Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-08-25T13:37:26Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Nathânia Dábilla Alves Silva - 2016.pdf: 1926312 bytes, checksum: 08f15d1c8a44d1ed6118f432a6917f2d (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-08-25T13:38:53Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Nathânia Dábilla Alves Silva - 2016.pdf: 1926312 bytes, checksum: 08f15d1c8a44d1ed6118f432a6917f2d (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-25T13:38:53Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Nathânia Dábilla Alves Silva - 2016.pdf: 1926312 bytes, checksum: 08f15d1c8a44d1ed6118f432a6917f2d (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-04-13 / The norovirus (NoVs) are important viral causative agents of acute gastroenteritis (AGE), affecting individuals of all ages in distinct parts of the word; however, the highest morbi-mortality rates occur mainly in children under five years of age and the elderly. The aim of this study was to to screening NoV by Polymerase Chain Reaction Post Reverse Transcription (RT-qPCR) and real-time (RT-qPCR) in fecal and nasal swab of children up to six years of age, with and without AGE symptoms. Samples were obtained at the Materno Infantil Hospital, from May/2014 to May/2015. Secretor status of children was also determined by enzyme immunoassay and genotyping (FUT2 gene) from the sediment of nasal swab epithelial cells. A global positivity index of 17% (37/219) for NoV in feces, and from these positive children, 48.6% (18/37) had AGE symptoms. Mean viral load in fecal samples was 2.59 x 1010 CG/g from symptomatic and 1.37 x 109 CG/g in asymptomatic. A higher positivity rate (70%) was observed GII NoV, compared to GI NoV (30%) and a higher positivity in children up to 24 month old (67.5%), although not statistically significant. As for the secretor status of children positive for NoV in fecal samples, 94.6% positive secretory status. The NoV were detected in practically every month of the study, and no particular pattern of circulation in relation to dry or rainy seasons was observed. Most children positive for NoV (70%) had the record they have received at least the first dose of the vaccine against Rotavirus, being the highest viral load detected among vaccinated children. The NoV RNA was detected in 8.7% of nasal swab samples of the children and of these, 58% had AGE symptoms. The mean viral load in swab samples from symptomatic children was 2.10 x 108 and in the asymptomatic children was 2.41 x 107 CG/mL. A high NoV genotype variability was found in the study (GI.2, GI.3, GI.5, GII.3, GII.4 and GII.6), with a predominance of GII.4 (28.6%), with this being the first report of NoV GI.5 in Brazil. The data obtained in this study reveal a high frequency, viral load, and genetic variability of NoVs among children attended in a hospital of Goiânia, Goiás. The results are important for a better understanding of NoV epidemiology in nosocomial environment, and may constitute useful information on the advent of the development of an effective vaccine. The viral load in nasal swab samples is a novel data that may contribute for the elucidation of a possible alternative rout of NoV transmission. / Os norovírus (NoVs) são importantes agentes virais causadores de gastroenterite aguda (GEA), atingindo indivíduos de todas as idades em diversas partes do mundo, porém os maiores índices de morbimortalidade ocorrem principalmente nas crianças menores de cinco anos e idosos. O objetivo do presente estudo foi realizar a pesquisa de NoV, através da Reação em Cadeia pela Polimerase Pós-Transcrição Reversa (RT-PCR) e por tempo real (RT-qPCR) em amostras fecais e swab nasal de crianças com até seis anos de idade, com e sem sintomas de GEA. As amostras foram coletadas no Hospital Materno Infantil, entre maio/2014 e maio/2015. Procedeu-se ainda à determinação do status secretor das crianças, por Ensaio Imunoenzimático e genotipagem (gene FUT2), em sedimento de células epiteliais do swab nasal. Foi observado um índice de positividade global de 17% (37/219) para NoV nas fezes, sendo que destas crianças positivas, 48,6% (18/37) apresentavam sintomas de GEA. A carga viral média nas amostras de fezes de crianças com sintomas foi 2,59 x 1010 CG/g e 1,37 x 109 CG/g nas assintomáticas. Observou-se maior positividade para NoV GII (70%) quando comparado ao GI (30%) e maior positividade nas crianças de até 24 meses de idade (67,5%), entretanto este dado não foi estatisticamente significativo. Quanto ao status secretor das crianças positivas para NoV nas fezes, 94,6% status secretor positivo. Os NoV foram detectados em praticamente todos meses do estudo, não sendo observado padrão de circulação definido em relação às estações seca e chuvosa. A maioria das crianças positivas para NoV (70%) tinham o registro de terem recebido pelo menos a primeira dose da vacina contra Rotavírus, sendo a carga viral mais elevada detectada entre crianças vacinadas. O RNA de NoV foi ainda detectado em 8,7% (19/219) das amostras de swab nasal das crianças e destas, 58% apresentavam sintomas de GEA. A carga viral média nas amostras de swab das crianças sintomáticas foi 2,10 x 108 CG/mL e nas assintomáticas 2,41 x 107 CG/mL. Foi observada elevada variabilidade de genótipos de NoV no estudo (GI.2, GI.3, GI.5, GII.3, GII.4 e GII.6), com maior predominância de GII.4 (28,6%), sendo este o primeiro relato de NoV GI.5 no Brasil. Os dados obtidos neste estudo revelam elevada frequência, carga viral e variabilidade genética de NoVs entre crianças atendidas em um hospital de Goiânia, Goiás. Os resultados são importantes para o melhor entendimento da epidemiologia dos NoVs em ambiente nosocomial, e poderão ser uteis como informação no advento do desenvolvimento de uma vacina eficaz. A determinação da carga viral de NoV em xii amostras de swab nasal é um dado novo, podendo este contribuir para a elucidação de uma possível rota alternativa de transmissão dos NoV.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-04-29T22:14:29Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EficaciaSegurancaVacina.pdf: 2286968 bytes, checksum: ebc3181152c9d227411f82eb4391b639 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-05-02T14:14:03Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EficaciaSegurancaVacina.pdf: 2286968 bytes, checksum: ebc3181152c9d227411f82eb4391b639 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-05-02T14:14:03Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EficaciaSegurancaVacina.pdf: 2286968 bytes, checksum: ebc3181152c9d227411f82eb4391b639 (MD5) Previous issue date: 2009 / Os rotavírus se constituem nos principais agentes causadores de gastroenterite grave entre crianças com idades inferiores a 5 anos, tanto nos países desenvolvidos quanto naqueles em desenvolvimento, com pico de incidência entre 6 e 24 meses de vida. Em termos globais, estima-se que pelo menos 500.000 óbitos por ano se associem a esse enteropatógeno. Um extenso ensaio clínico de fase 111, randomizado na proporção de 1 :1, controlado por placebo e duplo-cego, envolvendo 11 países da América Latina e a Finlândia se levou a efeito objetivando-se avaliar a eficácia e segurança de uma vacina atenuada, de origem humana, contra rotavírus, denominada RIX4414. Na totalidade, recrutaram-se mais de 63.000 crianças. Em Belém, Pará, tais estudos envolveram 3.218 indivíduos aos quais se administraram duas doses de vacina ou placebo, no segundo e quarto meses de idade. Desse total avaliou-se um subgrupo de 653 crianças quanto à eficácia da vacina, com acompanhamento ao longo de 1 a 2 anos, quando se registraram 37 episódios de GE grave por rotavírus, 75,6% (28/37) dos quais no grupo placebo e 24,3% (9/37) entre os vacinados, daí se inferindo eficácia da vacina de 68,8% (IC95% 32.0-87,0) nos primeiros dois anos de vida. No que se refere à intensidade desses episódios, notou-se maior eficácia contra os classificados como muito graves (escore de Ruuska & Vesikari ≥ 15), alcançando níveis de 83% (IC95% 22-96). No grupo placebo observou-se risco cumulativo, quanto ao desenvolvimento de gastroenterite grave por rotavírus, 4 vezes superior em relação ao vacinado. Quanto aos sorotipos de rotavírus G1 e não-G1, evidenciou-se proteção de 51 % (IC95% -30 - 81) e 82% (IC95% 37-95), respectivamente, denotando-se proteção tanto homotípica quanto heterotípica. De particular relevância se constituiu a proteção frente ao G9 [93% (IC95% 47-99)], dado o caráter emergente global desse sorotipo, além do seu potencial quanto a desencadear quadros diarréicos rotineiramente mais graves. A eficácia da vacina contra episódios de GE de qualquer etiologia alcançou 35,3% (IC95% 11,6-52,9), do que se depreende o expressivo impacto em potencial da vacinação contra rotavírus em termos de saúde pública. No que se refere à segurança desse imunizante, não se observaram diferenças significativas do ponto de vista estatístico, entre os grupos vacina e placebo, no que concerne à ocorrência de eventos adversos graves. Não se registrou qualquer caso de intussuscepção entre os sujeitos participantes, mercê de extensiva vigilância ativa nos hospitais de referência. Os resultados encontrados nesse estudo corroboram os já descritos em ensaios multicêntricos como um todo, em vários continentes, consolidando os indicadores quanto à eficácia e segurança da vacina RIX4414 quando administrada em duas doses a crianças saudáveis. / Rotaviruses are recognised as the leading cause of severe gastroenteritis in children aged less than five years in both developed and developing countries, with highest incidence rates between 6 and 24 months of life. On a global scale, recent estimates indicate that annually rotaviruses cause at least 500,000 deaths. A large phase III clinical trial was undertaken in 11 Latin American countries and Finland with an attenuated, human-derived vaccine strain, including recruitment of more than 63,000 children. This was a randomised, double-blind, placebo-controlled trial in which more than 63,000 infants were randomly assigned to receive two oral doses of either RIX4414 or placebo at a proportion of 1:1. The main purposed of this study was to evaluate both protective efficacy and safety of RIX4414. As part of the original study, 3,218 children were enrolled in Belém, Pará, to whom two doses of either vaccine or placebo were administered at 2 and 4 months of age. A subset of infants (n = 653) was evaluated throughout 1 – 2 years in order to assess efficacy of RIX4414 vaccine. Overall, 37 gastroenteritis episodes of severe rotavirus gastroenteritis were recorded of which 75.6% (28/37) and 24% (9/37) in the placebo and vaccine recipients, respectively. The level of rotavirus vaccine protection was higher [83% (CI95% 22 – 96)] against very severe rotavirus gastroenteritis, yielding a ≥ 15 score as calculated with a 20-point Ruuska & Vesikari scale. The cumulative hazard of a first episode of severe gastroenteritis was about four-fold lower in the vaccine group throughout the 2-years’ efficacy period, as compared to the placebo group. The protection rates against severe gastroenteritis caused by G1- and- non-G1 serotypes were 51% (CI95% -30-81) and 82% (CI95% 37-95), respectively, denoting efficacies against rotavirus strains both homologous and heterologous to the vaccine strain. Of importance, the vaccine afforded significant protection [93% (CI95%47-99)] against G9 serotype which has been regarded as a globally emergent strain, besides of being related to more severe gastroenteritis. Also reflecting a vaccine efficacy, there was a significant reduction, by 35.3% (CI95% 11.6-52.9), in the rate of allcause hospitalisation for gastroenteritis, a finding of potential major public health impact. With regards to safety of RIX4414 vaccine, there were no overall statistically significant differences when the rates of serious adverse events were compared for vaccine group and placebo group. No cases of intussusception were reported during the entire follow-up period, through broad and active surveillance in paediatric clinics in the study area. Results obtained in this study confirm previous findings from worldwide several multi-centric trials that sustain both protective efficacy and safety of RIX4414 when administered in a 2-dose schema to healthy infants.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2015-07-02T17:55:41Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_DeteccaoAdenovirusHumanos.pdf: 2086510 bytes, checksum: cd753fd2094a097121e64965db55098f (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2015-07-23T13:33:49Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_DeteccaoAdenovirusHumanos.pdf: 2086510 bytes, checksum: cd753fd2094a097121e64965db55098f (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-23T13:33:49Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_DeteccaoAdenovirusHumanos.pdf: 2086510 bytes, checksum: cd753fd2094a097121e64965db55098f (MD5) Previous issue date: 2012 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / FAPESPA - Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e Pesquisas / Os vírus entéricos são importantes agentes de doenças de veiculação hídrica. Entre esses, os adenovirus humanos (HAdV) assumiram importância por serem um dos principais causadores de gastrenterite em crianças menores de cinco anos e pela sua maior resistência a fatores físicos e químicos em detrimento a outros vírus no ambiente. Várias pesquisas têm demonstrado ausência de relação entre a presença de bactérias indicadoras e vírus. Diante disso, diversos autores têm sugerido a inclusão desses agentes como potenciais indicadores de contaminação viral e fecal da água. O objetivo desse trabalho foi detectar a presença de HAdV em amostras de água e esgoto não tratado oriundas de diversos ecossistemas aquáticos da cidade de Belém-PA. Foram selecionados seis pontos de amostragem, dentre eles um esgoto não tratado: Esgoto do UNA e cinco coleções hídricas: Porto do Açaí, Ver-o-Peso, Igarapé Tucunduba, Lago Bolonha e Lago Água Preta. Foi feita uma coleta mensal de dois litros de água em cada ponto durante 24 meses consecutivos, de nov/2008 a out/2010, totalizando 144 amostras. Foi utilizada água destilada autoclavada para controle negativo de cada ponto em todos os testes utilizados. As amostras foram concentradas pelo método de adsorção-eluição e posteriormente centrifugadas para a obtenção de dois mL. O DNA foi extraído pelo kit comercial Qiagen. Para a detecção molecular foram empregadas a Reação em Cadeia Mediada pela Polimerase (PCR convencional) e a PCR em tempo real, sendo utilizados iniciadores e sondas específicos que amplificam um gene do hexon de 301 e 96 pb, respectivamente. Visando-se melhorar o produto amplificado para sequenciamento genômico, algumas amostras positivas pela PCR convencional foram submetidas à Nested-PCR com a utilização de mais um par de iniciadores que amplificam uma região interna de 171 pb. Amostras de água e esgoto foram sequenciadas, analisadas e comparadas a outras obtidas no GeneBank. Os HAdV foram detectados em 59% (85/144) das amostras de água superficial e esgoto não tratado, sendo que a positividade obtida pela PCR convencional foi de 22,9% (33/144) e pela PCR em tempo real de 58,7% (84/143). A primeira detectou o agente apenas nas amostras do igarapé Tucunduba (62,5%) e do esgoto do UNA (75%) e a segunda em amostras provenientes dos seis pontos de coleta (com uma variação de 25 a 100%). O agente foi detectado em todos os 24 meses do estudo, estando presentes em pelo menos dois pontos, mensalmente. A PCR em tempo real se mostrou mais sensível nesse estudo, tendo encontrado o agente em 36,4% (52/143) das amostras não detectadas pela PCR convencional. Das oito amostras genotipadas todas pertencem à espécie F, sendo quatro referentes ao sorotipo 40 e quatro ao 41. Nossos resultados confirmam a alta circulação desse patógeno nas águas superficiais e esgoto da cidade, sugerindo a inclusão dos HAdV como bons indicadores de contaminação viral e fecal da água. A pesquisa desses vírus em ambientes aquáticos é pioneira em Belém e tais resultados são de relevante importância para as políticas de saúde pública e ambiental, servindo como base para estudos complementares nessa área. / The enteric viruses are important agents of waterborne diseases. Among these, the human adenovirus (HAdV) assumed importance because they are a major cause of gastroenteritis in children under five years and by its high resistance to physical and chemical factors in the detriment of other viruses in the environment. Several studies have shown no relationship between the presence of indicator bacteria and viruses. Therefore, several authors have suggested the inclusion of these agents as potential indicators of viral and fecal water contamination. The aim of this study was to detect the presence of HAdV in water samples and untreated sewage originating from many aquatic ecosystems from Belém-PA. Six sampling points were selected, among them an untreated sewage: Esgoto do UNA and five catch basins: Porto do Açaí, Ver-o-Peso, Igarapé Tucunduba, Lago Bolonha and Lago Água Preta. A month collection of two liters of water was realized in each point for 24 consecutive months, from Nov/2008 to Oct/2010, in a total of 144 samples. Sterile distilled water was used as negative control for each point and in all tests. The samples were concentrated by adsorption-elution method and then centrifuged to obtain two ml. The DNA was extracted by the Qiagen commercial kit. Were employed the polymerase chain reaction (PCR) and real-time PCR for molecular detection, with specific primers and probes to amplify a specific hexon gene of 301 and 96 bp, respectively. In order to improve the amplified product for genomic sequencing, some samples positive by PCR were subjected to nested PCR using an additional pair of primers that amplify an internal region of 171 bp. Water and sewage samples were sequenced, analyzed and compared to other obtained from GenBank. The HAdV were detected in 59% (85/144) of samples of surface water and untreated sewage. The positivity obtained by PCR was 22,9% (33/144) and by real-time PCR 58.7% (84/143). The first technique detected the virus only in samples from the Igarapé Tucunduba (62,5%) and Esgoto do UNA (75%) and the second in samples from the six points of collection (variation of 25% to 100%). The agent was detected in all the 24 months of the study, being present in at least two points monthly. The real-time PCR was more sensitive in this study, having found the agent in 36,4% (52/143) of samples not detected by PCR. Of the eight samples genotyped all belong to the species F, four related to serotype 40 and four to 41. Our results confirm the high circulation of these pathogens in surface water and sewage of the city, suggesting the inclusion of HAdVs as good indicators fecal and viral contamination of the water. The study of these viruses in aquatic environments is pioneer in Belém and these results are of relevant importance for public health policies and environmental, serving as a basis for further studies in this area.

MACIEL, Dhenis Silva. Valei-me, São Sebastião: a epidemia de cólera morbo na vila de Maranguape (1862-1863). 2011. 184 f. Dissertação (Mestrado em História) - Universidade Federal do Ceará, Departamento de História, Programa de Pós-Graduação em História Social, Fortaleza-CE, 2011. / Submitted by Raul Oliveira (raulcmo@hotmail.com) on 2012-06-25T12:16:11Z No. of bitstreams: 1 2011_Dis_DSMaciel.pdf: 1344665 bytes, checksum: c4838fc2a4867f00f0ce216dc8b3015d (MD5) / Approved for entry into archive by Maria Josineide Góis(josineide@ufc.br) on 2012-06-25T13:18:32Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_Dis_DSMaciel.pdf: 1344665 bytes, checksum: c4838fc2a4867f00f0ce216dc8b3015d (MD5) / Made available in DSpace on 2012-06-25T13:18:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_Dis_DSMaciel.pdf: 1344665 bytes, checksum: c4838fc2a4867f00f0ce216dc8b3015d (MD5) Previous issue date: 2011 / In this study we sought to understand the epidemic of cholera morbus in the village of Maranguape in 1862 and how this was understood by the individuals that comprised the medical and religious knowledge and the political uses that the epidemic has assumed from the look of liberal parties and conservative. We focus our attention on the actions of doctors who took part in the commission of public relief, the two priests who worked in the village during the illness and the action of public administrators. We aim to understand the disease and its meaning from a broader reading than was the village of Maranguape in 1862, the medical theories that guided and the answers given by religion. To bring out such a venture, we use varied character documents such as reports of the provincial president, letters sent by the commissioned doctors, letters of the priests and members of the chamber of the village, provincial laws, newspapers and chronicles. / No presente trabalho buscamos compreender a epidemia de cólera morbus na vila de Maranguape no ano de 1862 e como esta foi compreendida pelos sujeitos que compunham os saberes médico e religioso, bem como os usos políticos que a epidemia assumiu a partir do olhar dos partidos liberal e conservador. Focamos nosso olhar sobre as ações dos médicos que fizeram parte da comissão de socorros públicos, nos dois sacerdotes que atuaram na vila no período da doença e na ação dos administradores públicos. Objetivamos compreender a doença e seus significados a partir de uma leitura mais ampla do que era a vila de Maranguape no ano de 1862, das teorias médicas que norteavam e das respostas dadas pela religião. Para levarmos tal empreendimento a cabo, utilizamos documentos de caráter variado, tais como: relatórios de presidente de província, cartas enviadas pelos médicos comissionados, correspondências dos sacerdotes e dos membros da câmara da vila, leis provinciais, jornais e crônicas.

Rotavirus diarrhea is still an important cause of mortality in children worldwide, responsible each year for about 500,000 deaths. The introduction of the vaccine against the virus could lead to a reduction in morbidity and mortality associated with rotavirus. In Brazil, the Rotarix ® rotavirus vaccine, which contains the genotype G1P [8], was included in the national programme of immunization since March 2006. This project aims to evaluate clinical and epidemiological data related to infection by RVA, rotavirus genotypes prevalent. The research project is a cross-sectional study in which children with acute diarrhoea were recorded prospectively from 2010 to 2012. The location of collection of fecal samples was the Hospital of urgency of Sergipe in Pediatric Emergency sector, in Aracaju/SE. The clinical and epidemiological information was obtained through a questionnaire. The clinical severity was determined by a scoring system 20, calculated from the survey point. It was verified the episodes of acute diarrhea and stool samples collected for research and genotyping of rotavirus by ELISA and RT-PCR method.Descriptive statistical calculations were carried out to define the epidemiology of rotavirus. EIA positive results were found in 78 of the 790 samples. The most frequent genotype was G2 P [4], followed by the G8 genotype P [4], P [8] G1, G3 P [8], G1 P [6]. Mixed infections were detected G2 P [4] P [8], P [4] and G1G2 G2G8 P [4] and in general there was a cocirculação of different genotypes in the years studied, moreover, shows an alternation between the genotypes every year. The results obtained in this study observed a variability of positive cases distributed, confirming that the seasonality in the region is not remarkable. Therefore, new strains of rotavirus are emerging and associated with severe diarrhea. For this reason, monitoring is required to follow changes in the epidemiology of rotavirus. / A diarreia por rotavírus ainda é uma importante causa de mortalidade infantil em todo o mundo, sendo responsável a cada ano por cerca de 500.000 mortes. A introdução da vacina contra o vírus pode levar a uma redução da morbidade e mortalidade associadas ao rotavírus. No Brasil, a Rotarix®, a vacina contra o rotavírus, que contém o genótipo G1P[8], foi incluído no programa nacional de imunizações em março de 2006. Este projeto teve como objetivo avaliar dados clínicos, epidemiológicos e genótipos predominantes relacionados à infecção por RV-A. O projeto de pesquisa é um estudo transversal em que as crianças com diarreia aguda foram registrados prospectivamente a partir de 2010 a 2012. O local de coleta das amostras fecais foi o Hospital de Urgência de Sergipe no setor de Urgência Pediátrica, em Aracaju/SE. A gravidade clínica foi determinada por um sistema de pontuação 20, calculado a partir do ponto de questionário. Foram verificados os episódios de diarreia aguda e coletadas amostras de fezes para pesquisa e genotipagem de rotavírus pelo método ELISA e RT-PCR. Cálculos estatísticos descritivos foram realizados para definir a epidemiologia do rotavírus. Resultados positivos foram encontrados em 78 das 790 amostras. O genótipo mais frequente foi G2P[4], seguido do genótipo G8P[4], G1P[8], G3P[8], G1P[6]. Foram detectadas infecções mistas G2 P[4] P[8], G1G2 P[4] e G2G8 P[4] e de um modo geral observou-se uma cocirculação de distintos genótipos nos anos estudados, além disso, nota-se uma alternância entre os genótipos a cada ano. O resultado obtido neste estudo observou uma variabilidade dos casos positivos distribuídos, confirmando que a sazonalidade na região não é marcante. Portanto, novas cepas de rotavírus estão surgindo e associados à diarreia grave. Por esta razão, a vigilância contínua é necessária para acompanhar as mudanças na epidemiologia do rotavírus.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-05-27T22:35:07Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AnaliseFilogeneticaGenes.pdf: 4522444 bytes, checksum: b700eacfe397c09b00e85e0075c58e7d (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-06-03T17:17:04Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AnaliseFilogeneticaGenes.pdf: 4522444 bytes, checksum: b700eacfe397c09b00e85e0075c58e7d (MD5) / Made available in DSpace on 2013-06-03T17:17:04Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AnaliseFilogeneticaGenes.pdf: 4522444 bytes, checksum: b700eacfe397c09b00e85e0075c58e7d (MD5) Previous issue date: 2012 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Os rotavírus (RVs) são a principal causa de gastrenterites viróticas agudas tanto em seres humanos, como em animais jovens de várias espécies, incluindo bezerros, equinos, suínos, caninos, felinos e aves. A diversidade genética dos RVs está associada a diferentes mecanismos de evolução. Nesse contexto registrem-se: mutação pontual, rearranjo genômico e reestruturação (reassortment). O objetivo do presente estudo foi realizar a caracterização molecular dos genes que codificam para as proteínas estruturais e não-estruturais em amostras não usuais de RVs. Os espécimes clínicos selecionados para este estudo foram oriundos de projetos de pesquisa em gastrenterites virais conduzidos no Instituto Evandro Chagas e provenientes de crianças e neonato com gastrenterite por RVs. Os espécimes fecais foram submetidos à reação em cadeia mediada pela polimerase, para os genes estruturais (VP1-VP4, VP6 e VP7) e não estruturais (NSP1-NSP6), os quais foram sequenciados posteriormente. Oito amostras não usuais de RV oriundas de crianças e neonato com gastrenterite foram analisadas evidenciando a ocorrência de eventos de rearranjos entre genes provenientes de origem animal em 5/8 (62,5%) das amostras analisadas. Desta forma, o presente estudo demonstra que apesar de ser rara a transmissão de RVs entre espécies (animais – humanos), ela está ocorrendo na natureza, como o que possivelmente ocorreu nas amostras do presente estudo NB150, HSP034, HSP180, HST327 e RV10109. O estudo é pioneiro na região amazônica e reforça dados descritos anteriormente que demonstram o estreito relacionamento existente entre genes provenientes de origem humana e animal que possam representar um desafio às vacinas ora em uso introduzidas em escala progressiva nos programas nacionais de imunização. / Rotaviruses (RVs) are the main cause of acute viral gastroenteritis in both humans and young animals of species such as calves, horses, pigs, dogs, cats, and birds. The genetic diversity of RVs is related to a variety of evolutionary mechanisms, including point mutation, genome reassortment, and reassortment. The objective of this study was realized the molecular charaxterization of the genes that encode structural and nonstructural proteins in unusual RV strains. The clinical specimens selected for this study were obtained from children and newborns with RV gastroenteritis, who participated in research projects on viral gastroenteritis conducted at the Evandro Chagas Institute. Structural (VP1-VP4, VP6, and VP7) and nonstructural (NSP1-NSP6) genes were amplified from stool samples by the polymerase chain reaction and subsequently sequenced. Eight unusual RV strains isolated from children and newborns with gastroenteritis were studied. Reassortments between genes of animal origin were observed in 5/8 (62.5%) strains analyzed. These results demonstrate that, although rare, interspecies (animal-human) transmission of RVs occurs in nature, as observed in the present study in strains NB150, HSP034, HSP180, HST327, and RV10109. This study is the first of its kind conducted in the Amazon region and supports previous data showing a close relationship between genes of human and animal origin, representing a challenge to the large-scale introduction of RV vaccines in national immunization programs.

Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2012-10-23T16:32:24Z No. of bitstreams: 1 carmen_b_vieira_ioc_bcm_0002_2010.pdf: 1656859 bytes, checksum: 62b8e8b68ef938a3f60ee88a24b5056c (MD5) / Made available in DSpace on 2012-10-23T16:32:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 carmen_b_vieira_ioc_bcm_0002_2010.pdf: 1656859 bytes, checksum: 62b8e8b68ef938a3f60ee88a24b5056c (MD5) Previous issue date: 2010 / Dra. Ana Maria Coimbra Gaspar / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / O aumento das atividades recreacionais na água tem contribuído para a transmissão de doenças de veiculação hídrica. Os parâmetros de balneabilidade avaliados para exposição humana em águas naturais incluem indicadores bacteriológicos. Entretanto, a presença de vírus nestas águas não é considerada. Neste contexto, os vírus excretados nas fezes de pessoas infectadas são importantes contaminantes de águas superficiais em função do contínuo despejo de esgoto doméstico. Este estudo tem como objetivo avaliar a contaminação pelos principais agentes etiológicos da gastroenterite viral aguda, rotavírus grupo A (RV-A) e norovírus (NV), em águas superficiais da Lagoa Rodrigo de Freitas pela detecção, quantificação e caracterização molecular destes agentes, correlacionando-os com parâmetros microbiológicos e físico-químicos de qualidade da água. A Lagoa é um ponto turístico e de lazer de grande expressão na cidade do Rio de Janeiro, tem sua água classificada como água de recreação de contato primário e, atualmente, está passando por um programa de despoluição para reverter o seu estado de degradação ambiental. Entre Agosto de 2007 e Julho de 2008, 2L de água superficial foram coletados mensalmente em 12 pontos, incluindo 10 pontos na Lagoa Rodrigo de Freitas, um no Rio dos Macacos, que desemboca na Lagoa, e um na praia do Leblon, onde a água da Lagoa é escoada, totalizando 144 amostras. As amostras foram concentradas 1000X pelo método de adsorção-eluição utilizando uma membrana carregada negativamente e reconcentradas a uma volume final de 2mL em Centriprep®YM-50. RV-A e NV foram detectados e quantificados pelas técnicas de reação em cadeia pela polimerase convencional e quantitativa (cPCR / qPCR) precedidas por transcrição reversa (RT). Pela análise conjunta destas metodologias, RV-A e NV-GII foram detectados em 24,3% (35/144) e 18,8% (27/144) das amostras estudadas, respectivamente. A quantificação de RV-A e NV- GII variou de 3,34 a 4680 cg/100mL e 1,57 a 26,5 cg/100mL, respectivamente. As amostras positivas de RV-A foram caracterizadas pelo sequenciamento parcial do segmento 6 (VP6) como subgrupo I e genótipo I2 segundo a nova classificação proposta para estes vírus. E.coli foi quantificada por Kit Colilert-18Kit Quanti-Tray®/ 2000 em cada ponto de coleta como um indicador bacteriológico de contaminação fecal e 87,5% (126/144) das amostras de água foram caracterizadas como próprias conforme estabelecido pela legislação vigente. RV-A e/ou NV-GII foram detectados em 38,1% (48/126) dessas amostras, evidenciando a presença de vírus em águas que estão dentro dos padrões aceitáveis para E.coli, não sendo observada a associação entre este parâmetro e a detecção destes vírus. Adenovirus humano (HuAdV) foram pesquisados como possíveis marcadores virais de contaminação fecal humana, sendo detectados em 16,7% (24/144) das amostras, apresentando distribuição não homogênea em relação aos resultados de E.coli, RV-A e NV-GII. Parâmetros físico-químicos como salinidade, temperatura, pH, cloro e turbidez foram determinados, sendo demonstrada uma distribuição não homogênea entre RV-A e turbidez e NV-GII e pH. Os dados obtidos neste estudo enfatizam a necessidade do estabelecimento de parâmetros virais para a avaliação da qualidade da água e a necessidade de se disponibilizar protocolos de detecção viral que auxiliem para a adoção de medidas de controle de contaminação ambiental pelas autoridades Municipal e Estadual. / The increase of recreational activities in water has contributed to the transmission of waterborne diseases. The bathing parameters evaluated for human exposure in natural waters include bacteriological criteria. However the presence of virus is not considered. In this context, viruses excreted in feces of infected people are important contaminants of surface water due to the continuous discharge of domestic sewage.This study aims to evaluate the contamination by the main etiologic agents of viral acute gastroenteritis, group A rotavirus (RV-A) and norovirus (NV), in surface waters of the Rodrigo de Freitas Lagoon by detection, quantification and molecular characterization of these agents, correlating with the microbiological and physico- chemical standards for water quality. From August 2007 to July 2008, 2L of surface water were monthly collected at 12 sites, including 10 sites in the Rodrigo de Freitas Lagoon, one in the Macacos River, which flows into Lagoon, and one at Leblon Beach, where water Lagoon is drained, totalizing 144 samples. The samples were concentrated 1000X by an adsorption-elution method using a negatively charged membrane and reconcentrated to a final volume of 2mL in Centriprep ®YM-50 concentrator. RV-A and NV were detected and quantified by conventional and quantitative polymerase chain reaction (cPCR/qPCR) preceded by reverse transcription (RT). For the joint analysis of these methodologies RV-A and NV-GII were detected in 24,3% (35/144) and 18,8% (27/144) of the studied samples, respectively. Quantification of RV-A and NV-GII ranged from 3,34 to 4680 cg/100mL and 1,57 to 26,5 cg/100mL, respectively. The RV-A positive samples were characterized by partial sequencing of segment 6 (VP6) as subgroup I and I2 genotype according to the new classification proposed. E.coli was quantified using Colilert®-18Kit Quanti-Tray®/2000 in each collection site as bacterial standard of fecal contamination and 87.5% (126/144) of water samples analyzed were characterized as suitable for bath as established by legislation. RV-A and/or NV-GII were detected in 38,1% (48/126) of these samples, showing the presence of viruses in waters that are within the standards for acceptable E.coli and there was no association between this parameter and viral detection. Human adenoviruses (HuAdV) were investigated as possible viral markers of human fecal contamination and were detected in 16,7% (21/144) of the samples showing non-homogeneous distribution in relation to the results of E. coli, RV-A and NV-GII. Physico-chemical parameters, like salinity, temperature, pH, chlorine and turbidity, were determined in loco. It was demonstrated a non-homogeneous distribution of positive and negative samples between RV-A and turbidity and NV-GII and pH. Data obtained in this study emphasize the need for the establishment of viral parameters for the assessment of water quality and the need to provide viral detection protocols that lead to the adoption of measures to control environmental contamination by municipal and state authorities