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Estimation de synchrones de consommation électrique par sondage et prise en compte d'information auxiliaire

Lardin, Pauline 26 November 2012 (has links) (PDF)
Dans cette thèse, nous nous intéressons à l'estimation de la synchrone de consommation électrique (courbe moyenne). Etant donné que les variables étudiées sont fonctionnelles et que les capacités de stockage sont limitées et les coûts de transmission élevés, nous nous sommes intéressés à des méthodes d'estimation par sondage, alternatives intéressantes aux techniques de compression du signal. Nous étendons au cadre fonctionnel des méthodes d'estimation qui prennent en compte l'information auxiliaire disponible afin d'améliorer la précision de l'estimateur de Horvitz-Thompson de la courbe moyenne de consommation électrique. La première méthode fait intervenir l'information auxiliaire au niveau de l'estimation, la courbe moyenne est estimée à l'aide d'un estimateur basé sur un modèle de régression fonctionnelle. La deuxième l'utilise au niveau du plan de sondage, nous utilisons un plan à probabilités inégales à forte entropie puis l'estimateur de Horvitz-Thompson fonctionnel. Une estimation de la fonction de covariance est donnée par l'extension au cadre fonctionnel de l'approximation de la covariance donnée par Hájek. Nous justifions de manière rigoureuse leur utilisation par une étude asymptotique. Pour chacune de ces méthodes, nous donnons, sous de faibles hypothèses sur les probabilités d'inclusion et sur la régularité des trajectoires, les propriétés de convergence de l'estimateur de la courbe moyenne ainsi que de sa fonction de covariance. Nous établissons également un théorème central limite fonctionnel. Afin de contrôler la qualité de nos estimateurs, nous comparons deux méthodes de construction de bande de confiance sur un jeu de données de courbes de charge réelles. La première repose sur la simulation de processus gaussiens. Une justification asymptotique de cette méthode sera donnée pour chacun des estimateurs proposés. La deuxième utilise des techniques de bootstrap qui ont été adaptées afin de tenir compte du caractère fonctionnel des données
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Génération de tests à partir de modèle UML/OCL pour les systèmes critiques évolutifs

Fourneret, Elizabeta 05 December 2012 (has links) (PDF)
Cette thèse porte sur l'étude d'une démarche et de techniques pour prendre en compte les spécificités des systèmes sécurisés évolutifs lors de la génération des tests à partir de modèles UML/OCL. Dans ce travail, trois axes sont étudiés : (i) le cycle de vie des tests, (ii) les exigences fonctionnelles et (iii) les exigences de sécurité. Dans un premier temps, nous avons défini la clé de voûte de notre approche qui est la caractérisation des statuts du cycle de vie des tests. À l'issu de ces travaux, nous avons pu définir la démarche de classification des tests pour les systèmes évolutifs, appelée SeTGaM. La notation UML, accompagnée du langage de spécification OCL, permet de formaliser les comportements du système. Le langage OCL spécifie ainsi les gardes/actions des transitions et les pré/post conditions des opérations. La méthode propose ainsi deux classifications des tests : la première s'appuie sur les comportements issus des transitions du diagramme d'états/transitions, tandis que l'autre repose sur l'étude des comportements issus des opérations du diagramme de classes. Dans le domaine du test de logiciels critiques, une des questions clés concerne la sécurité. Pour cette raison, nous avons enrichi l'approche SeTGaM en prenant en compte l'aspect sécurité. Ainsi, SeTGaM permet de générer sélectivement des tests qui ciblent les différentes exigences de sécurité lors des évolutions du système. Finalement, le prototype de SeTGaM a été intégré, avec l'outil Smartesting CertifyIt, à l'environnement IBM Rational Software Architect. Ceci nous a permis de valider expérimentalement le passage à l'échelle de la méthode sur des études de cas industriels, notamment proposées par Gemalto/Trusted Labs dans le cadre du projet européen SecureChange.
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La bioénergétique systémique moléculaire des cellules cardiaques : la relation structure-fonction dans la régulation du métabolisme énergétique compartmentalisé

Gonzalez granillo, Marcela alejandra 28 September 2012 (has links) (PDF)
An important element of metabolic regulation of cardiac and skeletal muscle energetics is the interaction of mitochondria with cytoskeleton. Mitochondria are in charge of supplying the cells with energy, adjusting its functional activity under conditions of stress or other aspects of life. Mitochondria display a tissue-specific distribution. In adult rat cardiomyocytes, mitochondria are arranged regularly in a longitudinal lattice at the level of A band between the myofibrils and located within the limits of the sarcomeres. In interaction with cytoskeleton, sarcomeres and sarcoplasmic reticulum they form the functional complexes, the intracellular energetic units (ICEUs). The ICEUs have specialized pathways of energy transfer and metabolic feedback regulation between mitochondria and ATPases, mediated by CK and AK. The central structure of ICEUs is the mitochondrial interactosome (MI) containing ATP Synthasome, respiratory chain, mitochondrial creatine kinase and VDAC, regulated by tubulins. The main role of MI is the regulation of respiration and the intracellular energy fluxes via phosophotransfer networks. The regulation of ICEUs is associated with structural proteins. The association of mitochondria with several cytoskeletal proteins described by several groups has brought to light the importance of structure-function relationship in the metabolic regulation of adult rat cardiomyocytes. To purvey a better understanding of these findings, the present work investigated the mechanism of energy fluxes control and the role of structure-function relationship in the metabolic regulation of adult rat cardiomyocytes. To show these complex associations in adult cardiac cells several proteins were visualized by confocal microscopy: α-actinin and β-tubulin isotypes. For the first time, it was showed the existence of the specific distribution of β-tubulin isotypes in adult cardiac cells. Respiratory measurements were performed to study the role of tubulins in the regulation of oxygen consumption. These results together confirmed the crucial role of cytoskeletal proteins -i.e. tubulins, α-actinin, plectin, desmin, and others- for the normal shape of cardiac cells as well as mitochondrial arrangement and regulation. In addition, in vivo - in situ mitochondrial dynamics were studied by the transfection of GFP-α-actinin, finding that fusion phenomenon does not occur as often as it is believed in healthy adult cardiac cells.
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Structure fonctionnelle des assemblages ichtyologiques le long de gradients environnementaux (système lagunaire de Patos-Mirim, Brésil) / Functional structure of fish assemblages along environmental gradients (Patos-Mirim lagoon complex, Brazil)

Mouchet, Maud 13 December 2010 (has links)
Les écosystèmes procurent de nombreux services essentiels aux sociétés humaines à travers les effets positifs de la biodiversité des communautés d'espèces. Par conséquent, identifier le rôle des organismes vivants et les facteurs influençant la diversité de leurs fonctions (ou diversité fonctionnelle), est indispensable pour prédire efficacement l'évolution des écosystèmes soumis aux pressions locales et globales.Cette thèse s'articule donc autour de deux axes: (i) établir un cadre méthodologique pour décrire la structure fonctionnelle locale et régionale des communautés, et (ii) améliorer la connaissance de l'impact des poissons sur la dégradation de la matière organique.Dans un premier temps, nous avons consolidé les outils méthodologiques permettant (i) d'améliorer la fiabilité des dendrogrammes fonctionnels, (ii) l'étude comparative des principaux indices de diversité fonctionnelle à l'échelle locale, et (iii) le développement d'une nouvelle décomposition de la diversité fonctionnelle en composantes locale (α), régionale (γ) et turnover (β). Appliqué aux communautés ichthyologiques échantillonnés le long d'un gradient de salinité, dans le système lagunaire de Patos-Mirim (Brésil), ce socle méthodologique nous a permis de révéler une structure fonctionnelle stable le long du gradient, en dépit d'une forte variabilité en composition d'espèces, ces communautés étant structurées majoritairement par un filtre environnemental agissant sur les capacités de locomotion des poissons.Dans un second temps, nous avons étudié l'impact des communautés ichthyologiques sur le cycle des nutriments. Plus précisément, nous avons estimé le potentiel de dégradation de la matière organique de plusieurs espèces de poissons, en étudiant la diversité fonctionnelle et génétique de leur flore bactérienne intestinale. Nous avons montré que les communautés ichthyologiques pouvaient influencer le recyclage des nutriments de façon non négligeable en raison d'un important potentiel de dégradation commun à la plupart des espèces étudiées, ce potentiel étant peu affecté par la diversité génétique ou les facteurs environnementaux. / Ecosystems provide many services essential to Human societies through the positive effects of biodiversity exhibited by species communities. Therefore, identifying the role of living organisms and the factors influencing the diversity of their functions (i.e. functional diversity) is fundamental to accurately predict the evolution of ecosystems undergoing local and global pressures.This thesis is organized around two axes: (i) establishing a methodological framework to describe the functional structure of local and regional communities, and (ii) improving our knowledge of the impact of fish on the degradation of organic matter.First, we have consolidated the methodological tools through (i) the improvement of functional dendrograms reliability, (ii) the comparative study of the main indices estimating local functional diversity, and (iii) the development of a new decomposition of functional diversity into local (α) and regional (γ) components, and functional turnover (β). Applied to fish assemblages sampled along a salinity gradient in Patos-Mirim lagoons complex (Brazil), this methodological framework allowed us to reveal a steady functional structure, despite a high variability in species composition, these communities being primarily structured by environmental filtering acting on fish locomotion abilities.   In a second step, we studied the impact of fish communities on nutrient cycling. More specifically, we estimated degradation of organic matter potential of several fish species by studying the genetic and functional diversity of their intestinal bacterial flora. We showed that the fish community could significantly influence nutrient cycling through an important degradation potential, common to most species studied, which is weakly affected by genetic diversity or environmental factors.
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Les microARNs régulateurs de l’expression génique du Glypican-3 dans le Carcinome Hépatocellulaire / MicroRNAs regulators of Glypican-3 gene expression in hepatocellular carcinoma

Maurel, Marion 21 November 2012 (has links)
Le Glypican-3 (GPC3) est surexprimé dans 72% des carcinomes hépatocellulaire (CHC). C’est un co-récepteur membranaire du récepteur WNT, qui appartient à la famille des protéoglycanes à sulfates d'héparane. L'objectif général de ma thèse vise à étudier les mécanismes de régulation post-transcriptionnelle de l’expression du GPC3 dans le CHC. Pour cela, j’ai développé un test fonctionnel qui m’a permis de cribler une bibliothèque de 876 microARNs humains. Ceci a conduit à l’identification de 5 microARNs régulateurs de l’expression de l’ARNm codant pour le GPC3 via sa région 3’ non traduite (NT). Mon travail de thèse porte plus particulièrement sur le miR-1271 et le miR-1291 car ils sont dérégulés dans le CHC et sont respectivement inhibiteur et inducteur de l’expression du GPC3. Dans un premier projet, j’ai démontré que le miR-1271 cible directement la région 3’NT du GPC3 et diminue la stabilité de son ARNm. Ce microARN est sous-exprimé dans le CHC et son expression corrèle négativement avec celle de l'ARNm du GPC3 dans les CHC associés à une infection par le virus de l’hépatite B. Dans un deuxième projet, j’ai démontré que le miR-1291 régule positivement l’expression du GPC3 en inhibant un facteur intermédiaire. Une analyse in silico a permis d’identifier IRE1α comme candidat. IRE1α est une protéine transmembranaire du réticulum endoplasmique (RE) qui participe à « l’Unfolded Protein Response », une réponse adaptative activée lors de l’accumulation de protéines mal conformées dans le RE. J’ai démontré qu’IRE1α clive l’ARNm codant pour le GPC3 grâce à son activité endoribonucléase. D’autre part, le miR-1291 cible directement l’ARNm codant pour IRE1α dans sa région 5’NT ce qui inhibe son expression et induit une surexpression du GPC3. Le miR-1291 est surexprimé dans le CHC et son expression corrèle positivement avec celle de l’ARNm du GPC3. En conclusion, mon travail de thèse m’a permis de mettre en évidence et de caractériser deux nouveaux microARNs (miR-1271 et miR-1291) contrôlant l’expression du GPC3 par des mécanismes directs ou indirects. La pertinence physiopathologique de ces régulations dans le CHC est en accord avec les niveaux d’expression respectifs de ces microARNs, qui pourraient contribuer à la surexpression du GPC3 dans ces tumeurs. / Glypican-3 (GPC3) is overexpressed in 72% of hepatocellular carcinoma (HCC). It is a co-receptor for WNT receptor and belongs to the heparan sulfate proteoglycans family. The general objective of my PhD thesis was to study the mechanisms by which GPC3 is post-transcriptionnally regulated in HCC. To this end, I developed a functional test that allowed me to screen a library of 876 human microRNAs. This led me to identify 5 microRNAs that regulate the expression of GPC3 mRNA through its 3’Untranslated Region (UTR). The work presented in this thesis particulary focuses on miR-1271 and miR-1291 as both microRNAs present a deregulated expression in HCC and are respectively inhibitor and activator of GPC3 mRNA expression. In a first project, I demonstrated that miR-1271 directly binds to GPC3 mRNA 3’UTR and affects its stability. This microRNA is underexpressed in HCC and its expression negatively correlates with that of GPC3 mRNA in a subgroup of HCC corresponding to those associated with hepatitis B virus infection. In a second project, I demonstrated that miR-1291 postively regulates the expression of GPC3 mRNA by targeting an intermediate factor. An in silico analysis led to the identification of the Inositol Requiring Enzyme 1 alpha (IRE1α) as a potential candidate. IRE1α is an endoplasmic reticulum (ER) resident type I transmembrane protein and contributes to the signaling of the Unfolded Protein Response (UPR). The UPR is an adaptive response activated upon accumulation of improperly folded proteins in the ER. I showed that IRE1α cleaves GPC3 mRNA through its endoribonuclease activity. Moreover I demonstrated that miR-1291 directly targets IRE1α mRNA through its 5’UTR, thereby decreasing its expression and contributing to GPC3 mRNA overexpression. MiR-1291 is overexpressed in HCC and its expression positively correlates with that of GPC3 mRNA. In summary, the work carried out during my PhD allowed the identification and the characterization of two new microRNAs (miR-1271 and miR-1291) that control the expression of GPC3 mRNA through direct or indirect mechanisms. The pathophysiological relevance of these regulatory mechanisms is in agreement with the respective expression levels of these microRNAs in HCC, which could therefore contribute to the overexpression of GPC3 in those tumors.
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Les référentiels et opérateurs aspecto-temporels : définitions, formalisation logique et informatique / The referentials and aspecto-temporal operators : definitions, logical formalization and informatics

Ro, Hee-Jin 05 October 2012 (has links)
Le présent travail prend appui sur une synthèse de travaux déjà effectués dans l’équipe LaLIC (Langues,Linguistiques, Informatique, Cognition) ; il insiste sur l’articulation entre différents concepts, centrés sur la notion deréférentiel. Ma thèse fait partie d’une chaîne où sont approfondis certains concepts rendus de plus en plus opératoires.Mon travail prend appui sur les travaux sur le temps et l’aspect d’E. Benveniste, A. Culioli et J.-P. Desclés, enparticulier, il s’inscrit le développement de la théorisation du temps et de l’aspect entreprise par J.-P. Desclés et Z.Guentchéva. Dans cette approche, il existe cinq classes de concepts importants :1) Trois notions aspectuelles de base constitutives d’un procès : état, processus, événement ;2) Aspectualisation d’un procès sur un intervalle topologique d’instants ;3) Énonciation conceptualisée comme processus inaccompli ;4) Repérage par identification, différenciation et rupture ;5) Prise en compte de différents référentiels.Certains concepts avaient déjà reçus une formalisation rigoureuse. Au fil des analyses de plus en plus diversifiées, lanotion de référentiel est devenue de plus en plus importante dans le dispositif théorique et dans les descriptions associées.Il m’a donc été demandé de mieux préciser cette notion de référentiel en en proposant une approche formalisée quipermettrait ultérieurement des traitements informatiques. J’ai replacé cette notion dans le cadre théorique de latemporalité appréhendée par les langues en argumentant son introduction et en formalisant ses concepts. Afin de mieuxéprouver le caractère opératoire des concepts formalisés, il est apparu que leurs traductions dans un langage informatiquepermettraient de prouver leurs caractères réellement opératoires et de jeter des ponts solides orientés vers une utilisationopérationnelle des analyses linguistiques que nous proposons. / This dissertation support a synthesis of already accomplished works at the laboratory LaLIC(Languages, Linguistics, Informatics, Cognition) ; it emphasizes the articulation among different concepts, centered onthe notion of referential. My thesis forms a part of a chain where some rendered concepts are deepened more and moreoperatively. My work supports the works about the tense and the aspect of E. Benveniste, A. Culioli and J.-P. Desclés, inparticular, it is in line with the development of the theorization about the tense and the aspect proceeded by J.-P. Desclésand Z. Guentchéva. In this approach, there are five types of important concepts:1) Three basic aspectual notions constituent of a process (situation): state, process, event;2) Aspectualisation of a process (situation) on a topological interval of instants;3) Conceptualized enunciation as imperfective process;4) Reference by identification, differentiation and rupture;5) Recognition of different referentials.Some concepts are already received rigorous formalizations. Over the analyses being increasingly diversified, the notionof referential becomes more and more important in the theoretical plan and in the associated descriptions. It wasdemanded to me to improve the specification of this notion of referential while I proposed a formalized approach thatwould admit the computing treatments later. I put this notion within the theoretical framework of the temporality whichapprehended by the languages while arguing its introduction and while formalizing their concepts. To better perceive theoperative character of the formalized concepts, it was their translations in the computer language which enables to provetheir effectively operative characters and to dispose the solid link oriented towards an operational utilization of thelinguistic analyses that we propose.
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La mobilité pendulaire interurbaine en France face aux enjeux du changement climatique : caractérisation socioéconomique, analyse spatiale et potentiels de report modal / The intercity commuter mobility in France facing the challenges of climate change : socioeconomic characterization, spatial analysis and potential modal shift

Conti, Benoit 07 December 2016 (has links)
L’étude de la mobilité domicile-travail fait l’objet de nombreuses recherches visant à décrire et analyser les caractéristiques des actifs et de leurs déplacements. En France, ces études se concentrent principalement sur les individus vivant dans les espaces fonctionnels construits autour des agglomérations, les aires urbaines. Cette thèse vise à fournir une lecture complémentaire de ces travaux en étudiant les personnes qui se déplacent entre aires urbaines : les actifs interurbains.À partir d’une approche quantitative à l’échelle de la France continentale, menée principalement grâce aux bases de données du recensement de la population, une qualification des actifs interurbains est proposée. Nos résultats montrent une diversité des profils d’actifs en matière de caractéristiques sociodémographiques, ainsi qu’une pluralité de types de liaisons réalisées entre les différents espaces des aires urbaines. Nos travaux mettent également en évidence l’importance de l’usage de la voiture, principal mode de transport utilisé par les actifs interurbains. Aussi, malgré leur poids relativement faible dans la population des aires urbaines grandes et moyennes en France, ces actifs qui se déplacent sur de grandes distances en voiture sont alors responsables d’un volume important d’émissions de CO2.Ce dernier résultat a conduit à quantifier des potentiels de report modal des déplacements des interurbains de la voiture vers le réseau ferroviaire afin de réduire le volume de ces émissions. Nos résultats démontrent l’existence de leviers permettant de réduire théoriquement ces émissions liées à l’usage de l’automobile. Le facteur spatial, à différentes échelles, joue un rôle important dans les différences entre potentiels. Enfin, nous avons également montré que ces mesures ont des conséquences sociales distinctes, en matière de coût, en fonction des professions et catégories socioprofessionnelles / Commuter mobility is the subject of numerous studies meaning to describe and analyze the characteristics of commuters and their movements. In France, these studies focus primarily on people living in the functional area built around cities, called French urban areas. This thesis aims to provide supplementary insight on this topic by studying people moving between those French urban areas: intercity commuters.Analysing the French mainland population thought a quantitative approach conducted using census databases, measurement and qualification of long-distance commuters are proposed. Our results show a diversity of commuters in terms of demographic profile and spatial connections. The important use of the car as the primary mode of transport is emphasized. Despite their relatively low weight in the population of large and medium-sized urban areas in France, those commuters, who travel over long distances by car, are responsible for significant volumes of CO2 emissions.This result led to quantify the potential modal shift from car to rail. Our results demonstrate the existence of levers to theoretically reduce car use and thus the importance of its emissions. The influence of the spatial factor, at different scales, is attested. Furthermore such policies would have different consequences in terms of cost for the various professions and socio-professional categories
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Étude comparative de l'emploi des prépositions en français et en berbère (approche sémantique) / Comparative study of the use of prepositions in French and Berber (semantic approach)

Aboudrar, Aballa 14 December 2018 (has links)
Ce travail porte sur l’étude sémantique de l’emploi de quelques prépositions en berbère (tachelhit) et en français à savoir f « sur », ddu « sous », ġ « dans » et n « de ».Nous avons fait dans un premier point un état des lieux de la recherche sur les prépositions en général dans les deux langues, puis nous avons établi un aperçu général sur la notion e l’espace et celle du temps en relation avec la préposition. Ensuite nous avons fait une présentation du berbère suivie d’un état des lieux de la recherche sur les prépositions berbères. Du reste nous avons présenté la méthode de recherche à savoir celle dite non instrumentale qui stipule que la valeur (spatiale, temporelle, fonctionnelle) de chaque préposition n’est que le fruit de l’interaction de celle-ci avec son cotexte en écartant l’idée de la primauté du sens spatial des prépositions, par la suite nous avons présenté notre corpus qui est tiré de deux ouvrages d’Arsène Roux. En outre nous avons étudié chacune des prépositions berbères (tachelhit) cités ci-dessus selon un plan quasi uniforme à savoir en premier lieu l’état des lieux de la recherche sur chaque préposition ainsi que celui de sa contrepartie en français, en deuxième lieu l’étude ladite préposition selon l’approche non instrumentale et en troisième point l’étude contrastive de l’emploi de la préposition en question en français et en tachelhit. À la fin de cette thèse nous avons dressé un tableau de quelques résultats de l’étude contrastive de ces prépositions dans les deux langues. / This work deals with the semantic study of the use of some prepositions in Berber (tachelhit) and in French namely f "sur", ddu "sous", ġ "dans" and n "de". In a first point, we made an overview of the research on prepositions in general in both languages, and then we made a general overview of the notion of space and of time in relation to the preposition. Next, we made a presentation of Berber followed by an inventory of research on Berber prepositions. Moreover, we have presented the research method, namely the so-called non-instrumental one, which states that the value (spatial, temporal, functional) of each preposition is only the result of the interaction of this preposition with its cotext, it means that there is no primacy of the spatial sense of the prepositions, afterwards we presented our corpus which is taken from two works by Arsène Roux. In addition, we have studied each of the Berber prepositions (tachelhit) mentioned above in a quasi-uniform plan, namely firstly the state of the art of the research on each preposition as well as that of its counterpart in French. This preposition is based on the non-instrumental approach and thirdly the contrastive study of the use of the preposition in question in French and Tachelhit. At the end of this thesis we drew up a table of some results of the contrastive study of these prepositions in both languages.
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Functional analysis of the predicted surface proteome of Gram-positive bacteria from the human gastrointestinal tract. A high-throughput approach to identification of immune modulators / Analyse fonctionnelle du protéome de surface prédit de bactéries à Gram positif du tractus digestif humain. Une approche à haut débit pour l'identification de modulateurs immunitaires

Dobrijevic, Dragana 25 September 2013 (has links)
Il est maintenant bien établi que le microbiote du tractus digestif humain joue un rôle important dans la santé humaine. Pourtant, nous commençons à peine à comprendre les mécanismes moléculaires par lesquels les bactéries agissent sur les cellules hôtes, des connaissances qui pourraient fournir des nouvelles orientations dans le traitement et la prévention de maladies. Cette dernière décennie a vu un développement rapide des études du microbiote intestinal, et à présent des quantités importantes de données métagénomiques ainsi que des centaines de séquences génomiques de bactéries commensales sont disponibles. Ensemble, ces données fournissent une plateforme pour des approches in silico pour l'identification de molécules bactériennes impliquées dans la communication moléculaire avec l'hôte. Le défi consiste à développer des stratégies efficaces d'exploration de données et de validation, permettant de passer de corrélations et prédictions à des interactions bactérie - hôte fonctionnelles, validées expérimentalement. Le travail présenté dans cette thèse vise à démontrer l'importance d'analyses in silico afin d'élargir nos connaissances sur les interactions bactéries - hôtes. Il montre également comment cette information peut être appliquée dans des études fonctionnelles visant à identifier des molécules effectrices bactériennes fonctionnelles. Les principaux résultats peuvent être divisés en trois parties. La première partie traite de l'élaboration et de la validation d'un système hôte - vecteur pour des études de (méta)génomique fonctionnelle. La deuxième partie décrit une étude fonctionnelle où un certain nombre d'effecteurs candidats ont été identifiés parmi les protéines sécrétées et de surface de bactéries à Gram positif par une approche d'exploration in silico. Il décrit également l'application du nouveau système hôte - vecteur pour l'évaluation du rôle de ces candidats dans l'immuno-modulation. Enfin, dans la troisième partie, nous présentons une étude in silico qui a permis l'identification de fonctions bactériennes sur- ou sous-représentées dans une sélection de bactéries à Gram positif du tractus digestif humain. / It is now well established that the human gastrointestinal tract microbiota plays an intricate role in human health. However, we are only beginning to understand the molecular mechanisms by which bacteria act on the host cells, knowledge that could provide new directions in treating and preventing disease. The last decade has seen a rapid development of the gut microbiota field, and presently abundant metagenome data and hundreds of genome sequences of individual commensal bacteria are available. Together, these data provide a platform for in silico mining approaches to identify bacterial molecules involved in communication with the host. The challenge is to develop efficient mining and validation strategies, in order to move from correlations and predictions to experimentally validated functional bacteria – host relationships. The work presented in this thesis aims to demonstrate the importance of in silico analyses to broaden our knowledge on bacteria - host interactions. It also shows how this information can be applied in functional studies aiming to identify functional bacterial effector molecules. The main results can be divided in three parts. The first part deals with the development and validation of a host - vector system for functional (meta)genomics studies. The second part describes a functional study where a number of candidate effectors were identified among secreted and surface-exposed proteins from Gram-positive bacteria using an in silico mining approach. It also describes the application of the newly developed host - vector system to evaluate the role of these candidates in immune modulation. Finally, in the third part we present an in silico study that identified new bacterial functions over- or under-represented in a selection of Gram-positive human gut bacteria.
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Etude de la réplication de l'ADN chez les Archaea

Berthon, Jonathan 27 November 2008 (has links) (PDF)
Les organismes cellulaires appartiennent à l'un des trois domaines du vivant : Archaea, Bacteria, Eucarya. Les Archaea sont des organismes unicellulaires avec un phénotype bactérien mais qui possèdent de nombreux caractères moléculaires eucaryotes. En particulier, la machinerie de réplication archéenne est une version homologue et simplifiée de celle des eucaryotes. Au cours de cette thèse, j'ai étudié la réplication de l'ADN chez les Archaea en combinant des approches in vitro et in silico.<br />Premièrement, j'ai essayé de purifier la protéine initiatrice de la réplication Cdc6/Orc1, sous une forme native, dans l'espoir de mettre au point le premier système de réplication de l'ADN in vitro chez les Archaea. Malheureusement, cette approche a été infructueuse en raison de l'instabilité et des propriétés d'agrégation de la protéine.<br />Deuxièmement, j'ai réalisé une analyse comparative du contexte génomique des gènes de réplication dans les génomes d'Archaea. Cette analyse nous a permis d'identifier une association très conservée entre des gènes de la réplication et des gènes liés au ribosome. Cette organisation suggère l'existence d'un mécanisme de couplage entre la réplication de l'ADN et la traduction. De manière remarquable, des données expérimentales obtenues chez des modèles bactériens et eucaryotes appuient cette idée. J'ai ensuite mis au point des outils expérimentaux qui permettront d'éprouver la pertinence biologique de certaines des prédictions effectuées.<br />Finalement, j'ai examiné la distribution taxonomique des gènes de la réplication dans les génomes d'Archaea afin de prédire la composition probable de la machinerie de réplication de l'ADN chez le dernier ancêtre commun des Archaea. Dans leur ensemble, les profils phylétiques des gènes de la réplication suggèrent que la machinerie ancestrale était plus complexe que celle des organismes archéens contemporains.

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