Les peptides et protéines extracteurs de lipides (PEL) se lient aux membranes lipidiques puis en extraient des lipides en formant de plus petits auto-assemblages, un phénomène qui peut aller jusqu'à la fragmentation des membranes. Dans la nature, cette extraction se produit sur une gamme de cellules et entraîne des conséquences variées, comme la modification de la composition de la membrane et la mort de la cellule. Cette thèse se penche sur l’extraction lipidique, ou fragmentation, induite par le peptide mélittine et la protéine Binder-of-SPerm 1 (BSP1) sur des membranes lipidiques modèles. Pour ce faire, des liposomes de différentes compositions sont préparés et incubés avec la mélittine ou la BSP1. L'association aux membranes est déterminée par la fluorescence intrinsèque des PEL, tandis que l'extraction est caractérisée par une plateforme analytique combinant des tests colorimétriques et des analyses en chromatographie en phase liquide et spectrométrie de masse (LCMS). La mélittine fait partie des peptides antimicrobiens cationiques, un groupe de PEL très répandu chez les organismes vivants. Ces peptides sont intéressants du point du vue médical étant donné leur mode d’action qui vise directement les lipides des membranes. Plusieurs de ceux-ci agissent sur les membranes des bactéries selon le mécanisme dit « en tapis », par lequel ils s’adsorbent à leur surface, forment des pores et ultimement causent leur fragmentation. Dans cette thèse, la mélittine est utilisée comme peptide modèle afin d’étudier le mécanisme par lequel les peptides antimicrobiens cationiques fragmentent les membranes. Les résultats montrent que la fragmentation des membranes de phosphatidylcholines (PC) est réduite par une déméthylation graduelle de leur groupement ammonium. L'analyse du matériel fragmenté révèle que les PC sont préférentiellement extraites des membranes, dû à un enrichissement local en PC autour de la mélittine à l'intérieur de la membrane. De plus, un analogue de la mélittine, dont la majorité des résidus cationiques sont neutralisés, est utilisé pour évaluer le rôle du caractère cationique de la mélittine native. La neutralisation augmente l'affinité du peptide pour les membranes neutres et anioniques, réduit la fragmentation des membranes neutres et augmente la fragmentation des membranes anioniques. Malgré les interactions électrostatiques entre le peptide cationique et les lipides anioniques, aucune spécificité lipidique n'est observée dans l'extraction. La BSP1 est la protéine la plus abondante du liquide séminal bovin et constitue un autre exemple de PEL naturel important. Elle se mélange aux spermatozoïdes lors de l’éjaculation et extrait des lipides de leur membrane, notamment le cholestérol et les phosphatidylcholines. Cette étape cruciale modifie la composition lipidique de la membrane du spermatozoïde, ce qui faciliterait par la suite la fécondation de l’ovule. Cependant, le contact prolongé de la protéine avec les spermatozoïdes endommagerait la semence. Cette thèse cherche donc à approfondir notre compréhension de ce délicat phénomène en étudiant le mécanisme moléculaire par lequel la protéine fragmente les membranes lipidiques. Les résultats des présents travaux permettent de proposer un mécanisme d’extraction lipidique en 3 étapes : 1) L'association à l’interface des membranes; 2) La relocalisation de l’interface vers le cœur lipidique; 3) La fragmentation des membranes. La BSP1 se lie directement à deux PC à l'interface; une quantité suffisante de PC dans les membranes est nécessaire pour permettre l'association et la fragmentation. Cette liaison spécifique ne mène généralement pas à une extraction lipidique sélective. L'impact des insaturations des chaînes lipidiques, de la présence de lysophosphatidylcholines, de phosphatidyléthanolamine, de cholestérol et de lipides anioniques est également évalué. Les présentes observations soulignent la complexe relation entre l'affinité d'un PEL pour une membrane et le niveau de fragmentation qu'il induit. L'importance de la relocalisation des PEL de l'interface vers le cœur hydrophobe des membranes pour permettre leur fragmentation est réitérée. Cette fragmentation semble s'accompagner d'une extraction lipidique préférentielle seulement lorsqu'une séparation de phase est induite au niveau de la membrane, nonobstant les interactions spécifiques PEL-lipide. Les prévalences des structures amphiphiles chez certains PEL, ainsi que de la fragmentation en auto-assemblages discoïdaux sont discutées. Finalement, le rôle des interactions électrostatiques entre les peptides antimicrobiens cationiques et les membranes bactériennes anioniques est nuancé : les résidus chargés diminueraient l'association des peptides aux membranes neutres suite à l'augmentation de leur énergie de solvatation. / Lipid-extracting peptides and proteins (LEPs) bind to lipid membranes, extract lipids in the form of smaller auto-assemblies, and ultimately fragment membranes. In nature, this lipid extraction occurs in many different cell systems and causes various consequences, such as a modification of the membrane lipid composition or the cell death. This thesis focuses on the lipid extraction, or fragmentation, induced by the peptide melittin and the protein Binder-of-SPerm 1 (BSP1) on model lipid membranes. To this end, liposomes of different composition are prepared and incubated with melittin or BSP1. The association to membranes is determined by the LEPs intrinsic fluorescence, while the extraction is characterized by a combination of colorimetric phosphorus assays and liquid chromatography-mass spectrometry analyses (LCMS). Melittin is a cationic antimicrobial peptide, a very common category of LEP found in living organisms. Cationic antimicrobial peptides are interesting to medicine because they directly target membrane lipids. The action of many of these peptides is described by the carpet-like mechanism, by which they adsorb to membrane surface, induce the formation of pores and then cause the fragmentation of the membranes. In this thesis, melittin is used as a model peptide in order to study the mechanism by which cationic antimicrobial peptides fragment lipid membranes. Results show that the phosphocholine (PC) membrane fragmentation is reduced by a gradual demethylation of the ammonium group. Analysis of the fragmented material reveals that PC are preferentially extracted from membranes, due to a local enrichment in PC near melittin in the membrane. Furthermore, a melittin analogue, for which a majority of its cationic residues were neutralized, is used to investigate the role of the cationic character of native melittin. The neutralization increases the peptide affinity for neutral and anionic membranes, reduces fragmentation of neutral membranes and increases fragmentation of anionic membranes. Despite electrostatic interactions between the cationic peptide and the anionic lipids, no lipid specificity is observed in the extraction. BSP1 is the most abundant protein of the bovine seminal plasma and constitutes another example of important LEP found in nature. Upon ejaculation, it mixes with spermatozoa and extracts membrane lipids, such as cholesterol and phosphatidylcholines. This crucial process modulates the lipid composition of sperm membranes, which would then facilitate egg fertilization. However, a prolonged contact between the protein and spermatozoa could damage the semen. This thesis is looking to deepen our understanding of this delicate phenomenon by studying the molecular mechanism by which this protein fragments lipid membranes. Results of the present work suggest a 3-step mechanism for the extraction: 1) Association to membrane interface; 2) Relocation towards the lipid core; 3) Fragmentation of membranes. BSP1 binds directly to two interfacial PC; a sufficient quantity of PC in membranes is necessary for protein association and fragmentation. This specific binding generally does not lead to specificity in the lipid extraction. The impact of unsaturation of the lipid chains, of the presence of lysophosphatidylcholines, of phosphatidylethanolamines, of cholesterol and of anionic lipids is also studied. The present observations underline the complex relationship between a LEP affinity for membranes and the level of fragmentation it induces. The importance of LEP relocation, from the interface to the hydrophobic core of the membranes, for fragmentation is reiterated. This fragmentation seems to be lipid specific only when a phase separation of the lipids occurs in the membrane, notwithstanding specific LEP-lipid interactions. The prevalence of amphipathic structures in certain LEPs, as well as of the auto-assembled discoidal structures resulting from fragmentation is discussed. Finally, the role of electrostatic interactions between cationic antimicrobial peptides and anionic bacterial membranes is detailed: charged residues lower peptide association to neutral membrane due to an increase of their free energy of solvation.

Combien d’enfants ont rêvé de devenir un jour footballeur professionnel, tennisman ou pilote de Formule 1 ? Combien étions-nous au soir de la finale de la Coupe du monde 1998 derrière les « Bleus » ? Magie, phénomène social, vecteur d’intégration… On pourrait disserter bien longtemps sur les vertus du sport. Toutefois, le revers de la médaille est beaucoup moins réjouissant, sauf pour le juriste. En effet, on assiste ces dernières années à un processus de prise en compte du sport par le droit étatique. Le sport ne peut plus rester hors du droit. Cette pénétration du droit a forcément des incidences sur les droits fondamentaux reconnus aux sportifs. Pourtant il semble que la doctrine ne se soit que très peu intéressée au sportif, « qui est un citoyen comme les autres avec des droits imprescriptibles ».Si le principe selon lequel le sportif dispose des mêmes droits fondamentaux que tout citoyen semble largement admis, il convient de ne pas rester imperméable à la revendication d’une exception sportive. En effet, le mouvement sportif vit comme une intrusion l’appréhension du sport par le droit étatique. L’opposition entre la Commission européenne et les instances du football, concernant le système des transferts, est une preuve récente de cette réticence. Ainsi une spécificité sportive empêcherait l’application normale de la règle de droit. Qu’en est-il du point de vue des droits fondamentaux du sportif ? Existe-t-il une exception sportive en matière de droits fondamentaux de sorte que reprenant une expression de Hauriou, on pourrait considérer les sportifs comme des « citoyens spéciaux » ? Plusieurs problèmes se posent. Tout d’abord, il conviendra de s’interroger sur l’existence d’une spécificité sportive dans la reconnaissance de droits au sportif. En effet, la question est celle de savoir si le sportif est titulaire des mêmes droits que tout citoyen. Une fois les droits du sportif déterminés, la question de l’effectivité de ses droits se posera. N’existe-t-il pas une particularité sportive dans l’exercice des droits fondamentaux, de sorte que si le sportif bénéficie en principe des mêmes droits que tout citoyen, il ne pourrait pas les exercer de la même manière ? Ainsi l’effectivité des droits du sportif serait atténuée.La mise en œuvre d’une spécificité d’application en matière de droits fondamentaux révèle une protection catégorielle qui rompt avec l’universalisme traditionnellement attaché aux droits de l'homme. La recherche de l’effectivité des droits des sportifs est pourtant pertinente. Mais elle conduit le juge à reconnaître le caractère fondamental d’un droit, indépendamment de la norme qui le supporte en fonction de l’importance qu’il revêt dans le cas d’espèce. La démarche du nouvel acteur de la scène sportive montre une remise en cause de l’acception formelle de la notion de fondamentalité au profit d’une acception matérielle. Sauf à reconnaître l’existence d’un droit au sport formellement fondamental. Car « il est plus intéressant de s’interroger sur l’existence du même droit, au niveau où sont normalement reconnus les droits fondamentaux, c'est à dire au niveau constitutionnel » ( ). Même si aucun texte à valeur suprême ne consacre un tel droit, « il ne faut pourtant pas s’en tenir à ce décevant constat » ( ). Car son émergence est perceptible. L’intérêt est considérable puisque le droit au sport recouvre la quasi-totalité de la nomenclature des droits de l'homme ( ). Sa mise en œuvre devient nécessaire à la prise en compte de la spécificité sportive. / How many children dreamed to become a day professional football player, a tennis player or a driver of Formula 1? How much were we in the evening of finale of the World cup 1998 behind the French Team ? Magic, social phenomenon, vector of integration … We could talk indeed for a long time about the virtues of the sport. However, the other side of medal is much less happy, safe for the jurist. Indeed, we attend these last years a process of consideration of the sport by the state law. The sport cannot stay any more outside the state law. This penetration of the law has necessarily incidences on the fundamental rights recognized by the sportsmen. Nevertheless it seems that the doctrine that is little interested in the sportsman, " who is a citizen as the others with inalienable rights ".If the principle according to which the sportsman arranges the same fundamental rights as every citizen seems widely admitted, it is advisable not to remain impervious to the demand of a sports exception. Indeed, the sports movement lives as an intervention the apprehension of the sport by the state law. The opposition between the European Commission and the authorities of the football, concerning the system of transfers, is a recent proof of this hesitation. So a sports specificity would prevent the normal application of the legal rule. What is it from the point of view of the fundamental rights of the sportsman? Is there a sports exception in fundamental rights so that taking back an expression of Hauriou, we could consider the sportsmen as " special citizens "? Several problems settle. First of all, it will be advisable to wonder about the existence of a sports specificity in the recognition of rights for the sportsman. Indeed, the question is the one to know if the sportsman is a holder of the same rights as every citizen. Once the rights of the sportsman were determined, the question of the effectiveness of its rights will settle. Is not there a sports peculiarity in the exercise of the fundamental rights, so that if the sportsman benefits as in principle from the same rights as every citizen, he could not exercise them in the same way? So the effectiveness of the rights of the sportsman would be eased.The operated of a specificity of application in fundamental rights reveals a category-specific protection which breaks with the universalism traditionally attached to human rights. The search for the effectiveness of the rights of the sportsmen is nevertheless relevant. But it leads the judge to recognize the fundamental character of a right, independently of the standard which supports it according to the importance which it takes on in the special case. The initiative of the new actor of the sports scene shows a questioning of the formal meaning of a word of the notion of fundamentality for the benefit of a material meaning of a word. So as to recognize the existence of a right by the formally fundamental sport. Because " it is more interesting to wonder about the existence of the same right, at the level where are normally recognized the fundamental rights, that is at the constitutional level ". Even if no text with supreme value dedicates such a right, " You should not nevertheless be held in it disappointing report ". Because its emergence is perceptible. The interest is considerable because the law for the sport recovers the quasi-totality of the nomenclature of human rights. Its stake in work becomes necessary for the consideration of the sports specificity.

Nos recherches s'inscrivent dans le domaine des EIAH (Environnements Informatiques pour l'Apprentissage Humain). Nous considérons ici les EIAH au sens large : s'ils concernent principalement les environnements informatiques explicitement destinés à favoriser l'apprentissage humain, nous revendiquons que les systèmes s'adressant aux enseignants pour les aider dans leur tâche d'enseignement relèvent également des EIAH. Au sein de ce domaine pluridisciplinaire, nos contributions se situent en informatique, avec une démarche proche de celle proposée par l'ingénierie dirigée par les modèles, même si nos recherches sont enrichies par l'apport d'autres disciplines. Le cœur de nos travaux concerne l'ingénierie des profils d'apprenants, que nous abordons sous l'angle de la réutilisation de profils d'apprenants pour les exploiter dans une optique de personnalisation, en cherchant à adopter une approche unifiée. Plus précisément, nous cherchons à trouver les moyens de permettre à des acteurs, éventuellement différents de leurs créateurs, de réutiliser des profils d'apprenants dans le but de proposer des exploitations mutualisées des profils à travers des activités personnalisées, adaptées aux besoins des enseignants, dans une démarche générique permettant de considérer différents niveaux scolaires et universitaires, ainsi que les disciplines les plus variées. Nous avons abordé cette problématique en proposant des méta-modèles, modèles et processus qui traitent la plupart des étapes du cycle de vie des profils d'apprenants que nous avons spécifié. Nous avons mis en œuvre ces différents modèles théoriques de façon opérationnelle dans des outils unifiés, qui, malgré la généricité de l'approche, prennent en compte les spécificités des apprenants d'une part et des différents utilisateurs d'autre part. Nous avons également explicité comment se fait cette articulation entre généricité des modèles et spécificités des besoins. Pour permettre aux différents acteurs de l'apprentissage de gérer les profils d'apprenants existants dans toute leur diversité, nous avons proposé et opérationnalisé le langage de modélisation de profils PMDLe, ainsi que plusieurs extensions (sPMDLe, pPMDLe, cPMDLe, vPMDLe, rPMDLe) qui l'étendent en permettant diverses actions sur les profils respectant ce langage (transformations de profils, définition de contraintes sur profils PMDLe, de vues sur profils, de représentations d'éléments de profils). Afin d'identifier les activités permettant d'exploiter toute la richesse des profils d'apprenants, nous avons établi une typologie des activités sur les profils destinées tant aux apprenants qu'aux autres acteurs de l'apprentissage, une typologie des activités papier-crayon et une typologie des activités logicielles personnalisables. Nous avons également développé deux modules destinés à mettre en œuvre les activités identifiées dans ces typologies, l'un pour travailler sur les profils d'apprenants, et l'autre pour proposer des activités pédagogiques papier-crayon et logicielles personnalisées en fonction des profils d'apprenants. Pour personnaliser les activités proposées aux apprenants, à partir de leurs profils, tout en tenant compte des besoins des enseignants, nous avons défini et mis en œuvre deux modèles de personnalisation : PERSUA2 propose une personnalisation unifiée des activités pédagogiques et PERSUMAP propose une personnalisation unifiée multi-aspects des activités sur les profils d'apprenants. Nous pensons que l'ensemble de nos contributions, qui s'imbriquent les unes aux autres pour former un ensemble cohérent, constituent une avancée dans les recherches en EIAH, tant par les modèles et leurs mises en œuvre eux-mêmes, que par les concepts qu'ils sous-tendent qui peuvent être appliqués à d'autres contextes, voire à d'autres domaines.

Il a été démontré que l’hétérotachie, variation du taux de substitutions au cours du temps et entre les sites, est un phénomène fréquent au sein de données réelles. Échouer à modéliser l’hétérotachie peut potentiellement causer des artéfacts phylogénétiques. Actuellement, plusieurs modèles traitent l’hétérotachie : le modèle à mélange des longueurs de branche (MLB) ainsi que diverses formes du modèle covarion. Dans ce projet, notre but est de trouver un modèle qui prenne efficacement en compte les signaux hétérotaches présents dans les données, et ainsi améliorer l’inférence phylogénétique. Pour parvenir à nos fins, deux études ont été réalisées. Dans la première, nous comparons le modèle MLB avec le modèle covarion et le modèle homogène grâce aux test AIC et BIC, ainsi que par validation croisée. A partir de nos résultats, nous pouvons conclure que le modèle MLB n’est pas nécessaire pour les sites dont les longueurs de branche diffèrent sur l’ensemble de l’arbre, car, dans les données réelles, le signaux hétérotaches qui interfèrent avec l’inférence phylogénétique sont généralement concentrés dans une zone limitée de l’arbre. Dans la seconde étude, nous relaxons l’hypothèse que le modèle covarion est homogène entre les sites, et développons un modèle à mélanges basé sur un processus de Dirichlet. Afin d’évaluer différents modèles hétérogènes, nous définissons plusieurs tests de non-conformité par échantillonnage postérieur prédictif pour étudier divers aspects de l’évolution moléculaire à partir de cartographies stochastiques. Ces tests montrent que le modèle à mélanges covarion utilisé avec une loi gamma est capable de refléter adéquatement les variations de substitutions tant à l’intérieur d’un site qu’entre les sites. Notre recherche permet de décrire de façon détaillée l’hétérotachie dans des données réelles et donne des pistes à suivre pour de futurs modèles hétérotaches. Les tests de non conformité par échantillonnage postérieur prédictif fournissent des outils de diagnostic pour évaluer les modèles en détails. De plus, nos deux études révèlent la non spécificité des modèles hétérogènes et, en conséquence, la présence d’interactions entre différents modèles hétérogènes. Nos études suggèrent fortement que les données contiennent différents caractères hétérogènes qui devraient être pris en compte simultanément dans les analyses phylogénétiques. / Heterotachy, substitution rate variation across sites and time, has shown to be a frequent phenomenon in the real data. Failure to model heterotachy could potentially cause phylogenetic artefacts. Currently, there are several models to handle heterotachy, the mixture branch length model (MBL) and several variant forms of the covarion model. In this project, our objective is to find a model that efficiently handles heterotachous signals in the data, and thereby improves phylogenetic inference. In order to achieve our goal, two individual studies were conducted. In the first study, we make comparisons among the MBL, covarion and homotachous models using AIC, BIC and cross validation. Based on our results, we conclude that the MBL model, in which sites have different branch lengths along the entire tree, is an over-parameterized model. Real data indicate that the heterotachous signals which interfere with phylogenetic inference are generally limited to a small area of the tree. In the second study, we relax the assumption of the homogeneity of the covarion parameters over sites, and develop a mixture covarion model using a Dirichlet process. In order to evaluate different heterogeneous models, we design several posterior predictive discrepancy tests to study different aspects of molecular evolution using stochastic mappings. The posterior predictive discrepancy tests demonstrate that the covarion mixture +Γ model is able to adequately model the substitution variation within and among sites. Our research permits a detailed view of heterotachy in real datasets and gives directions for future heterotachous models. The posterior predictive discrepancy tests provide diagnostic tools to assess models in detail. Furthermore, both of our studies reveal the non-specificity of heterogeneous models. Our studies strongly suggest that different heterogeneous features in the data should be handled simultaneously.

Le virus de l'hépatite C (HCV) est un problème majeur de santé publique. Le développement de nouveaux traitements pour lutter contre le HCV a été ralenti par l'absence de modèles d'études in vitro et in vivo convenables. Le but de mon travail de thèse a été, dans un premier temps, de caractériser les facteurs déterminant le tropisme hépatique du HCV. En exprimant des facteurs clés dans une lignée cellulaire humaine non-hépatocytaire, nous avons reconstitué in fine l'ensemble du cycle viral dans ces cellules. L'entrée du virus dans la cellule hôte fait intervenir différents récepteurs d'entrée dont CD81, occludin (OCLN), claudin-1 (CLDN1) et scavenger receptor class B type I (SR-BI). L'expression de ces quatre récepteurs sur cette lignée la rend hautement permissive à l'entrée du virus, mais ne permet pas de rétablir la réplication du virus. L'expression du micro-ARN 122, un micro-RNA important pour l'infection du HCV, dans les cellules exprimant les quatre récepteurs, restaure une forte réplication de l'ARN viral mais ne permet pas de détecter une production de particules infectieuses. L'expression de l'apolipoprotein E (apoE), jouant un rôle primordial dans l'assemblage et la sécrétion, rétablis cette dernière étape du cycle viral du HCV dans la lignée cellulaire humaine non-hépatocytaire. Dans un second temps, j'ai utilisé la stratégie, précédemment établie, pour étudier la spécificité d'espèce de l'infection du HCV dans plusieurs lignées hépatocytaires murines. Nous avons pu rendre ces cellules permissives à l'entrée du HCV et pu détecter une très faible réplication. L'ensemble de mes travaux apportent de nouvelles informations sur la compréhension des facteurs clés nécessaire au cycle viral du HCV dans des cellules murines et humaines.

La recherche en bactériologie et virologie est à la fois de nature cognitive et appliquée. Elle consiste à fédérer et mettre en place une capacité de recherche multidisciplinaire et pouvoir l'intégrer sur un champ très vaste de microorganismes et de maladies. Les nouvelles avancées conceptuelles et technologiques dans le domaine de la génomique, notamment les avancées dans les techniques à haut débit (séquençage, PCR...) permettent actuellement d’avoir rapidement des génomes bactériens et viraux entiers, ou seulement sur quelques gènes d’une grande population. Les progrès dans ce domaine permettent l’accès à ces informations en évitant une combinaison de plusieurs méthodologies, et à moindre coûts. Dans notre travail de thèse, nous avons été porté à analyser et traiter les données de deux études genomiques et métagenomiques, mettant en évidence avantages, limites et attentes liés à ces techniques. La première étude porte sur l'analyse génomique de nouveaux virus géants et chlamydia infectant Vermamoeba vermiformis. La deuxième étude concerne le pyroséquençage 16S de microbiote intestinal de nouveau-nés atteint de l'entérocolite nécrosante. Pour le premier projet du travail de thèse, nous avons analysé les génomes de trois nouvelles espèces de Chlamydiae et onze virus giants (premiers membres de deux probables nouvelles familles) qui se multiplient naturellement dans Vermamoeba vermiformis. L'objectif étant de mettre en évidence les caractéristiques génétiques spécifiques à ces micro-organismes. La deuxième partie a été consacrée à l'analyse des données de pyroséquençage 16S des selles de nouveau-nés atteints de l'entérocolite nécrosante. / Research in bacteriology and virology is both cognitive and applied. It involves federating and developing a multidisciplinary research capacity and being able to integrate it into a very broad field of microorganisms and diseases. New genomic and conceptual advances in genomics, including advances in high-throughput techniques, now permit rapid bacterial and viral genomes, or only a few genes of a large population. Progress in this area allows access to this information by avoiding a combination of several methodologies and at lower costs. In our thesis work, we were led to analyze and process the data of two genomic and metagenomic studies, highlighting advantages, limitations and expectations related to these techniques. The first study focuses on the genomic analysis of new giant viruses and chlamydia infecting Vermamoeba vermiformis. The second study concerns the 16S pyrosequencing of intestinal microbiota of neonates with necrotizing enterocolitis. The first project of the thesis work analyzed the genomes of three new species of Chlamydiae and eleven giant viruses (first members of two probable new families) which naturally multiply in Vermamoeba vermiformis. The objective is to highlight the genetic characteristics specific to these microorganisms. The second part was devoted to the analysis of 16S pyrosequencing data from neonatal enterocolitis neonatal stools. The goal was to identify an agent responsible for this disease.

Les PME représentent en France et en Turquie près de la totalité des entreprises existantes et jouent un rôle très important dans la régulation de la vie économique et sociale de ces pays. Afin de les protéger mais surtout de les inciter à œuvrer davantage pour une performance d’ordre global, l’action des dirigeants de PME doit être orientée vers une gouvernance socialement responsable. Pour parvenir à cette fin, des moyens empruntés aux règles de la « corporate governance » doivent être adoptés par ces derniers. Toutefois, ces règles de management, prévues à l’origine pour discipliner l’action des dirigeants des grandes firmes américaines de type managérial, sont inadaptées aux PME de type entrepreneurial et familial ainsi qu’au contexte dans lequel cette catégorie d’entreprises évolue. Les dirigeants de PME éprouvent en effet de grandes difficultés à mobiliser des fonds. Ils se doivent d’être pragmatiques pour la pérennité du groupement. C’est donc naturellement qu’ils songent à performer en termes économique avant de songer à performer en termes social ou sociétal. De plus, de nombreux mécanismes de gouvernance ne prennent pas en compte les spécificités organisationnelles et fonctionnelles de cette catégorie d’entreprises. Les dirigeants de PME évoluent dans un contexte proxémique fort marqué par l’informalité des relations avec les « stakeholders ». Peu visibles du grand public, ces entreprises agissent souvent dans un rayon d’activité locale voire régionale. Les dirigeants sont proches de leurs salariés, de leurs fournisseurs et créanciers, de leurs associés ainsi que de leurs clients. La propriété du capital est peu diluée de telle sorte que les fonctions de propriété, de direction et de contrôle sont souvent réunies dans les mains d’une personne forte (le dirigeant-propriétaire) ou de ses proches. Dans ces conditions, les principes de gouvernement d’entreprise tels qu’ils existent sont difficiles à mettre en œuvre par les dirigeants de PME si bien que les modes de gouvernance qu’ils adoptent sont peu influencés par la gouvernance d’entreprise et ses mécanismes. / In France and Turkey SMEs make up nearly all current enterprises and play a very important role in the regulation of economic and social life in both countries. In order to protect them, but above all, in order to encourage them to adopt more global performance, the action of SME managers has to be oriented towards socialy responsable governance. To achieve this, they have to adopt the rules of corporate governance. However, these management rules, originally intented to control the action of the managers of big US managerial firms, are not adapted to family and entrepreneurial SMEs and to the context in which this particular category of enterprise evolves. Indeed, SME managers have many difficulties to leverage private funds.They have to adopt a pragmatic approach to ensure the existence of their enterprises. It is quite normal, therefore, for them to do business in economic terms before considering social relations and societal questions. Moreover, many mechanisms of corporate governance don’t take into account the organizational and functional characteristics of this particular category of enterprise. SME managers work in a strong context of proximity characterised by the informality of relations with stakeholders. Such enterprises, since they are barely visible to the general public, often work localy or regionaly. Managers are close to their employees, suppliers and creditors, associates and customers. The ownership of capital property is not diluted very much so that the functions of ownership, management and control are often all in the hands of one strong individual (the owner-manager) or his/her relatives. In these conditions, the principles of corporate governance, as they exist today, are not easily implemented by SMEs managers to the extent that the modes of governance they adopt are barely influenced by corporate governance and its mechanisms.

Introduction. La détection précoce des infections par un système de surveillance efficace permet de mettre en œuvre des mesures de prévention et de contrôle adaptées. L’objectif de cette thèse était d’évaluer les performances d’un système de détection automatique, type syndromique, des patients à risque épidémique à partir des données du dossier médical informatisé des urgences. Population d’étude. 101001 patients ayant consulté aux urgences du groupement Nord des Hospices Civils de Lyon, entre le 01/06/2007 et le 31/03/2011, dont 10895 patients hospitalisés dans l’établissement à l’issue de la consultation. Méthode. Trois étapes ont été nécessaires. 1) Évaluation de la faisabilité d’utiliser les données structurées et textuelles, à l’aide d’une application de traitement automatisé des données textuelles. 2) Construction et évaluation d’algorithmes de repérage, pour les syndromes respiratoire, cutané et gastro-intestinal, de patients avec une infection à risque épidémique à partir des données du dossier médical informatisé des urgences. 3) Évaluation des données du dossier médical des urgences pour la détection d’épidémies communautaires de grippe, comparées aux données régionales de surveillance de la grippe. Résultats et Discussion. Cette thèse a montré que qu’il est possible de repérer des patients à risque épidémique avec une balance raisonnable entre la sensibilité et la spécificité pour des syndromes respiratoires et cutanés. Les algorithmes pour des syndromes gastro-intestinaux n'étaient pas assez spécifiques pour une utilisation de routine. Les données d’urgences ont permis aussi de détecter les épidémies communautaires dès le début de l’épidémie locale / Introduction. The early detection of the infections by an effective surveillance system allows implementing adapted measures of prevention and control. The objective of this thesis was to estimate the performances of an automatic system syndromic-like to detect the patients with potentially transmissible infectious diseases from the emergency department computerized medical record data. Study population. 101,001 adults, who were admitted to the emergency department and hospitalised of the North Hospital In University Hospital of Lyon, between 01/06/2007 and 30/03/2011. Method. Three steps were necessary. 1) Evaluation of the feasibility to use the structured and textual data with an application which automatically extracts and encodes information found in narrative reports. 2) Different algorithms were built for the detection of patients with infectious respiratory, cutaneous or gastrointestinal syndromes, and assessed. 3) Evaluation of the data of the electronic medical record of emergency department for the detection of flu community epidemics, compared with regional surveillance networks for flu. Results and discussion. This thesis showed that it is possible to detect patients with potentially transmissible infectious diseases with reasonable balance between sensitivity and specificity for respiratory and cutaneous syndromes. The algorithms for gastrointestinal syndromes were not specific enough for their routine use. Emergency department data enabled the detection of community outbreaks for flu

Cette thèse, en s’inscrivant dans le champ plus général de l’histoire de l’Instruction Publique masculine, s’intéresse à celle, très spécifique, de la ville de Briançon située au nord du département des Hautes Alpes.La région briançonnaise a bénéficié au cours des siècles de taux d’alphabétisation élevés et d’un intérêt pour l’enseignement qui prennent leur source au Moyen-Âge, avec l’instauration d’un régime politique particulier, appelé communément aujourd’hui, la République des Escartons (1343-1789). Cette République a induit la modélisation d’un système scolaire original géré par la commune.En s’appuyant à la fois sur les données de l’histoire locale et sur le fonds d’archives scolaires municipales de Briançon, dont une partie a été classée par nos soins, sans omettre les archives départementales et nationales, notre recherche permet dans un premier temps de retracer les prémices de cette instruction au Moyen-Âge, puis de décrire cette école avant-gardiste tout en la comparant aux écoles existantes en France sous l’Ancien Régime.Dans un deuxième temps l’interrogation porte sur ce qu’il advient de cette structuration si particulière suite à la dissolution des Escartons lors de la Révolution française. Dans ce XIXème siècle où la promulgation de lois permet une organisation de la scolarité sur tout le territoire français, l’école de Briançon conserve-t-elle alors des aspects de son organisation et de ses spécificités antérieures ? Parallèlement à son enseignement de niveau primaire, la municipalité crée un système scolaire complet en y adjoignant un collège puis une école primaire supérieure. Ces deux établissements se conforment-ils aux directives ministérielles ou allient-ils particularisme local et modèle national ? L’étude montre qu’une singularité perdure dans la première moitié du siècle puis tend peu à peu à se dissoudre dans le contexte général.L’objet même de la thèse est de démontrer comment l’acquisition d’un savoir peut représenter pour un peuple une des conditions de sa liberté, à une époque où celle-ci n’est pas inscrite pour tous. Paradoxalement à Briançon, la République, en devenant nationale, confisque une partie de l’esprit d’innovation qui avait fait l’originalité de son école. / While dealing with the history of State Education for boys at large, the study undertaken focusses on one particular case, that of Briançon, an Alpine town located in the north of the “Hautes-Alpes” district.Over centuries, Briançon and the surrounding area had the benefit of high levels of literacy along with a keen interest in teaching going back to the Middle Ages with the establishment of a specific political system commonly referred to today as the Escartons Republic (1343-1789). Under this Republic, a novel school system run by the town was created.Based on local history data as well as the collection of municipal school archives available in Briançon -which we filed in the process- and also drawing on departmental and national archives, our research allows us first of all to trace the beginnings of this local education system back to the Middle Ages and then to describe this vanguard school system while comparing it to other existing school systems in France under the Old Regime.Next, our study looks at what happened to this unique system once the 'Escartons' came to an end during the French Revolution. In the 19th century, when new laws allowed for schooling to be organised throughout the country, did the Briançon school system manage to retain some aspects of its structure and former specificity? Along with its primary education, the town of Briançon set up a broader school system by first adding a secondary school and then an upper primary school. Did those schools conform to ministerial directives or did they combine local specificity and national requirements ? The study shows that for the first half of the century, they kept aspects of what set them apart from other schools but that, as time went on, they tended to blend into the general system.It is the intention of this thesis to demonstrate how, for any given people, access to education can be an essential prerequisite on the road to freedom, at a time when education is still a privilege for some. In Briançon, paradoxically, when the republic became nationwide, it deprived its school system of the innovative spirit that had been its trademark.

Les glucane-saccharases sont des transglucosidases de la famille 70 des glycoside-hydrolases. A partir de saccharose, ces enzymes catalysent la synthèse d’alpha -glucanes, polymères de haute masse molaire formés d’unités glucosyle. Elles sont aussi capables de synthétiser des oligosaccharides ou glucoconjugués par réaction de transglucosylation sur des accepteurs exogènes de natures variées. De par la diversité de leurs spécificités, tant au niveau des liaisons osidiques synthétisées [alpha (1→2) ; alpha (1→3) ; alpha (1→4) ou alpha (1→6)] que de l’organisation de ces liaisons au sein des produits formés, ces biocatalyseurs peuvent être mis à profit pour produire des hydrates de carbones d'intérêt pour les secteurs de l'alimentation, de la santé et de l'environnement. L'objectif de ces travaux de thèse était de générer par ingénierie enzymatique de nouvelles glucane-saccharases capables de synthétiser des alpha -glucanes et des gluco-oligosaccharides de structures et propriétés innovantes, afin d’élargir le panel d'applications de ces molécules. Sur le plan fondamental, l'enjeu était aussi d'améliorer la compréhension des relations entre structure et spécificité des glucane-saccharases. Pour atteindre nos objectifs, nous avons utilisé une stratégie d'ingénierie combinatoire de la dextrane-saccharase DSR-S de Leuconostoc mesenteroides NRRL B-512F, qui catalyse la synthèse d’un dextrane formé à 95 % de liaisons alpha (1→6) et 5 % alpha (1→3). Le travail a tout d'abord consisté à développer une méthode de criblage multi-étapes et à haut-débit, pour isoler et trier les variants de spécificités de liaisons variées. La stratégie comprend une première étape de sélection in vivo sur milieu solide suivie d’un criblage par RMN 1D 1H automatisé au format microplaque. Il s'agit de la première méthode de criblage à haut-débit de la spécificité de liaison des transglucosidases et glycosyltransferases. Cette stratégie a ensuite été appliquée au criblage de deux banques de variants de la DSR-S, totalisant plus de 36 000 clones obtenus par mutagénèse de saturation et recombinaison simultanée de 8 résidus du domaine catalytique. Au total, 82 mutants capables de synthétiser entre 2 et 8 fois plus de liaisons alpha (1→3) par rapport à l’enzyme parentale ont été isolés. La caractérisation des propriétés catalytiques de sept mutants représentatifs de la diversité de spécificité générée a permis d’identifier un nouveau motif peptidique 460DYVHT464 impliqué dans la spécificité de DSR-S. Enfin, la caractérisation de la structure et des propriétés rhéologiques et mécaniques des dextranes synthétisés par ces 7 mutants a mis en évidence les différences de taille et de conformation de ces macromolécules en solution et révélé l’aptitude du polymère synthétisé par le variant H463R/T464V/S512T à former des films bio-sourcés innovants, dont les propriétés mécaniques sont remarquables en comparaison de celles d'autres biopolymères extraits de plantes ou produits par fermentation / Glucansucrases are transglucosidases from glycoside hydrolase family 70. From sucrose, these enzymes catalyse the synthesis of alpha -glucans, high molecular weight polymers formed of glucosyl units. Glucansucrases are also able to synthesize oligosaccharides or glucoconjugates by transglucosylation reaction onto various exogenous acceptors. Due to the large specificity, in terms of osidic linkages synthesized [alpha (1→2); alpha (1→3); alpha (1→4) or alpha (1→6)] and their organization within the formed products, these biocatalysts can be used to produce carbohydrates of interest in food, health and environment fields. The aim of this research work was to generate, by enzyme engineering, new glucansucrases able to synthesize alpha -glucans and gluco-oligosaccharides with novel structures and properties, to enlarge applications of these molecules. At fundamental level, the work was to improve the understanding of the relationships between structure and specificity of glucansucrases. To reach our objectives, we used a combinatorial engineering strategy on the dextransucrase DSR-S of Leuconostoc mesenteroides NRRL B-512F, which catalyses the synthesis of a dextran formed by 95 % of alpha (1→6) and 5 % alpha (1→3) linkages. The work consisted first in the development of a multi-step high throughput screening methodology to sort out and isolate variants with altered linkage specificities. The strategy includes a first stage of in vivo selection on solid medium followed by an automated 1D 1H NMR-based screening using microplates. To date, this is the first high-throughput screening method for linkage specificity determination of transglucosidases and glycosyltransferases. This strategy was applied to the screening of two DSR-S variants libraries, totalizing more than 36,000 clones obtained by saturation mutagenesis and simultaneous recombination of 8 residues from the catalytic domain. Eighty two mutants able of synthesize 2 to 8 times more alpha (1→3) linkages compared to the parental enzyme were isolated. The characterization of the catalytic properties of 7 representative mutants enabled the identification of a new peptide motif 460DYVHT464, involved in DSR-S specificity. Finally, the characterization of structural, rheological and mechanical properties of dextrans synthetized by these 7 mutants highlighted the differences in size and conformation of these macromolecules in solution and revealed the capacity of the polymer synthesized by H463R/T464V/S512T variant to form biofilms, whose mechanical properties are remarkable in comparison to those of other biopolymers extracted from plants or produced by fermentation.