Made available in DSpace on 2016-12-08T16:44:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGPV10MA102.pdf: 27178752 bytes, checksum: 39b01ef3a94b25575ab96d69f1cc7b69 (MD5) Previous issue date: 2010-11-05 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / On 2008/09 and 2009/10 seasons, 21 bean materials were evaluated, in wich, four of them were commercial cultivation Pérola, SCS 202 Guará, IPR Uirapuru and |BRS Supremo and 17 were accesses from active germoplasma bean ban of Santa Catarina State University, BAF/UDESC, Lages. Two experiments were done. One experiment was realized in field of UDESC, where were made plant anthracnose incidence, analyzing 10 plants in random, on the two central lines of each parcel; leaflet incidence: collecting inside of the two central lines of each parcel, 60 leaflet lesions number evaluations: counting number of lesions by leaflet. The second experiment was realized at the plant pathology laboratory of UDESC, where the Colletotrichum lindemuthianum incidence were evaluated in three different seed sanity tests, in wich two culture environment BDA (potato-dextrose-agar) and V8 (tomato juice) and a Blotter Test detection method, where the 200 seeds lots of each material evaluated were disposed in gerbox boxes containing the respective tests, in a repetition of a 50 seeds by box to each experiment proportion. On field evaluations, 7 BAF accesses showed themselves more promising in relation to the commercial cultivation tested, showing better resistance, in which BAF s 02, 10 and 14 first experiment year and BAF s 07, 45, 60 and 148, in second experiment year. In seed sanity tests, the V8 media showed the best seed pathogen detection method and 7 accesses showed a biggest seed anthracnose incidence, related to the tested commercial cultivation. In 2008/09 season, the cultivar SCS 202 Guará presented a bigger seed anthracnose incidence, differing significantly of all tested material. In 2009/10 season, the BAF 07 showed a bigger seed anthracnose incidence, followed by cultivar IPR Uirapuru and BAF s 02, 10, 45 and 60. It s concluded that there are inside BAF/UDESC promising material showing resistance to anthracnose disease and the C. lindemuthianum was detected with more sensibility in V8 media / Nas safras 2008/09 e 2009/10, foram avaliados 21 materiais de feijão, sendo que destes, quatro cultivares comerciais: Pérola, SCS 202 Guará, IPR Uirapuru e BRS supremo e 17 acessos do banco Ativo de Germoplasma de Feijão da Universidade do Estado de Santa Catarina (BAF/UDESC), Lages, SC. Foram conduzidos dois experimentos, sendo um deles na área experimental da UDESC, onde foram feitas avaliações de incidência de antracnose em plantas, analisando-se 10 plantas aleatoriamente, nas duas linhas centrais de cada parcela; incidência em folíolos, coletando-se dentro das duas linhas centrais de cada parcela, 50 folíolos de número de lesões por folíolos; contando número de lesões por folíolo. Um segundo experimento foi realizado no laboratório de fitopatologia da UDESC, onde se quantificou a incidência de colletotrichum lindemuthianum em três diferentes testes de sanidade de sementes, sendo dois meios de cultura organizados BDA (Batata-Dextrose-Ágar) e V8 (Suco de tomate) e o método de detecção Blotter Test. Foram plaqueadas 2º sementes de cada acesso em caixas de gerbox contendo os respectivos testes, sendo quatro repetições de 50 sementes. Nas avaliações de campo, sete acessos do BAF foram mais promissores em relação às cultivares comerciais testadas, no que diz respeito à maior resistência, sendo os BAF s 02, 10 e 14 em 2008/09 e os BAF s 07, 45, 60 e 148, em 2009/10. Nos testes de sanidade de sementes o meio V8 foi o melhor método de detecção do patógeno. Sete acessos mostraram maior incidência de C. lindemuthianum em sementes em relação às cultivares comerciais testadas. Na safra 2008/09 a cultivar SCS 202 Guará apresentou maior incidência do patógeno em sementes, diferindo significativamente de todos os materiais testados. Em 2009/10 o BAF 07 mostrou maior incidência do fungo em sementes, seguidos da cultivar IPR Uirapuru e dos BAF s 02, 10, 45 e 60. Conclui-se que existem no BAF/UDESC materiais promissores quanto à reação à antracnose e que o fungo C. lindemuthianum é detectado com maior sensibilidade em sementes de feijão no meio de cultura V8

Made available in DSpace on 2016-12-08T16:44:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGPV14MA170.pdf: 522011 bytes, checksum: 2173494e31fc21edd599369811f768f5 (MD5) Previous issue date: 2014-12-12 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O aumento na cadeia produtiva da maçã levou-nos a alguns problemas, pois a maturação dos frutos se encontra em um curto período de tempo. Como alternativa, utiliza-se inibidores da síntese (aminoetoxivinilglicina; AVG) e ação (1-metilciclopropeno; 1-MCP) do etileno, que possibilitam o escalonamento da colheita e reduzem a queda pré-colheita de maçãs. Porém, o AVG, segundo alguns estudos, tem ocasionado o aumento da suscetibilidade das folhas a Mancha de Glomerella (MFG). Portanto, este trabalho teve como objetivo verificar se há uma relação direta dos compostos AVG e 1-MCP sobre o desenvolvimento do patógeno causador da MFG; avaliar o efeito do tratamento pré-colheita com AVG e 1-MCP na suscetibilidade de macieiras Gala a MFG; e comparar a resposta da aplicação pré-colheita de AVG e 1-MCP em folhas de macieira Gala , na ocorrência de MFG e de doenças pós-colheita nos frutos. O estudo foi realizado em Vacaria-RS na safra 2013/2014. Nos experimentos in vitro, determinou-se as unidades formadoras de colônia (UFC) e o crescimento micelial com tratamentos de AVG e 1-MCP, ambos nas concentrações 0, 10, 30, 90 e 270 mg i.a L-1. Nos frutos, folhas destacadas e plântulas aplicou-se os compostos de AVG (125 mg i.a L-1) e 1-MCP (150 mg i.a L-1), dois dias antes e dois dias após a inoculação. Os frutos foram armazenados por 15 dias em câmara BOD a 22 ± 2 °C, e avaliados quanto ao número de lesões/fruto. As folhas destacadas e plântulas foram mantidas por 24 horas em câmara úmida após a inoculação, e avaliadas quanto à incidência e severidade da doença no sétimo dia após inoculação. Em mudas de macieira Gala , sobre porta-enxerto EM9, com um ano de idade, os tratamentos foram realizados dois dias antes da inoculação com o patógeno, sendo utilizado os compostos AVG e 1-MCP, ambos nas doses 125 e 250 mg i.a L-1. Avaliou-se a incidência e severidade de MFG aos 7, 9, 12, 14, 16 e 19 dias após inoculação. Para a avaliação do efeito do AVG e 1-MCP no campo, utilizou-se dois pomares, um de três anos de idade e outro de 15 anos de idade, sendo que a aplicação de ambos os compostos se deu em duas concentrações, 125 e 250 mg i.a L-1, realizadas em dois estádios fenológicos, sendo eles aos 28 e 7 dias antes da data prevista para a colheita. Avaliou-se a incidência e severidade da doença quinzenalmente, durante os meses de janeiro a maio de 2014. A utilização dos compostos AVG e 1-MCP não interferiram no desenvolvimento da colônia em condições in vitro. Nos frutos a utilização dos compostos inibidores da síntese/ação do etileno, proporcionou um aumento na incidência da doença, quando a aplicação antecedeu a inoculação. Houve uma maior incidência da MFG, quando a inoculação ocorre após a aplicação do AVG. O 1-MCP apresentou níveis menores de severidade de MFG em relação ao AVG. A utilização no pomar de AVG e 1-MCP na safra de 2013/2014 não provocou um aumento significativo na incidência e severidade de MFG, devido às condições climáticas não favoráveis para a ocorrência da doença

Orientador: Edson Luiz Furtado / Banca: Sarita Leonel / Banca: César Junior Bueno / Resumo: A família das anonáceas possui cerca de 40 gêneros e mais de 2.000 espécies, a maioria de regiões de clima tropical ou subtropical. Dessas, muitas possuem características importantes e são de interesse comercial, sendo que o consumo tem apresentado um franco crescimento. As anonáceas têm como característica o sabor adocicado pronunciado e perfume bem característico dos frutos, sendo seu uso voltado para o consumo in natura ou na forma de polpas processadas pela indústria. A antracnose, causada por Colletotrichum spp., tem se destacado como umas das principais doenças na cultura da atemóia (Annona cherimola x Annona squamosa), ocasionando danos em várias partes da planta e em frutos jovens, e também na pós-colheita, o que tem preocupado produtores da região devido a agressividade apresentada no campo. O presente trabalho teve como objetivo a identificação das espécies de Colletotrichum spp., de isolados do fungo coletados de atemóia da região de Botucatu, por meio de estudos de caracterização patogênica, cultural e morfológica. Para auxiliar, espécies de Colletotrichum, devidamente identificadas, foram obtidas e inclusas também nos estudos de caracterização. O teste de patogenicidade e a inoculação cruzada dos isolados em diferentes frutos foi efetuada utilizando-se discos de 5mm de diâmetro de BDA contendo micélio de Colletotrichum gloeosporioides, C. musae, C. acutatum e Colletotrichum spp. e procedendose com a utilização de diferentes frutas tropicais e subtropicais. Foram também realizadas a caracterização enzimática, onde avaliou-se a produção das enzimas proteases, celulases, amilases e lipases através da mensuração do diâmetro do halo formado em torno das colônias, comparou-se a morfologia das colônias e largura de conídios, sua forma e a presença ou não de microescleródios. Culturalmente estudou-se a coloração das colônias assim ...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Annonaceae family has approximately 40 genera and more than 2,000 species; most of which are from tropical and subtropical regions. Many of these plants are commercially important and have been increasingly consumed. They present highly sweet taste and their fruits have a typical aroma. The fruits are consumed in natura or as industrially processed pulps. Anthracnose, caused by Colletotrichum sp., has been one of the main diseases that affects atemoya (Annona cherimola x Annona squamosa) crop, leading to injuries in several plant parts, as well as in young and post-harvested fruits. This is a worrying fact for producers of Botucatu region due to the severity of this disease in the field. The present study aimed at identifying anthracnose causal agent through pathogenic and enzymatic assays, besides cultural and morphological characterization of isolates collected from Annonaceae plants in Botucatu region. In addition, fruit cross-infection potential of Colletotrichum gloeosporioides isolates, already identified, from different tropical and subtropical species was evaluated to help in this identification. Enzymatic characterization consisted of analyzing the production of proteases, cellulases, amylases and lipases. The diameter of the halos formed around the colonies was measured in order to compare colony morphology and conidium width, shape and presence or absence of microsclerotia. Colonies were assessed as to coloration, growth rate at different temperatures, and growth in medium supplemented with Benomyl fungicide. Isolates were collected in the producing region of Botucatu. For the pathogenicity test, crossed inoculation was carried out in different ...(Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Conselho Nacional de Desenvolvimento CientÃfico e TecnolÃgico / Colletotrichum gloeosporioides à um importante patÃgeno hemibiotrÃfico com uma ampla gama de hospedeiros que causa perdas substanciais de colheitas. Dados recentes mostraram que a resposta hipersensitiva (HR) à um evento envolvido na resistÃncia do feijÃo-de-corda (V.unguiculata) genÃtipo BR-3 contra C.gloeosporioides (isolado LPVD-1). VÃrios estudos tÃm sido realizados sobre os mecanismos de defesa de plantas a patÃgenos hemibiotrÃficos, mas em geral eles continuam a ser mal compreendidos. Anteriormente, comparamos mudanÃas na expressÃo de proteÃnas induzidas em genÃtipos resistentes de feijÃo-de-corda apÃs a infecÃÃo com C. gloeosporioides utilizando uma abordagem proteÃmica. Com base nesses resultados, no presente estudo, avaliamos as respostas de defesa induzidas por C.gloeosporioides em V.unguiculata associadas com a explosÃo oxidativa, o acÃmulo de espÃcies reativas de oxigÃnio (EROs), como o Ãnion superÃxido (O2â-), e o perÃxido de hidrogÃnio (H2O2), bem como a expressÃo de genes antioxidantes, utilizando anÃlise por RT-qPCR. Ao mesmo tempo foi analisada a cinÃtica de infecÃÃo de C.gloeosporioides por microscopia Ãptica (MO) e microscopia eletrÃnica de varredura (MEV). O aumento de O2â- e H2O2 foi detectado em feijÃo-de-corda, 2 horas apÃs a inoculaÃÃo (hai) utilizando coloraÃÃo por NBT e DAB, respectivamente. A quantificaÃÃo espectrofotomÃtrica demonstrou dois picos de produÃÃo de H2O2, 2 e 12 hai, mostrando uma cinÃtica bifÃsica. O aumento de H2O2 foi acompanhado por peroxidaÃÃo lipÃdica 2 e 48 hai. As anÃlises de MO e MEV mostraram que C.gloeosporioides foi capaz de gerar estruturas tais como tubos germinativos e apressÃrios e se desenvolver sob a superfÃcie das folhas. No entanto, apesar do desenvolvimento e tentativa de infecÃÃo, alteraÃÃes ultra-estruturais foram observadas na superfÃcie de conÃdios e hifas 8 hai levando a nÃo infecÃÃo de cÃlulas hospedeiras. AnÃlise por RT-qPCR demonstrou que os genes VuFeSODI e VuCuZnSODII apresentaram aumento de expressÃo 4 hai, enquanto que o gene VuCuZnSODI foi bem expresso 12 hai. Em relaÃÃo aos genes associados à regulaÃÃo de H2O2, VuPrxIIBCD mostrou uma forte aumento de transcristos em 2 hai enquanto que, VuAPXI mostrou aumento de expressÃo apenas 12 hai. VuCATI e VuCATII mostram aumento de expressÃo quantitativa dos transcritos 12 hai, indicando que eles sÃo associados a manutenÃÃo de H2O2 em peroxissomos. Contrariamente, a expressÃo dos transcritos de VuPrxIIE foi reprimida nas primeiras horas apÃs a inoculaÃÃo, contudo, apresentaram nÃveis aumentados de expressÃo em 48 hai, sugerindo participar na regulaÃÃo de H2O2 nos cloroplastos. O presente estudo indica que H2O2 tem um papel importante nas estratÃgias de defesa iniciais de feijÃo-de-corda, agindo contra C.gloeosporioides e funcionando como uma molÃcula sinalizadora. AlÃm disso, os genes associados com defesas antioxidantes estudados parecem estar envolvidos, em combinaÃÃo com outras molÃculas, na regulaÃÃo dos nÃveis de H2O2 para prevenir a morte celular e regular a homeostase redox, eventos importantes nos mecanismos de resistÃncia de plantas a patÃgenos. / Colletotrichum gloeosporioides is an important hemibiotrophic pathogen with a broad host range that causes substantial crop losses. Recent data have shown that the hypersensitive response (HR) is one event involved in the resistance of cowpea (V.unguiculata) genotype BR-3 against C.gloeosporioides (LPVD-1 isolate). Several studies have been undertaken on the defense mechanism of plant to hemibiotrophic pathogen, but overall they remain poorly understood. Previously, we have compared changes in protein expression induced in resistant cowpea genotype after infection with C.gloeosporioides using a proteomic approach. Based on these results, in the present study, we evaluated the defense responses induced by C.gloeosporioides in V.unguiculata associated with oxidative burst, accumulation of reactive oxygen species (ROS) such as superoxide anion (O2â-), hydrogen peroxide (H2O2) as well expression of antioxidant genes using RT-qPCR analysis. At the same time, we analyzed the C.gloeosporioides infection kinetics by optical microscopy (OM) and scanning electron microscopy (SEM). Increased O2â- and H2O2 was detected in cowpea 2 hours after inoculation (hai) using NBT and DAB staining, respectively. Spectrophotometric measurements showed two peaks H2O2 production, 2 and 12 hai, showing a biphasic kinetics. The increase of H2O2 was accompanied by lipid peroxidation 2 and 48 hai. OM and SEM analyzes showed that C.gloeosporioides was able to generate germ tubes and structures such as apressoria and develop under the surface of the leaves. However, despite of the development and attempt to infection, ultra-structural changes were observed on the surface of conidia and hyphae, 8 hai led to no infection of host cells. Analysis by RT-qPCR demonstrated that the genes VuFeSODI and VuCuZnSODII are up- regulated in chloroplasts at 4 hai, while the gene VuCuZnSODI was well up-regulated 12 hai. In relation to genes associated to scavenging of H2O2, VuPrxIIBCD showed a strong up-regulated of transcript at 2 hai while that VuAPXI showed up-regulated only 12 hai. VuCATI and VuCATII showed that the quantitative level of transcript expression was up- regulated 12 hai, indicating that they are important in the maintenance of H2O2 in peroxisomes. Contrarily, VuPrxIIE transcript was down-regulated in the early hours after inoculation, but showed increased expression levels at 48 hai suggesting participate in the regulation of H2O2 in chloroplasts. The present study indicates that H2O2 has an important role in the initial defense strategies of cowpea acting against C.gloeosporioides and functioning as a signaling molecule. Furthermore, genes associated with antioxidant defenses studied here seem to be involved, in combination with other molecules, in the regulation of H2O2 levels toward preventing cell death and regulating the cell redox homeostasis, important events in the resistance mechanisms of plants to pathogens.

A viabilidade econômica da produção de etanol de segunda geração (2G) depende do desenvolvimento de tecnologias eficientes e baratas para a hidrólise da biomassa lignocelulósica. Em particular, o grande consumo de água nas plantas de processamento de biomassa pode inviabilizar o processo. As xilanases são enzimas chave na hidrólise enzimática da xilana para a produção de etanol 2G e atualmente é grande o interesse na identificação de xilanases tolerantes a altas concentrações salinas, bem como aos subprodutos de etapas de pré-tratamento da biomassa, o que permitiria reduzir o volume de água empregado em etapas de lavagem e/ou a substituição da água doce pela água do mar. Neste contexto, os objetivos deste trabalho foram a purificação e caracterização bioquímica e cinética de uma endo-xilanase halotolerante e termoestável produzida por uma linhagem de C. graminicola isolada da floresta Amazônica (Brasil). A enzima pura (Excg1) apresentou massa molecular aparente de 20,0 ± 2,4 kDa em SDS-PAGE e 17,3 ± 1,9 kDa por filtração em gel, sugerindo que a enzima nativa é monomérica. O teor de carboidratos totais de Excg1 foi de 97,0 ± 3,7 % (m/m) e o seu ponto isoelétrico correspondeu a 9,200 ± 0,018. A enzima manteve cerca de 85% da atividade controle na presença de NaCl 0,5 mol/L. Em ausência e presença de NaCl em concentração 0,5 mol/L a temperatura e o pH ótimos de atividade de Excg1 foram 65 ºC e 5,5, respectivamente, enquanto na presença de NaCl 2,5 mol/L o pH ótimo foi alterado para 6,0. Excg1 mostrou-se bastante termoestável a 50ºC, com tempo de meia-vida de 48 h na ausência do substrato. Já na presença de NaCl 2,5 mol/L a termoestabilidade foi substancialmente maior, com atividade residual de 75% após o mesmo intervalo de tempo. Excg1 apresentou excelente estabilidade na faixa de pH de 3,0-10,0 na ausência de sal, mantendo-se também completamente estável entre pH 4,0 e 10,0 na presença de NaCl em concentração 0,5 e 2,5 mol/L. Os parâmetros cinéticos determinados para a hidrólise de xilana Beechwood por Excg1 na ausência de NaCl foram Vmax= 481,3 ± 34,0 U/mg e KM= 3,7 ± 0,3 mg/mL, resultando em eficiência catalítica (kcat/KM) de 36,9 mL/s.mg. Parâmetros muito similares foram determinados na presença de NaCl 0,5 mol/L, porém em presença do sal em concentração 2,5 mol/L ocorreu diminuição da afinidade aparente pelo substrato e redução da velocidade máxima, resultando em eficiência catalítica 2,3 vezes menor. Já a hidrólise de xilana Birchwood em ausência de sal ocorreu com constante de afinidade aparente similar e eficiência catalítica cerca de 18% maior, se comparada à hidrolise de xilana Beechwood na mesma condição. Excg1 foi tolerante a K+, Na+, Pb2+, Ni2+, Zn2+, Mn2+, Mg2+, Co2+, Ca2+ e Sr2+ em concentração 10 mmol/L, além de Cu2+, Al3+, Cr3+ e Fe3+ em concentração 1 mmol/L. Além disso, Excg1 foi tolerante a diferentes solventes orgânicos e a acetato. A análise dos produtos de hidrólise de xilana Beechwood por Excg1 revelou que os produtos principais formados foram xilobiose e xilotriose com uma ramificação de ácido 4-O-metilglucurônico. A presença de NaCl 0,5 mol/L não afetou este padrão de hidrólise e a enzima mostrou também boa tolerância aos produtos de hidrólise. Em conjunto, as propriedades de Excg1 sugeriram bom potencial de aplicação na sacarificação da biomassa lignocelulósica, particularmente em condições de salinidade elevada e/ou em presença de resíduos de etapas de pré-tratamento, o que é potencialmente interessante para viabilizar economicamente processos de produção de etanol 2G. / The economic viability of the production of second-generation (2G) ethanol depends on the development of efficient and inexpensive technologies for the hydrolysis of lignocellulosic biomass. In particular, the large consumption of water in the biomass processing plants can make the process unfeasible. The xylanases are key enzymes in the enzymatic hydrolysis of xylan aiming the production of 2G ethanol and there is currently great interest in identifying xylanases tolerant to high salt concentrations and to the byproducts from biomass pretreatment steps, allowing the reduction of the volume of water used in washing steps and/or the replacement of fresh water by sea water. In this context, the objectives of this work were the purification and the biochemical and kinetic characterization of a salt-tolerant and thermostable endoxylanase produced by a strain of C. graminicola isolated from the Amazon forest (Brazil). The pure enzyme (Excg1) showed apparent molecular mass of 20.0 ± 2.4 kDa by SDS-PAGE and 17.3 ± 1.9 kDa by gel filtration, suggesting that the native enzyme is monomeric. The total carbohydrate content of Excg1 was 97.0 ± 3.7% (m/m) and its isoelectric point corresponded to 9.200 ± 0.018. The enzyme retained approximately 85% of control activity in the presence of 0.5 mol.L-1 NaCl. In the absence and presence of NaCl at 0.5 mol.L-1 concentration, the optimum reaction temperature and pH of Excg1 were 65 ° C and 5.5, respectively, while in the presence of 2.5 mol.L-1 NaCl the optimum pH was altered to 6.0. Excg1 was highly thermostable at 50 °C, with a half-life of 48 h in the absence of substrate. In the presence of 2.5 mol.L-1 NaCl the thermal stability was greatly increased, and a residual activity of 75% was determined after 48 h at 50 ºC. Excg1 showed excellent stability in the pH range from 3.0 to 10.0 in the absence of salt, and was likewise completely stable at pH 4.0-10.0 in the presence of NaCl at the concentrations 0.5 mol.L-1 and 2.5 mol.L-1. The kinetic parameters for the hydrolysis of Beechwood xylan by Excg1 in the absence of salt were Vmax = 481.3 ± 34.0 U.mg-1 and KM = 3.7 ± 0.3 mg.mL-1, with a catalytic efficiency (kcat/KM) of 36.9 mL.s-1.mg-1. Similar parameters were determined in the presence of 0.5 mol.L-1 NaCl, while in the presence of a higher salt concentration (2.5 mol.L-1) decreases in the apparent affinity for the substrate and in the maximum velocity were observed, resulting in a catalytic efficiency 2.3 fold lower. In comparison with Beechwood xylan, the hydrolysis of Birchwood xylan in the absence of salt occurred with similar apparent affinity and catalytic efficiency about 18% greater. Excg1 was tolerant to 10 mmol.L-1 K+, Na+, Pb2+, Ni2+, Zn2+, Mn2+, Mg2+, Co2+, Ca2+ or Sr2+, and also to Cu2+, Al3+, Cr3+ e Fe3+ at 1 mmol.L-1 concentration. Furthermore, the enzyme was tolerant to various organic solvents and acetate. The analysis of Beechwood xylan hydrolysis products by Excg1 revealed that the main products were xylobiose and xylotriose with a 4-O-methylglucuronic acid branch. The presence of 0.5 mol.L-1 NaCl has not affected the hydrolysis pattern and the enzyme showed good tolerance to the hydrolysis products. Altogether, the properties of Excg1 suggested good potential for the saccharification of lignocellulosic biomass, particularly under high salinity conditions and/or in the presence of residues of pre-treatment steps, which is potentially interesting for the economically viable production of 2G ethanol.

O Brasil tem uma posição de destaque mundial na produção de frutas e alguns grãos, os quais são comercializados in natura ou na forma de produtos processados. O processamento têm várias vantagens, porém gera grandes quantidades de resíduos, os quais têm sido aproveitados para a alimentação animal e geração de energia. Entretanto, muito tem sido relatado sobre o potencial bioativo desses materiais, dentre eles a ação fungitóxica de alguns de seus compostos sobre fungos fitopatogênicos. Assim, o objetivo desse trabalho foi avaliar o potencial de extratos de resíduos agroindustriais de abacate, uva, café, manga, abacaxi, maracujá e caju na inibição do crescimento micelial in vitro dos fungos Fusarium pallidoroseum, Colletotrichum dematium, Rhizoctonia solani e Phomopsis sp., bem como a composição química do resíduo mais promissor. Os resíduos foram liofilizados, moídos e submetidos a extração com etanol 80% (etanol:água; 8:2, v/v) em banho de ultrassom (extrato denominado bruto ou EB). O EB também foi tratado com a resina Amberlite XAD-2, visando à eliminação de açúcares e interferentes, dando assim origem ao extrato semi-purificado (EP). Os extratos que apresentaram alto rendimento foram avaliados quanto à atividade antifúngica in vitro e teor de compostos fenólicos totais. A amostra que apresentou os melhores índices de inibição foi selecionada para dar continuidade ao estudo, sendo a mesma fracionada em coluna de gel Sephadex LH-20. Os extratos e as frações ativas, detectadas pelo ensaio de bioautografia, foram analisadas quanto a composição química pelas técnicas de HPLC e GC/MS. Na análise de fenólicos totais os maiores teores encontrados foram para a casca de abacate, enquanto que para o ensaio de inibição de crescimento micelial in vitro o melhor resultado foi para a semente de abacate, tanto para o EB quanto para o EP. Desta maneira, a semente de abacate foi selecionada para as etapas posteriores. Para o fracionamento em gel Sephadex LH-20 foi eleito o EP para F. pallidoroseum enquanto que para os demais fungos foi eleito o EB. No fracionamento do EP obtiveram-se 13 frações, sendo que as frações 3 e 4 foram ativas, enquanto que no do EB obtiveram-se nove, sendo as frações 3, 4 e 5 ativas. Pela técnica de HPLC foram detectados em comum nas frações 3, 4 e 5 do EB dois compostos majoritários, e nas frações 3 e 4 do EP, sete compostos, os quais não puderam ser identificados pelos padrões comerciais disponíveis. Já pela técnica de GC/MS foi possível a identificação de quatro compostos em comum nas frações ativas do EB e de 11 nas frações do EP. Dentre os compostos presentes nas frações ativas, foram identificados ácidos graxos, os quais têm sido reconhecidos por apresentarem ação antifúngica. Assim, pode-se concluir que os resíduos agroindustriais estudados são fontes de compostos com atividade antifúngica, podendo assim ser uma alternativa para o controle de fungos fitopatogênicos à cultura da soja / Brazil holds an important position in the world production of fruit and some grains, which are commercialized in natura or in processed products. The processing has several advantages, but generates large amounts of by-products which have been used for animal feed and power generation. However, bioactive potential of these materials have been reported, including the fungitoxic effect. The goal of this study was to evaluate the potential of agro-industrial by-products extracts of avocado, grape, coffee, mango, pineapple, passion fruit and cashew to inhibit in vitro mycelial growth of fungi Fusarium pallidoroseum, Colletotrichum dematium, Rhizoctonia solani and Phomopsis sp. as well as the chemical composition of the most promising by-products. The by-products were freeze-dried, milled and the extraction was done with ethanol 80% (ethanol:water, 8:2, v/v) in an ultrasound bath (called crude extract or CE). The CE was also treated with Amberlite XAD-2 to eliminate sugars and interfering compounds so that the semi-purified extract (PE) could be obtained. Extracts with high yield were evaluated to in vitro antifungal activity and phenolic compounds content. Samples with the best inhibition rates were selected to continue this study, and it was fractioned on gel Sephadex LH-20. The extracts and the active fractions, detected by bioautography, were analyzed by HPLC and GC/MS. The highest phenolic content was found in the avocado peel, meanwhile for the mycelial growth inhibition in vitro, the best result was found in the avocado seeds for both extracts (CE and PE). Thus, avocado seed was selected for subsequent steps. For fractionation on Sephadex LH-20 gel, PE was chosen for F. pallidoroseum and CE for the other fungi. For PE, 13 fractions were obtained in which fractions 3 and 4 were active. For CE, 9 fractions were obtained and the actives were 3, 4 and 5. In CE, HPLC technique detected two major compounds in common in fractions 3, 4 and 5. In PE, seven major compounds were detected in fractions 3 and 4, which could not be identified by commercial available standards. By the GC/MS technique was possible to identify four compounds in common in the active CE fractions and 11 in PE. Among the compounds presented in the active fractions, fatty acids were identified. It has been reported that antifungal action has been found in these compounds. Therefore, the studied agroindustrial by-products are sources of compounds with antifungal activity and they can be used as an alternative to control phytopathogenic fungi on soybean

L'anthracnose constitue pour plusieurs productions végétales une maladie importante qui engendre des pertes post récoltes considérables. Colletotrichum musae est le responsable de cette maladie chez la banane dessert. L'utilisation d'antimicrobiens naturels comme le système lactoperoxydase (LPS) représente une voie naturelle de lutte intéressante contre l'anthracnose. Dans cette étude, nous avons amélioré le LPS en ajoutant de l'iode dans le système existant ou en substituant le thiocyanate par de l'iode. La substitution du thiocyanate à l'iode a permis d'avoir un effet fongicide du LPS. De plus, d'autres substances comme la lactoferrine, le Bioxeda® et l'huile de Neem ont été étudiées pour leur effet antifongique. Les deux dernières substances ont donné une inhibition supérieure respectivement à 90% et à 40%., tandis qu'il n'y a eu aucun effet de la lactoferrine / Postharvest diseases are a major concern for several plant products, leading to considerable postharvest losses. Colletotrichum musae is responsible for anthracnose and is also involved in crown rot, the two main postharvest diseases of bananas. The use of natural anti-microbial agents such as the lactoperoxidase system (LPS) represents an interesting alternative to the use of fungicides for the control of postharvest diseases of bananas. This study consisted on optimization of the LPS by adding iodide or substituting the thiocyanate by iodide. Moreover, other substances like lactoferrin, Bioxeda® and Neem oil were analyzed for their antifungal effect. The last two compounds gave an inhibition higher than 90% and 40% respectively. No effect of lactoferrin was observed

O Brasil tem uma posição de destaque mundial na produção de frutas e alguns grãos, os quais são comercializados in natura ou na forma de produtos processados. O processamento têm várias vantagens, porém gera grandes quantidades de resíduos, os quais têm sido aproveitados para a alimentação animal e geração de energia. Entretanto, muito tem sido relatado sobre o potencial bioativo desses materiais, dentre eles a ação fungitóxica de alguns de seus compostos sobre fungos fitopatogênicos. Assim, o objetivo desse trabalho foi avaliar o potencial de extratos de resíduos agroindustriais de abacate, uva, café, manga, abacaxi, maracujá e caju na inibição do crescimento micelial in vitro dos fungos Fusarium pallidoroseum, Colletotrichum dematium, Rhizoctonia solani e Phomopsis sp., bem como a composição química do resíduo mais promissor. Os resíduos foram liofilizados, moídos e submetidos a extração com etanol 80% (etanol:água; 8:2, v/v) em banho de ultrassom (extrato denominado bruto ou EB). O EB também foi tratado com a resina Amberlite XAD-2, visando à eliminação de açúcares e interferentes, dando assim origem ao extrato semi-purificado (EP). Os extratos que apresentaram alto rendimento foram avaliados quanto à atividade antifúngica in vitro e teor de compostos fenólicos totais. A amostra que apresentou os melhores índices de inibição foi selecionada para dar continuidade ao estudo, sendo a mesma fracionada em coluna de gel Sephadex LH-20. Os extratos e as frações ativas, detectadas pelo ensaio de bioautografia, foram analisadas quanto a composição química pelas técnicas de HPLC e GC/MS. Na análise de fenólicos totais os maiores teores encontrados foram para a casca de abacate, enquanto que para o ensaio de inibição de crescimento micelial in vitro o melhor resultado foi para a semente de abacate, tanto para o EB quanto para o EP. Desta maneira, a semente de abacate foi selecionada para as etapas posteriores. Para o fracionamento em gel Sephadex LH-20 foi eleito o EP para F. pallidoroseum enquanto que para os demais fungos foi eleito o EB. No fracionamento do EP obtiveram-se 13 frações, sendo que as frações 3 e 4 foram ativas, enquanto que no do EB obtiveram-se nove, sendo as frações 3, 4 e 5 ativas. Pela técnica de HPLC foram detectados em comum nas frações 3, 4 e 5 do EB dois compostos majoritários, e nas frações 3 e 4 do EP, sete compostos, os quais não puderam ser identificados pelos padrões comerciais disponíveis. Já pela técnica de GC/MS foi possível a identificação de quatro compostos em comum nas frações ativas do EB e de 11 nas frações do EP. Dentre os compostos presentes nas frações ativas, foram identificados ácidos graxos, os quais têm sido reconhecidos por apresentarem ação antifúngica. Assim, pode-se concluir que os resíduos agroindustriais estudados são fontes de compostos com atividade antifúngica, podendo assim ser uma alternativa para o controle de fungos fitopatogênicos à cultura da soja / Brazil holds an important position in the world production of fruit and some grains, which are commercialized in natura or in processed products. The processing has several advantages, but generates large amounts of by-products which have been used for animal feed and power generation. However, bioactive potential of these materials have been reported, including the fungitoxic effect. The goal of this study was to evaluate the potential of agro-industrial by-products extracts of avocado, grape, coffee, mango, pineapple, passion fruit and cashew to inhibit in vitro mycelial growth of fungi Fusarium pallidoroseum, Colletotrichum dematium, Rhizoctonia solani and Phomopsis sp. as well as the chemical composition of the most promising by-products. The by-products were freeze-dried, milled and the extraction was done with ethanol 80% (ethanol:water, 8:2, v/v) in an ultrasound bath (called crude extract or CE). The CE was also treated with Amberlite XAD-2 to eliminate sugars and interfering compounds so that the semi-purified extract (PE) could be obtained. Extracts with high yield were evaluated to in vitro antifungal activity and phenolic compounds content. Samples with the best inhibition rates were selected to continue this study, and it was fractioned on gel Sephadex LH-20. The extracts and the active fractions, detected by bioautography, were analyzed by HPLC and GC/MS. The highest phenolic content was found in the avocado peel, meanwhile for the mycelial growth inhibition in vitro, the best result was found in the avocado seeds for both extracts (CE and PE). Thus, avocado seed was selected for subsequent steps. For fractionation on Sephadex LH-20 gel, PE was chosen for F. pallidoroseum and CE for the other fungi. For PE, 13 fractions were obtained in which fractions 3 and 4 were active. For CE, 9 fractions were obtained and the actives were 3, 4 and 5. In CE, HPLC technique detected two major compounds in common in fractions 3, 4 and 5. In PE, seven major compounds were detected in fractions 3 and 4, which could not be identified by commercial available standards. By the GC/MS technique was possible to identify four compounds in common in the active CE fractions and 11 in PE. Among the compounds presented in the active fractions, fatty acids were identified. It has been reported that antifungal action has been found in these compounds. Therefore, the studied agroindustrial by-products are sources of compounds with antifungal activity and they can be used as an alternative to control phytopathogenic fungi on soybean

Les espèces du genre Colletotrichum sont majoritairement des agents pathogènes de nombreuses plantes et provoquent des dégâts importants aux cultures partout dans le monde. Colletotrichum higginsianum est un champignon phytopathogène hémibiotrophe capable d’infecter de nombreuses Brassicaceae dont la plante modèle Arabidopsis thaliana. L’intérêt du pathosystème C. higginsianum – A. thaliana réside dans la possibilité de manipuler génétiquement les deux partenaires. Par ailleurs, la disponibilité de très nombreuses lignées transgéniques et d’outils génétiques aide à disséquer les mécanismes de résistance et de sensibilité de la plante. Nous avons re-séquencé (technologie PacBio) le génome de C. higginsianum afin d’obtenir les séquences complètes des 12 chromosomes. L’analyse détaillée de cette seconde version du génome a permis de mettre en évidence l’un des plus grands arsenaux fongiques de gènes du MS et de résoudre les problèmes de fragmentation de la première version du génome. Afin d’identifier les métabolites secondaires que C. higginsianum produit au cours de l’infection de la plante, nous avons supprimé des répresseurs du MS qui modifient l’état de la chromatine (Kmt1, Kmt6, Hep1, CclA) et sur-exprimé des inducteurs du MS (LaeA, Sge1) décrits chez d’autres mycètes. Grâce à des analyses de transcriptomique (RNA-Seq), des gènes du MS différentiellement exprimés dans ces mutants ont pu être identifiés. Ensuite, par des analyses de chimie analytique nous avons pu identifier et caractériser deux familles de métabolites secondaires. Enfin, nous avons mis en évidence des activités inédites pour ces deux familles de composés. Ces résultats ouvrent de nouvelles perspectives pour aborder le déterminisme du pouvoir pathogène de C. higginsianum. / Colletotrichum spp. are major plant pathogens of numerous crops worldwide. Colletotrichum higginsianum uses a hemibiotrophic lifestyle to infect many members of the Brassicaceae including the model plant Arabidopsis thaliana. The C. higginsianum – A. thaliana pathosystem facilitates dissection of the mechanisms of plant resistance and susceptibility and the traits underlying fungal pathogenicity. Both partners can be genetically manipulated and powerful genetic tools and transgenic lines are available on the plant side. With a view to obtain a more complete inventory of C. higginsianum secondary metabolism (SM) genes, we re-sequenced the genome de novo using PacBio technology, providing 12 complete chromosome sequences. The in-depth analysis of this second version of the genome revealed one of the largest SM repertoires described to date for any ascomycete and solved numerous fragmentation problems in the first genome assembly. In order to identify secondary metabolites produced by C. higginsianum during plant infection, we deleted negative SM regulators that modify chromatin status (Kmt1, Kmt6, Hep1, CclA), and over-expressed positive SM regulators (LaeA, Sge1), all of which were well-described in other fungi. Using transcriptomics (RNASeq), we identified SM genes differentially expressed in these mutants. Using metabolite profiling, we also identified and characterised two families of secondary metabolites. Finally we describe novel biological activities for these compound families. These results provide new insights into the molecular basis of pathogenicity in C. higginsianum.

A migração da citricultura paulista das regiões norte e central para a região sudoeste, tem submetido a cultura à clima mais chuvoso e, consequentemente, à maior ocorrência da podridão floral dos citros (PFC). A PFC, cujo agente causal é C. acutatum, induz a abscisão de frutos jovens e pode causar perdas de 100%. Alguns componentes do monociclo dessa doença ainda encontram-se indefinidos. Os processos de sobrevivência e colonização têm sido sustentados por evidências oriundas de experimentos não conclusivos. Até o momento, os métodos de detecção não têm sido eficazes para detectar o patógeno em folhas assintomáticas de citros, além de não serem capazes de quantificá-lo. Diante dessas lacunas, esse trabalho buscou avaliar o período de sobrevivência do patógeno na superfície de folhas assintomáticas entre as floradas; verificar se o patógeno coloniza os tecidos das folhas de citros; estabelecer um método sensível para detecção e quantificação de C. acutatum e C. gloeosporioides na superfície foliar e; monitorar quantitativamente os patógenos em campos de produção de citros no Estado de São Paulo. A sobrevivência do patógeno foi avaliada em condições controladas, casa de vegetação e condições ambientais. Foi notado que o patógeno sobreviveu até sete meses em condições controladas, até dez meses em casa de vegetação e até seis meses sob condições ambientais. Chuvas regulares associadas ao molhamento foliar prolongado, auxiliaram na manutenção e sobrevivência do inóculo na superfície foliar. O processo de colonização do patógeno foi investigado por microscopia de luz, transmissão e confocal. Não foi observada colonização do patógeno em tecidos foliares. O peg de penetração proveniente dos apressórios penetrou a cutícula e ficou restrito numa camada péctica, acima da parede periclinal da epiderme. Diferentes métodos foram avaliados para a detecção e quantificação de C. acutatum e C. gloeosporioides em folhas de citros. Foi desenvolvida uma PCR em tempo real (qPCR) e uma PCR multiplex em tempo real (qPCR multiplex), ambas específicas e altamente sensíveis à detecção dos patógenos. O DNA da planta não influenciou na amplificação da qPCR. As qPCR foram muito mais sensíveis que a PCR convencional e Nested-PCR. Distintos métodos para processamento das amostras e para obtenção do DNA foram avaliados. O método do congelamento e a maceração do tecido foliar, foram os mais eficazes para o processamento da amostras e, a extração do DNA (CTAB ou Qiagen) foi melhor método de obtenção do DNA para quantificação dos patógenos. O spot e extração do DNA foram validados para a detecção dos patógenos tanto para a qPCR quanto para a qPCR multiplex. O monitoramento dos patógenos foi realizado em áreas localizadas em duas distintas regiões do Estado de São Paulo. Foi notado considerável aumento na quantidade de inóculo quando ocorreram chuvas regulares, com muitos dias com chuvas. O inóculo se concentrou no interior da copa em épocas com baixo volume de chuvas. A quantidade de inóculo de C. acutatum na área localizada em Santa Cruz do Rio Pardo foi consideravelmente maior que na área de Barretos e ambas apresentaram quantidades similares de C. gloeosporioides. / The migration of the citrus culture in São Paulo State from the northern and central regions to the south-western region submitted the culture to a wetter climate and, consequently, a higher incidence of postbloom fruit drop (PFD). PFD, whose causal agents are C. acutatum and C. gloeosporioides, induces the abscission of young fruits and can causes loss of 100% of the culture. Some monocycle components of this disease are still undetermined. The survival and colonization processes are supported by evidences from inconclusive experiments. To date, the detection methods have not been effective in detecting and quantifying the pathogen in asymptomatic citrus leaves. This study aimed to assess the survival period of C. acutatum on the surface of asymptomatic leaves between the flowering seasons, to verify whether the pathogen colonizes the tissues of citrus leaves of citrus, to establish a sensitive method for detection and quantification of C. acutatum and C. gloeosporioides on leaves surface and to monitor quantitatively the pathogens in citrus orchards in the State of São Paulo in Brazil. The survival of the pathogen was evaluated under controlled conditions, in a greenhouse and in environmental conditions. The pathogen survived for seven months under controlled conditions, ten months in a greenhouse and six months under environmental conditions. Regular rainfall associated with the prolonged leaf wetness favored the maintenance and survival of the inoculum on the leaf surface. The colonization process of the pathogen was investigated by light, confocal and transmission microscopy. Pathogen colonization was not observed on leaf tissues. The penetration peg from appressoria penetrated the cuticle and was restricted in a pectic layer on the periclinal epidermal wall. Different methods were evaluated for the detection and quantification of C. acutatum and C. gloeosporioides on leaves of citrus plants. It was developed a realtime PCR (qPCR) and a real-time multiplex PCR (qPCR multiplex), both specific and highly sensitive in the detection of pathogens. The plant DNA did not influence the qPCR amplification. The qPCRs were much more sensitive than the conventional PCR and Nested-PCR. Different methods for sample processing and for DNA extraction were evaluated. The freezing and maceration methods of foliar tissue were the most effective for sample processing and the DNA extraction (CTAB or Qiagen) was best method for extracting the DNA for pathogen quantification. The Spot and DNA extraction were validated for the detection of pathogens for both qPCR and multiplex qPCR. The monitoring of pathogens was carried out in two separate regions of the State of São Paulo in Brazil. It was observed a considerable increase in the number of inoculum when regular rainfall occurred, with many rainy days. The inoculum was concentrated within the tree canopy in seasons with low volume of rainfall. The number of inoculum of C. acutatum the at region of Santa Cruz do Rio Pardo was considerably higher than in the region of Barretos and both showed similar amounts of C. gloeosporioides.