Orientadora: Rosangela Zacarias Machado / Banca: Jose Mauricio Barbante Duarte / Banca: Natalino Hajime Yoshinari / Resumo: Poucos relatos têm sido feitos sobre o diagnóstico da erliquiose e babesiose em felinos domésticos e selvagens brasileiros, os quais são baseados diretamente pela presença de mórulas em leucócitos e piroplasmas em eritrócitos, e indiretamente pela detecção de anticorpos anti-Ehrlichia canis. O presente estudo teve como objetivo realizar a detecção molecular de E. canis e B. canis e a presença de anticorpos da classe IgG contra esses hemoparasitas em amostras de sangue e soro, respectivamente. Neste utilizamos 72 felídeos selvagens brasileiros mantidos em cativeiro em algumas instituições e zoológicos. Pela Reação de Imunofluorescência Indireta (RIFI), dezoito (25%) e cinqüenta e três (73,6%) dos 72 animais amostrados foram sororeagentes frente aos antígenos de E. canis e B. canis, respectivamente. Na PCR para E. canis, onze (15,3%) dos 72 animais amostrados foram positivos. Os amplicons foram confirmados por seqüenciamento e o DNA de E. canis encontrado mostrou grande similaridade genética com amostras de E. canis isoladas no Brasil, México, Portugal, Grécia e Taiwan, com 98% de similaridade. Nenhuma das amostras foi positiva na PCR para B. canis. Destaca-se a importância e a primeira detecção molecular de E. canis e presença de anticorpos anti-E. canis e anti-B. canis em felídeos selvagens brasileiros mantidos em cativeiro. / Abstract: Few are the reports that have been carried out on ehrlichiosis and babesiosis diagnostic in Brazilian domestic and wild felids, which are based directly on the presence of morulae in leucocytes and piroplasms in erythrocytes, and indirectly by detection of antibodies against E. canis. The aim of this study was to detect molecularly E. canis and B. canis and the presence of anti-E. canis and B. canis IgG antibodies in the blood and sera samples, respectively, from 72 Brazilian wild captive felids maintained in some instituitions and zoos. Eighteen (25.0%) and fifty-three (73.6%) out of 72 animals were seroreagent for E. canis and B. canis antigen, respectively, by IFA (Indirect Immunofluorescent Assay). Eleven (15.3%) of the 72 samples were positive for nPCR E. canis. The amplicons were confirmed by sequencing and the E. canis DNA found appeared to be closely related to E. canis samples from Brazil, Mexico, Portugal, Greece and Taiwan with 98% percent identity. None of the 72 samples were positive for B. canis by PCR. This is the first molecular detection of E. canis and presence of seroreactivity for both B. canis and E. canis in Brazilian wild captive felids. / Mestre

Poucos estudos quantificam o risco relativo da saúde humana na transmissão spillover de doenças zoonóticas de populações de animais silvestres, estudos cruciais na compreensão da história natural das zoonoses. Coccídios, em particular os da família Sarcocystidae, são importantes agentes transmissíveis na interface homens - animais domésticos e silvestres. O diagnóstico da coccidiose é prejudicado pela limitada disponibilidade de amostras resultantes de populações animais de espécies em risco de extinção. O objetivo deste estudo foi detectar através da amplificação do locus ITS-1, protozoários das subfamílias Sarcocystinae e Toxoplasmatinae em amostras teciduais de Puma yagouaroundi, Leopardus geoffroyi, L. tigrinus, L. wiedii, L. colocolo e L. pardalis, depositados em coleções biológicas do Rio Grande do Sul, Brasil. Um objetivo adicional foi a obtenção de informações que permitissem avaliar o papel epidemiológico dos protozoários no ciclo silvestre dos parasitas e seu possível impacto sobre as populações de animais silvestres e na saúde pública. Noventa pequenos felídeos neotropicais de vida livre, representando seis espécies, foram amostrados. Destes, 31 felídeos (34,4%), de todas as seis espécies, foram positivos para Toxoplasma gondii e DNA foi detectado em 63 das 433 (14,6%) amostras de tecidos primários coletados a partir de língua (28,6%), cérebro (18,6%), músculo esquelético (17,1%), musculatura ocular (13,6%), globo ocular (13,6%), coração (11,1%), diafragma (5,4%) e humor vítreo (4,5%). Doze amostras primárias positivas ao T. gondii foram genotipadas com os marcadores moleculares SAG1, SAG2, SAG3, BTUB, GRA6, c22- 8, c29-2, L358, PK1, Apico e CS3 e a técnica multilocus PCR-RFLP, a amostra Py#36m foi totalmente caracterizada como do tipo I com alelo II no BTUB e um novo genótipo atípico Py#21M, ambos isolados de Puma yagouaroundi e nunca descrito no Brasil. Nove outras amostras tiveram caracterização parcial. Treze dos 90 felídeos foram positivos para Sarcocystis spp. (14,4%) e outros 18 felídeos, representando cinco espécies albergaram S. felis-like [Py (#75m, #83m, #35m, #20li, #55li), Lg (#80m, #70m, #88m, #71li, #67mOi), Lt (#19m, #48m, #89m, #84m), Lw (#12, #73d) e Lc (#82m, #76m)]. Um único felino de L. pardalis foi negativo. DNA do parasita foi detectado em 11,8% dos tecidos examinados (51/433): musculatura esquelética (26,5%), língua (23,2%), musculatura ocular (13,6%), diafragma (10,7%), cérebro (2,3%), coração (1,6%) e globo ocular (4,5%), nenhuma das 44 amostras de humor vítreo foi positiva. Esta é a primeira detecção e caracterização genética de T. gondii e de S. felislike em felídeos silvestres brasileiros de vida livre, demonstrando a presença destes agentes no ciclo silvestre e, a potencial transmissibilidade ao homem e a outros animais domésticos e silvestres. O uso de amostras de tecidos de animais silvestres depositados em coleções biológicas para estudos epidemiológicos de doenças monstraram serem de grande utilidade. / Few studies have quantified the relative risk of human health from spillover of zoonotic diseases from populations of wild animals; these studies are crucial for understanding the natural history of zoonoses. Coccidia, particularly from the family Sarcocystidae, are important transmissible agents at the interface of man and domestic and wild animals. The diagnosis of Coccidiosis is hampered by the limited availability of samples resulting from protection of natural populations of the species at risk of extinction. The aim of this study was to detected, by amplification of ITS-1 locus, protozoa from the subfamilies Sarcocystinae and Toxoplasmatinae in tissue samples from Puma yagouaroundi, Leopardus geoffroyi, L. tigrinus, L. wiedii, L. colocolo and L. pardalis, deposited in biological collections of the State of Rio Grande do Sul, Brazil. An additional aim was to obtain information that would enable assessment of the epidemiological role of the protozoa in the sylvatic cycle of the parasite, and its possible impact on wildlife populations and public health. Ninety free-living small wild felines, representing 6 species, were sampled. Of these, 31 felids (34.4%) of all six species were positive for T. gondii and DNA was detected in 63 of 433 (14.6%) primary tissue samples collected from the tongue (28.6%), brain (18.6%), skeletal muscle (17.1%), ocular muscles (13.6%), eye (13.6%), heart (11.1%), diaphragm (5.4%) and vitreous humor (4.5%). Twelve primary samples positive for T. gondii were genotyped with molecular markers SAG1, SAG2, SAG3, BTUB, GRA6, c22-8, c29-2, L358, PK1, and apical CS3. Using the multilocus PCR-RFLP technique, sample Py#36m was fully genotyped as Type I with allele II in locus BTUB, and a new atypical Py#21M, both isolates from Puma yagouaroundi and never described in Brazil. Nine other samples had a partial characterization. Thirteen of the 90 felids were positive for Sarcocystis spp. (14.4%) and another 18 felids, representing 5 species, harbored S. felis-like organisms [Py (#75m, #83m, #35m, #20li, #55li), Lg (#80m, #70m, #88m, #71li, #67mOi), Lt (#19m, #48m, #89m, #84m), Lw (#12, #73d) and Lc (#82m, #76m)]. A single felid of L. pardalis was negative. Parasite DNA was detected in 11.8% (51/433) of the tissues examined: muscle skeletal (26.5%), tongue (23.2%), ocular muscles (13.6%), diaphragm (10.7 %), brain (2.3%), heart (1.6%) and eye (4.5%); none of the 44 samples of vitreous humor was positive. This is the first description of the detection and genetic characterization of T. gondii and S. felis-like in free-living Brazilians wild felids, demonstrating the presence of these agents in the sylvatic cycle, and the potential transmition to humans and other domestic and wild animals. The use of tissue samples from wild animals deposited in biological collections for epidemiological studies of diseases demonstrated to be of great utility.

O vírus da cinomose canina (CDV) e o vírus parainfluenza canino (CPIV) afetam uma ampla variedade de hospedeiros e encontram-se distribuídos mundialmente. O CDV é considerado um dos mais importantes agentes infecciosos dentro das populações caninas. Este vírus é o agente causal da cinomose, uma doença potencialmente letal em membros das famílias Canidae, Mustelidae e Procionidae, sendo recentemente detectado como causa de morbidade e mortalidade em carnívoros aquáticos e grandes felinos. O CPIV, por sua vez, é altamente contagioso entre cães, podendo infectar roedores e gatos em infecções experimentais. Geralmente, o CPIV produz uma traqueobronquite aguda auto-limitante, porém pode atuar sinergicamente com outros agentes infecciosos, como o CDV, causando sinais clínicos mais graves. Como em nosso meio são escassas as informações sobre estes vírus, o presente estudo visou aprofundar os conhecimentos sobre a prevalência de CDV e CPIV em cães e felinos silvestres mantidos em cativeiro. Para tanto, soros destes animais foram testados em busca de anticorpos neutralizantes contra amostras padrão do CDV (Rockborn e Snyder Hill) e do CPIV (V660). Inicialmente, foram testados soros de 173 cães de rua mantidos em canis municipais em Novo Hamburgo e Porto Alegre, RS. A prevalência de anticorpos neutralizantes anti-CDV frente às amostras de vírus da cinomose Rockborn e Snyder Hill, foi de 9,3 % e 4,1 %, respectivamente. Somente dois cães apresentaram títulos de anticorpos considerados protetores contra CDV Rockborn (igual ou maior que 100) e nenhum soro apresentou título de anticorpos neutralizantes considerado protetor para a amostra Snyder Hill (igual ou maior que 100). Contra a amostra de parainfluenza canino V660, a prevalência de anticorpos neutralizantes encontrada foi de 51,4 %. Conclui-se, portanto, que a população de cães de rua amostrada apresenta poucos indícios de contato prévio com CDV, sugerindo grande susceptibilidade à cinomose. Por outro lado, o CPIV parece circular amplamente nesta população. Na segunda parte do presente estudo, como no Brasil não existem relatos sobre CDV e CPIV em felinos silvestres, buscou-se verificar a possibilidade da ocorrência dessas infecções em felinos silvestres brasileiros. Para tanto, foram testados soros de 84 felinos silvestres de seis diferentes espécies nativas do Brasil (Leopardus tigrinus, Puma concolor, Leopardus wiedii, Herpailurus yaguarondi, Panthera onca), todos mantidos em cativeiro em criatórios de distintas regiões do País. Todos os felinos amostrados apresentaram-se soronegativos frente às amostras de CDV e CPIV utilizadas. Estes resultados indicam que CDV e CPIV parecem não circular nas populações de felinos silvestres amostradas. / Canine distemper virus (CDV) and canine parainfluenza virus (CPIV) infect a great variety of hosts ranges and are distributed worldwide. CDV is one of the most important infectious agents in dogs. This virus may cause potentially lethal disease among members of the Canidae, Mustelidae and Procionidae families. It has also caused diseases of significant morbidity and mortality in aquatic carnivores and large felids. CPIV, on its turn, is highly contagious among dogs, whilst rodents and cats are susceptible to experimental infections. CPIV is usually associated with an acute selflimiting tracheobronchitis. However, it can act sinergistically with other infectious agents, such as CDV, and cause clinical signs of variable severity. As information on CDV and CPIV infections in our millieu are scarce, this study was carried out aiming to increase knowledge on the prevalence of CDV and CPIV in stray dogs as well as in captive Brazilian wild felids. In order to have an estimate on such prevalences, sera from these animals were tested for neutralizing antibodies to CDV strains Rockborn and Snyder Hill, and to CPIV strain V660. Initially, 173 sera from stray dogs kept in kennels from the municipalities of Novo Hamburgo and Porto Alegre, RS, were examined. The prevalences of neutralizing antibodies to CDV strains Rockborn and Snyder Hill were 9.3 % and 4.1 %, respectively. Only two dogs had antibody levels which could be correlated to protection (that is, titre ≥ 100) to CDV Rockborn whereas no sera presented antibody titres high enough to be considered protective to CDV strain Snyder Hill (that is, titre ≥ 100). Regarding CPIV, the prevalence of anti-V660 neutralizing antibodies was 51.4 %. It can be concluded that the stray dog populations under study shows few serological evidence of previous contact with CDV and seem largely susceptible to CDV infections. On the other hand, CPIV seems to circulate widely in the examined population. In the second part of this study, as there are no reports on CDV and CPIV infections in wild felids in Brazil, it was aimed to determine whether there would be any evidence of such infections among some of such species. For that, 84 sera from wild felids of six different Brazilian native species (Leopardus tigrinus, Puma concolor, Leopardus wiedii, Herpailurus yaguarondi, Panthera onca), all kept in captivity in different regions of the country, were tested for neutralizing antibodies to both CDV and CPIV. All wild felid sera tested were negative for antibodies to the two strains of CDV as well as to CPIV. These results indicate that CDV and CPIV do not seem to circulate among the wild felid populations examined.

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2016-09-12T19:20:35Z No. of bitstreams: 1 julianaclementemachado.pdf: 2413091 bytes, checksum: b169d06cfd5989f8ec43b7d02d420452 (MD5) / Approved for entry into archive by Diamantino Mayra (mayra.diamantino@ufjf.edu.br) on 2016-09-13T12:50:00Z (GMT) No. of bitstreams: 1 julianaclementemachado.pdf: 2413091 bytes, checksum: b169d06cfd5989f8ec43b7d02d420452 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-13T12:50:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 julianaclementemachado.pdf: 2413091 bytes, checksum: b169d06cfd5989f8ec43b7d02d420452 (MD5) Previous issue date: 2011-02-25 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Entende-se como comportamento exploratório o conjunto de padrões motores voltados para a redução da incerteza em relação a ambientes e objetos novos. Quão neofóbicas ou neofílicas serão as respostas exploratórias, dependerá da espécie e das características etárias, sexuais, sociais e de histórico de vida do animal. Estímulos alimentares e odoríferos parecem apresentar, para diferentes grupos de animais, efeitos consideráveis na exploração. Para gatos domésticos, o conhecimento sobre o comportamento exploratório ainda é reduzido e, considerando o significativo crescimento no número desses animais em ambiente confinado, este trabalho objetivou avaliar a exibição do comportamento exploratório para gatos domésticos em cativeiro frente a estímulos alimentares e odoríferos. Na presença do estímulo alimentar, foi possível notar que poucos animais exibiram exploração efetiva do item e uma forte dominância na posse do recurso foi observada. A eficácia desta técnica para os poucos que exploraram foi, entretanto, verificada. Fatores como posição hierárquica e diferenças individuais de temperamento foram possíveis interferências nos resultados obtidos. Para o estímulo odorífero os resultados demonstraram que o fator determinante para a exibição de exploração foi a presença do objeto, independente da associação com odor. Apesar disso, a latência para iniciar a exploração foi menor no tratamento com odor e as fêmeas interagiram significativamente mais quando este estímulo estava presente. Os comportamentos “Cheirar chão”, “Esfregar Cubo” e “Urina spray” apresentaram exibição significativa no tratamento com odor. O uso do cubo em relação ao uso do chão foi significativo em ambos os tratamentos. A postura “Em pé” e o comportamento “olhar outro ponto” também foram significativos com ou sem odor associado. Alguns animais exibiram maior tempo de exploração que outros e diferenças no temperamento e questões sociais são discutidas como tendo influenciado neste resultado. A novidade, na forma de estímulo alimentar, apresentação de objeto novo ou apresentação de estímulo odorífero, promoveu aumento na exploração embora em ambos os trabalhos tenham sido verificadas diferenças individuais relativas possivelmente à personalidade e hierarquia. / It is possible to understand exploratory behavior as a set of motor patterns aimed at reducing the uncertainty about the new environments and objects. How neophobic or neophilic exploratory responses tend to be, depend on the species, age, sexual, social characteristics and historical life of the animal. Food and odor stimuli appear to have significant effects on exploration for different groups of animals. For cats, knowledge on the exploratory behavior is still small and, given the significant growth in the number of cats in a confined environment, this study aimed to evaluate the exploratory behavior of domestic cats in captivity in response to food and odor stimuli. In the presence of food stimuli, it was possible to observe that few animals exhibited effective exploration and a strong dominance in the possession of the resource was observed too. The effectiveness of this technique for the few animals who have explored, however, was verified. Factors such as hierarchical position and individual differences in temperament were possible interferences in the results. For the odor stimulus, the results showed that the determinant factor for the exploration was the presence of the object, regardless of association with odor. Nevertheless, the latency to start exploration was lower in treatment with odor and females interacted much more when this stimulus was present. The behaviors "Smell the ground", "Rub on cube" and "Urine spray", were higher in treatment with the odor. The use of the cube in relation to the use of the ground was higher in both treatments. The posture "Standing" and behavior "look at other points", were also significant with or without odor associated. Some animals exhibited longer exploration than others, and differences in temperament and social issues are discussed as having influenced this result. Novelty, in form of food stimuli, presentation of new objects or presentation of odor stimuli, increased the exploratory behavior, although in both works possible individual differences of personality and hierarchy have been verified.

A jaguatirica (Leopardus pardalis), assim como a maioria dos felídeos neotropicais, é um animal discreto e de difícil observação na natureza. Usando a técnica de armadilhas fotográficas, os objetivos deste estudo foram identificar possíveis variações na taxa de foto-captura e na distância máxima percorrida da jaguatirica entre períodos sazonais e estimar seu tamanho populacional, através do método de captura-recaptura, na porção norte do Parque Estadual Ilha do Cardoso. A área de vida mínima da jaguatirica e o número de foto-capturas de outras espécies de felídeos também foram documentados. Ao longo do ano, foram identificados oito indivíduos (um macho, cinco fêmeas e dois com sexo não identificado). Observou-se um aumento da taxa de foto-captura da jaguatirica e uma maior distância máxima percorrida na estação seca, sugerindo uma maior movimentação e aumento do tamanho da área de vida da jaguatirica neste período, embora estas variações entre os períodos sazonais tenham sido observadas mais para o macho do que para as fêmeas. Durante um período de 45 noites (13 sítios amostrais) foram foto capturados seis indivíduos, resultando numa estimativa de densidade (± erro padrão) de 0,21 (± 0,03) e 0,4 (± 0,05) indivíduos/km² (dependendo do método usado para calcular a área efetiva amostrada) em uma área de floresta na porção norte da ilha. Estes valores estão dentro da faixa de outras estimativas de densidade no continente. A área de vida mínima estimada para indivíduos foto-capturados em pelo menos três sítios de armadilhas fotográficas foi de 10 km² para o macho e variou de 0,2 a 3,5 km² para quatro fêmeas. Com um esforço total de 1475 armadilhas-noite, a jaguatirica teve o maior número de foto-capturas (91), seguido da onça-parda (22) e do gato-do-mato-pequeno (1). Este foi o primeiro trabalho a levantar informações do tamanho populacional da jaguatirica em uma área de Mata Atlântica insular, confirmando também a presença do gato-do-mato-pequeno nesta ilha. Implicações para o monitoramento e conservação da jaguatirica na Ilha do Cardoso foram discutidas. / The ocelot (Leopardus pardalis), as most neotropical felids, is elusive and difficult to observe in the wild. Using camera trapping, the objectives of this study were to identify variations in the photo capture rate and in the maximum distance moved of ocelots between seasons, and to estimate their abundance by capture-recapture method in the northern part of the Cardoso Island State Park. Minimum home range of the ocelot and the number of photographs of other felids were also recorded. I identified eight individuals (one male, five females and two individuals of sex not confirmed). It was observed an increase of the ocelot photo capture rate and the maximum distance moved in the dry season, suggesting an increase in the movement pattern and in home range use in the drier period, although these variations between seasons had been more observed for the male than the females. In a period of 45 nights (13 trap stations), six individuals were identified and the density estimated (± SE) was 0,21 (± 0,03) and 0,4 (± 0,05) ocelots/km² (depending of the method used to calculate the effective survey area). Those values are within the range of density estimates reported for the species in mainland areas. Minimum home ranges of individuals photographed in at least three trap stations was 10 km² for the male and ranged between 0,2 and 3,5 km² for four females. For a total of 1475 traps night, ocelots had the greatest number of photo capture (91), followed by the puma (22), and the little spotted cat (1). This was the first work to collect data of population size of ocelot in an island area of Coastal Atlantic Forest, also confirming the presence of little spotted cat on this island. Implications for the monitoring and conservation of the ocelots in the Cardoso Island were discussed.

Submitted by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2016-09-20T14:07:22Z No. of bitstreams: 1 TeseASMCS.pdf: 3312400 bytes, checksum: c898700835e5f7333425c663a26a29d4 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2016-09-20T14:07:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseASMCS.pdf: 3312400 bytes, checksum: c898700835e5f7333425c663a26a29d4 (MD5) / Approved for entry into archive by Ronildo Prado (ronisp@ufscar.br) on 2016-09-20T14:07:55Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseASMCS.pdf: 3312400 bytes, checksum: c898700835e5f7333425c663a26a29d4 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-20T14:08:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseASMCS.pdf: 3312400 bytes, checksum: c898700835e5f7333425c663a26a29d4 (MD5) Previous issue date: 2015-08-14 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / The intense destruction of the environment contributed to the decline and isolation of wild populations, providing an intensification of genetic drift and inbreeding effects. These factors reduce the ability of individuals to adapt to environmental changes, making them more vulnerable to extinction. The two largest predators of the Americas, the cougar (Puma concolor) and jaguar (Panthera onca) are animals which are threatened by the reduction and fragmentation of habitats, especially in the Atlantic Forest, which is one of the most degraded biomes in the world due to human actions. The present study aimed to investigate both demographic parameters and the distribution of the genetic diversity of cougar and jaguar populations within Atlantic Forest remnants. The chosen areas (Serra da Mantiqueira, Serra do Mar continuous and Iguaçu National Park) are among the most important for the conservation of these cats. Mostly non-invasive samples (feces and hair) were collected in protected areas present in those remaining. The depositor species was confirmed by amplification of the ATP6 gene and the samples were individualized using microsatellite loci, which were also employed in population analyses. The sex of the individuals was determined using a small fragment of amelogenin gene. The results suggest that at least seven individuals of jaguars (4F:3M) inhabit the Iguaçu National Park and 12 (5F:7M) are present in the Serra do Mar continuous. These populations seem to be different, with evidence of low gene flow between them (lack of migrant and mixed individuals and pairs of highly related individuals). In Iguaçu is also estimated to exist at least seven cougars (3F:4M), also four (1F:3M) in the Serra da Mantiqueira and 14 (5F:9M) in the Serra do Mar continuous. Genetic structure was detected in this species, but evidencing gene flow maintenance between two detected populations (sign of migrants and mixed individuals and predominantly non related individuals). In both species high genetic diversity could be observed. This study obtained critical information and still unknown, about the demographic and structure of jaguar and cougar populations in the Atlantic Forest remain. These data will provide substantial information that can be used in monitoring, as well as being crucial and decisive in the increase of effective strategies for the conservation of these species. / A intensa devastação no ambiente vem contribuindo significativamente para o declínio e isolamento de populações selvagens, proporcionando uma intensificação dos efeitos da deriva genética e na taxa de endogamia. Estes fatores, por sua vez, reduzem a habilidade dos indivíduos se adaptarem às mudanças ambientais, tornando-os vulneráveis à extinção. Os maiores predadores das Américas, a onça-parda (Puma concolor) e a onça-pintada (Panthera onca) estão entre os animais ameaçados pela redução e fragmentação dos habitats, principalmente na Mata Atlântica, que é um dos biomas mundiais mais antropizados. Assim, o presente trabalho teve como objetivo investigar parâmetros demográficos e a distribuição da diversidade genética de populações de onças presentes em remanescentes de Mata Atlântica. Os fragmentos elegidos (Serra da Mantiqueira, contínuo da Serra do Mar e Parque Nacional do Iguaçu) estão entre os mais importantes para a conservação desses felinos. Amostras predominantemente não invasivas (fezes e pelos) foram coletadas em Unidades de Conservação presentes nesses remanescentes. A espécie depositora das fezes foi confirmada através da amplificação do gene ATP6 e as amostras foram individualizadas por meio de locos de microssatélites, os quais também foram empregados nas análises populacionais. O sexo dos indivíduos foi determinado por meio de um fragmento do gene da amelogenina. Os resultados indicaram que ao menos sete indivíduos de onças-pintadas (4F:3M) habitam o Parque Nacional do Iguaçu e 12 (5F:7M) estão presentes no contínuo da Serra do Mar. Essas populações parecem estar diferenciadas, com evidência de baixo fluxo gênico entre elas (ausência de indivíduos migrantes e misturados, além de pares de indivíduos altamente relacionados). No Iguaçu também foi estimado existir pelo menos sete onças-pardas (3F:4M), além de quatro (1F:3M) na Serra da Mantiqueira e 14 (5F:9M) no contínuo da Serra do Mar. Estruturação genética foi detectada nessa espécie, entretanto, com indícios de fluxo gênico entre as duas populações detectadas (evidência de indivíduos migrantes e misturados, além de pares de indivíduos predominantemente não relacionados). Em ambas as espécies foram exibidos altos níveis de diversidade genética. Este estudo gerou informações primordiais, ainda desconhecidas, sobre a demografia e a estruturação de populações de onças na Mata Atlântica. Tais dados poderão ser utilizados em monitoramentos, além de serem cruciais e decisivos no incremento de estratégias efetivas para a conservação dessas espécies.

A jaguatirica (Leopardus pardalis), assim como a maioria dos felídeos neotropicais, é um animal discreto e de difícil observação na natureza. Usando a técnica de armadilhas fotográficas, os objetivos deste estudo foram identificar possíveis variações na taxa de foto-captura e na distância máxima percorrida da jaguatirica entre períodos sazonais e estimar seu tamanho populacional, através do método de captura-recaptura, na porção norte do Parque Estadual Ilha do Cardoso. A área de vida mínima da jaguatirica e o número de foto-capturas de outras espécies de felídeos também foram documentados. Ao longo do ano, foram identificados oito indivíduos (um macho, cinco fêmeas e dois com sexo não identificado). Observou-se um aumento da taxa de foto-captura da jaguatirica e uma maior distância máxima percorrida na estação seca, sugerindo uma maior movimentação e aumento do tamanho da área de vida da jaguatirica neste período, embora estas variações entre os períodos sazonais tenham sido observadas mais para o macho do que para as fêmeas. Durante um período de 45 noites (13 sítios amostrais) foram foto capturados seis indivíduos, resultando numa estimativa de densidade (± erro padrão) de 0,21 (± 0,03) e 0,4 (± 0,05) indivíduos/km² (dependendo do método usado para calcular a área efetiva amostrada) em uma área de floresta na porção norte da ilha. Estes valores estão dentro da faixa de outras estimativas de densidade no continente. A área de vida mínima estimada para indivíduos foto-capturados em pelo menos três sítios de armadilhas fotográficas foi de 10 km² para o macho e variou de 0,2 a 3,5 km² para quatro fêmeas. Com um esforço total de 1475 armadilhas-noite, a jaguatirica teve o maior número de foto-capturas (91), seguido da onça-parda (22) e do gato-do-mato-pequeno (1). Este foi o primeiro trabalho a levantar informações do tamanho populacional da jaguatirica em uma área de Mata Atlântica insular, confirmando também a presença do gato-do-mato-pequeno nesta ilha. Implicações para o monitoramento e conservação da jaguatirica na Ilha do Cardoso foram discutidas. / The ocelot (Leopardus pardalis), as most neotropical felids, is elusive and difficult to observe in the wild. Using camera trapping, the objectives of this study were to identify variations in the photo capture rate and in the maximum distance moved of ocelots between seasons, and to estimate their abundance by capture-recapture method in the northern part of the Cardoso Island State Park. Minimum home range of the ocelot and the number of photographs of other felids were also recorded. I identified eight individuals (one male, five females and two individuals of sex not confirmed). It was observed an increase of the ocelot photo capture rate and the maximum distance moved in the dry season, suggesting an increase in the movement pattern and in home range use in the drier period, although these variations between seasons had been more observed for the male than the females. In a period of 45 nights (13 trap stations), six individuals were identified and the density estimated (± SE) was 0,21 (± 0,03) and 0,4 (± 0,05) ocelots/km² (depending of the method used to calculate the effective survey area). Those values are within the range of density estimates reported for the species in mainland areas. Minimum home ranges of individuals photographed in at least three trap stations was 10 km² for the male and ranged between 0,2 and 3,5 km² for four females. For a total of 1475 traps night, ocelots had the greatest number of photo capture (91), followed by the puma (22), and the little spotted cat (1). This was the first work to collect data of population size of ocelot in an island area of Coastal Atlantic Forest, also confirming the presence of little spotted cat on this island. Implications for the monitoring and conservation of the ocelots in the Cardoso Island were discussed.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:07:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Talita Dayane Pereira e Silva.pdf: 3126915 bytes, checksum: 570135c97ada384da1836d9ed08ac153 (MD5) Previous issue date: 2011-05-31 / The neotropical felids are represented by ten species, having been Brazil eight host of these. These animals are constant victims of running over in highways and still they suffer with intense infestation for parasites, what it can result in intense anemia, being necessary the accomplishment of blood transfusion. In the present study blood samples were used of eight jaguarundies (Puma yagouaroundi), eight ocelots (Leopardus pardalis), seven pampas cats (Leopardus colocolo), seven domestic cats (Felis catus) of the Persian race and eight domestic cats (Felis catus) without definite race (SRD), whose aim was: a) to carry through blood typing and tests of compatibility between corresponding blood types in the different species; b) to carry through count blood cells (CBC), comparing the technique automatized by means of device BC - 2800 vet (software for domestic cats), with the manual technique for the wild species; and c) to carry through the profile biochemist and electrophoretic of serum proteins. In the typing, the occurrence of the blood type A was of 100% between ocelots, pampas cats and domestic cats Persian and of 85,72% between domestic cats SRD. 100% of the jaguarundies were type B and 14,28% of domestic cats SRD. To the tests of blood compatibility, 87,5% (n=4) of the ocelots were incompatible with domestic cats and 12,5% (n=1) were compatible; 100% (n= 6) of the pampas cats were compatible with domestic cats and 100% (n= 4) of the jaguarundies were incompatible with domestic cat of type B. It is concluded that in accordance with tests of blood compatibility the transfusion between domestic and pampas cats is possible, it is impossible the transfusion between domestic and jaguarundies and that more studies must be carried through for ocelots. In the comparison enters the techniques for the accomplishment of the CBC the automatized technique demonstrated statistical results equal for the majority of the parameters, also inside of the values of reference for the species, except in the counting of leukocytes of jaguarundies, whose resulted gotten for automation were bigger. It had good correlation between the techniques, mainly in the ocelot species. Concludes that device BC 2800 vet with the configuration for domestic cats is a technique fast and trustworthy in the accomplishment of blood cells count for species pampas cat and ocelot. The manual counting of leukocytes must be preferred for jaguarundies. The results gotten for many of the evaluated parameters biochemistries were similar to the described as values of reference for the studied species. However, the values found for ALT and AST were above of the values of reference for jaguarundies and ocelots. The value of glucose was above for the species pampas cat. The urea was above of the values of reference for the three species. The electrophoretic race for the analyzed species was similar to the described one for domestic cats contends albumen, alpha globulins (alpha 1 and 2), beta globulins (beta 1 and 2) and gamma globulins, however, in all the species had individuals that they had not presented beta globulin of the type beta 2. The gotten results can be used as normality parameters for the species pampas cat, ocelots and jaguarundies from Cerrado biome. / Os felídeos neotropicais são representados por dez espécies, sendo o Brasil hospedeiro de oito destas. Estes animais são constantes vítimas de atropelamentos em rodovias e sofrem com infestação intensa por parasitas, o que pode resultar em quadros de anemia intensa, necessitando transfusão sanguínea. No presente estudo foram utilizadas amostras sanguíneas de oito gatos mouriscos (Puma yagouaroundi), oito jaguatiricas (Leopardus pardalis), sete gatos palheiros (Leopardus colocolo), sete gatos domésticos (Felis catus) da raça Persa e de oito gatos domésticos (Felis catus) sem raça definida (SRD), cujo objetivo foi: a) realizar tipagens sanguíneas e testes de compatibilidade entre tipos sanguíneos correspondentes nas diferentes espécies; b) realizar hemogramas, comparando a técnica automatizada por meio do contador automático BC 2800 vet, com software para gatos domésticos, com a técnica manual para as espécies selvagens; e c) realizar o perfil bioquímico e eletroforético de proteínas séricas. Nas tipagens, a ocorrência do tipo sanguíneo tipo A foi de 100% entre as jaguatiricas, gatos palheiro e gatos domésticos Persa e de 85,72% entre os gatos domésticos SRD. 100% dos gatos mouriscos foi tipo B e 14,28% dos gatos domésticos SRD. Aos testes de compatibilidade sanguínea, 87,5% (n=4) das jaguatiricas foram incompatíveis com gatos domésticos e 12,5% (n=1) foram compatíveis; 100% (n= 6) dos gatos palheiros foi compatível com gatos domésticos e 100% (n= 4) dos gatos mouriscos foi incompatível com gato doméstico do tipo B. Conclui-se que, de acordo com testes de compatibilidade sanguínea, é possível não reação transfusional aguda entre gatos domésticos e palheiros, é impossível a transfusão entre gatos domésticos e mouriscos e que mais estudos devem ser realizados para jaguatiricas. Na comparação entre as técnicas para a realização do hemograma a técnica automatizada demonstrou resultados estatisticamente iguais para a maioria dos parâmetros, inclusive dentro dos valores de referência para as espécies, exceto na contagem de leucócitos de gatos mouriscos, cujos resultados obtidos por automação foram maiores. Houve boa correlação entre as técnicas, principalmente na espécie jaguatirica. Conclui-se que o aparelho BC 2800 vet com a configuração para gatos domésticos é uma maneira rápida e confiável na realização de hemogramas para as espécies gato palheiro e jaguatirica e que a contagem manual de leucócitos deve ser preferida para gatos mouriscos. Os resultados obtidos para muitos dos parâmetros bioquímicos avaliados foram semelhantes aos descritos como valores de referência para as espécies estudadas. No entanto, os valores encontrados para ALT e AST estavam acima dos valores de referência para gatos mouriscos e jaguatiricas e o valor de glicose estava acima para a espécie gato palheiro. A uréia estava acima dos valores de referência para as três espécies. A corrida eletroforética para as espécies analisadas foi semelhante à descrita para gatos domésticos contendo albumina, alfaglobulinas alfa 1 e alfa 2, betaglobulinas beta 1 e beta 2 e gamaglobulina, no entanto, em todas as espécies houveram indivíduos que não apresentaram betaglobulina do tipo beta 2. Os resultados obtidos podem ser utilizados como parâmetros de normalidade para as espécies gato palheiro, gato mourisco e jaguatirica do bioma Cerrado.

Orientador: Lucia Helena O'Dwyer de Oliveira / Banca: Katia Denise Saraiva Bresciani / Banca: Alessandro Francisco Talamini do Amarante / Resumo: O trabalho teve como objetivo investigar a ocorrência de Hepatozoon spp., piroplasmas e hemoplasmas em felídeos neotropicais nascidos em vida livre. Amostras sanguíneas foram colhidas de 11 Leopardus pardalis, 10 Leopardus tigrinus, oito Puma yagouaroundi, um Leopardus wiedii e um Puma concolor, provenientes dos Estados do Pará, Maranhão, Piauí, Ceará e Minas Gerais. Esfregaços sangüíneos foram realizados para observação dos hemoparasitas e a extração de DNA foi feita para utilização em técnicas moleculares. Hepatozoon spp. e piroplasmas foram diagnosticados pela Reação em Cadeia de Polimerase (PCR) e hemoplasmas felinos foram pesquisados pela PCR- RFLP e "Nested"-PCR. A caracterização molecular dos isolados obtidos foi feita após o sequenciamento e a análise filogenética. A ocorrência de pelo menos um hemoparasita diagnosticado pela técnica do esfregaço sanguíneo foi de 6,45% (2/31) e pela PCR foi de 45,16% (14/31), sendo observadas, 16,12% (5/31), 3,22% (1/31) e 38,70% (12/31) de infecções por Hepatozoon sp., Cytauxzoon felis e hemoplasmas (das espécies Mycoplasma haemofelis e/ou "Candidatus Mycoplasma haemominutum"), respectivamente. Foram encontradas infecções únicas e mistas nos felídeos. O diagnóstico positivo foi maior nos adultos (92,85%) (p=0,007) e na espécie L. pardalis (57,14% - 8/14). A detecção de C. felis em exemplar juvenil de P. concolor, recém capturado na natureza, indica sua presença na população de felídeos neotropicais de vida livre no Brasil. A caracterização molecular de Hepatozoon sp. em felídeos neotropicais e os relatos das infecções por este hemoparasita em L. tigrinus e por M. haemofelis e "Candidatus M. haemominutum" em P. yagouaroundi são inéditos no mundo. / Abstract: The aim of this study was to investigate the occurrence of Hepatozoon spp., piroplasms and hemoplasms in wild caught neotropical felids. Blood samples were drawn from 11 Leopardus pardalis, 10 Leopardus tigrinus, eight Puma yagouaroundi, one Leopardus wiedii and one Puma concolor coming from the States of Para, Maranhão, Piauí, Ceará and Minas Gerais. Blood smears were evaluated for parasites and DNA was extracted for molecular techniques. Hepatozoon spp. and piroplasms were diagnosed by Polymerase Chain Reaction (PCR) and feline hemoplasms were examined by both RFLP-PCR and Nested- PCR. Molecular characterization of the isolates obtained was performed after sequencing and phylogenetic analyses. The occurrence of at least one hemoparasite diagnosed by blood smear technique was 6.45% (2/31) and by PCR was 45.16% (14/31). Infections of Hepatozoon sp., Cytauxzoon felis and feline hemoplasms (from species Mycoplasma haemofelis and/or "Candidatus Mycoplasma haemominutum") were observed, respectively, in 16.12% (5/31), 3.22% (1/31) and 38.70% (12/31) from the total of animals studied. Infections and co-infections were found among felids. The positive diagnosis were higher in adults (92.85%) (p= 0,007) and in L. pardalis (57.14% - 8/14). The detection of C. felis in a juvenile, recently wild caught P. concolor, indicates the presence of this piroplasm in the wild felid population of Brazil. The molecular characterization of Hepatozoon sp. in neotropical felids and the report of this hemoparasite infection in L. tigrinus as well as the report of M. haemofelis and "Candidatus M. haemominutum" in P. yagouaroundi are novelties in the world. / Mestre

Tigers (Panthera tigris Linnaeus, 1758) are in danger of extinction. Their populations have declined from ~100,000 to only ~3,000 individuals in a century and their habitat has shrunk to less than 7% of the historic range. Of the five extant tiger subspecies, the Sumatran tiger (Panthera tigris sumatrae Pocock, 1929) is the most seriously threatened. Currently determined as Critically Endangered under IUCN criteria, the Sumatran tiger is likely to become extinct unless effective conservation measures are enacted. Threats to the tiger include habitat destruction, killing due to conflict with humans and livestock, and poaching for illegal wildlife trade. Long-term survival of Sumatran tigers depends largely on the effectiveness of current conservation efforts in every tiger landscape. Successful conservation and management require accurate information on ecology of the species upon which decisions can be based. This study investigated basic ecological aspects of tigers and developed strategies for management and restoration to improve tiger viability in the Central Sumatra landscape. This landscape is comprised of natural forests and plantations managed for timber and agricultural commodities. The first chapter assesses the variation in tiger abundance across forest types in Southern Riau, and over time in Tesso Nilo National Park, all in Central Sumatra. Using camera traps, my team and I systematically sampled five blocks representing three major forest types in the region: peat land, flat lowland, and hilly lowland. I found that tiger abundance varied by forest type and through time. Excluding two sampling blocks where no tigers were photographed, the lowest tiger density was in peat land forest of Kerumutan, and the highest density was in the flat lowland forest of Tesso Nilo. Repeated sampling in the newly established Tesso Nilo National Park documented a trend of increasing tiger density (SE) from 0.90 (0.38) individuals/100 km2 in 2005 to 1.70 (0.66) individuals/100 km2 in 2008. Overall, tiger densities from this study were lower than most previous estimates from other parts of Sumatra. The trend of increasing tiger density in Tesso Nilo, however, suggests that the tiger population could be augmented by protection of habitats that were previously logged and severely disturbed. The second chapter examines the occupancy and habitat-use of the tiger across the major landcover types (natural forest, acacia plantation, oilpalm plantation, rubber plantation, and mixed agriculture). I found that tigers used some plantation areas, although they significantly preferred forests over plantations. In all landcover types, sites with tiger detections had thicker understory cover than sites without tiger detection. Modeling tiger occupancy while recognizing that probability of detection is not always perfect, I found that tiger occupancy covaried positively and significantly with altitude and negatively, but not significantly, with distance-to-forest-cores. Probability of habitat use by tigers covaried positively and significantly with understory cover and altitude, and negatively and significantly with human settlement and landcover rank. The results suggested that with adjustments in plantation management, tigers could use or roam through plantations within the habitat mosaic provided that the plantations had adequate understory cover and low level of human activity. They also could use riparian forests (as corridors) and smaller forest patches (as stepping stones) to travel between the main habitat patches across the forest and plantation landscape. The third chapter investigates the ecological characteristics and possible inter-specific interactions among wild felids, including tigers and smaller cats, based on data collected using systematic camera trapping in combination with information on their natural history. I found that despite overlap in resource needs of the five felid species, each appears adapted to specific environmental conditions allowing coexistence with other felids. The five felid species used statistically different elevations, with the golden cat found to inhabit the highest elevation. Two-species occupancy models showed that only leopard cats were found to co-occur with other felid species more frequently than expected by chance under independence. Species of similar size or eating similar-sized prey generally tended to have low coefficients of temporal activity overlap, suggesting avoidance. Temporal avoidance is likely occurring in three pairs of felids, namely clouded leopards and golden cats, clouded leopards and marbled cats, and marbled cats and leopard cats. Based on the differences in morphological and ecological characteristics, and on patterns of spatial and temporal occurrence, I identified six possible mechanisms by which felids in Central Sumatra maintain coexistence. I discussed the implications of this study for management, focusing on how to balance diversity and abundance of felids. The fourth chapter presents the tiger distribution models as a case study to illustrate the importance of accounting for uncertainty in species distribution mapping. I applied four modeling approaches, differing in how the response variable (tiger presence) is constructed and used in the models. I compared the performance and output of different models based on the relative importance of variables, descriptive statistics of the predictions, cross comparison between models using an error matrix, and validation using tiger presence data collected from independent surveys. All models consistently identified forest area within the grid as one of the most important variables explaining tiger probability of occurrence. Three models identified altitude as another important factor. While the four models were consistent in predicting relatively high probability of tiger occurrence for high elevation forest areas such as Rimbang Baling and Bukit Tigapuluh, they generally had a lower level of agreement in predictions for low elevation areas, particularly the peat land in the northeastern part of the study area. Based on the results of cross evaluation of the predictions among models and validation with the independent data, I considered the occupancy model to be superior to the others. If data collection format permits, I advocate the use of occupancy instead of the other modeling techniques to develop predictive species distribution maps. The last chapter constructs a strategy to restore the tiger population across the ecosystem of Central Sumatra through integration of knowledge on tiger ecology from previous chapters with consideration of the ecological conditions of the landscape in the region. The strategy combines existing knowledge of tiger conservation and regional ecosystem restoration. It recognizes the limitations and challenges of traditional nature protection and considers existing and new opportunities. Emerging opportunities and new mechanisms, such as direct and indirect economic incentives for nature conservation and restoration, are taken into account. These, coupled with increased awareness of the stakeholders, better policies and implementation of good governance, and the willingness and know-how to maintain coexistence with wildlife among the local people, are expected to support and accelerate the recovery of tigers and their ecosystem. / Ph. D.