• Refine Query
  • Source
  • Publication year
  • to
  • Language
  • 25
  • 14
  • 8
  • 7
  • 2
  • 1
  • 1
  • 1
  • Tagged with
  • 61
  • 10
  • 7
  • 7
  • 7
  • 6
  • 6
  • 6
  • 5
  • 5
  • 5
  • 5
  • 5
  • 5
  • 4
  • About
  • The Global ETD Search service is a free service for researchers to find electronic theses and dissertations. This service is provided by the Networked Digital Library of Theses and Dissertations.
    Our metadata is collected from universities around the world. If you manage a university/consortium/country archive and want to be added, details can be found on the NDLTD website.
1

The evolution of Norman identity, 911-1154

Webber, Nicholas Michael January 2001 (has links)
No description available.
2

Estratègies de co-transformació per eliminar els gens de selecció i avaluació del flux de gens en plantes transgèniques d'arròs

Peñas Civit, Gisela 05 September 2005 (has links)
En el procés de transformació genètica tan sols un petit percentatge de cèl·lules accepta la integració de DNA forà mentre que la majoria de cèl·lules romanen com a no transgèniques. Habitualment s'introdueix juntament amb el gen d'interès un gen de selecció, que permet el creixement únicament de les cèl·lules transformades. Fins ara els gens de selecció més utilitzats són els que confereixen resistència a antibiòtics o a herbicides. A més dels possibles riscs sanitaris i/o mediambientals que pot comportar l'ús d'aquests gens (fins ara no demostrats) hi ha una normativa europea (EU 2001/18/EC) que en prohibeix l'ús. A nivell científic, la presència d'aquests gens és totalment prescindible un cop s'han seleccionat les cèl·lules transformades. Per tot això, en els darrers anys s'han establert diverses estratègies per eliminar els gens de selecció en plantes transgèniques. Aquest treball s'ha centrat en estudiar diferents vies de co-transformació de dos gens, el d'interès i el de selecció, amb la finalitat d'establir el millor sistema per obtenir per segregació de caràcters en la descendència, plantes transgèniques d'arròs (Oryza sativa L.) lliures de gens de selecció. S'han utilitzat gens marcadors de fàcil identificació com el gen gfp (green fluorescent protein), el gen bar (resistència al herbicida glufosinat d'amoni) i el gen uidA (?-glucuronidasa) per obtenir les taxes de co-transformació en T0 i per avaluar la segregació de caràcters en T1. S'han dissenyat diferents estratègies de co-transformació tan per Agrobacterium tumefaciens com per biolística.Mitjançant la transformació genètica per Agrobacterium tumefaciens s'ha provat a) la inoculació del call d'arròs amb dues poblacions d'Agrobacterium, cadascuna portadora d'un plàsmid amb un gen marcador diferent. Les inoculacions s'han realitzat simultàniament en el temps i deixant dos i cinc dies de decalatge entre una i altra; b) inoculació amb una soca d'Agrobacterium portadora de dos plàsmids, cadascun amb un gen marcador; i c) inoculació amb una soca d'Agrobacterium portadora d'un plàsmid amb dues regions de DNA de transferència, el doble T-DNA. Per biolística s'han realitzat experiments en què en comptes de disparar amb plàsmids sencers s'ha fet amb DNA monocatenari. Les aplicacions dels T-DNA monocatenaris es van realitzar simultàniament en el temps i amb decalatge de dos i cinc dies. Els resultats dels estudis de les estratègies portades a terme per Agrobacterium tumefaciens van ser els següents: inoculant simultàniament amb dos cultius bacterians es va obtenir una taxa de co-transformació baixa però suficient per permetre l'obtenció de plantes descendents que segreguin pels dos caràcters. En canvi, l'estratègia de deixar temps de decalatge entre les inoculacions no va afavorir la inserció del nou caràcter en un locus independent sinó que els resultats suggereixen que el teixit vegetal podria activar mecanismes de defensa que bloquegen una segona inserció de material genètic a curt termini. No va resultar efectiva l'estratègia d'inocular amb una soca bacteriana portadora de dos plàsmids diferents segurament per la gran similitud entre els dos plàsmids utilitzats, implicant el desplaçament d'un dels dos plàsmids i impossibilitant l'obtenció de plantes co-transformades. Tot i que caldria ajustar alguns paràmetres per obtenir els resultats esperats per biolística, s'ha demostrat la funcionalitat d'almenys un dels T-DNA monocatenaris. Finalment l'estratègia que va resultar més eficaç i viable va ser la del doble T-DNA, obtenint una taxa de co-transformació del 69'7% amb plantes que a més havien integrat en la majoria dels casos entre una i dues còpies de cada gen. La tècnica del doble T-DNA ens ha permès obtenir diverses línies homozigòtiques de plantes d'arròs portadores d'un dels gens marcadors lliures de gens de selecció. Aplicant la tècnica del doble T-DNA es va substituir un dels gens marcadors per un gen d'interès, el CryIB, que codifica per una endotoxina de Bacillus turingensis, que confereix resistència a la planta transgènica enfront al barrinador de l'arròs Chilo supressalis,. Amb l'estratègia del doble T-DNA es van obtenir plantes d'arròs amb el gen d'interès CryIB i sense gens de selecció.Un altre aspecte que s'ha abordat a la tesi és l'estudi de flux genètic entre plantes transgèniques d'arròs, plantes no transgèniques i arròs salvatge. En aquest sentit és va dissenyar un experiment en camp per confirmar els resultats obtinguts en assaigs anteriors sobre l'efecte de la distància i dels vents dominants en l'encreuament entre plantes transgèniques i plantes no transgèniques de la mateixa varietat d'arròs, així com avaluar la taxa d'encreuament amb l'arròs salvatge situat entremig del camp o bé a diferents distàncies. Els resultats obtinguts, juntament amb les característiques particulars de les varietats d'arròs suggereixen que la coexistència és possible entre cultius transgènics, tradicionals i ecològics d'arròs. Tanmateix, en el cas de l'arròs salvatge les mesures de coexistència hauran d'incloure, molt probablement, alguna estratègia que permeti minimitzar la presència d'aquesta mala herba als camps d'arròs. / In genetic transformation process only a few percentages of cells accept the integration of foreign DNA while most cells remain non-transformed. Usually a selection gene is introduced together with the gene of interest, allowing the growing of transformed cells only. Until now, the most frequently used selection genes are those that confer antibiotic or herbicide resistance. Apart from the potential health and/or environmental risks (presently still not demonstrated) there is a European regulatory law (EU 2001/18/EC) that forbids the use of antibiotic selection genes. At a scientific level, the presence of these kinds of genes is absolutely not necessary once the transformed cells have been selected. For all these reasons, some strategies have been established in recent years in order to eliminate the selection genes of transgenic plants. The aim of this thesis was to study different ways of co-transformation to obtain transgenic rice (Oryza sativa L.) without selection genes, throughout the segregation in the progeny. Easily identifiable reporter genes such as gfp (green fluorescent protein), bar (ammonium glufosinate resistance) and uidA (?-glucuronidase) have been used to obtain co-transformation ratios in the T0 and to evaluate characters segregating in the T1 generation. Different strategies of co-transformation by Agrobacterium tumefaciens as well as have been designed. By using Agrobacterium tumefaciens genetic transformation system we have tested a) inoculation of rice embriogènic callus with two populations of Agrobacterium, each one carrying a vector with a different reporter gene. The inoculations have taken place simultaneously and with a time range of two and five days between them; b) inoculation with one population of Agrobacterium tumefaciens carrying both types of vectors, each one with it's own reporter gene; and c) inoculation of an Agrobacterium population carrying a vector with two T-DNA regions, each one with a different reporter gene. By biolistics we have experimented shooting with single stranded fragments of DNA instead of whole plasmids. The applications of the single-stranded T-DNA have taken place simultaneously and in range of time of different days. The results obtained with the different Agrobacterium tumefaciens strategies were the following: by inoculating simultaneously with two bacterial cultures we had a low co-transformation ratio but this was enough to obtain plants in the progeny segregating for both characters. However, the range time strategy between different inoculations did not favor the insertion of the second T-DNA far from the first one. These results suggest that vegetal tissue could activate some defense mechanism that blocks a second introduction of genetic material in a short time. The strategy based in inoculating with an Agrobacterium population carrying two types of plasmids was not effective, probably due to the important similarity of the used plasmids that could lead to the high replication of one of them in comparison with the other one, making impossible to have co-transformed plants. Although it would be necessary to adjust some parameters to obtain the expected results by bioballistics, we have demonstrated the functionality of at least one of the single-stranded T-DNA shouted. Finally, the most effective strategy was the double T-DNA system that gave rise to a co-transformation ratio of 69.7% with plants that had integrated in the most part of them one to two copies of each gene. The double T-DNA system allowed us obtaining some homozygous rice plants carrying one of the reporter genes without selection gene. Applying the double T-DNA technique, one of the cassettes was substituted by a cassette carrying the CryIB gene that codifies for an endotoxin from Bacillus thuringensis, conferring resistance to the stem borer Chilo suppressalis. With this strategy we have obtained rice plants with the gene of interest CryIB and free from selection genes. Another aspect studied in this thesis was the gene flow between transgenic rice plants and conventional rice and the red rice weed. An experimental field has been designed to confirm the results obtained in previous experiments on the effect of distances and prevalent winds in cross-pollination between transgenic and non transgenic rice plants. Moreover, out-crossing between transgenic rice and the red rice weed placed into transgenic field or at different distances was studied. The obtained results, with the particular traits of rice cultivars, suggest that coexistence is possible between transgenic, traditional and organic rice cultivars. However, in the case of the red rice weed, the measures of coexistence would probably have to include some strategy that permit minimize the presence of that weed in rice fields.
3

Detecció i estudi de gens implicats en el desenvolupament prenatal de la rata

Fàbregas Batlle, Pere Jordi 21 November 2001 (has links)
IntroduccióEl treball "Detecció i estudi de gens implicats en el desenvolupament prenatal de la rata" parteix de la hipòtesi de treball de què la carcinogènesi i el desenvolupament són processos que comparteixen mecanismes de funcionament com són l'elevat índex de proliferació, la capacitat de migració cel·lular o l'angiogènesi sostinguda i que, per tant, deuen compartir els gens que els regulen. Amb aquest plantejament a l'horitzó, aquest treball té com objectiu detectar gens implicats en el desenvolupament per, en un futur proper, estudiar si estan o no implicats en la carcinogènesi. Per detectar gens durant el desenvolupament es va utilitzar una tècnica de fingerprinting, RNA arbitrarily primed PCR ( RAP-PCR). La RAP-PCR és una tècnica destinada a l'estudi d'expressió gènica diferencial que utilitza, com a material, RNA de les diferents mostres que es volen comparar. En primer lloc el RNA s'ha de convertir a cDNA mitjançant la retrotranscripció (RT) amb la utilització d'un primer de disseny arbitrari. El cDNA obtingut s'amplifica per una reacció de PCR que, en la RAP-PCR, presenta tres particularitats: temperatures baixes d'hibridació en els primers cicles, augment de concentració de sals a la mescla i la utilització d'un primer arbitrari, el mateix o no de la RT. El resultat és l'amplificació d'un determinat nombre de seqüències de DNA que, mitjançant una electroforesi, es visualitzen com un patró de bandes en un gel desnaturalitzant d'acrilamida, poden així comparar-se l'expressió de cada transcrit entre les diferents mostres.Material i mètodesEl material, per a la realització de la tècnica de RAP-PCR, es va obtenir mitjançant microdissecció de fetus (E17-E20) procedents de 7 rates (Rattus norvergicus) gestants de la de la soca OFA (línia Sprague-Dawley). Els segments microdissecats corresponien a subdivisions amb criteris anatòmics i embriològics, del tub digestiu des de l'estómac fins al recte. Dels diferents segments microdissecats es va realitzar l'extracció de RNA amb el mètode d'extracció amb tiocianat de guanidini i fenol-cloroform (Chomczynski i Sacchi, 1987). A partir del RNA es va realitzar la retrotranscripció, mitjançant l'acció de l'enzim M-MLV i amb la participació d'un primer arbitrari (D4S 2912-GT), obtenint-se, d'aquesta manera, una primera selecció de cDNAs. El cDNA obtingut es va amplificar per PCR, amb les característiques descrites prèviament, i utilitzant el mateix primer que en la retrotranscripció (D4S 2912-GT). Els productes de PCR varen ser sotmesos a electroforesi en gels de seqüenciació obtenint-se com a resultat un patró de bandes característic i reproduïble. Les diferents bandes es varen retallar dels gels, varen ser eluïdes en aigua i conservades a 4ºC. Després de l'estudi dels patrons d'expressió dels diferents seqüències en els gels d'acrilamida es varen seleccionar 10 bandes per a la seva clonació i posterior seqüenciació.Per a dur a terme la clonació, les bandes es varen lligar al plasmidi pCR2.1, per l'acció d'una lligassa durant 16 hores a 14ºC de temperatura. El producte del lligatge es va utilitzar per transformar, per xoc tèrmic, bacteris competents de l'espècie Escherichia coli (soca To F-10) que, després d'un temps curt de creixement, es sembraven a plaques de Petri que contenien LB-Agar. Després de 14-16 hores de creixement es seleccionaven les colònies de bacteris que havien incorporat el plasmidi amb l'insert i mitjançant PCR es confirmava la incorporació de l'insert de la mida (núm. de parells de bases) desitjada. Amb la informació proporcionada per la PCR s'efectuava la selecció de clons per realitzar la seqüenciació automàtica. Les seqüències obtingudes per la tècnica de la seqüenciació automàtica eren analitzades mitjançant el programa BLAST a les bases de dades de la NCBI i de la UCSC, obtenint-se un llistat d'homologies amb gens seqüenciats en diferents espècies i en el genoma humà, respectivament. A fi de confirmar els resultats i obtenir una informació precisa de la localització de l'expressió es va realitzar la tècnica de la hibridació "in situ" de la banda que, segons la seqüenciació, corresponia a un fragment d'hsp86. Per a tal fi es varen construir ribosondes sense i antisense a partir d'un dels clons bacterians que havien incorporat l'insert. Per a la construcció de les ribosondes, la banda va ésser transferida al plasmidi pBluescript SK, que posseeix promotors de T3 i T7 RNA polimerases (per a la síntesi de les sondes sense o antisense, respectivament), a diferència del pCR2.1 que només en posseeix un d'ells. La síntesi de les ribosondes es va realitzar mitjançant l'acció de les RNA polimerases T3 o T7, utilitzant nucleòtids marcats amb digoxigenina pel marcatge de la sonda i com a motlle el plasmidi linealitzat. La tècnica de la hibridació "in situ" es va efectuar sobre talls sagitals, realitzats en criòstat i adherits a portaobjectes, de fetus sencers de rata, fixats per perfusió amb Paraformaldehid al 4% en PB, procedents de 4 rates gestants de la de la soca OFA (línia Sprague-Dawley) de 17 a 20 dies de gestació.Resultats i discussióEls resultats d'aquest treball varen ésser obtinguts a tres nivells: 1. Patró de bandes en els gels d'acrilamida2. Anàlisi de les seqüències 3. Hibridació "in situ"1. Patró de bandes en els gels d'acrilamida: Els patrons de bandes en els gels d'acrilamida varen mostrar patrons d'expressió de les diferents bandes, que varen ser identificades per un codi de lletres i números. Aquests resultats varen proporcionar la informació per a decidir les bandes a seqüenciar però en cap cas varen ser considerats com a resultats definitius.2. Anàlisi de les seqüències: Donat que la metodologia de la RAP-PCR amplifica tot tipus de RNAs, en el nostre cas, hem obtingut tres seqüències de RNA ribosòmic (H3, N0 i N1.2), dues procedents del genoma mitocondrial (E3 i G1), tres RNAs missatgers (F8/hsp86, G0/CCT-5 i M2/GTP binding protein) i, finalment, dues seqüències (J2 i N1.1) han mostrat una seqüència desconeguda de nucleòtids. Respecte a les seqüències que varen mostrar màxima homologia amb RNAs missatgers l'anàlisi bioinformàtica ens va proporcionar la següent informació: La banda G0, que a la RAP-PCR s'expressa més intensament a la part més anterior del duodè, va mostrar homologia d'un 93% amb Mus Musculus Chaperonin subunit 5 (epsilon) (Cct5) i d'un 87% amb Homo Sapiens mRNA for KIAA0098 protein. KIAA0098 és homologa a nivell del seu exó 1 amb Homo Sapiens mRNA activated in tumor supression, clone TSAP9 que s'ha clonat en un estudi en el que es va considerar com un probable gen supressor de tumors, donada la seva expressió diferencial en dues línies cel·lulars, l'una tumoral i l'altre no. (Roperch JP et al. (1999). SIAH-1 promotes apoptosis and tumor supression through a network involving the regulation of protein folding, unfolding, and trafficking: Identification of common effectors with p53 and p21Waf1 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96: 8070-8073).La banda M2, que a la RAP-PCR s'expressa a les diferents localitzacions sense diferencies remarcables, ha mostrat homologia d'un 92% amb Mus musculus largeG mRNA for large GTP binding protein i d'un 84% amb Homo sapiens optic atrophy 1 (autosomal dominant) (OPA1) , per la qual cosa considerem que és homòloga al gen de l'atròfia òptica tipus 1, a nivell del seu domini GTP.La banda F8, que a la RAP-PCR s'expressa a les mostres corresponents a les parts més distals del tub digestiu, va mostrar homologia d'un 98-100% amb Rattus norvegicus hsp86 gene for heat shock protein 86, homòloga a la hsp 90a humana.3. Hibridació "in situ" : La Hibridació "in situ" amb les sondes construïdes a partir de la banda F8, corresponent a un fragment del gen de la hsp86 de la rata, va mostrar els següents resultats: la sonda sense no va mostrar hibridació a cap dels talls estudiats i la sonda antisense va mostrar un patró d'expressió molt conservat a les diferents edats del període fetal de la rata. Les localitzacions en les que va hibridar la sonda antisense, amb diferents intensitats de marcatge, són, amb una ordenació craniocaudal, les següents: escorça cerebral, capa ependimaria dels plexes coroïdals, epiteli de les cavitats nasal i nasofaringea, glàndules salivals, glàndules glossopalatines, epiteli de revestiment dels bronquis de gran mida, timus, greix bru, ganglis raquidians, cèl·lules hematopoètiques o hepatòcits a nivell hepàtic, epiteli i serosa del intestí prim i gros, escorça renal i suprarenal i cèl·lules germinals del testicle.Dels resultats obtinguts en la HIS amb la sonda F8 destaquem que existeix expressió del gen de la hsp86 en els epitelis nasal i bronquial, revestiment ependimari dels plexes coroïdals i en cèl·lules germinals del testicle, localitzacions en les què les cèl·lules presenten cilis o flagels. Els cilis i flagels estan formats per una estructura interna, l'axonema, constituïda, en vertebrats, per nou doblets de microtúbuls que n'envolten a dos centrals. Cada microtúbul esta format per protofilaments constituïts per heterodímers d'a i b tubulina. Es coneix bé que la hsp90a es la xaperona que col·labora en el plegament de les tubulines, pel que considerem que l'expressió de la sonda F8 en les localitzacions en les que hi ha elements mòbils, es deu a aquest fet. S'ha relacionat hsp90a amb càncer degut a què aquestes proteïnes col·laboren en el plegament de proteïnes necessàries pel creixement i la divisió cel·lular. Per altre banda, Mizuno et al (2001) recentment han descrit la interacció de hsp90a i hsp90b amb Pim-1, un protooncogén relacionat amb proliferació cel·lular en limfomes i leucèmies. Així mateix, s'ha observat sobrexpressió d'hsp90a en diferents tipus de càncer (d'endometri, de pàncrees, de mama, de nasofaringe, de glàndules salivals i en leucèmies), alguns dels quals es desenvolupen en teixits a on s'expressa la sonda F8 durant el període fetal de la rata. Tots aquests fets recolzen la relació de hsp90a amb hiperproliferació i càncer.Recapitulant, veiem que en aquest treball hem trobat dues seqüències G0 (Chaperonin subunit 5 (epsilon)) i F8 (hsp 86) que podem relacionar amb càncer, el primer com a probable gen supressor de tumors i el segon com a gen relacionat amb proliferació cel·lular. Creiem que després d'aquest treball, en el que només es pretenia identificar gens del desenvolupament, la porta que pretenem travessar en la següent fase, per relacionar genèticament càncer i desenvolupament, està una mica més oberta. / Introduction"Detection and study of gens implicated in the prenatal development of the rat" is a doctoral thesis based on the working hypothesis that carcinogenesis and development are processes that share functional mechanisms, such as high proliferation index, celular migration ability and sustained angiogenesis, and consequently it must share the gens that regulate them, too. With this idea in mind the objective of this work is the detection of development implicated gens in order to, in a future, determine its implication in carcinogenesis. In order to detect genes during development the fingerprinting technique RNA arbitrarily primed PCR (RAP-PCR) was used. RAP-PCR is a technique for the study of differential genic expression that use RNA from different samples to be compared. First, RNA is transformed in cDNA through retrotranscription (RT) using of an arbitrary primer. cDNA is then amplified by a PCR that, in RAP-PCR, displays three peculiarities: low hibridization temperatures in the first cicles, an increase in the concentration of salts in the mix and the use of an arbitrary primer, the same of the RT or not. The result is the amplification of a determined number of sequences of DNA that can be observed as a fingerprinting pattern in a denaturalising acrilamide gel, thus permitting to compare transcrit expression between two samples.Material and MethodsFor the RAP-PCR technique, the material was obtained by microdissection of fetusses (E17-E20) from 7 pregnant rats (Rattus norvergicus) of the OFA strain (Sprange-Dawley line). The microdissected segments corespond to subdivisions with anatomic and embryologic criteria, from stomach to rectum. The RNA extraction from the microdissected segments was done by the Guanidium tiocianate extraction method (Chomczynski & Sacchi, 1987). Once the RNA was obtained, the retrotranscription was done, through the action of the M-MLV enzime and the participation of an arbitrary primer (D4S 2912-GT), obtaining, in this way, a first cDNA selection. The cDNA was amplified by PCRs, with the previously described characteristics, and using the same primer than in the retrotranscription (D4S 2912-GT). PCR's products were submited to electrophoresis in sequentiation gels, obtaining a characteristic and reproducible pattern. The different bands were cuted out from the gels, eluted in water and keeped at 4ºC. After analyzing the expression patterns of the different transcrits in acrilamide gels, ten bands were selected for its clonation and posterior sequentiation.To carry out the clonation the bands were ligated to pCR®2.1 plasmidium, by the action of a ligase enzime during 16 hours at 14ºC. The ligation product was used to transform by thermic shock competent E Coli bacteriums (To F-10 strain) that, after a short growing period, were sow in Petri plaques containing LB-Agar growing media. After 14-16 hours of growing, the bacterial clones that had incorporated the plasmidium with the insert were choosed and was confirmed by PCR which of them had the insert with the expected size, in order to select them for the automatic sequentiation. The obtained sequences were analized through BLAST programe in the NCBI and UCSC data bases, obtaining, in this way, homologies with gens in different species and in human genome, respectively.In order to confirm the results and to obtain accurate information on the localization of the expression, "in situ" hibridization technique of the band that, according to sequentiation, corresponded to a hsp86 fragment, was performed. For that purpose riboprobes sense and antisense were constructed from one of the bacterial clones that had incorporated the insert. For the construction of the riboprobes, the band must be transferred to the pBluescript SK plasmidium, that possesses promotors of the T3 and T7 RNA polimerases (for the sintesis of the sense and antisense probes, respectively), diferently of pCR2.1 that only has one of them. Riboprobes Synthesis of the was done by the action of RNA polimerases T3 and T7, using digoxigenin marked nucleotides, in order to mark the probe, and the linealizated plasmidium as mould. The "in situ" hibridization was done over sagital sections, carried out in criostate and adhered to glass slides , of whole rat fetuses, fixed by perfusion with 4% Paraphomaldehid in PB, obtained from 4 pregnant rats of the OFA strain (Sprague-Dawley line) at the 17-20 days of pregnancy.Results and discussionResults of this work were obtained in three levels: 1. Band pattern in the acrilamide gels2. Sequences analysis 3, "In situ" hybridization1. Fingerprinting pattern in the acrilamide gels: Fingerprinting patterns showed expression patterns of the diferent bands, that were identified by a number and a letter code. These results gave us the information for deciding wich which bands to be sequenciate, but in no case this was considered to be definitive.2. Sequence analysis:Due to the fact that RAP-PCR amplifies all kinds of RNA, we have obtained in our study three sequences of rRNA (H3, N0, N1.2), two from the mitochondrial genome (E3 and G1), three mRNA (F8/hsp86, G0/CCT-5 i M2/GTP binding protein). Finally, two sequences (J2 i N1.1) have shown a unknown nucleotid sequence. In respect to the sequences that showed the highest homology with mRNA, the bioinformatic analysis gave us the following information: The G0 band, that in the RAP-PCR is more intensivily expressed in the more anterior part of the duodenum, showed 93% of homology with Mus Musculus Chaperonin subunit 5 (epsilon) (Cct5) and 87% with Homo Sapiens mRNA for KIAA0098 protein. KIAA0098 is homologue in exon 1 with Homo Sapiens mRNA activated in tumor supression, clone TSAP9 that was cloned in a study where it was considered a probable tumor supressor gen, due to its differential expression in two celular lines, one tumoral and not the other (Roperch JP et al. (1999). SIAH-1 promotes apoptosis and tumor supression through a network involving the regulation of protein folding, unfolding, and trafficking: Identification of common effectors with p53 and p21Waf1 . Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96: 8070-8073).The M2 band, that in RAP-PCR is expressed with no remarkable differences between different localizations, has shown 92% of homology with Mus musculus largeG mRNA for large GTP binding protein and 84% with Homo sapiens optic atrophy 1 (autosomal dominant) (OPA1) , two reasons to consider it homologue with optic atrophy 1 gene, in its GTP dominium.The F8 band, that in RAP-PCR, is expressed in the more distal parts of the digestive tube, showed 98-100% homology with Rattus norvegicus hsp86 gene for heat shock protein 86, homologue to hsp 90a. 3. "In situ" Hibridization: The "in situ" hibridization with probes constructed from F8 band, that corresponded to a fragment of the hsp86 gene of the rat, showed the following results: Sense riboprobe showed no hibridization in the studied sections and the anti-sense showed an expression well conserved pattern in the different ages of the fetal period of the rat. Localizations where antisense probe hibridizated, with different mark intensities, were the following, in a craniocaudal order,: Cerebral cortex, ependimary layer of the choroidal plexus, epithelia of the nasal and nasopharinx cavities, salival glands, glosopalatine glands, surface epithelium of the larges bronchii, thimus, brown fat, raquidial ganglia, hematopoyetic cells or hepatocites in the liver, epithelia and serose layer in the small and large bowel, renal and suprarenal cortex and germinal cells in the testes.From our results obtained by "in situ" hibridization with the F8 probe we emphasize that expression of the hsp86 gene exists in the nasal and brochial epithelia, ependimary layer of the choroidal plexus and germ cells of the testes, all of them locations where cells display cilia or flagelae. Ciliae and flagelae are formed by and internal structure, axonem, consisting in vertebrates, by nine protophylaments constituted by a and b tubulin heterodimers. Is well known that hsp90a is the chaperon that collaborates in the folding of tubulines, reason for which we consider that the expression of the F8 probe in the locations with mobile elements is due to this fact. Hsp90a has been related to cancer because these proteins collaborate in the folding of the proteins neededfor celular growth and division. In the other way Mizuno et al. (2001) have recently described the interaction of hsp 90a and hsp90b with pim-1, a protooncogen related to celular proliferation in leukemias and limphomas. It has similarly been observed overexpression of hsp90a in different cancers ( endometrium, pancreas, breast, nasopharinx, salival glands and leukemias ), some of them developed in tissues where F8 probe is expressed during the rat fetal period. All these facts support the relation between hsp90a with hyperproliferation and cancer.Summarizating, we have found in this work two sequences G0 ( Chaperonin subunit 5 (epsilon)) and F8 (hsp86) that can be related to cancer, the first as a probable tumor supressor gene and the second as a gen related to celular proliferation.. We belive that, after this study, that only pretended to identify development gens, the door that we pretend to cross is now a little more open, for genetically relate cancer and development in the next phase.
4

Estudi de l'apoptotsi induïda per inhibidors farmacològics de les CDKS. Caracterització dels sinergismes amb taxoides i nutlina-3.

Ribas i Fortuny, Judit 28 October 2005 (has links)
L'olomoucina i la roscovitina són dos inhibidors de les cinases dependents de ciclines (CDKs) que actuen competint pel lloc d'unió de l'ATP. Presenten una alta especificitat "invitro"davant de la CDK1, 2, 5, 7, 9 i les ERKs. Aquest perfil inhibidor els confereix unes amplies perspectives en la teràpia antitumoral.En aquest treball, hem mostrat que la línia neuroblàstica de les SH-SY5Y i la promielocítica de les HL60, morien apoptòticament en resposta a ambdós fàrmacs. Una caracterització més extensa del procés, va evidenciar que la sobre expressió de Bcl-2 o Bcl-XL no conferien resistència. En canvi, la inhibició general de les caspases amb z-VAD-fmk, frenava parcialment la mort. En conseqüència, vam hipotetitzar que ens trobàvem davant d'una via extrínseca d'apoptosi, dependent de l'activació de la caspasa 8 (CASP8) o de la caspasa 10 (CASP10). Tanmateix, les CASP8/10 no s'expressen a les SH-SY5Y ja que els seus gens han estat metilats, i és més, no vam observar que es reexpressessin en resposta a l'olomoucina o la roscovitina. En conclusió, la implicació al nostre paradigma experimental d'una via extrínseca canònica d'apoptosi va ser descartada. D'altra banda, la inhibició de la síntesi de proteïnes protegia les SH-SY5Y de l'apoptosi. Curiosament, vam observar l'existència de sinergisme de rescat entre el z-VAD-fmk i ,per exemple, la cicloheximida, fet que suggeria l'existència de diferents vies apoptòtiques en diferents subpoblacions del cultiu cel·lular. La manca de toxicitat del tractament amb PD98059 o UO126, dos inhibidors de la via Erk1/2, anava en contra de que la inhibició de Erk1/Erk2 fos la causa de l'apoptosi. És més, el tractament amb olomoucina i roscovitina induïa la fosforilació i subseqüent activació de les Erk1/2. Sorprenentment, al nostre model, l'isoolomoucina, un isòmer inactiu de l'olomoucina, causava els mateixos efectes sobre les ERKs. Basant-nos en els resultats d'iso-olomoucina, vam concloure que la fosforilació de les ERKs i la seua subseqüent activació, no estaven implicats en els fenòmens d'apoptosi, proliferació i diferenciació. Finalment, vam mostrar que les SH-SY5Y diferenciades esdevenien resistents a l'olomoucina i a la roscovitina, fet que recolzava el paper de la inhibició de les CDKs en tant que esdeveniment iniciador de la cascada apoptòtica. D'altra banda, l'olomoucina i la roscovitina són cada cop més estudiats en el context de la teràpia combinatòria enfront del càncer. Als nostres treballs, hem utilitzat la R-roscovitina, un dels dos estereoisòmers de la roscovitina. La combinació amb el docetaxel (DTX) no era sinèrgica induint mort. En canvi, la R-roscovitina sensibilitzava les SH-SY5Y a l'apoptosi induïda per la nutlina-3, un nou i prometedor f-armac inductor de la via p53. / La olomoucina y la roscovitina son dos inhibidores de las cinasas dependientes de ciclinas (CDKs) cuyo mecanismo de acción es competir con el ATP por la unión a la enzima. Presentan una alta selectividad"in vitro"ante la CDK1, 2, 5, 7, 9 y las ERKs. Este perfil inhibidor les confiere amplias perspectivas en la terapia antitumoral. En este trabajo, hemos mostrado que la línea de las SH-SY5Y, derivada de neuroblastoma, y la de las HL-60, derivada de una leucemia promielocítica, morían apoptoticamente en respuesta a ambos fármacos. Una caracterización más amplia del proceso apoptótico, evidenció que la expresión forzada de Bcl-2 o de Bcl-XL no conferían resistencia ante ninguna de nuestras drogas. En cambio, sí se hacían parcialmente más resistentes cuando eran tratadas con un inhibidor general de las caspasas (z-VAD-fmk). En consecuencia, nuestra hipótesis fue que nos hallábamos ante una apoptosis por vía extrínseca iniciada por la caspasa 8 (CASP8) y/o la caspasa 10 (CASP10). Curiosamente, dichas caspasas no se expresan en las SH-SY5Y debido a un proceso de metilación génica, y pudimos ver que el tratamiento tampoco inducía su reexpresión. En conclusión, descartamos que las SH-SY5Y iniciasen una vía extrínseca canónica en respuesta a nuestras drogas. Por otro lado, la inhibición de la síntesis proteica en nuestro modelo frenaba la apoptosis. Es más, el z-VAD-fmk junto con, por ejemplo, la cicloheximida, presentaban un sinergismo en el rescate. Esto sugería la coexistencia en nuestro cultivo de distintas subpoblaciones capaces de iniciar diferentes vías apoptóticas. El tratamiento con PD98059 o UO126, dos inhibidores de la via de Erk1/2, se mostró inocuo a la hora de inducir muerte, por lo cual descartamos que la inhibición de Erk1/2 fuera la responsable de la apoptosis. Sorprendentemente, el estudio del estado de fosforilación de Erk1/2, nos permitió constatar que éstas se activaban en respuesta a la olomoucina y la roscovitina. Más sorprende aún, resultó el hecho que la iso-olomoucina, un isómero inactivo de la olomoucina, causara los mismos efectos sobre Erk1/2. Esto nos permitió afirmar que no existía correlación entre la fosforilación de Erk1/2 y la inhibición de las CDKs. En base principalmente a los resultados de la iso-olomoucina, pudimos afirmar que la fosforilación de las ERKs y su subsiguiente activación, no se correlacionaban con la apoptosis, proliferación y diferenciación celular. Finalmente, evidenciamos que las SH-SY5Y diferenciadas se volvían resistentes a la olomoucina y a la roscovitina, hecho a favor de que la inhibición de las CDKs fuera el evento iniciador de la cascada apoptótica. Alternativamente, la olomoucina y la roscovitina están siendo cada vez más estudiadas en el contexto de la terapia combinatoria frente al cáncer. En nuestros experimentos, utilizamos también la R-roscovitina, uno de los dos estereoisómeros de la roscovitina. En su combinación con el docetaxel (DTX), no observamos sinergismo. El caso contrario sucedi´o cuando fue administrada junto a la nutlina-3, un nuevo y prometedor inductor de p53. Vimos como la R-roscovitina sensibilizaba las SH-SY5Y a la apoptosis inducida por la nutlina-3. / Olomoucine and roscovitine are two ATP-competing inhibitors of cyclin-dependent kinases (CDKs) displaying a promising profile as anticancer agents. They exhibit "in vitro"selectivity against CDK1, 2, 5, 7, 9 and ERKs. In this work, we have showed that SH-SY5Y neuroblastoma and HL-60 promielocytic cell lines died by apoptosis in response to both drugs. An extensive characterization of the process in SH-SY5Y cells has shown that neither Bcl-2 nor Bcl-XL overexpression conferred any resistance to both drugs. However, a partial protective effect was detected when cells were treated with a general inhibitor of caspases (z-VAD-fmk). Therefore, the involvement of an extrinsic pathway mediated by Caspase 8 (CASP8) or Caspase 10 (CASP10) could be hypothesised. CASP8/10 are known not to be expressed in SH-SY5Y because of gene silencing and we have found no re-expression was induced by either olomoucine or roscovitine. In conclusion, a canonical extrinsic pathway has been discarded in SH-SY5Y cells facing these drugs. On the other hand, protein synthesis inhibitors protected SH-SY5Y cells from apoptosis.Interestingly, a synergism in cell protection was observed between z-VAD-fmk and, for instance cycloheximide. This suggested different apoptotic pathways occurring in distinct subpopulations of the cell culture. No lethality was found when cells were treated with either PD98059 or UO126 drugs, two inhibitors of the Erk1/2 pathway, thus discarding, this inhibition as the cause of apoptosis. Furthermore, olomoucine and roscovitine induced the phosphorylation and subsequent activation of Erk1/2 proteins.Interestingly, iso-olomoucine, an inactive isomer of olomoucine, caused the same effect in our cell model.Therefore, no correlation existed between Erk1/2 phosphorylation and CDK inhibition. Based mainly on the iso-olomoucine results, we concluded that phosphorylation and subsequent activation of Erk1/2 were not involved in apoptosis, proliferation and differentiation of the cells. Finally, we show that differentiated SH-SY5Y cells became resistant to either olomoucine or roscovitina, thus providing support for CDK inhibition as the initiating event of these apoptotic processes. Olomoucine and roscovitine are being increasingly studied in the context of combinatorial therapy for cancer. In our studies, we have also used R-roscovitine, the right stereoisomer of roscovitine. No synergism was found when combined with docetaxel (DTX). On the contrary, R-roscovitine sensitized SH-SY5Y cells to nutlin-3 induced apoptosis, being nutlin-3 a new promising inductor of the p53 functions. / Lólomoucine et la roscovitine sont deux inhibiteurs des kinases d´ependantes de cyclines (CDKs) qui agissent par inhibition competitive via le site d'union de l'ATP. Son profil inhibiteur est tr-es prometteur dans le traitement du cancer. Présentent une grande spécificité "in vitro"face aux CDK1, 2, 5, 7, 9 e aux ERKs. Dans ce travail, nous avons d´emontré que la lignée neuroblastique SH-SY5Y et la promyélocitique HL-60, mouraient apoptotiquement en réponse àces drogues. Une plus large caractérisation de l'apoptose dans les SH-SY5Y a mis enévidence que la surexpression de Bcl-2 ou de Bcl-XL ne se traduisait par une augmentation de la résistance au traitement. Cependant, le traitement avec un inhibiteur général des caspases (z-VAD-fmk) présentaient des effets protecteurs partiels. Au vu de ces résultats, notre hypothèse reposait sur límplication d'une voie extrinsèque d'apoptose qui d´ependait de l'activation de la caspase 8 (CASP8) ou de la caspase 10 (CASP10). Néanmoins, la m´ethylation des gènes des CASP8 et 10 dans les SH-SY5Y empèche l'expression de ces protéines et, plus encore, l'olomoucine et la roscovitine nínduiraient pas la réexpression de ces caspases. En conclusion, l'apoptose par une voie extrinsèque classique pouvait ètreécartée dans notre paradigme expérimental. D'un autre coté, les inhibiteurs de la synthèse des protéines protégeaient les SH-SY5Y de l'apoptose. De manière surprenante, on avait observé l'existence de synergie dans la protection avec z-VAD-fmk et, par exemple, le cycloheximide.Ce fait suggérait la présence de différents sous-poupulations cellulaires dans les SH-SY5Y qui engageaient des voies apoptotiques distinctes. Le manque d'effets toxiques du PD98059 or UO126, deux inhibiteurs de la voie d'Erk1/2, avait écarté l'inhibition de Erk1/Erk2 comme la responsable de l'apoptose.Plus encore, l'olomoucine et la roscovitine induisaient la phosphorylation et subséquente activation d'Erk1/Erk2. De manière surprenante, l'iso-olomoucine, un isomère inactif de l'olomoucine, induisait aussi la phosphorylation et l'activation dans notre modèle cellulaire. Sur base de ces résultats, nous avons conclu que la phosphorylation d'Erk1/Erk2 et son activation, n'avait pas un corr´elat avec l'apoptose, la prolifération et la différentiation cellulaire. Finalement, nous avons mis en évidence que les SH-SY5Y différentiées devenaient résistantes à l'olomoucine ou à la roscovitine. Ce fait suggérait que l'inhibition des CDKs avait un role dans le d´eclenchement de l'apoptose. Alternativement, l'olomoucine et la roscovitine sont de plus en plus étudiées dans le contexte de la th´erapie combinatoire face au cancer.J'ai utilisé la R-roscovitine dans nos expériences, l'un des deux stéréoisomères de la roscovitine. La combinaison avec le docétaxel (DTX) n'avait pas des effets l´etaux synergiques, en revanche la R-roscovitine sensibilisait les SH-SY5Y à lápoptose par la nutline-3, un nouvel agent inducteur de la voie p53.
5

Gens diana de les proantocianidines

Díaz Martínez, Sabina 14 December 2010 (has links)
Gens Diana de les ProantocianidinesLa tesi es planteja demostrar la següent hipòtesis: les proantocianidines actuen modulant l'expressió diferencial de gens diana per condicionar una adaptació homeostàtica que previngui situacions d'estrès metabòlic, oxidatiu o inflamatori. S'han emprat diferents estratègies experimentals, unes utilitzant la metodologia de transcriptòmica no dirigida analitzant fetges de rates amb tractaments aguts i crònics dosi-resposta amb extractes de proantocianidines. Els resultats obtinguts a partir d'aquesta primera aproximació ens indiquen que no hi ha dosi resposta: a cada dosi el ventall de gens que es modifiquen es diferent i no d'una forma especialment significativa, possibilitant això no obstant adaptacions bioquímiques que van en el sentit postulat, modulant el metabolisme dels lípids i corregint potencials situacions d'estrès inflamatori. Destaca el paper proapoptòtic descobert. Una segona estratègia s'ha centrat en l'estudi de proantocianidines concretes: epicatequina, dímer i trímer de catequina fent servir cèl·lules hepàtiques en cultiu utilitzant també la transcriptòmica no dirigida. Destaquen com a resultats el fet que són molts pocs els gens que modifiquen l'expressió amb epicatequina, mentre que pel dímer i trímer la modificació de l'expressió és important i centrada en uns processos bioquímics alterats pel dímers, uns altres pel trímer i forces, especialment en el context d'actuar com inhibidors de la resposta immune, per ambdues molècules. En la tercera estratègia, centrada en la tècnica de la transcriptòmica dirigida s'han estudiat els canvis d'expressió gènica en cèl·lules hepàtiques i cèl·lules endotelials tractades amb extracte de proantocianidines de pinyol de raïm, extracte de proantocianidines ric en oligòmers, epicatequina gal·lat, dímer B2 i trímer C1, per tal de comprovar els canvis de la transcriptòmica no dirigida i ampliar l'estudi a cèl·lules endotelials. El conjunt de resultats obtinguts permeten avançar en la hipòtesi plantejada i avalen el potencial de les proantocianidines com a molècules reguladores i utilitzables en la indústria dels aliments funcionals. Gens Diana de les ProantocianidinesThe aim of this Thesis is to demonstrate the following hypothesis: proanthocyanidins act by modulating the differential expression of target genes for conditioning a homeostatic adaptation to prevent metabolic, oxidative or inflammatory stress.We have used different experimental strategies using transcriptomics tool for achieving the hypothesis.The first strategy is based on the methodology of untargeted transcriptomics analysis using the livers of rats that were administered an acute or a chronic treatment of a proanthocyanidin extract. The results obtained are firstly, that the effect is not dose-dependent. At each dose the range of genes that change is different and are not particularly significant. The conclusions derived from this first study showed a biochemical adaptation of animals, modulating lipid metabolism in addition to exert proapoptotic and anti-inflammatory action.The second strategy is focused on the study of pure molecules, using concrete proanthocyanidins such as the epicatechin monomer, a dimer of catechin and a trimer of catechin. These three treatments have been used in rat liver cells in culture and also using untargeted transcriptomics tool. The results derived from this secondstrategy postulated that the administration of epicatechinmodify the expression of a few genes. Moreover, administration of dimer of catechin and trimer of catechin exert a dual effect evident on these cells, inducing common changes mainly supressingthe immune response.The third strategy is focused on targeted transcriptomics. The models used have been liver cells and endothelial cells in culture treated with grape seed proanthocyanidins extract, an extract rich in oligomers purified from the generic extract, epigallocatechin gallate, dimer B2 and trimer C1 to visualize changes in gene expression of selected genes, all involved in the development of cardiovascular disease.The overall results obtained allow us to progress in the hypothesis and support the potential of proanthocyanidins as regulatory molecules and its use in the functional food industry.
6

Ownership, engagement, and entrepreneurship : the gens de couleur libres and the architecture of antebellum New Orleans, 1820-1850 / Gens de couleur libres and the architecture of antebellum New Orleans, 1820-1850

Dudley, Tara Ann 29 January 2013 (has links)
"Ownership, Engagement, and Entrepreneurship: the gens de couleur libres and the Architecture of Antebellum New Orleans, 1820-1850" examines the architectural activities of New Orleans' gens de couleur libres, or free people of color, and the historical, cultural, and economic implications of their contributions to nineteenth-century American architecture. Specifically, this dissertation explores the histories of two black Creole families engaged in the building trades and real estate in the antebellum New Orleans, emphasizing their activities as a process of building culture that created and supported ethnic and architectural identity on individual and communal levels. The years from 1820 to 1850 saw New Orleans become an important American metropolis and industrialized commercial center. Changes in architecture included the introduction of East Coast urban forms, the introduction of Federal and Greek Revival styles, and professionalization of the building trades and the role of the architect. The antebellum period provides a challenging framework in which to the view the architecture-related accomplishments of New Orleans' gens de couleur libres. They faced a paradoxical situation where the stability of New Orleans' economy and racial hierarchies could positively or negatively affect their success in building as well as owning and developing property. Still the gens de couleur libres' investments thrived as racial separation was becoming increasingly strict and enabled the gens de couleur libres to retain black and Creole control in the city. The members of the Dolliole and Soulié families were key players as builders, owners, and speculators. The gens de couleur libres contact with the built environment created a process of ownership, engagement, and entrepreneurship through which they established, maintained, and underscored their individual and community identities. This process forms the foundation for the organization of the dissertation and invites analysis of the meaning of the gens de couleur libres' influence on New Orleans' antebellum architecture on several levels: social meaning as architecture affected the welfare and relations of the community of free people of color; cultural meaning as architecture pertained to, and was derived from, the artistic and intellectual pursuits of the gens de couleur libres and transmitted from one generation to the next; and socio-economic meaning as architecture affected the production, distribution, and use of wealth for individuals and in the gens de couleur libres community at large. Approaching the study of architecture through a set of diverse lenses including social networks and real estate speculation alongside building design and construction, this dissertation interjects the legacy of the gens de couleur libres into American architectural history. / text
7

Estudi clinicopatòlogic i genètic del melanoma maligne i de la síndrome del nevus displàstic.

Puig i Sardà, Susana 25 February 2000 (has links)
El melanoma (MM) és la neoplàsia cutània més estudiada per la seva incidència creixent, per la seva agressivitat, perquè comporta una mortalitat del 20% i perquè está relacionat amb l'exposició al sol. Les famílies amb diversos casos de MM ténen sovint un fenotip especial; per tant, el millor coneixement de la base genètica del MM ha de permetre una millor prevenció, un diagnòstic precoç i el tractament del MM.
8

Développement des compétences des leaders en promotion de la culture entrepreneuriale et de l'entrepreneurship : le cas du Rendez-vous entrepreneurial de la francophonie /

Siomy, Mory. January 2007 (has links) (PDF)
Thèse (Ph. D.)--Université Laval, 2007. / Bibliogr.: f. 401-419. Webographie: f. 420. Publié aussi en version électronique dans la Collection Mémoires et thèses électroniques.
9

Meta-alignment of biological sequences

Blanco García, Enrique 21 July 2006 (has links)
Les seqüències són una de les estructures de dades més versàtils que existeixen. De forma relativament senzilla, en una seqüència de símbols es pot emmagatzemar informació de qualsevol tipus. L'anàlisi sistemàtic de seqüències es un àrea molt rica de l'algorísmica amb numeroses aproximacions desenvolupades amb éxit. En concret, la comparació de seqüències mitjançant l'alineament d'aquestes és una de les eines més potents. Una de les aproximacions més populars i eficients per alinear dues seqüències es l'ús de la programació dinàmica. Malgrat la seva evident utilitat, un alineament de dues seqüències no és sempre la millor opció per a caracteritzar la seva funció. Moltes vegades, les seqüències codifiquen la informació en diferents nivells (meta-informació). És llavors quan la comparació directa entre dues seqüències no es capaç de revelar aquelles estructures d'ordre superior que podrien explicar la relació establerta entre aquestes seqüències.Amb aquest treball hem contribuït a millorar la forma en que dues seqüències poden ser comparades, desenvolupant una família d'algorismes d'alineament de la informació d'alt nivell codificada en seqüències biològiques (meta-alineaments). Inicialment, hem redissenyat un antic algorisme, basat en programació dinàmica, que és capaç d'alinear dues seqüències de meta-informació, procedint després a introduir-hi vàries millores per accelerar la seva velocitat. A continuació hem desenvolupat un algorisme de meta-aliniament capaç d'alinear un número múltiple de seqüències, combinant l'algorisme general amb un esquema de clustering jeràrquic. A més, hem estudiat les propietats dels meta-alineaments produïts, modificant l'algorisme per tal d'identificar alineaments amb una configuració no necessàriament col.lineal, el que permet llavors la detecció de permutacions en els resultats.La vida molecular és un exemple paradigmátic de la versatilitat de les seqüències. Les comparaciones entre genomes, ara que la seva seqüència està disponible, permeten identificar numerosos elements biològicament funcionals. La seqüència de nucleòtids de molts gens, per exemple, es troba acceptablement conservada entre diferents espècies. En canvi, les seqüències que regulen la activació dels propis gens són més curtes i variables. Així l'activació simultànea d'un conjunt de gens es pot explicar només a partir de la conservació de configuracions comunes d'elements reguladors d'alt nivell i no pas a partir de la simple conservació de les seves seqüències. Per tant, hem entrenat els nostres programes de meta-alineament en una sèrie de conjunts de regions reguladores recopilades per nosaltres mateixos de la literatura i desprès, hem provat la utilitat biològica de la nostra aproximació, caracteritzant automàticament de forma exitosa les regions activadores de gens humans conservats en altres espècies. / The sequences are very versatile data structures. In a straightforward manner, a sequence of symbols can store any type of information. Systematic analysis of sequences is a very rich area of algorithmics, with lots of successful applications. The comparison by sequence alignment is a very powerful analysis tool. Dynamic programming is one of the most popular and efficient approaches to align two sequences. However, despite their utility, alignments are not always the best option for characterizing the function of two sequences. Sequences often encode information in different levels of organization (meta-information). In these cases, direct sequence comparison is not able to unveil those higher-order structures that can actually explain the relationship between the sequences.We have contributed with the work presented here to improve the way in which two sequences can be compared, developing a new family of algorithms that align high level information encoded in biological sequences (meta-alignment). Initially, we have redesigned an existent algorithm, based in dynamic programming, to align two sequences of meta-information, introducing later several improvements for a better performance. Next, we have developed a multiple meta-alignment algorithm, by combining the general algorithm with the progressive schema. In addition, we have studied the properties of the resulting meta-alignments, modifying the algorithm to identify non-collinear or permuted configurations.Molecular life is a great example of the sequence versatility. Comparative genomics provide the identification of numerous biologically functional elements. The nucleotide sequence of many genes, for example, is relatively well conserved between different species. In contrast, the sequences that regulate the gene expression are shorter and weaker. Thus, the simultaneous activation of a set of genes only can be explained in terms of conservation between configurations of higher-order regulatory elements, that can not be detected at the sequence level. We, therefore, have trained our meta-alignment programs in several datasets of regulatory regions collected from the literature. Then, we have tested the accuracy of our approximation to successfully characterize the promoter regions of human genes and their orthologs in other species.
10

Estudi dels mecanismes de resistència multiple als antibiòtics en "Morganella morganii"

Rojas Remon, Laura 20 June 2006 (has links)
DE LA TESI DOCTORAL: L'augment de la incidència de bacteris amb resistència als agents antimicrobians és deguda a les característiques intrínseques de les soques antimicrobianes, a una pressió selectiva per l'ús extensiu dels antibiòtics i a uns canvis socials i tecnològics que ha facilitat la transmissió d'organismes resistents o de gens de resistència. Aquest constitueix un problema sanitari de primera magnitud. Els bacteris presenten característiques que poden influir poderosament en l'emergència i la transmissió dels gens que codifiquen per a la resistència als agents antimicrobians.Els mecanismes de resistència dels bacteris als antibiòtics poden ser diversos. Des de la inactivació enzimàtica de l'antibiòtic, la modificació de la diana de l'antibiòtic així com mecanismes de caire més generals com la disminució de la permeabilitat de la membrana, l'expressió de bombes de reflux i l'intercanvi de material genètic per transferència de plasmidis, transposons o integrons. Precisament aquests últims mecanismes són objecte de la present tesi doctoral.El nostre grup de recerca ha treballat durant anys sobre diferents mecanismes de resistència als antibiòtics en diferents espècies bacterianes, continuant a l'actualitat amb aquesta activitat investigadora.Com a objectiu general d'aquesta tesi ens plantegem la caracterització molecular i funcional dels mecanismes de resistència d'un bacteri Gram negatiu: Morganella morganii. I en concret s'ha centrat en els següents punts:1. Investigar la susceptibilitat antimicrobiana de diverses soques de Morganella morganii d'origen clínic. 2. Investigar la importància de la permeabilitat de les envoltes cel·lulars bacterianes de Morganella morganii a diferents antibiòtics.3. Realitzar experiments de transformació i conjugació amb les soques clíniques resistents.4. Obtenir la porina de Morganella morganii purificada i realitzar estudis físico-químics seguint la tècnica de lipid planar bylayer.5. Investigar sobre l'existència d'integrons en la soca de Morganella morganii resistent i obtenir les seqüències dels gens de resistència inserits en aquests integrons.6. Estudiar la possible funcionalitat de bombes de reflux que puguin expulsar els antibiòtics fora de la cèl·lula.

Page generated in 0.0319 seconds