Made available in DSpace on 2011-03-23T21:19:43Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / Item created via OAI harvest from source: http://www.bdtd.ufpa.br/tde_oai/oai2.php on 2011-03-23T21:19:43Z (GMT). Item's OAI Record identifier: oai:bdtd.ufpa.br:342 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / this paper reports an experiment training to verify the function of simple simultaneous discrimination training with pairs of stimuli on identity match-to-sample performance with the same stimuli. An infant capuchin monkey with experience with identity match-to-sample served as subject. It was investigated how much training with a Repeated Shift of Simple Discrimination (RSSD) procedure would facilitate performance in match-to-sample with the same stimuli. Response ratio to advance the procedure and duration of the intertrial interval (ITI) were manipulated, and discriminative training for all possible pairs of a four-stimulus set was undergone. Identity match-to-sample with set A was used as baseline. Set B was trained in simple discrimination and tested in identity matching-to-sample. Test trials were interspersed among baseline trials. Correct responses were followed by a grape-flavor sugar pellet of 45 mg, and started the ITI. Incorrect responses ended the trial and started the ITI. Results shows variable performances on identity tests and RSSD, indicating small contribution of RSSD to IDMTS when to choices are used in both. Discuss about wrong patterns on identity test yelded by contraditory Stimulus Topography Control selectioned by RSSD procedure. / Foi investigado como o treino de Reversões Repetidas de Discriminações Simples (RRDS) poderia facilitar a aquisição do desempenho de pareamento ao modelo por identidade (IDMTS). Utilizou-se um macaco-prego macho, com pouco mais de um ano de idade, com treino prévio de pareamento ao modelo por identidade. Foram utilizados dois conjuntos: A com quatro e B com cinco estímulos. A tarefa de IDMTS com atraso zero e com quatro escolhas com o Conjunto A foi usada como linha de base, utilizando razão três nas respostas de toque. Foi feito treino de RRDS com cada um dos pares possíveis do conjunto B. Depois das RRDS, testou-se o par em tentativas de pareamento ao modelo misturadas à linha de base. O desempenho na discriminação simples entre os pares de estímulos do conjunto B variou quanto ao número de sessões para atingir o critério de seis corretas em um máximo de 12 tentativas. No IDMTS com cada par do conjunto B, o critério foi atingido em 9 sessões na primeira etapa e 12 sessões na segunda etapa. Porém, houve erros nas tentativas de IDMTS na primeira fase da terceira etapa, quando os estímulos do conjunto B compuseram tentativas com quatro escolhas. O aumento de acertos no IDMTS nas tentativas do conjunto B ocorreu com a substituição de um dos estímulos, mostrando problemas de discriminabilidade entre o estímulo eliminado e os demais. Discute-se um possível conflito entre as topografias de controle selecionadas pelas RRDS.

A tuberculose é uma doença infectocontagiosa causada por bactérias do complexo Mycobacterium tuberculosis (MTBC) que afeta humanos e/ou animais. Membros desse complexo evoluíram clonalmente e possuem grande similaridade genômica, diferenciando-se por polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) e regiões de diferença (RDs). Dentre os patógenos da tuberculose em animais, Mycobacterium bovis, causador da tuberculose bovina, é o membro do MTBC de maior importância global. Desta maneira, o presente estudo tem por objetivo o sequenciamento, a anotação e a análise da estirpe brasileira SP38 de M. bovis, seguido da genômica comparativa desse com outros genomas de M. bovis depositados no GenBank. Mycobacterium bovis SP38 apresenta um genoma tradicional de micobactéria tuberculosa, sendo esse único, circular com 4.347.646 pb, alto conteúdo de GC (65,6%) e 4.216 genes, incluindo 154 pseudogenes, 3 genes de rRNA (RNA ribossomal), 45 de tRNA (RNA transportador), 2 de ncRNA (RNA não codificante), 1 tmRNA (RNA transferência-mensageiro) e 4.011 sequências de DNA codificante (CDSs) (NZ_CP015773.1). Dentre as CDSs, a maioria (2.805 - 69,93%) foi anotado com função e 1.206 (30,07%) como hipotéticos. Para a genômica comparativa, os 31 genomas completos ou em drafts de M. bovis depositados no GenBank, 32 genomas de Mycobacterium bovis BCG e 23 genomas de Mycobacterium tuberculosis foram selecionados. Análises in silico dos padrões de RD resultaram na exclusão de três genomas anotados equivocadamente como M. bovis virulentos. A análise de genes ortólogos sugere que M. bovis está sob processo de decay genômico. A quantificação de sítios polimórficos indica uma maior variabilidade genética em números totais (8.335 em M. tuberculosis, 3.448 em M. bovis virulentos, e 1.088 em M. bovis BCGs) e comparações par-a-par (p ≤0,05) de M. tuberculosis em relação a M. bovis virulentos e BCGs, indicando uma maior pressão evolutiva sob M. tuberculosis, contrastando com o fato de que M. bovis é capaz de infectar um maior número de espécies hospedeiras que M. tuberculosis. A maioria desses sítios polimórficos estão localizados em CDSs hipotéticos (31,7% - 51,3%), sendo associados a família gênica PE/PPE, e apresentam uma proporção de mutações não sinônimas crescentes pela ordem M. bovis BCG, M. bovis virulentos e M. tuberculosis (48,90%, 51,92% e 59,52%, respectivamente). Essa menor proporção de mutações não sinônimas e a categorização funcional dissimilar entre CDSs contendo sítios polimórficos, indica que M. bovis BCG está sujeito a diferentes pressões seletivas quando comparado a M. bovis virulentos e M. tuberculosis. Por fim, a análise filogenética baseada em sítios polimórficos indica agrupamentos filogenéticos de M. bovis suportados pela classificação dos Complexos Clonais (CCs) e não por hospedeiros de origem dos isolados, confirmando que sítios polimórficos podem ser utilizados para classificação filogenética de linhagens genéticas desta espécie bacteriana. Além do mais, 2/28 (7,14%) genomas de M. bovis não puderam ser classificados nos CCs atualmente descritos, sugerindo a existência de complexos ainda não determinados. Este estudo representa o primeiro genoma de uma estirpe nacional de M. bovis a ser completamente sequenciado e a primeira análise de genômica comparativa de genomas desta espécie bacteriana. / Tuberculosis is an infectious disease caused by bacteria of the Mycobacterium tuberculosisComplex (MTBC) that affects human beings and/or animals. Members of this complex clonally evolved and have high genomic similarity, differentiated by single nucleotide polymorphisms (SNPs) and regions of difference (RDs). Among the animal tuberculosis pathogens, Mycobacterium bovis, the causative agent of bovine tuberculosis, is the MTBC member of greatest global importance. Therefore, the aim of the present study is to sequence, assemble and annotate the genome of the Brazilian strain SP38 of M. bovis, followed by the comparative genomics with other M. bovis genomes available in GenBank. Mycobacterium bovis SP38 has a traditional mycobacteria genome. It has a single and circular chromosome with 4,347,646 bp, high GC content (65.6%), and 4,216 genes, including 154 pseudogenes, 3 rRNA genes (ribosomal RNA), 45 tRNA (transfer RNA), 2 ncRNA (non-coding RNA), 1 tmRNA (transfer-messenger RNA), and 4,011 coding DNA sequences (CDSs) (NZ_CP015773.1). The majority of CDSs (2,805 - 69,93%) was annotated with function and 1,206 (30,07%) are hypothetical. For the comparative genomics analyses, the 31 genomes (complete and drafts) of M. bovis available in GenBank, 32 Mycobacterium bovis BCG and, 23 of Mycobacterium tuberculosis were chosen. In silico analysis of the RDs patterns resulted in the exclusion of three genomes, mistakenly annotated as virulent M. bovis. Orthologous gene analysis suggests that strains of M. bovis are under genomic decay. The quantification of polymorphic sites indicates the greater variability in absolute numbers (8,335 in M. tuberculosis, 3,448 in virulent M. bovis, and 1,088 in M. bovis BCG) and in pairwise comparisons (p≤0,05) of M. tuberculosis compared to virulent M. bovis and M. bovis BCG, suggesting that M. tuberculosis is under high evolutionary pressure. This is in contrast to the fact that M. bovis is capable of infecting a higher number of host species than M. tuberculosis. Most of these polymorphic sites are located in hypothetical CDSs (31.7% - 52.3%), being associated with PE/PPE family, and demonstrating a nonsynonymous mutations proportion of the following increasing order: M. bovis BCG, virulent M. bovis and M. tuberculosis (48.90%, 51.92% and 59.52%, respectively). This lower proportion of nonsynonymous mutations and the dissimilar functional categorization of CDSs with polymorphic sites indicates that M. bovis BCG is subjected to different selective pressure when compared to virulent M. bovis and M. tuberculosis. Finally, the phylogenetic analysis based on polymorphic sites indicates that the phylogenetic grouping of M. bovis is supported by Clonal Complexes (CCs), and not by the host of M. bovis isolates, confirming that polymorphic sites can be used for phylogenetic classification of genetic lineages of this bacterial species. Furthermore, 2/28 (7.14%) genomes of M. bovis could not be classified in the currently described CCs, suggesting the existence of complexes yet to be determined. This study represents the first genome of a Brazilian strain of M. bovis to be completely sequenced and the first comparative genomic analysis of the genomes of this bacterial species.

Sabemos da literatura que Calibração Comparativa está ligada à comparação de eficiência de instrumentos de medição. Neste trabalho discutimos estimação e testes de hipóteses em modelos de calibração comparativa. Para a estimação dos parâmetros do modelo, consideramos os algoritmos EM e o algoritmo BFGS do programa Ox. Testes para algumas hipóteses de interesse são implementados usando as estatísticas da razão de verossimilhanças e de Wald. Estudos de simulação são utilizados na comparação dos procedimentos. Uma aplicação é apresentada a um conjunto de dados constituído de medições de alturas de árvores com três, quatro e cinco hipsômetros. / We know about the literature that Comparative Calibration it is linked the efficiency comparison of measurement instruments. In this work we discuss estimates and tests of hypotheses in comparative calibration models. For the estimate of the parameters of the model, we consider the EM algorithm and the algorithm BFGS in the program Ox. Testings for some hypotheses of interest are implemented using the likelihood ratio and Wald statistics. Simulation studies are used in the comparison of the procedures. An application is presented to a data set, constituted of measurements of heights of trees with three, four and five hipsometers.

A observação recorrente que alguns pianistas, professores de piano e compositores fazem sobre a presença da escrita de Domenico Scarlatti em alguns movimentos das Sonatas de Beethoven, sugere que há alguma relação estética entre estes compositores até então não devidamente esclarecida. A primeira questão que aparece é como Domenico Scarlatti pôde chamar a atenção de Beethoven, considerando que Scarlatti foi um compositor italiano que saiu de Nápoles para Lisboa e finalmente Madrid, onde compôs as suas 555 Sonatas para o teclado, dedicadas à sua empregadora, rainha Maria Bárbara da Espanha. Beethoven, nascido em 1770, um século após Scarlatti, de outro lado, permaneceu em Viena e arredores por praticamente toda a sua vida profissional. Este trabalho busca investigar proximidades estéticas entre a composição para teclado de Domenico Scarlatti contidas na edição de Carl Czerny e as 32 Sonatas para piano de Beethoven. Busca também esclarecer aspectos da biografia de Domenico Scarlatti e a trajetória das cópias manuscritas de suas 555 Sonatas pela Europa, uma vez que trazem inovações formais e estéticas para sua época. Parte destas Sonatas chegou à Viena através de duas coleções de cópias manuscritas, chamadas de coleção Viena I e Viena II. Através destes manuscritos e das cópias que foram feitas a partir deles, Carl Czerny realizou sua edição. Admite-se que Beethoven tenha tido alguma familiaridade com esta edição das Sonatas de Scarlatti, uma vez que Czerny foi, durante muitos anos, seu aluno e amigo próximo. A metodologia utilizada para aferir semelhanças entre Scarlatti e Beethoven se baseia em duas abordagens. A primeira fundamenta-se na análise comparativa tradicional - não automatizada - sobre procedimentos composicionais de ambos os compositores. A segunda utiliza-se de recursos computacionais para identificar e quantificar a presença de fragmentos melódicos extraídos das Sonatas de Scarlatti da edição de Czerny nas Sonatas de Beethoven, com auxílio da tecnologia do toolkit music21, software desenvolvido pelo Massachusetts Institute of Technology a partir de 2010 e disponível através da página de internet http://web.mit.edu/music21/. Seu uso, neste trabalho, aponta para novas possibilidades de abordagem na análise musical cujos resultados e conclusões são obtidos a partir de parâmetros distintos da análise musical tradicional. As análises comparativas tradicionais evidenciaram semelhanças importantes entre os procedimentos composicionais de Scarlatti e Beethoven como, por exemplo, o uso dos silêncios, das mudanças inesperadas de andamento e de caráter. A partir do software construído com a utilização do toolkit music21 para a busca dos fragmentos scarlattianos nas Sonatas de Beethoven, obteve-se resultados de grande relevância, identificando sequencias intervalares idênticas, encontradas nas Sonatas de Beethoven e não verificadas em Mozart, cujas Sonatas foram submetidas ao mesmo método. / A recurrent observation that some pianists, piano teachers and composers make about the presence of Domenico Scarlatti\'s writing in some movements of Beethoven Sonatas, suggests that there is some aesthetic relationship between these composers that was not properly clarified. The first question that appears is how Domenico Scarlatti music could draw the attention of Beethoven, considering that Scarlatti was an Italian composer who left Naples to Lisbon and finally Madrid, where he composed his 555 keyboard sonatas, dedicated to his employer, Queen Maria Barbara of Spain. Beethoven, born in 1770, a century after Scarlatti, on the other hand, remained in and around Vienna virtually his entire professional life. This research investigates aesthetic similiarities between Domenico Scarlatti keyboard Sonatas contained in Carl Czerny edition and the 32 piano Sonatas of Beethoven. It also intends to clarify aspects of Domenico Scarlatti\'s biography and the trajectory of his 555 keyboard Sonatas that bring formal and aesthetics innovations for his time. Part of these Sonatas has come to Vienna in two manuscript copy collections called Vienna I and Vienna II. Through these two manuscript collections and the copies made out of them, Carl Czerny organized his own edition of the Scarlatti Sonatas. It has been admitted that Beethoven was familiar with these Sonatas, considering his long friendship with Czerny. The methodology used to establish similarities between Scarlatti and Beethoven composition is based on two approaches. The first is founded on the traditional comparative analysis - not automated - on compositional procedures of both composers. The second approach makes use of computational resources to identify and quantify the presence of melodic fragments, extracted from Scarlatti Sonatas of Czerny edition, on Beethoven sonatas, with the aid of the toolkit music21, technology developed by MIT in 2010 and available on the internet page http://web.mit.edu/music21/. Its use in this work points to new possibilities for musical analysis whose results and conclusions are obtained from different parameters of traditional musical analysis. The traditional comparative analyzes has revealed important similarities between the compositional procedures of Scarlatti and Beethoven, for example, the use of silences, unexpected changes of timing and character. From the software built using the toolkit music21 to search for melodic fragments of Scarlatti Sonatas on Beethoven piano Sonatas, it has yielded results of great relevance, as the indentification of identical musical intervallic sequences, found in Beethoven Sonatas and not verified on Mozart, whose Sonatas were submitted to the same method

O pior dos dois mundos traduz a hipótese de que atualmente adolescentes seriam tratados com a informalidade histórica associada à justiça juvenil, isto é, com poucas garantias processuais, ao mesmo tempo em que receberiam sanções mais duras, como é a atual tendência na justiça criminal adulta. Este trabalho investiga o que o Superior Tribunal de Justiça (STJ) decide em 53 casos paradigmáticos acerca dessas duas questões: proteção processual e controle penal de adolescentes. Verifica-se também como o tribunal decide em relação à gravidade dos casos, à possibilidade de privação de liberdade e à solução que o Estatuto da Criança e do Adolescente (ECA) confere a cada caso. Igualmente, pesquisa-se como o tribunal justifica suas decisões. A partir de elementos da sociologia de Pierre Bourdieu, constrói-se a decisão judicial punitiva como ato de Estado, que detém o monopólio da violência física e simbólica legítima. Essa construção sublinha a importância de se observar que a decisão judicial não acarreta apenas a imposição física de um castigo, mas também contribui para a instituição das formas legítimas de se pensar sobre o fenômeno. Igualmente, utiliza-se a noção de vocabulários de motivos de Wright Mills, que permite pensar as justificativas dos magistrados não como explicações de por que agiram de determinada forma, nem como mera justificação para encobrir suas reais intenções, mas como construções linguísticas cujo uso se estabiliza em certas ações socialmente situadas, tornando-se, portanto, os vocabulários socialmente aceitos nessas situações. Assim, padrão decisório e padrão de justificação são estudados em conjunto, dada sua contribuição para a legitimação de práticas e de discursos sobre a punição no campo jurídico e no restante do espaço social. Para apreender o padrão decisório do tribunal, utiliza-se a qualitative comparative analysis, que permite a verificação da associação entre os atributos das decisões e seu resultado. Infere-se que o tribunal institui como legítimos dois modelos distintos de justiça juvenil. Nos casos graves, amplia o controle penal e a possibilidade de aplicação de internação e restringe a proteção processual (mesmo em contrariedade ao ECA). Nos leves, restringe o controle penal e a possibilidade de internação e amplia a proteção processual (mesmo em contrariedade ao ECA). Há ainda os casos que são indiferentes à gravidade, pois se aplicam tanto a situações graves como leves. Nestes o STJ impõe o controle penal previsto no ECA (não costuma contrariá-lo para ampliar ou restringir o controle) e restringe a proteção processual (mesmo em contrariedade ao ECA). A ampliação do controle penal é sustentada pela afirmação do caráter punitivo da sanção e pela importância de se tomarem decisões de acordo com a gravidade da situação e com o caso concreto. Já a informalidade do procedimento é sustentada a partir de uma aproximação à justiça penal adulta, e não pela afirmação da finalidade reabilitadora da intervenção, como ocorreu historicamente na justiça de jovens. A restrição do controle penal é sustentada pela afirmação de que o ato sob julgamento não é grave. Já a ampliação de proteção processual é justificada pela ideia de que o procedimento da justiça juvenil deve respeitar a Constituição. Outros vocabulários não foram associados de modo unívoco a um resultado, mas revelam que o STJ realiza uma justaposição de modelos ideais de justiça, cuja relação é aditiva: é legítimo punir e educar; afastar a lei adulta e aproximá-la, focalizar a gravidade do ato e as características pessoais do adolescente, proteger o jovem e a sociedade. Se por um lado esses vocabulários não são construídos como contraditórios, tampouco há um esforço em mostrar sua ligação. / According to the worst of both worlds hypothesis, youth offenders are being treated with the informality (and consequent lack of procedural protection) that has historically guided juvenile justice, while simultaneously being punished in a harsher fashion (especially with incarceration), as is the tendency in adult justice. This dissertation investigates how the Superior Court of Justice (SCJ) rules in 53 landmark cases regarding penal control and procedural protection in juvenile justice, and how the court motivates its rulings. Three other elements of the courts attitudes toward cases are considered: seriousness of offenses, use of incarceration and the literal solution the Statute of the Child and the Adolescent provides to each case. Employing elements of Pierre Bourdieus theory, punitive judicial decisions are construed as acts of state, which carry the monopoly of physical and symbolic violence. According to this perspective, criminal courts rulings not only impose suffering, but also communicate the legitimate ways of conceiving crime and its appropriate reactions to it. Also, this dissertation relies on Wright Mills concept of vocabularies of motive to construe judicial motivation theoretically. This concept avoids framing motives as real explanations for why courts decide and as mere rationalizations that covers courts real intentions. Instead, courts motivations are interpreted as linguistic constructions whose use become stable in certain social situations, hence becoming the legitimate motives accepted in such situations. An adaptation of qualitative comparative analysis is used to account for the SCJ decision-making pattern. In sum, the SCJ institutes two legitimate juvenile justice models. In serious cases, the SCJ expands penal control and the use of incarceration, and restricts procedural protection (even against statutory provisions). In non-serious cases, the SCJ restricts penal control and the use of incarceration, and expands procedural protection (even against statutory provisions). Some cases apply to all youths, regardless of the crime committed. In these cases, the SCJ shows an intermediary stance regarding penal control (it simply follows statutory positions), and restricts procedural protection (even against statutory provisions). As to its reasoning, the SCJ expands penal control on the following grounds: i. state response has a punitive character; ii. seriousness of the offense is an important criterion to make decisions in youth justice, iii. as is the need to make individualized decisions. Procedural protection restriction, on the other hand, is justified by an embracement of criminal justice principles, which contrasts with the historical tendency of the juvenile justice system that had rejected these same principles. Penal control restriction is justified by the idea that some acts are not serious. Procedural protection expansion is justified by the idea that juvenile justice procedures should follow Constitutional principles. Other vocabularies employed by the SCJ have not been clearly associated with specific outcomes. However, they reveal that the court promotes a juxtaposition of different ideal models of justice. According to the SCJ, it is legitimate both to punish and to rehabilitate, to accept adult criminal law rules and to reject them, to focus on cases seriousness and on offenders characteristics, to protect offenders and society. Though these pairs are not presented as contradictory, their connection is not made explicit.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-08-30T12:00:55Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_AlteracoesGenomicasQuantitativas.pdf: 6280298 bytes, checksum: b16a105099c01920d2f9f9a43d028192 (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-08-30T14:59:52Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_AlteracoesGenomicasQuantitativas.pdf: 6280298 bytes, checksum: b16a105099c01920d2f9f9a43d028192 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-30T14:59:52Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_AlteracoesGenomicasQuantitativas.pdf: 6280298 bytes, checksum: b16a105099c01920d2f9f9a43d028192 (MD5) Previous issue date: 2016-05-31 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O câncer gástrico é o quinto tipo tumoral mais frequente e a terceira maior causa de morte por câncer no mundo. A despeito do progresso no tratamento do câncer gástrico avançado, o prognóstico do paciente permanece muito ruim, principalmente em decorrência do diagnóstico tardio. Esse paradigma implica a necessidade de pesquisar e identificar biomarcadores moleculares para o diagnóstico precoce, bem como para o monitoramento da doença, contribuindo ainda para o desenenvolvimento de novas abordagens terapêuticas. Desta forma, o presente estudo objetivou investigar alterações no número de cópias de DNA no adenocarcnoma gástrico através da técnica de Hibridização Genômica Comparativa em array (aCGH) e selecionar genes para a validação em um maior número de amostras, utilizando PCR em tempo real, no intuito de encontrar potenciais biomarcadores moleculares para esse tipo tumoral. Através dos resultados do aCGH, foram identificadas 22 alterações nunca correlacionadas com a carcinogênese gástrica, bem como diversas alterações associadas significativamente com o extravasamento da serosa e com pacientes com idade igual ou inferior a 50 anos. Levando em consideração que a maioria dos genes observados alterados nunca foram descritos como envolvidos no processo de carcinogênese gástrica, foram selecionados para validação genes cujas alterações apresentaram alguma consistência com trabalhos já publicados na literatura em outros tipos de câncer. Assim, foram investigadas por PCR em tempo real as amplificações dos genes RTEL1, B4GALT5, TRPV2 e ABCA13. Os resultados demonstraram uma frequência elevada de amplificação desses genes, porém as associações estatísticas com os dados clínicopatológicos dos genes TRPV2, com pacientes jovens, e ABCA13, com o extravasamento da serosa, observadas pelo aCGH, não foram confirmadas. Por outro lado, novas associações significativas foram observadas, tais quais a amplificação recorrente do gene RTEL1, que foi associada com idade avançada e com o tipo intestinal do adenocarcinoma gástrico; a amplificação recorrente do gene B4GALT5, que foi associada com o tipo intestinal do adenocarcinoma gástrico; a amplificação recorrente do gene TRPV2, que foi associada com metástase linfonodal; a amplificação recorrente do gene ABCA13, que foi associada com metástase linfonodal e com pacientes do gênero masculino e a co-amplificação dos genes RTEL1 e ABCA13, que foi associada com estadiamento avançado. Desta forma, o aCGH mostrou-se uma ferramenta útil para a investigação de novos genes associados com a carcinogênese. Ademais, a amplificação dos genes RTEL1, B4GALT5, TRPV2 e ABCA13 parecem ter um papel importante no desenvolvimento e na progressão do câncer gástrico, podendo ser considerados potenciais marcadores desta doença. / Gastric cancer is the fifth most frequent type of cancer and the third cause of cancer mortality worldwide. Despite progression in treatment of advanced gastric cancer, the prognosis of patients remains poor, in part due to the low rate of diagnosis during its early stages. This paradigm implies the necessity to search and identify molecular biomarkers for early gastric cancer diagnosis, as well as for disease monitoring, thus contributing to the development of new therapeutic approaches. Therefore, this study aimed at investigating copy number variations in gastric adenocarcnoma through array Comparative Genomic Hybridization (aCGH) technique and selecting genes for validation in a larger sample size by using real-time PCR, in order to find potential molecular biomarkers for this tumor type. The aCGH results demonstrated 22 gene alterations never described before as correlated with gastric carinogenesis, as well as several alterations significantly associated with serosal extravasation and patients aged less than or equal 50 years. Given that most of the genes had never been described in gastric cancer, we selected for validation four gene alterations that showed some consistency with studies published in the literature for other types of cancer. Thus, we investigated by real-time PCR the amplifications of RTEL1, B4GALT5, TRPV2 and ABCA13 genes. The results showed a high frequency of amplification of these genes, but the statistical associations with clinicopathological data of TRPV2 gene with younger patients and ABCA13, with serosal extravasation, observed by aCGH, were not confirmed. Moreover, new significant associations were demonstrated, including RTEL1 recurrent amplification associated with advanced age and intestinal type of gastric adenocarcinoma; B4GALT5 recurrent amplification associated with intestinal type of gastric adenocarcinoma; TRPV2 recurrent amplification associated with lymph node metastasis; ABCA13 recurrent amplification associated with lymph node metastasis and male patients and co-amplification of RTEL1 and ABCA13 associated with advanced staging. Therefore, the aCGH proved to be a useful tool for the investigating new genes associated with carcinogenesis. Additionally, recurrent amplification of RTEL1, B4GALT5, TRPV2 and ABCA13 seem to have an important role in the development and progression of gastric cancer and can be considered as potential biomarkers for this disease.

Tese de mestrado integrado. Engenharia Civil - Especialização em Estruturas. Faculdade de Engenharia. Universidade do Porto. 2012

Orientador: Rosângela Gonçalves Peccinini / Resumo: A doença de Chagas é uma enfermidade que afeta milhões de pessoas no mundo, principalmente em países em desenvolvimento. No Brasil, o único fármaco disponível para tratamento desta doença é o benzonidazol (BNZ). Atualmente o regime posológico para adultos consiste na administração deste fármaco na forma de comprimidos de liberação imediata de 100 mg em duas ou três tomadas diárias, durante 60 dias. Apesar da elevada eficácia desse fármaco na fase aguda da doença (aproximadamente 70%), os eventos adversos são frequentes e muitas vezes causam a interrupção do tratamento. Diante desse cenário, o Laboratório de Tecnologia de Medicamentos (LTM) da Universidade Federal de Pernambuco (UFPE) desenvolveu comprimidos de liberação prolongada, visando a redução da frequência de administrações do fármaco e a melhoria do tratamento com doses mais precisas. Em estudos pré-clínicos foram observadas vantagens da administração do comprimido de liberação prolongada na cinética do fármaco benzonidazol quando comparada a administração do comprimido de liberação imediata (formulação convencional). Entretanto, a continuidade do desenvolvimento do produto farmacêutico para aplicação terapêutica exige a avaliação em humanos. Logo, o objetivo deste trabalho foi reunir todas as informações e documentos necessários para a elaboração do protocolo de estudo clínico da nova formulação de liberação prolongada para futura submissão ao CEP e à ANVISA. Estabeleceu-se o protocolo para estudo Clínico de fase I –... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Chagas disease affects millions of people worldwide, especially in developing countries. In Brazil, the only drug available for treatment of this disease is benzonidazole (BNZ). Currently, the dosage regimen for adults consists of administration of this drug in the form of 100 mg immediaterelease tablets in twice or three times a day for 60 days. Despite the high efficacy of this drug in the acute phase of the disease (approximately 70%), adverse effects are common and often cause discontinuation of treatment. In this scenario, the Laboratory of Drug Technology (LTM) of the Federal University of Pernambuco (UFPE) has developed extended-release tablets aimed at reducing the frequency of drug administration and improving treatment at more precise doses. In preclinical studies, advantages of extended-release tablet administration have been observed in the kinetics of the drug benzonidazole when compared to the administration of the immediate release tablet (conventional formulation). However, the continued development of the pharmaceutical product for therapeutic application requires evaluation in humans. Therefore, the objective of this study was to gather all the information and documents necessary for the elaboration of the clinical study protocol of the new extended release formulation for future submission to the IRB (Institutional Review Board) and Brazillian Health Regulatory Agency (ANVISA). The protocol for Phase I clinical study - comparative, open, randomized, cross-o... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Submitted by Amanda Carolina Paulino de Oliveira (amanda@posgrad.fcav.unesp.br) on 2018-07-30T23:45:45Z No. of bitstreams: 1 Dissertação final - ACPO - Versão online.pdf: 8789441 bytes, checksum: a845ac98a1435e414423acdc29c30ff5 (MD5) / Approved for entry into archive by Karina Gimenes Fernandes null (karinagi@fcav.unesp.br) on 2018-07-31T11:04:06Z (GMT) No. of bitstreams: 1 oliveira_acp_me_iabo.pdf: 8789441 bytes, checksum: a845ac98a1435e414423acdc29c30ff5 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-31T11:04:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 oliveira_acp_me_iabo.pdf: 8789441 bytes, checksum: a845ac98a1435e414423acdc29c30ff5 (MD5) Previous issue date: 2018-07-04 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Xanthomonas citri subsp. citri 306 (XccA) é o agente causal do cancro cítrico (CC), doença endêmica que afeta a citricultura. Durante a interação patógeno-hospedeiro o sistema de secreção tipo três (SST3) codificado pela XccA age na translocação de efetores e no estabelecimento da doença. A montagem do aparato de SST3 depende da síntese, remodelagem e degradação da parede celular bacteriana, sendo este processo realizado pela ação enzimática de transglicosilases líticas de mureína (LTs). XccA codifica diversas LTs, porém, pouco é conhecido sobre a diversidade de famílias e relação com a virulência. Dentre as LTs com provável relação com a virulência, duas ORFs parálogas presentes no cromossomo e plasmídeo pXAC64, respectivamente; são genes passageiros do TnXax1, um transposon da família Tn3, relacionado a evolução e emergência da patogenicidade nas Xanthomonadales. Portanto, este estudo objetivou elucidar o provável papel e diversidade das LTs presentes no genoma de XccA, caracterizando funcionalmente as LTs presentes em TnXax1 pela técnica de mutação sítio dirigida. Foram identificadas no genoma de XccA 13 LTs, sendo 12 pertencentes às famílias: 1A, 1B, 1C, 1D, 1F, 1G, 3A, 3B (2 cópias), 5A e 6A, e uma não classificada. A LT não classificada, é exclusiva do gênero Xanthomonas e relacionada à família 3B, porém contém um domínio adicional relacionado ao metabolismo de carboidratos. As LTs classificadas em famílias apresentam provável função relacionada com a remodelagem da parede celular para inserção de sistemas de secreção tipo 3, 4 e 6, inserção de flagelo, divisão celular, reciclagem da parede celular e degradação e controle da produção do peptidoglicano. As LTs do TnXax1 pertencem a família 3B, não são essenciais para XccA e desenvolvimento do CC, porém estão relacionadas ao aumento da virulência, diminuição da formação de biofilme, agregação e aumento na produção de goma xantana, corroborando o papel do TnXax1 como agente propagador da patogenicidade e virulência em Xanthomonadales. Em resumo, os resultados lançam novos conhecimentos frente ao papel das LTs com o metabolismo do peptidoglicano e relação com os mecanismos de transferência lateral, virulência e patogenicidade de XccA. / Xanthomonas citri subsp. citri 306 (XccA) is a causal agent of type A citrus canker (CC), one of the most devastating citriculture diseases. Type 3 Secretion Systems (T3SS) play a fundamental role in XccA pathogenicity. T3SS components are embedded in the bacterial inner and outer membrane and act as a channel for injection of effector proteins directly into the plant host cell cytosol. T3SS assembly and installation relies on bacterial cell wall synthesis, remodeling and degradation. Murein lytic transglycosylases (LT) are important in this process and are responsible for peptidoglycan cleavage and its remodeling. Information about the XccA LT arsenal is scarce: little is known about family diversity, their exact role and their connection to virulence in this bacterium. Among the LTs with probable relation to virulence, two paralogue ORFs (one in chromosome, one in pXAC64 plasmid) are passenger genes of the Tn3 family transposon TnXax1, known to play a significant role for evolution and emergence of pathogenicity in Xanthomonadales. This study addresses LT diversity in the XccA genome and examines the role of plasmid and chromosomal TnXax1 LT passenger genes using site-directed deletion mutagenesis and functional characterization. We identified 13 XccA LTs: 12 belong to families 1A, 1B, 1C, 1D (2 copies), 1F, 1G, 3A, 3B (2 copies), 5A, 6A and one which is non-categorized. This noncategorized gene, is exclusive to the Xanthomonas genus and related to the 3B family but contains an additional domain linked to carbohydrate metabolism, whilst the other catalyzes peptidoglycan biosynthesis, and is widely distributed in gammaproteobacteria. The categorized LTs are probably involved in cell wall remodeling to allow insertion of type 3, 4 and 6 secretion systems, flagellum assembly, division and recycling of cell wall and degradation and control of peptidoglycan production. The TnXax1 passenger LTs (3B family) are not essential to XccA and CC development but are implicated in virulence, biofilm production and aggregation decrease and xanthan gum production increase, corroborating the role of TnXax1 transposon as a virulence and pathogenicity propagating agent in XccA. These findings also suggest that LTs acquisition by horizontal gene transfer mediated by TnXax1 improved bacterial fitness, bringing adaptive advantages to the plant-pathogen interaction process. / 33004102070P6

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-10-31T13:14:37Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 382490 bytes, checksum: 39649dff49d98b1f7ce6407a9a2abe81 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-31T13:14:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 382490 bytes, checksum: 39649dff49d98b1f7ce6407a9a2abe81 (MD5) Previous issue date: 2003-02-14 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A crescente demanda de frutas no mundo tem criado oportunidade para muitos países produtores abrirem seu mercado. Na década de 90, a fruticultura brasileira beneficiou-se de importantes transformações na economia, como abertura comercial, estabilidade econômica e mudança na política da taxa de câmbio. A estabilidade econômica foi importante para que a produção brasileira tivesse espaço para melhorar a qualidade das frutas, enquanto a abertura comercial ajudou a enfrentar a competitividade no mercado internacional. A necessidade de competir no mercado de frutas direcionou mudanças na forma de produção que atendesse às exigências dos mercados importadores com qualidade e segurança alimentar, a exemplo da implantação do sistema de produção integrada de frutas (PIF). Diante dessas transformações, o objetivo deste trabalho foi analisar a evolução da competitividade das exportações brasileiras de frutas, sob o foco da estrutura e diferenciação nas exportações brasileiras, por meio de indicadores de desempenho e eficiência, respectivamente. A análise é voltada para as questões acerca da competitividade das frutas diante da qualidade e do diferencial tecnológico e, em parte, para os vínculos existentes nas relações comerciais. O estudo considerou que as principais frutas destacadas na pauta de exportação brasileira, durante a década de 90, foram manga, mamão, banana, melão, uva, maçã e laranja. A metodologia baseou-se nos indicadores de vantagem comparativa revelada, de participação e de elasticidade de substituição. A estimação usou o Sistema de Regressões Aparentemente Não-Relacionadas (SUR). No Brasil, os indicadores de vantagem comparativa revelada foram positivos para todas as frutas, inclusive para maçã e uva, no final do período analisado, enquanto os países reexportadores, como Estados Unidos e Holanda, apresentaram desvantagem comparativa na exportação de melão e mamão, e de manga e maçã, respectivamente. A participação no mercado internacional de frutas destacou-se nos seguintes países: Espanha (melão e laranja), México (manga e mamão), Equador (banana), França (maçã) e Chile (uva). O Brasil apresentou participações crescentes na exportação de manga, banana, mamão, maçã e uva, e exportações decrescentes de melão e laranja, mas, na comparação entre as participações, continuou marginal. Os resultados mostram que as exportações de manga, banana e laranja foram competitivas no mercado internacional, enquanto a maçã, o mamão, o melão e a uva diferenciaram-se, de alguma forma, entre o Brasil e alguns dos principais exportadores. Em relação à preferência por determinados exportadores, não houve identificação da rigidez de mercado, traduzida em contratos de longo prazo. A oportunidade de inserir frutas menos tradicionais, como manga e mamão, é refletida na grande abertura dos mercados importadores, embora frutas tradicionais, como banana, maçã, uva, laranja e melão, enfrentem protecionismos. O diferencial competitivo da maçã, no Brasil, é no período de produção e abastecimento, que ocorre na entressafra dos países consumidores. A produção de banana, manga, melão e uva tem alcançado desenvolvimento no semi-árido, cujos custos são menores em relação aos principais países produtores que têm perspectivas tecnológicas para aumentar a competitividade. A produção de mamão ainda enfrenta restrições fitossanitárias, mas tem grande potencial para ampliar as participações. Este trabalho aponta que o Brasil apresenta tendência de crescimento na oferta de frutas in natura, embora sua participação ainda seja insignificante. / To crescent demand of fruits in the world has been creating opportunity for many producing countries. In the decade of 90, the Brazilian horticulture benefited of important transformations in the economy, as commercial opening, economical stability and change in the politics of the exchange rate. The economical stability was important so that the Brazilian production had space to improve the quality of the fruits, while the commercial opening helped to face the competitiveness in the international market. The need to compete at the market of fruits addressed changes in the production form that assisted to the demands of the markets importers with quality and alimentary safety, to example of the implantation of the system of integrated production of fruits (PIF). Due to those transformations, the objective of this research was to analyze the evolution of the competitiveness of the Brazilian exports of fruits, under the focus of the structure and differentiation in the Brazilian exports, through indicators of performance and efficiency, respectively. The analysis is directed to the subjects concerning the competitiveness of the fruits due to the quality and of the differential technological and, partly, for the existent linkages in the commercial relationships. The study considered that the main fruits exported by Brazil during the decade of 90, were mango, papaya, banana, melon, grape, apple and orange. The methodology was based on the indicators of revealed comparative advantage, of market participation and of substitution elasticity. It was used the System of Apparently Unrelated Regressions (SUR). In Brazil, the indicators of revealed comparative advantage were positive for all of the fruits, besides for apple and grape, in the end of the analyzed period, while the reexporter countries, like United States and Holland, presented comparative disadvantage in the melon and papaya, and mango and apple export, respectively. The participation in the international market of fruits stood out at the following countries: Spain (melon and orange), Mexico (mango and papaya), Ecuador (banana), France (apple) and Chile (grape). Brazil presented growing participations in the mango export, banana, papaya, apple and grape, and decreasing exports of melon and orange, but, in the comparison among the participations, it continued marginal. The results show that the mango exports, banana and orange were competitive in the international market, while the apple, the papaya, the melon and the grape differed, in some way, between Brazil and some of the main exporters. In relation to the preference for certain exporters, there was not identification of the market rigidity, based in contracts of long period. The opportunity to insert less traditional fruits, as mango and papaya, it is reflected in the great opening of the markets importers, although traditional fruits, as banana, apple, grape, orange and melon, face protectionisms in the market. The differential competitive of the apple, in Brazil, it is in the production and supply period that happens in the time between harvests of the consuming countries. The production of Bananas, mango, melon and grape has been reaching development in the semi-arid, whose costs are smaller in relation to the main producing countries that have technological perspectives to increase the competitiveness. The papaya production still faces plant sanitary restrictions, but it has great potential to enlarge the market participations. This work points that Brazil presents growth tendency to supply fresh fruits, although its participation is still insignificant. / Dissertação importada do Alexandria