Submitted by Bruna Rodrigues (bruna92rodrigues@yahoo.com.br) on 2017-10-03T11:55:00Z No. of bitstreams: 1 DissLAS.pdf: 1333707 bytes, checksum: 130c53c4b36b129960094efeec36e4c7 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (bco.producao.intelectual@gmail.com) on 2018-01-29T17:16:17Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissLAS.pdf: 1333707 bytes, checksum: 130c53c4b36b129960094efeec36e4c7 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (bco.producao.intelectual@gmail.com) on 2018-01-29T17:16:26Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissLAS.pdf: 1333707 bytes, checksum: 130c53c4b36b129960094efeec36e4c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-29T17:20:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissLAS.pdf: 1333707 bytes, checksum: 130c53c4b36b129960094efeec36e4c7 (MD5) Previous issue date: 2017-06-27 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A source of great biotechnological potential for the production of enzymes are endophytic microorganisms. These microorganisms are capable of producing a wide variety of enzymes, among them phytase, which is responsible for phytate hydrolysis. The objective of this work was to evaluate the potential of endophytic fungi of the mangroves of the state of São Paulo for phytase production. Initially, a qualitative selection of 33 isolates with PSM (Phytase Screening Medium) and a second quantitative selection was carried out, in which the preselected fungi were submitted to solid state fermentation (SSF) for phytase production. Among the isolates evaluated, the fungus Aspergillus awamori 9(4) was selected, which presented phytase activity of 43.98 U/100g when submitted to SSF culture for 72 h with soybean meal as substrate. In order to improve phytase production, the use of wheat bran as substrate was evaluated, reaching an activity of 82.77 U/100g, under the same conditions of cultivation. The use of KH2PO4 as an inducer in phytase production and the use of dialysis for the removal of interfering ions from the crude extract in phytase activity were also evaluated. For the experiments performed without the inducer, the dialysis of the extract resulted in activities of 85.42 U/100g with soybean meal and 55.44 U/100g with wheat bran. For the experiments of cultivation with the inductor and then dialysed resulted in activities of 132.35 U/100g with soybean meal and 115.52 U/100g with wheat bran, indicating that the effect of the inducer is positive in the production of Phytase and that dialysis is important for enzyme activity. These results indicate that the endophytic fungus of the mangrove of the State of São Paulo is promising for the production of phytase enzyme, being unpublished the use of endophytic micro-organisms for the production of this enzyme. / Uma fonte de grande potencial biotecnológico para a produção de enzimas são os microrganismos endofíticos. Estes microrganismos são capazes de produzir grande variedade de enzimas, dentre elas a fitase, que é responsável pela hidrólise do fitato. O objetivo deste trabalho foi avaliar o potencial de fungos endofíticos dos manguezais do estado de São Paulo para a produção de fitase. Inicialmente foi realizada uma seleção qualitativa de 33 isolados com meio diferencial PSM (Phytase Screening Medium), e uma segunda seleção quantitativa, em que os fungos pré-selecionados foram submetidos à fermentação em estado sólido (FES) para produção de fitase. Dentre os isolados avaliados, selecionou-se o fungo Aspergillus awamori 9(4), tendo este apresentado atividade de fitase de 43,98 U/100g quando submetido a cultivo FES por 72 h com farelo de soja como substrato. A fim de melhorar a produção de fitase, avaliou-se o uso de farelo de trigo como substrato, atingindo assim atividade de 82,77 U/100g, sob as mesmas condições de cultivo. Avaliou-se também o uso de KH2PO4 como indutor na produção de fitase e o uso de diálise para a remoção de íons interferentes do extrato bruto na atividade de fitase. Para os experimentos realizados sem o indutor, a diálise do extrato resultou em atividades de 85,42 U/100g com farelo de soja e 55,44 U/100g com farelo de trigo. Já para os experimentos de cultivo com o indutor e em seguida dialisados resultaram em atividades de 132,35 U/100g com farelo de soja e 115,52 U/100g com farelo de trigo, indicando que o efeito do indutor é positivo na produção de fitases e que a diálise é importante para a atividade enzimática. Esses resultados indicam que o fungo endofítico do manguezal do Estado de São Paulo é promissor para a produção da enzima fitase, sendo inédito o uso de micro-organismos endofíticos para a produção desta enzima.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Brazil is one of the largest producers and consumers of rice (Oryza sativa) in the world, and the largest portion of its production comes from floodplain ecosystems, and Rio Grande do Sul (RS), the largest national producer. Rice production is dependent on nitrogen fertilizers, which have high costs and high capacity to pollute the environment. An alternative to reducing the application of nitrogen (N) is inoculated Diazotrophic able to promote biological fixation of nitrogen (BNF) and or, in rice plant growth. The aim of this study was to select and evaluate the efficiency of diazotrophic bacteria isolated from different rice varieties, and the potential contribution of BNF these isolates in the culture in question, under flooding conditions. Three studies were performed. In the first, we performed the isolation of diazotrophic bacteria present in 20 varieties of rice grown in RS. In the second, the isolates were tested for their ability to fix atmospheric nitrogen, produce and release acid-indole-3-acetic acid (IAA) and promote growth ten rice cultivars under conditions gnotobiotics. In the third study, an experiment was conducted in a greenhouse with four isolates that showed improved plant growth and the three cultivars responded more inoculation in vitro test. In tests with inoculation was used strain BR11417 (ZAE94 - Herbaspirillum seropedicae) as a reference. 35 isolates were obtained from roots and shoots of rice cultivars tested, and all showed the ability to fix atmospheric nitrogen and produce and release IAA in vitro. In the experiment under conditions gnotobiotics cultivars IRGA 409, Puita Inta-CL and Pampa cultivars proved more responsive to inoculation and isolates 12, 13, 29 were those who had higher plant growth promotion. In the greenhouse, the IRGA 409 was the one that responded to inoculation and isolated 12, who provided the greatest benefits in relation to plant tillering and dry matter production in rice cultivars studied. / O Brasil é um dos maiores produtores e consumidores de arroz (Oryza sativa) do mundo, e a maior parcela de sua produção é proveniente dos ecossistemas de várzeas, sendo o Rio Grande do Sul (RS) o maior produtor nacional. A produção de arroz é dependente de fertilizantes nitrogenados, os quais apresentam custos elevados e alta capacidade de poluir o meio ambiente. Uma alternativa para a redução na aplicação de nitrogênio (N) é a inoculação de bactérias diazotróficas capazes de promover a fixação biológica de N (FBN) e, ou, o crescimento vegetal em arroz. O objetivo deste trabalho foi selecionar e avaliar a eficiência de bactérias diazotróficas endofíticas isoladas de diferentes variedades de arroz, e o potencial de contribuição da FBN destes isolados na cultura em questão, sob condição de inundação. Foram realizados três estudos. No primeiro, foi realizado o isolamento de bactérias diazotróficas presentes em 20 variedades de arroz irrigado cultivadas no RS. No segundo, os isolados obtidos foram testados quanto à capacidade de fixar nitrogênio atmosférico, produzir e liberar ácido-3-indol-acético (AIA) e promover o crescimento de dez cultivares de arroz irrigado sob condições gnotobióticas. No terceiro estudo, foi realizado um experimento de casa de vegetação com os quatro isolados que proporcionaram melhor crescimento vegetal e as três cultivares que mais responderam a inoculação no teste in vitro. Nos testes com inoculação foi utilizada a estirpe BR11417 (ZAE94 Herbaspirillum seropedicae) como referência. Foram obtidos 35 isolados da raiz e da parte aérea das cultivares de arroz irrigado testadas, e todos apresentaram capacidade de fixar nitrogênio atmosférico e produzir e liberar AIA in vitro. Em experimento sob condições gnotobióticas as cultivares IRGA 409, Puitá Inta-CL e Pampa demonstraram ser as cultivares mais responsivas a inoculação, e os isolados 12, 13, 29 foram aqueles que apresentaram maior promoção de crescimento vegetal. Em casa de vegetação, a cultivar IRGA 409 foi a que mais respondeu a inoculação e o isolado 12, aquele que proporcionou os maiores benefícios em relação ao perfilhamento de plantas e produção de matéria seca nas cultivares de arroz irrigado estudadas.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Os conhecimentos produzidos por comunidades tradicionais, quilombolas e povos indígenas são cada vez mais reconhecidos como importante fonte de informação para as atividades de bioprospecção, especialmente àqueles conhecimentos associados à biodiversidade. Em uma sociedade denominada por muitos autores como a sociedade do conhecimento, torna-se urgente a discussão sobre a titularidade e a forma de proteção de tais conhecimentos tradicionais, que geram lucros de forma direta ou indireta às empresas do setor biotecnológico sem, contudo possuírem ainda sistemas eficazes de proteção. A presente tese analisa a forma de produção desses conhecimentos tradicionais associados à biodiversidade e à bioprospecção, a fim de estudar os mecanismos legais regulatórios incidentes sobre a sua proteção, acesso e repartição de suas informações, conforme estabelecido pela Convenção sobre a Diversidade Biológica. O objetivo central é contribuir ao estabelecimento de marco jurídico, através da discussão sobre a viabilidade, os benefícios e as limitações para a sua elaboração. Através de uma metodologia qualitativa são estabelecidas inicialmente a importância, as características e as diversas espécies dos conhecimentos tradicionais. Em seguida é abordada a interface desses conhecimentos com os conhecimentos científicos, os direitos de propriedade intelectual e a natureza jurídica dos direitos sobre tais conhecimentos que passam a ser denominados COTABIOs. Após essa etapa cognitiva, é apresentado o arcabouço institucional-legal da repartição de benefícios, acesso e proteção dos COTABIOs em diversos fóruns internacionais e em alguns países, com especial ênfase ao panorama nacional brasileiro. Ao término desse processo são formuladas propostas de medidas especificas que poderão contribuir para a proteção legal dos COTABIOs. A tese é concluída com considerações gerais sobre as propostas formuladas, a fim de contribuir para o preenchimento da lacuna existente em decorrência da esparsa legislação nacional e internacional sobre a repartição de benefícios, acesso e proteção dos COTABIOs sem, contudo ter a pretensão de esgotar o tema e sim contribuir para a reflexão e discussão sobre a necessidade de mudanças nesse setor / The knowledge generated by traditional communities, quilombolas and indígenous people, have been even more recognized as an important source of information for bioprospecting activities, in special those associated with biodiversity knowledge. In a knowledges society, as understood for several authors, it is mandatory to discuss about the ownership and the way of protection of such traditional knowledges, that are giving profits to biotechnologic sector corporations, however without any effective protection mecanism. This thesis examines these traditional knowledges associated with biodiversity and bioprospecting are produced, studying the legal mechanisms usually applyied for protecting them, and accessing the available informations as preconized by Biologic Diversity Convention. Our main objective is to make a contribution to the establishment of legal framework, by discussion about its viability, benefits and limitations. Adopting a qualitative methodology, it establish first the traditional knowledges importance, characterístics and the categories envolved. Afterwards it is approached the connection among traditional and cientific knowledges, the rights about the intellectuak property and the legal nature will be called here after as COTABIOs. After this cognitive stage, it is submitted the legal and institutional framework of benefit sharing, access and protection from COTABIOs on many international foruns and some countries, emphasizing mainly the national brazilian panorama. Subsequently are proposed specific mechanisms that could contribute to the legal COTABIOs protection. The thesis is concluded doing general considerations about the proposals presented, believing to be contributing to close the gap resulting from the termous national and international legislation about benefit sharing, access and protection from COTABIOs, without however understanding the discussion is been finalized, but only a new horizon for reflexion and discussion about changes on this area was proposed

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-05-14T14:05:11Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Artur Ribeiro de Sá Alexandre - 2018.pdf: 1970509 bytes, checksum: a04966ec3693633b41c6a2e6328e5db3 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-05-14T14:08:13Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Artur Ribeiro de Sá Alexandre - 2018.pdf: 1970509 bytes, checksum: a04966ec3693633b41c6a2e6328e5db3 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-14T14:08:13Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Artur Ribeiro de Sá Alexandre - 2018.pdf: 1970509 bytes, checksum: a04966ec3693633b41c6a2e6328e5db3 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2018-04-12 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Bioprospecting is defined as the search for organisms, genes, enzymes, compounds, processes and any pieces from living beings, that could have economic potential, and eventually lead to a product development. Thus, enzymes, protein catalysts, have aroused the interest of industries for its conversion mode specific biomass, low energy cost and not production of toxic waste. Chitinases are enzymes that catalyze the lysis of chitin (biopolymer composed of N-acetylglucosamine monomers), and thus have several applications, among them: obtaining N-acetylglucosamine monomers, used in the production of prebiotics; degradation of chitinous waste from fishing activities; and the use in control of fungi and insects. The present work aimed to bioprospect chitinase producing bacteria from soil samples and to characterize the enzymatic activity patterns of the best bacterial isolate. To do so, a screening with 17 soil samples collected in the states of Minas Gerais, Santa Catarina and Rio Grande do Sul, was carried out using a culture medium with colloidal chitin. Thirteen chitinase producing bacteria were obtained, among them, the isolate Q1 (identified as Paenibacillus illinoisensis), demonstrated to be a good producer of the enzyme and thus was selected for determination and optimization of its chitinase activity evaluating reaction time, temperature and pH. The chitinase produced by the isolate showed 0.098 U of activity, which was subsequently improved to 0.66 U when tested under the optimal conditions of 1 hour of reaction at 37 ºC and pH 4, an increase of 573% over the initial value. The values of chitinase activity from the isolate P. illinoisensis are close to those found in other studies, which also emphasize the potential application of the enzyme, mainly in the control of phytopathogenic pests. Bioprospecting of chitinase producing bacteria is possible and promising. / A Bioprospecção é definida como a busca por organismos, genes, enzimas, compostos, processos e partes provenientes de seres vivos, que possam ter potencial econômico, e eventualmente, levar ao desenvolvimento de um produto. Nesse âmbito, as enzimas, catalisadores biológicos de natureza proteica, têm despertado o interesse de indústrias pelo seu modo de conversão de biomassa específico, de baixo custo energético e que não produz resíduos tóxicos. As quitinases são enzimas que catalisam a quebra da quitina (biopolímero composto por monômeros de N-acetilglicosamina), possuindo assim, diversas aplicações, dentre as quais: a obtenção de monômeros de Nacetilglicosamina, usados na produção de pré-bióticos; a degradação de resíduos quitinosos oriundos da pesca e do consumo de crustáceos; e uso no combate de fungos e insetos. O presente trabalho teve como objetivo bioprospectar bactérias produtoras de quitinase a partir de amostras de solo e caracterizar a enzima do melhor isolado bacteriano quanto aos padrões de atividade enzimática. Para tal, foi realizada uma triagem com 17 amostras de solo coletadas nos estados de Minas Gerais, Santa Catarina e Rio Grande do Sul, utilizando meio de cultura com quitina coloidal. Foram obtidas 13 colônias bacterianas produtoras de quitinase, dentre elas, o isolado Q1 (identificado como Paenibacillus illinoisensis), que se mostrou bom produtor da enzima e foi selecionado para testes de determinação e otimização da atividade enzimática quanto ao tempo de reação, temperatura e pH. A quitinase produzida pelo isolado apresentou atividade de 0,098 U, sendo melhorada posteriormente para 0,66 U quando testada nas condições ótimas de 1 hora de reação, a 37 ºC e em pH 4, um aumento de 573% em relação ao valor inicial. Os valores obtidos da atividade da qutininase produzida pela P. illinoisensis são próximos aos encontrados em outras pesquisas, que destacam também, o potencial de aplicação da enzima, principalmente no combate de pragas fitopatogênicas. A bioprospecção de bactérias produtoras de quitinase é possível e promissora.

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2016-12-14T18:24:04Z No. of bitstreams: 1 Flaviana Goncalves da Silva.pdf: 1354445 bytes, checksum: 5abe875dd282d6291759e442aef4933a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-14T18:24:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Flaviana Goncalves da Silva.pdf: 1354445 bytes, checksum: 5abe875dd282d6291759e442aef4933a (MD5) Previous issue date: 2014-07-11 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Salinity is a limiting factor for agriculture and a frequent problem in arid and semi-arid region which rainfall is low and poorly distributed. In these areas most of plants can not grow due soils unprotected and become degraded with time. The use of bacteria with plant growth promoting and tolerance to salt stress may indicate biotechnological alternative that allows the use of plants associated with these microorganisms as inoculants may provide beneficial effects on soil-plant interaction. The cultivation of Atriplex nummularia L. has been conducted in order revegetate soils, promoting the improvement of their physical and chemical properties as a phytoremediation technique of salinized soils. In order to isolate and select bacteria promoter of plant growth associated with Atriplex nummularia L. plants cultivated in two experiments were carried out in the Pernambuco state and evaluated the effects of its inoculation in Atriplex plants grown in greenhouse. The population density of the bacteria was determined and then the same were tested in respect to plant growth promotion in vitro solubilization of inorganic phosphate (SFI), biological nitrogen fixation (BNF), synthesis of indole acetic acid (IAA), exopolysaccharides production (EPS) and quorum sensing molecule. Some bacteria to plant inoculation Atriplex grown in a protected environment were also selected in order to analyses content of chlorophyll a, b and total; stomatal conductance (gs); leaf temperature; green matter, dry and total fractional parts (root, stem and leaf) of plants; content and levels of sodium, potassium, calcium and magnesium; total nitrogen, crude protein of leaves and total organic carbon. Through the insulation, it was obtained 107 halotolerant bacterial isolates with positive results to plant growth promotion. Regarding the content of chlorophyll a, b and total, stomatal conductance and crude protein in plants, there was no effect of treatments. Inoculation with halotolerant bacteria and plant growth promoters influenced total nitrogen and total organic carbon in plants of Atriplex. Therefore, there are halotolerant bacteria associated with Atriplex plants able to solubilize inorganic phosphate, N2 fixation, IAA production, EPS and quorum sensing molecule, with the possibility of these micro-organisms contribute positively to plant growth. Bacterial isolates are promising on vegetative and nutritional development of Atriplex. However, it requires further explore the effect of bacterial inoculants associated with halophytes, giving improved conditions for phytoremediation process of salinized soils. / A salinidade constitui um fator limitante à agricultura e tem se tornado um problema frequente em áreas sob clima árido e semiárido, onde as precipitações são reduzidas e mal distribuídas. Nessas áreas, a maioria das plantas não consegue se desenvolver, por isso, os solos ficam desprotegidos e tornam-se degradados com o tempo. A utilização de bactérias promotoras de crescimento vegetal com tolerância ao estresse salino pode indicar alternativa biotecnológica que possibilite o uso de plantas associadas a esses micro-organismos como inoculantes, podendo proporcionar efeitos benéficos na interação solo-planta. O cultivo da Atriplex nummularia L. tem sido realizado com o objetivo de revegetar estes solos, promovendo a melhoria de suas propriedades físicas e químicas, como técnica de fitorremediação de solos afetados por sais. Com isso, objetivou-se isolar e selecionar bactérias promotoras de crescimento vegetal associadas às plantas de Atriplex nummularia L. cultivadas em dois experimentos instalados no estado de Pernambuco e avaliar os efeitos da inoculação destas bactérias em plantas de Atriplex cultivadas em ambiente protegido. Foi determinada a densidade populacional das bactérias e em seguida as mesmas foram testadas quanto às características de promoção de crescimento vegetal in vitro: solubilização de fosfato inorgânico (SFI), fixação biológica de nitrogênio (FBN), síntese de ácido indol acético (AIA), produção de exopolissacarídeo (EPS) e molécula quorum sensing. Foram também selecionadas algumas bactérias para inoculação em plantas de Atriplex cultivadas em ambiente protegido, analisando-se nas plantas, aspectos como teor de clorofila a, b e total; condutância estomática (gs); temperatura foliar; fitomassa verde, seca e total das partes fracionadas (raiz, caule e folha) das plantas; conteúdos e teores de sódio, potássio, cálcio e magnésio; nitrogênio total, proteína bruta de folhas e carbono orgânico total. Por meio do isolamento, foi possível obter 107 isolados bacterianos halotolerantes, com resultados positivos quanto às características de promoção de crescimento vegetal. Em relação ao teor de clorofila a, b e total, condutância estomática e proteína bruta nas plantas, não houve efeito dos tratamentos aplicados. A inoculação com bactérias halotolerantes e promotoras de crescimento vegetal influenciou o nitrogênio total e carbono orgânico total em plantas de Atriplex. Portanto, é possível afirmar que existem bactérias halotolerantes associadas às plantas de Atriplex, capazes de solubilizar fosfato inorgânico; fixar N2; produzir AIA, EPS e molécula quorum sensing, havendo a possibilidade destes micro-organismos, quando associados às plantas, contribuírem de forma positiva em relação à promoção de crescimento vegetal. Os isolados bacterianos são promissores no desenvolvimento vegetativo e nutritivo da Atriplex. No entanto, necessita-se explorar melhor o efeito dos inoculantes bacterianos associados às plantas halófitas, dando condições para melhoria no processo de fitorremediação de solos salinos.

Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2015-10-22T16:02:34Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Maycon Carvalho Ribeiro - 2014.pdf: 1028131 bytes, checksum: 34ecaebcaac3768726bacc1c6c4f694b (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2015-10-22T16:03:56Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Maycon Carvalho Ribeiro - 2014.pdf: 1028131 bytes, checksum: 34ecaebcaac3768726bacc1c6c4f694b (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-10-22T16:03:56Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Maycon Carvalho Ribeiro - 2014.pdf: 1028131 bytes, checksum: 34ecaebcaac3768726bacc1c6c4f694b (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-08-04 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Cyclodextrin glycosyltransferase (CGTase, EC 2.4.1.19) is an important industrial enzyme for being the only one able to convert starch and related glucans in cyclic oligosaccharides called cyclodextrins (CDs). The arrangement of the glucose units in the formation of CD results in a molecule with the shape of a cone, with hydrophobic interior and hydrophilic surface. This arrangement of glucose molecules in CDs allows its use as a host molecule in the formation of inclusion complexes with organic and inorganic compounds. This mechanism is advantageous in protecting the guest molecule from light, heat and oxidizing conditions and also enable the "dissolution" of compounds of low solubility in aqueous media. Cyclodextrins are used from the food industry to the pharmaceutical, in controlled drug delivery systems and immobilization of toxic compounds for environmental protection. The CGTases are mainly produced by bacteria of the genus Bacillus, found degrading starch rich substrates. The aim of this study was to identify, isolate, select and characterize strains of CGTase-producing bacteria from soil samples from different regions of Brazil as well as calculate the enzymatic production of these bacteria on low-cost substrates. With this work, it was possible to identify 17 bacteria producing cyclodextrin glycosyltransferase enzyme, with nine of them had values above 1.5 for enzymatic production. Of these, all were characterized as gram positive Bacillus. Bioprospecting of bacteria in soils of different cultures led to the identification of bacteria that may be used in studies for the production of cyclodextrin glycosyltransferase and subsequent implementation by various industries. / Ciclodextrina glicosiltransferase (CGTase, EC 2.4.1.19) é uma enzima industrial importante, sendo a única capaz de converter o amido e glucanos afins em oligossacarídeos cíclicos chamados ciclodextrinas (CDs). O arranjo das unidades de glicose na formação da CD resulta em uma molécula com a forma de cone, com interior hidrofóbico e superfície hidrofílica. Este arranjo das moléculas de glicose permite seu uso como molécula hospedeira na formação de complexos de inclusão com compostos orgânicos e inorgânicos. Este mecanismo é vantajoso na proteção de moléculas contra luz, calor e condições oxidantes e também possibilita melhorar a solubilidade de compostos hidrofóbicos. Ciclodextrinas são utilizadas desde a indústria de alimentos até a farmacêutica, em sistemas de liberação controlada de drogasse e imobilização de compostos tóxicos para proteção ambiental. As CGTase são principalmente produzidas por bactérias do gênero Bacillus, encontradas degradando substratos ricos em amido. O objetivo deste estudo foi identificar, isolar, selecionar e caracterizar linhagens de bactérias produtoras de CGTase a partir de amostras de solo de diferentes regiões do Brasil bem como calcular o índice enzimático destas bactérias em substratos de baixo custo. Com a realização deste trabalho, foi possível identificar 17 bactérias produtoras da enzima ciclodextrina glicosiltransferase, sendo que nove delas apresentaram valores para índice enzimático acima de 1,5. Destas, todas foram caracterizadas como sendo Bacillus gram positivos. A bioprospecção de bactérias em solos de diferentes culturas possibilitou a identificação de bactérias que poderão ser usadas em estudos para a produção da ciclodextrina glicosiltransferase e posterior aplicação pelas mais diversas indústrias.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-10-29T14:44:05Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Bruno Francesco Rodrigues de Oliveira - 2015.pdf: 3313694 bytes, checksum: 5cb9779c379ed9f47de7c0d65abeb95b (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-10-29T14:47:16Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Bruno Francesco Rodrigues de Oliveira - 2015.pdf: 3313694 bytes, checksum: 5cb9779c379ed9f47de7c0d65abeb95b (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-10-29T14:47:16Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Bruno Francesco Rodrigues de Oliveira - 2015.pdf: 3313694 bytes, checksum: 5cb9779c379ed9f47de7c0d65abeb95b (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2015-03-18 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / The actinobacteria constitute a wide and diverse phylum of gram-positive bacteria with a high content of guanine and cytosine in their DNA, standing out by the production of secondary metabolites with antibiotic activity. The treatment of multi-drug resistant pathogens infections and cancer represents a major challenge for modern medicine and bioactive microbial metabolites constitute a rich source of antimicrobial and antitumor drugs. The main aim of this study was to analyse the potential antimicrobial and cytotoxic activities of actinobactéria isolated from various habitats. The evaluation of these bioactivities was accomplished by the application of a set of qualitative screening in vitro assays. From a total of 19 morphospecies, isolated from the goiano Cerrado soil, 16 were evaluated in the primary antimicrobial activity tests, of which 5 (31,25%) antagonized the growth of indicator microorganisms. The ECL of the morphospecie BC-A22 and the crude extracts of the strain ADU 1.3 stood out for their strong antibiotic action against MRSA. The most of the crude extracts exhibited lytic action on the staphylococcal cell wall. Only ECLs of morphospecies GUARA 1 and PEG 23 and extracts of the strain PEG 30 were cytotoxic against A. salina in low concentration. None of the extracts showed an intercalation effect on the DNA molecule. With exception of BC-A22, the other six isolates were morphologically characterized as members of the Streptomyces genus. The morphospecie ADU 1.3 was molecularly identified as Streptomyces sp., highly likely to consist of a new species. The results of this initial phase of microbial bioprospecting highlight that all the isolates are potential producers of antibiotics biomolecules, excelling the morphospecie BC-A22, which exhibited a strong antimicrobial activity against the clinical isolates of MRSA and most of gram-negative bacteria. / As actinobactérias compõem um amplo e diverso filo de bactérias gram-positivas com elevado conteúdo de guanina e citosina em seu DNA, destacando-se pela produção de metabólitos secundários com atividade antibiótica. O tratamento das infecções por patógenos multirresistentes aos antimicrobianos e do câncer representa um dos maiores desafios da medicina moderna e moléculas microbianas bioativas ainda constituem uma fonte rica de drogas antimicrobianas e antitumorais. O objetivo principal do presente estudo foi analisar as potenciais ações antimicrobiana e citotóxica de actinobactérias isoladas de vários habitats. A avaliação dessas bioatividades foi efetuada mediante aplicação de uma série de ensaios qualitativos de triagem in vitro. Do total de 19 morfoespécies, isoladas do solo de Cerrado goiano, 16 foram avaliadas nos testes primários de atividade antimicrobiana, das quais 5 (31,25%) antagonizaram o crescimento dos micro-organismos indicadores. O ECL da morfoespécie BC-A22 e os extratos brutos do isolado ADU 1.3 se sobressaíram quanto a sua alta ação antibiótica frente à MRSA. A maioria dos extratos brutos exibiu ação lítica sobre a parede celular estafilocóccica. Apenas os ECLs das morfoespécies GUARA 1 e PEG 23 e os extratos do isolado PEG 30 foram citotóxicos a A. salina em baixa concentração. Nenhum dos extratos mostrou efeito de intercalação sob a molécula de DNA. Com exceção de BC-A22, os seis isolados foram caracterizados morfologicamente como membros do gênero Streptomyces. A morfoespécie ADU 1.3 foi identificada molecularmente como Streptomyces sp., com alta probabilidade de consistir em uma espécie nova. Os resultados obtidos dessa etapa de bioprospecção inicial evidenciam que todos os sete isolados são potenciais produtores de biomoléculas antibióticas, notabilizando-se a morfoespécie BC-A22, que exibiu uma alta ação antimicrobiana frente aos MRSA hospitalares e a maior parte das bactérias gram-negativas. Palavras-chave: actinobactérias; bioprospecção microbiana; metabólitos bioativos; antibióticos.

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-05-16T15:53:44Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação_Patrícia Mota Silva.pdf: 979608 bytes, checksum: ce07874ce0155d48be4cc47700cab638 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-05-16T15:53:58Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação_Patrícia Mota Silva.pdf: 979608 bytes, checksum: ce07874ce0155d48be4cc47700cab638 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-16T15:53:58Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação_Patrícia Mota Silva.pdf: 979608 bytes, checksum: ce07874ce0155d48be4cc47700cab638 (MD5) Previous issue date: 2015-08-31 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / Microbial lipases have a great potential for industrial applications, including cosmetic industry. Forward the great diversity of the Amazon forest micro-organisms, it can be said that few bioprospecting work of producing lipases fungi were performed. This study aimed to investigate lipase production by fungi isolated from soil samples of the Amazon rainforest. Samples were collected in Reserva Florestal Adolpho Ducke. The fungi were isolated, purified and identified (macro and micromorphologically). Lipase producing fungi were selected by the ability of those in hydrolyzing pNPP (p-nitrophenylpalmitate). Univariate experiments were conducted in order to investigate the influence of bioprocess variables in the production of lipase-selected isolated Fusarium INPA 4. It was also investigated the optimum temperature and pH of Fusarium lipases INPA 4:01 preliminary analysis as the cytotoxicity of broth cultivation of the fungus. The results revealed that: 100 isolates were obtained and the three most common genera of fungi were Aspergillus (41%), Penicillium (34%) and Trichoderma (13%). The isolated highlighted on lipase production were INPA83 Penicillium, Fusarium INPA 4, Paecilomyces Aspergillus INPA INPA 53 and 59. The levels of the most appropriate factors for production of the Fusarium lipases INPA 4 were 15 g / L Soy oil 1 g / L (NH4) 2SO4, pH 5, the relationship between the culture medium and glassware 1/5, initial inoculum of 105 cell / ml, orbital stirring of 100 rpm and a time of 72 h.Na determination of pH and temperature optimum the lipase of Fusarium INPA 4 was more active in the pH range of 7.0-9.0 and temperature range of -20oC to 30oC. The cultivation broth of Fusarium INPA 4 showed no cytotoxicity from the third dilution having a viability above 100%. The Fusarium INPA 4 showed a good lipase producer, may be a source of this enzyme for future industrial applications, but for this, it is necessary an additional study for the best biotech enzyme potential and his producer are exploited. / Lipases microbianas têm um grande potencial para aplicações industriais, inclusive para indústria de cosméticos. Frente a grande diversidade de micro-organismos da floresta amazônica, pode-se afirmar que poucos trabalhos de bioprospecção de fungos produtores de lipases foram realizados. Este trabalho teve como objetivo investigar a produção de lipases por fungos isolados de amostras de solo da floresta amazônica. Foram coletadas amostras na Reserva Florestal Adolpho Ducke. Os fungos foram isolados, purificados e identificados (macro e micromorfologicamente). Foram selecionados fungos produtores de lipase pela capacidade desses em hidrolisar o pNPP (p-nitrofenilpalmitato). Foram realizados experimentos univariados com a finalidade de investigar a influência das variáveis de bioprocesso na produçao de lipases pelo isolado selecionado Fusarium INPA 4. Foi investigada também a temperatura e pH ótimos das lipases de Fusarium INPA 4 e uma análise preliminar quanto a citotoxicidade do caldo de cultivo deste fungo. Como resultados observou-se que: foram obtidos 100 isolados e os três generos fúngicos mais frequentes foram Aspergillus (41%), Penicillium (34%) e Trichoderma (13%). Os isolados destacados na produção de lipases foram: Penicillium INPA83, Fusarium INPA 4, Paecilomyces INPA 53 e Aspergillus INPA 59. Os níveis dos fatores mais adequados para produção das lipases pelo Fusarium INPA 4 foram 15 g/L de óleo de soja, 1 g/L de (NH4)2SO4, pH 5, relação entre meio de cultura e vidraria de 1/5, inóculum inicial de 105 cell/mL, agitação orbital de 100 rpm e o tempo de 72 h.Na determinação do pH e temperatura ótimos, a lipase do Fusarium INPA 4 foi mais ativa na faixa de pH entre 7,0-9,0 e na faixa de temperatura de 20oC a 30oC. O caldo de cultivo do Fusarium INPA 4 não apresentou citotoxicidade a partir da terceira diluição, tendo uma viabilidade acima de 100%. O Fusarium INPA 4 se mostrou um bom produtor de lipase, podendo ser uma fonte dessa enzima para futuras aplicações industriais, mas para isso, torna-se necessário um estudo complementar para que o melhor potencial biotecnológico da enzima e seu produtor sejam explorados.

Submitted by Cássia Santos (cassia.bcufg@gmail.com) on 2016-10-05T10:38:29Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Enio Saraiva Soares - 2016.pdf: 2392510 bytes, checksum: 37b84e9c9bc76eaf406e92f41d3828bb (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-10-05T10:58:52Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Enio Saraiva Soares - 2016.pdf: 2392510 bytes, checksum: 37b84e9c9bc76eaf406e92f41d3828bb (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-05T10:58:52Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Enio Saraiva Soares - 2016.pdf: 2392510 bytes, checksum: 37b84e9c9bc76eaf406e92f41d3828bb (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-04-29 / Currently there are different approaches to synthesize and discover new compounds, but the pursuit of these products on biodiversity is still advantageous. In bioprospecting microorganisms, which often are seeking their properties that can be exploited in biotechnology products. This is the case of chitinases, enzymes that degrade chitin. Chitinases (EC 3.2.1.29) are glycosyl hydrolases type enzymes that specifically cleave β-1,4 bonds between N-acetylglucosamines units of chitin with sizes ranging from 20 kDa to 90 kDa. The main producers of chitinase are the bodies that have chitin in their cell wall or exoskeleton, such as insects, crustaceans, fungi, algae, among others. This study aimed to select and identify producing bacteria chitinase in soil samples from different coastal regions of southern Brazil. Seventeen soil samples, collected close to fishing for shellfish waste disposal sites, were prepared and seeded in four minimum culture medium containing colloidal chitin as the sole source of carbon and energy, incubated and the colonies were isolated and purified. After yielded a total of thirteen isolates that were submitted to enzymatic index test, stressed that four isolates. The four isolated genomic DNA was extracted, amplified and purified, and sequenced region encoding 16S rRNA of these organisms. Bacteria were then pooled and identified by construction of a phylogenetic tree. The results showed the presence of the species Paenibacillus illinoisensis and Paenibacillus chitinolyticus and two members of the genus Bacillus. Future studies may indicate the possibility of its use as a source of genes for biotechnological applications such as the production of new biopesticides. / Existem atualmente diferentes abordagens para se sintetizar e descobrir novos compostos, mas a busca desses produtos na biodiversidade ainda é vantajosa. Na bioprospecção de microrganismos, o que muitas vezes se busca são as suas propriedades que possam ser aproveitadas em produtos biotecnológicos. Esse é o caso das quitinases, enzimas capazes de degradar a quitina. As quitinases (EC 3.2.1.29) são enzimas do tipo glicosilhidrolases, com tamanhos que variam de 20 kDa até 90 kDa, que clivam especificamente as ligações β-1,4 entre unidades de N-acetilglicosaminas da quitina. Os principais produtores de quitinases são os organismos que possuem quitina no seu exoesqueleto ou parede celular, como insetos, crustáceos, fungos, algas, bactérias entre outros. O presente estudo teve como objetivo selecionar e identificar bactérias produtoras de quitinases em amostras de solos de diferentes locais litorâneos da região Sul do Brasil. Dezessete amostras de solo, coletadas próximo a locais de descarte de resíduos de crustáceos por pescadores, foram preparadas e semeadas em meio de cultura mínimo contendo quitina coloidal como única fonte de carbono e energia, incubadas e as colônias foram isoladas e purificadas. Ao fim obteve-se um total de treze isolados de bactérias, que foram submetidas ao teste de índice enzimático, que destacou desses quatro isolados. O DNA genômico de quatro isolados foi extraído, amplificado e purificado, sendo sequenciada a região codificadora do gene 16S rRNA destes microrganismos. As bactérias foram então agrupadas e identificadas pela construção de uma árvore filogenética. Os resultados mostraram a presença das espécies Paenibacillus illinoisensis e Paenibacillus chitinolyticus além de dois membros do gênero Bacillus. Estudos futuros poderão indicar a possibilidade de seu uso como fonte de genes para aplicação biotecnológica, como a produção de novos bioinseticidas.

Bactéria e fungos são as principais fontes de enzimas envolvidas na transformação de compostos chave para o fluxo de carbono em solos de manguezal, caracterizado por alta prevalência de anaerobiose, salinidade e elevado teor de matéria orgânica. A decomposição de plantas ou resíduos de animais nestas condições é muito lenta, devido à pressão seletiva sobre a evolução de enzimas envolvidas nos processos de mineralização de nutrientes. A metagenômica, permiti o acesso a grande maioria da diversidade microbiana no ambiente, por meio da geração de bibliotecas de clones, o que resulta em um cenário promissor para bioprospecção de novas atividades enzimáticas. Neste estudo, foi relatada a descrição e caracterização de uma nova ?-N-acetil-hexosaminidase (EC 3.2.1.52) da família GH3, envolvida na degradação da matéria orgânica em solo de manguezal contaminado por derramamento de óleo localizado no município de Bertioga-SP, por meio de uma triagem de 12.960 clones metagenômicos. O clone positivo para a atividade celulolítica foi sequenciado e um total de 1.175.586 reads foram gerados com tamanho médio de 198 pb. As sequencias foram trimadas com base na qualidade de índice PHRED >= 30.0, e remoção de sequencias do hospedeiro (E. coli) e do vetor (fosmídeo), originando um contig final com 39.586 Kb. Entre as ORF\'s anotadas a partir do contig gerado, uma sequencia de 1.065 nucleotídeos foi identificada como codificante para a enzima ?-N-acetil-hexosaminidase, evidenciando baixa similaridade (32 %) com as demais encontradas no bancos de dados comparativos. A enzima foi expressa e purificada, onde uma banda isolada foi visualizada por SDS-PAGE com massa molecular prevista de 43 kDa. Por fim, as atividades ótimas da enzima (30 °C; pH 5.0; 0.5 M de NaCl; diminuição de atividade após 3hs de incubação) foram caracterizadas por meio do indicador p-nitrophenol (pNP) ligados aos substratos GlNac, GalNac e Glc. A detecção da enzima por meio da metagenômica, evidenciou que os manguezais são reservatórios de novas enzimas com características diferenciadas e altos potenciais de aplicabilidades biotecnológicas / Bacteria and fungi are major sources of enzymes involved in the transformation of key compounds for the carbon fluxes on mangrove soils, characterized by the high prevalence of anaerobiosis salinity and high content of organic matter. The decomposition of plant or animals residues under these conditions is very slow, acting as a selective pressure on the evolution of enzymes involved in the mineralization process of nutrients. Metagenomics has provided access to the vast majority of the microbial diversity in the environment through the generation of fosmid libraries, resulting in a promising scenario for bioprospection enzymatic activities. In this study, we report the description and characterization of a novel ?-N-acetylhexosaminidase (EC 3.2.1.52) of GH3 family, involved in the degradation of organic matter in mangrove soils contaminated by oil spill located in the city of Bertioga-SP through of a screening of 12.960 metagenomic clones. The positive clone for cellulolytic activitie was sequenced and a total of 1.175.586 reads were generated with measuring size 198 bp. The sequences were trimmed based on the index of quality PHRED >= 30.0 and removing the sequences to host (E. coli) and vector (fosmid) resulting in a contig of 39.586 Kb. Between the anoted ORF\'s from generated contig a sequence of 1.065 nucleotides was identified coding for a ?-N-acetylhexosaminidase showing low similatrity (32 %) with the other found in comparatives databases. The enzyme was expressed and purified where an isolated band can be visualized by SDS-PAGE with molecular mass of 43 kDa. Finally, as optimum activity of the enzyme (30 °C; pH 5.0; 0.5M NaCl; decreased activity after 3 h incubation) were characterized by the indicator p-nitrophenol (pNP) linked to the substrates GlNac, GalNac and Glc. The detection of the enzyme through metagenomics indicated that mangroves are reservoirs of novel enzymes with different characteristics and high potential for biotechnological applicability