Data analysis can be a time consuming part of an experimental method, especially when the method is used frequently and large amounts of data are produced each time. In this study, an application software was developed to improve work flow and data management for respiration rate measurements using an optical oxygen sensor. The application was used to analyze data files from the oxygen sensor without the need to manually enter and analyze the data in a spreadsheet application. The software was written in the Python programming language and utilized available scientific computing packages as well as a graphical user interface framework to provide user friendly access to all functions. Any number of files with experimental data were imported into the program and a linear regression analysis was done for each file and viewed to verify the quality of the data. Tables and summarizing graphs were used to display the key information and statistical results. The final results were exported for use in other applications. Data processing that used to take an hour to complete was done with the new application in five to ten minutes and the risk of introducing human errors in the data was simultaneously reduced. User tests indicated that learning the basics of the program was easy. This study shows the usefulness of a bioinformatics approach and the tools provided by Python and its related software to solve problems that arise with managing large volumes of numerical data. / Älvburet organiskt kol och bakteriers syre respiration

Bakgrund: Personer som insjuknar i kolorektalcancer är ofta mellan 50-70 år gamla. Colon kan undersökas med bariumundersökning, koloskopi eller datortomografi colon (DT colon). Nyttan med DT colon är att tarmen liksom strukturer utanför tarmens vägg kan avbildas samt att cancern kan stadieindelas. Syfte: Att undersöka patienters upplevelser av DT colon hos patienter som uppvisar symtom på kolorektalcancer. Dessa upplevelser kan vara fysiska och psykiska. Metod: Sökningar utfördes i databasen Pubmed där sökord kombinerades. Efter granskning av abstrakt och studier i sin helhet inkluderades 11 studier som ligger till grund för resultatet. Resultat: Patienter upplevde lite smärta i fem av sju studier. Procentuellt skattades smärta som liten till obefintlig (82-96 %) och som stark (0-3 %) i tre studier. Upplevelse av obehag varierade mellan lite och lite mer än måttligt obehag i sju studier. I en studie skattade 81 % patienter DT colon som inte till lite obehaglig. Obehag under utvidgning av tarmen upplevde majoriteten som inte till lite obehagligt och mindre andel (30,7 % och 17 %) som ganska till mycket obehagligt i två studier. I en kvalitativ studie var utvidgning den mest jobbiga delen av undersökningen. Pinsamhet skattades som låg i två studier och i en kvalitativ studie kände sig patienterna generade. Oro mättes i sju studier där majoriteten var lite eller inte oroliga. Ingen eller lite rädsla upplevdes av patienter i tre studier. I en kvalitativ studie uttryckte några patienter att de varit rädda under DT colon varav en var rädd för att inte kunna hålla andan. Slutsats: Många upplevde lite smärta under DT colon men det fanns de som upplevde större smärta. Upplevelse av obehag varierade i studierna men ett fåtal upplevde mycket obehag. Vissa upplevde mycket och extremt obehag under utvidgning av tarmen. Patienter var lite generade men 1-3 % kände större pinsamhet. Patienterna var lite oroliga. Då få studier tog upp rädsla är det svårt att dra en slutsats.

Lic.-avh. (sammanfattning) Stockholm : Karolinska institutet, 2007. / Härtill 2 uppsatser.

Titel: Ekonomichefers egenskaper och dess påverkan på ekonomistyrning - En kvantitativ studie om användningen av ekonomistyrning från ett Upper Echelons-perspektiv. Författare: Josefine Höög och Moa Schwartz Handledare: Karl Wennberg Bakgrund: Det finns ingen universal design på ekonomistyrning som passar alla organisationer, vilket gör att företags användning av ekonomistyrning varierar stort. Detta utgör grunden för Upper Echelons teori som utgår från att chefers individuella egenskaper påverkar deras beslutsfattande och därmed organisationens resultat. Chefers erfarenheter och egenskaper är därmed viktiga att studera för att förstå hur företag använder ekonomistyrning. Genom att använda Upper Echelons teori för att undersöka samband mellan ekonomistyrning och ekonomichefers egenskaper i svensk kontext bidrar studien till forskningsområdet om organisationers användning av ekonomistyrning. Syfte: Syftet med studien är att undersöka samband mellan ekonomichefens demografiska egenskaper och hur de använder sig av ekonomistyrning, diagnostiskt eller interaktivt. Metod: Studien antar en kvantitativ forskningsstrategi med deduktiv ansats där hypoteser härleds från existerande kunskap och teori. Därtill antar studien en tvärsnittsdesign där data har samlats in från flera individer vid en specifik tidpunkt. Datainsamlingen består av telefonintervjuer i kombination med enkät. Studiens urval utgörs av ekonomichefer eller motsvarande vid medelstora företag i Östergötlands län och Örebro län. Resultat: Studiens hypoteser testades genom regressionsanalys som visar stöd för en av studiens åtta hypoteser relaterade till ekonomichefers utbildning, ålder, kön och tjänstetid. Resultatet indikerar att eftergymnasial utbildning inom ekonomi är relaterat till ökad diagnostisk användning av ekonomistyrning samt att eftergymnasial utbildning överlag är relaterat till ökad diagnostisk och interaktiv användning av ekonomistyrning. Slutligen visar resultatet att diagnostisk och interaktiv användning ökar ju äldre företaget är och att tjänsteföretag använder ekonomistyrning på ett diagnostiskt sätt i lägre grad än studiens referenskategori. Nyckelord: Upper Echelons teori, ekonomistyrning, ekonomichefers demografiska egenskaper, hävstänger för kontroll, ålder, utbildning, kön, tjänstetid, interaktiv, diagnostisk.

Bakgrund: Antalet bilddiagnostiska undersökningar ökar. Behov finns att implementera riktlinjer för remisser till röntgenavdelningen. 20% av alla DT undersökningar bedöms inte vara berättigade. Under 2017 inleddes översättning till lokala förhållanden och implementering av iGuide på försök i en av Sveriges regioner. Syfte: Syftet är att studera röntgensjuksköterskors- och radiologers erfarenheter från berättigande av undersökningar på röntgenavdelningen. Metod: En empirisk studie med kvalitativ design. En induktiv ansats tillämpades. Semistrukturerade intervjuer utfördes med legitimerade radiologer och röntgensjuksköterskor. Intervjumaterialet analyserades med en manifest innehållsanalys. Resultat: Innehållsanalysen mynnade ut i följande subkategorier:  Innebörden av berättigande, Ansvarsfördelning vid berättigande, Oberättigade remisser och åtgärder, Remittent och patient inverkar på berättigandet, Organisationen inverkar på berättigandet, Tillgänglighet av olika modaliteter inverkar på berättigandet, IGuide är grundat i problemen med berättigande, samt Resultatet från iGuide-projektet. Subkategorierna bildar tre kategorier: Berättigande av undersökningar, Förekomst av oberättigade undersökningar, samt iGuide som ett sätt att uppnå ökat berättigande. Slutsats: Röntgenutnyttjandet ökar och därmed problemen med berättigande. Radiologerna upplever att brist på tid påverkar berättigandet negativt, också att remittenten ofta har svårt att neka patienter. Röntgensjuksköterskor upplever att kommunikationen avdelningar emellan är viktig för berättigande. Det ökade utbudet av modaliteter beskrivs påverka. IGuide ökar andelen berättigade undersökningar, och minskar antalet begärda bilddiagnostiska undersökningar, men systemet behöver få en ökad användarvänlighet. / Background:  The number of image diagnostic examinations is increasing. There is a need to implement guidelines for referrals to the X-ray department. 20% of all DT examinations are deemed not to be justified. In 2017, implementation and translation into local conditions of iGuide in trial was initiated in one of Sweden's regions. The aim: The aim is to study the experiences of radiographers and radiologists from the justification of examinations in the X-ray department. Method:  An empirical study with qualitative design. The inductive approach was applied. Semi-structured interviews were applied with licensed radiographers and radiologist. The interview material was analyzed with a manifesto content analysis.  Results:  The analysis resulted in the following subcategories: The meaning of justification, The shared responsibility in justification, Unjustified referrals and actions, Remittent and patient impact on justification, The organization impact on justification, The accessibility of various modalities affect justification, IGuide is based on the problems of justification, and The results of the iGuide-project. The subcategories form three categories: Justification of examinations, Existence of unjustified examinations, and IGuide as a means of achieving increased justification. Conclusion:  X-ray utilization is increasing and thus the problems with justification. The radiologists experience that the lack of time affects justification negatively, also that the remittance often has difficulty in denying patients. Radiographers experience that communication between departments is important for justification. The increased range of modalities is described as affecting. IGuide increases the proportion of justified examinations, and reduces the number of requested imaging examinations, but the system needs to be given a greater user-friendliness.

Detta projekt var ett samarbete mellan Aplex Bio AB och Scilifelab. Projektets mål var att utveckla en molekylär diagnostisk panel med förmågan att detektera och diskriminera mellan 14 olika typer av patogener. Projektet innehåller 4 kapitel med fokus på olika mål. I första kapitlet utvecklades en metod för att karakterisera emissioner av fluorescerande nanopartikel kluster. Den första utvärderade metoden utnyttjade klick-kemi för att binda nanopartiklarna till makrostrukturer uppbyggda av amplifierat DNA. Den andra utvärderade metoden skapade aggregerade komplex av nanopartiklar med amplifierat DNA för att utvärdera partiklarnas emissioner. I kapitel 2 av projektet användes azid-funktionaliserade nanopartiklar levererade av Aplex Bio AB för att tvärbinda DBCO modifierade oligonukleotider. Sedan utvecklades en hybridiserings baserad metod för att kvantifiera relativa mängden oligonukleotider på partiklarna. Denna metod användes för att reproducerbart funktionalisera partiklar och utveckla nanopartikel-sonder som kan binda till DNA genom hybridisering. I kapitel 2 utvärderades även hur effektivt och specifikt de utvecklade nanopartikel-sonderna hybridiserar till DNA. I kapitel 3 utvärderades amplifiering av syntetiska ssDNA sekvenser valda från genetiska markörer av 14 patogener, DNA amplifierades med metoden RCA. Målet var att utvärdera specificiteten av amplifieringen. Specifik amplifiering av varje DNA sekvens i panelen var en förutsättning för att möjliggöra detektion och diskriminering av alla patogener i panelen. I kapitel 4 var målet att utveckla en kostnadseffektiv metod för att funktionalisera nanopartiklar med oligonukleotid sekvenser. För att göra detta användes DBCO-NHS-ester reagens och amin-modifierade oligonukleotider. Förverkligande av detta projekt skulle skapa en diagnostisk panel med potentialen att påverka det diagnostiska fältet på en global skala. När detta projekt är fullt utvecklat kan panelen modifieras för detektion av önskade DNA/RNA sekvenser vilket möjliggör ett mångfalt av applikationer, detta skulle göra panelen konkurrerande med dagens diagnostiska metoder då den kan användas i existerande mikroskopiuppsättningar. / This work was a collaboration between Aplex Bio AB and Scilifelab with the aim of developing a molecular assay capable of detecting and discriminating between 14 different pathogenic targets. There are 4 chapters with focus on different goals. In chapter one a method of evaluating emissions of fluorescent nanoparticle clusters was developed. The first approach of evaluating nanoparticle emissions was to utilize click chemistry to bind nanoparticles to macroscale structures of amplified DNA targets. The second evaluated approach was the formation of aggregated complexes of nanoparticles and amplified DNA targets. The second chapter of the thesis used azide functionalized nanoparticles supplied by Aplex Bio AB to utilize azide groups as crosslinkers and use them to functionalize the nanoparticles with DBCO oligos. A hybridization-based method was then developed to quantify relative oligo densities on the nanoparticles, enabling reproducible oligo functionalization of nanoparticles, producing nanoparticle probes that can bind to DNA. The final task of chapter 2 was evaluating the binding efficiency and specificity of the developed nanoparticle probes. The third chapter of the thesis evaluated amplification of synthetic ssDNA sequences corresponding to genetic markers of 14 pathogenic targets using RCA. The goal was to confirm specificity of chosen padlock probes and corresponding synthetic targets for each pathogen. Specific amplification of each target was a prerequisite to enable detecting and discriminating between the 14 pathogenic targets. In chapter 4 the goal was to develop a cost-effective method of oligo functionalization for nanoparticles. This chapter evaluated two main approaches of using DBCO-NHS-ester reagents to perform DBCO modification of amine-oligos. The realization of this work would develop an assay that has the potential to impact the field of diagnostics on a global scale. When fully developed, the molecular assay can be modified to detect any RNA/DNA targets which enables numerous applications, making the assay a competitive diagnostic tool which can be implemented in existing microscopy systems.

På grund av det höga trycket på akutmottagningar räcker inte resurserna till och patienter får vänta länge på att få vård. Situationen är ännu värre i utvecklingsländer där det redan finns brist på resurser. För att handskas med detta problem behöver dagens akutmottagningar utvecklas och innovationer göras för att effektivisera användandet av resurser. Målet med detta arbete blev därför att utveckla en multifunktionell diagnostisk enhet som skulle kunna mäta flera vitalparametrar och som samtidigt var billig, kompakt, tidseffektiv och användarvänlig. För att uppnå målet analyserades vitalparametrarna kroppstemperatur, pulsfrekvens, andningsfrekvens, blodtryck och syremättnad samt deras mätmetoder. På grund av projektets begränsade resurser gjordes bedömningen att endast ett teoretiskt förslag på ett instrument som uppfyllde ovanstående krav skulle framställas. Analysen visade att endast pulsfrekvens, blodtryck och syremättnad kan mätas med samma instrument som fortfarande var billigt, kompakt, tidseffektivt och användarvänligt. Instrumentet som mäter dessa tre parametrar är en modifierad variant av en multivåglängds fotopletysmograf. För kroppstemperatur och andningsfrekvens föreslogs det att redan existerade billiga och användarvänliga metoder skulle användas, nämligen digital termometer respektive att observera patientens andning under en minut. Arbetet resulterade i att det togs fram figurer, flödesscheman och ett kretsschema för den multifunktionella diagnostiska enheten som skulle kunna användas för att bygga en prototyp. Därutöver evaluerades pulsoximeterns användarvänlighet då det föreslagna idén skulle vara av samma utseende som pulsoximeter. Det resulterande förslaget på diagnostisk enhet bedömdes vara till viss del anpassad för att kunna användas på akutmottagningar i Bangladesh och är anpassad för hur vården är uppbyggd där idag och dess rutiner.

Tidigare forskning har visat en hög prevalens av personlighetssyndrom hos patienter inom rättspsykiatrisk vård. Diagnostisk stabilitet av personlighetssyndrom har undersökts i kliniska populationer men till vår kännedom ej hos vårddömda patienter. Följande uppsats är en retrospektiv aktmaterialstudie som utgår från tre årskohorter av vårddömda patienter. Syftet med uppsatsen var att undersöka förekomst samt diagnostisk stabilitet av personlighetssyndrom. Att undersöka diagnostisk stabilitet är betydelsefullt då aktuella diagnoser påverkar valet av lämpliga vårdinsatser. Journal- och aktmaterial granskades från RPU och genom det aktuella vårdtillfället för inkluderade patienter (n=65). Personlighetssyndrom var vanligt förekommande i urvalsgruppen, främst inom kluster B, men samsjukligheten var däremot oväntat låg. Den diagnostiska stabiliteten för samtliga personlighetssyndrom var 54.5 %. Begränsningar med studien var framförallt storleken på urvalet. Framtida forskning behöver bland annat fokusera på faktorer som kan påverka graden av diagnostisk stabilitet, såsom ålder och vårdtid. / Previous research has shown a high prevalence of personality syndrome among mentally disordered offenders. Diagnostic stability regarding personality syndromes has been studied in clinical populations but has, to our knowledge, not been examined for patients within forensic psychiatric care. The following study is a retrospective register study based on three cohorts of forensic psychiatric patients. The aim of this thesis was to examine the prevalence and diagnostic stability of personality syndromes. Studying diagnostic stability is important as treatment decisions largely depend on a correct diagnosis and an understanding of the course of the disease. Medical records and case files were reviewed from the forensic psychiatric investigation and throughout the current treatment episode for the included patients (n=65). Personality disorders were common in the group, primarily within cluster B, while commorbidity was unexpectedly low. The diagnostic stability for personality syndromes were 54.5 %. Limitations of the study was primarily the small number of participants. Future research should investigate potential predictors for diagnostic stability such as age and length of treatment.

Computed tomography urography (CTU) is today the imaging method used to investigate patients with suspected urinary tract malignancy, replacing the old imaging method intravenous pyelography (IVP) about a decade ago. The downside of this shift was that the effective radiation dose to the examined patient was eight times higher for CTU compared to IVP. Based on four different studies, the present thesis focused on efforts to reduce the CTU radiation dose.   In study I, the number of cysts and solid lesions in the separate scan phases was evaluated in 57 patients undergoing four-phase CTU 1997-98. The number of scans was reduced from four to three when the nephrographic scan was abolished following study I. Study II registered the diameter of renal cell carcinoma (RCC) and the presenting symptoms in the total number of patients (n=232) diagnosed with RCC between 1997 and 2003. The results from study II showed that the critical size for RCCs to cause macroscopic hematuria was ≥ 4 cm. Study III was a dose-escalation study aimed to decide the minimal possible tube load in the unenhanced and excretory phase scans if the low dose images are reviewed together with normal dose corticomedullary phase images. Study III showed that it is possible to reduce the mean effective dose in three phase CTU from 16.2 mSv to 9.4 mSv with a combined low and normal dose CTU protocol. Study IV investigated the changes in the CTU protocol between 1997 and 2008, and the development of the effective radiation dose. Study IV clarified how the CTU protocol has changed between 1997 and 2008 and as a result the mean effective radiation dose to patients undergoing CTU in 2008 is only 39% of the effective dose in 1997.   In conclusion, the findings from the studies included in this thesis have contributed to a reduced radiation dose to patients undergoing CTU. The mean effective dose from CTU is at present only three times higher compared to that from the IVP.

The aim of this doctoral thesis was to study the influence of memory, pain, age and education on the regional cerebral blood flow (rCBF), i.e. brain function, in early Alzheimer's disease (AD) and in chronic neck pain patients in comparison to healthy controls and in healthy elderly per se. This was done by optimizing single photon emission computed tomography (SPECT) as a method to study rCBF with the tracer Technetium-99m (99mTc) hexamethylpropyleneamine oxime (HMPAO) and by matching all image data to a brain atlas before evaluation. The rCBF-SPECT was evaluated and developed to obtain higher diagnostic accuracy in AD and in chronic neck pain patients it was used to study basic pain related cerebral processes in chronic pain of different origin. A new semimanual registration method, based on fiducial marker, suitable for investigations with low spatial resolution was developed. The method was used to reconstruct images with an improved attenuation and scatter correction by using an attenuation-map calculated from the patients' previously acquired CT images. The influence of age and education on rCBF was evaluated with statistical parametric mapping, SPM in healthy elderly. The main findings were age related changes in rCBF in regions close to interlobar and interhemispheric space but not in regions typically affected in early AD, except for the medial temporal lobe. The theory of a 'cognitive reserve' in individuals with a longer education was supported with findings in the lateral temporal lobe, a region related to semantic memory, and in the frontal lobe. A cross-sectional study of chronic neck pain patients showed extensive rCBF changes in coping related regions in a non-traumatic pain patients compared to both healthy and a pain group with a traumatic origin, i.e. whiplash syndrome. The whiplash group displayed no significant differences in rCBF in comparison with the healthy controls. This suggests different pain mechanisms in these groups. The AD-patients showed a significantly lower rCBF in temporoparietal regions including left hippocampus. These changes were associated to episodic memory performance, and especially to face recognition. The diagnostic sensitivity for AD was high. The face recognition test (episodic memory) was used in AD patients to improve the sensitivity of method, i.e. memory-provoked rCBF-SPECT (MP-SPECT). The results were compared to healthy controls and the reductions of rCBF in temporoparietal regions were more pronounced in mild AD during provocation. Memory provocation increased the sensitivity of AD-related rCBF changes at group level. If a higher sensitivity for AD at the individual level is verified in future studies, a single MP-SPECT study might then be of help to set diagnosis earlier. In conclusion rCBF in temporoparietal regions are associated to an impaired episodic memory in early AD. Changes in these regions do not have a strong connection to chronological age. The diagnostic sensitivity of rCBF-SPECT in AD is high and there is a potentially higher sensitivity if memory provoked investigations are used. The findings in this thesis have given an increased knowledge of underlying cerebral pain processing in non-traumatic and traumatic (whiplash) neck pain. Preliminary results supporting the theory of 'cognitive reserve' by showing a correlation between long education and preserved rCBF was found in healthy elderly.