La rupture de la plaque d'athérome carotidienne est la première cause des infarctus cérébraux. Pour prévenir ces accidents, l'endartérectomie carotidienne est le traitement le plus utilisé. La vulnérabilité de la plaque est en relation avec les efforts que le sang applique sur la plaque. Ces actions sont différentes suivant les propriétés constitutives, mécaniques et géométriques de la plaque. Plusieurs auteurs ont développé des modèles numériques de la plaque d'athérome carotidienne à partir desquels une analyse mécanique a permis de caractériser les déformations et les contraintes en lien avec la rupture de la plaque. Néanmoins, les caractéristiques d'une plaque vulnérable sont encore mal connues. Dans ce manuscrit, un modèle numérique de plaque d'athérome carotidienne est développé en interaction fluide-structure dans le but mieux comprendre comment les actions mécaniques du sang sur la plaque sont affectées par les propriétés mécaniques et géométriques de la plaque. Plusieurs résultats sont en concordance avec la littérature : la vulnérabilité de la plaque est associée à la sévérité de sténose et à l'épaisseur de la chape fibreuse. De plus une analyse de l'écoulement du sang, de la déformation de la plaque et des contraintes dans la plaque révèle que les effets de l'écoulement du sang sont amplifiés si la plaque est courte, si la pente en amont de sténose est raide ou si la morphologie de la plaque est irrégulière et asymétrique. Ces résultats offrent de nouvelles perspectives dans la compréhension de la vulnérabilité de la plaque. / The rupture of carotid atheromatous plaques is the major cause of cerebrovascular thromboembolic events such as strokes and ischemic attacks. To prevent this issue, carotid endarterectomy is the preferred treatment. The vulnerability of the plaque is related the mechanical action of the blood onto the plaque. This action is different according to the plaque morphology, the plaque constitution and the mechanical properties of the constituents. Several authors developed computational models to perform mechanical analyses for carotid atherosclerotic plaques and to identify critical mechanical descriptors as stresses or strains related to plaque rupture. But the question of which plaque characteristics affect the plaque rupture is not closely elucidated. In this manuscript a fluid structure interaction model is developed, questioning how the mechanical action of the blood onto an atheromatous plaque is affected by the mechanical and geometrical properties of the plaque. Many results are in agreement with the literature: the vulnerability of atheromatous plaques is related to the degree of severity of the endoluminal stenosis and the thickness of the fibrous cap. Moreover the resulting flow patterns, wall shear stresses, plaque deformations and stresses in the fibrous cap reveal that the effects of the blood flow are amplified if the plaque is short, if the slope upstream stenosis is steep or if the plaque morphology is irregular and asymmetric. These results offer new perspectives for understanding the vulnerability of plaques.

Les fonds d'archives forment de grandes quantités de documents difficiles à interpréter automatiquement : les approches classiques imposent un lourd effort de conception, sans parvenir à empêcher la production d'erreurs qu'il faut corriger après les traitements.Face à ces limites, notre travail vise à améliorer la processus d'interprétation, en conservant un fonctionnement page par page, et en lui apportant des informations contextuelles extraites du fonds documentaire ou fournies par des opérateurs humains.Nous proposons une extension ciblée de la description d'une page qui permet la mise en place systématique d'échanges entre le processus d'interprétation et son environnement. Un mécanisme global itératif gère l'apport progressif d'informations contextuelles à ce processus, ce qui améliore l'interprétation.L'utilisation de ces nouveaux outils pour le traitement de documents du XVIIIe siècle a montré qu'il était facile d'intégrer nos propositions à un système existant, que sa conception restait simple, et que l'effort de correction pouvait être diminué. / Fonds, also called historical document collections, are important amounts of digitized documents which are difficult to interpret automatically: usual approaches require a lot of work during design, but do not manage to avoid producing many errors which have to be corrected after processing.To cope with those limitations, our work aimed at improving the interpretation process by making use of information extracted from the fond, or provided by human operators, while keeping a page by page processing.We proposed a simple extension of page description language which permits to automatically generate information exchange between the interpretation process and its environment. A global iterative mechanism progressively brings contextual information to the later process, and improves interpretation.Experiments and application of those new tools for the processing of documents from the 18th century showed that our propositions were easy to integrate in an existing system, that its design is still simple, and that required manual corrections were reduced.

Ce document propose une modélisation indirecte par sous-structuration des vibrations d'origine ferroviaire transmises aux bâtiments par le sol. La méthodologie globale est empruntée à la méthode des mobilités dans laquelle chaque sous-structure est caractérisée par sa mobilité. L'excitation est représentée par une force ponctuelle en surface du sol ou par une ligne de forces décorréllées. Elle est néanmoins calibrée sur des résultats expérimentaux. Une attention particulière a été portée à la caractérisation des comportements vibratoires des éléments du problème. La plupart des représentations de l'ensemble sol-fondations est effectuée à l'aide d'un code FEM-BEM en 2 et 2.5 dimensions. Le bâtiment est modélisé par différentes techniques : FEM, BEM, SEA et ondulatoire. Une approche probabiliste permet d'évaluer l'impact de la variabilité des sols environnent sur la mobilité des fondations. Les impédances stochastiques qui en découlent sont intégrées aux modèles de propagation. Leurs impacts sur les vibrations du bâtiment sont alors accessibles. La méthodologie permet d'obtenir les niveaux vibratoires des composantes du bâtiment / This document proposes an approach by sub-structuralization of the problem of the vibrations of railroad origin passed on in buildings by the soil. The global methodology is borrowed from the method of the mobilities, every sub-structure is characterized by its mobility. The excitement is represented by an on-surface punctual strength of the ground or by a line of uncorrelated forces. Nevertheless it can be calibrated on experimental results. A particular attention was carried in the characterization of the vibratory behavior of the elements of the problem. A major left the representations of the group soil-foundation is made by a FEM-BEM code. The building is modelled by various techniques: FEM, BEM, SEA and waves approach. A probability approach allows to estimate the impact of the variability of soil close to foundations in the model of soil-structure interaction. The stochastic impedances which ensues from it are integrated into the models of propagation. Their impacts on the vibrations of the building are also accessible. The methodology allows to obtain the vibratory levels of the components of the building

Cette thèse présente un système permettant d’extraire les interactions partagées dans les réseaux sociaux et de construire un profil dynamique d’expertise pour chaque membre dudit réseau social. La difficulté principale dans cette partie est l’analyse de ces interactions, souvent très courtes et avec peu de structure grammaticale et linguistique. L’approche que nous avons mis en place propose de relier les termes importants de ces messages à des concepts dans une base de connaissance sémantique, type Linked Data. Cette connexion permet en effet d’enrichir le champ sémantique des messages en exploitant le voisinage sémantique du concept dans la base de connaissances. Notre première contribution dans ce contexte est un algorithme qui permet d'effectuer cette liaison avec une précision plus augmentée par rapport à l’état de l’art, en considérant le profil de l’utilisateur ainsi que les messages partagés dans la communauté dont il est membre comme source supplémentaire de contexte. La deuxième étape de l’analyse consiste à effectuer l’expansion sémantique du concept en exploitant les liens dans la base de connaissance. Notre algorithme utilise une heuristique basant sur le calcul de similarité entre les descriptions des concepts pour ne garder que ceux les plus pertinents par rapport au profil de l’utilisateur. Les deux algorithmes mentionnés précédemment permettent d’avoir un ensemble de concepts qui illustrent les centres d'expertise de l’utilisateur. Afin de mesurer le degré d'expertise de l’utilisateur qui s’applique sur chaque concept dans son profil, nous appliquons la méthode-standard vectoriel et associons à chaque concept une mesure composée de trois éléments : (i) le tf-idf, (ii) le sentiment moyen que l’utilisateur exprime par rapport au dit concept et (iii) l’entropie moyen des messages partagés contenant ledit concept. L’ensemble des trois mesures combinées permet d’avoir un poids unique associé à chaque concept du profil. Ce modèle de profil vectoriel permet de trouver les « top-k » profils les plus pertinents par rapport à une requête. Afin de propager ces poids sur les concepts dans l’expansion sémantique, nous avons appliqué un algorithme de type propagation sous contrainte (Constrained Spreading Activation), spécialement adapté à la structure d'un graphe sémantique. L’application réalisée pour prouver l’efficacité de notre approche, ainsi que d’illustrer la stratégie de recommandation est un système disponible en ligne, nommé « The Tagging Beak » (http://www.tbeak.com). Nous avons en effet développé une stratégie de recommandation type Q&A (question - réponse), où les utilisateurs peuvent poser des questions en langage naturel et le système recommande des personnes à contacter ou à qui se connecter pour être notifié de nouveaux messages pertinents par rapport au sujet de la question / In recent years, online collaborative environments, e.g. social content sites (such as Twitter or Facebook) have significantly changed the way people share information and interact with peers. These platforms have become the primary common environment for people to communicate about their activity and their information needs and to maintain and create social ties. Status updates or microposts emerged as a convenient way for people to share content frequently without a long investment of time. Some social platforms even limit the length of a “post”. A post generally consists of a single sentence (e.g. news, a question), it can include a picture, a hyperlink, tags or other descriptive data (metadata). Contrarily to traditional documents, posts are informal (with no controlled vocabulary) and don't have a well established structure. Social platforms can become so popular (huge number of users and posts), that it becomes difficult to find relevant information in the flow of notifications. Therefore, organizing this huge quantity of social information is one of the major challenges of such collaborative environments. Traditional information retrieval techniques are not well suited for querying such corpus, because of the short size of the share content, the uncontrolled vocabulary used by author and because these techniques don't take in consideration the ties in-between people. Also, such techniques tend to find the documents that best match a query, which may not be sufficient in the context of social platform where the creation of new connections in the platform has a motivating impact and where the platform tries to keep on-going participation. A new information retrieval paradigm, social search has been introduced as a potential solution to this problem. This solution consists of different strategies to leverage user generated content for information seeking, such as the recommendation of people. However, existing strategies have limitations in the user profile construction process and in the routing of queries to the right people identified as experts. More concretely, the majority of user profiles in such systems are keyword-based, which is not suited for the small size and the informal aspect of the posts. Secondly, expertise is measured only based on statistical scoring mechanisms, which do not take into account the fact that people on social platforms will not precisely consume the results of the query, but will aim to engage into a conversation with the expert. Also a particular focus needs to be done on privacy management, where still traditional methods initially designed for databases are used without taking into account the social ties between people. In this thesis we propose and evaluate an original framework for the organization and retrieval of information in social platforms. Instead of retrieving content that best matches a user query, we retrieve people who have expertise and are most motivated to engage in conversations on its topics. We propose to build dynamically profiles for users based on their interactions in the social platform. The construction of such profiles requires the capture of interactions (microposts), their analysis and the extraction and understanding of their topics. In order to build a more meaningful profile, we leverage Semantic Web Technologies and more specifically, Linked Data, for the transformation of microposts topics into semantic concepts. Our thesis contributes to several fields related to the organization, management and retrieval of information in collaborative environments and to the fields of social computing and human-computer interaction

Trois raisons poussent à caractériser et contrôler l´interaction plasma-surface dans les machines de fusion thermonucléaire : 1/ la limitation du temps de vie des éléments de première paroi du fait de leur érosion par le plasma, 2/ la pollution de celui-ci par les particules érodées et la diminution des performances qui en découle et 3/ la rétention du gaz de travail (D, T) dans les parois ou dans les couches redéposée constituées de produits d´érosion. Dans les machines à mur carbone, les points 1/ et 3/ sont étroitement couplés, jouant un rôle capital dans le bilan de matière du fait de la forte affinité chimique du carbone avec l´hydrogène ou ses isotopes. Si le bilan érosion/redéposition est souvent obtenu à partir d'analyses post-mortem d´echantillons prélevés dans la machine, deux méthodes sont utilisées pour établir le bilan de rétention en quantifiant la quantité d'hydrogène piégée dans la paroi : les analyses post-mortem, et le bilan de gaz décharge par décharge. Ces deux méthodes conduisent à des estimations en fort désaccord, la quantité d´hydrogène piégée obtenue à partir des analyses post-mortem étant inférieure d'un facteur quatre à celle obtenue à partir du bilan de gaz. La raison en est que la première est résolue dans l´espace et intégrée sur le temps, alors que la seconde st une valeur globale pour toute la machine mais résolue choc à choc. Résoudre le désaccord entre les eux estimations précitées implique alors d´étendre les mesures post-mortem à l´ensemble des éléments de première paroi et le bilan de gaz à toute la période pendant laquelle ces éléments ont été utilisés (périodes sans plasma, ou pendant lesquelles la machine était ouverte). / Three reasons can be invoked to characterize and control plasma-surface interaction in thermonuclear fusion devices : 1/ the plasma erosion limits the lifetime of the first wall components, 2/ the penetration of eroded particles in the plasma is the cause of fuel dilution and loss of performance and 3/ part of the fuel (D/T) is trapped in the wall or layers resulting from the redeposition of eroded particles. In carbon wall devices, points 1/ and 3/ are strongly coupled due to the chemical affinity of carbon with hydrogen or its isotopes. If the erosion/redeposition balance is often obtained from post-mortem analyses of samples extracted from the vacuum chamber, two methods are currently used to build the fuel balance, and particularly to quantify the amount of which trapped in the vessel : the post-mortem analyses cited above, and discharge per discharge gas balance. Estimations by these two methods exhibit a significant discrepancy, the amount of trapped hydrogen estimated by post-mortem being typically four times lower than that obtained from gas balance. The main reason is that the former value is resolved in space (it depends of the location of the sample in the vacuum vessel) but integrated in time (it concerns the whole period during which the sample was in the device), when the latter is a global value for the whole machine but is resolved discharge per discharge. For solving the discrepancy, one must perform post-mortemanalyses on a number of samples large enough for covering the whole vessel and extend gas balance measurements to the whole period during which the considered first wall elements were used, including the period in between plasmas and vents.

Les polynucléaires neutrophiles (PN) sont des cellules essentielles au cours de la réponse immunitaire innée ; recrutés rapidement au site inflammatoire où ils participent à la phase aigüe, ils vont aussi contribuer à la résolution de l’inflammation. Ils peuvent en effet moduler la réponse adaptative par interaction avec les lymphocytes (Ly) ou les cellules dendritiques (DC) via des médiateurs solubles ou des interactions cellulaires directes. Les Neutrophil Extracellular Traps (NETs) libérés par les PN activés pourraient jouer un rôle important dans ce contexte. Les NETs sont des filaments de chromatine décondensée associés à des protéines issues principalement des granulations et du cytoplasme. Ils sont essentiels dans la réponse anti-infectieuse mais semblent également impliqués dans la physiopathologie de certaines maladies auto-immunes et inflammatoires. L’objectif de ce travail a été d’évaluer les effets des NETs sur la maturation des DC dans un contexte inflammatoire au cours duquel les PN et les DC peuvent co-exister, assurant ainsi un pont entre immunité innée et immunité adaptative. La première partie de ce travail a consisté à développer un modèle de production, isolement et caractérisation des NETs issus de PN sanguins humains. L’ionophore de calcium A23187 a été choisi pour induire les NETs et l'enzyme de restriction AluI a permis la récupération de fragments de NETs de taille hétérogène. Certains des composants de ces NETs sont quantifiables (ADN, élastase, histone 3 en particulier), et nous avons montré qu’ils conservaient leurs capacités bactéricides in vitro. Ces échantillons de NETs constituent donc un outil biologique standardisé, permettant d’évaluer leurs effets sur des cellules ou des tissus. Dans la deuxième partie de ce travail, nous avons mis en évidence que ces NETs purifiés régulaient négativement la maturation de moDC induites par le LPS (expression de HLA-DR, CD80, CD83, CD86 et production de TNFα, IL-12, IL-6, IL-23). De plus, les NETs diminuent la capacité de ces moDC à induire la prolifération des LyT, et leur polarisation est modulée en favorisant la production de cytokines de type Th2 (IL-5 et IL-13) aux dépens de cytokines de types Th1 (INFγ) et Th17 (IL-17). De manière intéressante, la capacité de migration des moDC activées par le LPS n’est pas modifiée en présence de NETs. En résumé, ces résultats suggèrent que les NETs pourraient jouer un rôle immunorégulateur sur la maturation des moDC dans des conditions inflammatoires. Les NETs produits par les PN activés pourraient ainsi participer à la régulation indispensable de la réponse inflammatoire. / Polymorphonuclear neutrophils (PMN) are innate immune cells rapidly recruited to the inflammatory sites where they play a major role during the acute phase response but also contribute to resolution and repair. They can also modulate the adaptive response by interacting with lymphocytes (Ly) or dendritic cells (DC) via soluble mediators or cell-cell contacts. Activated PMN release Neutrophil Extracellular Traps (NETs) that could play a role in this context. NETs are decondensed chromatin fibers associated with granule and cytoplasmic proteins. As they are mainly involved in host defense against infection, they contribute to some autoimmune and inflammatory diseases. The aim of this work was to evaluate NET effects on DC maturation in an inflammatory context where PMN and DC co-exist, thus bridging innate and adaptive immunity. We first developed a model to induce, isolate and characterize NETs from human PMN. Calcium ionophore A23187 was chosen to induce NETs and the restriction enzyme AluI allowed the recovery of heterogeneous-sized fragments of NETs. Some of their components were quantified (DNA, elastase, histone 3, in particular) and we found that they retained their bactericidal activity. These NETs samples thus constitute a new and important biological tool to study their effects on immune cells or tissues. In the second part of this work, we found that isolated NETs were able to down-regulate LPS-induced moDC maturation as evidenced by the expressions of HLA-DR, CD80, CD83, CD86 and cytokine release (TNFα, Il-6, IL-12, Il-23). Moreover, the presence of NETs during moDC maturation lead to a decrease capacity of these moDC to induce T lymphocyte proliferation and modulated polarization by promoting the production of Th2 cytokines (IL-5 and IL-13) and decreasing Th1 cytokines (INFγ) and Th17 (IL- 17). Interestingly, moDC migration capacity was not modified when moDC maturation was done in the presence of NETs. In summary, these data suggest that NETs could downregulate DC activation. NETs produced by activated PMN could thus participate to the regulation of inflammation.

GBF1 a émergé autant que facteur cellulaire nécessaire pour la réplication de plusieurs virus à ARN. Au cours de l’infection par le virus de l’hépatite C (VHC), GBF1 est essentiel pour les étapes précoces de la réplication, bien qu’il soit dispensable lorsque celle-ci est établie. Afin de mieux comprendre la fonction de GBF1 dans la régulation de l'infection par le VHC, nous avons tenté d’explorer les interactions entre GBF1 et les protéines du VHC. Ainsi, grâce à l’approche du double hybride en levure et par co-immunoprécipitation et par PLA (proximity ligation assay), nous avons pu montrer que NS3 interagit avec GBF1. De plus, NS3 semble interférer avec la localisation subcellulaire de GBF1 dans des cellules exprimant NS3. Cette interaction a été retrouvée entre le domaine protéase de NS3 et Sec7, le domaine catalytique de GBF1. Un crible sur des mutations altérant l’interaction GBF1-NS3, par double hybride en levure, a permis révéler un mutant NS3 (N77D de la souche Con1) qui est non-réplicatif malgré une activité protéase bien conservée. De plus, le résidu muté est exposé à la surface, ce qui suggère qu’il pourrait appartenir à la zone d’interaction de NS3 avec GBF1. La mutation correspondante dans la souche JFH1 produit le même phénotype que la souche Con1 du VHC. L’ensemble des résultats révèlent l’existence d’une interaction entre GBF1 et NS3 et suggèrent qu’une altération de cette interaction est délétère pour la réplication du VHC. / GBF1 has emerged as a host factor required for the replication of RNA viruses of different families. During the hepatitis C virus (HCV) life cycle, GBF1 performs a critical function at the onset of replication, but is dispensable when the replication is established. To better understand how GBF1 regulates HCV infection, we have looked for interactions between GBF1 and HCV proteins. NS3 was found to interact with GBF1 in yeast two-hybrid, in co-immunoprecipitation and in proximity ligation assays, and to interfere with GBF1 function and alter GBF1 intracellular localization in cells expressing NS3. The interaction was mapped to the Sec7 domain of GBF1 and the protease domain of NS3. A yeast two-hybrid screen for mutations altering NS3-GBF1 interaction yielded an NS3 mutant (N77D, Con1 strain) that is non-replicative despite conserved protease activity. The mutated residue is exposed at the surface of NS3, suggesting it could be part of the domain of NS3 that interacts with GBF1. The corresponding mutation in JFH-1 strain (S77D) produces the same phenotype. Our results provide evidence for an interaction between NS3 and GBF1 and suggest that an alteration of this interaction is detrimental to HCV replication.

Cette thèse propose l'étude des propriétés locales satisfaites par le modèle d'Ising défini sur un graphe torique d-dimensionnel. Lorsque la taille n du graphe tend vers l'infini, une limite pour leur probabilité d'apparition est obtenue en fonction des potentiels de surface a=a(n) et de paire b=b(n). En mettant en évidence un phénomème de seuil, nous déterminons le moment d'apparition dans le graphe d'une propriété locale donnée. Puis, en se plaçant à sa fonction seuil, nous démontrons une approximation poissonnienne pour sa probabilité d'apparition. Enfin, deux applications sont proposées : une estimation des potentiels a et b ainsi qu'un algorithme de débruitage d'images en niveaux de gris.

Cette étude a trait aux systèmes interactifs sensibles au contexte, c'est-à-dire aux systèmes capables d'identifier les circonstances qui entourent l'action de l'utilisateur en vue d'offrir des services adaptés. En réponse au foisonnement de propositions sur le sujet, cette étude présente trois contributions complémentaires servant la conception amont, la conception logicielle et la mise en oeuvre : • Une définition de la notion de contexte qui doit se comprendre comme un ensemble de situations, une situation comprenant un ensemble de variables périphériques à la tâche utilisateur considérée mais susceptibles de l'influencer. On propose de distinguer le contexte système, du contexte utilisateur et leur intersection : le contexte net. • Un modèle conceptuel visant la mise en oeuvre de systèmes sensibles au contexte fondé sur la notion de contexteur. Un contexteur est une abstraction logicielle qui fournit la valeur d'un observable relevant du contexte système. Par composition de contexteurs, il est possible de construire une application sensible au contexte. • Une validation du modèle par la mise en oeuvre de contexteurs dans des exemples d'applications sensibles au contexte.

Cette thèse porte sur une approche probabiliste de l'équation de Landau, aussi appelée équation de Fokker-Planck-Landau. Cette équation aux dérivées partielles a été obtenue comme limite asymptotique d'équations de Boltzmann lorsque les collisions rasantes deviennent prépondérantes dans un gaz. Elle décrit le comportement de la densité de particules ayant la même vitesses au même instant (on considère ici le ca s spatialement homogène). Cette équation a été jusqu'à maintenant étudiées par des méthodes d'analyse, ce travail propose une nouvelle approche. La première partie de la thèse est consacrée à l'étude de l'existence de solution de l'équation de Landau pour des gaz dit de 'potentiels modérément mous'. L'existence de mesures de probabilité solutions est obtenue par des outils du calcul stochastique. Pour des gaz plus particuliers, il y a en fait unicité de la solution et, grâce au calcul de Malliavin, on en déduit l'existence d'une densité solution de l'équation de Landau. L'approche probabiliste permet d'avoir des conditions initiales assez générales. La seconde partie de la thèse donne une interprétation probabiliste du lien entre les équations de Boltzmann et de Landau. Tout d'abord, les résultats d'existence de solutions au sens probabiliste de l'équation de Boltzmann sont étendus aux 'potentiels modérément mous'. Puis, on montre la convergence de ces solutions vers une solution de l'équation de Landau lorsque les collisions deviennent rasantes dans le gaz. Enfin, dans le cas particulier d'un gaz de Maxwell, la convergence ponctuelle des densités est obtenue en utilisant les techniques du calcul de Malliavin. L'approche probabiliste permet une meilleure compréhension du passage Boltzmann - Landau et permet de le simuler à l'aide d'un système de particules. Quelques simulations sont présentées dans cette thèse.