Made available in DSpace on 2016-12-23T13:56:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao de Debora Maria Pires Goncalves Barreira.pdf: 7893356 bytes, checksum: 73f7565f4fa0af37c7e9308a6bf8d2dc (MD5) Previous issue date: 2008-12-19 / Noroviruses (NoVs) are a major etiological agent of sporadic acute gastroenteritis worldwide. The aim of this study were to detect, to quantify and to determine the genotype of NoVs from children up to three years old symptomatic (with gastroenteritis) and asymptomatic (without gastroenteritis), in the emergency room of Hospital Infantil Nossa Senhora Glória (HINSG), in Vitória-ES, between February 2003 and June 2004. NoVs were investigated by RT-PCR in a total of 319 fecal specimens from children up to three years old with (n=229) and without (n=90) acute diarrhea. NoVs were quantified by real time RT-PCR, sequenced and genotyped by phylogenetic analysis. NoVs were detected in 17% (40/229) and 13% (12/90) of symptomatic and asymptomatic children, respectively. Five NoVrotavirus A mixed infections were observed in symptomatic children. Out of the 52 positive strains, 51 were grouped as NoV GII and one as GI. Data from sequencing and phylogenetic analyses classified 20 strains into the following genotypes: GII/4 (9/13), GII/3 (1/13), GII/6 (2/13) and GII/14 (1/13) in symptomatic and GII/3 (6/7) and GII/8 (1/7) in asymptomatic children. The median RNA viral loads were 8.39 and 7.15 log10 copies/g of fecal specimens for symptomatic and asymptomatic children, respectively (p=0.011). NoV load was lower when it was present in a mixed infection with rotavirus A (p=0.0005). Vomiting and diarrhea were observed in 97.5% of the positive cases without association with viral load. This study demonstrates a great diversity of NoV strains circulating in this geographic area, and reports GII/8 and GII/14 in the American Continent for the first time. In addition, it confirms GII/4 as the most prevalent genotype in symptomatic children and identified GII/3 in an important frequency, especially in asymptomatic children. Furthermore, preliminary results show that symptomatic patients present a viral load that is significantly greater than asymptomatic children (p=0.011) and suggest that rotavirus A may have a suppressor effect on NoV replication when mixed infection occurs / Norovírus (NoVs) são importantes agentes etiológicos de gastroenterite aguda em todo o mundo. O objetivo deste estudo foi detectar, quantificar e determinar o genótipo de NoVs em crianças de até três anos de idade, sintomáticas (com gastroenterite aguda) e assintomáticas (sem gastroenterite aguda), atendidas no pronto socorro do Hospital Infantil Nossa Senhora Glória (HINSG), no período de fevereiro de 2003 a junho de 2004, na cidade de Vitória, Espírito Santo, Brasil. NoVs foram pesquisados por RT-PCR em um total de 319 amostras fecais de crianças com (n=229) e sem (n=90) sintomas de gastroenterite. RNA de NoVs foram quantificados por RT-PCR em tempo real, seqüenciados e submetidos a análise filogenética. NoVs foram detectados em 17% (40/229) e em 13% (12/90) de crianças sintomáticas e assintomáticas, respectivamente. Foram observadas cinco infecções mistas de NoV-rotavírus A nas crianças sintomáticas. Os genogrupos de NoVs foram caracterizados como: GII (51/52) e GI (1/52). Seqüenciamento e análises filogenéticas classificaram 20 cepas nos seguintes genótipos: 9 GII/4 (45%), 1 GII/3 (5%), 2 GII/6 (10%) e 1 GII/14 (5%) em crianças sintomáticas e 6 GII/3 (86%) e 1 GII/8 (14%) em crianças assintomáticas. A mediana da concentração de RNA viral foi de 8,39 versus 7,15 log10 cópias/g de fezes para crianças sintomáticas e assintomáticas, respectivamente (p=0,011). A concentração de NoVs foi menor quando presente em infecção mista com rotavirus (p=0,003). Vômito e diarréia foram observados em 97,5% dos casos positivos e não apresentaram associação com concentração viral. Este estudo demonstra uma grande diversidade de cepas de NoVs na área geográfica do estudo, evidencia GII/4 como o genótipo mais prevalente nas crianças sintomáticas e destaca GII/3 em uma importante frequência, especialmente em crianças assintomáticas. Ainda, revela os genótipos GII/8 e GII/14 pela primeira vez no continente americano. Os resultados preliminares mostram uma concentração fecal de NoVs em pacientes sintomáticos significantemente maior do que em pacientes assintomáticos e sugere que os rotavírus A podem ter uma ação supressora na replicação de NoVs quando ocorre em infecção mista

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Departamento de Biologia Celular, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2017. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2017-10-24T15:42:17Z No. of bitstreams: 1 2017_KarolinedosAnjos.pdf: 13759442 bytes, checksum: 67f82fbe592b08b0f37f08cd9aafb104 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-10-25T16:20:11Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_KarolinedosAnjos.pdf: 13759442 bytes, checksum: 67f82fbe592b08b0f37f08cd9aafb104 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-25T16:20:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_KarolinedosAnjos.pdf: 13759442 bytes, checksum: 67f82fbe592b08b0f37f08cd9aafb104 (MD5) Previous issue date: 2017-10-25 / Os calicivírus humanos são os principais causadores de gastroenterites no mundo, atualmente. No entanto, por não possuírem ainda um sistema de replicação viral in vitro, diferentes abordagens são desenvolvidas para que se possa obter maiores informações a cerca da biologia desses vírus. A análise ambiental tem demonstrado que assim como os demais vírus entéricos, as partículas dos calicivírus humanos são resistentes e são passíveis de serem detectados a partir de metodologias como RT-PCR em diferentes amostras. No Capítulo I desta tese utilizou-se a tecnologia de Next Generation Sequencing para a avaliação da população viral encontrada em um esgoto urbano coletado na Estação de Tratamento de Esgoto Norte, Brasília, DF, Brasil, com intuito de se determinar quais possíveis vírus humanos estariam circulando na população do Distrito Federal. Além de vírus humanos, foram encontrados vírus animais, vegetais e de insetos nas amostras analisadas. No entanto apenas os vírus com hit para entéricos causadores de doença humana tiveram seu genoma completo montado. Dentre os achados pelo menos três genótipos de sapovírus foram encontrados, assim como o novo genótipo epidêmico de norovírus GII.17 e, um vírus novo descrito como astrovirus-tipo, o bastrovirus. No Capítulo II seis diferentes genótipos de norovírus pouco detectados foram utilizados para expressar o domínio protuberante (P) do capsídeo, com intuito de se comparar e compreender possíveis mudanças estruturais e nucleotidícas em relação ao genótipo mais prevalente (GII.4). Como resultados as estruturas cristalizadas de domínio P de norovírus GII.21, GII.22 e GII.22 ligada a fucose, que é um açúcar precursor na diferenciação de HBGA (histo-blood group antigens) foram resolvidas. Por fim, no Capítulo III, um clone contendo o cDNA referente ao genoma do sapovírus BR01 foi construído. O uso de microscopia confocal a laser e citometria de fluxo confirmaram a funcionalidade do clone pela positividade de reação entre as células transfectadas e o anticorpo anti-P2 (subdomínio de VP1). Futuros experimentos poderão validar o uso desse clone como ferramenta para genética reversa. / Human caliciviruses are the main cause of gastroenteritis in the world today. However, because they do not have a viral multiplication system in cell culture, different approaches are developed so that more information can be obtained about the biology of these viruses. Environmental analysis has shown that, like other enteric viruses, human calicivirus particles are resistant and can be identified from methodologies such as RTPCR in water or food samples. In Chapter I of this thesis was used the Next Generation Sequencing technology to evaluate the viral population found in an urban sewage collected in the North Waste Water Treatment, Brasilia, DF, Brazil, in order to determine which possible human viruses would be circulating in the population of the Federal District. In addition to human viruses, animal, plant and insect viruses were found in the samples analyzed. However only the hit viruses for enteric-causing human disease had their complete genome assembled. Among the findings, at least three sapovirus genotypes were found, as well as the novel genotype of norovirus GII.17 and, a novel virus described as astrovirus-type, bastrovirus. In Chapter II, six different genotypes of undetected norovirus were used to express the protruding (P) capsid domain, in order to compare and understand possible structural and nucleotid changes in relation to the most prevalent genotype (GII.4). As results the crystallized P domain structures of norovirus GII.21, GII.22 and GII.22 linked to fucose, which is a precursor sugar in the differentiation of HBGA (histo-blood group antigens) were resolved. Finally, in Chapter III, a clone containing the cDNA for the genome of sapovirus BR01 was constructed. The use of laser confocal microscopy and flow cytometry confirmed the functionality of the clone by the reactivity positivity between the transfected cells and the anti-P2 antibody (subdomain of VP1). Future experiments could validate the use of this clone as a tool for reverse genetics.

Made available in DSpace on 2016-09-27T13:39:59Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-10-29. Added 1 bitstream(s) on 2016-09-27T13:45:07Z : No. of bitstreams: 1 000870610.pdf: 912715 bytes, checksum: fd85044be54e4bd25cdd15279986ef8a (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Until now, the disease caused by the canine coronavirus (CCoV) was not fully elucidated, the CCoV role in the pathogenesis of the illness is not quite established. Only after the SARS (Severe Acute Respiratory Syndrome) appearance in human beings caused by a coronavirus in 2002, isolated of a wild mammal, many studies were developed with coronavirus of different species in search of circulating variants. Few studies had reported the presence of CCoV and his variability's in Brazil. Viral enteritis are responsible by high morbidity taxes and mortality in the small animals clinic and, although there are several etiologic agents described, the CCoV and the CPV are not yet considered a major cause of acute gastroenteritis pathogens in young dogs. For the present study, were collected 100 stool samples from dogs attended in a veterinary hospital routine with clinical signs of gastroenteritis (hemorrhagic or not). The CCoV and CPV RNA were amplified in the tested samples. Some of the by-products from the CPV amplification were purified, sequenced, aligned and subjected to the GenBank for the detection of CPV-2c and characterization of CCoV. The CCoV was present in 6% of the analyzed samples, while CPV-2a was identified in 43% of samples and CPV-2b in 18% of the total. A sample pool submitted to the sequencing and filogenetic analysis identified the CPV-2c, reveling that the new variant is already present in Araçatuba - SP. The phylogenetic analyses for CCoV revealed that the studied samples belong to the Subtype CCoV-IIa (pantropic), strengthening the agent identification importance in the canine population, once that the actual available vaccines don't have the new variants so that the dogs from Brazil are susceptible to severe outbreaks, as described in other countries. / FAPESP: 2013/249514

Resumo:Até o momento, a doença causada pelo coronavirus canino (CCoV) não foi totalmente elucidada, e o papel que o CCoV desempenha na patogenia da enfermidade não está bem estabelecido. Somente após o aparecimento da SARS (Síndrome Respiratória Aguda) em seres humanos causada por um coronavirus em 2002 isolado de um mamífero selvagem, foram desenvolvidos vários estudos com coronavirus de diversas espécies na busca de variantes circulantes. Poucos estudos têm reportado a presença dos CCoV e suas variabilidades no Brasil. Enterites virais são responsáveis por altas taxas de morbidade e mortalidade na clínica de pequenos animais e, embora existam diversos agentes etiológicos descritos, o CCoV e o CPV ainda são considerados uns dos principais patógenos causadores de gastroenterite aguda em cães jovens. Para o presente estudo, foram colhidas 100 amostras de fezes de cães atendidos em uma rotina hospitalar veterinária com sinais clínicos de gastroenterite (hemorrágica ou não). Foram amplificados RNA do CCoV e o DNA do CPV nas amostras testadas. Alguns dos produtos da amplificação para CPV foram purificados, sequenciados, alinhados e submetidos ao GenBank para detecção do CPV-2c e caracterização do CCoV. O CCoV mostrou-se presente em 6% das amostras analisadas, enquanto o CPV-2a foi identificado em 43% das amostras e o CPV- 2b em 18% do total. Um pool de amostras submetidas ao sequenciamento e análise filogenética identificou o CPV-2c, revelando que a nova variante já está presente em Araçatuba - SP. A análise filogenética para o CCoV evidenciou que as amostras analisadas pertencem ao subtipo CCoV-IIa (pantrópica), reforçando a importância da identificação desse agente na população canina, uma vez que as vacinas disponíveis atualmente não possuem as novas variantes e de modo que os cães do Brasil estão susceptíveis a graves surtos, como já descritos em outros países / Abstract:Until now, the disease caused by the canine coronavirus (CCoV) was not fully elucidated, the CCoV role in the pathogenesis of the illness is not quite established. Only after the SARS (Severe Acute Respiratory Syndrome) appearance in human beings caused by a coronavirus in 2002, isolated of a wild mammal, many studies were developed with coronavirus of different species in search of circulating variants. Few studies had reported the presence of CCoV and his variability's in Brazil. Viral enteritis are responsible by high morbidity taxes and mortality in the small animals clinic and, although there are several etiologic agents described, the CCoV and the CPV are not yet considered a major cause of acute gastroenteritis pathogens in young dogs. For the present study, were collected 100 stool samples from dogs attended in a veterinary hospital routine with clinical signs of gastroenteritis (hemorrhagic or not). The CCoV and CPV RNA were amplified in the tested samples. Some of the by-products from the CPV amplification were purified, sequenced, aligned and subjected to the GenBank for the detection of CPV-2c and characterization of CCoV. The CCoV was present in 6% of the analyzed samples, while CPV-2a was identified in 43% of samples and CPV-2b in 18% of the total. A sample pool submitted to the sequencing and filogenetic analysis identified the CPV-2c, reveling that the new variant is already present in Araçatuba - SP. The phylogenetic analyses for CCoV revealed that the studied samples belong to the Subtype CCoV-IIa (pantropic), strengthening the agent identification importance in the canine population, once that the actual available vaccines don't have the new variants so that the dogs from Brazil are susceptible to severe outbreaks, as described in other countries. / Orientador:Tereza Cristina Cardoso da Silva / Banca:Roberto Gameiro de Carvalho / Banca:Andrea Fontes Garcia / Mestre

Os vírus entéricos causam infecções que podem ocasionar uma alta morbidade e mortalidade em cães. A diarreia se destaca como o principal sinal clínico e a subsequente desidratação pode causar a morte do animal. O Carnivore protoparvovirus 1 (CPV-2), Canine mastadenovirus A tipo 1 (CAdV-1), o Canine coronavirus (CCoV), o Canine rotavirus (CRV) e o Canine distemper virus (CDV) são considerados os principais agentes que causam gastroenterite viral aguda em cães jovens. O objetivo deste trabalho foi detectar a presença destas cinco espécies virais na população de cães do Brasil. Para isto, foram coletados 325 suabes retais de cães com ou sem diarreia, jovens (> 6 meses) e adultos (< 6 meses), com ou sem histórico de vacinação e de diversas regiões do Brasil. As amostras foram analisadas através da reação em cadeia da polimerase (PCR) ou transcrição reversa seguida de PCR (RT-PCR) utilizando iniciadores específicos para cada um dos agentes virais. Resultaram 81% (264/325) das amostras positivas para um destes vírus, das quais 30,7% (100/325) foram positivas para o CPV-2, 25,5% (83/325) para o CDV, 17,2% (56/325) para o CCoV, 4,6% (15/325) para o CRV e 2,7% (9/ 325) para o CAdV-1. Algumas amostras apresentaram co-infecções, sendo que as espécies mais predominantemente encontradas em co-infecções foram o CDV e CPV-2 em 15,4% (50/325) e 15,0% (49/325), respectivamente, seguidos do CCoV em 10,1% (33/325,), CRV em 3,0% (10/325) e CAdV-1 em 1,5% (5/325) das amostras. A associação viral mais observada foi CDV e CPV-2 em 31/325 (9,5%) amostras positivas para ambos os vírus. Em conclusão, os resultados demonstram que CPV-2, CDV e CCoV são os principais vírus entéricos patogênicos que circularam no Brasil entre os anos de 2008 e 2014, infectando mais frequentemente animais jovens. / Enteric viruses cause infections that lead to high morbidity and mortality. Diarrhea is the main clinical sign, whose subsequent dehydration can cause death of the animal. Carnivore protoparvovirus 1 (CPV-2), Canine mastadenovirus A (CAdV-1), Canine coronavirus (CCoV), Canine rotavirus (CRV) and Canine distemper virus (CDV) are considered the main agents that cause acute viral gastroenteritis in young dogs. The aim of this study was the detection of these five viral species in dogs from Brazil. Rectal swabs from 325 dogs, puppies (< six months old), adult dogs (> 6 months old), with or without a history of vaccination, were collected from various regions of the country. The samples were analyzed by polymerase chain reaction (PCR) or reverse transcription following followed by PCR (RT-PCR) using oligonucleotides specific for each one of this virus. As result, 81% (264/325) of the samples were observed to be positive for at least one virus, 30,7% (100/325) were positive for CPV-2, 25,5% (83/325) for CDV, 17,2% (56/325) for CCoV, 4,6% (14/325) for CRV and 2,7% (9/325) for CAdV-1. Some samples showed co-infection, where the species most predominantly found were CDV and CPV-2 with 15,4% (50/325) and 15,0% (49/325), respectively, followed by CCoV with 10,1% (33/325,), CRV with 3,0% (10/325) and CAdV-1 1,5% (5/325). The most observed viral association was CDV and CPV-2, with 31/325 (9,5%) positive samples for both viruses. In conclusion, the results showed that CPV-2, CDV and CCoV are the main pathogenic enteric viruses that circulated in Brazil between the years 2008 and 2014, infecting more frequently puppies.

O objetivo deste trabalho foi caracterizar astrovírus em amostras fecais coletadas de crianças com e sem diarréia, em São Paulo, Brasil, e divididas em dois grupos, EPM e HU, de acordo com a origem. A detecção foi realizada utilizando-se RT-PCR, com primers específicos. Os resultados para as amostras EPM mostram que 66/234 (28,2%) foram positivas para astrovírus. Para as amostras HU, 18/187 (9,6%) foram positivas. A genotipagem foi realizada com a técnica de nested/RT-PCR. De 66 amostras positivas (EPM), 19 (28,7%) foram caracterizadas como HAstV-1, 4 (6,0%) como HAstV-2, 2 (3,0%) como HAstV-3, 1 (1,5%) como HAstV-5 e 3 (4,5%) como HAstV-8. Das 18 positivas do HU, 1 (5,5%) amostra foi caracterizada como HAstV-1, 7 (38,8%) como HAstV-2 e 1 (5,5%) como HAstV-8. As amostras genotipadas em ambos os grupos foram submetidas ao seqüenciamento de nucleotídeos para confirmação dos resultados. Detecção e genotipagem de astrovírus em casos de diarréias pediátricas são técnicas são importantes e descrevem como esse vírus está circulando em São Paulo, Brasil. / The purpose of this study was to characterize astrovirus in faecal samples collected from children with and without diarrhea in São Paulo city, Brazil, and grouped into two distinct groups, EPM and HU. Detection was carried out using RT-PCR with specific primers. Results for EPM set showed that 66/234 (28,2%) were positive. In the HU set of samples, 18/187 (9,6%) were positive for astrovirus. Genotyping was carried out with nested/RT-PCR. Out of 66 astrovirus positive EPM samples, 19 (28,7%) were characterized as HAstV-1, 4 (6,0%) as HAstV-2, 2 (3,0%) as HAstV-3, 1 (1,5%) as HAstV-5 and 3 (4,5%) as HAstV-8. Among 18 astrovirus positive HU samples, 1 (5,5%) was characterized as HAstV-1, 7 (38,8%) as HAstV-2 and 1 (5,5%) as HAstV-8. Genotyped samples were confirmed by nucleotide sequencing. Detection and genotyping of astrovirus in pediatric diarrhea are important and describes how this virus is circulating in São Paulo, Brazil.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Acute diarrhea is one of the most common infectious diseases and still one of the leading causes of morbidity and mortality in the pediatric world, a global public health problem. Several efforts have been made over the years to reduce infant mortality, despite the commitment of diarrhea still occupy a significant space of malnutrition in children under 5 years. A wide spectrum of enteric pathogens can cause acute childhood diarrhea, among which we can mention Rotavirus, Norovirus and Cryptosporidium spp. Rotavirus is one of the most important. Currently two live attenuated live Rotavirus vaccines have been licensed and are available globally: a human monovalent strain (RV1) (Rotarix®, GlaxoSmithKline Biologicals) and a pentavalent bovine-human rearrangement (RV5) (Rotateq®). Brazil was one of the first countries to integrate the vaccine into its national immunization program (2006), and it was possible to observe significant improvements in reducing infant mortality and hospitalizations for diarrheal diseases in children from Rotavirus. However, diarrhea continues to be a serious health problem, and can be avoidable and treatable. Several etiological agents may be related to these intestinal infections and deserve to be investigated. The objective of this study was to verify the presence of the three etiological agents Cryptosporidium spp., Rotavirus and Norovirus, associated with diarrhea in children aged 0 to 11 years old, attended at Sergipe Emergency Hospital (HUSE). The samples were tested by Elisa for Cryptosporidium spp and Rotavirus for fecal antigen detection and reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) for Norovirus detection. A total of 92 diarrheic stool specimens were analyzed, of which 62% were positive for one of the pathogens studied, 49% positive for Norovirus, 10% for Rotavirus, 4% for Crysptoporidium spp and 37% of diarrheal samples were not positive for any enteropathogen studied. Norovirus was the main cause of childhood diarrhea in the period studied, with predominance (98%) of the GII genotype. The most affected age group were children younger than 24 months. Infections have shown similar symptoms. Complementary studies are needed to discover other etiological agents involved in gastroenteritis in the State of Sergipe, since a significant number of children with diarrhea did not present positivity to any of the pathogens studied. / A diarreia aguda é uma das doenças infecciosas mais comuns e ainda uma das principais causas de morbidade e mortalidade no mundo pediátrico, um problema global de saúde pública. Diversos esforços vêm sendo realizados no decorrer dos anos para redução da mortalidade infantil, apesar do empenho as diarreias ainda ocupam um significativo espaço da desnutrição em menores de 5 anos. Um amplo espectro de patógenos entéricos pode provocar a diarreia infantil aguda, dentre esses podemos citar os Rotavírus, Norovírus e Cryptosporidium spp, sendo o Rotavírus um dos mais importantes. Atualmente duas vacinas orais contra o Rotavírus, de vírus vivos atenuados foram licenciadas e estão disponíveis globalmente: uma cepa monovalente humana (RV1) (Rotarix®, GlaxoSmithKline Biologicals) e um rearranjo bovino-humano pentavalente (RV5) (Rotateq®). O Brasil foi um dos primeiros países a integrar a vacina em seu programa nacional de imunizações (2006), e foi possível observar melhorias significativas na redução da mortalidade infantil e nas hospitalizações por doenças diarreicas em crianças decorrentes de Rotavírus. No entanto, as diarreias continuam sendo um grave problema de saúde, podendo ser evitável e tratável. Diversos agentes etiológicos podem estar relacionados a essas infecções intestinais e merecem ser investigados. O objetivo desse estudo foi verificar a presença dos três agentes etiológicos Cryptosporidium spp., Rotavírus e Norovírus, associados aos quadros de diarreia aguda em crianças de 0 a 11 anos atendidas no Hospital de Urgência de Sergipe (HUSE). As amostras foram testadas por Elisa para Cryptosporidium spp e Rotavírus, para detecção de antígenos nas fezes, e reação de cadeia em polimerase após transcrição reversa (RT-PCR) para detecção de Norovírus. Foram analisadas 92 amostras de fezes diarreicas das quais 62% apresentaram positividade para um dos patógenos estudados, 49% positivos para Norovírus, 10% para Rotavírus, 4% para Crysptoporidium spp e 37% das amostras diarreicas não apresentaram positividade para nenhum enteropatógeno estudado. Norovírus foi o principal causador da diarreia infantil no período estudado, com predominância (98%) do genótipo GII. A faixa etária mais acometida foi de crianças menores de 24 meses. As infecções demonstraram sintomas semelhantes. Estudos complementares são necessários para descobrir outros agentes etiológicos envolvidos em gastroenterites do Estado de Sergipe, visto que uma quantidade significativa de crianças com diarreia não apresentou positividade para nenhum patógeno estudado. / São Cristóvão, SE

Made available in DSpace on 2016-01-26T18:55:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Thiago Mariani.pdf: 242649 bytes, checksum: a75685740b7af91a43aa27e9d0a87b10 (MD5) Previous issue date: 2013-04-24 / We investigated the risk factors to the excretion of Escherichia coli in a population of 149 dogs with and without clinical gastroenteritis profile attended and kept under internment in the Hospital Veterinário do Centro Universitário da Grande Dourados - Unigran Dourados, MS, from July of 2010 to July of 2011. The investigation was carried out through the analysis of the medical records, of the fecal culture and the results of the antibiograms. From the 149 evaluated cases, 28% (42 isolated lineages) showed positive isolation for E. coli. From the 42 isolated lineages, 20 were from dogs with diarrhea and 22 from non diarrheal dogs. Among the risk factors associated to the fecal excretion of E. coli just the feeding was significant (p<0.05), throughout the observation of dogs which consumed human food showed 2.27 times more chances to excrete the agent. From the analysis of the antibiograms we elaborated a resistance phenotype with predominance of resistant lineages to amoxicillin, ampicillin, azithromycin, sulfonamides and tetracyclines. The phenotypes data for sensibility and resistance to enrofloxacin and ciprofloxacin were concordant in 41 (97.6%) from the 42 isolated. Similar data were observed to ampicillin and amoxicillin, that showed concordant results to 40 (95.2%) from 42 isolated. We concluded that hospitalized dogs can excrete E. coli multiresistant to the environment. / Foram investigados os fatores de risco para excreção de Escherichia coli em uma população de 149 cães com e sem quadro de gastroenterite atendidos e mantidos sob internação no Hospital Veterinário do Centro Universitário da Grande Dourados - Unigran Dourados/MS, no período de julho de 2010 a julho de 2011. A investigação se deu através da análise dos prontuários, das culturas fecais e do resultado dos antibiogramas. Dos 149 casos avaliados, 28% (42 linhagens isoladas) apresentaram isolamento positivo para E.coli. Das 42 linhagens isoladas, 20 foram provenientes de cães com diarréia e 22 de cães não diarréicos. Entre os fatores de risco associados a excreção fecal de E. coli apenas a alimentação fora significativa (p<0,05), através da observação de que cães que consumiam comida humana apresentaram 2,27 vezes mais chances de excretar o agente. A partir da análise dos antibiogramas elaborou-se um fenótipo avaliando os perfis de resistência. Observou-se 26 padrões fenotípicos de resistência com predominância das linhagens resistentes a amoxicilina, ampicilina, azitromicina, sulfonamidas e tetraciclinas. Os dados fenotípicos para sensibilidade e resistência frente ao enrofloxacino e ciprofloxacino foram concordantes em 41 (97,6%) dos 42 isolados. Dados similares foram observados para a ampiclina e amoxicilina, que apresentaram resultados concordantes para 40 (95,2%) dos 42 isolados. Concluiu-se que cães hospitalizados podem excretar E. coli multirresistente para o ambiente.

Made available in DSpace on 2016-07-18T17:53:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Thiago Mariani.pdf: 242649 bytes, checksum: a75685740b7af91a43aa27e9d0a87b10 (MD5) Previous issue date: 2013-04-24 / We investigated the risk factors to the excretion of Escherichia coli in a population of 149 dogs with and without clinical gastroenteritis profile attended and kept under internment in the Hospital Veterinário do Centro Universitário da Grande Dourados - Unigran Dourados, MS, from July of 2010 to July of 2011. The investigation was carried out through the analysis of the medical records, of the fecal culture and the results of the antibiograms. From the 149 evaluated cases, 28% (42 isolated lineages) showed positive isolation for E. coli. From the 42 isolated lineages, 20 were from dogs with diarrhea and 22 from non diarrheal dogs. Among the risk factors associated to the fecal excretion of E. coli just the feeding was significant (p<0.05), throughout the observation of dogs which consumed human food showed 2.27 times more chances to excrete the agent. From the analysis of the antibiograms we elaborated a resistance phenotype with predominance of resistant lineages to amoxicillin, ampicillin, azithromycin, sulfonamides and tetracyclines. The phenotypes data for sensibility and resistance to enrofloxacin and ciprofloxacin were concordant in 41 (97.6%) from the 42 isolated. Similar data were observed to ampicillin and amoxicillin, that showed concordant results to 40 (95.2%) from 42 isolated. We concluded that hospitalized dogs can excrete E. coli multiresistant to the environment. / Foram investigados os fatores de risco para excreção de Escherichia coli em uma população de 149 cães com e sem quadro de gastroenterite atendidos e mantidos sob internação no Hospital Veterinário do Centro Universitário da Grande Dourados - Unigran Dourados/MS, no período de julho de 2010 a julho de 2011. A investigação se deu através da análise dos prontuários, das culturas fecais e do resultado dos antibiogramas. Dos 149 casos avaliados, 28% (42 linhagens isoladas) apresentaram isolamento positivo para E.coli. Das 42 linhagens isoladas, 20 foram provenientes de cães com diarréia e 22 de cães não diarréicos. Entre os fatores de risco associados a excreção fecal de E. coli apenas a alimentação fora significativa (p<0,05), através da observação de que cães que consumiam comida humana apresentaram 2,27 vezes mais chances de excretar o agente. A partir da análise dos antibiogramas elaborou-se um fenótipo avaliando os perfis de resistência. Observou-se 26 padrões fenotípicos de resistência com predominância das linhagens resistentes a amoxicilina, ampicilina, azitromicina, sulfonamidas e tetraciclinas. Os dados fenotípicos para sensibilidade e resistência frente ao enrofloxacino e ciprofloxacino foram concordantes em 41 (97,6%) dos 42 isolados. Dados similares foram observados para a ampiclina e amoxicilina, que apresentaram resultados concordantes para 40 (95,2%) dos 42 isolados. Concluiu-se que cães hospitalizados podem excretar E. coli multirresistente para o ambiente.

Os norovírus (NV) são uma importante causa de hospitalização infantil. Crianças internadas por gastroenterite por NV (GENV) são consideradas portadoras de diarreia grave. O objetivo desse estudo, realizado na cidade do Rio de Janeiro, Brasil, é descrever as características clínicas e a frequência da diarreia por NV em crianças hospitalizadas, comparando as taxas de detecção de NV em crianças vacinadas e não vacinadas contra rotavírus (Rotarix). Foram coletadas 659 amostras de fezes de igual número de crianças e encaminhadas para análise pela reação em cadeia pela polimerase, precedida de transcrição reversa no período de janeiro de 2004 a dezembro de 2009. O percentual de amostras positivas para os NV foi de 27,3% nesse período. Das 180 amostras positivas para NV, 55% tiveram origem na comunidade (aqCo) e 45% foram de aquisição nosocomial (aqNo). O percentual de GENV nos dois anos anteriores (2004 e 2005) à introdução da vacina Rotarix foi de 28,3%, sendo 11,3% o percentual de amostras aqCo. Nos dois anos posteriores (2008 e 2009), a GENV significou 24,4%, e as amostras aqCo foram 14,9% (p<0,05). Em 647 crianças, 494 não receberam a vacina Rotarix, enquanto 151 crianças receberam, pelo menos, uma dose. O percentual de GENV foi de 23,8% e 39,7%, respectivamente (p<0,05). Apesar do comportamento sazonal dos casos de GENV aqCo, esse fato não teve significância estatística. Das 180 crianças, 61,6% tinham peso &#8804; p10 do NCHS, 82,2% tinham idade &#8804; 5anos. As crianças com idade &#8804; 2 anos foram mais acometidas nos casos de aqCo do que àquelas de aqNo (p<0,05). Foram observados em 82 crianças: vômitos (73,2%), febre (54,9%), tosse (20,7%), coriza (2,2%), sangue nas fezes (8,5%), erupção cutânea (4,9%) e broncoespasmo (7,3%). Houve significância estatística com relação à frequência maior de febre, coriza, tosse e broncoespasmo nas crianças com GENV de aqCo do que naquelas de aqNo (p<0,05). De 69 crianças, 73,9% apresentaram desidratação e, dessas, 76,5% necessitaram de hidratação venosa. Esses dados tiveram significância estatística, representada por maiores percentuais nas crianças com GENV de aqCo do que naquelas de aqNo (p<0,05). Esse estudo demonstra que os NV foram um importante agente etiológico nos casos de gastroenterites em crianças hospitalizadas e responsável por altas taxas de infecções nosocomiais. Estatisticamente, não foi comprovada uma tendência de aumento dos casos de GENV no período do estudo, como também do aumento da frequência de GENV nos anos posteriores em relação aos anos anteriores à introdução da vacina Rotarix no Brasil em 2006. No entanto, houve significância estatística quando foi avaliado o percentual de GENV em crianças hospitalizadas vacinadas e não vacinadas contra RV. Um aumento dos casos de GENV em crianças poderá vir a acontecer nos próximos anos, quando é esperado que um número maior de crianças será vacinado contra RV. Tosse, coriza e broncoespasmo são sintomas que devem ser mais detalhadamente investigados. Estratégias de prevenção contra a disseminação dos NV são condutas importantes em unidades de internação. Uma vacina eficaz contra norovírus pode ser um benefício significativo para reduzir o percentual de crianças hospitalizadas por diarreia. / Noroviruses (NV) are a major cause of infant hospitalization. Children hospitalized for gastroenteritis NV (NVGE) are considered to have severe diarrhea. The purpose of this study, conducted in the city of Rio de Janeiro, Brazil, is to describe the clinical characteristics and frequency of norovirus diarrhea in hospitalized children, comparing the rates of detection of NV in vaccinated and unvaccinated children against rotavirus (RV). We collected 659 fecal samples from equal numbers of children and sent for analysis by polymerase chain reaction, reverse transcription from January 2004 to December 2009. The percentage of samples positive for NV was 27.3% in this period. Of the 180 samples positive for NV, 55% meant source community (Coaq) and 45% of nosocomial acquisition (Noaq). The percentage of NVGE the previous two years (2004 and 2005) the introduction of the vaccine against RV was 28.3% and 11.3% represented the percentage of samples Coaq. In the two subsequent years (2008 and 2009), NVGE meant to 24.4%, and the samples were Coaq 14.9% (p <0.05). In 647 children, 494 received no vaccine against RV while 151 children received at least one dose. The percentage of NVGE was 23.8% and 39.7%, respectively (p <0.05). Despite the seasonal behavior of NVGE aqCo cases, this did not reach statistical significance. Of the 180 children, 61.6% had weight &#8804; p10 NCHS, 82.2% were aged &#8804; 5 years old. Children aged &#8804; 2 years were most affected in cases of Coaq than those of Noaq (p <0.05). Were observed in 82 children: vomiting (73.2%), fever (54.9%), cough (20.7%), coryza (2.2%), blood in stools (8.5%), rash (4.9%) and bronchospasm (7.3%). There was statistical significance with respect to the higher frequency of fever, coryza, coughing and wheezing in children with NVGE of Coaq than those of Noaq (p <0.05). Of 69 children, 73.9% had dehydration and of these, 76.5% required intravenous hydration. These data were statistically significant, represented by the highest percentage of children with NVGE of Coaq than those of Noaq (p <0.05). This study demonstrates that the NV were an important etiologic agent in cases of gastroenteritis in hospitalized children and responsible for high rates of nosocomial infections. Statistically, , it was not shown a tendency to increase in cases of NVGE during the study period, as well as the increased frequency NVGE in later years relative to years prior to the introduction of RV vaccine in Brazil. However, statistical significance was assessed as the percentage of NVGE in hospitalized children vaccinated and unvaccinated against RV. An increase in cases of children in NVGE could happen in the next few years, when it is expected that a greater number of children will be vaccinated against RV. Cough, coryza and wheezing are symptoms that should be further investigated. Strategies for preventing the spread of NV are important conduits in inpatient units. An effective vaccine against norovirus can be a significant benefit to reduce the percentage of children hospitalized for diarrhea.