A grande diversidade de organismos que hoje encontramos em nosso planeta se deve à adaptação às diferentes condições ambientais de cada nicho ecológico existente e à resposta adaptativa originária das mudanças dessas condições. Pode-se considerar que a etapa inicial do processo de adaptação seja a reprogramação da expressão gênica dum organismo como resposta imediata a uma nova condição ambiental. De fato parte do genoma de todos os organismos é dedicada à codificação de proteínas relacionadas ao controle dos efeitos nocivos criados por diferentes tipos de estresse como choque térmico, ou osmótico, estresse oxidativo, ou aqueles resultantes de altas concentrações de íons de metais pesados. De forma semelhante, a ausência, ou exaustão, de fontes de macronutrientes, como carbono, nitrogênio, fósforo ou enxofre, exige uma reorganização do padrão de expressão gênica para adequação às novas condições nutricionais, também sendo considerada um estresse ambiental. Visto que a maioria dos estudos de análise da expressão gênica em resposta a estresses ambientais realizados em fungos se refere às leveduras unicelulares Saccharomyces cerevisiae e Schizossacharomyces pombe, nos propusemos a estudar tal resposta no fungo filamentoso multicelular Trichoderma reesei. Dessa forma analisamos por meio da técnica de \"microarrays\" de cDNAs a expressão gênica de aproximadamente 2.000 transcritos desse organismo em resposta a choque térmico, à alta concentração de íons de cádmio II e à ausência de fonte de carbono, ou nitrogênio, por período de 2 horas. Em geral, as respostas aos estresses se compuseram da regulação negativa da transcrição de genes envolvidos em processos com alta demanda de energia como a síntese protéica, evidenciada pela repressão da expressão de genes de proteínas ribossomais e do anabolismo. Em contrapartida, genes codificando proteínas relacionadas à defesa celular, como chaperonas, tiveram sua expressão induzida. As respostas ao choque térmico e ao tratamento com cádmio II se mostraram bastantes semelhantes, enquanto a ausência de fonte de nitrogênio também induziu a expressão de genes relacionados à degradação de proteínas e nucleotídeos. Genes relacionados à utilização de reservas lipídicas foram induzidos tanto na ausência de fonte de carbono quanto de nitrogênio. Foram identificados reguladores transcricionais e componentes de vias de sinalização celular com expressão diferenciada frente a esses diferentes estresses ambientais. A maior parte dos genes cuja expressão se alterou em função dos diversos estresses ambientais estudados ainda não tem função celular conhecida, sendo essa observação, portanto, uma contribuição importante para sua anotação funcional. Uma vez que o fungo filamentoso Trichoderma reesei vem se tornando um organismo de valor biotecnológico por sua característica de alto poder de síntese e secreção de proteínas, esperamos que os dados apresentados forneçam um maior entendimento dos processos celulares desse organismo e possam subsidiar futuros projetos visando uma melhor adaptação do mesmo a ambientes industriais. / The diversity of organisms found today in our planet is due to their adaptation to different environmental conditions present in each ecological niche, and to the adaptative response originated from changes in those conditions. The first step in the adaptation process is considered to be the reprogramming of gene expression as an immediate response to a new environmental condition. A fraction of the genome from all living organisms is dedicated to encoding proteins related to the control of deleterious effects created by different types of stresses like heat or osmotic shock, oxidative stress, or by the presence of high concentrations of heavy metal ions. Similarly, the absence or exhaustion of macronutrients as carbon, nitrogen, phosphorous or sulphur sources demand new patterns of gene expression in order to the organisms survive in a limited nutritional condition, which is also considered an environmental stress. Once the gene expression analyses in fungi as a response to environmental stresses have been widely studied in the yeasts Saccharomyces cerevisiae and Schizossacharomyces pombe, we proposed to study such response in the multicellular filamentous fungus Trichoderma reesei. To this purpose, we have utilized the cDNA microarray technique to analyze the gene expression of approximately 2,000 T. reesei transcripts in response to heat shock, to high concentration of cadmium II ions and to a 2-hour absence of carbon or nitrogen source. As a general response to the four studied stresses, we observed on one hand a negative transcriptional regulation of genes involved in processes that demand great amounts of energy, i.e. a negative regulation of protein synthesis, indicated by strong repression of ribosomal protein genes transcription, as well as a negative regulation of anabolism. On the other hand, genes that encode proteins associated with cellular defense, like chaperones, had their expression induced. The responses to heat shock and to cadmium poisoning were quite similar while nitrogen source absence also induced the expression of genes related to protein and nucleotide degradation. Genes implicated in the consumption of lipid reserves were induced in the absence of both carbon and nitrogen sources. We identified some transcription regulators as well as components of signal transduction pathways that have differential patterns of gene expression caused by these different environmental stresses. Most of the genes that had their expression altered in response to the studied environmental stresses has no known function yet. Their expression patterns towards such stresses are therefore an important contribution to their functional annotation. Since the filamentous fungus Trichoderma reesei has become a microorganism of biotechnological value for its high capacity of synthesis and secretion of proteins, we expect that the data presented on this work can provide a better understanding of its cellular processes and may support future projects for a better adaptation of this organism to industrial conditions.

Ferramentas bioinformática têm se tornado a escolha para auxiliar pesquisadores tanto para a anotação de novos genes, como para estudar genes em condições fisiológicas de interesse. Entre essas ferramentas destacam-se os algoritmos de agrupamento filogenético e os algoritmos de predição de padrões curtos de DNA, como, por exemplo, predições de sítios para ligação de fatores de transcrição. Desenvolver uma abordagem mista com o objetivo de agrupar genes baseando-se unicamente nos sinais transcricionais preditos em suas seqüências é um desafio de difícil transposição. No presente trabalho, apresentamos nossos resultados para tentar superar tal limitação que podem ser subdividos em duas seções: a primeira aonde desenvolvemos uma abordagem para a melhoria das predições computacionais de sítios de ligação e a segunda, onde passamos a agrupar genes com base nos seus sinais transcricionais preditos em seqüências conservadas flanqueadoras. A primeira seção de nosso trabalho foi focada no estudo de uma seqüência de indução de transcrição próxima ao gene Aldh1a2 de camundongo aonde foram preditos sítios para fatores de transcrição que foram posteriormente testados biologicamente e se mostraram associados ao controle da expressão desse gene. A partir de uma profunda pesquisa bibliográfica, nós determinamos um grupo de 57 fatores de transcrição já associados com a especialização de subpopulações de neurônios durante o desenvolvimento neuroembrionário de vertebrados. Nossa abordagem de seleção de sítios de alto valor biológico foi agora testada em seqüências conservadas próximas a cada um desses genes que codificam esses fatores de transcrição associados e os sítios de ligação para fatores de transcrição foram preditos. Tais sítios foram contabilizados e utilizados com entrada para nossa abordagem de agrupamento. A análise dos resultados do agrupamento determinou que, nossa abordagem se mostrou suficientemente sensível para construir uma árvore solução com boas relações com os padrões, já conhecidos, de expressão para esses genes agrupados. Essa abordagem poderá ser utilizada tanto para anotar funcionalmente genes de interesse quanto para minerar informações dentro de um grupo de genes previamente selecionado. / Bioinformatics tools are becoming the choice for aiding scientists for gene annotation and for studying gene in physiological conditions of interest. Among those efforts, phylogenetics clustering algorithms and tools for predicting short DNA patterns, such as binding sites for transcription factor, are outlined as essential. To develop a mixture procedure merging this two distant fields of bioinformatics research is a challenge hard to overcome. In the present study, we present our results of trying to overcome such limitation and it be easily subdivided in two distinct sections: initially we develop a procedure to improve the computational prediction of binding site for transcription factors and the second one where genes were grouped based solely in their transcriptional patterns predicted in conserved flanking sequences. The first section of the present study was focused in the study of an enhancer near Aldh1a2 gene in mouse where binding sites were predicted and latter biologically tested and showed strong influence in expression control of this gene. By a comprehensive bibliographic research we determined a group of 57 transcription factors which were already associated with neuron subpopulations specialization during the neuroembryonary development in vertebrates. Our computational procedure for selection of high biological value binding sites was applied in conserved flanking sequence in each of these genes encoding these associated transcription factors and a large group of binding sites were predicted. This sites were counted and use as an input for our clustering procedure. Clustering results analyses determined that our procedure showed to be sufficiently sensible to construct a solution tree showing good relations with, already determined, expression patterns of grouped genes. This procedure could be for functionally annotation of genes and for data mining in a group of already determined genes of interest.

A violência de que são vítimas as minorias, sejam elas étnicas, religiosas, nacionais ou sexuais, toma diversas formas, cumprindo ao direito identificá-las e coibi-las, para que o direito à não-discriminação, prerrogativa básica no âmbito do Estado democrático contemporâneo, não seja apenas uma garantia formal. Dentre os diferentes contornos que a violência pode assumir, destaca-se o discurso de ódio, forma de agressão às minorias que passa, muitas vezes, despercebida, pois não envolve um ataque evidente à integridade física da vítima. Ainda que não seja evidente, o discurso de ódio é extremamente nocivo, eis que dispõe de mecanismos aptos à difusão de uma cultura de exclusão e marginalização social das minorias, contribuindo para a perpetuação de desigualdades e a violação de direitos. Dentre as minorias que mais sofrem atualmente em virtude do discurso de ódio, destacam-se as minorias sexuais, submetidas a essa forma de violência em todo o mundo, em menor ou em maior grau. Políticos e, sobretudo, líderes religiosos, têm se manifestado veementemente no sentido de que os direitos LGBT não devem ser reconhecidos e respeitados. Tais discursos utilizam-se, com frequência, de argumentos de impacto na psicologia individual e coletiva dos interlocutores de modo a segregar socialmente os indivíduos LGBT. Assim, exercem forte influência na opinião dos brasileiros, o que coloca mais obstáculos à luta das minorias sexuais pela afirmação de seus direitos no país. É neste contexto que se insere o presente estudo, o qual trata dos limites à liberdade de expressão, no Brasil, tendo em vista o discurso de ódio contra as minorias sexuais. Para tratar do assunto, são analisadas as soluções adotadas em outras democracias ocidentais e os últimos desenvolvidos do Direito Internacional dos Direitos Humanos na matéria. / Die Gewalt gegen ethnische, religiöse, nationale oder sexuelle Minderheiten nimmt vielfältige Formen und es ist die Rolle des Rechts, sie zu identifizieren und zu unterdrücken. Eine solche Rolle ermöglicht die tatsächliche Durchsetzung des Antidiskriminierungsrechts, das als ein zeitgenössisches Vorrecht in demokratischen Staaten verstanden wird. Unter den verschiedenen Formen der Gewalt ragt die Hassrede hervor: eine Weise des tätlichen Angriffs auf Minderheiten, die unbemerkt bleibt, denn sie enthält keine körperliche Verletzung gegenüber dem Opfer. Obwohl die Hassrede nicht offensichtlich bedrohlich ist, verbreitet sie den Ausschluss von Minderheiten, was das Fortbestehen von Ungleichheiten ermöglicht und zur Verletzung der Rechte dieser Minderheiten führt. Bei gefährdeten Gruppen, die von Hassreden belästigt werden, ragen die sexuellen Minderheiten hervor, denn sie werden Opfer dieser Art von Gewalt in der ganzen Welt. Viele Politiker und vor allem religiöse Führer sind vollständig gegen die volle Anerkennung der Rechte der sexuellen Minderheiten. Oft üben ihre Aussagen Einfluss auf die Zuhörer aus, was zur sozialen Ausgrenzung dieser Minderheiten weiter beiträgt. Aufgrund ihres starken Einflusses auf die Stellungnahme der Brasilianer stellen diese Aussagen weitere Hindernisse im Kampf der sexuellen Minderheiten für die Geltendmachung der LGBT Rechte in Brasilien dar. In diesem Zusammenhang beschäftigt sich die vorliegende Dissertation mit den Grenzen der Freiheit der Meinungsäußerung in Brasilien im Gegensatz zu Hassreden gegen sexuelle Minderheiten in Anbetracht des Völkerrechts.

As sequências dos genes dmrt1 e sox9 em pirarucu (Arapaima gigas), lambari (Astyanax altiparanae) e piapara (Leporinus elongatus) foram analisadas por técnicas de clonagem molecular. Fragmentos do gene dmrt1 foram clonados nas três espécies citadas, e do gene sox9 em lambari e piapara. A análise filogenética destes genes mostrou concordância com os dados morfológicos da filogenia destas espécies. Pelo acompanhamento do desenvolvimento gonadal de lambari por microscopia de luz, foi constatada a presença de células germinativas na região da futura gônada já no período de 5 dias após eclosão (dae), sendo também observado que a formação de ovário ocorre primeiro do que a formação de testículo. As expressões dos genes dmrt1 e sox9 por qRT-PCR em lambari mostraram maior especificidade para testículo do que para ovário, indicando que possivelmente estes genes ainda possuem função macho-específica nos adultos. Em lambari, os genes foram expressos em todos os períodos larvais, tendo uma diminuição no estágio de 12 dae, e aumentando sua expressão no estágio de 33 dae. / The sequences of dmrt1 and sox9 genes were analyzed in pirarucu (Arapaima gigas), lambari (Astyanax altiparanae) and piapara (Leporinus elongatus) using molecular cloning techniques. Fragments of dmrt1 gene were cloned in these three species, and sox9 gene fragments have been acquired only for lambari and piapara. Phylogenetic analysis of the genes was shown to be consistent with the morphological phylogeny of these species. The analysis of the gonadal development in lambari was followed by light microscopy, where it was found the presence of germ cells in the region of the future gonad in 5 days after hatching (dah), and that the formation of ovaries occurs first comparing to the formation of testis. The gene expression of dmrt1 and sox9 by qRT-PCR method show specificity for testis comparing to ovary, which indicates that these genes also have a male-specific role in the adult. In lambari, the genes were expressed in all larval periods, with a decrease of expression levels in 12 dah, and increasing its expression at stage of 33 dah.

Com a utilização dos atuais protocolos de tratamento, 70-80% dos casos de leucemia linfóide aguda (LLA) na infância têm obtido sobrevida livre de eventos em cinco anos. Entretanto, os 20% restantes, que se mostram resistentes ao tratamento, apresentam recidivas e as causas desse insucesso no tratamento ainda permanecem desconhecidas. Dessa forma, com o intuito de melhor compreender os mecanismos moleculares que participam desse processo, o presente trabalho teve por objetivo avaliar o perfil de expressão de um painel de genes que foram previamente associados à resistência e/ou sensibilidade aos quimioterápicos: prednisona (F8A, CDK2AP1, BLVRB, CD69), vincristina (RPLP2, CD44, TCFL5, KCNN1, TRIM24), daunorrubicina (MAP3K12, SHOC2, PDCH9, EGR1, KCNN4) e asparaginase (GPR56, MAN1A1, CLEC11A, IGFBP7, GATA3). Para a realização do estudo, foram utilizadas inicialmente amostras de medula óssea de pacientes portadores de LLA pertencentes a quatro grandes centros de oncologia pediátrica do Estado de São Paulo e que foram submetidos ao protocolo de tratamento do GBTLI-99. A análise da expressão gênica foi realizada pela técnica de PCR quantitativa em tempo real, utilizando-se o reagente SYBR Green, o gene GUS? como controle endógeno e amostras de medula óssea normais como referência. A análise dos dados de expressão gênica em relação aos diversos parâmetros clínicos e laboratoriais avaliados na LLA, demonstrou associações importantes entre os diversos genes estudados e variáveis clínicas importantes como contagem de glóbulos brancos ao diagnóstico, presença do antígeno CD10 (CALLA), translocação TEL/AML1, presença de doença residual mínima entre outras. Dentre os genes avaliados destacaram -se como possíveis marcadores de bom prognóstico os genes SHOC2 e GPR56. Posteriormente, reavaliou-se o perfil de expressão desses genes em pacientes submetidos ao protocolo de tratamento europeu do grupo BFM com o intuito de verificar o padrão de expressão em pacientes com um background genético distinto e submetidos a um protocolo terapêutico distinto. Os resultados confirmaram os dados encontrados anteriormente e demonstraram a hiperexpressão do gene SHOC2 (que foi previamente associado à sensibilidade à daunorrubicina) associada ao grupo de pacientes bons respondedores, sugerindo a correlação desse gene com critérios favoráveis de prognóstico. Para verificar o nível de interação desse gene avaliou-se ainda a expressão protéica do mesmo, que confirmou os padrões de expressão gênica obtidos por RQ-PCR. A função do gene SHOC2, que embora não esteja completamente elucidada, já foi anteriormente descrita pela literatura, que demonstra a participação do gene no processo de ativação da proteína Erk pela via Ras. Finalmente para melhor compreender os possíveis mecanismos que envolvem o gene SHOC2 no processo de melhor resposta à quimioterapia, utilizou-se a técnica de RNAi para silenciá- lo na linhagem celular leucêmica Jurkat. Os resultados demosntraram a associação da expressão do gene SHOC2 com proliferação celular e também com a indução de apoptose. Esses dados sugerem que a hiperexpressão desse gene pode ser importante para o processo de sensibilidade das células leucêmicas ao tratamento. Como conclusão, este trabalho demonstrou a associação de diversos genes com importantes parâmetros clínicos da LLA e destaca principalmente o papel do gene SHOC2 como possível alvo terapêutico para o tratamento da leucemia linfóide aguda. / Major improvements have been made in the ALL treatment, which achieved successful rates of approximately 80% of long-terms survival. Despite the significant percentage of success, the remaining 20 % still presents treatment failure and the molecular mechanisms involved in the resistance process remains unclear. The present study was undertaken to analyze and validate the gene expression pattern of the previously described genes related to prednisolone (F8A, CDK2AP1, BLVRB, CD69), vincristine (RPLP2, CD44, TCFL5, KCNN1, TRIM24), daunorubicin (MAP3K12, SHOC2, PDCH9, EGR1, KCNN4) and Lasparaginase (GPR56, MAN1A1, CLEC11A, IGFBP7, GATA3) in order to better inderstand these mechanisms. Bone marrow samples of ALL patients, obtained at diagnosis, in four oncology centers and treated according to the Brazilian protocol (GBTLI-99). The relative mRNA expression levels were quantified using real-time PCR analysis. Amplification of the specific sequences was performed with SYBR® Green reagent; GUSB was used as the reference gene and normal bone marrow samples used as calibrator. The expression profile analisis showed important associations among the studied genes and clinical features as WBC count at diagnosis, CALLA, TEL/AML1 translocation and minimal residual disease. Among the analyzed genes, possible therapy targets were found at SHOC2 and GPR56. Further we addressed the expression profile of these genes in ALL patients, treated according to the BFM protocol, which chacarterize a group of distinct genetic\'s background. The results confirmed the data previously obtained. The overexpression of the gene SHOC2, that was primaraly associated to sensibility to dauborubicin, was related to patients who presented good prednisone response, suggesting the correlation of SHOC2 with good prognostic factors. In order to acess the interaction level of this gene, the protein expression was analyzed and confirmed the mRNA expression data. Despite its lack of information, the data on SHOC2 shows its role as na important element in the Erk activation by Ras induced pathway. Finally, to better understand the possible mechanisms which involve SHOC2 gene to the chemotherapy response process, Jurkat cells was transfect with siRNA to silence the gene SHOC2. Further, functional assays were done to characterize the mechanisms involved. The results showed the association of SHOC2 gene expression with processes of cell proliferation and apoptosis induction, thus suggesting that the overexpression of SHOC2 could play an important role in leukemic cell\'s sensibility to chemotherapy agents, and consequently in patients\' treatment outcome. In conclusion, this work demonstrated the association of the expression profile of many genes with important clinical and laboratorial features. Furthermore, this data present the gene SHOC2 as a possible therapy target to acute lymphoblastic leukemia \'s treatment.

Está estabelecido que o processo de glicosilação é essencial para a conformação estrutural e função efetora dos anticorpos. Entretanto, não está completamente claro como diferenças nos carboidratos ligados aos anticorpos podem interferir na sua atividade biológica. Foi previamente descrito que anticorpos IgG1 murinos podem ser divididos em anafiláticos ou não-anafiláticos, de acordo com a sua capacidade de induzir in vivo reação de anafilaxia. Somado a isso, foi verificado que a cadeia de oligossacarídeos N-ligada à molécula de IgG1 é fundamental para a manutenção da sua função efetora. O objetivo do presente trabalho é estudar diferenças estruturais entre os subtipos de IgG murinos que poderiam determinar a sua atividade biológica. O seqüenciamento dos nucleotídeos que codificam os domínios CH2 e CH3 dos dois subtipos de IgG1 permitiu constatar homologia de 100% dessas regiões nas duas moléculas estudadas. Entretanto, ao analisar o padrão de carboidratos N-ligados aos anticorpos IgG1 foi observado maior conteúdo de ácido siálico e fucose na cadeia N-ligada ao anticorpo anafilático em relação à do não-anafilático. Contudo, a remoção de resíduos de ácido siálico por tratamento enzimático do anticorpo IgG1 anafilático resultou na perda da capacidade desta molécula de induzir desgranulação celular in vitro e reação anafilática in vivo, semelhante ao anticorpo IgG1 deglicosilado. Em contraste, a remoção de fucose não afetou a sua função anafilática. A análise por PCR em tempo real da expressão dos genes das enzimas envolvidas no processo de glicosilação das proteínas revelou menor expressão gênica de algumas glicosidases, principalmente as sialiltransferases, no hibridoma e linfócitos B secretores do subtipo IgG1 não-anafilático em relação ao obtido no hibridoma e linfócitos B que secretam a IgG1 anafilática. Além disto, foi observada menor atividade enzimática das sialiltransferases obtidas do hibridoma produtor da IgG1 não-anafilática em relação à do hibridoma que produz a IgG1 anafilática. Em conjunto, estes resultados comprovam que a capacidade de anticorpos IgG1 murinos de induzir anafilaxia é diretamente dependente do conteúdo de ácido siálico presente na cadeia de oligossacarídeos ligada à região Fc do anticorpo, além disso sugerem fortemente que essa maior sialilação observada no tipo anafilático seja resultante da maior expressão gênica destas enzimas e assim da sua atividade enzimática no momento da síntese dos anticorpos. / It is well established that the glycosylation process is essential for the structural conformation and effector function of the antibodies. However, it is quite clear how differences in the carbohydrates attached to the antibodies may interfere with their biological activities. It was previously reported that murine IgG1 antibodies can be divided into anaphylactic or nonanaphylactic according to their ability to induce anaphylaxis. Furthermore, it was demonstrated that the oligosaccharide chain N-linked to the IgG1 is essential for its conformation and biological activity. The objective of this work is to study structural differences between these subtypes of murine IgG1 that could determine their biological activity. The sequencing of the nucleotides encoding the CH2 and CH3 domains of these two subtypes of IgG1 showed 100% of homology in the Fc regions of these molecules. In contrast, the analysis of the carbohydrates N-linked to the IgG1 antibodies demonstrated higher sialic acid and fucose contents in the chain attached to the anaphylactic antibody than in the nonanaphylactic IgG1. However, the removal of sialic acid residues by enzymatic treatment of anaphylactic IgG1 antibody resulted in the abrogation of its ability to induce mast cells degranulation in vitro and anaphylactic reaction in vivo as observed to deglycosylated IgG1 antibody. On the other hand, the removal of fucose did not change the anaphylactic activity. The analysis by real time PCR of the gene expression of enzymes that are involved in the protein glycosylation showed lower gene expression of some glycosyltransferases, mainly sialyltransferases, in the hybridoma and B lymphocytes that produce the non-anaphylactic IgG1 compared to those verified in the hybridoma and B cells producer of the anaphylactic IgG1. Furthermore, it was verified lower enzymatic activity of sialyltransferases purified from the hybridoma producer of the non-anaphylactic IgG1 in relation to the hybridoma producer of the anaphylactic antibody. Together, these results prove that the ability of murine IgG1 to induce anaphylaxis is directly dependent of the sialic acid content in the carbohydrate core attached to the antibody Fc region. It is also strongly suggested that this higher sialylation observed in the anaphylactic IgG1 may be resultant of the higher gene expression and enzymatic activity of some sialyltransferases during the antibody synthesis.

O objetivo do presente estudo foi testar a hipótese de que polimorfismo na região que codifica o sistema de dois componentes FimSR e seus níveis de transcrição influenciaria expressão de fímbrias e a capacidade de adesão de Porphyromonas gingivalis. Foram avaliadas 21 cepas clínicas e as cepas de referência 33277 (fimbriada) e W83 (não fimbriada). A presença de cápsula foi determinada em 13/21 cepas e de fímbrias em 15/21. Todas as cepas foram capazes de aderir às células (eficiência de 1,2 a 6,1%). Não houve correlação entre os genótipos fimA, presença de fímbrias / cápsula e perfis de macrorestrição por PFGE. Diferenças na transcrição de fimA não podem ser atribuídas a diferenças na região promotora de fimSR. fimA foi regulado positivamente após interação com células epiteliais na maioria das cepas. Os dados indicam que a regulação de fimA é cepa específica. Cepas não-fimbriadas podem apresentar outras estratégias para aderir às células, sugerindo que, além das fímbrias, outras estruturas poderiam desempenhar um papel na interação dessa espécie com as células. / The aim of this study was to test the hypothesis that polymorphism in genes encoding the two-component system FimSR and their transcription levels would influence the expression of fimbriae and adhesion of Porphyromonas gingivalis. We evaluated 21 clinical strains and reference strains 33277 (fimbriate) and W83 (non fimbriated). The presence of a capsule was determined in 13/21 strains and the presence of fimbriae in 15/21. All strains were able to adhere to the cells (efficiency from 1.2 to 6.1%). There was no correlation between genotypes fimA, presence of fimbriae / capsule and macrorestriction profiles by PFGE. Differences in transcription of fimA could not be attributed to differences in the promoter region of fimS. fimA was upregulated after interaction with epithelial cells in most strains. The data indicate that regulation of fimA is strain specific. Non-fimbriated strains may have other strategies to adhere to epithelial cells, suggesting that in addition to fimbriae, other structures could play a role in the interaction of that specie with cells.

O gene KIAA0090, encontrado em todos os genomas eucariotos, está localizado em uma região cromossômica (1p36.13) com alta freqüência de aberrações em tumores humanos. Além disso, os perfis de expressão disponíveis em bancos de dados públicos sugerem expressão alterada deste gene em muitos tumores e em resposta a diferentes tratamentos. Os objetivos deste trabalho foram investigar a possível ocorrência de múltiplos transcritos do gene KIAA0090 em linhagens celulares de melanoma humano; avaliar o padrão de expressão do gene em diferentes linhagens celulares e amostras de tumores, por RT-PCR tempo-real; e analisar o efeito do knockdown deste gene sobre a viabilidade de células de melanoma. O transcrito que observamos estar expresso em linhagem de células de melanoma parece corresponder à RefSeq completa. Observamos aumento da expressão do gene KIAA0090 em todas as linhagens celulares de melanoma humano em comparação com melanócitos. Curiosamente, entretanto, observou-se expressão significativamente maior em amostras de nevos (média = 11,02) em relação a melanoma primário (média = 2,87) ou metastático (média = 2,72) (p <0,01). Não houve diferença significativa entre melanoma primário e metastático. O tratamento de células de melanoma, com um inibidor da metilação do DNA (5-Aza-2\'-desoxicitidina) e/ou desacetilação de histonas (tricostatina A) levou a um aumento da expressão KIAA0090, sugerindo que eventos epigenéticos possam estar envolvidos na modulação da expressão do gene KIAA0090. Não houve diferenças significativas nos níveis de expressão do mRNA KIAA0090 entre substância branca e glioblastoma, embora tenhamos observado uma discreta redução na taxa de sobrevida associada com maiores níveis de mRNA KIAA0090 em glioblastomas, em estudo envolvendo amostras de 28 pacientes. Interessante que esta observação é compatível com dados de estudos de expressão gênica em larga escala onde se constata uma correlação direta entre superexpressão de KIAA0090 e menor probabilidade de sobrevida em pacientes com glioblastoma (dados de 216 pacientes analisados - https://cma.nci.nih.gov/cma-tcga/). Em 31 amostras de pacientes com leucemia linfóide aguda não conseguimos encontrar qualquer relação entre a expressão do gene KIAA0090 e idade do paciente, sexo, contagem de leucócitos, risco, imunofenótipo e resposta clínica do paciente. Knockdown do gene KIAA0090 induziu morte celular em linhagem de melanoma metastático, e esta parece ser uma morte celular por apoptose, já que as células inviáveis são positivas para Anexina V. Os dados obtidos, assim como os dados depositados em bancos de dados, confirmam alteração na expressão do gene KIAA0090 durante a progressão tumoral. Lesões pré-neoplásicas como nevos já apresentam alteração na expressão do gene em estudo, comparável com o que ocorre para oncogenes como BRAF. Assim como para outras moléculas envolvidas nas vias UPR e ERAD, knockdown do gene induz morte celular do tipo apoptótica. Portanto o gene KIAA0090 parece ser muito importante em ajudar a manter a capacidade tumorigênica das células em ambientes não favoráveis. / The KIAA0090 gene, which has been found in all eukaryotic genomes and is predicted to encode a highly conserved transmembrane protein, maps to a chromosomal region (1p36.13) with frequent aberrations in some human tumors. In addition, publicly available expression data suggest altered expression of this gene associated with many tumors and treatments. The goals of this work were to search for the occurrence of multiple KIAA0090 transcripts in melanoma cell lines; determine the gene expression pattern in different cell lines and tumor types by real time RT-PCR; and analyze the gene knockdown effect on melanoma cell viability. The transcript that we found to be expressed in melanoma cell line seems to correspond to RefSeq transcript. In melanoma, increased KIAA0090 expression was found in all human melanoma cell lines in comparison to melanocytes. Interestingly, however, we observed significantly higher expression of KIAA0090 in nevi samples (mean value = 11,02) as compared to primary (mean value = 2,87) or metastatic (mean value = 2,72) melanoma groups (p<0,01), although there was no significant difference between primary and metastatic melanoma. Treatment of melanoma cells with an inhibitor of DNA methylation (5-Aza-2\'- deoxycytidine) and /or deacetylation of histones (Trichostatin A) leads to an enhancement of KIAA0090 expression, supporting the hypothesis that epigenetic events may be involved in modulating KIAA0090 gene expression. On the other hand, no significant differences in the KIAA0090 mRNA expression levels were observed between white matter and glioblastoma samples, although we found slightly lower survival rates associated with high levels of KIAA0090 mRNA in glioblastomas in a study involving 28 patient samples. Interestingly, this was compatible with database of large scale gene expression studies, which have shown a direct correlation between KIAA0090 up-regulation and low survival rates in patients with glioblastoma (216 patients data analized - https://cma.nci.nih.gov/cma-tcga/). In 31 samples from Acute Lymphocytic Leukemia patients, we could not find any relationship between the KIAA0090 gene expression and patient age, sex, white blood cell count, risk, immunophenotype, response and patient\'s current situation. KIAA0090 knockdown led to an increase of cell death rate in a melanoma cell line, and since unviable cells are Annexin V positive, we postulate that they undergo apoptotic death. The data obtained, and the ones deposited in databases, confirms changes in expression of KIAA0090 during tumor progression. Pre-neoplasic lesions such as nevi already have changes in KIAA0090 expression, comparable to oncogene BRAF. As for other molecules involved in the UPR and ERAD pathways, KIAA0090 knockdown induces apoptotic cell death. Therefore, KIAA0090 gene seems to be very important in helping maintain the tumorigenic ability of cells in not suitable environments.

A Dnmt3b é a principal DNA metiltransferase no processo de remetilação de regiões de DNA repetitivo do genoma durante a onda de reprogramação epigenética que ocorre no desenvolvimento embrionário. Sua expressão é regulada por uma série de mecanismos, entre os quais encontram-se os microRNAs (miRNAs). O objetivo deste trabalho foi investigar o papel dos mRNAs hsa-miR-203, hsa-miR-26a e hsa-miR-26b na regulação da expressão de DNMT3B durante a diferenciação de células-tronco embrionárias humanas e suas consequências para a metilação do DNA destas células. Para isto, geramos curvas de expressão dos miRNAs investigados, bem como da DNMT3B, a fim de verificar a existência de correlação entre elas. Também analisamos o efeito da superexpressão de miRNAs miméticos sobre a expressão de DMMT3B e o efeito da inibição da interação entre os miRNAs e a região 3\'UTR de DNMT3B sobre a expressão da DNA metiltransferase e sobre os níveis de metilação do DNA das células. Constatamos que a expressão de DNMT3B está inversamente correlacionada com a expressão dos miRNAs hsa-miR-203, hsa-miR-26a e hsa-miR-26b, mas não do hsa-miR-29b, regulador já validado para o controle da expressão de DNMT3B em células tumorais. Verificamos também que o impedimento da ligação do hsa-miR-203 ao segundo sítio predito para a ligação deste miRNA ao mRNA de DNMT3B ocasionou um aumento significativo na expressão da DNA metiltransferase, embora tal aumento não tenha refletido alteração nos níveis de metilação do DNA das células. Desta forma, concluímos que os miRNAs investigados fazem parte da maquinaria de regulação da DNA metiltransferase 3B na diferenciação de células-tronco embrionárias, embora o exato papel funcional de cada um deles no controle da expressão de DNMT3B e na metilação do DNA destas células ainda necessite ser melhor esclarecido / Dnmt3b is the major DNA methyltransferase in the proccess of repetitive DNA remethylation during the epigenetic reprogramming wave that occurs in the embryonic development. Its expression is regulated through several mechanisms, including microRNA (miRNAs). The aim of this study was to investigate the role of the miRNAs hsa-miR-203, hsa-miR-26a, and hsa-miR-26b in the regulation of DNMT3B expression during the differentiation of human embryonic stem-cells, and its consequences to the DNA methylation of these cells. To accomplish this, we generated expression curves for the investigated miRNAs, as well as for DNMT3B, to verify the existence of correlation between them. We also analysed the effect of superexpressing mimetic miRNAs on DNMT3B expression, and the effect of inhibiting the interaction of these miRNAs with DNMT3B 3\'UTR region on the DNA methyltransferase expression and the levels of DNA methyation. We found that DNMT3B expression is inversely correlated to hsa-miR-203, hsa-miR-26a, and hsa-miR-26b expression, but not to hsa-miR-29b, a previously validated DNMT3B regulator in tumor cells. We also verified that blocking the interaction of hsa-miR-203 to its predicted second interaction site at the DNMT3B mRNA significantly increased DNMT3B expression, but did not interfere with the levels of DNA methylation in these cells. Thus, we conclude that the investigated miRNAs are part of the DNMT3B regulatory machinery during the differentiation of embryonic stem-cells, although the exact functional role of each of them in the control of DNMT3B expression and in the DNA methylation of these cells still remains to be further explored

A periodontite é uma doença inflamatória crônica, multifatorial, altamente prevalente na população que compromete os tecidos de suporte dos dentes gerando sequelas de difícil resolução, mesmo com as mais modernas técnicas regenerativas. A terapia tecidual parece ser uma alternativa promissora e as células indiferenciadas do ligamento periodontal (PDL) tem demonstrado grande potencial terapêutico. No entanto, o PDL necessita de estímulos adequados de biomodificadores para que a diferenciação ocorra de forma coordenada. As proteínas da matriz do esmalte (EMD) é um tipo de biomodificador que promove formação de novo cemento. Apesar de ser utilizada clinicamente, a sua associação com células frescas do PDL ainda não foi explorada. Este é um estudo da expressão gênica e proteica do PDL com finalidade de reaproveitamento do tecido recém-extraído, estimulado por EMD, tendo em vista a regeneração periodontal. Os resultados da expressão gênica apresentam VEGF (p=0.5194) com diferença entre medianas de -0.201 e FGF-2 (p = 0,0059) com diferença entre medianas de -0.4167. No estudo de citocinas, VEGF-A (p<0,0001) com diferença entre medianas de 60,93, enquanto VEGF-D (p=0.0049) com entre medianas de 2,45. Através dos resultados da expressão gênica baseada em FGF-2 e proteica baseada em VEGF-A, foi possível observar que as EMD modularam a resposta tecidual ex-vivo no período de 10 minutos tendo em vista o padrão angiogênico. Essa combinação poderá servir como uma proposta terapêutica, visando a aplicação clínica futura de tecidos comumente descartados após exodontia, como o PDL. / Periodontitis is a chronic inflammatory disease, multifactorial and highly prevalent in the world population that affects the teeth of the supporting tissues, generating sequels difficult to solve even with the most modern regenerative techniques. Tissue therapy appears to be a promising alternative and undifferentiated cells of the periodontal ligament (PDL) have shown great therapeutic potential. However, the PDL needs to appropriate stimuli biomodificatores that differentiation occurs in a coordinated fashion. The enamel matrix proteins (EMP) are a type of biomodificator that promotes new cementum formation. Despite being used clinically, its association with PDL fresh cells has not yet been explored. This is a study of gene and protein expression of PDL with reuse purpose of the newly extracted tissue stimulated by EMD, with a view to periodontal regeneration. The results show VEGF gene expression (p = 0.5194) difference in median -001 and FGF-2 (p = 0.0059) difference in medians of -0.4167. In the study of cytokines, VEGF-A (p <0.0001) with the difference between medians of 60.93, whereas VEGF-D (p = 0.0049) with from 2.45 medians. Through the results of the FGF-2-based gene expression and protein-based VEGF-A, it was observed that the EMD modulated the tissue response ex vivo in the 10-minute period considertingthe standard angiogenic. This combination may serve as a therapeutic approach aimed at future clinical application of tissues commonly discarded after extraction, such as the PDL.