Terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) analysis and pyrosequencing were used to characterize the microbiota of the tonsil of the soft palate of 126 unfit and 18 healthy pigs. The T-RFLP analysis method was first optimized for the study of the pig tonsil microbiota and the data compared with culture-based identification of common pig pathogens. Putative identifications of the members of the microbiota revealed that the phyla Firmicutes, Proteobacteria and Bacteroidetes were the most prevalent. A comparison of the T-RFLP analysis results grouped into clusters to clinical conditions revealed paleness, abscess, PRRS virus, and Mycoplasma hyopneumoniae to be significantly associated with cluster membership. T-RFLP analysis was also used to select representative tonsil samples for pyrosequencing. These studies confirmed Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, Fusobacteria, and Proteobacteria to be the core phyla of the microbiota of the tonsil of the soft palate of pigs. / OMAFRA Animal Health Strategic Investment

Šiame moksliniame darbe nagrinėjama paprastojo (Quercus robur L.) ir bekočio (Q. petraea [Matt.] Liebl.) ąžuolų hibridizacija Trako miške (Alytaus raj.), bei su ja susiję ąžuolų pomiškio plitimo, lapijos nuokritų biocheminės sudėties bei įtakos dirvožemio mikrobiotai procesai. Šis darbas nuo kitų Europoje atliktų tyrimų išsiskiria savo specifika, kadangi tyrimų objektas apima bekočio ąžuolo arealo pakraštį. Nustatyta, kad tarprūšiniai hibridai Trako miške plito greičiau nei bekočiai. Trako miško motinmedžių ir jų palikuonių palyginamoji taksonominė analizė parodė, kad tarprūšinių paprastojo ir bekočio ąžuolų hibridų morfologinių lapų požymių variacija juvenaliniame amžiuje buvo didesnė nei vienos kurios tėvinių rūšių. Molekulinė-genetinė analizė patvirtino rūšinės priklausomybės nustatymo pagal morfologinius lapų požymius tinkamumą ir efektyvumą. Įrodyta, kad hibridizacijos procesams būdingas asimetrinio kryžminimosi pobūdis ir introgresijos procese dalyvauja ribotas individų skaičius. Vyrauja grįžtamasis kryžminimasis su viena iš tėvinių rūšių, šiuo atveju su bekočiu ąžuolu. Didesnė lignino koncentracija paprastojo ąžuolo lapuose sąlygojo mažesnį bakterijų ir mikroorganizmų, ypač mikromicetų, aktyvumą šio ąžuolo rizosferoje. Palyginus su paprastuoju ąžuolu, bekočio ir hibridinių ąžuolų lapų nuokritos ir rizosferos organinės medžiagos buvo intensyviau skaidomos. Todėl šių ąžuolų aplinkoje sąlygos plisti pomiškiui yra palankesnės negu po paprastaisiais ąžuolais. / This study analyzes hybridization of pedunculate (Quercus robur L.) and sessile (Q. petraea [Matt.] Liebl.) oak in forest Trakas (Alytus district), including the following processes related to hybridization: the prevalence of oak undergrowth, leaf litter fall and its biochemical composition, impact on soil microbiota. This study differs from other studies carried out in Europe by its specifics, since the research object is situated at the edge of the natural distribution of sessile oak. It was found the increase of the number of hybrid oaks in the undergrowth. A comparative taxonomic analysis of the parental trees of the Trakas forest showed that the variation of morphological traits of leaves of interspecific hybrids of pedunculate and sessile oaks was higher at juvenile age if compared with any paternal species. Molecular-genetic analysis confirmed suitability and effectiveness of the use of leaf morphological traits for species discrimination. Studies confirmed that hybridization process had a character of asymmetric crossings, a limited number of individuals participate in the introgression process. Backcross with one of the parental species – sessile oak prevails. The leaves litter fall of pedunculate oak was distinguished for a higher content of lignin, which determines decreased activeness of bacteria and, especially, micromicetes in the rhizosphere. The decomposition rate of leaves litter fall and organic compounds in rhizosphere under sessile and hybrid oaks were... [to full text]

Une consommation élevée de sel a été associée à beaucoup de maladies et à un risque accru de décès. Plusieurs mécanismes sous-jacents, y compris le stress oxydatif, ont été étudiés. Mais la salinité dans l'intestin et l'altération possiblement associée de son microbiote, récemment identifiées comme un symbiote critique de la santé et de la maladie, n'ont pas encore été explorées chez l'homme. En testant 1334 prélèvements de selles, nous avons montré qu'une salinité élevée était associée à une diminution de la diversité globale et à l'émergence de populations microbiennes halophiles dans l'intestin. La salinité fécale était associée au régime alimentaire salé et à l'obésité, conformément aux données épidémiologiques. Aucun procaryote halophile n’a été cultivé en dessous d'un seuil de salinité fécale de 1,5 %. Au-delà de ce seuil, nous avons découvert une diversité inattendue de microbiote halophile humain dont la richesse était corrélée avec les concentrations de sel; 64 espèces différentes ont été isolées, dont 21 nouvelles espèces et 43 espèces connues dans l'environnement mais non chez les humains. Trois procaryotes extrêmement halophiles ont été isolés, dont deux Archaea appartenant au genre Haloferax, avec une nouvelle espèce Haloferax massiliensis, et un nouveau genre bactérien, Halophilibacterium massiliense. D'autres études devraient spécifier les facteurs qui conduisent à la salinité intestinale et préciser si les altérations de microbiota intestinal associées à des niveaux élevés de sel peuvent être liées à des causes humaines / High salt intake has been linked with many diseases and an increased risk of death. Several underlying mechanisms, including oxidative stress, have been investigated, but salinity in human gut and the possible associated alteration of its microbiota recently identified as a critical symbiote of health and disease, have not yet been investigated in humans. Here, by testing 1,334 stools, we have shown that high salinity is associated with a decrease in overall diversity but the emergence of halophilic microbial populations in the intestine. Fecal salinity was associated with saline diet and obesity, according to epidemiological data. No halophilic prokaryote can be grown below a fecal salinity threshold of 1.5%. Beyond this threshold, we discovered an unexpected diversity of human cultured halophilic microbiota whose richness was correlated with salt concentrations; 64 different species were isolated, including 21 new unknown species and 43 known species in the environment but not in humans. Three extremely halophilic prokaryotes were isolated, including two Archaea belonging to the genus Haloferax, with a new species Haloferax massiliensis, and a new bacterial genus, Halophilibacteriums massiliense. Further studies should specify the factors driving gut salinity, and clarify if the gut microbiota alterations associated with high salt levels could be causally related to human diseas

Submitted by Caroline Nishisaka (csayurii@hotmail.com) on 2018-06-04T15:38:30Z No. of bitstreams: 2 Dissertação_Caroline_Sayuri_Nishisaka_UFSCar.pdf: 10342020 bytes, checksum: 83fe90894363834291d0f68de806c3ab (MD5) Carta comprovante da versao final de teses e dissertações.pdf: 204209 bytes, checksum: 74667e4b6b3923d66bce39462bb4538f (MD5) / Approved for entry into archive by Milena Rubi ( ri.bso@ufscar.br) on 2018-06-06T17:30:18Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação_Caroline_Sayuri_Nishisaka_UFSCar.pdf: 10342020 bytes, checksum: 83fe90894363834291d0f68de806c3ab (MD5) Carta comprovante da versao final de teses e dissertações.pdf: 204209 bytes, checksum: 74667e4b6b3923d66bce39462bb4538f (MD5) / Approved for entry into archive by Milena Rubi ( ri.bso@ufscar.br) on 2018-06-06T17:30:45Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação_Caroline_Sayuri_Nishisaka_UFSCar.pdf: 10342020 bytes, checksum: 83fe90894363834291d0f68de806c3ab (MD5) Carta comprovante da versao final de teses e dissertações.pdf: 204209 bytes, checksum: 74667e4b6b3923d66bce39462bb4538f (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-06T17:31:01Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação_Caroline_Sayuri_Nishisaka_UFSCar.pdf: 10342020 bytes, checksum: 83fe90894363834291d0f68de806c3ab (MD5) Carta comprovante da versao final de teses e dissertações.pdf: 204209 bytes, checksum: 74667e4b6b3923d66bce39462bb4538f (MD5) Previous issue date: 2018-05-03 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Agriculture is responsible for 80% of nitrous oxide emissions on earth's atmosphere, the most potential greenhouse gas among the three main gases (CO2, CH4 and N2O). Citriculture and silviculture play an important role on Brazilian economics due to the high demand of orange and wood products for exportation. Thus, in order to get a better understand about the role of those cultures on N2O emission, this research aims to evaluate N2O emissions from Citrus sinensis and Eucalyptus spp. crops, adjacent forests of each agriculture field were used as control. Citrus and eucalyptus sites are located in Sorocaba and Salto de Pirapora municipality, both in the state of Sao Paulo, Brazil. In each agriculture field and adjacent forest, eight static chambers were randomly installed, and gas sample were collected during dry and wet region season. Soil samples were collected in each field of study from five random sampling points, for further physicochemical, molecular analysis and microcosm incubation. Gas samples were collected from microcosm after moisture adjustment in 70% of field capacity. All gas samples were analyzed by gas chromatography technique. The number of copies of genes related to denitrifying process (nirK, nirS e nosZ) was determined by quantitative real time PCR. Seasonality had significant (P<0.05) influence on N2O emission in field, and N2O fluxes in incubated soil. It was observed positive correlation among dissolved organic carbon (DOC) concentration on soil, soil and plant residue total carbon and nitrogen content and N2O emissions. High nirK, nirS and nosZ gene abundance was found on soil collected during wet season, comparing to those collected on dry season, in both field and microcosm, which was correlated with DOC content and soil moisture. However, there were not significant differences on genes abundance comparisons between cultivated soils and adjacent forests. In conclusion, the seasonality has influence in both N2O emission and denitrifying bacteria abundance present in citrus- and eucalyptus-cultivated soils, mainly through the effects on soil and plant residue physicochemical characteristics, especially those related to COD and soil moisture. / A agricultura é responsável por 80 % do óxido nitroso (N2O) emitido para a atmosfera terrestre, o qual é considerado, dentre os principais gases causadores do efeito estufa, aquele com maior potencial de aquecimento global. A citricultura e a silvicultura são culturas agrícolas que apresentam importante papel na economia brasileira, devido a alta demanda de exportação de produtos derivados da laranja e da madeira. A fim de entender como essas culturas influenciam na emissão do N2O, esse trabalho teve como objetivo avaliar as emissões de N2O a partir de solos cultivados com Citrus sinensis e Eucalyptus spp. Solos florestais adjacentes às áreas agrícolas foram utilizados como controle. As áreas cultivadas com citros e eucalipto estão localizadas nos municípios de Sorocaba e Salto de Pirapora, respectivamente, ambos no estado de São Paulo, Brasil. Em cada área agrícola e florestal, oito câmaras estáticas foram aleatoriamente instaladas e amostras de gases foram coletadas durante o período seco e úmido. Amostras de solo foram coletadas em cada área de estudo a partir de cinco pontos amostrais, as quais foram submetidas a análises físico-químicas, moleculares e incubação em microcosmo. Amostras de gases também foram coletadas a partir dos ensaios de incubação do solo em microcosmos após ajuste da umidade em 70 % da capacidade de campo. Todas as amostras de gases foram analisadas pela técnica de cromatografia gasosa. O número de cópias de genes relacionados com o processo de desnitrificação (nirK, nirS e nosZ) foi determinado por PCR quantitativo em tempo real. A sazonalidade mostrou efeito significativo (P<0,05) nas emissões de N2O em campo, e nos fluxos de N2O determinados a partir do solo incubado. Foi mostrada correlação positiva entre a concentração de carbono orgânico dissolvido (COD) no solo, o teor de carbono e nitrogênio total em solos e resíduos vegetais e as emissões de N2O. Maior abundância dos genes nirK, nirS e nosZ foi encontrada nas amostras de solo coletadas no período úmido em comparação com aquelas coletadas no período seco, tanto em campo como em microcosmo, a qual foi correlacionada com a concentração de COD e a umidade do solo. Contudo, não houve diferença significativa na abundância de tais genes quando comparadas amostras de solos cultivados e florestais adjacentes. Tomados conjuntamente, os resultados permitiram concluir que a sazonalidade influencia tanto a emissão de N2O quanto a abundância de bactérias desnitrificantes presentes em solos cultivados com citros e eucalipto, mediante, principalmente, os efeitos nas características físicas e químicas do solo e dos resíduos vegetais, especialmente aqueles relacionados com o COD e umidade do solo. / FAPESP: 2016/15289-4 / FAPESP: 2017/17441-0

Introdução: O trato gastrointestinal humano é composto por uma comunidade microbiana diversificada que atua no controle da saúde. Estudos recentes demonstraram que o equilíbrio da microbiota intestinal é afetado na doença renal crônica (DRC), ocasionando o quadro de disbiose intestinal. Estes estudos sugeriram uma associação da disbiose intestinal com complicações metabólicas como acúmulo de toxinas urêmicas, progressão da DRC, inflamação e risco cardiovascular. Diante disso, medidas com o objetivo de restaurar o equilíbrio da microbiota intestinal são sugeridas, tais como a ingestão oral de probióticos, mas poucos estudos têm abordado o efeito destes suplementos na progressão da DRC e no risco cardiovascular destes pacientes. Objetivo: Avaliar o efeito do consumo de probióticos em fatores associados com progressão da DRC e risco cardiovascular de pacientes com DRC. Material e métodos: Trata-se de um estudo clínico controlado por placebo registrado no Clinical Trials NCT03400228. O estudo incluiu 30 pacientes adultos com DRC nos estágios 3 a 5 não em diálise, com função renal estável e proteinúria igual ou superior a 500 mg. A coleta de dados ocorreu entre novembro de 2015 até dezembro de 2017. O protocolo do estudo constou de período de washout de 4 semanas e randomização dos pacientes para o grupo de intervenção (GI, suplemento com probiótico) ou para o grupo controle (GC, maltodextrina). Foi realizado avaliação basal e após 24 semanas de consumo de probiótico ou placebo. Todos os pacientes receberam a orientação de consumir 2 sachês por dia do probiótico ou do placebo (maltodextrina). Foram avaliadas variáveis demográficas, clínicas, nutricionais, hábito intestinal e exames laboratoriais com amostras sanguíneas e urinárias. Resultados: Dos 30 pacientes incluídos, 20 completaram as 24 semanas do estudo, sendo 10 no grupo intervenção e 10 no grupo placebo. Após o uso de probiótico houve aumento na taxa de filtração glomerular estimada (p<0,001) e diminuição nos níveis séricos de creatinina (p<0,001), ureia (p=0,015), proteína C reativa (p=0,03), hormônio da paratireóide (p=0,03) e potássio (p=0,012), em comparação ao grupo placebo. Os efeitos positivos do probiótico na taxa de filtração glomerular estimada e na diminuição dos níveis séricos de creatinina e ureia permaneceram após análise de regressão multivariada. Não houveram diferenças significativas nos parâmetros urinários entre os grupos. Sintomas de constipação (p<0,001) e consistência fecal (p=0,016) apresentaram melhora no grupo intervenção versus placebo. Conclusão: A suplementação de probióticos melhorou os marcadores de função renal e reduziu inflamação, além de auxiliar na melhora dos sintomas de constipação intestinal em pacientes com DRC. / Introduction: The human gastrointestinal tract is colonized by a diversified microbial community that acts in control of health. Recent studies have shown that intestinal microbiota balance is affected in chronic kidney disease (CKD) leading to intestinal dysbiosis. These studies have suggested association of intestinal dysbiosis with several metabolic disorders such as accumulation of uremic toxins, progression of CKD, inflammation and cardiovascular risk. Therefore, interventional measurement that improve intestinal microbiota balance are suggested such as supplementation of probiotics, however few studies evaluated the effect of these supplements on the progression of CKD and cardiovascular risk in CKD patients. Aim: The purpose of the study was to evaluate the effects of probiotic supplementation on the factors associated with progression of CKD and cardiovascular risk in patients with CKD. Desing and Methods: This was a randomized, double-blind, placebo-controlled study. Thirty patients with CKD stages 3 to 5 not on dialysis, with stable renal function and protein-creatinine ratio > 0.50 were included. Data collection was between November 2015 and December 2017. Study protocol was 4-week washout period, patients randomized to intervention group (IG, probiotic supplement) or control group (CG, maltodextrin), and follow for 24 weeks. Renal function, C-reactive protein (CRP), bone and mineral metabolism, nutritional, and lipid profile markers and intestinal habit were measured at baseline and 24 weeks of study. Results: From 30 patients included in this study, 20 completed the 24 study weeks, 10 in the TG and 10 in PG. After probiotic supplementation, there was increase in estimated glomerular filtration rate (p<0.001) and decrease in serum creatinine 8 (p<0.001), urea (p=0.015), C-reactive protein (p=0.030), parathyroid hormone (p=0.03), and potassium (p=0.012) levels compared to CG. The beneficials effects of probiotics on estimated glomerular filtration rate and serum creatinine, urea, and Creactive protein remained after multivariate linear regression. There were no significant differences in the urinary parameters between the two groups. Symptoms of constipation (p<0.001) and stool consistency (p=0.016) improved in IG compared to CG. Conclusion: Probiotic supplementation improved markers of renal function and reduced inflammation. In addition, it improved the symptoms of intestinal constipation in patients with CKD.

Made available in DSpace on 2015-05-14T16:53:21Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-08-28Bitstream added on 2015-05-14T16:58:58Z : No. of bitstreams: 1 000829155.pdf: 363339 bytes, checksum: dbf6106e4f09a1f8ded3d4f562685ee4 (MD5) / Espécies de lactobacilos são os principais componentes da microbiota vaginal e a manutenção do predomínio lactobacilar é importante para proteção desse ambiente contra possíveis patógenos. A vaginose bacteriana é uma condição em que se observa a perda de lactobacilos e substituição desses microrganismos por espécies bacterianas, anaeróbias em sua maioria. Tal condição pode acarretar inúmeras complicações ginecológicas e obstétricas, como o aumento do risco de aquisição de infecções sexualmente transmissíveis, parto prematuro e baixo peso ao nascimento. O principal método utilizado para o diagnóstico da vaginose bacteriana é o proposto por Nugent et al. (1991) e se baseia na classificação da microbiota vaginal em flora normal, intermediária e vaginose bacteriana. Enquanto que o perfil imunológico e microbiológico da vaginose bacteriana tenha sido amplamente estudado, pouco se sabe sobre tais características na flora intermediária. Portanto, o objetivo desse estudo foi caracterizar a flora intermediária quanto aos níveis cérvico-vaginais de Interleucina (IL)1-beta, IL-6, IL-8, IL-10, fator de necrose tumoral (TNF)-alfa, antagonista de receptor de IL-1(IL-1ra), sialidases bacterianas e quanto às cargas de Gardnerella vaginalise de bactérias totais, além de verificar se o perfil geral observado na flora intermediária se assemelha ao de mulheres com flora normal ou com vaginose bacteriana. Foi realizado um estudo transversal que incluiu 526 mulheres não grávidas em idade reprodutiva. Deste total, foram constituídos os grupos de estudo de acordo com o padrão de flora vagina, segundo Nugent et al. Todos os 145 casos de vaginose bacteriana foram incluídos nas análises, bem como os 63 casos de flora intermediária e 145 das 318 mulheres que apresentaram flora normal. A determinação dos níveis cérvico-vaginais de citocinas, sialidases e a carga bacteriana foram realizados por, respectivamente, ELISA, ...

Submitted by Simone Souza (simonecgsouza@hotmail.com) on 2017-08-24T15:17:13Z No. of bitstreams: 1 DISS_2014_Kelly de Gaiva Carmona.pdf: 1305192 bytes, checksum: 130a12e376106a20bfef053a6c7f3863 (MD5) / Approved for entry into archive by Jordan (jordanbiblio@gmail.com) on 2017-08-24T15:22:01Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DISS_2014_Kelly de Gaiva Carmona.pdf: 1305192 bytes, checksum: 130a12e376106a20bfef053a6c7f3863 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-24T15:22:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISS_2014_Kelly de Gaiva Carmona.pdf: 1305192 bytes, checksum: 130a12e376106a20bfef053a6c7f3863 (MD5) Previous issue date: 2014-03-21 / A carne de pescado é um dos alimentos mais susceptíveis à deterioração por microrganismos. Por esse motivo, procurou-se verificar o efeito da sangria sobre a qualidade da carne do tambaqui armazenado em gelo (2:1) (0ºC ± 4ºC) por 29 dias. Para tanto, foram utilizados 90 exemplares (1,230 ± 0,80kg e 36,20 ± 7,10cm) do peixe em questão, sendo divididos em dois grupos: 45 exemplares sangrados e 45 exemplares não sangrados. Em intervalos de 2 a 3 dias, amostras foram retiradas para as análises microbiológicas e físico-químicas. Nos tempos estabelecidos realizou-se as análises de contagem total de microrganismos heterotróficos aeróbios mesófilos, aeróbios psicrotróficos, bactérias do gênero Aeromonas spp, contagem de bactérias da família Enterobacteriaceae, e análises físico-químicas de pH e BVT (Bases Voláteis Totais). Não houve efeito significativo (p>0,05) entre peixes sangrados e não sangrados em relação à quantificação de mesófilos e Aeromonas spp. No entanto, para a quantificação de psicrotróficos e Enterobactérias, e determinação do pH e BVT, o teste de comparação de médias Tukey foi significativo ao nível de 5%, sendo que o grupo de peixes sangrados apresentou resultados mais satisfatórios em relação a manutenção da qualidade da carne. / The fresh fish is one of the most susceptible food to deterioration by microorganisms. Therefore, one intended to verified the effect of the difference between fish bled and not bled on the meat quality of tambaqui stored on ice (0°C to 4°C) for 29 days. Therefore, 90 samples(1.230 ± 0.80 kg and 36.20 ± 7.10 cm) of the fish in question were divided into two groups: 45 samples were bled and 45 samples were not bled. Within 2 to 3 days, samples were taken for microbiological and physico-chemical analysis. In the established times held the analyzes of total count of aerobic heterotrophic mesophilic microorganisms, quantification of aerobic heterotrophic microorganisms psychrotrophic bacteria from Aeromonas, Enterobacteriaceae bacteria, and physico-chemical analysis of pH and TVB (total volatile bases). There was no significant effect (p> 0.05) between fish bled and not bled on meat quality for the quantification of BHAM and Aeromonas. However, for the quantification of BHAP and Enterobacteriaceae, and determination of pH and TVB, the comparison Tukey test was significant at the 5% level, and the group bled fish showed better results.

Le microbiote digestif, composé de 1012 à 1014 bactéries par gramme de selle, est dominé par les bactéries anaérobies. Ces dernières, qui dépassent largement les aérobies, ont été découvertes en 1865 par Louis Pasteur dans ses travaux sur la fermentation. Les bactéries anaérobies représentent un intérêt médical particulier par leur implication dans les maladies infectieuses et métaboliques. Les anaérobies sont caractérisés par leur difficulté à être cultivés, car nécessitant une absence ou des concentrations faibles d’oxygène. Ainsi les connaissances sur ces microorganismes étaient limitées. Cependant, avec l’avènement des outils de biologie moléculaire notamment le séquençage à haut débit et le concept culturomics associé à l’identification par spectrométrie de mass MALDI-TOF, la connaissance des microorganismes anaérobies a été accentuée. Dans ce travail, nous nous sommes attelés dans un premier temps à la mise au point d’un milieu de culture efficace pour la culture des bactéries anaérobies et les tests d’activités antimicrobiennes. Nous avons montré dans un deuxième temps que culturomics, associé au MALDI-TOF, était un outil puissant dans l’identification des bactéries anaérobies en microbiologie clinique, mais également dans l’exploration de la diversité microbienne du tube digestif. Cette technique nous a permis d’isoler 19 nouvelles espèces de bactéries anaérobies dont 9 ont été décrites dans la troisième partie de ce travail. / The human gut microbiota is known to contain around 1012 to 1014 bacteria per gram of feces, with the majority being anaerobic. The latters were first discovered in 1865 by Louis Pasteur while working on fermentation. Anaerobic bacteria are known to play an important role in health and diseases and thus have taken a lot of attention in the medical field, especially in infectiousdiseases and metabolism. These bacteria are known for its sophisticated culture system because its growth requires little to no oxygen. Nevertheless, few is known about these type of microorganisms but with the advancement of molecular biology and sequencing techniques, its study became wider. Culturomics, is a recently developed culture-based approach that relies on optimizing culture conditions for bacterial growth and its identification by MALDI-TOF MS and 16S rRNA sequencing. The present work aims to create and optimized culture condition for anaerobic bacteria along with testing its anaerobic activities. Also, we aim to demonstrate the efficiency of Culturomics and MALDI-TOF in culturing, identifying and describing anaerobic bacteria in clinical microbiology and in the human gut. This approach allowed us to isolate 19 new anaerobic species out of which 9 has been described in this work.Keywords: Human gut microbiota, culture of anaerobic bacteria, culturomics, MALDI-TOF.

Made available in DSpace on 2016-08-17T18:39:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3286.pdf: 1985838 bytes, checksum: e5ef56af190be032fb21c75bb7198227 (MD5) Previous issue date: 2010-06-01 / Universidade Federal de Sao Carlos / Studies of marine natural products in 20 years of research have revealed a wide variety of molecules with complex structures and hitherto unknown, and potent biological activities. The aims of this study were to isolate microbial strains associated with Didemnum granulatum, to fermentate such strains for the production of crude extracts and the screening of these extracts for bioactive secondary metabolites. For the isolation of the strains, six different culture media were prepared with artificial sea water: malt extract 2% and 3%, carrot/potato, corn, oat and GPY. The strains were cultivated for 30 days in 250mL of the same culture media. The crude extracts were obtained by partition with ethyl acetate. The extracts were sent for the cytotoxic activity bioassay and analyzed by thin layer chromatography (TLC) on silica gel plate (with absorption in UV-vis). Among the 26 extracts, samples DG (M3) 6'C and DG (M3) 5'C showed potent cytotoxic activity, samples DG (B) 13, DG (M3) 1 and DG (G) 2B a moderate activity. The analysis by TLC indicated the presence of bioactive secondary metabolites in the extracts. The strains were identified as bioactive three fungal: DG (M 3) 6'C (Penicillium sp.) DG (M3) 5'C (Cladosporium sp.) DG (M3) 1 (Aspergillus sp.) And two bacterial: DG (B) 13 (Aurantimonas sp.) DG (G) 2B (Nocardiopsis sp.). These were grown on a larger scale of broth (500 mL) and extracted after 7, 14, 21 and 30 days of incubation. We carried out a cleaning process of these extracts by solid phase extraction (SPE) column of silica gel derivatized with C18 (35 mL of eluent: 100% H2O, MeOH/H2O 1:1 and MeOH 100%). The fractions generated were analyzed by HPLC-UV-MS trying to find characteristic profiles of secondary metabolites. From the DG sample (M3) 6'C (A + B), was isolated and identified the compound 13- deoxy-fomenona previously obtained by Tirilly et al. in 1983. Although this compound is not unheard of, no literature reports of studies involving bioassays cytotoxic against tumor cells and even this compound has been isolated from other species of microorganisms other than the fungus Dicyma pulvinata. / Os estudos sobre produtos naturais marinhos, durante os ultimos 20 anos de pesquisa, revelaram uma grande variedade de moleculas com estruturas complexas e ate entao desconhecidas, alem de potentes atividades biologicas. Assim, os objetivos deste trabalho foram isolar linhagens de micro-organismos associadas a ascidia Didemnum granulatum, sua posterior fermentacao para a producao de extratos brutos e a analise destes extratos na busca por metabolitos secundarios bioativos. Para o isolamento das linhagens foram utilizados os seguintes meios de cultura preparados com agua do mar artificial: extrato de malte 2% e 3%, cenoura/batata, fuba, aveia e GPY. A fermentacao das linhagens foi feita em 250 mL dos mesmos meios de cultura sem agar, durante 30 dias. Os extratos brutos foram obtidos por particao com acetato de etila. Estes extratos foram enviados para bioensaio de atividade citotoxica contra celulas tumorais e analisados por cromatografia em camada delgada (CCD) em placa de silica gel (com diferentes reveladores). Dentre os 26 extratos, as amostras DG(M3) 6 C e DG(M3) 5 C apresentaram potente atividade citotoxica, as amostras DG(B)13, DG(M3)1 e DG(G)2B uma atividade moderada. As analises por CCD indicaram a presenca de metabolitos secundarios nos extratos bioativos. As linhagens bioativas foram identificadas como sendo tres fungicas: DG(M3)6 C (Penicilium sp.); DG(M3)5 C (Cladosporium sp.); DG(M3)1 (Aspergillus sp.) e duas bacterianas: DG(B)13 (Aurantimonas sp.); DG(G)2B (Nocardiopsis sp.). Estas foram cultivadas em escala maior de meio liquido (500 mL) e extraidas apos 7, 14, 21 e 30 dias de incubacao. Realizou-se um processo de limpeza destes extratos por extracao em fase solida (SPE) em coluna de silica-gel derivatizada com C18 (35 mL dos eluentes: H2O 100%, MeOH/H2O 1:1 e MeOH 100%). As fracoes geradas foram analisadas por CLAE-UV-EM buscando-se encontrar perfis caracteristicos de metabolitos secundarios. A partir da amostra DG(M3) 6 C (A+B), foi isolado e identificado o composto 13-desoxi-fomenona, previamente obtido por Tirilly et al. em 1983. Apesar deste composto nao ser inedito, nao ha relatos na literatura de estudos envolvendo bioensaios citotoxicos contra celulas tumorais e nem mesmo deste composto ter sido isolado de outras especies de microrganismos que nao seja do fungo Dicyma pulvinata.

Orientador: Camila Marconi / Coorientador: Màrcia Guimarães da Silva / Banca: Andrea da Rocha Tristão / Banca: Ana Katherine da Silveira Gonçalves / Banca: Eliane Melo Brolazo / Banca: Cristina Maria Garcia de Lima Parada / Resumo: Espécies de lactobacilos são os principais componentes da microbiota vaginal e a manutenção do predomínio lactobacilar é importante para proteção desse ambiente contra possíveis patógenos. A vaginose bacteriana é uma condição em que se observa a perda de lactobacilos e substituição desses microrganismos por espécies bacterianas, anaeróbias em sua maioria. Tal condição pode acarretar inúmeras complicações ginecológicas e obstétricas, como o aumento do risco de aquisição de infecções sexualmente transmissíveis, parto prematuro e baixo peso ao nascimento. O principal método utilizado para o diagnóstico da vaginose bacteriana é o proposto por Nugent et al. (1991) e se baseia na classificação da microbiota vaginal em flora normal, intermediária e vaginose bacteriana. Enquanto que o perfil imunológico e microbiológico da vaginose bacteriana tenha sido amplamente estudado, pouco se sabe sobre tais características na flora intermediária. Portanto, o objetivo desse estudo foi caracterizar a flora intermediária quanto aos níveis cérvico-vaginais de Interleucina (IL)1-beta, IL-6, IL-8, IL-10, fator de necrose tumoral (TNF)-alfa, antagonista de receptor de IL-1(IL-1ra), sialidases bacterianas e quanto às cargas de Gardnerella vaginalise de bactérias totais, além de verificar se o perfil geral observado na flora intermediária se assemelha ao de mulheres com flora normal ou com vaginose bacteriana. Foi realizado um estudo transversal que incluiu 526 mulheres não grávidas em idade reprodutiva. Deste total, foram constituídos os grupos de estudo de acordo com o padrão de flora vagina, segundo Nugent et al. Todos os 145 casos de vaginose bacteriana foram incluídos nas análises, bem como os 63 casos de flora intermediária e 145 das 318 mulheres que apresentaram flora normal. A determinação dos níveis cérvico-vaginais de citocinas, sialidases e a carga bacteriana foram realizados por, respectivamente, ELISA, ... / Abstract: Not available / Doutor