Fosfolipases D (FLD) do veneno das aranhas do gênero Loxosceles são capazes de causar entre outros efeitos, uma forte agregação plaquetária cujo mecanismo ainda não foi elucidado. Portanto, para estudar o papel das FLDs nesta atividade, uma FLD recombinante de L. gaucho (LgRec1) foi fusionada com a proteína fluorescente verde (EGFP) e utilizada como uma sonda para detectar a interação de LgRec1 com plaquetas. Essa quimera, denominada EGFP-LgRec1, manteve as principais características da LgRec1. A microscopia confocal das plaquetas mostrou que LgRec1 não requer componentes plasmáticos para se ligar às plaquetas, embora estes sejam necessários para que a LgRec1 induza agregação. Além disso, foi observado que a ação da LgRec1 leva à exposição de fosfatidilserina. Contudo, esta exposição não está relacionada à morte celular. Portanto, este trabalho mostrou que uma FLD de Loxosceles se liga a plaquetas, promovendo a exposição de fosfatidilserina, possibilitando a ligação de fatores de coagulação e resultando na agregação plaquetária. / Phospholipases D (PLD) from spider venom of the genus Loxosceles are capable of causing, among other effects, a strong aggregation of platelets and its mechanism has not yet been elucidated. Therefore, to study the role of PLDs in this activity, a recombinant L. gaucho PLD (LgRec1) was fused with a green fluorescent protein (EGFP) and used as a probe to detect the interaction of LgRec1 with platelets. This chimera, named EGFP-LgRec1, remained the main activities of LgRec1. Platelet confocal microscopy has shown that LgRec1 does not require plasma components to bind to platelets, although these are required for LgRec1 to induce aggregation. In addition, it has been observed that the action of LgRec1 leads to exposures of phosphatidylserine. However, this exposure is not related to cell death. Therefore, this work showed that a Loxosceles PLD binds to platelets, promoting an exposure of phosphatidylserine, that may act as a scaffold for coagulation factors, resulting in platelet aggregation.

A RBP urinária tem seu papel bem definido como marcador de progressão de doença renal em tubulopatias, em glomerulopatias e em pacientes transplantados. No entanto, seu papel em DRC lato senso foi pouco estudado. Por sua vez, a dosagem de RBP sérica, caracterizada recentemente como biomarcador de resistência insulínica, também não teve seu papel esclarecido em população portadora de DRC. O objetivo do presente estudo foi avaliar a relação entre a RBP (urinária e sérica) e a função renal, assim como sua relação com fatores de risco cardiovascular em população de DRC. Para tanto, foram analisados os dados da linha de base da Coorte PROGREDIR, constituída por 454 participantes portadores de DRC, oriundos do Hospital das Clínicas, São Paulo. Inicialmente, além de estar inversamente relacionada às medidas de depuração de creatinina, a RBP urinária mostrou-se relacionada a diversos fatores de risco cardiovascular e variáveis associadas à função renal, como proteinúria, metabolismo ósseo, anemia, acidose, albumina, RPB sérica, Hb glicada, HOMA, lípides, velocidade de onda de pulso (VOP), átrio esquerdo (ECO AE), diâmetro diastólico do ventrículo esquerdo (ECO-Ddve), diâmetro sistólico do ventrículo esquerdo (ECO-Dsve) e fração de ejeção (ECO-Fe). Entretanto, após diversos modelos de regressão, permaneceram como variáveis independentemente associadas à RBP urinária a função renal, a pressão arterial sistólica, a albuminúria, a acidose e a medida do AE. Esse resultado se manteve quando o modelo foi repetido mediante estratificação por albuminúria, sugerindo que mesmo em população normoalbuminúrica a RBP urinária correlacione-se inversamente com função renal. Além disso, a relação inversa de RBP urinária com dilatação cardíaca sugere que, em população com DRC já estabelecida, a RBP urinária possa ter um papel em identificar mecanismos etiológicos, possivelmente por distinguir mecanismos hemodinâmicos daqueles onde há uma patologia renal intrínseca. Por sua vez, a RBP sérica relacionou-se inversamente à função renal e idade, e positivamente a triglicérides, albumina e potássio. Curiosamente, a RBP sérica não se mostrou associada às medidas de metabolismo de carboidrato, sugerindo que seu papel como biomarcador de resistência insulínica seja atenuado na DRC. Também não foram encontradas relações entre RBP urinária ou sérica e calcificação coronária ou espessura de carótidas. Nossos resultados sugerem que a RBP urinária deva ser melhor explorada como marcador de função renal e, possivelmente, como marcador de risco de progressão da DRC / The role of urinary RBP as a biomarker of tubular injury and CKD progression in tubulopathies, glomerulopathies and in transplantation is well established. However, its role in CKD is less studied. In addition, serum RBP has been recently characterized as an insulin resistance marker, but controversial results have been shown. The aim of the study was to evaluate the association of both urinary RBP and serum RBP with kidney function and other variables related to the uremic syndrome and cardiovascular risk in a CKD population. We used the baseline data from the PROGREDIR Cohort, which comprehends 454 participants with CKD, recruited from Hospital das Clínicas, Sao Paulo. In univariate analysis, urinary RBP was inversely related to renal function. In addition, it was also related to albuminuria, SBP, anemia, mineral metabolism, acidosis, albumin, serum RPB, glycated hemoglobin, HOMA, lipids, pulse-wave velocity, left atrium diameter, left ventricle diastolic diameter, left ventricle systolic diameter and ejection fraction. However, in the multivariate analysis, only SBP, albuminuria, acidosis, left atrium diameter and renal function remained significantly associated to urinary RBP. After stratification for albuminuria levels, the same relationship was observed, suggesting that even in the normoalbuminuric population urinary RBP is significantly related to renal function. Interestingly, the inverse association between urinary RBP and cardiac dilation suggests that urinary RBP may play a role in identifying mechanisms related to CKD, by differentiating vascular/cardio-renal conditions versus more intrinsic kidney disease and possibly tubule-interstitial fibrosis. The serum RBP was positively related to renal function, triglycerides, albumin, age and potassium, but not to measurements of carbohydrate metabolism. No relationship between urinary or serum RBP and coronary calcification or carotid thickness was found. Our results suggest that urinary RBP should have its role as a marker of CKD and CKD progression further explored

O curso da infecção pelo HCV é determinado pela competência da resposta imune inata e adaptativa do hospedeiro. A IL-18 é uma citocina pró-inflamatória importante em ambas as respostas imunes e atua sinergicamente com IL-12 induzindo a expressão de IFN-y pelas células T e natural killer. O IFN-? por sua vez possui um papel chave no combate de infecções intracelulares, induzindo um estado antiviral nas células infectadas. O balanço de IL-18 é controlado pela IL18BP, uma citocina importante que atua como um antagonista natural. Estudos mostram que indivíduos cronicamente infectados pelo HCV possuem elevados níveis séricos de IL-18 e IL18BP. Sendo assim, o presente estudo teve como objetivos: 1) determinar o genótipo de polimorfismos de base única (SNPs) localizados nos genes da IL-18 (-607 C > A e -137 G > C), IL18BP (rs2298455 e rs1541304) e IFN-y +874 T > A; 2) quantificar a expressão de seus respectivos mRNAs; e por fim, 3) dosagem dos níveis séricos das respectivas citocinas. Para isto, foram selecionados 51 indivíduos com resolução espontânea e 50 com infecção crônica pelo HCV genótipo 1 que submetidos a técnica de PCR em tempo real para a genotipagem dos polimorfismosIL-18 (-607 C > A e -137 G > C), IL18BP (rs2298455 e rs1541304) e IFN-? +874 T > A; posteriormente foi feita a análise da expressão gênica destes mRNA utilizando como controle endógeno o GAPDH e a dosagem das citocinas foi determinada peta técnica de ELISA. A distribuição dos genótipos nos polimorfismos nos genes IL-18 e IL18BP foram semelhantes nos dois grupos de estudo. No entanto, para o polimorfismo no gene do IFN-?, observamos frequência maior do genótipo TA no grupo de infecção crônica, enquanto que no grupo de resolução espontânea foi mais frequente o genótipo AA (p=0.006). Em contrapartida a expressão gênica nos permitiu observar que nos indivíduos com infecção crônica o mRNA de IL-18 (p < 0.001) e IL18BP (p < 0.001) estavam com uma maior expressão quando comparados com os indivíduos com resolução espontânea, e que isto refletia nas dosagens séricas, onde os indivíduos cronicamente infectados pelo HCV apresentavam altos níveis séricos de IL-18 (p < 0.001) e IL18BP (p=0.012) do que os indivíduos com resolução espontânea. O alelo G foi associado com uma maior produção de IL-18(p=0.02) nos indivíduos com resolução espontânea. Em relação à expressão gênica do mRNA do IFN-y não foi possível observar nenhuma diferença entre os grupos estudados (p=0.322) e a dosagem sérica não foi detectada em ambos os grupos. Os resultados sugerem que apesar do sistema imune ser estimulado durante a infecção pelo HCV, a persistência viral leva a um estado de anergia onde a produção de IFN- y parece ser escassa para uma resposta imune eficaz, sendo que os meios nos quais modulam a expressão gênica do IFN- y ainda parecem obscuros, no entanto já foram descritos mecanismos pós-transcricionais que tem como alvo a região 3\'UTR do mRNA do IFN- y podendo interferir na sua expressão / The course of HCV infection is determined by the competence of the innate and adaptive immune response of the host. IL-18 is an important proinflammatory cytokine in both immune responses and acts synergistically with IL-12 induces the expression of IFN-y by T and natural killer cells. The IFN-yturn plays a key role in fighting intracellular infections, inducing an antiviral state in infected cells. The balance of IL-18 is controlled by IL18BP, an important cytokine that acts as a natural antagonist. Studies show that individuals chronically infected with HCV have elevated serum levels of IL-18 and IL18BP. Therefore, this study aimed to: 1) determine the genotype of single nucleotide polymorphisms (SNPs) located in genes of IL-18 (-607 C > A and -137 G > C), IL18BP (rs2298455 and rs1541304) and IFN-y +874 T > A; 2) to quantify the expression of their respective mRNAs; and finally 3) the determination of serum levels of the respective cytokines. Fifty-one individuals with spontaneous clearance and 50 were selected with chronic HCV genotype 1 infection who underwent the technique of real-time PCR for genotyping polymorphisms of IL-18 (-607 C > A and -137 G > C), IL18BP (rs2298455 and rs1541304) and IFN-y +874 T > A; later analysis of gene expression of these mRNA was performed using GAPDH as endogenous control and used the ELISA method for the serum of these cytokines. The distribution of genotypes in the IL-18 polymorphisms and IL18BP genes were similar in both study groups. However, for the polymorphism in the IFN-y gene, the genotype most frequently observed in the group of TA chronic infection, whereas in the group of spontaneous clearance AA was more frequent (p = 0.006) genotype. In contrast to gene expression allowed us to observe that in individuals with chronic infection the mRNA of IL-18 (p < 0.001) and IL18BP (p < 0.001) had a higher expression when compared with individuals with spontaneous resolution, and that this reflected in serum using the ELISA technique, where individuals chronically infected with HCV had higher serum levels of IL-18 (p < 0.001) and IL18BP (p = 0.012) than subjects with spontaneous clearance. The G allele was associated with increased production of IL-18 (P = 0.02)in spontaneous clearance group. Regarding the gene expression of IFN-y mRNA was not observed any difference between the groups (p = 0.322) and the serum was not detected in both groups. The results suggest that although the immune system is stimulated during HCV infection leads to viral persistence of anergy a state where the production of IFN-? appears to be scarce for an effective immune response, and the means in which modulate the expression the IFN-y gene still seem unclear, however have been described post-transcriptional mechanisms which target the 3\'UTR of the mRNA of IFN-y may interfere with its expression

Polimorfismos de um nucleotídeo (SNPs) podem alterar, além de códons de leitura da tradução de genes, posições genômicas importantes do processo de regulação gênica, como sítios de iniciação de transcrição, de splicing e, mais especificamente, sítios alvos de microRNAs (miRNAs). Em parti- cular, a identificação de SNPs alterando sítios alvos de miRNAs é um problema em aberto, embora venha ganhando um importante destaque nos últimos anos decorrente dos avanços descobertos sobre a capacidade dos miRNAs como elementos reguladores do genoma, associados inclusive a muitas doenças como o câncer e vários transtornos psiquiátricos. Os recursos computacionais atualmente disponíveis para esta finalidade (alguns bancos de dados e uma ferramenta) estão restritos à análise de SNPs na região 3UTR (UnTranslated Regions) de RNAs mensageiros, onde miRNAs geralmente se ligam para reprimir sua tradução. No entanto, essa é uma simplificação do problema, dado que já se conhece a regulação por miRNAs ativando ou reprimindo a transcrição gênica quando ligados à sua região promotora, aumentando a efetividade da regulação negativa da tradução quando ligados à região codificante do gene ou ainda miRNAs se ligando a RNAs não codificantes. Esses recursos se limitam também à identificação de SNPs na região seed dos sítios de miRNAs, e portanto só identificam criação ou ruptura de sítios. Porém, SNPs localizados fora dessa região não só podem colaborar na criação e ruptura de sítios como também interferir na estabilidade de ligação de miRNAs e, por- tanto, na efetividade da regulação. Além disso, considerando toda a extensão do sítio, não somente a seed , é possível ocorrer mais de um SNP e, sendo assim, a combinação desses SNPs pode ter uma influência ainda maior na ligação com o miRNA. Os recursos atuais também não informam quais alelos dos SNPs, muito menos quais combinações deles, estão causando qual efeito. Por fim, tais recursos estão restritos a Homo sapiens e Mus musculus. Assim, este trabalho apresenta a ferramenta computacional SIMTar (SNPs Interfering in MicroRNA Targets), desenvolvida para identificar SNPs que alteram sítios alvos de miRNAs e que preenche as lacunas mencionadas. Além disso, é descrita uma aplicação de SIMTar na análise de 114 SNPs associados à esquizofrenia, na qual todos foram preditos interferindo em sítios alvos de miRNAs. / Single nucleotide polymorphisms (SNPs) can be involved in alteration of not only open reading frame but also important genomic positions of gene regulation process such as transcription initiation sites, splicing sites and microRNA target sites. In particular, the identification of SNPs interfering on microRNA target sites is still an open problem, despite its increasing prominence in recent years due to the discoveries about the microRNA abilities as regulatory elements in the genome and association with severals diseases such as cancer and psychiatric disorders. The computational resources currently available for this purpose (four databases and one tool) are restricted to the analysis of SNPs in the 3UTR (UnTranslated Regions) of mRNAs, where the microRNAs typically bind in order to repress their translation. However, this is a simplification of the problem, since it is already known the gene transcription activation by microRNAs bound to its promoter region, increasing of the effectiveness of negative regulation of translation when microRNAs are bound to the coding region of the gene or binding of microRNA into non-coding RNAs. These resources are also limited to the identification of SNPs in the seed region of miRNAs, and therefore they can only identify sites creation or disruption. However, SNPs located outside this region can not only create and disrupt target sites but also interfere on the stability of miRNAs binding and therefore on the regulation effectiveness. Moreover, considering the target site length, more than one SNP can occur inside of a site and thus, the combination of these SNPs can have an even greater influence on the microRNA binding. Also, current resources do not display which alleles of SNPs or what combinations of them are causing which effect. Finally, these features are restricted to the Homo sapiens and Mus musculus species. This work presents the computational tool SIMTar (SNPs Interfering on MicroRNA Targets), developed to identify SNPs that alter miRNA target sites and fills the mentioned gaps. Finally, it is described an application of SIMTar on the analysis of 114 SNPs associated with schizophrenia, all of them being predicted interfering with miRNA target sites.

Introdução: Chlamydia trachomatis (CT) é causa da infecção sexualmente transmitida de origem bacteriana mais comum. Na mulher, a infecção genital pela CT pode causar cervicite, uretrite, endometrite, salpingite. Infecções persistentes ou recorrentes provavelmente representam um importante fator de risco para o desenvolvimento de sequelas associadas, como dor pélvica crônica, gravidez ectópica e infertilidade por fator tubário. A lectina ligadora de manose (MBL), componente doo sistema imune inato, tem importante papel na defesa antimicrobiana, reconhecendo vírus, fungos e patógenos bacterianos. O gene que codifica para a MBL é polimórfico, e a substituição de um único nucleotídeo resulta na produção de uma proteína instável, que é rapidamente degradada. Objetivo: Avaliar se mulheres brasileiras portadoras de um polimorfismo do gene da MBL apresentam diferentes susceptibilidades para a ocorrência de obstrução tubária, na presença ou ausência de uma infecção prévia por Chlamydia trachomatis. Métodos: Em estudo caso-controle, foram avaliadas 75 pacientes com obstrução tubária e 75 pacientes com tubas pérvias, atendidas na Divisão de Ginecologia do Hospital das Clínicas da Universidade de São Paulo (HCFMUSP). Anticorpos IgG anti-CT foram mensurados através de um ensaio de imunoabsorção enzimática para investigar uma infecção prévia pela CT. Para o polimorfismo, realizou-se coleta de células bucais e o DNA extraído foi analisado através de reação em cadeia da polimerase (PCR), digestão de endonuclease e gel de eletroforese, utilizando pares de primers específicos para a região polimórfica. Todo material foi mantido a -80°C e enviado em gelo seco para a Division of Immunology and Infectious Diseases da Weill Cornell Medicine em Nova York. Associações entre genótipos de MBL ou alelos e permeabilidade tubária foram analisadas pelo teste de qui-quadrado de Pearson com ou sem correção de Yates. Resultados: Não houve diferença na detecção de anticorpos da CT entre os grupos. Mulheres com tubas obstruídas tiveram uma prevalência maior do genótipo AB (36%) versus (16%), resultado estatisticamente significativo (p < 0,01). De maneira semelhante, a distribuição do alelo A e do alelo variante B também apresentaram diferenças significantes entre os grupos (p < 0,01). Conclusão: Os achados sugerem, que embora a exposição à Chlamydia trachomatis tenha sido semelhante em ambos os grupos, a presença do alelo variante B do gene que codifica para a MBL aumenta o risco de desenvolvimento da obstrução tubária, subsequente à infecção pela CT ou outros agentes infecciosos. Nas mulheres brasileiras avaliadas a presença de tal polimorfismo genético aumentou a probabilidade de obstrução tubária em consequência de uma infecção do trato genital / Introduction: Chlamydia trachomatis (CT) is the cause of the most common bacterial sexually transmitted infection. In women, genital CT infection may cause cervicitis, urethritis, endometritis, salpingitis. Persistent or recurrent infections probably represent an important risk factor for the development of associated sequelae, such as chronic pelvic pain, ectopic pregnancy and tubal factor infertility. Mannose-binding lectin (MBL), a component of the innate immune system, has an important role in antimicrobial defense, recognizing viral, bacterial and fungal pathogens. The gene coding for MBL is polymorphic and a single nucleotide substitution results in production of an unstable protein, that is rapidly degraded. Objective: To evaluate whether Brazilian women with a polymorphism in the MBL gene present different susceptibilities to the occurrence of fallopian tube damage, in the presence or absence of a previous infection by CT. Method: In a case-control study, 75 patients with tubal obstruction and 75 patients with patent tubes were studied, all seen at the Gynecology Division of the Hospital das Clínicas of the University of São Paulo (HCFMUSP). IgG anti-CT antibodies were measured by enzyme-linked immunoassay to investigate a previous CT infection. For the polymorphism analysis, buccal cells were collected and the extracted DNA was analyzed by polymerase chain reaction (PCR), endonuclease digestion and gel electrophoresis using primer pairs specific for the polymorphic region. All material was maintained at -80 ° C and sent on dry ice to the Division of Immunology and Infectious Diseases at Weill Cornell Medicine in New York. Associations between MBL genotypes or alleles and tubal permeability were analyzed by the Pearson chi-square test with or without Yates correction. Results: There was no difference in CT antibody detection between the two groups. Women with obstructed tubes had a higher prevalence of being positive for the heterogenous genotype AB (36%) versus (16%) (p < 0.01). Similarly, the distribution of the normal A allele and variant B allele were also significant different between the two groups (p < 0,01). Conclusion: The findings suggest that while exposure to CT was similar in both groups of women the presence of the variant MBL B allele increases the risk for development of tubal obstruction, subsequent to a CT or other infection. In the Brazilian women evaluated possession of this genetic polymorphism increased the likelihood that blocked fallopian tubes will be a consequence of a genital tract infection

INTRODUÇÃO: A crescente incidência de câncer de mama, que cada vez mais acomete mulheres jovens, tem despertado muito interesse no diagnóstico precoce e na busca do tratamento mais eficaz e minimamente agressivo. Da mesma forma, vem aumentando a parcela da população com alto risco para câncer de mama, para a qual as atenções têm se voltado no sentido de se encontrar um caminho que permita prevenir o surgimento da neoplasia. Inspirados por Peyrat, que primeiro associou o câncer de mama com a presença de fator de crescimento insulina like tipo 1 (IGF-1), vários autores se lançaram nesta procura e, apesar de controversa, a literatura internacional tende a mostrar uma relação direta entre IGF-1 e câncer de mama na pré-menopausa. A proteína carreadora de IGF do tipo 3, ou IGFBP-3, também foi adicionada ao rol de sustâncias com possibilidade de promover câncer, porém, não tem demonstrado clara regularidade em seu mecanismo de ação. Tendo como alvo a população com alto risco para câncer de mama, quer histopatológico, quer familiar, e direcionada pelos cálculos matemáticos de Gail e Tyrer-Cuzick, essa tese objetivou avaliar a relação entre IGF-1 e IGFBP-3 em mulheres brasileiras atendidas pelo Setor de Mastologia da Disciplina de Ginecologia do Departamento de Obstetrícia e Ginecologia da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo. MÉTODOS: estudo transversal em que foram comparados os níveis séricos de IGF-1 e IGFBP-3, dosados pelo método imunométrico quimioluminescente, em 3 diferentes grupos: mulheres com câncer de mama não tratado (n= 51), mulheres com risco populacional (n= 66) e mulheres com alto risco para câncer de mama (n= 108). Foram considerados fatores de comparação: idade, estado menopausal e índice de massa corpórea. RESULTADOS: 1) não houve diferenças entre os grupos com respeito ao IMC; 2) foi estatisticamente significativa a diferença das médias de idades dos grupos, sendo as mulheres com alto risco para câncer de mama mais jovens (p<0,001); 3) quanto ao estado menopausal, houve significativa diferença entre os grupos, com predomínio de mulheres pós-menopausa no grupo de pacientes com câncer de mama (58,8%), com p <0,001; 4) não foi encontrada relação estatisticamente significante entre percentual de IGF-1 em relação à mediana, percentual de IGFBP-3 em relação à mediana e razão dos percentuais de IGF-1 e IGFPB-3 em relação à mediana para os 3 grupos estudados;4) não houve variações nas dosagens de acordo com o tipo de situação determinante do alto risco para câncer de mama (familiar ou histopatológico); 5) não houve alteração estatisticamente significativa das variáveis estudadas, mesmo após subdivisão do grupo de alto risco (risco vitalício entre 20 e 29% X risco vitalício superior a 29%). CONCLUSÃO: Não foi observada variação dos níveis séricos de IGF-I e IGFBP-3 em mulheres com câncer de mama, com alto risco para câncer de mama ou com risco populacional / INTRODUCTION: The rising incidence of breast cancer, a disease that is increasingly affecting young women, has aroused a great deal of interest in early diagnosis and the search for a more efficient and minimally aggressive treatment. Likewise, the population at high risk for breast cancer has been growing, and it is now the focus of research efforts in the struggle to prevent neoplasia. Inspired by Peyrat, who was the first to associate breast cancer with insulin-like growth factor type 1 (IGF-1), several authors have taken on the challenge, and the international literature now leans towards a direct relationship, albeit still controversial, between IGF-1 and breast cancer in premenopause. The IGF binding protein 3 (IGFBP-3) has also been added to the list of cancer-causing agents, but its mechanism of action has not shown to be clearly regular. Targeting a population at high risk for breast cancer for histopathologic or familial reasons, and guided by the mathematical calculations of Gail and Tyrer-Cuzick, this thesis aimed at evaluating the relationship between IGF-1 and IGFB-3 in Brazilian female outpatients at the Mastology Sector of the Gynecology Discipline of the Department of Obstetrics and Gynecology of the School of Medicine of the University of São Paulo. METHODS: Transverse study to compare the serum levels of IGF-1 and IGFBP- 3 measured by the chemiluminescent immunometric method. The patients were divided into 3 different groups: women with untreated breast cancer (n=51), women with a population-based risk of breast cancer (n=66), and women at high risk for breast cancer (n=108). The comparison factors were age, menopausal state, and body mass index. RESULTS: 1) there were no differences among the groups with respect to BMI; 2) but there were statistically significant differences among the groups regarding mean age, and the younger women were those at a higher risk for breast cancer (p<0.001); 3) as for menopausal state, the groups were significantly different, and the postmenopausal women were prevalent among the patients with breast cancer (58.8%; p<0.001); 4) no statistically significant relationship was found between the IGF-1 percentage and the median, the IGFBP-3 percentage and the median, or the IGF-1 and IGFBP-3 ratio and the median in any of the groups; 5) measurements did not vary according to the determinant reason for high breast cancer risk (familial or histopathologic); 6) statistically significant changes in the variables under consideration did not take place, even after subdivision of the high-risk group (lifelong risk between 20% and 29% X lifelong risk over 29%). CONCLUSION: The serum levels of IGF-I and IGFBP-3 showed no variation among women with breast cancer, at high risk for cancer, or with populationbased risk

Os paradigmas de mercado e produção têm-se alterado sensivelmente nos últimos cinquenta anos. Nesse novo contexto, para que as empresas tenham um desempenho competitivo, deve-se considerar fatores como integração, qualidade da informação e incertezas do ambiente. Um dos objetivos principais deste trabalho é analisar as inter-relações entre esses três fatores citados, no âmbito do Planejamento e Controle da Produção (PCP), bem como avaliar seu impacto no desempenho do PCP e da empresa. O desempenho do PCP foi avaliado considerando-se o nível de reprogramações, ou seja, o nível de modificações na programação da produção, e considerando-se o atendimento das metas definidas para os indicadores dessa função. Essa pesquisa qualitativa e descritiva foi feito por meio da metodologia de estudo de casos múltiplos. Como resultados, foram observadas evidências da existência de relações positivas entre os constructos analisados, ou seja, integração, incerteza, qualidade da informação e desempenho. Além disso, foram identificados diferentes mecanismos de integração utilizados nas empresas, e foram observadas diferentes causas para as reprogramações. O segundo objetivo principal deste trabalho é o desenvolvimento de um modelo dinâmico para controle da produção de múltiplos produtos, capaz de responder às incertezas que afetam estabilidade dos sistemas produtivos. O objeto da modelagem foi um sistema com fluxo job shop destinado à produção de embalagens de polipropileno, pertencente a uma empresa dos setores têxtil e petroquímico. O modelo foi desenvolvido com base na Modelagem de Sistemas Dinâmicos e na Teoria de Controle. Para obtenção do equacionamento matemático, utilizou-se a metodologia dos Grafos de Ligação. A implementação e simulação do modelo foi realizada com o auxílio do módulo Simulink®, do software Matlab®. O objetivo de controle consiste no ajuste da frequência de operação das máquinas de forma a atender as demandas previstas e, simultaneamente, manter os níveis estabelecidos de estoque em processo. No presente trabalho, focou-se na análise da resposta do sistema com controle no regime transiente, com os estoques iniciais nulos. Os melhores resultados foram observados com a utilização de um controlador híbrido, que estabelece uma produção constante em um período inicial e passa posteriormente a atuar como um controlador proporcional. O modelo dinâmico desenvolvido neste trabalho é coerente com resultados obtidos na pesquisa qualitativa e com prática do PCP, pois está alinhado aos indicadores de desempenho desta função, promove a melhoria da qualidade das informações disponíveis ao planejamento e é capaz de responder a incertezas que afetam o fluxo de produção. / The production paradigm has considerably changed over the last fifty years. In this new context, factors such as integration, information quality and ability to respond to uncertainties must be pursued by companies that want to remain competitive. Thus, one of the main objectives of this research is to analyze the relationships among these three factors mentioned, in the level of the Production Planning and Control (PPC) function, as well as to assess their impact on the performance of the PPC function and on the overall business performance. The performance of the PPC function was measured by means of the rescheduling frequency, i.e., the frequency with which the production activities have to be rescheduled, and by means of the degree of accomplishment of organizational goals, that is, the extent to which the PPC metrics are accomplished. This qualitative and descriptive research was carried out as a multiple case study. Evidences of the existence of a positive relationship among the analyzed constructs, i.e., integration, uncertainty, information quality and performance, were found. In addition, different integration mechanisms and different rescheduling causes were observed on the studied cases. The second main objective of this work is the development of a dynamic model for the production control of multi-product systems, i.e, a model that could respond to the environmental and internal uncertainties that affect the production flow. A job shop production system of propylene bags from a manufacturing company of the textile and petrochemical industry was modeled. The model was developed using Control Theory, System Dynamics modeling, and, more specifically, the Bond Graph technique. The mathematical formulation of the system was derived from the Bond Graphs. System implementation and simulation was performed with the aid of Simulink® and Matlab® software. The control objective was to adjust the operation frequency of the machines to attend the required demand while simultaneously keeping the work in process at the desired levels. In this current work, the focus of the analysis was placed on the transient response of the controlled system, with initial inventory levels set to zero. The best results were achieved with a hybrid controller, which leads the machines to operate at constant frequency in the initial period and, later on, starts to perform as a proportional controller. The proposed dynamic model is compatible with the findings of the qualitative research and with the PPC practice, since it is aligned with the PPC metrics, it improves the quality of information available for planning and it can respond to the uncertainties that may affect the production flow.

O feijão comum é uma das principais culturas agrícolas produzidas e consumidas no Brasil e no mundo. Por isso, várias iniciativas de pesquisa buscam dar subsídios ao melhoramento da cultura, que visa a desenvolver cultivares mais produtivos e tolerantes a estresses biótico e ábiótico, além de agregar valor nutricional e tecnológico aos grãos. Nesse cenário, no presente estudo, buscou-se identificar, a partir da abordagem de mapeamento associativo, regiões genômicas envolvidas no controle de caracteres agronômicos e no teor de macro e micronutrientes em grãos de feijão comum. Para tanto, um painel de acessos e linhagens foi (i) genotipado por sequenciamento, cujos dados perdidos foram imputados; (ii) e fenotipados para 5 caracteres agronômicos e para o teor de 13 nutrientes, em duas condições experimentais - campo e casa de vegetação. A partir da informação genotípica, foram investigados (i) a estrutura populacional, (ii) o grau de parentesco e (iii) a extensão do desequilíbrio de ligação (DL). Para as análises fenotípicas, foi utilizada a abordagem de modelos mistos. Finalmente, o mapeamento associativo foi realizado utilizando o modelo FarmCPU. Um total de 35.527 e 9.388 SNPs, com MAF &ge; 0,05, distribuídos ao longo dos 11 cromossomos de P. vulgaris, foi obtido considerando os limites de 80 e 10% de dados perdidos, respectivamente. A análise da estrutura populacional e as estimativas de parentesco permitiram evidenciar a clara distinção entre os acessos oriundos de pools gênicos diferentes. Tais fatores influenciaram fortemente a extensão do DL; portanto, medidas que corrigem para estes vieses foram adotadas e possibilitaram a constatação de que os maiores blocos genômicos em DL estão contidos nas regiões centroméricas e pericentroméricas dos cromossomos. Igualmente, foi detectado DL entre locos de cromossomos diferentes, sugerindo que o processo de melhoramento e o sistema de cruzamento da espécie contribuem para a magnitude do DL em feijão, uma vez que os vieses decorrentes da estrutura populacional e do parentesco foram corrigidos. Considerando os fenótipos avaliados, o painel aqui utilizado apresentou maior variabilidade fenotípica para os caracteres agronômicos \'dias para o florescimento\' (DPF), \'dias para formação do legume\' (DPFL), \'número de legumes por planta\' (NLPP), \'número de sementes por legume\' (NSPL) e \'massa de 100 grãos\' (M100), e para o teor dos nutrientes cobre (Cu), ferro (Fe) e zinco (Zn) presentes nos grãos. A partir do mapeamento associativo, foram identificados 176 SNPs associados aos caracteres agronômicos e teores de macro e micronutrientes. Destes, 112 estão localizados em regiões gênicas - exons (71), introns (29), 5\'-UTR (5) e 3\'-UTR (7). Logo, tais polimorfismos, principalmente aqueles localizados em exons ou próximos a locos, como o Ppd, tradicionalmente apontado como envolvido no controle de DPF, são fortes candidatos para explicar as alterações fenotípicas observadas. Os demais 64 SNPs estão localizados em regiões inter-gênicas, em porções do cromossomo nas quais a extensão do DL pode chegar a mais de 1 Mb. Portanto, é válido recomendar a investigação da região em DL que flanqueia o SNP na busca de genes associados ao controle da variação fenotípica. / Common bean is an important crop produced and consumed in Brazil and worldwide. Several research initiatives have been set up to implement breeding programs for developing more productive cultivars tolerant to biotic and abiotic stresses, and improving nutritional and technological grain quality. Therefore, the aim of this study was to use association mapping in order to identify the genomic regions controlling agronomic traits and the content of macroand micronutrients in common bean. A panel of accessions and lines was (i) genotyped by sequencing, with imputed missing data; (ii) and phenotyped for five agronomic traits and 13 grain nutrients content under two sets of experimental conditions (field and greenhouse). The genotypic information provided a basis for investigating (i) population structure, (ii) kinship and (iii) the extent of linkage disequilibrium (LD). Mixed models were used for predicting phenotypic means. Finally, association mapping was performed using the FarmCPU model. A total of 35,527 and 9,388 SNPs (MAF &ge; 0.05) distributed over the 11 chromosomes of P. vulgaris was obtained based on two missing data thresholds (80 and 10%). Population structure and kinship analysis highlighted the distinction between accessions from different gene pools. These factors strongly influenced the extent of LD. Measures to correct these biases indicated that the major LD genomic blocks were located within centromeric and pericentomeric regions. In addition, high LD was detected between loci from different chromosomes, suggesting that the breeding process and autogamy also influence LD in common bean, given that the bias resulting from population structure and kinship were corrected. The panel used exhibited high phenotypic variability for the following agronomic traits: \'days to flowering\' (DTF), \'days to pod formation\' (DTPF), \'number of pods per plant\' (NPPP), \'number of seeds per pod\' (NSPP) and \'mass of 100 grains\' (M100); and the following grain nutrient contents: copper (Cu), iron (Fe) and zinc (Zn). A total of 176 SNPs were identified by association mapping, 112 located in gene regions - exons (71), introns (29), 5\'-UTR (5) and 3\'-UTR (7). Such polymorphisms, especially those within exons or near loci as Ppd, traditionally considered to be involved in DTF control, are strong candidates for providing an elucidation of phenotypic variability. The remaining 64 SNPs were located in intergenic regions, in which the DL decays over 1 Mb. It would therefore be worth investigating LD in the region flanking the SNPs for genes associated with phenotypic variation.

INTRODUÇÃO: A crescente incidência de câncer de mama, que cada vez mais acomete mulheres jovens, tem despertado muito interesse no diagnóstico precoce e na busca do tratamento mais eficaz e minimamente agressivo. Da mesma forma, vem aumentando a parcela da população com alto risco para câncer de mama, para a qual as atenções têm se voltado no sentido de se encontrar um caminho que permita prevenir o surgimento da neoplasia. Inspirados por Peyrat, que primeiro associou o câncer de mama com a presença de fator de crescimento insulina like tipo 1 (IGF-1), vários autores se lançaram nesta procura e, apesar de controversa, a literatura internacional tende a mostrar uma relação direta entre IGF-1 e câncer de mama na pré-menopausa. A proteína carreadora de IGF do tipo 3, ou IGFBP-3, também foi adicionada ao rol de sustâncias com possibilidade de promover câncer, porém, não tem demonstrado clara regularidade em seu mecanismo de ação. Tendo como alvo a população com alto risco para câncer de mama, quer histopatológico, quer familiar, e direcionada pelos cálculos matemáticos de Gail e Tyrer-Cuzick, essa tese objetivou avaliar a relação entre IGF-1 e IGFBP-3 em mulheres brasileiras atendidas pelo Setor de Mastologia da Disciplina de Ginecologia do Departamento de Obstetrícia e Ginecologia da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo. MÉTODOS: estudo transversal em que foram comparados os níveis séricos de IGF-1 e IGFBP-3, dosados pelo método imunométrico quimioluminescente, em 3 diferentes grupos: mulheres com câncer de mama não tratado (n= 51), mulheres com risco populacional (n= 66) e mulheres com alto risco para câncer de mama (n= 108). Foram considerados fatores de comparação: idade, estado menopausal e índice de massa corpórea. RESULTADOS: 1) não houve diferenças entre os grupos com respeito ao IMC; 2) foi estatisticamente significativa a diferença das médias de idades dos grupos, sendo as mulheres com alto risco para câncer de mama mais jovens (p<0,001); 3) quanto ao estado menopausal, houve significativa diferença entre os grupos, com predomínio de mulheres pós-menopausa no grupo de pacientes com câncer de mama (58,8%), com p <0,001; 4) não foi encontrada relação estatisticamente significante entre percentual de IGF-1 em relação à mediana, percentual de IGFBP-3 em relação à mediana e razão dos percentuais de IGF-1 e IGFPB-3 em relação à mediana para os 3 grupos estudados;4) não houve variações nas dosagens de acordo com o tipo de situação determinante do alto risco para câncer de mama (familiar ou histopatológico); 5) não houve alteração estatisticamente significativa das variáveis estudadas, mesmo após subdivisão do grupo de alto risco (risco vitalício entre 20 e 29% X risco vitalício superior a 29%). CONCLUSÃO: Não foi observada variação dos níveis séricos de IGF-I e IGFBP-3 em mulheres com câncer de mama, com alto risco para câncer de mama ou com risco populacional / INTRODUCTION: The rising incidence of breast cancer, a disease that is increasingly affecting young women, has aroused a great deal of interest in early diagnosis and the search for a more efficient and minimally aggressive treatment. Likewise, the population at high risk for breast cancer has been growing, and it is now the focus of research efforts in the struggle to prevent neoplasia. Inspired by Peyrat, who was the first to associate breast cancer with insulin-like growth factor type 1 (IGF-1), several authors have taken on the challenge, and the international literature now leans towards a direct relationship, albeit still controversial, between IGF-1 and breast cancer in premenopause. The IGF binding protein 3 (IGFBP-3) has also been added to the list of cancer-causing agents, but its mechanism of action has not shown to be clearly regular. Targeting a population at high risk for breast cancer for histopathologic or familial reasons, and guided by the mathematical calculations of Gail and Tyrer-Cuzick, this thesis aimed at evaluating the relationship between IGF-1 and IGFB-3 in Brazilian female outpatients at the Mastology Sector of the Gynecology Discipline of the Department of Obstetrics and Gynecology of the School of Medicine of the University of São Paulo. METHODS: Transverse study to compare the serum levels of IGF-1 and IGFBP- 3 measured by the chemiluminescent immunometric method. The patients were divided into 3 different groups: women with untreated breast cancer (n=51), women with a population-based risk of breast cancer (n=66), and women at high risk for breast cancer (n=108). The comparison factors were age, menopausal state, and body mass index. RESULTS: 1) there were no differences among the groups with respect to BMI; 2) but there were statistically significant differences among the groups regarding mean age, and the younger women were those at a higher risk for breast cancer (p<0.001); 3) as for menopausal state, the groups were significantly different, and the postmenopausal women were prevalent among the patients with breast cancer (58.8%; p<0.001); 4) no statistically significant relationship was found between the IGF-1 percentage and the median, the IGFBP-3 percentage and the median, or the IGF-1 and IGFBP-3 ratio and the median in any of the groups; 5) measurements did not vary according to the determinant reason for high breast cancer risk (familial or histopathologic); 6) statistically significant changes in the variables under consideration did not take place, even after subdivision of the high-risk group (lifelong risk between 20% and 29% X lifelong risk over 29%). CONCLUSION: The serum levels of IGF-I and IGFBP-3 showed no variation among women with breast cancer, at high risk for cancer, or with populationbased risk

Fatores de transcrição (FT) são proteínas que se ligam em sequências específicas e bem conservadas de nucleotídeos no DNA, denominadas sítios de ligação dos fatores de transcrição (SLFT), localizadas em regiões de regulação gênica conhecidas como módulos cis-reguladores (CRM). Ao reconhecer o SLFT, o fator de transcrição se liga naquele sítio e influencia a transcrição gênica positiva ou negativamente. Existem técnicas experimentais para a identificação dos locais dos SLFTs em um genoma, como footprinting, ChIP-chip ou ChIP-seq. Entretanto, a execução de tais técnicas implica em custos e tempo elevados. Alternativamente, pode-se utilizar as sequências de SLFTs já conhecidas para um determinado fator de transcrição e aplicar técnicas de aprendizado computacional supervisionado para criar um modelo computacional para tal sítio e então realizar a predição computacional no genoma. Entretanto, a maioria das ferramentas computacionais existentes para esse fim considera independência entre as posições entre os nucleotídeos de um sítio - como as baseadas em PWMs (position weight matrix) - o que não é necessariamente verdade. Este projeto teve como objetivo avaliar a utilização de gramáticas regulares estocásticas (GRE) como técnica alternativa às PWMs neste problema, uma vez que GREs são capazes de caracterizar dependências entre posições consecutivas dos sítios. Embora as diferenças de desempenho tenham sido sutis, GREs parecem mesmo ser mais adequadas do que PWMs na presença de valores mais altos de dependência de bases, e PWMs nos demais casos. Por fim, uma ferramenta de predição computacional de SLFTs foi criada baseada tanto em GREs quanto em PWMs. / Transcription factors (FT) are proteins that bind to specific and well-conserved sequences of nucleotides in the DNA, called transcription factor binding sites (TFBS), contained in regions of gene regulation known as cis-regulatory modules (CRM). By recognizing TFBA, the transcription factor binds to that site and positively or negatively influence the gene transcription. There are experimental procedures for the identification of TFBS in a genome such as footprinting, ChIP-chip or ChIP-Seq. However, the implementation of these techniques involves high costs and time. Alternatively, one may utilize the TFBS sequences already known for a particular transcription factor and applying computational supervised learning techniques to create a computational model for that site and then perform the computational prediction in the genome. However, most existing software tools for this purpose considers independence between nucleotide positions in the site - such as those based on PWMs (position weight matrix) - which is not necessarily true. This project aimed to evaluate the use of stochastic regular grammars (SRG) as an alternative technique to PWMs in this problem, since SRGs are able to characterize dependencies between consecutive positions in the sites. Although differences in performance have been subtle, SRGs appear to be more suitable than PWMs in the presence of higher base dependency values, and PWMs in other cases. Finally, a computational TFBS prediction tool was created based on both SRGs and PWMs.