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Fluorescence Correlation Spectroscopy (FCS) analysis of probe transport in cells From measurements to models

Jebreiil Khadem, Seyed Mohsen 08 June 2018 (has links)
Ziel dieser Arbeit ist es eine Toolbox zur Charakterisierung der anomalen Diffusion von Tracerpartikeln in dicht gepackten Systemen mit Fluoreszenz-Korrelationsspektroskopie (FCS) zur Verfügung zu stellen. Es wird gezeigt, dass die robusten Informationen über die Wahrscheinlichkeitsdichtefunktion (PDF) der Verschiebung des Tracers im asymptotischen Verhalten der FCS-Kurven auf langen, sowie auf kurzen Zeitskalen enthalten sind. So liefert die Analyse des Kurzzeitverhaltens zuverlässige Aussagen über die Werte des Exponenten der anomalen Diffusion, des Diffusionskoeffizienten und der niedrigeren Momente der PDF. Dies erlaubt es eine Gaußverteilung zu bestätigen oder zu widerlegen. Der Test auf Gaußverteilung könnte als Index verwendet werden, um die richtige Form der PDF aus einer Reihe von konkurrierenden Ergebnissen zu erraten. Darüber hinaus untersuchen wir die Konsequenz der nicht skalierenden PDF auf Ergebnis der FCS-Kurven. Wir berechnen die FCS für ein Continuous Time Random Walk Modell mit Wartezeiten gemäß einer Lévy-stabilen Verteilung mit exponentiellem cut-off. Die Ergebnisse zeigen, dass obwohl die Abweichungen vom Gauß’schen Verhalten bei der asymptotischen Analyse erkannt werden können, ihre Körper immer an Formen für die normale Diffusion perfekt angepasst werden können. Schließlich schlagen wir einen alternativen Ansatz für die Durchführung von Spot Variation FCS mit dem gewöhnlichen FCS-Setup vor. Wir führen eine nicht-lineare Transformation ein, die auf das mit Binning oder Kernel smoothing method geglättete Intensitätsprofil der detektierten Fluoreszenzphotonen angewendet wird. Ihre Autokorrelation imitiert die FCS-Kurven für die Größen des Laserspots, die im Experiment effektiv kleiner als die anfängliche Größe sind. Die erhaltenen FCS-Kurven werden verwendet, um künstliche dicht gepackte Systeme sowie lebende Zellen auf Nano-Domänen oder Barrieren hin zu untersuchen. / The objective of this thesis is to provide a toolbox for characterization of anomalous diffusion of tracer particle in crowded systems using fluorescence correlation spectroscopy (FCS). We discuss that the robust information about the probability density function (PDF) of the particle’s displacement is contained in the asymptotic behaviour of the FCS curves at long and short times. Thus, analysis of the short-time behaviour provides reliable values of exponent of anomalous, diffusion coefficient and lower moments of the PDF. This allows one to to confirm or reject its Gaussian nature. The Gaussianity test could be then used to guess the correct form of the PDF from a set of competing models. We show the applicability of the proposed analysis protocol in artificially crowded systems and in living cell experiments. Furthermore, we investigate the consequence of non-scaling PDF on the possible results of the FCS data. As an example of such processes, we calculate the FCS curve for a continues time random walk model with waiting times delivered from Lévy-stable distribution with an exponential cut-off in equilibrium. The results indicate that, although the deviations from Gaussian behaviour may be detected when analyzing the short- and long-time asymptotic of the corresponding curves, their bodies are still perfectly fitted by the fit form used for normal diffusion. Finally, we propose an alternative approach for performing spot variation FCS using an ordinary FCS set-up. We introduce a non-linear transformation which applies on the smoothed intensity profile of the detected fluorescence photons with binning or smoothing kernel method. Autocorrelation of the generated intensity profiles mimic the FCS curves for the sizes of laser spots which are effectively smaller than the initial one in the experiment. The obtained FCS curves are used to investigate the presence of nano-domains or barriers in artificially crowded systems and in living cells.
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Photoelectron spectroscopy of polarons in molecular semiconductors

Winkler, Stefanie 05 April 2016 (has links)
Das fundamentale Verständnis von Ladungsträgern in molekularen Halbleitern, die typischerweise als Polaronen bezeichnet werden, ist unverzichtbar, wenn es um das Design besonders leistungsfähiger (opto)elektronischer Bauelemente geht. Die vorliegende Arbeit hat zum Ziel ein umfangreiches Bild der Energetik von Polaronen in organischen Halbleitern zu erhalten. Zunächst geht es darum einen Probenaufbau zu finden, der es nicht nur ermöglicht Ladungsträger zu generieren, sondern auch ihre elektronische Struktur unter Verwendung von komplementären Photoemissionstechniken – Rötngen-, Ultraviolett- und inverse Photoelektronenspektroskopie - aufzuklären. Das Probenkonzept basiert darauf, dass molekulare Filme, die eine niedrigere Ionisierungsenergie als die Austrittsarbeit des zugrunde liegenden Substrates aufweisen, Fermi-level Pinning zeigen. In diesem Fall wären die höchsten besetzten Zustände der neutralen molekularen Schicht energetisch oberhalb des Substrat-Fermi-Levels angeordnet, wodurch zum Erhalt des elektronischen Gleichgewichts die Notwendigkeit für einen Ladungstransfer gegeben ist. Da die starke elektronische Kopplung zwischen Molekülen und Metallen die spektrale Information der Überschussladungsträger verändern könnte, wird die Metalloberfläche durch eine ultradünne Zwischenschicht passiviert. Die Ergebnisse zeigen, dass es durch die vorliegende starke on-site Coulomb Repulsion zur Aufspaltung des höchsten besetzen molekularen Niveaus in ein besetztes und ein unbesetztes Sub-niveau kommt. Dies widerspricht der seit Jahren etablierten Vorstellung von einem einfach besetzten Niveau in der Bandlücke des neutralen molekularen Halbleiters. Unter zusätzlicher Berücksichtigung der inter-site Coulomb Repulsion zwischen Molekülionen und neutralen Molekülen, sowie der Energieniveau Verbiegung kann schließlich ein vollständiges Bild entwickelt werden, das die etablierte Vorstellung der Energieniveaus von Ladungsträgern in molekularen Halbleitern ersetzen soll. / Understanding the nature of charge carriers in molecular semiconductors, typically termed "polarons", is indispensable for rational material design targeting future superior (opto-)electronic device performance. The present work addresses this fundamental issue to derive a comprehensive picture of polarons in organic semiconductors. Conceptual work is dedicated to identifying a sample structure, which allows both, deliberately generating charged molecules and applying the complementary photoemission techniques X-ray, ultraviolet and inverse photoelectron spectroscopy in order to assess the polaron energetics. The sample concept is based on the fact that molecular layers exhibiting an ionization energy lower than the work function of the supporting substrate show Fermi-level pinning. There, as the substrate Fermi-level is moved into the occupied density of states of the molecular adsorbate, electron transfer occurs from the molecules to the substrate. Because strong electron coupling between molecules and eg. metal surfaces might mask or alter the spectral information of excess charge carriers, such interaction needs to be inhibited by implementation of an ultrathin passivating interlayer. The comprehensive results provide evidence that the highest occupied molecular orbital level is split into an upper unoccupied and a lower occupied sub-level due to strong on-site Coulomb interaction. This finding is in marked contrast to what has been assumed for decades, where a singly occupied level was proposed to lie within the gap of the neutral molecular semiconductor. Moreover, taking into account the inter-site Coulomb interaction between molecular cations and surrounding neutral molecules, as well as energy-level bending, finally, a complete picture of the energetics associated with polarons in molecular semiconductors could be derived, which aims at replacing common perceptions.
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High throughput LIBS analysis

Kadenkin, Alexander 28 December 2017 (has links)
Ziel dieser Arbeit war die Untersuchung der Eignung der laserinduzierten Plasmaspektroskopie (LIBS) bei der Online-Analyse der Materialströme in einer Sortieranlage zwecks Identifizierung der Legierungen am Beispiel der Aluminiumknetlegierungen. Als Ansatz sollten hierbei neuartige Laserquellen wie Faserlaser oder diodengepumpte Festkörperlaser verwendet werden, die mit deutlich höheren Repetitionsraten als häufig verwendete blitzlampengepumpte Festkörperlaser betrieben werden können. Im Rahmen dieser Arbeit wurde eine systematische Untersuchung der laserinduzierten Plasmaspektroskopie mit diodengepumpten Festkörperlasern als Anregungsquelle durchgeführt. Hierbei konnte festgestellt werden, dass die LIBS mit solchen Anregungsquellen ein gutes Nachweisvermögen und eine gute Stabilität besitzt. Ferner wurde ein Prototyp für die Online-Analyse der Aluminiumlegierungen entwickelt und mit einem kommerziell erhältlichen System verglichen. Es konnte festgestellt werden, dass das Nachweisvermögen des Prototyps für einige Fragestellungen bei der Sortierung von Aluminiumlegierungen ausreichend ist. Bei dem kommerziell erhältlichen System konnten dagegen selbst bei einer Fördergeschwindigkeit von 3 m/s Nachweisgrenzen erreicht werden, die für sämtlichen aktuellen analytische Fragestellungen auf diesem Gebiet ausreichend sind. Anschließend wurden die analytischen Güteziffern des kommerziell erhältlichen Systems verbessert, indem verschiedene multivariate Analysemethoden und Datenvorverarbeitungstechniken untersucht und optimiert wurden. Im nächsten Schritt wurde das System mit den optimierten Analysemethoden für die Sortierung der realen Produktionsschrotte eingesetzt. Hierbei konnte gezeigt werden, dass die Sortierung von Aluminiumlegierungen in verschiedene Gruppen der Aluminiumknetlegierungen bei einer Fördergeschwindigkeit von 3 m /s mittels LIBS möglich ist. Im letzten Schritt wurden die Möglichkeiten der Übertragung der Methoden von einem Gerät auf ein anderes untersucht. Hierbei konnte ein Algorithmus ermittelt werden, bei dem ein derartiger Transfer möglich ist. Somit kann dieser bei einer Serienproduktion der Systeme eingesetzt werden, um den experimentellen Aufwand bei der Kalibrierung drastisch zu reduzieren. / The aim of this study was the investigation of the suitability of laser-induced breakdown spectroscopy (LIBS) for online analysis of material flow in a sorting plant for identification of alloys on example of aluminum wrought alloys. As a new approach in this study, new laser sources such as fiber lasers or diode-pumped solid state lasers, which can be operated with significantly higher repetition rates as broadly used flash lamp pumped lasers, were used. In this work, a systematic study of laser-induced breakdown spectroscopy with diode-pumped solid-state laser as an excitation source has been studied. It was found that LIBS with such excitation sources has good detection capability and good stability. In addition, a prototype for the online analysis of the aluminum alloys was developed and compared with a commercially available system. It could be determined that the detection capability of the prototype was sufficient for some analytical tasks in sorting of aluminum alloys. The limits of detection of the commercially available system were even at conveyor belt speed of 3 m/s sufficient for all current analytical tasks in this field. Subsequently, the analytical figures of merit of the commercially available system were improved by the study and optimization of the different multivariate analysis techniques and data pretreatment algorithms. In the next step, the system with the optimized analytical methods was used for sorting the real production scrap. It could be demonstrated that the sorting of aluminum alloys in different groups of aluminum wrought alloys at a conveyor speed of 3 m /s is possible by the use of LIBS. In the last step, the possibilities of transfer of the methods from one device to the other one were investigated. Here, an algorithm has been found, which makes such transfer possible. Therefore, this can be used for the reduction of the experimental effort during calibration drastically in a series production of the systems.
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Funktionale Erweiterung der Capture Compound Mass Spectrometry TM – Synthese und Anwendung innovativer Capture Compounds TM

Baranowski, Matthias 22 October 2012 (has links)
Die von der caprotec bioanalytics GmbH entwickelte und vermarktete Capture Compounds Mass SpectrometryTM (CCMS-Technologie) ermöglicht die spezifische Isolierung und Identifizierung von Proteinen, basierend auf ihre gezielte Wechselwirkung mit kleinen trifunktionalen Moleküle (sog. Capture CompoundsTM). Dadurch wird sowohl eine Reduzierung der Komplexität zellulärer Proteingemische als auch eine Anreicherung niedrig abundanter Proteine erreicht. In der vorliegenden Arbeit erfolgte die Synthese von neuartigen Capture Compounds, die dazu dienen sollen, unterschiedliche biochemische Fragestellungen zu beantworten und das Anwendungsspektrum der CCMS-Technologie stark erweitern. / The Capture Compound Mass SpectrometryTM (CCMS-Technology) is a novel technology developed and marketed by caprotec bioanalytics GmbH. CCMS allows the isolation of sub-proteomes based on specific interactions of target proteins with synthetic small molecules, called Capture Compounds (CCs). In this way, CCMS affords the functional reduction of complex protein mixtures that derived from e.g. cell lysates, and the enrichment and identification of low abundant proteins. In the present work, the synthesis of different novel Capture Compounds that helps studying different biological problems and overcoming present technological limitations of CCMS is described.
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Sustainable Reaction and Separation Systems

Newton, Elizabeth Lynn 17 August 2005 (has links)
With increasing environmental awareness and natural resource limitations, researchers must begin to incorporate sustainability into their process and product designs. One target for green engineering is in reaction and separation design. This is typically done in a wasteful and often toxic manner with organic solvents and lack of recycle. The following thesis discusses alternatives to these costly separations by means of ionic liquids, benign extraction, separation with carbon dioxide, and near critical water. Ionic liquids are combined with carbon dioxide to induce melting point depressions of up to 124 degrees Celsius. Using this system as a reaction medium will offer control over the reaction phases while utilizing green solvents. Benign extractions are performed on both ferulic acid and on proteins from biomass by replacing alkaline solvents and costly protein separation techniques with simple liquid-liquid extraction. This means simpler systems and less waste than from previous methods. This thesis also discusses an opportunity for more efficient separation and recycle of a pharmaceutical catalyst, Mn-Salen. Using carbon dioxide with the organic aqueous tunable solvent system, the reaction can be run homogeneously and the product and catalyst separated heterogeneously, thus creating an extremely efficient process. Lastly, near critical water is used as an extraction and reaction medium by extracting ferulic acid from Brewers Spent Grain and then catalyzing its transformation to 4-vinylguaiacol. In this manner a simple, benign process is used to turn waste into valuable chemicals. Although somewhat different, each of the studied processes strives to eliminate waste and toxicity of many commonly used reaction and separation techniques, thus creating safe and sustainable processes.
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The experiences of EMDR therapists when working with PTSD

Smith-Lee Chong, Penelope Anastasia January 2016 (has links)
Trauma therapists increasingly use EMDR when working with Posttraumatic Stress Disorder (PTSD) and trauma clients as it is recommended by NICE guidelines (2005) however until recently research focused on the negative impact of trauma work. Posttraumatic Growth (PTG) appears to be the most commonly used term for ‘growth’ however attempts to define and measure it can be criticised for being reductionist in approach as it reduced five factors into three outcomes based on the client’s growth. Research on trauma therapists’ growth has relied on client definitions that is; Vicarious PTG is based on PTG although there are a couple of studies which collaborate these findings. This study aims to address the literature and practitioner gap by exploring EMDR therapists’ lived experiences of ‘vicarious growth’ when working with PTSD symptom clients. Semi-structured interviews were used to collect data from a homogeneous sample of six EMDR therapists who stated that they had positive experiences or experienced growth (positive change) when working with PTSD symptom clients. Interpretative Phenomenological Analysis (IPA) was used to analyse the data. Rich, detailed findings in terms of how ‘growth’ is experienced emerged as four super-ordinate themes: A: Initial struggles; B: Experiences of the “healing journey”; C: Growth through connecting and D: Impact of growth on ‘self’. Implications of experiences of the therapeutic relationship as a “healing journey” for therapists were discussed in terms of a potential power imbalance where they might be viewed as ‘experts’. However, a better understanding of how therapists experience ‘vicarious growth’ with their clients enables them to utilise this knowledge to develop their own growth and self-awareness therefore supervision and training to encourage self-awareness was also discussed. These Positive Psychology (growth) findings such as self-belief in skills; use of ‘special set’ of clients; self-image as 3 ‘guide’ and the spread of growth to areas outside of therapy can be utilised to add Positive Psychology (growth) into existing supervision and training (EMDR and trauma) thereby enhancing existing models or creating new ones. Therapists growth and well-being may lead to lower occupational risk than was previously thought working amongst trauma clients and perhaps greater job satisfaction. KEYWORDS: Eye Movement Desensitization and Reprocessing (EMDR), Posttraumatic Stress Disorder (PTSD), Posttraumatic Growth (PTG), Vicarious Posttraumatic Growth (VPTG), Vicarious Growth (VG), Interpretative Phenomenological Analysis (IPA); EMDR therapists; Positive Psychology.
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Protein interaction with polyelectrolytes and ligands: A structural and thermodynamic investigation

Yu, Shun 29 August 2017 (has links)
Der erste Teil dieser Arbeit untersucht die Ladungswechselwirkung zwischen Proteinen und Polyelektrolyten. Dabei wird die Bindung von Polyakrylsäure (PAA) als kurzes Modell-Polyelektrolyt an Humanalbumin (HSA) in einer umfassenden experimentellen und theoretischen Studie untersucht und sehr gute Übereinstimmung der Resultate konnte festgestellt werden. Die Computersimulationen in dieser Arbeit wurden von Xiao Xu im Rahmen seiner Promotion durchgeführt. Thermodynamische Daten wurden mit Hilfe von Isothermer Titrationskalorimetrie (ITC) gesammelt und strukturelle Untersuchungen wurden mit Hilfe von Neutronenkleinwinkelstreuung (SANS) durchgeführt. Die Analyse von Bindungsaffinitäten zeigte eine eins zu eins Bindung von PAA mit HSA, die entropisch getrieben ist und strukturellen Untersuchungen weisen eine stabile Proteilstruktur unabhängig von der Adsorption durch PAA auf. Im zweiten Teil der Arbeit wird die Wechselwirkung zweier uremischer Toxinen, nämlich Phenylessigsäure (PhAA) und Indoxylsulfat (IDS), mit HSA untersucht. Eine wichtige Schlussfolgerung aus der Analyse der ITC Daten ist, dass begünstigende, hydrophobe Wechselwirkungen die treibende Kraft für die Adsorption von Toxinen an HSA sind, und dass hierbei die Enthalpie-Entropie-Kompensation (EEC) zu tragen kommt. Weiterhin zeigen SANS Untersuchungen, dass die Proteinstruktur trotz Adsorption stabil bleibt und konnte außerdem über Interpartikulare Wechselwirkung von HSA-Toxin Komplexen aufklären. Im Allgemeinen ist HSA strukturell unverändert durch die Adsorption von Liganden. Diese Feststellung erlaubt die Interpretation von ITC Daten, da damit gemessene Wärmeprozesse ausschließlich von Bindungsprozessen herrühren. Die vorliegende Arbeit konnte zeigen, dass eine ausführliche thermodynamische Analyse durch Kombination von theoretischer mit experimenteller Arbeit, eine umfassende Einsicht in die Mechanismen von Bindungsprozessen ermöglicht. / The first part of the thesis explores the charge-charge interaction between proteins and polyelectrolytes. Polyacrylic acid (PAA) is used as a short model polyelectrolyte to interact with human serum albumin (HSA) the most abundand protein in blood, in a comprehensive experimental and theoretical study. The results thereby coincide very well. Computer simulation studies were performed by Xiao Xu within the framework of his PhD thesis. Thermodynamic data were collected by means of isothermal titration calorimetry (ITC) and structural analysis performed using small-angle neutron scattering (SANS). The analysis of binding free energies revealed one to one binding that is mainly driven by entropy. Structural investigations give proof of the stability of the protein beside adsorption. In the second part, the interaction of two uremic toxins, namely phenylacetic acid (PhAA) and indoxyl sulfate (IDS), with HSA is studied. Systematic ITC experiments reveal two binding sites for both of the two toxins and show small dependence of binding affinities on ionic strength in contrast to PAA adsorption to HSA. This leads to the key conclusion that the favorable hydrophobic interaction is the driving contribution for adsorption and enthalpy-entropy compensation (EEC) effect comes into play. SANS studies of high concentrated HSA-toxin solutions proofed the stability of the protein structure and shed light on the interparticle interaction of HSA-toxin complexes. In general, HSA is structurally robust regardless of ligand uptake. This finding allows the interpretation of ITC data by confirming that the measured heat signals are purely associated to the binding process. The present thesis has demonstrated that a full thermodynamic analysis in combination with theoretical modelling can provide a comprehensive understanding of binding in terms of identifying driving forces and their contributions to protein ligand interaction.
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Improving the Calibration of Supernova Distances for Cosmology

Küsters, Daniel 11 April 2019 (has links)
SCALA ist eine Kalibrationseinheit für den SuperNova Integral Feld Spektrographen (SNIFS) der am 2,2 m Teleskop der Universität Hawaii montiert ist. SCALA wurde gebaut um die Unsicherheiten in der Flusskalibration von Leuchtkraftentfernungen zu reduzieren. Dadurch erlaubt SCALA die mögliche zeitliche Veränderung der Dunklen Energie besser zu vermessen. SCALA ermöglicht die Kalibration von SNIFS relativ zu einem Laborstandard, der durch eine Photodiode realisiert ist, die relative zu einem Primärstandard am NIST (National Institute of Standards and Technology) kalibriert ist. Zur Übertragung der Kalibration werden SNIFS und die Photodiode gleichzeitig von einer monochromatischen, wellenlängen einstellbaren Lichtquelle beleuchtet. Dadurch wird ein Vergleich zwischen dem astronomischen CALSPEC System und dem Laborsystem möglich. Erste Ergebnisse von SCALA wurden in der Dissertation von Simona Lombardo vorgestellt. Wir haben nun mehrere Quellen von systematischen Effekten identifiziert, die unsere Messungen beeinflussen. Nach der Korrektur dieser Effekte stimmt die Wellenlängenabhängigkeit der Kalibration an Hand von SCALA und CALSPEC im Wellenlängenbereich 450 nm ,bis 900 nm,im Fehlerbereich von 1,5 % überein. In der Zukunft könnten die Quellen von systematischen Effekte durch Veränderungen am Messaufbau unterdrückt werden. Dies ermöglicht Vergleiche zwischen CALSPEC und SCALA im Fehlerbereich < 1%, außerdem könnte der Wellenlängenbereich bis zu 350 nm erweitert werden. / SCALA is a calibration system for the SuperNova Integral Field Spectrograph (SNIFS), which is mounted to the University Hawaii 2.2 m telescope. The aim of SCALA is to reduce the uncertainties on the flux calibration for luminosity distance measures. It therefore allows the reduction of the uncertainties on the time variability of the Dark Energy. SCALA enables us to calibrate SNIFS relative to a laboratory standard, which is realized by a photodiode, that is itself calibrated against a primary standard at NIST (National Institute of Standards and Technology). To transfer the calibration, we illuminate both the photodiode and SNIFS with a wavelength-tunable, monochromatic light source. This calibration allows us to compare the laboratory system to the astronomical CALSPEC system. The first results were presented in dissertation of Simona Lombardo. We have now identified several sources of systematic uncertainty that were affecting our measurements. After correcting for these effects, the wavelength-dependency of the calibration by SCALA agrees with the CALSPEC system in the wavelength range 450 nm to 900 nm (within our uncertainties of 1.5%). In the future, the identified sources of systematic uncertainty could be reduced through improvements to the setup. This would allow comparisons to the CALSPEC system with uncertainties < 1 % and a wavelength range extension down to 350nm.
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Massenspektrometrische Untersuchungen an Oligonukleotiden

Ickert, Stefanie 12 November 2018 (has links)
Die Massenspektrometrie stellt eine der bedeutendsten Techniken in der analytischen Chemie dar. Bislang können jedoch noch immer nicht alle Prozesse im Massenspektrometer vollständig erklärt werden. Um dazu einen Beitrag zu leisten, wurden DNA Oligonukleotide untersucht. Mit Hilfe der Ionenmobilitätsmassenspektrometrie wurde die räumliche Ausdehnung von Einzelstrang-DNA in Bezug auf ihr Ladungslevel und ihre Sequenz zur Feststellung der nötigen Fragmentationsenergie hin geprüft. So konnte ein sequenzunabhängiger Fragmentierungspunkt ermittelt werden, welcher ausschließlich vom Ladungslevel bestimmt wurde. Es zeigte sich ein linearer Anstieg der benötigten Energie bei zunehmender Ladung, wobei bei mittleren Ladungszuständen ein Sattelpunkt erreicht wurde. Durch IM-MS konnte dieser Bereich als geometrische Umfaltungszone bestätigt werden. Anschließend wurden die Produktfragmente aus unterschiedlichen kollisionsbasierten Fragmentierungstechniken verglichen, wobei sich herausstellte, dass einzelsträngige DNA aufgrund der komplexen und vielseitigen Dissoziationskanäle im Gegensatz zu anderen Stoffklassen große Unterschiede zwischen den Methoden auswies und daher als empfindlicher Sensor für geringfügige Unterschiede in der Fragmentationtechnik dienen kann. Des Weiteren wurden Doppelstränge verschiedenster Sequenzen mittels kollisionsinduzierter Dissoziation bezüglicher ihrer Zerfallswege untersucht. Dabei konnten spezifische Fragmentationsmuster ermittelt werden. Nachdem verschiedene etablierte Tandem-MS-Techniken angewendet wurden konnte abschließend eine neue Vakuumultraviolette Strahlung-basierte MS/MS-Methode entwickelt werden. Bei höher geladenen Ionen konnte eine Ladungsreduktion durch das Herausschlagen von Elektronen erreicht werden. Des Weiteren konnten die bereits bekannten Dissoziationspfade, wie beispielsweise in DNA, beobachtet werden. Außerdem konnten bei anderen Proben, wie z.B. ATP, ebenfalls neue Produktionen generiert werden. / Mass spectrometry represents one of the most important techniques in analytical chemistry today. So far, however, despite extensive use, not all processes in the mass spectrometer can be fully explained. In order to contribute to this, DNA oligonucleotides were investigated. Ion mobility was used to examine the spatial extent of single-stranded DNA in terms of its charge level and sequence in combination with a MS to determine the required fragmentation energies. Thus, structural changes of the ions can be detected. A sequence-independent fragmentation point could be determined, which was determined exclusively by the charge level. It showed a linear increase in the required energy with increasing charge, with a saddle point was present at intermediate charge states. By ion mobility spectrometry this area could be confirmed as a geometric refolding zone. Subsequently, the product ions from different collision-based fragmentation techniques were compared, and it was found that single-stranded DNA showed large differences between the methods due to the complex and versatile dissociation channels. Therefore, it could serve as a sensitive sensor for minor differences in fragmentation technique. Furthermore, double strands of different sequences were investigated by means of collision-induced dissociation with respect to their fragmentation pathways. Specific fragmentation patterns could be identified, which could be assigned to clear trends. After various established tandem MS techniques were used a new vacuum ultraviolet radiation -based MS/MS method was developed and tested. For this purpose, a commercially available deuterium lamp that has a short wavelength, installed in an ion trap MS. With higher charged ions, a charge reduction could be achieved by the ejection of electrons. Subsequently, the already known dissociation pathways could be observed. In addition, new product ions could also be generated for other samples, such as adenosine triphosphate.
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Bioavailability studies of Iron Nanoparticles in Biological Samples using Mass Spectrometric Techniques

Garcia-Fernandez, Jenifer 23 November 2018 (has links)
In dieser Studie wurde eine Charakterisierung von Eisenpräparaten entwickelt, die als parenterale und orale Präparate zur Behandlung schwerer Anämie auf Basis von Fe-Kohlenhydrat-Nanopartikeln und Bioverfügbarkeitsstudien in biologischen Proben verwendet werden. Eine vollständige Charakterisierung eines kommerziellen Präparats für die parenterale Behandlung von Anämie (Venofer®) wurde durchgeführt. Solubilisationsstudien des Arzneimittels wurden in Serum und Blut durchgeführt, um die Bioverfügbarkeit von Eisen zu untersuchen. Es wurden Speziationsexperimente von Serumproteinen durchgeführt (UV-vis, ICP-MS), die detailliertere Informationen über das Arzneimittel und sein Verhalten im Körper liefern. Tartrat-modifizierte Eisenoxid-Nanopartikel (FeNPs) und isotopisch angereicherte 57Fe wurden synthetisiert. Nanopartikel wurden weiter in Bezug auf Partikelgröße und -form charakterisiert. Da diese Nanopartikel möglicherweise für die orale Supplementierung bei der Die Labilität dieser FeNPs wurde in saurem Medium bewertet, und das gesamte Fe wurde in nanopartikulärer und löslicher Fraktion quantifiziert. Zur Bestimmung des Nanostrukturverhaltens in zellulären Medien wurde eine Speziationsstrategie für Nanopartikel und ionische Eisenspezies basierend auf einer reversed phase high performance liquid chromatography, gekoppelt an ICP-MS, durchgeführt und erstmals auf Caco-2-Zellen angewendet Proben. Darüber hinaus wurde ein Quantifizierungsansatz durch Anwendung einer Isotopenverdünnungsanalyse mit 57Fe. Die Zytotoxizität wurde untersucht: kolorimetrische Assays wurden in verschiedenen Zelllinien durchgeführt, und die oxidative Schädigung wurde durch Messung der ROS-Produktion bestimmt. Schließlich wurden In-vivo-Modelle zur Bestimmung der Eisenresorption im Dünndarm nach Perfusionsexperimenten an Ratten verwendet. Das Schicksal der FeNPs wurde auch untersucht, indem andere Gewebe wie Leber, Niere, Milz oder Blut nach der intestinalen Aufnahme analysiert wurden. / In this study, a characterization of iron supplements used as parenteral and oral preparations for the treatment of severe anaemia based on Fe-carbohydrate nanoparticles and bioavailability studies in biological samples have been developed. A complete characterization of a commercial preparation for the parenteral treatment of anaemia (Venofer®), has been carried out. Solubilisation studies of the drug have been conducted in serum and blood to evaluate iron bioavailability. Moreover, speciation experiments of serum proteins were conducted using UV-vis and ICP-MS detection, providing more in-depth information about the drug and its behaviour in the body. Tartrate-modified coated-iron oxide nanoparticles (FeNPs) and isotopically enriched 57FeNPs have been synthesized. Nanoparticles were further characterized in terms of particle size and shape. As these nanoparticles are potentially suitable for the oral supplementation in anaemia’s treatment, the lability of these FeNPs in acidic medium was evaluated, and total Fe was quantified in nanoparticulate and soluble fraction. For the determination of nanostructure behaviour in cellular media, a speciation strategy for nanoparticles and ionic species of iron based on a reversed-phase high-performance liquid chromatography coupled to ICP-MS was carried out and applied for the first time to Caco-2 cell samples. Moreover, a quantification approach was also tackled by applying an online post-column isotope dilution analysis with 57Fe as isotopically enriched standard. Cytotoxicity from these tartrate-modified iron oxide nanoparticles was evaluated: colorimetric assays have been conducted in different cell lines and oxidative damage was assessed by measuring ROS production. Finally, in vivo models were used to determine iron absorption in the small intestine after perfusion experiments in rats. The fate of the FeNPs was also studied by analysing other tissues as liver, kidney, spleen, or blood after the intestinal uptake.

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