Esta dissertação de mestrado trata do processo de transcrição para violão solo dos movimentos Tempo di Ciaccona e Fuga, da Sonata para violino solo (1944) de Béla Bartók. O primeiro capítulo contempla análises estruturais básicas dos movimentos Tempo di Ciaccona e Fuga, assim como o histórico da Sonata para violino solo e uma breve abordagem sobre a vida e obra musical de Bartók. Também é apresentado neste capítulo um apanhado das edições e transcrições da Sonata para violino solo, além de uma coleta de dados sobre transcrições para violão de outras obras de Bartók. O processo de transcrição é abordado no segundo capítulo por meio de comparações entre os recursos instrumentais específicos do violão e do violino, levando-se em conta também outros procedimentos usados em transcrições para violão solo de obras originalmente compostas para violino ou violoncelo solo por Johann Sebastian Bach. A transcrição para piano do próprio Bartók de alguns de seus Quarenta e quatro duos para dois violinos também foi tomada como processo análogo a ser observado em nossa transcrição. No terceiro e último capítulo desta dissertação encontra-se nossa edição da transcrição para violão solo de Tempo di Ciaccona e Fuga de Béla Bartók. / The present dissertation deals with the process of transcription for guitar of Tempo di Ciaccona and Fuga from the Sonata for solo violin (1944) by Béla Bartók. The first chapter introduces essential structural analysis of the movements of Tempo di Ciaccona and Fuga, as well as the historical background of the Sonata for solo violin, and a brief study of the life and musical work of Bartók. It also presents a review of the editions and transcriptions of the Sonata for solo violin, apart from a collection of data about guitar transcriptions of other works by Bartók. The transcription process is approached in the second chapter through comparisons with the violin and the guitar specific instrumental resources, taking in account also other procedures used in guitar transcriptions of works composed for cello or solo violin by Johann Sebastian Bach. Bartóks own piano transcription of some of his Fourty-four Duos for two violins was also taken as an analogous process to be observed in our transcription. In the third and last chapter of this dissertation we present an edition of our transcription for solo guitar of Tempo di Ciaccona and Fuga by Bartók.

Sérgio Rebello Abreu e seu irmão Eduardo Abreu se notabilizaram como dois dos maiores violonistas em atividade nos anos 60-70. A carreira do duo se interrompeu em aproximadamente 1975 e Sérgio Abreu prosseguiu como solista e camerista até 1981. O impacto que eles causaram no meio musical permanece até hoje, mas sua contribuição não foi analisada sistematicamente. Este trabalho, portanto, versa sobre a herança histórica de Sérgio Abreu, que trabalhou por mais tempo com o violão e era o encarregado das transcrições tocadas pelo Duo, através de suas transcrições e gravações. A fim de contextualizar a transcrição no panorama da história do violão, visitamos a história da transcrição no contexto do desenvolvimento do instrumento desde o Renascimento até o Classicismo, a partir de onde detalhamos mais a análise histórica, e deste ao século XX. Esse panorama procura construir o discurso da reabilitação da prática da transcrição como procedimento válido artisticamente, desde que devidamente contextualizado. Procura, no duplo contexto da história das transcrições e da herança histórico-poética, demonstrar em que elementos musicais se encontram as referências poético-musicais que confluem para o trabalho do Duo Abreu, a saber, Miguel Llobet, Emílio Pujol, Andrés Segovia e Monina Távora. A partir de uma análise de algumas de suas transcrições e de suas gravações, tenta-se recompor a inteligibilidade da poética musical na qual se modelaram as interpretações do Duo Abreu, relacionando para isso a idéia de historicidade com o processo de produção musical, da maneira como nos foi compreendida pelas leituras de Pareyson (Os problemas da estética) e Heidegger (A origem da obra de arte). Discute também a relação entre a reflexão acadêmica e a práxis artística, procurando e sugerindo caminhos, através da análise das transcrições e do legado fonográfico de Sérgio e Eduardo Abreu, para uma superação dessa dicotomia e para o pensamento de uma integração entre as esferas de trabalho dessas duas instâncias. / Sérgio Rebello Abreu and his brother Eduardo Abreu became famous as the two greatest guitarists in activity in the 60 and 70s. Their dual career came to an end around 1975 and Sérgio Abreu went on as a soloist and chamberist up until 1998. Their impact on the musical scene has remained to these days but their contribution has not been systematically analysed. This paper is about Sérgio Abreus legacy, which worked more time in music and had the responsibility of transcriptions and the repertoire, through his transcriptions and recordings. In order to contextualize transcription in the framework of the guitars history, we revisit the history of transcription throughout the development of this instrument from the Renaissance to the Classical Era and from then to the twentieth century. This overview tries to construct the speech for the rehabilitation of the practice of transcription as an artistically valid art procedure, granted that it is duly contextualized. In the context of the history of transcriptions, this overview points out the musical elements on which the poetical-musical references of the Abreu Duo are based, that is, Miguel Llobet, Emílio Pujol, Andrés Segovia and Monina Távora. Based on the analysis of some of their transcriptions and recordings, this paper tries to reconstruct the intelligibleness of the musical poetry on which the Abreu Duos interpretations were modeled by relating the idea of historicity to the process of musical production, according to the teachings of Pareyson (Os problemas da estética) and Heidegger (A origem da obra de arte). Through the analysis of Sérgio and Eduardo Abreus transcriptions and phonographic legacy, this paper also discusses the relationship between academic thinking and the art praxis, searching for and suggesting ways to overcome this dichotomy and integrate the work of these two areas.

O emprego da metodologia de microarranjos no estudo do câncer tem permitido a identificação de genes com alterações em seus perfis de expressão, os quais estão direta ou indiretamente envolvidos na etiologia dessa doença. O crescente número de publicações de experimentos de expressão gênica em repositórios de dados de microarranjos demonstra que, em geral, a limitação não está na quantidade ou qualidade desses experimentos, mas no processamento desses dados. Dessa forma, há a necessidade de desenvolver metodologias de bioinformática que sejam capazes de analisar tais perfis de forma integrada, incluindo no contexto da análise, dados provenientes de outros experimentos. O desenvolvimento do câncer tem sido associado principalmente a distúrbios nos mecanismos de controle do ciclo celular, cujas vias são dependentes de uma maquinaria transcricional e de seus elementos regulatórios; entre estes últimos, os fatores de transcrição (FTs) têm sido estudados como potenciais alvos para a terapia molecular. No presente trabalho, um conjunto de dados de microarranjos realizados a partir de amostras de glioblastoma foi obtido em repositórios públicos (GEO e ArrayExpress). O teste estatístico SAM foi aplicado aos dados e os genes diferencialmente expressos (FDR 0,05), induzidos em glioblastoma (1.830 genes), foram submetidos a uma análise de associação a FTs (programa FatiGO+), a qual associou os FTs HNF1A, IRF7 e E2F (p 0,05) aos genes induzidos. Adicionalmente, a lista de genes foi submetida a uma análise de associação a um banco de dados de assinaturas transcricionais do software TBrowser, extraídas de diversos experimentos de microarranjos do GEO. Como resultado, 7.910 assinaturas foram associadas (p 0,01), sendo que as cem primeiras também foram relacionadas a FTs por meio de ferramentas disponibilizadas no próprio TBrowser. Os FTs E2F1 e E2F4 foram associados a mais de 80% das assinaturas analisadas. Dessa forma, ambas as análises apontaram o FT E2F, mais especificamente E2F1 e E2F4, como associados à lista inicial de genes fornecida pelo SAM. A expressão de E2F1 e E2F4 foi avaliada por meio da técnica de RT-PCR quantitativa em tempo real em amostras de RNA de sete linhagens de glioblastoma (T98, U251, U138, U87, U343, MO59J e MO59K). Interessantemente, ambos os genes foram apontados como superexpressos em todas as linhagens, a maioria com significância estatística. A família de FTs E2F apresenta papéis importantes no controle da proliferação celular e apoptose. Alguns membros atuam como oncogenes, e outros, como genes supressores de tumor, dependendo do contexto molecular nos quais se encontram. Muitos trabalhos da literatura têm apontado a importância desses FTs, especialmente E2F1, no processo de itumorigênese. Com base nos resultados obtidos no presente trabalho, o status de expressão (indução) de E2F1 e E2F4 é provavelmente associado ao glioblastoma. Esses FTs podem influenciar a expressão de uma série de genes cruciais, frequentemente alterados nessa doença, o que ainda requer um estudo mais detalhado, visando à validação desses FTs como biomarcadores, ou até mesmo como alvos moleculares que possam ser empregados no estabelecimento de novas modalidades de terapias. / The application of DNA microarrays in cancer research has provided the identification of abnormal expression profiles of a series of genes, which may be directly involved in the etiology of such disease. The increasing number of publications related to gene expression profile in microarray repositories has demonstrated that the limitation of such experiments is not associated with the quantity neither the quality of such experiments, but with data processing. Therefore, there is a great interest in the development of methodologies in bioinformatics that allow the integrated analysis of such profiles, including data set from other experiments. Cancer development has been associated mostly with changes in cell cycle control, whose intracellular pathways are dependent on the transcriptional machinery. Regulatory elements involved in transcription, which include transcriptional factors (TFs), can be potential targets for molecular therapy. In the present study, a set of microarray data achieved from glioblastoma samples were obtained from public repositories (GEO and ArrayExpress). Data were submitted to statistical analysis using SAM, and 1,830 up-regulated genes (FDR 0.05) were submitted to TFs association analysis (FatiGO+ program). Those genes were associated to the TFs HNF1A, IRF7 and E2F (p 0.05). Moreover, the set of genes was submitted to a transcription signature bank data association analysis using the software TBrowser, extracted from GEO, which provided a wide range of data sets from microarray experiments. The analysis led to 7,910 associated signatures (p 0.01); out of them, the first 100 were related to TFs according to the tools available in TBrowser. The TFs E2F1 and E2F4 were associated to more than 80% from the analyzed signatures. Therefore, both analysis suggested that the TF E2F, specifically E2F1 and E2F4, were associated to the initial gene set obtained by the SAM analysis. The expression of E2F1 and E2F4 was evaluated by quantitative real-time PCR using RNA samples from seven glioblastoma cell lines (T98, U251, U138, U87, U343, MO59J and MO59K). Interestingly, both genes were found up-regulated in all cell lines. The E2F TFs family members present important roles in cell proliferation control and apoptosis. Depending on the molecular context involved, some members act as oncogenes and others as tumor suppressor genes. A great number of studies has suggested the importance of such TFs , specially E2F1, in the tumorigenesis process. According to the present results, the expression status (induced) of E2F1 and E2F4 may be associated with glioblastoma. These TFs may influence the abnormal expression of important genes in cancer, even though detailed studies should be necessary in order to validate these TFs as biomarkers or molecular targets for therapeutical intervention.

Introdução: A hipóxia tumoral tem papel de fator prognóstico independente, estando relacionado a fenótipo mais agressivo, com maior capacidade de proliferação, invasão e disseminação metastática, além de maior resistência ao tratamento sistêmico e à radioterapia. As alterações do microambiente decorrente do baixo nível de oxigênio pode levar a formação de células tronco tumorais (CTTs) em células de câncer de mama, que são identificadas através da expressão de aldeído desidrogenase (ALDH1A1). Modelos experimentais para estudo da influência da hipóxia no desenvolvimento e progressão do câncer demonstram dados inconclusivos e controversos e estão limitados a modelos in vitro e modelos in vivo que submetem os camundongos a estado de hipóxia sistêmica. Em nosso estudo, desenvolvemos um modelo in vivo para estudar se o estado de hipóxia controlado, direcionado ao local do tumor, pode induzir a formação de CTT em câncer de mama de camundongos. Métodos: células da linhagem 67 NR foram introduzidas dentro do córtex renal de fêmeas de camundongos BALB/c. Foi colocado um clipe de aneurisma no hilo renal por 60 minutos para provocar hipóxia direcionada ao local do tumor. Os camundongos foram sacrificados após 24 horas ou 7 dias da hipóxia e foi realizada análise histológica para confirmar as mudanças induzidas pela isquemia na córtex renal e tumoral. Realizada dissecção tumoral microscópica e RT-PCR para análise da expressão CA9, HIF1A, HIF2A, Slug, SOX 9 e ALDHA1(TaqMan® Gene Expression Assay) no grupo controle e da hipóxia. TBP e HPRT foram os genes housekeeping e o crescimento in vitro de linhagem de células 67NR, usado como referência. Resultados: Todos os camundongos enxertados com células 67NR no cortex renal desenvolveram tumores locais. Foi observada necrose tubular aguda (NTA), decorrente da hipóxia tecidual direcionada. Os genes foram diferentemente expressos, comparando com as linhagens celulares. Notamos aumento significativo da ativação da via da hipóxia por aumento da expressão gênica de CA9, HIF1A e HIF2A. Ocorreu uma modulação para formação de CTTs. Obervamos aumento de 2,9 e de 5,7 respectivamente, na expressão de SLUG, relação SLUG/SOX9 após 24 horas de hipóxia, redução de 2,7 vezes na expressão de SOX9 e não houve aumento na expressão de ALDH1. Entretanto, houve aumento de 2,1 vezes na expressão de ALDH1 7 dias após a hipóxia. Conclusão: Houve aumento da expressão de Slug e Slug/SOX9 precocemente ao aumento da expressão de ALDH1, em ambiente de hipóxia tumoral, o que sugere que há probabilidade de participação de Slug e SOX9 na formação de CTTs / The tumoral hypoxia is an independent prognostic factor in many solid malignat tumors. Low oxygen tension has been related to more aggressive phenotype, greater proliferation capacity, increased invasiveness and metastatic dissemination, and resistance to systemic treatment and radiotherapy. Changes in the microenvironment due low oxygen level lead to cancer stem cells formation (CSC) in breast câncer. The aldehyde dehydrogenase (ALDH1) cellular expression has been decribed as a CSC marker. Experimental models to study the influence of hypoxia on the development and progression of cancer have shown inconclusive and controversial data and are restricted to models in vitro and in vivo models in mice undergoing a state of systemic hypoxia. In our study, we developed an in vivo model to study whether the state of hypoxia controlled targeted to the tumor site may induce the formation of CSC in breast cancer in mice. Methods: 67 NR lineage cells were engrafted into the renal cortex of female BALB / c mice. Aneurysm clip was placed in the renal hilum for 60 minutes to induce hypoxia targeted to the tumor site. Mice were sacrificed after 24 hours or 7 days of hypoxia, and histological analysis was performed to confirm ischemia-induced renal cortex changes. Tumors were microdissected and RT-PCR was carried out to analyze the expression of CA9, HIF1A, HIF2A, Slug, Sox 9 and ALDHA1 genes (TaqMan® Gene Expression Assay) in the control and hypoxia groups. TBP and HPRT were used as housekeeping genes and the cell lines 67NR gowing in culture plate was used as reference. Results: All mice engrafted with cells in the renal cortex 67NR developed local tumors. Acute tubular necrosis (ATN) was observed, resulting from the targeted tissue hypoxia. The genes were expressed differently, compared with cell lines. We notice a significant increase in activation of the hypoxia by increased gene expression of CA9, HIF1A and HIF2A, 24 hours after renal tumor ischemia. There was increased by 2.9 and 5.7 fold, respectively, in the expression of SLUG and SLUG/SOX9, no difference in ALDH1 and reduced by 2.7 fold in the expression of SOX 9, 24 hours after ischemia.There was increased by 2.1 fold in ALDH1 expression 7 days after ischemia. Conclusion: There was increased in expression of SLUG and SLUG/SOX9 early expression of ALDH1 in tumor hypoxia environment. This suggests are likely SLUG and SOX9 have role in cancer stem cell transformation

Orientadores: Sérgio Roberto Peres Line, Marcelo Rocha Marques / Texto em português e inglês / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-24T17:45:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ribeiro_MarianaMartins_D.pdf: 2903322 bytes, checksum: 9e0e5e91a22262495ca9bf8ae1d84cec (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: G-Quadruplexes são estruturas secundárias presentes nas moléculas de DNA e RNA, os quais são formados pelo empilhamento de G-quartetos (interação de quatro guaninas (G-tratos) delimitadas por ligações de hidrogênio do tipo Hoogsteen. O intron 1 do gene PAX9 humano tem um G-quadruplex formado na região localizada perto do exon 1, que é conservada entre os mamíferos placentários. Análises de Dicroísmo Circular (CD), e CD melting mostraram que estas sequências são capazes de formar estruturas quadruplex altamente estáveis. Devido à proximidade da estrutura quadruplex ao limite éxon-íntron foi utilizado um ensaio validado de splicing duplo repórter e PCR em tempo real para analisar o seu papel na eficiência de splicing. O quadruplex humano mostrou ter um papel chave na eficiência de splicing do íntron 1 do gene PAX9, já que uma mutação que aboliu a formação do quadruplex diminuiu drasticamente a eficiência de splicing. O quadruplex de rato, menos estável, mostrou menor eficiência quando comparado com sequências humanas. Além disso, o tratamento com 360A, um forte ligante que estabiliza estruturas quadruplex, aumentou ainda mais a eficiência de splicing do íntron 1 do PAX9 humano. Em conjunto estes resultados fornecem evidências de que as estruturas de G-quadruplex estão envolvidas na eficiência de splicing do intron 1 do gene PAX9 / Abstract: G-Quadruplex are secondary structures present in DNA and RNA molecules, which are formed by stacking of G-quartets (i.e. interaction of four guanines (G-tracts) bounded by Hoogsteen hydrogen bonding). Human PAX9 intron 1 has a putative G-quadruplex- forming region located near exon 1, which is conserved among placental mammals. Using Circular Dichroism (CD) analysis, and CD melting we showed that this region is able to form highly stable quadruplex structures. Due to the proximity of the quadruplex structure to exon-intron boundary we used a validated double reporter splicing assay and real time PCR to analyze its role on splicing efficiency. The human quadruplex was shown to have a key role on splicing efficiency of PAX9 intron 1, as a mutation that abolished quadruplex formation decreased dramatically splicing efficiency. The less stable, rat quadruplex had a less efficient splicing when comparing to human sequences. Additionally, the treatment with 360A, a strong ligand that stabilizes quadruplex structures, further increased splicing efficiency of human PAX9 intron 1. Altogether these results provide evidences that G-quadruplex structures are involved in splicing efficiency of PAX9 intron 1 / Doutorado / Histologia e Embriologia / Doutora em Biologia Buco-Dental

Orientadores: Marcelo Menossi Teixeira, Augustina Gentile / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-22T18:33:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Feltrim_Daniela_M.pdf: 2255232 bytes, checksum: c1f34d09fda3a2de4f7c62d0c7b9ec71 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: O presente trabalho possui como objetivo caracterizar fisiológica e funcionalmente um gene de milho que têm expressão relacionada com a tolerância ao cultivo em solo ácido contendo níveis tóxicos de alumínio (Al). Este gene, denominado Zmwrky69, foi identificado na linhagem de milho Cat100-6, tolerante ao Al (Mattiello et al., 2010). A análise da sequência da proteína ZmWRKY69 indica que ela pertence ao grupo III dessa família de fatores de transcrição, apresentando o motivo WRKYGKQ na região amino terminal e o motivo dedo de zinco Cx7Cx23HxC na região carboxi terminal. A proteína ZmWRKY69 está localizada no núcleo, conforme inferido por ensaio de localização subcelular em epitélio de cebola empregando uma fusão da proteína de milho com a proteína verde fluorescente (GFP). Ensaios de duplo híbrido em levedura indicam que a proteína ZmWRKY69 interage com um receptor de giberelina, uma proteína envolvida com a regulação por auxinas e uma proteína com função desconhecida. Plantas transgênicas de tabaco superexpressando Zmwrky69 apresentaram menor inibição do crescimento radicular na presença de Al, comparativamente às plantas selvagens. Esses resultados indicam que o gene Zmwrky69 codifica um fator de transcrição que apresenta um papel importante na tolerância ao Al em milho / Abstract: The objective of the present work is to characterize a gene differentially expressed in the maize inbred line Cat100-6 (aluminum tolerant) grown in acidic soil containing toxic levels of aluminum. This gene called Zmwrky69 was identified in the aluminum tolerant Cat100-6 inbred line (Mattiello et al., 2010). The sequence analysis of the ZmWRKY69 protein indicated that it belongs to the group III of this transcription factor family classification. The protein has the motif WRKYGKQ in the amino terminal region and a zinc finger motif Cx7Cx23HxC in the carboxi terminal region. This protein is localized in the nucleus as inferred by subcellular localization in onion epidermis using a maize protein fused to the Green Fluorescent Protein (GFP). Yeast two-hybrid essays indicate that the protein ZmWRKY69 interacts with a gibberellin receptor, a protein involved in auxin regulation and a protein with an unknown function. Transgenic tobacco plants overexpressing Zmwrky69 presented a lower degree of root growth inhibition in the presence of Al compared to wild type plants. These results indicate that Zmwrky69 gene encodes a transcription factor that presents an important role in Al tolerance in maize / Mestrado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Mestra em Genética e Biologia Molecular

Orientador: Fernando Ferreira Costa, Anderson Ferreira da Cunha / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-19T03:48:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Roversi_FernandaMarconi_D.pdf: 5784395 bytes, checksum: 4e1e1ded09d5938eb022c7a3e3dbc2e5 (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: Durante o desenvolvimento ontogenético, ocorrem alterações na expressão dos genes das globinas, caracterizando o switching de hemoglobina. Após o nascimento há o silenciamento do gene da globina ? concomitante à ativação do gene da globina ?. Todavia, algumas deleções gênicas no grupamento dos genes das globinas e algumas mutações de ponto no promotor do gene da globina ? são responsáveis pela expressão continuada do gene da globina , resultando em níveis elevados de hemoglobina fetal (HbF) na vida adulta, caracterizando, respectivamente, a Persistência Hereditária de Hemoglobina Fetal delecional e a não delecional (ndPHHF). A mutação de ponto C?G na posição -195 do promotor do gene da globina ?A caracteriza a ndPHHF tipo Brasileira (ndPHHF-B), com aumento nos níveis de HbF entre 6% e 16%. Todavia, o mecanismo molecular responsável pela reativação do gene da globina ?A na ndPHHF-B não está elucidado. Estudos anteriores demonstraram que na ndPHHF tipo Brasileira (-195) a elevação nos níveis de HbF não é mediada pelo aumento na afinidade com o fator de transcrição SP1, como ocorre na ndPHHF-B tipo Inglesa (-198). Na tentativa de compreender o mecanismo responsável pelo fenótipo de ndPHHF-B, buscamos identificar outros fatores de transcrição envolvidos na reativação do gene da globina ?A nessa ndPHHF-B. Os resultados obtidos através de ensaios de Array DNA-proteína, EMSA e ChIP mostraram uma alteração na interação de dois fatores de transcrição: NF-E1/YY1 e PAX1. A mutação -195 C?G abole o sítio de ligação para o NF-E1/YY1 e aumenta a interação do PAX1, um ativador da transcrição, com o promotor do gene da globina ?A , possivelmente levando à reativação desse gene. Também investigamos o possível envolvimento de outros genes que poderiam estar relacionados à manutenção dos níveis elevados de HbF, construindo Bibliotecas Subtrativas Supressivas para identificar transcritos diferencialmente expressos em reticulócitos de portadores de ndPHHF-B. Os resultados apontam para uma possível participação do gene MIER1 no switching da hemoglobina fetal para a adulta, uma vez que esse gene, responsável pelo remodelamento de cromatina e consequente silenciamento gênico, apresentou expressão diminuída em portadores de ndPHHF-B. Identificamos ainda outro gene, o KLF1, com expressão diminuída nesses indivíduos, o que pode favorecer a interação entre o gene da globina ?A e o LCR. Nossos resultados fornecem a primeira evidência in vitro do provável mecanismo molecular envolvido na reativação do gene da globina ?A na ndPHHF tipo Brasileira / Abstract: Hemoglobin switching occurs after birth resulting in a decrease in gamma globin gene expression. Although, some single point mutation in this gene are able to maintain its expression during adult life, leading to increased production of fetal hemoglobin (HbF) which characterize the non deletion Hereditary Persistence of Fetal Hemoglobin (ndHPFH). Among these, the Brazilian type of ndHPFH corresponds to the C?G substitution at the -195 position of the A gamma globin gene. However, the molecular mechanism responsible for this phenotype still unclear. In contrast to the British ndHPFH type (-198), where the mechanism responsible for the increase of HbF levels is mediated by the raising in the affinity for the SP1 transcription factor, the Brazilian ndHPFH mutation does not affect Sp1 binding. In order to elucidate this mechanism, we tried to identify others transcription factors involved in the reactivation of the A gamma globin gene in the Brazilian ndHPFH. Alterations in the binding of two transcription factors were identified by DNA-protein Array, EMSA and ChIP: NF-E1/YY1 and PAX-1. Our results suggest that the -195C?G in the A gamma globin promoter may abrogate NF-E1/YY1 binding and increase PAX-1 binding in this DNA region, probably resulting in the reactivation of this gene. We also investigate others genes that may be involved in hemoglobin switching and/or maintenance of elevated HbF levels in Brazilian ndHPHF using Suppression Subtractive Hybridization Library to identify transcripts that are differentially expressed in reticulocytes of ndHPFH Brazilian subjects. MIER1 expression was found to be decreased in Brazilian ndHPFH reticulocytes, compared to controls. The MIER1 gene is able to chromatin-remodeling leading to the formation of heterochromatin and, consequently, silencing genes. This MIER1 may be an important gene in gamma to beta globin gene switching, where it could help in the maintenance of a closed chromatin structure in the gamma globin gene in individuals with low HbF levels. Another gene identified was KLF1 which expression was decreased in Brazilian HPFH and favors the interaction between the A gamma globin gene and the LCR. These results provide the first in vitro evidence for the possibly molecular mechanism of reactivation of the A gamma globin gene in Brazilian nHPFH. / Doutorado / Biologia Estrutural, Celular, Molecular e do Desenvolvimento / Doutor em Fisiopatologia Medica

Orientadores: Sergio Roberto Peres Line, Marcelo Rocha Marques / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-20T05:35:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Andrade_SimoneCaixetade_D.pdf: 127365203 bytes, checksum: 4736aaa809aadf03b1ad27e52dbb8b30 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: A dentição não é somente o maior componente do complexo crânio facial dos mamíferos, mas um modelo útil de desenvolvimento, combinado em um sistema de um único órgão, onde ocorrem fenômenos de organização espacial, simetria, aquisição de formas complexas e citodiferenciação órgão-específica. Durante os primeiros estágios do desenvolvimento do dente ocorre uma série de interações entre o epitélio oral e mesênquima, por meio de diferentes moléculas sinalizadoras ao longo do futuro processo alveolar. Bmp4 atua ativando Msx1 na região de incisivos e molares e restringe a ação de Barx1 apenas na região dos molares. A interação entre o sinal mesenquimal Bmp4 e o sinal epitelial Shh faz parte dos primeiros eventos da formação do germe dentário no estágio botão. As fases seguintes são os estágios capuz e sino. Mutações nos genes Msx1 e Barx1 impedem o desenvolvimento do germe dentário além do estágio botão. Para o gene Msx1 essa condição é permanente, enquanto para Barx1 é temporal e o crescimento do germe dentário é retomado após o estágio E14.5 em camundongos. O objetivo desse trabalho é investigar a interação genética entre Msx1 e Barx1 no desenvolvimento do primeiro molar inferior na fase sino (E16.5) e qual a influência da ausência do gene Msx1 na dimensão das estruturas vestigiais MS, R2 e do primeiro molar inferior nas fases botão (E13.5) e sino (E16.5). Esse estudo também se propôs a avaliar se genes Barx2, Barhl1 e Barhl2 estariam expressos em botões de molares inferiores (E13.5). Os resultados indicaram que na ausência completa de Barx1, um único alelo de Msx1 não é suficiente para promover a evolução do botão dentário a capuz em camundongos E16.5 Barx1;Msx1 e não houve expressão de Bmp4 nesses camundongos. A expressão nula dos genes Barx2, Barhl1 e Barhl2 em botões de molares inferiores em camundongos wild-type E13.5 indica que genes da família Bar não possuem nenhum papel no desenvolvimento de molares inferiores. Ainda, dados alométricos de Msx1-/- (E13.5 e E16.5) indicam que a mutação no gene Msx1 e consequente ausência de expressão de Smad1-5-8 e Shh não impede o crescimento no sentido proximal-distal. Conclui-se que existe interação entre Barx1 e Msx1. Barx1 é necessário para controlar os níveis de expressão de Bmp4. Barx2 possivelmente desempenha um papel importante na morfogênese de pré-molares e incisivos inferiores. O atraso no desenvolvimento dos molares inferiores de camundongos Msx1-/- é permanente ao estágio botão, contudo, os botões dentários destes camundongos continuam a exibir um crescimento no sentido proximal-distal no estágio E16.5 / Abstract: The dentition is not only the largest component of the craniofacial complex of mammals, but a useful model of development, combined in a single organ system, where phenomena of spatial organization, symmetry, complex shape acquisition and organ-specific cytodifferentiation occur. During the early stages of tooth development, series interactions take place between oral epithelial and mesenchyme by different signalling molecules along the future alveolar process. Bmp4 acts by activating Msx1 in the region of incisors and molars and it restricts the action of Barx1 only to the molars' region. The interaction between mesenchymal Bmp4 signal and Shh epithelial signal is part of the first events of tooth germ formation at the bud stage. The next stages are cap and bell. Mutations in Msx1 and Barx1 genes inhibit the development of the tooth germ beyond the bud stage. For the Msx1 gene, this condition is permanent, while for Barx1 is temporal and the growth of tooth germ is retaken after stage E14.5 in mice. This study investigates the genetic interaction between Msx1 and Barx1 in the first lower molar development at the bell stage (E16.5), the effect of the absence of Msx1 gene in the size of the vestigial structures MS, R2 and first lower molar bud (E13.5) and bell (E16.5). This study also aimed to assess whether Barx2, Barhl1 and Barhl2 genes were expressed in lower molars buds (E13.5). The results indicated that in the complete absence of Barx1, a single allele of Msx1 is not sufficient to promote the development of tooth bud to cap in E16.5 Barx1;Msx1 mice, and there was no expression of Bmp4 in these mice. The null expression of Barx2, Barhl1 and Barhl2 genes in lower molar buds in E13.5 wild-type mice indicates that genes of the Bar family do not exert any role in the development of lower molars. Still, allometric data on Msx1-/- (E13.5 and E16.5) indicates that Msx1 gene mutation and consequently the absence of Shh and SMAD1-5-8 expression do not prevent growth towards proximal-distal. It is concluded that there is interaction between Barx1 and Msx1. Barx1 is necessary to control the expression levels of Bmp4. Barx2 might play a role in the lower premolars and incisors morphogenesis. The delayed development of Msx1-/- lower molars is permanent at the bud stage, however, the tooth buds of these mice continue to exhibit growth towards proximal-distal at E16.5 stage / Doutorado / Histologia e Embriologia / Doutor em Biologia Buco-Dental

Submitted by Amauri Alves (amauri.alves@ufv.br) on 2015-11-16T12:06:02Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 878278 bytes, checksum: a5bc538eab025dbd1c8aa2ee43aee778 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-16T12:06:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 878278 bytes, checksum: a5bc538eab025dbd1c8aa2ee43aee778 (MD5) Previous issue date: 2014-07-23 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Na interação planta/patógeno, a modulação da transcrição gênica é fundamental para montar uma resposta de defesa eficaz nas células do hospedeiro.Os fatores de transcrição estão entre os principais alvos em plantas para o aumento da tolerância a estresses, uma vez que estas proteínas controlam a expressão de vários genes ao mesmo tempo. Membros da família de fatores de transcrição bZIP podem atuar na defesa contra patógenos. Apesar da função de bZIPs na defesa contra patógenos ser conhecida, poucos trabalhos caracterizaram bioquimicamente membros dessa família que participam de vias de defesa. O GmbZIPE2 (Glyma05g30170.1) é um membro do grupo E da família bZIP de soja, que é responsivo à infecção por Phakopsora pachyrhizi. Esse trabalho teve como objetivo principal caracterizar funcionalmente o transfator GmbZIPE2, mapeando cis-elementos que ele se liga, bem como genes responsivos a GmbZIPE2. A proteína GmbZIPE2 foi capaz de se ligar ao H-box, cis-elemento que é relacionado a patógenos. GmbZIPE2 induz genes de vias importantes para a defesa da planta, como CHS15-6 e PR-1. GmbZIPE2 reprime ANK1, um regulador negativo de morte celular. Os resultados desse trabalho indicam uma relação do fator de transcrição GmbZIPE2 na defesa da planta contra o ataque de patógenos. Maiores conhecimentos sobre o GmbZIPE2 pode contribuir com o conhecimento acerca da resposta da planta a estresse biótico e poderá ser útil para a obtenção de novos alvos para a modificação genética de cultivares. / In a plant/pathogen interaction, modulation of gene transcription is essential to mount an effective defense response in host cells. Transcription factors are among the major targets in plants for increasing stress tolerance, since these proteins control the expression of several genes simultaneously. Members of the bZIP family of transcription factors can act in defense against pathogens. Despite the role in defense against pathogens bZIPs be known, few studies biochemically characterized members of this family that participate in the process of defense. The GmbZIPE2 (Glyma05g30170.1) is a member of the bZIP E group of soybean, which is responsive to infection by Phakopsora pachyrhizi. The objective of this study was functionally characterize the transfator GmbZIPE2, mapping the cis-elements that it binds as well as the responsive genes of GmbZIPE2. The GmbZIPE2 protein was able to bind to the H- box cis-element is related to pathogens. GmbZIPE2 induces genes important for plant defense pathways, as CHS15-6 and PR-1. GmbZIPE2 represses ANK1, a negative regulator of cell death. The results of this study indicate a relationship of GmbZIPE2 transcription factor in plant defense against pathogen attack. Improved knowledge of the GmbZIPE2 can contribute to the knowledge of plant response to biotic stress and may be useful for obtaining new targets for genetic modification of crops.

Orientador: Claudio Alexandre Gobatto / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Educação Física / Made available in DSpace on 2018-08-27T03:03:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 MassellidosReis_IvanGustavo_D.pdf: 3926036 bytes, checksum: 3eda6aa62a61d88c274a00563e5b2943 (MD5) Previous issue date: 2015 / Resumo: Sabe-se que o estresse físico exerce uma função moduladora na expressão gênica dos MCTs 1 e 4 por meio de vias de sinalização moleculares aparentemente distintas envolvendo o co-ativador-1 'alfa' do receptor gama ativado por proliferador do peroxissomo (PGC-1?) e subunidade 1 'alfa' do fator induzível por hipóxia (HIF-1?) respectivamente. Apenas uma única sessão de exercício de resistência (endurance) está associada ao aumento na expressão do MCT1 e PGC-1?, mas não do MCT4, no músculo esquelético vasto lateral de humanos, enquanto o exercício intermitente de alta intensidade parece afetar ambos MCTs 1 e 4 além do PGC-1?. No entanto pouco se conhece sobre o efeito simultâneo do estresse físico sobre o HIF-1?, MCts 1 e 4 e PGC-1? em diferentes tecidos e tipos de fibra. É provável que tanto a expressão quanto a transcrição dos co-ativadores e fatores de transcrição envolvidos na modulação dos MCTs 1 e 4 frente ao estresse físico sejam afetadas pelas características da atividade e ainda variem de acordo com o tipo e especificidade do tecido analisado. Dessa forma, o objetivo desse estudo foi verificar o efeito agudo de uma única sessão de natação até exaustão ou de 30 minutos contínuos ou 25 minutos acumulados intermitentemente, em uma intensidade equivalente ou 20% superior a máxima fase estável de lactato, sobre a expressão gênica e conteúdo protéico dos HIF-1?, MCTs 1 e 4, PGC-1?, imediatamente, 2, 4 e 8 horas após a sessão de exercício, em tecidos chaves para metabolismo do lactato (fibras esqueléticas I e II, fígado, coração) de ratos. O exercício físico aumenta a expressão proteica e mRNA em relação ao grupo controle para maior parte dos genes que foram analisados, porém, não há diferenças entre os grupos exercitados independente do tecido e do protocolo utilizado. Com exceção do tecido hepático cuja apenas a expressão de PGC-1? mRNA é estimulada, uma única sessão de exercício induz diferentes respostas ao longo de 8 horas na expressão mRNA e conteúdo de HIF-1?, MCTs 1 e 4, PGC-1?. Uma sessão contínua de volume reduzido ou uma sessão intermitente em intensidade 20% superior a MFEL, resultam nas mesmas adaptações de uma sessão contínua de 30 minutos de duração em intensidade equivalente a MFEL / Abstract: It is known that physical stress plays a role on regulating the gene expression of MCTs 1 and 4 by distinct molecular signaling pathways involving the peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1 alpha (PGC-1?) and hypoxia inducible factor 1 alpha subunit (HIF-1?) respectively. Only a single endurance session is associated with increased expression of both PGC-1? and MCT1, but not of the MCT4 in the muscle vastus lateralis of humans, while the intermittent exercise of high intensity seems to affect, besides the PGC-1?, both MCTs 1 and 4. However, the knowledge about the simultaneously effect of the exercise stress on the HIF-1?, MCTs 1 and 4 and PGC-1? in different types of tissues and skeletal muscles is unknow. Probably, the transcription factors and the coativators involved in the exercise induced modulation of MCTs 1 and 4 can being differently affected by the exercise intensity and may vary according to the type and metabolic specificity of the tissue. Thus, the aim of this study was to investigate the acute effect of a single swimming session of 30 continuous minutes or 25 minutes accumulated intermittently or until exhaustion in the intensity equivalent or 20% higher than the maximum lactate steady state (MLSS), on the gene expression and protein content of HIF-1?, MCTs 1 and 4, PGC-1?, immediately, 2, 4 and 8 hours after, in key tissues to the lactate metabolism (skeletal muscle of type I and II, liver, heart) of rats. Physical exercise increased protein content and mRNA expression for most of the analyzed genes, however, there are no differences between the exercised groups independently of the tissue or protocol used. With the exception to liver, where only PGC-1? mRNA was stimulated, a single exercise bout induced different responses throughout 8 hours on mRNA expression and content of HIF-1?, MCTs 1 and 4, PGC-1?. Both, continuous or intermittent exercise, of reduced volume and in higher intensity (20%) results in similar responses of a continuous session of 30 minutes duration in the MLSS intensity / Doutorado / Biodinamica do Movimento e Esporte / Doutor em Educação Física