from septicemia and both nematodes and bacteria feed on the nutrients in the cadaver. Once nutrients are lacking, the nematodes and the bacteria reassociate and exit from the cadaver to find new insects to infect. Photorhabdus is switching between pathogenic and symbiotic state. This bacterium displays phenotypic heterogeneity as we observe subpopulations coexisting in a same bacterial culture. Phenotypic heterogeneity can be explained by epigenetic mechanisms such as DNA methylation. In Enterobacteriaceae, Dam methyltransferase is broadly distributed. It methylates the adenine of GATC sites. Dam is involved in post-replicative mismatch repair, cell-cycle regulation and also gene transcription regulation. This methyltransferase can be in competition with some transcriptional regulators. Depending on which will bind first on the promoter region, gene will be expressed or not, leading to the rise of two subpopulations. This thesis aims to understand roles of Dam in Photorhabdus luminescens. Overexpression of the methyltransferase leads to a decrease in motility and pathogenicity of Photorhabdus Dam+ strain whereas it increases biofilms formation. A transcriptomic analysis (RNAseq) revealed differential expression of genes involved in the observed phenotypes. Symbiosis establishment does not seem to be strongly impacted in Dam+ strain as the only difference observed when compared to the nematode associated with the control strain is the same as with bacteria alone (a delayed virulence). A methylome analysis was also done (screening of all methylated sites in the genome using SMRT sequencing) in several growth conditions which revealed that DNA methylation is stable over growth kinetics. Dam+ strain methylome analysis confirmed the hypothesis that Dam overexpression increases GATC methylation over the genome. Comparative analysis of methylome and RNAseq experiments between control and Dam+ strains highlighted several common genes. In fact, some genes are differentially expressed between both strains and also have GATC sites differentially methylated in their promoter region. Their transcription regulation by methylation is a future aim and may give some explanation for a part of the phenotypes observed in Photorhabdus luminescens.
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Capacité de rétention du récepteur CD4 par la protéine Vpu du VIH-1 chez des isolats primaires et implications au niveau de l'infectivité des particules viralesBelzile, Nathalye January 2007 (has links)
Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.
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Caractérisation de voies de biosynthèse d’antibiotiques de la famille des pyrrolamides / Characterization of pyrrolamide antibiotics biosynthetic pathwaysVingadassalon, Audrey 17 May 2013 (has links)
Les pyrrolamides constituent une famille de produits naturels dotés de diverses activités biologiques et synthétisés par des actinobactéries. La congocidine et la distamycine, les molécules les plus connues de cette famille, sont capables de se lier à l'ADN de façon non covalente selon une certaine spécificité de séquence (succession de 4 paires de base A/T). Récemment, les gènes et la voie de biosynthèse de la congocidine ont été identifiés et caractérisés chez S. ambofaciens. Ceci a révélé un mécanisme original impliquant notamment de nouvelles enzymes et de nouvelles voies pour la biosynthèse des trois précurseurs nécessaires à l’assemblage de la congocidine. Nous avons entrepris d’étudier la régulation de la biosynthèse de la congocidine chez S. ambofaciens et d’isoler et de caractériser les groupes de gènes de biosynthèse de deux autres pyrrolamides, la distamycine et les pyrronamycines (produites respectivement par S distallicus et un streptomyces non caractérisé). L'objectif de cette étude est, dans un premier temps, d’améliorer notre compréhension des mécanismes impliqués lors de la biosynthèse de ces molécules (comme le mécanisme d’incorporation des pyrroles) et, par la suite, de manipuler les gènes identifiés pour synthétiser de nouvelles molécules pyrrolamides hybrides. / Pyrrolamides constitute a family of natural products with various biological activities, synthesized by actinobacteria. Congocidine (also called netropsin) and distamycin are the best characterized pyrrolamides, largely studied due to their ability to bind into the minor groove of the DNA double helix in a sequence specific manner (succession of four A/T bases). Recently, the congocidine biosynthetic pathway has been characterized in Streptomyces ambofaciens. We showed that an iterative Non Ribosomal Peptide Synthetase with an unusual architecture assembles congocidine, using precursors with undocumented biosynthetic pathways. With the aim of developing a combinatorial biosynthesis approach for the development of new pyrrolamides, we undertook the study of the regulation of congocidine biosynthesis in S. ambofaciens and the isolation of the distamycin and pyrronamycins biosynthetic gene clusters. Characterization of these clusters will result in a more detailed understanding of pyrrolamide biosynthesis (e.g. mechanism of pyrrole polymerization), and provide new tools (enzymes) and building blocks (precursors) necessary for combinatorial biosynthesis.
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Biogenèse de la pellicule chez Shewanella oneidensis / Pellicle biogenesis in Shewanella oneidensisGambari, Cyril 16 July 2018 (has links)
La bactérie aquatique Shewanella oneidensis est capable, en condition statique et en présence d'oxygène, de former un biofilm à l'interface air-liquide, appelé pellicule. Mon travail a porté sur la biogenèse de la pellicule.Il a été montré dans le groupe que le régulateur de réponse du système chimiotactique, la protéine CheY3, était impliqué dans la biogenèse de la pellicule. Cette protéine est essentielle dans les étapes précoces et tardives de sa formation alors que son partenaire habituel, CheA3, semble ne jouer un rôle que dans les étapes tardives. Mon travail s'est focalisé sur la recherche de partenaires de CheY3.J'ai introduit une banque d'ADN génomique de S. oneidensis dans la souche ΔcheY3 et j'ai cherché des gènes dont la surexpression permettait de restaurer la formation de la pellicule. Cette approche a révélé deux gènes pdgA et pdgB. J'ai montré que les protéines PdgA et PdgB étaient capables de synthétiser du di-GMPc, suggérant que ce messager secondaire est impliqué dans la biogenèse de la pellicule. L'hydrolyse du di-GMPc par des enzymes dédiées empêche en effet sa formation.J'ai montré que l'opéron mxd, contrôlant la synthèse d'exopolysaccharides dans les biofilms de surface, était impliqué dans la formation de la pellicule. La première protéine codée par cet opéron, MxdA, est capable de lier le di-GMPc. Des expériences de pontage chimique et de double hybride ont révélé que MxdA, CheY3, PdgA et PdgB, formaient un réseau de régulation gouvernant la biogenèse de la pellicule.J'ai montré que les systèmes à deux composants BarA/UvrY et ArcS/ArcA contrôlant la transcription de l'opéron mxd sont aussi impliqués dans la formation du biofilm flottant. / The aquatic bacterium Shewanella oneidensis is able to form, under static conditions and in the presence of oxygen, a biofilm at the air-liquid interface, called pellicle. My work was focused on the biogenesis of this pellicle.It was previously shown in the team that, surprisingly, the CheY3 protein, the response regulator of the chemotactic regulatory system, is involved in the biogenesis of the pellicle. This protein was shown to be essential both in early and late steps of pellicle formation whereas its usual partner, the kinase CheA3, seems to play a role in the late steps only. I was therefore looked for the partners of the CheY3 protein for pellicle formation.For this purpose, I have introduced a multi-copy genomic library in the ΔcheY3 strain and searched for genes whose overexpression allowed pellicle restoration. Strikingly, this approach revealed two genes pdgA and pdgB. Interestingly, we showed that PdgA and PdgB proteins are able to synthesize c-di-GMP, suggesting a role for this second messenger in pellicle biogenesis. Indeed, c-di-GMP hydrolysis by dedicated enzymes blocks pellicle formation.We also showed that the mxd operon, controlling the exopolysaccharides synthesis in biofilm associated with a solid surface, is also involved in pellicle formation. Moreover, the first protein encoded by this operon, MxdA, is able to bind c-di-GMP. Cross-linking and bacterial two-hybrid experiments revealed that MxdA, CheY3, PdgA and PdgB, form a complex regulatory pathway governing the biogenesis of the pellicle.Finally, we have shown that the two-component systems BarA/UvrY and ArcS/ArcA, controlling the mxd transcription, are also involved in pellicle formation.
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