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Impactos dos padrões de crescimento espacial e de transportes no entorno de pólos geradores de viagens / Impacts of transportation and spatial growth patterns around major trip generatorsAnna Beatriz Grigolon 30 March 2007 (has links)
O desenvolvimento das cidades freqüentemente propicia o aparecimento de empreendimentos de grande porte que, juntamente com o aumento da população e dos veículos, causam impactos nos sistemas de transportes. Dado que há fortes indícios que a localização e o porte destes empreendimentos, aqui denominados de pólos geradores de viagens (ou PGVs), seja influenciado pela presença de outros PGVs, o objetivo deste trabalho foi avaliar esta hipótese em uma cidade média brasileira, através de duas vertentes da análise espacial: a estatística espacial e a modelagem espacial baseada na comparação de informações oriundas de diferentes entidades espaciais. Foram utilizados conceitos de análise exploratória de dados espaciais, tais como o índice e o diagrama de espalhamento de Moran, para a delimitação de regiões similares, divididas de modo a indicar pontos de associação espacial, em relação a uma variável analisada. Em seguida, a modelagem espacial foi feita com uma adaptação da técnica de cellular automata, usando redes neurais artificiais. Dois modelos foram propostos e aplicados em um estudo de caso na cidade de Campinas, São Paulo, com base em diferentes variáveis. No primeiro modelo, somente variáveis representativas da ocupação comercial foram consideradas, enquanto que, no segundo modelo, foram introduzidas também variáveis caracterizando a infra-estrutura viária. Os resultados permitem observar um bom desempenho dos modelos, em particular na fase de validação. As projeções futuras obtidas com os modelos, no entanto, não parecem caracterizar adequadamente o surgimento, que seria naturalmente esperado, de novos pólos comerciais ao redor dos shopping centers estudados. Essa limitação foi surpreendentemente mais evidente no caso do modelo com variáveis de infra-estrutura viária. / The development of cities often leads to the development of large business areas. Those areas, together with the growth of population and vehicles figures in the entire urban area, produce several impacts in the transportation systems. Given the evidences that the location and size of new trip generators (TG\'s) may be strongly influenced by existing TG\'s, the objective of this study was to evaluate that hypothesis in a brazilian medium-sized city. Two branches of spatial analysis were explored in the present study while dealing with different sources of spatial information. They were: spatial statistics and spatial modeling. Firstly, concepts of exploratory spatial data analyses (ESDA), like Moran\'s I index and scatterplot, were used to characterize regions of similar behavior in terms of particular variables. Secondly, spatial modeling was carried out using cellular automata concepts and artificial neural networks. Two models were proposed and applied in a case study carried out in the city Campinas, São Paulo, based on different variables. In the first model, only variables representing commercial land use were considered, while in the second model variables representing the transportation infrastructure supply were also added. The results found indicate a good performance of the models, particularly in the validation process. Their future projections, however, are apparently not able to represent the development of new commercial activities that would be naturally expected around the shopping malls investigated. Although that limitation was observed in both models, it was surprisingly more evident in the case of the model with variables of transportation infrastructure.
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Regiões urbanas homogêneas e oferta de transportes / Homogeneous urban regions and transportation supplyGustavo Garcia Manzato 09 March 2007 (has links)
O objetivo deste trabalho é identificar regiões urbanas homogêneas por meio da aplicação de duas vertentes da análise espacial: a estatística espacial e uma estratégia de modelagem espacial baseada na comparação de informações oriundas de diferentes entidades espaciais, em níveis diversos de informação. Um método baseado em fluxos de viagens seria a melhor alternativa para o problema em questão, mas não há dados disponíveis para sua aplicação no Brasil. Em virtude disso, o método aqui apresentado identifica regiões que podem ser consideradas como uniformes em relação a uma variável a partir de técnicas de análise exploratória de dados espaciais, como por exemplo, o gráfico e o mapa de Moran. Em um estudo de caso para o estado de São Paulo, analisando-se as distribuições espaciais dos valores da densidade populacional por meio de sua representação em mapas temáticos classificados segundo os quadrantes do gráfico de Moran (ou box map), esse indicador permite caracterizar razoavelmente bem as regiões urbanas homogêneas existentes (inclusive as oficiais). Entretanto, ao tentar representar o seu comportamento em uma análise temporal por meio de modelos, o indicador populacional não foi capaz de descrever esse comportamento e, conseqüentemente, não serviu para elaborar estratégias de previsão para o futuro. Por outro lado, ao combinar essas informações com um indicador que representa a oferta de transportes, os resultados obtidos permitiram observar o alto desempenho dos modelos, dada a forte influência recíproca entre uso e ocupação do solo e oferta de transportes. Ao permitir a identificação de padrões e a projeção de tendências, este tipo de análise pode ser útil para o planejamento urbano e regional, tanto no contexto estudado como em uma visão mais abrangente. / The objective of this work is to identify homogeneous urban regions through the application of two branches of spatial analysis: spatial statistics and a modeling strategy based on the comparison of information from different spatial entities and at distinct levels. A commuting-based approach would be the best alternative in that case, but there is no data available for its application in Brazil. Thus, the method presented here identifies uniform regions regarding a particular variable through exploratory spatial data analysis techniques, such as the Moran scatter plot and box maps. In a case study carried out in the state of São Paulo, in which the spatial distribution of the values of population density was analyzed through the representation in box maps, a reasonable identification of the existing homogeneous urban regions (including the official ones) was performed. However, the models based only on the population density distribution did not perform well for analyses through time and therefore they were not adequate for forecasting strategies. In contrast, when combining population density information with an indicator of transportation supply the performance of the models was noticeably improved, what was likely caused by the strong reciprocal influence between land use and transportation supply. As a conclusion, the method developed in this work shall be useful for urban and regional planning at different scales, given its potential for patterns recognition and trends forecasting.
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Simulação de membranas viscosas / Simulation of viscous membranesTasso, Italo Valença Mariotti 20 August 2013 (has links)
A simulação computacional de membranas biológicas, em particular membranas formadas por bicamadas lipídicas, é uma área de grande interesse na atualidade. Enquanto simulações moleculares são bastante populares, a simulação na escala de uma célula inteira requer modelos baseados na mecânica dos meios contínuos. Essas membranas apresentam um comportamento de fluido viscoso incompressível bidimensional. Além disso, as formas de equilíbrio são bem explicadas pela energia de Canham-Helfrich, que depende da curvatura da membrana. Neste trabalho, um novo método de simulação de membranas viscosas, baseado em elementos finitos, é apresentado. Ele se inspira no conceito de James Clerk Maxwell de elasticidade fugaz, o qual é usado para adaptar técnicas bem estabelecidas de simulação de membranas elásticas. Trata-se do primeiro método a levar em conta, de maneira rigorosa, o aspecto viscoso da membrana, que é dominante na escala de tamanho de uma célula biológica, além da sua característica de fluido incompressível / The computational simulation of biological membranes, in particular of those made of lipid bilayers, is currently an area of great interest. While molecular simulations are quite popular, the simulation on the scale of a whole cell requires models based on continuum mechanics. Those membranes behave like a bidimensional incompressible viscous fluid. Furthermore, the equilibrium shapes are well explained by means of the Canham-Helfrich energy, which depends on the curvature of the membrane. In this work, a novel finite element based method for the simulation of viscous membranes is presented. It is inspired by James Clerk Maxwells concept of fugitive elasticity, which is used to adapt well established simulation techniques for elastic membranes. This is the first method to take into account, in a rigorous fashion, the viscous aspect of the membrane, which is dominant at the length scale of a biological cell, in addition to its characteristics as an incompressible fluid
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Impactos dos padrões de crescimento espacial e de transportes no entorno de pólos geradores de viagens / Impacts of transportation and spatial growth patterns around major trip generatorsGrigolon, Anna Beatriz 30 March 2007 (has links)
O desenvolvimento das cidades freqüentemente propicia o aparecimento de empreendimentos de grande porte que, juntamente com o aumento da população e dos veículos, causam impactos nos sistemas de transportes. Dado que há fortes indícios que a localização e o porte destes empreendimentos, aqui denominados de pólos geradores de viagens (ou PGVs), seja influenciado pela presença de outros PGVs, o objetivo deste trabalho foi avaliar esta hipótese em uma cidade média brasileira, através de duas vertentes da análise espacial: a estatística espacial e a modelagem espacial baseada na comparação de informações oriundas de diferentes entidades espaciais. Foram utilizados conceitos de análise exploratória de dados espaciais, tais como o índice e o diagrama de espalhamento de Moran, para a delimitação de regiões similares, divididas de modo a indicar pontos de associação espacial, em relação a uma variável analisada. Em seguida, a modelagem espacial foi feita com uma adaptação da técnica de cellular automata, usando redes neurais artificiais. Dois modelos foram propostos e aplicados em um estudo de caso na cidade de Campinas, São Paulo, com base em diferentes variáveis. No primeiro modelo, somente variáveis representativas da ocupação comercial foram consideradas, enquanto que, no segundo modelo, foram introduzidas também variáveis caracterizando a infra-estrutura viária. Os resultados permitem observar um bom desempenho dos modelos, em particular na fase de validação. As projeções futuras obtidas com os modelos, no entanto, não parecem caracterizar adequadamente o surgimento, que seria naturalmente esperado, de novos pólos comerciais ao redor dos shopping centers estudados. Essa limitação foi surpreendentemente mais evidente no caso do modelo com variáveis de infra-estrutura viária. / The development of cities often leads to the development of large business areas. Those areas, together with the growth of population and vehicles figures in the entire urban area, produce several impacts in the transportation systems. Given the evidences that the location and size of new trip generators (TG\'s) may be strongly influenced by existing TG\'s, the objective of this study was to evaluate that hypothesis in a brazilian medium-sized city. Two branches of spatial analysis were explored in the present study while dealing with different sources of spatial information. They were: spatial statistics and spatial modeling. Firstly, concepts of exploratory spatial data analyses (ESDA), like Moran\'s I index and scatterplot, were used to characterize regions of similar behavior in terms of particular variables. Secondly, spatial modeling was carried out using cellular automata concepts and artificial neural networks. Two models were proposed and applied in a case study carried out in the city Campinas, São Paulo, based on different variables. In the first model, only variables representing commercial land use were considered, while in the second model variables representing the transportation infrastructure supply were also added. The results found indicate a good performance of the models, particularly in the validation process. Their future projections, however, are apparently not able to represent the development of new commercial activities that would be naturally expected around the shopping malls investigated. Although that limitation was observed in both models, it was surprisingly more evident in the case of the model with variables of transportation infrastructure.
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Verificação da análise de desempenho na síndrome de Down por meio de jogo de labirinto em telefone móvel / Verification of performance analysis in Down syndrome through a maze game on mobile phoneMenezes, Lilian Del Ciello de 07 October 2016 (has links)
Introdução: A síndrome de Down (SD) é uma alteração genética caracterizada pela presença de um cromossomo extra, suas principais dificuldades são causadas pelas alterações motoras e cognitivas que interferem na capacidade de realizar atividades diárias. Para propiciar funcionalidade às pessoas com SD, uma opção é utilizar tarefas em ambiente de realidade virtual para possibilitar o ganho de habilidades motoras. Objetivo: Avaliar o desempenho de pessoas com SD em tarefa virtual em telefone móvel. Método: Foi utilizado o jogo Marble Maze Classic®, onde os participantes moviam o telefone móvel para conduzir uma bola virtual por um desenho de labirinto. Foram avaliadas 100 pessoas separadas em dois grupos, sendo o grupo 1 (controle) formado por 25 participantes com Desenvolvimento Típico e grupo 2 (experimental) formado por 25 pessoas com SD, sendo o desenho do labirinto do grupo 2 totalmente oposto ao do grupo 1. Como variável dependente utilizou-se o tempo em segundos e foram submetidas a ANOVA. As comparações post-hoc foram realizadas por meio do teste Tukey-HSD (p < 0,05). Resultados: O grupo controle manteve o desempenho na fase de retenção e conseguiram transferir tanto no labirinto 1 como no 2. Já o grupo SD conseguiu transferir a tarefa apenas no labirinto 2. No labirinto 1 não conseguiu transferir quando invertemos o início e o fim do trajeto. Conclusão: Pessoas com SD conseguiram se adaptar a tarefa proposta, porém com desempenho sempre inferior às pessoas com DT. Assim como, demonstraram dificuldade em manter o desempenho com o aumento do grau de dificuldade da tarefa, o que sugere que novas tecnologias devem ser adaptáveis às dificuldades de pessoas com SD, permitindo assim maior funcionalidade / Introduction: Down syndrome (DS) is a genetic disorder characterized by the presence of an extra chromosome, which is typically associated with motor and cognitive changes that interfere with the ability to perform daily activities. To provide functionality to individuals with DS, one option is to use tasks in a virtual reality environment to enable gains in motor skills. Objective: To evaluate the performance of individuals with DS in a virtual task on a mobile phone. Method: The game Marble Maze Classic® was used, in which the participants moved the mobile phone to conduct a virtual marble through a maze design. We evaluated 100 individuals divided into group 1 and 2, where each group consisted of 25 participants in the control group (typical development) and 25 in the experimental group (DS), with group 2 using a maze design totally opposite to group 1. The dependent variable used was time in seconds and was subjected to ANOVA. Post-hoc comparisons were performed using Tukey\'s Honest Significant Difference test (p <0.05). Results: The control group maintained performance in the retention phase and was able to transfer both in maze 1 and 2. The DS group managed transfer to the task only in maze 2. In maze1, the DS group failed to transfer when we inverted the start and end of the path. Conclusion: People with DS have managed to adapt the proposed task, but with always underperform people with DT. As demonstrated difficulty in maintaining performance with increased task difficulty, suggesting that new technologies must be adaptable to the difficulties people with DS, thereby enabling increased functionality
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Monte Carlo dinâmico aplicado aos modelos de Ising e Baxter-Wu. / Dynamic Monte Carlo method applied to Ising and Baxter-Wu models.Arashiro, Everaldo 05 February 2002 (has links)
Investigações da dinâmica crítica em modelos de magnetismo, para tempos curtos, têm aparecido com grande freqüência na literatura. Essa técnica foi descoberta por Li, Schülke e Zheng que, inspirados em trabalhos anteriores de Huse e Janssen et al., mostraram que generalizações de grandezas como a magnetização e o cumulante de Binder exibem comportamento universal já no início da simulação. O estudo da criticalidade em tempos curtos proporciona um caminho alternativo para a estimativa do expoente z, além de permitir o cálculo de um novo expoente dinâmico θ, associado ao comportamento anômalo da magnetização. Da mesma forma, simulações dependentes do tempo tornaram-se ferramenta útil para estudar transições de fase em autômatos celulares e modelos de spin. Em particular, as melhores estimativas para o expoente z do Ising bidimensional foram obtidas por meio da técnica de propagação de danos, introduzida por Kauffman no estudo de autômatos e mais tarde generalizada para modelos de spin. Na primeira parte deste trabalho utilizamos o método Monte Carlo em tempos curtos para investigar o modelo de Baxter-Wu, definido em uma rede bidimensional triangular com variáveis do tipo Ising, acopladas por interações de três corpos. Obtivemos os expoentes críticos dinâmicos z e θ além dos índices críticos estáticos ß e Nû. Os resultados não corroboram aqueles recentemente obtidos por Santos e Figueiredo para o expoente z. Na segunda parte do trabalho, investigamos a propagação de danos no modelo de Ising unidimensional submetido a duas dinâmicas propostas por Hinrichsen e Domany (HD). Em particular, nós estudamos o efeito da atualização síncrona (paralela) e assíncrona (dinâmica contínua) sobre o espalhamento do dano. Mostramos que o dano não se propaga quando a segunda dinâmica é implementada de forma assíncrona. Também mostramos que as regras para atualização do dano produzidas por essa dinâmica, quando a temperatura vai a infinito e um certo parâmetro Lambda é igual a zero, são equivalentes àquelas do bem conhecido autômato celular (modelo A) de Grassberger. / Short-time simulations have been used with great frequency in the literature. That technique was discovered by Li, Shülke and Zheng that, inspired in previous works by Huse and Janssen et al., showed that generalizations of quantities like magnetization and the Binder´s cumulant exhibit universal behavior in the beginning of the simulation (early time behavior). The study of criticality in short-times provides an alternative way to estimate the dynamic critical exponent z, besides allowing the calculation of a new dynamic exponent θ, associated to the anomalous behavior of the magnetization. In the same way, time-dependent simulations became a useful tool to study phase transitions in cellular automata and also for spin models. In fact, the best estimates for the exponent z of the two-dimensional Ising model were obtained through the technique of damage spreading, introduced by Kauffman in the study of cellular automata, later widespread for spin models. In the first part of this work we used short-time Monte Carlo simulations to investigate the Baxter-Wu model, defined in a triangular lattice whose variables are Ising-like coupled by triplet interactions. We have obtained estimates for the dynamic critical exponents z and θ besides static exponents ß e Nû. Our results do not corroborate recent estimates by Santos and Figueiredo for the critical exponent z. In the second part of this work, we investigated the damage spreading in the one-dimensional Ising model under two dynamics introduced by Hinrichsen and Domany (HD). In particular, we study the effects of synchronous (parallel) and asynchronous (continuous dynamics) updating on the spreading properties. We showed that the damage does not spread when the second dynamic is implemented in an asynchronous way. We found that the rules for updating the damage produced by this dynamic, as the temperature goes to infinity and a certain parameter Lambda is zero, are equivalent to those of Grassbergers well-known model A cellular automaton.
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Modelo de autômato celular aplicado no estudo da influência dos centros educacionais unificados na dinâmica de transição do uso e ocupação do solo na periferia de São Paulo / Cellular automata modelling applied to assess the impact of unified educational centers in land use dynamics at the periphery of Sao Paulo cityPedro Bueno Rocha Campos 21 November 2018 (has links)
Nesta tese, é discutida a possibilidade de se representar as variações sistêmicas das transições do uso e ocupação do solo, nos períodos compreendidos entre antes e após a construção dos equipamentos públicos denominados de centros educacionais unificados (CEUs). Foram elaborados modelos dinâmicos de simulação, baseados no paradigma de autômatos celulares, e aplicados na área de influência de 10 unidades deste equipamento, observando-se um raio de influência de 2 km. As unidades foram implantadas, em sua maioria, na periferia do município de São Paulo, Brasil. A pesquisa foi feita entre os anos 2000 e 2010, recorte temporal de maior implantação das estruturas, sendo que o recorte abrange as fases de projeto e apresenta avaliações das unidades implantadas. Para a parametrização das simulações de transição do uso e ocupação do solo urbano, foi utilizado o método bayesiano de pesos de evidência. Os resultados foram conclusivos sobre a relação dos centros educacionais unificados com a modificação de padrões e tendências de variação do uso e ocupação do solo no entorno das unidades estudadas. Houve um aumento de 35% nas probabilidades de transição entre as diferentes classes de uso do solo, indicando uma maior dinâmica de modificações após a construção dos centros educacionais unificados. Ainda no período posterior à implantação desta infraestrutura, foi identificada uma intensificação nas transições entre as classes de uso residencial, áreas urbanas vagas e assentamentos urbanos precários, em processos formais e informais de expansão urbana que estão diretamente relacionados com a condição inicial de uso e ocupação do entorno de cada unidade. Foi possível constatar uma explícita diferenciação espacial do processo de urbanização na área de influência de várias unidades, com a análise contínua da formação das manchas de transição das classes de uso em relação às faixas de distância aos CEUs. Nas unidades construídas em áreas com maior vulnerabilidade e precariedade das ocupações, a expansão urbana tende a ser informal e a ultrapassar os limites imobiliários formais, como no caso do CEU Paz, que concentrou o crescimento dos assentamentos urbanos precários nas áreas íngremes e mais próximas à Serra da Cantareira, em uma taxa anual 27% maior no período pós-implantação. A análise da variação da tendência de uso e ocupação entre os períodos de análise possibilitou comparar todas as unidades estudadas, demonstrando que não existe um caráter regional no padrão de modificação, mas sim uma grande heterogeneidade na organização espacial, em conformidade com os padrões da periferia de São Paulo. Por fim, foi possível observar que nem todas as classes de uso sofreram alteração na tendência entre os períodos, fato que confirma que a influência dos CEUs pode variar conforme o contexto de implantação. / In this thesis, a proposal for modelling land use dynamics is conceived, comprising periods immediately before and after the implementation of the so-called unified educational centers (or centros educacionais unificados - CEUs, in Portuguese). Cellular automaton-based models were applied to assess the influence of CEUs in land use change within circular catchment areas of a two-kilometer radius surrounding them. Most of these social infrastructure equipments were implemented at the periphery of São Paulo city, Brazil. The research was carried out between 2000 and 2010, period of intensive implementation of such social equipments. This time span covers the project phases and presents evaluations of the implemented units. For discretizing continuous variables and running the simulations, we used the Bayesian weights of evidence method. The results were conclusive on the relation between the unified educational centers with changes in land use variation patterns and trends around the studied units. There was a 35% increase in the possibilities of transition among the different land use classes, indicating a greater dynamic of change after the unified educational centers construction. Also, in the period after the implementation of this infrastructure, it was identified an intensification in the transitions among the classes of formal residential use, vacant urban plots and informal urban settlements, in formal and informal processes of urban expansion that are directly related to the initial condition of use and occupation found in the surroundings of each unit. It was possible to observe an explicit spatial differentiation of the urbanization process in the catchment area of several units, by means of the continuous analysis of the land use patches formation in relation to the distance ranges to CEUs. In the units built in areas with greater vulnerability and precarious occupations, urban expansion tends to be informal and invade the formal occupation limits, as in the case of CEU Paz, which concentrated the growth of precarious urban settlements in steep areascloser to the Cantareira Ridge, at a 27% higher yearly rate in the second period, i.e. after the CEU Paz construction. The trend variation analysis between the periods made it possible to compare all the studied units, demonstrating that there is no regional character in the modification pattern, but rather a great heterogeneity in the spatial organization, in accordance with patterns found at the periphery of São Paulo. Finally, it was possible to observe that not all land use classes suffered transition trend changes between the periods, confirming that the influence of the unified educational centers may vary according to the local context.
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Dinâmica Molecular de Peptídeos na Interface Membrana-Água / Molecular dynamics of peptides in the membrane-water interfacePedro Geraldo Pascutti 25 October 1996 (has links)
Um programa computacional foi desenvolvido para otimização de geometria e simulação de dinâmica molecular baseado em um campo de forças clássicas parametrizado. O solvente foi considerado como um contínuo eletrostático e a interface entre o meio aquoso e o interior de uma membrana biológica como uma superfície de descontinuidade dielétrica, tratada pelo \"método das imagens eletrostáticas\". Nesse método, o campo de polarização produzido na superfície de descontinuidade por uma carga pontual é representado por uma carga fictícia, colocada na fase oposta, cuja distância e sinal é definida pelas condições de contorno na superfície. Diversos sistemas foram estudados, tanto em solventes contínuos como na presença de superfícies de descontinuidade: a) Foram estudadas as distribuições populacionais dos rotâmeros do triptofano na forma zwitteriônica e no peptídeo Ala-Trp- Ala, em solvente polar e apolar. Foi demonstrado que a dinâmica do triptofano e as populações de rotâmeros são compatíveis com as observações experimentais de fluorescência resolvida no tempo e NMR; b) Em um estudo das conformações em polialanina, verificou-se que a estabilidade da estrutura secundária hélice- é um efeito cooperativo entre pontes de hidrogênio em solvente de baixa constante dielétrica. Na presença da interface água-membrana, a hélice- anfifílica de um modelo para a -endorfina estabiliza-se sobre a interface. Um comportamento anfifílico foi também observado na seqüência sinal para o receptor- da e. coli, a qual estabilizou-se perpendicularmente à interface, na conformação parcial hélice- proposta na literatura; c) Em um estudo sobre o hormônio -MSH observou-se que, em solvente polar, de uma conformação helicoidal ele passa para uma conformação estendida. Porém, ao atravessar para o interior hidrofóbico de uma membrana, o peptídeo estabiliza-se em dobra-. Observou-se ainda que a estabilidade dessa conformação no interior da membrana é reforçada por pontes salinas entre os resíduos carregados do peptídeo, os quais formam um \"caroço\" hidrofílico circundado por resíduos hidrofóbicos. Esse arranjo estrutural está em concordância com o proposto para a conformação biologicamente ativa. De um modo geral, o modelo para biomembrana proposto no presente trabalho reproduziu o comportamento hidrofóbico, hidrofílico ou anfifílico dos peptídeos estudados. / A software was developed for optimisation of geometry and molecular dynamics simulation, based on a parameterized classical force field. Solvent was assumed as an electrostatic continuum. The interface between the aqueous medium and the hydrophobic core of biological membranes was described by a surface of dielectric discontinuity, treated by the \"method of images\". In this method, the polarization field produced at the surface of discontinuity by a point charge was represented by a fictitious charge, placed in the opposite phase. The position and signal of this charge-image were defined by boundary conditions at the surface. Several systems were studied, either in continuous solvent, as in the presence of discontinuity surfaces: a) the population distribution of tryptophan rotamers was studied in the zwytterion and in the peptide Ala-Trp-Ala, in polar and apolar solvents; the results for the tryptophan dynamics and the rotamers populations agree with experimental observations using time resolved fluorescence and NMR spectroscopies. b) analysis of polyalanin conformations showed that the stabililty of the -helix is a cooperative effect between hydrogen bonds in low dielectric constant solvent; in the presence of the water-membrane interface, the amphyphilic -helix of a -endorphin model stabilizes on the interface; a similar behavior was observed in the signal sequence for the E. Coli -receptor, that stabilized perpendicular to the interface in a partial -helix conformation, as proposed in the literature. c) calculations on melanotropic hormone a.-MSH showed that in polar solvent it goes from helycoidal conformation to an extended one; in the presence of the interface water-membrane, the peptide goes into the interior of the membrane and stabilizes in a -turn; the stability ofthis conformation was reinforced by salt bridges between charged residues, forming a hydrophilic core surrounded by hydrophobic residues; this structural arrangement agrees with the one proposed for the biologically active conformation of the hormone. In general terms, the model proposed here for the biomembrane was able to mimic the hydrophobic, hydrophihlic or amphyphilic behavior of the peptides studied.
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Expressão de genes homeobox em células de carcinoma epidermóide de boca estimuladas com EGF e TGF-beta / Expression of homeobox genes in oral squamous cell carcinoma cell lines, stimulated with EGF and TGF-betaMarcia Sampaio Campos 21 January 2008 (has links)
Genes homeobox, vitais para muitos aspectos relacionados com crescimento e diferenciação celular, têm sido descritos desregulados em alguns cânceres. Seu papel na carcinogênese, principalmente de carcinomas epidermóides de boca, permanence pouco claro e pobremente caracterizado. Desse modo, esse estudo objetivou avaliar, em cultura de células, o perfil de expressão de seis genes homeobox (ASH2L, HOXA7, HHEX, PKNOX1, PITX1, TGIF) selecionados dentre aqueles previamente identificados no Projeto Genoma Câncer de Cabeça e Pescoço (2001) sob estímulo de EGF e TGF-beta1. Para tal, linhagens celulares de carcinoma epidermóide de cabeça e pescoço primário (HN6) e metastático (HN31) e uma linhagem não-tumoral (HaCat) foram cultivadas sob condições-padrão. Após a confecção dos cDNAs de cada linhagem, por meio de RT-PCR, os transcritos foram amplificados e quantificados pela técnica de PCR em tempo real. Os dados foram normalizados com o gene HPRT e a quantificação relativa foi realizada seguindo o método do delta Ct. De acordo com os resultados foi possível verificar que o EGF produziu uma modulação variável da expressão dos genes avaliados em todas as linhagens celulares, enquanto que, em geral, o TGF-beta1 foi capaz de aumentar significantemente (ANOVA, p<0,05) a expressão dos transcritos de 5 genes homeobox (HOXA7, HHEX, PKNOX1, PITX1, TGIF). Particularmente transcritos dos genes PITX1 e TGIF foram signicantemente mais expressos nas linhagens tumorais (HN6 e HN31) frente à linhagem não-tumoral quando tratados com TGF-beta1. Desse modo, sugere-se que os genes homeobox estudados desempenhem diferentes funções na carcinoma epidermóide de boca, e que, especialmente PITX1 e TGIF atuem como oncogenes inibindo a resposta anti-proliferativa dependente de TGF-beta e levando a progressão tumoral. / Homeobox genes, vital to many aspects related with cellular growth and differentiation, had been described as deregulated in some cancers. Their role in carcinogenesis, mainly oral squamous cell carcinomas, remains unclear and poorly characterized. Thus, this study had the purpose to evaluate, in cell cultures, the expression profile of six homeobox genes (ASH2L, HOXA7, HHEX, PKNOX1, PITX1, TGIF) selected among genes previously identified in the Head and Neck Cancer Genoma Project (2001), under stimulation with EGF and TGF-beta1. Oral squamous cell carcinoma cell lines from primary tumour (HN6) and from methastasis (HN31), and a non-tumoral cell line (HaCat) were cultured under standard procedures. CDNAs were obtained by RT-PCR and the transcripts were amplified and quantified by real-time PCR. Data were normalized by HPRT gene and the relative quantification was made by the delta Ct method. According to the results, it was possible to observe that EGF produced a variable modulation of the analyzed genes, in all cell lines. Generally, TGF-beta1 was able to significantly increase (ANOVA, p<0,05) the expression of the transcripts of 5 homeobox genes (HOXA7, HHEX, PKNOX1, PITX1, TGIF). Transcripts of PITX1 and TGIF genes were particularly more expressed in the tumoral cell lines (HN6 e HN31), when compared to the non-tumoral cell line, when treated with TGF-beta1. It is suggested that the studied homeobox genes play different roles in oral squamous cell carcinoma and that, especially the PITX1 and TGIF act as oncogenes, inhibitting the TGF-dependent anti-proliferative response, leading to tumour progression.
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Dor e síndromes musculoesqueléticas em adolescentes de uma escola particular e sua relação com o uso de mídias digitais / Musculoskeletal pain and musculoskeletal pain syndromes in adolescents of a private school and their relation with digital media useLigia Bruni Queiroz 30 November 2017 (has links)
Objetivo: Avaliar o uso de dispositivos eletrônicos e televisão (TV) em adolescentes saudáveis de uma escola particular da cidade de São Paulo; avaliar possíveis associações entre a presença de dor e síndromes musculoesqueléticas e o uso de dispositivos eletrônicos e TV. Métodos: Trata-se de um estudo transversal com adolescentes de uma escola particular da cidade de São Paulo. 299 adolescentes (10 a 19 anos) responderam a um questionário individual, confidencial e autoaplicável, com perguntas sobre o uso isolado e simultâneo de dispositivos eletrônicos (computadores, videogames, celular) e TV; dados demográficos; prática de atividade física e esportiva; disponibilidade, padrão de consumo, tipos de mídia utilizados e sintomas dolorosos do sistema musculoesquelético. Além da aplicação do questionário, foi realizado exame físico específico do aparelho musculoesquelético nos adolescentes que apresentavam queixas álgicas nos últimos três meses, visando à avaliação das seguintes síndromes musculoesqueléticas idiopáticas crônicas e não inflamatórias: fibromialgia juvenil, síndrome de hipermobilidade articular benigna, síndrome miofascial, tendinite, bursite, epicondilite e síndrome de dor regional complexa. Resultados: O índice de Kappa entre o pré-teste e reteste foi de 0,83. Dor musculoesquelética e síndromes musculoesqueléticas foram encontradas em 183/299 (61%) e 60/183 (33%), respectivamente. As medianas de idade [15 (10-18) versus 14 (10-18) anos, p=0,032] e os anos de escolaridade [10 (5-12) vs. 9 (5-12) anos, p=0,010] foram significantemente maiores em adolescentes com dor musculoesquelética em comparação com aqueles sem essa condição. A frequência do gênero feminino foi maior no grupo de adolescentes com dor musculoesquelética comparado ao grupo sem essa condição (59% versus 47% p=0,019), assim como as frequências do uso do telefone celular (93% contra 81%, p=0,003) e do uso simultâneo de pelo menos dois dispositivos eletrônicos (80% vs. 67%, p=0,011) foram significantemente maiores no grupo de adolescentes com dor musculoesquelética. Em relação às comparações entre os grupos com e sem síndromes musculoesqueléticas: a frequência de gênero feminino foi significantemente maior no grupo de estudantes com síndromes musculoesqueléticas (75% versus 25%, p=0,002), e os adolescentes com síndromes musculoesqueléticas apresentaram uma mediana significantemente reduzida de horas de jogos eletrônicos aos finais de semana e feriados [1,5 (0-10) vs. 3 (0-17) horas/dia, p=0,006]. Conclusões: Uma alta prevalência de dor musculoesquelética e síndromes musculoesqueléticas foi observada em estudantes adolescentes de uma escola particular. A dor musculoesquelética foi relatada em idade mais avançada, sobretudo entre as meninas e os alunos que usavam telefone celular e dispositivos eletrônicos simultaneamente. O sexo feminino e o uso reduzido de jogos eletrônicos foram associados à presença de síndromes musculoesqueléticas / Objective: To evaluate television and simultaneous electronic devices use in adolescents with musculoskeletal pain and musculoskeletal pain syndromes. Methods: A cross-sectional study was performed in 299 adolescents of a private school. All students completed a self-administered questionnaire, including: demographic data, physical activities, musculoskeletal pain symptoms, and use of simultaneous television/electronic devices (computer, internet, electronic games and cell phone). Seven musculoskeletal pain syndromes were also evaluated: juvenile fibromyalgia, benign joint hypermobility syndrome, myofascial syndrome, tendinitis, bursitis, epicondylitis and complex regional pain syndrome. Results: Inter-rater agreement between pretest and retest was 0.83. Musculoskeletal pain and musculoskeletal pain syndrome were found in 183/299 (61%) and 60/183 (33%), respectively. The median of age [15 (10-18) vs. 14 (10-18) years, p=0.032] and years of education [10 (5-12) vs. 9 (5-12) years, p=0.010] were significantly higher in adolescents with musculoskeletal pain compared to those without this condition. The frequencies of female gender (59% vs. 47%, p=0.019), cell phone use (93% vs. 81%,p=0.003) and simultaneous use of at least two electronic devices (80% vs. 67%,p=0.011) were significantly higher in the former group. Further comparisons between adolescents with and without musculoskeletal pain syndromes revealed that the frequency of female gender was significantly higher in the former group (75% vs. 25%,p=0.002), and with significantly reduced median of weekends/holidays electronic games use [1.5 (0-10) vs. 3 (0-17) hours/day, p=0.006]. Conclusions: A high prevalence of musculoskeletal pain/syndromes were observed in female adolescents. Musculoskeletal pain was mostly reported at median age of 15 years and students were using cell phone and at least two electronic devices simultaneously. Reduced electronic games use was associated with musculoskeletal pain syndromes
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