Les oomycètes représentent un groupe de microorganismes eucaryotes filamenteux distincts phylogénétiquement des champignons incluant de nombreuses espèces phytopathogènes. CBEL est une glycoprotéine pariétale de Phytophthora parasitica constituée d'une répétition de deux régions séparées par un linker. Chaque région protéique est constituée d'un domaine protéique de liaison à la cellulose (CBM1) et un motif PAN /Apple impliqué dans des interactions protéines-protéines ou protéines-polysaccharides. Cette étude doctorale porte sur la caractérisation de la protéine CBEL et plus particulièrement de ses CBM1s ainsi que sur l'évaluation et optimisation du potentiel de cette protéine à : (i) stimuler les défenses naturelles des plantes (ii) augmenter l'activité de glycosides hydrolases. Dans la première partie de ce travail doctoral différents tests visant à reproduire un traitement éliciteur externe sur plante entière ont pour cela été développés. Ces tests ont permis de mettre en évidence que formulée en présence de surfactants CBEL est capable d'induire diverses réponses de défense chez A. thaliana. Une production en masse de cette protéine a été réalisée dans la levure Pichia pastoris et la bactérie Escherichia coli dans l'optique d'une future application agronomique. Les protéines recombinantes CBELcol et CBELpic produite dans ces différents systèmes d'expression présentent des profils de glycosylation différents de celui de la protéine native CBELnat. Alors que ces protéines semblent se lier de manière identique à la cellulose les différents tests d'élicitation développés au cours de ce travail mettent en évidence des variations dans leur activité élicitrice suggérant que la nature des résidus glucidiques présents sur cette glycoprotéine peut avoir un impact sur sa capacité induire des réponses de défenses en application externe. Lors de la deuxième partie de ce travail de thèse la capacité de CBEL à interagir avec différents substrats cellulosiques a été caractérisée. Les résultats obtenus ont permis de montrer que CBEL se lie avec une haute affinité à la cellulose cristalline avicel et que la présence de CBM1 fonctionnels est nécessaire à cette interaction. De manière intéressante, le CBM1-1 et CBM1-2 ne semblent pas contribuer de manière égale à cette interaction. Par ailleurs la laison de CBEL à la cellulose induit des perturbations structurales sur le substrat et permet d'améliorer l'activité de la xylanase XynB de Talaromyces versatilis sur paille de blé. En outre une xylanase chimère possédant dans sa séquence le CBM1-1 de CBEL possède également une activité augmentée sur paille blé. L'ensemble de ces résultats met en évidence le potentiel de CBEL et de son CBM1-1 pour l'amélioration de l'activité de glycoside hydrolases utilisables par exemple en bioraffinerie. En dernier lieu un travail de caractérisation structurale de la protéine CBEL a également été entamé au cours de cette étude. L'enveloppe de la protéine CBEL en solution à notamment été déterminée par SAXS (Small Angle X-ray Scattering) et un modèle 3D de cette protéine a été obtenu. / Oomycetes are fungal like microorganisms evolutionary distinct from true fungi that include pathogens of plants. CBEL is a cell wall glycoprotein isolated from the oomycete Phytophthora parasitica that is composed of two distinct regions linked by a threonine/proline rich linker. Each region owns a cellulose binding module (CBM1) and a PAN-Apple domain involved in protein-protein or proteins-polysaccharides interactions. Since CBEL is able to induce defense responses in numerous plant species, its use for the development of products able to protect crops has been envisaged. For this purpose we analysed the effect of an external CBEL treatment on plants. We found that in the presence of surfactants CBEL is able to induce cytosolic calcium changes, defense gene expression, and cell death on A. thaliana. CBEL application for crop protection requires the development of economically reliable production processes. In the case of proteinaceous elicitors, an attractive strategy to obtain large amount of elicitors is to express them in heterologous hosts such as bacteria or yeasts. CBELcol and CBELpic were produced respectively in E. coli and in P. pastoris. CBELcol is unglycosylated whereas CBELpic displays a glycosylation profile distinct from the native protein (CBELnat). We found that all these proteins are able to bind crystalline cellulose. On the other side we found that the elicitor activity of CBELpic is distinct from CBELnat and CBELcol suggesting that the glycosylation on CBEL can have an impact on its ability to induce plant defense responses after external treatment on A. thaliana. In the second part of this work the two CBMs (1-1 and 1-2) that form part of CBEL have been submitted to detailed characterization, first to better quantify their interaction with cellulose and second to determine whether these CBMs can be useful for biotechnological applications, such as biomass hydrolysis. A variety of biophysical techniques were used to study the interaction of the CBMs with various substrates and the data obtained clearly indicate that CBEL's CBM1-1 exhibits much greater cellulose binding ability than CBM1-2. Engineering of the family 11 xylanase from Talaromyces versatilis (TvXynB), an enzyme that naturally bears a family 1 CBM, has produced two variants. The first one lacks a CBM, whereas the second contains the CBEL CBM1-1 in the place of the natural CBM1. The study of these enzymes has revealed that wild type TvXynB binds to cellulose, probably via its CBM1, and that the substitution of its CBM by oomycetal CBM1-1 does not affect its activity on this substrate. Moreover, the presence of CBEL during the hydrolysis of wheat straw actually potentiates the action of TvXynB, a result that is consistent with the hypothesis that CBM1-1 can alter cellulose surface fibres rather like some other members of CBM family 1.

Un sentiment que l’humanité toute entière éprouve demeure le leitmotiv « assurer l’ordre et la sécurité ». C’est pourquoi la place qu’occupe l’insécurité dans le débat public en République Centrafricaine, Etat situé au Centre de l’Afrique à peu près la même superficie que la France, rend souhaitable cette thèse. La sécurité signifie que l’on n’est pas sous le poids de la peur ou de la terreur. Pour que l’ordre et la sécurité soient vraiment assurés en République centrafricaine, il ne suffit pas que le sang ne coule pas et que soit protégée l’intégrité physique du citoyen. Il faut aussi que les droits de tous soient respectés et qu’ils en aient la jouissance tranquille comme celle de tous leurs biens. L’exigence fondamentale demeure la sécurité juridique qui est étroitement liée à l’Etat de droit entendu comme, son nom l’indique, un Etat soumis au droit. Cette proximité s’explique bien évidemment par le lien très fort qui existe entre les notions de sécurité et de droit. Ce lien est mis en exergue par le juge : si la sécurité demeure l’un des buts qui est assigné au droit, le droit, qui connaît un principe de prééminence, est un moyen efficace pour garantir la sécurité. Au jour d’aujourd’hui, une évidence est communément admise entre Etat de droit et démocratie. Si la démocratie participe au renforcement de l’Etat de droit plus précisément par le principe selon lequel tous les citoyens doivent pouvoir concourir directement ou par l’intermédiaire de leurs représentants au vote des lois, l’Etat de droit, s’il veut être effectif, doit instaurer un système de protection juridictionnelle afin que les lois votées ne reposent pas sur la contrainte. / “Ensuring order and security” is a deep-seated desire shared by the whole of humanity. It is therefore reasonable to devote this thesis to the place occupied by insecurity in public debate in the Central African Republic, a state covering roughly the same surface area as France. Security implies that the weight of fear or terror is removed. If order and security are to be genuinely ensured in the Central African Republic, more is required than the absence of bloodshed and the protection of each citizen’s physical integrity. It is also essential that the rights of all be respected and that all citizens should be entitled to the protection of their rights as well as their possessions. Legal security is therefore a fundamental requirement, closely related to the rule of law, that is to say a state subject to the rule of law. This association is of course due to the strong bond existing between the notions of security and law, a bond which is highlighted by a judge: if security remains one of the goals assigned to law, through its pre-eminence the law is an effective means to guarantee security. Conventional wisdom today equates the rule of law with democracy. If democracy lies behind the reinforcement of the rule of law, and in particular through the principle that all citizens should be entitled to contribute directly or by means of their representatives to the voting of laws, for it to be effective, the rule of law must establish a legal protection system allowing laws to be passed free of all constraint.

Les kelps sont des espèces clés dans les écosystèmes marins tempérés, elles vivent en milieu intertidal le long des côtes où elles sont souvent exposées à des herbivores. Comme la plupart des organismes sessiles, les kelps ont développé des stratégies de défense contre l’herbivorie. Chez la laminaire Laminaria digitata, l’élicitation par les oligoguluronates induit des régulations transcriptomiques et l’activation de voies métaboliques, menant à la production et la libération de métabolites dans l’environnement, tels que des aldéhydes. De plus, cette espèce d’algue brune a montré des réponses systémiques suite à une élicitation. Des composés solubles dans l’eau de mer environnant les forêts de laminaires peuvent aussi modifier leur physiologie en réponse à l’élicitation. Une telle signalisation chimique à distance lors des réponses de défense rappelle les phénomènes de protection systémique et de potentialisation chez les plantes. Dans les forêts de laminaires, celle-ci pourrait jouer un rôle écologique majeur dans la structuration des algues marines et des communautés d’herbivores. Dans le contexte des interactions kelp/herbivores, nous avons étudié les réponses de défense et les processus de signalisation chez deux espèces emblématiques de laminaires originaires des côtes atlantiques et du Pacifique Sud, impliquées dans des interactions spécialisées avec leurs herbivores, L. digitata en interaction avec Patella pellucida (Bretagne, France) et Lessonia spicata avec Scurria scurra (Chili). Des approches combinées de métabolomique et de bio-essais ont été réalisées pour élucider la nature de potentiels signaux chimiques et leurs rôles biologiques et écologiques dans la défense des algues face aux herbivores. Les résultats ont montré que, en réponse à un broutage, les kelps présentent des modifications métaboliques telles que l’induction de voies de biosynthèse des acides gras, des oxylipines et d’acides aminés, ainsi que des modifications transcriptomiques. De plus, nous avons constaté que les laminaires co-incubées avec des algues broutées présentaient des changements de leur endo-métabolome en comparaison à des algues broutées, et semblaient moins consommées lors d’un broutage ultérieur, suggérant une perception et une intégration des composés algaux induits par l’herbivorie par les algues voisines. Des études de terrain et en laboratoire ayant précédemment mis en évidence une libération massive d’aldéhydes dans l’air et l’eau de mer après des stress biotiques et abiotiques, nous avons exploré les rôles biologiques d’une signalisation de type aldéhyde dans les interactions kelp/herbivores. Nous avons montré que les aldéhydes pouvaient modifier le métabolisme d’une algue par l’activation du métabolisme des acides gras, et que l’application de 4-HHE sur L. digitata pouvait réduire significativement une consommation algale ultérieure par les herbivores. Ainsi, ces résultats participent à une meilleure compréhension des réponses de défense suite à un broutage chez les laminaires, et confortent l’existence d’une signalisation à distance dans les interactions avec les herbivores, qui impliquerait des composés de défense émis par les algues, dont les aldéhydes. / Kelps are founding species of temperate marine ecosystems, they evolve in the intertidal coastal areas where they are often challenged by herbivores. As most of sessile organisms, kelps develop defensive strategies against herbivory. In the kelp Laminaria digitata, elicitation by oligoguluronates induced regulations of transcription and metabolic pathways, leading to production and release of metabolites, such as aldehydes, in the environment. Moreover, this kelp species feature systemic responses upon defense elicitation and waterborne compounds surrounding a kelp bed have shown to modify its defense physiology. Such distant chemical signaling during defense responses are reminiscent of systemy and priming mechanisms in plants. In marine kelp beds, it should have a major ecological role in structuring marine algal and herbivore communities. In the context of kelp/herbivore interactions, we investigated the defense responses and signaling processes in two emblematic kelp species from north Atlantic and South Pacific coasts, involved in specialized interactions with their herbivores, L. digitata in interaction with Patella pellucida (Brittany, France) and Lessonia spicata with Scurria scurra (Chile). Combined approaches of metabolomics and bio-assays were carried out to decipher the nature of the putative chemical cues, and their biological and ecological roles in algal defense against herbivores. Results showed that, in response to grazing, kelps featured metabolic modifications such as induction of fatty acids, oxylipins and amino acids biosynthetic pathways, as well as transcriptomic modifications. Moreover, we observed that kelps co-incubated with grazed algae exhibited endo-metabolome changes compared to grazed one, and seemed to be less consumed during a subsequent grazing, suggesting the perception and integration of herbivory-induced algal compounds in neighboring algae. As field and lab studies previously highlighted a strong release of aldehydes into the air and the seawater following biotic and abiotic stresses, we further explored the biological roles of aldehyde-based signaling in kelp/herbivore interactions. We found that aldehydes could modify algal metabolism, including the activation of fatty acid metabolism, and that the application of 4-HHE on L. digitata could significantly reduce later algal consumption by herbivores. Thus, these results contribute to a better understanding of defense responses following grazing in kelps, and revealed the occurrence of distance signaling during interaction with herbivores, which could involve algal emitted compounds, such as aldehydes.

À travers l'étude des cinquante premières années de l'histoire de la protection civile au Canada, le présent travail discute de la capacité et de la volonté politique de gouvernements nationaux successifs d'assurer la sécurité de la population en temps de crises et d'urgences. Cette thèse soutient qu'à l'exclusion d'un bref intermède au plus fort de la Guerre froide, la fonction de protection civile ne parviendra pas à s'imposer au nombre des priorités de la gouvernance canadienne au cours de cette période. Entre la création administrative d'un sous-comité sur les précautions contre les raids aériens à la veille de la Seconde Guerre mondiale, qui marque les débuts de la fonction de protection civile au Canada, et l'adoption en 1988 de la Loi sur la protection civile, un demi-siècle s'écoule. L'histoire de cette fonction se développe en réaction à l'évolution du contexte international et au gré des impératifs politiques, économiques et sociaux nationaux qui marquent la seconde moitié du XXe siècle. Sa généalogie emprunte à la défense nationale à la fois le vocabulaire et la structure. Longtemps confondue dans la forme et dans le fond à la défense civile, la protection civile en arrive tard dans le siècle à se défaire de ses origines imposées et à se forger une personnalité propre orientée vers la gestion des urgences. Néanmoins, comme le démontre le présent travail, son évolution est marquée par d'importantes failles de gouvernance qui se traduisent inter alia par une mise en oeuvre aléatoire du système canadien de protection civile, l'absence continue d'un cadre législatif national, le développement de politiques fédérales inconsistantes, voire même à certaines périodes incohérentes, un financement trop souvent déficient et une direction indécise qu'exprime une série quasi ininterrompue de transferts administratifs et de réorganisations successives. Le présent travail en conclut que ces failles de gouvernance ont empêché l'atteinte d'un état de préparation national à la hauteur du mandat premier du gouvernement qui est d'assurer la sécurité de ses citoyens en temps de guerre comme en temps de paix.

La place de plus en plus prépondérante qui occupe la défense des droits humains dans les organisations paysannes en Colombie est sans doute une transformation très importante. La présente recherche analyse les dynamiques qui ont amenées les organisations paysannes à s’engager dans cette voie et étudie les conséquences qui en découlent. Deux dynamiques ont retenu notre attention dans le but de comprendre pourquoi la défense des droits humains devient si importante au sein des organisations paysannes depuis le milieu des années 1980. D’un côté, la recrudescence de la répression et, d’un autre côté, la reconnaissance croissante des droits. En effet, à partir des années 1980, les relations sociales d’appropriation et de domination se caractérisent par le contrôle paramilitaire imposé à sang et feu; alors que sous l’auspice international une série des politiques néolibérales favorables au discours des droits sont mises de l’avant. Pour les organisations paysannes, ces deux dynamiques paradoxales se transforment en opportunité politique propice au déclenchement de mobilisations et d’organisation. Cette opportunité politique s’articule autour de la défense des droits humains. Pour les organisations paysannes, la défense des droits humains entraîne des effets paradoxaux qui vont de la radicalisation à l’institutionnalisation, tout en reléguant d’autres revendications parce que moins urgentes que la défense de la vie. Par ses caractéristiques, la dynamique de la lutte paysanne depuis les années 1990 correspondent à une lutte de résistance. La résistance, qui est initialement pour la défense de la vie, prend des routes différentes selon les communautés parviennent à rester sur le territoire ou contrairement sont obligées au déplacement. Les communautés qui restent sur le territoire, lient la défense des droits humains à la défense du territoire et ce faisant imprègnent la défense des droits d’une interprétation nouvelle axée sur la justice sociale et judiciaire. Les communautés déplacées et leurs organisations, doublement fragilisées, sont cantonnées à une dynamique défensive qui est très peu en continuité avec les luttes pour la terre et pour la construction d’une économie paysanne qu’elles menaient avant la recrudescence de la répression et la consécutive défense des droits humains.

Nous présentons ici une recherche qualitative et exploratoire sur une nouvelle facette d'un sujet bien exploré par la littérature, la négociation sur un plaidoyer de culpabilité. Il s'agira pour nous de considérer cette nouvelle variable qu'est la peine minimale obligatoire, beaucoup moins étudiée quant à elle, afin d'explorer si elle affecte ou non les négociations, comment et pourquoi. L'assise empirique, formée de discours de procureurs (Couronne et défense) issus d'entretiens semi-directifs, nous a permis d'observer comment les acteurs, dans cette action collective du système (droit criminel), se reconstruisent un discours face à l'objet traité dans cette étude. L'analyse des matériaux empiriques de ces deux groupes d'acteurs et la mise en relation entre elles nous ont permis d'observer de fortes tendances entre peines minimales et négociations. Les preuves empiriques qui se sont juxtaposées aux principales visées de cette recherche se révèlent être bien intéressantes sur le plan des connaissances. Nous parlons ici des points de vue des procureurs face aux peines minimales et les limites que ces peines imposent sur les objectifs et principes en matière de détermination de la peine, notamment sur les deux optiques de la proportionnalité qui permettent au droit criminel d'individualiser les peines. Ces limites sont ensuite reprises dans les rationalités des procureurs pour justifier la mise en œuvre de stratégies lors des négociations, stratégies qui viennent contrôler et réduire l'impact de cette ingérence politique dite populiste avec les peines minimales. En affectant tout de même la portée des négociations et la dynamique relationnelle entre procureurs, il n'en demeure pas moins que les peines minimales se répercutent ailleurs dans le système, particulièrement par l'augmentation de la tenue de procès.

Nos travaux de recherches de thèse portent sur une étude comparative entre le déclanchement des mécanismes de défense in planta de la plante de melon après élicitation biotique, et un traitement avec un produit ayant des propriétés de Stimulateur des Défenses Naturelles (SDN). Le pathosystème étudié est Cucumis melo - Fusarium Oxysporum melonis. L'éliciteur abiotique SDN utilisé codé FEN560 est un extrait de graines de fenugrec (Trigonella foenum-graecum). Les principaux travaux sont : 1) L'analyse des activités enzymatiques relatives au stress et caractérisation d'enzymes PR. 2) L'étude des métabolites du métabolisme secondaire, notamment la production l'accumulation des composés organiques volatiles (COV). 3) Une étude de l'expression de gènes candidats impliqués dans la production de ces PR-protéines et/ou dans les voie de signalisation est aussi entreprise ; Les principaux résultats se traduisent par (i) une précocité et intensité de l'induction des activités enzymatiques étudiées pour les deux variétés et pour les organes d'un même plant (ii) Le priming est généralement observé au niveau du site de la seconde élicitation (infection FOM) avec une induction remarquable des PR-protéines. (iii) L'élicitation est Systémique, car l'induction se transmet mais à moindre intensité sur les intervalles de temps étudiés. (iv) L'augmentation de l'émission des COV coïncide avec l'induction de la LOX. Il est aussi noté l'émission de nouvelles molécules connus par leurs propriétés antibiotique ou répulsive des insectes herbivores ou attractive des prédateurs d'insectes herbivores. Les résultats sur les expressions des gènes candidats sont corrélés avec les activités enzymatiques et la production des composés organiques. Il en est ressorti que l'induction de la résistance par le traitement par pulvérisation de FEN560 est similaire au phénomène de « primig » dans la résistance systémique induite. / This work is a comparative study between defense mechanisms in melon plant induced by biotic elicitor and treatment by plant extract having simulative proprieties of plant defense mechanisms. The studied pathosystème is Cucumis melo - Fusarium oxysporum fsp melonis. The used plant extract elicitor is named FEN560, it is from fenugreek seeds (Trigonella foenum-graecum). The main works were: 1) Analysis of the enzymatic activities relating to the stress and characterization of PR-proteins sch as peroxidases and chitinases. The lipoxygenase (LOX), the key enzyme of oxylipins biosynthesis and phenylalanine ammonia-lyase, the key enzyme of the phenylpropanoids pathway, were also studyed. 2) The study of the metabolites of the secondary metabolism, in particular accumulation of volatile organic compounds (VOC). 3) A study of expression candidate genes implied in the production of Pr-proteins and the induced resistance pathways is also undertaken. The main results: (i) precocity and intensity of enzymatic activities induction for the two varieties after inoculation of pretreated plants (ii) the priming is generally observed in the site of the second elicitation with a remarkable induction of PR-proteins. (iii) The elicitation induced by FEN560 is systemic; because induction is transmitted between roots and shoots (iv) The modification of VOC emissions coincides with the induction of the LOX activity. It is also noticed the emission of new molecules known for their antibiotic properties or repulsive of the insects herbivorous or attractive of predatory of herbivorous insects. The results on the genes candidates' expression are in general correlated with the enzymatic activities and the production of the volatile organic compounds through LOX activity. In brief, the induction of resistance by the treatment by FEN560 is similar to the phenomenon of "primig" in induced systemic resistance.

Cette thèse se propose d'étudier le programme d'assistance militaire des États-Unis au Chili entre 1940 et 1970. Elle examine les différents rouages de sa mise en oeuvre entre la Seconde Guerre mondiale, durant laquelle se met en place l’esquisse des structures de coopération militaire multilatérales et bilatérales qui se développent ensuite pendant les premières années de la Guerre froide, et l'arrivée au pouvoir de Salvador Allende en 1970. A travers l'exemple chilien, il s'agit de mettre en lumière la volonté des Etats-Unis de standardiser, à l'échelle du continent, les doctrines, les pratiques, et les équipements selon le modèle promu par Washington. Est également examinée la question de la réception de cette influence par le Chili : dans quelle mesure ces transferts culturels sont-ils acceptés, rejetés, réappropriés dans les contextes nationaux, mis en concurrence avec ceux d'autres pays ? Enfin, pour rendre compte de la complexité des processus de décision, un accent particulier est mis sur les jeux d’acteurs à la fois au sein de la bureaucratie des départements impliqués dans la gestion du programme, et entre les protagonistes états-uniens et chiliens sur le terrain. / This research examines the U.S. military assistance program in Chile from 1940 to 1970. It analyses its beginnings during the Second World War, and the development of multilateral and bilateral military structures from the the Cold War, up to the election of Salvador Allende in 1970. Through the Chilean example, it highlights the will of the United States to standardize, continent-wide, doctrines, practices, and equipment according to the model promoted by Washington. The question of the reception of this influence by Chile is also examined: to what extent are these cultural transfers accepted, rejected, re-appropriated in national contexts, put in competition with those of other countries? Finally, to account for the complexity of the decision-making process, special emphasis is placed on interactions between various players, both within the bureaucracy of the departments involved in the management of the program, and between the US and Chilean protagonists in the field.

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Les pucerons évitent ou contrôlent les défenses de leur plante hôte par des mécanismes moléculaires qui sont actuellement peu élucidés / Aphids attack virtually all plant species and cause serious crop damages in agriculture