Submitted by Caroline Nishisaka (csayurii@hotmail.com) on 2018-06-04T15:38:30Z No. of bitstreams: 2 Dissertação_Caroline_Sayuri_Nishisaka_UFSCar.pdf: 10342020 bytes, checksum: 83fe90894363834291d0f68de806c3ab (MD5) Carta comprovante da versao final de teses e dissertações.pdf: 204209 bytes, checksum: 74667e4b6b3923d66bce39462bb4538f (MD5) / Approved for entry into archive by Milena Rubi ( ri.bso@ufscar.br) on 2018-06-06T17:30:18Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação_Caroline_Sayuri_Nishisaka_UFSCar.pdf: 10342020 bytes, checksum: 83fe90894363834291d0f68de806c3ab (MD5) Carta comprovante da versao final de teses e dissertações.pdf: 204209 bytes, checksum: 74667e4b6b3923d66bce39462bb4538f (MD5) / Approved for entry into archive by Milena Rubi ( ri.bso@ufscar.br) on 2018-06-06T17:30:45Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação_Caroline_Sayuri_Nishisaka_UFSCar.pdf: 10342020 bytes, checksum: 83fe90894363834291d0f68de806c3ab (MD5) Carta comprovante da versao final de teses e dissertações.pdf: 204209 bytes, checksum: 74667e4b6b3923d66bce39462bb4538f (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-06T17:31:01Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação_Caroline_Sayuri_Nishisaka_UFSCar.pdf: 10342020 bytes, checksum: 83fe90894363834291d0f68de806c3ab (MD5) Carta comprovante da versao final de teses e dissertações.pdf: 204209 bytes, checksum: 74667e4b6b3923d66bce39462bb4538f (MD5) Previous issue date: 2018-05-03 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Agriculture is responsible for 80% of nitrous oxide emissions on earth's atmosphere, the most potential greenhouse gas among the three main gases (CO2, CH4 and N2O). Citriculture and silviculture play an important role on Brazilian economics due to the high demand of orange and wood products for exportation. Thus, in order to get a better understand about the role of those cultures on N2O emission, this research aims to evaluate N2O emissions from Citrus sinensis and Eucalyptus spp. crops, adjacent forests of each agriculture field were used as control. Citrus and eucalyptus sites are located in Sorocaba and Salto de Pirapora municipality, both in the state of Sao Paulo, Brazil. In each agriculture field and adjacent forest, eight static chambers were randomly installed, and gas sample were collected during dry and wet region season. Soil samples were collected in each field of study from five random sampling points, for further physicochemical, molecular analysis and microcosm incubation. Gas samples were collected from microcosm after moisture adjustment in 70% of field capacity. All gas samples were analyzed by gas chromatography technique. The number of copies of genes related to denitrifying process (nirK, nirS e nosZ) was determined by quantitative real time PCR. Seasonality had significant (P<0.05) influence on N2O emission in field, and N2O fluxes in incubated soil. It was observed positive correlation among dissolved organic carbon (DOC) concentration on soil, soil and plant residue total carbon and nitrogen content and N2O emissions. High nirK, nirS and nosZ gene abundance was found on soil collected during wet season, comparing to those collected on dry season, in both field and microcosm, which was correlated with DOC content and soil moisture. However, there were not significant differences on genes abundance comparisons between cultivated soils and adjacent forests. In conclusion, the seasonality has influence in both N2O emission and denitrifying bacteria abundance present in citrus- and eucalyptus-cultivated soils, mainly through the effects on soil and plant residue physicochemical characteristics, especially those related to COD and soil moisture. / A agricultura é responsável por 80 % do óxido nitroso (N2O) emitido para a atmosfera terrestre, o qual é considerado, dentre os principais gases causadores do efeito estufa, aquele com maior potencial de aquecimento global. A citricultura e a silvicultura são culturas agrícolas que apresentam importante papel na economia brasileira, devido a alta demanda de exportação de produtos derivados da laranja e da madeira. A fim de entender como essas culturas influenciam na emissão do N2O, esse trabalho teve como objetivo avaliar as emissões de N2O a partir de solos cultivados com Citrus sinensis e Eucalyptus spp. Solos florestais adjacentes às áreas agrícolas foram utilizados como controle. As áreas cultivadas com citros e eucalipto estão localizadas nos municípios de Sorocaba e Salto de Pirapora, respectivamente, ambos no estado de São Paulo, Brasil. Em cada área agrícola e florestal, oito câmaras estáticas foram aleatoriamente instaladas e amostras de gases foram coletadas durante o período seco e úmido. Amostras de solo foram coletadas em cada área de estudo a partir de cinco pontos amostrais, as quais foram submetidas a análises físico-químicas, moleculares e incubação em microcosmo. Amostras de gases também foram coletadas a partir dos ensaios de incubação do solo em microcosmos após ajuste da umidade em 70 % da capacidade de campo. Todas as amostras de gases foram analisadas pela técnica de cromatografia gasosa. O número de cópias de genes relacionados com o processo de desnitrificação (nirK, nirS e nosZ) foi determinado por PCR quantitativo em tempo real. A sazonalidade mostrou efeito significativo (P<0,05) nas emissões de N2O em campo, e nos fluxos de N2O determinados a partir do solo incubado. Foi mostrada correlação positiva entre a concentração de carbono orgânico dissolvido (COD) no solo, o teor de carbono e nitrogênio total em solos e resíduos vegetais e as emissões de N2O. Maior abundância dos genes nirK, nirS e nosZ foi encontrada nas amostras de solo coletadas no período úmido em comparação com aquelas coletadas no período seco, tanto em campo como em microcosmo, a qual foi correlacionada com a concentração de COD e a umidade do solo. Contudo, não houve diferença significativa na abundância de tais genes quando comparadas amostras de solos cultivados e florestais adjacentes. Tomados conjuntamente, os resultados permitiram concluir que a sazonalidade influencia tanto a emissão de N2O quanto a abundância de bactérias desnitrificantes presentes em solos cultivados com citros e eucalipto, mediante, principalmente, os efeitos nas características físicas e químicas do solo e dos resíduos vegetais, especialmente aqueles relacionados com o COD e umidade do solo. / FAPESP: 2016/15289-4 / FAPESP: 2017/17441-0

Introdução: O trato gastrointestinal humano é composto por uma comunidade microbiana diversificada que atua no controle da saúde. Estudos recentes demonstraram que o equilíbrio da microbiota intestinal é afetado na doença renal crônica (DRC), ocasionando o quadro de disbiose intestinal. Estes estudos sugeriram uma associação da disbiose intestinal com complicações metabólicas como acúmulo de toxinas urêmicas, progressão da DRC, inflamação e risco cardiovascular. Diante disso, medidas com o objetivo de restaurar o equilíbrio da microbiota intestinal são sugeridas, tais como a ingestão oral de probióticos, mas poucos estudos têm abordado o efeito destes suplementos na progressão da DRC e no risco cardiovascular destes pacientes. Objetivo: Avaliar o efeito do consumo de probióticos em fatores associados com progressão da DRC e risco cardiovascular de pacientes com DRC. Material e métodos: Trata-se de um estudo clínico controlado por placebo registrado no Clinical Trials NCT03400228. O estudo incluiu 30 pacientes adultos com DRC nos estágios 3 a 5 não em diálise, com função renal estável e proteinúria igual ou superior a 500 mg. A coleta de dados ocorreu entre novembro de 2015 até dezembro de 2017. O protocolo do estudo constou de período de washout de 4 semanas e randomização dos pacientes para o grupo de intervenção (GI, suplemento com probiótico) ou para o grupo controle (GC, maltodextrina). Foi realizado avaliação basal e após 24 semanas de consumo de probiótico ou placebo. Todos os pacientes receberam a orientação de consumir 2 sachês por dia do probiótico ou do placebo (maltodextrina). Foram avaliadas variáveis demográficas, clínicas, nutricionais, hábito intestinal e exames laboratoriais com amostras sanguíneas e urinárias. Resultados: Dos 30 pacientes incluídos, 20 completaram as 24 semanas do estudo, sendo 10 no grupo intervenção e 10 no grupo placebo. Após o uso de probiótico houve aumento na taxa de filtração glomerular estimada (p<0,001) e diminuição nos níveis séricos de creatinina (p<0,001), ureia (p=0,015), proteína C reativa (p=0,03), hormônio da paratireóide (p=0,03) e potássio (p=0,012), em comparação ao grupo placebo. Os efeitos positivos do probiótico na taxa de filtração glomerular estimada e na diminuição dos níveis séricos de creatinina e ureia permaneceram após análise de regressão multivariada. Não houveram diferenças significativas nos parâmetros urinários entre os grupos. Sintomas de constipação (p<0,001) e consistência fecal (p=0,016) apresentaram melhora no grupo intervenção versus placebo. Conclusão: A suplementação de probióticos melhorou os marcadores de função renal e reduziu inflamação, além de auxiliar na melhora dos sintomas de constipação intestinal em pacientes com DRC. / Introduction: The human gastrointestinal tract is colonized by a diversified microbial community that acts in control of health. Recent studies have shown that intestinal microbiota balance is affected in chronic kidney disease (CKD) leading to intestinal dysbiosis. These studies have suggested association of intestinal dysbiosis with several metabolic disorders such as accumulation of uremic toxins, progression of CKD, inflammation and cardiovascular risk. Therefore, interventional measurement that improve intestinal microbiota balance are suggested such as supplementation of probiotics, however few studies evaluated the effect of these supplements on the progression of CKD and cardiovascular risk in CKD patients. Aim: The purpose of the study was to evaluate the effects of probiotic supplementation on the factors associated with progression of CKD and cardiovascular risk in patients with CKD. Desing and Methods: This was a randomized, double-blind, placebo-controlled study. Thirty patients with CKD stages 3 to 5 not on dialysis, with stable renal function and protein-creatinine ratio > 0.50 were included. Data collection was between November 2015 and December 2017. Study protocol was 4-week washout period, patients randomized to intervention group (IG, probiotic supplement) or control group (CG, maltodextrin), and follow for 24 weeks. Renal function, C-reactive protein (CRP), bone and mineral metabolism, nutritional, and lipid profile markers and intestinal habit were measured at baseline and 24 weeks of study. Results: From 30 patients included in this study, 20 completed the 24 study weeks, 10 in the TG and 10 in PG. After probiotic supplementation, there was increase in estimated glomerular filtration rate (p<0.001) and decrease in serum creatinine 8 (p<0.001), urea (p=0.015), C-reactive protein (p=0.030), parathyroid hormone (p=0.03), and potassium (p=0.012) levels compared to CG. The beneficials effects of probiotics on estimated glomerular filtration rate and serum creatinine, urea, and Creactive protein remained after multivariate linear regression. There were no significant differences in the urinary parameters between the two groups. Symptoms of constipation (p<0.001) and stool consistency (p=0.016) improved in IG compared to CG. Conclusion: Probiotic supplementation improved markers of renal function and reduced inflammation. In addition, it improved the symptoms of intestinal constipation in patients with CKD.

Made available in DSpace on 2015-05-14T16:53:21Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-08-28Bitstream added on 2015-05-14T16:58:58Z : No. of bitstreams: 1 000829155.pdf: 363339 bytes, checksum: dbf6106e4f09a1f8ded3d4f562685ee4 (MD5) / Espécies de lactobacilos são os principais componentes da microbiota vaginal e a manutenção do predomínio lactobacilar é importante para proteção desse ambiente contra possíveis patógenos. A vaginose bacteriana é uma condição em que se observa a perda de lactobacilos e substituição desses microrganismos por espécies bacterianas, anaeróbias em sua maioria. Tal condição pode acarretar inúmeras complicações ginecológicas e obstétricas, como o aumento do risco de aquisição de infecções sexualmente transmissíveis, parto prematuro e baixo peso ao nascimento. O principal método utilizado para o diagnóstico da vaginose bacteriana é o proposto por Nugent et al. (1991) e se baseia na classificação da microbiota vaginal em flora normal, intermediária e vaginose bacteriana. Enquanto que o perfil imunológico e microbiológico da vaginose bacteriana tenha sido amplamente estudado, pouco se sabe sobre tais características na flora intermediária. Portanto, o objetivo desse estudo foi caracterizar a flora intermediária quanto aos níveis cérvico-vaginais de Interleucina (IL)1-beta, IL-6, IL-8, IL-10, fator de necrose tumoral (TNF)-alfa, antagonista de receptor de IL-1(IL-1ra), sialidases bacterianas e quanto às cargas de Gardnerella vaginalise de bactérias totais, além de verificar se o perfil geral observado na flora intermediária se assemelha ao de mulheres com flora normal ou com vaginose bacteriana. Foi realizado um estudo transversal que incluiu 526 mulheres não grávidas em idade reprodutiva. Deste total, foram constituídos os grupos de estudo de acordo com o padrão de flora vagina, segundo Nugent et al. Todos os 145 casos de vaginose bacteriana foram incluídos nas análises, bem como os 63 casos de flora intermediária e 145 das 318 mulheres que apresentaram flora normal. A determinação dos níveis cérvico-vaginais de citocinas, sialidases e a carga bacteriana foram realizados por, respectivamente, ELISA, ...

Submitted by Simone Souza (simonecgsouza@hotmail.com) on 2017-08-24T15:17:13Z No. of bitstreams: 1 DISS_2014_Kelly de Gaiva Carmona.pdf: 1305192 bytes, checksum: 130a12e376106a20bfef053a6c7f3863 (MD5) / Approved for entry into archive by Jordan (jordanbiblio@gmail.com) on 2017-08-24T15:22:01Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DISS_2014_Kelly de Gaiva Carmona.pdf: 1305192 bytes, checksum: 130a12e376106a20bfef053a6c7f3863 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-24T15:22:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISS_2014_Kelly de Gaiva Carmona.pdf: 1305192 bytes, checksum: 130a12e376106a20bfef053a6c7f3863 (MD5) Previous issue date: 2014-03-21 / A carne de pescado é um dos alimentos mais susceptíveis à deterioração por microrganismos. Por esse motivo, procurou-se verificar o efeito da sangria sobre a qualidade da carne do tambaqui armazenado em gelo (2:1) (0ºC ± 4ºC) por 29 dias. Para tanto, foram utilizados 90 exemplares (1,230 ± 0,80kg e 36,20 ± 7,10cm) do peixe em questão, sendo divididos em dois grupos: 45 exemplares sangrados e 45 exemplares não sangrados. Em intervalos de 2 a 3 dias, amostras foram retiradas para as análises microbiológicas e físico-químicas. Nos tempos estabelecidos realizou-se as análises de contagem total de microrganismos heterotróficos aeróbios mesófilos, aeróbios psicrotróficos, bactérias do gênero Aeromonas spp, contagem de bactérias da família Enterobacteriaceae, e análises físico-químicas de pH e BVT (Bases Voláteis Totais). Não houve efeito significativo (p>0,05) entre peixes sangrados e não sangrados em relação à quantificação de mesófilos e Aeromonas spp. No entanto, para a quantificação de psicrotróficos e Enterobactérias, e determinação do pH e BVT, o teste de comparação de médias Tukey foi significativo ao nível de 5%, sendo que o grupo de peixes sangrados apresentou resultados mais satisfatórios em relação a manutenção da qualidade da carne. / The fresh fish is one of the most susceptible food to deterioration by microorganisms. Therefore, one intended to verified the effect of the difference between fish bled and not bled on the meat quality of tambaqui stored on ice (0°C to 4°C) for 29 days. Therefore, 90 samples(1.230 ± 0.80 kg and 36.20 ± 7.10 cm) of the fish in question were divided into two groups: 45 samples were bled and 45 samples were not bled. Within 2 to 3 days, samples were taken for microbiological and physico-chemical analysis. In the established times held the analyzes of total count of aerobic heterotrophic mesophilic microorganisms, quantification of aerobic heterotrophic microorganisms psychrotrophic bacteria from Aeromonas, Enterobacteriaceae bacteria, and physico-chemical analysis of pH and TVB (total volatile bases). There was no significant effect (p> 0.05) between fish bled and not bled on meat quality for the quantification of BHAM and Aeromonas. However, for the quantification of BHAP and Enterobacteriaceae, and determination of pH and TVB, the comparison Tukey test was significant at the 5% level, and the group bled fish showed better results.

Le microbiote digestif, composé de 1012 à 1014 bactéries par gramme de selle, est dominé par les bactéries anaérobies. Ces dernières, qui dépassent largement les aérobies, ont été découvertes en 1865 par Louis Pasteur dans ses travaux sur la fermentation. Les bactéries anaérobies représentent un intérêt médical particulier par leur implication dans les maladies infectieuses et métaboliques. Les anaérobies sont caractérisés par leur difficulté à être cultivés, car nécessitant une absence ou des concentrations faibles d’oxygène. Ainsi les connaissances sur ces microorganismes étaient limitées. Cependant, avec l’avènement des outils de biologie moléculaire notamment le séquençage à haut débit et le concept culturomics associé à l’identification par spectrométrie de mass MALDI-TOF, la connaissance des microorganismes anaérobies a été accentuée. Dans ce travail, nous nous sommes attelés dans un premier temps à la mise au point d’un milieu de culture efficace pour la culture des bactéries anaérobies et les tests d’activités antimicrobiennes. Nous avons montré dans un deuxième temps que culturomics, associé au MALDI-TOF, était un outil puissant dans l’identification des bactéries anaérobies en microbiologie clinique, mais également dans l’exploration de la diversité microbienne du tube digestif. Cette technique nous a permis d’isoler 19 nouvelles espèces de bactéries anaérobies dont 9 ont été décrites dans la troisième partie de ce travail. / The human gut microbiota is known to contain around 1012 to 1014 bacteria per gram of feces, with the majority being anaerobic. The latters were first discovered in 1865 by Louis Pasteur while working on fermentation. Anaerobic bacteria are known to play an important role in health and diseases and thus have taken a lot of attention in the medical field, especially in infectiousdiseases and metabolism. These bacteria are known for its sophisticated culture system because its growth requires little to no oxygen. Nevertheless, few is known about these type of microorganisms but with the advancement of molecular biology and sequencing techniques, its study became wider. Culturomics, is a recently developed culture-based approach that relies on optimizing culture conditions for bacterial growth and its identification by MALDI-TOF MS and 16S rRNA sequencing. The present work aims to create and optimized culture condition for anaerobic bacteria along with testing its anaerobic activities. Also, we aim to demonstrate the efficiency of Culturomics and MALDI-TOF in culturing, identifying and describing anaerobic bacteria in clinical microbiology and in the human gut. This approach allowed us to isolate 19 new anaerobic species out of which 9 has been described in this work.Keywords: Human gut microbiota, culture of anaerobic bacteria, culturomics, MALDI-TOF.

Made available in DSpace on 2016-08-17T18:39:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3286.pdf: 1985838 bytes, checksum: e5ef56af190be032fb21c75bb7198227 (MD5) Previous issue date: 2010-06-01 / Universidade Federal de Sao Carlos / Studies of marine natural products in 20 years of research have revealed a wide variety of molecules with complex structures and hitherto unknown, and potent biological activities. The aims of this study were to isolate microbial strains associated with Didemnum granulatum, to fermentate such strains for the production of crude extracts and the screening of these extracts for bioactive secondary metabolites. For the isolation of the strains, six different culture media were prepared with artificial sea water: malt extract 2% and 3%, carrot/potato, corn, oat and GPY. The strains were cultivated for 30 days in 250mL of the same culture media. The crude extracts were obtained by partition with ethyl acetate. The extracts were sent for the cytotoxic activity bioassay and analyzed by thin layer chromatography (TLC) on silica gel plate (with absorption in UV-vis). Among the 26 extracts, samples DG (M3) 6'C and DG (M3) 5'C showed potent cytotoxic activity, samples DG (B) 13, DG (M3) 1 and DG (G) 2B a moderate activity. The analysis by TLC indicated the presence of bioactive secondary metabolites in the extracts. The strains were identified as bioactive three fungal: DG (M 3) 6'C (Penicillium sp.) DG (M3) 5'C (Cladosporium sp.) DG (M3) 1 (Aspergillus sp.) And two bacterial: DG (B) 13 (Aurantimonas sp.) DG (G) 2B (Nocardiopsis sp.). These were grown on a larger scale of broth (500 mL) and extracted after 7, 14, 21 and 30 days of incubation. We carried out a cleaning process of these extracts by solid phase extraction (SPE) column of silica gel derivatized with C18 (35 mL of eluent: 100% H2O, MeOH/H2O 1:1 and MeOH 100%). The fractions generated were analyzed by HPLC-UV-MS trying to find characteristic profiles of secondary metabolites. From the DG sample (M3) 6'C (A + B), was isolated and identified the compound 13- deoxy-fomenona previously obtained by Tirilly et al. in 1983. Although this compound is not unheard of, no literature reports of studies involving bioassays cytotoxic against tumor cells and even this compound has been isolated from other species of microorganisms other than the fungus Dicyma pulvinata. / Os estudos sobre produtos naturais marinhos, durante os ultimos 20 anos de pesquisa, revelaram uma grande variedade de moleculas com estruturas complexas e ate entao desconhecidas, alem de potentes atividades biologicas. Assim, os objetivos deste trabalho foram isolar linhagens de micro-organismos associadas a ascidia Didemnum granulatum, sua posterior fermentacao para a producao de extratos brutos e a analise destes extratos na busca por metabolitos secundarios bioativos. Para o isolamento das linhagens foram utilizados os seguintes meios de cultura preparados com agua do mar artificial: extrato de malte 2% e 3%, cenoura/batata, fuba, aveia e GPY. A fermentacao das linhagens foi feita em 250 mL dos mesmos meios de cultura sem agar, durante 30 dias. Os extratos brutos foram obtidos por particao com acetato de etila. Estes extratos foram enviados para bioensaio de atividade citotoxica contra celulas tumorais e analisados por cromatografia em camada delgada (CCD) em placa de silica gel (com diferentes reveladores). Dentre os 26 extratos, as amostras DG(M3) 6 C e DG(M3) 5 C apresentaram potente atividade citotoxica, as amostras DG(B)13, DG(M3)1 e DG(G)2B uma atividade moderada. As analises por CCD indicaram a presenca de metabolitos secundarios nos extratos bioativos. As linhagens bioativas foram identificadas como sendo tres fungicas: DG(M3)6 C (Penicilium sp.); DG(M3)5 C (Cladosporium sp.); DG(M3)1 (Aspergillus sp.) e duas bacterianas: DG(B)13 (Aurantimonas sp.); DG(G)2B (Nocardiopsis sp.). Estas foram cultivadas em escala maior de meio liquido (500 mL) e extraidas apos 7, 14, 21 e 30 dias de incubacao. Realizou-se um processo de limpeza destes extratos por extracao em fase solida (SPE) em coluna de silica-gel derivatizada com C18 (35 mL dos eluentes: H2O 100%, MeOH/H2O 1:1 e MeOH 100%). As fracoes geradas foram analisadas por CLAE-UV-EM buscando-se encontrar perfis caracteristicos de metabolitos secundarios. A partir da amostra DG(M3) 6 C (A+B), foi isolado e identificado o composto 13-desoxi-fomenona, previamente obtido por Tirilly et al. em 1983. Apesar deste composto nao ser inedito, nao ha relatos na literatura de estudos envolvendo bioensaios citotoxicos contra celulas tumorais e nem mesmo deste composto ter sido isolado de outras especies de microrganismos que nao seja do fungo Dicyma pulvinata.

Orientador: Camila Marconi / Coorientador: Màrcia Guimarães da Silva / Banca: Andrea da Rocha Tristão / Banca: Ana Katherine da Silveira Gonçalves / Banca: Eliane Melo Brolazo / Banca: Cristina Maria Garcia de Lima Parada / Resumo: Espécies de lactobacilos são os principais componentes da microbiota vaginal e a manutenção do predomínio lactobacilar é importante para proteção desse ambiente contra possíveis patógenos. A vaginose bacteriana é uma condição em que se observa a perda de lactobacilos e substituição desses microrganismos por espécies bacterianas, anaeróbias em sua maioria. Tal condição pode acarretar inúmeras complicações ginecológicas e obstétricas, como o aumento do risco de aquisição de infecções sexualmente transmissíveis, parto prematuro e baixo peso ao nascimento. O principal método utilizado para o diagnóstico da vaginose bacteriana é o proposto por Nugent et al. (1991) e se baseia na classificação da microbiota vaginal em flora normal, intermediária e vaginose bacteriana. Enquanto que o perfil imunológico e microbiológico da vaginose bacteriana tenha sido amplamente estudado, pouco se sabe sobre tais características na flora intermediária. Portanto, o objetivo desse estudo foi caracterizar a flora intermediária quanto aos níveis cérvico-vaginais de Interleucina (IL)1-beta, IL-6, IL-8, IL-10, fator de necrose tumoral (TNF)-alfa, antagonista de receptor de IL-1(IL-1ra), sialidases bacterianas e quanto às cargas de Gardnerella vaginalise de bactérias totais, além de verificar se o perfil geral observado na flora intermediária se assemelha ao de mulheres com flora normal ou com vaginose bacteriana. Foi realizado um estudo transversal que incluiu 526 mulheres não grávidas em idade reprodutiva. Deste total, foram constituídos os grupos de estudo de acordo com o padrão de flora vagina, segundo Nugent et al. Todos os 145 casos de vaginose bacteriana foram incluídos nas análises, bem como os 63 casos de flora intermediária e 145 das 318 mulheres que apresentaram flora normal. A determinação dos níveis cérvico-vaginais de citocinas, sialidases e a carga bacteriana foram realizados por, respectivamente, ELISA, ... / Abstract: Not available / Doutor

Toxoplasma gondii infection in susceptible C57BL/6 mice induces a strong Th1 immune response causing intense inflammation and lesions in ileum in response to microbial antigens and if controlled causes death of animals. The Th1 immune response is similar to that in patients with inflammatory bowel disease (IBD) such as Crohn\'s disease (CD) and ulcerative colitis (UC). Therefore find alternative treatments that have adjuvant effect of conventional treatments are of great interest. The use of probiotics is increasing due to several benefits found in inflammatory diseases. To verify the effects of probiotics Lactobacillus casei Shirota, Lactobacillus acidophilus and Lactococcus lactis NCDO 2118 in C57BL/6 mice, we treat one day before and 7 days after oral infection with 30 cysts of the ME-49 strain. We found that L. casei- and L. acidophilus-treatment mice decreased intestinal parasitism reducing the pathology in small intestine of C57BL/6 mice and prevent death. In addition, the microbiological culture of organs shows L. casei- and L. acidophilus-treatment mice prevent bacterial translocation from the intestinal lumen to organs such as liver, spleen, lung and blood, moreover the microbiological analysis of feces showed that there were fewer gram negative bacteria species in feces of probiotic treated mice. The NAG, MPO and EPO assay that are characteristic of macrophages, and eosinophils neutrophils respectively showed that there was a decrease in the activity of enzymes MPO and NAG and a small increase in activity and EPO. Finally, the qPCR analysis revealed that treatment with L. acidophilus decreased IFN-&#947; and TNF-&#945; mRNA induced by infection with T. gondii and L.casei treatment increased the expression of Foxp3 and IL-10. Our results demonstrate the ability of probiotics to control the inflammation response and reduce mortality caused by ileitis. However, further studies are needed to find out what the precise mechanisms that probiotics L. casei and L. acidophilus modulate the host immune response. / A infecção por Toxoplasma gondii em camundongos susceptíveis C57BL/6 com 30 cistos da cepa ME-49 induz uma forte resposta do sistema imune do tipo Th1 causando uma intensa inflamação com lesão no íleo em resposta a antígenos da microbiota e se não for controlada causa a morte dos animais. Essa resposta é semelhante à encontrada em pacientes com doenças inflamatórias intestinais (IBD) como a doença de Crohn (CD) e colite ulcerativa (UC). Portanto encontrar tratamentos alternativos que tenham efeito adjuvante aos tratamentos convencionais é de grande interesse. O uso de probióticos em produtos fermentados vem aumentando devido aos vários benefícios encontrados em pacientes com doenças inflamatórias que utilizam esses produtos. Com o objetivo de investigar o efeito da administração dos probióticos Lactobacillus casei Shirota, Lactobacillus acidophilus e Lactococcus lactis NCDO 2118 no intestino delgado, tratamos camundongos C57BL/6 um dia antes e 7 dias depois da infecção oral com 30 cistos da cepa ME-49 de T. gondii. O tratamento com L. casei ou L. acidophilus diminuiu o parasitismo intestinal, reduziu a patologia associada ao intestino delgado e evitou a morte dos animais. Além disso, a cultura microbiológica dos órgãos revelou que L. casei e L. acidophilus foi capaz de impedir a translocação de bactérias do lúmen intestinal para órgãos como fígado, baço, pulmão e também para o sangue. O cultivo microbiológico das fezes mostrou que houve menos espécies de bactérias gram negativas encontradas nas fezes dos animais tratados com probióticos. A análise das enzimas NAG, MPO e EPO que são características de macrófagos, neutr´filos e eosinófilos, respectivamente mostrou que houve diminuição na atividade das enzimas MPO e NAG e um pequeno aumento na atividade e EPO. Por último, a análise em qPCR revelou que o tratamento com L. acidophilus diminuiu a expressão de IFN-&#947; e TNF-&#945; induzido pela infecção por T. gondii e o tratamento com L.casei aumentou a expressão de Foxp3 e IL-10. Esses resultados demonstram a capacidade dos probióticos em controlar a resposta inflamação e reduzir a mortalidade causada pela ileíte. Contudo, serão necessários mais estudos para descobrir quais os mecanismos precisos que os probióticos L. casei e L. acidophilus utilizam para modular a resposta imune em favor do hospedeiro. / Mestre em Imunologia e Parasitologia Aplicadas

Introdução: O trato gastrointestinal humano é composto por uma comunidade microbiana diversificada que atua no controle da saúde. Estudos recentes demonstraram que o equilíbrio da microbiota intestinal é afetado na doença renal crônica (DRC), ocasionando o quadro de disbiose intestinal. Estes estudos sugeriram uma associação da disbiose intestinal com complicações metabólicas como acúmulo de toxinas urêmicas, progressão da DRC, inflamação e risco cardiovascular. Diante disso, medidas com o objetivo de restaurar o equilíbrio da microbiota intestinal são sugeridas, tais como a ingestão oral de probióticos, mas poucos estudos têm abordado o efeito destes suplementos na progressão da DRC e no risco cardiovascular destes pacientes. Objetivo: Avaliar o efeito do consumo de probióticos em fatores associados com progressão da DRC e risco cardiovascular de pacientes com DRC. Material e métodos: Trata-se de um estudo clínico controlado por placebo registrado no Clinical Trials NCT03400228. O estudo incluiu 30 pacientes adultos com DRC nos estágios 3 a 5 não em diálise, com função renal estável e proteinúria igual ou superior a 500 mg. A coleta de dados ocorreu entre novembro de 2015 até dezembro de 2017. O protocolo do estudo constou de período de washout de 4 semanas e randomização dos pacientes para o grupo de intervenção (GI, suplemento com probiótico) ou para o grupo controle (GC, maltodextrina). Foi realizado avaliação basal e após 24 semanas de consumo de probiótico ou placebo. Todos os pacientes receberam a orientação de consumir 2 sachês por dia do probiótico ou do placebo (maltodextrina). Foram avaliadas variáveis demográficas, clínicas, nutricionais, hábito intestinal e exames laboratoriais com amostras sanguíneas e urinárias. Resultados: Dos 30 pacientes incluídos, 20 completaram as 24 semanas do estudo, sendo 10 no grupo intervenção e 10 no grupo placebo. Após o uso de probiótico houve aumento na taxa de filtração glomerular estimada (p<0,001) e diminuição nos níveis séricos de creatinina (p<0,001), ureia (p=0,015), proteína C reativa (p=0,03), hormônio da paratireóide (p=0,03) e potássio (p=0,012), em comparação ao grupo placebo. Os efeitos positivos do probiótico na taxa de filtração glomerular estimada e na diminuição dos níveis séricos de creatinina e ureia permaneceram após análise de regressão multivariada. Não houveram diferenças significativas nos parâmetros urinários entre os grupos. Sintomas de constipação (p<0,001) e consistência fecal (p=0,016) apresentaram melhora no grupo intervenção versus placebo. Conclusão: A suplementação de probióticos melhorou os marcadores de função renal e reduziu inflamação, além de auxiliar na melhora dos sintomas de constipação intestinal em pacientes com DRC. / Introduction: The human gastrointestinal tract is colonized by a diversified microbial community that acts in control of health. Recent studies have shown that intestinal microbiota balance is affected in chronic kidney disease (CKD) leading to intestinal dysbiosis. These studies have suggested association of intestinal dysbiosis with several metabolic disorders such as accumulation of uremic toxins, progression of CKD, inflammation and cardiovascular risk. Therefore, interventional measurement that improve intestinal microbiota balance are suggested such as supplementation of probiotics, however few studies evaluated the effect of these supplements on the progression of CKD and cardiovascular risk in CKD patients. Aim: The purpose of the study was to evaluate the effects of probiotic supplementation on the factors associated with progression of CKD and cardiovascular risk in patients with CKD. Desing and Methods: This was a randomized, double-blind, placebo-controlled study. Thirty patients with CKD stages 3 to 5 not on dialysis, with stable renal function and protein-creatinine ratio > 0.50 were included. Data collection was between November 2015 and December 2017. Study protocol was 4-week washout period, patients randomized to intervention group (IG, probiotic supplement) or control group (CG, maltodextrin), and follow for 24 weeks. Renal function, C-reactive protein (CRP), bone and mineral metabolism, nutritional, and lipid profile markers and intestinal habit were measured at baseline and 24 weeks of study. Results: From 30 patients included in this study, 20 completed the 24 study weeks, 10 in the TG and 10 in PG. After probiotic supplementation, there was increase in estimated glomerular filtration rate (p<0.001) and decrease in serum creatinine 8 (p<0.001), urea (p=0.015), C-reactive protein (p=0.030), parathyroid hormone (p=0.03), and potassium (p=0.012) levels compared to CG. The beneficials effects of probiotics on estimated glomerular filtration rate and serum creatinine, urea, and Creactive protein remained after multivariate linear regression. There were no significant differences in the urinary parameters between the two groups. Symptoms of constipation (p<0.001) and stool consistency (p=0.016) improved in IG compared to CG. Conclusion: Probiotic supplementation improved markers of renal function and reduced inflammation. In addition, it improved the symptoms of intestinal constipation in patients with CKD.

L’exposition aux polluants environnementaux a été associée à de nombreux désordres métaboliques, immunitaires et reproductifs ainsi qu’à divers cancers. De plus en plus de travaux, indiquent que le microbiote intestinal, qui joue un rôle majeur dans l’immunité et le métabolisme de l’hôte, interagit avec les xénobiotiques dont les polluants organiques persistants (POPs) et les contaminants néoformés dans les aliments. Cette interaction peut avoir des conséquences toxicologiques importantes via la modification des fonctions du microbiote intestinal mais également via la métabolisation des xénobiotiques, entraînant une potentielle altération de l'homéostasie de l'hôte. Dans le cadre de cette thèse, nous avons démontré, en modèle in vitro, qu’une exposition aigüe du microbiote intestinal humain au benzo[a]pyrène (hydrocarbure aromatique polycyclique) a entraîné une altération des fonctions du microbiote intestinal au niveau du volatolome et du métatranscriptome microbien. Cependant, dans nos conditions expérimentales, aucun impact sur la structure microbienne n'a été observé. L’Homme étant continuellement exposé à un panel de composés chimiques environnementaux, nous avons par la suite étudié l'impact de divers POPs et produits néoformés dans les aliments sur le microbiote intestinal humain. Des familles de gènes ainsi que des composés volatiles microbiens ont été identifiés comme altérés après l’exposition, conduisant à une perturbation de l'activité microbienne. Nous avons finalement démontré que l'interaction microbiote-polluant pourrait conduire à l'établissement d'un état pro-inflammatoire modéré dans l'intestin avec une libération de cytokine IL-8 par les cellules épithéliales intestinales. Ces résultats appuient le concept émergent selon lequel les contaminants alimentaires pourraient altérer les activités du microbiote intestinal. / Exposure to environmental pollutants has been associated with various life-threatening disorders, including dysregulation of the immune and reproductive systems, metabolic diseases and various cancers. Growing evidences indicate that the gut microbiota, which plays major roles in host metabolic and immune functions, interacts with xenobiotics including persistent organic pollutants (POPs) and foodborne chemicals. The toxicological relevance of the gut microbiota-pollutant interplay is of great concern for the host since the chemicals may disrupt the gut microbiota functions leading to a potential impairment of the host homeostasis. During this PhD thesis, we demonstrated that in vitro acute exposure of the human gut microbiota with benzo[a]pyrene (polycyclic aromatic hydrocarbon) led to an impairment of the gut microbiota functions with a specific shift of the microbial volatolome and metatranscriptome. However, in our experimental conditions, no impact on the microbial structure was observed. Since humans are exposed to a wide range of environmental chemicals we investigated the impact of various POPs and foodborne chemicals on the human gut microbiota. We identified microbial volatiles and gene families that shifted after this exposure leading to an imbalance of the microbial activity. Furthermore, we demonstrated that the interaction between the pollutants and the gut microbiota lead to a significant release of pro-inflammatory IL-8 cytokine by the intestinal epithelial cells which may contribute to the establishment of a low-grade inflammatory state in the gut. All together, these data support the emerging concept that food pollutants could alter the gut microbiota activities.