Orientador: Marcelo Agenor Pavan / Coorientador: Julio Massaharu Marubayashi / Banca: Renate Krause Sakate / Banca: Kelly Cristina Gonçalves Rocha / Banca: Romulo Fujito Kobori / Banca: Ricardo Gioria / Resumo: Bemisia tabaci (Hemiptera: Aleyrodidae), é um complexo composto por pelo menos 37 espécies crípticas e representa uma das mais importantes pragas agrícolas do mundo, já que é um inseto altamente polifago e considerado um supervector de vírus, uma vez que sozinho é capaz de transmitir mais de 300 espécies, como os begomovírus (gênero Begomovirus, família Geminiviridae) e crinivírus (gênero Crinivirus, família Closteroviridae). Mais de duas décadas depois que a espécie B. tabaci Middle East Asia Menor 1 (MEAM1, biótipo B) invadiu e se estabeleceu no Brasil através de plantas ornamentais, a presença da B. tabaci especie Mediterranean (MED, biótipo Q) foi relatada pela primeira vez no Rio Grande do Sul em 2014, e, recentemente, nos estados de São Paulo e Paraná. Em 2015, espécimes de moscas-brancas coletadas em cultivos comerciais protegidos de begônias, hortênsias, petúnias e poinsettias em São Paulo, bem como de begônias e poinsetias de floriculturas e Capsicum spp. associado a Emilia fosbergii em estufas usadas anteriormente para poinsettia no Paraná, foram todos identificados como pertencentes a espécie MED. Adicionalmente, os endosimbiontes secundários identificados foram Arsenophonus, Hamiltonella e Rickettsia foram detectados por PCR e confirmados por sequenciamento e análise de FISH, divergindo dos encontrados nas moscas MED do Rio Grande do Sul, as quais abrigavam Hamiltonella e Cardinium. Em 2015, portanto, a primeira pesquisa no Estado de São Paulo revelou que a espéc... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract:Bemisia tabaci (Hemiptera: Aleyrodidae), it is a complex consisting of at least 37 cryptic species and is one of the most important agricultural pests worldwide, since it is a highly polyphagous insect and considered a virus supervector once it alone transmits more than 300 species, such as begomovirus (genus Begomovirus, Geminiviridae family) and crinivirus (genus Crinivirus, Closteroviridae family). More than two decades after the species B. tabaci Middle East Asia Minor 1 (MEAM1, biotype B) invaded and settled in Brazil through ornamental plants, the presence of B. tabaci Mediterraneann species (MED, biotype Q) was first reported in Rio Grande do Sul in 2014, and recently in São Paulo and Paraná States. In 2015, specimens of whiteflies collected in commercial greenhouses of begonias, hydrangeas, petunias and poinsettias in São Paulo, as well as begonias and poinsettias from flower shops and Capsicum spp. associated with Emilia fosbergii in greenhouses used previously for poinsettia in Paraná, they were all identified as belonging to MED species. In addition, the identified secondary endosymbionts were Arsenophonus, Hamiltonella and Rickettsia were detected by PCR and confirmed by sequencing and FISH analysis, diverging from the set of MED from Rio Grande do Sul, which harbored Hamiltonella and Cardinium. In 2015, therefore, the first research in São Paulo revealed that the MED species was present only in greenhouses of ornamentals and flower shops, associated with ornamental ... / Doutor

Submitted by SABRINA MEIRELES (sabmeireles@gmail.com) on 2018-10-29T21:13:50Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_Sabrina_Meireles.pdf: 2292151 bytes, checksum: dc1ccdda3053377755362d9e3b03674a (MD5) / Rejected by PPGBIOTEC Biotecnologia (ppg_biotec.ufam@yahoo.com.br), reason: Faltando carta de encaminhamento e ata de defesa. on 2018-10-31T20:04:44Z (GMT) / Submitted by SABRINA MEIRELES (sabmeireles@gmail.com) on 2018-11-01T20:29:28Z No. of bitstreams: 3 Dissertação_Sabrina_Meireles.pdf: 2292151 bytes, checksum: dc1ccdda3053377755362d9e3b03674a (MD5) Carta de encaminhamento de dissertação.pdf: 350635 bytes, checksum: 10a769692f682bf7f5677800b78f1cf9 (MD5) Ata de defesa_SABRINA.pdf: 137071 bytes, checksum: b6dc6ae572159917e96c3353244d7fea (MD5) / Approved for entry into archive by PPGBIOTEC Biotecnologia (ppg_biotec.ufam@yahoo.com.br) on 2018-11-06T20:42:33Z (GMT) No. of bitstreams: 3 Dissertação_Sabrina_Meireles.pdf: 2292151 bytes, checksum: dc1ccdda3053377755362d9e3b03674a (MD5) Carta de encaminhamento de dissertação.pdf: 350635 bytes, checksum: 10a769692f682bf7f5677800b78f1cf9 (MD5) Ata de defesa_SABRINA.pdf: 137071 bytes, checksum: b6dc6ae572159917e96c3353244d7fea (MD5) / Rejected by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br), reason: A Carta anexada deve ser a "Carta de Encaminhamento para o Autodepósito" disponível em http://biblioteca.ufam.edu.br/servicos/teses-e-dissertacoes e ela deve está datada. Dúvidas? ddbc@ufam.edu.br on 2018-11-07T12:19:17Z (GMT) / Submitted by SABRINA MEIRELES (sabmeireles@gmail.com) on 2018-11-09T15:41:14Z No. of bitstreams: 3 Dissertação_Sabrina_Meireles.pdf: 2292151 bytes, checksum: dc1ccdda3053377755362d9e3b03674a (MD5) Ata de defesa_SABRINA.pdf: 137071 bytes, checksum: b6dc6ae572159917e96c3353244d7fea (MD5) CartaEncaminhamentoAutodepósito-SABRINA-MEIRELES-Dissertação.pdf: 104760 bytes, checksum: 8b5e7685916e53325a10bf89174a2564 (MD5) / Rejected by PPGBIOTEC Biotecnologia (ppg_biotec.ufam@yahoo.com.br), reason: No arquivo da Dissertação falta a ficha catalográfica. on 2018-11-12T19:00:12Z (GMT) / Submitted by SABRINA MEIRELES (sabmeireles@gmail.com) on 2018-11-12T20:37:14Z No. of bitstreams: 3 Ata de defesa_SABRINA.pdf: 137071 bytes, checksum: b6dc6ae572159917e96c3353244d7fea (MD5) CartaEncaminhamentoAutodepósito-SABRINA-MEIRELES-Dissertação.pdf: 104760 bytes, checksum: 8b5e7685916e53325a10bf89174a2564 (MD5) Dissertação_Enviado TEDE.pdf: 2362346 bytes, checksum: 1eda835ac27bb468843b802a36d93c70 (MD5) / Approved for entry into archive by PPGBIOTEC Biotecnologia (ppg_biotec.ufam@yahoo.com.br) on 2018-11-12T20:47:05Z (GMT) No. of bitstreams: 3 Ata de defesa_SABRINA.pdf: 137071 bytes, checksum: b6dc6ae572159917e96c3353244d7fea (MD5) CartaEncaminhamentoAutodepósito-SABRINA-MEIRELES-Dissertação.pdf: 104760 bytes, checksum: 8b5e7685916e53325a10bf89174a2564 (MD5) Dissertação_Enviado TEDE.pdf: 2362346 bytes, checksum: 1eda835ac27bb468843b802a36d93c70 (MD5) / Rejected by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br), reason: Tese/Dissertação inserida por meio de Autodepósio, na BDTD devem ser de Acesso Aberto, ou seja, estarão disponíveis a partir da data de depósito. A dissertação inserida é Confidencial e/ou passível de Patente, pois foi estipulada uma data para a sua liberação. Nestes casos o depósito deve ser feito pessoalmente na Biblioteca Central, conforme orientações em http://biblioteca.ufam.edu.br/servicos/teses-e-dissertacoes Dúvidas? ddbc@ufam.edu.br on 2018-11-12T21:02:24Z (GMT) / Submitted by SABRINA MEIRELES (sabmeireles@gmail.com) on 2018-11-21T16:28:32Z No. of bitstreams: 3 Ata de defesa_SABRINA.pdf: 137071 bytes, checksum: b6dc6ae572159917e96c3353244d7fea (MD5) CartaEncaminhamentoAutodepósito-SABRINA-MEIRELES-Dissertação.pdf: 104760 bytes, checksum: 8b5e7685916e53325a10bf89174a2564 (MD5) Dissertação_Enviado TEDE.pdf: 2362346 bytes, checksum: 1eda835ac27bb468843b802a36d93c70 (MD5) / Approved for entry into archive by PPGBIOTEC Biotecnologia (ppg_biotec.ufam@yahoo.com.br) on 2018-11-21T17:55:02Z (GMT) No. of bitstreams: 3 Ata de defesa_SABRINA.pdf: 137071 bytes, checksum: b6dc6ae572159917e96c3353244d7fea (MD5) CartaEncaminhamentoAutodepósito-SABRINA-MEIRELES-Dissertação.pdf: 104760 bytes, checksum: 8b5e7685916e53325a10bf89174a2564 (MD5) Dissertação_Enviado TEDE.pdf: 2362346 bytes, checksum: 1eda835ac27bb468843b802a36d93c70 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-11-21T19:41:17Z (GMT) No. of bitstreams: 3 Ata de defesa_SABRINA.pdf: 137071 bytes, checksum: b6dc6ae572159917e96c3353244d7fea (MD5) CartaEncaminhamentoAutodepósito-SABRINA-MEIRELES-Dissertação.pdf: 104760 bytes, checksum: 8b5e7685916e53325a10bf89174a2564 (MD5) Dissertação_Enviado TEDE.pdf: 2362346 bytes, checksum: 1eda835ac27bb468843b802a36d93c70 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-11-21T19:41:17Z (GMT). No. of bitstreams: 3 Ata de defesa_SABRINA.pdf: 137071 bytes, checksum: b6dc6ae572159917e96c3353244d7fea (MD5) CartaEncaminhamentoAutodepósito-SABRINA-MEIRELES-Dissertação.pdf: 104760 bytes, checksum: 8b5e7685916e53325a10bf89174a2564 (MD5) Dissertação_Enviado TEDE.pdf: 2362346 bytes, checksum: 1eda835ac27bb468843b802a36d93c70 (MD5) Previous issue date: 2018-07-25 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Native stingless bees (Apidae: Meliponini), as well as the other social insects of the order hymenoptera, present symbiotic interactions with the yeasts, indicated as the main responsible for the processing of pollen, fermented food preferred by the meliponids, and by the fermentation of other vegetal materials taken to these nests. In this project, it was proposed to identify yeasts associated with the nest of two Amazon native bees and establish a reference database for Amazonian strains. For this, the substrates (pollen, honey, larval food and wax) were collected from the nest of Melipona interrupta and Cephalotrigona femorata in three meliponaria, located in Iranduba, Parintins and Paraná de Parintins, (n = 12 samples). The methodological procedures adopted in this work are as follows: (1) isolation in YPD, (2) screening in CHROMágar for separation of the isolates in groups of colors, (3) DNA extraction, (4) screening for RFLP standards based on the amplification of the 18S, ITS1-5,8S-ITS2 and D1 / D2 regions of the 26S rRNA gene and digestion of the amplicon with the Dde I restriction enzyme. The amplicons of the different profiles were sequenced and the identification was achieved comparing the sequences against the nucleotide databases of the INSDC consortium using the BLASTN tool. A total of 749 nest bees associated yeasts were isolated, among these 15 lines were identified, namely: SM01 Candida sp., SM02 Hyphopichia sp., SM03 Rhodotorula sp., SM04 Wickerhamiella versalitis, SM05 Debaryomyces sp., SM06 Candida orthopsilosis, SM07 Candida apícola, SM08 Metschnikowia sp., SM09 Zygosaccharomyces siamensis, SM10 Hanseniaspora opuntiae, SM11 Pichia sp., SM12 Pichia kluyveri, SM13 Trichosporon asahii, SM14 Kodamaea ohmeri and SM15 Aureobasidium sp. This work contributed to (1) the identification of yeast associated to the natives stingless bees, (2) contributed to the databases through the deposit of complete nucleotide sequences, useful for yeast identification, (3) established thirteen new RFLP standards, (4) in addition to compose a database of yeasts, which from this bank, future works may prospect processes and biomolecules of biotechnological interest. / As abelhas nativas sem ferrão (Apidae: Meliponini) apresentam interações simbióticas com as leveduras, apontadas como as principais responsáveis pela fermentação do pólen, alimento preferido pelos meliponídeos, e pela fermentação de outros materiais de origem vegetal coletados pelas abelhas. Neste projeto, foi proposto identificar leveduras associadas ao ninho de duas abelhas nativas da Amazônia e estabelecer um banco de estirpes amazônicas de referência. Para isso, os substratos (pólen, mel, alimento larval e cera) foram coletados do ninho de Melipona interrupta e Cephalotrigona femorata em três meliponários, localizados em Iranduba, Parintins e Paraná de Parintins, (n=12 amostras). Os procedimentos metodológicos adotados neste trabalho seguem a seguinte ordem: (1) isolamento em YPD, (2) triagem em CHROMágar para separação dos isolados em grupos de cores, (3) extração de DNA, (4) triagem de padrões moleculares por PCR/RFLP baseado na amplificação das regiões 18S, ITS1-5,8S-ITS2 e D1/D2 do gene 26S rRNA e digestão do amplicon com a enzima Dde I (5) sequenciamento dos amplicons dos diferentes padrões obtidos na RFLP e a identificação mediante comparação das sequências obtidas contra os bancos de dados de sequências nucleotídicas do consórcio INSDC, com auxílio da ferramenta BLASTN. Foram isoladas 749 leveduras associadas ao ninho das abelhas Melipona interrupta e Cephalotrigona femorata, das quais, 15 linhagens foram identificas, a saber: SM01 Candida sp., SM02 Hyphopichia sp., SM03 Rhodotorula sp., SM04 Wickerhamiella versalitis, SM05 Debaryomyces sp., SM06 Candida orthopsilosis, SM07 Candida apícola, SM08 Metschnikowia sp., SM09 Zygosaccharomyces siamensis, SM10 Hanseniaspora opuntiae, SM11 Pichia sp., SM12 Pichia kluyveri, SM13 Trichosporon asahii, SM14 Kodamaea ohmeri e SM15 Aureobasidium sp. Este trabalho resultou em (1) dados inéditos a respeito das leveduras associadas às abelhas sem ferrão da Amazônia, (2) contribuiu com os bancos de dados por meio do depósito de sequências nucleotídicas completas de regiões gênicas usadas para identificação de leveduras, (3) estabeleceu 14 novos padrões de RFLP, (4) forneceu quinze linhagens a serem exploradas em estudos futuros, das quais cinco podem ser espécies ainda não descritas na literatura, que visem prospectar processos e biomoléculas de interesse biotecnológico.

Estudou-se, em casa-de-vegetação, o efeito da desinfestação do solo com brometo de metila e da presença de camadas subsuperficiais compactadas no desenvolvimento das raízes e no estabelecimento da simbiose da soja com as estirpes nativas do solo, SEMIA 5079 e SEMIA 5080 inoculadas individualmente. Utilizou-se para tal, amostra de Latossolo Vermelho-Escuro álico, textura média, do município de Uberlândia, MG, previamente calcareado e adubado. Os vasos utilizados, foram formados pela sobreposição de três anéis de PVC, com 1,5 dm de diâmetro e altura de 0,5 dm para o anel central e inferior e 1,25 dm para o anel superior, unidos por fita adesiva. O solo do anel central foi submetido a diferentes níveis de compactação para obter as densidades de 1,15; 1,30; 1,45; 1,60 kg dm-3. Metade do solo utilizado foi previamente desinfestado, com 0,25 dm3 m-3 de brometo de metila. Formada a coluna, pela união dos três anéis com fita adesiva foi plantada soja IAC-8, com sementes previamente desinfestadas e inoculadas com as estirpes de rizóbios SEMIA 5079 e SEMIA 5080. As estirpes nativas encontravam-se no solo utilizado. Quarenta e sete dias após a emergência, as plantas de soja foram cortadas rente ao solo, secadas em estufa de ventilação forçada, pesada e submetidas à digestão para determinação do nitrogênio. As colunas de PVC foram desmontadas para coleta e quantificação de raízes e nódulos de rizóbios. Análise e interpretação dos dados possibilitaram constatar que a produção de matéria seca da parte aérea da soja foi crescente com a desinfestação do solo e inoculação com a estirpe de rizóbio SEMIA 5080, dentro das densidades de até 1,30 kg dm-3. Para valores maiores do que este, as estirpes estudadas não diferiram entre si. A compactação, por outro lado, promoveu reduções lineares na produção da matéria seca da parte aérea no solo desinfestado, e, parabólica, com maior produção na densidade de 1,35 kg dm-3 no solo não desinfestado. A concentração de nitrogênio na parte aérea da soja foi significativamente menor com a inoculação menor com a inoculação da estirpe SEMIA 5079 no solo desinfestado, enquanto que, no não desinfestado as estirpes estudadas não diferiram entre si. A compactação aplicada reduziu linearmente a concentração de nitrogênio. Com a desinfestação do solo a maior produção ocorreu com a presença da estirpe nativa. Por outro lado, a compactação produziu efeito parabólico na produção de raízes tanto no solo desinfestado como no solo não desinfestado, com pontos de máxima produção nas densidades 1,47 kg dm-3 e 1,61 kg dm-3, respectivamente. A desinfestação do solo aumentou significativamente a massa dos nódulos em todos os níveis de compactação, enquanto que não houve efeito da estirpe inoculada. Por outro lado, a compactação promoveu aumentos da massa dos nódulos até a densidade do solo de 1,33 kg dm-3 em todas as estirpes inoculadas. Enquanto a desinfestação do solo possibilitou aumentos no número de nódulos, a inoculação não foi significativa. A compactação promoveu redução linear no número de nódulos no solo desinfestado e aumento linear no solo não desinfestado em todas as estirpes estudadas / not available

O conhecimento das associações entre os microrganismos componentes da microbiota dos solos é de grande interesse no meio científico, principalmente relacionado aos microrganismos que se associam de forma benéfica com as plantas. Neste contexto, destaca-se a micorriza arbuscular, que é a associação entre os fungos micorrízicos arbusculares (FMAs) e uma amplitude de espécies vegetais. Além desta íntima interação entre estes organismos, torna-se necessário conhecer a importância dos demais componentes do sistema solo, como a microbiota formada por fungos e bactérias dos solos, para o estabelecimento desta interação. Os objetivos dos estudos componentes desta tese se concentraram na avaliação de FMAs (D. heterogama, R. clarus e Gi. rosea) inoculados em sistemas alterados quanto à composição das comunidades microbianas dos solos, promovidas pela metodologia de \'diluição para extinção\'. No primeiro estudo foram encontradas respostas diferenciais na capacidade de colonização micorrízica (%CM) de plantas de cana-de-açúcar pelos FMAs inoculados nos diferentes sistemas, além do efeito diferencial dos FMAs quanto às alterações nas comunidades de fungos e bactérias do solo. Num estudo mais detalhado, desenvolvido apenas com R. clarus em plantas de milho, foi verificado que a maiores diversidades microbianas do solo resultaram em maior colonização do hospedeiro, principalmente no período inicial de desenvolvimento das plantas. Neste experimento foi descrita a correlação direta da capacidade de colonização do FMA com a riqueza e a diversidade filogenética da microbiota dos solos. A descrição dos perfis metabólicos dos solos contendo diferentes comunidades microbianas revelou a capacidade diferencial destes solos em utilizar diferentes fontes de carbono, além de demonstrar um aumento no metabolismo (evidenciado pelo consumo total de fontes de carbono) devido à inoculação do FMA. Em conjunto, os dados obtidos nos dois estudos indicam que a micorrização das plantas depende da ação de outros microrganismos do sistema solo, que atuam como um terceiro fator nesta simbiose e que a microbiota do solo responde a inoculação de um organismo exógeno, primordialmente aumentando seu metabolismo. Deve-se, portanto, considerar que a degradação biológica dos solos, com perda de sua biodiversidade, pode ter papel determinante no funcionamento de interações específicas e benéficas às plantas. / Knowledge about the associations between microbial components of soil microbiota is of great interest in the scientific community, primarily related to microorganisms that are associated beneficially with plants. In this context, there is the arbuscular mycorrhiza, which is made of the association between mycorrhizal fungi (AMF) and a range of plant species. In this close interaction between these organisms, it is necessary to describe the importance of other components of the soil system, such as the microbiota formed by fungi and bacteria from the soil, to establish this interaction. The objectives of the studied that compose this thesis focused on the evaluation of AMF (D. heterogama, R. clarus and Gi. rosea) fitness, when inoculated in modified systems on the composition of the microbial communities in the soil, with alterations promoted by the \'dilution to extinction\' methodology. In the first study, differential responses were found in root colonization capacity (% CM) of sugarcane by AMF inoculated in different systems, and the differential effect of AMFs, changing the communities of fungi and bacteria of soil. In a more detailed study, designed only to R. clarus in corn plants, it was found that higher microbial diversity of soil resulted in higher colonization of the host, especially in the initial period of plant development. In this experiment it was described the direct correlation of AMF colonization capacity with richness and phylogenetic diversity of soil microbiota. The description of the metabolic profiles of soil containing various microbial communities revealed the differential ability of these soils utilize different carbon sources, in addition to demonstrating an increase in metabolism (as evidenced by the total consumption of carbon sources) due to inoculation of the AMF. Together, the data from the two studies indicate that colonization of plants by AMF depends on the action of other microorganisms soil system, which act as a third factor in this symbiosis, and that the soil microbes respond to inoculation of an exogenous organism, primarily increasing its metabolism. One should therefore consider that the biological degradation of the soil, with loss of biodiversity, may have crucial role in the functioning of specific and beneficial interactions to plants.

Submitted by Jorge Silva (jorgelmsilva@ufrrj.br) on 2018-05-18T17:44:09Z No. of bitstreams: 1 2014 - Dayana da Silva Correia.pdf: 2038600 bytes, checksum: 031920d278558b902310d93f752920d7 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-18T17:44:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014 - Dayana da Silva Correia.pdf: 2038600 bytes, checksum: 031920d278558b902310d93f752920d7 (MD5) Previous issue date: 2014-03-26 / CAPES / CNPq / The symbiosis between soil invertebrates and micro"organisms is a major ally in promoting the decomposition of plant residues in the soil. The micro"organisms in turn, have an immense genetic diversity and play crucial roles in maintaining ecosystems. One of these functions is the production of extracellular enzymes that assist the mineralization of organic matter. The possibility of developing new biotechnological processes based on the exploration of microbial diversity is immense, due to the great variability that exists between biological systems and it can be optimized to improve the agricultural production systems in a sustainable manner. The objective of this work was to study the profile of the bacterial community and cellulolytic potential of bacteria isolated from three different species of invertebrates saprophages. The experiments were performed at the Experimental Station of Embrapa Agrobiology, Serop?dica, Rio de Janeiro State. Millipede, of the Trigoniulus corallinus species, were collected in piles of plant compounds from local experimental field sites, which were subsequently incubated for 60 days under six different diets. Bacterial diversity in the intestinal tract of invertebrates was analyzed by PCR"DGGE of 16S rDNA gene amplification by PCR electrophoresis in denaturing gradient gel (DGGE); two domains were used, Bacteria and Actinobacteria. Some bands of the DGGE gel were extracted and sequenced. To assess the potential for production of cellulases in response to the presence of carboxy methyl cellulose (CMC) of isolates, the technique Congo red stain was used and the values were expressed as means (Ie) enzymatic index. From the highest values of (Ie) twenty" three bacteria were selected for the analysis of 16S rDNA. After the phylogenetic identification, the cellulolytic potential was rated, through cellulolytic activity of endoglucanase (CMCase), and endo" and exoglucanases (FPase) tests. To determine the molecular weight and activity of the enzymes polyacrylamide gels (SDS"PAGE) and zymography were performed. The results obtained in the technique of DGGE, the profiles of DGGE bands, showed that the intestinal microbiota of the invertebrates has distinct bacterial groups. It is possible to infer that, despite the communities having similar abundance, such as in the Trigoniulus corallinus and Cubaris murine species, the groups that make up this abundance were different among the invertebrate?s species. From the clones of the incised bands, three phyla members, Proteobacteria, Firmicutes and Bacteroidetes, were sequenced. Through phylogenetic analysis, it was possible to identify the 23 species of bacteria. Presenting two distinct Actinomycetes and Firmicutes phylum, the largest genus identified was Streptomyces, followed by an isolated Bacillus, Paenibacillus, and Staphylococcus. The intestinal tract of the three species of saprophages invertebrates showed to be an adequate environment for prospection of bacteria with cellulolytic efficiency, with high potential for future biotechnological studies. / A simbiose entre invertebrados do solo e microrganismos ? um grande aliado no auxilio da decomposi??o de res?duos vegetais presentes no solo. Os microrganismos por sua vez, apresentam uma imensa diversidade gen?tica e desempenham fun??es cruciais na manuten??o dos ecossistemas, uma dessas fun??es ? a produ??o de enzimas extracelulares que auxiliam na mineraliza??o da mat?ria org?nica. A possibilidade de desenvolver novos processos biotecnol?gicos com base na prospec??o da diversidade microbiana ? imensa, em decorr?ncia da grande variabilidade que existe entre os sistemas biol?gicos e que podem ser aperfei?oados para melhorar os sistemas de produ??o agr?colas de forma sustent?vel. O objetivo deste trabalho foi estudar o perfil da comunidade bacteriana e potencial celulol?tico de bact?rias isoladas de tr?s diferentes esp?cies de invertebrados sapr?fagos. Os experimentos foram montados no Campo Experimental da Embrapa Agrobiologia, Serop?dica, Rio de Janeiro. Gong?los, da esp?cie Trigoniulus corallinus, foram coletados em pilhas de compostos vegetais presentes em torno do campo experiemental, que posteriormente foram incubados durante 60 dias, sob seis diferentes dietas. A diversidade bacteriana do trato intestinal dos invertebrados foi analisada atrav?s da t?cnica de PCR"DGGE por amplifica??o do gene 16S rDNA PCR por eletroforese em gel com gradiente desnaturante (DGGE); foram utilizados dois dom?nios Bacteria e Actinobact?ria. Algumas bandas do gel de DGGE foram extra?das e sequenciadas. Para avaliar o potencial quanto ? produ??o de celulases em resposta ? presen?a de carboxi"metil"celulose (CMC) das bact?rias isoladas, foi utilizada a t?cnica de colora??o vermelho Congo, e os valores foram expressos atrav?s de (Ie) ?ndice enzim?tico. A partir dos maiores valores de (Ie), foram selecionadas vinte e tr?s bact?rias para a an?lise de sequenciamento do gene 16S rDNA. Ap?s a identifica??o filogen?tica, foi avaliado o potencial celulol?tico, atrav?s de testes de atividade celulol?tica de endoglucanases (CMCase) e endo e exoglucanases (FPase). Para determinar a massa molecular e atividade das enzimas foram realizados g?is de poliacrilamida (SDS"PAGE) e zimograma. Os resultados obtidos na t?cnica de DGGE, os perfis de bandas de DGGE mostrou que a microbiota intestinal dos invertebrados, det?m grupos bacterianos distintos. Pode"se inferir neste ponto, que apesar das comunidades possu?rem abund?ncia similar, como as esp?cies de Trigoniulus corallinus e Cubaris murina, os grupos que comp?em esta abund?ncia foram diferentes entre as esp?cies de invertebrados. A partir dos clones de bandas incisadas, foram sequ?nciados membros de tr?s filos, Proteobacteria, Firmicutes e Bacteroidetes. Atrav?s da an?lise filogen?tica, foi poss?vel identificar as 23 esp?cies de bact?rias. Apresentando dois filos distintos Actinomicetos e Firmicutes, o maior g?nero identificado foi Streptomyces, seguido de um isolado para Bacillus, Paenibacillus e Staphylococcus. O trato intestinal das tr?s esp?cies de invertebrados sapr?fagos revelou ser um ambiente h?bil ? prospec??o de bact?rias com efici?ncia celulol?tica, com alto potencial para futuros estudos biotecnol?gico.

Orientador: Luiz Carlos Forti / Coorientador: Roberto da Silva Camargo / Banca: Nadia Caldato / Banca: Ivone Paschoal Garcia / Resumo: As formigas cortadeiras Atta (saúvas) e Acromyrmex (quenquéns) são apontadas como as principais pragas de ecossistemas florestais e agrícolas, em razão dos prejuízos que causam ao cortarem as folhas das plantas para o cultivo do fungo simbionte. Esse material vegetal selecionado é transportado para a câmara de fungo, onde passa por várias fases de processamento, desde o corte, à incorporação no jardim do fungo. Tal seleção feita pelas operárias forrageiras é influenciada pelas necessidades nutricionais do jardim de fungo e/ou a ausência de substâncias potencialmente nocivas a colônia. Conhecimento este, evidenciado em estudos que observaram a rejeição de plantas palatáveis quando essas apresentaram substâncias nocivas a colônia, como a cicloheximida (CHX), substância conhecida como fungicida em estudos realizados com formigas cortadeiras. As formigas não são capazes de detectar tal fungicida, mas observa-se uma rejeição retardada, quando o fungicida é incorporado ao jardim de fungo. Esse reconhecimento retardado, hipotetizou que um semioquímico emitido pelo jardim de fungo regula a seleção de plantas por operárias, sendo interpretado como uma comunicação entre o fungo simbionte e as operárias de formigas cortadeiras. Assim, alguns questionamentos são importantes como: as operárias respondem a ação do fungicida alterando seus comportamentos dentro da colônia e quais são? Qual o efeito ocasionado pela a CHX em formigas cortadeiras? Existe uma comunicação através de um volátil s... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Leaf-cutting ants Atta (saúvas) and Acromyrmex (quenquéns) are indicated as the main pests of forest and agricultural ecosystems, due to the damage they cause when cutting the leaves of the plants for the cultivation of the symbiotic fungus. This selected plant material is transported to the fungus chamber, where it goes through various stages of processing, from the cutting, incorporation into the fungus garden. Such selection made by forage workers is influenced by the nutritional needs of the fungus garden and / or the absence of substances potentially harmful to the colony. This knowledge, evidenced in studies that observed the rejection of palatable plants when they presented substances harmful to the colony, such as cycloheximide (CHX), a substance known as fungicide in studies with leaf cutting ants. Ants are not able to detect such fungicide, but a delayed rejection is observed when the fungicide is incorporated into the fungus garden. This delayed recognition hypothesized that a semiochemical emitted by the fungus garden regulates the selection of plants by fodder, being interpreted as a communication between the symbiotic fungus and the workers of cutter ants. Thus, some questions are important as: the workers respond to the action of the fungicide by changing their behavior within the colony and what are? What effect does CHX have on leaf cutting ants? Is there a communication through a volatile semiochemical released by the fungus to promote substrate rejection by... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Trabalho de investigação desenvolvido no Instituto de Ciências Biomédicas Abel Salazar da Universidade do Porto, na Faculdade de Engenharia da Universidade do Porto e no Instituto de Biologia Molecular e Celular da Universidade do Porto / Tese de mestrado integrado. Bioengenharia - Ramo de Biotecnologia Molecular. Faculdade de Engenharia. Universidade do Porto. 2012

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:54Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-08-22Bitstream added on 2014-06-13T19:03:37Z : No. of bitstreams: 1 souza_jam_dr_jabo.pdf: 4083420 bytes, checksum: cb86ca179e1196f514509e27854de1c3 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O nitrogênio é o nutriente requerido em maior quantidade para a cultura da soja. Avanços nas pesquisas de melhoramento genético vegetal e microbiologia do solo permitiram expandir o uso de inoculantes comerciais contendo estirpes de Bradyrhizobium japonicum e Bradyrhizobium elkanii. Estas bactérias infectam as raízes da planta e induzem a formação de nódulos, que abrigam a forma bacterióide, diferenciada da bactéria, responsável pela fixação simbiótica do nitrogênio. Informações sobre processos bioquímicos envolvidos no metabolismo da relação simbiótica podem ser adquiridas através de análises globais de expressão gênica. Para esta finalidade, destaca-se a tecnologia de microarranjo de DNA para detecção de genes diferencialmente expressos em larga escala. O objetivo geral deste trabalho foi identificar genes diferencialmente expressos, por meio de microarranjos de DNA, em Bradyrhizobium elkanii SEMIA 587 cultivada em diferentes meios de cultura, RDM (Rhizobia Defined Medium), TY (Triptone-Yeast Medium) e YMB (Yeast-Mannitol Medium), e em bacterióides isolados de nódulos de soja em diferentes períodos de desenvolvimento, 13, 28 e 48 dias após inoculação. Para esta finalidade, a partir do seqüenciamento de DNA genômico de B. elkanii, um microarranjo (Be587) foi gerado contendo 2654 genes. Em meio RDM, a bactéria confrontou-se com a necessidade de se adaptar e sintetizar suas subunidades formadoras de macromoléculas a partir de uma única fonte de carbono, refletindo em um metabolismo mais ativo nas fases lag e log. Por outro lado, em meio TY, as células cultivadas na presença de uma boa fonte de carbono e energia cresceram rapidamente esgotando os recursos disponíveis no meio, 8 o que pode ter causado uma situação de estresse que se refletiu na identificação... / Nitrogen is the most required nutrient by soybean culture. Advanced researches in genetic plant breeding and soil microbiology allowed the expansion in commercial inoculants applications containing strains of Bradyrhizobium japonicum and Bradyrhizobium elkanii. These bacteria infect plant roots and induce nodule formation which home the differentiated bacteria, named bacteroid. The bacteroid in turn is responsible for symbiotic nitrogen fixation. Biochemical knowledge about processes of symbiotic regulation can be acquired by global analysis of gene expression. To achieve such information, the DNA microarray technology, used for detection of differentially expressed genes in large scale, was used. The purpose of this work was identificate differentially expressed genes of Bradyrhizobium elkanii SEMIA 587, grown under different media conditions, such as RDM (Rhizobia Defined Medium), TY (Triptone- Yeast Medium) and YMB (Yeast-Mannitol Medium), and in bacteroids from soybean nodules at different developmental stages, 13, 28 e 49 days after inoculation. For this purpose, the DNA microarray Be587 with 2654 genes was generated from B. elkanii genomic DNA. In RDM medium the bacterium was confronted with the need of adaptation and building of macromolecules subunits from a single carbon source, what was reflected in a more active metabolism in lag and log phases. In turn, in TY medium with good carbon and energy sources the cells grew fastly and exhaust the medium sources available. Such condition can submitted the bacterial cells to a stress condition that reflected in the identification of higher number differentially expressed genes. At different bacteroids stages, the analysis detected genes related to nodulation and 10 nitrogen fixation regulation more than structural genes. Inasmuch, an organic nitrogen recycle might be involved... (Complete abstract, click electronic access below)

Submitted by Hellen Ceriello (hellenceriello@hotmail.com) on 2018-06-15T23:29:21Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Finalizada - BANCA.pdf: 2330776 bytes, checksum: 3d3e8e2b5b094d5da14941dc13e82cdd (MD5) / Rejected by Maria Luiza Carpi Semeghini (luiza@assis.unesp.br), reason: Solicitamos que realize correções na submissão seguindo as orientações abaixo: INCLUIR FOLHA DE APROVAÇÕES - obrigatória no exemplar definitivo – folha providenciada pela Pós-graduação Agradecemos a compreensão. on 2018-06-16T00:27:35Z (GMT) / Submitted by Hellen Ceriello (hellenceriello@hotmail.com) on 2018-06-16T19:43:49Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Finalizada - BANCA.pdf: 2526259 bytes, checksum: 8014154575f86b5c15e144b1ab36f32e (MD5) / Approved for entry into archive by Maria Luiza Carpi Semeghini (luiza@assis.unesp.br) on 2018-06-18T21:37:43Z (GMT) No. of bitstreams: 1 ceriello_h_me_assis_int.pdf: 2526259 bytes, checksum: 8014154575f86b5c15e144b1ab36f32e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-18T21:37:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ceriello_h_me_assis_int.pdf: 2526259 bytes, checksum: 8014154575f86b5c15e144b1ab36f32e (MD5) Previous issue date: 2018-06-04 / Item withdrawn by Maria Luiza Carpi Semeghini (luiza@assis.unesp.br) on 2018-09-17T19:55:43Z Item was in collections: Dissertações - Biociências - FCLAS (ID: 286) No. of bitstreams: 8 ceriello_h_me_assis_sub_par.pdf: 1095261 bytes, checksum: 5788ec61fbfc675195f50b22772b393a (MD5) ceriello_h_me_assis_sub.pdf: 2526259 bytes, checksum: 8014154575f86b5c15e144b1ab36f32e (MD5) ceriello_h_me_assis_int.pdf.jpg: 3552 bytes, checksum: 2304c7c099a8b4ca267f41698bbe80b6 (MD5) ceriello_h_me_assis_sub_par.pdf.jpg: 3766 bytes, checksum: 25c8ef4a719513631285960e4bf4aff2 (MD5) ceriello_h_me_assis_sub.pdf.jpg: 3552 bytes, checksum: 2304c7c099a8b4ca267f41698bbe80b6 (MD5) ceriello_h_me_assis_int.pdf.txt: 136556 bytes, checksum: 3cd84936795a333bd26f9ee1d7d23d94 (MD5) ceriello_h_me_assis_sub_par.pdf.txt: 27631 bytes, checksum: 25e016d08098e925710727934c893eab (MD5) ceriello_h_me_assis_sub.pdf.txt: 136556 bytes, checksum: 3cd84936795a333bd26f9ee1d7d23d94 (MD5) / Item reinstated by Maria Luiza Carpi Semeghini (luiza@assis.unesp.br) on 2018-09-17T19:56:40Z Item was in collections: Dissertações - Biociências - FCLAS (ID: 286) No. of bitstreams: 8 ceriello_h_me_assis_sub_par.pdf: 1095261 bytes, checksum: 5788ec61fbfc675195f50b22772b393a (MD5) ceriello_h_me_assis_sub.pdf: 2526259 bytes, checksum: 8014154575f86b5c15e144b1ab36f32e (MD5) ceriello_h_me_assis_int.pdf.jpg: 3552 bytes, checksum: 2304c7c099a8b4ca267f41698bbe80b6 (MD5) ceriello_h_me_assis_sub_par.pdf.jpg: 3766 bytes, checksum: 25c8ef4a719513631285960e4bf4aff2 (MD5) ceriello_h_me_assis_sub.pdf.jpg: 3552 bytes, checksum: 2304c7c099a8b4ca267f41698bbe80b6 (MD5) ceriello_h_me_assis_int.pdf.txt: 136556 bytes, checksum: 3cd84936795a333bd26f9ee1d7d23d94 (MD5) ceriello_h_me_assis_sub_par.pdf.txt: 27631 bytes, checksum: 25e016d08098e925710727934c893eab (MD5) ceriello_h_me_assis_sub.pdf.txt: 136556 bytes, checksum: 3cd84936795a333bd26f9ee1d7d23d94 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O filo Cnidaria é caracterizado por animais em cujos tecidos encontram-se células tóxicas denominadas cnidócitos. Devido à liberação de substâncias tóxicas, os cnidários apresentam poucas associações com outras espécies, entretanto as associações mais conhecidas são frequentemente descritas como obrigatórias ou comensais facultativas. Um dos grupos deste filo, Ceriantharia, é representando por membros genericamente conhecidos por ceriantários ou anêmonas-de-tubo cuja característica mais marcante é a presença de uma secreção celular única (pticocisto) que auxilia na construção de um tubo, sintetizado pelo próprio animal, que fica inserido no substrato e abriga o animal. Embora existam estudos quanto ao histórico, taxonomia e posição sistemática, análises moleculares e morfológicas e ciclo de vida, estudos a respeito de associações interespecíficas ocorrendo em tubos de ceriantários são escassos. Logo, pouco se conhece sobre essas associações bem como os métodos que as espécies utilizam para se ancorarem aos tubos desses animais. Sendo assim, esse estudo elencou espécies que ocorrem em tubos de Ceriantharia, abordando principalmente os métodos de ancoragem e hábitos alimentares envolvidos nas relações observadas. Os tubos de 8 espécies de ceriantários foram analisados, fornecendo dados quanto a associações de Annelida, Crustacea e Mollusca aos tubos. / The phylum Cnidaria is characterized by animals that carry stinging cells named cnidocytes in their tissues. Due to the release of toxic substances, cnidarians have few associations with other species, however mostly known associations are often described as mandatory or optional commensalism. One of the groups in this phylum, Ceriantharia, is represented by members generally known as ceriantharians or tube-dwelling anemones whose most remarkable feature is the presence of a peculiar cell secretion (ptychocyst) that supports the construction of a tube, synthetized by the animal itself, and inserted into the substrate, lodging the animal. Although there are some studies concerning the history, taxonomy and systematic position, molecular and morphological analyzes and life-cycle, studies regarding interspecific associations occurring with ceriantharian tubes are scarce. Thus, little is known about these associations as well as the methods that the species use in order to anchor on these tubes. Thereby, this study listed species occurring in ceriantharian tubes mainly discussing the anchoring methods and feeding habits involved in the associations observed. The tubes of 8 Ceriantharia species were analyzed, yielding data about interactions with Annelida, Crustacea and Mollusca to the tubes. / 2016/00689-7 / 2017/07870-1

PINHEIRO, Marcelo de Sousa. Interação entre genótipos e estirpes de rizóbio em feijão-caupi. 2014. 39 f. : Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Ceará, Centro de Ciências Agrárias, Proós-Graduação em Agronomia / Fitotecnia, Fortaleza-CE, 2014 / Submitted by Nádja Goes (nmoraissoares@gmail.com) on 2016-08-19T13:13:11Z No. of bitstreams: 1 2014_dis_mspinheiro.pdf: 1999156 bytes, checksum: 0e7b3314aad5fc15e646138b85fc9774 (MD5) / Approved for entry into archive by Nádja Goes (nmoraissoares@gmail.com) on 2016-08-19T13:13:23Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_dis_mspinheiro.pdf: 1999156 bytes, checksum: 0e7b3314aad5fc15e646138b85fc9774 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-19T13:13:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_dis_mspinheiro.pdf: 1999156 bytes, checksum: 0e7b3314aad5fc15e646138b85fc9774 (MD5) Previous issue date: 2014 / Cowpea is a crop widely produced in the North and Northeast of Brazil, and quite adapted to adverse environmental conditions. However, the cowpea is still a culture with low productivity, mainly by low technological level employee. In this respect Biological Nitrogen Fixation (BNF) is a viable option for the supply of nitrogen on the cheap alternative, but it is important to select cowpea varieties most efficient and adapted to the FBN process. The objective of this work was to test the ability of strains of rhizobia and semiarid regions, generating gains in the production of cowpea, able to match the fertilized crop and verify the existence of interaction between cowpea and rhizobia. 21 genotypes obtained from the germplasm bank of the UFC and four strains of native rhizobia obtained semiarid from the culture collection of the laboratory of environmental microbiology at UFC were tested. Four experiments were conducted in a randomized block design in a factorial 6X8 being six genotypes of cowpea, eight sources of nitrogen and three replications. The nitrogen sources were composed of four native strains plus two standard strains and fertilized witness over the uninoculated control (without fertilizer and without rhizobia). The CE-930 genotype was repeated for all trials. The experiments were conducted in a greenhouse of the UFC and genotypes was sown in pots such as "Leonard", with sterile and inert substrate composed of sand and vermiculite. After 35-40 days of planting was carried out collect data for analysis. No significant interaction was found between genotypes and strains of rhizobia. There was no response variation for total nitrogen between any of the genotypes in the four experiments, all were statistically equal, but as the other variables there were very different values in some cases. When we analyzed the sources of nitrogen in the four tests all strains except LAMAB-8 generated increased production almost always similar nitrogen witness. The genotypes of cowpea did not influence the responses of strains of rhizobia, not being revealed interaction between them. The LAMAB-40, LAMAB-48 and LAMAB-65 strains expressed ability to fix nitrogen assimilated form already strains recommended for culture and when chemically fertilized. / O feijão-caupi é uma cultura amplamente produzida nas regiões norte e nordeste do Brasil, e bastante adaptada à condições edafoclimáticas adversas. Entretanto, o feijão-caupi ainda é uma cultura com baixa produtividade, principalmente pelo baixo nível tecnológico empregado. Nesse aspecto a Fixação Biológica de Nitrogênio (FBN) é uma alternativa viável para o fornecimento de nitrogênio de forma barata, porém é importante selecionar variedades de feijão-caupi mais eficientes e adaptadas ao processo de FBN. Objetivou-se com esse trabalho, testar a capacidade de estirpes de rizóbios nativos de regiões semiáridas, em gerar ganhos na produção do feijão-caupi, capazes de se equiparar a cultura adubada e verificar a existência de interação entre o feijão-caupi e os rizóbios. Foram testados 21 genótipos obtidos do banco de germoplasma da UFC e quatro estirpes de rizóbios nativas do semiárido obtidas da coleção de culturas do laboratório de microbiologia ambiental da UFC. Foram realizados quatro experimentos em delineamento de blocos ao acaso no esquema fatorial 6X8 sendo seis genótipos de feijão-caupi, oito fontes de nitrogênio e três repetições. As fontes de nitrogênio foram compostas por quatro estirpes nativas mais duas estirpes padrões e a testemunha adubada mais o controle sem inoculação (sem adubo e sem rizóbio). O genótipo CE-930 foi repetido em todos ensaios. Os experimentos foram realizados em casa de vegetação da UFC e os genótipos semeados em vasos do tipo “Leonard”, com substrato estéril e inerte composto por areia e vermiculita. Após 35 a 40 dias do plantio realizou-se a coleta de dados para análise. Não foi encontrada interação significativa entre os genótipos e as estirpes de rizóbios. Não houve variação de resposta quanto ao nitrogênio total entre nenhum dos genótipos avaliados nos quatro experimentos, todos foram estatisticamente iguais, porém quanto as demais variáveis houveram valores bem diferentes em alguns casos. Quando se analisou as fontes de nitrogênio, nos quatro ensaios todas as estirpes com exceção da LAMAB-8 geraram aumento de produção quase sempre similar a testemunha nitrogenada. Os genótipos de feijão-caupi não influenciaram as respostas das estirpes de rizóbios, não sendo revelada interação entre ambos. As estirpes LAMAB-40, LAMAB-48 e LAMAB-65 expressaram capacidade de fixar nitrogênio de forma equiparada as estirpes já recomendadas para a cultura e quando adubada quimicamente.