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Avaliação da expressão da Glicoproteína-P e sua influência na concentração de antiepilépticos no córtex temporal de pacientes com epilepsia refratária / Evaluation of P-glycoprotein expression and its influence on antiepileptic drugs concentration in temporal cortex of patients with pharmacoresistant epilepsyFlavia Isaura de Santi Ferreira 07 May 2015 (has links)
A epilepsia, doença descrita pela primeira vez em 2000 a.C., tem a crise convulsiva ou epiléptica como fenômeno paroxístico, e a International League Against Epilepsy define a crise epiléptica como \"manifestação excessiva e/ou hipersincrônica, normalmente autolimitada, da atividade dos neurônios no cérebro\". Há 40 anos surgiram os medicamentos antiepilépticos, mas a resistência múltipla a fármacos antiepilépticos (FAEs) é um problema significante que afeta pelo menos 30% dos pacientes portadores dessa doença devastadora. O mecanismo exato da fármaco-resistência desenvolvida em pacientes epilépticos ainda é desconhecido, porém uma possível causa seria a inadequada acumulação intraparenquimal do fármaco antiepiléptico relacionada a expressão aumentada da glicoproteína-P (PgP). Neste contexto, nosso objetivo foi investigar a correlação da expressão da PgP, codificada pelo gene ABCB1, no córtex temporal de 12 pacientes fármaco-resistentes frente aos FAEs fenobarbital, carbamazepina, fenitoína e lamotrigina; comparamos também a expressão da PgP nesse mesmo grupo de pacientes, selecionados no Centro de Cirurgia de Epilepsia (CIREP) frente a um grupo controle composto por indivíduos não epilépticos que evoluíram para óbito examinados no Serviço de Verificação de Óbito do interior (SVOi). Utilizamos a Cromatografia Líquida de Alta Eficiência para determinar as concentrações dos FAEs no plasma e no cérebro, sendo que a metodologia utilizada no tecido cerebral foi desenvolvida e validada especialmente para esse fim. Essas concentrações foram então determinadas e a razão entre as duas medidas foi comparada com a expressão de PgP no tecido cerebral. Analisando os resultados concluímos que não há correlação linear entre a razão dos fármacos estudados e a expressão de PgP no córtex temporal de pacientes com epilepsia refratária. / Epilepsy, desease described for the first time in 2000 B.C., presents the convulsion or epileptic seizure as its paroxysmal event, and the International League Against Epilepsy defines the epileptic seizure as \"excessive and/or hypersynchronous manifestation, usually self-limiting, from brain neurons activity\". Forty years ago the antiepileptic drugs (AEDs) emerged, but multiple resistance to AEDs is a significant problem which affects at least 30% of epileptic patients. The mechanism underlaying pharmacoresistance is still unknown, but a possible cause is the inadequate accumulation of AEDs in the brain tissue related to P-glycoprotein over expression. In this context, our aim was to investigate the correlation between PgP expression, codified by ABCB1 gene, in temporal cortex of 12 pharmacoresistant patients towards AEDs phenobarbital, carbamazepine, phenytoin and lamotrigine; we also compared PgP expression between the same group of patients, selected inside Epilepsy Surgery Center (CIREP), and a control group composed by non-epileptic deceased individuals examined at the Death Verification Service from our Medicine School (SVOi). We used High Performance Liquid Chromatography to determine AEDs concentrations in plasma and brain, and the methodology applied to brain quantification was specially developed for this purpose. These two concentrations were then determined and the ratio between them was compared with PgP expression in brain tissue. Analyzing the results we concluded that there is no linear correlation between the ratio of the AEDs studied and PgP expression in temporal cortex of patients with pharmacoresistant epilepsy.
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Protocolo para avaliação do efeito da radiação ionizante na atividade da glicoproteína -PFrassinetti Gonçalves dos Santos, Neyliane 31 January 2008 (has links)
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Previous issue date: 2008 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Alterações na atividade da glicoproteína-P (gp-P) resultantes da exposição individual à
radiação ionizante podem ser cruciais para a eficácia de tratamentos que empregam
radioterapia antes da quimioterapia. Nesse contexto, o objetivo deste trabalho foi
estabelecer um protocolo para avaliar o efeito da radiação ionizante na atividade da gp-P.
Amostras de sangue periférico de cinco indivíduos sadios foram irradiadas in vitro,
separadamente, a partir de uma fonte de cobalto-60, de sorte a receber doses de 0,5 e
2,0 Gy, sendo mantida uma amostra não-irradiada como controle. A atividade da gp-P foi
analisada nos linfócitos T CD4 e CD8 através do ensaio de efluxo da rodamina 123
utilizando citometria de fluxo (total 60 leituras), com resultados em porcentagem e índice
médio de fluorescência. A comparação da atividade média da gp-P entre os grupos de
amostras controle e irradiadas indicou não haver influência da irradiação na atividade da
gp-P nos linfócitos T. Entretanto, numa avaliação indivíduo por indivíduo, observou-se
mudanças na funcionalidade da gp-P em amostras irradiadas, para alguns casos e doses
absorvidas. A análise simultânea dos parâmetros de porcentagem e índice médio de
fluorescência mostrou-se fundamental na intercomparação das amostras irradiadas e
controle de cada doador. Como base nos resultados obtidos, o protocolo proposto foi
considerado adequado para análise da atividade da gp-P após estresse radioativo,
configurando-se num importante fator prognóstico à adequação de tratamento pacienteespecífico,
em particular para indivíduos suspeitos de apresentarem resistência
radioinduzida a múltiplas drogas
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Estudos de interação de β2-glicoproteína I em solução aquosa e com interfaces lipídicas / Study of interaction between β2- glycoprotein I in aqueous solution and with lipid interfacesPozzi, Fernanda Martins 18 December 2008 (has links)
A β2GPI é uma glicoproteína que circula livre ou em lipoproteínas. Adsorve em superfícies negativas, tem efeitos anticoagulantes e moduladores da inflamação. Neste trabalho caracterizou-se a interação de moléculas da proteína entre si e com superfícies lipídicas. O SDS-PAGE e o imunoblot da β2GPI identificaram monômeros, dímeros e oligômeros. Técnicas de espalhamento de luz (estático, dinâmico, Raios-X) revelaram que β2GPI forma soluções aquosas de macroagregados anisométricos. Seca sobre mica, a β2GPI forma elipsóides prolatos, observáveis por microscopia de força atômica. A forma e o tamanho das partículas dependeram de pH e concentração de proteína. A interação entre a β2GPI e superfícies lipídicas foi estudada por microgravimetria. Superfícies de fosfatidilcolina pura adsorveram β2GPI mais fracamente do que ouro ou misturas com fosfatidilserina. A adsorção de lipoproteínas artificiais à β2GPI foi dependente de pH. Sugere-se que os efeitos biológicos da β2GPI sejam mediados por interações proteína-proteína e proteína-lipídio, e dependentes de pH. / β2GPI is a blood glycoprotein circulating free or bound to lipoproteins. β2GPI adsorbs to negatively charged surfaces, acting as anticoagulant and modulator of inflammation. This work was designed to characterize the interaction between protein molecules and among protein molecules and lipid surfaces. The β2GPI SDS-PAGE and immunoblot revealed monomer, dimer and oligomers. Light scattering methods (static, dynamic and X-ray) showed that β2GPI generates aqueous solutions of anisometric macroaggregates. Atomic force microscopy showed that β2GPI dried on muscovite surfaces assembles itself in prolate ellipsoids. The particle shape and size depended both on the pH and protein concentration. The interaction among β2GPI and lipid surfaces was studied by microgravimetry. β2GPI adsorption to pure phosphatidylcholine was weaker than to gold or phosphatidylcholine/phosphatidylserine surfaces. Artificial lipoproteins adsorbed to β2GPI in a pH dependent manner. Results suggest that β2GPI biological effects could be mediated by protein-protein interactions and lipid surface binding, and pH dependent.
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Estudos de interação de β2-glicoproteína I em solução aquosa e com interfaces lipídicas / Study of interaction between β2- glycoprotein I in aqueous solution and with lipid interfacesFernanda Martins Pozzi 18 December 2008 (has links)
A β2GPI é uma glicoproteína que circula livre ou em lipoproteínas. Adsorve em superfícies negativas, tem efeitos anticoagulantes e moduladores da inflamação. Neste trabalho caracterizou-se a interação de moléculas da proteína entre si e com superfícies lipídicas. O SDS-PAGE e o imunoblot da β2GPI identificaram monômeros, dímeros e oligômeros. Técnicas de espalhamento de luz (estático, dinâmico, Raios-X) revelaram que β2GPI forma soluções aquosas de macroagregados anisométricos. Seca sobre mica, a β2GPI forma elipsóides prolatos, observáveis por microscopia de força atômica. A forma e o tamanho das partículas dependeram de pH e concentração de proteína. A interação entre a β2GPI e superfícies lipídicas foi estudada por microgravimetria. Superfícies de fosfatidilcolina pura adsorveram β2GPI mais fracamente do que ouro ou misturas com fosfatidilserina. A adsorção de lipoproteínas artificiais à β2GPI foi dependente de pH. Sugere-se que os efeitos biológicos da β2GPI sejam mediados por interações proteína-proteína e proteína-lipídio, e dependentes de pH. / β2GPI is a blood glycoprotein circulating free or bound to lipoproteins. β2GPI adsorbs to negatively charged surfaces, acting as anticoagulant and modulator of inflammation. This work was designed to characterize the interaction between protein molecules and among protein molecules and lipid surfaces. The β2GPI SDS-PAGE and immunoblot revealed monomer, dimer and oligomers. Light scattering methods (static, dynamic and X-ray) showed that β2GPI generates aqueous solutions of anisometric macroaggregates. Atomic force microscopy showed that β2GPI dried on muscovite surfaces assembles itself in prolate ellipsoids. The particle shape and size depended both on the pH and protein concentration. The interaction among β2GPI and lipid surfaces was studied by microgravimetry. β2GPI adsorption to pure phosphatidylcholine was weaker than to gold or phosphatidylcholine/phosphatidylserine surfaces. Artificial lipoproteins adsorbed to β2GPI in a pH dependent manner. Results suggest that β2GPI biological effects could be mediated by protein-protein interactions and lipid surface binding, and pH dependent.
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Análise filogenética de amostras de vírus da raiva procedentes de herbívoros da região fronteiriça entre o nordeste do Estado de São Paulo e o Sul de Minas Gerais, Brasil no período de 2000-2009 / Phylogenetic analysis of rabies virus isolates from herbivores from border region between northeast of São Paulo State and South of Minas Gerais, Brazil, from 2000 to 2009Garcia, Andrea Isabel Estevez 14 August 2013 (has links)
No Brasil a raiva dissemina-se de maneira insidiosa nos herbívoros domésticos, produzindo perdas à indústria pecuária. No estado de São Paulo, a última epizootia registrada ocorreu entre os anos 1997-2002, acometendo bovinos e equinos. Este estudo examinou a possível relação de alguns casos detectados no sul de Minas Gerais no período 2000 a 2009 com o foco paulista citado, mediante análise filogenética de segmentos do gene da glicoproteína (540 nucleotídeos) e nucleoproteína (416 nt) viral, usando o algoritmo de Neighbor-joining, modelo evolutivo Kimura 2- parâmetros com 1000 replicações, considerando sequências de isolados procedentes de diferentes regiões do interior paulista e do Brasil, tomadas do GenBank. Foi proposta uma análise geográfica mediante o programa ArcGis, localizando as coordenadas geográficas dos municípios de origem dos casos sobre mapas de relevo, bacias hidrográficas e distribuição de biomas. A análise filogenética dos dois genes estudados sugeriu que os focos mineiros podem ter a mesma origem genética da última epizootia paulista de raiva em herbívoros ocorrida entre 1997 e 2002. A análise filogenética baseada na nucleoproteína mostrou um maior nível de detalhamento sugerindo a ocorrência de diferentes eventos e/ou centros de dispersão de raiva em herbívoros na área de estudo. A análise geográfica insinuou que os casos aconteceram nas porções menos elevadas da Serra da Mantiqueira, na área de Mata Atlântica e em proximidades das bacias dos rios Piracicaba/Jaguarí, Paranaíba do Sul, Grande, Pardo e Mogi-Guaçu. / Bovine rabies is still spreading insidiously in Brazil, producing economic losses to livestock industry. A remarkable epizootics took place in São Paulo state between 1997 and 2002, affecting bovine and equines. This research was intended to examine genetic relations among some rabies outbreaks in Minas Gerais (MG), during 2000 and 2009 with São Paulo epizootics by phylogenetic analysis based on glycoprotein (540 nucleotides) and nucleoprotein (416 nt) genes partial sequences using Neighbor- joining algorithm, Kimura 2-parameters model, with 1000 bootstrap replications, considering sequences from different regions of São Paulo State (SP) and Brazil from GenBank. A geographic analysis was proposed, plotting geographic coordinates of municipalities with rabies cases on topographic, hydrographic and biome maps using ArcGis software. Phylogenetic analysis for both genes suggested that cases from MG can have the same genetic origin of SP epizootics. Phylogenetic analysis based on nucleoprotein gene showed a richer level of detailing than glycoprotein gene, suggesting different events and/or dispersion centers of livestock rabies in the studied area. Geographic analysis proposed that MG cases occurred at less elevated portions of Serra da Mantiqueira mountains in the area of Atlantic forest, near Piracicaba/Jaguarí, Paranaíba do Sul, Grande, Pardo and Mogi-Guaçu rivers.
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Estudio funcional de la glicoproteína-P (transportador de múltiples fármacos) transplantada a ovocitos de Xenopus laevisAleu Vilalta, Jordi 28 June 1996 (has links)
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Vacinologia reversa: avaliação preliminar da resposta imunológica contra leishmaniose visceral no modelo experimental mesocricetus auratus imunizados com um peptídeo sintético da GP63 de leishmania majorSilva, Larissa Pinheiro 01 December 2017 (has links)
A leishmaniose é uma doença negligenciada causada por protozoários unicelulares do gênero Leishmania. De acordo com a Organização Mundial de Saúde, a doença é classificada em duas formas clínicas: leishmaniose tegumentar (LT) e leishmaniose visceral (LV). A LV, também conhecida como calazar, é a forma mais grave, sendo potencialmente fatal em indivíduos não tratados. Atualmente, um dos grandes desafios encontrados nos estudos acerca da crescente urbanização da leishmaniose visceral (LV), é o desenvolvimento de vacinas com elevada eficácia para induzir proteção contra infecção por Leishmania. Neste contexto, o presente estudo foi elaborado de modo a se realizar uma análise preliminar de segurança e imunogenicidade de um possível candidato vacinal contra LV, constituído por um peptídeo sintético da glicoproteína gp63 de Leishmania major com predição para MHC de classe I, utilizando o hamster (Mesocricetus auratus) como modelo experimental. Um total de nove animais foram distribuídos em três grupos experimentais, entre os quais: (i) grupo controle (C, n=3), que recebeu 100 μL de solução salina estéril a 0,85%; (ii) grupo inoculado com adjuvante Montanide ISA-61VG (ISA, n=3) que recebeu 30 μL de Montanide, diluída em 70 μL de solução salina estéril a 0,85% e (iii) grupo imunizado com peptídeo MCH-I de Leishmania major e o adjuvante Montanide ISA-61VG (Lm-ISA, n=3) que recebeu 30 μL do antígeno/dose, diluído em 40 μL de solução salina estéril a 0,85% e emulsionados com 30 μL do adjuvante oleoso Montanide ISA-61VG. Os inóculos foram administrados por via subcutânea em três doses com intervalos de 14 dias. Amostras de sangue, soro e fragmentos do baço foram coletados para realização de diferentes análises laboratoriais, em tempos distintos. Perfil bioquímico da função renal e hepática, quadro leucocitário, titulação de anticorpos e linfoproliferação de esplenócitos foram alvos deste trabalho. Nossos resultados revelaram que a formulação foi inócua e não tóxica para os animais, uma vez que os níveis séricos de ureia, creatinina e das enzimas hepáticas: alanina aminostranferase (ALT), aspartato aminotransferase (AST) e fosfatase alcalina (FA), se mantiveram dentro dos padrões de normalidade descrito da literatura. Além disso, a formulação se mostrou capaz de induzir uma resposta humoral específica anti-Leishmania, através das dosagens de IgG total. Em resposta à série branca e à linfoproliferação das células do baço, foi verificado a existência de memória imunológica através do aumento significativo da população de leucócitos, bem como pela alta atividade linfoproliferativa obtida no grupo vacinal. / Leishmaniasis is a neglected disease caused by unicellular protozoa of the genus Leishmania. According to the World Health Organization, the disease is classified into two clinical forms: tegumentary leishmaniasis (LT) and visceral leishmaniasis (LV). LV, also known as calazar, is the most severe form, potentially fatal in untreated individuals. Actually, one of the major challenges encountered in studies of the increasing urbanization of visceral leishmaniasis (LV) is the development of highly effective vaccines to induce protection against Leishmania infection. In this context, the present study was elaborated in order to carry out a preliminary analysis of the safety and immunogenicity of a possible candidate vaccine against LV, constituted of a synthetic peptide of the glycoprotein gp63 of Leishmania major with prediction for MHC of class I, using the hamster (Mesocricetus auratus) as an experimental model. A total of nine animals were distributed in three experimental groups, among them: (i) control group (C, n = 3), that received 100 μL 0.85% sterile saline solution; (Ii) Montanide ISA-61VG (ISA, n = 3) adjuvant group that received 30 μL of Montanide, diluted in 70 μL of 0.85% sterile saline and (iii) group immunized with MCH-I peptide Leishmania Major and Montanide ISA-61VG adjuvant (Lm-ISA, n = 3) that received 30 μL of the antigen/dose, diluted in 40 μL of 0.85% sterile saline and emulsified with 30 μL of the Montanide ISA-61VG oily adjuvant. The inocula were administered subcutaneously in three doses at 14 day intervals. Samples of blood, serum and spleen fragments were collected for different laboratory tests at different times. Biochemical profile of renal and hepatic function, leukocyte framework, antibody titration and lymphoproliferation of splenocytes were the targets of this study. Our results revealed that the formulation was innocuous and non-toxic to the animals, since serum levels of urea, creatinine and hepatic enzymes: alanine aminotransferase (ALT), aspartate aminotransferase (AST) and alkaline phosphatase (AF) were maintained within the patterns of normality described in the literature. In addition, the formulation was capable to induce a humoral anti-Leishmania specific response by total IgG dosages. In response to the white series and lymphoproliferation of spleen cells, the existence of immunological memory was verified through a significant increase in the leukocyte population, as well as the high lymphoproliferative activity obtained in the vaccine group.
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Análise genotípica da linhagem RT2 de Aspergillus nidulans e caracterização de sua glicoproteína antiinflamatória. / Genotypic analysis of Aspergillus nidulans RT2 strain and characterization of its antiinflammatory glycoprotein.Queiroz, Jean Cesar Farias de 22 February 2008 (has links)
A transformação de Aspergillus nidulans, com RNA de macrófagos de ratos, resultou na linhagem RT2, produtora de uma glicoproteína antiinflamatória. Nosso objetivo foi avaliar esta linhagem genenomicamente e caracterizar esta glicoproteína quanto à natureza bioquímica e sua atividade. Para tal, foi realizado RAPD e análise fenotípica desta linhagem. A Nandina foi purificada e submetida à espectrometria de massa para sequenciamento e identificação dos carboidratos. Testes da atividade antiinflamatória in vivo foram realizados em peritonite e edema de pata e inibição dos receptores de glicocorticóides. Os testes in vitro, sobre a produção das COXs e de PGE2, foram realizados em cultura de macrófagos. Os resultados mostraram que a linhagem RT2 é resultante da UT448, mas contém diferenças em seu genoma. A proteína purificada possui 40KDa. A espectrometria de massa caracterizou dois fragmentos da proteína e sua glicosilação. Os testes in vivo mostraram que a proteína inibe o edema e o influxo leucocitário e que esta atividade não é dependente de glicocorticóides, mas sim da inibição in vitro de COX-2, mas não de COX-1 e nem de PGE2. / Aspergillus nidulans transformation with rat macrophage RNA results on RT2 strain, producer of an antiinflammatory glycoprotein. Our objective was to evaluate this strain genomically and characterize biochemically and activity of its glycoprotein. To this, RAPD and fenotipical analysis were performed. The Nandin was purified and mass spectrometry analyzed to sequencing and carbohydrates analysis. Antiinflammatory activity testes in vivo in peritonitis and edema, and glucocorticoid receptors inhibition were performed. The in vitro testes, over expression and activity of COXs and PGE2, were performed in macrophage culture. The results show that RT2 strain came from UT448, but have genomics differences. The purified glycoprotein has been 40KDa. The mass spectrometry sequenced two protein fragments and showed that glycosylation. The in vivo testes showed that the glycoprotein has antiinflammatory activity inhibiting the edema and leukocyte influx. The RU38486 experiments evidenced that activity is not glucocorticoid receptors dependent, but in vivo inhibition of COX-2, but not COX-1 neither its product PGE2.
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Estudos estruturais de DM43: Um inibidor de metaloprotease de veneno de serpente extraído do soro do gambá Didelphis marsupialis. / Structural studies of DM43: a snake venom metalloprotease inhibitor extracted from Didelphis marsupialis opossum serum.Makino, Débora Lika 26 June 2000 (has links)
A resistência natural do gambá Didelphis marsupialis ao veneno de serpentes se deve a fatores antibiotrópicos presentes em seu soro, do qual DM43 é um dos responsáveis pela inibição da atividade hemorrágica. Com o objetivo de entender melhor o mecanismo de ação desta proteína contra a metaloprotease contida no veneno pretendeu-se, neste trabalho, otimizar as condições de cristalização de DM43, na tentativa de determinar sua estrutura por difração de raios-X. Ensaios de cristalização revelaram que o sulfato de amônio é o precipitante mais eficiente na produção de cristais de DM43. A visualização e indexação dos padrões de difração destes cristais permitiram apenas a determinação dos parâmetros de sua cela unitária, devido a baixa qualidade dos mesmos. Deste modo, os seguintes parâmetros de cela unitária foram encontrados: a = b = 117.34 (0.03) Å, c = 193.39 (0.02)Å, ?=?=90° e ? = 120°, correspondentes ao sistema cristalino trigonal ou hexagonal. A recente determinação da sequência de aminoácidos de DM43, possibilitou modelar sua estrutura tridimensional por homologia utilizando o método de satisfação das restrições espaciais. Os três domínios tipo imunoglobulina de DM43 foram modelados em duas partes a partir da estrutura de referência KIR2DL1(1nkr) homóloga a dois domínios C-terminais de DM43, com apenas 27.72% de identidade. O domínio N-terminal denominado D0, foi modelado separadamente contra o domínio C-terminal de KIR2DL1 com um grau de identidade igual a 28.89%. A partir do programa GRASP e PATCHES, foram detectadas as prováveis regiões de ligação entre as duas partes da molécula e uma possível região responsável pela dimerização no domínio D2 de DM43. Interessantemente, resíduos polares em KIR2DLs que foram substituídos por hidrofóbicos em DM43, concentrando-se em uma face do domínio D2 ausente de sítios de glicosilação, o que coincide com as observações de dimerização do receptor do hormônio de crescimento. Um motivo estrutural característico de receptores hematopoiéticos identificados como WSXWS box, foi encontrado em todos os domínios de DM43, especialmente no domínio D2. Supõe-se que a sua existência esteja relacionada com a orientação relativa dos domínios por manter o primeiro triptofano do motivo posicionado exatamente na interface entre os domínios. Surge ainda uma fita extra (F´), no domínio D2, não pertencente ao enovelamento imunoglobulina devido a presença da Pro273, muito bem conservada, a três resíduos do motivo WSXWS. Esta fita parece desempenhar um papel importante na orientação do motivo pois além de formar ligações de hidrogênio com a fita G do domínio anterior, posiciona corretamente o primeiro triptofano do motivo na interface. Somando-se a isto, a presença de resíduos hidrofóbicos na interface dos domínios D1 e D2pode estar contribuindo para a orientação angular relativa menor que 90° entre os dois domínios. Uma interpretação análoga a de hormônios de crescimento sugere que, os loops entre as fitas AB, CC´ e EF do domínio 1, BC e FG do domínio 2 e o linker entre estes dois domínios, estejam envolvidos na interação da metaloprotease com DM43. / The natural resistance of the opossum, Didelphis marsupialis, towards snake venom is due to antibothropic factors present in the blood serum, of which DM43 is one. It is responsible for the inhibition of the hemorrhagic activity of the venom. With a view to better understanding the mechanism of action of this protein against venom metalloproteases, one of the aims of the present work was to optimize the crystallization conditions of DM43 in order to determine its three-dimensional structure by X-ray diffraction. Crystallization trials revealed that ammonium sulphate was the best precipitant. Visualization and indexing of the diffraction patterns from such crystals only allowed for the determination of the unit cell parameters due to their inherently low quality. The values obtained were a = b = 117.34 (0.03) \'ANGSTRON\', c = 193.39 (0.02) Å, ?=?= 90° e ? = 120°, corresponding to the trigonal or hexagonal crystal systems. The recent determination of the amino acid sequence of DM43 permitted the homology modelling of its three-dimensional structure by satisfaction of spatial restraints. The three immunoglobulin-like domains of DM43 were modelled in two separate parts from the reference structure KIR2DL1 (1nkr), homologous to the two C-terminal domains of DM43, with which its shares 27.72% sequence identity. The N-terminal domain, denominated D0, was separately modelled based on the C-terminal domain of KIR2DL1, with which it shares 28.89% identity. The programs PATCHES and GRASP were used to detect the probable interface region between the two separate parts of the molecule as well as a region probably responsible for dimerisation. Polar residues in KIR2DL1 which had been substituted by hydrophobic residues in DM43 are observed concentrated on one face of the molecule devoid of glycosilation sites (D2) coinciding with the dimerisation interface observed in the growth hormone receptor. A structural motif characteristic of the haematopoetic receptor family, identified as the WSXWS box, was observed to some extent in all three domains of DM43 and most evident in domain D2. It is speculated that the existence of this motif is related to the relative orientation of the domains, by maintaining the first tryptophan of the motif positioned at the domain interface. An additional ?-strand (F) in D2, which is not characteristic of the immunoglobulin fold, is observed due to the presence of the conserved Pro273, three-residues prior to the WSXWS box. This strand appears to play an important role in correctly positioning the motif as it forms hydrogen bonds with strand G of the previous domain thus orientating the first tryptophan of the motif at the interface. The presence of hydrophobic residues at the interdomain interface, may also contribute to stabilizing the acute angular relationship between D1 and D2. An analogous interpretation to that given for the growth hormone receptor, suggests that the loops between ?-strands AB, CC\' and EF of domain D1 and between strands BC and FG do domain D2 plus the linker region, are involved in the binding of metalloproteinase by DM43.
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Variabilidade genética no gene da glicoproteína B (gB) do Citomegalovírus Humano (HCMV) em amostras de sangue de pacientes submetidos a transplante renalCruz, Felipe de Paula Nogueira January 2012 (has links)
Orientador: Maria Cristina Carlan da Silva / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do ABC. Programa de Pós-Graduação em Biossistemas, 2012
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