Les océans couvrent plus de 70% de la surface de la Terre (planète bleue) et la productivité primaire nette (PPN) marine est équivalente à celle terrestre. Alors qu‟il ne représente que 1% de la biomasse totale d‟organismes photosynthétiques de la planète, le phytoplancton est responsable d‟environ 45% de la PPN globale. Le terme phytoplancton décrit un assemblage polyphylétique comprenant des eucaryotes et procaryotes photosynthétiques dérivant avec les courants. Dans les océans contemporains, les diatomées constituent un groupe d‟eucaryotes unicellulaires autotrophes très abondant, responsable de 40% de la PPN marine. Les diatomées appartiennent à la lignée des straménopiles qui sont issus d‟un évènement d‟endosymbiose entre une algue rouge et un hôte hétérotrophe. Elles sont classifiées en deux groupes majeurs : les centriques qui son apparues il y a environ 200 millions d‟années (Ma), et les pennées qui ont évolué il y a environ 90 Ma. Deux génomes de diatomées ont récemment été séquencés : celui de la diatomée centrique Thalassiosira pseudonana (32 Mb), et celui de la diatomée pennée Phaeodactylum tricornutum (27 Mb). Mon sujet de doctorat s‟est focalisé sur l‟étude de différents aspects de la régulation de l‟expression génique ainsi que sur la dynamique et l‟évolution de ces génomes. L‟expression des gènes est régulée à différents niveaux: trancriptionel, post-transcriptionel, et épigénétique. Dans le cadre de mon doctorat, une étude de la régulation transcriptionelle chez les diatomées a été effectuée et comprend l‟identification et l‟analyse in silico des facteurs de transcription (FT). Cela a permis par exemple d‟établir qu‟une classe spécifique de FT, les Heat Shock Factors, sont particulièrement abondants chez les diatomées par rapport aux autres eucaryotes. L‟analyse de la représentation des FT identifiés dans différentes librairies d‟EST élaborées à partir de cultures ayant subi divers stress a permis de détecter certaines spécificités d‟expression. L‟évolution des génomes eucaryotes est largement impactée par les effets directs et secondaires des éléments transposables (ET) qui sont des éléments génétiques mobiles se trouvant dans le génome de la plupart des organismes. Dans le but d‟étudier la dynamique des génomes de diatomées, la recherche de différents types d‟ET a permis d‟établir qu‟une certaine classe, les rétrotransposons de type Copia, est la plus abondante dans ces génomes et constitue un part significativement plus importante du génome de P. tricornutum (5,8%) par rapport à T. pseudonana (1%). D‟autre part, des analyses phylogénitiques ont montré que les rétrotransposons de type copia forment deux classes distinctes et éloignées de la lignée Copia. L‟analyse de leurs niveaux d‟expression a montré que la transcription de deux éléments s‟active en réponse à des stress spécifiques comme la limitation en nitrate dans le milieu de culture. Cette activation est accompagnée par un hypométhylation de l‟ADN et l‟analyse de profils d‟insertions chez différents écotypes de P. tricornutum ainsi que l‟étude d‟autres phénomènes suggèrent que les rétrotransposons de type Copia ont joué un rôle important dans l‟évolution des diatomées. Mon grand intérêt pour les ET m‟a ensuite amené à chercher à les caractériser dans d‟autres génomes récemment séquencés tels celui de l‟algue brune Ectocarpus siliculosus. La recherche in silico de différents gènes codant des protéines capables d‟introduire ou de stabiliser des états épigénétiques telle que la modification des histones et la méthylation de l‟ADN a montré leur présence chez P. tricornutum ainsi que leurs particularités. La présence de certaines modifications d‟histones spécifiques d‟une conformation compacte ou ouverte de la chromatine dans le proteome de P. tricornutum a été montrée. De plus, la mise au point de la technique d‟immunoprécipitation de la chromatine chez P. tricornutum a permis d‟établir que les nucléosomes enrobés d‟éléments transposables étaient marqués par des modifications spécifiques. D‟autres expériences ont permis d‟établir que l‟ADN de différents types d‟éléments transposables est marqué par la méthylation de cytosines chez P. tricornutum. Une expérience permettant l‟analyse du profil de méthylation à l‟échelle de génome en utilisant une puce à ADN a été lancée et permettra de découvrir si certains gènes portent aussi des traces de méthylation. Enfin, les ARN interférents constituent un troisième mode de régulation de l‟expression se situant à l‟interface de la régulation transcriptionelle, post-transcriptionelle et épigénétique. Les mécanismes d‟interférences chez les diatomées ont été étudié par la recherche in silico d‟enzymes clés impliquées dans ce processus ainsi qu‟en établissant expérimentalement un lien direct avec la méthylation de l‟ADN.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-03-06Bitstream added on 2014-06-13T19:42:42Z : No. of bitstreams: 1 setta_n_dr_sjrp.pdf: 1404480 bytes, checksum: e8ca57a6c89dd8308471f12f028ecfe8 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / O gênero Zaprionus tem sido eleito como um bom modelo biológico para estudos genéticocomparativos com as espécies do subgrupo melanogaster do gênero Drosophila, embora seu posicionamento filogenético dentro da família Drosophilidae ainda seja controverso. Na presente Tese foi investigada a presença de 10 elementos de transposição (TEs) em Zaprionus indianus e Drosophila malerkotliana, bem como a distribuição, a atividade transcricional e as relações evolutivas de três retrotransposons (copia, gypsy e micropia) em sete espécies do gênero Zaprionus. Para isso, foram empregadas as técnicas de Dot blot, PCR, RT-PCR e seqüenciamento. As seqüências obtidas foram comparadas às dos respectivos elementos das demais espécies de drosofilídeos disponíveis nas bases de dados genômicas. Os resultados indicam que Z. indianus e D. malerkotliana apresentam em seus genomas todos os TEs de D. melanogaster investigados. O retrotransposon copia foi seqüenciado e está transcricionalmente ativo nas sete espécies do gênero Zaprionus e constitui uma nova subfamília relacionada aos elementos do subgrupo melanogaster, que foi denominada subfamília GBFDouble-gap. Por outro lado, os retrotransposons gypsy e micropia foram identificados nas espécies do subgênero Zaprionus, onde também estão transcricionalmente ativos, e pertencem às subfamílias já descritas para as espécies do subgrupo melanogaster. As análises evolutivas sugeriram que esses três retrotransposons devem ter participado de eventos de transferência horizontal com as espécies do subgrupo melanogaster e com pelo menos um doador desconhecido, no caso do retrotransposon micropia. Além disso, o cálculo dos tempos de divergência dos elementos sugere que eles passaram por ondas de transferências horizontais, mais antigas para o retrotransposon copia, e mais recentes para gypsy e micropia. Esses resultados... / The Zaprionus genus has been elected as a good biological model for comparative analyses with the melanogaster subgroup of Drosophila genus, though its phylogenetic positioning within the Drosophilidae family is still controversial. This study aiming at investigating the occurrence of 10 transposable elements (TEs) in Zaprionus indianus and Drosophila malerkotliana species, as well the distribution, transcriptional activity and evolutionary relationships of three retrotransposons (copy, gypsy and micropia) in seven species of Zaprionus genus. To do so, Dot blot, PCR, RT-PCR and sequencing methods were employed. The Zaprionus sequences obtained were compared with the drosophilid sequences available in genomic databases. The results indicated that Z. indianus and D. malerkotliana harbor all D. melanogaster TEs investigated. The copia retrotransposon is present and transcriptionally active in seven species of the Zaprionus genus and represents a new subfamily related to that of the melanogaster subgroup, named as GBFDouble-gap subfamily. Additionally, gypsy and micropia retrotransposons were identified in the Zaprionus species subgenus, which are transcriptionally active and belong to the melanogaster subgroup subfamilies. The evolutionary analysis showed the three retrotransposons could have been involved in horizontal transfer events with species of the melanogaster subgroup for the three retrotransposons and at least one unknown donor regarding to micropia retrotransposon. Moreover, the time of divergence seems to indicate that the retrotransposons experienced horizontal transfer waves, the oldest involving the copia element followed by the gypsy and micropia retrotransposons in more recent times. These results suggest that the horizontal transfer phenomenon has happened repeatedly during the Zaprionus genus and melanogaster subgroup evolution in the Afrotropical region.

Resumo: O gênero Zaprionus tem sido eleito como um bom modelo biológico para estudos genéticocomparativos com as espécies do subgrupo melanogaster do gênero Drosophila, embora seu posicionamento filogenético dentro da família Drosophilidae ainda seja controverso. Na presente Tese foi investigada a presença de 10 elementos de transposição (TEs) em Zaprionus indianus e Drosophila malerkotliana, bem como a distribuição, a atividade transcricional e as relações evolutivas de três retrotransposons (copia, gypsy e micropia) em sete espécies do gênero Zaprionus. Para isso, foram empregadas as técnicas de Dot blot, PCR, RT-PCR e seqüenciamento. As seqüências obtidas foram comparadas às dos respectivos elementos das demais espécies de drosofilídeos disponíveis nas bases de dados genômicas. Os resultados indicam que Z. indianus e D. malerkotliana apresentam em seus genomas todos os TEs de D. melanogaster investigados. O retrotransposon copia foi seqüenciado e está transcricionalmente ativo nas sete espécies do gênero Zaprionus e constitui uma nova subfamília relacionada aos elementos do subgrupo melanogaster, que foi denominada subfamília GBFDouble-gap. Por outro lado, os retrotransposons gypsy e micropia foram identificados nas espécies do subgênero Zaprionus, onde também estão transcricionalmente ativos, e pertencem às subfamílias já descritas para as espécies do subgrupo melanogaster. As análises evolutivas sugeriram que esses três retrotransposons devem ter participado de eventos de transferência horizontal com as espécies do subgrupo melanogaster e com pelo menos um doador desconhecido, no caso do retrotransposon micropia. Além disso, o cálculo dos tempos de divergência dos elementos sugere que eles passaram por ondas de transferências horizontais, mais antigas para o retrotransposon copia, e mais recentes para gypsy e micropia. Esses resultados... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The Zaprionus genus has been elected as a good biological model for comparative analyses with the melanogaster subgroup of Drosophila genus, though its phylogenetic positioning within the Drosophilidae family is still controversial. This study aiming at investigating the occurrence of 10 transposable elements (TEs) in Zaprionus indianus and Drosophila malerkotliana species, as well the distribution, transcriptional activity and evolutionary relationships of three retrotransposons (copy, gypsy and micropia) in seven species of Zaprionus genus. To do so, Dot blot, PCR, RT-PCR and sequencing methods were employed. The Zaprionus sequences obtained were compared with the drosophilid sequences available in genomic databases. The results indicated that Z. indianus and D. malerkotliana harbor all D. melanogaster TEs investigated. The copia retrotransposon is present and transcriptionally active in seven species of the Zaprionus genus and represents a new subfamily related to that of the melanogaster subgroup, named as GBFDouble-gap subfamily. Additionally, gypsy and micropia retrotransposons were identified in the Zaprionus species subgenus, which are transcriptionally active and belong to the melanogaster subgroup subfamilies. The evolutionary analysis showed the three retrotransposons could have been involved in horizontal transfer events with species of the melanogaster subgroup for the three retrotransposons and at least one unknown donor regarding to micropia retrotransposon. Moreover, the time of divergence seems to indicate that the retrotransposons experienced horizontal transfer waves, the oldest involving the copia element followed by the gypsy and micropia retrotransposons in more recent times. These results suggest that the horizontal transfer phenomenon has happened repeatedly during the Zaprionus genus and melanogaster subgroup evolution in the Afrotropical region. / Orientador: Cláudia Márcia Aparecida Carareto / Coorientador: Marie Anne Van Sluys / Banca: Hermione Elly Melara de Campos Bicudo / Banca: Maria Magdalena Rossi / Banca: Galina Ananina / Banca: Elgion da Silva Loreto / Doutor

[pt] Refletir sobre a figura autoral na literatura contemporânea: este é o objetivo da presente pesquisa. Revisitamos, num primeiro momento, alguns casos que servem de referência para a produção atual, tendo em mente a hipótese de ser o autor um articulador de realidades inventivas. Nesse sentido, trabalhamos com noções como cópia e semelhança, aparentes falseadores de uma atitude autoral se nos afiançamos na concepção de autor como criador original, mas encarados aqui como recursos para uma produção literária provocativa e instigante. Em seguida, procuramos tratar da imagem do autor no terreno extratextual, ou seja, a construção do personagem autor na vida pública com relação à sua obra e ao possível ou efetivo leitor. Busca-se, nessa parte, pensar de que forma se concretiza certa função autor, resgatando o conceito foucaultiano, através do contato direto do escritor com o leitor para falar da obra. Finalmente, trazemos para a discussão a construção do autor junto a outros personagens que formam o mercado literário, como agentes, editores e profissionais ligados ao texto, de maneira a pensar como tanto a figura autoral quanto a produção ficcional são construções coletivas. A proposta portanto é entender o lugar ocupado pelo autor a partir dos recursos intra e extratextuais que lhe cabem em um contexto de arte interessada na sociedade. / [en] To think about the author in contemporary literature, that is the goal of this research. In the first chapter, working with the hypothesis that the author acts like a creative realities weaver, some cases are revisited as references to present literary writing. Here we bring concepts like copy and similarity, at first sight trickeries of a false authorial attitude if we believe in the idea of an original creator. But these concepts are considered in this dissertation as legitimate assets for a provocative and exciting literature. The second chapter treats the author in the extratextual field, which means we discuss how, as a social character, he is formed in public life, being related with his oeuvre and his possible or effective reader. Our intent is to understand how the foucaultian author function emerges through the contact between writer and reader. In the last part, we bring other agents of the literary market who participate in the construction of the author, like literary agents, editors and other publishing professionals. The idea is to think about the author, and also the fiction itself, as a collective construction. With these three formulations, we try to comprehend where the author is placed from both intra and extratextual resources, always having in mind that we consider art as involved with society and its issues.

<p>Uppsatsen är en beskrivande och reflekterande studie över ett kombinerat demonstrations- och intervjuprogram. Programmet programmerades och användes i syfte att förbereda utvecklingen av ett datorprogram som ska lära ut och träna argumentation.</p><p>Studien beskriver hur intervjuprogrammet konstruerades med avseende på teorier från retorik och pedagogik, samt resultat därur. Avslutningsvis diskuteras processen och potentialen i att skapa ett program som skulle kunna ligga till grund för ett personligt kunskapande, ett argumentationsprogram.</p><p>Sammanfattning;</p><p>Tekniker för argumentation tränas inte naturligt i skolorna, inte heller i vardagen. Successivt lärs argumentation på olika vis, självständigt eller genom andra. Man lär sig eller blir lärd. Intervjuprogrammet gav tydliga signaler om hur ett argumentationsprogram bör utformas för att tala till användaren på ett så tydligt och personligt vis som möjligt.</p><p>Slutdiskussionen redogör för vad ett sådant argumentationsprogram skulle kunna innebära för användaren. Ett eventuellt argumentationsprogram kommer att lära ut en stabil, lite förenklad grund, som ger användaren fem tydliga topiker och träning i att använda dem. Verktyg som senare och i andra situationer kan tillämpas vid argumentation.</p>

Uppsatsen är en beskrivande och reflekterande studie över ett kombinerat demonstrations- och intervjuprogram. Programmet programmerades och användes i syfte att förbereda utvecklingen av ett datorprogram som ska lära ut och träna argumentation. Studien beskriver hur intervjuprogrammet konstruerades med avseende på teorier från retorik och pedagogik, samt resultat därur. Avslutningsvis diskuteras processen och potentialen i att skapa ett program som skulle kunna ligga till grund för ett personligt kunskapande, ett argumentationsprogram. Sammanfattning; Tekniker för argumentation tränas inte naturligt i skolorna, inte heller i vardagen. Successivt lärs argumentation på olika vis, självständigt eller genom andra. Man lär sig eller blir lärd. Intervjuprogrammet gav tydliga signaler om hur ett argumentationsprogram bör utformas för att tala till användaren på ett så tydligt och personligt vis som möjligt. Slutdiskussionen redogör för vad ett sådant argumentationsprogram skulle kunna innebära för användaren. Ett eventuellt argumentationsprogram kommer att lära ut en stabil, lite förenklad grund, som ger användaren fem tydliga topiker och träning i att använda dem. Verktyg som senare och i andra situationer kan tillämpas vid argumentation.