Orientador: Vera Nisaka Solferini / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-18T11:33:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Sujii_PatriciaSanae_M.pdf: 17345942 bytes, checksum: f238cb8a37114affa63e3106ca0b1db9 (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: Matas de terra-firme da Amazônia são formações florestais extensas e podem ser encontradas compondo grandes florestas contínuas. Existem diversos estudos a respeito da estrutura genética populacional de espécies presentes nessas florestas, mas são poucos os trabalhos que buscam compreender a estruturação genética ao longo da Amazônia. A castanheira-do-brasil é uma espécie monotípica, Bertholletia excelsa, endêmica de matas de terra-firme e distribuída ao longo de quase toda extensão da Amazônia. Este trabalho teve como objetivo avaliar a estruturação genética de populações de Bertholletia excelsa ao longo da Amazônia e verificar se a estruturação é influenciada pela distância que as separa. Foi coletado material de 379 indivíduos, pertencentes a nove subpopulações distribuídas em cinco estados brasileiros. Foram desenvolvidos sete marcadores microssatélites que foram somados a outros quatro anteriormente publicados, para genotipagem das amostras. Análises populacionais intra e interpopulacionais foram realizadas para avaliar a diversidade genética e sua estruturação. As estimativas de distância genética encontradas foram correlacionadas com diferentes fatores para encontrar possíveis causas para estruturação. O número de alelos encontrado em cada subpopulação foi baixo. Os alelos presentes em diferentes subpopulações e suas frequências apresentaram grande variação, em especial quando comparadas subpopulações mais distantes. Foi observado FIS negativo para cinco das subpopulações e não significativamente diferente de zero para as quatro demais, indicando excesso de heterozigotos. A estruturação em micro-escala, quando presente, foi pequena. Os valores encontrados para estimativas de estrutura em macro-escala foram bastante variáveis, sendo observada diferenciação genética muito baixa ('teta' = 0,02) a muito alta ('teta' = 0,244). A estrutura genética encontrada pode ser analisada considerando três escalas: (i) intrapopulacional; (ii) entre subpopulações separadas por distâncias moderadas (<500km); e (iii) entre subpopulações separadas por grandes distâncias. Em todas as escalas, foi encontrada correlação significativa entre a estruturação genética e a distância que separa os pares de indivíduos ou subpopulações, indicando ser esse um fator importante para estruturação, mas com influência também de outros fatores, principalmente em escalas geográficas maiores / Abstract: Amazonian upland forests are wide formations and can compose large continuous forests. There are several studies about population genetic structure of species in this kind of forest, but there are few studies that aim to understand the genetic structure along the Amazon. Brazil-nut tree is a monotypic species, Bertholletia excelsa, endemic to upland forests and distributed along almost the entire expanse of the Amazon. This study aimed to evaluate genetic structure of Bertholletia excelsa populations over Amazon and verify if the structuring is influenced by distance between them. Material from 379 individuals was collected in nine subpopulations distributed in five states. Seven microsatellites markers were developed to the species and were used with four others, previously published, to samples genotyping. Analyses within and among populations were performed to evaluate genetic diversity and population structure. Genetic distance estimates were correlated to different potential factors to find possible causes to genetic structure. A few alleles were found in each subpopulation and considerable variation was observed in alleles found in each subpopulation and in their allele frequencies, especially when compared very distant subpopulations. Heterozygote excess was observed in five subpopulations while in the other four subpopulations non-significantly different from zero estimates of FIS were found. Fine-scale structure, when present, was small. Estimates to inter population genetic structure varied from low ('teta' = 0,02) to higt ('teta' = 0,244) values. B. excelsa genetic structure can be analysed considering three different scales: (i) within population; (ii) among moderately distant populations (<500km); and among very distant subpopulations. At all scales, significant correlations were found between genetic structure and geographic distance between pairs of individuals or populations. It may indicate that distance is an important factor to this population's genetic structure, but probably there are other factors acting together, especially at great geographical scales / Mestrado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Mestre em Genética e Biologia Molecular

Tolypeutes tricinctus, o tatu-bola, é um mamífero neotropical pertencente ao grupo dos Xenarthra. É uma espécie endêmica ao Brasil que só ocorre nos biomas de Caatinga e Cerrado e encontra-se ameaçada de extinção. O único estudo genético que foi realizado sobre a espécie estimou a diversidade no gene mitocondrial Citocromo Oxidase I (COI). Apenas um haplótipo foi observado em 30 indivíduos da única população de tatus-bola até então amostrada. Devido a esse resultado e à falta de estudos genéticos e filogenéticos este trabalho foi proposto a fim de investigar melhor a diversidade genética dessa população, distribuída no Cerrado do estado da Bahia na área da Fazenda Jatobá. Para tanto, foram utilizados marcadores microssatélites selecionados por sequenciamento de nova geração e a região controle do DNA mitocondrial (D-loop). Foi feito também um esforço de amostragem a fim de analisar exemplares de T. tricinctus provenientes de outras populações e da espécie congenérica Tolypeutes matacus. Além disso, testou-se o poder do gene COI na diferenciação entre oito espécies da ordem Cingulata através da técnica do DNA barcoding. Foram selecionados e testados 60 loci microssatélites, sendo 23 amplifcados com sucesso entre os indivíduos da Fazenda Jatobá. Destes, apenas dois se mostraram polimórficos com dois e três alelos respectivamente. Nas amostras provenientes de museu ou de outras localidades não foi possível amplificar nenhum dos marcadores. Já na amostra de T. matacus, cinco marcadores foram amplificados com sucesso, sendo que em um marcador foi encontrado um alelo diferente do observado na população da Fazenda Jatobá. Esse resultado foi inesperado e impossibilitou a estimativa dos parâmetros populacionais relativos ao efetivo populacional e grau de endocruzamento. A possibilidade de erros ou limitações da técnica utilizada foi descartada sendo provável que a baixa eficiência na seleção de loci polimórficos seja reflexo da baixa diversidade da população estudada. Baixos índices de diversidade genética foram também observados em segmentos de 386pb do D-loop (h = 0.4032&plusmn;0,0909 e &pi; = 0.002084&plusmn;0.001737), sendo que em 23 indivíduos da fazenda Jatobá somente dois haplótipos foram observados. Um terceiro haplótipo foi observado em uma amostra proveniente do estado do Ceará que também foi incluída na estimativa dos índices de diversidade para a espécie (h = 0.4529&plusmn;0.0948 e &pi; = 0.002125&plusmn;0.001757). No estudo com barconding, o gene COI mostrou-se eficiente na diferenciação entre a maioria das espécies. A estimativa da filogenia não mostrou suporte significativo nas relações dentro das subfamílias. Considerando as evidências sobre a baixa diversidade na população de T. tricinctus da Fazenda Jatobá e as ameaças à sobrevivência da espécie, é possível que a mesma situação seja observada em outras populações. Sendo assim os resultados aqui apresentados demonstram a necessidade de uma maior amostragem nas demais localidades de distribuição de T. tricinctus, para confirmação da atual situação da espécie. A fim de contribuir para conservação da espécie, a preservação das populações remanescentes de tatu-bola, evitando o declínio das mesmas, deve ser prioridade em planos de conservação. A manutenção da variação genética do tatu-bola é de especial interesse, em especial da população da Fazenda Jatobá, a qual se já não for um exemplo de extinção local poderá sofrer os efeitos negativos da depressão por endocruzamento e consequente impacto em sua viabilidade e sobrevivência. / Tolypeutes tricinctus, the three-banded armadillo, is a Neotropical mammal that belongs to Xenarthra group. This species is endangered and endemic to Brazil occurring only in Caatinga and Cerrado biomes. The previous genetic study available analyzed the genetic diversity on Cytochrome Oxidase I (COI) gene and found only one haplotype among 30 individuals of a single population, the only one sampled so far. Considering this result and the lack of genetic and phylogenetic studies, the present work was proposed to better understand the genetic diversity of this population, from the Cerrado biome of the Bahia state, the Fazenda Jatobá population. We used microsatellite markers selected by next generation sequencing and the mitochondrial DNA control region (D-loop). A field research and contact with other researchers were made to obtain samples of the T. matacus and T. tricinctus samples from different localities. In addition, we also tested the power of COI gene to differentiate eight species of Cingulata order and to estimate the phylogeny using the DNA barcoding approach. Sixty microsatellite loci were selected and tested and 23 showed positive amplification results among individuals from Jatobá Farm population. Only two were polymorphic with two and three alleles respectively. Museum samples and individuals from other localities did not present positive results after amplification tests. The obtained result was unexpected and prevents any further population parameters estimates such as effective population size and inbreeding. Any chance of limitation or error was refuted and the low number of polymorphic loci probably express the low genetic diversity of the population. Low levels of genetic diversity were also observed in 386bp of D-loop (h = 0.4032&plusmn;0.0909 e &pi; = 0.002084&plusmn;0.001737). Only two haplotypes were observed among 23 individuals from the Jatobá population. A third haplotype was observed when in a sample from Ceará (h = 0.4529&plusmn;0.0948 e &pi; = 0.002125&plusmn;0.001757). In the DNA barconding study the COI gene was effective to differentiate most of armadillo species. The phylogeny did not show high support for the nodes representing subfamily level. Considering the evidences of low genetic diversity for the T. tricinctus Jatobá population and the menaces to species\' survival it possible that a similar scenario be present in other populations. Therefore, the obtained results indicate that a larger sampling along different localities of the species\' distribution is needed in order to understand the genetic diversity of T. tricinctus. Preserving the extant three-banded armadillo populations avoiding decline in size should be a priority in future conservation actions. Preserving the genetic diversity of the tree-banded armadillo is essential, especially for Jatobá population. This population may be an example of local extinction, or at least suffer from the negative effects of inbreeding depression and resulting impacts on its viability and survival.

O talha-mar Rynchops niger (Rynchopinae) e o trinta-réis-grande Phaetusa simplex (Sterninae), são aves aquáticas migratórias que se reproduzem simultaneamente em muitas praias fluviais da América do Sul. A taxonomia e a sistemática destas subfamílias foram objetos de poucos estudos. Além disso, possuem subespécies cuja delimitação e a caracterização ainda são confusas, além do que, uma revisão rigorosa da validade destes táxons nunca foi feita. E, como consequência dos poucos estudos, existe uma enorme imprecisão sobre a real área de distribuição de cada táxon, não havendo muita informação sobre os locais para onde se movimentam após o período reprodutivo. Assim sendo, este trabalho teve como objetivo caracterizar geneticamente e revisar a taxonomia destas duas espécies polítipas, definindo os seus táxons válidos e distribuição. Para tal, foram utilizados caracteres morfológicos (de plumagem e morfométricos), sequências do gene mitocondrial ND2 e de marcadores associados a sítios de restrição (ddRADseq), a fim de estimar a variação intra e interpopulacional, o fluxo gênico e a estrutura genética; visando também entender o padrão de migração destes táxons na América do Sul e a influência dos rios na taxonomia e na história evolutiva destas aves. De acordo com os resultados conclui-se: P. simplex passa a ser considerado um táxon monotípico, pois não é possível separar as subespécies entre si, nem morfologicamente e nem geneticamente. Apesar das variações genéticas entre as três subespécies de R. niger não serem significativas, estas continuam a ser consideradas como subespécies válidas, pois puderam ser plenamente diagnosticáveis quanto aos caracteres de plumagem e de distribuição. Não existem variações genéticas significativas entre as populações. As populações podem estar passando por um processo de expansão recente ou seleção positiva; ou podem estar se comportando como uma metapopulação. Os grandes rios sul-americanos, juntamente com o ciclo sazonal de precipitação da América do Sul (que altera a dinâmica destes rios), influenciam diretamente na distribuição, e, consequentemente, na evolução das aves aqui analisadas. Neste caso, os rios funcionam como vias de contato (e não como barreiras) entre os indivíduos, contribuindo para o intenso fluxo gênico dos táxons aqui apresentados / The Black Skimmer (Rynchops niger) and the Large-billed Tern (Phaetusa simplex) are migratory waterbirds that breed simultaneously on river beaches throughout South America. Few studies have been conducted on the taxonomy and systematics of these polytypic species and the delimitation and validity of each taxa described has never been studied in detail. As a result, the geographical distribution of both species is poorly understood and there is little information about the whereabouts of their non-breeding grounds. Therefore, the purpose of this study was to characterize genetically and revise the taxonomy and distribution of these two polytypic species. For this it was integrated morphological characters (plumage and morphometrics), mitochondrial sequences (ND2), and single nucleotide polymorphisms (SNPs) inferred from double digestion restriction associated DNA sequencing (ddRADseq) to estimate: 1) intra- and inter-populational variation, 2) gene flow, 3) population genetic structure, 4) migration patterns of these taxa within South America, and 5) assess the influence of rivers on the taxonomy and evolutionary history of these birds. The results lead to the following conclusions: P. simplex should now be considered a monotypic taxon because currently recognized subspecies are neither morphologically nor genetically diagnosable. Although genetic variation between the three subspecies currently recognized in R. niger is not significant, these taxa continue to be considered as valid subspecies because they are fully diagnosable in plumage characters and distributional patterns. There are no significant genetic variation between the populations of both species (R. niger and P. simplex). Populations may be undergoing a process of recent expansion or positive selection or they may be behaving like a metapopulation. Main South American rivers, together with the seasonal precipitation cycles of South America (which changes the dynamics of these rivers), have direct influence on the distribution, and, consequently, on the evolution of these birds. In this case, the rivers function as pathways of contact (and not as barriers) between individuals, contributing to the intense gene flow between these taxa

O câncer de mama é um dos mais incidentes no mundo e mais comum na população feminina. Algumas populações possuem maior risco para o câncer de mama e ovário devido a presença de mutações fundadoras nos genes BRCA1 e BRCA2 como ocorre nos Judeus Ashkenazi (JA). Os testes genéticos para detecção de mutações de ponto nos genes BRCA1 e BRCA2 foram realizados em 106 indivíduos com e sem origem judaica (IOA) através do rastreamento por dHPLC e sequenciamento. A distribuição das mutações fundadoras no gene BRCA1 foi de cerca de 55 % para 185delAG e 5382isnC no gene BRCA1 e 12 % para 6174delT, no gene BRCA2. Estas mutações também foram detectadas em 7,4 % dos casos no grupo IOA e 84,2% no grupo JA (p< 0,001). Mutações fundadoras espanholas e portuguesas, 330 A>G (11,11 %) e 7966C>T (7,4 %), foram detectadas no IOA. Os carcinomas de mama e ovário foram mais frequentes nos dois grupos, cerca de 70 % e 20 %, respectivamente. No grupo IOA foram diagnosticados carcinomas de mama masculino (9,5 %) e trompa uterina (2,9 %), e carcinoma endometrióide em 11,8 % no grupo JA. / Breast cancer is one of the most commun tumors in women. Some populations shows higher risks for breast and ovarian cancers due to founder mutations in the BRCA1 and BRCA2 genes, as well as Ashkenazi Jewish (AJ) population. Genetic tests to detect point mutations in the BRCA1 and BRCA2 genes were made in 106 individuals: Ashkenazi Jewish and non-Ashkenazi Jews (NAJ) using dHPLC screening and sequencing. The distribution of founder mutations in the BRCA1 and BRCA2. genes was about 55 % for 185delAG and 5382isnC in BRCA1 gene and 12 % for 6174delT in BRCA2 gene. Those mutations were also detected in 7,4 % of NAJ group and 84,2 % in AJ group (p<0,001). Spanish and portuguese founder mutations 330 A>G (11,11 %) and 7966C>T (7,4 %) were also detected in NAJ group. Breast and ovarian carcinomas were detected in higher frequencies in both groups, about 70 % and 20 %, respectively. Male breast carcinomas (9,5 %) and uterine tube carcinomas ( 2,9 %) were diagnosed in NAJ group, and endometrioid carcinoma in AJ group (11, 8 %).

Estudos de genética de populações de pragas agrícolas têm destacado a importância de se conhecer a estruturação genética e os padrões de fluxo gênico entre populações para o refinamento de estratégias de Manejo Integrado de Pragas (MIP). A lagarta-da-maçã do algodoeiro, Heliothis virescens (F.), é um inseto praga amplamente distribuído e importante economicamente por causar danos consideráveis à cultura do algodão no Brasil. O controle dessa praga tem sido feito principalmente pelo uso de inseticidas e de plantas geneticamente modificadas (GM) que expressam proteína(s) de Bacillus thuringiensis Berliner e o potencial de evolução da resistência é alto. O conhecimento de quanto as populações de H. virescens são capazes de trocar informação genética entre si é de fundamental importância para a implantação de estratégias de manejo dessa praga. No entanto, pouco se sabe sobre a estrutura genética e os padrões de fluxo gênico em H. virescens em escalas locais e regionais no Brasil. Assim, o objetivo desse trabalho foi avaliar a variabilidade genética em populações de H. virescens utilizando marcadores microssatélites. Foram amostrados indivíduos de H. virescens oriundos de populações coletadas nas safras de 2007/08, 2008/09 e 2009/10 nas principais regiões produtoras de algodão e soja no Brasil. Foram estudados nove locos polimórficos em 12 populações, em um total de 205 indivíduos. O número médio de alelos por loco foi de 14,11. Os valores de heterozigosidade média esperada (HE) e observada (HO) foram de 0,303 e 0,438, respectivamente. O coeficinete de endocruzamento da espécie f foi de 0,294 (IC 95% de 0,178 a 0,406). As estimativas de estruturação genética foram = 0,132 (IC 95% de 0,072 a 0,218) e RST = 0,252. Esses valores indicam uma estruturação genética moderada entre as populações. Estimativas do número de migrantes indicaram um pequeno fluxo gênico, principalmente no sentido Centro- Oeste Nordeste, embora a maioria dos indivíduos dentro das populações seja residente; adicionalmente, foi verificado que o estabelecimento das populações do algodão ocorre a partir de indivíduos migrantes da soja ou descendentes desses indivíduos. Análises de Componentes Principais e de atribuição usando inferência Bayesiana revelaram a formação de dois grupos, porém não foi possível identificar um padrão de agrupamento (por região, safra ou hospedeiro). Desta forma os resultados do presente trabalho sugerem uma estruturação genética incipiente para as populações de H. virescens no Brasil. Desse modo, é importante levar esses resultados em consideração para que o MIP em geral, e especificamente para que as abordagens para retardar a evolução da resistência sejam implementadas de forma efetiva para o manejo de H. virescens no Brasil. / Agricultural pests population genetics studies have emphasized the importance of genetic structure and patterns of gene flow knowledge for Integrated Pest Management (IPM) strategies. The tobacco budworm, Heliothis virescens (F.), is a widespread and economically important insect pest renowned for causing considerable damage in cotton fields in Brazil. This pest has been controlled by the use of insecticides and genetic modified plants (GM) expressing proteins from Bacillus thuringiensis Berliner, and it has already been shown to present a high potential to develop resistance to these control technologies. To a successful application of these strategies it is needed to know the capacity of the pest populations to exchange genetic information among them. However, for H. virescens a scarce amount of information about genetic structure and patterns of gene flow is available at local and regional scales in Brazil. In this way, the main objective of this study was to evaluate the genetic variability of H. virescens based on microsatellite markers. Specimens were sampled during 2007/08, 2008/09 and 2009/10 from the main cotton and soybean producers regions in Brazil. From this, nine polymorphic loci from 12 populations were studied in 205 specimens. The average number of alleles was 14.11. Expected (HE) and observed (HO) heterozygosity were 0.303 and 0.438, respectively. Inbreeding coefficient f was 0.294 (IC 95% 0.178 - 0.406). Genetic structure indices were: = 0.132 (IC 95% 0.072 0.218) and RST = 0.252. These values point to a moderate genetic structure among H. virescens populations. Migrants estimative indicate a low gene flow, mainly in the Center-Western Northern direction, although most individuals are residents within populations; additionally it was suggested that immigrants to cotton populations come from soybean fields. Genetic relationships inferred by Principal Component Analysis and Bayesian assignment tests identified two groups, although no group pattern was recognized, even by geographic region, year of sampling or host plant. These results suggest an incipient genetic structuring for H. virescens populations within Brazil. Thus, such results should be considered for IPM strategies aiming in an efficient control of H. virescens in Brazil.

Dentre os diversos aspectos geralmente observados na caracterização genética de populações naturais, a avaliação do grau de estruturação da variabilidade genética entre e dentro dos indivíduos e a obtenção de estimativas de parâmetros genéticos indicadores do sistema reprodutivo da espécie assumem grande importância. Os parâmetros de maior interesse neste caso são o índice de fixação intrapopulacional (f) e a taxa de fecundação cruzada (t). Pelo uso de simulações computacionais, este trabalho demonstra o caráter dinâmico do índice de fixação intrapopulacional em diferentes locos ao longo das gerações em decorrência do caráter finito da população e de variação nas taxas médias de fecundação cruzada entre gerações. Sugere-se que este caráter dinâmico representa uma explicação para a elevada variação, comumente reportada na literatura, das estimativas de f obtidas com locos diferentes avaliados em uma mesma população. Utilizando a abordagem Bayesiana, um modelo hierárquico de análise é proposto para a estimação de f, incorporando as informações obtidas de múltiplos locos não ligados, levando-se em conta a condicionalidade do processo de estimação ao polimorfismo dos locos utilizados. O modelo proposto incorpora o caráter dinâmico de f para diferentes locos e permite a estimação do número efetivo de indivíduos reprodutivamente ativos em uma população. Propõe-se ainda um modelo Bayesiano para a estimação da taxa de fecundação cruzada com base na informação de múltiplos locos, admitindo-se a possibilidade de ocorrência de apomixia. Os modelos propostos são avaliados por simulação e exemplos de aplicação a dados reais de marcadores moleculares codominantes são discutidos. Os resultados obtidos demonstram a aplicabilidade das metodologias propostas e o elevado potencial de aplicação da estatística Bayesiana em estudos de genética de populações. / Among the various aspects generally considered in the genetic characterization of natural populations of plant species, the evaluation of the degree of genetic structure within and among individuals and the estimation of parameters related to the species mating system are of great importance. In general, considerable effort is focused on the estimation of the intrapopulation fixation index (f) and the outcrossing rate (t). Using computer simulated data, the dynamic nature of f for different loci along generations is illustrated. The dynamic nature of f is shown to result from the finite condition of populations and from the variation in the mean values of the outcrossing rates among generations. It is suggested that this dynamic behavior explains the inconsistency, commonly reported in the literature, of f estimates obtained for different loci in a given population. Using a Bayesian approach, we propose a hierarchical model for the estimation of f, incorporating information obtained from different unlinked loci and considering the conditionality of the estimation process to genetic polymorphism. The proposed model incorporates the dynamic nature of f values for different loci and allows the estimation of the effective number of reproductively active individuals in a given population. Using a similar approach, a Bayesian model is also proposed for estimating the outcrossing rate using multiple loci information and incorporating the possibility of apomixis. The models proposed are evaluated by computer simulations and examples using real data from codominant molecular markers are presented. Results obtained illustrate the applicability of the proposed methods and reveal the great potential of use of Bayesian statistics in population genetic studies.

As abelhas da tribo Meliponini são conhecidas como abelhas indígenas sem ferrão. São encontradas em áreas tropicais e subtropicais do mundo e estão entre os principais polinizadores da flora brasileira, no entanto, a maioria das espécies estão seriamente ameaçadas de extinção devido a fragmentação dos ecossistemas onde vivem, causados principalmente pelas queimadas e desmatamento. Scaptotrigona aff depilis é uma espécie de abelha indígena sem ferrão que vive em ocos de árvores com colônias bastante populosas. As operárias são de porte pequeno e possuem uma coloração preta fosca. No Brasil, elas são encontradas no Rio Grande do Sul, Paraná, Mato Grosso do Sul, São Paulo e Minas Gerais. Assim como para a maioria dos meliponíneos os estudos populacionais para esta espécie são muito escassos, fazendo-se necessário a ampliação desses estudos para uma melhor compreensão da dinâmica populacional da espécie para futuras estratégias de manejo e conservação. Este trabalho teve como objetivo principal desenvolver um conjunto de marcadores microssatélites que possam ser úteis para futuros estudos populacionais. Foi desenvolvido um conjunto de 20 pares de primers microssatélites, utilizando a técnica de biblioteca genômica enriquecida. Esses primers foram caracterizados em 90 abelhas de nove ninhos naturais coletados de sete regiões (Londrina-PR; Cornélio Procópio-PR; Piracicaba-SP; Ribeirão Preto-SP; Jardinópolis-SP Franca-SP e Uberlândia-MG). Dos 20 pares de primers desenhados e sintetizados, 17 tiveram sucesso na amplificação. O número de alelos por loco variou de 3 a 11 (média de 6,23). A heterozigosidade esperada variou de 0,345 a 0,863 e a heterozigosidade observada variou de 0,226 a 0,938. Os locos apresentaram alta probabilidade de exclusão de paternidade. O índice de diversidade genética dos locos (6,23) foi maior que os relatados em muitas espécies de abelha indígena sem ferrão. Não foram detectados indícios significativos de ligação entre os locos desenvolvidos. O teste de transferibilidade entre S. aff depilis e outras espécies de meliponíneos, demonstrou que as sequências que flanqueiam as regiões microssatélites são conservadas, uma vez que 10 pares de primers amplificaram em pelo menos quatro das sete espécies testadas. A diversidade alélica (2,4) nos ninhos estudados ficou abaixo do observado na literatura, este fato ocorreu devido ao baixo número de indivíduos amostrados por região. As estatísticas F mostraram que não ocorre endogamia entre os ninhos (Fis=-0,2410) e que eles estão estruturados (Fst=0,3810). Os resultados obtidos neste trabalho mostram que os primers desenvolvidos para a S. aff depilis são bem informativos e adequados para futuros estudos de distribuição da diversidade genética, estrutura populacional, agregação de ninhos, conservação e manejo, estudos de filogeografia e estudos de parentesco. / Bees of the Meliponini tribe are known as stingless bees. They are found in tropical and southern subtropical areas throughout the world and are among the most important Brazilian flora pollinators. However, many species are in seriously extinction danger due to fragmentation of the ecosystems where they live, mainly caused by great extent burnings and deforestation. Scaptotrigona aff depilis is a stingless bee species which nests are found in tree cavities with highly populated colonies. The workers are small-sized and have a matte black color. In Brazil, they are found at Rio Grande do Sul, Paraná, Mato Grosso do Sul, São Paulo and Minas Gerais states. As for most meliponines, the population studies for this species are very scarce, making it necessary to expand these studies to better understand the population dynamics of the species for future conservation and management strategies. The present study aimed to develop a set of microsatellite markers that might be useful for future population studies, especially on stingless bees. It was developed a set of 20 pairs of microsatellite primers with the technique of enriched genomic library. Those primers were characterized in 90 bees from 9 natural nests sampled in seven different regions (Londrina-PR; Cornélio Procópio-PR; Piracicaba-SP; Ribeirão Preto-SP; Jardinópolis-SP; Franca-SP; Uberlândia-MG). Of the 20 primer pairs designed and synthesized, 17 were successful in amplification. The allele number per locus varied from 3 to 11 (mean=6.23). The expected heterozygosity ranged from 0.345 to 0.863 and observed heterozygosity from 0.226 to 0.938. The loci presented a high probability of paternity exclusion. The index of genetic diversity of loci (6.23) was higher than those reported in many stingless bee species. It was not detected significant evidences of linkage between developed loci. The transferability test between S. aff depilis and other meliponine species showed that the sequences flanking the microsatellite regions are conserved, since 10 pairs of primers amplified in at least four of the seven species tested. The allelic diversity (2.4) in the studied nests was lower than that observed in the literature; this may be due to the low number of individuals sampled per region. The F statistics showed non-occurrence of inbreeding between the nests (Fis=-0.2410) and that they are structured (Fst=0.3810). The obtained results demonstrate that the developed primers for S. aff depilis are very informative and suitable for further studies of the distribution of genetic diversity, population structure, aggregation of nests, conservation and management studies, phylogeography and kinship studies.

A Mimosa scabrella Bentham bracatinga) é uma espécie arbórea nativa da Mata Atlântica, de ocorrência restrita aos Estados do sul e sudeste do Brasil (RS, SC, PR, SP). A espécie vem sendo cultivada no sul do país e em outros países como Costa Rica e Ruanda, para os mais variados fins. Contudo, embora a espécie tenha diversas utilidades, muito pouco tem sido feito em termos de melhoramento genético. Assim, em Maio de 2003, um teste de procedências e progênies de M. scabrella foi instalado na Estação Experimental de Itatinga (ESALQ/USP), utilizando oito procedências nativas e uma comercial, coletadas ao longo da distribuição geográfica da espécie. O delineamento usado foi o Blocos de Famílias Compactas, com nove procedências, 10 a 20 progênies por procedência, seis plantas por subparcela e cinco repetições. Seis meses após o plantio foi medido o caráter altura total e sobrevivência de plantas no ensaio. Concomitantemente, uma amostra de aproximadamente 50 plantas por procedência foi usada para a analise de eletroforese de isoenzimas, revelando-se sete locos polimórficos. Os resultados mostraram que a espécie tem sistema misto de reprodução com predomínio de cruzamentos (média de tm = 0,971). Na média das procedências foi detectada 7,6% de cruzamento entre indivíduos parentes e 51,3% de cruzamentos biparentais, indicando fortes desvios de cruzamentos aleatórios e que as progênies são constituídas por misturas de diferentes tipos de parentescos. Em concordância, o coeficiente médio de parentesco entre plantas dentro de progênies foi alto (0,392). A análise da diversidade genética detectou altos níveis de heterozigosidades (He = 0,580; Ho = 530), embora em duas procedências (Caçador-SC e Ituporanga comercial-PR) foram detectados excessos significativos de homozigotos em relação ao esperado sob Equilíbrio de Hardy-Weinberg. O estudo da associação entre distância genética de Nei (1978) com a distância geográfica entre procedências, usando o teste de Mantel, não detectou correlação significativa (r=0,198 ; P=159), de forma que não é possível atribuir o padrão de distância genética observado entre procedências ao modelo isolamento por distância. A comparação da medida de divergência genética entre procedências detectada por caracteres quantitativos (Qp = 0,039) com a detectada por locos isoenzimáticos (&#952;p =0,018) sugere que a divergência genética quantitativa observada entre as procedências aos seis meses de idade para o caráter altura foi causada por seleção divergente (Qp>&#952;p). Parâmetros genéticos foram estimados para o caráter altura, usando os modelos aleatório (assume progênies de polinização livre como meios-irmãos) e misto de reprodução (assume progênies de polinização livre como misturas de diferentes parentescos). A estimativas da variância genética aditiva, os coeficientes de herdabilidade e os ganhos esperados na seleção foram superestimados em 36%, 48% e 41%, respectivamente, quando o modelo aleatório de reprodução foi usado ao invés do modelo misto de reprodução. / Mimosa scabrella Bentham (Bracatinga), is a native tree species of Atlantic Forest, of restricted occurrence to the Southwest and South of Brazil (RS, SC, PR and SP). The species comes being cultivated in the Brazil south and in the other countries as Costa Rica and Ruanda, for the most varied ends. But, although the species has a varied ends, lack studies in the genetic breeding. Thus, in May of 2003, a M. scabrella provenance progeny test was implanted in the Experimental Station of Itatinga (ESALQ/USP). The design used was the Compact Family Block with eight provenances, 10 to 20 families per provenance, six plants per subplot and five replications (block). Total height and survival at six months old were measured in the trials. Concomitantly, a sampled of about 50 plants per provenance was used to analyses of isozymes electrophoresis, reveling seven polymorphic loci. The results showed that the species has a mixed mating system with outcrossing predominance (average tm = 0.971). In the provenance average was detected 7.6% of biparental inbreeding and 51.3% of biparental outcrossing, indicating strong deviations of random mating and that the families are mixtures of different relatedness kinds. In agreement, the average relatedness coefficient among plant within families was high (0.392). The analyses of genetic diversity detected high levels of observed and expected heterozygosities (He = 0.580; Ho = 530, respectively), although in two provenances (Caçador-SC and Ituporanga comercial-PR) were detected significant excess of homozygotes in relationship to expected in Hardy-Weinberg equilibrium. The studied of association among Nei (1978) genetic distance and geographic distances among provenances, using Mantel test, no detected significant correlation (r = 198; P = 159), indicating that the observed genetic distance among provenance patters is not possible to attribute the isolation distance model. The comparison of genetic divergence among provenance measured by quantitative traits (Qp = 0.039) with the measure by isozymes loci ( &#952;p = 0.018) suggest that the quantitative genetic divergence among provenance at six months old to height trait was caused by divergent selection ( Qp > &#952;p ). Genetic parameters were estimated to height trait, using the random (assume open-pollinated arrays with half-sibs) and mixed (assume open-pollinated arrays with mixed of different relatedness kinds) mating model. The additive genetic variance, heritabilities coefficients and expected gain selection were 36%, 48% and 41%, respectively, super-estimates, where a random model was used instead of mixed mating model.

Novos marcadores genéticos foram caracterizados para jacaré-de-papo-amarelo (Caiman latirostris) pela construção de bibliotecas enriquecidas de DNA microssatélite. Um microssatélite foi desenvolvido a partir de uma biblioteca enriquecida de DNA microssatélite (ACC/TGG)n e 12 a partir de uma biblioteca enriquecida de DNA microssatélite (AC/TG)n. Esses marcadores foram testados em indivíduos da espécie Caiman latirostris e resultaram em sete novos microssatélites polimórficos. Adicionalmente quatro marcadores microssatélites de Alligator mississipiensis previamente transferidos para Caiman latirostris foram utilizados. Amostras de sangue jacarés-de-papo-amarelo originárias de várzeas associadas ao Rio Piracicaba e alguns de seus tributários no estado de São Paulo, Brasil, foram avaliadas quanto à variação genética entre populações e o parentesco entre indivíduos. Foi detectada variabilidade entre indivíduos originários de sitos diferentes, mesmo entre aqueles com pequena distância geográfica. Os resultados sugerem que os grupos amostrados em cada sítio são compostos predominantemente por indivíduos aparentados. Uma possível combinação de alta taxa de mortalidade e baixa taxa de natalidade pode ser a explicação do baixo número de indivíduos dispersos com sucesso por geração entre os sítios estudados. Esses marcadores podem auxiliar na compreensão dos processos metapopulacionais que aparentemente ocorrem na espécie. / New genetic markers were characterized for the broad-snouted caiman (Caiman latirostris) by constructing libraries enriched for microsatellite DNA. One microsatellite was developed from a (ACC/TGG)n enriched microsatellite DNA library and 12 from a (AC/TG)n enriched microsatellite DNA library. These markers were tested in Caiman latirostris individuals and resulted in seven new polymorphic microsatellites for the specie. Additionally four Alligator mississipiensis microsatellite markers previously transferred for Caiman latirostris were used. Samples from broad-snouted caimans from small wetlands associated with the Piracicaba River and some of its tributaries in the state of São Paulo, Brazil were used to study the genetic variation between populations and parentage between individuals. Genetic variability was detected among individuals from different sites, even those within a small geographic distance. The results suggest that the groups sampled at each site are composed predominantly of related individuals. A possible combination of high mortality and low natality rates in the fragmented Caiman latirostris populations may explain the low number of successfully dispersed individuals per generation observed between the sites studied. These markers might help to understand the metapopulation processes that are occurring within this species.

Encholirium é um gênero de Bromeliaceae de distribuição restrita ao território brasileiro, ocorrendo exclusivamente em afloramentos rochosos nos domínios do Cerrado, Caatinga e Floresta Atlântica, e com centro de diversidade na Cadeia do Espinhaço de Minas Gerais. Possui 23 espécies, das qua is 12 não estão protegidas por nenhuma Unidade de Conservação. O objetivo deste trabalho foi gerar informações úteis para a conservação de três espécies deste gênero, endêmicas da porção mineira da Cadeia do Espinhaço, através da análise da estrutura genética de suas populações. O conhecimento da distribuição da variabilidade genética existente em populações naturais de espécies ameaçadas é fundamental para o planejamento de sua conservação. E. pedicellatum e E. biflorum são espécies conhecidas por apenas uma população cada, ambas ocorrendo fora de Unidades de Conservação, e, desta forma, criticamente ameaçadas de extinção. E. subsecundum é mais bem distribuída, apresentando algumas populações protegidas. As três espécies apresentam propagação vegetativa e aparentemente o estabelecimento de plântulas nas populações é um evento raro. Foram amostradas quatro populações de E. subsecundum ao longo de 200 km, além das populações de E. biflorum e E. pedicellatum. Toda a amostragem foi estruturada em nível de agrupamentos de plantas dentro de populações, respeitando a distribuição espacial dos indivíduos. Utilizaram-se cinco primers RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) para gerar aproximadamente 60 bandas polimórficas para cada espécie. A técnica permitiu observar que cada indivíduo amostrado apresenta um genótipo diferente (com exceção de um clone encontrado para E. biflorum), evidenciando uma variabilidade anteriormente subestimada pelo hábito clonal das plantas, pela sua morfologia uniforme e pelo tamanho reduzido das populações. A porcentagem de bandas polimórficas, bem como o Índice de Diversidade de Shannon- Wiener, indicam que a espécie E. subsecundum, de distribuição mais ampla, apresenta maior diversidade genética molecular, seguida de E. biflorum. Através da Análise de Variância Molecular, AMOVA, observou-se que o padrão de distribuição da variabilidade genética molecular varia de espécie para espécie. Forte estruturação genética em nível de agrupamentos de plantas foi detectada para E. biflorum e E. pedicellatum. E. biflorum apresenta 16,06% da variância genética molecular entre agrupamentos (Fst= 0,16), que distam em média 11,6 m entre si, enquanto E. pedicellatum apresenta 8,44% da variância entre agrupamentos distando em média 88 m entre si (Fst = 0,08). Já a espécie E. subsecundum apresenta 14,52% da variância entre populações distantes em média 116,6 km umas das outras (Fst = 0,15). Nas três espécies, as diferenças genéticas moleculares existentes entre os indivíduos do mesmo agrupamento são responsáveis pela maior parte da variabilidade genética molecular total (maior do que 80% da variabilidade nos três casos). Tais resultados têm implicação direta para a conservação, sendo especialmente úteis para a otimização de coletas para a formação de bancos de germoplasma ex situ. / Encholirium is a Brazilian genus of Bromeliaceae which occurs exclusively in rocky landscapes in areas of Cerrado, Caatinga and Atlantic Forest. It’s diversity center is located at Cadeia do Espinhaço, Minas Gerais State, Brazil. Of the 23 species of Encholirium, 12 are not protected by any Conservation Unit, occurring only in non-protected territories. The aim of this work was to generate baseline information to the conservation of three Encholirium species, endemic to the rocky mountains of "Cadeia do Espinhaço" in Minas Gerais state, through its populations genetic analyses. Information on genetic diversity and its distribution has a great potential in devising conservation strategies. E. pedicellatum and E. biflorum are known by only one population, both occurring in non-protected territories, being critically endangered. E. subsecundum is more widespread, and some of its populations are protected by Conservation Units. These three species reproduces clonally and seedling recruitment is apparently a rare event in natural populations. Samples of E. subsecundum were collected in four populations along 200 km. E. biflorum and E. pedicellatum were collected in the only known populations. The sampling process was made carefully in order to respect the natural distribution of individuals in "patches" or "colonies" within populations. Five Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) primers generated approximately 60 polymorphic bands for each species. This technique demonstrated that there is a single genotype for every individual sampled (except for one clone found in E. biflorum). High levels of genetic variability were not expected, due to the clonal growth, homogeneous morphology of the plants, and small populations size. The percentage of polymorphic bands and the Shannon-Wiener diversity index showed that E. subsecundum has higher levels of genetic diversity, followed by E. biflorum. The results of an Analysis of Molecular Variance (AMOVA) showed that the populations of E. biflorum and E. pedicellatum are strongly struturated at the patches level. In E. biflorum, 16.06% (Fst= 0.16) of the total genetic diversity resided among the patches of the population, which are, on the average, 11.6 m separated, whereas in E. pedicellatum 8.44% (Fst = 0.08) of the total genetic diversity was attributable to the differences among patches, which are, on the average, 88 m apart. In E. subsecundum, 14.52% (Fst = 0.15) of the total genetic diversity resided among populations, which are, on the average, 116.6 km separated. The results are valuable to the development of conservation strategies, in particular to guide future samplings to compose germoplasm banks.