Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-02-18T18:47:44Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AnaliseFilogeograficaPopulacional.pdf: 1229494 bytes, checksum: bbdef6a2e0554938f7ac3340147b0bfe (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-02-25T12:31:33Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AnaliseFilogeograficaPopulacional.pdf: 1229494 bytes, checksum: bbdef6a2e0554938f7ac3340147b0bfe (MD5) / Made available in DSpace on 2013-02-25T12:31:33Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AnaliseFilogeograficaPopulacional.pdf: 1229494 bytes, checksum: bbdef6a2e0554938f7ac3340147b0bfe (MD5) Previous issue date: 2012 / O gênero Corythopis pertence à família Rhynchocyclidae e agrupa vários táxons sobre cujos limites e validade ainda deixam dúvidas, o que gera incertezas quanto a real quantidade de unidades evolutivas diagnosticáveis dentro do grupo. Esse gênero possui duas espécies reconhecidas: Corythopis delalandi, monotípica e distribuída nos biomas Mata Atlântica e Cerrado; e C. torquatus (endêmica da Amazônia), na qual são reconhecidas três formas, caracterizadas e distinguíveis uma das outras pelo padrão de tons de marrom na cabeça: C. t. torquatus Tschudi, 1844; C. t. anthoides (Pucheran, 1855) e C. t. sarayacuensis Chubb, 1918. O objetivo deste estudo é tentar reconstruir os contextos temporais e espaciais do processo de diversificação das diferentes linhagens evolutivas de Corythopis, possibilitando inferências sobre a história evolutiva e limites inter e intraespecíficos do grupo. Foram realizadas análises filogeográficas (ML e IB) e populacionais com base em um marcador mitocondrial (ND2), além de uma árvore de espécies com dois marcadores nucleares (MUSK e βf5) e um mitocondrial (ND2). De acordo com os resultados observados, existem cinco filogrupos principais em Corythopis, endêmicos das seguintes regiões (áreas de endemismo): 1- Xingu, Tapajós e Rondônia (norte; a leste do rio Jiparaná); 2- Napo; 3- Guiana; 4- Inambari e Rondônia (sul, a oeste do rio Jiparaná) e 5- Mata Atlântica. Os resultados das análises filogenéticas e populacionais indicaram a existência de dois clados reciprocamente monofiléticos sustentados por altos apoios de bootstrap (>80%) e probabilidades posteriores (> 0.95), concordando desse modo com a taxonomia atual para o gênero Corythopis, que reconhece uma espécie biológica na Amazônia (C. torquatus) e outra na Mata Atlântica e Cerrado. A árvore de espécie concorda com as demais análises, mostrando que existem apenas duas linhagens reciprocamente monofiléticas em Corythopis bem apoiadas estatisticamente: C. torquatus (F1, F2, F3 e F4) e C. delalandi (F5), reforçando o seu status como espécies biológicas independentes. O padrão biogeográfico de separação entre os diferentes filogrupos Amazônicos de Corythopis é bem diferente daquele reportado até hoje para diferentes linhagens de aves Amazônicas, onde os eventos iniciais de separação envolveram populações dos escudos brasileiros e das Guianas. / The genus Corythopis, family Rhynchocyclidae, has several taxa whose limits and validity are still doubtful, generating uncertainty about the actual amount of diagnosable evolutionary units within the group. This genus has two species: Corythopis delalandi, monotypic and distributed in the Atlantic Forest and Cerrado biomes, and C. torquatus (endemic to Amazonia), in which three forms are recognized, characterized and distinguished from each other by the pattern of shades of brown on the head: C. t. torquatus Tschudi, 1844; C. t. anthoides (Pucheran, 1855), and C. t. sarayacuensis Chubb, 1918. The objective of this study is to reconstruct the temporal and spatial contexts of the diversification of the genus Corythopis, allowing inferences about the evolutionary history and inter and intraespecific boundaries of the group. We performed phylogeographic (ML and IB) and population genetics analyzes based on a mitochondrial marker (ND2), and estimated a species tree for lineages within Corythopis with two nuclear (MUSK and βf5) and mitochondrial (ND2) markers. According to the results observed, there are five main filogroups of Corythopis endemic to the following regions (neotropical areas of endemism): 1- Xingu, Tapajós e Rondônia (north; east of the Jiparaná); 2- Napo; 3- Guiana; 4- Inambari e Rondônia (south, west of the river Jiparaná) e 5- Mata Atlântica. The results of phylogenetic and population genetics analyzes indicated the existence of two reciprocally monophyletic clades supported by high bootstrap support (>80%) and posterior probabilities (> 0.95), thus agreeing with the current taxonomy of the genus Corythopis, which recognizes an Amazonian (C. torquatus) and an Atlantic Forest / Cerrado biological species. The species tree agrees with the other analyzes showing that there are only two reciprocally monophyletic lineages in Corythopis with high statistical support: C. torquatus (F1, F2, F3 e F4) and C. delalandi (F5), reinforcing their status as independent biological species. The biogeographic pattern of separation between the different filogroups of Corythopis in the Amazon is quite different from that reported to date for different lineages of Amazonian birds, whereby the initial separation events involved populations from the Brazilian and Guianan shields.

Made available in DSpace on 2016-04-28T14:16:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Jose Franco Monte Siao.pdf: 1556513 bytes, checksum: 635978cf87b4bf4ee8d7f5ca3319ec43 (MD5) Previous issue date: 2008-05-07 / Secretaria da Educação do Estado de São Paulo / The Ukrainian geneticist Theodosius Dobzhansky (1900-1975) made several visits to Brazil and for four times interacted with the group leaded by Prof. André Dreyfus (1897-1952), of the University of São Paulo. The partnership between Dobzhansky and Brazilian researchers was marked by the development of a project which lasted about twenty years and was supported by the Rockfeller Foundation. The first aim of this dissertation is to evaluate the impact made by Dobzhansky s four visits on the studies of genetics and evolution developed by the Brazilian group. The second aim is to analyse the scientific and extra-scientific factors which lead to the decrease of Brazilian and Dobzhansky s publications related to the subject of the project as well as the end of their partnership. The period considered is from 1943 to 1960. This dissertation contains an introduction and five chapters. The first chapter presents a general view of the scientific context of the period, an overview of Dobzhansky s career and of genetics in Brazil. The second chapter tries to analyse the impact made by Dobzhansky s visits on the studies developed by Dreyfus group using a bibliometric approach. The third chapter deals with the subjects discussed by Dreyfu s group during and after Dobzhansky s visits, studying a significant sample of their works. The fourth chapter tries to elucidate the scientific and extra-scientific factors which contributed to the decrease of Dobzhansky and Brazilians publications related to the subject of the project. The fifth chapter presents some final considerations. This study lead to the conclusion that Dobzhanky s influence on Dreyfus group was significant not only in quantitative terms (the amount of publications beginning with Dobzhansky s first visit), but also in qualitative terms. After Dobzhansky s arrival, Dreyfus group started a new line of investigation (the genetics of populations) adopting a new experimental material (Drosophila) and exploring a little studied region: the tropical one. The decrease of individual and joint publications dealing with the subject of the project during some periods can be explained by the adoption of new experimental materials by some members of the group; the involvement with some subjects which were not part of the initial project, such as Botany; Dobzhansky and his wife s health problems during the third visit; scientific disagreement between Dobzhansky and Brazilians; and Brazilian s desire of independence / O geneticista ucraniano Theodosius Dobzhansky (1900-1975) fez diversas visitas ao Brasil. Durante quatro delas interagiu com o grupo liderado pelo Prof. André Dreyfus (1897-1952) da Universidade de São Paulo. A parceria entre Dobzhansky e brasileiros foi marcada pelo desenvolvimento de um projeto que durou cerca de vinte anos e contou com o apoio da Fundação Rockfeller. O primeiro objetivo desta dissertação é avaliar o impacto que estas quatro visitas de Dobzhansky causaram sobre os estudos acerca de genética e evolução desenvolvidos pelo grupo brasileiro. O segundo objetivo é analisar os fatores científicos e extracientíficos que contribuíram para a redução das publicações de Dobzhansky e brasileiros sobre o assunto do projeto e para o final da parceria entre eles. O período considerado é de 1943 a 1960. Esta dissertação contém uma introdução e cinco capítulos. O primeiro capítulo oferece uma visão geral do contexto científico do período estudado, da trajetória de Dobzhansky e da genética no Brasil. O segundo capítulo procura analisar o impacto das visitas de Dobzhansky sobre os estudos desenvolvidos pelo grupo de Dreyfus através de um enfoque bibliométrico. O terceiro capítulo analisa os assuntos tratados em uma amostra significativa dos trabalhos desenvolvidos pelo grupo de Dreyfus durante e após as visitas de Dobzhansky. O quarto capítulo trata dos fatores de ordem conceitual e não conceitual que contribuíram para o decréscimo das publicações conjuntas de Dobzhansky e brasileiros. O quinto capítulo apresenta algumas considerações finais sobre o assunto. Este estudo levou à conclusão de que a influência de Dobzhanky foi significativa tanto em termos quantitativos (quantidade de publicações a partir de sua primeira visita) como em termos qualitativos. Sua vinda fez com que o grupo da USP passasse a se dedicar a uma nova linha de investigação (a genética de populações) adotando um novo material experimental (Drosophila) e explorando a região tropical que havia sido pouco estudada. A redução das publicações individuais e conjuntas sobre o assunto do projeto durante alguns períodos pode ser explicada pela adoção de novos materiais experimentais por parte de alguns membros do grupo; envolvimento com outros assuntos que não constavam no projeto como a botânica, por exemplo; problemas de saúde de Dobzhansky e sua esposa durante sua terceira visita; divergências científicas entre Dobzhansky e brasileiros e desejo de independência dos brasileiros

Encholirium é um gênero de Bromeliaceae de distribuição restrita ao território brasileiro, ocorrendo exclusivamente em afloramentos rochosos nos domínios do Cerrado, Caatinga e Floresta Atlântica, e com centro de diversidade na Cadeia do Espinhaço de Minas Gerais. Possui 23 espécies, das qua is 12 não estão protegidas por nenhuma Unidade de Conservação. O objetivo deste trabalho foi gerar informações úteis para a conservação de três espécies deste gênero, endêmicas da porção mineira da Cadeia do Espinhaço, através da análise da estrutura genética de suas populações. O conhecimento da distribuição da variabilidade genética existente em populações naturais de espécies ameaçadas é fundamental para o planejamento de sua conservação. E. pedicellatum e E. biflorum são espécies conhecidas por apenas uma população cada, ambas ocorrendo fora de Unidades de Conservação, e, desta forma, criticamente ameaçadas de extinção. E. subsecundum é mais bem distribuída, apresentando algumas populações protegidas. As três espécies apresentam propagação vegetativa e aparentemente o estabelecimento de plântulas nas populações é um evento raro. Foram amostradas quatro populações de E. subsecundum ao longo de 200 km, além das populações de E. biflorum e E. pedicellatum. Toda a amostragem foi estruturada em nível de agrupamentos de plantas dentro de populações, respeitando a distribuição espacial dos indivíduos. Utilizaram-se cinco primers RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) para gerar aproximadamente 60 bandas polimórficas para cada espécie. A técnica permitiu observar que cada indivíduo amostrado apresenta um genótipo diferente (com exceção de um clone encontrado para E. biflorum), evidenciando uma variabilidade anteriormente subestimada pelo hábito clonal das plantas, pela sua morfologia uniforme e pelo tamanho reduzido das populações. A porcentagem de bandas polimórficas, bem como o Índice de Diversidade de Shannon- Wiener, indicam que a espécie E. subsecundum, de distribuição mais ampla, apresenta maior diversidade genética molecular, seguida de E. biflorum. Através da Análise de Variância Molecular, AMOVA, observou-se que o padrão de distribuição da variabilidade genética molecular varia de espécie para espécie. Forte estruturação genética em nível de agrupamentos de plantas foi detectada para E. biflorum e E. pedicellatum. E. biflorum apresenta 16,06% da variância genética molecular entre agrupamentos (Fst= 0,16), que distam em média 11,6 m entre si, enquanto E. pedicellatum apresenta 8,44% da variância entre agrupamentos distando em média 88 m entre si (Fst = 0,08). Já a espécie E. subsecundum apresenta 14,52% da variância entre populações distantes em média 116,6 km umas das outras (Fst = 0,15). Nas três espécies, as diferenças genéticas moleculares existentes entre os indivíduos do mesmo agrupamento são responsáveis pela maior parte da variabilidade genética molecular total (maior do que 80% da variabilidade nos três casos). Tais resultados têm implicação direta para a conservação, sendo especialmente úteis para a otimização de coletas para a formação de bancos de germoplasma ex situ. / Encholirium is a Brazilian genus of Bromeliaceae which occurs exclusively in rocky landscapes in areas of Cerrado, Caatinga and Atlantic Forest. It’s diversity center is located at Cadeia do Espinhaço, Minas Gerais State, Brazil. Of the 23 species of Encholirium, 12 are not protected by any Conservation Unit, occurring only in non-protected territories. The aim of this work was to generate baseline information to the conservation of three Encholirium species, endemic to the rocky mountains of “Cadeia do Espinhaço” in Minas Gerais state, through its populations genetic analyses. Information on genetic diversity and its distribution has a great potential in devising conservation strategies. E. pedicellatum and E. biflorum are known by only one population, both occurring in non-protected territories, being critically endangered. E. subsecundum is more widespread, and some of its populations are protected by Conservation Units. These three species reproduces clonally and seedling recruitment is apparently a rare event in natural populations. Samples of E. subsecundum were collected in four populations along 200 km. E. biflorum and E. pedicellatum were collected in the only known populations. The sampling process was made carefully in order to respect the natural distribution of individuals in “patches” or “colonies” within populations. Five Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) primers generated approximately 60 polymorphic bands for each species. This technique demonstrated that there is a single genotype for every individual sampled (except for one clone found in E. biflorum). High levels of genetic variability were not expected, due to the clonal growth, homogeneous morphology of the plants, and small populations size. The percentage of polymorphic bands and the Shannon-Wiener diversity index showed that E. subsecundum has higher levels of genetic diversity, followed by E. biflorum. The results of an Analysis of Molecular Variance (AMOVA) showed that the populations of E. biflorum and E. pedicellatum are strongly struturated at the patches level. In E. biflorum, 16.06% (Fst= 0.16) of the total genetic diversity resided among the patches of the population, which are, on the average, 11.6 m separated, whereas in E. pedicellatum 8.44% (Fst = 0.08) of the total genetic diversity was attributable to the differences among patches, which are, on the average, 88 m apart. In E. subsecundum, 14.52% (Fst = 0.15) of the total genetic diversity resided among populations, which are, on the average, 116.6 km separated. The results are valuable to the development of conservation strategies, in particular to guide future samplings to compose germoplasm banks.

Esta pesquisa lidou com a unificação de grafos aplicada ao problema das redes haplotípicas. A partir da baixa confiabilidade encontrada nas redes geradas pelos algoritmos tradicionais, foi necessário introduzir uma nova proposição para melhorar o resultado obtido. Para esta avaliar o resultado obtido pelo novo algoritmo, desenvolveu-se um arcabouço teórico-formal possibilitando a generalização de soluções relativas a redes haplotípicas através de aplicação de funções parametrizáveis, facilmente representadas através de linguagens funcionais no estilo LISP. Para aplicação em problemas reais, desenvolveu-se estrutura de simulação e testes que constrói cadeias genéticas de maneira aleatória ou ainda parametrizável. Os testes gerados permitiram observar a melhoria esperada no algoritmo, especialmente para os casos de baixa mutação. O arcabouço de simulação e testes mostrou-se extremamente propício e de fácil utilização, o que o torna, em si mesmo, uma ferramenta a ser disponibilizada para a comunidade acadêmica da área de Biologia. / This research dealt with the unification of graphs applied to the problem of haplotype networks. From the low reliability found in networks generated by the traditional algorithms, it was necessary to introduce a new proposition to improve the outcome. For proper evaluation of the results obtained by the new algorithm, a formal-theoretical framework for generalization of haplotype networks related solutions, making use of parameterized functions easily represented through LISP-like functional languages. Seeking for real case application of the theory developed, a structure of simulation and testing were developed to build genetic code strings randomly or even parameterized. The generated tests have allowed to observe the expected improvement in the algorithm, especially for cases of low mutation. The framework for simulation and testing was extremely useful and easy to use, making itself a product to be distributed to the academic Biology community.

O gênero Ctenomys (família Ctenomyidae) compreende 50 a 60 espécies de animais conhecidos popularmente como tuco-tucos. De hábito fossorial, este grupo representa os mamíferos dominantes na exploração do nicho subterrâneo na Região Neotropical. A distribuição das espécies é bastante fragmentada, influenciada por vários fatores limitantes como barreiras ecológicas e geográficas. Seu pequeno poder de dispersação (baixa vagilidade) causa uma restrição ao fluxo gênico. Ctenomys minutus, a espécie alvo deste trabalho, habita campos arenosos e dunas da Planície Costeira do Sul do Brasil, do Rio Grande do Sul até Santa Catarina. Uma interessante característica da espécie é a ampla variação cariotípica, apresentando onze diferentes cariótipos. A fixação destes polimorfismos, bem como a distribuição desta espécie, estão amplamente relacionada a história de formação geológica da região que habita, especialmente a existência de barreiras geográficas. Atualmente, cruzando a área norte de sua distribuição encontram-se a rodovia RS 030, uma via de ligação do interior do estado ao litoral, e o Rio Mampituba, uma barreira geográfica de origem recente. A fim de entender os níveis de fluxo gênico entre populações de Ctenomys minutus e testar a efetividade destas barreiras, este trabalho utilizou quatro loci de microssatélites como marcadores moleculares na determinação da estrutura genética das populações Foram selecionados seis locais de estudo correspondentes a seis populações ao longo da distribuição da espécie. Quatro pontos estão próximos ao Município de Osório e correspondem a duas populações que margeiam a RS 030, Campo Amaral e Campo Weber, ambos situados a uma distância de menos de 100 metros em lados opostos da rodovia (distantes entre si em 1Km), e a Maribo A e Maribo B, populações sem barreira aparente entre si (afastadas em 700m). Outros dois locais estão localizados nos municípios de Torres (RS) e Sombrio (SC) correspondendo as populações do Parque da Guarita e da Praia da Gaivota, respectivamente. Estão separados pelo Rio Mampituba e distantes em 25Km. A obtenção de um fragmento de pele da cauda para posterior extração de DNA foi realizada com a captura dos animais (auxílio de armadilhas do tipo oneida-vitor nº0), retirada do material e devolução dos animais vivos à toca de origem. A amostra contou com 227 indivíduos, sendo 50 para a população de Weber, 50 para Maribo A, 52 para Amaral, 38 para Maribo B,19 para Gaivota e 18 para Torres. Na amplificação dos quatro loci de microssatélites foram empregados primers descritos para a espécie co-genérica C. haigi, obtendo-se ao todo 27 diferentes alelos. A análise das freqüências destes alelos indicou subestruturação populacional nas amostras através de altos valores de Fis baixa heterozigosidade observada e alta probabilidade de subdivisão na análise para a probabilidade do número de populações Os valores de Fst revelaram isolamento entre as populações e, analisados em relação a disposição geográfica entre os locais de coleta, mostraram um padrão de isolamento pela distância. Foram também avaliadas as populações par a par para determinação do isolamento entre elas e níveis de fluxo gênico. Quando analisadas Maribo A e Maribo B observou-se baixo isolamento, com níveis de fluxo da ordem de 1,082 indivíduos/geração para estas populações não separadas por barreiras. Os resultados obtidos para a análise de Torres e Gaivota foram indicadores de alto isolamento, com número de migrantes não efetivo. Para Weber e Amaral obteve-se a menor estruturação, sendo o número de migrantes de 6,33 indivíduos por geração. Acerca destes resultados fica evidenciada a efetividade do Rio Mampituba como barreira ao fluxo gênico entre as populações de Ctenomys minutus de lados opostos de suas margens. Para a RS 030, não houve indicação de sua efetividade como barreira ao fluxo gênico, nem de queda na variabilidade genética das populações próximas quando comparadas às demais populações. Os valores de Fst e número de migrantes, no entanto, sugerem a existência de uma única população inicial atualmente dividida pela presença da rodovia.

O presente trabalho teve por objetivo compreender a dinâmica do manejo da agrobiodiversidade nos roçados de mandioca em comunidades ribeirinhas de várzea e terra firme das Reservas de Desenvolvimento Sustentável Amanã e Mamirauá, na Amazônia, e suas relações com as formas de organização da produção, do espaço e do trabalho adotadas pelos produtores. Para tal foi trabalhado um conjunto de metodologias baseados na teoria de sistemas agrários, análise de agroecossistemas, etnoecologia e análise genética utilizando microssatélites. Os resultados indicaram que: 1) Nas duas reservas existem três identidades produtivas, forjadas a partir da principal fonte de renda: agricultores, pescadores e agricultores-pescadores (desenvolvem as duas atividades com fins de comercialização); 2) Os ribeirinhos classificam diversos ambientes como aptos para a agricultura, e a partir deles diversos sistemas de cultivo, que variam em função do ecossistema (várzea ou terra-firme); 3) Existem duas racionalidades produtivas na agricultura (comercialização e auto-consumo), que moldam as racionalidades de manejo da agrobiodiversidade; 4) A diversidade específica e varietal nos roçados diminui à medida que se aumenta o grau de especialização produtiva, tanto da pesca, quanto da agricultura. Contudo, isso não se verifica do ponto de vista genético, uma vez que os genes estão bem distribuídos nas variedades e populações, independente da lógica produtiva; 5) Os roçados de mandioca da RDS Amanã e RDS Mamirauá são extremamente diversos geneticamente, apresentando altos valores de riqueza alélica, polimorfismo e heterozigosidade; 6) A diversidade genética está estruturada basicamente dentro de cada roçado, o que indica alto fluxo gênico entre as variedades de cada roçado e entre as variedades dos diferentes roçados, proporcionada principalmente pela troca de variedades entre agricultores, diminuindo a diferença entre roçados e aumentando a freqüência de diferentes alelos em cada roçado; 7) Os pescadores e as comunidades de várzea têm papel fundamental na dinâmica da agrobiodiversidade, pois abrigam grande número de espécies e variedades de mandioca nos roçados; 8) Portanto, em todas as comunidades a agricultura tem papel fundamental, o que denota que as estratégias de assessoria devem prever a dimensão de sistemas de produção em suas intervenções. / This study had the objective of understanding the agrobiodiversity management dynamics in roçados (swidden fields of cassava) in riverine communities of the Amanã and Mamirauá Sustainable Reserves in the Amazon and its relations with production, space and work management adopted by the families. The methodology adopted was based on the agrarian systems theory, agroecosystems analysis, ethnoecology and microsatellites genetic analysis. The results indicated that: 1) In the two reserves there are three productive identities, forged from the main source of economic income: agriculturists, fishing and agriculturist-fishing (they develop the two activities with commercialization aims); 2) The informers classify diverse environments as apt for agriculture, and from them diverse crop systems, that vary in function of the ecosystem (land-firm or floodplain); 3) There are two productive rationalities in agriculture (commercialization and self-consumption), which adapts to the rationalities of agrobiodiversity management; 4) The specific and varietal diversity in the roçados decreases as the level of productive specialization increases, both the fishing and agriculture. However, this is not verified in the genetic point of view, where the genes are well distributed in the varieties and populations, independent of the productive logic; 5) The roçados at the Amanã and Mamirauá SDR are extremely diverse, presenting high values of allelic diversity, polymorphism and heterozigosity; 6) The genetic diversity is structured basically within each roçado, which indicates high gene flow among the varieties of each roçado and among the varieties of the different roçados, promoted mainly by the exchange of varieties between agriculturists, diminishing the difference between roçados and increasing the frequency of different alleles in each roçado; 7) The floodplain fishing and communities have an important role in the agrobiodiversity dynamics, as they shelter a great number of species and cassava varieties in their roçados; 8) Therefore, in all the communities agriculture has an important role, which denotes that the extension strategies must foresee the production systems approach in their interventions.

Cariniana legalis Mart. O. Kuntze (Lecidiaceae) is the largest tree of the Atlantic Forest. To contribute to in situ and ex situ genetic conservation programs for the species, herein we investigate the genetic diversity, inbreeding, intrapopulation spatial genetic structure (SGS), mating system and contemporary pollen flow in three fragmented populations of this species. We found 65 adult trees in the Ibicatu population, 22 in MGI, and four in MGII. Seeds were hierarchically sampled among and within fruits directly from the canopy of 15 seed-trees in Ibicatu (n= 40), five seed-trees in MGI (n= 50), and two seed-trees in MGII (n= 100). Thirteen specific microsatellite loci were developed and validated for 51 C. legalis trees. Eleven loci were polymorphic, revealing a maximum of two to 15 alleles per locus. Using the progeny arrays and seed-tree genotypes, we investigated the Mendelian inheritance, genetic linkage and genotypic disequilibrium of seven microsatellite loci specifically isolated for C. legalis and two previously developed heterologous microsatellite loci. No notable deviations from the expected Mendelian segregation, linkage, or genotypic disequilibrium were detected. The average allelic richness in the adult cohort of Ibicatu was 11.65 and 14.29 for MGI-II and for seeds it was 14.18 in Ibicatu and 10.85 in MGI-II; the average observed heterozygosity for adults of Ibicatu was 0.811 and 0.838 for MGI-II and for seeds it was 0.793 in Ibicatu and 0.786 in MGI-II; the average expected heterozygosity for adults of Ibicatu was 0.860 and 0.900 for MGI-II and for seeds it was 0.856 in Ibicatu and 0.853 in MGI-II. The average fixation index was significantly greater than zero for adults and seeds from both populations. Multilocus outcrossing rate ( m t ) in the three populations was significantly lower than unity (1.0), especially in MGII ( m t = 0.830). The rate of mating among relatives was significant when compared to zero only for Ibicatu ( ????0.266) m s t t . Paternity correlation is substantially higher within than among fruits. The average coancestry coefficient ( ??) was higher and variance effective size ( e N ) was lower than expected for halfsib progenies in all three populations. The number of seed-trees necessary for seed collection to obtain progeny arrays with an effective size of 150 was estimated between 54 to 58 seedtrees. The pollen immigration rate was low, especially for the small stands (maximum of 0.4% for MGI), indicating significant genetic isolation of MGI and MGII. The effective pollination radius was also low in MGI (68 m) and MGII (191 m). For MGII, we also found higher levels of selfing (18%) than for Ibicatu (6%) and MGI (6.4%). The substantial genetic isolation of these stands suggest that we can expect an increase in SGS in the future and strategies to increase gene flow and effective population size, such as transplanting individuals among the populations, are desirable for long term in situ conservation. In conclusion, this study produced valuable information for the management of fragmented populations of C. legalis, contributing to breeding programs and providing guidelines for seed collection aimed at conservation and reforestation programs. / Cariniana legalis Mart. O. Kuntze (Lecidiaceae) é a maior árvore da Mata Atlântica. Para contribuir com a conservação in e ex situ nós investigamos a diversidade genética, endogamia, estrutura genética espacial intrapopulacional (EGE), sistema de reprodução e fluxo contemporâneo de pólen em três populações fragmentadas da espécie. Encontrámos 65 árvores adultas na população Ibicatu, 22 em MGI, e quatro em MGII. As sementes foram colhidas e amostradas hierarquicamente entre e dentro de frutos diretamente da copa de 15 árvores matrizes em Ibicatu (n = 40), cinco em MGI (n = 50), e duas em MGII (n = 100). Treze locos microssatélites foram desenvolvidos e validados em 51 indivíduos de C. legalis. Onze deles foram polimórficos, revelando um máximo de dois a 15 alelos por loco. Usando os genótipos das progênies e matrizes, foi investigada a herança mendeliana, ligação genética e desequilíbrio genotípico de sete locos isolados de C. legalis e dois heterólogos. Não foram detectados desvios notáveis da segregação mendeliana, de ligação, ou desequilíbrio genotípico. A riqueza alélica média de adultos de Ibicatu foi 11,65 e 14,29 para MGI-II e para as sementes foi de 14,18 em Ibicatu e 10,85 na MGI-II, a heterozigosidade média observada para adultos em Ibicatu foi 0,811 e 0,838 para MGI-II, para as sementes foi de 0,793 em Ibicatu e 0,786 em MGI-II, a heterozigosidade média esperada para adultos de Ibicatu foi 0,860 e 0,900 para MGI-II, para as sementes foi de 0,856 em Ibicatu e 0,853 em MGI-II. O índice médio de fixação foi significativamente maior do que zero para adultos e sementes de ambas as populações. A taxa de cruzamento Multilocus (? ) nas três populações foi significativamente menor do que a unidade (1,0), especialmente para MGII ( = 0,830). A taxa de acasalamento entre parentes foi significativa apenas para Ibicatu ( . A correleção de paternidade foi substancialmente maior dentro do que entre os frutos. O coeficiente médio de coancestria (?) foi maior e variação de tamanho efetivo (Ne ) foi menor do que o esperado para progênies de meio-irmãos em todas as populações. O número estimado de árvores matrizes necessárias para a coleta de sementes para se obter um tamanho efetivo de 150 foi de 54-58 árvores. A taxa de imigração de pólen foi baixa, especialmente para os fragmentos menores (máximo de 0,4% para MGI), indicando isolamento genético significativo. O raio efetivo de polinização foi baixo em MGI (68 m) e MGII (191 m). Para MGII também encontramos níveis mais elevados de autofecundação (18%) do que para Ibicatu (6%) e MGI (6,4%). O isolamento genético substancial desses estandes sugerem que podemos esperar um aumento na EGE e que estratégias para aumentar o fluxo gênico e tamanho efetivo da população, como o transplante de indivíduos nas populações, são desejáveis para o longo prazo. Em conclusão, este estudo gerou informações valiosas para a gestão de populações fragmentadas de C. legalis, contribuindo para programas de melhoramento e fornecendo orientações para a coleta de sementes destinadas a programas de conservação e reflorestamento.

Sympatry is characterized by the existence of two or more species phylogenetically related occupying the same ecological niche. This event has already been recorded in species of crabs of the genus Aegla in Brazil between two species, and though morphological characteristics only. For Aegla, as in most crustaceans, there are few studies to verify if there is any relationship between sympatry and genetic diversity of populations living in this association. In the present study, besides a new record of sympatry between two species of Aegla for Brazil, Aegla platensis and Aegla spinipalma, occurring in Batú River, the occurrence of sympatry among three species, A. platensis, Aegla sp. (in preparation) and Aegla grisella, living in Cambará River, is also presented. To verify the existence of sympatry at the sampling points, besides the morphological characteristics used for the identification of individuals, the technique of DNA-Barcoding was applied using a fragment of 207 bp of the gene COI amplified in 22 individuals and from these sequences interspecific, intra- and interpopulation p-distance values were obtained. Sympatry between two species in Batú River was verified by both morphological and molecular data. For the species living in Cambará River mitochondrial and morphological data were not completely congruent, because some sequences of A. grisella clustered with individuals of other species, presenting low values of interspecific distance. However, these sequences probably are nuclear pseudogenes and when they were removed from the analysis, three species were identified in Cambará River. To verify if there is any relationship between sympatry and genetic diversity of A. platensis, two populations living in sympatry (Cambará and Batú rivers) and one allopatric population from Fiuza River were used. The technique of AFLP was applied to 120 individuals (20 from each population) revealing a high genetic variability for all populations and no relationship between sympatry and level of genetic diversity was found in A. platensis. A high population structuring was observed among populations, which is probably due to the distance among populations and to the low dispersion capability in aeglids. Results from the COI mitochondrial data and from the AFLP nuclear data presented some incongruence when compared, since using AFLP all the A. platensis populations and also the other species were separated through Bayesian analysis and UPGMA, but the same was not found for COI data. The incongruence between mitochondrial and nuclear data reinforces the idea that some A. grisella sequences are in fact nuclear pseudogenes co-amplified in PCR, due to the utilization of degenerated universal primers. / Simpatria é caracterizada pela existência de duas ou mais espécies filogeneticamente próximas ocupando um mesmo nicho ecológico. Este evento já foi registrado em espécies de caranguejos do gênero Aegla no Brasil, sendo estes registros realizados apenas entre duas espécies e utilizando para isto, apenas características morfológicas. Para Aegla, assim como na maioria dos crustáceos, existem poucos estudos destinados a avaliar se há alguma relação entre a simpatria e a diversidade genética das populações que vivem em tal associação. Neste estudo, além de ser apresentado mais um registro de simpatria entre duas espécies de eglídeos para o Brasil, sendo estas Aegla platensis e Aegla spinipalma ocorrendo no Rio Batú, também é apresentada ocorrência de simpatria entre três espécies, sendo estas A. platensis, Aegla sp. (em preparação) e Aegla grisella ocorrendo no Rio Cambará. Para verificar a existência de simpatria nos pontos de amostragem, além das características morfológicas utilizadas para a identificação dos indivíduos, foi realizada a técnica de DNA Barcoding com um fragmento de 207 pb do gene COI, amplificado em 22 indivíduos e a partir dessas sequências foram obtidos os valores de distâncias interespecífica, intra e interpopulacional através do modelo de distância p. A constatação da existência de simpatria entre duas espécies no Rio Batú foi verificada tanto pelos dados morfológicos quanto para os dados moleculares, porém para as espécies do rio Cambará os dados mitocondriais não foram totalmente congruentes com os morfológicos, pois algumas sequências de A. grisella agruparam com sequências de indivíduos de outras espécies e apresentaram baixos valores de distância interespecífica. Entretanto, estas sequências provavelmente são pseudo-genes nucleares e quando retiradas das análises permitiram a identificação de três espécies simpátricas no Rio Cambará. A fim de avaliar se existe alguma relação entre a simpatria e a diversidade genética de A. platensis foram utilizadas duas populações simpátricas desta espécie (Rios Cambará e Batú) e uma população alopátrica, oriunda do Rio Fiúza. A técnica de AFLP foi utilizada em 120 indivíduos (20 de cada população), onde constatou-se a existência de uma alta variabilidade genética em todas as populações, não tendo sido encontrada relação entre a simpatria e o nível de diversidade genética em A. platensis. Uma alta estruturação genética observada entre as populações, que provavelmente está associada à distância entre elas e à baixa capacidade de dispersão dos eglídeos. Os resultados do marcador mitocondrial COI e do marcador nuclear AFLP apresentaram algumas incongruências, quando comparados, visto que usando AFLP todas as populações de A. platensis e das demais espécies foram separadas por meio de análise Bayesiana e UPGMA, o mesmo não ocorrendo para o COI. A incongruência entre os dados nucleares e mitocondriais reforça a ideia de que algumas sequências de A. grisella são na verdade pseudo-genes nucleares coamplificados com o gene COI, devido à utilização de primers universais degenerados na PCR.

O gênero Ctenomys (família Ctenomyidae) compreende 50 a 60 espécies de animais conhecidos popularmente como tuco-tucos. De hábito fossorial, este grupo representa os mamíferos dominantes na exploração do nicho subterrâneo na Região Neotropical. A distribuição das espécies é bastante fragmentada, influenciada por vários fatores limitantes como barreiras ecológicas e geográficas. Seu pequeno poder de dispersação (baixa vagilidade) causa uma restrição ao fluxo gênico. Ctenomys minutus, a espécie alvo deste trabalho, habita campos arenosos e dunas da Planície Costeira do Sul do Brasil, do Rio Grande do Sul até Santa Catarina. Uma interessante característica da espécie é a ampla variação cariotípica, apresentando onze diferentes cariótipos. A fixação destes polimorfismos, bem como a distribuição desta espécie, estão amplamente relacionada a história de formação geológica da região que habita, especialmente a existência de barreiras geográficas. Atualmente, cruzando a área norte de sua distribuição encontram-se a rodovia RS 030, uma via de ligação do interior do estado ao litoral, e o Rio Mampituba, uma barreira geográfica de origem recente. A fim de entender os níveis de fluxo gênico entre populações de Ctenomys minutus e testar a efetividade destas barreiras, este trabalho utilizou quatro loci de microssatélites como marcadores moleculares na determinação da estrutura genética das populações Foram selecionados seis locais de estudo correspondentes a seis populações ao longo da distribuição da espécie. Quatro pontos estão próximos ao Município de Osório e correspondem a duas populações que margeiam a RS 030, Campo Amaral e Campo Weber, ambos situados a uma distância de menos de 100 metros em lados opostos da rodovia (distantes entre si em 1Km), e a Maribo A e Maribo B, populações sem barreira aparente entre si (afastadas em 700m). Outros dois locais estão localizados nos municípios de Torres (RS) e Sombrio (SC) correspondendo as populações do Parque da Guarita e da Praia da Gaivota, respectivamente. Estão separados pelo Rio Mampituba e distantes em 25Km. A obtenção de um fragmento de pele da cauda para posterior extração de DNA foi realizada com a captura dos animais (auxílio de armadilhas do tipo oneida-vitor nº0), retirada do material e devolução dos animais vivos à toca de origem. A amostra contou com 227 indivíduos, sendo 50 para a população de Weber, 50 para Maribo A, 52 para Amaral, 38 para Maribo B,19 para Gaivota e 18 para Torres. Na amplificação dos quatro loci de microssatélites foram empregados primers descritos para a espécie co-genérica C. haigi, obtendo-se ao todo 27 diferentes alelos. A análise das freqüências destes alelos indicou subestruturação populacional nas amostras através de altos valores de Fis baixa heterozigosidade observada e alta probabilidade de subdivisão na análise para a probabilidade do número de populações Os valores de Fst revelaram isolamento entre as populações e, analisados em relação a disposição geográfica entre os locais de coleta, mostraram um padrão de isolamento pela distância. Foram também avaliadas as populações par a par para determinação do isolamento entre elas e níveis de fluxo gênico. Quando analisadas Maribo A e Maribo B observou-se baixo isolamento, com níveis de fluxo da ordem de 1,082 indivíduos/geração para estas populações não separadas por barreiras. Os resultados obtidos para a análise de Torres e Gaivota foram indicadores de alto isolamento, com número de migrantes não efetivo. Para Weber e Amaral obteve-se a menor estruturação, sendo o número de migrantes de 6,33 indivíduos por geração. Acerca destes resultados fica evidenciada a efetividade do Rio Mampituba como barreira ao fluxo gênico entre as populações de Ctenomys minutus de lados opostos de suas margens. Para a RS 030, não houve indicação de sua efetividade como barreira ao fluxo gênico, nem de queda na variabilidade genética das populações próximas quando comparadas às demais populações. Os valores de Fst e número de migrantes, no entanto, sugerem a existência de uma única população inicial atualmente dividida pela presença da rodovia.

Estudos em genética de paisagem, das espécies zootécnicas, podem impulsionar o entendimento dos processos adaptativos, bem como, a maneira que o ambiente afeta o sucesso destas populações. O objetivo principal do projeto foi identificar assinaturas de seleção no genoma populações de suínos naturalizados brasileiros. Procurando obter a maior representatividade da variabilidade genética e ambiental dos suínos dentro do território brasileiros, amostras de DNA de pelo menos um animal e de pelo menos um grupo genético foram obtidas dentro do Banco de Germopalsma da EMBRAPA, totalizando 191 animais de 18 grupos genéticos suínos brasileiras que foram genotipadas, e classificadas de acordo com sua origem dentro de raça ou grupo genético, estado bioma, bacia hidrográfica, tipo de solo, ecoregião e tipo de vegetação. Após um controle de qualidade os genótipos resultantes foram utilizados no calculo das estatísticas F de Wright, equilíbrio de Hardy-Weinberg. Análise de componentes principais, coeficiente de endogamia, analise da variância molecular, testes de Mantel, e a determinação do número ideal de populações. Os dados ambientais foram convertidos em layers através do Qgis e utilizados na detecção de assinaturas de seleção através do BayeScan v2.1 (Foll & Gaggiotti 2008) e do Samβada (Stucki et al. 2014) Os resultados obtidos mostram que as populações estudadas têm uma estrutura variada entre e dentre si. A maior parte da variabilidade genética esta presente nos indivíduos dentro de grupos genéticos, e indivíduos dentro de estados. Existe diferenciação genética dos suínos dentro das variáveis ambientais classificatórias. As raças Monteiro e Marajó foram as que mostraram maiores níveis de estruturação. Os componentes principais mostram proximidade entre as raças comerciais, assim como o elevado grau de variação na composição genéticas das demais raças, com marcante separação dos animais Monteiro e Marajó. Níveis elevados de endogamia foram encontrados. Foram encontrados pelo menos 8 assinaturas de seleção no genoma das raças suínas localmente adaptadas. A freqüência dos genótipos destes marcadores divide o território brasileiro em duas regiões latitudinais distintas. Os níveis de estruturação das populações demonstram uma grande variabilidade genética entre e dentre as raças. As marcas de seleção encontradas demonstram a influência do meio ambiente no sucesso adaptativo destes animais ao território brasileiro. / Study of landscape genetics in livestock species can help understand the adaptive processes and the way that the environment affects the success of these populations. The main objective was the identification of genetic signatures of selection in the Brazilian autochthone swine breeds. We aim the higher representation of genetic and environmental variability from Brazilian territory sampling at least one animal from one genetic group per sampling point. The samples were obtained on CENARGEN-EMBRAPA Germplasm Bank in a total of 191 DNA samples from 19 Brazilian locally adapted swine genetic groups, classified into state, region, biome, hydrological basins, soil type, ecoregion and vegetation type. These samples were genotyped and after a quality control, we calculated Wright’ F-statistics, individual inbreeding coefficient, Hardy-Weinberg equilibrium, Principal components, IBD, Mantel test, an ideal number of subpopulations and an analysis of molecular variance. Environmental data was converted in layers through Qgis and used to detect signatures of selection by BayeScan v2.1 (Foll & Gaggiotti 2008) and Samβada ((Stucki et al. 2014) Population studied had genetic structure among different subpopulations, in a same category. The biggest part of genetic variability is the individual within breed and in individual within state. We found different intensity of population structure in the categories studied, been the he Monteiro and Marajó breeds that ones with highest values from population genetic structure. Principal component analyses showed proximity between commercial breeds, as well as the high degree of genetic variation among other breeds, with great detachment of Monteiro and Marajó animals from others. High inbreeding levels were found. Signatures of selection were found on the genome of Brazilian locally adapted swine pig. The genotypic frequency of these signatures of selection divides the Brazilian territory into two distinct latitudinal regions. The population structure levels demonstrate a wide genetic variability inside and among races. The signatures of natural selection found demonstrate the influence of the environment to successful adaptation of swine in Brazil.