Tanto a mancha parda (Septoria gliycines Hemmi) quanto o crestamento foliar de cercospora (Cercospora kikuchii (Matsu. & Tomoyasu) Gardner) estão disseminados por todas as regiões produtoras de soja no Brasil. Ambas ocorrem na mesma época e, devido às dificuldades que apresentam nas avaliações individuais, são consideradas como um complexo de doenças de final de ciclo. O maior dano causado por esse complexo de doenças se deve à antecipação da desfolha. Sabe-se que antecipação da desfolha promove redução na produção, a qual geralmente se deve ao menor tamanho dos grãos. Com o objetivo de melhor compreender os danos causados pelas doenças de final de ciclo, foi conduzido um experimento para avaliar os efeitos dessas doenças na duração da área foliar sadia (HAD) da soja, procurar relações entre a severidade da doença e produção, bem como identificar o melhor estádio fenológico e dose de fungicida para o controle dessas doenças. Com base nos resultados obtidos, pôde-se concluir que: a) as doenças foliares de final de ciclo causaram perdas na produção da soja na ordem de 21%, sendo a redução no peso de 1000 grãos o principal fator de perda quantitativa; b) embora a análise estatística tenha demonstrado não haver diferenças significativas quanto à época de aplicação dos fungicidas (estádio R5.3 x estádio R4 repetindo-se a aplicação 15 dias mais tarde) em relação à produção e ao peso de 100 grãos de soja, os maiores valores absolutos das variáveis acima mencionadas foram conseguidos, para ambos os fungicidas, com uma aplicação de 500 g do produto comercial no estádio R4 de desenvolvimento da cultura da soja, seguida de outra aplicação da mesma quantidade do produto comercial 15 dias após primeira; c) o uso da variável severidade não se apresentou como uma boa indicadora para se prever ou estimar reduções na produção, haja vista a falta de relação que esta variável (severidade) apresenta com a mesma (produção); d) a duração da área foliar sadia (HAD) é uma variável de avaliação que apresenta relações significativas com a produção e peso de 1000 grãos, podendo ser utilizada no patossistema soja-doenças foliares de final de ciclo, uma vez que estas doenças afetam diretamente a HAD. / not available

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2016. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2016-04-28T13:39:52Z No. of bitstreams: 1 2016_AndreiSteccaSteindorff.pdf: 3749164 bytes, checksum: 9a4a5c3bdc4e24bc0a92b9777e8680f2 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-04-28T20:07:09Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_AndreiSteccaSteindorff.pdf: 3749164 bytes, checksum: 9a4a5c3bdc4e24bc0a92b9777e8680f2 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-28T20:07:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_AndreiSteccaSteindorff.pdf: 3749164 bytes, checksum: 9a4a5c3bdc4e24bc0a92b9777e8680f2 (MD5) / O controle biológico é um processo complexo que inclui diferentes mecanismos e uma diversidade de vias metabólicas. Espécies de Trichoderma harzianum são conhecidas por sua atividade de biocontrole contra patógenos de plantas. Para melhor entender os mecanismos utilizados por T. harzianum no controle biológico, no presente trabalho foi sequenciado o genoma do isolado TR274 usando sequenciamento Illumina, assim como seu respectivo transcritoma na interação direta com Scletotinia sclerotiorum ou na presença de sua parede celular. A montagem do genoma feita utilizando o programa AllPaths-LG cobertura máxima de 100x, resultou em 2282 contigs, tamanho do genoma de 40,8 Mb e um conteúdo GC de 47.7%, similar aos outros genomas de Trichoderma. Um total de 13932 genes foram anotados. Análise do Core Eukariotic Genes Dataset (CEGMA) sugere que o genoma está 100% completo e 97,9% das sequencias de RNA-seq alinharam corretamente no genoma. A análise filogenética usando proteínas ortólogas com todas as espécies de Trichoderma sequenciadas no JGI, confirmam a divisão nas seções Tricoderma (T. asperellum e T. atroviride), Longibrachiatum (T. reesei, T. citrinoviride e T. longibrachiatum) e Pachibasium (T. harzianum e T. virens). Das proteínas ortólogas anotadas, 8242 compõem proteínas compartilhadas por todas as espécies, as proteínas espécie específicas variam de 262 (T. reesei) a 1803 (T. longibrachiatum). Os dois genomas de T. harzianum analisados sugerem uma alta similaridade entre eles, mesmo tendo sido isolados de locais e continentes distintos, um de solo de cerrado no Brasil e outro de solo de jardim na Inglaterra. Análises de genes envolvidos com o metabolismo secundário, CAZymes, transportadores, proteases e fatores de transcrição foram feitas. A seção Pachibasium expandiu virtualmente todas as categorias analisadas quando comparada com as outras seções. Análise CAFE mostrou uma correlação positiva entre estas expansões e o tamanho dos genomas. O subgrupo C1 das quitinases foi completamente perdido pela seção Longibrachiatum. Estes resultados sugerem que estas famílias proteicas tem um importante papel nos seus respectivos fenótipos. As abordagens transcritômicas mostraram que a interação entre T. harzianum e S. sclerotiorum é bem complexa e envolve a produção de metabólitos secundários e síntese de transportadores antes e durante o contato, com uma modulação principalmente de enzimas hidrolíticas após o contato. Dos genes encontrados diferencialmente expressos na condição de crescimento em parede celular, 86,8% foram também encontrados diferencialmente expressos na interação direta. Cerca de 25% de todo o genoma de T. harzianum foi modulado durante a interação com S. sclerotiorum. _________________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Biological control is a complex process, which requires many mechanisms and a high diversity of biochemical pathways. Trichoderma harzianum species complex are well known for their biocontrol activity against many plant pathogens. To gain new insights into the biocontrol mechanism employed by T. harzianum, we sequenced genome of the isolate TR274 with its transcriptome during direct interaction with the fungal pathogen Sclerotinia sclerotiorum and its cell wall, using Illumina sequencing. Whole genome assembly was performed using AllPaths-LG, with a maximum coverage of 100x. The assembly resulted in 2282 contigs, with an estimated genome size of 40.8 Mb and GC content of 47.7%, similar to other Trichoderma genomes. Using the JGI Annotation Pipeline we predicted 13,932 genes, with high transcriptome support. Core Eukariotic Genes Dataset (CEGMA) tests suggested 100% genome completeness and 97.9% of RNA-SEQ reads mapped to the genome. The phylogenetic comparison using orthologous proteins with all Trichoderma genomes sequenced at JGI, corroborates the Trichoderma section division described previously (T. asperellum and T. atroviride), Longibrachiatum (T. reesei, T. citrinoviride and T. longibrachiatum) and Pachibasium (T. harzianum and T. virens). A Venn diagram was built with orthologs proteins, with 8242 composing the core protein group and species specific varying from 262 proteins (T. reesei) to 1803 (T. longibrachiatum). The comparison between two Trichoderma harzianum CBS 226.95 and TR274 isolates, suggests a high genome similarity. Analyses of the secondary metabolites, CAZymes, transporters, proteases and transcription factors were performed. The Pachybasium section expanded virtually all categories analyzed compared with the other sections. CAFE analysis showed positive correlation between these families and genome size. The chitinase subgroup C1 was completely absent in Longibrachiatum section members. These results suggest that these proteins families play an important role on their respective phenotypes. Transcriptome analysis suggests that the interaction between T. harzianum and S. sclerotiorum is complex, involving production of secondary metabolites and transporters before and during the contact, with a modulation of CAZymes after contact. A total of 86.8% of differentially expressed genes during growth on Sclerotinia sclerotiorum cell wall were found during direct interaction. Approximately the 25% of whole T. harzianum genome was seen to be modulated during the interaction with S. sclerotiorum.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-04-20T18:12:57Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1130155 bytes, checksum: 0950afcb6db136da799b0f7aae36c9f8 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-20T18:12:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1130155 bytes, checksum: 0950afcb6db136da799b0f7aae36c9f8 (MD5) Previous issue date: 2003-07-24 / Schinus terebinthifolius é uma planta originária do Brasil, Paraguai e Argentina. Foi introduzida em outros países como ornamental, tornando-se posteriormente uma planta invasora. Visando subsidiar futuros programas de controle biológico de S. terebinthifolius, utilizando-se fungos fitopatogênicos em locais onde esta tenha se tornado invasora, buscou-se ampliar o conhecimento sobre a micobiota associada a esta planta. Para isso, foi realizado entre o segundo semestre de 2001 e início de 2003, um levantamento desta micobiota, na região sudeste do Brasil. Foram identificados os fungos Hainesia lythri, Pilidium concavum, Meliola sp., Irenopsis sp., Septoria sp., Phyllosticta sp., Stenella sp., Pseudocercospora sp. e Pseuderythrogloeum schini gen. nov.. A patogenicidade de Hainesia lythri, Pilidium concavum e Septoria sp., foram comprovadas através da realização do postulado de Kock. Inoculações de Pseudocercospora sp. e Pseuderythrogloeum schini em S. terebinthifolius provocaram sintomas, mas estes não foram reisolados. Inoculações feitas com Stenella sp. não resultaram em sintomas. Foi realizado teste simplificado de especificidade para o fungo Septoria sp., utilizando-se outras plantas da família Anacardiaceae. Tais plantas não foram infectadas por Septoria sp.. A severidade da doença provocada por Septoria sp. em Schinus terebinthifolius, tanto em condições de campo, quanto em condições controladas, bem como a sua especificidade, fazem deste fungo um possível candidato a agente de controle biológico de Schinus terebinthifolius. Entretanto, o potencial deste fungo deve ser mais estudado. / Schinus terebinthifolius is a plant belonging to the Anacardiaceae native from Brazil, Paraguay and Argentina. It was introduced as an ornamental in many countries often becoming invasive in natural habitats. A search for pathogenic fungi associated to S. terebinthifolius was conducted in part of its native range of distribution in Brazil aimed at the discovery of potential candidates to be used as biocontrol agents against this plant. Several survey trips were carried out from 2001 to 2003 in Southeastern Brazil. Specimens available from previous ad hoc collections were also included. The following fungi were found during the surveys: Meliola sp., Irenopsis sp., Hainesia lythri, Pilidium concavum, Septoria sp., Phyllosticta sp., Pseudoerythrogloeum (gen. nov.), Stenella sp., Pseudocercospora sp., Corticium sp., Phomopsis sp. and Oidium sp. Some of them had their taxonomy studied in more detail: Meliola sp., Irenopsis sp., , Septoria sp., Phyllosticta sp., Stenella sp., Pseudocercospora sp., Hainesia lythri, Pilidium concavum. The first five clearly represent new species to science and will be published soon. Pseudocercospora sp. is presently inadequately placed in Cercospora and requires a recombination. Additionally a coelomycete that was found couldn’t be placed in any known genus and the new genus Pseuderythrogloeum will be proposed based on specimens of this fungus. The pathogenicity of Hainesia lythri, Pilidium concavum and Septoria sp. were demonstrated. Inoculations of Pseudocercospora sp. and Pseuderythrogloeum schini in S. terebinthifolius also produced symptoms, but results were dubious as the fungus couldn’t be recovered from seemingly diseased tissues, after inoculation. Although field observations suggest that Stenella sp. is also a pathogen inoculations didn’t produce any symptoms. A simplified host-specificity test was performed for Septoria sp. involving only a limited number of plants belonging to the Anacardiaceae (Table 1). Only S. terebinthifolius was infected by Septoria sp.. The significant defoliation that Septoria sp. caused both in field as well as under controlled conditions together with the indications that this fungus is host-specific suggested by the results from the preliminary essay indicates that this species is a potential biological control agent for Schinus terebinthifolius. It is nevertheless acknowledged here that additional work is necessary in order to confirm that. / Dissertação importada do Alexandria

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-09-01T16:34:42Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 480210 bytes, checksum: 50d18bd67c0f2b08ed0c2edff62365e4 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-01T16:34:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 480210 bytes, checksum: 50d18bd67c0f2b08ed0c2edff62365e4 (MD5) Previous issue date: 2017-02-23 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O fungo fitopatogênico Corynespora cassiicola (Berk. & M. A. Curtis) C. T. Wei é uma espécie cosmopolita com relatos de ocorrência em folhas, hastes e raízes em diversas espécies de plantas, sendo frequentemente associada como agente causal da mancha alvo em diferentes espécies de importância agronômica. Este estudo analisou uma coleção de 32 isolados de C. cassiicola, obtidos de diferentes hospedeiros e locais no Brasil. Sete genes nucleares e um gene mitocondrial foram parcialmente sequenciados e analisados de modo a explorar as relações filogenéticas e filogeográficas entre os isolados e verificar se existe associação entre o gene precursor da toxina produzida pelo fungo, a cassiicolina, e as linhagens encontradas. Adicionalmente, a presença de mutações pontuais independentes – E198A, F200Y e G143A – que conferem resistência a fungicidas foram investigadas. Os isolados se agruparam em três linhagens. A distribuição dos isolados entre as linhagens não esteve associada a hospedeiro ou origem geográfica dos isolados. Isolados da coleção contêm uma de quatro possíveis isoformas da cassiicolina. Em geral, associação entre as isoformas e clados filogenéticos foi ausente. As três mutações pontuais que conferem resistência a fungicidas estão presentes (sozinhas ou combinadas) em oito isolados. Duas dessas mutações (E198A e F200Y) nunca haviam sido identificadas em isolados de C. cassiicola. As evidências de variabilidade genética entre os isolados e a ocorrência de três mutações pontuais independentes, em conjunto com o hábito polífago de C. cassiicola, comprometem as atuais práticas de manejo da doença na agricultura brasileira. As informações obtidas neste estudo poderão ser úteis em análises ecológicas e epidemiológicas de C. cassiicola, bem como no desenvolvimento de medidas de manejo da mancha alvo. / The plant pathogenic fungus Corynespora cassiicola (Berk. & M. A. Curtis) C. T. Wei is a cosmopolitan species with reports of occurrence in leaves, stems and roots in several plant species, being frequently associated as the causal agent of the target spot in different plant species of agronomic importance. This study analyzed a collection of 32 isolates of C. cassiicola obtained from different hosts and locations in Brazil. Seven nuclear genes and a mitochondrial gene were partially sequenced and analyzed in order to explore the phylogenetic and phylogeographic relationships among the isolates and to verify if there is an association between the precursor gene of the toxin produced by the fungus, the cassiicolin, and the lineages we found. Additionally, the presence of independent point mutations - E198A, F200Y and G143A - that confer resistance to fungicides were investigated. The isolates were grouped into three lineages. The distribution of the isolates between the lineages was neither associated with host nor geographical origin of the isolates. The isolates of the collection contain one of four possible cassiicolin isoforms. In general, association between isoforms and phylogenetic clades was absent. The three point mutations that confer resistance to fungicides were present (alone or in combination) in eight isolates. Two of these mutations (E198A and F200Y) had never been identified in isolates of C. cassiicola. The evidence of genetic variability among the isolates and the occurrence of three independent point mutations, along with the polyphagous habit of C. cassiicola, compromise the current disease management practices in the Brazilian agriculture. Therefore, the information generated may be useful in ecological and epidemiological analysis of C. cassiicola, as well as in the development of management measures against the target spot.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2018-01-24T13:20:44Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1041271 bytes, checksum: e6cb275e1e3701318178f9c961a02320 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-24T13:20:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1041271 bytes, checksum: e6cb275e1e3701318178f9c961a02320 (MD5) Previous issue date: 2017-07-31 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A ferrugem do cafeeiro, causada pelo fungo Hemileia vastatrix Berkeley & Broome, é considerada a principal doença da cultura. O fungo está amplamente distribuído nas regiões produtoras de café, causando severos danos econômicos. Novas raças fisiológicas de H. vastatrix tem surgido, com frequência em todo mundo, infectando algumas cultivares de café lançadas comercialmente como resistentes à ferrugem. Dessa forma, a obtenção de cafeeiros resistentes tem sido um desafio devido ao alto potencial adaptativo do fungo e tem se tornado cada vez mais difícil a caracterização dos patótipos por meio da coleção de cafeeiros diferenciadores de raça. Além disso, as informações acerca da interação de cafeeiros com as raças existentes são escassas, embora o processo infeccioso de H. vastatrix seja bem estudado. Estudos genômicos estão ajudando no entendimento dos mecanismos moleculares envolvidos no processo de interação entre planta e patógeno e no desenvolvimento de técnicas moleculares para a identificação de isolados. Nosso objetivo foi caracterizar as raças de H. vastatrix encontradas nas principais regiões produtoras de café do Brasil, e estudar as proteínas candidatas a efetoras preditas para H. vastatrix que possam contribuir para patogenicidade nas diferentes raças do fungo. Foram utilizados 56 isolados monopustular coletados de diferentes espécies de café, Coffea canephora, C. arabica e Híbrido de Timor (C. canephora x C. arabica) e multiplicados em cafeeiro suscetível C. arabica variedade Caturra. Cada isolado foi inoculado em cafeeiros que compõe a série diferenciadora de raças, com três repetições. O DNA dos 56 isolados monopustulares foram extraídos para os estudos genômico. Foram utilizadas 47 combinações de primer para amplificar genes de candidatos a efetores. Sete genes foram amplificados, sequenciados e tiveram sua expressão validada em cafeeiros resistente e suscetível. As sequências obtidas foram alinhadas para os 46 isolados, usando o programa DNA Baser. Estudo de domínio conservado foram realizados no programa Pfam e a categorização das proteínas no Blast2GO. O alinhamento das sequências de nucleotídeos, proteínas e agrupamento dos isolados foi feito no programa Clustalw e as diferença de nucleotídeo foi analisada no Weblogo. Os dados obtidos foram usados para o estudo de diversidade. Por meio da inoculação na série diferenciada, foram identificadas sete raças, sendo cinco já descritas no Brasil e duas pela primeira vez (raça XXIX e XXX). Não foi possível caracterizar 15 combinações dos genes de virulência, sendo assim consideradas novas raças. A análise da coleção de isolados permitiu inferir a presença de pelo menos seis novos genes na série diferenciadora, o que possibilitou diferenciar dois isolados descritos como raças III. Na análise genômica, os 47 genes candidatos a efetores estudados se mostraram conservados em todos os isolados e estão ligados a 15 processos biológicos do desenvolvimento do fungo. Foram identificados 14 domínios nas proteínas provenientes desses genes. Para os sete genes sequenciados nos diferentes isolados, observou-se diferença na sequência dos nucleotídeos e presença de indivíduos heterozigoto e homozigoto. Com análise de diversidade foi possível discriminar os indivíduos, sendo o isolado Hv-09 o mais divergente. As informações geradas nesta pesquisa poderão ampliar o entendimento da interação entre H. vastatrix e o cafeeiro. O conhecimento dos genes que estão envolvidos no processo infeccioso auxiliará o entendimento dos mecanismos moleculares que levam à suplantação da resistência por novas raças do fungo. / Coffee rust, caused by the fungus Hemileia vastatrix Berkeley & Broome, is considered the main disease of the crop. The fungus is widely distributed in the coffee producing regions, causing severe economic damage. New physiological races of H. vastatrix have arisen, often all over the world, infecting some commercially released coffee cultivars as resistant to rust. Thus, obtaining resistant coffee trees has been a challenge due to the high adaptive potential of the fungus and it has become increasingly difficult to characterize the pathotypes through the collection of coffee races. In addition, information on the interaction of coffee trees with the existing races is scarce, although the infectious process of H. vastatrix is well studied. Genomic studies are helping to understand the molecular mechanisms involved in the process of interaction between plant and pathogen and in the development of molecular techniques for the identification of isolates. Our objective was to characterize the H. vastatrix race found in the main coffee producing regions of Brazil and to study the effector candidate proteins predicted for H. vastatrix that may contribute to pathogenicity in the different fungus races. Fifty six monopustular isolates collected from different coffee species, Coffea canephora, C. arabica and Hybrid of Timor (C. canephora x C. arabica) were used and multiplied in susceptible coffee C. arabica variety Caturra. Each isolate was inoculated in coffee plants that make up the differentiating series of races, with three replicates. The DNA of the 56 monopustular isolates were extracted for genomic studies. We used 47 primer combinations to amplify effector candidate genes. Seven genes were amplified, sequenced and had their validated expression in resistant and susceptible coffee trees. The sequences obtained were aligned for the 46 isolates using the DNA Baser program. A conserved domain study was performed on the Pfam program and the protein categorization in Blast2GO. The alignment of the nucleotide sequences, proteins and clustering of the isolates was done in the Clustalw program and the nucleotide differences were analyzed in Weblogo. The data obtained were used for the study of diversity. Through inoculation in the differentiated series, seven races were identified, five of which were already described in Brazil and two for the first time (races XXIX and XXX). It was not possible to characterize 15 combinations of the virulence genes, thus being considered new races. The analysis of the collection of isolates allowed to infer the presence of at least six new genes in the differentiator series, which made it possible to differentiate two isolates described as breeds III. In genomic analysis, the 47 candidate effector genes studied have been conserved in all isolates and are linked to 15 biological processes of fungus development. 14 domains were identified in proteins from these genes. For the seven genes sequenced in the different isolates, we observed a difference in nucleotide sequence and presence of heterozygous and homozygous individuals. With diversity analysis it was possible to discriminate individuals, being the Hv-09 isolate the most divergent. The information generated in this research may broaden the understanding of the interaction between H. vastatrix and the coffee tree. The knowledge of the genes that are involved in the infectious process will help the understanding of the molecular mechanisms that lead to the supplanting of resistance by new races of the fungus.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-10-05T13:02:02Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3228996 bytes, checksum: 780644153c363d1add4ea91f8694ce39 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-05T13:02:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3228996 bytes, checksum: 780644153c363d1add4ea91f8694ce39 (MD5) Previous issue date: 2003-03-27 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / As doenças infecciosas estão entre as principais causas de morte da população humana. Esse fato é causado, em grande parte, pelo surgimento de microrganismos multi-resistentes aos antibióticos. Portanto, apesar da disponibilidade de um grande número de antibióticos de última geração, torna-se ainda fundamental buscar compostos que possam atuar como novas drogas a serem utilizadas no combate as doenças infecciosas. Em plantas, a atividade antimicrobiana pode ser demonstrada por vários tipos de moléculas, como as proteínas relacionadas com a patogenicidade, os componentes orgânicos das plantas, as famílias de peptídeos antimicrobianos e as espécies ativas de oxigênio e nitrogênio. Atualmente, peptídeos antimicrobianos de origem vegetal estão sendo utilizados como modelos para o desenho de novas drogas com aplicação nas áreas agrícolas e de saúde. Deste modo, nosso trabalho objetivou a determinação da metodologia mais eficaz para a purificação dos peptídeos catiônicos, presentes em sementes maduras de soja, com atividade antimicrobiana ou outras, e a caracterização bioquímica destes peptídeos visando à obtenção de informações de importância para a elucidação de suas funções biológicas. Os peptídeos de semente madura de soja foram extraídos, na proporção de 1:5 (gramas semente : mL tampão), em tampão fosfato de sódio 25 mM, pH 7,4, contendo KCl 100 mM, EDTA 2 mM, PVP 1,5% (p/v), tiouréia 2 mM, PMSF 1 mM e benzamidina 1 mM por homogeneização do extrato durante 2 h a 4 °C, em banho de gelo. O extrato obtido foi centrifugado a 20.300 x g a 4 °C e o sobrenadante obtido após o final da extração foi fracionado com sulfato de amônio sólido 35% sat. e centrifugado sob as mesmas condições. O sobrenadante foi aquecido a 80°C por 15 min e novamente centrifugado sob as mesmas condições. Após a diálise do extrato em membrana de exclusão de 1.000 Da, foram realizadas as cromatografias de troca aniônica, em coluna DEAE- Sepharose equilibrada com tampão Tris-HCl 50 mM, pH 8,0; a de exclusão molecular, em coluna Superdex Peptide equilibrada com tampão Tris-HCl 50 mM, pH 8,0, contendo 150 mM de NaCl; e a de fase reversa, em coluna C 18 equilibrada com acetonitrila 80% e TFA 0,1%, para obtenção dos peptídeos catiônicos purificados. A análise em espectrômetro de massa das frações eluídas do HPLC indicou a presença de compostos de massas moleculares menores do que 500 Da, 678,61 Da e 700,60 Da, a presença de peptídeos com massas moleculares de 5.809,11 Da, 8.526,97 Da e 14.113,18 Da. A seqüência de aminoácidos do peptídeo de 5.809,11 Da foi determinada e mostrou alta homologia com as cadeias B da pró-insulina humana e de vários outros organismos, da insulina bovina e da insulina de feijão-de-porco (Canavalia ensiformes). Os compostos presentes em dois pools eluídos da cromatografia de exclusão molecular, pool 2 e pool 3, inibiram o crescimento da bactéria Gram-negativa Ralstonia solanacearum, enquanto que, para a bactéria Gram-positiva Clavibacter michiganensis, somente o pool 3 exerceu alguma ação, mas com a inibição do crescimento muito menor do que a obtida para a Ralstonia solanacearum. Assim, estes compostos apresentam potencial antimicrobiano a ser explorado na indústria agrícola. / The infectious diseases are among the main causes of death of the human population. That fact occurs, mainly, for the appearance of multi-resistant microrganisms to the antibiotics. Therefore, in spite of the readiness of a great number of antibiotics of last generation, it becomes still important to look to substances new that can act as new drugs it be used in the combat the infectious diseases. In plants, the antimicrobial activity can be demonstrated by several types of molecules, as the proteins related with the patogenicity, the organic components from the plants, the families of antimicrobial peptides and the active species of oxygen and nitrogen. Now, antimicrobial peptides of vegetable origin are being used as models for the drawing of new drugs with application in the agricultural areas and health. In this way, our work objectified the determination of the most effective methodology for the purification of the cationic peptides, presents in mature seeds of soybean, with antimicrobial activity or other, and the biochemical characterization of these peptides seeking to the obtaining importance information for the elucidation of its biological functions. The peptides of mature seed of soybean was extracted, in the proportion of 1:5 (grams seed: mL), in 25 mM buffer phosphate, pH 7.4, with 100 mM KCl, 2 mM EDTA, 1.5% (p/v) PVP, 2 mM thioureia, 1 mM PMSF and 1 mM benzamidine for stirring of the extract during 2 h at 4 °C and centrifuged (20,300 x g, 4 °C). As the first steps of purification, proteins were recovered from a 35% sat. ammonium sulfate precipitation (2h, 4 o C) after centrifugation, incubated at 80 o C for 15min and centrifuged again. After the dialysis of the extract in membrane of 1,000 Da, they were accomplished the chromatography of anion exchangers, in DEAE-Sepharose column equilibrated in 50 mM Tris-HCl, pH 8.0; the one of gel filtration, in Superdex Peptide column equilibrated in 50 mM Tris-HCl, pH 8.0, with 150 mM of NaCl; and the one RP- HPLC, in C18 column equilibrated with acetonitrile 80% and TFA 0,1%, for obtaining of the cationic peptides purified. The analysis in mass spectrometer of the fractions eluted from HPLC indicated the presence of composed of smaller molecular mass than 500 Da, 678.61 Da and 700.60 Da, the peptides presence with molecular mass of 5,809.11 Da, 8,526.97 Da and 14,113.18 Da. The sequence of amino acids of the peptide of 5,809.11 Da was determined and it showed high homology with the chain B of the human pro-insulin and of several other organisms, of the bovine insulin and of jack bean insulin (Canavalia ensiformes). The present compositions in two pools eluted of the chromatography of molecular exclusion, pool 2 and pool 3, inhibited the growth of the bacteria Gram-negative Ralstonia solanacearum, while, for the bacteria Gram-positive Clavibacter michiganensis, only the pool 3 exercised some action, but with the inhibition smaller growth than obtained it for the Ralstonia solanacearum. Thus, these matters own antimicrobial potential to be explored in the agricultural industry. / Dissertação importada do Alexandria

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, 2007. / Submitted by Fernanda Weschenfelder (nandaweschenfelder@gmail.com) on 2010-01-12T19:01:18Z No. of bitstreams: 1 2007_CarolineRabeloCosta.PDF: 5069365 bytes, checksum: b9c867378f94411d3febf444f1d88bd2 (MD5) / Approved for entry into archive by Lucila Saraiva(lucilasaraiva1@gmail.com) on 2010-01-12T21:32:46Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2007_CarolineRabeloCosta.PDF: 5069365 bytes, checksum: b9c867378f94411d3febf444f1d88bd2 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-01-12T21:32:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2007_CarolineRabeloCosta.PDF: 5069365 bytes, checksum: b9c867378f94411d3febf444f1d88bd2 (MD5) Previous issue date: 2007 / A floricultura tropical têm-se se destacado como uma rentável opção para o agronegócio, em virtude da sua beleza, rusticidade e exoticidade. Existem hoje no Brasil, vários pólos produtores, dentre eles se destaca o Distrito Federal, devido ao seu consumo per capita e condições de cultivo, tais como altitude, localização e demanda. Condições de cultivo associada à falta de informação e condições fitossanitárias inadequadas, limitam a produção, causando danos e prejuízos. Em vista desses fatores, o objetivo deste trabalho foi realizar um levantamento dos sintomas associados à fitopatógenos de origem fúngica das famílias Heliconiaceae, Zingiberaceae, Costaceae, Strelitziaceae e Musaceae. As coletas foram realizadas em dois núcleos produtores, Planaltina e Brazlândia-DF, com técnicas de cultivo diferentes, e as amostras com sintomas levadas para o laboratório de Fitopatologia da Universidade de Brasília para análise. O material coletado foi submetido diretamente ao exame em microspcópio estereoscópico e microscópio ótico, identificando suas estruturas, fotografados e parte do material infestado foi prensado, para secagem. Posteriormente, as amostras foram identificadas, numeradas, rotuladas e depositadas na Coleção Micológica do Herbário da Universidade de Brasília. Vários tipos de sintomas foram encontrados, dentre eles, uma maior freqüência de manchas foliares. Fungos do gênero Bipolaris, foram os patógenos mais frenquentes. O fungo Colletotrichum gloeosporioides, foi identificado causando doença juntamente com sua fase teleomórfica, Glomerella cingulata em folhas de Etlingera elatior e houve em várias amostras uma associação de patógenos numa mesma lesão ou mancha, sendo notado um complexo de doença nas plantas analisadas. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / The tropical floricultura has been distinguished as an income-producing option for the agribusiness, in virtue of its beauty, rusticidade and exoticidade. They exist today in producing Brazil, some polar regions, teeth they if it detaches the District Federal, due to its per capita consumption and conditions of culture, such as altitude, localization and demand. Conditions of associated culture healthy plants lack of information and inadequate conditions, limit the production, causing damages and damages. In sight of these factors, the objective of this work was to carry through a survey of the symptoms patogens of plants associates of the fungic origin of the families Heliconiaceae, Zingiberaceae, Costaceae, Strelitziaceae and Musaceae. The collections had been carried through in two producing nuclei, Planaltina and Brazlândia-DF, with different techniques of culture, and has samples with taken symptoms for the laboratory of Fitopatologia of the University of Brasilia for analysis. The collected material was submitted directly to the examination in followed stereoscopic microscope and ótico microscope, identifying its structures, photographed and part of the infested material was pressed, for drying. Later, samples they had been identified, numbered, friction and deposited in the Micológica Collection of the Herbário of the University of Brasilia. Some types of symptoms, had been found, amongst them, a bigger frequency of foliares spots. Fungi of the Bipolaris sort, had been the frequent patogens. Some fungos as Colletotrichum gloeosporioides, were identified causing illness together with its teleomorphic phase, Glomerella cingulata in leves of Etlingera elatior and had in some samples an association of patogens in one same injury or spot, being noticed a complex of illness in the analyzed plants.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, 2014. / Submitted by Ana Cristina Barbosa da Silva (annabds@hotmail.com) on 2015-05-15T16:00:40Z No. of bitstreams: 1 2014_ElianeAmaraldeSouzaArmando_Parcial.pdf: 681202 bytes, checksum: 5366c3e8b5f9c5f259cdccf132b15022 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2015-05-15T18:54:09Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_ElianeAmaraldeSouzaArmando_Parcial.pdf: 681202 bytes, checksum: 5366c3e8b5f9c5f259cdccf132b15022 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-05-15T18:54:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_ElianeAmaraldeSouzaArmando_Parcial.pdf: 681202 bytes, checksum: 5366c3e8b5f9c5f259cdccf132b15022 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnologia (CNPq) e Coordenação de Aperfeiçoamento de Professores de Nível Superior (CAPES). / Foram estudados cinquenta fungos associados a espécies hospedeiras pertencentes a vinte e duas famílias diferentes, distribuídas em 30 gêneros de plantas com potencial para uso medicinal, todas nativas do Cerrado brasileiro. Entre os fungos estudados, vinte e três são prováveis gêneros novos e vinte e uma prováveis espécies novas foram descritas, assim distribuídas: treze prováveis gêneros novos de hifomicetos, 10 prováveis espécies novas de fungos cercosporóides, quatro prováveis espécies novas do gênero Alternaria, quatro prováveis gêneros novos de celomicetos, quatro prováveis gêneros novos de ascomicetos e uma provável espécie nova do gênero Schizothyrium e um provável gênero novo de basidiomiceto, além de seis espécies já descritas na literatura. Em folhas de Anacardium humile St. Hil. (Anacardiaceae) foram identificados três hifomicetos, um celomiceto e dois ascomicetos prováveis gêneros novos. Em Schefflera macrocarpa (Araliaceae) foi estudado um provável gênero novo de basidiomiceto, um hifomiceto e um celomiceto. Em membros das famílias Cecropiaceae, Fabaceae, Guttiferae, Lythraceae, Malpighiaceae, Rubiaceae, Styracaceae e Verbenaceae foram estudadas em cada uma delas uma provável espécie nova de Pseudocercospora. Já em Vellozia squamata foi identificada uma provável espécie nova de Passalora. As prováveis espécies novas do gênero Alternaria foram estudadas nas famílias Fabaceae, Moraceae e Tiliaceae, sendo que em Fabaceae foram identificadas duas em Acosmium dasycarpum e em Bauhinia sp. Além disso, foram ainda descritas prováveis espécies novas dos seguintes gêneros: Asterostomella, Camarosporium, Janetia, Leprieurina, Periconia e Sirosporium, sendo a provável espécie nova do gênero Janetia provavelmente a fase conidial de um ascomiceto inédito encontrado agora em A. dasycarpum. / Fifty fungi were studied on host plants belonging in twenty-two different families, distributed in thirty genera of native plants from the Cerrado with potential for medicinal use. All fungi studied are here only preliminarily described here potential new taxa to be published according to the requirements of the International Code for Nomenclature of Algae, Fungi and Plants. Among the them twenty-three belong in new genera, and twenty-one are new fungal species. Thirteen species will be allocated in new genera of hyphomycetes, ten in new species of cercosporoid fungi, four are new Alternaria species, four are new coelomycete genera, four are new ascomycete genera. Additionally a new Schizothyrium species, a new basidiomycete genus, and six known fungal species. On leaves of Anacardium humile (Anacardiaceae), three potentially new hyphomycetes, one coelomycete, and two new ascomycete genera were found. On Schefflera macrocarpa (Araliaceae) the fallowing taxa were found one species belonging to a new basidiomycete genus, and two asexual morphs of ascomycetes, one new genus of coelomycete, and a new hyphomycete genus. A new Pseudocercospora species was found in one member of each of the following host families: Cecropiaceae, Fabaceae, Guttiferae, Lythraceae, Malpighiaceae, Rubiaceae, Styracaceae and Verbenaceae. A new Passsalora species was found growing on Vellozia squamata (Velloziaceae). Four novel Alternaria species were described causing leaf spots on hosts belonging the Fabaceae, Moraceae e Tiliaceae. On fabaceous hosts there were new species are on Acosmium dasycarpum and another on Bauhinia sp. Furthermore, new species were described belonging to the fallow genera Asterostomella, Camarosporium in Hymenaea stignocarpa, Janetia in Acosmium dasycarpum, Leprieurina in Brosimum gaudichaudii, Periconia in Aegyphilla lhokstana, and Sirosporium in Senna micrantha. Finally, another Janetia species was described as the asexual morph of a new ascomycete found on Acosmium dasycarpum (Fabaceae).

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2010. / Submitted by Elna Araújo (elna@bce.unb.br) on 2012-06-26T22:46:49Z No. of bitstreams: 1 2010_WelcimarGoncalvesCunha.pdf: 2975091 bytes, checksum: 539028d8614ac1d1f4d4b204dd2e7de4 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Ferreira de Souza(jaquefs.braz@gmail.com) on 2012-06-27T14:27:15Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2010_WelcimarGoncalvesCunha.pdf: 2975091 bytes, checksum: 539028d8614ac1d1f4d4b204dd2e7de4 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-06-27T14:27:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2010_WelcimarGoncalvesCunha.pdf: 2975091 bytes, checksum: 539028d8614ac1d1f4d4b204dd2e7de4 (MD5) / O mofo branco, causado pelo fungo Sclerotinia sclerotiorum, é hoje um dos principais problemas da cultura da soja e afeta diretamente a economia dos principais países produtores. A incidência desse patógeno acarreta em danos expressivos na produção e qualidade dos grãos, podendo atingir perdas em torno de 80%. O ácido oxálico, produzido pelo fungo durante o processo de infecção, é considerado o principal fator de patogenicidade do fungo S. sclerotiorum. A expressão de enzimas que degradam o ácido oxálico em plantas transgênicas tem sido utilizada em diversas culturas visando o desenvolvimento de cultivares resistentes. No presente trabalho, o gene oxdc que codifica para a enzima oxalato descarboxilase, isolado do fungo Flammulina velutipes, foi inserido via biobalística no genoma da soja. Dezesseis eventos T2 foram avaliados via inoculação de discos de micélio do fungo S. sclerotiorum em folhas destacadas. A análise da curva de progresso da doença revelou que todos os eventos transgênicos apresentaram atraso no desenvolvimento dos sintomas quando comparados com o controle não transgênico. A área abaixo da curva de progresso da doença foi utilizada para sumarizar a severidade da doença em cada evento transgênico e no controle. O teste de Kruskal-Wallis revelou que houve diferença significativa (P ≤ 0,05) entre os tratamentos. Os eventos OXDC.9.21 e OXDC.8.18 tiveram os menores índices de severidade. Tais eventos apresentaram respectivamente, índices de severidade 96% e 93% menor que o apurado para o controle. Os resultados impetrados a partir da curva de progresso da doença e da severidade da doença utilizando o teste de inoculação da folha destacada com o fungo S. sclerotiorum sugerem que a expressão do gene da oxdc em soja confere aumento do nível de resistência das plantas ao patógeno.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-graduação em Fitopatologia, 2011. / Submitted by Elna Araújo (elna@bce.unb.br) on 2012-09-14T20:54:47Z No. of bitstreams: 1 2011_LeonardoMinareBrauna.pdf: 2346526 bytes, checksum: 9843339909a8bb2b743cdb1c02f58697 (MD5) / Approved for entry into archive by Luanna Maia(luanna@bce.unb.br) on 2012-09-18T10:29:14Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_LeonardoMinareBrauna.pdf: 2346526 bytes, checksum: 9843339909a8bb2b743cdb1c02f58697 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-09-18T10:29:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_LeonardoMinareBrauna.pdf: 2346526 bytes, checksum: 9843339909a8bb2b743cdb1c02f58697 (MD5) / O mofo branco, doença causada pelo fungo Sclerotinia sclerotiorum (Lib.) de Bary possui em seu ciclo de hospedeiros 408 espécies dentro de 278 gêneros, distribuídas em 75 famílias botânicas e é responsável por perdas de rendimento que podem chegar a 100% em culturas agronômicas. As medidas de controle na maioria das vezes são ineficazes. O uso de defensivos químicos é muito oneroso, tornando-se inviável. Quanto ao controle biológico, vários estudos têm sido realizados com fungos antagonistas e, dentre eles, espécies do gênero Trichoderma tem demonstrado atividade antagônica contra S. sclerotiorum, em testes conduzidos tanto em laboratório, quanto em condições de campo. Neste trabalho, 20 isolados de Trichoderma foram testados em laboratório e em casa de vegetação. Em campo, três desses isolados foram avaliados em termos de redução do impacto do patógeno sobre o desenvolvimento das culturas de feijão comum e soja. Nestes ensaios, utilizou-se além da microbiolização de sementes, aplicação no sulco de plantio com jato direto e aplicação na parte aérea por barra traçada, cuja concentração de propágulos na suspensão de inóculo para aplicação dos isolados foi de 1x109 conídios – mL-1. Nos testes de laboratório, quatro isolados apresentaram grau máximo de antagonismo (classe 1), 10 isolados alocaram-se na classe 2 e quatro na classe 3, estas duas consideradas com potencial médio e moderado de biocontrole, respectivamente. Dois isolados exerceram baixa atividade antagônica contra S. sclerotiorum (classe 4). Quanto à germinação de escleródios, 10 isolados de Trichoderma inibiram pelo menos em 90%; quatro apresentaram índices de inibição entre 80% e 65%; dois apresentaram índices de 35% e 25% e os quatro restantes não apresentaram atividade inibitória sobre os escleródios. Já nos testes com metabólitos não voláteis, verificou-se diferença significativa na inibição do crescimento de S. sclerotiorum, com os valores médios da porcentagem de inibição micelial variando desde zero (ausência de inibição) até 100%. Dentre os 20 isolados, seis apresentaram os melhores níveis de controle de doença. Os ensaios conduzidos em campo indicaram maior eficiência dos isolados quando o inoculo foi aplicado via barra, juntamente com as sementes microbiolizadas, seguindo-se a aplicação por meio de aspersão da suspensão de esporos e, por fim, onde só houve aplicação pela microbiolização das sementes, quanto ao desenvolvimento das plantas. Os resultados obtidos indicam que esses isolados são promissores para o desenvolvimento de um programa de controle biológico. Assim, foi avaliada a produção de esporos em laboratório, utilizando dois substratos preparados com diferentes teores de água e tempo de embebição. As maiores taxas de esporulação foram observadas com os CEN162 e CEN238, em arroz parboilizado. Adição de água na proporção de 80%, e períodos de embebição superiores a 15 horas favoreceram a esporulação, independentemente do substrato. Nestas condições, os isolados apresentaram diferentes picos de esporulação no decorrer de 30 dias. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / White mold disease caused by the fungus Sclerotinia sclerotiorum (Lib.) de Bary has its cycle of hosts 408 species in 278 genera, distributed in 75 botanic families and is responsible for loss of income that can reach 100 % in agronomic crops. Control measures are most often ineffective. The use of pesticides is very expensive, making it unfeasible. As for biological control, several studies have been conducted on fungi and antagonists, among them species of the genus Trichoderma have demonstrated antagonistic activity against S. sclerotiorum in trials conducted both in laboratory and in field conditions. In this study, 20 isolates of Trichoderma were tested in laboratory and greenhouse. In the field, three of these isolates were evaluated in terms of reducing the impact of the pathogen on the development of crops of beans and soybeans. In these tests, we used beyond microbiolization seed, application in furrow application with jet direct and shoot with a slash drawn, where the concentration of propagules in the inoculum suspension for application of the isolates was 1x109 conidia - mL-1. In laboratory tests, four isolates showed maximum degree of antagonism (class 1), 10 isolates allocated to the Class 2 and four in Class 3, these two considered potential biocontrol medium and moderate, respectively. Two isolates have had low antagonistic activity against S. sclerotiorum (class 4). As for the germination of sclerotia, 10 strains of Trichoderma inhibited at least 90%, four showed inhibition rates between 80% and 65% had two rates of 35% and 25% and the remaining four showed no inhibitory activity on the sclerotia. Already in the tests with non-volatile metabolites, there was significant difference in growth inhibition of S. sclerotiorum, with the mean percentage inhibition of mycelial ranging from zero (no inhibition) to 100%. Among the 20 isolates, six showed the highest levels of disease control. Tests conducted in the field suggest greater efficiency of the isolates when the inoculum was applied by bar, along with microbiolization seeds, followed by the application by spraying the spore suspension and, finally, where there was only applied by microbiolization seeds, for the development of plants. The results indicate that these isolates are promising for developing a biological control program. Thus, we evaluated the production of spores in the laboratory using two substrates prepared with different amounts of water and soaking time. The highest rates of spore production were observed with CEN162 and CEN238 in parboiled rice. Addition of water at a ratio of 80%, and soaking periods exceeding 15 hours favored sporulation, regardless of the substrate. Under these conditions, the isolates showed different peaks for spore collecting in the course of 30 days.