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Expressão dos microRNAs miR-1 e miR-133b e dos genes ACVR1C, CCL18, VGLL3, ASPN, OGDHL, BTC em meningiomas com e sem deleção do cromossomo 22q / Expression of microRNAs miR-1 and miR-133b and of genes ACVR1C, CCL18, VGLL3, ASPN, OGDHL, BTC in meningiomas with and without deletion in the 22q chromosome

Renzi Junior, Irineu 03 June 2015 (has links)
Introdução: Dentre os tumores primários do SNC, o meningioma é o tipo mais frequentemente diagnosticado, sendo responsável por 35,5% dos casos, considerando-se todas as faixas etárias. A gênese dos meningiomas é um processo complexo que envolve o acúmulo de alterações genéticas, sendo o evento mais conhecido a deleção no braço longo do cromossomo 22. O entendimento da iniciação e do crescimento dos meningiomas em nível molecular pode ajudar a definir novos alvos de terapia e, neste contexto, tem se destacado na última década o estudo dos microRNAs (miRNAs). Os miRNAs são uma classe de pequenos RNAs não codificadores que regulam a expressão gênica e têm um papel crucial no desenvolvimento de vários tipos de câncer. O reconhecimento do papel destes RNAs na fisiopatologia dos tumores do SNC vem ganhando destaque. O objetivo deste estudo é compreender o envolvimento da deleção do cromossomo 22q no perfil de expressão de genes e de miRNAs nos meningiomas grau I e, com isso, possibilitar uma melhor compreensão da sua natureza que permita propor alvos potenciais para novas formas de terapia molecular no futuro. Pacientes e métodos: Em um estudo prévio de nosso grupo foi feita uma análise global da expressão gênica pela metodologia de microarrays. Inicialmente para determinação dos grupos foi feita uma análise pela técnica de FISH para identificar quais amostras tinham a deleção do cromossomo 22q e por análise dos microarrays foram selecionados microRNAs e genes para validação PCR em tempo real. Em nosso estudo atual foram utilizadas 15 amostras em cada grupo: um grupo de meningiomas com deleção do cromossomo 22q, um segundo grupo de meningiomas sem deleção do cromossomo 22q e um grupo controle de 15 amostras de aracnoide normal. Os genes selecionados foram o ACVR1C, CCL18, VGLL3, ASPN, OGDHL e BTC e os miRNAs foram o miR-1 e miR-133b. Resultados e Conclusões: Os genes e microRNAs selecionados pela análise de microarray e validados por PCR em tempo real mostraram-se diferentemente expressos entre meningiomas com deleção do cromossomo 22q e meningiomas sem deleção do cromossomo 22q. Os genes ACVR1C, CCL18 e VGLL3 foram hipoexpressos em ambos os grupos de meningiomas, com deleção do cromossomo 22q e sem deleção do cromossomo 22q. O gene ASPN também foi hipoexpresso em meningiomas sem deleção do 22q quando comparado ao grupo controle. O gene OGDHL foi hiperexpresso em meningiomas sem a deleção do 22q quando comparado ao grupo controle. O gene BTC foi diferentemente expresso entre meningiomas com e sem deleção do 22q. Os microRNAs miR-1e miR-133b foram hipoexpressos em meningiomas com deleção do 22q e em mengiomas sem deleção do 22q. / Introduction: Among the primary tumors of the Nervous System, the meningioma is the most frequently diagnosed type, accounting for 35.5% of cases, considering all age groups. The genesis of meningiomas is a complex process that involves accumulation of genetic alterations, the most important event being the deletion in the long arm of chromosome 22. Understanding the initiation and growth of meningiomas at the molecular level can help developing new targets for therapy and, in this context, has been highlighted in the last decade the study of microRNAs (miRNAs). MiRNAs are a class of small non-coding RNAs which regulates gene expression and plays a crucial role in the development of many types of cancer. The recognition of their role in the pathophysiology of brain tumors has been coming into prominence. The aim of this study is to understand the involvement of chromosome 22q deletion in the expression profile of genes and miRNAs in meningiomas grade I and, with that, allow for a better understanding of its nature which may propose potential targets for new modalities of molecular therapy in the future. Patients and methods: In a previous study of our group, a global analysis by microarray methodology of genes and microRNAs was performed. Firstly, for group determination, a FISH technique analysis was done to identify which samples had the deletion of chromosome 22q and which had not and, by microarray analysis, were selected microRNAs and genes for validation by real-time PCR. In our present study 15 samples in each group were used: one group of meningiomas with deletion of chromosome 22q, a second one of meningiomas without deletion on chromosome 22q and a control group with 15 samples of normal arachnoid. The genes selected were ACVR1C, CCL18, VGLL3, ASPN, OGDHL and BTC and the miRNAs were miR-1 and miR-133b. Results and Conclusions: The genes and microRNAs selected by microarray analysis and validated by real-time PCR were differently expressed between meningiomas with deletion of chromosome 22q and meningiomas without deletion of chromosome 22q. The genes ACVR1C, CCL18 and VGLL3 were downregulated in both groups of meningiomas, either with deletion of chromosome 22q and without chromosome 22q deletion. The ASPN gene was downregulated in meningiomas without deletion of 22q when compared to the control group. The OGDHL gene was upregulated in meningiomas without deletion of 22q when compared to the control group. BTC was differentially expressed between meningiomas with and without deletion of 22q. The microRNAs miR-1 and miR-133b were downregulated in meningiomas with deletion of 22q and in mengiomas without deletion of 22q.
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Estudos de aspectos estruturais importantes na montagem de filamentos de septinas humanas / Investigation of Aspects Important in the Structural Assembly of Human Septin Filaments

Silva, Sabrina Matos de Oliveira da 12 August 2016 (has links)
Septinas compreendem uma conservada família de proteínas de ligação a nucleotídeo de guanina, capazes de formar filamentos. No entanto, apesar de sua importância em vários eventos celulares, ainda há pouca informação disponível no que diz respeita aos detalhes de suas funções moleculares e o mecanismo que conduz a formação de hetero-oligômeros. O objetivo desta tese foi a clonagem, co-expressão e cristalização de septinas e seus complexos (SEPT9-SEPT11-SEPT7; SEPT2-SEPT6-SEPT7-SEPT9; SEPT4-SEPT6-SEPT7 e SEPT4- SEPT8-SEPT7) seguidas por análise estrutural comparativa. Os cDNAs que codificam para as proteínas SEPT9, SEPT6, SEPT2, SEPT11, SEPT8, SEPT4, SEPT9GCα0 (resíduos 262-568) e SEPT9GC (resíduos 279-568) foram clonadas com sucesso em vetores de transferências ou de expressão. O complexo que foi melhor caracterizado, foi o composto por SEPT2-SEPT6-SEPT7-SEPT9GCα0, o qual foi confirmado por LC-MS/MS após digestão tríptica, revelando a produção in vitro de um complexo de septina tetramérico. Além disso, caracterizou-se o hetero dímero formado por SEPT7NGc-SEPT9GC. No entanto, as proteínas que foram mais plenamente investigadas foram as construções SEPT9GCα0 e SEPT9GC que foram estudados individualmente para caracterizações biofísicos e estruturais. SEPT9GCα0 apresentou-se bastante instável, porém, SEPT9GC foi eficientemente produzida e caracterizada. O estado oligomérico da proteína (monômero) foi confirmado por cromatografia de exclusão molecular. A proteína foi produzida na forma apo, e foi incapaz de hidrolisar GTP. A finidade de SEPT9GC pelos nucleotídeos GDP e GTPγS, foi avaliada por Calorimetria de Titulação Isotérmica -ITC, revelando que SEPT9GC possui uma maior afinidade por GTPγS, com Kd de 25,9 µM, o qual é dependente do íon Mg2+. Foram realizados estudos de cristalização dessa proteína, que resultou em cristais de alta resolução, com a proteína complexada a GDP e GTPγS. Interessantemente, a estrutura do complexo de SEPT9GC com o nucleotídeo GTPγS foi obtido por soaking de um cristal previamente obtido complexado com GDP. Este é o primeiro relatório da aplicação deste método para septinas. Finalmente, obtivemos três conjuntos de dados cristalográficos, dois para SEPT9GC-GDP, com resolução de 2.8 Å e 2.1Å e um conjunto de dados de SEPT9GC-GTPγS obtido a 2.8 Å. Dentre as principais características observadas na estrutura de SEPT9GC, tem-se a interface NC responsável pela polimerização dos filamentos, a qual se mostrou diferente dependendo do tipo de nucleotídeo ligado, com encurtamento do filamento na presença de GTPγS. Isso indica a comunicação entre as interfaces consecutivas G e NC ao longo do filamento. A mudança conformacional na interface envolve o rearranjo dos resíduos que são altamente conservados em todas as septinas, bem como alguns que são específicos do grupo de SEPT9 e podem ter implicações para a montagem de filamentos e de associação da membrana. / Septins belong to a highly conserved family of guanine nucleotide binding proteins, capable of forming filaments. Despite their importance for several critical cellular events including cell division, little information is available about their molecular functions and the mechanism which leads to the formation of hetero-oligomers. The aim of this thesis was the cloning, co-expression and crystallization of septins and their complexes (SEPT9-SEPT11-SEPT7; SEPT2-SEPT6-SEPT7-SEPT9; SEPT4-SEPT6-SEPT7 and SEPT4-SEPT8-SEPT7), followed by comparative structural analysis. The cDNAs coding for the proteins SEPT9, SEPT6, SEPT2, SEPT11, SEPT8, SEPT4, SEPT9GCα0 (residues 262-568) and SEPT9GC (residues 279-568) were successfully cloned into transferable or expression vectors. The best characterized complex was that composed of SEPT2-SEPT6-SEPT7-SEPT9GCα0, which was confirmed by LC-MS/MS analysis after triptic digestion, unveiling the in vitro production of a tetrameric septin complex. Additionally, we characterized the hetero-dimer formed by SEPT7NGc-SEPT9GC. However, the most fully investigated proteins were the constructs SEPT9GCα0 and SEPT9GC which were studied individually for biophysical and structural characterizations. SEPT9GCα0 was highly unstable contrasting with SEPT9GC that was efficiently produced and characterized. The presence of the oligomeric state of SEPT9GC (monomer) was confirmed by molecular exclusion chromatography. The protein was produced in the apo form and was capable of hydrolyzing GTP. The affinity of SEPT9GC for GDP and GTPγS nucleotides was evaluated by Isothermal Titration Calorimetry (ITC) revealing that SEPT9GC has a higher affinity for GTPγS, with a Kd of 25.9 µM, which is dependent on the presence of Mg2+. Crystallization studies of this protein were performed, obtaining high quality crystals of protein complexes with GDP and GTPγS. Interestingly, the structure of the complex of SEPT9GC with the nucleotide GTPγS was obtained by soaking a previously grown crystal of the GDP complex. This is the first report of the application of this method for septins. Finally, we have obtained three sets of crystallographic data, two for SEPT9GC-GDP, at resolutions of 2.8 Å and 2.1 Å, and one set of data for SEPT9GC-GTPγS at 2.8 Å. Among the main characteristics observed in the SEPT9GC structure is the NC interface responsible for filament polymerization, which is shown to vary according to the type of bound nucleotide, with foreshortening of the filament in the presence of GTPγS. This indicates communication between consecutive G and NC interfaces along the filament. The conformational change at the interface involves the rearrangement of residues which are highly conserved in all septins as well as several which are SEPT9 group specific and may have implications for filament assembly and membrane association.
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Estudo da expressão gênica e de polimorfismos do gene ABCA1 em indivíduos sob terapia hipolipemiante / ABCA1 gene expression and polymorphisms on patients under hypolipemic therapy

Genvigir, Fabiana Dalla Vecchia 28 June 2007 (has links)
A ATP-binding cassette transporter A1 (ABCA1) é uma proteína transmembrana responsável pelo efluxo celular de colesterol e fosfolipídeos, que é um passo essencial para o transporte reverso do colesterol e para a biogênese da HDL. Polimorfismos do gene ABCA1 foram associados com risco de doença arterial coronariana, variações no perfil lipídico e diferenças na resposta a fármacos hipolipemiantes. Com a finalidade de avaliar os efeitos de polimorfismos do ABCA1 sobre a expressão gênica e a resposta a vastatinas, foram selecionados indivíduos normolipidemicos (NL, n=143) e hipercolesterolêmicos (HC, n=224). A resposta a atorvastatina (10 mg/dia/4 semanas) foi avaliada pelo perfil lipídico sérico em 141 indivíduos do grupo HC (ATORVA). DNA e RNA total foram extraídos de amostras de sangue periférico. Os polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) G70943A (R219K), C-14T e C-105T, uma variante nova do ABCA1, foram detectados por PCR-RFLP e confirmados por seqüenciamento de DNA. A expressão de RNAm do ABCA1 em células mononucleares do sangue periférico (CMSP) foi analisada por PCR-duplex e PCR em tempo real, utilizando o gene GAPD como referência endógena. A freqüência do alelo -105T foi 1,4% em NL e 2,0% em HC. O alelo 70943A (genótipos GA+AA) foi associado com maior concentração sérica basal de apoAI (NL), de HDL-c (ATORVA) e com menores concentrações basais de triglicerídeos e VLDL-c e menor índice TG/HDL-c (HC e ATORVA) em comparação com o genótipo 70943GG (p<0,05). O polimorfismo C-105T está em desequilíbrio de ligação com o SNP C-14T (p=0,006). Portadores do alelo -105T (genótipos CT+TT), quando comparados aos portadores do genótipo -105CC, tiveram menores valores basais de triglicerídeos e VLDL-c, maior concentração de HDL-c e menor índice TG/HDL-c nos grupos HC e ATORVA e também maiores concentrações de apoAI e menor índice apoB/apoAI no grupo ATORVA (p<0,05). Nos grupos HC e ATORVA, os portadores do haplótipo -14CT+TT/-105CT+TT tiveram menores valores de triglicerídeos e VLDL-c basais, maiores concentrações de HDL-c e menor índice TG/HDL-c quando comparados aos portadores dos outros haplótipos (p<0,05). A expressão basal do ABCA1 foi menor nos HC que nos NL independentemente da taxa de expressão alta (GM1) ou baixa (GM2). Este efeito foi associado com os SNPs C-14T e G70943A SNPs. Após o tratamento com atorvastatina, a expressão de RNAm foi reduzida nos HC portadores do alelo - 14T em comparação com os portadores de alelo -14C. Esses resultados são sugestivos de que ABCA1 SNPs estão envolvidos na variação do perfil lipídico sérico e na expressão de RNAm em resposta a atorvastatina. / The ATP-binding cassette transporter A1 (ABCA1) is a transmembrane protein involved on cholesterol and phospholipid cellular efflux, which is an essential step for the reverse cholesterol transport and HDL biogenesis. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the ABCA1 gene have been associated with increased risk of coronary heart disease, differences on serum lipid profile and response to lowering-cholesterol drugs. We have evaluated the influence of ABCA1 SNPs on mRNA expression and lipid-lowering response to atorvastatin. Normolipidemic (NL, n=143) hypercholesterolemic (HC, n=224) individuals were enrolled in this study and the response to atorvastatin (10 mg/day/4 weeks) was evaluated in HC individuals (ATORVA, n=141). Blood samples were collected for biochemical analyses, genomic DNA and total RNA extraction. SNPs G70943A (R219K), C-14T and C-105T, a novel variant of ABCA1, were detected by PCR-RFLP and confirmed for DNA sequencing. ABCA1 mRNA expression in peripheral blood mononuclear cells (PBMC) was analysed by PCR-duplex and Real Time PCR, using the GAPD as the endogenous reference. In HC and NL, the frequency of -105T allele was 2.0% and 1.4%, respectively. The 70943A allele (genotypes GA+AA) was associated with higher basal concentrations of apoAI (NL) and HDL-c (ATORVA) and lower triglyceride and VLDL-c and TG/HDL-c ratio (HC and ATORVA) than the 70943GG genotype (p<0.05). We found a linkage disequilibrium between C-14T and C-105T SNPs in HC group (p=0.006). Individuals carrying -105T allele (CT/TT genotypes), when compared with -105CC carriers, had lower basal concentrations of triglyceride and VLDL-c, higher concentration of HDL-c and lower TG/HDL-c ratio in HC and ATORVA groups and also higher concentration of apoAI and lower apoB/apoAI ratio in ATORVA group (p<0.05). In HC and ATORVA, individuals with -14CT+TT/-105CT+TT haplotype had lower basal values of triglyceride and VLDL-c, higher concentration of HDL-c and lower TG/HDL-c ratio than carries of others haplotypes (p<0,05). ABCA1 mRNA basal expression was lower in HC when compared to NL independently of high (GM1) or low (GM2) basal expression rate. This effect was associated with C-14T and G70943A SNPs. After atorvastatin treatment, mRNA expression was reduced in HC individuals carrying -14T allele in comparison with the -14C allele carriers. These results are sugestive that ABCA1 SNPs are involved on variation of serum lipid profile and mRNA expression in response to atorvastatin.
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Avaliação da expressão de genes processadores de danos oxidativos em pacientes com Alzheimer / Oxidative damage-related genes expression profile evaluation in patients with Alzheimers disease

Oliveira, Douglas Vinicius Nogueira Perez de 24 September 2007 (has links)
Uma parcela significativa das lesões na molécula do DNA é causada por espécies reativas de oxigênio e a sua produção excessiva e/ou o funcionamento deficiente dos sistemas celulares antioxidantes, que neutralizam a sua ação, é conhecido como estresse oxidativo. Os danos em células normais são prontamente detectados por um sistema de defesa e, em conseqüência, uma rede intrínseca de sinalizações é ativada, sendo que uma das vias resulta na ativação dos mecanismos de reparo do DNA. O reparo por excisão de bases (BER) parece ser a via preferencial de reparo de bases oxidadas, mas existem outras vias de reparo implicadas na reversão do dano oxidativo. A doença de Alzheimer (DA), uma patologia causada particularmente por danos oxidativos, acomete atualmente cerca de 25 milhões de pessoas no mundo, sendo o risco aumentado a partir dos 65 anos de idade. Com isso, a necessidade da identificação de fatores de risco, além de fatores protetores relacionados à DA, tornou-se de grande importância. Por outro lado, há também a necessidade de estudos em nível molecular, que possam fornecer informações sobre os mecanismos que levam ao desenvolvimento da doença. Nesse sentido, foi realizado no presente trabalho, um estudo de expressão gênica transcricional pelo método de microarranjos de DNA, bem como uma análise por PCR em tempo real para uma série de genes envolvidos na resposta ao dano oxidativo no DNA (percepção de danos e reparo do dano), além de outros genes relacionados à doença. Adicionalmente, foram também avaliadas as quebras na fita dupla de DNA causadas por bases oxidadas, em linfócitos de pacientes de Alzheimer (grau moderado) e indivíduos sadios, usando-se métodos de detecção de bases oxidadas (8-oxoGuanina). Entre os vinte genes analisados pelo método de PCR quantitativa em tempo real, apenas a APOE mostrou-se induzida, enquanto 19 genes (ADAM17, APEX1, APP, BACE1, OGG1 ATM, ATR, TREX1, FEN1, FANCG, RAD17, DUSP, ERCC1, ERCC3, ERCC6, HUS1, RAD9, RAD1, PRKDC) foram reprimidos transcricionalmente. Essa repressão verificada para a maior parte dos genes estudados indica que várias vias de sinalização celular ligadas a respostas ao estresse oxidativo, incluindo-se as várias vias de reparo do DNA, podem estar envolvidas na condição DA. Adicionalmente, a análise de expressão gênica por microarranjos de cDNA indicou uma série de 41 genes significativamente modulados (q < 0,06) (dentre eles, NOTCH1, MARK3, PAK, SMC1L1) mas para a maioria destes não há relatos na literatura sobre uma possível relação com DA. Por essa razão, o método de microarranjos de cDNA aponta novas vias que possam estar alteradas em DA, o que constitui uma informação importante. Em conjunto, os dados obtidos no presente estudo fornecem uma contribuição relevante, que futuramente poderão contribuir em termos de intervenção terapêutica. / A great amount of DNA molecule lesions is caused by reactive oxygen species and its synthesis in excess and/or misfunctioning of antioxidant cell systems, which neutralize its effects, is known as oxidative stress. Damage in normal cells is readily detected by a defence system and as consequence, a complex signaling pathway is activated, among them DNA repair mechanisms. The base excision repair (BER) seems to be the primary repair pathway in base oxidative damages, however there are other pathways that are involved in their repair. The Alzheimers disease (AD), a pathology caused particularly by oxidative damages, hits 25 million people worldwide, and its prevalence increases every 5 years beyond age 65. Therefore, there is an emerging need of finding risk factors, as well as protective factors related do AD. By the other hand, it is also necessary molecular studies, which could provide precious information about the mechanisms which lead to the disease development. In the present work, it was made a study about transcriptional gene expression by cDNA microarray, as well as Real Time PCR analysis in a series of genes involved in oxidative DNA damage response (sensing and damage repair), and others associated with the disease. In addition, it were also evaluated DNA strand breaks induced by oxidized bases in lymphocytes from Alzheimers patients (moderate level) and healthy individuals, by oxidized bases (8- oxoguanine) detection methods. Among the twenty genes tested by the quantitative Real Time PCR assay, only APOE was induced, as the remaining 19 (ADAM17, APEX1, APP, BACE1, OGG1 ATM, ATR, TREX1, FEN1, FANCG, RAD17, DUSP, ERCC1, ERCC3, ERCC6, HUS1, RAD9, RAD1, PRKDC) were found repressed. This observed inhibition in most of genes studied shows that many cell signaling pathways associated to oxidative stress response, including DNA repair pathways, may be also involved in the AD pathology. Additionally, the gene expression analysis by cDNA microarrays showed transcriptional alterations in 41 genes (q < 0.06) (among them, NOTCH1, MARK3, PAK and SMC1L1), but for most of them, there are no reports in the literature about their possible relationship with AD, what brought us new important information. Together, all the data obtained in the preset study provide a relevant contribution, which, in the future, may help on new therapeutic designs.
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Identification of genes associated with intramuscular fat deposition and composition in Nellore breed / Identificação de genes associados à deposição e composição da gordura intramuscular em bovinos da raça Nelore

Cesar, Aline Silva Mello 03 July 2014 (has links)
The amount and composition of intramuscular fat (IMF) influence the sensory characteristics, nutritional value of beef and human health. The amount of fatty acid and its composition in beef varies by breed, nutrition, sex, age or carcass finishing level. The fat deposition and composition are determined by many genes that participate directly or indirectly in adipogenesis and lipid metabolism. The selection of animals with fat amount and composition suitable for the consumer is complex due to high cost of measurement, the moderate heritability and polygenic traits (many genes are involved with these traits). In the last decade with a great advance in bovine genomics resulted in the complete genome sequencing and the development of high-density chips of SNPs. This scientific advance jointly with technological improvement allowed the identification of genes responsible for important quantitative traits in cattle. This study aimed to identify and characterize genes associated with the deposition and composition of intramuscular fat in Nellore. A genome-wide association study (genome- wide association studies, GWAS) was performed to identify genomic regions associated with traits of interest and positional candidate genes. A total RNA sequencing (RNA-Seq) analysis was applied to transcriptome study of Longissimus dorsi muscle. Three hundred and eighty six Nellore steers were used for the evaluation of lipid content and fatty acid profile of LD, and genotyping with high-density chip SNP (SNP800 Illumina BeadChip). A subset of 14 animals, seven animals for each extremes of genomic estimated values (GEBV) were used to RNA-Seq analysis. Twenty-five genomic regions (1 MB window) were associated with the deposition and composition of intramuscular fat, which explained >= 1 % of the genetic variance. These regions were identified on chromosomes 2, 3, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 17, 26 and 27, many of these have not previously been found in other breeds and in these regions important genes were identified. Genomic regions and genes identified and presented here should be contribute to a better understanding of the genetic control of deposition and fat composition in beef cattle, and can be applied in breeding programs for animals that produce a quality and healthy beef to human consumers. / A quantidade e composição da gordura intramuscular (GIM) pode influenciar as características sensoriais, o valor nutricional da carne bovina e na saúde humana. O perfil dos seus ácidos graxos pode se apresentar de maneira diversificada conforme a genética, o manejo e a nutrição dos animais de origem. A deposição e composição da gordura são determinadas por muitos genes que participam direta ou indiretamente da adipogênese e do metabolismo lipídico. A seleção de animais com teor e composição de gordura adequado para o consumidor é complexa pela difícil mensuração destas características, pela moderada herdabilidade e pelo desconhecimento dos genes envolvidos. Na última década, presenciamos um grande avanço na área da genômica bovina que resultou no sequenciamento completo do genoma e no desenvolvimento de chips de alta densidade de SNP. Este progresso científico, aliado aos avanços tecnológicos de equipamentos, resultou na identificação de genes responsáveis pela determinação de características quantitativas de interesse científico e comercial na bovinocultura. Este estudo teve como objetivo identificar e caracterizar genes associados à deposição e composição de gordura intramuscular em bovinos Nelore. Para este fim foi conduzido um estudo de associação genômica (Genome-wide association studies, GWAS) para identificar regiões genômicas associadas às características de interesse e identificar genes candidatos posicionais. Para o estudo de expressão diferencial foi conduzido um estudo do transcriptoma a partir do sequenciamento de RNA total (RNA-Seq) do músculo Longissimus dorsi. Foram utilizados 386 Nelores para a avaliação do teor de lipídeos total e perfil de ácidos graxos do músculo LD e, genotipagem com chip de alta densidade de SNP (Illumina SNP800 BeadChip). Um subconjunto de 14 animais, sendo sete animais de cada extremo para os valores genômicos estimados (GEBV) foi utilizado para o estudo de RNA-Seq. Foram encontradas 25 regiões genômicas (intervalos de 1 MB) associadas com deposição e composição de gordura intramuscular, as quais explicaram >= 1% da variância genética. Estas regiões foram identificadas nos cromossomos 2, 3, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 17, 26 e 27, muitas destas não foram previamente detectadas em outras raças. Nestas regiões foram identificados importantes genes e podem ajudar no entendimento da base genética envolvida na deposição e composição de gordura. As regiões genômicas e genes aqui identificados e apresentados contribuem para um melhor entendimento do controle genético da deposição e composição de gordura em gado de corte e ainda podem ser aplicados em programas de seleção genética de animais que produzam carne com qualidade e com perfil de gordura saudável ao homem.
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Expressão de genes de vias de reparo de dano ao DNA em células infectadas por papilomavírus humano (HPV). / Expression of DNA damage repair pathways associated genes in cells infected with human papillomavirus (HPV).

Prati, Bruna 25 April 2014 (has links)
Os papilomavírus humanos são vírus de DNA que infectam epitélios em regiões anatômicas específicas. Alguns tipos de HPV, coletivamente denominados de alto risco oncogênico, têm associação etiológica com o câncer do colo do útero. Estes vírus expressam dois oncogenes, E6 e E7, que alteram o ciclo celular e o programa de diferenciação das células. Isto promove o acúmulo de defeitos mitóticos e instabilidade genômica, contribuindo à transformação maligna. Alterações nos sistemas de reparo de dano ao DNA associadas à presença de HPV têm sido descritas em diferentes modelos experimentais, no entanto, não tem sido analisadas de maneira sistemática. No presente estudo, avaliamos a expressão de 135 genes envolvidos nas vias de reparo de dano ao DNA em queratinócitos primários humanos e em linhagens derivadas de carcinomas do colo do útero positivas e negativas para HPV. Nossos resultados indicam a presença de alterações importantes na expressão de genes envolvidos nas vias de reparo de dano ao DNA em linhagens derivadas de tumores do colo do útero. / Human papillomaviruses are DNA viruses that infect epithelia in specific anatomical regions. Some HPV types, collectively known as high-risk types are etiologically associated with cervical cancer. These viruses express two oncogenes E6 and E7 that alter the cell cycle and cell differentiation. Besides, they promote genomic instability and the accumulation of mitotic defects contributing to malignant transformation. Alterations in the DNA damage repair systems associated with HPV presence have been described in various experimental model systems. However, they have not been systematically analyzed. In this study, we evaluated the expression of 135 genes involved in the DNA damage repair pathways in primary human keratinocytes and cervical cancer derived cell lines. Our results show the presence of important alterations in the expression of DNA damage repair genes in cervical cancer derived cell lines.
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Efeitos de hipolipemiantes sobre a expressão de CYP3A4 e CYP3A5 in vitro e in vivo / Hypolipemiant effects on CYP3A4 and CYP3A5 mRNA expression in vitro and in vivo

Willrich, Maria Alice Vieira 07 October 2011 (has links)
Introdução: As CYP3A4 e CYP3A5 são enzimas do citocromo P450 responsáveis pela biotransformação de esteróides endógenos e vários fármacos, entre eles as estatinas. Polimorfismos nos genes CYP3A4 e CYP3A5 (CYP3A4*1B, CYP3A5*3C e CYP3A5*1D) foram associados com diferenças na resposta hipolipemiante de indivíduos tratados com atorvastatina e sinvastatina. Neste estudo foram avaliados os efeitos de hipolipemiantes sobre a expressão e a atividade de CYP3A4 e CYP3A5, em linhagens celulares HepG2 e Caco-2 e em CMSP de indivíduos hipercolesterolêmicos, e sua relação com variantes de CYP3A4 e CYP3A5. Métodos: Foram analisados 99 indivíduos normolipidêmicos (NL) e 139 hipercolesterolêmicos (HC). Os HC foram tratados com atorvastatina (10 mg/dia/4 semanas). A genotipagem das variantes CYP3A4*1B, CYP3A5*3C e CYP3A5*1D foi feita por PCR-RFLP ou sequenciamento. A análise da expressão de RNAm de CYP3A4 e CYP3A5 foi avaliada por PCR em tempo real quantitativo (PCRq). As proteínas totais de HepG2 foram avaliadas por Western Blotting. A atividade de CYP3A4 e CYP3A5 in vivo foi avaliada pela relação entre cortisol e seu metabólito, 6&#946;-hidróxicortisol, na urina (razão 6&#946;OH-cortisol/cortisol), por CLAE. Resultados: O perfil de expressão basal de RNAm de CYP3A4 e CYP3A5 é diferente entre HepG2 e Caco-2. Caco-2 expressa 31 vezes mais CYP3A4 e 122 vezes mais CYP3A5 que HepG2. Em células HepG2 tratadas por 12 h, a atorvastatina 20 &#181;M aumentou a expressão de CYP3A4 em 10 vezes, em relação ao controle (p=0,006). Após 24 h de tratamento, atorvastatina (1-20 &#181;M) aumentou a expressão de CYP3A4 em 5 a 8 vezes, nas HepG2 (p< 0,001). Para CYP3A5, a exposição por 12 h à atorvastatina 20 &#181;M aumentou a expressão em 4 vezes em relação ao controle ( p<0,001). A exposição à sinvastatina 1,0 &#181;M por 24 h aumentou a expressão de CYP3A4, em 2 vezes (p<0,01), em HepG2. Também se observou que, nesse tempo de tratamento, a sinvastatina (0,1 &#181;M a 10 &#181;M) aumentou a expressão de CYP3A5 em 2 a 4 vezes (p<0,05). A linhagem HepG2 apresenta alelos funcionais (CYP3A4*1A e CYP3A5*1A) em homozigose. A linhagem Caco-2 apresenta os alelos não funcionais CYP3A5*3C e CYP3A5*1D, em heterozigose. Também foi avaliada a expressão das proteínas CYP3A4 e CYP3A5 por Western Blotting, em células HepG2, após atorvastatina (0,1 a 20 &#181;M) e sinvastatina (0,01 a 10 &#181;M) por 12 e 24 h. O perfil de expressão das proteínas não diferiu com os tratamentos. Nas células mononucleares do sangue periférico (CMSP), a expressão de RNAm basal de CYP3A4 é cerca de 2,5 a 9,6 vezes maior que a expressão de CYP3A5 (p< 0,05). Observou-se correlação da expressão de CYP3A4 e CYP3A5 nessas células, antes (r2 = 0,22; p< 0,0001) e após o tratamento (r2 = 0,58; p<0,0001) com atorvastatina. A expressão basal de RNAm de CYP3A4 e CYP3A5 é maior nos indivíduos (NL) que nos indivíduos (HC) (p<0,05). A atorvastatina não influenciou a expressão de CYP3A4 e CYP3A5 em CMSP (p> 0,05). Os indivíduos NL apresentam atividade de CYP3A4 e CYP3A5 basal maior que os indivíduos HC- (p<0,0001). O tratamento com atorvastatina não alterou a atividade de CYP3A4 e CYP3A5 nos HC (p>0,05). As variantes gênicas estudadas (CYP3A4*1B, CYP3A5*3C e CYP3A5*1D) como grupos haplotípicos não afetaram a resposta ao tratamento, a expressão de RNAm ou a atividade de CYP3A4 e CYP3A5, embora o haplótipo AGT tenha expressão basal de RNAm de CYP3A5 menor que os portadores de haplótipos GAT e GAC (p<0,005). Conclusão: Os resultados deste trabalho nos permitem concluir que a atorvastatina e a sinvastatina, mas não a ezetimiba, influenciam a expressão de CYP3A4 e CYP3A5 in vitro, em linhagem derivada de hepatócitos (HepG2), e que este efeito não foi reproduzido em linhagem derivada de enterócitos (Caco-2). A expressão de CYP3A4 e CYP3A5 tem grande variabilidade interindividual, independente do grupo haplotípico de cada indivíduo, e que não é influenciada pela atorvastatina. / Background: CYP3A4 and CYP3A5 are enzymes from the cytochrome P450 resposible for the biotransformation of endogenous steroids and several drugs, e.g. statins. Polymorphisms in CYP3A4 and CYP3A5 (CYP3A4*1B, CYP3A5*3C and CYP3A5*1D) have been associated with variation of lipid-lowering response in individuals treated with atorvastatin and simvastatin. In this study we evaluated the effect of hypolipemiants on expression and activity of CYP3A4 and CYP3A5, in HepG2 and Caco-2 cell lines as well as peripheral blood mononuclear cells (PBMC) in hypercholesterolemic individuals, and their relationship with CYP3A4 and CYP3A5 variants. Methods: We analyzed 99 normolipidemic individuals (NL) and 139 hypercholesterolemic (HC). HC subjects were treated with atorvastatin (HC, 10 mg/day/4 weeks). Analysis of CYP3A4*1B, CYP3A5*3C e CYP3A5*1D variants was performed with PCR-RFLP or sequencing assays and mRNA expression of CYP3A4 and CYP3A5 with Quantitative Real-time PCR (qRT-PCR) was performed . Total protein content was extracted from HepG2 for Western Blotting experiments. Activity of CYP3A4 and CYP3A5 in vivo was evaluated by 6&#946;OH-cortisol and cortisol ratio in urine samples, by HPLC-UV method. Results: Baseline mRNA expression is different for HepG2 and Caco-2. Caco-2 expresses 31 times more CYP3A4 and 122 times more CYP3A5 than HepG2. In HepG2 cells treated for 12h, atorvastatin 20 &#181;M increased CYP3A4 expression in 10 times, when compared to the control (p=0.006). After 24h treatment, atorvastatin (1-20 &#181;M) increased CYP3A4 mRNA expression in 5 to 8 times, in HepG2 (p< 0.001). To CYP3A5, exposure for 12h to atorvastatin 20 &#181;M increased expression in 4 times when compared to the control (p<0.001). Exposure to simvastatin 1.0 &#181;M for 24 h increased CYP3A4 expression in 2 times, (p<0.01), in HepG2. With the 24h treatment,simvastatin (0.1 &#181;M - 10 &#181;M) CYP3A5 showed increased mRNA expression in 2 to 4 times (p<0.05). HepG2 cell line carries homozygous functional alleles (CYP3A4*1A e CYP3A5*1A). Caco-2 carries heterozygous CYP3A5*3C and CYP3A5*1D. We evaluated the protein expression of CYP3A4 and CYP3A5 with Western Blotting in HepG2 cells, after atorvastatin (0.1 - 20 &#181;M) and simvastatin (0.01 - 10 &#181;M) for 12 and 24 h. The proteins profile did not change with statins treatment. In PBMC, baseline mRNA expression of CYP3A4 is approximately 2.6 to 9.5 times higher than CYP3A5 (p< 0.05). There was a correlation in expression between CYP3A4 and CYP3A5, before (r2 = 0.22; p< 0.0001) and after treatment (r2 = 0.58; p<0.0001) with atorvastatin. Baseline mRNA expression of CYP3A4 and CYP3A5 is higher in (NL) than in (HC) (p<0.05). Atorvastatin treatment did not increase CYP3A4 and CYP3A5 mRNA in PBMC (p>0.05). CYP3A4/5 activity was higher in NL subjects than in HC (p<0.0001). Atorvastatin treatment did not affect CYP3A4/5 activity in HC (p>0.05). The studied variants CYP3A4*1B, CYP3A5*3C e CYP3A5*1D analyzed as a haplotype block did not affect response to treatment, mRNA expression or activity of CYP3A4 and CYP3A5. However, AGT haplotype showed lower CYP3A5 mRNA expression levels when compared to GAC and GAT haplotypes at baseline (p<0.05). Conclusion: The results of this study allow us to conclude that atorvastatin and simvastatin, but not ezetimibe, influence the expression of CYP3A4 and CYP3A5 mRNA in vitro in HepG2 cell line, but this effect was not reproduced in Caco-2 cell line or PBMC. CYP3A4 and CYP3A5 present great interindividual variability, despite the individual´s haplotype and is not influenced by atorvastatin.
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Estudo das vias de ativação do CREB na neuroplasticidade induzida por cocaína em camundongos adolescentes e adultos. / Study of the pathways of CREB activation in cocaine-induced neuroplasticity in adolescent and adult mice.

Maluf, Maria Cristina Valzachi Rocha 25 April 2017 (has links)
A fase da adolescência difere da adulta em parâmetros comportamentais e neurológicos. A proteína de ligação responsiva ao AMPc (CREB) é um fator de transcrição regulado por três vias principais: PKA, CaMK e ERK, as quais apresentam atividade alterada em resposta à cocaína. Neste trabalho, foram avaliadas as atividades dessas vias, bem como os níveis de um de seus genes alvo (prodinorfina), do inibidor endógeno de CRE (Icer) e da proteína ativadora de CREB (CBP) em resposta à administração de cocaína, além dos comportamentos induzidos pelo psicoestimulante. Os adolescentes apresentaram maior sensibilização psicomotora, atividade exploratória e comportamento tipo ansiedade em comparação aos adultos. Os adolescentes exibiram aumento da atividade da via da PKA e da expressão de Icer, CBP e Pdyn; os adultos apresentaram diminuição de CaMKs, GluR1 e Icer. Essas diferentes respostas neuroadaptativas podem ajudar na compreensão dos mecanismos ontogênicos envolvidos na dependência. / The adolescence differs from adulthood in behavioral and neurochemichal aspects. The cAMP responsive binding protein (CREB) is a transcription factor regulated by three main pathways in the mesolimbic-dopaminergic circuit: PKA, CaMK and ERK, which are modulated by cocaine. This study evaluated the activity of these pathways, as well as the levels of one of its main target genes (prodynorphin), endogenous CRE inhibitor (Icer) and CREB binding protein (CBP) in response to cocaine administration, besides the behaviors induced by the psychostimulant. Adolescents presented greater locomotor activation, psychomotor sensitization, exploratory activity and anxiety-like behavior compared to adults. Adolescents exhibited increased PKA pathway activity and expression of Icer, CBP, and Pdyn; adults showed decreased levels of CaMKs, GluR1 and Icer. These different neuroadaptive responses may help understanding the ontogenic mechanisms involved in addiction.
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Estrutura, expressão e análise funcional do gene codificando Calmodulina no fungo aquático Blastocladiella emersonii / Structure, expression and functional analysis of the gene encoding Calmodulin in the aquatic fungus Blastocladiella emersonii

Simão, Rita de Cássia Garcia 30 August 2000 (has links)
O único gene para Calmodulina (CaM) e o cDNA correspondente do quitridiomiceto Blastocladiella emersonii foram isolados e caracterizados. O gene CaM é interrompido por três introns e transcrito como uma única espécie de mRNA de 0,7 kb, codificando uma proteína 91% idêntica à CaM humana. A Calmodulina de B. emersonii foi expressa em Escherichia coli como uma proteína de fusão com Glutationa-S-transferase (GST), purificada por cromatografia de afinidade e clivada da porção GST usando uma protease sítio específico. Na presença de Ca2+, a CaM de B. emersonii exibiu uma alteração na mobilidade eletroforética semelhante à CaM bovina e foi capaz de ativar a autofosforilação da proteína quinase dependente de Ca+2-CaM (CaMKII) de cérebro de rato. A expressão da Calmodulina é regulada durante o desenvolvimento em B. emersonii, o mRNA da CaM e a concentração da proteína aumentam durante a esporulação atingindo um nível máximo antes da liberação dos zoósporos no meio, no final deste estágio. Os níveis da proteína e do mRNA decrescem drasticamente no estágio de zoósporo aumentando novamente durante a germinação. Os antagonistas de CaM, composto 48/80, calmidazolium e W7 inibiram completamente a esporulação de B. emersonii quando adicionados às culturas pelo menos 120, 150 e 180 min após a indução, respectivamente. Todas estas drogas também inibiram o crescimento e a produção de zoósporos neste fungo. O bloqueador de canais de Ca+2 , TMB-8, e o inibidor de CaMKII KN93 inibiram completamente a esporulação quando adicionados até 60 minutos após a indução deste estágio, porém apenas KN93 afetou o crescimento do fungo. Os dados apresentados sugerem que o complexo Ca+2-CaM e a CaMKII têm um papel importante durante o crescimento e esporulação em B. emersonii. / The single Calmodulin (CaM) gene and the corresponding cDNA of the chytridiomycete Blastocladiella emersonii were isolated and characterized. The CaM gene is interrupted by three introns and transcribed in a single 0,7 kb mRNA species, encoding a predicted protein 91% identical to the human CaM. B. emersonii CaM has been expressed in Escherichia coli as a fusion protein with Gluthatione-S-transferase (GST), and purified by affinity chromatography and cleavage from the GST portion using a site-specific protease. In the presence of Ca2+, B. emersonii CaM exhibited a shift in apparent Mr similar to that observed with bovine CaM and was able to activate the autophosphorylation of CaM-dependent protein kinase II (CaMKII) from rat brain. CaM expression is developmentally regulated in B. emersonii, CaM mRNA and protein concentrations increasing during sporulation with maximum levels observed prior to the release of the zoospores to the medium at the end of this stage. Both CaM protein and mRNA levels decrease drastically at the zoospore stage, increasing again during germination. The CaM antagonists, compound 48/80, calmidazolium, and W7 were shown to completely inhibit B. emersonii sporulation when added to the cultures at least 120, 150 and 180 min after induction, respectively. All these drugs also inhibited growth and zoospore production in this fungus. The Ca2+ channel blocker TMB-8 and the CaMKII inhibitor KN93 completely inhibited sporulation if added up to 60 min after induction of this stage, but only KN93 affected fungal growth. The data presented suggest that Ca2+-CaM complex and CaMKII play an important role during growth and sporulation in B. emersonii.
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A liberdade de expressão e o pluralismo no constitucionalismo contemporâneo

Araújo, Marilene 26 January 2016 (has links)
Made available in DSpace on 2016-04-26T20:24:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Marilene Araujo.pdf: 1589024 bytes, checksum: 861d05eaf6a7cbf03b7ba21908afd89a (MD5) Previous issue date: 2016-01-26 / Summary: No pluralism there is no effective exercise of the right to freedom of expression, being the regular law such freedom via constitutional system. The law, communication and human sociality are inextricably linked. Humanity without communicational interactions can not exist. The very human dignity is only possible with the preservation of freedom and communication, and freedom of expression appears as power to act human. In social terms the various networks of conversations where emerging culture means that there is a plurality of opinion, cultures. The more free speech, more plurality and the more plurality, more freedom of expression. It is a circular and complex way. Freedom of expression currently understood is a construct and not a given post. Greece was the right to speak in the Agora. A revolution of the media does this freedom go through the emergence of the press and the revolutions of the eighteenth century. The result is positivization this freedom through international and constitutional documents. A second revolution is the technology of electromagnetic waves and the emergence of radio and television, once again the law regulates via grants system and the public service institute. Constitutions and American, French and German jurisprudence buildings bring notions of freedom of expression from the perspective of pluralism. Similarly, the European and American human rights protection system does. The Brazil supported in its constitution and in international treaties have a protection system which includes the freedom of expression and pluralism, but still faces problems for the realization of this right. The challenges are many, because now comes a third revolution of the medium with the arrival of the internet, the market players. But any proposal must pass the non divisibility of social and individual sphere. The law can regulate and carry out increasingly setting such freedom, punishing, rewarding and offering subsidies for realization of freedom of expression / Sem pluralismo não há efetivo exercício do direito a liberdade de expressão, cabendo ao Direito regular tal liberdade via sistema constitucional. O Direito, a comunicação e a socialidade humana são indissociável. A humanidade sem interações comunicacionais não pode existir. A própria dignidade humana só é possível com a preservação da liberdade e da comunicação, sendo que a liberdade de expressão aparece como potência de agir do humano. No plano social as várias redes de conversações onde emergem a cultura faz com que haja a pluralidade de opinião, culturas. Quanto mais liberdade de expressão, mais pluralidade e quanto mais pluralidade, mais liberdade de expressão. É um caminho circular e complexo. A liberdade de expressão atualmente entendida é um construir e não um dado posto. Na Grécia era o direito à palavra na Ágora. A revolução dos meios de comunicação faz essa liberdade passar pelo surgimento da imprensa escrita e as revoluções do século XVIII. O resultado é a positivação desta liberdade por meio de documentos internacionais e constitucionais. Uma segunda revolução é a tecnologia das ondas eletromagnética e o surgimento do rádio e a televisão, mais uma vez o Direito regula via sistema de outorgas e o instituto do serviço público. Constituições e construções jurisprudências americana, francesa e alemã trazem noções da liberdade de expressão sob a perspectiva do pluralismo. Na mesma linha, o sistema de proteção de direitos humanos europeu e americano o faz. O Brasil apoiado em sua constituição e em tratados internacionais tem um sistema de proteção que contempla a liberdade de expressão e o pluralismo, porém ainda convive com problemáticas para a efetivação deste direito. Os desafios são muitos, porque agora surge uma terceira revolução do meio com a chegada da internet, os agentes do mercado. Mas qualquer proposta deve passar pela não divisibilidade da esfera social e individual. O Direito pode regular e efetivar cada vez mais tal liberdade configurando, sancionando, premiando e ofertando subsídios para efetivação da liberdade de expressão

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