Submitted by Hiolanda Rêgo (hiolandarego@gmail.com) on 2014-10-22T18:26:12Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_ICS_ Daiane Mendes Carvalho.pdf: 2848139 bytes, checksum: 2996209ff7e3bed29850ce444ef4c0d3 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-10-22T18:26:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação_ICS_ Daiane Mendes Carvalho.pdf: 2848139 bytes, checksum: 2996209ff7e3bed29850ce444ef4c0d3 (MD5) / FAPESB / A Corynebacterium pseudotuberculosis é um patógeno intracelular facultativo de elevada importância veterinária por ser capaz de infectar diferentes animais de produção, incluindo equinos, bovinos e pequenos ruminantes. A pesquisa recente por determinantes moleculares de virulência em diversos agentes patogênicos tem dedicado atenção às proteínas reguladoras da expressão gênica. Os fatores sigma alternativos da RNA polimerase bacteriana proporcionam um meio de regular rapidamente a expressão gênica em resposta a várias mudanças do ambiente extracelular. Nesse contexto, o presente estudo avaliou a expressão diferencial dos fatores sigma alternativos presentes no genoma da bactéria C. pseudotuberculosis durante contato com fatores do hospedeiro, utilizando duas estratégias experimentais, in vivo e in vitro. Ovinos foram infectados experimentalmente com uma linhagem virulenta desta bactéria, punções aspirativas foram realizadas nos linfonodos nos tempos 5, 15 e 30 dias após a infecção. Duas condições diferentes de crescimento: cultura controle, em meio Infusão Cérebro-Coração e cultura que mimetiza o crescimento no hospedeiro, Soro Fetal Bovino, foram estudadas. Curvas de crescimento bacteriano nos dois meios foram realizadas através de contagens bacterianas por monitoramento da DO595nm e citometria de fluxo. RNA total foi extraído das amostras de punção aspirativa e das culturas quando atingiram a densidade de 107 células/mL. Os cDNAs gerados por transcrição reversa in vitro foram submetidos a ensaios de PCR quantitativa em tempo real para a quantificação relativa dos transcritos de nove genes: sigA, sigB, sigC, sigD, sigE, sigH, sigK, sigM e 16S rDNA. Os genes sigA e 16S rDNA foram utilizados como normalizadores da reação de PCR quantitativo, mas foi observado que o 16S rDNA não se apresentou como um bom gene normalizador neste estudo. Assim, surgiu a necessidade de realizar um estudo com normalizadores. Foram analisados resultados de RNAseq da linhagem 1002 da C. pseudotuberculosis, em três condições; estresse osmótico, acidez e choque térmico. Desse modo, de 19 genes selecionados a partir estudos de normalizadores em outros gêneros, nessas condições, apenas os genes dnaG, rpoC, gyrA, gyrB, efp, rpoB, fusA e atpA cumpriram os critérios definidos para serem considerados como bons genes normalizadores. Foram analisados a expressão desses 8 genes em duas condições de cultivo, através da técnica de RT-qPCR. O NormFinder sugeriu o gyrA e fusA como os genes normalizadores mais adequados. Não foi possível analisar a expressão dos genes codificadores de fatores sigma das amostras da estratégia in vivo, devido à baixa concentração de RNA bacteriano das amostras de punção aspirativa. Foi possível detectar alterações nas expressões de vários genes codificadores de fatores sigma nas condições estudadas in vitro. O gene codificador do fator SigD foi o que apresentou maior ativação durante o crescimento bacteriano em Soro Fetal Bovino. Os resultados obtidos pelo presente trabalho sugerem o envolvimento do fator SigD na resposta adaptativa de C. pseudotuberculosis durante crescimento em meio que mimetiza o crescimento no hospedeiro. Após a predição de genes regulados pelo SigD foi possível observar que este fator regula a expressão de genes associados a resposta ao choque térmico, como as proteínas chaperonas, sugerindo assim a importância deste fator, sendo possivelmente importante durante o processo da infecção.

Toxoplasma gondii é um parasito do filo Apicomplexa que infecta uma grande variedade de hospedeiros, incluindo os humanos. O parasito invade a célula hospedeira por penetração ativa, com a participação das proteínas de suas organelas secretoras durante esse processo. Até o momento, somente um número limitado de proteínas secretoras tem sido descoberto, além disso, as moléculas efetoras envolvidas na invasão e sobrevivência do parasito não estão completamente compreendidas. A osteopontina (OPN) é uma glicofosfoproteína adesiva secretada, multifuncional, que contém o domínio arginina-glicina-ácido aspártico (RGD) de ligação à integrina, que está envolvida em uma variedade de eventos fisiológicos e patológicos, incluindo sinalização e sobrevivência celular. Pela primeira vez, nós demonstramos pelas técnicas de imunofluorescência e imunocitoquímica ultraestrutural que há uma intensa marcação para uma proteína OPN-like nos grânulos densos de taquizoítos de T. gondii extracelulares. O western blotting e o RT-PRC confirmaram a expressão de OPN-like nos taquizoítos. Nossos resultados também mostram que após a invasão dos macrófagos, a proteína OPN-like está localizada na membrana do vacúolo parasitóforo. Esses dados sugerem que os grânulos densos secretam uma proteína OPN-like, e nós podemos especular que essa proteína participa durante o processo de interação do parasito com as células hospedeiras. . / Toxoplasma gondii is an apicomplexan parasite infecting a broad host range, including humans. The parasite invades host cell by active penetration with the participation of its secretory organelles proteins during this process. Until now, only a limited number of secretory proteins have been discovered, and the effectors molecules involved in parasite invasion and survival are not well understood. Osteopontin (OPN) is a multifunctional secreted adhesive glycophosphoprotein containing the arginine-glycine-aspartic acid (RGD) integrin-binding domain, which is involved in various physiological and pathological events including cell signaling and survival. For the first time we demonstrated by immunofluorescence and immunoelectron microscopy approaches that there is an intense labeling for an OPN-like protein in the dense granules of extracellular T. gondii tachyzoites. Western blotting and RTPCR confirmed this protein expression in tachyzoites. Our results also showed that after macrophage invasion the OPN-like protein is localized at the parasitophorous vacuole membrane. These data suggest that dense granules secrete an OPN-like protein, and we can speculate that this protein participates during the parasite interaction process with host cells.

Holymenia clavigera (Herbst, 1784) e Anisoscelis foliacea marginella (Dallas, 1852) são hemípteros pouco estudados que ocorrem no sul do Brasil, sendo pertencentes a tribo Anisoscelidini (Coreidae). Observações preliminares indicam uma alta coexistência no uso de suas plantas hospedeiras (passifloráceas), bem como uma total semelhança morfológica dos ovos e ninfas. Este estudo objetivou descrever a morfologia genérica dos imaturos destes sugadores, bem como suas trajetórias de crescimento, uma vez que a única diferença aparente entre as espécies é uma crescente dilatação da tíbia do terceiro par de pernas de A. foliacea marginella. Por não apresentarem as formas das tíbias distintas visualmente nos primeiro e segundo ínstares, foi feita a morfometria geométrica destas. Holymenia clavigera (Herbst, 1784) e Anisoscelis foliacea marginella (Dallas, 1852) são hemípteros pouco estudados que ocorrem no sul do Brasil, sendo pertencentes a tribo Anisoscelidini (Coreidae). Observações preliminares indicam uma alta coexistência no uso de suas plantas hospedeiras (passifloráceas), bem como uma total semelhança morfológica dos ovos e ninfas. Este estudo objetivou descrever a morfologia genérica dos imaturos destes sugadores, bem como suas trajetórias de crescimento, uma vez que a única diferença aparente entre as espécies é uma crescente dilatação da tíbia do terceiro par de pernas de A. foliacea marginella. Por não apresentarem as formas das tíbias distintas visualmente nos primeiro e segundo ínstares, foi feita a morfometria geométrica destas. Concomitantemente, alguns aspectos relativos à interação com suas plantas hospedeiras foram investigados. Para tanto, foi avaliada a performance em três maracujás existentes no estado do Rio Grande do Sul, a partir do seguinte delineamento experimental: criação em Passiflora suberosa Linnaeus (tratamento um), em Passiflora misera Linnaeus (tratamento dois), em Passiflora edulis Sims (tratamento três) e nas três hospedeiras em conjunto (tratamento quatro). Os dois primeiros maracujás são espécies nativas e silvestres, além de serem mais semelhantes em tamanho que o terceiro maracujá, nativo e cultivado, que apresenta maior porte. A performance foi mensurada através do tempo de desenvolvimento e sobrevivência ninfal, e tamanho dos adultos. A preferência alimentar destes coreídeos foi testada em três níveis: 1) em relação às estruturas de P. suberosa (região apical, folha, caule, botão, fruto verde); 2) em relação aos parâmetros espécie e idade dos frutos de P. suberosa e P. misera, uma vez que o fruto foi a estrutura preferida e contém duas fenofases marcadamente distintas e 3) em relação às três espécies de passifloráceas utilizadas no experimento de performance. Os frutos verdes e violáceos de P. suberosa e P. edulis foram também avaliados quimicamente quanto ao pH, teor de água, nitrogênio total, carbono orgânico, fenóis totais e antocianinas. Paralelamente, um trabalho de campo de 09 de janeiro a 22 de março de 2003 (intervalos amostrais de quinze dias) visou a determinar as partes de P. suberosa mais utilizadas para alimentação e outras atividades. Por fim, caracterizou-se a morfologia genérica do aparelho bucal e analisou-se por meio de técnicas histológicas os tecidos da folha de P. suberosa (parênquima, xilema e floema) e as regiões dos frutos (pericarpo e semente) utilizados por ninfas de quinto instar e adultos de ambas as espécies. Os ovos foram idênticos em sua morfologia e ultraestrutura, diferindo apenas na magnitude, sendo maiores aqueles pertencentes a H. clavigera. Proporcionalmente, um número maior de processos micropilares foram encontrados nesta espécie. A exceção do alargamento da tíbia, que tornou-se conspícuo a partir do terceiro instar e do aspecto das ninfas de quinto instar de um modo geral, os ínstares foram também idênticos na morfologia, ultraestrutura e coloração. Porém, as trajetórias de crescimento e os coeficientes alométricos das estruturas mensuradas diferiram significativamente entre as espécies. A forma das tíbias de H. clavigera e A. foliacea marginella não foram diferentes no primeiro, mas sim no segundo instar ninfal. Para ambas as espécies, a performance foi superior em P. suberosa quando comparada com P. misera e P. edulis, apenas não diferindo do tratamento misto. A criação em apenas P. edulis resultou na pior performance para ambos os coreídeos. Não houve efeito do sexo e da espécie de coreídeo nas performances. As ninfas de primeiro instar de ambos os sugadores utilizaram mais a região apical. H. clavigera utilizou preferencialmente os frutos nos demais ínstares e no estágio adulto, o que apenas ocorreu em A. foliacea marginella do quarto instar em diante. Os frutos verdes foram selecionados por ambos os coreídeos quando em comparação com os violáceos, tanto em P. suberosa quanto em P. misera. Contudo, estes não foram selecionados segundo o atributo espécie. Os fenóis totais diminuíram à medida em que o fruto amadurece, ocorrendo o contrário com as antocianinas. O teor de água foi também maior nos frutos verdes. Quando comparados com P. suberosa, os frutos de P. misera de ambas as idades apresentaram maior teor de carbono orgânico, ocorrendo o contrário em relação ao nitrogênio total. H. clavigera não demonstrou preferência por nenhuma passiflorácea, e A. foliacea marginella utilizou mais P. misera e P. suberosa em detrimento de P. edulis. Em campo, os frutos verdes e as folhas maduras de P. suberosa foram os substratos mais utilizados para alimentação e descanso, respectivamente, independente da constante abundância de todas as estruturas. O rostro não apresentou diferenças morfológicas entre espécies e idades. Os imaturos e os adultos de ambas as espécies utilizaram o xilema na quase totalidade dos casos, raramente fazendo uso do floema. Registrou-se um uso de todas as partes do fruto, incluindo as sementes para ambos os coreídeos e estágios. Diante o exposto, o panorama atual aponta para uma grande semelhança morfológica e ecológica entre H. clavigera e A. foliacea marginella, que são provavelmente espécies simpátricas. A extrema semelhança dos estágios imaturos, adicionada ao semelhante padrão de uso de suas hospedeiras aponta para uma alta coexistência devido à parcimônia nas fases imaturas após a especiação, convergência evolutiva ou mimetismo Mülleriano.

O transplante de células tronco hematopoiéticas (TCTH) é uma terapia bem estabelecida para o tratamento de diversas doenças hematológicas benignas e malignas, sendo amplamente realizado em vários países, inclusive no Brasil. Com a sobrevivência dos pacientes transplantados por tempo longo, verifica-se o desenvolvimento de complicações tardias, geralmente causadas pelo uso prévio de quimioterapia, radioterapia, imunossupressores, ou ainda por distúrbios imunológicos específicos desta população. Estudos prévios estabeleceram quais os principais fatores determinantes de tais complicações, bem como os principais órgãos acometidos e rotinas especiais para o acompanhamento desses pacientes. Estudos nacionais envolvendo complicações tardias do TCTH, bem como seu impacto na qualidade de vida e no auto-cuidado dos pacientes são escassos.Com objetivo de estudar a associação do TCTH com alguns aspectos de qualidade de vida, foi realizado estudo transversal e de coorte retrospectiva com pacientes submetidos ao TCTH no Hospital de Clínicas de Porto Alegre há mais de um ano. Distúrbios do sono e tabagismo pós-transplante foram avaliados nesta população, além de possíveis fatores associados. Foram entrevistados 61 pacientes, que responderam a questionário sobre hábitos de tabagismo pré e pós-transplante, além de interrogatório com relação a possíveis distúrbios de sono, conforme critérios estabelecidos no DSM-IV. Verificou-se elevada prevalência de distúrbios de sono, 26,2%, nesta população. Dentre os fatores associados ao surgimento destes distúrbios, encontramos, a idade [RR:1,04 (IC95:1,01-1,08) p=0.01] e o uso do esquemade condicionamento Bussulfano + Ciclofosfamida [RR:3,74 (IC95:1,1-12,6) p=0,03]. As mulheres tiveram mais distúrbios do sono do que os homens, embora a diferença não tenha sido estatisticamente significativa [R:2,37 (IC95:1,0-5,7) p=0,05]. Prevalência de tabagismo foi menor após o transplante, sendo verificada redução de 24,6% para 9,8% [p=0,03] e sua prevalência foi maior em indivíduos mais velhos [p=0,007]. Os resultados do estudo demonstram que o TCTH exerce importante impacto sobre hábitos pessoais, como o tabagismo, além de efeito sobre um importante item da qualidade de vida, o sono. Alguns dos achados do estudo, como associação de distúrbios de sono com o esquema de condicionamento Bussulfano + Ciclofosfamida, não haviam sido descritos anteriormente na literatura.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, Programa de Pós-Graduação em Patologia Molecular, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-06-28T16:26:07Z No. of bitstreams: 1 2016_AlineSilvaMoraes.pdf: 1493539 bytes, checksum: 3d4a2d5c7ca444ed6c0872b841d411bb (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-07-15T12:05:08Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_AlineSilvaMoraes.pdf: 1493539 bytes, checksum: 3d4a2d5c7ca444ed6c0872b841d411bb (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-15T12:05:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_AlineSilvaMoraes.pdf: 1493539 bytes, checksum: 3d4a2d5c7ca444ed6c0872b841d411bb (MD5) / A doença de Chagas é considerada uma das principais endemias da América Latina, existindo cerca de oito milhões de pessoas infectadas com o Trypanosoma cruzi em todo o mundo, principalmente na América Latina. A associação entre a transferência gênica lateral de minicírculos de kDNA do T. cruzi para o genoma hospedeiro e o surgimento de manifestações clínicas da doença de Chagas está descrita na literatura. Entretanto os mecanismos que levariam ao desenvolvimento das reações autoimunes ainda precisam ser elucidados. No presente estudo, desenvolveu-se um protocolo de PCR quantitativa (qPCR) que permitiu a quantificação das integrações de minicírculos de kDNA de T. cruzi no genoma do hospedeiro, confirmando, dessa forma, a transferência dos minicírculos ao genoma de célula hospedeira. Verificou-se que há um acúmulo das integrações ao longo do tempo em células J774.A1. À medida que ocorre a inserção dos minicírculos de kDNA no genoma hospedeiro, observa-se alteração da temperatura de dissociação das amostras, indicando mudança na composição ou no tamanho dos fragmentos integrados. De fato, a clonagem e o sequenciamento dos amplicons demonstrou o truncamento da região variável do kDNA. O Benznidazol é capaz de eliminar a infecção, porém não previne a integração e o acúmulo das sequências de kDNA. Já o AZT, droga inibidora de retrotransposição, mostra-se efetivo no controle dos eventos de integração. Os experimentos in vivo corroboraram os achados in vitro, demonstrando uma maior quantidade de integrações em animais que se encontravam na fase crônica da doença de Chagas. Outros estudos são necessários para determinar o papel do acúmulo de integrações de kDNA e a severidade das manifestações clínicas. Entretanto, o real significado de tais mutações não fica restrito à doença de Chagas, mas, sim, estende-se ao longo do processo da evolução, em que a aquisição de DNA exógeno ajudaria a impulsionar um fluxo genético introdutor de complexidade crescente às espécies. / Chagas' disease is considered a major endemic disease in Latin America, and there are approximately eight million people infected with Trypanosoma cruzi worldwide, especially in Latin America. The association between lateral gene transfer of T. cruzi kDNA minicircle into host genome and the onset of clinical manifestations of Chagas disease is described in the literature. However, the mechanisms that lead to autoimmune reactions are to need to be elucidated. In the present study, we have developed a protocol quantitative PCR (qPCR), which permitted quantitation of kDNA minicircle integrations T. cruzi into the host genome, confirming thus the transfer of the minicircle into the genome of the host J774.A1 cells. It was found that there is an accumulation of integrations over time J774.A1 cells. As kDNA insertions occur, there is change in melting curve, indicating change in composition or size of the integrated fragments. In fact, cloning and sequencing of amplicons showed loss of nucleotides in kDNA variable region. Benznidazole is able to eliminate the infection, but does not prevent the integration and accumulation of kDNA sequences. AZT, an inhibitory drug for retro transposition, shows to be effective in controlling integration events. In vivo experiments confirmed in vitro findings, showing a greater amount of integrations in animals that were in the chronic phase of Chagas disease. Further studies are needed to determine the role of kDNA accumulation in severity of clinical manifestations. However, the real significance of such date is not restricted to Chagas disease, but rather extends throughout the evolutionary process, where the acquisition of exogenous DNA would help boost a genetic flow introducing higher complexity to species.

Orientador: Luciano Alves dos Anjos / Coorientador: Reinaldo José da Silva / Banca: Robson Waldemar Ávila / Banca: Fábio Yamada / Resumo: O objetivo deste estudo foi avaliar a composição e estrutura da comunidade de helmintos de anfíbios de acordo com suas características reprodutivas e uso do hábitat pelo hospedeiro; determinar a riqueza e diversidade comunidade parasitária; e avaliar a distribuição espacial dos helmintos parasitas. As espécies de anfíbios coletadas foram agrupadas em seis guildas de acordo com as características reprodutivas e uso do habitat pelo anfíbio. Em todas as guildas os anfíbios estavam parasitados por pelo menos uma espécie de helminto, abrangendo desde um único hospedeiro parasitado na guilda VI até a maioria nas guildas II, III, IV e V. As guildas II, III e IV apresentaram as maiores valores de riqueza e diversidade parasitária enquanto as guildas V e VI os menores. A helmintofauna foi composta por 13 taxa, sendo os nematóides não identificados da família Cosmocercidae o taxon mais prevalente, seguido por Rhabdias sp.. As espécies de helmintos na supracomunidade apresentaram um padrão de agregação próximo ao máximo, mas nas guildas esse mesmo padrão não foi observado. Somente duas espécies foram classificadas como colonizadoras sem sucesso, larva de Physaloptera sp. e larva de Cestoda, que estavam presentes no estômago e no mesentério de hospedeiros da guilda III e IV. Todas as outras guildas apresentaram somente espécies dominantes e codominantes. A composição da fauna de helmintos foi diferente entre as guildas e a análise de ordenação reuniu os hospedeiros de acordo com as guildas criadas neste estudo. Os resultados deste estudo apontam que existe uma importância relevante das características morfológicas e comportamentais dos hospedeiros na estruturação das comunidades de helmintos parasitas em espécies simpátricas de anfíbios / Abstract: The aim of this study was to evaluate the composition and structure of helminth community of amphibians according to their reproductive characteristics and habitat use by the host; to determine the parasite community richness and diversity; and to evaluate the spatial distribution of helminth parasites. The amphibian species collected were grouped into six guilds according to the reproductive characteristics and habitat use by the host. In all guilds the amphibians were parasitized by at least one species of helminth, ranging from a single parasitized host in the guild VI even the majority in the guilds II, III, IV and V. The guilds II, III and IV showed the highest values of richness and diversity parasite while the guilds V and VI the lowest values. The helminth fauna consisted of 13 taxa, and nematodes unidentified of the family Cosmocercidae was the taxon most prevalent, followed by Rhabdias sp.. The helminth species in supracommunity have an aggregation pattern near maximum, but in guilds this same pattern was not observed. Only two species were classified as colonizing unsuccessfully, larvae of Physaloptera sp. and larvae of Cestoda, which were present in the host stomach and mesentery of guilds III and IV. All other guilds had only dominant and codominant species. The composition of the helminth fauna was different between guilds and the ordination analysis grouped the hosts in accordance with the guilds created in this study. The results of this study indicate that there is a great importance of morphological and behavioral characteristics of the host in structuring of communities of helminth parasites in sympatric species of amphibians / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:22Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-07-07Bitstream added on 2014-06-13T19:35:21Z : No. of bitstreams: 1 braga_gl_me_jabo.pdf: 800422 bytes, checksum: 8c818bf680f780fe0fe026c87dafb42e (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / O cancro cítrico é uma das mais graves doenças da cultura dos citros e seu agente causal (Xanthomonas citri subsp. citri) encontra-se distribuído em dezenas de países localizados na Oceania, Ásia e América. Poucas informações estão disponíveis na literatura científica concernente à caracterização e clonagem de genes de resistência ao cancro cítrico. Sessenta um genótipos, desde altamente suscetíveis até os de plantas não hospedeiras, foram utilizados no presente estudo na tentativa de identificar possíveis R-genes envolvidos na resistência a essa doença. Quatro oligonucleotídeos, desenhados com base em R-genes de Arabdopsis thaliana e Malus floribunda, foram empregados na amplificação de amostras de DNA, clonagem e sequenciamento. Algumas sequências foram amplificadas unicamente em fenótipos altamente resistentes ou de plantas não hospedeiras, ou apresentaram homologia com sequências de genes envolvidas na resistência de plantas a estresses bióticos e abióticos. Algumas sequências traduzidas, encontradas em Citrus mitis, Citrus reticulata e Poncirus trifoliata, apresentaram mesmos aminoácidos presentes em domínios conservados de R-genes do tipo NBS-LRR. / Citrus canker is one of the most important citrus diseases worldwide. Its pathogen is the bacterium Xanthomonas citri subsp. citri that is presented in Ocean, Asia and America continents. Almost no information is available in the scientific literature about the genetic resistant against citrus canker. In the present work we developed and used primers in the tentative identification of genes involved in the resistance of citrus and other rutaceous genotypes against this disease. Sixty one genotypes, presenting complete resistant or extremely susceptible phenotypes, were tested with four primers developed based on R-genes from Arabdopsis thaliana and Malus floribunda. Some cloned sequences were identified only in resistant or non-host phenotypes or were similar with translated sequences homologues from genes involved in responses against biotic and abiotic stresses. Other traduced sequences, identified in Citrus mitis, Citrus reticulata and Poncirus trifoliata species, presented some predicted aminoacids from conserved domains of R-genes type NBS-LRR.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:22Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-02-28Bitstream added on 2014-06-13T20:56:16Z : No. of bitstreams: 1 jaciani_fj_me_jabo.pdf: 302453 bytes, checksum: 1fb27cbd11729232d8b900ef7c2e8c3c (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A caracterização da estrutura genética de populações clonais de patógenos bacterianos tem sido feita, entre outros métodos, por “Southern blot” empregando-se como sondas seqüências de inserção ou genes avr. O presente trabalho objetivou o desenvolvimento de oligonucleotídeos iniciadores e sondas de DNA baseadas em genes de patogenicidade para estudo da diversidade genética de isolados de Xanthomonas citri subsp. citri, Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii e Xanthomonas alfalfae subsp. citrumelonis. Observou-se a presença dos genes avrXacE1, avrXacE2 e lrp em todos isolados das subsp. citri e aurantifolii e a ausência do gene avrXacE2 no isolado da subsp. citrumelonis. Os perfis de restrição gerados por PCR-RFLP não revelaram polimorfismo nos genes amplificados e o uso de genes avr como sondas para “Southern blot” mostrou-se efetiva na diferenciação das espécies de Xanthomonas patogênicas a citros e na identificação de relativo polimorfismo entre isolados da mesma espécie. A diversidade haplotípica foi maior com o gene avrXacE1. Com exceção à sonda correspondente ao gene lrp, o número de haplótipos identificados (17) variou de acordo com a endonuclease utilizada em “Southern blot”. Os isolados da subsp. citri apresentaram um maior número de cópias dos genes avr em comparação com isolados das subsp. aurantifolii e citrumelonis. O estado de São Paulo, que adota uma campanha de erradicação do cancro cítrico, apresentou a menor diversidade haplotípica, provavelmente em decorrência do curto período em que o patógeno interage com o hospedeiro. / The genetic structure of clonal populations of bacterial pathogens has been characterized, among other methods, by Southern blot using insertion sequences or avr genes as probes. The present work aimed the development of DNA primers and probes based on pathogenicity genes to study the genetic diversity of Xanthomonas citri subsp. citri, Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii, and Xanthomonas alfalfae subsp. citrumelonis strains. The presence of avrXacE1, avrXacE2 and leucine rich protein (lrp) genes was observed in all citri and aurantifolii strains, as well as the absence of the avrXacE2 gene in citrumelonis isolate. The restriction profiles generated by PCR-RFLP did not show polymorphism in the amplified genes and the use of avr genes as Southern blot probes showed to be effective to differentiate Xanthomonas species pathogenic to citrus and to identify a relative polymorphism between strains belonging to the same species. The haplotype diversity was higher with the avrXacE1 gene. Excepting the probe corresponding to lrp gene, the number of haplotypes identified (17) varied according to the endonuclease used on Southern blot. The strains of the citri species presented a higher number of copies of the avr genes compared to aurantifolii and citrumelonis. The state of São Paulo, that adopts a campaign of eradication of the citrus canker, presented the smaller haplotype diversity, probably as result of the short period where the pathogen interacts with the host.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:26Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-09-26Bitstream added on 2014-06-13T20:35:57Z : No. of bitstreams: 1 rodrigues_lms_me_botib.pdf: 1004031 bytes, checksum: c12e9343417f8407c22334ecad16cd68 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O presente estudo foi dividido em duas partes. A primeira parte (capítulo 1) teve como objetivo avaliar se as características nutricionais dos frutos de Mimosa bimucronata influenciam a formação dos padrões de distribuição espacial de Acanthoscelides schrankie e seus parasitóides, os quais por sua vez podem determinar os padrões de dependência de densidade espacial na interação hospedeiro-parasitóide. Ramos em frutificação foram marcados e coletas quinzenais de frutos foram feitas em 2006 e 2007. Após a emergência dos insetos, análises nutricionais dos frutos de cada ano foram feitas (teor de água, nitrogênio e fenóis). Tanto A. schrankiae como seus parasitóides apresentaram estrutura espacial bem definida apenas durante o ano de 2007. Foram observados padrões independentes, inversamente dependentes e diretamente dependentes da densidade espacial, dependendo do momento de observação. Associações espaço-temporal significativas com e sem atraso de tempo entre bruquídeos e parasitóides, e entre bruquídeos e a porcentagem de parasitismo foram observadas. Associações espaciais mais intensas foram observadas sem atraso de tempo. Portanto, as populações de bruquídeos e parasitóides foram dinamicamente acopladas, mas tal padrão foi dependente do ano de observação. Constatou-se uma dissociação espacial significativa das populações de bruquídeos e parasitóides com os conteúdos de fenóis dos frutos, ou seja, a forte associação entre bruquídeos e parasitóides ocorreu em ramos com menor concentração de compostos fenólicos, o que pode ter contribuído para a formação dos padrões espaciais observados. Associações espaciais significativas não foram observadas entre as populações de bruquídeos e parasitóides com os respectivos teores de água e nitrogênio. Na segunda parte (capítulo 2) investigou-se... / This study was divided into two parts. The objective of the first part (chapter 1) was to investigate whether fruit quality of Mimosa bimucronata plants influenced the spatial distribution patterns of Acanthoscelides schrankie and its parasitoids, which in turn would determine spatial density dependent patterns of host-parasitoid interactions. Branches were previously selected and fruits were collected at each fifteen days in years 2006 and 2007. After emergence of all insects, nutritional analyses of fruits were carried out for each year (water, nitrogen and phenolic contents). A. schrankiae and its parasitoids presented well defined spatial structure only in 2007. Independent, inversely density dependent and directly density dependent spatial patterns were verified; however, such patterns depended of the moment of observation. Significant spatio-temporal associations with and without time lags were observed between bruchids and its parasitoids and also between bruchids and the percentage of parasitism. The most significant spatial associations were verified without time lags. Therefore, bruchid and parasitoid populations were dynamically coupled, but these patterns were dependent of the year of observation. Significant spatial dissociations were verified between phenolic contents of M. bimucronata fruits and bruchid and parasitoid populations; therefore, significant spatial associations between bruchids and their parasitoids occurred on branches with lower concentrations of phenolic compounds, which may have determined the observed spatial patterns in the field. Significant spatial associations were not observed between bruchid and parasitoid populations and the water and nitrogen contents. In the second part (chapter 2), the species richness of bruchids and their host plants was investigated in a semi-deciduous forest fragment named as “Mata da Bica” (Botucatu-SP)... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:26Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-25Bitstream added on 2014-06-13T20:16:48Z : No. of bitstreams: 1 000737208.pdf: 2349253 bytes, checksum: 63ac5ac6eaeb3f6cca09d001f005a5bd (MD5) / O objetivo deste estudo foi avaliar a composição e estrutura da comunidade de helmintos de anfíbios de acordo com suas características reprodutivas e uso do hábitat pelo hospedeiro; determinar a riqueza e diversidade comunidade parasitária; e avaliar a distribuição espacial dos helmintos parasitas. As espécies de anfíbios coletadas foram agrupadas em seis guildas de acordo com as características reprodutivas e uso do habitat pelo anfíbio. Em todas as guildas os anfíbios estavam parasitados por pelo menos uma espécie de helminto, abrangendo desde um único hospedeiro parasitado na guilda VI até a maioria nas guildas II, III, IV e V. As guildas II, III e IV apresentaram as maiores valores de riqueza e diversidade parasitária enquanto as guildas V e VI os menores. A helmintofauna foi composta por 13 taxa, sendo os nematóides não identificados da família Cosmocercidae o taxon mais prevalente, seguido por Rhabdias sp.. As espécies de helmintos na supracomunidade apresentaram um padrão de agregação próximo ao máximo, mas nas guildas esse mesmo padrão não foi observado. Somente duas espécies foram classificadas como colonizadoras sem sucesso, larva de Physaloptera sp. e larva de Cestoda, que estavam presentes no estômago e no mesentério de hospedeiros da guilda III e IV. Todas as outras guildas apresentaram somente espécies dominantes e codominantes. A composição da fauna de helmintos foi diferente entre as guildas e a análise de ordenação reuniu os hospedeiros de acordo com as guildas criadas neste estudo. Os resultados deste estudo apontam que existe uma importância relevante das características morfológicas e comportamentais dos hospedeiros na estruturação das comunidades de helmintos parasitas em espécies simpátricas de anfíbios / The aim of this study was to evaluate the composition and structure of helminth community of amphibians according to their reproductive characteristics and habitat use by the host; to determine the parasite community richness and diversity; and to evaluate the spatial distribution of helminth parasites. The amphibian species collected were grouped into six guilds according to the reproductive characteristics and habitat use by the host. In all guilds the amphibians were parasitized by at least one species of helminth, ranging from a single parasitized host in the guild VI even the majority in the guilds II, III, IV and V. The guilds II, III and IV showed the highest values of richness and diversity parasite while the guilds V and VI the lowest values. The helminth fauna consisted of 13 taxa, and nematodes unidentified of the family Cosmocercidae was the taxon most prevalent, followed by Rhabdias sp.. The helminth species in supracommunity have an aggregation pattern near maximum, but in guilds this same pattern was not observed. Only two species were classified as colonizing unsuccessfully, larvae of Physaloptera sp. and larvae of Cestoda, which were present in the host stomach and mesentery of guilds III and IV. All other guilds had only dominant and codominant species. The composition of the helminth fauna was different between guilds and the ordination analysis grouped the hosts in accordance with the guilds created in this study. The results of this study indicate that there is a great importance of morphological and behavioral characteristics of the host in structuring of communities of helminth parasites in sympatric species of amphibians