Les maladies infectieuses sont une des causes les plus importantes de morbidité chez l'homme et l'animal avec des conséquences à la fois économiques, sanitaires et écologiques. L'étude de la diversité des pathogènes responsables et de leurs dynamiques de circulation au sein des communautés d'hôtes et de vecteurs, peut fournir des informations importantes pour la prévention et le contrôle de ces maladies. Dans ce contexte, nous nous sommes intéressés à l'agent pathogène responsable de la maladie de Lyme. Cette maladie est causée par les bactéries du complexe d'espèces Borrelia burgdorferi sensu lato (s.l.) transmises par les tiques lors de repas sanguins et sont capables d'infecter plusieurs espèces d'hôtes vertébrés. L'analyse de la diversité génétique de 63 souches de B. burgdorferi s.l., dont les génomes ont été séquencés, ont révélé un degré d'isolement génétique très important entre les différentes espèces du complexe. Les résultats obtenus suggèrent que les différents spectres d'hôtes des lignées de B. burgdorferi s.s. (principalement associées aux petits mammifères) et de B. garinii (normalement associées aux oiseaux) conduisent à des dynamiques de populations distinctes. De plus, grâce au séquençage haut-débit de deux marqueurs, nous avons pu démontrer qu'il existe, à une échelle intra-spécifique, des associations préférentielles des génotypes de B. burgdorferi avec différentes espèces de rongeurs. Enfin, en utilisant la diversité observée chez ces rongeurs et celle chez les tiques, nous avons estimé, via une approche de modélisation, que la contribution au risque de la maladie pour l'homme d'une espèce hôte introduite (tamia de Sibérie), pouvait être importante. / Infectious diseases are one of the major causes of human and animal morbidity, and they have impacts on the economy, public health, and the environment. By studying the diversity of the pathogens responsible for these diseases and their circulation within host communities and among vectors, we may glean valuable information that will aid prevention and control efforts. For these reasons, during my thesis, I became particularly interested in the pathogen(s) responsible for Lyme disease. This disease is caused by bacteria belonging to the Borrelia burgdorferi sensu lato (s.l.) species complex that are transmitted by ticks (during their blood meals) and that can infect several vertebrate host species. When I analyzed the genetic diversity present in 63 B. burgdorferi s.l. strains, whose genomes had been sequenced, I found that there was a significant degree of genetic separation among the different genospecies making up the complex. My results suggest that the fact that these different bacterial groups infect different ranges of hosts B. burgdorferi s.s. is mainly a pathogen of small mammals and B. garinii is primarily associated with birds lead to distinct population dynamics. Moreover, thanks to the high-throughput sequencing of two genetic markers, I have been able to show that, at an intraspecific level, certain B. burgdorferi genotypes are associated with specific rodent species. Finally, using the pathogen diversity observed in rodents and ticks, I employed a modeling approach to estimate the human disease risks presented by an introduced host species (the Siberian chipmunk) and found that these risks could be significant.

La spécificité d'hôte est un concept fondamental pour comprendre les mécanismes évolutifs ayant abouti aux interactions étroites entre les bactéries et les plantes. Les études réalisées sur la coopération entre les bactéries rhizosphériques phytostimulatrices (PGPR) et les plantes suggèrent que la spécificité serait régie soit par une adaptation souchespécifique de la bactérie à des caractères aspécifiques de la plante, soit par une adaptation aspécifique de la bactérie à des propriétés spécifiques d'un génotype de plante. Ainsi, nous formulons l'hypothèse que ces adaptations se traduisent par la régulation de nombreux gènes indépendamment de leur implication directe dans l'effet phytobénéfique. Ces régulations pourraient dépendre de la combinaison souche bactérienne/génotype de plante considérée. L'objectif de ce travail est de mettre en évidence les gènes impliqués dans l'adaptation des partenaires l'un à l'autre et ceux impliqués dans la spécificité, au cours de la coopération PGPR-plantes. Pour cela, nous avons choisi comme modèle d'étude l'interaction entre Azospirillum lipoferum 4B et les céréales (blé, maïs, riz cultivars Cigalon et Nipponbare) avec un accent porté sur l'expression des gènes des deux partenaires de la coopération A. lipoferum 4B-riz. Les résultats de transcriptomique sur puce soulignent l'importance des mécanismes de réponse au stress oxydatif au cours de l'adaptation des partenaires l'un à l'autre ainsi que la mise en place de réseaux de régulation complexes. De nombreux gènes présentent un profil d'expression qui dépend de la combinaison souche/cultivar, suggérant que des mécanismes évolutifs ont conduit à une interaction préférentielle entre une souche et son cultivar d'origine / Host specificity is a fundamental concept in understanding evolutionary processes leading to intimate interactions between bacteria and plants. In the case of Plant Growth- Promoting Rhizobacteria (PGPR) specificity appears to be controlled either by a strainspecific bacterial adaptation to non-specific traits of the host plant or by non-specific bacterial adaptation to genotype-specific properties of the host plant. Thus, we hypothesize that these adaptations result in the regulation of a large number of genes, independently of their direct involvement in phytostimulation. These regulations may depend on the bacterial strain / plant genotype combination. This work aims at identifying genes involved in reciprocal adaptation of partners and those involved in host specificity in PGPR-plant cooperation. As a model, we studied the interaction between Azospirillum lipoferum 4B and cereals (wheat, corn, rice cultivars Nipponbare and Cigalon), with an emphasis on gene expression of both partners during A. lipoferum 4B-rice cooperation. Microarray transcriptomic results highlight the importance of mechanisms implicated in response to oxidative stress as well as a tight adjustment of regulatory networks during the adaptation of both partners to each other. Many genes display expression profile that depends on the strain/cultivar combination, suggesting that evolutionary processes have led to a preferential interaction between a strain and its original cultivar

En 1996, la conscription universelle est remplacée par une nouvelle forme d'organisation militaire, l'engagement volontaire. On assiste alors à la professionnalisation des institutions militaires, puisque les soldats qui les composent ne sont plus appelés, mais ont choisi de s'engager dans l'armée, la considérant comme une voie professionnelle possible. Dès lors, la question de l'appréhension de l'activité militaire en tant que métier comme les autres se pose. Peut-on vraiment considérer le métier de militaire comme ceux qui peuvent être exercés dans le monde civil ? Et peut-on procéder à une analyse des conditions de travail et à une prévention des risques psychosociaux potentiellement présents de la même façon que dans le monde civil ? Cette dernière interrogation va constituer tout l'enjeu de notre recherche. Pour répondre à ces questions, nous nous sommes intéressés à la spécificité militaire, que nous avons définie et examinée au cours d'une étude sur les représentations sociales du métier de militaire. Les résultats de cette étude permettent alors de comprendre qu'il existe un certain nombre d'éléments caractéristiques du métier de militaire qui, s'ils sont coprésents, ne caractérisent que le métier de militaire, autrement dit, le rendent spécifique par rapport aux autres métiers. Nous nous sommes ensuite concentrés sur les raisons de l'engagement dans l'Armée de Terre et l'implication des militaires une fois engagés. Une nouvelle étude a été menée et nous a permis de distinguer différentes raisons à l'engagement en fonction l'époque à laquelle se sont engagés les militaires interrogés. Des différences d'implication dans le travail ont également été observées. Les résultats observés lors des deux premières études nous ont permis de conclure que le métier de militaire ne pouvait pas être appréhendé de la même façon que les autres métiers. Pour prévenir les risques psychosociaux spécifiques à ce métier, il fallait donc des outils de détection qui soient propres aux caractéristiques de l'institution. En dernière partie de cette recherche, nous avons donc créé un outil de détection des risques psychosociaux militaires, autour des éléments caractéristiques mis en évidence lors des précédentes études. L'outil a été testé et un premier diagnostic sur une population de plus de 2000 militaires a été réalisé. / In 1996, the universal conscription has been replaced by a new form of military organization: the voluntary enlistment. Then, the professionalization of the military institutions appears, soldiers are not conscripted anymore, but choose to enlist in the French Land Army, considering it as a possible career path. Therefore, the apprehension of the military profession as a common profession may be questioned. Can we really consider the military profession as a profession practiced in the civilian sphere? Can we analyze work conditions and prevent the psychosocial risks in the same way as for the other professions? This last question constitutes the real challenge of our research. In order to answer these questions, we took an interest in the military specificity that we defined and examined during the course of a study about social representations of the military profession. The results are useful to understand that a set of elements characterizing the military profession exists, and these elements, if they are co-present, could characterize only the military profession and thus make it specific compared to the other professions. Then, we focused on the soldiers' reasons to enlist in the French Land Army and their involvement once they are enlisted. Another study has been conducted and allowed us to distinguish different reasons for enlistment depending on the time the soldiers enlisted themselves. Differences in terms of involvement have also been observed. The results we have observed in the two first studies made us conclude that the military profession cannot be apprehended in the same way as for the other professions. To prevent the psychosocial risks that are specific to the military profession, we needed detection tools that were particular to the military institution. In the last part of this research, we created a detection tool for the military psychosocial risks, using the elements highlighted in the previous studies. The tool has been tested and a first diagnostic in a population of 2000 militaries has been realized.

La présente recherche se propose de décrire, d’analyser et de comprendre les problèmes des étudiants en phase d’apprentissage de l’interprétation consécutive avec le turc et le français comme paire de langues de travail et d’étudier leur évolution. Il porte sur la possibilité ou non d’enseigner les principes et les techniques de base de l’interprétation consécutive à des étudiants qui ne sont qu’en licence et qui n’ont pas nécessairement une maîtrise de la langue étrangère suffisante pour être admis à un programme de formation d’interprètes de haut niveau. Le corpus, constitué de transcriptions des prestations des étudiants, de notes prises en consécutive et de témoignages rétrospectifs, a été exploité dans le cadre conceptuel des Modèles d’Efforts de Daniel Gile, de manière à essayer de remonter à l’origine des faiblesses des étudiants. Les résultats présentés font apparaitre une nette progression chez les étudiants entre deux étapes dans la formation, qui s’observe sur des éléments décrits dans la littérature comme faisant partie du savoir-faire de l’interprète professionnel. Ils suggèrent que les étudiants ont effectivement appris les principes et les techniques de base de l’interprétation bien qu’ils ne soient pas dans une école spécialisée en interprétation, ni dans un programme de Master, ce qui constitue une réponse positive à la question de recherche. En outre, la présente recherche discute de la spécificité linguistique de la paire de langues concernée, et de l’intérêt méthodologique de démarche triangulaire adoptée. Des pistes de recherche sont enfin proposées. / This research aims to describe, analyze and understand problems that students encounter while learning consecutive interpreting in Turkish and French as a working language pair, and students' progress in coping with the problems. It focuses on the question whether it is possible to teach the basic principles and techniques of consecutive interpretingto undergraduate students who do not necessarily master their foreign working language well enough to be admitted to a high level interpreter training program.The corpus consists of transcriptions of the students' consecutive interpreting performances, notes taken in consecutive interpreting class and retrospective interviews with students. The analysis seeks to trace back the origin of the students’ observed weaknesses within the framework of Gile's Effort Models.Findings show clear progress in the students' consecutive interpreting performance over the two semesters under consideration. It is also observed that students' progress is mainly found in elements which are described as part of the know-how of a professional interpreter in the literature on interpreting. The findings also show that students have learned basic principles and techniques of consecutive interpreting, although they are not enrolled in a Master's program or in a program specialized in interpreting. They therefore suggest apositive answer to the research question.The linguistic specificity of the language pair involved and the methodological benefits of the triangular approach implemented in the study are discussed, and potential avenues for future research are suggested.

Le contrôle biologique (C. -B. - l'utilisation d'ennemis naturels pour lutter contre les ravageurs) est durable, écologique et rentable pour contrer la résistance des ravageurs en augmentant l'utilisation des pesticides. Les parasitoïdes des pucerons sont des ennemis naturels communs des pucerons, les principaux ravageurs mondiaux dans l'agriculture. L'étude de la spécificité de l'hôte parasitoïde contribue à (1) comprendre les mécanismes écologiques et évolutifs de l'écosystème et (2) évaluer l'efficacité des agents de lutte biologique et les risques écologiques pour les espèces non ciblées. Cette étude porte sur la spécificité de l'hôte fondamental des parasitoïdes sur les niveaux individuels, en matière de besoins en ressources et dans le contexte des interactions multi trophiques sous stress abiotique environnemental, c'est-à-dire la limitation de l'eau. Aphidius ervi (Hymenoptera: Braconidés: Aphidiinae) a été choisi; ce parasitoïde puceron est largement utilisé comme modèle écologique et comme agent de lutte biologique commercial (BCA). D'une part, l'indice de spécificité de l'hôte A. ervi a été mesuré sur une large gamme d'espèces de pucerons. D'autre part, les impacts indirects de la limitation de l'eau ont été étudiés sur la spécificité de l'hôte du parasitoïde. En outre, les modifications induites par le stress hydrique dans la plante et les traits de vie des pucerons ont été mesurés. A. ervi s'est avéré être une espèce intermédiaire spécialisée qui a attaqué toutes les espèces de pucerons à des taux élevés, mais n'a pas pu se développer correctement sur toutes les espèces. Les quelques espèces qui se développaient bien étaient phylogénétiquement proches et appartenaient à la tribu des Macrosiphini. En outre, une corrélation positive de préférence - performance a été trouvée. Sous stress hydrique, la préférence et la performance des parasitoïdes ont été affectées, causant la perte de la corrélation. La limitation de l'eau a modifié négativement la qualité nutritionnelle de la plante, ce qui a entraîné une faible performance des pucerons sur les plantes hôtes. Ceci à son tour a diminué la convenance des hôtes pucerons pour le parasitoïde. Les effets de la limitation de l'eau n'étaient pas similaires pour toutes les combinaisons plantes-pucerons et dépendaient de plusieurs facteurs, à savoir les mécanismes végétaux adaptés au stress et la spécialisation de l'hôte des pucerons et des parasitoïdes. / Biological control (BC - the use of natural enemies to control pests) are sustainable, environmentally friendly and cost-effective methods to counteract pest resistance by increasing pesticide use. Aphid parasitoids are common natural enemies of aphids, the major worldwide pests in agriculture. The study of parasitoid host specificity contributes to (1) understanding ecological and evolutionary mechanisms driving the ecosystem and (2) evaluating the efficiency of biocontrol agents and the ecological risks for non-target species. This study focuses on the parasitoids fundamental host specificity on individual levels, in terms of resource requirements and in the context of multi-trophic interactions under environmental abiotic stress, i.e.water limitation. Aphidius ervi (Hymenoptera: Braconidae: Aphidiinae) was chosen; this aphid parasitoid is used widely as an ecological model and commercial biological control agent (BCA). On the one hand, A. ervi host specificity index was measured on a broad range of aphid species. On the other hand, the indirect impacts of water limitation were investigated on the host specificity of the parasitoid. Furthermore, water stress-induced modifications in the plant and the aphid life-history traits were measured. A. ervi was shown to be an intermediate specialist species who attacked all aphid species at high rates but was unable to develop well on all of them. The few that developed well were phylogenetically close and belong to the Macrosiphini tribe. Interestingly, a positive correlation preference – performance was found. Under water stress, both preference and performance of parasitoids were affected causing loss of the correlation. Water limitation negatively altered the plant nutritional quality resulting in low aphid performance on host plants. This in turn decreased the suitability of aphid hosts for the parasitoid. The impacts of water limitation were not similar across all plant-aphid combinations and depended on several factors, namely stress-adapted plant mechanisms and the host specialization of both aphids and parasitoids.

L'objectif de cette thèse a été d'investiguer la question de la généralité et de l'automatisation des processus de contrôle inhibiteur au fil du développement cognitif. Cette question a été approchée par différentes études expérimentales menées chez l'enfant, chez l'adolescent et chez l'adulte. Trois études ont porté sur la généralité des processus de contrôle inhibiteur agissant dans des tâches appartenant à des domaines cognitifs différents. Dans la première, nous avons voulu répondre à deux problématiques liées aux divergences présentes dans la littérature sur le développement du contrôle inhibiteur dans des contextes émotionnels. Le but de cette étude était de déterminer (a) si le contrôle inhibiteur froid (dans des contextes affectivement neutres) et le contrôle inhibiteur chaud (dans des contextes émotionnellement chargés) suivent un pattern développemental identique, particulièrement à l'adolescence et (b) le degré de spécificité de ces deux types de contrôle inhibiteur au fil du développement. Pour cela, nous avons comparé les performances d'enfants de 10 ans, d'adolescents de 13 ans et de jeunes adultes de 21 ans à une tâche de Stroop couleur-mot affectivement neutre et une tâche de Stroop émotionnel. Dans une deuxième étude, nous avons testé auprès d'un groupe d'enfants de 9 ans si les processus inhibiteurs impliqués dans une tâche classique piagétienne de conservation du nombre (i.e., domaine logico-mathématique) étaient identiques ou partiellement identiques à ceux impliqués dans la résolution de la tâche neuropsychologique classique de Stroop couleur-mot (i.e., domaine verbal). Dans une troisième étude, nous avons testé auprès d'un groupe d'enfants de 10 ans et d'un groupe de jeunes adultes de 20 ans la transférabilité des processus inhibiteurs entre une tâche de discrimination de lettres en miroir (dont il a récemment été démontré qu'elle nécessite l'inhibition) et une tâche classique de Stroop couleur-mot, afin de déterminer (a) si la mise en place de mécanismes inhibiteurs impliqués dans la résolution d'un conflit à un niveau perceptif très précoce (la reconnaissance visuelle de symboles) peut faciliter la résolution d'un conflit à un niveau de traitement beaucoup plus tardif (niveau sémantique et moteur), et (b) si l'âge affecte cette transférabilité. Ensuite nous nous sommes intéressés à l'automaticité des processus de contrôle inhibiteur, testant si le contrôle inhibiteur peut fonctionner de manière totalement inconsciente sur des conflits provoqués par deux stimuli subliminaux interférents. Pour cela, nous avons conçu un paradigme d'amorçage composé d'essais dans lesquels un item de Stroop inversé subliminal précédait un item de Stroop visible. Le but de ce paradigme était de vérifier la présence d'un effet d'adaptation de conflit et d'un effet d'amorçage négatif du stimulus subliminal sur le stimulus visible, deux effets rapportés dans les études utilisant des stimuli visibles et suggérant un transfert des processus de contrôle de l'amorce à la cible. Enfin dans une cinquième étude nous avons cherché à savoir si les différences interindividuelles en termes de contrôle inhibiteur découlent en partie des processus prénataux, sur base de l'analyse de la forme sulcale du cortex, considérée comme une caractéristique qualitative de l'anatomie cérébrale déterminée pendant la vie fœtale et stable au cours du développement. En utilisant l'imagerie par résonance magnétique anatomique, nous avons analysé les corrélations entre les performances à une tâche de Stroop couleur-mot et la forme sulcale de deux régions clefs du réseau neuronal du contrôle inhibiteur, le cortex cingulaire antérieur dorsal et le sillon frontal inférieur (qui limite le gyrus frontal inférieur), chez un groupe d'enfants de 10 ans et un groupe d'adultes de 22 ans. En conclusion, cette thèse apporte un nouvel éclairage à la question de la généralité et de l'automatisation des processus d'inhibition exécutive dans une perspective développementale / The objective of this thesis was to investigate the question of the domain-generality of inhibitory control and its automatization throughout development. This question has been approached by various experimental studies in children, adolescents and adults. Three studies have focused on the generality of control processes operating in tasks belonging to different cognitive domains. In the first study, we wanted to answer two questions related to the discrepancies found in the literature on the development of inhibitory control in affectively charged contexts. The aim of this study was to determine (a) whether cool inhibition (control processes in emotionally neutral contexts) and hot inhibition (control processes in emotionally charged contexts) follow the same developmental pattern, and (b) the degree of specificity of these two types of inhibitory control throughout development. We thus compared the performance of 10-year-olds, 13-year-olds and 21-year-olds to an emotionally neutral color-word Stroop task and an emotional Stroop task. In a second study on 9-year-old children, we tested whether the inhibitory processes involved in a classical Piagetian conservation task (i.e., logico-mathematical domain) were identical or partially identical to those involved in the resolution of the classical neuropsychological color-word Stroop task (i.e., verbal domain). In a third study, we tested on a group of 10-year-old children and a group of 20-year-old young adults the transferability of inhibitory processes between a mirror letters discrimination task (that has recently been shown to require inhibition) and a color-word Stroop task, to determine (a) whether the resolution of a conflict at an early perceptual stage of the processing stream (recognition of visual symbols) can facilitate the resolution of a conflict arising at a much later stage (semantic and motor levels), and (b) if age affects this transferability. Then we looked at the automaticity of the inhibition processes by testing whether inhibitory control can operate completely unconsciously on conflicts arising between two subliminal interfering stimuli. To this end, we designed a priming paradigm consisting of trials in which a subliminal reverse Stroop item preceded a visible Stroop item. The aim of this paradigm was to verify the presence of a conflict adaptation effect and a negative priming effect produced by the subliminal items on the visible items. These two effects are commonly reported in studies using visible stimuli and suggest a transfer of control processes from the prime to the probe. Finally, in a fifth study, we investigated whether inter-individual differences in inhibitory control are in part due to prenatal processes, based on the analysis of the sulcal pattern, considered as a qualitative feature of the cerebral anatomy that is determined during fetal life and is stable during development. Using anatomical magnetic resonance imaging, we analyzed the correlations between the performance on a color-word Stroop task and the sulcal pattern of two key regions of the inhibitory control neural network, the dorsal anterior cingulate cortex and the inferior frontal sulcus (which limits the lower frontal gyrus) in a group of 10-year-old children and in a group of 22-year-old adults. In conclusion, this thesis sheds new light on the question of the generality and the automatization of the inhibitory control processes from a developmental perspective.

Revue systématique / La maladie d'Alzheimer (MA) est fréquente chez les personnes avec un syndrome de Down (SD). Cependant, détecter les premiers signes de la maladie est difficile en raison de la déficience intellectuelle (DI), du vieillissement cognitif précoce et de la prévalence élevée de problèmes de santé pouvant affecter la cognition. La MA est souvent diagnostiquée seulement au stade de la démence. L'un des défis est de déterminer si les troubles cognitifs sont liés à la DI ou à un déclin par rapport à un état antérieur. Pour surmonter ce problème, différents instruments d'évaluation sont utilisés, mais ils manquent de sensibilité et de spécificité et les premiers stades de cette maladie posent un défi. L'objectif de cette étude était de passer en revue de manière systématique les instruments permettant de détecter les premiers symptômes de la maladie d’Alzheimer chez les personnes avec un SD. Nous avons utilisé la méthodologie PRISMA pour identifier les articles publiés en anglais avant décembre 2022 dans quatre bases des données: PsycInfo, MEDLINE, Health and Psychosocial Instruments et Embase. Au total, 1 325 articles ont été identifiés, dont 75 pertinents après une sélection minutieuse. Ils portaient sur 40 instruments d'évaluation, tels que des questionnaires, des tests cognitifs et des batteries. Les données provenaient de 17 pays, principalement d'Europe et d'Amérique du Nord, avec 10 021 participants avec une déficience intellectuelle. Parmi eux, 6 708 avaient un syndrome de Down, et les études étaient principalement en anglais. Certains questionnaires/échelles, comme le Dementia Screening Questionnaire for Individuals with Intellectual Disabilities, l’Informant Questionnaire on Cognitive Decline in the Elderly et le Dementia Questionnaire for People with Learning Disabilities, des tests cognitifs tels que le Cued Recall Test, Picture Memory Impairment Screen for People with Intellectual Disability et le Down Syndrome Mental Status Examination, et la batterie National Task Group-Early Detection Screen for Dementia , sont recommandés pour la détection des premiers symptômes de la maladie d’Alzheimer chez les personnes avec un syndrome de Down. Pour une évaluation plus complète, le Cambridge Examination for Mental Disorders of Older People with Down's Syndrome and Others with Intellectual Disabilities est recommandé. / Alzheimer's Disease (AD) is prevalent in individuals with Down Syndrome (DS). However, detecting early signs of the disease is challenging due to intellectual disability (ID), early cognitive aging, and a high prevalence of health issues that can impact cognition. AD is often diagnosed only at the dementia stage. One challenge is determining whether cognitive impairments are linked to ID or a decline from a previous state. To address this issue, various assessment tools are utilized, but their lack of sensitivity and specificity for early stages of AD presents a challenge. The objective of this study was to systematically review instruments for detecting early symptoms of AD in individuals with DS. We employed the PRISMA methodology to identify articles published in English before December 2022 in four databases: PsycInfo, MEDLINE, Health and Psychosocial Instruments, and Embase. A total of 1,325 articles were identified, with 75 deemed relevant after careful selection. They covered 40 assessment instruments, including questionnaires, cognitive tests, and test batteries. Data were sourced from 17 countries, primarily in Europe and North America, involving 10,021 participants with intellectual disabilities. Among them, 6,708 had DS, and the studies were predominantly in English. Some questionnaires/scales such as Screening Questionnaire for Individuals with Intellectual Disabilities, Informant Questionnaire on Cognitive Decline in the Elderly, and Dementia Questionnaire for People with Learning Disabilities, cognitive tests like Cued Recall Test, Picture Memory Impairment Screen for People with Intellectual Disability, and Down Syndrome Mental Status Examination, as well as the National Task Group-Early Detection Screen for Dementia battery, are recommended for detecting early symptoms of AD in individuals with DS. For a more comprehensive assessment, Cambridge Examination for Mental Disorders of Older People with Down's Syndrome and Others with Intellectual Disabilities are recommended.

Au cours des dernières années, un intérêt grandissant concernant les rôles physiologiques des endocannabinoïdes (eCBs) a été observé. Le système eCB est une cible attrayante pour la modulation du système immunitaire et de la douleur périphérique. Bien que le récepteur CB1 soit distribué dans le système nerveux, le récepteur CB2 est traditionnellement associé au système immunitaire. Ce dogme fait maintenant l’objet d’un débat depuis la découverte de l’expression du récepteur CB2 dans certains neurones. La rétine est un modèle important pour l’étude de processus neuronaux. La présence du récepteur CB1 y a été démontrée. Des études fonctionnelles rapportent que l’activation des récepteurs cannabinoïdes affecte le fonctionnement de plusieurs cellules rétiniennes. À ce jour, aucune étude ne s’est intéressée au rôle global des récepteurs CB1 et CB2 dans la rétine. Nous avons investigué les conséquences de l’élimination du récepteur CB1 (cnr1-/-) ou du récepteur CB2 (cnr2-/-) sur la fonction rétinienne mesurée par électrorétinographie. Nous avons également caractérisé la distribution du récepteur CB2 dans la rétine. Pour ce faire, nous avons comparé la spécificité de plusieurs anticorps dirigés contre le récepteur CB2. Seulement l’un des anticorps testés a montré une spécificité satisfaisante. Il a permis de détecter la présence du récepteur CB2 dans les cônes, les bâtonnets, les cellules horizontales, amacrines, bipolaires et ganglionnaires. Nos résultats d’électrorétinographie indiquent que seules les souris cnr2-/- présentent une amplitude accrue de l’onde a des ERG, en conditions scotopiques. En conditions photopiques, l’amplitude de l’onde b des souris cnr2-/- montre un schéma d’adaptation à la lumière différent des autres groupes. Aucun effet significatif n’a été observé chez les animaux cnr1-/-. Ces résultats permettent de conclure que les récepteurs CB1 et CB2 jouent des rôles différents dans le traitement visuel et que le récepteur CB2 semble être impliqué dans l’établissement des réponses rétiniennes. / Cannabinoid receptors (CB1R and CB2R) are among the most abundant G-protein coupled receptors in the central nervous system. The endocannabinoid system is an attractive target for immune system modulation and peripheral pain management. While CB1R is distributed in the nervous system, CB2R has traditionally been associated to the immune system. This dogma is currently a subject of debate since the discovery of CB2R expression in neurons. The retina is an interesting model for neuronal processes’ study. The activation of cannabinoid receptors modulates neurotransmitter release from photoreceptors and could also affect bipolar cell synaptic release. However, the impact of CB1r and CB2R on the retinal function as a whole is currently unknown. In the present study, we investigated the function of cannabinoid receptors in the retina by recording electroretinographic responses (ERG) from mice lacking either CB1 or CB2 receptors (cnr1-/- and cnr2-/-, respectively). We also documented the precise distribution of CB2R by comparing the specificity of library of CB2R antibodies. One of the antibodies tested exhibited a valuable specificity and localized CB2R expression in cones and rods photoreceptors, horizontal cells, some amacrine cells, and bipolar and ganglion cells. In scotopic conditions, the amplitudes of the awave of the ERG were increased in cnr2-/- mice, while they remained unchanged in cnr1-/- mice. Under photopic conditions, b-wave amplitudes of cnr2-/- mice required more light adaptation time to reach stable values. No effect was observed in cnr1-/- mice. These data indicate that CB2R is likely to be involved in shaping retinal responses to light and suggest that CB1 and CB2 receptors could have different roles in visual processing.

Il a été démontré que l’hétérotachie, variation du taux de substitutions au cours du temps et entre les sites, est un phénomène fréquent au sein de données réelles. Échouer à modéliser l’hétérotachie peut potentiellement causer des artéfacts phylogénétiques. Actuellement, plusieurs modèles traitent l’hétérotachie : le modèle à mélange des longueurs de branche (MLB) ainsi que diverses formes du modèle covarion. Dans ce projet, notre but est de trouver un modèle qui prenne efficacement en compte les signaux hétérotaches présents dans les données, et ainsi améliorer l’inférence phylogénétique. Pour parvenir à nos fins, deux études ont été réalisées. Dans la première, nous comparons le modèle MLB avec le modèle covarion et le modèle homogène grâce aux test AIC et BIC, ainsi que par validation croisée. A partir de nos résultats, nous pouvons conclure que le modèle MLB n’est pas nécessaire pour les sites dont les longueurs de branche diffèrent sur l’ensemble de l’arbre, car, dans les données réelles, le signaux hétérotaches qui interfèrent avec l’inférence phylogénétique sont généralement concentrés dans une zone limitée de l’arbre. Dans la seconde étude, nous relaxons l’hypothèse que le modèle covarion est homogène entre les sites, et développons un modèle à mélanges basé sur un processus de Dirichlet. Afin d’évaluer différents modèles hétérogènes, nous définissons plusieurs tests de non-conformité par échantillonnage postérieur prédictif pour étudier divers aspects de l’évolution moléculaire à partir de cartographies stochastiques. Ces tests montrent que le modèle à mélanges covarion utilisé avec une loi gamma est capable de refléter adéquatement les variations de substitutions tant à l’intérieur d’un site qu’entre les sites. Notre recherche permet de décrire de façon détaillée l’hétérotachie dans des données réelles et donne des pistes à suivre pour de futurs modèles hétérotaches. Les tests de non conformité par échantillonnage postérieur prédictif fournissent des outils de diagnostic pour évaluer les modèles en détails. De plus, nos deux études révèlent la non spécificité des modèles hétérogènes et, en conséquence, la présence d’interactions entre différents modèles hétérogènes. Nos études suggèrent fortement que les données contiennent différents caractères hétérogènes qui devraient être pris en compte simultanément dans les analyses phylogénétiques. / Heterotachy, substitution rate variation across sites and time, has shown to be a frequent phenomenon in the real data. Failure to model heterotachy could potentially cause phylogenetic artefacts. Currently, there are several models to handle heterotachy, the mixture branch length model (MBL) and several variant forms of the covarion model. In this project, our objective is to find a model that efficiently handles heterotachous signals in the data, and thereby improves phylogenetic inference. In order to achieve our goal, two individual studies were conducted. In the first study, we make comparisons among the MBL, covarion and homotachous models using AIC, BIC and cross validation. Based on our results, we conclude that the MBL model, in which sites have different branch lengths along the entire tree, is an over-parameterized model. Real data indicate that the heterotachous signals which interfere with phylogenetic inference are generally limited to a small area of the tree. In the second study, we relax the assumption of the homogeneity of the covarion parameters over sites, and develop a mixture covarion model using a Dirichlet process. In order to evaluate different heterogeneous models, we design several posterior predictive discrepancy tests to study different aspects of molecular evolution using stochastic mappings. The posterior predictive discrepancy tests demonstrate that the covarion mixture +Γ model is able to adequately model the substitution variation within and among sites. Our research permits a detailed view of heterotachy in real datasets and gives directions for future heterotachous models. The posterior predictive discrepancy tests provide diagnostic tools to assess models in detail. Furthermore, both of our studies reveal the non-specificity of heterogeneous models. Our studies strongly suggest that different heterogeneous features in the data should be handled simultaneously.

Au cours des dernières années, un intérêt grandissant concernant les rôles physiologiques des endocannabinoïdes (eCBs) a été observé. Le système eCB est une cible attrayante pour la modulation du système immunitaire et de la douleur périphérique. Bien que le récepteur CB1 soit distribué dans le système nerveux, le récepteur CB2 est traditionnellement associé au système immunitaire. Ce dogme fait maintenant l’objet d’un débat depuis la découverte de l’expression du récepteur CB2 dans certains neurones. La rétine est un modèle important pour l’étude de processus neuronaux. La présence du récepteur CB1 y a été démontrée. Des études fonctionnelles rapportent que l’activation des récepteurs cannabinoïdes affecte le fonctionnement de plusieurs cellules rétiniennes. À ce jour, aucune étude ne s’est intéressée au rôle global des récepteurs CB1 et CB2 dans la rétine. Nous avons investigué les conséquences de l’élimination du récepteur CB1 (cnr1-/-) ou du récepteur CB2 (cnr2-/-) sur la fonction rétinienne mesurée par électrorétinographie. Nous avons également caractérisé la distribution du récepteur CB2 dans la rétine. Pour ce faire, nous avons comparé la spécificité de plusieurs anticorps dirigés contre le récepteur CB2. Seulement l’un des anticorps testés a montré une spécificité satisfaisante. Il a permis de détecter la présence du récepteur CB2 dans les cônes, les bâtonnets, les cellules horizontales, amacrines, bipolaires et ganglionnaires. Nos résultats d’électrorétinographie indiquent que seules les souris cnr2-/- présentent une amplitude accrue de l’onde a des ERG, en conditions scotopiques. En conditions photopiques, l’amplitude de l’onde b des souris cnr2-/- montre un schéma d’adaptation à la lumière différent des autres groupes. Aucun effet significatif n’a été observé chez les animaux cnr1-/-. Ces résultats permettent de conclure que les récepteurs CB1 et CB2 jouent des rôles différents dans le traitement visuel et que le récepteur CB2 semble être impliqué dans l’établissement des réponses rétiniennes. / Cannabinoid receptors (CB1R and CB2R) are among the most abundant G-protein coupled receptors in the central nervous system. The endocannabinoid system is an attractive target for immune system modulation and peripheral pain management. While CB1R is distributed in the nervous system, CB2R has traditionally been associated to the immune system. This dogma is currently a subject of debate since the discovery of CB2R expression in neurons. The retina is an interesting model for neuronal processes’ study. The activation of cannabinoid receptors modulates neurotransmitter release from photoreceptors and could also affect bipolar cell synaptic release. However, the impact of CB1r and CB2R on the retinal function as a whole is currently unknown. In the present study, we investigated the function of cannabinoid receptors in the retina by recording electroretinographic responses (ERG) from mice lacking either CB1 or CB2 receptors (cnr1-/- and cnr2-/-, respectively). We also documented the precise distribution of CB2R by comparing the specificity of library of CB2R antibodies. One of the antibodies tested exhibited a valuable specificity and localized CB2R expression in cones and rods photoreceptors, horizontal cells, some amacrine cells, and bipolar and ganglion cells. In scotopic conditions, the amplitudes of the awave of the ERG were increased in cnr2-/- mice, while they remained unchanged in cnr1-/- mice. Under photopic conditions, b-wave amplitudes of cnr2-/- mice required more light adaptation time to reach stable values. No effect was observed in cnr1-/- mice. These data indicate that CB2R is likely to be involved in shaping retinal responses to light and suggest that CB1 and CB2 receptors could have different roles in visual processing.