Orientador: Osvaldir Pereira Taranto / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Química / Made available in DSpace on 2018-08-24T04:56:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Zanella_Karine_M.pdf: 2631881 bytes, checksum: f5478ae14939fdabde9f610a2bed60a8 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: A laranja é utilizada no Brasil principalmente no processamento de suco, o qual gera entre 40-60% (em peso) de resíduos líquidos e sólidos, que posteriormente são utilizados na produção de subprodutos. A casca da laranja é composta por flavedo (porção colorida) e albedo (porção branca e esponjosa) que, quando desidratados são utilizados no processo de extração da pectina, utilizada principalmente em indústrias alimentícias e farmacêuticas. Este trabalho teve como objetivo estudar a influência das variáveis operacionais da secagem convectiva, temperatura (40, 55 e 70 °C) e velocidade do ar (0,1, 0,2 e 0,3 m.s-1), no rendimento, na qualidade e nas características da pectina extraída da casca da laranja-pera (Citrus sinensis L. Osbeck). Os experimentos foram realizados em secador de leito fixo e os dados cinéticos foram avaliados através da modelagem matemática por aplicação dos modelos de Page, Henderson e Pabis e de Midilli. Este último foi o que melhor ajustou os dados experimentais, tanto para a secagem do albedo quanto do flavedo. As condições operacionais utilizadas na extração da pectina, do albedo e do flavedo foram: temperatura (80°C), velocidade de agitação (650 rpm) e pH (2,5). O agente extrator utilizado para o processo de extração foi a mistura entre água e ácido cítrico. Os maiores valores de rendimento obtido foram de 38,21% de pectina seca por albedo seco (g/g) (Pectina-A) e de 29,35% de pectina seca por flavedo seco (g/g) (Pectina-F), os quais foram desidratados nas seguintes condições de secagem: 70°C e 0,10 m.s-1 para o albedo e 40 ºC e 0,1 m.s-1 para o flavedo. Foi verificado pela análise de infravermelho por transformada de Fourier (FTIR), que tanto a Pectina-A quanto a Pectina-F, apresentaram grau de esterificação acima de 50%, sendo caracterizadas como pectinas de alto teor de metoxilação (ATM). Além disto, as pectinas foram analisadas quanto ao seu peso molecular pela técnica de cromatografia de permeação em gel (GPC) e variaram entre 337,41 e 606,85 para a Pectina-A e entre 487,92 e 1702,00 para a Pectina-F. A análise da qualidade das pectinas foi realizada pela determinação do teor de ácido galacturônico (AGA) por espectrofotometria. Os maiores valores de AGA foram de 93,64% para a Pectina-A e de 93,29% para a Pectina-F. Pela análise dos dados foi constatado que não houve influência das variáveis operacionais de secagem nas pectinas obtidas. Contudo, verificou-se que independente da configuração escolhida durante o processo de secagem, todas as pectinas apresentaram alta qualidade e podem ser utilizadas como pectinas comerciais. Portanto, concluiu-se que o processo de obtenção da pectina utilizado neste estudo é viável / Abstract: The orange production in Brazil is mainly directed to juice processing which generates ca. 40-60% (weight) of solid and liquid wastes, which are subsequently used in the production of by-products. The orange peel is composed of flavedo (colored portion) and albedo (the white and spongy portion) which when dried are used for the extraction process of pectin with great interest in pharmaceutical and food industries. The aim of this work were to study the influence of the operating variables of convective drying, temperature (40, 55 and 70 °C) and air velocity (0,1, 0,2 and 0,3 m.s-1), on the yield, quality and characteristics of pectin extracted from "Pera? sweet orange peel (Citrus sinensis L. Osbeck). The experiments were carried out in a fixed bed dryer and the drying kinetics data were evaluated through the application of mathematical modeling, by using the following models: Page, Henderson and Pabis and Midilli. The latter one was the best model that fitted the experimental data, for drying both albedo and flavedo. The operating conditions used for extraction of pectin, from albedo e flavedo, were: temperature (80 °C), stirring rate (650 rpm) and pH (2,5). The extracting agent used for the extraction process was a mixture of water and citric acid. The highest yield values obtained were 38,21% of dried pectin for dried albedo (g/g) (Pectin-A) and 29,35% of dried pectin by dried flavedo (g/g) (Pectin-F), which were dehydrated in the following conditions: 70 °C and 0,10 m.s-1 for the albedo and 40 °C and 0,1 m.s-1 for the flavedo. It was found by analysis of Fourier transform infrared spectroscopy (FTIR) that both Pectin-A and Pectin-F showed a degree of esterification above 50%, being characterized as high methoxyl pectin (ATM). In addition, the pectin were analyzed for its molecular weight by the technique of gel permeation chromatography (GPC), and varied between 337,41 and 606,85 for Pectin-A and between 487,92 and 1702,00 for Pectin-F. The quality of pectin was obtained by determination of galacturonic acid (AGA) by spectroscopic analyzes. The highest values from AGA were 93,64% for Pectin-A and 93,29% for Pectin-F. From the data obtained, it was found that there was no influence of the operating variables of drying on the pectin. However, it was found that regardless of the chosen configuration during the drying process, all pectin had a high quality and can be used as commercial. Therefore, is possible to conclude that the process of obtaining pectin, used in this study, is viable / Mestrado / Engenharia de Processos / Mestra em Engenharia Química

Orientador: Maria Regina Wolf Maciel / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Química / Made available in DSpace on 2018-08-27T14:16:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ParadaHernandez_NataliaLorena_D.pdf: 3619653 bytes, checksum: 89e5fe01b39a1e7b4df6202248e4f9c5 (MD5) Previous issue date: 2015 / Resumo: O objetivo desta pesquisa é sintetizar um biopolímero a partir do óleo de mamona usando um processo não tóxico, tanto na síntese da resina epoxídica quanto no processo da sua cura, visando obter assim um biomaterial com características adequadas para uso na área médica. Para isso, foi necessária a funcionalização do óleo de mamona, por meio do processo de epoxidação, para posterior utilização como monômero na síntese do biopolímero. O processo de epoxidação foi realizado utilizando um sistema catalítico verde (H2O2/Al2O3/acetato de etila). Inicialmente, foi realizada a epoxidação do ricinoleato de metila (componente modelo), para a avaliação da eficiência do processo de epoxidação. Neste estudo foi utilizada a metodologia de planejamento de experimentos, a qual possibilitou definir as variáveis significativas do processo de epoxidação. A epoxidação do componente modelo foi monitorada por meio de Cromatografia Gasosa acoplada a um Detector de Ionização de Chama (GC-FID). Os resultados mostraram alta conversão (99%), em poucas horas de reação (2h), e ausência de subprodutos (99% de seletividade). Com esses resultados, procedeu-se com a epoxidação do óleo de mamona, cuja eficiência do processo foi avaliada por meio de Espectroscopia no Infravermelho por Transformada de Fourier (FTIR) e Espectroscopia Raman (FT-Raman) e Ressonância Magnética Nuclear de Prótons (1HNMR). Após epoxidação do óleo de mamona, foi avaliada a reação de polimerização do óleo de mamona epoxidado (ECO) usando ácidos carboxílicos (ácido cítrico) como comonômero, utilizando a técnica de Calorimetria Exploratória Diferencial (DSC), FTIR, Análise Termogravimétrica (TGA) e testes de capacidade de inchamento. Os resultados obtidos indicam que o processo de polimerização estudado é viável, obtendo-se um poliéster reticulado. Visando a possível aplicação do poliéster obtido na engenharia de tecidos e área médica, foi realizada a análise de citotoxicidade do polímero obtido, usando células Vero (fibroblastos). O resultado da análise de citotoxicidade mostrou a não toxicidade do polímero sintetizado em células Vero (fibroblastos) / Abstract: The target of this research is to synthesize a biopolymer from castor oil using a nontoxic process, not only in the epoxy resin synthesis but also in its curing process, aiming to obtain a biomaterial with suitable characteristics for medical applications. With this purpose, castor oil was functionalized using an epoxidation process in order to be used as monomer in the biopolymer synthesis. Epoxidation process was performed using a green catalytic system (H2O2/Al2O3/ethyl acetate). Initially, it was carried out the epoxidation of methyl ricinoleate (model compound) for evaluating the epoxidation process efficacy by using experimental design methodology, allowing in this way to define the significant epoxidation process variables. Model compound epoxidation was monitored by gas chromatography equipped with a flame ionization detector (GC-FID). The evaluation of the results showed high conversion (99%) in a few hours (around 2hs) without byproduct formation (99% selectivity). Taking into account these results, it was performed the castor oil epoxidation and the process efficacy was evaluated by Fourier transform infrared (FT-IR), Raman Spectroscopy and 1H NMR. After castor oil epoxidation, epoxidized castor oil (ECO) polymerization using carboxylic acids (citric acid) as comonomer was evaluated by Differential Scanning Calorimetry (DSC), FTIR, Thermogravimetric Analyses (TGA) and swelling tests. The obtained results showed that polymerization process is viable and it was obtained a cross-linked polyester. In order to evaluate the potential application of the obtained polymer in the medical field, it was performed a cytotoxicity assay using Vero cells (fibroblast type). Cytotoxicity results showed nontoxic effect of synthesized polyester on Vero cells / Doutorado / Engenharia Química / Doutora em Engenharia Quimica

Orientador: Benedito Carlos Benedetti, Montserrat Pujolà Cunill / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Agrícola / Made available in DSpace on 2018-08-28T13:37:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Amaral_RiviaDarlaAlvares_D.pdf: 4998919 bytes, checksum: 91c41cdcb964f8eba64df0a951e8ebc3 (MD5) Previous issue date: 2015 / Resumo: A batata (Solanum tuberosum L.) minimamente processada é um produto que vem apresentando crescente aumento na comercialização, embora a indústria de processamento encontre dificuldades na manutenção da qualidade dos produtos, devido a alterações organolépticas, principalmente relativas à suscetibilidade deste tubérculo ao escurecimento enzimático, o que acaba por ser um fator limitante à sua vida útil. Dessa forma, a hipótese deste trabalho é que a aplicação de ácido cítrico, alginato de sódio, ultrassom e branqueamento usados isoladamente ou combinados promovem a redução do escurecimento de batatas minimamente processadas armazenadas sob refrigeração e não promovem alterações indesejáveis na textura após a fritura. A pesquisa teve como objetivo avaliar o efeito de diferentes agentes antioxidantes no escurecimento da batata minimamente processada e seus efeitos na textura após a fritura e durante o armazenamento refrigerado. Para esta finalidade, os tubérculos foram adquiridos de um produtor local, selecionados, lavados em água potável, descascados manualmente, cortados em tiras, submetidos a tratamentos antiescurecimento por imersão, drenados, acondicionados em bolsas de polietileno de alta densidade, selados com seladora à vácuo e armazenados sob refrigeração (3 ± 1 ?C) por 12 dias. Os tratamentos utilizados foram: ácido cítrico, alginato de sódio, banho de ultrassom e branqueamento, além de combinação entre as melhores concentrações. Na primeira etapa foram realizados ensaios para seleção das melhores concentrações das soluções antioxidantes com análises de pH, ácido ascórbico, cor (amostra fresca e frita), matéria seca, absorção de óleo durante a fritura e textura (amostra fresca e frita). Na segunda fase foram realizados ensaios com as melhores concentrações definidas nos ensaios da primeira fase isoladamente e combinados, com análises de açúcares, amido, atividade de polifenoloxidase, aromas voláteis, microscopia eletrônica de varredura, formação de acrilamida, além das análises realizadas na primeira fase. As amostras foram fritas em óleo de girassol a 180 ± 10 ºC por 6 minutos. Os resultados mostraram que a cultivar Agata apresentou os menores valores para as variáveis cor, matéria seca, firmeza das batatas minimamente processadas e fritas, o que permitiu a discriminação desta cultivar e a confirmação de que seu uso é indicado para cocção. Em contrapartida, as cultivares Agria, Caesar e Asterix são mais indicadas para fritura. O tempo de exposição ao banho ultrassom (42 kHz; 200 W) foi inversamente proporcional ao pH das amostras. Além disso, a imersão das batatas por um tempo prolongado alterou a microestrutura da batata, promovendo a ruptura da estrutura celular. O uso de 5 minutos de banho ultrassom (42 kHz; 200 W) não promoveu alterações indesejáveis no teor de matéria seca e firmeza das batatas antes e após a fritura, além de outros componentes e atributos sensoriais. Apesar do branqueamento ser um método efetivo na inativação de microrganismos e enzimas, seu uso não é recomendado para a batata minimamente processada devido aos danos causados ao tecido que promovem alterações indesejáveis de qualidade nesses produtos. O recobrimento das batatas minimamente processadas com alginato de sódio, embora tenha reduzido a taxa respiratória das fatias, não contribuiu para impedir o escurecimento das amostras. A combinação de ultrassom de 42 kHz e ácido cítrico (2 %) por 5 minutos demonstrou ser o tratamento mais efetivo na redução do escurecimento dentre todos os estudados nesta tese, além de não afetar os parâmetros de qualidade das batatas antes e após a fritura e reduzir a contaminação microbiana das batatas minimamente processadas, permitindo a manutenção da vida útil dos produtos pelos 12 dias estudados / Abstract: Fresh-cut potatoes (Solanum tuberosum L.) are products that are coming up with a increasing commercialization, although the processing industry has difficulties in maintaing food quality because of organoleptic changes mainly due the susceptibility of tuber to enzymatic browning, which turns out to be a limitant factor in shelf-life. Thus, the hypothesis of this work is that the application alone or combinated of citric acid, sodium alginate, ultrasound bath and blanching promoted the reduction of browning of refrigerated minimally processed potatoes and do not promote undesirable changes in texture after frying. The research aimed to evaluate the effect of different antioxidants on browning of minimally processed and the effects on texture after frying and during cold storage. For this purpose, tubers were acquired from a local producer, selected, washed in tap water, manually peeled, cut into strips, soaked in antioxidant solutions, drained, packed in polyethylene bags, sealed with sealing vacuum and stored at 3 ± 1 ?C for 12 days. The antioxidants solutions used are: citric acid, sodium alginate, ultrasound bath and blanching, besides the combination between the best concentrations. Samples were fried in sunflower oil at 108 ± 10 oC for 6 minutes. The results show that Agata cultivar had the lowest values for color, dry matter content and firmness variables of fresh-cut and fried potatoes, which allowed discrimination of this cultivar and confirmation that its use is indicated for cooking. In contrast, Agria, Caesar and Asterix cultivars are suitable for frying. The time of exposure to ultrasound bath (42 kHz, 200 W) was inverserly proportional to the pH of the samples. Furthermore, the immersion of potatoes for an extended period altered their microstructure, promoting breakage of the cellular structure. The use of 5 minutes of ultrasound bath (42 kHz, 200 W) did not cause undesirable changes in dry matter content and firmness of the potatoes before and after frying, besides other components and sensory attributes. Despite blanching be an effective method for microorganisms and enzyme inactivation, its use is not recommended to fresh-cut potatoes due to damage to tissue that promote undesirable quality changes in these products. The coating of minimally processed potatoes with sodium alginate, although it reduced the respiratory rate of the slices did not contribute to prevent browning of the samples. The combination of ultrasound and citric acid promoted the reduction of microbial contamination of the fresh-cut potatoes, in addition to not affect the quality parameters of the products before and after frying / Doutorado / Tecnologia Pós-Colheita / Doutora em Engenharia Agrícola

Orientador: José Carlos Barbosa / Banca: Sílvio Aparecido Lopes / Banca: Eduardo Sanches Stuchi / Banca: Antônio Baldo Geraldo Martins / Banca: Rita de Cássia Panizzi / Resumo: A distribuição espacial do cancro cítrico em talhões com laranjeira 'Natal' enxertada em limoeiro 'Cravo' com 3 anos de idade foi estudada utilizando a geoestatística. Foram utilizados 13 talhões mapeados pelo Fundecitrus (Fundo de Defesa da Citricultura), com 595 ou 1080 plantas cada, infectados naturalmente com Xanthomonas citri subsp. citri, em uma única propriedade, no Estado de São Paulo. A severidade da doença em cada planta foi avaliada por meio de uma escala com os seguintes níveis: 0 - sem folhas com sintomas; 1 - de 1 a 5 folhas com sintomas; 2 - de 6 a 10 folhas com sintomas; 3 - de 11 a 20 folhas com sintomas; 4 - de 21 a 50 folhas com sintomas e 5 - > 50 folhas com sintomas. Nestes talhões, as coordenadas correspondentes à posição das plantas contaminadas foram obtidas com um GPS, permitindo mapear a doença no talhão. A distribuição espacial foi avaliada por ajuste de semivariogramas e interpolação dos dados por krigagem. A distribuição de plantas com cancro cítrico no talhão mostrou-se agregada, com raio de agregação de 30 a 45 m. Os mapas de krigagem mostraram que os focos da doença ocorreram mais frequentemente nos limites dos talhões. Quando a nota média de severidade da doença foi menor que 0,04, o semivariograma apresentou efeito pepita puro, indicando que não houve dependência espacial / Abstract: The spatial distribution of citrus canker in areas with orange 'Natal' grafted on 'Rangpur' lime with three years of age were studied using geostatistics. We used 13 plots mapped by Fundecitrus (Citrus Defense Fund), with 595 or 1080 individual plants, naturally infected with Xanthomonas citri subsp. citri that were on the same property in the State of São Paulo. Disease severity in each plant was assessed using a scale with the following levels: 0 - no leaf with symptoms, 1 - 1 - 5 leaves with symptoms; 2 - 6 -10 leaves with symptoms; 3 - 11 - 20 leaves with symptoms; 4 - 21 - 50 leaves with symptoms and 5 - > 50 leaves with symptoms. In these plots, the coordinates corresponding to the position of symptomatic of infected plants was obtained with a GPS, allowing mapping the symptomatic plants in the block. The spatial distribution was evaluated by fitting of semivariograms and kriging interpolation of the data. The distribution of plants with citrus canker in the block was aggregated, with aggregate radius of 30 - 45 meters. Kriging maps showed that the foci of diseased plants stood on the edge of the blocks. When the average grade of severity was less than 0.04, the semivariogram showed pure nugget effect, indicating that no spatial dependence / Doutor

Orientador: Jesus Aparecido Ferro / Coorientador: José Belasque Júnior / Banca: Lúcia Maria Carareto Alves / Banca: Franklin Behlau / Resumo: As bactérias pertencentes ao gênero Xanthomonas constituem um dos grupos de fitopatógenos mais importantes na natureza, com capacidade de infectar aproximadamente 120 tipos diferentes de plantas monocotiledôneas e 270 dicotiledôneas. A bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xcc) é o agente causal do cancro cítrico, uma das principais doenças dos citros. Restrita à Flórida, a mancha bacteriana dos citros, causada por Xanthomonas alfalfae subsp. citrumelonis (Xacm), afeta principalmente o citrumelo 'Swingle'. A bactéria Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii (Xfa) é o agente causal das cancroses B e C, encontradas apenas na América do Sul. As técnicas mais utilizadas na diferenciação e caracterização dos patógenos bacterianos, hibridização DNA-DNA (DDH) e sequenciamento da região do DNA que codifica o RNA ribossomal 16S (rRNA 16S), são onerosas, trabalhosas, lentas e de resultados restritos, não permitindo a comparação dos resultados obtidos entre diferentes estudos laboratoriais. Por isso, a técnica de análise de sequências multilocus (MLSA), considerada rápida, barata e confiável, tem sido recomendada para a caracterização e delimitação de espécies de patógenos bacterianos, tais como as do gênero Xanthomonas, permitindo o estabelecimento das relações filogenéticas por meio de genes housekeeping. Portanto, o objetivo do trabalho foi caracterizar os isolados de Xanthomonas (Xcc-A, Xfa-B, Xfa-C e Xacm) por meio da técnica MLSA. Foram utilizados 27 isolados de Xanthomonas patogênicas a citros, sendo quatro de X. citri subsp. citri (Xcc), três de X. fuscans subsp. aurantifolli B (Xfa-B), dezenove de X. fuscans subsp. aurantifolli C (Xfa-C) e um de X. alfalfae subsp. citrumelonis (Xacm). Os genes atpD, dnaK e fusA foram utilizados como genes housekeeping e para a reação da PCR... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Bacteria belonging to the genus Xanthomonas are one of the main groups of phytopathogens in nature, capable to infecting about 120 different monocots and 270 dicots plants. Xanthomonas citri subsp. citri (Xcc) is the causal agent of bacterial citrus canker, one of the major diseases of citrus. Restricted to Florida, citrus bacterial spot, caused by Xanthomonas alfalfae subsp. citrumelonis (Xacm), affects mainly citrumelo 'Swingle'. Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii (Xfa) is the causal agent of canker B and C, found only in South America. The most widely used techniques for the differentiation and characterization of bacterial pathogens, DNA-DNA hybridization (DDH) and analysis of DNA sequences coding for small subunit ribosomal RNAs (16S rRNA), are costly, cumbersome, slow and give limited results, do not allowing the interlaboratorial comparisons of the results. Therefore, the technique of multilocus sequence analysis (MLSA), which is considered fast, cheap and reliable, has been recommended for characterization and delineation of species of bacterial pathogens, such as the genus Xanthomonas, allowing the establishment of phylogenetic relationships between them through housekeeping genes. Therefore, the objective of this study was to characterize strains of Xanthomonas (Xcc-A, Xfa-B, Xfa-C and Xacm) using the MLSA technique. We used 27 strains of Xanthomonas pathogenic to citrus, being four Xcc, three Xfa-B, 19 Xfa- C and one Xacm. The PCR reaction was performed using the specific primers to amplify the atpD, dnaK and fusA genes. PCR products were purified, sequenced and the sequences were analyzed using the software CodenCode Aligner version 3.7.1. Phylogenetic analysis was performed using Maximum Likelihood based on the model of Tamura-Nei and using the software MEGA 5. Analyses ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Jesus Aparecido Ferro / Coorientador: Roberto Hirochi Herai / Coorientador: Juliana da Silva Vantini / Banca: José Belasque Júnior / Banca: Priscila Lupino gatão / Resumo: A citricultura é uma das principais atividades do agronegócio brasileiro. Entretanto, inúmeras pragas e doenças atacam os citros, causando grandes prejuízos econômicos. O cancro cítrico, causado pela bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), é um grave problema para o setor, não havendo ainda um método eficaz para o seu controle. Neste estudo, utilizando RNASeq, foram analisados os perfis transcricionais de Xac inoculada em duas espécies de citros contrastantes à doença: laranja doce 'Pêra Rio' (Citrus sinensis L. Osbeck), menos suscetível e lima ácida 'Galego' (Citrus aurantifolia Swingle), altamente suscetível, às 48 e 72 horas após a infecção (hai), com o objetivo de identificar genes de Xac envolvidos no processo de infecção. Foram identificados 80 genes de Xac diferencialmente expressos (GDEs) no hospedeiro laranja doce 'Pêra Rio', sendo 41 e 39 nos tempos de 48 e 72 hai, respectivamente. Em lima ácida 'Galego' foram identificados 82 GDEs, sendo 40 no tempo de 48 hai e 42 em 72 hai. Alguns destes genes diferencialmente expressos foram avaliados pela técnica de PCR quantitativa em tempo real, sendo estes hpa1, hrpE, hrpW, virK, ahpC, katE, katG, cydA e cydB, os quais estão envolvidos na patogenicidade e virulência, na defesa ao estresse oxidativo e na fosforilação oxidativa. Os genes de patogenicidade e virulência foram induzidos em Xac em ambos os hospedeiros, enquanto que os genes relacionados à cadeia respiratória foram inibidos em ambos os hospedeiros, com maior ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The citrus industry is one of the main activities of Brazilian agribusiness. However, many pests and diseases attack citrus, causing great economic losses. The citrus canker, caused by Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), is a major problem for the sector, there is not yet an effective method for its control. In this study, the transcriptional profiles of Xac inoculated in two species of contrasting citrus disease were analyzed using RNA-Seq : sweet orange 'Pêra Rio' (Citrus sinensis L. Osbeck), moderately tolerant and Mexican Lime 'Galego' (Citrus aurantifolia Swingle) highly susceptible at 48 and 72 hours after infection (hai) aiming to identify Xac genes involved in the infection process. We identified 80 Xac differentially expressed genes (DGE) in sweet orange 'Pera Rio', 41 and 39 at 48 and 72 hai, respectively. In Mexican Lime 'Galego' 82 DGE were identified, 40 at 48 and 42 at 72 hai. Some of these differentially expressed genes were evaluated by real time quantitative PCR : hpa1, hrpE, hrpW, Virk, ahpC, KatE, katG, cyda and cydB, which are involved in pathogenicity and virulence, oxidative stress defense and oxidative phosphorylation. The pathogenicity and virulence genes were induced in Xac in both hosts, whereas the respiratory chain-related genes were inhibited in both hosts with greater inhibition in Mexican lime 'Galego'. However, genes related to oxidative stress showed a higher expression profile in Xac interaction with sweet orange 'Pera Rio' than with Mexica... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Resumo: Com o seqüenciamento completo do genoma do fitopatógeno Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac), em 2002, inúmeras possibilidades de estudo foram viabilizadas, dando margem à busca de novas formas de controle do cancro cítrico, baseadas em alvos moleculares. Estudos dessa natureza têm mostrado a existência de genes que somente são expressos quando a bactéria está se desenvolvendo in planta. Sabe-se que essa regulação é dependente da região promotora e sua identificação pode possibilitar avanços significativos na busca do controle dessa doença. Apesar do crescente avanço das técnicas experimentais in vitro em biologia molecular, identificar um número significante de promotores ainda é uma tarefa difícil e dispendiosa. Os métodos computacionais existentes enfrentam a falta de um número adequado de promotores conhecidos para identificar padrões conservados entre as espécies. Logo, um método para predizê-Ios em qualquer organismo procariótico ainda é um desafio. O Modelo Oculto de Markov é um modelo estatístico aplicável a muitas tarefas em biologia molecular. Entre elas, predição e mapeamento de seqüências promotoras no genoma de um procarioto. Neste trabalho, estudou-se o mapeamento in silico de promotores gênicos de todo o genoma da Xac e em 68% dos genes a localização de um promotor foi indicada. A análise comparativa com dados experimentais de proteômica mostrou que 72% das proteínas expressas identificaram-se com elementos desta lista de promotores, o que corresponde a 27% do total de genes do genoma. À partir destes dados foi possível levantar um rol de informações sobre estes candidatos a promotores incitando a novos estudos moleculares. / Abstract: With the complete genome sequencing of the phytopathogen Xanthomonas axonopodis pv. Citri (Xac), in 2002, several study possibilities were made practical and then creating the search of new citrus canker control ways, based in molecular aims. This kind of studies has shown the genes existences that are only expressed when the bacteria are developing itself in plant. It has been known that this regulation is promoter region dependent and its identification can allow significant advances in the search of this disease control. Although increasing advance of in vitro experimental techniques in molecular biology, identifying a meaningful number of promoters is still a hard and expensive task. The existents computer science methods face the need of a proper number of known promoters to identify conserved patterns among the species. Therefore, a method to predict them in any prokaryote organism is still a challenge. The Hidden Markov Model (HMM) is a statistic model applicable in many tasks in molecular biology. Among them, prediction and mapping of the promoters sequences in prokaryotic genome. In this work, which has studied the genic promoters in silico mapping of the whole Xac genome, in 68% of the genes the promoter localization was indicated. The proteomic experimental data comparative analysis showed that 72% of the expressed proteins identified with elements from the promoters list, which corresponds 27% of the genome genes total. According to these data it was possible to generate an information roll about these promoters candidates inciting new molecular studies. / Orientadora: Maria Inês Tiraboschi Ferro / Coorientador: Marcelo Luiz de Laia / Banca: Manoel Victor Franco Lemos / Banca: Poliana Fernanda Giachetto / Mestre

Orientador: Miriam Dupas Hubinger / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-08-10T19:32:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Chiumarelli_Marcela_M.pdf: 1629923 bytes, checksum: abd7d32f903582ebd917ade60b7b53fe (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: A manga é uma fruta largamente cultivada e consumida no Brasil, sendo exportada também 'in natura¿ para diversos países. Na forma minimamente processada, apesar da grande praticidade, as fatias podem apresentar escurecimento enzimático e mudanças desagradáveis de textura. Neste contexto, este trabalho visou estudar a vida útil de fatias de manga (Mangifera indica cv 'Tommy Atkins¿) pré-tratadas com ácido cítrico e/ou recobertas com fécula de mandioca ou alginato de sódio e estocadas a 5°C. Em testes preliminares, concentrações de 0,5% a 2% (p/v) de ácido cítrico e 1% a 3% (p/v) de fécula de mandioca foram analisadas quanto a: perda de peso, propriedades mecânicas (tensão e deformação na ruptura) e cor (L*, C* e H*). As concentrações de 0,5% de ácido cítrico e 1% de fécula de mandioca foram definidas como as melhores condições de tratamento. Na etapa subseqüente, foram analisadas as condições ótimas de tratamento associadas (ácido cítrico e cobertura de fécula de mandioca), fatias de manga imersas em solução de ácido cítrico (0,5%) com cobertura a base de alginato de sódio (concentração de 2% p/v) e a adição de 1% (p/v) de glicerol nos tratamentos com recobrimentos. As amostras com cobertura de alginato apresentaram maior perda de textura e escurecimento enzimático. As películas de fécula de mandioca foram mais eficientes na conservação dos parâmetros de qualidade das fatias de manga. Embora todas as coberturas tenham reduzido a taxa respiratória do produto, a adição de glicerol permitiu maior troca gasosa. Para o estudo de vida útil do produto, foram selecionados os tratamentos com cobertura de fécula, com e sem glicerol. O tratamento com película de fécula sem glicerol foi mais eficiente na manutenção da textura e coloração. Devido à imersão em ácido cítrico, essas amostras apresentaram maiores valores de acidez total titulável e menores valores de sólidos solúveis totais. As fatias com película de fécula de mandioca sem glicerol apresentaram boa aceitação sensorial e sua vida útil foi atestada em 15 dias. As fatias com película de fécula contendo glicerol apresentaram sabor amargo e, devido ao crescimento microbiano, obtiveram uma vida útil de 10 dias / Abstract: Mango is a widely grown and consumed fruit in Brazil, being also exported 'in natura¿ to many different countries. Fresh-cut mangoes, in spite of their practicity, may have enzymatic browning and unpleasant changes of texture. Thus, this work aimed to study the shelf-life of mango slices (Mangifera indica cv 'Tommy Atkins¿) pre-treated with citric acid and/or covered with cassava starch or sodium alginate and stored at 5°C. Preliminary tests with citric acid concentrations between 0.5% and 2% (w/v) and cassava starch from 1% to 3% (w/v) were made to quantify weight loss, mechanical properties (stress and strain at failure) and color (L*, C* and H*). The 0.5% citric acid and the 1% cassava starch concentrations were considered the best treatment conditions. In the following procedures, the best conditions for associated treatments (citric acid and cassava starch coating), mango slices dipped in citric acid solution (0.5%) with sodium alginate coating (2% w/v) and the addition of 1% (w/v) of glycerol on the coated treatments were analyzed. The samples with alginate coating showed the higher texture loss and enzymatic browning. Cassava starch coatings were more efficient in maintaining the quality parameters of the mango slices. Although all coatings have reduced the respiration rate of the product, the addition of glycerol promoted higher gas exchange. The treatments with cassava starch, with and without glycerol, were selected to the shelf-life study. The non-glycerol cassava starch treatment was more efficient in maintaining the texture and color. Due to the citric acid dipping, these samples presented higher values of titratable acidity and lower values of total soluble solids. The cassava starch coating slices without glycerol had a good sensorial acceptance and their shelf-life was attested to be of 15 days. The cassava starch coating slices containing glycerol presented a bitter taste and, due to microbiological growth, had a shelf-life of 10 days / Mestrado / Mestre em Engenharia de Alimentos

Orientador: Cínthia Pereira Machado Tabchoury / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-24T16:55:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Romao_DayseAndrade_M.pdf: 1484114 bytes, checksum: 22ae5951c7308f4697935396ac72aaeb (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: Modelos in vitro devem mimetizar situações próximas das condições reais, entretanto poucos modelos para avaliar erosão em esmalte dentário nestas condições são encontrados na literatura, além de apresentarem algumas limitações. Assim, o objetivo do presente estudo foi validar um modelo de ciclagens erosivas que simule os episódios de erosão/exposição do esmalte dental à saliva, avaliando o efeito dose-resposta para soluções de ácido cítrico com diferentes valores de pH. O modelo de ciclagens erosivas de pH teve uma duração de 5 dias, de forma que blocos de esmalte bovino, selecionados quanto à dureza de superfície e análise de perfilometria, foram imersos em saliva humana estimulada por 1 h a 37ºC sob agitação (100 rpm) antes do primeiro desafio erosivo de cada dia para formação de película adquirida. Em seguida os blocos dentais foram tratados 4 vezes ao dia com a solução de tratamento (2,5 mL/mm2 de área exposta de esmalte dental) sob agitação (100 rpm) por 1 min e nos intervalos entre os tratamentos e durante à noite, os blocos foram imersos em saliva artificial a 37?C sem agitação. Para avaliação do modelo quanto ao efeito dose-resposta ao pH, os blocos (n=12) foram tratados com as seguintes soluções: G1 - cacodilato pH 7,0 (controle); G2 - ácido cítrico pH 2,5; G3 - ácido cítrico pH 3,5; G4 - ácido cítrico pH 4,5; G5 - ácido cítrico pH 5,5; G6 - ácido cítrico pH 7,0. Todas as soluções foram preparadas na concentração de 47,6 mM. Diariamente, ao final da ciclagem e após a imersão na saliva artificial durante à noite, os blocos foram avaliados quanto à dureza de superfície para cálculo da porcentagem de perda de dureza de superfície (%PDS) e ao final do experimento a análise perfilométrica foi novamente realizada. Os resultados foram submetidos à análise de variância e teste de Tukey(p<0,05). Os resultados ao final da ciclagem mostraram que houve um aumento crescente da %PDS em função dos dias na maioria dos grupos e que os blocos tratados com solução de pH 2,5 apresentaram a maior %PDS (p<0,05). Na comparação entre grupos os resultados demonstram que no 4o dia de ciclagem foram verificadas diferenças significativas entre todos os grupos (p<0,05). Já os resultados após saliva apresentaram menores valores de %PDS quando comparados àqueles após ciclagem. Quanto à perfilometria, os blocos dentais tratados com soluções de pH 2,5 e 3,5 apresentaram as maiores perdas de superfície, diferindo entre si e dos demais grupos (p<0,05). Conclui-se que o estudo proposto permitiu a validação de um modelo de ciclagens erosivas que demonstrou efeito dose-resposta para erosão inicial de esmalte dentário após exposição a diferentes valores de pH / Abstract: In vitro models should mimic situations close to the real conditions, however, few models to assess tooth enamel erosion in these conditions are found in the literature, besides presenting some limitations. Thus, the objective of this study was validate a model that simulates cycling episodes of erosion/exposure of dental enamel to saliva, evaluating the dose-response effect for citric acid solutions with different pH values. The model of erosive cycling lasted 5 days, and bovine enamel blocks, selected according to the surface hardness and surface profilometry analysis, were immersed in stimulated human saliva for 1 h at 37°C under agitation (100 rpm) before the first erosive challenge in each day for salivary pellicle formation. Then the dental blocks were treated 4 times daily with the treatment solution (2.5 mL/mm2 per area of exposed enamel) under stirring (100 rpm) for 1 min and in the intervals between treatments and during the nigth the blocks were immersed in artificial saliva at 37?C without stirring. To evaluate the model with regard to the dose-response to pH, blocks (n = 12) were treated with the following solutions: G1 - cacodylate pH 7.0 (control), G2 - citric acid pH 2.5, G3 - acid citric pH 3.5; G4 - citric acid pH 4.5; G5 - citric acid pH 5.5; G6 - citric acid pH 7.0. All the solutions were prepared in a concentration of 47.6 mM. Daily, at the end of the cycling and after immersion in artificial saliva during the night, the blocks were evaluated for surface hardness to calculate the percentage of surface hardness loss (%SHL) and at the end of the experiment profilometry analysis was performed again. The results were submitted to ANOVA and Tukey's test (p<0.05). The results showed a gradual increase in the %SHL at the end of the cycling model as a function of days in most of the groups and the blocks treated with pH 2.5 solution showed the highest %SHL (p<0.05). In the comparison of the groups, the results showed in the 4th cycling day significant differences among all groups (p<0.05). The results after saliva exposure showed lower %SHL when compared to those after cycling. Regarding profilometry, dental blocks treated with solutions pH 2.5 and 3.5 showed the highest surface losses, differing from each other and from the other groups (p<0.05). In conclusion, the proposed study allowed the validation of an erosive cycling model that demonstrated dose-response effect for early tooth enamel erosion after exposure to different pH values / Mestrado / Cariologia / Mestra em Odontologia

Orientador: Alessandra Alves de Souza / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-25T17:43:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Caserta_Raquel_D.pdf: 28122729 bytes, checksum: f611b63be786134a0c9fbad9785006b0 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: A produção do suco de laranja concentrado é uma das commodities mais importantes para o agronegócio brasileiro, entretanto, os constantes problemas fitossanitários que afetam a citricultura vem aumentando os custos de produção e consequentemente a rentabilidade econômica deste setor. É urgente a busca por alternativas para solucionar os problemas fitossanitários da citricultura, nesse sentido, a utilização de transgenia mostra-se uma ferramenta promissora, pois possibilita a obtenção de plantas com genes exógenos que conferem resistência a doenças. Uma das doenças que afetam a citricultura brasileira é a clorose variegada dos citros (CVC), causada pela bactéria Xylella fastidiosa, onde todas as variedades de Citrus sinensis mostram-se suscetíveis a doença. Uma estratégia que vem sendo utilizada para resistência a X. fastidiosa que afeta a cultura de uva na Califórnia-EUA envolve a chamada "confusão do patógeno" onde utiliza-se genes do próprio patógeno visando a alteração da sinalização molecular entre as células bacterianas, interferindo em sua patogenicidade. Neste trabalho foram abordadas as transformações de Nicotiana tabacum e Citrus sinensis com o gene rpfF de X. fastidiosa causadora da CVC, envolvido na síntese de uma molécula sinalizadora que regula a expressão de genes associados a patogenicidade dessa bactéria. Eventos dos cultivares de laranja doce Hamlin e Pineapple transformados com rpfF foram desafiados com X. fastidiosa e, após avaliações nas fases inicial e avançada de sintomas, foi observada uma redução na incidência e na severidade de sintomas de CVC. A movimentação bacteriana ao longo de tais plantas também foi comprometida, sendo que a população bacteriana em pontos distantes do ponto de inoculação foi maior em plantas do tipo selvagem quando comparadas as transgênicas. Esses resultados sugerem que as moléculas produzidas pelas plantas transgênicas foram capazes de alterar o comportamento da bactéria, reduzindo sua patogenicidade. Outro fitopatógeno que ataca pomares brasileiros é Xanthomonas citri subsp. citri, que também apresenta o gene rpfF, e assim como em X. fastidiosa, é responsável pela sinalização molecular. Eventos transgênicos de Carrizo e Pineapple também foram desafiados com X. citri. Nesse patógeno, a interrupção da sinalização mediada por DSF, Diffusible Signal Factor - uma molécula de ácido graxo, reduz sua virulência, e interessantemente, sintomas de cancro cítrico foram reduzidos nas plantas transgênicas. Em folhas transgênicas não foi observado o aparecimento de pústulas, e biofilmes formados na área da inoculação foram alterados. Genes modulados por DSF em bactérias isoladas de plantas transgênicas foram reprimidos, sugerindo que a sinalização foi comprometida. Por fim, seiva das plantas transgênicas não ativou a expressão do promotor engA::GFP em Xanthomonas campestris biosensoras, indicando que a molécula produzida por essas plantas foi capaz de alterar a sinalização. Por outro lado, a seiva das plantas transgênicas ativou a expressão do hxfA::PhoA em X. fastidiosa biosensoras, indicando a funcionalidade dessa molécula para esse fitopatógeno. Portanto, em ensaios com X. citri, o DSF das plantas transgênicas atuou como antagonista, diminuindo a virulência da bactéria através da alteração da sinalização molecular. Esses resultados mostram que as moléculas sinalizadoras produzidas por plantas transformadas com rpfF de X. fastidiosa são promissoras na tentativa de controle de CVC e cancro cítrico / Abstract: The production of concentrate orange juice is one of the most important commodities for Brazilian agribusiness, however, the constant phytosanitary problems affecting the citrus industry is increasing production costs and consequently the economic profitability of this sector. It is urgent to search for alternatives to solve citrus phytosanitary problems, in this sense, the use of transgenesis shows a promising tool because it enables the production of plants with exogenous genes that confer resistance to diseases. One of the diseases that affect Brazilian citrus industry is the citrus variegated chlorosis (CVC), caused by the bacterium Xylella fastidiosa, where all varieties of Citrus sinensis are susceptible to this disease. One strategy that has been used for X. fastidiosa resistance that affects grape cultures in California-USA involves the so-called "pathogen confusion" that is related to the usage of genes of the pathogen itself aiming to change the molecular signaling between bacterial cells by interfering in its pathogenicity. In this work we will discuss the transformation of Nicotiana tabacum and Citrus sinensis with the rpfF gene isolated from X. fastidiosa causing the CVC, involved in the synthesis of a signaling molecule that regulates the expression of genes associated with pathogenicity of these bacteria. Transgenic events of Hamlin and Pineapple transformed with rpfF were inoculated with X. fastidiosa and after evaluations in early and advanced stages of symptoms, a reduction was observed in the incidence and severity of symptoms of CVC. Bacterial movement along these plants was also impaired, and the bacterial population analyzed far from the point of inoculation was higher in wild type plants compared to transgenic ones. These results suggest that the molecules produced by the transgenic plants were able to change the behavior of the bacteria, reducing its pathogenicity. Another pathogen that attacks Brazilian orchards is Xanthomonas citri subsp. citri, which also features rpfF gene, and as in X. fastidiosa is responsible for molecular signaling. Transformed plants of Carrizo and Pineapple were also challenged with X. citri. In this pathogen, the interruption of DSF-mediated signaling reduces its virulence, and interestingly, citrus canker symptoms were reduced in transgenic plants. In transgenic leaves there was no pustules development and alterations in biofilms formed in the area of inoculation were observed. Genes modulated by DSF in bacteria isolated from transgenic plants were repressed, suggesting that signaling was compromised. Finally, sap of transgenic plants did not activate the expression of the promoter engA::GFP in Xanthomonas campestris biosensors, indicating that the molecule produced by these plants was able to change the signaling. On the other hand, the sap of transgenic plants activated the expression of hxfA::PhoA in X. fastidiosa biosensors, indicating the functionality of this molecule for this pathogen. Therefore, in assays with X. citri, the DSF of transgenic plants acted as antagonist, decreasing the virulence of the bacteria by changing the molecular signaling. These results show that the signaling molecules produced by plants transformed with rpfF of X. fastidiosa are promising in the attempt to control CVC and citrus canker / Doutorado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Doutora em Genética e Biologia Molecular