Made available in DSpace on 2016-06-02T19:29:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseAJM.pdf: 1132829 bytes, checksum: d7a4ea748d124c0e0dddf18933cbad53 (MD5) Previous issue date: 2003-04-29 / Universidade Estadual de Maringá / Genetic and chemical variability of Maytenus ilicifolia Maytenus ilicifolia is a native plant of Southern Brazil commonly used as a popular medicine for indigestion, gastritis and ulcers. The large use of this plant has increased the degradation of the species, and thus it is presently included in FAO´s list for priority species for studying and conservation in South America. In this context, this work aimed to contribute with studies that help the conservation of this species. Initially, a survey in herbaria and in the field was performed to identify the incidence and distribution of the genus Maytenus in the State of Rio Grande do Sul. Three new species (M. glaucenscens Reiss, M. gonoclada Mart. and M. robusta Reiss) were found in this State. The genetic variability study of three populations showed that the intrapopulational variation (variance from 0.102 to 0.140) is higher than the interpopulational (variance between 0.076 and 0.099%). The three populations analyzed grouped themselves with low significance level and 7.6% of the present alleles are rare. The genetic variability study involving 18 native populations of Maytenus ilicifolia, Maytenus aquifolia and Maytenus evonymoidis demonstrated that the species may be separated with 100% of confidence, and that M. ilicifolia and M. aquifolia are genetically more similar. The populations of Maytenus ilicifolia analyzed formed three groups with low confidence levels. Group I included the populations of Ponta Porã, group II the populations of Santana do Livramento, Vale Verde, Canguçu and Unistalda, and group III was formed by the other 13 populations. A similarity in the genetic and environmental grouping of such species was observed. The chemical characterization was performed by gas chromatography of the extracts obtained with high pressure CO2. An increase in the yield of extract was obtained when the temperature of extraction as well as the solvent density were increased. The compounds that presented higher yield in the first fractions were dodecanoic acid, geranyl acetone, phytol, squalene, vitamin E and stigmast-5-enol. The compounds friedelan-3-ol and friedelin were extracted in higher yields in the following fractions. The chemical variability study of the volatile and semi-volatile compounds of populations of M. ilicifolia showed a yield of extract (0,488 a 0,976 %) significantly different between the populations. In addition no relation between the chemical and environmental or between the chemical and genetic grouping could be established. / Maytenus ilicifolia (espinheira-santa) é uma planta nativa da região sul do Brasil empregada na medicina popular para tratamentos de indigestão, úlceras e gastrites. A ampla utilização de Maytenus ilicifolia na medicina popular, tem levado à perda de populações da espécie, encontrando-se atualmente na lista da FAO como uma das espécies prioritárias para estudo e conservação na América do Sul. Neste sentido, o presente trabalho teve como objetivo realizar estudos que subsidiem protejos de conservação desta espécie. Inicialmente foi realizado um levantamento em herbários e a campo, verificando a ocorrência e distribuição do gênero Maytenus no estado do Rio Grande do Sul, sendo encontradas três novas espécies: M. glaucescens Reiss, M. gonoclada Mart. e M. robusta Reiss. No estudo da variabilidade genética em três populações, a variação intrapopulacional (0,102 a 0,140) é superior à interpopulacional (0,076 a 0,099). As três populações analisadas se agruparam com baixos valores de significância e 7,6% dos alelos presentes são raros. No estudo da variabilidade genética envolvendo 18 populações nativas de Maytenus ilicifolia e plantas de Maytenus aquifolia e Maytenus evonymoidis, pode-se separar as espécies com 100% de confiança e M. ilicifolia e M. aquifolia estão mais próximas geneticamente em relação a M. evonymoidis. As populações de Maytenus ilicifolia analisadas formaram 3 grupos com valores baixos de índice de confiança baixos, sendo o grupo I a população de Ponta Porá, o grupo II as populações de Santana do Livramento, Vale Verde, Canguçu e Unistalda e o grupo III formados pelas 13 populações restantes. Observou-se semelhança no agrupamento genético e ambiental destas populações. No estudo da caracterização química, via cromatografia gasosa dos extratos obtidos por CO2 a alta pressão, observou-se um acréscimo na eficiência de extração com aumento de temperatura e densidade do solvente. Os compostos ácido dodecanóico, geranil acetona, fitol, Esqualeno, Vitamina E e Stigmast-5-enol foram extraídos em maior concentração nas primeiras frações, independente das condições de extração, enquanto que os compostos Friedelan-3-ol e Friedelin, foram extraídos em maior quantidade nas frações seguintes. Na análise da variabilidade química dos compostos voláteis e semi-voláteis das populações de Maytenus ilicifolia ). Verificou-se no rendimento de extrato (0,488 a 0,976 %) e concentração dos compostos analisados diferenças significativas entre as populações analisadas e não houve relação entre o agrupamento químico das populações com os agrupamentos ambientais e genéticos.

Submitted by Izabel Franco (izabel-franco@ufscar.br) on 2016-09-26T18:53:54Z No. of bitstreams: 1 TeseLS.pdf: 6231137 bytes, checksum: 82ce7c68a05ca7eb79c0ea1da7fe74e9 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-09-27T19:39:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseLS.pdf: 6231137 bytes, checksum: 82ce7c68a05ca7eb79c0ea1da7fe74e9 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-09-27T19:39:56Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseLS.pdf: 6231137 bytes, checksum: 82ce7c68a05ca7eb79c0ea1da7fe74e9 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-27T19:40:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseLS.pdf: 6231137 bytes, checksum: 82ce7c68a05ca7eb79c0ea1da7fe74e9 (MD5) Previous issue date: 2015-06-23 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / The penaeid shrimp (Crustacea, Decapoda, Penaeidae) are the most economically fishing resource of the greatest global importance both for fisheries and the aquaculture industry. Shrimp fishing is one of the pillars of national economy in Mozambique, where they provide around USD 80,000,000 per year in export earnings. In recent years there has been observing a reduction in the shrimp fishery industry probably due the over-exploitation or due the presence of other shrimp species that were not been observed on the coast Mozambique before which may competing for the ecological niche. Despite the great fishing economic importance of penaeid shrimps in Mozambique, there is no genetic scientific literature available thus far on their genetic characteristics. Therefore, this is the first work addressing the genetic diversity of penaeids species of greatest economic value from Mozambique coast F. indicus and M. monoceros, for the first time shrimp from this coast were identified using DNA Barcoding tool. In addition, for the first time sequences of penaeid shrimp from Mozambique coast were deposited in GenBank and Bold system. The objective of this study was to evaluate the genetic diversity and population structure of the species F. indicus and M. monoceros, and identify nine species of penaeids from the Mozambican coast. To assess the genetic diversity and structure of F. indicus and M. monoceros, 160 samples were collected along the Mozambique coast. Three mitochondrial genes (COI, Cyt b, and the control region D-loop) were analyzed. A great genetic diversity was observed, however, the D-loop presented higher values (F. indicus: Hd = 1, h = 13; Hi = 0.0133, M. monoceros Hd = 0,99; H-24; and Hi = 0.0092). D-loop showed unique haplotypes; the Tajima D test and Fu Fs values were negative and significant for the COI and Cyt b genes. The mismatch distribution curves suggested that the two espéceis undergone to a recent population expansion (10.397 to 28.418) years ago F. indicus and M. monoceros respectively. The AMOVA analysis showed that over 99% of the variation occurs within populations. The Fst Pairwise values pointed to a non structured population. The nature of ocean currents along the Mozambique channel as well as the complete absence of physical and / or environmental barriers may be the main factors that influence the non structure of these two species. To identify shrimp penaeids from Mozambique based on DNA barcondig, a total of 69 samples were collected in the Maputo Bay. The genetic distance tree grouped six species into two clades as to the place of origin, suggesting the presence of cryptic species. The intraspecific genetic distance ranged from (0 to 8.636) and interspecific distance from (3.897 to 21.558). The distance distribution analysis 10 of the nearest neighbor ranged from (3.897-18.971). The DNA Barcoding identification tool was efficient to identify the Penaeid species from mozambican coast. However the presence of cryptic species pointed the need for further studies which must be conducted using molecular analyzes; morphological taxonomy and the ecological treats to evaluate each of the sibling species to reach a correct decision of the taxonomic status. / Os camarões peneídeos (Crustacea, Decapoda, Penaeidae) constituem um recurso pesqueiro de grande importância econômica mundial tanto para a indústria pesqueira quanto para a aquicultura. Em Moçambique, a indústria pesqueira constitui uma das bases da sua economia, onde a pesca do camarão chega a render cerca de 80 milhões de dólares anuais. Nos últimos anos, tem-se verificado uma redução na pesca do camarão, provavelmente devido à sobrexplotação e à presença de espécies exóticas. Este é o primeiro estudo genético envolvendo as espécies de maior valor econômico de Moçambique. O objetivo deste estudo foi avaliar a diversidade genética e a estrutura populacional das espécies Fenneropeaneus indicus e Metapenaeus monoceros e identificar através do DNA barcoding nove espécies de camarão peneídeo. Para avaliar a diversidade e a estrutura genética de F. indicus e M. monoceros, foram coletadas 160 amostras ao longo da costa de Moçambique e analisados os genes mitocondriais COI (citocromo oxidase subunidade 1), Cyt b (citocromo oxidase subunidade b) e a região controle D-loop. Foi observada uma alta diversidade genética, sendo que o D-loop apresentou os valores mais elevados (F. indicus: Hd=1; h=13; Hi=0,0133; M. monoceros: Hd=0,99; h=24; e Hi=0,0092). O D-loop apresentou haplótipos únicos. Os valores do teste D de Tajima e Fs de Fu foram negativos e significativos para os genes COI e Cyt b. As curvas de distribuição mismatch sugeriram que as duas espécies passaram por uma expansão populacional recente de 10,397 e 28,418 anos para F. indicus e M. monoceros, respectivamente. A AMOVA referente aos genes COI e Cyt b mostrou que mais de 99% da variação ocorre dentro das populações. Os valores de FST par a par indicaram não haver estruturação populacional. A natureza das correntes marinhas ao longo do canal de Moçambique, bem como a ausência completa de barreiras físicas e/ou ambientais podem ser os principais fatores que influenciam a manutenção destas duas espécies como populações únicas. Para a identificação dos peneídeos de Moçambique com base no DNA barcondig, um total de 69 amostras foi coletado na Baía de Maputo. A árvore de distância genética agrupou seis espécies em dois clados com relação ao lugar de origem, sugerindo a presença de duas linhagens. A distância genética intraespecífica variou de 0 a 8,636 e a distância interespecífica variou de 3,897 a 21,558. A análise da distribuição de distância para o vizinho mais próximo variou de 3, 897 a 18,971. A ferramenta de identificação DNA barcoding, foi eficiente na identificação das espécies de peneídeos da costa moçambicana.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:37:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 396843 bytes, checksum: 9fd7aac5086c275bb20b53a394a45824 (MD5) Previous issue date: 2010-07-22 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Species of the complex Ceratocystis fimbriata sensu lato (sl) are important pathogens of a large number of woody plants and herbs, especially the cultivation of eucalyptus. The disease caused by C. fimbriata, called Ceratocystis wilt, is considered an emerging disease and difficult to control because it is a vascular pathogen with wide host range. The main way for disease control is done by planting resistant material, but the possible variability in the pathogen population may affect the selection of resistant genotypes. In this study, we evaluated the agressivity of isolates of C. fimbriata obtained from Eucalyptus spp. in Brazil. Ten isolates were inoculated in ten commercial clones of Eucalyptus spp. The experiment was conducted in a randomized design in factorial composed of two factors (clone X isolate) with four replications. At 60 days after inoculation, we evaluated the length of lesion in the wood in relation to height (% of diseased tissue). The isolates presented pathogenic variability, differing at various levels of aggressiveness. The ANG1 and PT15 isolates were less aggressive, causing infections in just one clone. The isolates RM35 and PT12 were the most aggressive, while the first was able to infect eight of the ten clones inoculated. The remaining isolates had intermediate values and aggression varied according to clone evaluated. Clones 386 and A06 were the most resistant, while 1172 and 1288 the most susceptible. These clones highly resistant and highly susceptible can be used as comparators in controlled experiments and field inoculation. The result of this work shows that there is variability in the population of C. fimbriata in Eucalyptus spp. and that the most aggressive isolates are recommended for artificial inoculations to select disease resistant genotypes. / Espécies do complexo Ceratocystis fimbriata sensu lato (s.l.) são importantes patógenos de um grande número de plantas arbóreas e herbáceas, com destaque para a cultura do eucalipto. A doença causada por C. fimbriata, denominada murcha-de-ceratocystis, é considerada emergente e de difícil controle por se tratar de um patógeno vascular e com ampla gama de hospedeiros. A principal forma de controle da doença é feita pelo plantio de material resistente, mas a possível variabilidade na população do patógeno pode comprometer a seleção de genótipos resistentes. Neste trabalho, avaliou-se a variabilidade patogênica de isolados de C. fimbriata obtidos de plantas de Eucalyptus spp. no Brasil. Foram inoculados dez isolados do fungo em dez clones comercias de Eucalyptus spp. O experimento foi realizado em delineamento inteiramente casualizado, em esquema fatorial composto de dois fatores (clone X isolado), com quatro repetições. Aos 60 dias após a inoculação, avaliou-se o comprimento de lesão no lenho em relação a altura da planta (% de tecido doente). Os isolados apresentaram variabilidade patogênica, diferenciando em vários níveis de agressividade. Os isolados ANG1 e PT15 foram os menos agressivos, causando infecções em apenas um clone. Os isolados RM35 e PT12 foram os mais agressivos, sendo que o primeiro foi capaz de infectar oito dos dez clones inoculados. Os demais isolados tiveram valores intermediários e variaram a agressividade de acordo com o clone avaliado. Os clones 386 e A06 foram os mais resistentes, enquanto 1172 e 1288 os mais suscetíveis. Esses clones altamente resistentes e altamente suscetíveis podem ser utilizados como comparadores nos experimentos de inoculação controlada e no campo. O resultado do presente trabalho permite concluir que existe variabilidade patogênica na população de C. fimbriata de Eucalyptus spp. e que os isolados mais agressivos são recomendados para as inoculações artificiais visando a seleção de genótipos resistentes à doença.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 370964 bytes, checksum: 4fbb1985432d879bf053fe1416468899 (MD5) Previous issue date: 2008-10-06 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / B chromosomes, called supernumerary or accessory too, has been founded in fungi, plants and animals. This chromosomes have a rate of no mendelian segregation and he can occurs, since one to many copies by individual. In the gender Partamona, of six citogenetic characterazed species nowadays, only P. helleri owned B chromosome. RAPD mark has been identified as associated to this chromosome in a colony from Viçosa City-MG. After this, it has been cloned, sequenciated and transformated in a SCAR mark. This same mark has been identified in P. cupira, P. criptica and P. rustica, what suggested this species have B chromosome, too. Moreover, this same mark has been identified in a colony of Salvador City-BA. whose individuals have a big heterochromatic B chromosome. How it's possible that there is a association between the presence of B chromosomes, this work had as aim detect the presence of B chromosome in P. cupira and verified a possible association between them and the presence of SCAR mark described above. Another object was the sequenciation of SCAR fragment from P. cupira, P. criptica, P. rustica and P. helleri (Salvador City-BA), with the aim of comparer the level of identity between the SCAR sequences. As resulted, the four colony at all from P. cupira analised, only two ownied the chromosomic number 2n=34, otherwise the other two colonies ownied same individuals that demonstrated have the presence of a great B chromosome (GUI 1 E GUI 11). Another observation was CMA3 mark in the short arm of this supernumerary chromosomes, what suggest that them may have owned ribossomal DNA sequeces. Moreover, it has been verified a clear association between the presence of SCAR mark and B chromosomes in the individuals from colonies GUI 1 E GUI 11. It's considered that sequences compared at all, have been only same gaps and almost none variable site, between them, what suggests that the level of identity between sequences is extremely high. It's suggests some kind of importance in relation to the adaptation of chromosome B, nowadays unknown, or the born of B, throw interspecific mating no detected yet. Future studies will analyze the different hypothesis about the origin of B chromosomes in the genera Partamona and the association between fragments from SCAR primers with the presence of Bs in P. criptica, P. rustica e P. helleri (Salvador City-BA). / Cromossomos B, também chamados de cromossomos extra- numerários ou acessórios ocorrem em fungos, plantas e animais. Estes cromossomos possuem um padrão de segregação não mendeliano, podendo existir de uma a várias cópias por indivíduo. No gênero Partamona, de seis espécies caracterizadas citogeneticamente até então, somente P. helleri apresentou cromossomo B. Um marcador RAPD foi identificado como associado a esse cromossomo em uma colônia oriunda de Viçosa-MG, sendo posteriormente clonado, sequenciado e transformado em marcador SCAR. Este mesmo marcador foi identificado em P. cupira, P. criptica e P. rustica, o que sugere que estas espécies também possuem cromossomos B. Além disso, esse mesmo marcador foi detectado em indivíduos de um ninho de P. helleri de Salvador - BA, cujos indivíduos possuíam um grande cromossomo B heterocromático. Podendo haver uma ligação entre a presença do marcador SCAR nestas espécies e a presença de cromossomos Bs, este trabalho teve como objetivo detectar a presença de cromossomos B em P. cupira e verificar se existe uma associação entre ele e a presença do marcador SCAR descrito acima. Um outro objetivo foi o sequenciamento dos fragmentos SCARs de P. cupira, P. criptica, P. rustica e P. helleri de Salvador-BA, com o propósito de comparar o nível de identidade entre as sequencias de SCAR. Como resultado, das 4 colônias de P. cupira analisadas, duas apresentaram o número de 2n=34, ao passo que as outras duas apresentaram em alguns indivíduos um cromossomo B de grande tamanho (colônias GUI 1 e GUI 11). Observou-se ainda, uma marcação de CMA3 no braço curto destes cromossomos extranumerários, o que sugere que o mesmo pode conter sequencias de genes de DNA ribossomal nesta espécie. Verificou-se também uma clara associação entre a presença do marcador SCAR e a de cromossomos B, nos indivíduos das colônias GUI 1 e GUI 11. Levando em conta que as sequências, comparadas em conjunto possuíam apenas alguns gaps e quase nenhum sítio variável entre elas, pode-se dizer que o nível de identidade entre elas é extremamente alto, o que sugere algum tipo importância adaptativa em relação ao cromossomo B, ainda desconhecida, ou o surgimento deste último, através de cruzamentos interespecíficos, ainda não detectados entre as espécies do gênero. Estudos futuros deverão analisar as diferentes hipóteses levantadas sobre a origem dos cromossomos B no gênero Partamona, bem como a associação dos fragmentos oriundos dos primers SCAR de P. helleri com a presença destes cromossomos em P. criptica, P. rustica e P. helleri de Salvador BA.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 4429983 bytes, checksum: c49a9f8f2fc37366c75c7b1f5cbbeaba (MD5) Previous issue date: 2013-02-25 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Since 2000, field soybean plants in the states of Bahia, Goiás, Maranhão, Mato Grosso, Minas Gerais, Paraná and Tocantins have been described with symptoms of soybean stem necrosis disease. The symptoms are varied, some milder other severe. The disease has been associated with Cowpea mild mottle virus (CPMMV, family Betaflexiviridae, genus Carlavirus). This study is aimed at the biological characterization and molecular and genetic analyses of genetic variability of isolates of CPMMV that cause symptoms of stem necrosis in soybean fields of different producing Brazil states. The study was conducted with samples collected in the states of Bahia, Goiás, Maranhão, Mato Grosso, Minas Gerais and Pará. The isolates caused a variety of symptoms in soybean cv. CD206, and mild and severe isolates were observed. The complete genomes of six isolates were sequenced and additionally the partial sequence of another 12 isolates was also determined (ORF2- 3'end). No Brazilian CPMMV isolate, from any host, had been entirely sequenced until now. Biological and molecular characterization showed that the six Brazilian isolates, whose genomes have been completely determined, belong to a new CPMMV strain distinct from that which belongs to the only isolated CPMMV previously sequenced from Ghana in Africa. The ORF1 (RdRp) of these six Brazilian isolates showed values of sequence identity (60-61% to 58-69% for nt and aa), less than that set by the International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), when they were compared with a Ghanaian CPMMV isolate. ORF5 (CP), however, showed identity values (79% to 95-96% for nt and aa) greater than those established by the ICTV when they were compared with the Ghanaian isolate. Both proteins are used to classify isolates of the genus Carlavirus in the same species. Pairwise comparisons and phylogenetic analysis showed that Brazilian isolates are highly related to each other and distinct from isolates of other species of the genus Carlavirus. The phylogenetic trees constructed with partial sequences of the genomes did not show groupings based on geographic region or collection year, but groupings based on symptoms were observed for trees constructed with partial sequences (ORF2-3'end), ORF2 (TGB1), ORF5 (CP) and ORF6 (NABP). Besides the relationship between isolates CPMMV demonstrated by partial sequencing, there are variations between the Brazilian isolates. Evidence of two possible CPMMV strains were found in Brazil with biological and molecular variations between isolates of both strains. Recombination events were identified in genome of the isolates, and they occurred mainly in the ORF1 region of the polymerase, less frequently in other regions of the genome. With this study it was found that the taxonomic criteria, which define the genus Carlavirus may fail in cases where only a partial sequence is determined: if only the ORF1 had been determined during the study we could propose that our isolates belong to a new species of the genus Carlavirus. In addition, there is clearly the need to determine the occurrence of seed transmission in Brazilian CPMMV isolates, since the transmission by seed and/or whitefly Bemisia tabaci, with high dispersibility may have contributed to the spread of the virus in different soybean producing states. These facts justify the nongrouping of isolates based on geographic region or collection year. / A partir do ano 2000 plantas de soja nos campos dos estados da Bahia, Goiás, Maranhão, Mato Grosso, Minas Gerais, Paraná e Tocantins foram descritasapresentando sintomas da doença da necrose da haste da soja. Os sintomas eram variados, alguns mais suaves outros mais severos. A doença foi associada ao Cowpea mild mottle virus (CPMMV, família Betaflexiviridae, gênero Carlavirus). Nesse estudo foi proposta a realização da caracterização biológica, molecular e análise da variabilidade genética de isolados de CPMMV, causando sintomas da necrose da haste em soja nos campos de diferentes estados produtores do Brasil. O estudo foi realizado com amostras coletadas nos estados da Bahia, Goiás, Maranhão, Mato Grosso, Minas Gerais e Pará. Os isolados causaram uma variedade de sintomas em soja cv. CD206, isolados brandos e severos foram observados. O genoma completo de 6 isolados foi sequenciado e adicionalmente a sequencia parcial de outros 12 isolados foi também determinada (ORF2-3 terminal). Nenhum isolado brasileiro de CPMMV, independente do hospedeiro, havia sido totalmente sequenciado até esse trabalho. As caracterizações biológica e molecular mostraram que os seis isolados brasileiros, cujos genomas foram completamente determinados, pertencem a uma nova estirpe de CPMMV, distinta daquela à qual pertence o único isolado de CPMMV previamente sequenciado, oriundo de Gana na Àfrica. A ORF1 (RdRp) desses seis isolados brasileiros apresentou valores de identidade de sequencia (60- 61% para nt e 58-69% para aa), inferiores ao estabelecido pelo Comitê Internacional de Taxonomia de Vírus (ICTV), quando foram comparados com o isolado Gana de CPMMV. A ORF5 (CP), no entanto, apresentou valores de identidade (79% para nt e 95-96% para aa) superiores ao estabelecido pelo ICTV quando foram comparados com o isolado Gana. Ambas as proteínas são utilizadas para classificar isolados do gênero Carlavirus em uma mesma espécie. As comparações par-a-par e análises filogenéticas mostraram que os isolados brasileiros são altamente relacionados entre si e distintos de isolados de outras espécies do gênero Carlavirus. As árvores filogenéticas construídas com as sequencias parciais dos genomas não mostraram agrupamentos com base em região geográfica ou ano de coleta, porém agrupamentos com base nos sintomas foram observados para as árvores construídas com a sequência parcial (ORF2-3 terminal), ORF2 (TGB1), ORF5 (CP) e ORF6 (NABP). Além do relacionamento entre os isolados de CPMMV, foi demonstrado através do sequenciamento parcial, que existem variações entre os isolados brasileiros. Evidencias de duas possíveis estirpes de CPMMV no Brasil foram encontradas, com variações moleculares e biológicas entre os isolados de ambas as estirpes. Eventos de recombinação foram identificados ao longo do genoma dos isolados, e eles ocorreram principalmente na ORF1, região da polimerase, e com menor frequência em outras regiões genoma. Com esse trabalho foi verificado que o critério taxonômico, que define as espécies do gênero Carlavirus, pode ser falho em casos em que apenas a sequencia parcial é determinada, se apenas a ORF1 tivesse sido determinada durante o estudo poderíamos propor que os nossos isolados pertencem à uma nova espécie do gênero Carlavirus. Além disso, ficou clara a necessidade de se determinar a ocorrência de transmissão por semente dos isolados de CPMMV brasileiros, pois a transmissão por sementes e/ou a alta capacidade de dispersão e voo da mosca branca Bemisia tabaci podem ter contribuído para a dispersão do vírus nos diferentes estados produtores de soja. Esses fatos justificam o não agrupamento dos isolados com base em região geográfica ou ano de coleta.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 556442 bytes, checksum: 83f1236169675934d178ce9bc6f855fb (MD5) Previous issue date: 2007-03-13 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The genetic variability of 66 colonies of Partamona helleri collected in five locations of Minas Gerais state was estimated using ten microsatellites loci. Low levels of polymorphism were detected, getting 40% of polymorphic loci and 1,5 alleles/Iocus. The expected average heterozygosity for all the analyzed colonies was 0.180 and the observed average heterozygosity was 0.107. The analyzed subpopulations were well structured, with significant genetic variation (FST = 0.552). The analysis of molecular variance (AMOVA) revealed that 81.23% of the total genetic variability is explained by variation among populations, what confirms the structure observed. The grouping analysis of the colonies, did not reveal the formation of groups corresponding to their geographic origin. However, when grouping colonies according to localities, it was verified that the population of Viçosa was more genetically different from the others, and that populations of São Miguel do Anta, Teixeiras and Porto Firme were closer to that collected in Rio Vermelho, than to population of Viçosa, although Rio Vermelho was geographically more distant. More detailed studies, analyzing a larger number of colonies and using microsatellites primers specific for P. helleri, must be carried out in order to supply more conclusive information about the genetic variability of these bees. / A variabilidade genética de 66 colônias de Partamona helleri coletadas em cinco localidades do Estado de Minas Gerais foi estimada utilizando dez locos microssatélites. Baixos níveis de polimorfismos foram detectados, obtendo-se 40% de locos polimórficos e 1,5 alelos/loco. A heterozigosidade média esperada para todas as colônias analisadas foi 0,180 e a heterozigosidade média observada foi de 0,107. As subpopulações analisadas apresentaram forte estruturação, com significativa diferenciação genética (FST = 0,552). A análise de variância molecular (AMOVA) revelou que 81,23% da variabilidade genética total é explicada pela variação existente entre as populações, o que confirma a forte estruturação detectada. A análise de agrupamento de todas as colônias em conjunto, não revelou a formação de grupos correspondentes à origem geográfica das mesmas. Porém, ao agrupar as colônias por localidade, verificou-se que a população de Viçosa mostrou-se mais geneticamente diferente das demais, e que as populações de São Miguel do Anta, Teixeiras e Porto Firme mostraram-se geneticamente mais próximas daquela coletada em Rio Vermelho, do que da população de Viçosa, apesar de ser geograficamente mais distante. Estudos mais detalhados, analisando um maior número de colônias e utilizando primers microssatélites específicos para P. helleri, devem ser realizados a fim de fornecerem dados mais conclusivos sobre a variabilidade genética destas abelhas.

Made available in DSpace on 2016-12-08T16:44:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGPV07MA023.pdf: 3345243 bytes, checksum: 4a8cf32319e030bf77cdd4320f251d27 (MD5) Previous issue date: 2007-06-22 / The fungi Fusarium graminearum (teleomorph Gibberella zeae) is the etiological agent of scab wheat, one of the most important cereal s winter diseases in Brazil. Outbreaks are generally sporadic but in the last few years is frequently reported an increase in disease intensity in almost all the wheat producing areas around the world. Some studies demonstrate a high genetic diversity in F. graminearum from different geographic areas, as well as in isolates at the same locality. In filamentous fungi, as the F. graminearum, one of the main mutation s causes is the transposable elements or transposons which are capable to generate different types of mutations. In some cases, these mutations are involved with the resistance break, an important phenomenon for the occurrence of epidemics. The objectives of this study were to detect putative transposable elements sequences in the F. graminearum genome, as well as to develop and to analyze adequate procedures for co-transformation of brazilin isolates of this fungi with the vectors pNI160, which carry the transposon impala and pAN7.1, which code to hygromycin B resistance. To detect putative sequences of transposable elements in the F. graminearum genome, specifics oligonucleotides were constructed and 14 isolates, originated from the States of Rio Grande do Sul, Paraná and São Paulo were used. A total of 10 oligonucleotides pairs were constructed (6 oligonucleotides pairs were specific to transposase, 3 to transcriptase reverse and 1 to gene that code for GAG protein). Considering these 10 oligonucleotides pairs, the one that would amplify a transcriptase reverse region similar to a Magnaporthe grisea reverse transcriptase did not amplify any fragment in the isolates total DNA, and the pair that would amplify a transposase region similar to Metarhizium anisopliae originated many fragments of different sizes that do not show relation with 683 bp expected size fragment. Considering the eight oligonucleotides pairs remained, five of them amplified the expected fragments for transposase (715 bp region similar to F. oxysporum f. sp. ciceris transposase, 306 bp similar to Aspergillus awamori transposase, 556 bp similar to A. niger tansposase, 339 bp similar to Arabdopsis thaliana transposase and 554 bp similar to Cochliobolus carbonum transposase), two of them amplified the transcriptase reverse fragments (161 bp similar to A. thaliana reverse transcriptase and the 752 bp similar to Caenorhabditis elegans reverse transcriptase) and one oligonucleotide pair amplified an 581 bp expected size fragment similar to F. oxysporum gag gene. The amplification occurred, even for different oligonucleotides pairs, in all 14 analyzed isolates confirming the presence of transposable elements putative sequences in Brazilian isolates of F. graminearum. This also shows a diversity of groups of these putative elements, considering that some of the sequence amplified is characteristic of a transposable element specific group. To develop the genic inactivation protocol, we select the isolates F02 and F12 which are pathogenic for BR18-Terena cultivar. To evaluate the better medium for selection of chlorate resistant mutants, it was analyzed two different medium. This analysis showed that medium describe by Cove (1979) is more indicate for selected the chlorate resistant mutants. A total of 15 9 chorate resistant mutants were obtained, being five identified as nitrate reductase mutants (niaD), eight specific regulator mutants (nirA) and two permease mutants. Differences related to the number of mutants obtained and number inoculated plates, number of nitrate reductase mutants and macroconides production indicate that the choice of the isolate can influence the isolation of mutants and in protoplast production. Analysis with different hygromycin B concentrations revealed that doses up to 30 μg.mL-1 were enough to control the fungal growth. Two nitrate reductase mutants (M01 and M194) were select to protoplastization and co-transformation, once these two mutants in relation to others produce lower concentration of residual mycelium. Only one transformant were obtained and it was denominated T3, what shows that the transformation protocol needs to be modified to increase the number of transformants. If hybridization experiments confirm the transformation of T3 with only one copy of the impala element, it will be confirmed the transposition ability of impala in F. graminearum, and it will be useful in genetic inactivation studies, especially to genes involved in pathogenicity process / O fungo Fusarium graminearum (teleomorfo Gibberella zeae) é o agente etiológico da giberela do trigo, atualmente uma das principais doenças de inverno no Brasil. Epidemias ocorrem esporadicamente, embora nos últimos anos, registraram-se incrementos na intensidade da doença em quase todas as áreas produtoras de trigo no mundo. Vários estudos demonstram uma grande diversidade genética em isolados de F. graminearum de diferentes áreas geográficas, como também em isolados de uma mesma localidade. Em fungos filamentosos como o F. graminearum, uma das principais fontes de mutações capaz de gerar alta variabilidade genética são os elementos transponíveis ou transposons. Essas mutações algumas vezes estão envolvidas com a quebra de resistência, fenômeno importante para o surgimento de epidemias. Os objetivos deste trabalho foram de detectar putativas seqüências de elementos transponíveis no genoma deste fungo, bem como, desenvolver e analisar procedimentos e métodos adequados para a co-transformação de isolados brasileiros deste fungo com o plasmídio pNI160, o qual carrega o transposon impala, e o plasmídio pAN7.1, no qual esta inserido o gene de resistência a higromicina B. Para detectar putativas seqüências de elementos transponíveis no genoma deste patógeno foram construídos oligonucleotídeos específicos para amplificação, via PCR de seqüências características destes elementos transponíveis. Foram utilizados 14 isolados de F. graminearum, provenientes dos Estados do Rio Grande do Sul, Paraná e São Paulo e um total de 10 pares de oligonucleotídeos foram construídos (6 pares para genes que codificam a enzima transposase, 3 pares para genes que codificam a enzima transcriptase reversa e 1 par um gene que codifica a proteína GAG). Dos 10 pares de oligonucleotídeos utilizados, o par que amplificaria uma região de transcriptase reversa similar ao mesmo gene de Magnaporthe grisea não amplificou nenhum fragmento nos isolados utilizados, e o par que amplificaria uma região de transposase similar ao mesmo gene de Metarhizium anisopliae originou muitos fragmentos de diferentes tamanhos não condizentes com o tamanho esperado de 683 pb. Dos oito pares de oligonucleotídeos restantes, cinco amplificaram as regiões esperadas para a transposase (regiões de 715 pb similar a uma transposase de F. oxysporum f. sp. ciceris, 306 pb similar a uma transposase de Aspergillus awamori, 556 pb similar a uma transposase de A. niger, 339 pb similar a uma transposase de Arabidopsis thaliana e 554 pb similar a uma transposase de Cochliobolus carbonum), dois amplificaram as regiões de transcriptase reversa (regiões de 161 pb similar a uma transcriptase reversa de A. thaliana e 752 pb similar a uma transcriptase reversa de Caenorhabditis elegans) e um amplificou um fragmento de tamanho esperado de 581 pb similar ao gene gag de F. oxysporum. A amplificação ocorreu, mesmo que para diferentes pares de oligonucleotídeos, em todos os 14 isolados analisados, confirmando a presença de seqüências putativas de elementos transponíveis em isolados de F. graminearum provenientes de diferentes regiões do Brasil, além de demonstrar uma diversidade de classes de putativos elementos, uma vez que cada seqüência é característica de um determinado grupo de elementos transponíveis. Para o desenvolvimento do protocolo de inativação gênica foram 7 selecionados os solados F02 e F12 patogênicos a cultivar BR18-Terena. Um teste para avaliação do meio de cultura para seleção dos mutantes resistentes ao clorato demonstrou que o meio descrito por Cove (1979) é o mais indicado para os isolados selecionados. Um total de 15 isolados mutantes resistentes ao clorato foi obtido, dos quais 5 foram identificados como mutantes para o gene nitrato redutase (niaD), 8 mutantes para um regulador específico (nirA) e 2 mutantes para permease. Diferenças quanto ao número de mutantes selecionados pelo número de placas inoculadas, número de mutantes nitrato redutase e produção de esporos assexuais, indicam que a escolha do isolado pode influenciar na obtenção de mutantes e na produção de protoplastos. Testes com diferentes concentrações de higromicina revelaram que doses acima de 30 μg. mL-1 são suficientes para o controle do crescimento do fungo. Dois mutantes nitrato redutase (M01 e M194) foram selecionados para a protoplastização e cotransformação, com base na menor produção de micélio residual em relação aos demais. Apenas um transformante foi obtido sendo denominado T3, mostrando a viabilidade do protocolo, mas também, que mais estudos devem ser realizados para se aumentar o número de transformantes. Se confirmada, através de hibridização, a transformação de T3 com uma única cópia do elemento impala, este poderá além de confirmar a capacidade de transposição deste elemento em F. graminearum, também servir em estudos de expressão gênica, principalmente àqueles genes envolvidos no processo de patogenicidade

Aedes aegypti is an important vector of human arboviruses as dengue, yellow fever and chikungunya in several tropical and subtropical countries. Studies of population genetic on Ae. aegypti has been growing in recent years and several molecular markers has been used to assess genetic variability of this vector. Among the molecular markers used is the ISSR (Inter-Simple Sequence Repeat) based on the use of nonspecific primers as microsatellites, and SNP (Single Nucleotide Polymorphism) that detect single base mutations in the chain of nitrogenous bases. The aim of this study was to determine the genetic variability in Ae. aegyti populations in the State of Sergipe through the molecular markers ISSR and SNP. Mosquito samples were caught using ovitraps in seven cities of Sergipe State: Canindé de São Francisco, Carira, Pinhão, Neópolis, Maruim, Aracaju and Umbaúba. DNA from adult mosquitoes was extracted and amplified with two ISSR primers and nine SNP markers. For ISSR marker analysis AMOVA resulted in 32% of genetic variation among populations and 68% within the population. The value of phiST was equal to 0.3225 indicating high genetic structure among populations. The dendrogram generated by UPGMA grouped the populations into two clusters that showed 61% similarity. The Mantel test by means of partial correlation between genetic distances and road excluding the interference of population size of the city was significant (r = -0.5399, p = 0.0359), assuming the occurrence of gene flow between Ae. aegypti populations passively by human action. For the marker SNP AMOVA analysis revealed genetic differentiation of FST = 0.07354 (p <0.01) and genetic diversity of 7.35% among populations. The analysis, showed the existence of two clusters based on genotypic similarities. For this analysis we found genetic differentiation between populations located in the countryside and on the coast. Both markers were efficient for the genetic study of natural populations of Ae. aegypti and able to differentiate among samples on a geographic scale from 30km to 240km. / Aedes aegypti é um importante vetor de graves arboviroses humanas como dengue, febre amarela e chikungunya em diversos países tropicais e subtropicais. O número de estudos envolvendo genética de população com Ae. aegypti vem crescendo nos últimos anos, sendo utilizados diversos marcadores moleculares para avaliar a variabilidade genética deste vetor. Entre os marcadores utilizados estão os ISSR (Inter-Simple Sequence Repeat) baseados na utilização de microssatélites como primers inespecíficos, e SNP (Single Nucleotide Polymorphism) que detectam mutações em bases únicas da cadeia de bases nitrogenadas. O objetivo do estudo foi determinar a variabilidade genética de populações de Ae. aegyti do estado de Sergipe por meio dos marcadores moleculares ISSR e SNP. Foram capturadas amostras do mosquito por meio de armadilhas ovitrampas de sete municípios sergipanos: Canindé de São Francisco, Carira, Pinhão, Neópolis, Maruim, Aracaju e Umbaúba. Para avaliação do polimorfismo genético foi extraído o DNA do mosquito adulto e amplificado com dois primers para ISSR e nove marcadores de SNP. Para o marcador ISSR a análise AMOVA resultou em 32% de variação genética entre as populações e 68% dentro das populações. O valor de phiST foi igual a 0,3225 indicando alta estruturação genética entre as populações. O dendograma gerado pelo método UPGMA agrupou as populações em dois clusters que apresentaram 61% de similaridade. O teste de Mantel por meio de correlação parcial entre as distâncias genética e rodoviária excluindo a interferência do tamanho da cidade foi significativo (r = - 0,5399 e p = 0,0359), supondo a ocorrência de fluxo gênico entre as populações de Ae. aegypti de forma passiva pela ação humana. Para o marcador SNP a análise AMOVA revelou diferenciação genética entre as populações de FST = 0,07354 (p < 0,01) e diversidade genética entre as populações de 7,35%. A análise por meio do software Structure 2.3.1, evidenciou a existência de dois clusters baseados em semelhanças genotípicas. Por essa análise foi observada uma diferenciação genética entre populações localizadas no interior do estado e populações mais próximas do litoral. Ambos marcadores moleculares foram eficientes no estudo genético de populações naturais de Ae. aegypti, sendo possível diferenciar amostras numa escala geográfica entre 30km a 240km.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-08-29Bitstream added on 2014-06-13T21:00:53Z : No. of bitstreams: 1 pinto_cs_me_botfca.pdf: 1125735 bytes, checksum: 911ee854430bff9965e0ec58e6a7b681 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A ferrugem causada pelo fungo Puccinia psidii Winter é uma das doenças mais limitantes no estabelecimento de novos plantios e na condução de brotações de algumas espécies e procedências de Eucalyptus. O método de controle mais eficiente é o plantio de populações de Eucalyptus resistentes à doença. O presente trabalho tem como objetivo estudar a variabilidade genética em progênies de Eucalyptus dunnii Maiden para resistência à ferrugem causada pelo fungo Puccinia psidii Winter. Foram instalados dois testes de progênies de Eucalyptus dunnii no campo, em áreas com histórico de observação de ocorrência da ferrugem pertencentes à empresa Suzano Papel e Celulose, plantados em espaçamento 3x2m, e um teste de progênies em ambiente controlado (câmara de inoculação), conduzido no Departamento de Produção Vegetal. Os experimentos foram instalados em blocos casualizados, o primeiro com 60 progênies, na região de Itapetininga/SP, o outro com 48 progênies de Eucalyptus dunnii, ambos com oito plantas por parcela e repetidos em seis blocos. Foram feitas medições de altura de planta, avaliação da severidade de ataque do fungo. A estimativa da variabilidade genética foi determinada utilizando o programa computacional SELEGEN. As progênies de Eucalyptus dunnii apresentaram uma boa variabilidade genética para resistência a ferrugem e altura das plantas; não houve correlação entre progênies atacada e redução no crescimento em altura / Rust caused by Puccnia psidii Winter fungus is a limiting factor to establish new plantings and to conduct sprouting of some Eucalyptus species and its origin. The more efficient control method is Eucalytpus population planting resistant to the disease. This work has as an objective to study the genetic viability in Eucalyptus dunnii Maiden progenies resistant to Rust caused by Puccinia psidii Winter. It was installed two Eucalyptus dunnii progenies tests in the field, at Suzano Paper and Cellulose Company areas where rust was observed in the past, spacing 3x2m, and one progeny test in controlled environment (inoculation chamber), conducted at Plant Production Department. Both were installed in randomized blocks, the first with 60 progenies, in Itapetininga/SP Region, and the other with 48 progenies of Eucalytpus dunnii. Both with eight plants per plot and repeated in six blocks. The high of the plants were measured and evaluated the fungus attack. Genetic variability estimates was determinate thought SELEGEN (a computer program). The Eucalyptus dunnii progenies presented a good genetic variability for rust resistance and plants high; there was no correlation between infected progenies and decrease in high development

S. frugiperda é uma praga chave no cultivo de milho. A espécie é polífaga e apresenta variações intraespecíficas, sendo caracterizada em dois grupos em função do seu hospedeiro - raça \'Milho\' e raça \'Arroz\' - onde indivíduos morfologicamente idênticos apresentam cargas genéticas distintas. Essas variações podem ser observadas na formação de subgrupos, os quais podem ser compostos por indivíduos geograficamente distintos ou pela forma como se distribuem dentro das populações refletindo diretamente nos padrões de acasalamento da espécie. Em razão disso, este trabalho teve por objetivo compreender a variabilidade genética de populações brasileiras de S. frugiperda e como ela está associada com a produção de diferentes compostos feromonais ou à variação na taxa desses compostos. Para tal, foram coletadas lagartas de S. frugiperda em 6 localidades brasileiras (Santo Augusto-RS, São Raimundo das Mangabeiras-MA, Dourados-MS, Sinop-MT, Assis-SP, e Santa Helena de Goiás-GO). As populações foram avaliadas quanto a sua diversidade genética, perfil cromatográfico das repostas em eletroantenografia (CG-EAG), produção do feromônio e respostas comportamentais em túnel de vento. Os resultados demonstraram uma frequência variável entre as raças de \'Milho\' e \'Arroz\' nas populações brasileiras de S. frugiperda de acordo com o local e época de amostragem. Foram constatados um elevado número de haplótipos nas populações brasileiras, e aparentemente, isto foi resultado da presença de um alta diversidade haplotípica e das pressões do ambiente. Os machos de S. frugiperda responderam para até 4 compostos químicos presentes nas amostras de feromônio sexual e houve uma diferença na abundância do composto majoritário, o acetato de (Z)-9 Tetradecenila, entre as populações das diferentes localidades avaliadas. Em túnel de vento, os machos apresentaram diferentes níveis de atração para as fêmeas de S. frugiperda tanto para uma mesma localidade quanto para localidades distintas. / S. frugiperda is a key pest in corn cultivation. This species is polyphagous and has intraspecific variation, which can be distinguished into two groups according to their host - races \'Corn\' and \'Rice\'. Individuals of both races are morphologically identical, but have distinct genetic loads. These variations can be observed in subgroups formation, which may consist of geographically distinct individuals or by the way they are distributed within populations reflecting directly on mating patterns of the species. For this reason, this work aims at understanding the genetic variability of Brazilian populations of S. frugiperda and how it is associated with the production of different pheromonal compounds or the variation in the rate of these compounds. For this, fall armyworms were collected at 6 locations in Brazil (Santo Augusto-RS, São Raimundo das Mangabeiras-MA, Dourados-MS, Sinop-MT, Assis-SP, and Santa Helena de Goiás-GO). The populations were evaluated for genetic diversity, chromatographic profile of the responses in electroantennography (GC-EAD), pheromone production and behavioral responses in a wind tunnel. Results showed a variable frequency between races \'Corn\' and \'Rice\' in Brazilian populations of S. frugiperda according to the locality and period of sampling. A large number of haplotypes in Brazilian populations were identified, and apparently, this is caused by the presence of a haplotype diversity and environmental selection pressure. Males of S. frugiperda responded to up to 4 chemical compounds from samples of sex pheromone and there was a difference in the abundance of the major compound, the acetate (Z)-9 Tetradecenila between populations of different localities evaluated. In the wind tunnel, males showed different levels of attraction to females of S. frugiperda to both the same site and for different site.