Mycoplasma hyopneumoniae, Mycoplasma flocculare e Mycoplasma hyorhinis são capazes de aderir e colonizar o trato respiratório de suínos. Enquanto a presença de M. flocculare é considerada assintomática, M. hyopneumoniae e M. hyorhynis são relacionados ao desenvolvimento de patologias. M. hyopneumoniae é o agente etiológico da pneumonia enzoótica suína e M. hyorhynis além dos pulmões pode atingir outros sítios e hospedeiros, estando relacionado a artrites, poliserosites e desenvolvimento de vários tipos de câncer em humanos. Apesar dos avanços tecnológicos na área de genômica, raros são os dados quanto ao papel de M. flocculare no trato respiratório suíno. Além do mais, informações relativas à transcrição gênica nessas espécies são escassas, apesar da importância desses microrganismos. Neste estudo são apresentados os dados da sequência do genoma de uma linhagem de M. flocculare, bem como do genoma de um novo isolado de M. hyopneumoniae. Com estas novas sequências foram realizadas análises de genômica comparativa visando a identificação de características que pudessem explicar os diferentes comportamentos quanto à patogenicidade dessas espécies. Além disso, a análise global dos transcritomas de cada uma das espécies foi realizada e o perfil transcricional entre M. hyopneumoniae, M. flocculare e M. hyorhynis foi analisado comparativamente objetivando identificar características peculiares para cada um dos mapas transcricionais, além de compreender a coordenação do modo de transcrição gênica em Mycoplasma. De um modo geral, as três espécies de Mycoplasma que habitam o trato respiratório suíno possuem grandes semelhanças na composição gênica, assim como na abundância de transcritos. A análise do repertório transcricional, mostra que os genomas são transcritos quase que em sua totalidade, incluindo as regiões intergênicas, nas três espécies. M. hyopneumoniae e M. flocculare apresentam conteúdo gênico e perfil transcricional muito semelhantes. Uma importante diferença encontrada entre estas duas espécies refere-se à presença exclusiva de genes e transcritos de adesinas específicas. M. hyorhynis possui genes e transcritos exclusivos, os quais sabidamente estão relacionados à sua capacidade mutacional, de invasividade e infecção de diferentes sítios. Por fim, a análise comparativa dos genomas, e a obtenção dos mapas transcricionais para M. hyopneumoniae, M. flocculare e M. hyorhynis, foram abordagens que resultaram em um grande número de informações, as quais são importantes para embasamento de futuros estudos de caracterização dos mecanismos moleculares, como os eventos de regulação da transcrição gênica, no gênero Mycoplasma. / Mycoplasma hyopneumoniae, Mycoplasma hyorhinis and Mycoplasma flocculare are able to adhere and to colonize the swine respiratory tract. While M. flocculare presence is virtually assymptomatic, M. hyopneumoniae and M. hyorhynis infections may cause respiratory disease. M. hyopneumoniae is the causative agent of swine enzootic pneumonia and M. hyorhynis may affect the lungs and other sites in a diversity of hosts and has been related to arthritis, poliserosites and to the development of several types of human cancer. Despite genomics technological advances, there are very few data about the possible role of M. flocculare in the swine respiratory tract. Moreover, little information about gene transcription is available in these species, despite the importance of these microorganisms. In this work the genome sequences of M. flocculare and a new isolate of M. hyopneumoniae are presented. A comparative genomic analyzes was performed to identify possible characteristics that may help to explain the different behaviors of these species in the swine respiratory tracts. Furthermore, a transcriptome map of each species was performed and a comparative transcriptional profile analysis between M. hyopneumoniae, M. flocculare and M. hyorhynis was undertaken to identify the exclusive features for each of the transcriptional maps, in addition to understanding the coordination mode of gene transcription in Mycoplasma. In general, the three Mycoplasma species that inhabit the swine respiratory tract have a similar gene composition as well as the abundance of transcripts. The transcriptome maps showed that most of the predicted genes are transcribed from these Mycoplasma genomes, as well as some intergenic regions. M. hyopneumoniae and M. flocculare present very similar gene content and transcriptional profile. However, an important difference between these two species is related to the exclusive presence of genes and transcripts of some specific adhesins. M. hyorhynis presents exclusive genes and transcripts that have been related to its invasiveness, mutation rate and infection of different sites. Finally, the comparative analysis of the genomes and transcriptional maps between M. hyopneumoniae, M. flocculare and M. hyorhynis have resulted in a large amount of information, which are important for future studies of the molecular characterization, as transcriptional regulation in the Mycoplasma spp.

Gliomas são os tumores cefálicos mais comuns na vida adulta, geralmente estão associados a um mau prognóstico. A forma mais agressiva, o Glioblastoma Multiforme (GBM) leva metade de seus pacientes a morte em 12 a 14 meses, e os tratamentos pouco ou nada melhoram esta expectativa. O desenvolvimento de terapias é bastante complexo, uma vez que se trata de um tumor com alta diversidade de células, devido a sua instabilidade genômica. Esta instabilidade interfere no equilíbrio “estequiométrico” da transcrição gênica, implicando alterações na proporção entre proteínas atuantes em um mesmo complexo. Analisando proteínas que participam de um mesmo processo sob uma perspectiva de redes (de interação proteica), pode-se analisar a probabilidade de fluxo de informação entre proteínas conectadas, ponderando pela correlação de expressão gênica, assumindo que altos valores de correlação (de expressão – entre duas proteínas) correspondem a uma maior a probabilidade de fluxo de informação entre elas. Utilizando-se de uma medida de entropia chamada entropia local de rede, é possível analisar a organização do fluxo de informação entre uma determinada proteína e as demais com quem esta se relaciona. O aumento nestes valores de entropia é proposto enquanto uma assinatura sistêmica de tumores, tendo sido primeiramente demonstrada em tumores gástricos, de pulmão, bexiga, pâncreas, fígado e do colo uterino. Compreender como a informação flui ao longo de redes de interação proteica em glioblastomas pode trazer novas perspectivas de tratamento deste tumor. Portanto, este trabalho visa avaliar: I se há aumento da entropia local de rede em glioblastomas quando comparados ao tecido sadio; II: quais os genes responderiam pelo maior aumento de entropia e qual o papel biológico destes genes (em que rotas ou processos biológicos estariam atuando), III: se estas rotas ou processos biológicos apresentam alterações de expressão gênica, e IV: se algum dos genes alterados em nível de transcrição possui associação com prognóstico. Foi verificado: I: que Glioblastomas apresentam um aumento significativo da entropia local de rede em comparação a condição fisiológica normal. II: que os genes de maior ganho de entropia atuam em (28) processos biológicos relacionados com a biologia tumoral; III que estes processos biológicos têm alterações transcricionais (quando comparados com a situação fisiológica normal) em alguns de seus genes; IV que dentre todos os genes diferencialmente expressos nos (28) processos biológicos indicados pelos genes de entropia alterada, os genes PAK6 e MYC tiveram correlação com sobrevida em ambas as coortes analisadas. No entanto ao estratificar por idade, verificamos que esta relação se mantinha apenas em pacientes com idade inferior a 50 anos, onde verificou-se que PLCB1, MAPK8, CDK6 e MYD88 também tinha correlação com sobrevida, enquanto a expressão de duas formas da cinase dependente de cálcio/calmodulina (CAMK2A e CAMK2B) associou-se a um prognóstico ruim. Um estudo ainda mais aprofundado destes genes, bem como de outras enzimas chave nos processos identificados são promissores no sentido do desenvolvimento de estratégias de combate a glioblastomas. / Gliomas are the most common form of brain tumor in adults, being generally associated with dismal prognosis. Glioblastoma Multiform (GBM) is the most aggressive glioma subtype and – despite the recent advances in therapy regimens and patient care – median survival remains between 12 and 14 months after diagnosis, and the treatment is basically palliative. The development of GBM therapy is a difficult task, given that GBM possesses high levels of genomic instability, which consequently promotes the formation of a variety of highly proliferative, invasive and chemoresistant cell phenotypes. Such a genomic instability in tumors potentially impact the “stoichiometric” balance between functionally related proteins, mostly due to changes in transcriptional activity with these entities. Analyzing protein relations under a protein interaction network perspective allow studying the informational flux probability between linked proteins. It means that linked proteins with positive correlation are more prone to information flux than negatively correlated links. The local network entropy is an index which measures the “disorder” of the informational flux between a protein and its neighbors. Increased local network entropy was recently shown as a systemic hallmark of diverse tumors. However, to best of our knowledge, there are no studies investigating the significance of local network entropy changes in brain tumors thus far. We believe that understanding the network informational flux, and the biological processes affect in this context, can bring new insights on the pathobiology and drugable pathways in GBM. In this study, we aimed to investigate; i) whether the local network entropy of GBM differs from normal brain tissues; ii) which genes displayed increases in entropy and what biological pathways or processes they are involved in; iii) if the identified biological processes/pathways carry differentially expressed genes and; iv) whether some of the differentially expressed belonging to highly entropic pathways are correlated with GBM patients survival. In view of such a aims, our results showed that: i) GBMs showed a significant increase in local network entropy values when compared to non-tumor brain tissues; ii) genes with high entropy played a role in 28 biological processes potentially related to GBM physiopathology; iii) Several genes with the identified pathways were found overexpressed or down-regulated in tumor versus normal brain tissues and; iv) amidst them, the expressions of PAK6, PLCB1, MAPK8, CDK6 e MYD88 predicted better prognosis, while overexpression of two Calcium/Calmodulin Kinase isoforms (CAMK2A e CAMK2B) were correlated to poor prognosis; an effect only observed in patients younger (<50 years-old) at the age of diagnosis. In summary, this study shows that local network entropy in combination with pathway enrichment analysis are a useful strategy to improve our knowledge on the biological alterations as well as genes relevant to prognosis in GBM under a systems biology perspective.

A infecção por citomegalovírus (CMV) tem efeito duradouro na distribuição dos subtipos de células T, mas pouco se sabe sobre o seu impacto na função celular. Foi realizada uma análise de expressão global gênica em células CD4+ purificadas em 38 recipientes de transplante de células tronco hematopoéticas (HSCT) (mediana de idade 48 anos; variação 20-65 anos) estudados em média cinco anos pós transplante (mediana 4.75 anos; variação 1-20 years). A população estudada incluiu 18 pacientes com GVHD crônico ativo (cGVHD) e 20 pacientes considerados tolerantes. Tolerância foi definida como ausência de sinais e sintomas de cGVHD, assim como ausência de tratamento imunossupressor (IST) por pelo menos 2 meses com seguimento de 1 ano sem tratamento imunossupressor. A expressão gênica foi medida por Illumina bead arrays. O seroestato do CMV foi definido pela sorologia pré transplante (por ELISA). Não havia evidência documentada de reativação do CMV no momento de coleta das amostras estudadas. Doze de 54 genes candidatos associados à função imune foram associados de maneira significativa com CMV+ em pacientes com cGVHD ativo (p<0.05) (PDCD-1; GZMH, IFNG, PRF1, CST7, IL18RAP, ITGAM, CTSW, ITGAL, GBP1, CDKN1B, CXCR4), sendo que somente três genes (CD14; CD86; IER3) foram associados a CMV+ entre os pacientes tolerantes. A expressão de PD-1 significativamente maior em pacientes CMV+ e com cGVHD ativo foi confirmada em uma população independente através de estudos de imunofenotipagem. Os pacientes CMV+/cGVHD ativos tiveram um perfil compatível com ativação de células T efetoras, não sendo detectado com a mesma intensidade em pacientes tolerantes e pacientes CMV-/cGVHD ativos. Tendo como objetivo a latência da infecção, o citomegalovírus tentará evadir-se das tentativas do sistema imune de depuração viral, criando modificações que vão desde mudanças nos subtipos de linfócitos até a remodelação de cromatina por uma série de enzimas e microRNA. O ambiente caracteristicamente inflamatório do cGVHD, a produção aumentada de citocinas, a terapia imunossupressora e a reconstituição imune defeituosa das células T podem aumentar o risco de reativação do CMV, mesmo indetectável, seguido por supra-regulação de genes relacionados à ativação de células T e função efetora. O gene PD-1 pode estar supra-regulado em ativação de células T e função efetora, mas tem papel essencial na prevenção da expansão e função das células T efetoras, sendo um candidato alvo para a prevenção e tratamento do cGVHD. Entender o impacto do CMV na regulação de PD-1 em pacientes com cGVHD seria instrumental na implementação de novas terapias; portanto mais estudos com populações maiores são necessários para entendermos o impacto da imunomodulação secundária à infecção prévia por CMV no funcionamento das células T durante cGVHD. / Cytomegalovirus infection (CMV) is known to have a life-long effect on the distribution of T cell subsets, but little is known about the impact on cell function. We performed a gene expression analysis in purified CD4+ T cells from 38 hematopoietic cell transplant (HCT) recipients (median age 48; range 20-65) studied on average 5 years after HCT (median 4.75; range 1-20 years). The study population included 18 patients with active chronic GVHD (cGVHD) and 20 tolerant (TOL) patients. Tolerance was defined by absence of signs, symptoms of cGVHD and immunosuppressive therapy (IST) for at least 2 months and 1 year follow-up without immunosupressive therapy . Gene expression was measured on Illumina bead arrays. CMV status was defined by pre-transplant recipient CMV serology (by ELISA). There was no recorded evidence of CMV reactivation at the time of study. Twelve of 54 candidate genes associated with immune function and inflammation were found to be associated CMV positive serostatus in cGVHD patients at a significance threshold of p<0.05 (PDCD-1; GZMH, IFNG, PRF1, CST7, IL18RAP, ITGAM, CTSW, ITGAL, GBP1, CDKN1B, CXCR4), but only three genes (CD14; CD86; IER3) were associated with CMV serostatus in TOL patients. The significant higher PD-1 expression on CD4+ cells of CMV+/active cGVHD patients was confirmed by immunophenotype testing in an independent population. CMV+/active cGVHD patients had a profile consistent with T effector cell activation that was not present in TOL and CMV serostatus negative/active cGVHD patients. Pursuing latency, cytomegalovirus will try to evade the immune system attempts of viral clearance creating modifications varying from changes in lymphocyte subsets to chromatin remodeling by several enzymes and microRNA. The chronic GVHD characteristic inflammatory environment, increased cytokine production, immunosuppressive therapy, and impaired T cell immune reconstitution, may increase the risk of CMV reactivation, even if not detectable, followed by up-regulation of genes related to T cell activation and effector function. The PD-1 gene can be up-regulated in T cell activation and effector functions, but it also has an essential role in preventing the expansion and function of effector cells, being a candidate target for the prevention or treatment of chronic GVHD. Understanding the CMV impact on the PD-1 regulation in active cGVHD would be key on the implementation of new therapies.Thus, more studies in larger populations are needed in order to understand CMV previous infection immunomodulation impact in T cell function during chronic GVHD.

Introdução: A Esclerose Múltipla (EM) é uma doença autoimune desmielinizante que afeta drasticamente a capacidade motora, cognitiva, e sensitiva dos pacientes. Acreditase que o Retrovírus Endógeno Humano da família W (HERV-W) possa ter um papel na patogênese da doença. Assim, o objetivo deste trabalho foi analisar o transcriptoma desses indivíduos, e analisar os loci do HERV-W diferencialmente ativos. Materiais e Métodos: PBMC e soro de pacientes com EM em surto (GS), em condições avançadas (GA) e indivíduos saudáveis (GC) foram coletadas. Amplicons de envelope de HERV-W foram sequenciados em Ion Torrent e o RNAm foi sequenciado na plataforma Illumina HiSeq2500. Além da análise do HERV-W, análises de interação gênica foram feitas e citocinas inflamatórias e quimiocinas foram testadas. Resultados: Foram analisados 23 indivíduos com EM (16 GS e 7 GA) e 36 do GC. Os pacientes com EM apresentam 3x mais expressão de HERV-W do que os indivíduos controle. O sequenciamento de amplicon revelou que os grupos com EM apresentavam mais loci ativos do que o GC. Apesar limitações decorrentes de variações entre corridas, o transcriptoma demonstrou que o HERV-K11 era diferencialmente expresso no GS, e no GA, 19 HERVs estavam diferencialmente expressos. Loci novos e já descritos como ativos em outros estudos foram encontrados no presente trabalho. O perfil de interação gênica do GS demonstrou um caráter inflamatório, confirmados pela dosagem de citocinas, onde IL-6, IL-1?, TNF-?, IFN-? estavam elevadas nos indivíduos do GS. Já os indivíduos do GA apresentavam um perfil não inflamatório com vias de reparo neuronal inativadas. Conclusões: Os pacientes com EM apresentam maior nível de expressão e maior diversidade de expressão de HERV-W do que o GC. Apesar os perfis semelhantes de expressão, há loci diferencialmente expressos dependente do grupo estudado. Os pacientes com EM apresentam perfis distintos de expressão gênica onde os indivíduos GS apresentam um perfil inflamatório e no GA, um perfil neurodegenerativo. / Introduction: Multiple Sclerosis (MS) is an autoimmune disease which drastically affects motor, cognitive and sensitive capability of the patients. It seems that Human Endogenous Retrovirus W family (HERV-W) may play a role in MS pathogenesis. Therefore, the aim of this study was to analyze the transcriptome of these individuals and to analyze the HERV-W loci differentially expressed. Materials and Methods: PBMC and serum samples were collected from MS patients in relapsing conditions (GS), MS patients in advanced conditions (GA) and healthy individuals (GC). HERV-W Env amplicon was sequenced in Ion Torrent and mRNA was sequenced in illumina HISeq2500 platform. Besides HERV-W analysis, genic pathways analysis was performed and inflammatory cytokines and chemokines were tested. Results: A total of 23 MS patients (16 from GS and 7 from GA) and 36 from GC were enrolled in the study. MS patients presented 3-fold higher expression than healthy individuals. Amplicon sequencing revealed that MS groups presented more active loci than GC. Despite the limitations due to variations between sequencing runs, the transcriptome revealed that HERV-K11 was differentially expressed in GS, and 19 HERVs were differentially expressed in GA. New HERV-W loci and other loci that were reported as active loci previously are described here. The genic pathway analysis revealed that individuals from GS presented an inflammatory profile, also confirmed by cytokines dosage, where IL-6, IL-1?, TNF-?, IFN-? were significantly higher in GS. In the other hand, individuals from GA presented a non inflammatory profile with neuronal repair pathways inactivated Conclusions: MS patients present higher level and diversity of HERV-W expression than GC. Regardless the similar profile of HERV-W expression in MS groups, there are differentially expressed HERV-W loci depending of each MS group. MS patients present distinct genic expression profile, where GS presented an inflammatory pathway with vascular permeability, whereas GA presented a neurodegenerative profile

A Pedagogia do Oprimido (FREIRE, 1968) é a principal obra do educador e escritor Paulo Freire. Seus manuscritos resistiram a diversas mudanças culturais, sociais e políticas, ficando por mais de 30 anos guardados no país onde fora inicialmente concebido, o Chile. O objetivo principal desta pesquisa é a transcrição do facsímile dos manuscritos originais, em formato de edição semidiplomática, que forma o corpus principal para analisar a forma de construção da obra, de acordo com o seu contexto histórico. Também buscamos traçar um perfil da forma de trabalho empregada pelo autor para a concretização deste livro bem como fazer um resgate histórico das principais ações anteriores a concepção da obra, para isso utilizamos a gentil colaboração, por meio de entrevistas e textos produzidos por pessoas que conviveram com o autor, bem como o relato deixado por ele no livro Pedagogia da esperança: um reencontro com a Pedagogia do Oprimido (FREIRE, 1996). / \"The Pedagogy of the Opressed\" (FREIRE, 1968) is Paulo Freire\'s, writer and educator, main work. His manuscripts withstood a variety of cultural, social and political changes, being kept away for over 30 years in the country where it was firstly conceived, Chile. The main objective with this research is the transcription of the facsimile of the manuscripts, in a semidiplomatic edition format, which forms the main corpus to analyse the form of the literary oeuvre\'s construction, accordingly with its historical context. We also aim to trace a profile of the author\'s working method for concretizing this book, as well as doing a historic recollection of the main actions that took place before the book\'s conception. For that we counted with the kind support, by interviews and texts, from people which accompanied the author, as well as a brief account left by him in the book \"Pedagogy of Hope: Reliving Pedagogy of the Oppressed\" (FREIRE, 1996).

Este trabalho trata do processo de digitação para violão da Ciaccona BWV 1004 (original para violino) de Johann Sebastian Bach (1685-1750). O objetivo foi desenvolver uma digitação de mão esquerda capaz de refletir as intenções musicais do presente autor. Para tal, foi estabelecido um modelo de análise, onde a textura musical é dividida e classificada, com base em referenciais teóricos, como: melódica, harmônica, motívica e polifônica. Ao analisar as digitações usadas em transcrições, e compará-las às desta pesquisa, concluímos que se pode ter autonomia para contestar uma digitação grafada, pois ela reflete nada mais que as decisões do seu autor, sejam musicais ou técnicas. A partir disto, podemos deduzir que elas se alteram conforme as nossas próprias decisões. / This work deals with the process of elaborating guitar fingerings for J. S. Bach’s Ciaccona BWV 1004 (original for violin). The aim was to develop a left hand fingering able to reflect the musical intentions of the present author. To this end, a model of analysis was established, in which the musical texture is divided and classified, based on theoretical references, into the following categories: melodic, harmonic, motivic and polyphonic. By analyzing the fingering used on transcriptions, and comparing it with the results of this research, we conclude that we can question a suggested fingering, because it reflects nothing more than the decisions of its author, whether musical or technical. From this we can deduce that they change according to our own decisions.

Este trabalho trata do processo de transcrição da Suíte 20 de J. J Froberger para violão solo. O objetivo geral é descrever o processo de transcrição com base em modelos de transcrição dos séculos XVII e XXI. A partir destas análises foi construído um referencial teórico para aplicação na transcrição da Suíte 20. A identificação dos elementos típicos do chamado stile brisé a partir do referencial foi essencial para o processo de transcrição da suíte 20, que se utilizou de vários procedimentos similares. No anexo deste artigo consta uma edição comparativa da versão original da Suíte 20 com a transcrição, bem como outra edição com a parte do violão solo e sugestões de execução.

Gliomas são os tumores cefálicos mais comuns na vida adulta, geralmente estão associados a um mau prognóstico. A forma mais agressiva, o Glioblastoma Multiforme (GBM) leva metade de seus pacientes a morte em 12 a 14 meses, e os tratamentos pouco ou nada melhoram esta expectativa. O desenvolvimento de terapias é bastante complexo, uma vez que se trata de um tumor com alta diversidade de células, devido a sua instabilidade genômica. Esta instabilidade interfere no equilíbrio “estequiométrico” da transcrição gênica, implicando alterações na proporção entre proteínas atuantes em um mesmo complexo. Analisando proteínas que participam de um mesmo processo sob uma perspectiva de redes (de interação proteica), pode-se analisar a probabilidade de fluxo de informação entre proteínas conectadas, ponderando pela correlação de expressão gênica, assumindo que altos valores de correlação (de expressão – entre duas proteínas) correspondem a uma maior a probabilidade de fluxo de informação entre elas. Utilizando-se de uma medida de entropia chamada entropia local de rede, é possível analisar a organização do fluxo de informação entre uma determinada proteína e as demais com quem esta se relaciona. O aumento nestes valores de entropia é proposto enquanto uma assinatura sistêmica de tumores, tendo sido primeiramente demonstrada em tumores gástricos, de pulmão, bexiga, pâncreas, fígado e do colo uterino. Compreender como a informação flui ao longo de redes de interação proteica em glioblastomas pode trazer novas perspectivas de tratamento deste tumor. Portanto, este trabalho visa avaliar: I se há aumento da entropia local de rede em glioblastomas quando comparados ao tecido sadio; II: quais os genes responderiam pelo maior aumento de entropia e qual o papel biológico destes genes (em que rotas ou processos biológicos estariam atuando), III: se estas rotas ou processos biológicos apresentam alterações de expressão gênica, e IV: se algum dos genes alterados em nível de transcrição possui associação com prognóstico. Foi verificado: I: que Glioblastomas apresentam um aumento significativo da entropia local de rede em comparação a condição fisiológica normal. II: que os genes de maior ganho de entropia atuam em (28) processos biológicos relacionados com a biologia tumoral; III que estes processos biológicos têm alterações transcricionais (quando comparados com a situação fisiológica normal) em alguns de seus genes; IV que dentre todos os genes diferencialmente expressos nos (28) processos biológicos indicados pelos genes de entropia alterada, os genes PAK6 e MYC tiveram correlação com sobrevida em ambas as coortes analisadas. No entanto ao estratificar por idade, verificamos que esta relação se mantinha apenas em pacientes com idade inferior a 50 anos, onde verificou-se que PLCB1, MAPK8, CDK6 e MYD88 também tinha correlação com sobrevida, enquanto a expressão de duas formas da cinase dependente de cálcio/calmodulina (CAMK2A e CAMK2B) associou-se a um prognóstico ruim. Um estudo ainda mais aprofundado destes genes, bem como de outras enzimas chave nos processos identificados são promissores no sentido do desenvolvimento de estratégias de combate a glioblastomas. / Gliomas are the most common form of brain tumor in adults, being generally associated with dismal prognosis. Glioblastoma Multiform (GBM) is the most aggressive glioma subtype and – despite the recent advances in therapy regimens and patient care – median survival remains between 12 and 14 months after diagnosis, and the treatment is basically palliative. The development of GBM therapy is a difficult task, given that GBM possesses high levels of genomic instability, which consequently promotes the formation of a variety of highly proliferative, invasive and chemoresistant cell phenotypes. Such a genomic instability in tumors potentially impact the “stoichiometric” balance between functionally related proteins, mostly due to changes in transcriptional activity with these entities. Analyzing protein relations under a protein interaction network perspective allow studying the informational flux probability between linked proteins. It means that linked proteins with positive correlation are more prone to information flux than negatively correlated links. The local network entropy is an index which measures the “disorder” of the informational flux between a protein and its neighbors. Increased local network entropy was recently shown as a systemic hallmark of diverse tumors. However, to best of our knowledge, there are no studies investigating the significance of local network entropy changes in brain tumors thus far. We believe that understanding the network informational flux, and the biological processes affect in this context, can bring new insights on the pathobiology and drugable pathways in GBM. In this study, we aimed to investigate; i) whether the local network entropy of GBM differs from normal brain tissues; ii) which genes displayed increases in entropy and what biological pathways or processes they are involved in; iii) if the identified biological processes/pathways carry differentially expressed genes and; iv) whether some of the differentially expressed belonging to highly entropic pathways are correlated with GBM patients survival. In view of such a aims, our results showed that: i) GBMs showed a significant increase in local network entropy values when compared to non-tumor brain tissues; ii) genes with high entropy played a role in 28 biological processes potentially related to GBM physiopathology; iii) Several genes with the identified pathways were found overexpressed or down-regulated in tumor versus normal brain tissues and; iv) amidst them, the expressions of PAK6, PLCB1, MAPK8, CDK6 e MYD88 predicted better prognosis, while overexpression of two Calcium/Calmodulin Kinase isoforms (CAMK2A e CAMK2B) were correlated to poor prognosis; an effect only observed in patients younger (<50 years-old) at the age of diagnosis. In summary, this study shows that local network entropy in combination with pathway enrichment analysis are a useful strategy to improve our knowledge on the biological alterations as well as genes relevant to prognosis in GBM under a systems biology perspective.

A infecção por citomegalovírus (CMV) tem efeito duradouro na distribuição dos subtipos de células T, mas pouco se sabe sobre o seu impacto na função celular. Foi realizada uma análise de expressão global gênica em células CD4+ purificadas em 38 recipientes de transplante de células tronco hematopoéticas (HSCT) (mediana de idade 48 anos; variação 20-65 anos) estudados em média cinco anos pós transplante (mediana 4.75 anos; variação 1-20 years). A população estudada incluiu 18 pacientes com GVHD crônico ativo (cGVHD) e 20 pacientes considerados tolerantes. Tolerância foi definida como ausência de sinais e sintomas de cGVHD, assim como ausência de tratamento imunossupressor (IST) por pelo menos 2 meses com seguimento de 1 ano sem tratamento imunossupressor. A expressão gênica foi medida por Illumina bead arrays. O seroestato do CMV foi definido pela sorologia pré transplante (por ELISA). Não havia evidência documentada de reativação do CMV no momento de coleta das amostras estudadas. Doze de 54 genes candidatos associados à função imune foram associados de maneira significativa com CMV+ em pacientes com cGVHD ativo (p<0.05) (PDCD-1; GZMH, IFNG, PRF1, CST7, IL18RAP, ITGAM, CTSW, ITGAL, GBP1, CDKN1B, CXCR4), sendo que somente três genes (CD14; CD86; IER3) foram associados a CMV+ entre os pacientes tolerantes. A expressão de PD-1 significativamente maior em pacientes CMV+ e com cGVHD ativo foi confirmada em uma população independente através de estudos de imunofenotipagem. Os pacientes CMV+/cGVHD ativos tiveram um perfil compatível com ativação de células T efetoras, não sendo detectado com a mesma intensidade em pacientes tolerantes e pacientes CMV-/cGVHD ativos. Tendo como objetivo a latência da infecção, o citomegalovírus tentará evadir-se das tentativas do sistema imune de depuração viral, criando modificações que vão desde mudanças nos subtipos de linfócitos até a remodelação de cromatina por uma série de enzimas e microRNA. O ambiente caracteristicamente inflamatório do cGVHD, a produção aumentada de citocinas, a terapia imunossupressora e a reconstituição imune defeituosa das células T podem aumentar o risco de reativação do CMV, mesmo indetectável, seguido por supra-regulação de genes relacionados à ativação de células T e função efetora. O gene PD-1 pode estar supra-regulado em ativação de células T e função efetora, mas tem papel essencial na prevenção da expansão e função das células T efetoras, sendo um candidato alvo para a prevenção e tratamento do cGVHD. Entender o impacto do CMV na regulação de PD-1 em pacientes com cGVHD seria instrumental na implementação de novas terapias; portanto mais estudos com populações maiores são necessários para entendermos o impacto da imunomodulação secundária à infecção prévia por CMV no funcionamento das células T durante cGVHD. / Cytomegalovirus infection (CMV) is known to have a life-long effect on the distribution of T cell subsets, but little is known about the impact on cell function. We performed a gene expression analysis in purified CD4+ T cells from 38 hematopoietic cell transplant (HCT) recipients (median age 48; range 20-65) studied on average 5 years after HCT (median 4.75; range 1-20 years). The study population included 18 patients with active chronic GVHD (cGVHD) and 20 tolerant (TOL) patients. Tolerance was defined by absence of signs, symptoms of cGVHD and immunosuppressive therapy (IST) for at least 2 months and 1 year follow-up without immunosupressive therapy . Gene expression was measured on Illumina bead arrays. CMV status was defined by pre-transplant recipient CMV serology (by ELISA). There was no recorded evidence of CMV reactivation at the time of study. Twelve of 54 candidate genes associated with immune function and inflammation were found to be associated CMV positive serostatus in cGVHD patients at a significance threshold of p<0.05 (PDCD-1; GZMH, IFNG, PRF1, CST7, IL18RAP, ITGAM, CTSW, ITGAL, GBP1, CDKN1B, CXCR4), but only three genes (CD14; CD86; IER3) were associated with CMV serostatus in TOL patients. The significant higher PD-1 expression on CD4+ cells of CMV+/active cGVHD patients was confirmed by immunophenotype testing in an independent population. CMV+/active cGVHD patients had a profile consistent with T effector cell activation that was not present in TOL and CMV serostatus negative/active cGVHD patients. Pursuing latency, cytomegalovirus will try to evade the immune system attempts of viral clearance creating modifications varying from changes in lymphocyte subsets to chromatin remodeling by several enzymes and microRNA. The chronic GVHD characteristic inflammatory environment, increased cytokine production, immunosuppressive therapy, and impaired T cell immune reconstitution, may increase the risk of CMV reactivation, even if not detectable, followed by up-regulation of genes related to T cell activation and effector function. The PD-1 gene can be up-regulated in T cell activation and effector functions, but it also has an essential role in preventing the expansion and function of effector cells, being a candidate target for the prevention or treatment of chronic GVHD. Understanding the CMV impact on the PD-1 regulation in active cGVHD would be key on the implementation of new therapies.Thus, more studies in larger populations are needed in order to understand CMV previous infection immunomodulation impact in T cell function during chronic GVHD.

Orientador: Paulo Arruda / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-06T21:19:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ferreira_NataliaCristinaVerza_D.pdf: 9495810 bytes, checksum: 18cf9ae055a2b9f39de109abc6de469c (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: O seqüenciamento de ESTs (etiquetas de seqüências expressas) e a sua organização em bancos de dados constituem poderosas ferramentas para identificar genes de interesse expressos em determinados tecidos e/ou tipos celulares. Neste trabalho criou-se um banco de seqüências expressas chamado MAIZESTdb, que contém ESTs de diversos tecidos de milho, porém enriquecido com seqüências provenientes do endosperma de milho em desenvolvimento. O MAIZESTdb contém 227.431 ESTs vindos de mais de 30 órgãos e tecidos de milho diferentes, 30.531 seqüenciados em nosso laboratório a partir de bibliotecas construídas com RNA mensageiro de endosperma. Estas seqüências representam uma grande contribuição na identificação de novos genes expressos no endosperma. A análise deste banco de ESTs possibilitou a identificação de 4.032 transcritos preferencialmente expressos no endosperma, e a sua anotação revelou uma ampla variedade de prováveis genes novos envolvidos no desenvolvimento e no metabolismo do endosperma. O banco MAIZESTdb foi utilizado neste trabalho para a identificação de fatores de transcrição (TFs) expressos no endosperma de milho, e, especialmente, na identificação de fatores preferencialmente expressos no endosperma, que podem desempenhar papéis regulatórios importantes durante a formação da semente. Foram identificados 1.233 TFs expressos em milho, 414 dos quais expressos no endosperma em desenvolvimento. Foram identificados ainda, através de análises in silico, 113 TFs preferencialmente expressos no endosperma, conjunto este que representa 9.2% dos TFs expressos identificados em milho, e que possivelmente contém reguladores importantes dos processos de especificação celular e desenvolvimento do endosperma de milho. Esta é a maior coleção de fatores de transcrição já descrita para este tecido, e representa uma fonte de dados importante para identificação de reguladores dos principais processos relacionados ao desenvolvimento do endosperma, como metabolismo de nitrogênio e carboidratos e controle da massa da semente. Uma das famílias mais representadas entre os TFs preferencialmente expressos no endosperma foi a família NAC de fatores de transcrição. Esta família apresentou 12 membros preferencialmente expressos no endosperma de milho. Um novo membro da família NAC, chamado de EPN-1 (Endosperm Specific NAM 1), teve seu perfil de expressão caracterizado. Sua expressão pode ser detectada desde os 5 DAPs, embora o pico de expressão ocorra entre 20 e 25 DAP, e ele apresenta expressão preferencial no endosperma. O promotor do gene EPN-1 foi clonado, seqüenciado e analisado quanto aos seus possíveis elementos CIS regulatórios; foram encontrados elementos conservados relacionados à endosperma-especificidade, elementos relacionados à regulação por ácido abscísico e giberelinas, e elementos conservados presentes nos promotores de a-amilases, indicando uma possível relação deste gene com o processo de transição entre a maturação e a germinação da semente. Ensaios de expressão transitória com o promotor do gene EPN-1 revelaram que sua expressão está dirigida à camada de aleurona do endosperma de milho, o que constitui mais uma evidência de sua possível função na regulação de genes relacionados aos processos de maturação e germinação da semente / Abstract: The sequencing of ESTs (expressed sequence tags) and its organization in databases constitute powerful tools to identify genes of interest in certain tissues and/or cell types. In this work we have created MAIZESTdb, a database of ESTs expressed in diverse maize tissues. The importance of this database, however, is that it is enriched with sequences from developing maize endosperm. The MAIZESTdb contains 227,431 ESTs coming from more than 30 different maize tissues and organs, 30,531 of which sequenced from endosperm cDNA libraries constructed in our laboratory. These sequences represent a great contribution for the identification of novel genes expressed in endosperm. The analysis of this ESTs database led to the identification of 4,032 transcripts preferentially expressed in the endosperm, and its annotation revealed a great variety of new genes involved in endosperm metabolism and development. The MAIZESTdb was then used to identify transcription factors (TFs) expressed in maize endosperm, and, mainly, in the identification of TFs preferentially expressed in the endosperm. We identified 1,233 TFs expressed in diverse maize tissues, 414 of which expressed in developing endosperm. We also identified, through in silico comparison of transcript abundance and library source, 113 TFs with preferential expression in endosperm, representing 9,2% of the TFs identified in this work. This dataset probably contains important regulators of cellular specification of the endosperm development. This is the biggest TFs collection reported for this tissue, and represents an important source of data for identification of regulators for main processes related to the endosperm development such as nitrogen and carbohydrate metabolism and control of seed mass. One of the most represented families among the TFs preferentially expressed in endosperm was the NAC family of transcription factors. This family presented 12 members with preferential expression in the endosperm. A new member of the NAC family, called EPN-1 (Endosperm Specific NAM 1), was characterized. Its expression / Doutorado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Doutor em Genetica e Biologia Molecular