Recentemente, tornou-se acessível a análise filogenética com base em caracteres contínuos. Isso amplia a quantidade de caracteres que podem ser utilizados em análises filogenéticas baseadas em morfologia, mas não há ainda um consenso sobre como esse tipo de caráter deve ser codificado e analisado. Este trabalho analisa o uso de caracteres contínuos em filogenias com dois diferentes enfoques: simulações em computador e aplicação em uma análise com dados reais. As simulações realizadas indicam que de fato pode-se recuperar filogenias com base em caracteres contínuos, com alguns cuidados. O mais importante deles é o uso de pesagem implícita. Mesmo com esse cuidado, os ramos pouco suportados podem ser incorretos, provavelmente devido a um efeito de atração de ramos longos. Na análise do gênero Anchylorhynchus, utilizei caracteres discretos e contínuos, em separado e combinados. As árvores obtidas com as matrizes separadas são bastante diferentes, e a árvore da matriz combinada é semelhante àquela obtida somente com os caracteres discretos. O suporte dos ramos, contudo, cresce com a adição dos caracteres contínuos. Os caracteres contínuos, portanto, não devem ser vistos como uma alternativa, mas como um acréscimo às análises tradicionais. A revisão taxonômica de Anchylorhynchus resultou na descrição de nove espécies novas e reconhecimento de quatro sinônimos novos. O gênero resultou ser um grupo monofilético com um total de 24 espécies reconhecidas. Além disso, as informações sobre a biologia e a distribuição geográfica desses gorgulhos foi atualizada. Em conjunto com a filogenia obtida, essas informações basearam reconstruções biogeográficas e da associação histórica com as plantas hospedeiras. / Recently, phylogenetic analysis based on continuous characters was made accessible. This increases the pool of characters available for morphology-based phylogenetic analyses, but there is still no consensus on how this kind of characters should be coded and analyzed. In the present study, I assessed the use of continuous characters in phylogenies from two distinct perspectives: computer simulations and an application to real data. The simulations indicate that one can indeed recover phylogenies based on continuous characters, given some precautions. The most important of them is the use of implied weighting. Even when this is done, poorly supported branches may be incorrect, probably due to long-branch attraction. For the phylogenetic analysis of Anchylorhynchus, I used both continuous and discrete characters, separately or combined. Trees obtained with separate matrices were significantly different, and the combined matrix resulted in a tree very similar to the tree obtained with discrete characters alone. Branch supports, however, increased with the addition of continuous characters. Continuous characters, therefore, should not be considered an alternative to traditional analyses. Rather, they should be added to discrete-character matrices. The taxonomic revision of Anchylorhynchus resulted in nine new species described and four new synonyms recognized. The genus resulted to be a monophyletic group containing 24 recognized species. Moreover, the information on weevils\' biology and geographical distribution was updated. Together with the phylogeny this information embased reconstructions of host relationships and biogeography.

Recentemente, tornou-se acessível a análise filogenética com base em caracteres contínuos. Isso amplia a quantidade de caracteres que podem ser utilizados em análises filogenéticas baseadas em morfologia, mas não há ainda um consenso sobre como esse tipo de caráter deve ser codificado e analisado. Este trabalho analisa o uso de caracteres contínuos em filogenias com dois diferentes enfoques: simulações em computador e aplicação em uma análise com dados reais. As simulações realizadas indicam que de fato pode-se recuperar filogenias com base em caracteres contínuos, com alguns cuidados. O mais importante deles é o uso de pesagem implícita. Mesmo com esse cuidado, os ramos pouco suportados podem ser incorretos, provavelmente devido a um efeito de atração de ramos longos. Na análise do gênero Anchylorhynchus, utilizei caracteres discretos e contínuos, em separado e combinados. As árvores obtidas com as matrizes separadas são bastante diferentes, e a árvore da matriz combinada é semelhante àquela obtida somente com os caracteres discretos. O suporte dos ramos, contudo, cresce com a adição dos caracteres contínuos. Os caracteres contínuos, portanto, não devem ser vistos como uma alternativa, mas como um acréscimo às análises tradicionais. A revisão taxonômica de Anchylorhynchus resultou na descrição de nove espécies novas e reconhecimento de quatro sinônimos novos. O gênero resultou ser um grupo monofilético com um total de 24 espécies reconhecidas. Além disso, as informações sobre a biologia e a distribuição geográfica desses gorgulhos foi atualizada. Em conjunto com a filogenia obtida, essas informações basearam reconstruções biogeográficas e da associação histórica com as plantas hospedeiras. / Recently, phylogenetic analysis based on continuous characters was made accessible. This increases the pool of characters available for morphology-based phylogenetic analyses, but there is still no consensus on how this kind of characters should be coded and analyzed. In the present study, I assessed the use of continuous characters in phylogenies from two distinct perspectives: computer simulations and an application to real data. The simulations indicate that one can indeed recover phylogenies based on continuous characters, given some precautions. The most important of them is the use of implied weighting. Even when this is done, poorly supported branches may be incorrect, probably due to long-branch attraction. For the phylogenetic analysis of Anchylorhynchus, I used both continuous and discrete characters, separately or combined. Trees obtained with separate matrices were significantly different, and the combined matrix resulted in a tree very similar to the tree obtained with discrete characters alone. Branch supports, however, increased with the addition of continuous characters. Continuous characters, therefore, should not be considered an alternative to traditional analyses. Rather, they should be added to discrete-character matrices. The taxonomic revision of Anchylorhynchus resulted in nine new species described and four new synonyms recognized. The genus resulted to be a monophyletic group containing 24 recognized species. Moreover, the information on weevils\' biology and geographical distribution was updated. Together with the phylogeny this information embased reconstructions of host relationships and biogeography.

Orientador: Louis Bernard Klaczko / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-22T19:31:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ventura_IuriMatteuzzo_M.pdf: 2580161 bytes, checksum: ec78d3ac3a9cb1dcb0d410ab56b4d99c (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: O resumo poderá ser visualizado no texto completo da tese digital / Abstract: The abstract is available with the full electronic document / Mestrado / Genetica Animal e Evolução / Mestre em Genética e Biologia Molecular

Orientador: Wilson Castro Ferreira Junior / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Matemática, Estatística e Computação Científica / Made available in DSpace on 2018-08-20T05:05:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Assis_RaulAbreude_D.pdf: 6617583 bytes, checksum: 80b80410952f2ac47edc7cf71466fb07 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: Neste trabalho apresentamos modelos matemáticos de processos evolutivos, utilizando como abordagem principal a descrição da frequência de fenótipos em populações. São propostos diversos modelos baseados em equações diferenciais parciais, ordinárias e equações de recorrência. São apresentados resultados de suas análises, bem como comparações com modelos genéticos aditivos. Como uma ilustração do tipo de abordagem proposto, criamos um modelo de um sistema do tipo parasita-hospedeiro (Maculinea-Myrmica) utilizando-o com o objetivo de analisar comportamento de especificidade de hospedeiro. Finalmente, apresentamos generalizações dos modelos em espaços de fenótipos e indicamos direções para aprofundamento de pesquisa / Abstract: In this thesis we present models of evolutionary dynamics that describe the changes in frequencies of phenotypes in populations. The models proposed are based on ordinary and partial differential equations and difference equations. Results from the analysis of the models and comparisons with the behavior of additive genetic models are presented. We develop a model for a host-parasite system (Maculinea-Myrmica) using the phenotypic space aprroach with the objective of analysing the hostspecificity behavior of the species. Finally, we present generalizations of the models of phenotypic spaces and indicate directions for further research in the area / Doutorado / Matematica Aplicada / Doutor em Matemática Aplicada

Orientadores : Ivan Luiz Marques Ricarte / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Eletrica e de Computação / Made available in DSpace on 2018-08-03T22:22:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Coelho_AndreLuisVasconcelos_D.pdf: 18304635 bytes, checksum: fac853d8233955f9d02c12608c41455d (MD5) Previous issue date: 2004 / Resumo: Este tratado é de caráter essencialmente empírico e apresenta um estudo sistemático e abrangente em tomo da aplicação de técnicas de Computação Evolutiva para a resolução adaptativa de problemas não-triviais relacionados à disciplina de engenharia de sistemas inteligentes modulares. Os vários experimentos conduzidos e reportados tiveram como motivação maior a avaliação das potencialidades exibidas por algoritmos evolutivos mais rebuscados, inspirados em modelos artificiais de simbiose e hibridismo, tendo como referencial um leque de questões/requisitos pertinentes a sistemas modulares levantados pelo autor. Os domínios-alvo de pesquisa investigados compreendem o desenho customizado de arquiteturas de redes neurais heterogêneas; o projeto automático e hierárquico de ensembles heterogêneas de redes neurais feedforward; a seleção adaptativa de instâncias de máquinas de vetores-suporte para a composição de ensembles de SVMs; a configuração plena de arquiteturas de misturas de especialistas; e a organização emergente de times de agentes autônomos. Outros projetos correlatos ao tema são também brevemente descritos / Abstract: This treaty is of an essentially empirical nature and presents a systematic and encompassing study about the application of Evolutionary Computation techniques towards the adaptive solving of non-trivial problems under the discipline of modular intelligent systems engineering. The series of experiments conducted and reported along the text had as main stimulus the assessment of the potentials behind some advanced evolutionary algorithms, inspired from artificial models of symbiosis and hybridism, with regard to an array of issuesjrequirements pertaining to modular systems raised by the author. The target domains of investigation include the tailored design of heterogeneous neural network architectures; the automatic and hierarchical development of heterogeneous ensembles of feedforward neural networks; the adaptive selection of support vector machine instances for setting up ensembles of SVMs; the entire configuration of mixture of experts architectures; ando the emergent organization of teams made up of autonomous agents. Other correlated projects under the same research umbrella are also succinctly touched upon / Doutorado / Engenharia de Computação / Doutor em Engenharia Elétrica

Orientador: Paulo Roberto Guimarães Júnior / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-18T07:48:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Marquitti_FlaviaMariaDarcie_M.pdf: 1225354 bytes, checksum: 120811efd17809715c9eb6454a6b9c34 (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: Os mutualismos são interações importantes do ponto de vista ecológico e evolutivo, uma vez que influenciam a sobrevivência de diversos organismos, podendo determinar a organização da comunidade. Dada a importância ecológica e evolutiva das interações mutualísticas, é importante estudar quais fatores influenciam a sua organização. Como organismos aparentados compartilham características fenotípicas similares, é comum que espécies filogeneticamente próximas interajam com um conjunto de espécies similar, levando a um padrão conhecido por conservação filogenética do nicho. Apesar de este padrão ocorrer com frequencia, condições bióticas e abióticas locais podem levar à variação geográfica nas interações. A presença ou ausência de potenciais parceiros mutualísticos também podem alterar o padrão local de interações de uma espécie. Estudando interações entre morcegos frugívoros e plantas, investiguei como os padrões de interação de espécies em dez redes mutualísticas variavam conforme a distribuição geográfica. Nesse sentido, duas hipóteses principais guiaram este trabalho: a hipótese da conservação de nicho das interações e a hipótese da variação geográfica das interações. Caracterizei o padrão de interação das espécies de morcegos nas redes por meio de diferentes métricas usadas no estudo de redes ecológicas. Analisei a conservação de nicho das interações e a variação geográfica de espécies de morcego que ocorreram em um maior número de redes. Espécies filogeneticamente próximas não tenderam a apresentar padrões de interação mais parecidos entre si. Algumas das espécies mais frequentes apresentaram características dos padrões de interação em gradiente ou mosaico ao longo de sua distribuição geográfica. Estes resultados evidenciam que algumas características do padrão de interação de morcegos frugívoros, como grau de generalismo e o grau padronizado dentro do módulo são conservadas pela filogenia. No entanto algumas espécies apresentaram o grau de generalismo e o papel em relação aos módulos da rede variando ao longo da geografia, seguindo previsões da teoria do mosaico geográfico coevolutivo / Abstract: Mutualisms are important interactions to ecology and evolution because they affect the survivorship of many organisms and may shape community organization. Therefore, it is important to study which factors affect their organization. As related organisms share similar phenotypic traits, it is common that close phylogenetic species interact with a similar set of species, resulting in a pattern known as phylogenetic niche conservatism. Although this pattern frequently occurs, biotic and abiotic local conditions may lead to geographic variation of the interactions. The presence or absence of potential mutualistic partners may also change local interactions of a species. I studied interactions between frugivorous bats and plants and I investigated how species interactions patterns varied geographically across ten mutualistic networks. Two main hypotheses guided this work: the interaction niche conservatism hypothesis and the geographical variation hypothesis. I delineated the interaction patterns of bat species in the networks through different metrics used in ecological network studies. I analyzed the niche conservatism and geographical variation of bat species which occurred frequently in the networks. Related species did not tend to have similar patterns of interaction. Within their geographical range, some species vary markedly in their patterns of interaction and this variation often occurs as mosaics or, less frequently, as gradients. These results point out that some patterns of interaction of frugivorous bats, as the specialization degree and the standardized within-module degree, are conserved by phylogeny. However, some species showed variations through geography both in the specialization degree and in their role regarding the network modules, leading to a geographic mosaic of coevolution with potential implications to ecology and coevolution / Mestrado / Ecologia / Mestre em Ecologia

Submitted by Maicon Juliano Schmidt (maicons) on 2015-06-11T19:24:34Z No. of bitstreams: 1 Débora de Oliveira Lemos Rocha de Souza.pdf: 11262812 bytes, checksum: 1afc26309c47e8dc71f1c5e88aae7409 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-06-11T19:24:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Débora de Oliveira Lemos Rocha de Souza.pdf: 11262812 bytes, checksum: 1afc26309c47e8dc71f1c5e88aae7409 (MD5) Previous issue date: 2015-03-27 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / FAPERGS - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul / Algumas ações do processo projetual se restringem aos pensamentos dos designers, gerando uma dificuldade para compreender o processo e torná-lo explícito. As pesquisas nessa área tentam transpor essas limitações, buscando perceber o modo como os designers resolvem os problemas para aprimorar a sua atuação. Esses problemas são caracterizados como mal-estruturados e podem ser vistos de diferentes perspectivas, gerando respostas distintas. O conceito de coevolução percebe a resolução de problemas de forma evolutiva: à medida que compreende-se um pouco mais o problema, as respostas tornam-se mais aprimoradas. Esta dissertação tem como objetivo geral compreender a coevolução do problema de design. Para isso, realizou-se uma pesquisa exploratória em um workshop em design, coletando as informações por meio de grupos focais e do registro, em vídeo, do processo realizado pelos participantes. A técnica utilizada para analisar as informações coletadas nos grupos focais e nos vídeos foi a análise de conteúdo, com algumas adaptações necessárias à pesquisa realizada. Na análise, percebeu-se que a coevolução é influenciada: 1) pela formulação inicial do problema que funciona como uma força motora, impulsionando o processo de resolução do problema; 2) pela forma como as equipes se articulam, levando-se em conta o modo como os integrantes desempenham diferentes papeis e estabelecem um ritmo de resolução do problema de acordo com experiências anteriores que trazem para o projeto; 3) pelos questionamentos em relação ao problema ou à solução, caracterizando-se como uma das estratégias utilizadas pelos designers para avançar no espaço-problema ou no espaço-solução. Concluiu-se, assim, que não só o espaço-problema e o espaço-solução se modificam no percurso do projeto de forma a provocar uma evolução mútua, mas os diversos fatores que envolvem o processo projetual também influenciam na coevolução do problema de design. / Some actions in the design process are restricted to the designers’ thoughts, what may cause some difficulties in understanding the process itself and making it explicit. Studies in this area attempt to overcome these limitations by looking into the way designers solve problems to improve their performance. These problems are usually characterized as ill-structured and can be seen from different perspectives, leading to distinct answers. The concept of co-evolution regards problem resolution in an evolutive manner: as the problem is better understood, the answers become more refined. The overall objective of this work is to understand the co-evolution of the design problem. In order to do this, an exploratory research was conducted within a design workshop, where data was collected by means of both focal groups and videos recording the participants’ process. The technique used to analyse all this data was Content Analysis, with some necessary adaptations to the context of the present research. In the analysis, it was possible to observe that co-evolution is influenced by: 1) the initial formulation of the problem that works as a driving force, boosting the problem resolution process; 2) the way the groups manage themselves, taking into consideration the manner in which different members play distinct roles and establish a problem resolution pace based on previous experiences they bring to the project; and 3) inquiries related to the problem or the solution, which can be regarded as one of the strategies used by designers to move forward into the problem space or the solution space. In conclusion, all these observations lead to the understanding that not only the problem space and the solution space modify themselves in the course of the project, triggering mutual evolution, but the diverse aspects involved in the design context also have some influence on the co-evolution of the design problem.

Submitted by Erika Cruz (erikakato@globo.com) on 2018-01-12T13:45:25Z No. of bitstreams: 1 Tese Érika Mayumi Kato Cruz Final.pdf: 3238940 bytes, checksum: 84bdc9eb0f173ba3a93ca437e9f343a0 (MD5) / Approved for entry into archive by Pamela Beltran Tonsa (pamela.tonsa@fgv.br) on 2018-01-18T10:59:43Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese Érika Mayumi Kato Cruz Final.pdf: 3238940 bytes, checksum: 84bdc9eb0f173ba3a93ca437e9f343a0 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-18T12:17:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese Érika Mayumi Kato Cruz Final.pdf: 3238940 bytes, checksum: 84bdc9eb0f173ba3a93ca437e9f343a0 (MD5) Previous issue date: 2017-12-18 / A presente tese teve como foco o estudo dos aspectos coevolucionários em redes interorganizacionais de cooperação e sua relação com as configurações e práticas de governança da rede. A literatura sobre coevolução aponta para um entendimento macro do fenômeno nos estudos sobre redes, levantando carências no que tange à análise dos seus microfundamentos, com destaque para as relações intrarede e interfirmas. De forma complementar, verificam-se na literatura de redes oportunidades de pesquisa no que diz respeito à análise dos aspectos sociais que regem os relacionamentos em rede, bem como aos fatores que influenciam o alcance de resultados individuais e coletivos de seus participantes. A tese objetivou, assim, aprofundar o conhecimento sobre dinâmica de redes por meio de estudo de casos múltiplos em Arranjos Produtivos Locais (APLs) no estado de São Paulo e Paraná. O objetivo consistiu em analisar a relação entre a configuração das redes empresariais e de sua governança com a coevolução das empresas participantes e das redes como um todo. Dado o caráter indutivo do estudo, este fez uso da abordagem de construção de teoria por meio de estudo de caso proposta por Eisenhardt (1989). Os resultados apontam para a existência de aspectos coevolucionários nos relacionamentos em rede, com destaque para o compartilhamento de custos, assim como ganhos relativos a troca de conhecimentos e experiências. A configuração da estrutura e das práticas de governança dos arranjos, por fim, influenciam na coevolução na medida em que contribui para a publicização das ações e o alinhamento de interesses dos agentes envolvidos. / This thesis focused on the study of coevolutionary aspects in interorganizational cooperation networks and its relation with the network governance practices and configurations. The literature on coevolution points to a macro understanding of the phenomenon in the studies on networks, raising deficiencies regarding the analysis of its micro-foundations, with emphasis on intrarede and interfirm relations. In a complementary way, the network literature offers research opportunities in the analysis of social aspects that govern network relationships, as well as the factors that influence the achievement of individual and collective results of its participants. The aim of this thesis was to deepen the knowledge about network dynamics through a study of multiple cases in Local Productive Arrangements (APLs) in the states of São Paulo and Paraná. The objective was to analyze the relationship between the configuration of the business networks and their governance with the coevolution of participating companies and the networks as a whole. Given the inductive nature of the study, it made use of the theory-building approach by means of a case study proposed by Eisenhardt (1989). The results point to the existence of coevolutionary aspects in network relationships, with emphasis on cost sharing, as well as gains related to the exchange of knowledge and experiences. The configuration of the structure and governance practices of the arrangements, lastly, influence on coevolution in so far as it contributes to the publicity of actions and the alignment of interests of the involved agents.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:05:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissAFT.pdf: 987671 bytes, checksum: a50597a438e0122d6e69ee6481e7d4a3 (MD5) Previous issue date: 2006-09-13 / This work focuses on the problem of automatic generation of fuzzy systems through evolutionary computation, specifically using the approach of co-evolution. Coevolution is based on the idea of modular modeling of the problem subcomponents. In this work the subcomponents are represented by different species, which have a collaborative relation among them. The fuzzy system to be created has the objective of pattern classification. Basically, the evolutionary scheme is composed by four different species, which have a hierarchical collaboration both in the generation of the species and in the fitness determination of the individuals of these species. These species are organized in levels, where the contribution in the species generation happens from the lowest to highest levels and the contribution in the fitness determination happens from the highest to lowest levels. The results obtained indicate that the studied approach is very promising and, through its use, one can generate efficient classification systems, that present a performance similar to other approaches found in the literature. / Este trabalho enfoca o problema de geração automática de sistemas nebulosos por meio da computação evolutiva, mais especificamente por meio da abordagem de coevolução. A co-evolução baseia-se na idéia de modelagem modular de subcomponentes do problema. Neste trabalho esses subcomponentes são representados por espécies diferentes, que têm uma relação colaborativa entre si. Essa relação força uma evolução co-adaptada entre as populações das espécies. O sistema nebuloso a ser gerado tem como objetivo a classificação de padrões. Basicamente, o esquema evolutivo é formado por quatro espécies diferentes, que têm uma colaboração hierárquica, tanto na geração das espécies, quanto na determinação da aptidão dos indivíduos dessas espécies. Essas espécies são organizadas em níveis, onde a colaboração na geração das espécies se dá dos níveis mais baixos para os mais altos, e a colaboração na determinação das aptidões se dá dos níveis mais altos para os mais baixos. Os resultados obtidos indicam que a abordagem estudada é bastante promissora e pode-se obter, por meio dela, sistemas de classificação eficientes que apresentam desempenho semelhante ao de outras abordagens encontradas na literatura.