Le Cheddar est le principal fromage produit et consommé au Canada. Les ferments utilisés pour sa fabrication renferment principalement des souches de lactocoques sélectionnées pour leur pouvoir acidifiant ainsi que pour leurs propriétés aromatiques et technologiques particulières. Neuf souches de bactéries lactiques, isolées de ferments traditionnels utilisés jusque dans les années 60 ont démontré la capacité de produire un composé bioactif, l'acide y-aminobutyrique (GABA), un neurotransmetteur agissant au niveau du système nerveux central. Des émdes réalisées chez les humains ont démontré que la consommation de lait fermenté contenant du GABA engendrait une diminution de la pression artérielle. Le but de ce projet a été d'évaluer la capacité de ces 9 souches de L. lactis ssp lactis à produire du GABA dans du fromage de type Cheddar. La capacité des souches GABA, proteinases négatives, à croître en présence de souches commerciales de L. lactis ssp cremoris proteinases positives, a été évaluée par un test de biocompatibilité et a permis la sélection des souches GABA A23 et H13. Par la suite, l'effet de différents paramètres d'affinage (3 pH, 2 ratios sel/humidité, 2 concentrations en glutamate) sur la production de GABA a été évalué à l'aide d'un système de caillé modèle. Les conditions optimales ont été déterminées (pH 4,9 ratio sel/humidité 3,5%, ratio souches GABA/W62 2 :2) et ont été reproduites en usine pilote pour la production de Cheddar. Les résultats démontrent que la composition, les propriétés rhéologiques et sensorielles des fromages renfermant du GABA ne sont pas significativement différentes des fromages témoins et une quantité de 0,35 mg de GABA/g de fromage a pu être produite après 56 jours d'affinage.

Au contraire du Camembert traditionnel, la pré-acidification du Camembert stabilisé est limitée par l’inoculation des bactéries lactiques thermophiles à une température inférieure à celle de leur croissance optimale (35-39 °C). Geotrichum candidum est une levure essentielle pour l’affinage du fromage Camembert grâce à ses activités biochimiques. En outre, quelques études ont rapporté que cette levure a été détectée dans les fèces humaines suite à la digestion du Camembert. Cette présence pourrait être due soit à la résistance intrinsèque des souches de G. candidum ou en lien avec les propriétés protectrices de la matrice fromagère. L’objectif de notre étude était d’examiner l’effet protecteur procuré à la souche G. candidum LMA-1028, par les propriétés de la matrice du fromage Camembert pendant la digestion statique in vitro. Afin d’y parvenir, deux matrices liquides (i.e. lait 3,25 % matières grasses et un milieu de culture) ainsi que deux matrices fromagères (i.e. Camembert traditionnel et Camembert stabilisé) ont été analysées. La survie de G. candidum et la désintégration de matrices étudiées ont été évaluées à différents temps de digestion aux étapes buccale, gastrique et duodénale. La désintégration du lait et du milieu de culture était plus élevée que celle des matrices fromagères en raison de leur structure liquide. La désintégration du Camembert stabilisé est plus importante que celle du Camembert traditionnel, ceci pourrait être attribué entre autres à une composition en lipides plus élevée. Globalement, la teneur en matière grasse des matrices laitières contrôle la progression de la désintégration. Lors de la digestion in vitro, la survie de G. candidum a été évaluée. Les résultats sur la viabilité de G. candidum LMA-1028 ont montré que cette souche est hautement résistante. La composition, la structure et les propriétés physicochimiques des matrices laitières n’ont pas amélioré la viabilité de G. candidum LMA-1028 pendant le transit gastro-intestinal. / Compared to traditional Camembert-type cheese, stabilized Camembert’s pre-acidification is limited using thermophilic lactic acid bacteria that are inoculated and used under their optimal growth temperature (35-39 °C). Geotrichum candidum is an essential ripening yeast of Camembert cheese due to its biochemical activities. Incidentally, it has been detected in human feces after Camembert consumption. However, this observation could be due either to the intrinsic G. candidum resistance to the gastrointestinal condition or to the protective properties of the Camembert cheese matrix. This study examines the putative protective effect of the cheese matrix on G. candidum LMA-1028 viability during static in vitro digestion. For this purpose, two liquid matrices (i.e. culture medium and pasteurized whole milk (3.25 %fat)) and two Camembert-type cheese variety (i.e. traditional and stabilized) were analyzed. G. candidum LMA-1028 survival under digestive stress was investigated at five digestion times (oral: 2 min, gastric: 60 and 120 min and duodenal: 60 and 120 min), while matrix disintegration was evaluated at three times (oral: 2 min, gastric: 120 min and duodenal: 120 min). Milk and culture medium matrices displayed higher disintegration than cheese matrices due to their liquid nature. The lowest measured disintegration of traditional Camembert compared to stabilized cheese matrix could be attributed to the higher fat content. Overall, dairy matrices disintegration was significantly modulated by the matrix fat content. The structure of the casein networks of milk and Camembert cheeses appears to modulate the accessibility of digestive juice into these matrices during gastric digestion. The difference in the original structure of both Camembert cheese matrices led to different rates of gastric disintegration and resulted in different rates of fat release. When comparing viability counts, G. candidum LMA-1028 showed a high intrinsic resistance to simulated gastrointestinal stresses. Camembert cheese matrices as well as milk didn’t bring additional protection to the studied strain LMA-1028.

L’utilisation de l’ultrafiltration (UF) pour la concentration du lait de fromagerie est une pratique courante en industrie laitière. Dépendamment de l’usage de ce type de concentré, plusieurs avantages y ont été associé, tels que des gains de rendements et de productivité. D’autres procédés baromembranaires, tels que l’osmose inverse (RO) et la nanofiltration (NF), actuellement utilisés pour la gestion des effluents de l’industrie laitière, semblent prometteurs pour réaliser cette étape de concentration du lait de fromagerie. En effet, les gains de rendements attendus avec ces deux procédés sont plus élevés qu’avec l’ultrafiltration car tous les composés du lait sont concentrés et peuvent potentiellement être retenus dans le fromage. De plus, le perméat généré ne contient essentiellement que de l’eau et peut être réutilisé au sein de l’usine. Cependant, ces types de concentrés laitiers (NF et RO) ne sont que peu connus et leur utilisation en fromagerie ne peut être envisagée actuellement. Le but de ce projet était donc de caractériser les concentrés laitiers provenant de l’osmose inverse ou de la nanofiltration du lait et de comprendre les facteurs influençant leurs propriétés fromagères. Une première étude a permis de mettre en évidence l’impact des procédés de concentration du lait sur les propriétés physico-chimiques des concentrés. Il a été montré que les équilibres entre les phases soluble et colloïdale n’étaient pas impactés de façon notable par la concentration du lait, que ce soit par UF, NF ou RO. Ces deux derniers procédés ont, en revanche, mené à une diminution du pH et une augmentation de la force ionique et de la viscosité des concentrés. A pH constant et teneur en protéines similaires, les propriétés de coagulation par la présure ont été impactées par le type de concentrés utilisé et globalement un concentré UF avait de meilleures propriétés de coagulation qu’un concentré NF ou RO. Ces différences ont été attribuées à la force ionique élevée et/ou à la viscosité élevée. Cette première partie a donc permis de déterminer l’impact du procédé de concentration sur les caractéristiques des concentrés et de mettre en évidence les différences de propriétés entre plusieurs types de concentrés laitiers. Dans une seconde étude, l’impact du type de concentré et de l’ajustement de pH sur les propriétés de coagulation par la présure a été déterminé. Les résultats obtenus dans la première partie du projet ont montré des différences de temps de coagulation des concentrés UF et RO. Pour mieux comprendre quel paramètre était responsable, les cinétiques d’hydrolyse de la caséine κ par la présure ont été étudiées. Deux résultats majeurs ont pu être mis en évidence. Premièrement, de faibles variations de pH ont permis d’obtenir des cinétiques de coagulation par la présure similaires entre un concentré RO et un concentré UF, malgré les différences importantes de composition. Deuxièmement, à même pH, les cinétiques d’hydrolyse étaient similaires entre ces deux concentrés et ainsi, les temps de coagulation dépendaient du degré d’hydrolyse au point de coagulation. Finalement, la troisième étude réalisée a permis de déterminer la contribution du lactose et des minéraux aux propriétés fromagères des concentrés RO et d’évaluer l’impact d’une modification des équilibres salins (déminéralisation de la micelle de caséines) des concentrés sur leurs propriétés fromagères. Les teneurs importantes en lactose et en minéraux ont été, conjointement, responsables des principales différences observées au niveau des propriétés de coagulation par la présure entre un concentré RO et UF. En revanche, seul le lactose était à l’origine de l’augmentation des rendements fromagers observée avec l’utilisation de concentrés RO. La déminéralisation de la micelle de caséine, via ajout de NaCl, a un impact négatif sur les propriétés fromagères des concentrés avec une perte de matière grasse marquée et une baisse des rendements fromagers, et n’est donc pas un moyen intéressant pour améliorer les propriétés fromagères des concentrés. Ce projet a permis d’apporter de nouvelles connaissances sur les concentrés laitiers produits par osmose inverse, et dans une moindre mesure par nanofiltration, et de mettre en évidence l’impact de ces procédés de concentration sur les propriétés fromagères des concentrés. La meilleure compréhension de ces systèmes laitiers et des facteurs affectant leurs caractéristiques permet de fournir des pistes à envisager pour optimiser leur utilisation en fromagerie. / The use of pressure-driven membrane processes is a common practice in the dairy industry, and ultrafiltration (UF) is widely used for the concentration of cheesemilk. Depending on how the UF concentrate is used, several advantages have been claimed, such as yield and productivity gains. Other membrane processes, such as reverse osmosis (RO) and nanofiltration (NF), are currently used for the management of effluents in the dairy industry and could be promising for cheesemilk concentration. Indeed, they are expected to lead to higher yield gains than UF concentrates, due to the concentration of all milk compounds and the retention of some of them in the cheese. In addition, the permeates generated contain essentially water and can be reused within the plant. However, only little information can be found about these types of milk concentrates and more knowledge is needed to consider their use for cheesemaking. The purpose of this project was therefore to characterize the milk concentrates from reverse osmosis and nanofiltration and to study their cheesemaking properties. A first study highlighted the impact of the milk concentration process on the physicochemical properties of the concentrates. It has been shown that the equilibria between the soluble and colloidal phases were not significantly affected by the concentration of milk, using UF, NF or RO. The latter two processes, on the other hand, have led to a decrease in pH and an increase in ionic strength and viscosity of the concentrates. At constant pH and similar protein content, rennet coagulation properties were affected by the type of concentrates used and, overall the UF concentrate had better coagulation properties than NF or RO concentrates. These differences were attributed to their high ionic strength and/or high viscosity. This first part, therefore, allowed us to have an overview of the impact of the concentration process on the concentrates characteristics and to highlight the differences in properties between various types of milk concentrates. A second study investigated the impact of the type of concentrate and pH adjustment on the rennet coagulation properties. The results obtained in the first part of the project showed the differences in coagulation times of UF and RO concentrates. To understand which parameter was responsible for those differences, the kinetics of κ- casein hydrolysis by rennet were studied. Two major results were highlighted. First, small pH variations allowed to obtain similar rennet coagulation kinetics between RO and UF concentrates, despite the significant differences in composition. Secondly, at the same pH, the hydrolysis kinetics were similar between these two concentrates and the differences in coagulation time were due to variation in the degree of hydrolysis at the coagulation point. Finally, the third study carried out highlighted the contribution of the high lactose and salts contents on the impaired cheesemaking properties of RO concentrates. Furthermore, the impact of a change in salt equilibrium (reduced micellar salt content) on the cheesemaking properties of milk concentrates was also studied. The high contents of lactose and salts were both responsible for the impaired rennet gelation properties of RO concentrates. However, the high lactose content alone was accountable for the increased cheese yields with the use of RO concentrates. Reducing the mineral charge of the micelles, via addition of NaCl, had a negative impact on the cheesemaking properties of concentrates with marked fat losses and decreased cheese yields. This approach is then not suitable to improve the cheesemaking properties of milk concentrates. This project provided new knowledge on milk concentrates produced by reverse osmosis, and to a lesser extent by nanofiltration, as well as on the impact of these concentration processes on the cheesemaking properties of the concentrates. The better understanding of these concentrates is necessary to optimize their use in cheesemaking.

Geotrichum candidum est une levure dimorphique qui occupe plusieurs rôles importants au sein de l’écosystème microbien de la surface des fromages à croute fleurie et à croute lavée. Ses différentes activités, notamment celles d’alcalinisation et de production de composés aromatiques, sont toutefois reconnues pour être souche-dépendantes. Peu d’études ont été menées sur la génétique de l’espèce G. candidum, bien que celle-ci mériterait d’être exploitée dans l’optique d’optimiser la production de ferments d’affinage utilisés dans les fromages affinés en surface. Dans le cadre de ce travail, les génomes de 11 souches de Geotrichum/Galactomyces spp. isolées de produits laitiers ou de l’environnement, ont été séquencés et comparés au niveau génomique. Également, afin d’avoir une caractérisation complète des souches, leur morphologie, leur capacité à croître en présence de différentes sources de carbone et à 35 °C, ainsi que leur capacité à se développer dans des caillés modèles ont été évaluées. Des divergences ont été observées entre les séquences génomiques des souches de Geotrichum spp. et Galactomyces spp., conduisant à la distinction des différentes espèces étudiées et à la formation de différents sous-groupes au sein de l’espèce G. candidum qui sont similaires à ceux établis par une étude préalablement réalisée par « Multilocus Sequence Typing » (MLST). Des différences ont également été observées entre les souches de l’espèce Geotrichum spp. en ce qui concerne leur morphologie, leur capacité à assimiler différentes sources de carbone ainsi que leurs propriétés alcalinisantes et protéolytiques lors de l’affinage de caillés modèles. La caractérisation génomique et phénotypique de souches de Geotrichum spp. fournit ainsi de nouvelles informations sur leurs caractéristiques et leur comportement dans différents milieux. Ce travail est donc d’une grande importance pour favoriser une meilleure sélection des souches de Geotrichum candidum pour le développement et l’amélioration de fromages affinés en surface. / Geotrichum candidum is a dimorphic yeast which plays several important roles within the surface microbial ecosystem of mold- and smear-ripened cheeses. Its various abilities, in particular those of alkalinization and production of aromatic compounds in cheeses are, however, recognized to be strain-dependent. Few studies have been carried out on the genetics of the species G. candidum, although this kind of information would be very useful in order to optimize the production of ripening cultures used in different types of surface ripened cheeses. In this project, the complete genomes of 11 Geotrichum/Galactomyces spp. strains isolated from dairy products or the environment were sequenced. Furthermore, in order to have a complete characterization of the strains, their morphology and their ability to grow in presence of different carbon sources, at 35°C, and in soft-cheese model curds were tested. Our results showed divergence between the genomic sequences of Geotrichum spp. and Galactomyces spp. strains, leading to the distinction of the different species studied and to the identification of different sub-groups among the G. candidum species that are consistent with those established in a previous study using Multilocus Sequence Typing (MLST). Differences were also observed between Geotrichum spp. strains for their morphology, their ability to metabolize different carbon sources, and their alkalinisation and proteolytic activities on soft-cheese model curd. The genome sequencing and the phenotypic characterization of the Geotrichum spp. strains provide new information about their characteristics and behavior in different media. This work is therefore of great importance to perform a better selection of G. candidum strains for the development and improvement of surface ripened cheeses.

Cette étude sur la production du cheddar au Québec de 1865 à 1990 vise essentiellement deux objectifs. Dans un premier temps, elle tente d'identifier et d'analyser les principaux facteurs (historiques, politiques, socioéconomiques et technologiques) qui sont responsables de la disparition de 1 530 petites fabriques de cheddar au Québec. Dans un deuxième temps, elle cherche à démontrer qu'en contrepartie certains facteurs culturels ont contribué au maintien de cette activité de production et ont permis à la Fromagerie Perron (Lac-Saint-Jean) ainsi qu'à d'autres petites entreprises fromager es de subsister et même de prendre une certaine expansion. S'inscrivant dans le champ du patrimoine immatériel, cette étude ethno historique a été réalisée à partir d'une recherche documentaire et d'enquêtes orales menées auprès d'authentiques porteurs de traditions (fromagers). Faisant la synthèse de cette abondante collecte de données, cette thèse comporte deux grands volets thématiques. Dans le premier volet, intitulé « Une histoire, un lieu », on y traite de l'évolution de l'industrie fromagère au Québec, puis au Saguenay-Lac-Saint-Jean. Par la suite on y présente un bref historique de la Fromagerie Perron qui, à travers ses cent ans d'existence, témoigne de l'évolution de cette industrie. S'attardant ensuite au lieu où s'effectuait jadis la fabrication du cheddar, on y découvre cette ancienne fromagerie qui, par ses composantes architecturales et son aménagement intérieur, s'avère un modèle très représentatif de la fromagerie artisanale de la fin du siècle dernier. Dans le second volet, ayant pour thème « Une tradition », on y parle de la transmission du savoir-faire, puis de la pratique du métier de fromager qui se manifeste à travers la méthode de fabrication. Pour terminer on s'intéresse au procédé de fabrication industriel, qui constitue le prolongement de cette pratique traditionnelle actualisée. / Québec Université Laval, Bibliothèque 2013

Le bois est un matériau traditionnellement utilisé pour l'affinage des fromages, en raison de ses propriétés hydriques spécifiques. Le caractère ubiquiste de L. monocytogenes, bactérie responsable de la listériose, rend la contamination des fromages possible à toutes les étapes de la fabrication. La maîtrise sanitaire de L. monocytogenes sur les surfaces en IAA est donc un objectif prioritaire, pour lequel les inhibitions microbiennes peuvent jouer un rôle. L'objectif de ce travail était de vérifier que les planches d'affinage en bois, en condition d'utilisation étaient capables de limiter l'implantation de Listeria monocytogenes. Après l'étude de l'environnement des planches dans les caves de l'affineur partenaire, l'étude de l'écologie microbienne de la surface des planches a mis en évidence la prédominance des flores d'intérêt technologique de surface du reblochon et les faibles dénombrements des flores indésirables. Après contact avec les fromages, le nettoyage séchage des planches entraîne des modifications du biotope de surface qui le rendent défavorable à la croissance microbienne, sauf pour les flores d'intérêt technologique. L'étude du comportement de L. monocytogenes inoculée sur des planches d'affinage a révélé un effet inhibiteur de celles-ci, lié à la présence du biofilm natif, naturellement implanté sur ces planches. Cet effet inhibiteur a été démontré pour 2 souches de L. monocytogenes et à 2 stades de prélèvement des planches, dont le stade après nettoyage, le plus exposé au risque d'introduction de L. monocytogenes dans les caves. La coexistence de plusieurs mécanismes est suggérée avec un mécanisme inhibiteur principal par compétition nutritionnelle.

En France, Staphylococcus aureus est le micro-organisme pathogène le plus souvent incriminé dans des cas de toxi-infections alimentaires collectives par le lait et les produits laitiers. L'intoxication alimentaire résulte de l'ingestion d'entérotoxines staphylococciques (SE) produites dans les aliments par des souches de S. aureus productrices de SE. Dans le but d'identifier les principaux paramètres technologiques qui affectent la croissance de S. aureus, l'expression des gènes et la production d'entérotoxines pendant la fabrication de fromage à pâte pressée non cuite, l'impact de différents paramètres du procédé a été étudié à l'aide de plans d'expériences. Pour étudier l'expression des gènes des entérotoxines au cours de la fabrication de fromage, nous avons tout d'abord développé une méthode efficace pour récupérer l'ARN total à partir de fromage et nous avons appliqué une stratégie robuste pour étudier l'expression de gènes par RT-PCR quantitative. En se basant sur les résultats d'une enquête sur les pratiques des fabricants de fromages à pâte pressée non cuite, nous avons ensuite étudié l'impact de cinq paramètres technologiques du procédé de fabrication sur le comportement de cinq souches productrices des entérotoxines A, B, C ou D, indépendamment inoculées à 10³ ufc/ml dans le lait, au cours des 72 premières heures de la fabrication. Quels que soient les paramètres testés ou les souches étudiées, la population de S. aureus atteint au moins 10⁵ ufc/g de fromage quatre heures après le moulage. Au cours des 54 fabrications fromagères, SEA et SED sont les seules entérotoxines détectées, en quantité très faible (non quantifiable pour SEA) et variable en fonction des paramètres étudiés. La production d'entétérotoxine semble corrélée à une expression précoce du gène au cours de la fabrication (moins de 6 heures après l'emprésurage du lait). Le premier plan d'expériences mis en œuvre a révélé que, parmi les cinq paramètres étudiés, la température et la durée de maturation du lait avaient le plus fort impact sur la production de SE. Par la méthodologie des surfaces de réponses, nous avons ensuite établi des modèles mathématiques pour décrire la relation entre l'expression des gènes et la production d'entérotoxines et les deux paramètres de maturation du lait. La température de maturation du lait apparaît comme le paramètre clé qui doit être contrôlé pour limiter le risque d'intoxication alimentaire par S. aureus dans les fromages à pâte pressée non cuite.

Les bactéries lactiques (BAL) ont été utilisées par l\'humanité depuis des siècles en raison de leurs propriétés technologiques et de leur capacité à améliorer les propriétés organoleptiques des aliments. En outre, la demande des consommateurs pour des produits laitiers sains et dépourvus de conservateurs chimiques est de plus en plus grande.Dans ce contexte, l\'utilisation de bactéries lactiques utilisées depuis des siècles pour la fermentation des produits laitiers semble pertinente pour améliorer la digestibilité et/ou prolonger la durée de vie des produits laitiers fermentés. L\'une des principales propriétés de ces bactéries est la production de substances antimicrobiennes telles que des bactériocines, des peptides ou des composés non protéiques de faible poids moléculaire (acides organiques, H2O2, et ainsi de suite) qui inhibent la croissance des pathogènes alimentaires et des micro-organismes d\'altération. Les bactériocines sont des peptides antimicrobiens ribosomiques produits entre autre par certaines bactéries lactiques et qui possèdent un spectre d\'inhibition étroit ciblant généralement les bactéries à Gram-positif. Les substances inhibitrices produites par BAL peuvent également inhiber les champignons qui sont en grande partie responsables pour la détérioration des aliments. Un autre propriété importante de BAL est de modifier les protéines du lait au cours du processus de fermentation. Ceci est important pour les personnes allergiques, en raison de la modification du potentiel allergénique de protéines du lait, mais également important pour la production de peptides bioactifs. Récentes découvertes ont montré que des peptides dérivés de l\'hydrolyse des protéines du lait peuvent avoir des activités biologiques, tels que des activités antihypertensives, antioxydantes, antimicrobiennes et immunomodulatrices. En résumé, les BAL sont des outils potentiels pour la production d\'aliments de haute qualité, ce qui stimule la recherche de nouvelles souches ayant des propriétés biologiques intéressantes. Ainsi, l\'objectif de cette étude était d\'isoler et de cribler de nouvelles souches de BAL possédant des activités antimicrobienne et / où protéolytique. Des souches de BAL ont ainsi été isolées de lait de vache, de buffle et de chèvre ainsi que des fromages provenant du sud-est du Brésil. À partir de 156 échantillons de lait et de fromages, 815 isolats ont été obtenus sur des géloses sélectives pour les BAL. La majorité d\'entre elles était des coques ou des bacilles à Gram-positif et négatif pour la production de catalase. La présence d\'activités antimicrobiennes a été évaluée sur des cultures pures de ces nouveaux isolats par des tests d\'antagonisme sur géloses (essai spot-on-the-lawn), et leurs activités protéolytiques on été évaluées par culture sur géloses BHI (Brian Heart Infusion) additionnée de lait écrémé. Les isolats les plus protéolytiques ont été testés par culture dans du lait écrémé suivie d\'une électrophorèse sur gel de polyacrylamide en condition dénaturante (sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis SDS-PAGE). Parmi les 815 isolats testés, quatre d\'entre eux, identifiés comme Lactobacillus paraplantarum FT 259 et Streptococcus uberis (FT86, FT126 et FT190) étaient producteurs de bactériocines, tandis que quatre autres, identifiés comme Weissella confusa FT424, Weissella hellenica FT476, Leuconostocs citreum FT671 et Lactobacillus plantarum FT723 ont montré une activité antifongique lors d\'essais préliminaires. Des analyses complémentaires ont montré que la souche la plus antifongique était L. plantarum FT723 qui inhibait Penicillium expansum sur gélose MRS modifiée (de Man, Rogosa, Sharpe, sans acétate) et dans un modèle de lait fermenté. Des activités protéolytiques ont été détectées dans 205 isolats lors des tests sur géloses supplémentées en lait écrémé. Les activités protéolytiques des 123 isolats présentant les activités les plus fortes ont été confirmées en faisant migrer les surnageants de laits fermentés sur SDS-PAGE. Les capacités protéolytiques des trois isolats les plus protéolytiques Enterococcus faecalis (FT132 et FT522) et Lactobacillus paracasei FT700 ont également été testées sur des caséines et sur deux protéines du lactosérum (?-lactoglobuline et d\'?-lactalbumine), les produits de dégradation ont été visualisés par SDS-PAGE. En raison de la grande similitude entre les deux souches d\'Enterococcus, seul E. faecalis FT132 et L. paracasei FT700 ont été sélectionnés pour des études plus poussées sur leurs activités protéolytiques en utilisant des protéines du lait comme substrats lors d\'incubations dans différentes conditions suivies de l\'analyse des produits d\'hydrolyse par SDSPAGE et par chromatographie liquide haute performance (high performance liquid chromatography, HPLC). Tant E. faecalis FT132 que L. paracasei FT700 ont montré des activités protéolytiques à un pH de 6,5, à des températures comprises entre 37 à 42 ºC. Leurs activités protéolytiques étaient dues à des métallo-protéases. Pour évaluer les activités biologiques possibles des peptides dérivés de l\'action d\'E. faecalis FT132 et L. paracasei FT700 sur les protéines du lait, les surnageants des laits fermentés par ces souches ont été purifiés sur colonnes C8 puis lyophilisés. Ces lyophilisats ont ensuite été repris dans du RPMI (Roswell Park Memorial Institute medium) et ajoutés à différentes cultures primaires (monocytes et macrophages) pour évaluer leur cytotoxicité, les mécanismes de la mort celullaire qui y étaient associés, ainsi que leurs propriétés immunomodulatrices (différenciation des monocytes en macrophages et quantification de TNF-?). Les peptides générés par les deux souches testées étaient toxiques (favorisant l\'apoptose des cellules) après 72 h d\'exposition à une concentration de 10 mg/mL. Au-dessous de ces concentrations cytotoxiques, les deux surnageants de laits fermentés produits par E. faecalis FT132 et L. paracasei FT700 ont stimulé la différenciation des monocytes en macrophages, comme observé par l\'expression accrue du marqueur CD71. Cette stimulation du système immunitaire n\'était pas inflammatoire en raison de la faible production de TNF-?. Certaines BAL peuvent contribuer à la santé des consommateurs et sont utilisées comme probiotiques. Cependant, les effets biologiques des souches ainsi que leur innocuité doivent être vérifiés avant leur utilisation comme probiotiques. Contrairement aux entérocoques, plusieurs espèces de lactobacilles sont reconnues comme GRAS (Generally Recognized as Safe). Dans cette étude, il a été montré que la souche E. faecalis FT132 hébergeait trois gènes de virulence asa1, as et gelE, et qu\'elle était résistante à l\'érythromycine et à la tétracycline, ce qui signifie que cette souche ne peut pas être ajoutée à des produits alimentaires. Cependant, L. paracasei FT700 pourrait d\'avéré un candidat potentiel pour être utilisée en tant que probiotique, ainsi que L. paraplantarum FT259, la souche bacteriocinogénique décrite précédemment. Afin d\'évaluer leur capacité de survie dans le tractus digestif en vu d\'une éventuelle utilisation comme probiotiques, les souches ont été incubées dans des milieux de culture acidifiés (pH 2,0, 2,5 et 3,5), dans des sels biliaires, dans des conditions simulant les conditions gastriques et leur capacité de survie a été testée ainsi que leur sensibilité à différents antibiotiques. En outre, la bactériocine produite par L. paraplantarum FT259 a été partiellement purifiée sur colonne remplie de résine XAD-16, suivie d\'une extraction en phase solide sur colonne C18, suivie d\'une analyse par SDS-PAGE. Des PCR avec différentes amorces ciblant la plantaricine NC8, la plantaricine S et la plantaricine W ont été effectuées suivie du séquençage des amplicons afin d\'idéntifier des gènes pour la production de bactériocines. Les résultats ont montré que L. paraplantarum FT259 tolérait des expositions à un pH de 3,5, et à une concentration en sels biliaires de 0,3% pendant une durée maximum de 180 minutes. En revanche, il n\'était plus possible de détecter de cellules viables (limite de détection de la méthode : 100 UFC / mL) après une exposition à des pH de 2,0 et de 2,5 pendant 90 minutes. Lors des expériences simulant les conditions gastriques, le nombre de cellules viables de L. paraplantarum FT259 a diminué de 8,6 log UFC/mL à 4,4 log UFC/mL après 180 minutes d\'incubation. Les résultats obtenus pour la souche L. paracasei FT700 ont montré que celle-ci a survécut à presque toutes les conditions. Après 180 minutes dans un pH de 2,0 et dans le jus gastrique simulé, la population bactériennes ont respectivement diminué de 4 et de 3 log UFC/mL. Il a également été démontré que L. paraplantarum FT259 et L. paracasei FT700 étaient sensibles à la majorité des antibiotiques testés. L\'analyse par SDS-PAGE a indiqué que la bactériocine partiellement purifiée présentait une masse moléculaire d\'environ 3900 Da et que le séquençage des amplicons d\'ADN suite aux PCR a montré que la souche possédait le gène de la plantaricine NC8. L\'ensemble de ces résultats indique que les deux souches de lactobacilles isolées lors de cette étude (L. paraplantarum FT259 et L. paracasei FT700) possèdent des caractéristiques pouvant leur conférer un intérêt d\'utilisation en tant queprobiotiques. La production de bactériocines (L. paraplantarum FT259), et l\'activité protéolytique (L. paracasei FT700) pourraient également être des caractéristiques intéressantes pour des applications alimentaires. En conclusion, les BAL obtenues dans cette étude pourraient être utiles dans l\'industrie alimentaire pour la production de nouveaux produits laitiers à durée de conservation prolongée et une digestibilité accrue, ou encore pour la production de peptides bioactifs. / As bactérias láticas (BAL) têm sido utilizadas pela humanidade há séculos devido às suas propriedades tecnológicas e potencial para conferir características sensoriais agradáveis aos alimentos. Além disso, é cada vez maior a demanda por alimentos de qualidade. Neste contexto, BAL tem grande potencial para serem utilizadas na produção de alimentos. Uma das principais características destas bactérias é a produção de substâncias que inibem a multiplicação de agentes patogênicos e micro-organismos deteriorantes em alimentos, tais como ácidos orgânicos, H2O2 e bacteriocinas. Estas últimas são um peptídeos antimicrobianos produzido via ribossomo por algumas bactérias e possuem pequeno espectro inibição. As bacteriocinas podem reduzir a multiplicação de bactérias-alvo, aumentando a segurança alimentar e a vida de prateleira de alimentos. Essas substâncias inibitórias produzidas por BAL podem também inibir fungos, que são em grande parte responsáveis pela deterioração dos alimentos. Outra importante propriedade das BAL é capacidade de modificar as proteínas do leite durante o processo de fermentação. Isto é importante para indivíduos alérgicos devido à alteração de potencial alergênico das proteínas do leite, e também é importante para a produção de peptídeos bioativos. Recentemente, resultados demonstraram que os peptídeos obtidos a partir da hidrólise de proteínas do leite podem ter diferentes atividades biológicas, tais como anti-hipertensiva, antioxidante, antimicrobiana e imunomodulatória. Em resumo, BAL apresentam potencial para a produção de alimentos de alta qualidade, o que estimula a busca de novas linhagens com propriedades tecnológicas de interesse. Assim, no presente estudo, BAL com atividade antimicrobiana e / ou proteolítica foram isoladas de leite e queijo de vaca, búfala e cabra, obtidos na região sudeste do Brasil. A partir de 156 amostras de leite e queijo, foram obtidos 815 isolados em ágar seletivo para BAL. A maioria eram cocos ou bacilos Gram-positivos, e não produziam a enzima catalase. Culturas puras destes novos isolados foram avaliadas quanto a atividade antimicrobiana por testes de antagonismo em ágar (spot-on-the-lawn), e quanto a atividade proteolítica sobre proteínas do leite pelo cultivo em placas de ágar BHI (Brain Heart Infusion suplementado com leite desnatado). Os isolados com maior atividade proteolítica também foram testados pelo cultivo em leite desnatado seguido de análise do leite fermentado por eletroforese em gel de poliacrilamida com dodecil sulfato de sódio (sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis SDS-PAGE). Entre os 815 isolados testados, quatro deles foram identificados como produtores de bacteriocinas, Lactobacillus paraplantarum FT259 (uma linhagem) e Streptococcus uberis (três linhagens, FT86, FT126 e FT190), enquanto quatro outros identificados como Weissella confusa FT424, W. hellenica FT476, Leuconostoc citreum FT671 e Lactobacillus plantarum FT723, os quais apresentaram atividade antifúngica em ensaios preliminares. Análises complementares mostraram que a linhagem com maior atividade antifúngica foi L. plantarum FT723, o qual inibiu Penicillium expansum em ágar MRS modificado (De Man, Rogosa, Sharpe, sem acetato) e em iv modelo de leite fermentado. No entanto, nenhuma inibição foi observada contra Yarrowia lipolytica. A atividade proteolítica foi detectada em 205 isolados por testes em ágar, sendo que 123 isolados com intensa atividade proteolítica foram submetidos a confirmação da atividade por SDS-PAGE. As atividades proteolíticas de três isolados identificados como Enterococcus faecalis (FT132 e FT522) e Lactobacillus paracasei FT700 foram confirmadas por SDS-PAGE, como visualizado pela digestão de caseínas e proteínas de soro de leite (?-lactoglobulina e ?- lactalbumina). No entanto, devido à alta semelhança entre as linhagens, apenas E. faecalis FT132 (juntamente com L. paracasei FT700) foram selecionados para os próximos estudos utilizando proteínas do leite como substratos em diferentes condições, seguidas de análises por SDS-PAGE e cromatografia líquida de alta eficiência (HPLC, high-performance liquid chromatography). Ambos E. faecalis FT132 e L. paracasei FT700 apresentaram atividades proteolíticas em pH 6,5, entre 37 e 42 °C. A atividade proteolítica das linhagens foi devida à presença de metaloproteases. Em seguida, para avaliar as possíveis atividades biológicas dos peptídeos derivados da atividade proteolítica de E. faecalis FT132 e L. paracasei FT700 em proteínas do leite, o sobrenadante de leite fermentado produzido por estas linhagens foi purificado em cartucho C8 e liofilizado. Desse modo, os sobrenadantes de leite fermentado produzidos por estas linhagens foram adicionados às culturas de células (monócitos e macrófagos) para avaliar a sua citotoxicidade, os mecanismos de morte celular, propriedades imunomoduladoras (diferenciação de monócitos em macrófagos) e quantificação de TNF-? (do inglês tumor necrosis factor). Os sobrenadantes apresentaram toxicidade após 72 h de exposição a 10 mg/mL por apoptose. Abaixo das concentrações citotóxicas, ambos os sobrenadantes de leite fermentado estimularam a diferenciação de monócitos em macrófagos, como observado pelo aumento da expressão do marcador CD71. Esta estimulação imune não foi inflamatória visto que houve pouca produção de TNF-?. BAL também podem contribuir para a saúde dos consumidores quando utilizadas como probióticos. No entanto, algumas características das linhagens devem ser verificadas antes de serem utilizadas como probióticos, especialmente com relação aos fatores de virulência. Lactobacilos geralmente possuem um status GRAS (do inglês generally recognized as safe), ao contrário dos enterococos. Neste estudo, foi demonstrado que E. faecalis FT132 possuía três genes de virulência, asa1, ace e gelE, e que era resistente à eritromicina e à tetraciclina, indicando que esta linhagem não pode ser adicionada em alimentos. No entanto, L. paracasei FT700 seria um potencial candidato para ser utilizada como probiótico, bem como a linhagem bacteriocinogênica descrita anteriormente, L. paraplantarum FT259. As linhagens foram testadas quanto à sobrevivência em meio ácido (pH 2,0, 2,5 e 3,5), tolerância in vitro aos sais biliares, viabilidade em suco gástrico sintético e sensibilidade a antibióticos. Além disso, o peptídeo antimicrobiano produzido por L. paraplantarum FT259 foi parcialmente purificado em coluna preenchida com resina XAD-16, seguido de extração em fase sólida com cartucho de C18, e analisados por SDSPAGE. Reações em cadeia da polimerase (PCR, do inglês polymerase chain reaction) com primers para os genes estruturais da plantaricina NC8, plantaricina S e plantaricina W, seguidas de sequenciamento de DNA, foram realizados para detectar genes responsáveis pela produção de bacteriocinas. Os resultados mostraram que L. paraplantarum FT259 foi resistente ao pH 3,5 e a 0,3% de sais biliares por até 180 minutos, mas a população bacteriana em pH 2,0 e 2,5 após 90 minutos estava abaixo do limite de detecção do método (2 log UFC/mL). Em testes utilizando suco gástrico sintético, a população de L. paraplantarum FT259 reduziu de 8,6 log UFC/ v mL para 4,4 log UFC/mL após 180 minutos. Por outro lado, L. paracasei FT700 sobreviveu bem em quase todas as condições. Depois de 180 minutos em pH 2,0 e em suco gástrico sintético, a população bacteriana reduziu 4 e 3 log UFC/mL, respectivamente. Também foi demonstrado que L. paraplantarum FT259 e L. paracasei FT700 foram sensíveis à maioria dos antibióticos testados. A análise de SDS-PAGE indicou que a bacteriocina parcialmente purificada apresentava uma massa molecular de aproximadamente 3900 Da, e o sequenciamento de DNA do produto de amplificação obtido por PCR mostrou a presença do gene que codifica a produção da plantaricina NC8. De modo geral, os resultados indicaram que ambas as linhagens possuem potencial probiótico. Além disso, a produção de bacteriocinas (L. paraplantarum FT259) e a atividade proteolítica (L. paracasei FT700) podem ser características interessantes para aplicações em alimentos. As BAL obtidas neste estudo podem ser úteis na indústria de alimentos para a produção de novos produtos lácteos com maior vida de prateleira e aumento da digestibilidade de proteínas do leite, assim como para a produção de peptídeos bioativos comercializados como fórmulas parcialmente purificadas.

Depuis les années 80, la qualification des produits d’origine est devenue un élément important dans le modèle agricole européen avec le système des indications géographiques (IG), auquel s'ajoutent des systèmes promus par des organisations non gouvernementales, comme les projets Sentinelles de Slow Food. Ces initiatives publiques ou privées, ici appelées Systèmes de Valorisation de l’Origine (SVO), génèrent d’importants résultats environnementaux, sociaux et culturels, en plus d’une valeur marchande.Les décideurs politiques et la société civile s’intéressent de plus en plus aux effets des SVO sur la biodiversité, qualifiée ici de biodiversité culturelle pour souligner la pertinence accordée aux pratiques et aux connaissances locales. Or, ces effets sont encore mal connus. Cette thèse entend y contribuer en explorant l’écart entre les discours, c’est-à-dire les objectifs politiques, les connaissances systématisées et les narratives qui sous-tendent le développement des SVO, et les pratiques locales (explicites et implicites). Elle traite donc les questions de recherche suivantes : quelles sont les institutions et les logiques qui inspirent la définition et la pratique de la biodiversité culturelle ? Comment la codification des connaissances et des pratiques est-elle réalisée et comment les règles sont-elles appliquées ? Dans quelle mesure les savoirs sont-ils modifiés et re-créés ?L’analyse repose sur quatre études de cas représentées par quatre fromages de montagne sous appellation (IG) et/ou objet d’une Sentinelle Slow Food, en France (fromage d’estive du Béarn et Ossau-Iraty), en Italie (Piacentinu Ennese) et au Maroc (fromage de chèvre de Chefchaouen). La démarche de recherche a privilégié l’analyse des discours institutionnels et des cahiers des charges, des enquêtes ethnographiques multi-sites sur 24 mois, l’observation participante et « l’apprentissage » pour décrypter les pratiques locales.L’analyse des discours institutionnels sur la microbiodiversité fromagère montre que les promoteurs des SVO ont intégré la biodiversité culturelle dans leurs stratégies à différents moments et degrés. En dépit des limitations dues au rôle prépondérant du marché, la médiatisation d’un discours sur la biodiversité culturelle peut amplifier la voix politique des acteurs locaux et favoriser les relations communautaires.Résultat de négociations entre les parties prenantes qui présentent des différentes motivations, stratégies et formes de connaissance, les cahiers des charges sont des objets privilégiés pour étudier les effets des SIO. Les cahiers des charges étudiés préservent directement certaines ressources génétiques, goûts et savoirs-faire, comme la pratique de la transhumance et la production quotidienne de fromage en montage, dans la Sentinelle béarnaise. Mais néanmoins, le processus de codification aboutit toujours à l’adaptation et à la réduction de la diversité existante, y compris au sein des SVO les plus orientés vers la localisation des pratiques et la promotion de la diversité des goûts, comme observé au sujet de la réduction des temps d’affinage traditionnels dans le Piacentinu Ennese.Cependant, les connaissances et les pratiques relatives à la biodiversité culturelle sont dynamiques. Les parties prenantes des SVO interagissent dans un processus d'apprentissage, en utilisant des connaissances codifiées et tacites comme outils pour façonner une communauté. Cet apprentissage dépasse les frontières du système de gestion et englobe également les consommateurs et les producteurs qui n’appartiennent pas au SVO, dans le cadre de pratiques partagées. Le cas marocain, par exemple, montre la recréation de pratiques engendrées par une IG qui limite particulièrement la tradition. Le décalage entre ce qui est codifié et ce qui est fait conduit à une redéfinition dynamique des pratiques et des communautés. / Origin food qualification has emerged as a new institutional tendency from the 80s, becoming a relevant asset in the European model of agriculture with the Geographical Indication (GI) system. Place-based labelling led by non-governmental organisations are also multiplying, such as the Presidia projects developed by the Slow Food movement. These public or private initiatives, referred as Origin Food Schemes (OFS), generate significant environmental, social, and cultural outputs, besides producing market value. For these reasons, OFS are also becoming economically and politically relevant in the Global South.In particular, policy makers and social movements have increasingly looked at the effects of OFS on biodiversity, referred to here as cultural biodiversity to underline the relevance given to practices and local knowledge. Considering the gap in knowledge regarding the bio-cultural outcomes of different OFS, this Thesis asks which are the gaps between discourses, understood as policies, systems of knowledge, and communication tools, and both explicit and implicit practices conveyed by OFS as for cultural biodiversity. The Thesis presents the following sub-research questions: Which are the institutions and logics that determine the definition and practices related to cultural biodiversity? How are knowledge and practices codified and, then, are rules applied? To what extent are codified and tacit knowledge and practices modified and re-created within OFS?Four origin cheeses recognized as a GI and/or a Presidium and located in France, Italy and Morocco were selected as case studies and addressed with 24 month-multisite ethnographic enquiries, privileging participant observation and apprenticeship as a research tool to study the embodied and experientially grounded practices.The example of the management of cheese microbiodiversity shows that the Slow Food movement and GI promoters have integrated cultural biodiversity into their institutional discourses in different times and to different extents. Despite limitations due to the prominent role of the market, a mediatized institutional narrative on cultural biodiversity can amplify the political voice of local actors by fostering community and social relationships.The analysis of specifications – privileged places to study the effects of OFS – demonstrates that OFS differently take into account traditional practices of production, following stakeholders’ negotiations that oppose motives, strategies, and forms of knowledge. Although specifications directly preserve some genetic resources, taste, and know-how, paradoxically their codification always results in adapting and reducing existing diversity, including in the OFS that are more oriented to localise practices and promote diversity of tastes.Nevertheless, food knowledge and practices are dynamic. OFS stakeholders interact in a learning process, using codified and tacit knowledge as tools to shape communities of practice. This learning process surpasses the border of the OFS governing body and encompasses also consumers and producers who do not belong to the scheme into joint practices. The gap between what is codified and what is done leads to a dynamic redefinition of both practices and communities.

De nombreux procédés alimentaires comme l'affinage de Camembert peuvent être considérés comme des systèmes complexes. De nombreuses variables sont en interactions dynamiques à différents niveaux d'échelle (microscopique, macroscopique...). Contrôler ces procédés pour maintenir la qualité nutritionnelle, sanitaire et organoleptique des produits est un enjeu primordial pour l'industrie alimentaire. Les connaissances manquent toujours pour le permettre. Dans cette thèse, les approches utilisées par la communauté des systèmes complexes ont été envisagées pour résoudre cette problématique. La première piste a été de reconstuire les dynamiques des phénomènes pour différentes conditions de température et d'humidité relative d'affinage. Les réactions microbiologiques, physicochimiques et biochimiques ont été étudiées en hâloir pilote. Puis les évolutions des propriétés organoleptiques durant l'affinage ont été étudiées grâce au recueil de connaissances expertes et à la formalisation d'indicateurs sensoriels. Les dynamiques recueillis à ces différents niveaux d'échelle ont permis de modéliser de manière globale l'affinage. La seconde piste a été d'explorer l'affinage à partir d'un modèle mécanistique en utilisant les méthodes développées dans le cadre de la théorie de la viabilité. Cette théorie a été appliquée à l'affinage avec deux objectifs, connaître les domaines de viabilité du système en fonction des contraintes de contrôle (durée d'affinage) et évaluer la sensibilité du procédé à des perturbations dans ces domaines. Cette étude a permis de proposer une trajectoire optimisée d'affinage avec un temps réduit de 4 jours. Cette trajectoire a été testée avec succès en hâloir pilote, les équilibres microbiens ont été préservés ainsi que les propriétés organoleptiques des fromages. Les concepts, méthodes et outils des systèmes complexes ont ainsi été utilisés avec succès pour le contrôle de l'affinage de Camembert. D'autres procédés alimentaires pourront à l'avenir être étudiés de la même manière pour envisager une généralisation des méthodes.