As bactérias do gênero Enterococcus spp. estão amplamente distribuídas na natureza, atuando como patógenos oportunistas e freqüentemente causam infecções em pacientes imunocomprometidos. Uma característica destes microrganismos é a resistência intrínseca a muitos dos antimicrobianos utilizados habitualmente no tratamento de infecções por cocos Gram positivos. Por outro lado, os Enterococos têm adquirido diferentes determinantes genéticos que conferem resistência a vários antimicrobianos. Este trabalho tem como objetivo determinar a freqüência da resistência a níveis elevados de aminoglicosídeos (gentamicina), tetraciclina, bem como avaliar a diversidade genética das amostras, pesquisando os genes envolvidos na resistência, além de detectar o fator de virulência gelatinase em isolados clínicos e alimentares de Enterococcus spp. Os testes de suscetibilidade antimicrobiana dos 52 isolados de alimentos revelaram que 7,7% (n=4) apresentaram resistência somente à tetraciclina, 5,8% (n=3) foram resistentes somente a gentamicina e 28,9% (n=15) apresentaram resistência a ambos antimicrobianos. Nos 40 isolados clínicos, 42,5% (n=17) foram resistentes a tetraciclina, 20% (n=8) resistentes a gentamicina e 17,5% (n=7) foram resistentes a ambos antimicrobianos. A pesquisa de genes de resistência em isolados alimentares revelou que 90% (n=17) dos microrganismos resistentes a tetraciclina apresentaram o gen tet(M), e 100% das amostras resistentes a gentamicina apresentaram o gene aac(6’)-le-aph(2”)-Ia. Entretanto, 30% dos microrganismos sensíveis apresentaram algum dos genes de resistência. Nos isolados clínicos 95,8% (n=23) das amostras resistentes a tetraciclina apresentaram o gene tet(M) e 100% dos Enterococos resistentes a gentamicina apresentaram o gen aac(6’)-le-aph(2”)-Ia. No entanto, dos isolados que se mostraram sensíveis, 37,5% apresentaram algum dos genes de resistência analisados. Ainda, foi verificado que 78% (n=49) dos microrganismos isolados de alimentos hidrolisaram a gelatina, e somente 50% (n=20) dos isolados clínicos apresentaram a mesma atividade. / Bacteria of the Enterococcus spp. genus are widely distributed in the natural environment, Enterococci are opportunistic pathogens, and often are the causal agents of infections in immunosuppressed patients. One of the remarkable characteristics of these microorganisms is the intrinsic resistance they offer against several of the antimicrobial agents routinely prescribed in the treatment of Gram-positive cocci. On the other hand, enterococci have been proved to acquire different genetic markers that lend resistance to a variety of other antimicrobial ,searching the involved genes in the resistance, besides detecting the virulence factor gelatinase in isolated of Enterococcus spp. from foods and humans samples. This study aimed to determine the frequency of antimicrobial resistance against high concentrations of aminoglycosides (gentamicin), tetracycline, as well as assess the genetic diversity of microbial strains isolated from foods and humans. Antibiotic susceptibility tests of Enterococcus spp. isolated from food showed that of the 52 isolates, 7,7% (n=4) were tetracycline resistant, 5,8% (n=3) were resistant only the gentamicin and 28,9% (n=15) was resistant to both antibiotics. Already in 40 clinical samples 42,5% (n=17) of the samples were tetracycline resistant, 20% (n=8) were gentamicin resistant and 17,5% (n=7) were resistant to both antimicrobials. The research of genes of resistance in isolates from food disclosed that in 90% (n=17) of tetraciclyn resistant Enterococcus had the tet(M) gen, and 100% gentamicin resistant samples had aac(6')-le-aph(2")-Ia gene and 30% of the sensible microorganism had presented some of the resistance genes. Already in clinical isolates 95,8% (n=23) tetraciclyn resistant samples contained the tet(M) gene and 100% of the gentamicin resistant enterococcus had presented gen aac(6')-le-aph(2")-Ia; however 37,5% enterococcus sensible had presented some of the genes of resistance in research. In this work, also it was verified that 78% (n=49) of the foods isolates produced gelatinase, and 50% (n=20) of the clinical isolates demonstrated the capacity of degradation of the gelatin substrate.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-07-01T13:08:28Z No. of bitstreams: 1 2016_FabianaBrandãoAlvesSilva.pdf: 6438172 bytes, checksum: 73b5269f03e7db3bc90d6fea9386fb12 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-07-26T22:27:58Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_FabianaBrandãoAlvesSilva.pdf: 6438172 bytes, checksum: 73b5269f03e7db3bc90d6fea9386fb12 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-26T22:27:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_FabianaBrandãoAlvesSilva.pdf: 6438172 bytes, checksum: 73b5269f03e7db3bc90d6fea9386fb12 (MD5) / Os genes de histonas desacetilases (HDAC) são altamente conservados entre diferentes espécies e dirigem importantes processos epigenéticos na manutenção da estrutura e funcionamento do genoma. Entretanto, o papel das HDAC na regulação dos traços de virulência de patógenos permanece pobremente explorado. O fungo patogênico em humanos Cryptococcus neoformans passa por mudanças fenotípicas que promovem persistência e sobrevida dentro do hospedeiro ou em nichos ecológicos. Tais mudanças estão associadas à regulação diferencial da expressão gênica. Neste contexto, inicialmente foi avaliado o efeito de dois inibidores químicos de histona desacetilases (HDACi), o butirato de sódio (NaBut) e a tricostatina A (TSA), sobre as células de C. neoformans. Os resultados demonstraram que ambos inibidores foram capazes de afetar os principais traços de virulência de C. neoformans. Em seguida, foram identificados e deletados 8 genes de HDAC de Classe I e Classe II em C. neoformans. A maioria dos processos previamente associados à virulência em C. neoformans foi afetada pelo tratamento com HDACi eou pela deleção de genes: a capacidade de crescimento a 37 – 39 ºC, a formação da cápsula polissacarídica, a produção de melanina, as atividades de fosfolipase e de proteases, a formação de hifas de acasalamento e a integridade da parede celular. Os mutantes de HDAC também mostraram defeitos na sobrevivência intracelular quando co-cultivados com macrófagos murinos, assim como virulência comprometida nos modelos de infecção de Galleria mellonella e camundongos. A histona desacetilase Clr3 foi apontada como um importante regulador da virulência em C. neoformans. A linhagem de C. neoformans clr3mutante mostrou-se hipovirulenta em ambos os modelos de criptococose animal. Outrossim, a análise de RNA-seq indicou que a proteína Clr3 regula a expressão de vários genes importantes para a adaptação e sobrevivência de C. neoformans ao ambiente hospedeiro. Os resultados indicam que a remodelação da cromatina, por meio das conservadas HDAC, é um importante mecanismo envolvido na virulência de C. neoformans. _________________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Histone Deacetylase (HDAC) genes are highly conserved among different species, directing one of the most important epigenetic processes regulating gene expression – chromatin remodeling. However, the role of HDACs in the regulation of virulence traits in pathogens remains poorly explored. The human fungal pathogen Cryptococcus neoformans undergoes phenotypic changes to promote persistence and survival inside the host or in specific ecological niches. Very likely, these changes are associated with epigenetic regulation. In this context, we initially evaluated the effect of two chemical inhibitors of histone deacetylases (HDACi): Sodium butyrate (NaBut) and Trichostatin A (TSA). The results showed that both were able to impair the expression of the main virulence traits of C. neoformans. Based on these data, we identified and deleted eight genes encoding predicted class I/II HDACs in C. neoformans. In this way, we predicted that we would be able to assign specific function to each HDAC, especially in regards to virulence trait expression. Phenotypes of specific HDAC mutant strains indicate that individual proteins control non-identical but overlapping cellular processes associated with virulence. In the other hand, for some genes we also have observed an opposite regulation. Most processes previously related to virulence in C. neoformans were affected here, such as thermotolerance (growth at 37-39 oC); capsule, melanin and protease formation; and cell wall integrity. Additionally, defects in mating and hyphal development were observed for the clr3HDAC mutant strain. HDAC mutants also displayed defects in intracellular survival when co-cultured with activated macrophages, a finding highly correlated with altered virulence in vivo. Also, we tested the virulence in Galleria mellonella and mice. Overall our results support that the Clr3 histone deacetylase is a newly identified regulator of fungal virulence. The corresponding mutant was hypovirulent in both animal models of cryptococcosis. Furthermore transcriptional profiling shows that the Clr3 protein regulates the expression of many genes that are important for the adaptation of C. neoformans for survival inside the host. Our work displays that chromatin remodeling by the conserved histone deacetylases is an important mechanism behind the virulence of C. neoformans.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências Biológicas, 2014. / Submitted by Tania Milca Carvalho Malheiros (tania@bce.unb.br) on 2014-08-13T13:24:07Z No. of bitstreams: 1 2014_DiogoMagnaboscodeAlmeidaGomes_Parcial.pdf: 2936989 bytes, checksum: efbdbdb843f99d312bd84a42e9123e7f (MD5) / Approved for entry into archive by Patrícia Nunes da Silva(patricia@bce.unb.br) on 2014-08-14T12:45:26Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_DiogoMagnaboscodeAlmeidaGomes_Parcial.pdf: 2936989 bytes, checksum: efbdbdb843f99d312bd84a42e9123e7f (MD5) / Made available in DSpace on 2014-08-14T12:45:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_DiogoMagnaboscodeAlmeidaGomes_Parcial.pdf: 2936989 bytes, checksum: efbdbdb843f99d312bd84a42e9123e7f (MD5) / Paracoccidioides brasiliensis é um parasita intracelular facultativo que apresenta-se sob a forma de micélio à temperatura ambiente e se diferencia para forma de levedura quando submetido à temperatura de 37°C ou durante a invasão aos tecidos de hospedeiros. P. brasiliensis não necessita do hospedeiro mamífero para completar seu ciclo biológico. Apesar disso, o fungo é capaz de sobreviver e se replicar nos tecidos do hospedeiro com o estabelecimento da doença. Em face desse paradoxo, questiona-se porque tais estratégias de sobrevivência se originaram e foram mantidas pela evolução nesse organismo. A hipótese proposta para vários fungos patogênicos é que fatores de virulência possam ter se desenvolvido como uma resposta à interação com predadores presentes no ambiente. Tais estudos utilizaram a ameba de solo Acanthamoeba castellanii, e mostraram quão expressivas são as similaridades nas estratégias fagocitárias de amebas e macrófagos. O objetivo geral desse trabalho é analisar a interação entre P. brasiliensis e A. castellanii, identificando os principais efeitos dessa interação na viabilidade dos organismos e na virulência desse fungo. Avaliando a interação entre P. brasiliensis e A. castellanii podemos constatar que a ameba é capaz de internalizar células do fungo. A cinética de fagocitose nos mostra que a porcentagem de amebas com fungos internalizados aumenta até 2 h após o início da coincubação e se mantem até 6 h. Analisando resultados da mortalidade de A. castellanii e P. brasiliensis quando coincubados por 24h observamos que a ameba é capaz de sobreviver e eliminar o fungo. Porém acreditamos que o fungo possa aumentar sua virulência quando recuperado após a coincubação com ameba, o que corrobora com resultados de testes similares feitos em macrófagos e nos dão fortes indícios de que esses protozoários estão intimamente ligados com o aparecimento de fatores de virulência em P. brasiliensis. / Paracoccidioides brasiliensis is a facultative intracellular parasite and presents itself in the form of mycelium at room temperature and as yeast at 37°C or during invasion of host tissues. P. brasiliensis does not require a mammalian host to complete its life cycle. Nonetheless, the fungus is able to survive and replicate in the host tissues with the development of the disease. In view of this paradox, it is questioned why such survival strategies were originated and maintained in that organism. To try to answer this question Steenbergen et al (2001) and Casadevall et al (2003) created a hypothesis that virulence factors may have developed in some virulent fungi in response to interaction with predators in the environment. Such studies used the soil amoeba Acanthamoeba castellanii, and showed how significant are the similarities in the phagocytic strategies from amoebae and macrophages. The aim of this study is to analyze the interaction between P. brasiliensis and A. castellanii, identifying the main effects of this interaction in the viability of these two organisms and virulence of this fungus. Evaluating the interaction between P. brasiliensis and A. castellanii we observed that amoeba is capable of internalizing fungal cells. The kinetics of phagocytosis shows that the percentage of amoeba with internalized fungi increases within 2h after the start of coincubation and keeps up to 6h. Analyzing mortality results of A. castellanii and P. brasiliensis after coincubation for 24h we observed that amoeba is capable of surviving and kill the fungus. However, we believe that the fungus can increase its virulence when recovered after coincubation with amoebae, in agreement with results of similar tests on macrophages and gives us strong evidence that this protozoa is closely related with the emergence of virulence factors in P. brasiliensis.

As bactérias do gênero Enterococcus spp. estão amplamente distribuídas na natureza, atuando como patógenos oportunistas e freqüentemente causam infecções em pacientes imunocomprometidos. Uma característica destes microrganismos é a resistência intrínseca a muitos dos antimicrobianos utilizados habitualmente no tratamento de infecções por cocos Gram positivos. Por outro lado, os Enterococos têm adquirido diferentes determinantes genéticos que conferem resistência a vários antimicrobianos. Este trabalho tem como objetivo determinar a freqüência da resistência a níveis elevados de aminoglicosídeos (gentamicina), tetraciclina, bem como avaliar a diversidade genética das amostras, pesquisando os genes envolvidos na resistência, além de detectar o fator de virulência gelatinase em isolados clínicos e alimentares de Enterococcus spp. Os testes de suscetibilidade antimicrobiana dos 52 isolados de alimentos revelaram que 7,7% (n=4) apresentaram resistência somente à tetraciclina, 5,8% (n=3) foram resistentes somente a gentamicina e 28,9% (n=15) apresentaram resistência a ambos antimicrobianos. Nos 40 isolados clínicos, 42,5% (n=17) foram resistentes a tetraciclina, 20% (n=8) resistentes a gentamicina e 17,5% (n=7) foram resistentes a ambos antimicrobianos. A pesquisa de genes de resistência em isolados alimentares revelou que 90% (n=17) dos microrganismos resistentes a tetraciclina apresentaram o gen tet(M), e 100% das amostras resistentes a gentamicina apresentaram o gene aac(6’)-le-aph(2”)-Ia. Entretanto, 30% dos microrganismos sensíveis apresentaram algum dos genes de resistência. Nos isolados clínicos 95,8% (n=23) das amostras resistentes a tetraciclina apresentaram o gene tet(M) e 100% dos Enterococos resistentes a gentamicina apresentaram o gen aac(6’)-le-aph(2”)-Ia. No entanto, dos isolados que se mostraram sensíveis, 37,5% apresentaram algum dos genes de resistência analisados. Ainda, foi verificado que 78% (n=49) dos microrganismos isolados de alimentos hidrolisaram a gelatina, e somente 50% (n=20) dos isolados clínicos apresentaram a mesma atividade. / Bacteria of the Enterococcus spp. genus are widely distributed in the natural environment, Enterococci are opportunistic pathogens, and often are the causal agents of infections in immunosuppressed patients. One of the remarkable characteristics of these microorganisms is the intrinsic resistance they offer against several of the antimicrobial agents routinely prescribed in the treatment of Gram-positive cocci. On the other hand, enterococci have been proved to acquire different genetic markers that lend resistance to a variety of other antimicrobial ,searching the involved genes in the resistance, besides detecting the virulence factor gelatinase in isolated of Enterococcus spp. from foods and humans samples. This study aimed to determine the frequency of antimicrobial resistance against high concentrations of aminoglycosides (gentamicin), tetracycline, as well as assess the genetic diversity of microbial strains isolated from foods and humans. Antibiotic susceptibility tests of Enterococcus spp. isolated from food showed that of the 52 isolates, 7,7% (n=4) were tetracycline resistant, 5,8% (n=3) were resistant only the gentamicin and 28,9% (n=15) was resistant to both antibiotics. Already in 40 clinical samples 42,5% (n=17) of the samples were tetracycline resistant, 20% (n=8) were gentamicin resistant and 17,5% (n=7) were resistant to both antimicrobials. The research of genes of resistance in isolates from food disclosed that in 90% (n=17) of tetraciclyn resistant Enterococcus had the tet(M) gen, and 100% gentamicin resistant samples had aac(6')-le-aph(2")-Ia gene and 30% of the sensible microorganism had presented some of the resistance genes. Already in clinical isolates 95,8% (n=23) tetraciclyn resistant samples contained the tet(M) gene and 100% of the gentamicin resistant enterococcus had presented gen aac(6')-le-aph(2")-Ia; however 37,5% enterococcus sensible had presented some of the genes of resistance in research. In this work, also it was verified that 78% (n=49) of the foods isolates produced gelatinase, and 50% (n=20) of the clinical isolates demonstrated the capacity of degradation of the gelatin substrate.

Submitted by Luiz Felipe Barbosa (luiz.fbabreu2@ufpe.br) on 2015-04-17T13:58:12Z No. of bitstreams: 2 Tese Ana Paula da Costa.pdf: 11703201 bytes, checksum: 21beb28c4cce405340195e0c8ba78a09 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-17T13:58:12Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese Ana Paula da Costa.pdf: 11703201 bytes, checksum: 21beb28c4cce405340195e0c8ba78a09 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2013-02-28 / FACEPE / Listeria monocytogenes é um bacilo gram-positivo, intracelular facultativo, transmitido por alimentos, que pode causar doença, a listeriose, em indivíduos susceptíveis. Embora rara, a listeriose tem grande importância para a saúde pública pela sua alta letalidade. Este trabalho teve como objetivo, identificar marcadores moleculares para utilização no desenvolvimento de nova técnica de diagnóstico molecular da listeriose. Os estudos envolveram sorotipagem, tipagem molecular pela amplificação das sequências 23S, 16S-23S e RAPD, pesquisa de plasmídios e de genes de virulência (inlA, inlB, inlC, inlJ, hly, iap, plcA, actA) em 135 cepas de L. monocytogenes de casos humanos e alimentos isoladas no Brasil no período de 1975 a 2001; infecção experimental em camundongos com cepas portando ausência ou alterações em genes de virulência; e a caracterização de isolados de um caso de endocardite atendido numa unidade de emergência cardiológica em Recife, PE, em 2010. Nenhuma relação foi encontrada entre a origem das cepas, sorotipos, perfis genéticos, conteúdo plasmidial e distribuição dos genes de virulência. Os ensaios de infecção experimental em camundongos também não permitiram estabelecer uma relação entre a presença dos marcadores de virulência considerados no estudo e as respostas dos animais inoculados. Seis isolados de hemocultura de um caso de endocardite com identificação presuntiva de Listeria spp. foram classificados como L. monocytogenes sorotipo 4b pela amplificação por PCR dos genes 23S, lmo2243 e ORF2210 específicos do gênero Listeria, espécie L. monocytogenes e sorotipo b respectivamente. Todos os genes de virulência pesquisados foram detectados por PCR nas amostras e a análise do perfil de amplificação da sequência 16S-23S revelou que os seis isolados são uma mesma cepa. Embora esses estudos não tenham revelado nenhum marcador molecular de patogenicidade, a alta frequência de genes de virulência observada entre cepas dos sorotipos mais patogênicos (1/2a, 1/2b, 4b) evidencia o potencial patogênico nas cepas brasileiras de L. monocytogenes e a necessidade de incrementar a vigilância e diagnóstico dessa bactéria. Considerando a prevalência dos sorotipos 1/2a, 4b nas amostras clinicas e dos sorotipos 1/2a, 1/2b, 4b em alimentos, desenvolvemos e padronizamos um procedimento baseado em LAMP (loop-mediated isothermal amplification) para identificação desses sorotipos. A técnica é rápida e de fácil operacionalização, utiliza um bloco de aquecimento ou banho-maria e o produto da reação pode ser visualizado a olho nu mediante adição de reagentes fluorescentes. O procedimento padronizado mostrou-se sensível, capaz de detectar 100pg de DNA ou 104 UFC, e espécie - específica, capaz de diferenciar L. monocytogenes de espécies intimamente relacionadas geneticamente. Outros sorotipos intimamente relacionados (3a, 3b, 4e e 4d) foram amplificados sem detrimento da técnica porque são raramente encontrados em amostras humanas e animais. A técnica LAMP se apresenta como uma alternativa fácil e rápida para diagnóstico e tipagem de L. monocytogenes especialmente para os programas de vigilância e investigação epidemiológica.

Submitted by Pedro Barros (pedro.silvabarros@ufpe.br) on 2018-07-04T22:20:31Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Carmelita de Lima Bezerra Cavalcanti.pdf: 1587660 bytes, checksum: eade0c1462dbaba07af02453d8fb4173 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-04T22:20:31Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Carmelita de Lima Bezerra Cavalcanti.pdf: 1587660 bytes, checksum: eade0c1462dbaba07af02453d8fb4173 (MD5) Previous issue date: 2017-02-21 / Apesar do grande envolvimento de isolados de Acinetobacter baumannii em Infecções Relacionadas à Assistência à Saúde (IRAS) e do seu alto índice de multidroga-resistência, levando a poucas opções terapêuticas em casos de infecções causadas por esta espécie bacteriana, há muito a ser descoberto sobre os mecanismos de virulência e resistência desta espécie. Portanto, este trabalho teve como objetivo estabelecer o perfil clonal, de resistência e virulência de isolados multidroga-resistentes (MDRs) de A. baumannii obtidos em hospitais de Recife-PE, determinando a prevalência de genes de resistência e virulência e a capacidade de expressão de genes de virulência após submissão dos isolados a diferentes antimicrobianos utilizados na prática clínica. Para determinar a prevalência dos genes de resistência e virulência foram utilizados 37 isolados do complexo A. baumannii provenientes de dois hospitais públicos de Recife – PE. A análise da expressão dos genes de virulência foi realizada utilizando três isolados MDR selecionados, além da ATCC 19606 de A. baumannii submetidos in vitro a colistina, meropenem e associação destes antimicrobianos. Os isolados foram avaliados quanto à confirmação da espécie através da detecção do gene blaOXA-51-like e da técnica de MALDI-TOF. A tipagem molecular desses isolados foi realizada através da técnica de PFGE utilizando a enzima de restrição Apa1. A detecção e sequência dos genes de resistência, blaOXA-51-like, blaOXA-23-like, blaOXA-143-like, blaIMP, blaVIM, blaKPC, o elemento de inserção, ISAba1, e dos genes de virulência, basC, ompA, pilA e csuE foi realizada através de PCR e sequenciamento gênico. Todos os isolados pertenciam à espécie A. baumannii, distribuídos em 07 padrões de PFGE, com três isolados apresentando 100% de similaridade, os quais foram obtidos nos dois hospitais públicos do estudo, sugerindo uma disseminação inter-hospitalar. Todos os isolados apresentaram o gene de resistência blaOXA-51-like e a maioria possuía o gene ISAba1, além desses, também apresentavam o gene blaOXA-143-like ou blaOXA-23-ike. Estes resultados demonstram uma ampla resistência dos isolados aos carbapenêmicos, além de outras classes de antimicrobianos. Os dados são preocupantes quanto à disseminação clonal desses genes entre os isolados obtidos nos hospitais analisados. Todos os isolados do estudo apresentaram os genes de virulência basC, ompA, pilA e csuE, com exceção de um isolado que não apresentou o gene csuE. Também pode-se demonstrar uma tendência ao aumento da expressão dos genes de virulência csuE, bfmS e baeS após tratamento in vitro com meropenem, colistina e associação destes antimicrobianos, reforçando a necessidade de vigilância quanto ao tratamento de IRAS causadas por A. baumannii MDR, mesmo em uso associado de antimicrobianos. / Due to the increasing resistance of clinical isolates of A. baumannii to antimicrobial and the consequent decrease of effective therapeutic options, this study aimed to establish the clonal profile, resistance and virulence of A. baumannii multidrug-resistant isolates (MDRs) obtained in hospitals in Recife-PE, determining the prevalence of resistance and virulence genes and the in vitro influence of different antibiotics used in clinical practice, alone and in combination, on bacterial growth and expression of these genes. To perform the first stage of this study 37 isolates of A. baumannii complex, most of them MDR. Analysis of virulence gene expression was performed using three MDR isolates beyond ATCC 19606 from A. baumannii submitted in vitro to colistin, meropenem and association of these antimicrobials. The isolates were evaluated for confirmation of the species through detection of the gene for intrinsic β-lactamase, blaOXA-51-like, and the Matrix-Assisted Laser Desorption / Ionization (MALDI-TOF) technique. The clonal profile of these isolates was determined by Pulsed-field Gel Electrophoresis (PFGE) using Apa1 enzyme. Detection and sequence of blaOXA-51-like, blaOXA-23-like, blaOXA-143-like, blaIMP, blaVIM and blaKPC genes the insertion element, ISAba1, and the virulence genes, basC, ompA, pilA and csuE were performed using Polymerase Chain Reaction (PCR) and sequencing. All isolates belonged to the A. baumannii species, distributed in 07 PFGE patterns, three isolates showed 100% similarity, which were obtained in two different hospitals of the study, suggesting an interhospital spread. Most isolates had the blaOXA-51-like and ISAba1 resistance genes, and either blaOXA-143-like or blaOXA-23-like gene. These results demonstrated high level resistance to carbapenems and other classes of antimicrobials, corroborating the MDR profile. This data alert for the spread of these genes among isolates in this hospitals. All isolates showed basC, ompA, pilA and csuE virulence genes, except for one isolate that did not show the csuE gene. Expression of csuE, bfmS e baeS virulence genes increased after in vitro submission to meropenem, colistin and the associated use may be demonstrated, reinforcing the need for surveillance for treating infections caused by MDR A. baumannii infections, even in associated antimicrobial use.

Submitted by Fernanda Rodrigues de Lima (fernanda.rlima@ufpe.br) on 2018-07-17T21:03:07Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Marcelle Aquino Rabelo.pdf: 1811490 bytes, checksum: a8883899ff40c5c405ea02f911de3b40 (MD5) / Approved for entry into archive by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2018-07-19T22:19:11Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Marcelle Aquino Rabelo.pdf: 1811490 bytes, checksum: a8883899ff40c5c405ea02f911de3b40 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-19T22:19:11Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Marcelle Aquino Rabelo.pdf: 1811490 bytes, checksum: a8883899ff40c5c405ea02f911de3b40 (MD5) Previous issue date: 2017-02-17 / CAPES / Staphylococcus spp. é considerado um dos agentes de maior impacto para as infecções associadas aos cuidados em saúde e também uma das principais causas de complicações infecciosas em pacientes com câncer. A gravidade das infecções estafilocócicas está relacionada à presença de fatores de resistência e de virulência, os quais favorecem a evasão bacteriana do sistema de defesa do hospedeiro. Com objetivo de comparar isolados de Staphylococcus spp. de pacientes oncológicos e não oncológicos de dois hospitais da cidade do Recife, durante o ano de 2013, foram realizados testes de susceptibilidade antimicrobiana e reações em cadeia da polimerase (PCR) para identificar a ocorrência de genes de resistência (mecA, blaZ, ermA e ermC) e virulência (icaAD e hlg). Também, identificou-se a resistência à vancomicina em Staphylococcus spp., através de métodos fenotípicos e os fatores de risco mais prevalentes para infecção em pacientes oncológicos. Observou-se um maior percentual de isolados sensíveis aos antimicrobianos testados. Em relação ao fármaco vancomicina, foram identificados 27,3% de isolados resistentes pela técnica do screening. No hospital oncológico foram positivos, 50% e 77,7% respectivamente para o gene blaZ e mecA. Observou-se percentuais de isolados positivos de 25%, 42,8%, 32,1% e 70%, respectivamente para icaAD e hlg no hospital universitário e hospital oncológico. No hospital oncológico, observou-se um isolado de fenótipo constitutivo positivo para o gene ermC. Após a realização dos testes de associação estatísticos, não foi observada diferença estatisticamente significante na presença dos genes de resistência quando comparou-se os dois hospitais. No grupo de pacientes oncológicos, observou-se diferença significativa quando comparados os indivíduos infectados com Staphylococcus spp. que albergavam o gene mecA e os indivíduos infectados com Staphylococcus spp. sem o gene mecA em relação a contagem de neutrófilos no período da infecção. Em relação aos genes de virulência, foi possível observar diferença estatisticamente significante entre os dois hospitais. Assim, não existe diferença significativa na presença de genes de resistência quando se compara grupos de pacientes, entretanto observa-se diferenças significativas em relação à presença dos genes relacionados à virulência entre diferentes grupos, o que pode estar associado às características dos pacientes e suas internações. Desta forma, concluiu-se que o monitoramento antimicrobiano é essencial para o tratamento das infecções em cada hospital e a condição do paciente parece estar ligada ao potencial patogênico do microrganismo. / Staphylococcus spp. is one of the major infection-associated agent within health care and one of principal cause of complication in cancer patients. The severity of staphylococcal infections is related to the presence of resistance and virulence factors, which favor bacterial evasion of the host defense system. In order to compare isolates of Staphylococcus spp. of oncological and non-oncological patients from two hospitals in the city of Recife, during the period of 2013, antimicrobial susceptibility and polymerase chain reaction (PCR) tests were performed to identify the occurrence of resistance genes (mecA, blaZ, ermA and ermC) and virulence genes (icaAD and hlg). Resistance to vancomycin was identified by phenotypic methods in Staphylococcus spp. and the most prevalent risk factors for infection in cancer patients. A higher percentage of antimicrobial susceptible isolates was observed. Regarding the vancomycin drug, 27.3% of resistant isolates were identified by the screening technique. At the oncology hospital they were positive, 50% and 77.7% respectively for the blaZ and mecA gene. Percentage of positive isolates of 25%, 42.8%, 32.1% and 70%, respectively, found for icaAD and hlg in the university hospital and oncology hospital, respectively. A positive constitutive phenotype isolate for the ermC gene was observed at the oncology hospital. After performing the statistical association tests, no statistically significant difference was observed in the presence of resistance genes when comparing the two hospitals. In the group of cancer patients, a significant difference was observed when compared to individuals infected with Staphylococcus spp. that harbored the mecA gene and individuals infected with Staphylococcus spp. without the mecA gene in relation to the neutrophil count at the time of infection. Regarding the virulence genes, it was possible to observe a statistically significant difference between the two hospitals. Thus, there is no significant difference in the presence of resistance genes when comparing groups of patients, however, there are significant differences regarding the presence of virulence-related genes between different groups, which may be associated to the characteristics of the patients and their hospitalizations. In conclusion, antimicrobial monitoring is essential for the treatment of infections in each hospital and the patient's condition appears to be linked to the pathogenic potential of the microorganism.

Made available in DSpace on 2018-08-01T21:35:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_12104_12-04-18- Dissertação completa - PÓS BANCA FINAL.pdf: 2165031 bytes, checksum: 166de54425438f1aa2ee476e04f24b8c (MD5) Previous issue date: 2018-03-12 / Staphylococcus aureus é um dos principais patógenos causador de uma gama de infecções tanto nosocomiais quanto comunitárias. Bacteremias são constantes e apresentam altos índices de mortalidade e morbidade e todo o globo. A vancomicina (van) é a terapia empírica para tratamento de infecções por cocos Gram-positivos em pacientes hemodialíticos. Em 1997 surgiram estirpes de S. aureus com suscetibilidade reduzida para van (VISA e hVISA). Estes isolados são associados a falhas terapêuticas por van e recidivas. O objetivo deste trabalho foi caracterizar amostras de S. aureus cultivadas em altas concentrações de van quanto à suscetibilidade e atributos de virulência. Quarenta e uma amostras de S. aureus isoladas de pacientes hemodialíticos com bacteremias (parentais) foram crescidas em 4 a 16 μg/mL de van e reisoladas após este teste, sendo denominadas derivadas. Foram isoladas derivadas de todas as 41 amostras S. aureus. Todas as amostras parentais e derivadas foram suscetíveis à van. A concentração mínima inibitória (CMI) de van nas amostras derivadas apresentou um aumento em relação as parentais, porém, dentro dos parâmetros de suscetibilidade pelo Clinical & Laboratory Standards Institute (CLSI). Vinte e quatro pulsotipos foram identificados através da técnica de PFGE e nove amostras (22%) apresentaram resistência à meticilina através do disco de cefoxitina e amplificação do gene mecA. Nove amostras derivadas isoladas em 16 µg/mL de van conseguiram crescer na presença de 8 µg/mL de van. A produção de biofilme e de cinco enzimas hidrolíticas foi menor nas amostras derivadas. A virulência das estirpes derivadas foi avaliada em modelo in vivo com Galleria mellonella, sendo que duas amostras derivadas apresentaram diminuição e uma aumento da virulência. Não houve diferença entre parentais e derivadas quanto a autólise, produção de δ-hemolisina, ligação ao fibrinogênio e viabilidade metabólica. Apesar de crescerem em concentrações altas de van as estirpes derivadas apresentaram crescimento lento e CMI na faixa de suscetibilidade, indicando tolerância. De todos os fatores de virulência testados a pressão seletiva com van afetou apenas a produção de biofilme e cinco enzimas hidrolíticas. No modelo in vivo a virulência das derivadas foi variada, indicando que ser estirpe-dependente.

Orientador: Fernando Antonio de Ávila / Resumo: Escherichia coli patogênica aviária (APEC) é o principal agente da colibacilose, responsável por perdas econômicas em todo o mundo. Na literatura não há um consenso sobre o que define exatamente um patótipo APEC e não se sabe o papel das galinhas de angola na transmissão de APEC para humanos e outros animais. O presente estudo teve como objetivo investigar a presença de APEC em amostras de fezes e orofaringe de galinhas de angola saudáveis e de vida livre, bem como pesquisar fatores de virulência e caracterizá-las filogeneticamente e de acordo com o sorotipo e perfil de resistência a antimicrobianos. Os isolados obtidos apresentaram alta frequência de genes associados à virulência (VAGs) sendo a maioria pertencente ao grupo filogenético B1 e os pertencentes aos grupos B2 e F estiveram associados a um maior número de VAGs. Além disso, grande parte dos isolados foram considerados de alta patogenicidade e apresentaram um perfil de multi resistência a antimicrobianos, incluindo a presença de genes β-lactamases de espectro estendido. Os sorogrupos O2, O51e H4 foram os mais encontrados, sendo o sorotipo O51: H14 o de maior prevalência. As análises PFGE e MLST revelaram uma elevada heterogeneidade entre os isolados associados a 16 Sequence types (ST). Os resultados demonstraram que as galinhas de angola saudáveis e de vida livre podem se constituir como fontes de infecção de ExPEC para outros animais que têm contato próximo com essas aves, incluindo seres humanos. / Abstract: Avian Pathogenic Escherichia coli (APEC) is the main agent of colibacillosis, responsible for economic losses worldwide. In the literature there is no consensus on what exactly defines this pathotype and the role of guinea fowls in transmitting APEC to humans and other animals is unknown. The present study aimed to investigate the presence of APEC in feces and oropharynx samples from healthy and free-living guinea fowls, as well as to investigate virulence factors and characterize phylogenetically them and according to the serotype and antimicrobial resistance profile . The obtained isolates showed high frequency virulence associated genes (VAGs) being the majority belonging to the phylogenetic group B1 and those belonging to groups B2 and F were associated to a greater number of VAGs. In addition, most of the isolates were considered to be highly pathogenic and had a multi-resistant antimicrobial profile, including the presence of extended-spectrum βlactamases. Serogroups O2, O51 and H4 were the most frequently found, with serotype O51:H14 being the most prevalent. The PFGE and MLST analyzes revealed a high heterogeneity among isolates associated with 16 Sequence types (ST). The results showed that healthy and free-living guinea fowls may be sources of ExPEC infection for other animals that have close contact with these birds, including humans. / Doutor

Título original: Interação parasita-hospedeiro na fungicultura das formigas atíneas derivadas / Orientador: André Rodrigues / Banca: Silma Leite Rocha / Banca: Cláudio José Von Ruben / Resumo: A fungicultura das formigas atíneas é um modelo atrativo para estudar associações parasita-hospedeiro, pois abriga um amplo número de parasitas e hospedeiros filogeneticamente diversos. As formigas atíneas dependem do cultivo obrigatório de fungos para alimentar suas crias. Nesse mutualismo, fungos do gênero Escovopsis atuam como parasitos especializados do fungo cultivado pelas formigas. Neste trabalho determinamos que a virulência da interação Escovopsis-fungo mutualista é o resultado final da susceptibilidade do hospedeiro e a infectividade do patógeno. Para tanto, foram realizados ensaios de co-cultivo in vitro utilizando fungos mutualistas e isolados de Escovopsis provenientes de colônias de formigas atíneas derivadas. Adicionalmente, foram realizados bioensaios utilizando subcolônias inoculadas com esporos de Escovopsis, para avaliar como a complexidade do jardim de fungo, em conjunto com as formigas, interfere na virulência da interação patógeno-hospedeiro. Os resultados indicaram que o fungo mutualista de Trachymyrmex sp. é mais susceptível a infecção por Escovopsis, quando comparado com Leucoagaricus gongylophorus, o fungo mutualista cultivado por Atta sexdens rubropilosa. Além disso, foi observado que a susceptibilidade do hospedeiro tem uma maior influência do que infectividade do patógeno, no resultado final da interação Escovopsis-fungo mutualista. O fator que determinou a infectividade de Escovopsis foi o padrão de reconhecimento frente ao hospedeiro e não a taxa de crescimento do patógeno. Embora Escovopsis ocasionou a morte do hospedeiro na maioria dos confrontos in vitro, nos experimentos realizados com subcolônias houve a morte de apenas quatro dentre as 90 réplicas tratadas com Escovopsis. Tendo em vista que Escovopsis ocasiona a morte do fungo mutualista apenas in vitro, ou seja, sem a proteção das interações presentes no jardim ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Fungus-growing by attine ants is an attractive model system for studying host-parasite associations, because it harbors phylogenetically diverse parasites and hosts. These ants rely on fungal cultivation to feed their brood. In this mutualism, fungi in the genus Escovopsis act as specialized parasites of the ant fungal cultivar. Here, we determined that virulence of the interaction between Escovopsis and the mutualistic fungus is a result of the host susceptibility and the pathogen infectivity. We carried out in vitro dual-culture assays using mutualistic fungi and Escovopsis isolates from different higher-attine ant species. In addition, we performed bioassays using subcolonies inoculated with Escovopsis spores to evaluate how the complexity of the fungus gardens, along with the ants, interfere in the virulence of the host-pathogen interaction. Our results showed that the fungal cultivar of Trachymyrmex sp. is more susceptible to infection by Escovopsis when compared to Leucoagaricus gongylophorus, the mutualistic fungus cultivated by Atta sexdens rubropilosa. In addition, we observed that host susceptibility had a larger impact than the pathogen infectivity in the outcome of the Escovopsis- fungal cultivar interaction. The factor that determined the infectivity of Escovopsis was the patterns of host recognition but not the pathogen's growth rate. Escovopsis caused host death in most in vitro assays. On the other hand, only four out of 90 subcolonies treated with Escovopsis died during the experiments. Considering that Escovopsis caused the death of the mutualistic fungus only in vitro (without the protection of the interactions present in fungus garden), our results suggest that this fungus is an opportunistic pathogen / Mestre