Made available in DSpace on 2014-07-22T17:04:57Z (GMT). No. of bitstreams: 4 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) fabiana_rocha_ioc_dout_2013.pdf: 5534664 bytes, checksum: fda4206174290f26b0c5f00482b1cee6 (MD5) fabiana_rocha_ioc_dout_2013.pdf.txt: 449204 bytes, checksum: e58375ea961a5ec377bb951472e5d404 (MD5) fabiana_rocha_ioc_dout_2013.pdf.jpg: 1782 bytes, checksum: 43f6857dc7ca4a92ae2c05acfe603257 (MD5) Previous issue date: 2013-11-21 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Diversos surtos epidêmicos causados por agentes patogênicos provocaram severo declínio em populações de carnívoros selvagens nas últimas décadas. Além desse impacto às populações silvestres, há a preocupação de transmissão de alguns desses agentes à população humana e animais domésticos. De fato, as alterações ambientais têm provocado mudanças na relação patógeno-hospedeiro. Desta forma, o monitoramento da saúde de animais silvestres é importante componente no estabelecimento de programas de controle e erradicação de doenças e na elaboração de políticas de saúde pública e animal e de manejo e conservação de espécies selvagens. Considerando o papel dos mamíferos da ordem Carnívora na cadeia trófica, estes podem ser usados como sentilas sendo alvos estratégicos em programas de vigilância para detecção de patógenos Neste artigo serão revisados estudos de caso dos principais patógenos que acometem mamíferos selvagens, com ênfase nas espécies da fauna brasileira. Os métodos laboratoriais utilizados nos estudos de exposição dos carnívoros brasileiros a patógenos serão discutidos e considerações sobre estratégias para minimizar seus impactos sobre a fauna silvestre, bem como os possíveis métodos para controle de patógenos causadores de zoonoses em carnívoros / Little is known on the Trypanosoma cruzi transmission in the different trophic levels of the food web and on the role played by Neotropical wild carnivores, the mammalian group target of this study, in the transmission cycles of this parasite. T. cruzi , the etiologic agent of Chagas disease, is a multihost parasite immersed in complex transmission networks that include hundreds of mammalian species and dozens of triatomines species, the insect vectors. The new epidemiological scenario, expressed by the growing number of human cases due to T. cruzi oral infection, demonstrate that numerous aspects of Chagas disease epidemiology still remain unclear. The primarly enzootic nature of this parasitosis emphasize the importance of looking at the sylvatic cycle to examine the role of the different mammalian species in the maintenance of the parasite in order to understand this new scenario. Therefore, we examined six mammalian orders, domestic dogs and feral pigs for T. cruzi infection and its distinct genotypes, through serologic, parasitological and molecular tests, during a seven-year follow-up in the Pantanal, Mato Grosso do Sul State, Brazil. We demonstrated that the reservoir system in the Pantanal includes host species that occupy all habitat types and forest strata, constituting a transmission network involving generalist and specialist mammalian species that are linked through a robust food-web connection. In this system, the coati ( Nasua nasua ) was considered the main T. cruzi reservoir, and demonstrated potential to act as a bioacumulator and disperser of all the T. cruzi genotypes detected in the region, TcI, TcII and TcIII/IV. The extension of our studies to the Serra da Canastra National Park (SCNP) - Minas Gerais State, and to the Araguari/Cumari regions (Minas Gerais/Goias States) provided evidence that the participation of wild carnivores in the T. cruzi transmission cycles was not a punctual finding, given that the seven carnivore species examined in the three study sites were infected by T. cruzi. Infectivity potential (expressed by positive hemoculture) was demonstrated in a felid from the SCNP, the ocelot ( Leopardus pardalis ), and in two procyonid species from the Pantanal, the coati and the raccoon ( Procyon cancrivorus ). In the SCNP, domestic dogs demonstrated to be good sentinels for T. cruzi transmission areas and the distinct genotypes circulating in the region, TcI and TcII. Additionally, we provided a comprehensive analysis of infection patterns among distinct carnivore species, by assembling our data with T. cruzi infection on South America carnivores’ literature records. Twelve out of twenty-one Neotropical carnivores evaluated species were described to be infected by T. cruzi, besides other three species found infected in the present study: the ocelot, the puma ( Puma concolor ) and the maned wolf ( Chrysocyon brachyurus ). Each species demonstrated a different potential to maintain and disperse T. cruzi , according their ecological characteristics and peculiarities of the different study areas. Species diet was associated with T. cruzi infection rates: the higher the proportion of invertebrates in species diet, the greater T. cruzi infection rate. Musteloidea species consistently exhibit high parasitemias in different studies, which indicate their high infectivity potential. Mesocarnivores that feed on both invertebrates and mammals, including the coati, a host that can be bioaccumulator of T. cruzi genotypes, seem to take place at the top of T. cruzi transmission chain; therefore, they may have a huge impact on the transmission cycles of this parasite.

Orientador: Carlos Camargo Alberts / Banca: Sérgio Nascimento Stampar / Banca: Gelson Genaro / Resumo: As relações evolutivas da Ordem Carnivora são extensivamente estudadas e contraditórias, principalmente entre os caniformes. Embora as filogenias baseadas em dados moleculares tenham feito uma contribuição importante, elas também podem ser comparadas a reconstruções usando outros tipos de caracteres, como comportamentais. O comportamento vem conquistando espaço no cenário da biologia evolutiva, e entre os comportamentos exibidos pelos animais, a autolimpeza se apresenta como uma boa fonte de caracteres filogenéticos. Este estudo teve como objetivo reconstruir uma filogenia das principais Famílias de carnívoros caniformes usando o comportamento de autolimpeza como caractere. Foi criada uma reconstrução filogenética por meio de caracteres moleculares como forma de comparação e evidência adicional. Nas análises comportamentais, excetuando-se os representantes dos grupos externos, uma grande politomia é o resultado para os demais terminais analisados. Os terminais dentro dessa politomia, no entanto, apresentam algumas relações interessantes e com grande sustentação em verificações de bootstrap e jackknife. Os resultados com dados moleculares, nos quais foram empregados setores específicos do gene citocromo b mostraram uma filogenia clássica da Subordem, exceto no que diz respeito à posição do representante da Família Canidae, mas com baixo suporte em verificação bootstrap em alguns ramos, exceto no que diz respeito à posição do representante da Família Canidae. A rápida radiação adaptativa, bem como especiação recente e grande diversidade ecológica dos grupos do estudo representam dificuldades ao se tentar estabelecer o exato relacionamento entre as espécies, independente dos dados biológicos utilizados para reconstrução filogenética. / Abstract: The evolutionary relationships inside the Order Carnivora are extensively studied and sometimes contradictory, especially among caniforms. Although phylogenies based on molecular data have made a significant contribution, they can also be compared to reconstructions using other types of characters, such as the behavioral ones. Behavior has aided space on the current state of evolutionary biology, and among the various possible behaviors exhibited by animals, grooming is a very good source of phylogenetic characters. Grooming has stereotyped patterns and it has been shown that differences in patterns of grooming are observable between closely related species, which makes it a good source of phylogenetic characters. Thus this study aimed to reconstruct a phylogeny of the major families of caniforms carnivores using the grooming behavior as character. A molecular phylogenetic reconstruction was created for comparison and also as further evidence. In the behavioral reconstruction, except for the representatives of the external groups, it resulted a large polytomy. Terminals within this polytomy, however, present some interesting and highly bootstrap and jackknife supported associations. The results with molecular data, in which specific sectors of the cytochrome b gene were employed, showed a classical phylogeny of the suborder, except for the position of the Canidae‟s representative, but with low bootstrap support in most branches. Rapid adaptive radiation, recent speciation and great ecological diversity of the studied group turn difficult to establish the exact relationship between the terminals, independent of the biological data used. / Mestre

Made available in DSpace on 2013-08-07T19:12:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000426215-Texto+Completo-0.pdf: 1203023 bytes, checksum: a4c95024eb4a04a350ac7a3aeb621944 (MD5) Previous issue date: 2010 / Population size reduction currently constitutes a real problem for several natural populations, and many studies have focused on the identification and management of adequate protected areas for threatened species. The conservation of natural areas aims to guarantee good-quality habitats to keep populations at a viable size, which includes an avoidance of potentially deleterious effects of inbreeding. Additionally, conservation plans aim to keep dispersal corridors and consequently to maintain gene flow among populations that were originally connected. Large carnivores, due to their need for large home ranges and frequent persecution by hunters, are extremely vulnerable to habitat fragmentation. Since they are top-predators, their local elimination may cause the alteration of the whole ecosystem, while their protection might impact the persistence and demography of several co-occurring species. Carnivores usually cause major challenges to conservation managers, since considerably large areas are necessary to encompass the home range of a single individual and even larger regions are required to comprise an entire population. The jaguar is the largest predator in the Americas, and currently persists in less than 50% of its original distribution. Also, many remnant areas do not contain sufficient habitat and prey base to hold viable populations in the long term. In Brazil, the Amazon Basin and the Pantanal are the largest areas of the current distribution of the species, and where populations with high probability of long-term survival are still found. However, little is known about the dynamics of jaguar populations in these biomes, and thus population-genetic analyses are extremely necessary. The present study aimed to analyze 52 individuals sampled in the southern Pantanal from 2001 and 2008 to make genetic inferences on jaguar populations, as well as to compare them to previously investigated fragments in the Atlantic Forest biome, where high levels of structuring had been found. We estimated genetic differentiation among populations using an AMOVA approach to generate Fst and Rst indices. Population structuring analyses were also performed with the Bayesian approach implemented in the software STRUCTURE. Variability indices were quite high, and comparable to those found for the species when analyzed under on a phylogeographic scale. When Pantanal populations were assessed separately, a single genetic cluster was inferred, supporting the expectation of demographic connectivity throughout this area. However, when Atlantic Forest jaguars were also included in the analysis, the Pantanal population was divided into two groups, probably due to relatedness among some of the sampled individuals, combined with complex historical admixture with respect to transitional areas between the two biomes. One such area was likely the region adjacent to Porto Primavera dam, on the bank of the upper Paraná river, whose population has already been extirpated due to human activities. Results obtained in the present study support the idea that, in the past, there was genetic connectivity between populations from the Pantanal and the Upper Paraná region, which helps provide baseline data to aid in the design of adequate management actions that may reconnect these biomes. Moreover, the data shown here represent the first jaguar sampling of a genetically healthy local population, and may be used as a comparative reference for the evaluation and monitoring of the observed variability in fragmented regions. / Atualmente, a redução do tamanho populacional constitui um problema real para muitas populações selvagens e cativas, e muitos estudos têm sido realizados nesse contexto com o intuito de identificar áreas de manejo e proteção de espécies ameaçadas. O manejo de populações naturais tem como objetivo assegurar hábitats adequados para manter populações em tamanhos viáveis evitando assim que os efeitos do endocruzamento se pronunciem, além de manter corredores para facilitar a dispersão dos organismos e consequentemente o fluxo gênico entre populações. Os grandes carnívoros, por necessitarem de grandes áreas de vida e serem usualmente perseguidos por caçadores, são bastante vulneráveis à fragmentação de hábitats Devido ao fato de serem predadores-topo, sua extinção local geralmente leva à alteração de todo o ecossistema. Desta forma, sua conservação afeta, de maneira direta e indireta, muitos outros organismos. Os carnívoros estão entre os organismos que causam maiores desafios e preocupações às autoridades referentes à conservação. Áreas consideravelmente grandes são necessárias para englobar a área de vida de um único individuo, e territórios ainda maiores são necessários para abranger uma comunidade inteira deste grupo. A onça-pintada, o maior felídeo das Américas, encontra-se atualmente em menos de 50% da sua distribuição original e muitas áreas remanescentes não apresentam tamanho e disponibilidade suficiente de presas para manter uma população saudável em longo prazo. No Brasil, a Bacia Amazônica e o Pantanal são as maiores áreas de distribuição da espécie onde ainda se encontra populações grandes o suficiente para uma viabilidade por um longo período de tempo. No entanto, pouco se sabe sobre a dinâmica das populações de onça-pintada nesses biomas, havendo assim uma extrema necessidade de análises em nível genético-populacional da espécie. O presente trabalho teve como objetivo analisar 52 indivíduos provenientes do Pantanal brasileiro amostrados no período de 2001 a 2008, e fazer inferências genéticas sobre esta população, bem como compará-la com uma área previamente estudada na Mata Atlântica, onde altos níveis de estruturação foram encontrados. Foram analisados índices de diversidade genética intra-populacional e calculados índices de estruturação (Fst e Rst) assim como análise Bayesiana de estruturação no programa STRUCTURE. Os níveis de variabilidade foram bastante altos e comparáveis com aqueles encontrados para a espécie quando analisada de uma forma mais ampla (em escala filogeográfica). Quando as amostras do Pantanal foram analisadas em relação à sua estruturação, os dados indicaram a presença de apenas uma população, sugerindo que a região amostrada (Pantanal sul) consiste de uma só unidade genética. No entanto, quando as populações da Mata Atlântica foram incluídas na análise, as amostras do Pantanal foram alocadas em duas unidades genéticas incompletamente diferenciadas, devido provavelmente à influência de parentesco entre alguns dos indivíduos desta região, em combinação à provável miscigenação histórica com áreas transicionais entre os dois biomas. Este parece ter sido o caso da população amostrada na área de influência da UHE Porto Primavera (MS/SP), situada no limite interior do bioma Mata Atlântica e que atualmente encontra-se extinta por ação humana. Os resultados obtidos apóiam a inferência de que, no passado, havia conectividade genética entre populações do Pantanal e da Mata Atlântica de Interior, embasando o delineamento de possíveis ações de manejo a fim de retomar a conexão entre estes dois biomas. Além disso, os dados do Pantanal representam a primeira amostragem de uma população geneticamente saudável de onças-pintadas, podendo servir como base para a avaliação e monitoramento da variabilidade observada nesta espécie em regiões fragmentadas.

Made available in DSpace on 2013-08-07T19:12:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000422673-Texto+Completo-0.pdf: 2300017 bytes, checksum: 2442a220c237880099c56943e10dbc17 (MD5) Previous issue date: 2009 / Comparative phylogeographic analyses are useful to shed light on common historical processes affecting regional faunas, as well as to identify species-specific life history features that may influence their genetic legacy. Here we performed phylogeographic analysis of two medium-sized Neotropical carnivores, the brown-nosed coati (Nasua nasua) and the crab-eating raccoon (Procyon cancrivorus), using mitochondrial DNA and microsatellite markers, in order to characterize and compare their patterns of genetic diversity and underlying evolutionary history. We also describe the isolation and characterization of eight polymorphic microsatellite loci for brown-nosed coatis (N. nasua). Both species are farily common in the wild and present in a wide variety of habitats, being sympatric throughout most of their ranges. However, different phylogeographic and diversity patterns were found for both markers: mitochondrial DNA analyses showed levels of diversity that were up to ten-fold higher for N. nasua relative to P. cancrivorus. Six reciprocally monophyletic mtDNA phylogroups were recognized for N. nasua, which were also supported as distinct populations by the microsatellite analyses. In contrast, the mtDNA data set for P. cancrivorus indicated the existence of three recognizable population units, but the magnitude of their differentiation was much less pronounced than that observed in N. nasua. Moreover, the microsatellite data did not support any genetic subdivision in this species, suggesting that full connectivity is maintain throughout all sampled areas. These results demonstrate that these species have very distinct evolutionary histories, which may at least in part be a consequence of differences in social structure and dispersal patterns. These results highlight the evolutionary complexity of the Neotropical biota, and underscore the need for multi-species analyses employing comparable data sets so that common and contrasting patterns can be adequately investigated. / Estudos filogeográficos comparados são úteis na compreensão de processos históricos compartilhados que afetam faunas regionais, bem como na identificação de padrões espécie-específicos que podem influenciar suas atuais características genéticas. Neste estudo, foram realizadas análises filogeográficas de dois carnívoros Neotropicais de médio porte, o quati de focinho marrom (Nasua nasua) e o mão pelada (Procyon cancrivorus), usando marcadores mitocondriais e microssatélites, afim de caracterizar e comparar seus padrões de diversidade genética e compreender sua história evolutiva. Adicionalmente, descreve-se o isolamento e a caracterização de oito loci polimórficos de microssatélites para Nasua nasua. Ambas as espécies são bastante comuns na natureza e estão presentes em uma ampla variedade de habitats, sendo simpátricas ao longo da maior parte de sua distribuição. No entanto, diferentes padrões filogeográficos e de diversidade genética foram encontrados para N. nasua e P. cancrivorus: análises de DNA mitocondrial mostraram níveis de diversidade até dez vezes superiores para N. nasua com relação a P. cancrivorus. Adicionalmente, os mesmos marcadores revelaram a existência de 6 filogrupos reciprocamente monofiléticos para N. nasua, os quais também são suportados como populações distintas pelas análises de microssatélites. De maneira distinta, as análises de DNA mitocondrial para P. cancrivorus indicam a existência de três unidades populacionais; no entanto, a magnitude desta diferenciação foi muito menos evidente do que a observada em N. nasua. Além disso, os dados de microssatélites não suportaram a existência de qualquer subdivisão genética para P. cancrivorus, sugerindo que persiste uma completa conectividade entre todas as áreas amostradas. Estes resultados demonstram que estas espécies apresentam uma historia evolutiva bastante distinta, a qual pelo menos em parte pode ser atribuída a diferenças na estrutura social e no padrão de dispersão das mesmas. Tais resultados destacam a complexidade evolutiva da biota Neotropical e ressaltam a necessidade de análises multi-espécies empregando conjuntos de dados comparáveis, de forma que padrões comuns e contrastantes possam ser adequadamente investigados.

Made available in DSpace on 2013-08-07T19:13:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000401047-Texto+Completo-0.pdf: 2592282 bytes, checksum: e66bbe58a6b50d908b9402f9668879bc (MD5) Previous issue date: 2008 / A habilidade para detectar e analisar indícios de animais na natureza, parte integral da pesquisa e manejo da vida silvestre, se torna fundamental quando a espécie em estudo é um carnívoro. Para as espécies desse grupo, geralmente raras e/ou difíceis de capturar, a análise das fezes é um dos melhores métodos não-invasivos para a identificação, caracterização e monitoramento das populações. Contudo, identificações de espécies a partir de amostras fecais podem ser subjetivas quando baseadas em critérios tradicionais. Neste estudo, comparamos a eficiência de dois métodos de identificação de espécies de carnívoros: análise do DNA fecal e microscopia óptica de pêlos-guarda encontrados em fezes. Ambos foram aplicados a 102 amostras de fezes coletadas em uma área de Mata Atlântica no Rio Grande do Sul. Através da análise das seqüências de mtDNA obtidas a partir de 70 fezes foi possível identificar 75,7% destas amostras como pertencentes a 3 espécies de felinos, 21,3% a uma espécie de canídeo silvestre e 3% ao cão doméstico. Pêlos-guarda foram encontrados em 56% das fezes coletadas. Através da análise microscópica desses pêlos identificou-se 55,6% das amostras em nível de espécie (três espécies de felídeos) e 44% em nível de família (Canidae ou Felidae). Foram analisadas comparativamente 44 amostras sobrepostas pelos dois métodos. Desacordos na identificação entre os métodos ocorreram em apenas três amostras. No total, 77 amostras de fezes foram identificadas em nível de espécie por pelo menos um dos métodos, permitindo uma caracterização da dieta destes carnívoros.A identificação baseada em microscopia de pêlos requer poucos gastos ou tecnologia, sendo simples e rápida para análises em campo. Contudo, algumas características morfológicas dos pêlos-guarda podem influenciar o poder de identificação por microscopia, em alguns casos podendo levar a uma interpretação errônea ou incompleta dos padrões observados. A identificação baseada na análise do DNA fecal pode ter alto custo e ser tecnicamente difícil, mas as informações que podem ser obtidas através deste método superam em quantidade e qualidade outros métodos. Assim, considerando as vantagens e desvantagens dos métodos analisados, as diferenças entre eles permitem que sejam usados de forma a se complementarem mutuamente em diversos estudos, propiciando maior acurácia na identificação de espécies a partir de fezes.

Made available in DSpace on 2014-07-23T02:01:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000459622-Texto+Completo-0.pdf: 7068084 bytes, checksum: 30b184abdf871f7ee7438f18072e7ddb (MD5) Previous issue date: 2014 / Mitochondrial genomes (mitogenomes) are usually obtained through DNA sequencing produced by a set of conserved PCR primers that are designed to generate overlapping segments, thus completing the whole mitochondrial DNA. This may be a good strategy for some organisms. However, the translocation of cytoplasmic mitochondrial DNA (cymtDNA) into the nuclear genome (numt) is known to be a frequent phenomenon in many taxa, including the felid genus Panthera. Some strategies have been developed to avoid the unwanted amplification of numt, such as mitochondrial isolation followed by PCR or long-PCR. Recently, next-generation sequencing (NGS) approaches have begun to be extensively used in this field. Among these, RNA sequencing (RNAseq) seems to be extremely useful to generate mitogenomes and to avoid numts, as it allows the efficient capture at high coverage of mtDNA transcripts, avoiding pseudogenized nuclear copies. When we initiated this study, mitochondrial genomes of all species of the Panthera genus except the jaguar (P. onca) were available in public databases such as GenBank. Given the importance of this molecular marker for jaguar population studies and for phylogenetic analyses within the Panthera genus, the goals of this project were to (i) characterize the Panthera onca mitogenome, eliminating the possibility of erroneous amplification of numt; and (ii) to conduct the first mitogenomic analysis of the Panthera genus. We have characterized the mitochondrial genome of the jaguar employing RNA-seq data. The transcripts covered about 95% of the mitogenome, with the remaining gaps being complemented by PCR-based DNA sequencing, using specific primers designed for this purpose. All mitogenomic phylogenetic analyses (Maximum Likelihood, Maximum Parsimony, Neighbor-Joining and Bayesian Inference) supported a congruent topology (((N. nebulosa ((P. tigris (P. onca (P. uncia, (P. leo, P. pardus))))). This topology is unprecedented for the genus, but our results indicate that it correctly reflects the evolutionary history of mitochondrial DNA in this group. This study demonstrated that, with RNA-seq approach, almost the entire mitochondrial genome from an individual can be quickly characterized. Furthermore, this approach holds great promise especially in the case of groups plagued by the presence of large and recent numts, as is the case of Panthera species. / Genomas mitocondriais (mitogenomas) geralmente são obtidos através do sequenciamento de DNA realizado com uma série de primers conservados desenhados de maneira a se sobreporem, completando assim todo o DNA mitocondrial. Esta estratégia é bastante eficaz para alguns organismos. Entretanto, a translocação de segmentos do DNA mitocondrial citoplasmático (cymtDNA) para o genoma nuclear (numt) é um fenômeno conhecido para muitos táxons, incluindo os felinos pertencentes ao gênero Panthera. Algumas estratégias foram desenvolvidas para evitar a amplificação indesejada do numt, como por exemplo o isolamento de DNA mitocondrial seguido de PCR ou de PCR longo. Recentemente, as técnicas de sequenciamento de alto desempenho vêm sendo amplamente utilizadas. Dentre estas, o sequenciamento de RNA (RNA-seq) parece ser extremamente útil para gerar mitogenomas e evitar numts, uma vez que captura com alta cobertura apenas DNA mitocondrial transcrito, evitando as cópias nucleares pseudogenizadas. Quando este estudo foi iniciado, genomas mitocondriais de todas as espécies do gênero Panthera exceto P. onca estavam disponíveis em bases de dados como o GenBank. Tendo em vista a importância deste marcador molecular para estudos populacionais de onça-pintada (Panthera onca) e para estudos filogenéticos entre as espécies do gênero Panthera, os objetivos deste trabalho foram (i) caracterizar o mitogenoma de Panthera onca de forma a eliminar a possibilidade de amplificação errônea de numt e (ii) realizar a primeira análise mitogenômica do gênero Panthera. O genoma mitocondrial da onça-pintada foi caracterizado utilizando dados de RNA-seq. Os transcritos cobriram cerca de 95% do mitogenoma, sendo os demais segmentos cobertos por sequenciamento de DNA baseado em PCR, através da utilização de primers específicos desenhados para esta finalidade. Todos os quatro tipos principais de análises filogenéticas do mitogenoma (Maximum Likelihood, Máxima Parcimônia, Neighbor- Joining e Inferência Bayesiana) suportaram uma topologia congruente (((N. nebulosa ((P. tigris (P. onca (P. uncia, (P. leo, P. pardus))))). Esta topologia é inédita para o gênero, porém os resultados indicam ser esta a verdadeira história evolutiva do DNA mitocondrial dentro deste grupo. Neste trabalho, demonstrou-se que através de RNA-seq é possível obter-se praticamente todo o genoma mitocondrial de um indivíduo. Além disso, esta abordagem parece ser bastante promissora especialmente em casos onde grandes e recentes numts ocorrem, como é o caso das espécies pertencentes ao gênero Panthera.

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:07:28Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo8466_1.pdf: 3071842 bytes, checksum: e6e28dfe8f01f502e30ebef763448209 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2011 / Faculdade de Amparo à Ciência e Tecnologia do Estado de Pernambuco / As formas em que as diferenças taxonômicas na morfologia, comportamento ou história de vida se relacionam uns com os outros têm sido usadas regularmente para testar idéias sobre forças seletivas envolvidas na sua evolução. A comparação entre espécies é a técnica mais utilizada para examinar como os organismos estão adaptados aos seus ambientes. Os objetivos deste trabalho são: testar a correlação entre força de mordida e volume encefálico a reconstruir os estados ancestrais para estes caracteres e para a dieta e para a socialidade nos canídeos. Para isso foi calculada a força de mordida bruta e seu quociente, baseada na teoria de vigas e o volume encefálico e seu quociente baseado em três medidas cranianas. As espécies que apresentaram o maior quociente de força de mordida (QFM) foram Speothos venaticus (155,89), Cuon alpinus (148,24), Lycalopex fulvipes (147,61) e Lycaon pictus (144,07) devido a várias adaptações adquiridas com a hipercarnivoria. As espécies com os maiores valores de quociente de volume encefálico (QVE) foram S. venaticus, C. alpinus e L. pictus com respectivamente 141,35; 139,01 e 131,61 possivelmente devido às mesmas adaptações que os fizeram possuir os maiores valores de QFM. Os maiores valores de força de mordida pertencem a Canis lupus (830,51Pa), Lycaon pictus (719,03Pa) e C. rufus (530,52Pa); e os menores a Urocyon littoralis (98,14Pa), Vulpes macrotis (92,53Pa) e Vulpes zerda (72,6Pa). Canis lupus (159,29mm3), Lycaon pictus (146,94mm3) e Chrysocyon brachyurus (120,84mm3) possuem os maiores volumes encefálicos brutos e Nyctereutes procyonoides (28,2mm3), Vulpes rueppelli (27,86mm3) e Vulpes zerda (20,65mm3). Tanto o volume encefálico quanto a força de mordida estão intimamente ligados ao tamanho corpóreo. A correlação dos contrastes independentes mostrou que não há correlação entre o QVE e o QFM (r=0,049) nem entre o QVE e o VE bruto (r=0,076), e uma correlação fraca entre QFM e FM (r=0,37), o que mostra eficácia na correção para o tamanho. A reconstrução dos estados ancestrais mostrou uma maior força de mordida no clado dos canídeos sul-americanos+Canis (130,86) e menor no clado das raposas (126,82). O ancestral com o maior valor de quociente do volume encefálico é o ancestral de Speothos+Chrysocyon (111,78) seguido do ancestral do clado Canis+Cuon (111,74) e Lycaon+Canis+Cuon (110,37). Já o QVE do ancestral das raposas (Vulpes e Alopex) é de 101,5 e do clado Nyctereutes+Otocyon é 100,34. Osresultados mostram que há uma relação entre a especialização dietária e a encefalização além da co-evolução do QVE e a socialidade, mas não há correlação entre QFM e QVE. Os maiores valores de QFM e QVE, assim como a hipercarnivoria e a socialidade obrigatória surgem apenas nos ramos terminais

Memoria para optar al Título Profesional de Ingeniero en Recursos Naturales Renovables

Fraturas dentárias são enfermidades de alta prevalência entre os carnívoros selvagens, principalmente em animais cativos. Esse tipo de afecção é comum em grandes felídeos, cujos hábitos e aspectos biológicos contribuem para o traumatismo dentário. A superfície dental é capaz de suportar certo limite fisiológico de atrito e, caso esse limite seja superado, há desgaste excessivo das estruturas dentárias que pode evoluir para fratura. O tratamento preconizado envolve endodontia (tratamento de canal) e prostodontia (restauração coronal). Próteses unitárias são aquelas que restauram a coroa de um dente cuja estrutura fora parcial ou totalmente perdida. Foram cimentadas 19 (N=19) restaurações metálicas fundidas (RMF) com auxílio de cimento resinoso dual, dentre as quais, 14 (73%) mantiveram-se fixas ao dente e 5 (27%) foram perdidas, por um ou mais motivos. Em relação ao sexo, um animal era macho (11%) e os 8 demais eram fêmeas (89%). Dentre as perdas protéticas (5 = 100%), uma (20%) ocorreu em período inferior a um mês e 4 (80%) entre 9 e 14 meses. Destas, uma (20%) ocorreu em função de fratura do remanescente dentário e 4 (80%) não se sabe a causa da perda protética. Dentre as próteses mantidas (14 = 100%), um (7%) dos animais morreu durante o estudo e 13 (93%) mantem-se vivos e com as peças protéticas fixas aos dentes. Quando se trata de animais selvagens, devolver a função é o objetivo mais importante da restauração, objetivo principal deste estudo / Dental fractures are highly prevalent among wild carnivores, mainly in captive animals. This type of condition is common in large felids, whose habits and biological aspects contribute to dental trauma. The tooth surface is capable of supporting certain physiological limit of friction, and if this limit is exceeded, there is excessive wear of the dental structures that can lead to fracture. The recommended treatment involves endodontics (root canal treatment) and prosthodontics (coronal restoration). Unitary prostheses are those that restore the crown of a tooth which structure had been partially or completely lost. Among the 19 (N = 19) cemented prostheses in this study with dual ciment, 14 (73%) remained fixed to the tooth and 5 (27%) were lost for one or more reasons. Regarding sex, an animal was male (11%) and 8 others were females (89%). Among the prosthetic losses (5 = 100%), one (20%) occurred in less than one month and 4 (80%) between 9 and 14 months. Of these, one (20%) occurred in the remaining tooth fracture function and 4 (80%) the cause of prosthetic loss was not known. Among the retained prosthesis (14 = 100%), one (7%) of the animals died during the study and 13 (93%) are still alive and the prosthetic pieces still fixed to the teeth. When it comes to wildlife, return the function is the most important goal of the restoration, the main objective of this study

Submitted by Gizele Lima (gizele.lima@inpa.gov.br) on 2017-07-18T19:14:05Z No. of bitstreams: 2 02032017 TESE GERMAN MOREY DOUTORADO-FINAL pdf.pdf: 6165895 bytes, checksum: 1cb530594771f2378f19d45aa2baafec (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-18T19:14:05Z (GMT). No. of bitstreams: 2 02032017 TESE GERMAN MOREY DOUTORADO-FINAL pdf.pdf: 6165895 bytes, checksum: 1cb530594771f2378f19d45aa2baafec (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-04-05 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / This work describes the parasitic fauna of Serrasalmus altispinis caught in Central Amazonia floodplain lakes and its use as a bioindicator of environmental quality. All registered parasite species are first records for this fish species. Additional information to the original descriptions of the parasite species already described were added. The studied lakes were: Baixio, Preto, São Tomé, Ananá, Araçá and Maracá, located between the cities of Manaus and Coari in Central Amazonia, in a stretch of approximately 400 km. Sixty S. altispinis were collected and examined during four field trips in the months of March, June, September, and December 2013. Fish averaged standard length was 13.3 ± 3.6 cm and 60.3 ± 35, 9 g of total weight. The relative condition factor was 1.14 ± 0.95. One thousand one hundred and twenty two (1122) parasites belonging to three phyllum and six different taxonomic groups were collected and identified: Phylum Platyhelminthes: Monogenoidea (818) and Digenea (22); Phylum Nematoda (70), and Phylum Arthropoda: Copepoda (196), Branchiura (01) and Isopoda (15). Ecological descriptors such as the Margalef and Simpson diversity indexes showed high diversity in the lakes, except for Lake Baixio, which presented values that considered it as a lake of medium diversity. However, when the calculation of diversity indices was applied only to endoparasites, they showed a different picture: the low values in the ecological descriptors considered the studied lakes as places of low diversity. All lakes had more ectoparasites than endoparasites. The species Anacanthorus jegui, A. peryphallus, A. sciponophallus, Enallothecium aegidatum, Clinostomum marginatum, Procamallanus (Spirocamallanus) inopinatus, Anisakis sp and Amplexibranchius bryconis presented IndVal significant greater than 70% (p <0.05) being considered as characteristic species in the floodplain lakes studied. The great diversity of parasite species that use S. altispinis as host indicates the important role that this fish species has for the maintenance of biodiversity in floodplain lakes of Brazilian Central Amazonia. / Neste trabalho é descrita a fauna parasitária de Serrasalmus altispinis capturados em lagos de várzea da Amazônia Central e seu uso como bioindicadora de qualidade ambiental. Todas as espécies parasitas registradas constituem os primeiros registros parasitários para este peixe. Foram adicionadas informações as descrições originais das espécies já descritas. Os lagos estudados foram: Baixio, Preto, São Tomé, Ananá, Araçá e Maracá, localizados entre as cidades de Manaus e Coari na Amazônia Central, em um trecho de aproximadamente 400 km. Foram coletados e examinados 60 S. altispinis durante quatro excursões de campo nos meses de março, junho, setembro e dezembro de 2013. Os peixes mediam em média 13,3 ± 3,6 cm de comprimento padrão e pesavam 60,3 ± 35,9 g de peso total. O fator de condição relativo foi de 1,14 ± 0,95. Foram coletados e identificados 1.122 parasitos pertencentes a três filos e seis grupos taxonômicos distintos: Filo Platyhelminthes: Monogenoidea (818) e Digenea (22); Filo Nematoda (70), e Filo Arthropoda: Copepoda (196), Branchiura (01) e Isopoda (15). Os descritores ecológicos como os índices de diversidade de Margalef e Simpson mostraram alta diversidade nos lagos de várzea estudados com exceção do Lago Baixio que apresentou valores que o consideraram como um lago de diversidade média. No entanto, o cálculo dos índices de diversidade aplicado só para os endoparasitos registrados em S. altispinis mostraram um quadro diferente. Os baixos valores nos descritores ecológicos consideraram os lagos estudados como locais de baixa diversidade. Todos os lagos apresentaram maior número de espécies ectoparasitas que endoparasitas. Das espécies analisadas, Anacanthorus jegui, A. peryphallus, A. sciponophallus, Enallothecium aegidatum, Clinostomum marginatum, Procamallanus (Spirocamallanus) inopinatus, Anisakis sp e Amplexibranchius bryconis apresentaram IndVal maior que 70% significativo (p < 0,05), sendo consideradas como espécies bioindicadoras e característica dos lagos de várzea estudados. A grande diversidade de espécies parasitas que utilizam S. altispinis como hospedeira indica o importante papel que essa espécie de peixe possui para a manutenção da biodiversidade nos lagos de várzea da Amazônia central brasileira.